Dissertations / Theses: 'Position 2 des protéines'

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Nashed, Salomé. "Étude fonctionnelle et évolutive du résidu situé en position 2 des protéines." Electronic Thesis or Diss., Sorbonne université, 2023. http://www.theses.fr/2023SORUS219.

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Abstract:

Le résidu situé en position 2 des protéines, suivant leur méthionine initiatrice, est un signal clé pour le recrutement co-traductionnel de diverses enzymes de modification qui impactent précocement leur destinée cellulaire (adressage, repliement, temps de demi-vie). Bien que l’importance de ce résidu soit établie pour quelques protéines, son rôle à l’échelle globale du protéome et la nature des pressions sélectives auxquelles il pourrait être soumis demeurent à ce jour inexplorés. Durant ma thèse, j’ai pour la première fois utilisé des méthodologies d’analyse globale pour réaliser une étude fonctionnelle et évolutive du résidu situé en position 2 des protéines. J’ai mis au profit de cette étude deux approches complémentaires, développées in silico chez la levure modèle Saccharomyces cerevisiae. La première approche utilisée consiste en l’étude d’enzymes de modification dont le recrutement dépend du résidu en position 2 de leurs cibles. Je me suis en particulier intéressée aux N-acétyltransférases. Celles-ci possèdent la même activité enzymatique de N-acétylation, mais ciblent des sous-ensembles distincts de protéines et leurs délétions sont associées à des phénotypes différents, ce qui pose la question du rôle spécifique de chacune dans la physiologie cellulaire. Grâce à l’analyse de données expérimentales relatives à ces enzymes, j’ai caractérisé leur sélectivité globale in vivo et j’ai formellement démontré qu’elles ont effectivement des rôles physiologiques différentiels. La seconde approche utilisée est l’étude de la distribution des acides aminés en position 2 dans le protéome et dans les groupes fonctionnels de protéines définis par la Gene Ontology. Alors que les outils actuels utilisés pour réaliser des analyses de Gene Ontology ne tiennent pas compte de la structure hiérarchique de cette ressource, j’ai développé un algorithme permettant de synthétiser et de visualiser les résultats obtenus par une telle analyse pour en faciliter l’interprétation. Cette approche a permis l’identification de groupes fonctionnels de protéines présentant en position 2 une utilisation d’acides aminés distincte de celle observée dans le protéome à cette position. Ces deux méthodes d’analyse globale ont convergé vers un même résultat, à savoir que les précurseurs mitochondriaux possédant une séquence N-terminale d’adressage (MTS pour mitochondrial targeting sequence) présentent en position 2 une sur-représentation de larges résidus hydrophobes, critique pour leur import à la mitochondrie et permettant leur reconnaissance par la N-acétyltransférase NatC. Le biais d’acides aminés en position 2 des MTS est très conservé dans la lignée des Saccharomycotina et a partiellement évolué chez l’Homme et la plante Arabidopsis thaliana. J’ai de plus mis en évidence l’existence de plusieurs catégories de MTS en fonction de la nature du résidu qu’ils portent en position 2, ce qui peut indiquer une co-évolution de la position 2 des MTS et de leur composition globale et pose la question des propriétés optimales de ces séquences. Enfin, j’ai montré que les peptides signaux de la levure et la séquence N-terminale d’adressage au chloroplaste d’Arabidopsis thaliana présentent également des biais d’acides aminés en position 2, suggérant que le résidu à cette position pourrait jouer un rôle clé dans la reconnaissance de ces séquences par les systèmes d’adressage et d’import associés
The residue located at position 2 of proteins, following their initiator methionine, is a key signal for the co-translational recruitment of various modification enzymes that early impact their cellular fate (addressing, folding, half-life). Although the importance of this residue is established for a few proteins, its role at the global scale of the proteome and the nature of the selective pressures it may be subject to remain unexplored to this day. During my thesis, I used for the first time global analysis methodologies to conduct a functional and evolutionary study of the residue located at position 2 of proteins. I used two complementary in silico approaches developed in the model yeast Saccharomyces cerevisiae. The first approach I used is the study of modification enzymes whose recruitment depends on the residue at position 2 of their targets. I focused in particular on N-acetyltransferases. These enzymes have the same enzymatic activity of N-acetylation but target distinct subsets of proteins, and their deletions are associated with different phenotypes, raising the question of the specific role of each enzyme in cellular physiology. Through the analysis of experimental data related to these enzymes, I characterized their global selectivity in vivo and formally demonstrated that they indeed have differential physiological roles. The second approach I used is the study of the distribution of amino acids at position 2 in the proteome and in functional groups of proteins defined by the Gene Ontology. While current tools used to perform Gene Ontology analyses do not take into account the hierarchical structure of this resource, I developed an algorithm to synthesize and visualize the results obtained by such analyses to facilitate their interpretation. This approach allowed the identification of groups of proteins that present a distinct amino acid usage at position 2 compared to that observed in the proteome at this position. These two global analysis methods converged toward the same result, namely that mitochondrial precursors possessing an N-terminal addressing sequence (MTS for mitochondrial targeting sequence) exhibit at position 2 an overrepresentation of large hydrophobic residues, critical for their import into mitochondria and enabling their recognition by the NatC acetyltransferase. The amino acid bias at position 2 of MTS is highly conserved in the Saccharomycotina lineage and has partially evolved in humans and the plant Arabidopsis thaliana. I also highlighted the existence of several categories of MTS depending on the nature of the residue they carry at position 2, which may indicate co-evolution of position 2 of MTS and their overall composition and raises the question of optimal properties of these sequences. Finally, I showed that yeast signal peptides and the chloroplast N-terminal addressing sequence in Arabidopsis thaliana also exhibit amino acid biases at position 2, suggesting that the residue at this position could play a key role in the recognition of these sequences by associated addressing and import systems

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El, Barbry Houssam. "Découverte du rôle crucial du résidu en position 2 des séquences MTS d’adressage mitochondrial." Electronic Thesis or Diss., Sorbonne université, 2023. http://www.theses.fr/2023SORUS035.

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Abstract:

Les mitochondries sont des organites complexes impliquant un millier de protéines, la plupart codées dans le génome nucléaire. Leur biogenèse a nécessité au cours de l’évolution la mise en place de systèmes efficaces d’adressage et d’import protéique, et des défaillances de ces systèmes sont associées à des pathologies graves, neuropathies, troubles cardiovasculaires, myopathies, maladies neurodégénératives ainsi que cancers. De nombreuses protéines mitochondriales possèdent en N-terminal une séquence d’adressage appelée MTS (Mitochondrial Targeting sequence) qui forme une hélice alpha amphiphile essentielle pour leur import mitochondrial. La séquence des divers MTSs est néanmoins très variables et leur caractéristiques critiques ne sont pas encore bien comprises. Le point de départ de ma thèse est la découverte, chez les levures, d’une surreprésentation en position 2 des séquences MTSs de 4 acides aminés hydrophobes (F, L, I, W). Au cours de mes années de thèse, j’ai pu confirmer, par des expériences de mutagenèse dirigée, le rôle critique de la nature du résidu en position 2 des MTSs. En effet, grâce au développement d’un système novateur de criblage des défauts d’import basé sur le sauvetage fonctionnel de la toxicité d’une protéine mitochondriale, j’ai pu observer que seuls les résidus surreprésentés en position 2 des protéines mitochondriales permettaient un import efficace. Mon travail a ainsi démontré l'existence de fortes contraintes évolutives s’exerçant au niveau de la position 2 des MTSs dont la compréhension pourrait à terme être utile pour optimiser l’adressage mitochondrial de protéines thérapeutiques chez des patients atteints de maladies mitochondriales
Mitochondria are complex organelles involving a thousand proteins, most of which are encoded in the nuclear genome. Their biogenesis has required the evolutionary development of efficient protein addressing and import systems, and failures of these systems are associated with serious pathologies, neuropathies, cardiovascular disorders, myopathies, neurodegenerative diseases and cancers.Many mitochondrial proteins have an N-terminal addressing sequence called MTS (Mitochondrial Targeting Sequence) which forms an amphiphilic alpha helix essential for their mitochondrial import. However, the sequence of the various MTSs is highly variable and their critical characteristics are not yet well understood. The starting point of my thesis was the discovery in yeast of an overrepresentation of 4 hydrophobic amino acids (F, L, I, W) at position 2 of the MTSs sequences. During my thesis, I was able to confirm the critical role of the nature of the residue in position 2 of the MTSs through directed mutagenesis experiments. Indeed, thanks to the development of an innovative system for screening import defects based on the functional rescue of the toxicity of a mitochondrial protein, I was able to observe that only residues overrepresented at position 2 of mitochondrial proteins allowed efficient import. My work has thus demonstrated the existence of strong evolutionary constraints at position 2 of MTSs, the understanding of which could ultimately be useful for optimising the mitochondrial addressing of therapeutic proteins in patients suffering from mitochondrial diseases

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Bastin, Guillaume. "Les résidus cystéines en positions 2 et 12 de RGS4 influencent son trafic intracellulaire et ses fonctions." Thesis, Lille 1, 2013. http://www.theses.fr/2013LIL10003/document.

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Abstract:

Les protéines RGS (Regulator of G-protein Signaling) sont des inhibiteurs des voies de signalisation des protéines G. RGS4 atténue l’activité de protéines G dans plusieurs tissus tel que la diminution de son activité peut accroître la sévérité de la bradycardie, cardiomyopathies liées au diabète, l’invasion de cellule cancéreuse du sein, résistance à l’insuline et intolérance au glucose. RGS4 a été localisé à la membrane plasmique ainsi que dans des compartiments intracellulaires, cependant, son mode de trafique intracellulaire reste méconnu. En utilisant des outils de microscopie confocale sur cellules vivantes et méthode de détection d’activité des voies de signalisation conditionnée par les protéines G, nous avons caractérisé l’importance de deux sites de palmitoylation, ces deux sites : Cys2 et Cys12 montrent des intérêts complémentaires dans le trafic de RGS4 vers la membrane cellulaire. Dans un axe linéaire, nous avons identifié DHHC3 et 7, deux enzymes de palmitoylation participant au trafique intracellulaire de RGS4 et donc à la maximalisation de son activité inhibitrice des voies de signalisation contrôlées par Galphaq. Enfin des marqueurs de membranes endosomales, les protéines rab ont permis de caractériser les voies de trafic intracellulaire empruntée par RGS4, par exemple RGS4 est internalisé de la membrane plasmique par Rab5 et recyclé à la membrane cellulaire par Rab11. L’activation ou inhibition de Rab5 et 11 ont permis d’observer des changements d’activité de RGS4. Ces travaux confèrent une base de données pour des études ultérieures visant à développer des stratégies thérapeutiques à accroître les fonctionnalités de RGS4
RGS proteins (Regulator of G-protein Signaling) are potent inhibitors of heterotrimeric G-protein signaling. RGS4 attenuates G-protein activity in several tissues such that loss of its function may lead to bradycardia, diabetic cardiomyopathy, breast cancer cell invasion, insulin resistance and glucose intolerance. RGS4 has been localized to both plasma membrane and intracellular pools, however, the nature of its intracellular trafficking remains to be elucidated. G-protein inhibition requires the presence of RGS4 at the plasma membrane. In this work, we characterized the complementary roles of two putative palmitoylation sites on RGS4 to target intracellular compartments and plasma membrane. We identified palmitoylation on Cys2 and 12 respectively important for RGS4 endosomal targeting and plasma membrane localization, when mutations were introduced to the palmitoylation sites, RGS4 capability of inhibiting Gq-mediated signaling was impaired. As a continuum we identified two palmitoylating enzymes, DHHC3 and 7 as modulator of RGS4 localization and function. Knock downs of DHHC3 and 7 impaired RGS4 endosomal and plasma membrane targeting and capability of inhibiting M1-muscarinic receptor signaling. Finally we used live cell confocal microscopy to define RGS4 intracellular trafficking routes. Specifically Rab5 mediated RGS4 trafficking from the plasma membrane to intracellular compartments while Rab11 mediated RGS4 trafficking to the plasma membrane. Activation and inhibition of Rab5 and 11 routes impaired RGS4 capability of inhibiting M1-muscarinic receptor signaling pathway. These novel findings provide a strong rationale for future studies aimed at developing new strategies to increase the function of RGS4

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Guérin, Mathilde. "Développement d'une approche de protéomique quantitative appliquée au diagnostic des cancers du sein HER2 positif." Thesis, Aix-Marseille, 2018. http://www.theses.fr/2018AIXM0046.

