Academic literature on the topic 'Poissons d'eau douce – Mensurations'

L'eau des aquariums est source de Mycobactéries atypiques qui peuvent être pathogènes pour l'homme et les poissons. Une étude a été réalisée à l'aquarium du Musée de Zoologie de Nancy. La recherche de Mycobactéries a été effectuée dans 40 aquariums équipés de lampes germicides à UV : 11 bassins étaient alimentés en eau douce et 29 en eau de mer. Deux aquariums non équipés de système de désinfection ont également été analysés, les propriétaires de ces derniers ayant présenté un granulome cutané à M. marinum. L'action des UV sur M. marinum en suspension dans l'eau a été testée expérimentalement dans des bassins d'eau douce peuplés de Cichlidés. Pour chaque aquarium, un échantillon de 250 ml a été prélevé. Les cultures après décontamination au lauryl sulfate de soude ont été réalisées sur milieu de Loewenstein. Les résultats indiquent que, quel que soit l'aquarium, la présence de mycobactéries est constante. L'isolement des mycobactéries peut être gêné par la présence d'une flore bactérienne ou fongique importante (≥ 103 U.F.C./ml). Les espèces les plus fréquemment isolées sont M. gordonae et M. fortuitum ; M. kansasii et M. marinum ont rarement été isolées (6140 aquariums). Différents facteurs peuvent intervenir sur la sélection des espèces. La salinité de l'eau limite le développement de certaines espèces, alors qu'elle permet la croissance de M. fortuitum. Dans notre étude, la température de l'eau n'a pas été un facteur sélectif. L'utilisation de lampes UV limite le nombre de Mycobactéries. Dans les bassins expérimentaux, les radiations UV se sont révélées très actives sur M. marinum en présence ou en l'absence de poissons. A l'inverse de M. gordonae, M. fortuitum est rarement isolée en présence d'UV. Un nombre important de poissons par aquarium augmente la flore bactérienne et mycobactérienne. La prévention des infections à Mycobactéries atypiques chez l'homme comme chez les poissons devrait pouvoir être assurée par des mesures d'hygiène élémentaire.

Les plus importantes sources anthropiques de fluorures dans les systèmes d'eau douce comprennent les eaux usées municipales, les industries productrices de fertilisants et les alumineries. Plusieurs études montrent que la toxicité des fluorures est réduite lorsque le test toxicologique est réalisé en eau dure plutôt qu'en eau douce. Trois mécanismes peuvent être invoqués pour expliquer une telle tendance : (I) influence des ions de dureté (Ca2+ ; Mg2+) sur les organismes tests (soit au niveau de la barrière biologique séparant l'organisme de son milieu, soit au niveau de leur métabolisme interne); (II) complexation entre le fluorure et les ions de dureté dans le milieu d'exposition, menant à une réduction de la concentration en fluorure libre (F-); (III) précipitation de fluorite (CaF2) dans les milieux d'exposition, menant à une réduction de la concentration effective en fluorures. Pour identifier le ou les mécanisme(s) responsables de l'effet protecteur de la dureté, nous avons réalisé une revue de la littérature existante sur les poissons, les invertébrés et les insectes aquatiques d'eau douce. Parmi ces études, les plus complètes ont été sélectionnées et la spéciation des fluorures modélisée pour chaque cas. Les modélisations réalisées indiquent que la spéciation physique du fluorure (distinction entre les espèces dissoutes et particulaires) a beaucoup plus d'importance que sa spéciation chimique en solution dans les systèmes étudiés.

