Dissertations / Theses on the topic 'Plantes – Maladies cryptogamiques – Épidémiologie'
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Raymondaud, Hubert. "La tavelure du mirabellier : étude biologique et épidémiologique de Cladosporium carpophilum et mise au point d'une méthode de lutte raisonnée." Vandoeuvre-les-Nancy, INPL, 1988. http://www.theses.fr/1988NAN10413.
Abstract:
L'étude de la symptomatologie montre que les taches sur rameau sporulent dans la première quinzaine de mai. Les caractéristiques de croissance et de morphologie du champignon sont étudiées. Les facteurs influençant la sporulation sont la température et l'humidité relative. Des essais de lutte raisonnée montrent que les traitements les plus précoces, visant la protection des feuilles afin de diminuer l'inoculum, sont les plus efficaces
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Grosdidier, Marie. "Épidémiologie de la chalarose du frêne, une maladie causée par l’agent pathogène Hymenoscyphus fraxineus." Thesis, Université de Lorraine, 2017. http://www.theses.fr/2017LORR0151/document.
Abstract:
L’introduction de champignons pathogènes envahissants est une cause très importante d’émergence de maladies forestières. Depuis ces 30 dernières années, la chalarose affecte sévèrement les frênes en particulier Fraxinus excelsior. L’agent pathogène causant cette maladie est un ascomycète originaire d’Asie de l’Est, Hymenoscyphus fraxineus. Il fut observé pour la première fois dans les années 1990 en Pologne, puis s’est rapidement disséminé en Europe pour atteindre la France en 2008. La maladie se dissémine principalement par dispersion aérienne des ascospores. Cette thèse vise à étudier l’épidémiologie de la chalarose du frêne en déterminant les facteurs environnementaux influençant le développement d’H. fraxineus et en proposant un modèle de dispersion de la maladie. Le premier objectif de cette thèse visait à optimiser une méthode de piégeage de l’inoculum aérien pour ensuite l’utiliser dans le but d’étudier le patron de dispersion d’H. fraxineus. Nous avons ainsi mis en place une expérimentation pour confirmer la fiabilité des résultats obtenus par biologie moléculaire à partir de faibles quantités de cibles, comme ceux observés sur le front de la maladie. Cette méthode de piégeage de spores aériennes a alors été comparée à des cartes de présence de la chalarose réalisées grâce à des signalements de symptômes. L’étude a été réalisée à différentes échelles, locale (commune) et régionale, avec des zones d’échantillonnage de l’ordre de la 100aine de km sur le front de la chalarose. Grâce à ce travail, nous avons pu déterminer un rayon d’action autour de la source d’inoculum à l’intérieur duquel des stratégies de gestion seraient les plus efficaces pour limiter le développement de la maladie. Le deuxième objectif de cette thèse consistait à déterminer quels facteurs environnementaux influencent le développement de la maladie, ce qui s’avère être un enjeu important pour la gestion forestière et l’avenir du frêne en tant qu’essence forestière dans les prochaines décennies. Nous avons montré qu’une importante densité d’hôte et une grande humidité du milieu influencent positivement le développement de la maladie. Ce travail a également permis de confirmer sur le terrain la sensibilité de l’agent pathogène aux fortes températures estivales, suggérant que la zone étudiée du Sud-Est de la France pourrait présenter des été trop chauds pour le développement de la maladie. A plus large échelle, le changement climatique pourrait jouer en faveur des frênes. De plus, la présence d’un effet Allee dans la dynamique de population de l’agent pathogène a été suggérée par nos résultats expérimentaux. Le dernier objectif de cette thèse était de modéliser la dispersion de la maladie en France. Nos travaux ont permis de mettre en évidence une vitesse de dispersion d’environ 60 km / an. Un modèle de réaction-diffusion a été développé pour mettre en relation la dispersion, la dynamique de population d’H. fraxineus et les facteurs environnementaux influençant son développement. Ce modèle de dispersion qui utilise des données standards issues du système d’épidémio-surveillance forestier du Département de la Santé des Forêts apportera des connaissances utiles à la mise en place de stratégies de gestion. Cette thèse ouvre des perspectives sur le devenir du frêne dans un contexte de changement climatique et plus largement sur la gestion des invasions biologiquesIntroduction of invasive pathogen fungi is a major cause of forest diseases emergence. For 30 years, a dieback has severely affected ashes and in particular Fraxinus excelsior. The pathogenic fungus causing the disease is an ascomycete originating from Eastern Asia, Hymenoscyphus fraxineus. It was observed for the first time in 90’s in Poland, then rapidly spread over Europe and was reported in France in 2008. The disease is mainly spread by airborne ascospores. The aim of this thesis is to study the epidemiology of H. fraxineus dispersal by determining environmental factors which impact pathogen development, and by proposing a dispersal model of the disease. The first objective of this thesis was to improve the trapping method of airborne inoculum and then, to use it to study the dispersal pattern of H. fraxineus. An experiment was set up to confirm the reliability of the molecular biology test for low levels of target such as these observed at the disease front. This trapping method of airborne spores was then compared to maps of disease presence deriving from symptoms reports on ashes. The study was realized at different scales, landscape (village) and regional, with sampling area of about 100 km at the disease front. This work enabled us to determine a radius around inoculum source that would have to be manage for effectively limit the disease development. The second objective of the thesis aimed at determining environmental factors which influence disease development, which is an important issue for forest management and future of ashes in the next decade. We have shown that high host density and high humidity both positively impact disease development. This work confirmed the pathogen susceptibility to high summer temperatures in natural settings and suggests that the climate of Southeastern France should limit disease development. At a larger scale, climate change may work in favor of ashes. Moreover, an Allee effect presence in the population dynamic of H. fraxineus was suggest by our experimental results. The last objective of this thesis was to model the disease spread in France. Our works estimated the spread speed to 60 km per year. A reaction-diffusion model was developed to link dispersal disease according to H. fraxineus population dynamic and environmental factors which impact its development. This dispersal model which can use standard data of French forest health surveillance system will provide new knowledge useful to implement management strategies. This thesis offers perspectives on the future of ashes in a context of climate change and more broadly about the management of biological invasions
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Laubray, Simon. "Facteurs déterminants de la production d’inoculum chez Hymenoscyphus fraxineus, agent de la chalarose du frêne." Electronic Thesis or Diss., Université de Lorraine, 2023. http://www.theses.fr/2023LORR0381.
Abstract:
Les populations de frêne commun Européen (Fraxinus excelsior) sont aujourd'hui soumises à l'épidémie de chalarose. Les premiers dépérissements de frêne ont été signalés au début des années 90 en Pologne suite à l'introduction du champignon pathogène Hymenoscyphus fraxineus originaire du Nord Est de l'Asie. En 2022, l'épidémie s'étendait sur la majeure partie de l'aire de répartition de F. excelsior provoquant des mortalités importantes. L'impact du pathogène est d'autant plus élevé lorsque l'infection est massive. Cette thèse se focalise donc sur la source d'inoculum du pathogène présente sur les débris de feuilles de la litière. Avec pour objectifs de mieux comprendre les facteurs démographiques et environnementaux déterminants pour cette production d'inoculum. Le premier axe se focalise sur la dynamique de population d'H. fraxineus en lien avec la densité de son hôte et la densité dépendance de la production d'inoculum. La multiplication de ce champignon est exclusivement réalisée par reproduction sexuée, les conidies jouant le rôle de spermaties. Leur dispersion étant de quelques dizaine de centimètres, le succès de reproduction est fortement dépendant de la probabilité de rencontre des partenaires sexuels, elle-même dépendante de la densité de population du pathogène. Le suivi de la production de fructification (issue de la reproduction sexuée) en fonction de la densité de population d'H. fraxineus a été réalisé au sein d'un réseau de peuplement suivant un gradient de densité en frêne. Cette partie a mis en évidence, d'une part une densité de population d'H. fraxineus étroitement liée à la densité d'hôte, et d'autre part une production limitée de l'inoculum à faible densité de population, cette densité dépendance à faible effectif est appelé effet Allee. Le deuxième axe estime la persistance du pathogène dans les peuplements contaminés et l'évolution de sa capacité à produire de l'inoculum avec le temps. Cette persistance est un élément essentiel à prendre en compte dans le cadre d'une éradication mais également dans la compréhension du mécanisme d'établissement de la population. Le dispositif installé au sein de peuplements de frênes a permis de suivre la cinétique de dégradation de la litière de frêne en fonction de son taux de colonisation par H. fraxineus ainsi que le potentiel de fructification du champignon selon l'âge de la litière en cours de dégradation. La mise en évidence de la persistance de la litière colonisée par le pathogène pendant au moins trois ans et la capacité de ce dernier à fructifier durant cette période est une preuve qu'un réservoir d'inoculum s'installe durablement dans les peuplements contaminés. Ce réservoir d'inoculum pourrait jouer un rôle déterminant pour relancer une épidémie après une année défavorable à l'infection foliaire. Le troisième axe décrit les communautés fongiques présentes dans la litière de frêne en décomposition et au sein de laquelle H fraxineus poursuit son développement après la chute des feuilles colonisées. A partir de données métabarcoding de l'ITS1 fongique, l'étude compare les communautés fongiques présentent sur les feuilles au moment de leur chute à l'automne et les communautés fongiques présentes sur les résidus foliaires au printemps. L'évolution des abondances de chaque espèce de la communauté fongique est confrontée à celle d'H. fraxineus. Les espèces identifiées comme ayant une abondance négativement corrélée à l'abondance d'H. fraxineus pourraient présenter une action antagoniste au développement hivernal du pathogène, limitant ainsi sa présence au printemps suivant et réduisant son pouvoir de production d'inoculum. Les travaux réalisés mettent en évidence l'importance de considérer la diversité des facteurs pouvant intervenir dans la production d'inoculum. Ces derniers peuvent être déterminants pour l'établissement d'une population du pathogène invasif étudié au sein des peuplements de frênePopulations of common European ash (Fraxinus excelsior) are currently suffering from the chalarosis epidemic. The first ash dieback was reported in the early 1990s in Poland following the introduction of the pathogenic fungus Hymenoscyphus fraxineus, which originated in north-east Asia. In 2022, the epidemic had spread over most of the range of F. excelsior, causing significant mortality. The impact of the pathogen is all the greater when the infection is massive. This thesis therefore focuses on the pathogen's source of inoculum in leaf litter debris. The aim is to gain a better understanding of the demographic and environmental factors that determine inoculum production. The first axis focuses on the population dynamics of H. fraxineus in relation to the density of its host and the density dependent on inoculum production. This fungus multiplies exclusively by sexual reproduction, with conidia playing the role of spermatia. As they are dispersed over a distance of just a few dozen centimetres, reproductive success is highly dependent on the probability of sexual partners meeting, which in turn depends on the pathogen's population density. Fruiting body production (from sexual reproduction) was monitored as a function of H. fraxineus population density in a network of stands following an ash density gradient. This section highlighted, on the one hand, a population density of H. fraxineus closely linked to host density and, on the other hand, a limited production of inoculum at low population density. This density dependency at low numbers is known as the Allee effect. The second axis estimates the persistence of the pathogen in contaminated stands and changes in its capacity to produce inoculum over time. This persistence is an essential factor to take into account in eradication, but also in understanding the population establishment mechanism. The system installed in ash stands was used to monitor the degradation kinetics of ash litter as a function of its rate of colonisation by H. fraxineus, as well as the fungus' fruiting potential depending on the age of the litter during degradation. The persistence of litter colonised by the pathogen for at least three years and the ability of the pathogen to fructify during this period is proof that a reservoir of inoculum has been established on a long-term basis in contaminated stands. This reservoir of inoculum could play a decisive role in relaunching an epidemic after a year in which foliar infection is unfavourable. The third axis describes the fungal communities present in the decomposing ash litter in which H. fraxineus continues to develop after the colonised leaves have fallen. Using fungal ITS1 metabarcoding data, the study compares the fungal communities present on the leaves at the time of their fall in autumn and the fungal communities present on the leaf residues in spring. Changes in the abundance of each species in the fungal community were compared with those of H. fraxineus. The species identified as having an abundance negatively correlated with the abundance of H. fraxineus could have an antagonistic effect on the winter development of the pathogen, thus limiting its presence the following spring and reducing its inoculum production capacity. The work carried out highlights the importance of considering the diversity of factors involved in inoculum production. These factors may be decisive in the establishment of a population of the invasive pathogen studied in ash stands
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Luini, Estelle. "Implication de toxines fongiques dans l'esca de la vigne, mise au point d'un test de diagnostic et recherche d'un traitement contre la maladie." Poitiers, 2007. http://www.theses.fr/2007POIT2306.