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Abstract:

Introduction : De nombreuses thérapeutiques ciblant la protéine HER2 ou des protéines clés de la voie HER2 ont transformé le pronostic des cancers du sein HER2 positif. Les anomalies moléculaires tumorales, la richesse des thérapeutiques actuelles et leur coût nécessitent de rationnaliser la décision thérapeutique par l’utilisation de biomarqueurs. La protéomique ciblée, capable de détecter et mesurer un panel de protéines au sein d’échantillons complexes, est l’une des approches les plus performantes pour quantifier un jeu de biomarqueurs spécifiques simultanément dans un tissu tumoral. Objectif : développer une approche de protéomique quantitative ciblée de type PRM (Parallel Reaction Monitoring) pour évaluer les protéines clés de la voie HER2 dans différents échantillons tumoraux. Résultats : 1/ Sélection des peptides protéotypiques de nos protéines d’intérêt (EGFR, HER2 et phospho-HER2, HER3, PTEN) et développement des méthodes d’analyse. 2/ Détection et quantification de ces peptides a/ dans 17 lignées cellulaires mammaires, en conditions standard et après exposition au trastuzumab ou lapatinib. b/ dans des xénogreffes dérivées de cancer du sein humain. 4/ Corrélation des résultats a/ aux « gold » standards actuels : western blot et immuno-cyto/histo-chimie, b/ aux données issues d’analyses transcriptomiques validées. Conclusion : cette approche pourrait permettre dans le futur une vision globale de l’expression et l’activation des protéines de la voie HER2 et progresser vers une médecine « personnalisée ». Elle pourrait être améliorée par l’utilisation de spectromètres de masse plus performants et le recours à la microdissection laser sur tissu conservé en FFPE
Therapeutics targeting HER2 protein or its pathway considerably improved the prognosis of HER2-positive BC. The actual approaches to evaluate HER2 expression, immunohistochemistry (IHC) and FISH (fluorescent in situ hybridization), are labor-intensive and low-throughput, and present discrepancies between them. Therefore, there is a real need to develop other strategies to rationalize the use of targeted therapeutics. Parallel Reaction Monitoring (PRM) is a mass spectrometry-based approach for targeted proteomics able to detect and quantify numerous proteins with high-throughput allowing to follow mutated or activated status of targeted proteins. PRM could be a way to rationalize the use of targeted therapeutics to go through a more « personalized » medicine. The objective was to detect and quantify proteins implicated in HER2 pathway (EGFR, HER2, HER3, PTEN), phosphorylated peptides of HER2 and their response under treatment. We first selected proteotypic peptides of each protein and protein assays were generated. We detected and quantified proteotypic peptides of proteins of interest 1/on 17 breast cell lines on control condition and under treatment (trastuzumab or lapatinib). 2/ on more complex samples including patients-derived xenografts and human breast cancers. We correlated our data to gold standards western blot and IHC and to transcriptomic signatures previously validated. In the future, this approach could envision a picture of the expression and activation of proteins implicated in HER2-pathway. However, our strategy could be improved by more efficient mass spectrometers and the use of formalin-fixed paraffin-embedded samples to be used in clinical practice

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Morin, Nathalie. "Protéines d'échafaudage et assemblage de l'adénovirus 2." Lille 1, 1986. http://www.theses.fr/1986LIL10005.

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Régimbald-Dumas, Yannik. "Régulation positive du récepteur à l'inisitol 1,4,5-trisphosphate de type 2 par la protéine kinase A et par mTOR." Thèse, Université de Sherbrooke, 2010. http://savoirs.usherbrooke.ca/handle/11143/4320.

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Abstract:

Le récepteur de l'inositol 1,4,5-trisphosphate (IP[indice inférieur 3]R) est un canal calcique qui joue un rôle majeur dans la régulation du Ca[indice supérieur 2+] intracellulaire. Il existe trois sous-types d'IP[indice inférieur 3]R. Peu d'information est disponible sur les propriétés de l'IP[indice inférieur 3]R-2 et de l'IP[indice inférieur 3]R-3. De plus, la régulation spécifique du mécanisme de signalisation calcique peut être accomplie par l'activation simultanée de plusieurs voies de signalisation. Les kinases intervenant lors de l'activation concomitante de la voie de production de l'AMPc et des voies prolifératives sont susceptibles de réguler les IP[indice inférieur 3]R. Ainsi, l'objectif de ma thèse fut de caractériser l'effet de la protéine kinase dépendante de l'AMPc (PKA) et de la cible mammalienne de la rapamycine (mTOR) sur l'activité de l'IP[indice inférieur 3]R-2. La première partie de ma thèse consista à étudier l'effet possible de la PKA sur l'activité de l'IP[indice inférieur 3]R-2 dans les cellules AR4-2J, une lignée cellulaire exprimant principalement l'IP[indice inférieur 3]R-2. Nous avons d'abord démontré que l'IP[indice inférieur 3]R-2 est un bon substrat de la PKA. Qui plus est, des essais calciques réalisés sur des cellules AR4-2J perméabilisées suggèrent que la PKA augmente l'affinité apparente de l'IP[indice inférieur 3]R-2. Enfin, la stimulation de la production d'AMPc entraîne une augmentation des relâches calciques dans les cellules AR4-2J intactes. Ces résultats suggèrent donc que la PKA augmente l'activité de l'IP[indice inférieur 3]R-2. Dans la seconde partie de cette thèse, nous démontrons que la kinase mTOR, point de convergence des voies prolifératives, phosphoryle l'IP[indice inférieur 3]R-2 dans les cellules AR4-2J. Les essais calciques réalisés sur des cellules AR4-2J perméabilisées suggèrent également que mTOR augmente l'affinité apparente de l'IP[indice inférieur 3]R-2. De surcroît, la rapamycine (un inhibiteur de mTOR) réduit les relâches calciques induites par le carbachol dans les cellules AR4-2J et dans les cellules HEK 293A exprimant presque exclusivement l'IP[indice inférieur 3]R-2. Ces résultats suggèrent donc que mTOR augmente l'activité de l'IP[indice inférieur 3]R-2. L'ensemble de ces travaux approfondit notre compréhension des mécanismes par lesquels les signaux calciques sont finement régulés dans les cellules.

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Reed, Eric Christopher. "Improvement of MPEG-2 compression by position-dependent encoding." Thesis, Massachusetts Institute of Technology, 1996. http://hdl.handle.net/1721.1/38823.

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Ozkaya, Tugba. "Hezbollah And Its Position Towards Israel." Master's thesis, METU, 2009. http://etd.lib.metu.edu.tr/upload/2/12611119/index.pdf.

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Abstract:

This thesis analyses how Hezbollah has perceived Israel since its establishment. In this study it is argued that Israel is the main enemy of and source of hatred for Hezbollah. The references of this overall statement are the ideology and political, social and military history of Hezbollah. The armed struggle of Hezbollah against Israel started with the 1982 Israeli invasion of Lebanon evolved into both a political participation with the continued armed militia in the period between 1982 to today. During this period, in addition to its armed conflict with Israel, Hezbollah came on the stage with social services for Lebanese society and political propaganda in Lebanese elections. The intersection point of these three identities is the endless encouragement of Hezbollah for a determined resistance against Israel. While on the one hand Hezbollah defines Israel to be the most dangerous threat for the world, in addition to being a prominent enemy for the Arab and Muslim community
on the other hand Israel regards Hezbollah to be the highest impact menace. Consequently, the thesis is finalized with outputs and predictions taking all historical and ideological aspects into concern.

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Jacquet, Eric. "Relations structure-fonction du domaine d'ef-tu liant les nucleotides guanyliques : mutation de la val20, residu homologue a la position 12 de la p21." Paris 6, 1988. http://www.theses.fr/1988PA066307.

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Abstract:

La valine 20 du facteur d'elongation eftu est substituee par une glycine par mutagenese dirigee. Cette mutation a des consequences sur l'activite gtp asique et sur la vitesse d'association-dissociation du complexe eftu (gly 20)-gdp. Les etudes d'homologie des sequences primaires indiquent que le residu val 20 de eftu correspond a la position 12 de la proteine p21 codee par les genes ras humains

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FREVILLE-HERENTHALS, STEPHANIE. "Synthese enantioselective d'alcaloides monosubstitues en position 2 et disubstitues en positions 2 et 6." Paris 6, 1996. http://www.theses.fr/1996PA066557.

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Abstract:

La these presentee porte sur l'elaboration de nouvelles syntheses enantioselectives d'alcaloides piperidiniques monosubstitues en position 2 et disubstitues en positions 2 et 6. Le travail a pour point de depart un substrat bicyclique oxazolopiperidonique, lui-meme issu de la condensation du phenylglycinol et d'un -cetoacide dont une nouvelle methode de preparation a ete developpee. Ce bicycle possede en et de l'atome d'azote des reactivites potentielles: fonction carbonyle du lactame et fonction iminium aminal masquee. Une ouverture stereoelectronique en (cycle oxazolidinique) conduit aux lactames n-proteges. Trois voies sont alors envisagees: la premiere donne acces aux 2-alkylpiperidines apres une reaction d'extrusion d'oxygene et une elimination de la partie chirale. La deuxieme conduit aux lactames chiraux par debenzylation. Ces derniers sont des synthons-cles permettant l'acces direct aux 2-alkylpiperidines apres une reaction d'extrusion d'oxygene et aux 2,6-dialkylpiperidines trans ou cis par une suite de reactions stereoselectives effectuee en de la fonction carbonyle. Une inversion de configuration du carbone portant la fonction hydroxyle de l'un de ces derives conduit au (-)-pinidinol. C'est la premiere synthese enantioselective de ce compose. La derniere voie conduit aux oxazolopiperidines par action d'organomagnesiens sur la fonction carbonyle du lactame. L'ouverture ulterieure du cycle oxazolopiperidinique et la debenzylation conduisent stereoselectivement aux 2,6-dialkylpiperidines trans. La plupart des composes obtenus sont des produits naturels et presentent un interet biologique

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Jarnet, Dominique. "Isolement et caractérisation des protéines apparentées à l'interleukine 2." Compiègne, 1995. http://www.theses.fr/1995COMPD786.

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Abstract:

L'interleukine 2 (IL2) est un polypeptide de 133 acides aminés sécrétés par les lymphocytes T. Cette lymphokine est capable de stimuler l'activité de toutes les cellules qui participent à la réponse immunitaire. Au vu de ces propriétés, l'IL2 est apparue comme une substance de grand intérêt dans la perspective d'une immunostimulation à visée thérapeutique. La disponibilité de quantités pratiquement illimitées de molécules recombinantes, grâce au génie génétique, ainsi que l'absence de barrière d'espèce ont permis de développer rapidement des travaux précliniques pour évaluer ce potentiel. Suite à ces travaux, l'IL2 a été introduite en clinique, chez des patients atteints de cancers résistants aux traitements conventionnels. L'IL2 humaine recombinante développée par ROUSSEL UCLAF est non glycosylée et possède la particularité d'être sous forme réduite active. Cette forme est obtenue grâce à un procédé original breveté par ROUSSEL UCLAF. Dans le cadre du schéma global de validation de l'IL2, dont l'objectif est de garantir son efficacité, sa qualité et sa sécurité, s'inscrit la purification et la caractérisation des protéines apparentées à l'IL2, présentes dans le produit fini. Les méthodes de mise en évidence de ces protéines sont basées sur leurs différentes propriétés physico-chimiques, à savoir la masse moléculaire, le point isoélectrique et l'hydrophobicité. Leur isolement nécessite la mise au point de techniques très résolutives et extrapolables au niveau préparatif. Afin de répondre à ces exigences, nous utilisons la chromatographie liquide haute performance de phase inverse et la chromatofocalisation. Par ces méthodes, nous purifions plusieurs protéines apparentées à l'IL2. Leur caractérisation a permis de les diviser en deux groupes : les analogues dont l'activité biologique est similaire àcelle de l'IL2 et les impuretés dont l'activité biologique est fortement diminuée. Selon le type de modification, nous avons émis des hypothèses quant aux stades du procédé ou ces analogues et impuretés sont susceptibles de se former. Si l'amélioration de la qualité du produit fini s'avérait nécessaire, nous pourrions donc imaginer les moyens pour limiter leur formation ou tout au moins améliorer leur élimination lors des étapes de purification.

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Hadj-Kaddour, Kamel. "Bd25 et Bd37. 2 : deux nouvelles protéines parasitaires impliquées dans l'invasion des érythrocytes par Babesia divergens ?" Montpellier 1, 2006. http://www.theses.fr/2006MON1T019.

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Abstract:

Babesia divergens est un parasite intraérythrocytaire membre du phylum des Apicomplexes, proche de Toxoplasma (agent de la toxoplasmose) et Plasmodium (agent du paludisme). B. Divergens est capable de se développer chez le bovin (hôte naturel), chez l'homme (hôte accidentel) et chez la gerbille (modèle de laboratoire). Le parasite est transmis à son hôte mammifère lors du repas sanguin de l'arthropode vecteur, la tique Ixodes ricinus. Nous avons mis en évidence deux nouvelles protéines impliquées dans les phases précoces d'adhérence / invasion des érythrocytes. La protéine Bd25 est une protéine riche en cystéines. Elle présente une forte homologie avec des domaines d'interaction cellulaire connus chez les Apicomplexes (module PAN : Plasminogen Apple Nematode), ainsi qu'avec le site catalytique de la plasmepsine 2 (impliquée dans la dégradation de l'hémoglobine par Plasmodium falciparum). Bd25 est présente au sein d'un complexe lié par des interactions non covalentes. Bd37. 2 est une protéine parasitaire appartenant à une nouvelle famille de protéines ancrées dans la membrane du parasite par un groupement GPI. Les deux membres connus de cette famille, Bd37. 1 et Bd37. 2, ont été étudiés en parallèle, afin de caractériser cette famille et de comprendre son implication dans les phénomènes d'invasion de l'érythrocyte par le parasite. Ces deux antigènes sont co-exprimés à la surface du parasite, et leur capacité d'adhérence a été démontrée ; cependant, seule Bd37. 1 est efficace en vaccination chez la gerbille.

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Khalil, Ahmed. "Synthèse et étude d'analogues nucléosidiques fluorés en position 2' ou 3'." Thesis, Montpellier 2, 2010. http://www.theses.fr/2010MON20070/document.