Le peuplement ichtyologique d'un marais littoral endigué, géré en eau douce, a été étudié sur une zone de 2 700 ha, située au nord du marais Breton-Vendéen (Loire-Atlantique, France). Le réseau hydraulique, qui représente près de 16 % de cette surface, se compose, d'environ 91 m de linéaire de fossés par ha (en tout 234 km) et de bassins présents uniquement dans la partie d'origine salicole du marais. Les hauteurs d'eau, l'envasement et le recouvrement par la végétation aquatique dépendent de la gestion humaine et sont très variables (moyennes respectives : 42 cm; 43 cm; 70 %). Cela se traduit par un morcellement spatial de l'habitat pour les poissons. La stratégie d'échantillonnage adoptée, qui tient compte de cette hétérogénéité, a permis de décrire un peuplement comportant 21 espèces. Dominé par les poissons-chats et par les anguilles, ce dernier est caractéristique de la zone à brèmes des cours d'eau. Les abondances sont relativement élevées (en moyenne 315 kg/ha et 11 460 poissons/ha), mais elles sont très hétérogènes. L'évolution qualitative et quantitative de la répartition spatio-temporelle est décrite à l'aide d'une analyse factorielle des correspondances portant sur 74 échantillons prélevés par pêche électrique entre 1987 et 1989. Bien que l'approche de ce milieu soit complexe et les références bibliographiques relativement rares, l'analyse des premières données permet d'ores et déjà d'identifier quelques problèmes de gestion ayant des répercussions directes sur le peuplement piscicole de cette zone.

La taille du corps est une caractéristique importante pour décrire la façon dont les organismes interagissent avec leur environnement biotique et abiotique. La distribution en taille dans les réseaux trophiques peut être synthétisée par une relation linéaire négative entre la taille des organismes et leur abondance. Cette relation, communément appelée "spectre de taille", est largement utilisée dans les écosystèmes marins pour évaluer les impacts des pêcheries commerciales sur les propriétés des réseaux trophiques. Dans ce travail, notre objectif était de développer cette approche basée sur la taille des organismes dans le but de quantifier les effets des changements globaux sur le fonctionnement des écosystèmes lacustres. Dans un premier chapitre, nous avons étudié la variation spatiale du spectre de taille des poissons dans les lacs naturels et de barrages à l'échelle nationale en utilisant de nombreuses campagnes de biosurveillance. Alors que les bioindicateurs étaient significativement affectés par l'eutrophisation et les invasions biologiques, nos résultats ont souligné la valeur ajoutée de l'utilisation du spectre de taille pour déceler les impacts des altérations physiques de l'habitat sur les communautés. Dans un deuxième chapitre, nous avons quantifié la stabilité temporelle de ces communautés de poissons en réponse aux changements d'intensité des facteurs du changement global. L'invasion biologique n'a pas eu d'influence sur la dynamique temporelle du spectre de taille, mais nous avons observé que l'augmentation de la température de l'eau, ainsi que l'augmentation de la charge en nutriments, pouvaient être liés à des changements à court terme dans les spectres de taille. Dans un troisième chapitre, nous avons évalué la relation entre le spectre de taille et la structure trophique réelle des communautés de poissons. En utilisant l'analyse des isotopes stables, nous avons montré qu'un faible rapport de masse prédateur-proie, suggérant une efficacité de transfert trophique plus élevée, induisait des pentes du spectre de taille plus plates (abondances plus élevées des poissons de large taille corporelle). Cependant, la présence d'espèces non-natives altère cette relation et réduit la pertinence d'utiliser le spectre de taille pour refléter les flux d'énergies dans les réseaux trophiques. Dans le quatrième chapitre, notre objectif était d'identifier expérimentalement comment les changements dans le spectre de taille reflètent les changements dans le fonctionnement de l'écosystème. Les résultats ont démontré que le spectre de taille peut être lié à productivité primaire et secondaire par des processus ascendants, ainsi qu'aux changements dans l'intensité des cascades trophiques. Dans l'ensemble, ces résultats démontrent la pertinence de l'utilisation de la structure en taille des communautés pour quantifier les impacts anthropiques sur les communautés lacustres et les conséquences potentielles sur le fonctionnement des écosystèmes, avec des applications possibles dans les programmes de gestion au niveau de l'écosystème