Abstract:
L’esca est une maladie vasculaire très dommageable pour la vigne puisqu’elle provoque la mort du cep à plus ou moins long terme. Cette maladie, très complexe, met en jeu plusieurs champignons pathogènes parmi lesquels Phaeomoniella chlamydospora et Phaeoacremonium aleophilum sont considérés comme agents pionniers. Ces champignons sécrètent des molécules toxiques dans leur milieu de culture. Appliquées sur cellules de vigne, ces molécules agissent sur des étapes clés des réponses de la plante aux agents pathogènes : modifications du potentiel de membrane, des flux de protons, de l’absorption des nutriments et induction de la mort cellulaire. Ces modifications ont été reliées à des variations d’activité d’enzymes régulant ces divers processus : H+-ATPase de la membrane plasmique, NADPH oxydase et phénylalanine ammonia-lyase. La nature polypeptidique de composés sécrétés respectivement par P. Chlamydospora et P. Aleophilum a permis d’obtenir des anticorps polyclonaux dirigés contre ces molécules. Un test immunologique réalisé à partir d’empreintes de sarments sur membrane de nitrocellulose, méthode simple et peu destructive, a permis de détecter la présence ou non des champignons dans la plante. Ce test a été validé en serre sur des boutures de vigne inoculées sélectivement par chacun des champignons, puis utilisé au vignoble sur des plantes présentant ou non des symptômes de la maladie. Un traitement contre l’esca a été mis au point en utilisant un mélange de molécules présentant des propriétés antifongiques ou élicitrices de réactions de défense. Après détermination de l’activité antifongique du mélange sur P. Chlamydospora et P. Aleophilum en culture in vitro, un traitement a été réalisé en serre par pulvérisation foliaire de boutures de vigne inoculées sélectivement. L’efficacité du traitement a été contrôlée en utilisant le test de détection immunologiqueEsca is a vascular disease very harmful to the vine since it causes long term stock death. This complex disease involves several pathogenic fungi among which Phaeomoniella chlamydospora and Phaeoacremonium aleophilum are viewed as the first invader fungi. The above mentioned fungi secreted several toxic molecules into their culture medium. Applied to grapevine cells, these molecules act on key stages of plant responses to pathogenic agents namely: modifications of membrane potential, proton fluxes, nutrient absorption and induction of cell death. These modifications have been linked with changes in enzyme activities controlling the following processes: H+-ATPase of the plasma membrane, NADPH oxidase and phenylalanine ammonia-lyase. The polypeptidic nature of certain compounds secreted by P. Chlamydospora and P. Aleophilum enabled us to obtain polyclonal antibodies directed against these polypeptides which were subsequently used for the optimisation and validation of a dot-blot method. This simple test could distinguish between infected and non-infected plants. This test was initially validated on grapevine cuttings grown in a greenhouse and which were inoculated selectively by each fungus. The test was then used in a vineyard on plants in the presence or absence of foliar esca symptoms. A treatment against esca was developed by either mixing molecules having antifungal action or inducing plant defence reactions. After verification of the antifungal activity of the association on P. Chlamydospora and P. Aleophilum on an in vitro culture, a treatment was evaluated in a greenhouse by foliar pulverization on grapevine cuttings inoculated selectively. The efficiency of the treatment was monitored by using the dot-blot method
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Daugrois, Jean-Heinrich. "Les beta-1, 3-glucanases du haricot : leur implication dans la résistance à l'anthracnose." Toulouse 3, 1989. http://www.theses.fr/1989TOU30166.
Abstract:
Ce travail est consacre a l'etude chez le haricot, d'enzymes considerees comme proteines de defense: les b-1,3-glucanases. L'experimentation est realisee sur le modele phaseolus vulgaris-colletotrichum lindemuthianum, champignon responsable d'une anthracnose. Il s'agit d'une interaction de type gene pour gene. L'utilisation d'une part, de cultivars sensibles et resistants au pathogene et d'autre part, de plusieurs races physiologiques du champignon, a permis d'etudier les b-1,3-glucanases dans divers cas de compatibilite et d'incompatibilite. Il a ete ainsi demontre que: suite a l'inoculation de la plante par le champignon, l'activite b-1,3-glucanase est stimulee de facon plus precoce lors d'une situation de resistance que lors d'une situation de sensibilite; deux enzymes basiques, a activite b-1,3-endo-glucanase, sont elicitees dans l'interaction. Elles different des formes enzymatiques constitutives par leurs caracteristiques physicochimiques (pi, pm, stabilite) et leur action hydrolytique. Ces deux enzymes ont ete purifiees a homogeneite et sequencees; certaines des b-1,3-glucanases du haricot (constitutives ou elicitees) peuvent hydrolyser des parois cellulaires isolees du pathogene; ces enzymes sont en partie localisees dans les espaces intercellulaires de la plante; elles peuvent etre stimulees suite a l'absorption d'eliciteurs fongiques (endopolygalacturonase et fragments parietaux)
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Gosme, Marie. "Modèlisation du développement spatio-temporel des maladies d’origine tellurique." Rennes, Agrocampus, 2007. http://www.theses.fr/2007NSARA049.
Abstract:
Les maladies d’origine tellurique sont difficilement contrôlables par la lutte chimique ou variétale et se caractérisent par des processus et des échelles spatio-temporelles différents de ceux des maladies aériennes. En particulier, les modes de dispersion des agents pathogènes du sol permettent l’apparition et le maintien d’une forte structure spatiale de ces maladies, qui se développent souvent sous forme de foyers. Cette agrégation influence à la fois la dynamique temporelle des épidémies et la relation dégâts-dommages, ce qui en fait un élément important du raisonnement des méthodes de lutte. L’objectif de cette thèse est de comprendre et de modéliser le développement spatio-temporel des épidémies d’origine tellurique afin d’en déduire des stratégies de gestion susceptibles de limiter les risques associés, en particulier en agissant sur la structure spatiale de ces maladies. Pour ce faire, deux modèles ont été développés. Le premier, spatialement explicite et assez détaillé biologiquement a été paramétré en conditions contrôlées dans le cas du piétin-échaudage du blé. Le test de ce modèle à l’aide de données issues du champ montre une bonne précision malgré un biais positif et indique des pistes pour améliorer la valeur prédictive du modèle. Le second modèle, plus simple et plus générique, utilise la théorie de la hiérarchie pour simuler le développement d’épidémies à plusieurs échelles spatiales simultanément. Il permet de tester des hypothèses concernant le fonctionnement des épidémies et les liens entre incidences à différentes échelles, et en particulier l’effet de la structure spatiale du peuplement hôte et de l’inoculum primaire sur la dynamique etl ‘agrégation de la maladie. Dans le cas du piétin-échaudage, pour lequel nous avons montré l’importance de la structure spatiale de l’inoculum primaire, ces simulations conduisent à préconiser des semis différents en fonction du rang dans la succession culturaleSoilborne diseases are difficult to control by fungicides or resistant cultivars ; they are characterized by processes and spatio-temporal scales that can be different from those of aerial pathogens. In particular, the dispersal processes of soiborne pathogens result in the appearance and persistence of strong spatial patterns, namely disease foci. Aggregation inflences both the temporal dynamics of diseases and their relation to crop losses thus making spatial pattern an important factor when assessing control methods. The objectives of this study were to understand and model the spatio-temporel develoment of soilborne epidemics in order to determine control strategies that may reduce disease risk through an effect on spatial pattern. To that end, two models were developed. The first one is spatially explicit and biologically realistic ; its parameters were measured for take-all disease of wheat. The model was tested with field data ; this showed that the model is precise but overestimates disease development. This test also provided possible avenues for improving the predictive ability of the model. The second model is simpler and more genetic ; it uses hierarchy theory in order to simulate disease spread across multiple spatial scales. Hypotheses concerning the behaviou of epidemics and the relationships between disease incidences at different spatial scales culd be tested using this model for example the effect of the host and inoculum spatial structures on disease dynamics and aggregation. In the case of take-all disease of wheat –for which we have demonstrated the importance of the spatial pattern of primary inoculum- the simulation results advocate for different sowing patterns according to the rank of consecutive wheat crops
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Jaber, Rim. "Défenses naturelles des plantes : identification de nouveaux stimulateurs de défenses des plantes (SDP) capables d'améliorer la résistance du lin contre le champignon Fusarium oxysporum." Rouen, 2016. http://www.theses.fr/2016ROUES059.