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Abstract:

Dans le premier chapitre de cette thèse, nous nous sommes intéressés aux virus de l'immunodéficience humaine et des hépatites B et C ainsi qu'aux thérapies utilisées dans le traitement de ces affections. Nous avons introduit l'importance des nucléosides fluorés, et nous avons donné quelques exemples de nucléosides fluorés utilisés en chimiothérapie antivirale et antitumorale. Dans le second chapitre, nous avons présenté une synthèse rapide de 2',3'-didésoxy-3'-fluoro-beta-D-thréo-nucléosides portant les bases pyrimidiques naturelles et substituées en position N3 par un groupement nitro ou amino. Les composés obtenus ont été évaluées contre divers virus à ADN et ARN (y compris le VIH) dans des expériences de culture cellulaire. Dans le troisième chapitre, nous nous somme intéressés à la synthèse de différents 2',3'-didésoxy-2'-fluoro-3'-(N-hydroxyimino), (N-methoxyimino) and (hydroxyl-amino) nucléosides en série pyrimidine. Les composés obtenus ont été évaluées contre divers virus à ADN et ARN dans des expériences de culture cellulaire
In the first chapter, we presented the human immunodeficiency virus (HIV), hepatitis B virus (HBV), and hepatitis C virus (HCV), as well as the therapies used to treat these diseases. In a second part, we discussed about the importance of the incorporation of fluorine atom into nucleoside analogues, and in a third part of this chapter, we presented the recent literature sources of the synthesis and biological activity of fluorinated nucleosides. In the second chapter, we designed and synthesized a series of 2',3'-dideoxy-3'-fluoro-threo-pyrimidine nucleosides by direct and rapid methodology and evaluated them for their inhibitory effects on a number of RNA and DNA viruses in cell culture experiments. None of these nucleoside derivatives showed any antiretroviral activity nor cytotoxicity. In the third chapter of this manuscript, we synthesized a new series of 2',3'-dideoxy-2'-fluoro-3'-(N-hydroxyimino),(N-methoxyimino) and (hydroxylamino)pyrim idine nucleosides and also evaluated for their inhibitory effects on a number of RNA and DNA viruses, without finding any activity or cytotoxicity

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Maciejewski-Duval, Anna. "Fonction de la basonucline 2." Paris 6, 2010. http://www.theses.fr/2010PA066477.

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Abstract:

La basonucline 2 (bnc2) est une protéine nucléaire à doigts de zinc récemment découverte dont la fonction demeure inconnue. Son paralogue, la basonucline 1 (bnc1), est un facteur de transcription impliqué dans le maintien du potentiel prolifératif des kératinocytes. Leurs séquences protéiques sont identiques seulement à 40,9% mais elles possèdent toutes les deux trois paires de doigts de zinc, un signal nucléaire et une région riche en sérine. La fonction de bnc2 est probablement différente de celle de bnc1 du fait de sa distribution tissulaire plus large, d’une localisation dans les « speckles » et d’une extrême conservation entre les espèces. Dans le but de déterminer la fonction de bnc2, nous avons produit des souris invalidées pour bnc2. Les souris mutantes présentent des malformations des os crânio-faciaux entrainant une létalité néonatale. Nous avons montré que cette protéine est impliquée dans la multiplication des cellules mésenchymateuses embryonnaires. Nous avons également identifié les types cellulaires exprimant bnc2 et montré que certains tissus riches en bnc2, tel que les testicules, sont gravement affectés par l’absence de bnc2. De plus, nous avons apporté la preuve que les protéines disco, impliquées dans le développement crânio-facial de Drosophilia et Tribolium, sont des orthologues des basonuclines chez les vertébrés. Nous avons démontré que le transcrit de la bnc2 murine, similaire au transcrit humain, est sujet à l’épissage alternatif. Enfin chez l’homme, nous avons montré qu’il existe une isoforme qui n’est pas localisée dans les « speckles » mais de façon difuse dans le nucléoplasme.

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Gauthier, Florian. "Synthèse et propriétés d’ARNs modifiés en position 2’ via des ponts disulfures." Thesis, Montpellier, 2018. http://www.theses.fr/2018MONTS120/document.

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Abstract:

Les ARNs sont impliqués dans de nombreux processus biologiques et peuvent adopter des structures secondaires différentes. Par leurs propriétés, ils constituent des outils biologiques puissants pour des applications diverses, tels les ARNs interférents (siARN) qui permettent l’extinction de l’expression des gènes par exemple. L’introduction de modifications sur des ARNs s’est avérée essentielle pour améliorer leurs propriétés et faciliter l’étude de leurs rôles biologiques et leurs applications thérapeutiques.Ce manuscrit rapporte la synthèse et les propriétés d’ARNs modifiés en position 2’ du ribose par des groupements contenant des ponts disulfures, sensibles à un environnement réducteur.Dans la première partie, la synthèse de prodrogues de siARNs partiellement modifiés par des groupements benzyldithiométhyles est décrite. Leurs stabilités thermiques et enzymatiques, ainsi que leur démasquage en milieu réducteur, sont montrés. Les résultats prometteurs d’activité inhibitrice et de pénétration cellulaire, sur une lignée cellulaire du sarcome d’Ewing, permettent d'envisager une application potentielle de ces siARNs modifiés comme outils thérapeutiques.La deuxième partie décrit une approche de co-délivrance par des siARNs couplés avec une drogue anticancéreuse, la doxorubicine, via un lien auto-immolable contenant des ponts disulfures. Les propriétés physico-chimiques des conjugués sont déterminées, et la libération du siARN et de la drogue en milieu réducteur est mise en évidence.La troisième partie présente une autre méthode de conjugaison en solution entre la position 2’ d’un ARN et des petites molécules (sucres, coumarine, biotine, acide désoxycholique, glutathion) via un pont disulfure. La synthèse des ARNs conjugués et leur devenir en milieu réducteur sont décrits.Dans la dernière partie, l’impact d’un lien avec un pont disulfure intrabrin entre les positions 2’ de deux nucléotides adjacents est étudié dans un duplex ou la partie boucle d’hairpins. L’influence du pont disulfure sur l’équilibre des conformations duplex et hairpin d’un ARN d’intérêt biologique est évaluée, en absence et en présence d’agents réducteurs. Une application en fluorescence d’une hairpin contrainte en tant que « molecular beacon » montre des utilisations potentielles de ce lien dans des outils pour étudier la conformation de structures secondaires d’ARNs ou dans des sondes pour détecter les agents réducteurs
RNAs are involved in numerous biological processes and can adopt different secondary structures. Thanks to their properties, they are powerful biological tools for diverse applications, such as small interfering RNA (siRNA) for gene silencing. Modified RNAs have proven to be essential to improve their properties, and to facilitate the study of their biological and therapeutic functions.This manuscript reports the synthesis and properties of 2’-O-modified RNAs bearing disulfide-containing groups, sensitive to reductive environment.The first part describes the synthesis of siRNAs prodrugs bearing lipophilic benzyldithiomethyl groups. The thermal stability, the serum stability and the response to glutathione treatment of modified siRNAs are thoroughly investigated. The gene silencing and the gymnotic delivery of several siRNAs are assessed, and demonstrates promising results on Ewing’s sarcoma cell line.A second part concerns the co-delivery of siRNAs and a hydrophobic anti-cancer drug (doxorubicin) using a self-immolative spacer bearing disulfide bonds. The chemico-physical properties of these conjugates are determined and the recovery of native siRNA and doxorubicin in response to reductive treatment is highlighted.A third part presents the conjugation of RNAs to small molecules (sugars, coumarin, biotin, deoxycholic acid, glutathione) using disulfide linkages. The synthesis of the RNA conjugates and their release in reducing conditions are also demonstrated.The last part reports the synthesis and the impact of an intrastrand dimethylene disulfide bridge between 2’-O-positions of two adjacent nucleotides in an RNA duplex and in the loop of RNA hairpins. Then, the influence of this linkage on the folding of a biologically relevant RNA structure is reported. Finally, an application of a constrained hairpin as a fluorescent molecular beacon highlights its potential use in tools for understanding RNA folding and in probes for the detection of reducing reagents

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Kilic, Ergin. "Novel Position Measurement And Estimation Methods For Cnc Machine Systems." Master's thesis, METU, 2007. http://etd.lib.metu.edu.tr/upload/2/12608762/index.pdf.

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Abstract:

Precision control of translational motion is vital for many CNC machine tools as the motion of the machinery affects the dimensional tolerance of the manufactured goods. However, the direct measurement along with the accurate motion control of machine usually requires relatively expensive sensors i.e. potentiometers, linear scales, laser interferometers. Hence, this study attempts to develop reference models utilizing low-cost sensors (i.e. rotary encoders) for accurate position estimation. First, an indirect measurement performance is investigated on a Timing Belt driven carriage by a DC Motor with a backlash included Gearbox head. An advanced interpolated technique is proposed to compensate the position errors while using indirect measurement to reduce the total cost. Then, a similar study was realized with a ball screw driven system. Next, a cable drum driven measurement technique is proposed to the machines which have long travel distance like plasma cutters. A test setup is proposed and manufactured to investigate the capstan drive systems. Finally, characteristics of Optical Mouse Sensors are investigated from different point of views and a test setup is proposed and manufactured to evaluate their performances in long terms. Beside all of these parts, motion control algorithms and motion control integrated circuits are designed and manufactured to realize experimental studies in a detailed manner.

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Saito, Hiroko. "Rôle des protéines PDZ dans la fonction de ERBB2/HER2." Aix-Marseille 2, 2002. http://www.theses.fr/2002AIX22015.

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Novelli, Armelle. "Signaux peptidiques, oligomérisation et localisation cellulaire de la fibre de l'adénovirus humain de type 2." Montpellier 2, 1991. http://www.theses.fr/1991MON20094.

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Abstract:

La fibre de l'adenovirus humain de type 2 est une proteine constituee par l'association de trois monomers identiques de 62 kda chacun. En microscopie electronique, trois domaines sont observes: la queue, la tige terminee par la spherule. Notre objectif a ete d'identifier les sequences peptidiques impliquees dans (i) l'oligomerisation de la fibre, (ii) l'interaction avec la base, (iii) le transport nucleaire et (iv) la glycosylation. Nous avons utilise trois approches differentes: (i) des peptides de synthese et les serums anti-peptide correspondants; (ii) des syntheses in vitro de fibre en lysat de reticulocyte; (iii) l'expression de genes codant pour la fibre complete ou deletee dans un systeme cellulaire heterologue. Les fibres ont ete exprimees en cellules d'insecte a l'aide de baculovirus recombinants. Les phenotypes observes ont permis d'attribuer une fonction biologique a chacun des trois domaines morphologiques. (i) l'extremite c-terminale situee dans la spherule est indispensable a la trimerisation. (ii) l'extremite n-terminale presente un signal de localisation nucleaire. (iii) la tige seule se dimerise spontanement et elle porte les sites de o-glycosylation reconnus par la gcnac o-seryl transferase en cellule d'insecte. (iv) seule la fibre trimerique est capable de s'associer in vitro avec la base

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Ahissou, Hyacinthe. "Protéines plasmatiques marqueurs de l'inflammation chez l'aulacode thryonomys swinderianus." Tours, 1995. http://www.theses.fr/1995TOUR3306.

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Mitou, Géraldine. "Étude des rôles "in vivo" de la poly(A) binding protein 2 chez "Drosophila melanogaster"." Montpellier 2, 2005. http://www.theses.fr/2005MON20163.

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Gerber, Esther. "Localisation cellulaire de protéines fluorescentes isoprénylables dans des cellules de tabac BY-2." Université Louis Pasteur (Strasbourg) (1971-2008), 2005. https://publication-theses.unistra.fr/public/theses_doctorat/2005/GERBER_Esther_2005.pdf.

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Abstract:

L'isoprénylation des protéines, processus fondamental chez tous les eucaryotes, est une modification post-traductionnelle impliquant l'attachement covalent de résidus isopréniques en C15 (farnésyl) ou C20 (géranylgéranyl) sur une cystéine appartenant à un motif de type CaaX situé à leur extrémité C-terminale. Au cours de ce travail, nous avons construit un outil biologique expérimental permettant de visualiser, dans des cellules de tabac BY-2, l'isoprénylation de protéines chimères fusionnées à la GFP et porteuses de sites potentiels de farnésylation ou de géranylgéranylation. Ces protéines chimères ont été construites à partir des séquences terminales de la calmoduline de riz (OsCaM61) et d'une Rop d'Arabidopsis thaliana (AtRop6). Les résultats obtenus démontrent clairement que les protéines isoprénylées, farnésylées ou géranylgéranylées, sont associées majoritairement à la membrane plasmique. L'inhibition de la réaction d'isoprénylation, par des inhibiteurs ou des mutations du motif CaaX, induit un changement de localisation intracellulaire des protéines cibles, qui s'accumulent dans le noyau, et plus particulièrement, dans le nucléole. Nous avons montré que la distribution intracellulaire de ces protéines, isoprénylées ou non, est indépendante du cytosquelette (microtubules et filaments d'actine) et de la présence de bréfeldine A. Grâce à l'utilisation d'inhibiteurs spécifiques (mévinoline, fosmidomycine et kétoclomazone) de chacune des deux voies de biosynthèse des isoprénoïdes chez les plantes, cytosolique et plastidiale, nous avons démontré le rôle essentiel joué par la voie du MEP dans la synthèse du GGPP nécessaire à la géranylgéranylation des protéines. Cet outil apparaît comme particulièrement prometteur pour mettre en évidence in vivo les effets toxiques d'inhibiteurs spécifiques, pour mesurer des flux biosynthétiques ou pour tester de nouveaux herbicides et drogues, susceptibles d'interagir avec la voie du MEP ou la géranylgéranylation des protéines
Isoprenylation of proteins, which has been recognized as a fundamental process in eukaryotic cells, consists in the formation of a chemically stable thioether bond between a cysteine residue belonging to a carboxyterminal CaaX motif and a C15 (farnesyl) or a C20 (geranylgeranyl) isoprenyl residue. In this study, we have developed an experimental system, allowing to visualize, in intact tobacco BY-2 cells, the isoprenylation of proteins fused to GFP and with motives for farnesylation or geranylgeranylation. Such proteins were constructed from terminal sequences of rice calmodulin (OsCaM61) or the Arabidopsis Rop6. Our results clearly demonstrate that the farnesylated or geranylgeranylated proteins are mainly associated with the plasma membrane. The inhibition of the isoprenylation reaction by inhibitors or mutations in the CaaX box triggers a change in the intracellular localization of the chimerical proteins. These proteins accumulate in the nucleus, especially in the nucleoli, instead of the plasma membrane. We also show that the intracellular distribution of the prenylated and non-prenylated proteins is not dependent on the cytoskeletal network (microtubules and microfilaments of actin) and on brefeldin A. By using specific inhibitors (mevinolin, fosmidomycin and ketoclomazone) of both isoprenoid biosynthetic pathways occurring in higher plants or metabolic intermediates (MVA, Fol, Gol and GGol), we provided evidence for the essential role played by the MEP pathway in the synthesis of GGPP needed for the geranylgeranylation of proteins in plants. Such an experimental system appears to be very useful to demonstrate toxic effects of specific inhibitors, to measure biosynthetic fluxes or to check new herbicides and drugs, which could interact with the MEP pathway or the geranylgeranylation of proteins

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Cagnol, Sébastien. "Contrôle de la mort cellulaire par la voie des MAPK 1/3 (ERK 2/1)." Nice, 2005. http://www.theses.fr/2005NICE4033.