Body size is a powerful trait to describe how organisms interact with their biotic and abiotic environments. Size distribution in food webs can be formalized by a negative linear relationship between organism size and abundance. This relationship, usually referred as the "size spectrum", is commonly used in marine ecosystems to assess the impacts of commercial fisheries on food webs properties. In this work, our aim was to develop this size-based approach on communities to quantify the effects of global changes on the functioning of lacustrine ecosystems. In a first chapter, we investigated the spatial variation of the fish size spectrum in natural and reservoir lakes on a national scale using various biomonitoring surveys. While bioindicators were significatively affected by eutrophication and biological invasions, our findings highlighted the added value of using the size spectrum to highlight the impacts of habitat alterations. In a second chapter, we quantified the temporal stability of these communities in response to changes in the intensity of global change drivers. Biological invasion had no influence on the fish size spectrum dynamic, but we observed that increased water temperature, as well as increased nutrient loading could be linked to short-term changes in size spectra. In the third chapter, we assessed the relationship between size spectrum slope and the trophic structure of fish communities. Using stable isotope analysis, we showed that a low predator-prey mass ratio, suggesting to higher trophic transfer efficiency, induced flatter size spectrum slopes (higher abundance of large fishes). However, the presence of non-native species disrupted this relationship and reduced the potential for using the size spectrum to reflect energy flux in food webs. In the fourth chapter, our goal was to experimentally identify how changes in the size spectrum reflect changes in ecosystem functioning (e.g. productivity or metabolism). Results demonstrated that size spectrum can be linked to primary and secondary production through bottom-up processes, and changes in the intensity of trophic cascades through top-down processes. Taken together, these results demonstrate the relevance of using size structure to quantify anthropogenic impacts on lacustrine communities and the potential consequences on ecosystem functioning, with possible applications in biomonitoring programs at ecosystem level

Dans le présent travail nous avons testé l'hypothèse de "convergence" selon laquelle les communautés soumises aux mêmes contraintes environnementales convergent vers une structure commune. Nous avons choisi comme modèle les poissons des cours d'eau tempérés et tropicaux de quatre régions zoogéographiques : Europe (France), Amérique du Nord (USA), Amérique du Sud (Bolivie) et Afrique (Gabon). Pour atteindre notre objectif, des comparaisons locales, régionales et intercontinentales des communautés de poissons ont été menées entre différents sites et entre différents cours d'eau en étudiant leurs caractéristiques écomorphologiques et leur structure trophique. Les résultats montrent que l'organisation locale des communautés résulte de la combinaison de processus locaux et régionaux, abiotiques et biotiques, et s'inscrit par conséquent dans un contexte historique et biogéographique. A l'échelle locale nous avons pu montrer que certaines guildes trophiques peuvent être prédites à partir de quelques attributs morphologiques. Par ailleurs, la richesse des communautés de poissons et leur structure trophique se sont avérées substantiellement convergentes d'une région à l'autre : le pourcentage des espèces omnivores augmente. Néanmoins, à position égale des sites sur le gradient longitudinal, les guildes herbivores/détritivores et piscivores, présentes dans les cours d'eaux africains et sud-américains, sont pratiquement absentes des cours d'eau européens et nord-américains étudiés, peut-être en raison de différences en énergie disponible entre les systèmes tempérés et tropicaux. Ces résultats seront certainement utiles aux décideurs pour les aider à mettre des plans de conservation et de gestion des systèmes lotiques
This work has tested the assumption of "convergence" according to which communities subjected to the same environmental constraints converge towards a common structure. We chose as a model, fishes of the temperate and tropical streams of four zoogeographical areas: Europe (France), North America (USA), South America (Bolivia) and Africa (Gabon). Hence, ecomorphologic characteristics and trophic structure of fish communities were compared at local, regional and intercontinental scales between various sites and various streams. The results show that local communities’ organization depends on the combination of both local and regional and abiotic and biotic processes, relying on a historical and biogeographical context. These results could be useful for the decision makers to implement efficient conservation and management plans of the lotic systems