Abstract:
Les plantes de grandes cultures, dont le lin fait partie, sont constamment confrontées à de nombreux pathogènes dont l’impact sur la production peut s’avérer dramatique, impliquant inéluctablement des intrants chimiques. Pour lutter contre ces microorganismes, les plantes utilisent l'immunité innée appelée M/PTI (Microbe/Pathogen-Associated Molecular Patterns Triggered Immunity). La perception des agents pathogènes se met en place lors de la reconnaissance des motifs conservés à la surface des micro-organismes (M/PAMPs), par des protéines membranaires de la cellule végétale appelées PRRs (Pattern Recognition Receptors). L’utilisation d’éliciteurs capables de mimer les M/PAMPs et d’améliorer la résistance des plantes lors d’un stress représente une méthode de lutte alternative à l’utilisation de pesticides. Ainsi, le criblage d’une chimiothèque de 1600 molécules a permis d’identifier cinq composés capables d’activer la mise en place des mécanismes de défense chez la plante modèle Arabidopsis thaliana. Dans le cadre de mon projet de thèse, nous avons testé la capacité de ces cinq potentiels stimulateurs de défense des plantes (SDP) à améliorer la résistance du lin face au champignon pathogène Fusarium oxysporum (Fo) f. Sp. Lini, responsable de la fusariose vasculaire. Les résultats ont révélé que parmi ces cinq, deux composés, un naturel holaphyllamine (HPA) et un synthétique M4, n’affectent ni la croissance des plantules de lin aux concentrations inférieures à 10 μM, ni le développement et la germination des spores de F. Oxysporum. Les analyses microscopiques ont montré que HPA et M4 à 1 μM sont capables d’induire un stress oxydatif et la production de dépôts de callose. Par ailleurs, des analyses transcriptomiques ont révélé que ces deux molécules induisaient l’expression de deux gènes de défense (Pathogenesis-Related) : PR-2 et PR-3 codant une β-(1,3)-glucanase et une endo-chitinase, respectivement pouvant être impliquées dans la dégradation de la paroi du champignon. Finalement, les plantes de lin prétraitées avec HPA ou M4 présentent une diminution dans l’intensité des symptômes foliaires de plus de 50 et 70 %, respectivement. L’ensemble de ces résultats montre que l’HPA et M4 sont des SDP car ils sont capables d’activer les mécanismes de défense du lin et d’améliorer sa résistance face à F. OxysporumPlants are surrounded by a diverse range of microorganisms that can cause serious crop losses and requires the use of pesticides. Flax is a major crop in Normandy and is regularly challenged by the pathogenic fungus Fusarium oxysporum (Fo) f. Sp. Lini. In order to protect themselves, plants use “innate immunity” called M/PTI (Microbe/Pathogen-Associated Molecular Patterns Triggered Immunity) as a first defense line against pathogens. Plants are able to perceive pathogens by the recognition of conserved motifs on the surface of the pathogens (M/PAMPs), by transmembrane protein receptors (PRRs, Pattern Recognition Receptors). The use of elicitors able to mimic M/PAMPs and activate plant defense may be an alternative for plant protection that could minimize the use of pesticides. Based on this, previous work was conducted by screening a chemical library of 1600 compounds and has allowed the identification of five compounds able to activate defense responses in Arabidopsis thaliana. During my PhD thesis, we tested those five compounds on their abilities to improve resistance of two commercially available flax varieties used for their fibers against F. Oxysporum, responsible of the vascular wilt. The data show that two of them, holaphyllamine (HPA) a natural compound and M4 a synthetic one, did not affect flax growth up to 10 μM. In addition, they did not have any negative effects on F. Oxysporum development and spores germination at the tested concentrations (up to 10 μM). Cell imaging analyses showed that HPA and M4 at 1 μM can induce oxidative burst as well as callose deposition in flax, a well-known marker of PAMP-elicited defense mechanisms. Furthermore, transcriptomic analyses showed that HPA and M4 induced changes in the expression patterns of two pathogenesisrelated (PR) genes (PR-2 and PR-3) coding for a β-(1,3)-glucanase and an endo-chitinase, respectively. These enzymes can degrade the fungal cell wall and stop its growth. Finally, flax plants pre-treated with HPA and M4 before infection with Fo f. Sp. Lini exhibited a decrease in the foliar disease symptoms by more than 50 % and 70 %, respectively. Together, these findings demonstrate that HPA and M4 are elicitors as they are able to activate defense responses in flax plants that lead to improving its resistance against Fo infection
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Subileau, Corinne. "Systématique et biologie du complexe parasitaire constitué du Phyllachora torrendiella (Bat. ) nov. Comb. Et du Botryosphaeria cocogena nov. Sp. , agents fongiques du dessèchement foliaire du cocotier au Brésil." Paris 6, 1993. http://www.theses.fr/1993PA066645.
Abstract:
Deux maladies cryptogamiques affectent les cocotiers du Brésil. Le Phyllachora torrendiella et le Botryosphaeria cocogena provoquent le dessèchement des feuilles ce qui entrave la culture intensive du cocotier. Le Phyllachora torrendiella a été rendu responsable de la maladie appellée 'Lixa pequena" ou 'Tar spot'. Cet Ascomycète se manifeste sous forme de pustules noires à la face supérieure des folioles de cocotier. Ces structures sont soit des périthèces à huit ascospores hyalines et unicellulaires, soit des spermogonies à spermaties également hyalines de type scolécospore. Ces spermogonies se développent seules dans les premiers temps de l'épidémie puis dans le stroma les portant se développe le périthèce. Les ascospores sont frappées de dormance. La germination n'a été obtenue qu'en présence de Gibbérellines. La culture du Pyllachora torrendiella n'a pas été possible car la croissance de l'hyphe est stoppée juste après la levée de dormance. Les dégâts du Botryosphaeria cocogena, conus sous le nom de maladie 'Queima das Folhas' ou 'Leaf blight', se présentent sous forme de lésions de couleur marron jaune, qui en confluant, provoquent le dessèchement foliaire des cocotiers. Cet Ascomycète est le plus souvent présent sous sa forme asexuée, proche des Sphaeropsis, à conidies généralement hyalines et unicellulaires. La forme sexuée s'observe dans certaines plantations, sous forme de périthèces à huit ascospores hyalines et unicellulaires. Le gamétophyte mâle a été observé juste avant la formation des périthèces et produit des microspores ovoïdes à rôle de spermaties. La production périthéciale a été maîtrisée en culture sur un milieu semi-synthétique. Le Botryosphaeria cocogena est un Ascomycète caractérisé comme monoécique et homothallique. En réalité, ces deux Ascomycètes forment un complexe parasitaire sur le cocotier. Le Botryosphaeria cocogena est un champignon de faiblesse. Il pénètre dans la feuille grâce au stroma de Phyllachora torrendiella, qui lui tient lieu de porte d'entrée. Le Botryosphaeria cocogena envahit dans un premier temps, les espaces inter-cellulaires des tissus foliaires puis rapidement investit toutes les cellules à l'exception des tissus conducteurs qui restent indemnes. Le Botryosphaeria cocogena est légèrement moins virulent sur les hybrides par rapport aux races pures de cocotiers. L'étude de souches géographiquement distantes a montré une faible variabilité au sein de l'espèce. Il a été mis en évidence la présence d'un autre Botryosphaeria, le Botryosphaeria rhodina, uniquement sur les lésions présentes sur les noix de coco ou le rachis. Ce champignon n'est pas spécifique du cocotier et pénètre à la faveur d'une blessure. (voir la 4e de couverture)
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Mouly, Anne. "Recherche de marqueurs moléculaires de la tolérance du tournesol à Sclerotinia sclerotiorum." Toulouse 3, 1990. http://www.theses.fr/1990TOU30082.
Abstract:
On ne dispose a l'heure actuelle d'aucune variete de tournesol presentant un degre absolu de resistance a slerotinia sclerotiorum, champignon responsable de la pourriture blanche, ni de marqueurs biochimiques de resistance a cette maladie. C'est pourquoi des marqueurs moleculaires de tolerance du tournesol a ce parasite ont ete recherches. Un systeme d'infection localisee au niveau du collet de jeunes plantes a ete mis au point en conditions controlees. Il permet de discriminer les genotypes sensibles des tolerants. L'effet de l'infection sur l'expression des genes de la petite sous-unite de la ribulose-1,5-bisphosphatecarboxylase (ssu), enzyme cle du metabolisme photosynthetique, et des genes des glycoproteines riches en hydroxyproline (hrgp), proteines parietales associees a la defense, a ete etudie par hybridation northern. L'inoculation du collet provoque dans les feuilles une diminution du taux des arn de la ssu detectable des le 2eme jour dans une lignee sensible (ha89) et seulement au 8eme jour dans une lignee tolerante (ps3b). Inversement, l'infection induit a distance l'accumulation de plusieurs transcrits hrgp des le 2eme jour chez ps3b, plus tardivement (3eme jour) et de facon transitoire chez ha89. Ces effets differentiels de l'infection sont partiellement reproduits par l'absorption d'acide oxalique, toxine produite par sclerotinia sclerotiorum capable de reproduire en partie les symptomes de la maladie in situ. Cette molecule toxique joue un role d'eliciteur puisqu'elle induit l'augmentation des transcrits d'une proteine de defense: hrgp. Une modification du taux des arn de la ssu et de hrgp pourrait donc etre retenue comme marqueur moleculaire refletant le degre de tolerance des plantes de tournesol a sclerotinia sclerotiorum
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Diop-Bruckler, Marguerite. "Détection précoce de Ceratocystis fimbriata F. Platani, agent du chancre coloré du platane, par le test Elisa." Montpellier 2, 1991. http://www.theses.fr/1991MON20020.
Abstract:
L'objectif de ce travail est de trouver un moyen de diagnostic precoce par le test elisa, de ceratocystis fimbriata f. Platani, agent du chancre colore du platane. Cette grave maladie sevit dans plusieurs pays du sud de l'europe, dont le sud-est de la france. Un antiserum est fabrique avec les extraits proteiques de l'isolat de c. Fimbriata entr2. Il reconnait l'antigene homologue, ainsi que d'autres isolats, au total 10, provenant de suisse ou de marseille. L'antiserum ne reconnait aucun de champignons lignivores couramment rencontres dans notre region sur platane. Sa confrontation avec 12 especes de ceratocystis issues de diverses essences forestieres ne montre de parente serologique qu'avec c. Olivacea. Donc on peut dire que l'antiserum est dote d'un bon niveau de specificite et un spectre de detection large. Dans le cas de bois peu contamine, la mise en evidence de c. Fimbriata f. Platani n'est possible que par le test elisa. Une amplification des reponses est etudiee avec le systeme biotine-avidine qui permet une hausse significative des densites optiques. Des techniques tres fines, empruntees a la geostatistique, sont etudiees pour apprecier quantitativement la repartition spatiale du parasite au sein des arbres infectes. Cette demarche indispensable a permis de raisonner un mode d'echantillonnage optimal au sein des arbres apparemment sains. C. Fimbriata f. Platani peut etre detecte par ses aromes dont la composante principale est l'acetate d'isobutyle. La validation de cette technique doit etre poursuivie sur des echantillons de bois de platane provenant d'arbres apparemment sains
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Ioos, Renaud. "Caractérisation génétique de Phytophthora alni Brasier & S. A. Kirk, hybride interspécifique agent du dépérissement de l'aulne en Europe." Nancy 1, 2006. http://docnum.univ-lorraine.fr/public/SCD_T_2006_0105_IOOS.pdf.
Abstract:
Une maladie émergente causant le dépérissement de l'aulne est causée par un complexe de trois taxons du genre Phytophthora (Oomycète) : P. Alni subsp. Alni (Paa), P. Alni subsp. Multiformis (Pam) et P. Alni subsp. Uniformis (Pau). La première partie de cette étude a consisté à mettre au point des outils de détection spécifiques de ces trois taxons. À partir de SCARs générés par RAPD, nous avons défini trois couples d'amorces de PCR dont l'utilisation combinée permet la détection et l'identification spécifique de Paa, Pam et Pau dans différents substrats (plante, eau, sol). Nous avons ensuite étudié la présence et la distribution allélique pour quatre gènes nucléaires contenant des introns sur une collection de P. Alni et d'espèces proches. L'ADN mitochondrial a également été étudié par RFLP et séquençage de deux gènes. Nous avons montré que i) Pau ne semble pas avoir été généré par hybridation, ii) Pam présente deux allèles fortement divergents pour chaque gène nucléaire et résulterait donc d'une réticulation ou d'une autopolyploïdisation, iii) Paa cumule les allèles présents chez Pam et Pau et a probablement été créé par hybridation entre Pam et Pau ou des taxons très proches. De plus, nous avons étudié le profil d'expression des gènes codant pour des élicitines, famille multigénique spécifique du genre hytophthora. L'additivité des profils de Pau et Pam vis-à-vis de Paa a confirmé nos premiers résultats. Enfin, afin d'étudier la variabilité génétique de ces différents taxons, des marqueurs microsatellites ont été isolés chez Paa et caractérisés. Les génotypes obtenus montrent une faible variabilité chez les trois taxons. Ils confirment nos hypothèses quant à l'origine de Paa et suggèrent que Pam est aussi un taxon allopolyploïdeAn emergent disease of alder is caused by a complex of three taxa belonging to the genus Phytophthora (Oomycetes): P. Alni subsp. Alni (Paa), P. Alni subsp. Multiformis (Pam) and P. Alni subsp. Uniformis (Pau). The first part of this study focused on the development of specific detection tools for these three taxa. Based on SCARs generated with RAPD, we designed three PCR primer pairs which can be combined to specifically detect and identify Paa, Pam and Pau in different substrates (plant tissue, water, soil). Second, we studied the occurrence and the allelic distribution for several nuclear single-copy genes containing introns on a wide collection of P. Alni and close species. Mitochondrial DNA was also studied through RFLP and gene sequencing. We demonstrated that i) Pau may not result from a hybridization event, ii) two divergent alleles for each of the nuclear genes are observed in Pam, which suggests this taxon may have been generated by a reticulation or by autopolyploidisation, iii) Paa combines the alleles observed in Pam and Pau and was probably generated by hybridization between Pam and Pau or Pam- and Pau-like taxa. In addition, we studied the expression of elicitin genes, a multigenic family specific to the genus Phytophthora. The cumulative patterns of Pau and Pam in regard with Paa confirmed our first results. Last, in order to study the genetic variability of the different taxa, microsatellite markers were isolated in Paa and characterized. The genotypes we resolved demonstrate a low level of variability for the three taxa. They confirm our hypotheses in regard with Paa origin and suggest that Pam is also an allopolyploid taxon
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Guyot, Jean. "Analyse, à petite échelle, de l’influence de l’environnement, de l’inoculum et de l’hôte sur la dynamique épidémique de la maladie sud-américaine des feuilles de l’hévéa (Microcyclus ulei) en milieu amazonien." École nationale supérieure agronomique (Montpellier), 2007. http://www.theses.fr/2007ENSA0027.