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Abstract:

La mort cellulaire programmée ou apoptose est un mécanisme conservé chez les eucaryotes multicellulaires qui contribue au développement embryonnaire et à l'homéostasie cellulaire des organismes. Dans les cellules vivantes, l'activité des protéases qui exécutent le programme de mort cellulaire, les caspases, est contrôlée par des signaux de survie provenant de l'environnement cellulaire. Les caspases initiatrices de l'apoptose régulée par l'environnement, la caspase 9 et la caspase 8 sont activées respectivement par l'apoptosome et par les récepteurs de mort. Les signaux environnementaux, parmi lesquels le contact avec la matrice extracellulaire ou la présence de facteurs de croissance, activent des voies de signalisation contrôlant la machinerie de mort cellulaire. La voie des MAPK1/3 est une voie de signalisation contrôlée par le proto-oncogènes Ras et comportant les kinases Raf, MEK1/2 et MAPK1/3 (ERK2/1 ou p42/p44). La voie des MAPK1/3, qui est impliquée dans la prolifération et la différentiation cellulaire, joue un rôle essentiel dans la survie cellulaire. L'objectif de cette thèse a été de caractériser les mécanismes moléculaires impliqués dans le contrôle de la mort cellulaire par la voie des MAPK1/3. Ce travail est basé sur l'utilisation d'une forme active et inductible de la kinase Raf-1 (DRaf-1:ER) dont l'activation forte et prolongée correspond à une induction pathologique de la voie des MAPK1/3. Nous avons montré que, selon le type cellulaire, l'activation de DRaf-1:ER favorise la survie ou la mort cellulaire. Dans les cellules fibroblastiques CCL39, l'activation de DRaf-1:ER protège de la mort cellulaire mitochondriale induite par la privation en sérum du milieu de culture. Dans ces conditions, nous avons montré que la stimulation de DRaf-1 :ER bloque l'activation de la caspase-9 mais n'empêche pas la délocalisation du cytochrome c, la multimérisation d'APAF1 ni le recrutement de la procaspase 9 dans l'apoptosome. Ce mécanisme post mitochondrial de protection contre la mort cellulaire dépend de la néo-synthèse des protéines et nécessite une activité continue de la kinase MEK. A l'inverse, dans les cellules HEK 293 issues de rein embryonnaire et présentant des caractéristiques neuronales, nous avons montré que l'activation soutenue de la voie des MAPK1/3 par DRaf1-ER induit une mort cellulaire massive. Celle-ci est caractérisée par l'activation des caspases et la fragmentation de l'ADN. La mort cellulaire est détectée plus de 24 heures après l'activation de DRaf1-ER, elle est maximale à 48h. L'induction de la mort cellulaire ne requière la synthèse protéique que durant la phase précoce d'activation mais nécessite l'activité continue du module MEK/MAPK. La mort cellulaire résulte de l'activation de la caspase 8 et n'implique pas la voie mitochondriale, elle est caractérisée par une vacuolisation importante du cytoplasme des cellules qui l'apparente à une forme particulière d'apoptose. L'inactivation des fonctions du récepteur fas et de son adaptateur FADD indique que le processus d'activation de la caspase 8 est indépendant de la voie des récepteurs de mort. L'ensemble de ces travaux apporte des connaissances nouvelles sur le contrôle de la mort cellulaire par la voie Raf/MAPK1/3. Nous avons montré que la voie de signalisation peut, selon le contexte cellulaire, favoriser la survie cellulaire ou induire la mort. Dans les deux cas, le contrôle de la mort cellulaire dépend à la fois de la synthèse protéique et de mécanismes post-traductionnels. Les mécanismes moléculaires affectés par l'activation prolongée des MAPK1/3 seraient impliqués aussi bien dans la résistance des cellules tumorales aux traitements proapoptotiques que dans le développement des maladies neurodégénératives
Programmed cell death or"apoptosis"is an evolutionary conserved feature of multicellular organisms necessary for normal development and tissue homeostasis. In living cells, the activity of the proteases that execute the apoptotic cell death program, the caspases, is controlled by survival signals emanating from the cellular environment. The regulatory components of the caspase cascade, caspase 9 and caspase 8, are activated respectively by the apoptosome and by death receptors. Survival signals elicited by extracellular matrix or growth factors activate signaling pathways that control the cell death machinery. The MAPK1/3 signaling pathway is a kinase cascade comprising Raf, MEK1/2 and MAPK1/3 (ERK1/2 or p42/p44 MapKinases) regulated by the proto-oncogene Ras. The MAPK1/3 pathway is implicated in cell proliferation and differentiation and plays an essential role in cell survival. This thesis objective was to characterize the molecular mechanisms involved in the control of cell death by MAPK1/3 pathway. This study relies on the use of an inducible form of Raf-1 kinase (DRaf-1:ER) those strong and persistent activation leads to a pathological induction of MAPK1/3 activity. We have been able to show that, depending on the cell type, DRaf-1:ER activation favors cell survival or induces cell death. In the lung fibroblastic cell line CCL39, DRaf-1:ER activation prevents cell death induced by serum withdrawal from the tissue culture medium. Under this experimental setting, we could show that DRaf-1:ER stimulation inhibits caspase 9 activation but did not prevent cytochrome c release, APAF1 oligomerization and caspase 9 recruitment in the apoptosome. This novel mechanism of cell death inhibition at a post-mitochondrial level requires ongoing protein synthesis and continuous MEK kinase activity. In HEK293, an embryonic kidney cell line that bares properties of neuronal lineage cells, sustained activation of the MAPK1/3 pathway in response to DRaf-1:ER induces massive cell death. Cell death is characterized by caspases activation and DNA fragmentation. It is a slow process, detectable more than 24 hours after DRaf-1:ER stimulation and maximal at 48 hours. Cell death induction needs protein synthesis only during the early stage of activation but requires a continuous activity of the MEK/MAPK module. Cell death results from caspase 8 activation and does not require the mitochondrial pathway of apoptosis. It is characterized by the formation of vacuoles in the cytoplasm that evoke paraptosis, a particular form of apoptosis. Functional inactivation of the death receptor Fas or its adaptator FADD indicates that the activation process of caspase 8 is independent of the death receptor pathway. Altogether, these results extend our understanding on the role of the Raf/MAPk pathway in the control of cell death. We have shown that in different cellular context, this signaling pathway can either promote cell survival or induce cell death. In both cases, cell death control requires protein synthesis and post-traductionnal modifications. Molecular mechanisms that respond to prolonged MAPK1/3 activation could be involved in tumor resistance to proapoptotic treatments as well as in the development of neurodegenerative diseases

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Jeannot, Frédéric. "Synthèse et étude d'analogues nucléosidiques incorporant le groupement trifluorométhyle en position 2' et 3'." Montpellier 2, 2002. http://www.theses.fr/2002MON20117.

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Cha, Jae H. "Application of the photodiode in design and implementation of a 2-D position detector." Master's thesis, This resource online, 1994. http://scholar.lib.vt.edu/theses/available/etd-03172010-020148/.

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Ambroise, Gorbatchev. "Caractérisation de nouvelles voies régulant l’expression et l’activité des protéines Mcl-1 et PUMA." Thesis, Université Paris-Saclay (ComUE), 2015. http://www.theses.fr/2015SACLS079/document.

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Abstract:

Le cancer est un problème majeur de santé public, tuant chaque année plusieurs millions de personnes. L’inhibition de la mort cellulaire programmée, l’apoptose, est considérée comme l’un des paramètres principaux impliqués dans son initiation et son développement. La régulation de la voie intrinsèque (mitochondriale) de l’apoptose est régulée par la famille Bcl-2. Jusqu’à maintenant, on pensait que la protéine PUMA, une protéine pro-apoptotique, était principalement exprimée au niveau mitochondrial. Nous avons montré qu’à l’état basal, PUMA était exprimé au niveau du cytosol des lymphocytes B humains. Cependant, suite à un signal apoptotique, PUMA est capable de transloquer du cytosol à la mitochondrie, de façon indépendante des caspases mais dépendante de l’activation de la MAPKinase p38, permettant ainsi son interaction avec les protéines anti-apoptotiques Bcl-2 et Mcl-1 dont l’inhibition conduit à l’apoptose. Les protéines anti-apoptotiques, Mcl-1 notamment, sont souvent surexprimées dans les tumeurs. Mcl-1 est une protéine à courte demi-vie, rapidement dégradée par le protéasome. Cette dégradation dépend de son ubiquitination réalisée par des E3 ligases (E3). Quelques E3 et une déubiquitinase (DUB), hydrolysant les chaînes d’ubiquitine, régulant l’expression de Mcl-1 ont été décrites. Cependant, ces protéines sont soit très peu exprimées, soit leur inhibition n’a pas d’impact sur l’expression de Mcl-1 dans notre modèle. Nous avons donc entrepris de caractériser de nouvelles E3 et DUB régulant l’ubiquitination de Mcl-1. Après une immunoprécipitation de Mcl-1 dans nos cellules, suivie d’une analyse par spectrométrie de masse, nous avons identifié la DUB USP14. Lorsque son expression est diminuée, l’expression et la stabilité de Mcl-1 augmentent de façon sélective. Nos résultats pourraient contribuer à une approche à double-tranchant dans le traitement du cancer, en retirant les freins à l’apoptose via une diminution de l’expression de Mcl-1 d’une part et en l’activant via PUMA de l’autre
Cancer is a major public health issue, killing millions of people worldwide each year. The inhibition of apoptosis, a programmed cell death, in its onset and development has been well documented, making it one of the hallmarks of cancer. The regulation of the intrinsic (mitochondrial) pathway of apoptosis is regulated by the Bcl-2 (B cell lymphoma-2) family. Up until now, PUMA, a pro-apoptotic protein, was thought to be mainly expressed at the mitochondria, based on experiments where it had been overexpressed. We showed that endogenous PUMA is mainly expressed in the cytosol of activated or resting B cells. However, upon apoptotic stress, PUMA was able to translocate from the cytosol to the mitochondria, in a caspase-independent but p38-dependent manner, allowing PUMA to bind and inhibit the anti-apoptotic proteins Bcl-2 and Mcl-1, and thereby leading to cell death. The anti-apoptotic proteins, especially Mcl-1, are often overexpressed in tumors. Mcl-1 is a protein with a short half-life, degraded rapidly by the proteasome. This degradation is ubiquitin-dependent, requiring E3 ligases (E3). A handful of E3s and one deubiquitinase (DUB), that hydrolyses the ubiquitin chains, have been reported to regulate Mcl-1 expression. However, they were either very poorly expressed or their inhibition had no impact on Mcl-1 expression in our model. We thus undertook to characterize new E3s and DUBs mediating Mcl-1 ubiquitination. After an immunoprecipitation of Mcl-1 in our cells, followed by a mass spectrometry analysis, we identified the DUB USP14. When knockdown, Mcl-1 expression was selectively increased and its stability enhanced. Our results could help build “double-edge” therapies, removing the breaks on apoptosis on one hand via Mcl-1 downregulation while activating it on the other via PUMA translocation

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Gonzalo, Philippe. "Contributions à l'étude de l'élongation au cours de la synthèse protéique chez les mammifères : interactions entre le facteur EF-2 et les protéines P0, P1 et P2 du ribosome : fixation de l'ATP sur EF-2 : phosphorylation de P2 par la GRK2." Lyon 1, 2000. http://www.theses.fr/2000LYO10199.