Quels mécanismes écologiques et évolutifs rendent les interactions entre espèces possibles ? J'ai abordé cette question en considérant l'interaction entre un parasite de poisson d'eau douce (Tracheliastes polycolpus) et plusieurs de ses hôtes cyprinidés. J'ai d'abord mis en avant le rôle de l'environnement à une échelle spatiale très fine (quelques centaines de mètres) sur le taux de rencontre entre ce parasite et ses hôtes. A plus large échelle spatiale (la France) j'ai illustré le rôle limitant de la résistance des populations hôtes sur la distribution de T. polycolpus. Par ailleurs j'ai montré que T. polycolpus parvient à parasiter différentes espèces hôtes en s'appuyant sur une expression plastique de ses gènes. Enfin, j'ai montré que les communautés bactériennes associées à l'hôte changent consécutivement à l'infection parasitaire dans une dynamique de co-infection avec le parasite. Par le déploiement d'approches variées et complémentaires, il apparaît que des facteurs environnementaux, liés à l'hôte, au parasite ou encore à leur cortège de bactéries contribuent à la réalisation d'une interaction étroite et durable tel que le parasitisme
What are the ecological evolutionary mechanisms governing species interactions? I addressed this issue considering the interaction between the parasite Tracheliastes polycolpus and several of its cyprinid hosts. First, I highlighted the role of the environment at a very fine spatial scale (few hundred meters) on the encountering rate between this parasite and its hosts. At larger spatial scale (France) I illustrated the limiting role of resistance of host populations on the distribution of T. polycolpus. I further showed that T. polycolpus manages to infect different host species by relying on a plastic expression of its genes. Finally, I showed that host bacterial communities change after T. polycolpus infection in a co-infection dynamics with the parasite. Through the deployment of various and complementary approaches, it appears that both environmental factors, factors related to the host, to the parasite and to their associated bacterial communities contribute to the success of an intimate interaction such as parasitism

La publication du catalogue des poissons d'eau douce par Kottelat et Freyhot en 2007, dans lequel 16 espèces natives supplémentaires sont listées en France, a montré l'intérêt d’une révision taxonomique de l'ichtyofaune française. L'objectif de la thèse était de réviser 5 genres de poissons d'eau douce de France selon une approche de taxonomie intégrative en utilisant des données morphologiques, moléculaires et écologiques : Squalius (chevesne), Phoxinus (vairon), Gobio (goujon), Esox (brochet) et gasterosteus (épinoche). Plus de 1700 individus provenant de 283 stations en France ont été analysés morphologiquement. Parmi eux, plus de 40 spécimens ont fait l'objet d’analyses génétiques dont pour certains le séquençage du mitogénome. Nous avons également réalisé une comparaison des robes nuptiales de vairons entre les bassins, ainsi qu'une analyse des niches occupées par les différentes espèces supposées de goujons. Les résultats confirment la présence de 2 espèces de chevesnes en France S. Cephalus et S. Laietanus. L'utilisation des données moléculaires ne valide qu'une seule espèce d’épinoche G. Aculeatus, invalidant G. Gymnurus. L'utilisation des collections a indiqué la présence de 3 espèces de brochet : E. Lucius, E. Cisalpinus et E. Aquitanicus nov sp. La comparaison des robes nuptiales corroborée par la génétique discrimine 3 espèces de vairons dont P. Phoxinus, P. Bigerri; P. Septimaniae et P. Marsilii qui serait valide, ainsi que deux espèces nouvelles. Enfin l'utilisation des données morphologiques, moléculaires, et écologiques corrobore 3 des 4 espèces de goujons (G. Gobio, G. Lozanoi et G. Occitaniae, G. Alverniae serait synonyme junior de ce dernier). Ces nouvelles données en taxonomie confirment les lacunes dans les connaissances sur l'ichtyofaune de France et ouvrent de nouvelles perspectives de recherche dans beaucoup de disciplines en biologie. Cette étude devrait être étendue à l’ensemble des taxons français
The publication of the handbook of European freshwater fishes by Kottelat and Freyhof in 2007, in which the authors list 16 additional native species in France, set off e taxonomical revision of French and European ichtyofauna. The objective of the present thesis is to revise 5 genera of freshwater fisches of France in an integrative taxonomy framework using morphological, molecular and ecological data : Squalius (chub), Phoxinus (minnow), Gobio (gudgeon), Esox (pike) et gasterosteus (three-spined stickleback). More than 1700 specimens were collected in 283 locations in France, studied and analyzed morphologically, before integration in the MNHN collections. More than 460 specimens were studied genetically, including complete mitogenome sequencing for a subset. Also we compared secondary sexual ornamentation of minnows among basins as well as analysis of the niches occupied by the different gudgeon species. The results confirm the presence of two chub species in France S. Cephalus and S. Laietanus. The use of molecular data invalisates G. Gymnurus, so there is a single species of three-spined stickleback G. Aculeatus. The study of collection materials shows the presence of three pike species : E. Lucius, E. Cisalpinus and a previously undetected new species E. Aquitanicus. Secondary sexual ornamentation corroborated by sequence data discriminates 6 minnow species, including P. Phoxinus, P. Bigerri; P. Septimaniae, P. Marsilii which would be valid, as well as two new species. The use of morphological, molecular and ecological data support 3 out of the 4 gudgeon species (G. Gobio, G. Lozanoi et G. Occitaniae; G. Alverniae would be a junior synonym of G. Occitaniae). The new taxonomical data highlight the gaps in our knowledge of the French freshwater fauna. It oepns new perspectives and opportunities of research in numerous fields of biology. However this kind of in-depth study should be applied to all French taxonomic groups