Abstract:
La maladie sud-américaine des feuilles de l’hévéa (Microcyclus ulei, Ascomycètes), est la plus grave des maladies de l’hévéa. Elle est un obstacle à sa culture à très grande échelle en Amérique latine et constitue une menace sérieuse pour la filière caoutchouc naturel en cas d’introduction en Asie et en Afrique. La lutte s’est orientée définitivement, depuis plus de vingt ans, vers la sélection de clones d’hévéas résistants et vers la culture de l’hévéa dans des zones où les dégâts sont tolérables pour une hévéaculture rentable, mais les études sur l’épidémiologie de la maladie sont peu nombreuses. Ce travail aborde la maladie aux échelles de la feuille et du rameau en conditions naturelles, sur trois clones de sensibilités diverses. Elle montre qu’à de telles échelles, l’incidence clonale sur la dynamique de la maladie est détectable mais minime. L’effet de la phénologie, en relation avec le facteur clonal, ne s’exerce, en revanche, qu’à des échelles supérieures. Le climat, en région équatoriale, n’est quasiment jamais limitant, les infections étant possibles toute l’année. Son influence s’exerce surtout par l’intermédiaire des pluies, qui déclenchent la libération des ascospores et stimulent la production de jeunes feuilles sensibles. Mes résultats indiquent que les ascospores sont à l’origine de la dispersion de la maladie à longue distance et de son apparition dans des zones saines. Les conidies assurent la multiplication du champignon et la propagation de la maladie à courte distance en période de végétation des hévéas. Les infections sont favorisées par l’humectation des feuilles, qui n’est toutefois jamais limitante dans le contexte de l’étude. L’effet du climat est plus perceptible sur les clones sensibles que sur le clone résistant. La disponibilité en inoculum et la réceptivité de l’hôte apparaissent essentiels pour l’installation de la maladie, dont la propagation se révèle assez lente, conditionnée essentiellement par la présence de feuillage réceptif.
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Thébaud, Gaël. "Etude du développement spatio-temporel d'une maladie transmise par vecteur en intégrant modélisation statistique et expérimentation : cas de l'ESFY (European stone fruit yellows)." Montpellier, ENSA, 2005. http://www.theses.fr/2005ENSA0028.
Abstract:
Les maladies (ré-)émergentes peuvent être à l'origine de graves crises économiques, voire sociales. L'enjeu immédiat dans ce champ de recherche est d'acquérir les connaissances épidémiologiques permettant de gérer ces maladies. Une démarche visant à répondre à cet enjeu est présentée et appliquée à une maladie des Prunus ré-émergente en Europe : l'ESFY (European stone fruit yellows). Cette maladie provoque un dépérissement incurable touchant surtout les abricotiers et les pruniers japonais. Elle est due à un phytoplasme ('Candidatus Phytoplasma prunorum') spécifiquement transmis par Cacopsylla pruni sur le mode persistant. Nous avons analysé les facteurs de risque et les processus épidémiques de l'ESFY en intégrant plusieurs approches : un modèle statistique à l'échelle régionale pour analyser les facteurs corrélés à la prévalence de l'ESFY, des expérimentations sur le cycle du vecteur et sur le potentiel infectieux de ses différents stades, et des tests d'hypothèses basés sur la localisation des arbres malades. Les approches statistiques soulignent l'impact majeur de la combinaison variété/porte-greffe sur la dynamique de l'ESFY. Les expériences prouvent que C. Pruni est un vecteur univoltin dont les jeunes stades acquièrent le phytoplasme, le multiplient, puis le conservent pendant la période d'estivage et d'hivernage qu'ils passent sur des conifères (hôtes alternatifs). Selon le scénario le plus probable issu de la confrontation des différentes approches, seuls les vecteurs réimmigrants infectés depuis l'année précédente transmettraient l'ESFY dans les vergers d'abricotier ; ils y arriveraient au hasard et indépendamment les uns des autres, puis ils réaliseraient souvent des inoculations primaires successives à courte distance : la maladie serait donc monocyclique dans les vergers d'abricotier. Ce scénario a été inclus dans un modèle de simulation à l'échelle du verger, exploitable par la suite pour estimer les paramètres liés aux comportements locaux du vecteurEmerging and re-emerging diseases can give rise to serious economical - and even social - crises. Improving the knowledge that allows coping with such diseases is an immediate stake in this field of research. An approach to this issue is proposed and applied to European stone fruit yellows (ESFY), a disease of Prunus trees that re-emerges in Europe. This disease is responsible for an incurable decline, mainly on apricot and Japanese plum. It is caused by a phytoplasma ('Candida/us Phytoplasma prunorum') specifically transmitted by Cacopsylla pruni on the persistent mode. Wc analysed the risk factors and the processes of ESFY epidemics through integrating several approaches: a statistical model at a regional scale for analysing the factors correlated to ESFY prevalence, experiments on the cycle of the vector and on the potential infectivity of its different stages, and hypothesis tests based on the location of diseased trees. The statistical approaches highlight the major impact on disease dynamics of the cultivar/rootstock combination. The experiments demonstrate that C. Prumi is a univoltine vector whose young stages acquire the phytoplasma, multiply it, and then conserve it during their summering and overwintering on conifers (alternative hosts). In the most probable scenario arising from the comparison of the different approaches, the reimmigrants infected since the year before would be the only efficient vectors of ESFY in apricot orchards, where they would land at random and independently; then, they would often perform several short-distance primary inoculations: therefore, this disease would be monocyclic in apricot orchards. This scenario was incorporated into a simulation model at the orchard scale, which, in the future, will unable estimating the parameters linked to the local behaviour of the vector
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Calenge, Fanny. "Organisation génomique globale des facteurs de résistance à la tavelure (Venturia inaequalis), à l'oi͏̈dium (Podosphaera leucotricha) et au feu bactérien (Erwinia amylovora) chez le pommier (Malus x domestica)." Angers, 2004. http://www.theses.fr/2004ANGE0002.
Abstract:
L'objectif de cette thèse était d'étudier l'organisation génomique des facteurs de résistance du pommier. Nous avons effectué la cartographie génétique d'une descendance de pommier, puis étudié le déterminisme génétique de la résistance partielle à la tavelure, l'oi͏̈dium et le feu bactérien dans trois descendances de pommier par analyse QTL. Nous avons enfin cartographié des gènes candidats de résistance et de défense. Les facteurs de résistance cartographiés au cours de ce travail et au cours d'autres travaux menés par d'autres équipes ont été réunis sur une même carte génétique. Nous avons observé une tendance forte au regroupement de facteurs de résistance différents et des colocalisations entre QTL, gènes majeurs et gènes candidats qui nous permettent de formuler quelques hypothèses sur la fonction des QTL et gènes majeurs du pommier. Ces résultats nous permettent d'envisager des stratégies de création de variétés de pommier à résistances multiples et durablesThe purpose of this thesis was to determine the genomic organization of resistance factors in apple. We first constructed a genetic linkage map of an apple progeny. Then we studied the genetic determinism underlying partial resistance to scab, powdery mildew and fire blight in three progenies through a QTL analysis. At last, candidate genes presumably involved in resistance or defense against pathogens were mapped. The disease resistance factors identified during this study, and additional resistance factors (QTL and major genes) identified during previous studies were located on the same synthetic genetic linkage map. Most resistance factors were organized in clusters. Several co-localizations between QTL, candidate genes, and major genes occured, which led us to formulate some hypotheses about the putative functions of the genes and QTL mapped. From these results, strategies to create apple varieties carrying multiple resistances may be defined
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Gibert, Caroline. "Génération de fissures cuticulaires sur la pêche (Prunus Persica (L. ) Batsch) en réponse à des opérations culturales : conséquences pour la qualité et la contamination par les monilioses." Avignon, 2007. http://www.theses.fr/2007AVIG0604.
Abstract:
A partir d'expérimentations réalisées deux années sur des nectarines soumises à des conditions de croissance contrastées par des charges en fruits et régimes d'irrigation variables, nous avons quantifié les fissures cuticulaires et examiné par une démarche de modélisation leur contribution à la qualité des fruits via la conductance de l'épiderme à la vapeur d'eau et à la contamination par les monilioses. Les fissures cuticulaires, générées durant la phase de grossissement du fruit représentent jusqu'à 12,5 % de sa surface lorsque sa vitesse de croissance est forte. Elles participent largement à la conductance (jusqu'à 85%) et à l'infection des fruits par M. Laxa. L'évolution de la conductance, de ses composantes et de la surface de fissures selon la croissance ainsi que la probabilité d'infection des fruits selon la surface de fissure et la densité de coridies ont été modélisées. Ces équations ont été intégrées à un modèle existant de "fruit virtuel" simulant des critères de qualité organoleptique. Ce modèle combiné a été utilisé pour évaluer différents scénarios techniques sur un profil alliant critères de qualité, potentiel de conservation des fruits et impact environnemental. Des scénarios incluant des stress hydriques permettent un bon compromis mais nécessitent une évolution des standards du marchéBased on experiments realized two years on nectarine fruits grown under various cultural conditions (variable fruit crop loads an irrigation regimes), we quantified cuticular cracks and examined by a modelling approach their contribution to fruit quality via the surface conductance to water vapour diffusion and to fruit contamination by brown rot. Cuticular cracks occur during the final swelling of the fruit and represent up to 12,5% of its surface area when its growth rate is high. They preponderantly participate to conductance (up to 85%) and fruit infection by M. Laxa. The evolution of conductance of its components and of cuticular crack surface area driven by fruit growth and the probability of fruit infection in relation with the cuticular crack surface area and the conidial density were modelled and the equations integrated into an existing "virtual fruit" model simulating organoleptic quality traits. This combined model was used to evalutate technical scenarios, emphazing fruit organoleptic quality, storage potential and environmental quality. Scenarios including water stress offer a good compromise but require an evolution of market standards
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Marçais, Benoît. "Influence de facteurs de l'environnement sur le développement de l'encre du chêne rouge (Quercus rubra L. ), maladie provoquée par Phytophthora cinnamomi." Nancy 1, 1992. http://docnum.univ-lorraine.fr/public/SCD_T_1992_0217_MARCAIS.pdf.