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Abstract:

Le ribosome est l'élément central de la machinerie de la traduction des ARN messagers en protéines. Divers facteurs solubles se succèdent sur le ribosome et leur intervention est régulée grâce à la fixation et à l'hydrolyse du GTP. Pour cela, ces facteurs interagissent tous avec le "centre GTPase" du ribosome,une région de la grande sous unité à laquelle s'associe la "tige latérale flexible" formée des protéines acide P0, P1 et P2. Lors de nos travaux antérieurs, les protéines P1 et P2 recombinantes ont été produites et la nécessité de la phosphorylation de P2 pour l'activité biologique du ribosome a été prouvée. Par ailleurs, une étude de l'interaction des protéines P1 et P2 sous forme soluble avec le facteur d'élongation eEF-2 a déjà été conduite. Cependant, physiologiquement, P1 et P2 sont ancrées sur le ribosome par la protéine P0. Ici sont exposés le clonage de P0, sa surproduction, sa purification, sa renaturation et une méthode permettant de former et d'étudier des complexes avec P1, P2 et eEF-2. Un modèles de l'interaction de tous ces constituants est proposé à partir des résultats obtenus. Par ailleurs, une kinase, la GRK2, capable de phosphoryler P2 dans des conditions physiologiques et d'activer les particules ribosomiques, est mise en évidence. Au-delà de sa portée sur la traduction, cette découverte suggère l'existence d'une nouvelle voie d'activation cellulaire après stimulation de récepteurs membranaires couplés à des protéines G. Enfin la fixation de l'ATP et de l'ADP à eEF-2 mise en évidence antérieurement est confirmée et l'existence pour ces nucléotides d'un site distinct de celui du GTP et du GDP est prouvée. Une étude de la séquence primaire de eEF-2 permet de proposer une localisation pour ce site.

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Bucurgat, Mahmut. "Study Of One Dimensional Position Dependent Effective Mass Problem In Some Quantum Mechanical Systems." Phd thesis, METU, 2008. http://etd.lib.metu.edu.tr/upload/2/12609405/index.pdf.

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Abstract:

The one dimensional position dependent effective mass problem is studied by solving the Schrö
dinger equation for some well known potentials, such as the deformed Hulthen, the Mie, the Kratzer, the pseudoharmonic, and the Morse potentials. Nikiforov-Uvarov method is used in the calculations to get energy eigenvalues and the corresponding wave functions exactly. By introducing a free parameter in the transformation of the wave function, the position dependent effective mass problem is reduced to the solution of the Schrö
dinger equation for the constant mass case. At the same time, the deformed Hulthen potential is solved for the position dependent effective mass case by applying the method directly. The Morse potential is also solved for a mass distribution function, such that the solution can be reduced to the constant mass case.

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Cagatay, Kartal. "Modeling, Identification And Real Time Position Control Of A Two-axis Gimballed Mirror System." Master's thesis, METU, 2010. http://etd.lib.metu.edu.tr/upload/2/12611668/index.pdf.

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Abstract:

This work focuses on modeling, parameter estimation, and real-time position control of a two axis Gimbaled Mirror System (GMS) which is designed and manufactured to move an IR spot generated by an Infra Red Scene Generator System (IRSGS) in two orthogonal axes (elevation and azimuth) within the IR scene which is also generated by the IRSGS. Mathematical models of the GMS, the control system, and the disturbance torque originated from the movements of Flight Motion Simulator (FMS), on which the IRSGS will be mounted, are constructed using MATLAB®
/Simulink®
and MATLAB/Simulink/SimMechanics®
. Parameter estimations of the GMS and control system elements are achieved using MATLAB/Simulink Parameter Estimation Tool®
. The controller tuning is performed using the developed mathematical models in MATLAB/Simulink environment. Optimized digital PID controllers are implemented in the real-time control system. Performances of the controllers for both GMS axes are evaluated by both real system tests and simulation runs
and the results of these runs are compared. Controller performances under the effect of disturbances are analyzed by using the mathematical models developed in the MATLAB/ Simulink environment.

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Lévesque, Dominique. "Caractérisation fonctionnelle des protéines de transition de la spermiogenèse." Thesis, National Library of Canada = Bibliothèque nationale du Canada, 1998. http://www.collectionscanada.ca/obj/s4/f2/dsk1/tape10/PQDD_0006/MQ40604.pdf.

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Tomoiu, Andru. "Caractérisation fonctionnelle de la protéine précoce-immédiate 2 de l'herpèsvirus humain 6." Thesis, Université Laval, 2007. http://www.theses.ulaval.ca/2007/24149/24149.pdf.

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Abstract:

L’herpèsvirus humain 6 (HHV-6) est un pathogène opportuniste dont l’infection et/ou la réactivation sont associées avec des maladies telles la roséole, des désordres du système nerveux central, et des complications suite à la transplantation d’organes. Le séquençage du génome viral a révélé l’existence de deux types de HHV-6 (A et B), se distinguant par des séquences dissemblables dans des régions spécifiques et des propriétés biologiques différentes. Nos travaux portent sur la caractérisation de la protéine précoce-immédiate (IE) 2 de HHV-6A. Son expression précoce suite à l’infection et sa capacité de transactivation suggèrent qu’elle représente une protéine clé dans l’établissement d’une infection productive, grâce à son contrôle de la cascade d’expression des gènes viraux. De plus, le transcrit codant pour IE2 se situe dans la région la plus variable entre HHV-6A et -6B, suggérant que la biologie de cette protéine pourrait contribuer à expliquer les différences cliniques entre les deux types viraux. Afin de déterminer les protéines cellulaires recrutées par IE2 durant l’établissement de l’infection, nous avons criblé une librairie de cellules T à la recherche de partenaires d’interaction. Nous avons isolé la protéine Ubc9, enzyme jouant un rôle dans la voie de conjugaison de SUMO. Cette interaction a une importance fonctionnelle pour IE2, puisqu’Ubc9 réprime significativement l’activation de promoteurs par la protéine virale. Les domaines essentiels à la fonctionnalité d’IE2 n’avaient jamais été caractérisés. Nous avons démontré que les domaines N- et C-terminaux sont tous deux requis pour une transactivation optimale, et que la délétion de la queue C-terminale d’IE2 modifie significativement la transactivation et la localisation intranucléaire de la protéine. Nous avons également établi que la région R3 du promoteur précoce-immédiat de HHV-6A est positivement régulée par IE2. Globalement, ces travaux nous procurent une vision plus précise du rôle de la protéine IE2 dans l’initiation de l’infection par HHV-6.
Human herpesvirus 6 (HHV-6) is an opportunistic pathogen whose infection or reactivation are associated with diseases such as roseola, central nervous system disorders and organ transplant anomalies. Sequencing of the viral genome has exposed the existence of two HHV-6 variants (A and B), with diverging sequences in specific regions, and different biological characteristics. Our work focused on the characterization of HHV-6A immediate-early IE2 protein. Its prompt expression following infection and its transactivating ability suggest that IE2 constitutes a key protein for the establishment of a productive infection, owing to its control over the viral gene expression cascade. Moreover, the IE2 coding transcript is located in the most variable region between HHV-6A and -6B, suggesting that the biology of this protein could help explain the clinical differences between the two viral variants. In order to identify cellular proteins recruited by IE2 during the establishment of infection, we have screened a T-cell library for interaction partners. We have isolated Ubiquitin conjugating enzyme 9 (Ubc9), a protein involved in the small ubiquitin-related modifier (SUMO) conjugation pathway. This interaction has a functional relevance for IE2, with Ubc9 significantly repressing promoter activation by the viral protein. Protein domains essential for IE2 function had never been characterized. We have determined that the N- and C-terminal domains are both required for optimal transactivation, and that the deletion of the C-terminal tail of IE2 significantly alters transactivation and the intranuclear localization of the protein. Moreover, we have determined that the R3 domain of the immediate-early HHV-6A promoter represents an IE2 responsive element. Overall, this work provides a more precise image of the role of IE2 during the initiation of HHV-6 infection and a better comprehension of the biology of this complex virus.

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Uzan, Catherine. "Expression des métalloprotéinases et de leurs inhibiteurs, de la protéine c-kit, des protéines de l’apoptose et des protéines HER1 et 2 dans l’endométriose." Paris 6, 2008. http://www.theses.fr/2008PA066096.

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Abstract:

Introduction : L’endométriose est définie par la présence, hors de l’utérus, de tissu endométrial constitué de glandes et de chorion cytogène. Les métalloproteinases matricielles (MMPs) et leurs inhibiteurs endogènes (TIMPs), les protéines de l’apoptose, le récepteur c-kit et des protéines de la famille à récepteurs à l’EGF ont un rôle dans la progression tumorale mais leur rôle dans l’endométriose a été peu ou pas étudié. Matériel et méthodes : L’objectif de ces travaux était d’étudier en immunohistochimie l’expression de MMP-2, MMP-3, MMP-11, TIMP-1, TIMP-2, c-kit, des protéines de l’apoptose, HER1 et HER2 dans l’endomètre de patients atteintes ou non d’endométriose et dans les lésions d’endométriose péritonéale, ovarienne et colo-rectale. HER2 a de plus été étudié par FISH dans les lésions d’endométriose rectale et dans des prélèvements de carcinome endométrioïde de l’ovaire. De plus, des techniques de microdissection et de CGH (Hybridation Génomique Comparative) ont été effectuées pour rechercher des anomalies cytogénétiques dans les lésions d’endométriose. Résultats : Dans l’endomètre des patientes atteintes d’endométriose, comparé à l’endomètre de patientes non endométriosiques, une diminution de l’expression de MMP-2 et une perte complète de l’expression de MMP-3 ont été observées. L’expression de MMP-2, -3, -11, TIMP-1 et –2 était la même dans l’endomètre de patientes endométriosiques et dans les lésions d’endométriose péritonéale. L’expression de MMP-2, -3 et –11 était plus élevée dans les lésions colo-rectales que dans les lésions ovariennes et péritonéales. Inversement, l’expression de TIMP-2 était plus faible dans les lésions colo-rectales et ovariennes que dans les lésions péritonéales. L’expression de p53 et p21 était plus importante dans les endométriomes que dans l’endométriose péritonéale et l’endométriose colorectale. L’expression de bcl-2 était plus faible dans les endométriomes que dans l’endométriose péritonéale et l’endométriose colorectale. L'expression de c-kit était plus élevée dans les lésions colo-rectales que dans les lésions péritonéales et ovariennes. Il n’a pas été retrouvé d’expression d’HER1 et 2 dans les différentes lésions d’endométriose et il n’y avait pas de surexpression d’HER2 dans les lésions d’endométriose colorectales et dans les carcinomes endométrioïdes de l’ovaire. Conclusions : Ces résultats suggèrent une possible implication de MMP-2, –3 et TIMP-2, du c-kit et des protéines de l’apoptose dans la pathogénie de l’endométriose

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Smith, Brendan. "Life course socioeconomic position and type 2 diabetes: the experience of the Framingham Offspring Study." Thesis, McGill University, 2009. http://digitool.Library.McGill.CA:80/R/?func=dbin-jump-full&object_id=66947.

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Abstract:

The global prevalence of diabetes has achieved epidemic proportions and is expected to continue to climb. Approximately 90-95% of diabetes cases are type 2 diabetes, a disease that disproportionally affects disadvantaged populations. To assess the associations of timing and duration of socioeconomic position (SEP) across the life course on incidence of type 2 diabetes, we conducted a prospective analysis of 1,895 participants from the Framingham Offspring Study. We used three life course epidemiology frameworks to conceptualize SEP: accumulation of risk, sensitive periods and social mobility. We found that cumulative exposure to low SEP across the life course increased risk for developing type 2 diabetes in women and not men. In addition, adulthood may be a sensitive period where if exposed to low SEP (education and/or occupation), women have increased risk for developing type 2 diabetes.
La prévalence du diabète à l'échelle planétaire atteint maintenant des proportions épidémiques. Environ 90-95% des cas de diabète sont de type 2 et cette maladie affecte de manière disproportionnée les populations défavorisées. Afin d'examiner l'association de facteurs biographiques reliés à la position socio-économique (PSE) et l'incidence du diabète de type 2, une étude prospective portant sur 1,895 participants de la 'Framingham Offspring Study' a été menée. Trois cadres conceptuels épidémiologiques ont été utilisés pour abstraire la PSE : l'accumulation du risque, les périodes critiques et la mobilité sociale. Les résultats démontrent que l'exposition cumulée à une basse PSE accroît le risque de développer un diabète de type 2 chez la femme mais non chez l'homme. De plus, l'âge adulte est une période critique chez la femme durant laquelle l'exposition a une basse PSE (éducation et/ou occupation) augmente le risque de développer un diabète de type 2.

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Morpeth, Alan George. "The synthesis and structural characterisation of isatogens substituted in the 2-position by nitrogen heterocycles." Thesis, University of Sunderland, 1989. http://ethos.bl.uk/OrderDetails.do?uin=uk.bl.ethos.328897.

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Carlier, Patrick. "Synthèse de piperidines et de perhydroazépines fonctionnalisées en position 2 et 3 leur application thérapeutique /." Grenoble 2 : ANRT, 1987. http://catalogue.bnf.fr/ark:/12148/cb376036222.

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Poulin, Lucie. "Étude de la relation structure-fonction de la protéine BI-1 chez Saccharomyces cerevisiae." Thesis, Université Laval, 2005. http://www.theses.ulaval.ca/2005/23101/23101.pdf.