L'objet de ce travail est d'étudier la variabilité de la qualité de la perche commune d'élevage et sauvage (Perca fluviatilis) ainsi que le déterminisme de cette qualité. Cette dernière est définie par trois composantes: organoleptique (morphologie et couleur), technologique (rendement de filetage, indices morpho-anatomiques) et nutritionnelle (teneur en lipides, profil en acides gras du filet). La qualité de la perche présente une variabilité selon l'origine géographique, la saison de capture et le mode d'élevage. Pour les poissons sauvages, cette variabilité affecte principalement la composante organoleptique et la composante nutritionnelle. Les perches d'élevage se différencient des poissons sauvages par les composantes technologiques et nutritionnelles: les teneurs en graisse périviscérale augmentent avec le niveau d'intensification de l'élevage, de même que les teneurs en acides gras mono-insaturés et poly-insaturés n-6 (n-6 PUFA) au détriment des n-3 PUFA. Il n'existe donc pas une qualité de la perche mais plutôt des qualités. Dès lors, des hypothèses ont été formulées quant aux facteurs responsables de cette variabilité, puis testées. Deux populations de perches sauvages d'origine géographique différente ont été élevées, dès le stade œuf, au laboratoire, dans des conditions environnementales et trophiques identiques. Les résultats ont montré que seule la composante nutritionnelle présente des différences entre ces deux populations. Ainsi, l'expression phénotypique de la qualité est sous la dépendance du facteur origine (génotype) et de facteurs environnementaux. Parmi ceux-ci, 4 facteurs à 2 modalités ont été testés dans 8 unités expérimentales par plan d'expériences fractionnaires: origine des lipides alimentaires, taux de rationnement, densité et domestication. La domestication et l'origine des lipides alimentaires sont les facteurs essentiels du déterminisme de la qualité chez la perche. Ils agissent soit en facteur simple soit en interaction
The purpose of these experimental studies was to assess the variability of quality in farmed and wild Eurasian perch (Perca fluviatilis) and its determinism. Quality is divided into three components: organoleptical (morphology and color), technological (filleting yield, morpho-anatomical index) and nutritional (total lipids content and fatty acids composition in fillet). The quality of perch shows variability according to the geographic origin, season and rearing systems. Farmed perch differ from wild counterparts by technological and nutritional components: perivisceral fat content and n-6 poly-unsaturated fatty acids (PUFA) increase with the intensification level of farmed system, whereas n-3 PUFA decrease. Thus, there is not only one perch quality but rather many perch qualities. Consequently, hypothesis have been formulated about factors responsible for the variability of quality and then tested. Two populations of wild perch from different geographic origin were reared in laboratory from eggs stage, in the same environmental and trophic conditions. The results show that only nutritional component displays differences between the two populations. Thus, phenotypical expression of the quality is under control of both origin (genotype) and environmental factors. Among these factors, 4 factors with 2 modalities were tested in 8 experimental units using a fractional factorial design: dietary lipids origin, feeding rate, density and domestication. Domestication and dietary lipids origin (simple factor or interaction) were found as the main factors of the determinism of perch quality

Les parasites présentant une large distribution géographique et un cycle de vie complexe offrent une rare occasion pour l'étude des mécanismes de spéciation et d'évolution. Ligula intestinalis (Cestoda, Diphyllobothriidea) présente une large distribution géographique et évolue dans un cycle de vie à plusieurs hôtes. Les études montrent que le spectre d'hôte varie en fonction des populations étudiées et qu'il existe des différences de pathologie entre des espèces hôtes vivant en sympatrie. En outre, le tableau de L. Intestinalis est d'autant plus complexe du fait de la paraphylie de cette espèce avec les espèces Ligula colymbi et Digramma interrupta. Le but de cette étude est de comprendre l'origine des différences écobiologiques et des discordances