Abstract:
La maladie de l'encre du chêne rouge (Quercus rubra L. ) se caractérise par la présence d'un chancre cortical sur tronc, provoqué par Phytophthora cinnamomi Rands. Le travail présenté examine l'influence de paramètres de l'environnement, températures hivernales et alimentation en eau des arbres, sur le développement du chancre cortical. Une première partie précise l'étiologie de la maladie. La sensibilité à P. Cinnamomi des tissus corticaux secondaires du chêne rouge croît avec le diamètre de l'organe, racine ou tige. Elle est la plus forte au niveau du tronc et du collet de l'arbre. Par contre, les racines de faible diamètre sont beaucoup plus résistantes, ce qui entraîne une faible sensibilité du système racinaire par rapport au tronc. L'alimentation en eau des chênes a un rôle très important dans l'épidémiologie de l'encre. Un stress hydrique implique à terme une aggravation de la maladie. L'affaiblissement des arbres par des sécheresses au cours des deux années précédentes joue un rôle déterminant dans la gravité de l'encre une année donnée. Un modèle décrivant l'effet du gel sur la survie de P. Cinnamomi dans les tissus corticaux du chêne rouge durant l'hiver a été développé. Il permet de mettre en évidence que le développement de l'encre est limité par le gel hivernal dans certaines parties du Sud-Ouest. Il est très probable que la courte survie de P. Cinnamomi au-dessous de 0°C empêchera la maladie de s'étendre à l'ensemble de la France. Son aire de répartition, limitée au sud-ouest, ne s'est d'ailleurs pas étendue au cours des 25 dernières années. Le modèle permettra ultérieurement d'établir une cartographie des régions ou l'encre est susceptible d'avoir un impact important.
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Habrylo, Olivier. "Une E. S. T. (Expressed Sequence Tag) conduit à la caractérisation, chez le houblon (Humulus lupulus), de trois inhibiteurs de xyloglucanase dont l’expression est influencée par des facteurs biotiques et abiotiques." Strasbourg, 2011. http://www.theses.fr/2011STRA6143.
Abstract:
Les pathogènes fongiques sécrètent un arsenal enzymatique pour dégrader la paroi végétale des plantes hôtes. Certaines de ces enzymes peuvent être inhibées par des protéines de plante. Une famille d’inhibiteurs, ayant la capacité d’agir sur les xyloglucanases et nommée XEGIP (xyloglucan-specific endoglucanase inhibitor protein) est peu caractérisée et ce projet a permis la mise en évidence et l’étude de trois de ces protéines chez le houblon (Humulus lupulus). Des nombreuses preuves ont pu être accumulées sur le rôle potentiel de ces protéines dans la défense de la plante. À partir d’une EST (Expressed Sequence Tag ), trois gènes (67 % d’identité nucléotidique), codants des XEGIPs ont été identifiés, clonés puis exprimés en cellules d’insectes. Des mesures d’activité enzymatique avec le substrat xyloglucane ont pu confirmer la fonction de ces protéines : en contact avec les protéines recombinantes, l’activité xyloglucanase des surnageants de culture d’Aspergillus aculeatus et de Fusarium graminearum a pu être inhibée pour l’inhibiteur n°1 et l’inhibiteur n°2 et non pour l’inhibiteur n°3. La recherche d’enzymes cibles a conduit à la production, l’expression et la caractérisation de quatre protéines de GH12 de F. Graminearum jusqu’alors non étudiées. Les analyses en PCR quantitative ont montré une distribution spatiale différente des inhibiteurs ainsi que l’existence d’une expression différentielle selon les variétés. Une tendance générale de l’expression de l’inhibiteur n°1 et l’inhibiteur n°2 a montré une induction préférentielle respectivement lors de stress abiotiques ou biotiques. L’inhibiteur n°3 présente une surexpression importante lors de la germination au stade cotylédons ou dans les fleurs femelles en comparaison à celle de la grainePhytopathogenic fungi secrete a powerful arsenal of enzymes potentially active on each polysaccharide layer of the plant cell. As a first line of defense, plant cell walls contain several inhibitors to specifically inhibit the activity of these microbial enzymes. In the present study we describe the identification and characterization of three xyloglucan-specific endoglucanase inhibitor proteins (XEGIPs) from hop (Humulus lupulus). Some evidences have been accumulated about the role of these XEGIPs in plant defense. Starting from an expressed sequence tag three genes were isolated by the rapid amplification of cDNA ends, cloned and corresponding proteins expressed in insect cells. The functions of the proteins were validated by enzymatic activity measurements were performed with xyloglucan as substrate. Inhibitor n°1 and inhibitor n°2 were shown to inhibit the hydrolytic activity of xyloglucan-specific endoglucanase from the fungi Aspergillus aculeatus and Fusarium graminearum. The investigation on target enzymes lead to production, expression and characterization of four unknown GH12 from F. Graminearum. Real-time PCR have shown variations in the spatial distribution of inhibitors and differential expression between hop cultivars. The main lines are the following : inhibitor n°1 is expressed as a result of wounding and inhibitor n°2 is inducible by F. Graminearum. Inhibitor n°3 could be have a physiological function with a positive regulation during the germination stages and in the female hop cones
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Durup, Valérie. "Le vin de Chablis." Paris 5, 1994. http://www.theses.fr/1994PA05P014.
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Kozlowska-Makulska, Anna. "Variabilité biologique et moléculaire des polérovirus responsables de la jaunisse modérée de la betterave sucrière en Pologne et en France." Université Louis Pasteur (Strasbourg) (1971-2008), 2008. https://publication-theses.unistra.fr/restreint/theses_doctorat/2008/KOZLOWSKA-MAKULSKA_Anna_2008.pdf.
Abstract:
The research conducted in the present work on beet polerovirus variability (Beet mild yellowing virus et Beet chlorosis virus) had four major objectives: 1° an epidemiological survey which aimed to identify beet polerovirus species occurring in Poland and evaluate their distribution in France allowed us to identify BChV for the first time in Polish sugar beet fields and to detect increasing cases of co-infections between BMYV and BChV in France. Furthermore, samples of red beets and weeds growing adjacent to sugar beet fields were collected and beet poleroviruses were detected respectively in 14 out of 158 samples and in 20 out of 99 samples; 2° the molecular characterization of some Polish isolates as compared with French ones and a phylogenetic analysis have shown that beet poleroviruses population contain recombinants between BChV and BMYV in the CP gene; 3° the aphid transmission experiments of some selected isolates of BChV and BMYV using four species have shown that they are efficiently transmitted by Myzus persicae and by Macrosiphum euphorbiae but no transmitted by Aphis fabae nor Myzus ascalonicus. Furthermore, some variability of transmission of BChV isolates by two clones of M. Euphorbiae was observed ; 4° the variability tests on P0 protein in relation to the gene silencing suppressor function have demonstrated that the P0 proteins of most of BMYV isolates display this function except two of them, and that all tested P0 of BChV isolates display no anti-PTGS activityCe travail de thèse sur la variabilité des polérovirus de la betterave (Beet mild yellowing virus et Beet chlorosis virus) avait quatre objectifs scientifiques : 1° une étude épidémiologique comparée de la jaunisse modérée de la betterave en France et en Pologne dont les résultats ont montré pour la première fois la présence du BChV en Pologne et confirmé la progression du BChV en France, ainsi que la fréquence croissante de co-infections BChV-BMYV. Lors de cette étude, des échantillons de betterave rouge, ainsi que d’adventices, ont également été trouvés infectés par des polérovirus de la betterave dans respectivement 14 sur 158 et 20 sur 99 plantes ; 2° une caractérisation moléculair des isolats polonais en comparaison avec des isolats français, suivie d’une analyse phylogénétique qui a permis d’identifier des isolats recombinants de BChV, chez lesquels la séquence de la CP était reliée phylogénétiquement à celle du BMYV; 3° une analyse de la spécificité de transmission de différents isolats du BChV et du BMYV par quatre espèces aphidiennes qui a révélé un fort taux de transmission par Myzus persicae et Macrosiphum euphorbiae et une absence de transmission par Aphis fabae et Myzus ascalonicus. De plus, une variabilité d’efficacité de transmission parmi les isolats du BChV a été obtenue avec deux clones de M. Euphorbiae ; 4° une évaluation du degré de la suppression du PTGS (post-transcriptional gene silencing) qui a montré que la protéine P0 du BMYV est un suppresseur de PTGS très efficace hors de son contexte viral. Par contre, dans les mêmes conditions expérimentales, la P0 du BChV n’a montré aucun effet de suppression du RNA silencing. De plus, pour deux isolats du BMYV, la P0 n’a pas induit de suppression du silencing
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Allorent, Delphine. "Analyse et modélisation épidémiologique de la tache angulaire du haricot ("Phaseolus vulgaris") due à "Phaeoisariopsis griseola"." Montpellier 2, 2005. http://www.theses.fr/2005MON20041.
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Benizri, Emile. "Mise au point d'un modèle de simulation et de prévision de la rouille brune du blé." Toulouse, INPT, 1989. http://www.theses.fr/1989INPT011A.
Abstract:
Cette etude presente un modele de simulation et de prevision de la rouille brune du ble dont l'agent pathogene, le puccinia recondita f. Sp. Tritici, est le principal parasite des parties aeriennes du ble dans le sud-ouest de la france. Apres une synthese bibliographique indispensable et un inventaire des differents modeles existants, l'auteur a choisi d'etudier et d'ameliorer un de ces modeles en particulier. Son choix a porte sur le modele simul, rebaptise e. Pu. R. E. Le modele mis en forme, dont la description est detaillee dans le chapitre iii, est un modele deterministe, qui simule l'ensemble du cycle du puccinia recondita. Il utilise des donnees climatiques trihoraires (temperature et humectation ou hygrometrie) pour simuler et prevoir les differentes phases de l'evolution de la maladie. Ce modele integre egalement certains parametres d'ordre phenologique et agronomique. Apres une phase d'ajustement, l'auteur a procede a la validation du modele a partir de nombreuses observations et comptages sur le terrain. De par sa conception et son organisation, e. Pu. R. E. Peut etre utilise en tant que modele indicateur de risques et contribuer ainsi a l'amelioration des avertissements agricoles, mais aussi en tant que modele d'aide a la decision a la parcelle dans le cadre notamment du raisonnement des interventions fongicides et de l'interpretation des resultats d'experimentations des produits phytosanitaires. Enfin, dans une derniere partie, l'auteur a procede a la mise en place de quelques experimentations afin de verifier l'influence sur le pathogene de certains parametres
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Sakr, Nachaat. "Analyse du coût de virulence chez Plasmopara halstedii, l'agent du mildiou du tournesol." Phd thesis, Université Blaise Pascal - Clermont-Ferrand II, 2008. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00729681.