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Abstract:

La mort cellulaire programmée est un processus par lequel les cellules participent activement à leur propre mort. Ce mécanisme est très important au niveau du développement et de la survie de tous les organismes et est régulé par une panoplie de protéines. Parmi les protéines régulatrices figurent la protéine «Bax Inhibitor-1» que l’on retrouve autant chez les cellules animales que végétales. Cette protéine est surtout connue et identifiée par son effet inhibiteur de l’action de la protéine Bax, protéine principalement retrouvée dans les cellules animales qui, lorsque surexprimée, active la mort cellulaire. L’analyse des séquences d’acides aminés de BI-1 provenant de cinq différentes espèces de plantes suggère l’existence de sept domaines transmembranaires avec la présence de résidus chargés dans certains domaines ce qui laisse supposer des interactions avec d’autres molécules. D’un autre côté, le haut niveau de conservation de l’extrémité C-terminale à travers l’évolution dénote son importance fonctionnelle potentielle. Suite à ces constatations, l’étude de la relation entre la structure et la fonction de la protéine BI-1 a été entreprise afin d’identifier des sites potentiellement importants dans la séquence de la protéine BI-1 qui lui permet de contrer l’action de Bax. Nous avons démontré, par délétion graduelle de l’extrémité C-terminale, que cette région est importante pour la fonction de BI-1. Cette extrémité délètée, d’aussi peu que quatre acides aminés, modifie la fonction de la protéine et une délétion de onze acides aminés abolit complètement son effet cytoprotecteur. Nous avons aussi établi, par mutagenèse dirigée, que deux acides aminés chargés sur quatre dans le septième domaine transmembranaire sont importants pour la fonction de BI-1. Finalement, nous avons proposé, suite à l’étude par mutagenèse aléatoire, l’importance possible du cinquième domaine transmembranaire dans la fonction de la protéine BI-1. Nous pouvons donc conclure que la capacité de BI-1 à inhiber l’effet létal de Bax dépend de sa structure.

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Bretou, Marine. "Regulation of the dynamics of the fusion pore : importance of the SNARE protein synaptobrevin 2 and of the Rho GTPase Cdc42." Paris 7, 2010. http://www.theses.fr/2010PA077157.

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Abstract:

L'exocytose nécessite la formation d'un pore de fusion. Le pore initial est étroit ; seules de petites molécules sont libérées. Quand le pore s'élargit les macromolécules sont libérées. J'ai étudié le rôle de deux protéines sur la dilatation du pore: la protéine SNARE synaptobrévine 2 (Syb2), et la Rhô GTPase Cdc42. L'assemblage des SNAREs fournirait l'énergie nécessaire à la fusion. L'insertion d'un espacer dans le domaine juxtamembranaire de Syb2 ne modifie pas la fréquence des événements d'exocytose détectés par ampérométrie à 1|jM [Ca2+], mais empêche l'apparition d'une composante de sécrétion à de plus fortes [Ca2+]. Les événements peuvent être classés en deux groupes, liés à la vitesse et au degré de dilatation des pores; l'allongement de Syb2 réduit la population de pics rapides, mais n'affecte pas celle des pics lents. Les événements lents seraient dus à un assemblage partiel des SNAREs, alors que ceux dits rapides résulteraient d'un assemblage plus serré, assurant ainsi une dilatation rapide du pore. Cdc42 contrôle la dynamique de l'actine. Diminuer son expression dans les cellules BON réduit le nombre de granules fusionnant complètement avec la membrane, mais n'affecte pas leur recrutement et leur liaison à la membrane. Réduire l'expression de Cdc42 diminue le nombre de hauts pics dus à une dilatation rapide et complète des pores, et augmente le nombre de pieds seuls, dus à des pores ne s'élargissant pas. L'augmentation de tension de la membrane corrige les effets dus à l'absence de Cdc42 ; sa diminution par dépolymérisation de l'actine imite les effets obtenus en son absence. Cdc42 contrôlerait la dilatation du pore en modulant la tension de membrane
Exocytosis ends with the formation of a fusion pore. The initial pore is narrow, only small molecules flow through it. The pore then enlarges, releasing larger secretory products. I studied the role of two proteins on the dilation of the pore: the SNARE protein synaptobrevin 2 (Syb2), and the Rho GTPase Cdc42. Zippering of SNAREs in opposed membranes might give energy to catalyze fusion. Inserting a linker between the SNARE core and the transmembrane domain of Syb2 did not modify the frequency of exocytotic events detected by amperometry at 1|jM free [Ca2+] but prevented the occurrence of an extra component of release at higher [Ca2+]. Analysis of these events led to their classification into two groups, due to the rate and extent of dilation of the pore; lengthening Syb2 reduced the population of fast spikes, leaving the slow one unchanged. Slow fusion events might be due to a partial zippering of the SNAREpin while fast fusion events require a tight one, i. E. A short intermembrane distance to assure rapid dilation of the pore. Cdc42 controls actin dynamics. TIRFM experiments showed that its silencing in BON cells reduced the number of granules undergoing full fusion, with little effect on their recruitment and docking at the membrane. Using amperometry, we showed that this silencing reduced the number of high spikes due to fast and complete dilation of the pore, and increased stand-alone foot signals reflecting pores failing to enlarge. Increasing membrane tension rescued the effects of silencing while decreasing it through actin depolymerization mimicked Cdc42 silencing. Cdc42 might control fusion pore dilation by modulating membrane tension

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Estève, Marie-Anne. "Mécanismes de résistance à la vinflunine : implication des protéines Bcl-2, tubuline et P-gp." Aix-Marseille 2, 2007. http://www.theses.fr/2007AIX22955.

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Abstract:

Les agents anti-microtubules constituent une classe de médicaments largement utilisée en pratique clinique oncologique. Parmi eux, les Taxanes et les Vinca-alcaloïdes sont capables d'inhiber la prolifération des cellules tumorales en ciblant le système tubuline/microtubules. Malgré leur effet opposé sur le réseau microtubulaire (respectivement stabilisants et dépolymérisants), les différents agents de cette classe ont en commun la faculté d'inhiber la dynamique des microtubules, de provoquer un arrêt du cycle cellulaire et d'induire divers signaux responsables de l'exécution du programme apoptotique. Cette classe thérapeutique s'accroît sans cesse au fil des années. En particulier, la Vinflunine, Vinca-alcaloïde en essais cliniques de phase III, rejoindra très certainement l'arsenal thérapeutique des oncologues dans les mois à venir. Cependant, les phénomènes de résistance sont un des obstacles majeurs à l'efficacité des agents anti-microtubules. Aussi, au cours de ce travail, nous nous sommes dans un premier temps intéressés aux différents facteurs capables de provoquer la résistance des cellules cancéreuses à la Vinflunine. Nous avons ainsi pu mettre en évidence l'implication de la P-glycoprotéine, de la composition en sous-types de tubuline et de la sous-expression de la protéine Bcl-2 dans la résistance de cellules de cancer ovarien humain à la Vinflunine. Dans un second temps, nous nous sommes intéressés à l'interaction directe entre la tubuline et la protéine Bcl-2, l'association de ces deux protéines étant une cible potentielle des agents anti-microtubules au niveau mitochondrial. Enfin, nous avons cherché à identifier les différents transporteurs impliqués dans la pharmacocinétique de la Vinflunine et de son métabolite actif, la 4-O-déacétyl-vinflunine
Microtubule-Targeting Agents (MTAs) constitute a class of drugs largely used in cancer therapy. Among them, Taxanes and Vinca-alkaloids are known to inhibit cancer cell proliferation by disturbing the tubulin/microtubule system. Even though they have opposed effects on microtubule network (stabilizing and depolymerizing molecules), the different agents of this class commonly inhibit microtubule dynamics, induce cell cycle arrest and trigger signaling cascades leading to apoptosis execution. Among years, novel molecules allow the class to grow. Thus, Vinflunine, Vinca-alkaloid in phase III clinical trials, will probably join the therapeutic arsenal of oncologists in the next months. However, resistance phenomenons are a major obstacle to the efficacy of these agents. In this work, we first studied the different factors responsible for the resistance of tumor cells to Vinflunine. We showed the involvement of P-glycoprotein, composition in tubulin subtypes and down-regulation of Bcl-2 protein in resistance of human ovarian cancer cells to Vinflunine. Second, we focused on direct interaction between tubulin and Bcl-2 protein, as their association is a potential target for MTAs on mitochondria. Third, we tried to identify the transporters involved in pharmacokinetic of Vinflunine and its active metabolite 4-O-déacétyl-vinflunine

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Rech, de Laval Valentine. "Analyse bioinformatique des protéines BCL-2 et développement de la base de connaissance dédiée, BCL2DB." Thesis, Lyon 1, 2013. http://www.theses.fr/2013LYO10273/document.

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Abstract:

Les protéines BCL-2 jouent un rôle essentiel dans la décision de vie ou de mort des cellules. Elles contrôlent l'induction de l'apoptose (mort cellulaire programmée) par la voie mitochondriale via des fonctions opposées de régulateurs anti- et pro-apoptotiques. Les protéines contenant un ou plusieurs domaines dits d'homologie à Bcl-2 (BHl- 4) sont systématiquement classées dans cette famille. Grâce à une analyse bioinformatique et phylogénétique, nous avons revisité les différents critères d'inclusion dans le groupe de protéines BCL-2 et proposé une nouvelle classification tenant compte des données structurales et évolutives. Cette nouvelle nomenclature distingue : un premier groupe de protéines homologues (dérivant d'un ancêtre commun), partageant une structure 3D semblable à celle de Bcl-2 et pouvant ne posséder aucun motif BH, et un conglomérat, en pleine expansion, regroupant des protéines sans lien phylogénétique apparent et partageant une courte région de similarité de séquence correspondant au motif BH3. Sur la base de ces résultats, nous avons construit un processus, basé sur des profils HMM, pour identifier les protéines appartenant au groupe de protéines BCL-2. Notre processus automatisé est utilisé pour i) récupérer les séquences nucléotidiques et protéiques mensuellement ii) les annoter et iii) les intégrer dans la base de connaissances BCL2DB (« The BCL-2 Database »). Celle-ci est accessible via une interface Web (http://bcl2db.ibcp.fr) qui permet aux chercheurs d'extraire des données et d'effectuer des analyses de séquence
BCL-2 proteins play an essential role in the decision of life or death of animal cells. They control the induction of apoptosis (programmed cell death) in the mitochondrial pathway via regulators having opposite functions: anti- or pro-apoptotic. Proteins containing one or more Bcl-2 homology domains (BHl-4) are systematically classified in this family. Through bioinformatics and phylogenetic analysis, we revisited the different criteria for protein inclusion in the BCL-2 group and proposed a new classification taking into account structural and evolutionary data. This new nomenclature distinguishes a first group of homologous proteins (derived from a common ancestor), sharing a similar 3D structural fold with Bcl-2 and often (but not necessarily) having one or more BH motifs, and a fast expanding conglomerate of proteins without apparent phylogenetic relationships and sharing only a short region of sequence similarity corresponding to the BH3 motif. Based on these results, we built a process based on profiles HMM to identify proteins belonging to the BCL-2 protein group. Our automated process i) recovers on a monthly basis the nucleotide and protein sequences ii) annotates them and iii) integrates this information into BCL2DB ("The BCL-2 Database"). This resource can be accessed via a web interface (http://bcl2db.ibcp.fr) which allows researchers to extract data and perform sequence analysis

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Abou, samra Alma. "Conception, synthèse et évaluation biologique d’inhibiteurs des protéines anti-apoptotiques de la famille Bcl-2." Thesis, Université Paris-Saclay (ComUE), 2017. http://www.theses.fr/2017SACLS390/document.

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Abstract:

La mitochondrie joue un rôle capital dans la mort cellulaire programmée ou apoptose par l’intermédiaire des protéines de la famille Bcl-2. Le dérèglement de l'apoptose dans de nombreux cancers fait de cette voie et des protéines de la famille Bcl-2 des cibles prometteuses pour la thérapie anti-cancéreuse. Le développement de petites molécules ciblant les protéines de la famille Bcl-2 s’est toutefois révélé être un grand défi, et peu d’entre elles ont atteint des études de phase clinique. Cependant, depuis une quinzaine d’années, grâce à des approches variées et souvent innovantes, des composés très actifs ont été développés. Plusieurs composés sont actuellement en essais clinique et une molécule, le venetoclax, a obtenu la première autorisation de mise sur le marché en avril 2016. Ce succès thérapeutique démontre que les protéines de la famille de Bcl-2 sont des cibles potentielles pour la thérapie anticancéreuse.Les substances naturelles sont une source importante de nouvelles molécules à structures originales, et de nombreux médicaments utilisés actuellement en chimiothérapie sont d’origine naturelle. La meiogynine A est un triterpène dimère qui a été isolé et synthétisé dans notre équipe. Ce composé possède une activité inhibitrice duale des protéines anti-apoptotiques Bcl-xL et Mcl-1. Des analogues de première et deuxième génération ont été élaborés par la suite, parmi lesquels, certains présentent une activité duale sub-micromolaire. Contrairement aux analogues de première génération, ces composés ne sont cependant pas cytotoxiques, probablement en raison de la présence d’une fonction ester sur la chaine latérale qui peut s’hydrolyser en un métabolite inactif.Mon projet de thèse vise à élaborer des analogues de troisième génération de la meiogynine A possédant une activité inhibitrice multiple sub-micromolaire des protéines anti-apoptotiques Bcl-xL, Mcl-1, Bcl-2 et cytotoxiques sur des lignées cellulaires surexprimant ces mêmes protéines. Pour cela, un essai biologique de mesure d’inhibition de l’interaction Bcl-2/Bim a été mis en place et robotisé afin d’évaluer l’activité biologique des composés synthétisés. De plus, la voie de synthèse bioinspirée d’un précurseur commun des nouveaux analogues a été mise au point à l’échelle de plusieurs grammes. Ce précurseur a permis d’élaborer différents analogues de troisième génération de la meiogynine A en réalisant des pharmacomodulations sur la chaîne latérale afin de remplacer la fonction ester des analogues de deuxième génération par un groupement stable et résistant in cellulo. Différentes séries ont été envisagées (alcènes, amines, amides, carbamates et triazoles). L’activité biologique des composés synthétisés a été évaluée sur les trois cibles in vitro. Finalement, des analyses de cytotoxicité pour les analogues les plus actifs ont été réalisées par nos collaborateurs à l’Institut Gustave Roussy
Apoptosis is used by multicellular organisms to regulate tissue homeostasis through the elimination of useless or potentially harmful cells. The key players of apoptosis are caspases, a family of proteases whose activation is induced by two major signalling pathways. One of these pathways (the intrinsic pathway) is regulated by the Bcl-2 family of proteins. In recent years, numerous studies have shown that overexpression of the antiapoptotic Bcl-2, Bcl-xL or Mcl-1 proteins is involved in the development of many kinds of cancers or confers resistance to apoptosis induced by standard anticancer therapies. Consequently, targeting this family of proteins is a highly promising strategy for tumour treatment.The feasibility of disrupting protein-protein interactions between anti- and pro-apoptotic members of the Bcl-2 family, using small-molecule inhibitors has been successfully established, and venetoclax was the first to obtain the FDA authorisation in April 2016 as an inhibitor of anti-apoptotic proteins of Bcl-2.Natural products are still playing a significant role in drug discovery and development process. Thus, from the 1940’s to date, 75% of the 175 small molecules used in cancer therapy, are either natural products or derivatives of natural compounds. Screening of plant extracts, marine organisms or microorganisms can provide highly original and functionalized bioactive molecules that are unlikely obtained by screening synthetic libraries. In fact, structural complexity is often a criterion of specificity for biological target.Meiogynin A is an original molecule isolated from a Malaysian Annonaceae and synthesized in our team in 2009. It exhibited a promising inhibitory activity of Bcl-2, Bcl-xL and Mcl-1, three anti-apoptotic proteins of Bcl-2 family whose overexpression is correlated with many cancers. 1st- and 2nd-generation analogs were further elaborated. Despite their remarkable affinity towards target proteins, 2nd-generation analogs lacked cytotoxicity, probably due to the presence of an ester linker that could undergo competitive hydrolysis in cellulo, leading to an inactive metabolite.We aim to develop 3rd-generation analogues of meiogynine A exhibiting high affinity towards multiple anti-apoptotic members of Bcl-2 family as well as cytotoxicity on cancer cells that overexpress these proteins. For this, a new fluorescence polarization inhibition test for Bcl-2/Bim interaction has been implemented, and meiogynine A and its analogues have been tested against the new interaction. In addition to Bcl-xL/Bak and Mcl-1/Bid interaction inhibition, these molecules showed an ability to inhibit Bcl-2/Bim interaction. Thus, they are considered multiple inhibitors.3rd-generation analogues of meiogynine A were obtained by pharmacomodulation of a common precursor that was synthesized on a gram-scale through a bioinspired Diels-Alder reaction. Several functional groups that have better stability in vivo than the ester group were anticipated, such as the amines, amides, carbamates and triazoles. Biological activity of the synthesized analogues was evaluated, and those presenting the best inhibitory profile were evaluated in cellulo by our collaborators in the Institut Gustave Roussy

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Caignard, Grégory. "Cartographie des intéractions entre protéines virales codées par le gène P des Paramyxoviridae et protéines cellulaires." Paris 7, 2010. http://www.theses.fr/2010PA077020.

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Abstract:

La famille des Paramyxoviridae comprend plusieurs virus pathogènes pour l'homme, certains connus depuis longtemps comme le virus de la rougeole (MV), le virus des oreillons (MuV) ou le virus parainfluenza de type 3 (hPIV3), et d'autres identifiés plus récemment comme le virus Nipah (NiV). Dans le cadre d'un programme de cartographie des interactions virus-hôte, mon projet de thèse vise à identifier les cibles cellulaires des protéines codées par le gène P de ces quatre virus ainsi que du virus Tioman (TioV) dont le seul hôte connu à ce jour est la chauve-souris frugivore. J'ai ainsi réalisé 44 cribles double-hybride et identifié une centaine d'interactions virus-hôte nouvelles. L'analyse de ces interactions montre clairement un enrichissement pour des facteurs de transduction du signal, notamment des protéines impliquées dans la réponse immunitaire. L'identification de STAT1, STAT2 et Jakl, comme partenaires cellulaires de la protéine V du virus de la rougeole nous a permis d'expliquer l'inhibition de la réponse interféron de type I par cette protéine virale. Par ailleurs, nous avons démontré que la protéine V du virus Tioman n'est pas capable de bloquer efficacement le signal IFN-cc/|3 dans des cellules humaines, probablement à cause d'un défaut d'interaction avec STAT2. Une autre étude nous a permis de mettre en évidence l'activité duale portée par la protéine C du virus hPIV3 sur le signal IFN-ct/|3 et la voie MAPK/ERK. La potentialisation de la voie MAPK/ERK en réponse aux facteurs de croissance comme l'EGF par C-hPIV3 pourrait expliquer Phyper-inflammation de Pépithélium respiratoire observée dans le cas d'une infection par ce virus
Viruses belonging to Paramyxoviridae family are important human pathogens. Some, such as measles virus (MV), mumps virus (MuV) and human parainfluenza virus type 3 (hPIV3), have been known for a long time. Others, such as Nipah virus (NiV), have been recently identified. As part of a large-scale mapping project of virus-host protein interactions, the goal of my thesis is to identify interactions between viral proteins encoded by the P gene of these four paramyxoviruses and cellular proteins. Tioman virus (TioV), whose natural host is the flying fox, was also included in this project. Therefore, 44 yeast two-hybrid screens were performed and hundreds of new virus-host interactions were identified. The global analysis of these interactions has uncovered many signal transduction factors, in particular proteins involved in immune response. The identification of STAT1, STAT2 and Jakl as interactors of MV-V protein allowed us to explain type IIFN signaling inhibition by this viral protein. Futhermore, we demonstrated that TioV-V protein was unable to block efficiently type I IFN signaling in human cells probably because of its inability to interact with STAT2. Finally, we have shown that hPIV3 C protein both increases MAPK/ERK signaling in response to EGF and inhibits type I IFN signaling. These data suggest that an excessive activation of MAPK/ERK pathway by hPIV3-C contributes to the severe airway inflammation associated with hPIV3 infections

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Marcouiller, François. "L'impact du diabète de type 2 sur la phosphorylation de tau in vivo." Thesis, Université Laval, 2011. http://www.theses.ulaval.ca/2011/28358/28358.pdf.

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Bouche, Cyril. "Etude de la fonction d'une protéine à doigts de zinc : la basonucline 2." Paris 6, 2011. http://www.theses.fr/2011PA066234.

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Abstract:

La basonucline 2 (bnc2) est une protéine à doigts de zinc récemment découverte au laboratoire d’accueil. Son paralogue, la basonucline 1 (bnc1), est associé au potentiel prolifératif des kératinocytes basaux. Les deux basonuclines partagent la même structure générale (NLS, doigts de zinc, région riche en sérine), suggérant une origine évolutive commune. Bnc2 colocalise avec SC35, un marqueur des speckles nucléaires, ce qui suggère fortement une fonction dans le mécanisme de maturation des ARNm. De plus, l’extrême stabilité évolutive de la basonucline 2 suggère que cette protéine possède une importante fonction. Afin d’identifier cette fonction, nous avons généré des souris transgéniques dont le gène de la basonucline 2 a été invalidé par trappe génique. Les nouveau-nés mutants ont des anomalies des crânio-faciales ainsi qu’une fente palatine responsable de leur décès dans les 24h post natal. Chez les embryons tardifs, une diminution importante du taux de prolifération des cellules mésenchymateuses est visible signifiant que bnc2 est essentielle pour la multiplication du mésenchyme crânio-facial durant l’embryogénèse. La protéine bnc2 est présente dans divers tissus tels que le tractus intestinal, le périchondrium, les follicules pilleux, le périneurium et les gonades, le développement de ces dernières étant fortement affecté par l’absence de bnc2. Nous avons confirmé que les doigts de zinc des basonuclines et des protéines disco et disco-r de drosophile possèdent des séquences similaires ce suggère que ce sont les orthologues. L’invalidation de bnc2 a également démontré que la basonucline 2 partage avec disco une fonction dans le développement céphalique

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Priault, Muriel. "Utilisation de la levure Saccharomyces cerevisiae pour l'étude du rôle des protéines de la famille Bcl-2 dans l'apoptose." Bordeaux 2, 2001. http://www.theses.fr/2001BOR28863.

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Abstract:

Nous avons étudié les fonctions d'une protéine pro-apoptotique de la famille Bcl-2, par son expression hétérologue dans la levure S. Cerevisiae. La levure ne possède aucun gène homologue à Bcl-2, et s'avère être un outil adapté pour tester les fonctions de Bax. Comme pour les mammifères, Bax tue la levure et provoque un relargage du cytochrome c vers le cytosol. La coexpression de Bcl-xL réverse ces phénotypes. Tout d'abord nous avons voulu caractériser l'adressage de Bax à la mitochondrie. Nous montrons que le domaine C-terminal n'est pas responsable de l'adressage à la mitochondrie et n'intervient pas dans la fonction de relargage du cytochrome c. Nous confirmons que cette fonction dépend étroitement de la structure du domaine C-erminal. En fait, l'expression de Bax natif ne s'accompagne d'aucun phénotype à moins que la structure du domaine C-terminal soit perturbée. Nous confirmons que Bax nécessite un changement conformationnel pour être actif. Ensuite, nous nous sommes intéressés à la cytotoxicité de Bax. Nous avons testé divers partenaires potentiels dans la mitochondrie : deux protéines supposées faire partie du PTP sont facultatives pour la cytotoxicité de Bax. Le fonctionnement de la chaîne respiratoire et les oxydations phosphorylantes sont aussi facultatifs. Le seul partenaire identifié est le cytochrome c, mais sa présence n'est pas indispensable non plus à l'effet létal de Bax. Nous avons identifié un partenaire non protéique : l'oxygène. L'expression de Bax produit un stress oxydatif qui pourrait être responsable de la toxicité de Bax par la peroxydation lipidique produite. Enfin, nous avons enfin testé la capacité de Bax à former des canaux dans les membranes biologiques. Nos expériences de patch-clamp caractérisent un nouveau canal de grande conductance dans les MOM d'une souche dépourvue de porine exprimant Bax. Une activité identique a été confirmée chez les mammifères. Ce canal pourrait permettre le passage du cytochrome c
We investigated here the functions of a pro-apoptotic member of the Bcl-2 family through heterologous expression in yeast S. Cerevisiae. Yeast has no Bcl-2 related gene, and thus turns out to be a relevant tool to test pro-apoptotic human Bax functions. As in mammals, Bax kills yeast cells and triggers the relocalisation of the cytochrome c to the cytosol in a Bcl-xL sensitive manner. One of the goals of this thesis was to understand Bax targeting to mitochondria. We evidenced that the putative C-terminal transmembrane domain is either a signal anchor sequence, nor required for Bax-mediated cytochrome c release. We also confirmed that Bax cytochrome-c-releasing ability is highly dependent on the structure of its C-terminal part. In fact, expression of native Bax had no phenotype at all, unless the C-terminal part was modified. Yeast thus proved to be a powerful tool to confirm that Bax needs to be activated by a conformational change to exhibit its characteristic phenotypes. Another goal was the investigation of Bax cytotoxicity. We assayed the functional partnership between Bax and mitochondrial proteins : proteins that are thought to be components of the mammalian PTP ar not required for Bax cytotoxicity. We also demonstrated that neither respiratory chain, nor oxidative phosphorylations are required for Bax lethal effect. Cytochrome c was the only functional partner we identified, but its presence is not essential to Bax-mediated cell death. We identified another partner that was oxygen : Bax expression produces an oxidative stress that could account for its cytotoxicity through lipid peroxidation. Finally, we next tested the ability of native Bax to form channels in biological membranes. Patch-clamp experiments evidenced a new large conductance channel in MOM upon Bax expression in a VDAC-less strain. Such an activity was confirmed in mammals. This activity could be compatible with a cytochrome c releasing function

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Ayoub, Farah. "Barnets position i LVU-domar : -En kritisk diskursanalys av förvaltningsrättens domar enligt 2 och 3 §§ LVU." Thesis, Örebro universitet, Institutionen för juridik, psykologi och socialt arbete, 2020. http://urn.kb.se/resolve?urn=urn:nbn:se:oru:diva-89262.

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Bernard, David. "Détermination de la structure et de la dynamique du domaine de la protéine MIZ-1 formé des doigts de zinc 5 à 8 par résonance magnétique nucléaire." Mémoire, Université de Sherbrooke, 2013. http://hdl.handle.net/11143/6272.