phylogénétiques et de tester l'hypothèse de l'existence de différentes lignées/espèces de ce parasite. Pour ce faire, nous avons analysé la phylogénie et la structure génétique de plérocercoides de ligules appartenant à différentes espèces hôtes et régions géographiques à large échelle. Les résultats basés sur les séquences génomiques montrent l'existence de différents patrons évolutifs: A l'échelle locale, une structure génétique plate a été trouvée et est vraisemblablement due à la migration de l'hôte définitif empêchant la formation d'entités génétiques différentes. A contrario, à large échelle des groupes génétiquement distants et bien isolés sont présents montrant une forte correspondance entre la structuration génétique et l'isolement géographique. De plus, une structuration liée à l'espèce hôte est également observée. Les spécimens de ligules identifiés comme des individus de l'espèce L. Colymbi se répartissent dans différents clades de L. Intestinalis tandis que les individus de Digramma montrent une différentiation claire du reste des individus de Ligula. Cependant, leur clade monophylétique apparaît au sein des spécimens de L. Colymbi et L. Intestinalis. Ainsi le genre Digramma devra être reconsidéré
Parasite species with global distribution and complex life cycle offer a rare opportunity to study mechanisms of speciation and evolution. Ligula intestinalis (L. ) (Cestoda, Diphyllobothriidea) has a widespread distribution and a life cycle with several hosts Available records indicate that the host spectra used by this species is not uniform across the investigated populations and show differences in the pathology between sympatric cyprinid species. Furthermore, complication of L. Intestinalis picture stems from the indication that this species may be paraphyletic with the species Ligula colymbi and Digramma interrupta. The aim of this study was to understand the origin of eco-biological differences and phylogenetic discrepancies and to test the hypothesis of the existence of several strains/species. . For this purpose, phylogeny and genetic structure have been analyzed for Ligula plerocercoids native to different host species and geographic regions at a global scale. Data based on genomic sequences and hypervariable markers show different evolutionary patterns: At a local scale, a flat genetic structure was found and is most likely due to bird migration preventing the creation of different genetic strains/species. In contrast, at a global scale, genetically distant and well separated clusters are present, indicating a conspicuous correspondence between genetics and geography. Beside geography, obvious host-specific-based structures are found. Ligula specimens identified as L. Colymbi are partitioned in separate clades of L. Intestinalis thus questions the reliability of species identification primarily based on definitive host species when morphological characters are inconclusive. Samples of Digramma show a clear differentiation from the analysed Ligula specimens. However, their monophyletic clade appears within Ligula specimens indicating that D. Interrupta may well represent a valid species of the genus Ligula rather than of Digramma

Les changements climatiques on fait l'objet d'une attention grandissante, mais leurs influences sur les dynamiques de populations restent mal appréhendées. Nos résultats montrent que la température influence les dynamiques de populations de plusieurs espèces de poissons d'eau douce en France. Bien que des mécanismes communs aient été mis en évidence, les dynamiques de populations varient fortement en fonction des conditions environnementales locales. Les caractéristiques intrinsèques des espèces, au contraire de leur histoire évolutive, apparaissent comme des déterminants importants des dynamiques observées. Ces résultats pourraient permettre de mettre en place des mesures de gestion adaptées pour ces espèces, visant à réduire l'impact des changements environnementaux à venir
Climate change has been a subject of great interest across the past few years but its influence on population dynamics has seldom been considered. In this thesis, we demonstrate that climatic factors and in particular water temperatures have an influence on population dynamics of several freshwater fish species found in French rivers. Although common mechanisms acting at large spatial scales have been identified for the different species, considerable variations among populations have been revealed due to spatial heterogeneity of environmental conditions. Intrinsic characteristics of species appeared as important determinants of interspecific differences in population dynamics, contrary to their evolutionary history. Our results could be used to set up management conservation planning to limit the consequences of climate warming on freshwater fish species