Abstract:
Afin de mieux comprendre les interactions entre Plasmopara halstedii et le tournesol, nous nous sommes intéressés à la variabilité du pouvoir pathogène du parasite. Sur une population locale de P. halstedii obtenue sous des conditions naturelles renforcées d'infection et sous différentes pressions de sélection appliquées durant 5 années consécutives, nous avons analysé les liens existants entre l'apparition de nouvelles virulences et l'agressivité d'une part, la variabilité de l'agressivité de populations de la race 710 multipliées sous les différentes méthodes de gestion de gènes Pl, d'autre part. Deux méthodes ont été développées au cours de notre travail : * la première pour obtenir des isolats mono zoosporanges afin d'étudier la variabilité intra et interpathotype, * la deuxième pour mesurer l'agressivité. Quatre critères de l'agressivité : le taux de réussite de l'infection, la durée de latence, la densité de sporulation et la diminution de taille de l'hypocotyle, ont été analysés sur trois génotypes du tournesol présentant différents niveaux de résistance quantitative. La durée de latence et la densité de sporulation classent les souches en deux groupes selon leur agressivité. Cependant, le taux de réussite de l'infection et la réduction de longueur de l'hypocotyle jouent également un rôle important dans l'estimation de l'agressivité des souches. La capacité de P. halstedii à surmonter des nouveaux gènes " Pl " de la résistance race-spécifique chez le tournesol (apparition de nouvelles virulences) est associée à une agressivité plus élevée. Nos résultats suggèrent l'existence d'un impact du mode de gestion des gènes Pl sur l'évolution de l'agressivité. En effet, seules les stratégies qui maintiennent des effectifs de plantes malades assez élevés favorisent une évolution de l'agressivité de P. halstedii. Donc, les données acquises sur l'évolution du pouvoir pathogène chez P. halstedii suggèrent que la durabilité de la résistance verticale ne serait jamais satisfaisante quel que soit son mode de gestion. Il apparaît très important de mettre en place rapidement des méthodes de lutte intégrées impliquant la résistance quantitative.
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Petitprez, Michel. "Pouvoir pathogène et épidemiologie de Exserohilum turcicum, parasite du mai͏̈s." Toulouse, INPT, 1989. http://www.theses.fr/1989INPT027A.
Abstract:
Exserohilum turcicum, parasite foliaire du mais, produit deux types de fractions phytotoxiques. La fraction hydrosoluble contient deux composes (pm300 d) qui reproduisent les symptomes de la maladie et induisent la degradation des cellules du mesophylle et la fermeture des stomates. La fraction soluble dans le chloroforme reduit l'index mitotique des meristemes, perturbe la mise en place du fuseau et altere la structure chromosomique. Au cours de l'infection, le parasite produit des alterations membranaires et la destructuration des chloroplastes. Chez les lignees porteures du gene ht#1, la mort rapide de quelques cellules du mesophylle s'accompagne de l'activation metabolique des cellules voisines (ribosomes, mitochondries). Cette reaction du type hypersensible ralentit le processus necrogene. A partir de quatre souches representatives des isolats du sud-ouest de la france, deux pathotypes se degagent. La race 1, thermophile, est endemique du sud de la france, la race 2 a cause de graves epidemies en maisiculture intensive (landes 1971 et 1982). Un suivi epidemiologique de cette derniere region durant cinq annees consecutives a permis de definir l'evenement contaminant primaire, la duree d'incubation et les pratiques culturales qui modulent l'epidemie. Sous contamination controlee, un protocole de comparaison multilocale de comportement varietal permet d'apprecier les parametres de la tolerance et leur stabilite spatiotemporelle
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Berger, Pascale. "Les composés phénoliques foliaires de l'hévéa et leur implication dans la résistance à "Colletotrichum gloeosporioides" Penz. Et "Microcyclus ulei" Henn." Montpellier 2, 1992. http://www.theses.fr/1992MON20062.
Abstract:
Des etudes statistiques ont permis de correler la resistance des jeunes feuilles d'hevea a colletotrichum gloeosporioides et microcyclus ulei a l'abondance de certains flavanes et flavonols. La localisation epidermique des flavonols semble bien adaptee a leur eventuelle implication dans la defense contre les pathogenes. La resistance des feuilles agees de tous les clones pourrait etre due a des flavanes. La resistance de certains clones vis-a-vis de m. Ulei pourrait etre en rapport avec la fongitoxicite de leurs extraits foliaires aqueux et avec des phenols presents dans ces extraits. L'inoculation par c. Gloeosporioides induit apparemment de plus fortes productions de scopoletine et accumulations de flavanes et de derives hydroxycinnamiques chez un clone resistant que chez un clone sensible. L'extension de l'infection s'accompagne d'un appauvrissement en phenols solubles vraisemblablement par fixation aux parois et/ou oxydation
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Valdès, Gomez Hector. "Relations entre états de croissance de la vigne et maladies cryptogamiques sous différentes modalités d’entretien du sol en région méditerranéenne." Montpellier, ENSA, 2007. http://www.theses.fr/2007ENSA0012.
Abstract:
Les relations entre les états de développement végétatif ou reproductif de la vigne et la sensibilité aux attaques de l’oïdium et du botrytis sont complexes et pauvrement documentées dans la littérature. L’état de croissance de la plante peut agir de façon directe ou indirecte sur les maladies et ce travail a cherché à étudier et à décrire ces relations. Pour cela, un dispositif expérimental a été installé sur une parcelle près de Montpellier avec différentes modalités de gestion du sol (enherbement permanent ou semi-permanent, désherbage total, irrigation) qui ont permit de créer des conditions de croissance contrastées. L’hypothèse selon laquelle le développement épidémique de l’oïdium et du botrytis est positivement corrélé aux états de croissance de la vigne a été vérifiée. Pour le botrytis, les deux facteurs principaux qui expliquent cette relation positive sont les conditions climatiques et micro climatiques en interaction avec les états de croissance de la vigne. Pour l’oïdium, le facteur explicatif majeur a été la population d’organes sensibles à partir de la floraison. Un schéma théorique général qui prend en compte cette relation croissance-maladie, ainsi que les mécanismes explicatifs est proposé. Les conditions qui défavorisent la croissance et le rendement de la vigne défavorisent aussi le développement des maladies. Paradoxalement ces conditions ne permettent pas forcement de satisfaire les objectifs de rendement et de qualité. En effet, l’état de croissance qui produit le rendement le plus élevé est celui de la modalité irriguée et fertilisée (optimum de production). Le niveau de croissance qui prévient le plus les dégâts sur grappes est celui de la modalité avec un enherbement permanent (optimum sanitaire). Entre ces deux extrêmes, on trouve la modalité avec un enherbement semi-permanent, qui produit des rendements et des dégâts de maladies intermédiaires ainsi que le raisin qui a été jugé le meilleur pour la production de vin
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Ouattara, Alassane. "Épidémiologie moléculaire des géminivirus responsables de maladies émergentes sur les cultures maraîchères au Burkina Faso." Thesis, La Réunion, 2017. http://elgebar.univ-reunion.fr/login?url=http://thesesenligne.univ.run/17_52_AOuttara.pdf.
Abstract:
Les épidémies virales constituent une menace majeure pour les cultures dans de nombreuses régions tropicales et subtropicales du monde. En Afrique de l'Ouest et Centrale, malgré la caractérisation d'une multitude de nouvelles espèces de géminivirus, les connaissances sur l'épidémiologie des maladies virales émergentes restent incomplètes, notamment concernant la diversité et l'identification précise des espèces virales incriminées. Paradoxalement, si l'on considère que la plupart des maladies émergentes causées par les géminivirus sont liées à des virus infectant naturellement les plantes sauvages, et qui se seraient adaptés aux plantes cultivées introduites, la diversité des populations virales dans leurs écosystèmes naturels reste très largement méconnue. De plus, le caractère non pérenne de la majorité des plantes maraîchères suggère l'existence de plantes hôtes alternatives ou réservoirs, qui permettent aux populations virales de se maintenir lors des périodes d'intercultures. Par conséquent, pour lutter contre ces nouvelles maladies virales dévastatrices, il est primordial d'acquérir de meilleures connaissances de la diversité des populations virales des plantes cultivées et sauvages, de leurs répartitions géographiques, de leurs liens phylogénétiques, de leurs pathogénicités et des principaux facteurs épidémiologiques à ''échelle des agro-écosystèmes. Ainsi, les travaux entrepris dans cette thèse ont porté sur l'analyse d’échantillons de plantes maraichères et non cultivées provenant de 48 localités réparties sur le territoire du Burkina Faso et de Côte d'Ivoire. Nos principaux résultats confirment à la fois la non-exhaustivité de notre connaissance de la diversité des géminivirus présent sur les cultures maraîchères, avec l'existence d’au moins cinq espèces de géminivirus impliqués dans la maladie du ToLCD-TYLCD, d'un gradient Nord-Sud de complexité des espèces de géminivirus au Burkina Faso, la prédominance du PepYVMLV sur les solanées cultivées et la présence de nombreuses plantes alternatives ou réservoirs. Au regard de la découverte d'un nouveau composant d'ADN-B en association avec le PepYVMLV, les principaux paramètres du pouvoir pathogène du PepYVMLV en infection simple ou mixte avec le composant d'ADN-B ont été évalués en conditions contrôlées. Nos résultats démontrent que même si le PepYVMLV n'est pas un bégomovirus bipartite strict, l'ADN-B représente à la fois un activateur fort de la virulence, de l'accumulation du virus dans la plante et de la transmission par son insecte vecteur Bemisia tabaci, qui semblent concourir à sa prédominance sur le terrain. Une diffusion plus large de ce composant d'ADN-B représenterait une menace majeure pour la culture de la tomate au Burkina Faso, en Afrique et plus largement dans le monde. L'élargissement des analyses par l'utilisation d'une approche métagénomique à non seulement permis de confirmer la présence d'une majorité des virus décrits préalablement avec les approches classiques, mais également la caractérisation de nouvelles espèces virales. L'analyse des réseaux d'associations virus-plantes hôtes et virus-virus ont montré des liens forts entre les populations virales associés à des groupes de genres de plantes cultivées et non cultivées soulignant la nécessité de considérer les agro-écosystèmes dans leur totalité pour lutter contre les maladies à géminivirus. L'ensemble de nos résultats soulignent l'importance des travaux d'épidémiosurveillance et d'inventaire des populations virales sur les plantes cultivées et sauvages afin de comprendre le fonctionnement des communautés virales à l'échelle des agroécosystèmes et l'impact des perturbations anthropiques sur les processus d’émergence de nouvelles maladiesGeminiviruses have emerged to become one of the largest and most economically important groups of plant-infecting viruses, and geminivirus-induced diseases are a major threat to worldwide vegetable production, particularly in tropical and subtropical regions of the world. Importantly, the accumulated body of work on some of the most important geminiviral associated diseases clearly demonstrate the role of geminiviruses associated with wild plants on the emergence of disease on imported crops. Moreover, recent metagenomic data suggested that the vast majority of viruses characterized from crops represent only a small fraction of the phytoviruses in general. It is therefore of prime interest to obtain a better knowledge of viral diversity infecting crops and wild plants, the main epidemiological parameters involved in their emergence and their dynamic at the scale of agro-ecological systems. In this work, a survey of solanaceous crop fields and their surrounding uncultivated plants from 48 localities in Burkina Faso and Ivory Coast was performed. The sample analysis using classical molecular biology tools both confirm the incompleteness of our knowledge of the geminivial diversity and the existence of numerous alternative wild host plants. At least five species of begomovirus and mastrevirus were found in association with the ToLCD-TYLCD. A North to South increasing gradient of complexity of viruses populations was uncover with PepYVMLV being the most prevalent on cultivated solanaceous plants. The discovery of the association of a newly described DNA-B component with the PepYVMLV also lead to the study of the epidemiological parameters of this co-infection. Despite this association being relaxed, it was demonstrated that the virulence of the disease, the viral accumulation and the transmission by Bemisia tabaci were increased with the presence of the co-infection with the DNA-B component. All these factors are probably associated with the success of this association on the field. Because of the extreme severity of the resulting disease, the diffusion of this new DNA-B component at a larger scale would represent a major threat to tomato culture in Burkina Faso, Africa and the world in general. The use of a metagenomic approach, allow the generalization of our findings to full agro-ecological settings. Besides confirming previous species discovery, species yet undescribed in Burkina Faso along with completely new begomovirus species were described. The inspection of the virus-plant and virus-virus associations networks allow to uncover strong links existing between the viral corteges associated to groups of cultivated and uncultivated plants. These findings emphasized the necessity to consider full agro-ecological settings plant diversity rather than only crops in order to understand and prevent geminiviruses associated diseases. Globally, our results highlight the necessity to carry on the ongoing plant disease monitoring work and the inventory of viral populations associated with cultivated and uncultivated plants in order to understand the functioning of natural geminiviral community and the impact of human practices on the emergence of viral disease
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Delanoë, Olivia. "Les ressources génétiques des passiflores de Guyane : amélioration de la culture des fruits de la Passion ("Passiflora edulis f. flavicarpa" Degener, Passifloraceae)." Montpellier 2, 1992. http://www.theses.fr/1992MON20154.