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Abstract:

Miz-1 est un facteur de transcription qui active la transcription de gènes cytostatiques tels que p15[indice supérieur 1NK4B] ou p21[indice supérieur CIP1]. Il s’agit d’une protéine de la famille BTB/POZ, qui possède un ensemble de 13 doigts de zinc de type Cys?His? dans sa portion C-terminale. L’activation de ces gènes par Miz-1 peut être régulée par les protéines SMAD. SMAD3 et 4 peuvent toutes deux se lier aux doigts de zinc 1 à 4 de Miz-1, et les autres doigts de zinc sont pressentis pour être responsables de la liaison à l’ADN. Les séquences reconnues par Miz-1 sur les promoteurs des deux gènes mentionnés ci-haut ont été identifiées, mais n’ont pas d’homologie entre elles. L’oncogène c-Myc a la possibilité de se lier à Miz-1, et cette interaction cause la répression des gènes normalement activés par Miz-1, favorisant ainsi la prolifération cellulaire. Cette interaction cruciale, de même que celle entre Miz-1 et l'ADN, est toutefois assez mal caractérisée. Le but du projet dont fait partie ce mémoire est d’éclaircir tout ce mécanisme de liaison. Ce mémoire étudie la structure et les propriétés dynamiques des doigts de zinc 5 à 8 de Miz-1, qui, selon l’hypothèse initiale, seraient impliqués dans la liaison au promoteur des gènes-cibles de Miz-1. La résonance magnétique nucléaire est la technique qui a été utilisée dans le but d’obtenir ces résultats, et une partie importante de ce mémoire est dévouée à la théorie derrière cette puissante technique. La détermination de la structure de ces doigts de zinc est en fait une seule des nombreuses étapes du projet de l’élucidation du mécanisme de transrépression par c-Myc/Miz-1. Suite à la présentation des structures de ces doigts de zinc, ce mémoire s’intéresse à leurs caractéristiques dynamiques très particulières pour ce type de domaine protéique. Nous avons en effet découvert que les doigts de zinc 5 à 8 présentaient un niveau très élevé d’échange conformationnel, et qu’une portion du doigt de zinc 6 ne peut être caractérisée structurellement à cause de mouvements dans l’échelle de la micro/milliseconde, eux-mêmes dus à des répulsions électrostatiques. En conclusion, nous proposons que le ZF 6 ait un rôle de charnière entre deux ensembles de ZFs dans Miz-1. Ces résultats permettent l’actualisation du modèle de liaison de Miz-1 au promoteur de p15[indice supérieur INK4B] qui avait été élaboré comme hypothèse, et ils nous rapprochent de la compréhension de la transrépression par c-Myc. [symboles non conformes]

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Pointud, Jean-Christophe. "Identification des partenaires des protéines régulatrices Bric à Brac 1 et Bric à Brac 2 chez Drosophila melanogaster : caractérisation moléculaire des protéines BIP1 et BIP2/dTAFII155." Clermont-Ferrand 1, 2001. http://www.theses.fr/2001CLF1MM10.

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Vautier, François. "Etude in vivo du gène ZO-2 codant pour une protéine de jonction serrée." Bordeaux 2, 1999. http://www.theses.fr/1999BOR28677.

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Storez, Hélène. "Identification de nouveaux partenaires d'interaction des β-arrestines : 1-oligomérisation des β-arrestines : 2-Caractérisation de l'intéraction β-arrestine- Filamine A." Paris 7, 2007. http://www.theses.fr/2007PA077098.

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Abstract:

Les β-arrestines sont des protéines ubiquitaires impliquées dans la régulation des récepteurs couplés aux protéines G (RCPG) ainsi que dans de nombreuses voies de signalisation. Le crible de double hybride SRS (pour "SOS Recruitment System") effectué avec la β-arrestine 2 comme appât, a permis d'identifier parmi les proies, un clone correspondant à la β-arrestine 2 elle-même. Ce résultat nous a conduits à étudier l'oligomérisation des β-arrestines, déjà postulée d'après la structure du cristal de β-arrestine 1, mais non définitivement démontrée. Grâce à des approches basées sur le transfert d'énergie par résonance (FRET et BRET), nous avons pu montrer que les p-arrestines forment des oligomères constitutifs à des concentrations physiologiques. La co-expression des deux isoformes conduit à la délocalisation extranucléaire de la β-arrestine 1, via son hétéro-oligomérisation avec la p-arrestine 2, cette dernière étant exclue du noyau par un processus actif. L'oligomérisation des β-arrestines pourrait réguler leur distribution sub-cellulaire et celle de leurs partenaires d'interaction. Nous avons également identifié la filamine A (ou FLNA) protéine de liaison à l'actine, comme partenaire d'interaction des p-arrestines. A l'état basal, cette interaction renforce l'association des β-arrestines avec les MAPKinases ERKs. En réponse à l'activation des RCPGs (récepteurs M1 muscarinique et AT1 de l'angiotensine II), les p-arrestines et la FLNA coopèrent pour une activation optimale des ERKs. Dans les cellules Hep2, la stimulation des RCPGs conduit à la colocalisation du récepteur, de la p-arrestine, de la FLNA et d'ERKs activées dans les structures membranaires, appelées "ruffles" qui témoignent de la réorganisation du cytosquelette d'actine. L'invalidation de FLNA ou de p-arrestine par interférence à ARN et l'emploi d'un mutant dominant négatif de la MAP2 Kinase MEK1, inhibent la formation de ces "ruffles". Ainsi, la coopération entre les β-arrestines et la FLNA est déterminante pour l'activation optimale des ERKs et pour la réorganisation du cytosquelette qui en dépend. Ce phénomène pourrait expliquer une des fonctions des p-arrestines au cours du chimiotactisme
β-arrestins 1 and 2 (BARRIand I3ARR2) are two highly homologous proteins with multiple biological functions. First known as key regulators of G protein-coupled receptor (GPCR) desensitization and endocytosis, βARRs were shown more recently to act as scaffolding proteins for ERK1/2 and JNK3 cascades, to activate Src and to bind to ubiquitin ligases. In addition to their propensity to interact with multiple partners, βARRs might also auto-assemble to form oligomers, as suggested by the observation that both IJARR1 and visual arrestin, the isoform which is specifically expressed in the retina, form dimers in crystals. In a two-hybrid screen, based on the Sos Recruitment System and using a C-terminal truncated mutant of βARR2 as the bait, one of the preys corresponded to the C-terminal portion of βARR2 itself, suggesting that βARR2 might also form dimers in solution. To investigate whether βARR2 might function as a dimer in a more physiological context, we took advantage of the bioluminescence energy transfer (BRET) approach, which was developed recently to study protein-protein interaction in living cells. The cDNAs encoding Renilla luciferase (lue) and the yellow variant of the Green Fluorescent Protein (YFP), the BRET donor and accepter moieties, respectively, were fused 5' or 3' to the cDNAs of βARR1 or βARR2. Various appropriate combinations of the resulting constructs were transfected in COS-7 cells. A constitutive BRET was measured with βARR2 constructs. As expected for a specific non-random interaction between the BRET donor and accepter, BRET signals increased as a function of the BRET accepter concentration up to a maximal value (BRETmax), and constant BRET signals were measured when cells were transfected with increasing amounts of a fixed ratio of acceptordonor. Interestingly, significantly different BRETmax values were measured when the BRET donor construct (βARR2-luc) was co-expressed with fusion proteins in which the BRET accepter was located either at the N-terminal (YFP-βARR2) or the C-terminal (βARR2-YFP) extremity of βARR2, indicating that the βARR-2 dimer is oriented. A similar constitutive BRET was also measured for βARR1 and when the BRET donor and the accepter were fused to different UARRisoforms. These data are consistent with a model in which both βARR2 and βARR1 form constitutive homo-dimers in living cells and might also be engaged in constitutive hetero-dimers. Several important questions are still under investigation, such as the proportion of dimers versus monomers, the effect of GPCR activation on βARR dimerization, the potentially different biological function of monomers, homo-dimers and hetero-dimers

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Pertuit, Morgane. "Rôle central des MAPKinases ERK1/2 dans la physiopathologie somatotrope : implication des altérations de Gsα." Aix-Marseille 2, 2009. http://www.theses.fr/2009AIX20735.

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Abstract:

L’hypophyse contrôle l’ensemble du système endocrinien en intégrant des informations diverses (centrales, périphériques et paracrines). Une bonne coordination des protéines du réseau de signalisation intracellulaire des cellules hypophysaires est le garant du bon fonctionnement de ce système. Au sein de ce réseau, la voie des MAPKinases ERK1/2 apparaît comme un point de convergence et d’intégration des signaux extracellulaires régulant la fonction hypophysaire somatotrope (expression génique, sécrétion hormonale). Les travaux précédents du groupe, réalisés dans la lignée cellulaire somatolactotrope GH4C1, ont permis de montrer (i) l’existence d’un dialogue entre la voie ERK et celle de l’AMPc induite par le récepteur VPAC2 (récepteur du VIP et du PACAP) et son implication dans la régulation du promoteur du gène PRL (ii) le rôle crucial joué par les protéines G monomériques Ras et Rap1 dans le contrôle de la fonction hypophysaire. A voie PI3K est également impliquée dans la régulation de la synthèse et de la libération des hormones hypophysaires. Dans un premier temps, nous nous sommes interessés aux interactions entre la voie ERK et celle de la PI3K. Nous avons mis en évidence dans la lignée cellulaire GH4C1 un dialogue entre ces deux voies impliquant spécifiquement les protéines Rap1 et Raf-1. Le module PI3K/Akt/Rap1/Raf-1 exerce un double effet sur l’activité des MAPK et sur la sécrétion de PRL. La voie PI3K/Akt joue un rôle répresseur en conditions basales non stimulées et activateur dans les cellules stimulées par l’IGF-1. Des anomalies detransduction du signal peuvent aboutir à une situation physiopathologique. Ainsi, des altérations de la voie de l’AMPc sont associées à la pathologie somatotrope. En particulier, l’oncogène gsp, mutant constitutivement actif de la protéine Gsα, est associé à 40% des adénomes somatotropes. Par ailleurs, une surexpression de la protéine Gsα sauvage est retrouvée dans des adénomes n’exprimant pas l’oncogène gsp. Nous avons développé des lignées cellulaires GH4C1 inductibles, afin d’appréhender le rôle des altérations de Gsα dans l’initiation et la progression de la tumorigénèse hypophysaire. L’expression de la protéine Gsα mutée et la surexpression de la protéine Gsα sauvage, qui activent la voie de l’AMPc à des niveaux différents, induisent une activation soutenue de la cascade ERK1/2 de même amplitude. De plus, nous montrons que l’hyperactivation des promoteurs humains de GH et PRL (hGH et hPRL), induite par la protéine Gsα mutée ou surexprimée, est en partie dépendante de l’activation chronique de la voie des MAPKinases ERK1/2 observée dans les deux lignées. Nous avons par la suite recherché en aval de l’oncogène gsp les mécanismes moléculaires responsables de l’hyperactivation des protéines ERK1/2. Nous montrons que l’activation soutenue de la cascade ERK et l’activation chronique du promoteur hPRL sont dépendantes de la voie PKA/AMPc et impliquent également les tyrosine kinases Src. De plus, nous avons observé qu’au cours de la cinétique d’induction de l’oncogène gsp, la sensibilité de réponse au VIP de la cascade ERK et du promoteur hPRL est fortement diminuée, contrairement à celle à l’EGF qui ne semble pas être perturbée. Nous avons également montré que l’expression de l’oncogène gsp induit une activation des protéines Ras et Rap1 et que ces deux GTPases participent conjointement à l’activation chronique de la cascade ERK et du promoteur hPRL. Contrairement à ce qui a été montré dans la physiologie, nous montrons que Ras devient une composante activatrice dans le contrôle de l’activité de ce promoteur dans un contexte physiopathologique, en présence de l’oncogène gsp. L’ensemble de ces travaux montre que la cascade ERK joue un rôle central dans la régulation de la physiologie hypophysaire, mais également dans la physiopathologie somatotrope impliquant des altérations de Gsα. L’un des enjeux de ce travail est d’identifier les partenaires de signalisation des protéines ERK1/2 afin de proposer de nouvelles cibles thérapeutiques. Au vue de ces résultats, la GTPase Ras apparaît comme un candidat potentiel pour le développement de traitements pharmacologiques plus adaptés à chaque type de tumeur.

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Gasnereau, Isabelle. "Etude du mécanisme de dégradation de la « Mitotic Kinesin like protein 2 » en sortie de mitose." Paris 6, 2008. http://www.theses.fr/2008PA066446.

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Abstract:

Le cycle cellulaire est indispensable à la vie eucaryote. En effet, tout organisme a besoin pour se reproduire, se développer ou se régénérer, de diviser ses cellules. Il est apparu que ce dispositif conceptuellement simple reposait sur une mécanistique compliquée. Je me suis intéressée à la division proprement dite, et à la régulation de MKlp2 (Mitotic Kinesin like protein 2) chez les mammifères. J’ai mis au point une technique permettant de trier et d’analyser des cellules en cytodiérèse par cytométrie en flux. Puis j’ai observé le profil d’expression de MKlp2 dans les hépatocytes. MKlp2 est détectée uniquement dans les hépatocytes en prolifération. Sa localisation est nucléaire en G2, au niveau des chromatides en prophase et en métaphase, puis sur le fuseau central en anaphase et au midbody en télophase et cytodiérèse. MKlp2 est un nouveau marqueur de prolifération hépatocytaire. Enfin, j’ai étudié le mécanisme de dégradation de MKlp2 en sortie de mitose. J’ai montré que la dégradation de MKlp2 dépend de l’APC/CCdh1 mais sa reconnaissance n’est pas dûe à un motif connu. De plus, on observe que les mutants non dégradables sont mal localisés dans la cellule.

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Dissertations / Theses on the topic 'Position 2 des protéines'

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