Les écosystèmes tropicaux, en particulier les écosystèmes amazoniens, sont connus pour abriter une importante diversité d'organismes, terrestres ou aquatiques. Cependant, les causes et les processus responsables de cette grande diversité dans les assemblages de poissons d'eau douce restent encore peu connus, et leur identification est un fort enjeu dans l'évaluation future des impacts des perturbations humaines qui sont grandissantes dans ces milieux. Nous avons étudié les processus qui façonnent la diversité et la structure des assemblages de poissons d'eau douce de Guyane dans les petits cours d'eau et les fleuves non impactés par les activités humaines. La diversité au sein des assemblages de petits cours d'eau augmente le long du gradient amont/aval et dans les milieux où l'habitat est plus diversifié. L'identité des espèces change le long de ce gradient, définissant des zones le long du cours d'eau. Les relations spatiales entre les assemblages et leur isolement ont aussi un fort effet sur les assemblages. En incorporant les informations sur les traits des espèces (diversité fonctionnelle) et leur relation de parenté (diversité phylogénétique), nous avons montré que la diversité au sein des assemblages n'était pas influencée par l'environnement ou les interactions entre les espèces. Nous avons aussi confirmé le fort effet de la limite à la dispersion entre les assemblages, en lien avec l'histoire passée des bassins versants, dans les petits cours d'eau et dans les fleuves. De telles études sur les processus structurant les assemblages nécessitent l'acquisition de données biologiques plus complètes, et donc le développement d'une nouvelle méthode d'échantillonnage qui soit exhaustive et non invasive. Pour cela, nous avons testé le metabarcoding environnemental (l'identification moléculaire des espèces présentes à partir d'un échantillon d'eau). Cette méthode donne des résultats complémentaires aux pêches traditionnelles et nécessite encore un travail de développement et des tests supplémentaires pour améliorer son efficacité et permettre son utilisation pour identifier les processus structurant les assemblages. Ces travaux, aussi bien pratiques que théoriques, sont nécessaires au développement d'un meilleur cadre conceptuel sur la structure des assemblages de poissons tropicaux, et dans la construction d'indicateurs d'impacts d'activités humaines sur les écosystèmes
Tropical ecosystems, especially Amazonian ecosystems, host a great diversity of terrestrial and aquatic organisms. However, the causes and the processes behind this high diversity for freshwater fish assemblages are little known, but their identification will be an asset in the assessment of anthropogenic impacts that are increasing in these regions. We studied the processes that shape the diversity and the structure of freshwater fish assemblages of non-impacted streams and rivers located in French Guiana. Within-assemblage diversity increased along an upstream/downstream gradient and was higher in sites where the habitat was diversified. Species identity changed along this gradient, which created zones along the stream. Spatial relationships between assemblages and their isolation also greatly impacted species assemblages. Using information about species traits (functional diversity) and their phylogenetic relationships (phylogenetic diversity), we showed that within-assemblage diversity was not influenced by the environment or by species interactions. We also confirmed that dispersal limitation, linked with the past history of drainage basins, had a strong effect on assemblage structure in both streams and in rivers. Future investigations on the processes structuring fish assemblages will need to acquire more exhaustive biological data, and therefore to develop an efficient, and non-destructive sampling method. To this aim, we evaluated the efficiency of environmental metabarcoding applied to aquatic assemblages (the molecular identification of species present from a water sample) and compared it to traditional sampling methods. Currently, metabarcoding gives complementary information to traditional sampling. It thus needs developments and further tests to increase its efficiency and allow its use for assembly processes studies. Pursuing the formalization of a conceptual framework to investigate assembly rules together with the development of an efficient fish sampling protocol are now needed to better understand the structure of tropical fish assemblages. Those theoretical and practical developments will contribute to better evaluate anthropogenic disturbances on aquatic ecosystems

81 especes de dactylogyridea ont ete decouvertes et decrites chez 78 especes de poissons hotes. Un genre nouveau est propose. On signale, dans la majorite des cas, un parasitisme branchial simultane par des especes congeneriques parfois nombreuses. Un parasitisme resultant d'un phenomene de capture est mis en evidence. Une systematique intragenerique est ebauchee sur la base de la morphologie de l'appareil copulateur male. La comparaison des deux regions etudiees permet d'avancer des hypotheses sur la repartition biogeographique des parasites et des poissons hotes