Abstract:
L'auteur presente une etude des ressources genetiques des passiflores de guyane francaise pour l'amelioration de la culture des fruits de la passion (passiflora edulis f. Flavicarpa degener). La finalite agronomique est de selectionner des porte-greffe resistants a des champignons pathogenes (fusarium) associes au deperissement des plantes cultivees apres une a deux annees de culture. L'auteur montre que les etudes sur la biologie des populations et la dynamique de croissance des passiflores, realisees dans le milieu naturel, sont fondamentales pour l'amelioration de la culture. D'une part, l'etude de la distribution biogeographique des populations des differentes passiflores permet de collecter du materiel vegetal rassemblant une certaine diversite genetique necessaire a l'amelioration. D'autre part, l'etude de la dynamique de croissance de quelques passiflores permet de repenser le probleme de la mortalite des lianes en culture, de discuter de l'apport du greffage et de preconiser une nouvelle methode de culture
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Faugeron, Sylvain. "Épidémiologie, biologie et génétique des populations de Mazzaella laminaroïdes (Rhodophyta) infectée par Endophyton sp. (Chlorophyta) et Pleurocapsa sp. (Cyanobacteria)." Lille 1, 2002. https://pepite-depot.univ-lille.fr/LIBRE/Th_Num/2002/50376-2002-55.pdf.
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Tourte, Catherine. "Epidémiologie de Pseudomonas syringae PV. Phaseolicola et mise au point de la PCR pour sa détection." Lyon 1, 1993. http://www.theses.fr/1993LYO10148.
Abstract:
Pseudomonas syringae pv. Phaseolicola (psp), bacterie phytopathogene responsable d'une maladie, la graisse a halo du haricot, produit une toxine specifique appelee phaseolotoxine. Cette maladie est une des plus importantes sous nos climats. Pour pouvoir lutter contre cette maladie, il est important de connaitre ses modes de dispersion et ses sources potentielles d'infection. La principale source d'infection connue est la semence. Il est donc important d'utiliser une methode de detection dans les lots de semences qui soit specifique, sensible, rapide et facilement automatisable. Un fragment de 0,5 kb, contenu dans un cluster d'adn dont les genes codent pour la production et/ou la resistance a la phaseolotoxine, a ete retenu apres avoir ete teste par hybridation pour sa specificite. Apres selection d'amorces, un test pcr a ete mis au point pour la detection de psp dans les semences et dans le sol. Sa sensibilite est de 10#4 ufc/g dans le sol. Par contre, dans les macerats, cette sensibilite est dependante de la couleur et de la variete des graines utilisees. Le suivi epidemiologique de psp a montre que le niveau de contamination d'une plante est dependant de sa distance a la source d'infection. De plus, une correlation lineaire importante a ete etablie entre le niveau d'infection des feuilles lors de la floraison et de l'apparition des gousses et le niveau d'infection des graines ulterieurement recoltees. La cinetique de survie de psp dans le sol ainsi que sa recherche sur plantes adventices ont montre que ni le sol, ni les plantes adventices ne semblent intervenir dans la contamination du haricot
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Chartrain, Laætitia. "Gènes de résistance spécifique et partielle à la septoriose du blé (Mycosphaerella graminicola)." Toulouse, INPT, 2004. http://www.theses.fr/2004INPT004A.
Abstract:
Cette thèse avait pour objet l'étude de la génétique de la résistance à la Septoriose du blé causée par Mycosphaerella graminicola, dans plusieurs cultivars utilisés comme source de résistance en Europe et dans le monde. La résistance partielle à la Septoriose, étudiée dans une population d'haploi͏̈des doublés provenant d'un croisement entre les cultivars Arina et Riband. Est apparue non-spécifique et polygénique. Des variétés utilisées comme source de résistance dans divers programmes de sélection ont été testées avec plusieurs isolats de M. Graminicola et des gène de résistance spécifique ont été identifiés. Nous avons montré que Stb6, le gène de résistance à l'isolat IPO323 était un gène probablement très ancien, entré dans les programmes de sélection à plusieurs reprises par des sources de résistance supposées indépendantes. Chez les cultivars Courtot et Tonic, un nouveau gène de la résistance à l'isolat néerlandais IPO89011l ,a été identifié et cartographié sur le chromosome 2B. Enfin, le determinisme génétique de la résistance de sources non-européennes a été étudié dans la lignée CYMMIT Kavkaz-K4500 (KK) et la lignée portugaise TE9111. La résistance de KK est contrôlée par au moins cinq gènes de résistance spécifique : Stb6, deux nouveaux gènes, Stb10 sur le chromosome 1D et Stb12 sur le chromosome 4A, un gène qui est probablement Stb7 et un autre gène non encore caractérisé. La résistance de TE9111 est elle aussi contrôlée par une combinaison de plusieurs gènes: Stb6, probablement Stb7 et un nouveau gène, Stb11, sur le chromosome 1B. Ces résultats suggèrent que d'excellents niveaux de résistance à la Septoriose du blé pourraient être obtenus en combinant des gènes de résistance appropriés.
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Moura, Luísa. "Diversité génétique et phénotypique ches P. Corrugata et P. Mediterranea, agents de la moëlle noire de la tomate : importance de la colonisation asymptomatique et de la température dans le développement de la maladie." Angers, 2006. http://www.theses.fr/2006ANGE0047.
Abstract:
L'anlyse phénotypique et le pouvoir pathogène de 84 souches bactériennes isolées de la moëlle noire au Portugal, ont montrée que P. Corrugata, P. Mediterranea, P. Viridiflava et les pseudomanas fluorescents "oxydase positive" représentent les bactéries prépondérantes dans l'étiologie de la maladie. Pour la première fois il est montré que P. Marginalis peut être un pathogène associé à cette maladie de la tomate. La présence de P. Cichorii est signalée également. L'analyse phénotypique de 119 caractéristiques a montrée que la majorité des isolats se place dans deux phénons, correspondant à P. Corrugata et P. Mediterranea. L'identification par multiplex-PCR a conduit à l'obtention de quatre profils différents à l'intérieur de l'espèce P. Corrugata. L'identification de souches portugaises (Pmc) qui présentent des caractéristiques intermédiaires entre P. Corrugata et P. Mediterranea, a montrée que le 2-cétogluconate n'est plus un caractère discriminant pour ces deux espèces. La diversité génétique de 63 isolats de P. Corrugata et P. Mediterranea évaluée par REP, ERIC et BOX-PCR et par ITS-HMA a mis en évidence trois groupes génétiques : P. Corrugata, P. Mediterranea et un nouveau lignage constitué uniquement par des souches portugaises (Pmc). Les résultats des hybridations DNA-DNA suggèrent l'existence de nouvelles espèces ou sous-espèces. La Bio-PCR s'est révélée une technique de choix pour la détection de P. Corrugata, P. Mediterranea, Pmc et P. Viridiflava, sur les racines et les organes aériens de la tomate, en absence de tout symptôme de maladiePhenotypic and pathogenic characterization of 84 strains isolated from tomato with symptoms of pith necrosis (TPN) in Portugal, showed that P. Corrugata, P. Mediterranea, P. Viridiflava and fluorescents Pseudomonas "oxydase positive", are the most imortant bacteria associated with the etiology of this disease. We discovered that, together with P. Cichorii, P. Marginalis is also a pathogen of TPN. Numerical analysis of 119 phenotypic characteristics placed the majority of the isolates in two distinct groups corresponding to P. Corrugata and P. Mediterranea species. Comparing these results with multiplex-PCR identification, we found four distinct profiles within P. Corrugata, some of strains sharing characteristics of P. Mediterranea. Consequently, we propose that the 2-ketogluconate to be no longer used as a discriminant substrate of these two species. The genetic diversity of 63 strains of P. Corrugata and P. Mediterranea evaluated by REP, ERIC and BOX-PCR, and by the ITS-HMA technique, allowed discrimination of three genetic groups corresponding to P. Corrugata and P. Mediterranea species, and a new genetic group, consisting of portuguese strains only (Pmc). Together with DNA-DNA hybridization studies, these results suggested the existence of new Pseudomonas species or sub-species. Bio-PCR used to detect and monitoring populations of P. Corrugata, P. Mediterranea, Pmc and P. Viridiflava in the soil and on tomato tissues in the absence of symptoms, provided new information on the epidemiology of the disease
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Pionnat, Sandrine. "Recrudescence du crown gall du rosier : caractérisation biochimique et moléculaire d'une population d'Agrobacterium tumefaciens et implications de la systémie de la bactérie dans l'épidémiologie de la maladie." Lyon 1, 1997. http://www.theses.fr/1997LYO10091.
Abstract:
Le crown gall cause par agrobacterium tumefaciens est actuellement la principale maladie du rosier cultive pour la fleur coupee. Son extension recente est liee aux nouvelles techniques de multiplication vegetative des plants et a l'essor des echanges commerciaux. Pour mettre en place une strategie de lutte, il est necessaire d'acquerir des elements d'epidemiologie tels que les origines de contamination et les modes de dissemination de l'agent pathogene. Dans ce but, nous avons identifie et caracterise 64 souches d'agrobacterium tumefaciens isolees de rosier, selon des criteres tels que le type opinique, la consommation en sources carbonees, l'analyse moleculaire (pcr/rflp) de sequences plasmidiques et chromosomiques. Nous avons ainsi 9 groupes plasmidiques. Deux d'entre eux rassemblent 31 souches a succinamopine, une opine rarement trouvee jusqu'ici. Les autres souches sont a nopaline. Nous avons egalement trouve 10 groupes chromosomiques, dont deux sont majoritairement representes. Il n'y a pas d'associations preferentielles entre les groupes plasmidiques et les groupes chromosomiques. Nous avons confronte les groupes plasmidiques obtenus au contexte cultural des plants de rosier : il existe une correlation etroite entre chacun des principaux groupes plasmidiques et une origine de porte-greffe, voire une selection de porte-greffe. Ces resultats suggerent que le porte-greffe est le vecteur de la dissemination d'agrobacterium tumefaciens. Nous avons verifie cette hypothese en recherchant l'agent pathogene dans les tissus vegetaux de plants contamines. Pour cela, nous avons mis au point un protocole de detection de l'agent pathogene par pcr a partir de broyat de tissus. Agrobacterium tumefaciens a ainsi ete detecte dans les tiges de plants malades. Nous avons egalement procede au bouturage de tiges de porte-greffes malades. La plupart des jeunes plants obtenus ont presente des symptomes de crown gall. Au vu des resultats obtenus, les perspectives d'application a la selection sanitaire sont discutes.
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Houillon, Ismaël. "Modélisation du paysage agricole et inférence du risque pour l'accompagnement des réseaux d'épidémiosurveillance : application au paysage agrumicole réunionnais." Thesis, La Réunion, 2022. http://www.theses.fr/2022LARE0014.
Abstract:
La surveillance des maladies de plantes est un enjeu majeur de la sécurité alimentaire. Bien que les méthodes de surveillance aient été grandement améliorées au cours de la dernière décennie, notamment avec la surveillance basée sur le risque, mettre en place une surveillance efficace n’est pas évident dans certaines régions. La Réunion est un excellent exemple de ces territoires où l'organisation de la surveillance des maladies des plantes est un défi en raison de sa position de DROM, avec un paysage très hétérogène et de faibles ressources. Depuis 2012, le Huanglongbing (HLB), causé par la bactérie Candidatus Liberibacter, est en réémergence dans les vergers d’agrumes de la Réunion et les services de l'État doivent organiser la surveillance d'un parcellaire agrumicole fragmenté, hétérogène et ce en tenant compte des politiques locales. Nous montrerons ici les méthodes développées pour améliorer la connaissance de la parcelle, et ainsi mieux comprendre les voies épidémiologiques potentielles. L'approche de photo-interprétation d'images satellites et de confirmation sur le terrain a permis de consolider la base de données incomplète existante. Nous montrerons également comment la surveillance basée sur le risque peut guider l'échantillonnage. Dans le cadre de la surveillance du HLB à la Réunion, une liste des parcelles les plus connectées a été utilisée pour cibler l'échantillonnage des zones les plus susceptibles d'être des nœuds épidémiologiques. Nous avons pu montrer grâce à des algorithmes d'apprentissage que l'altitude et la connectivité sont des variables d'importance majeure pour expliquer l'état de santé des agrumes. De plus, l’implication des jardins des particuliers dans l’épidémie a été mise en évidence, appuyant le fait que la seule surveillance du compartiment agricole n’était pas suffisante. Une évaluation du système de surveillance a également été réalisée en utilisant la méthode OASIS. Cela nous a permis de mettre en lumière le bon fonctionnement du noyau de la chaine de surveillance malgré des prises de positions dans l’organisation centrale à définir et une communication auprès du grand public qui reste à améliorerPlant disease surveillance is a major food safety issue. Although surveillance methods have been greatly improved in the last decade, especially with risk-based surveillance, implementing effective surveillance is not obvious in some regions. Reunion Island is an excellent example of such territories where organizing plant disease surveillance is a challenge due to its position as a DROM, with a very heterogeneous landscape and limited resources. Since 2012, Huanglongbing (HLB), caused by the bacterium Candidatus Liberibacter, is re-emerging in citrus orchards in Reunion Island and the state services have to organize the surveillance of a fragmented, heterogeneous citrus landscape and this taking into account local policies. We will show here the methods developed to improve the knowledge of the landscape, and thus better understand the potential epidemiological pathways. The approach of photo-interpretation of satellite images and field confirmation has allowed to consolidate the existing incomplete database. We will also show how risk-based surveillance can guide sampling. In the context of HLB surveillance in Reunion, a list of the most connected orchards was used to target sampling of areas most likely to be epidemiological nodes. We were able to show through learning algorithms that elevation and connectivity are variables of major importance in explaining the health status of citrus. Furthermore, the involvement of home gardens in the epidemic was highlighted, supporting the fact that the surveillance of the agricultural compartment alone was not sufficient. An evaluation of the surveillance system was also carried out using the OASIS method. This allowed us to highlight the good functioning of the core of the surveillance chain, despite the fact that positions in the central organization need to be defined and communication with the general public needs to be improved
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Boquel, Sébastien. "Propension vectorielle des pucerons dans l’épidémiologie du virus Y (PVY) en culture de pommes de terre." Amiens, 2011. http://www.theses.fr/2011AMIE0107.
Abstract:
Le virus Y de la pomme de terre (PVY) est un virus transmis par les pucerons sur le mode non-persistant, capable d’infecter de nombreuses espèces végétales. Un diagnostic conduit en 2006 en région Picardie a montré que 80 à 90 % des pucerons piégés dans les parcelles de pommes de terre correspondaient à des espèces non inféodées à cette plante. Dans ce contexte, l’objectif général de la thèse a été d’évaluer les capacités de différentes espèces de pucerons colonisatrices (Myzus persicae, Macrosiphum euphorbiae) ou non colonisatrices (Aphis fabae, Brevicoryne brassicae, Sitobion avenae, Acyrtosiphon pisum et Rhopalosiphum padi) de la pomme de terre à transmettre le PVY à cette plante. Pour chaque espèce, l’activité vectorielle correspondant aux comportements adaptés à la vection du phytovirus (comportement alimentaire et locomoteur) et l’efficacité vectorielle correspondant à la capacité à acquérir et inoculer le virus à une plante ont été déterminées. L’étude de l’activité vectorielle montre que chez les espèces colonisatrices de la pomme de terre, les individus aptères issus de la colonisation des ailés présentent un comportement sédentaire et que les potentialités de dispersion des ailés sont plus élevées chez M. Persicae que chez M. Euphorbiae. Ces deux espèces ne réalisent pas de déplacements de plantes en plantes contrairement aux pucerons non colonisateurs. L’étude du comportement alimentaire via la technique d’électropénétrographie (EPG) révèle que toutes les espèces réalisent des piqûres intracellulaires nécessaires à l'acquisition et à la transmission du virus. Par ailleurs, l’état infectieux de la plante est susceptible de moduler l’activité vectorielle des pucerons entraînant une forte répercussion dans la dissémination du virus. L'infection d'une plante par le PVY induit un effet phagostimulant chez M. Persicae et S. Avenae et anti-appétant chez M. Euphorbiae, A. Fabae et B. Brassicae. D’autre part, nous avons également mis en évidence une incapacité de ces espèces à discriminer entre une plante saine et une plante infectée par le PVY. L’étude de l’efficacité vectorielle a été mise en œuvre suivant une méthodologie originale, impliquant l'utilisation de vitroplants et la prise en compte de la période d’acquisition du virus, variable suivant les espèces. Les résultats révèlent des taux de transmission élevés pour les pucerons colonisateurs (83 % pour M. Persicae et 27 % pour M. Euphorbiae), moyens à faibles pour A. Pisum, B. Brassicae et S. Avenae (< 20%) et nuls pour A. Fabae et R. Padi. Malgré les taux de transmission élevés observés pour les espèces colonisatrices, leur influence dans le processus épidémiologique du PVY pourrait être surestimée en raison de leur comportement sédentaire. En revanche, certaines espèces non colonisatrices, notamment A. Pisum, B. Brassicae et S. Avenae, présentent une activité vectorielle très favorable à la dissémination du virus et leurs fortes densités de population en parcelles de pommes de terre pourraient compenser leurs plus faibles efficacités vectorielles. Ces travaux soulignant le rôle potentiel des espèces non colonisatrices apportent un nouvel éclairage sur la compréhension des mécanismes régissant la dynamique épidémiologique du PVYPotato virus Y (PVY) is a phytovirus transmitted in a non-persistent fashion by aphid vectors to a broad range of plants. A diagnosis carried out in 2006 in Picardy showed that 80 to 90 % of aphids trapped in potato fields corresponded to non-colonizing potato aphids. Thus, the main aim of this thesis was to evaluate the ability of different aphid species to transmit PVY to potato plants, whether they were potato colonizing aphids (Myzus persicae and Macrosiphum euphorbiae) or not (Aphis fabae, Brevicoryne brassicae, Sitobion avenae, Acyrtosiphon pisum et Rhopalosiphum padi). For each aphid species, vector activity, corresponding to the behavioural component (feeding and locomotion behaviour) involved in the spreading of phytoviruses and vector efficiency, corresponding to its ability to acquire and inoculate viruses, were determined. The vector activity study showed that in potato colonizing aphids, apterous individuals, born from colonizing alates, exhibit a sedentary behaviour and that alate dispersal ability is higher in M. Persicae than in M. Euphorbiae. Both colonizing species did not realize interplant movements contrary to non-colonizing ones. Through the electrical penetration graph (EPG) technique, the feeding behaviour study revealed that all species performed the intracellular punctures necessary for virus acquisition and inoculation. The infection status of the plant can modulate aphid vector activity and therefore can strongly impact on the PVY spreading. PVY-infected plants induced a phagostimulant effect on M. Persicae and S. Avenae, and a deterrent one in M. Euphorbiae, A. Fabae and B. Brassicae. Furthermore, dual choice bioassays revealed that all the aphid species tested were unable to discriminate between a healthy and a PVY-infected plant. The vector efficiency study was set up according to a novel methodology that involved the use of in vitro plants and the determination of different virus acquisition periods depending on the aphid species considered. Results showed high transmission rates for potato colonizing aphids (83 % for M. Persicae and 27 % for M. Euphorbiae), a medium to low rate for A. Pisum, B. Brassicae and S. Avenae (< 20 %) and no transmission for A. Fabae and R. Padi. Despite the high transmission rates observed for colonizing aphid species, their involvement in PVY epidemiology may be overestimated due to their sedentary behaviour. By contrast, some non-colonizing species, notably A. Pisum, B. Brassicae and S. Avenae, exhibited a vector activity favouring the spread of viruses and their high population densities in potato fields may compensate for their lower vector efficiency. This work highlights the potential role of non-colonizing potato aphid species and brings new insights into our understanding of the mechanisms governing the PVY epidemiological dynamics
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Clérivet, Alain. "Interactions hôte-parasite (Stemphylium floridanum, Hannon et Weber - Solanum gilo, Raddli) ; aspects symptomatologiques, ultrastructuraux et biochimiques." Montpellier 2, 1990. http://www.theses.fr/1990MON20202.
Abstract:
Les plants d'une solanee tropicale (solanum gilo) sont atteints d'une maladie foliaire dite des taches anguleuses provoquee par un agent pathogene fongique (stemphylium floridanum). Les symptomes necrotiques sont d'autant plus importants que les feuilles sont plus agees, les plus jeunes manifestant un niveau eleve de resistance. L'emploi d'un fongicide, le thirame, assure une excellente protection des cultures. In vitro, le developpement du champignon sur les milieux de culture usuels est marque par une grande variabilite morphologique. Seule la culture sur v8 dans des conditions d'eclairement et de temperature determinees stabilise les caracteres morphologiques et facilite la diagnose. A la suite de l'inoculation experimentale, l'attaque parasitaire debute par la penetration stomatique suivie de profondes modifications ultrastructurales des tissus foliaires. La culture du champ en presence de broyats foliaires s'accompagne de l'excretion d'enzymes hydrolytiques dans le milieu de culture. La production de cellulase est faible, celle des proteases et des pectinases est precoce, abondante et croit avec l'age des feuilles. En relation avec la resistance foliaire, la presence preponderante de l'acide chlorogenique parmi celle d'autres composes phenoliques a ete observee: soit par un taux constitutif eleve, soit par une synthese abondante et rapide induite par des eliciteurs fongiques. L'ensemble des resultats suggere que la fongitoxicite des composes phenoliques foliaires, particulierement celle de l'acide chlorogenique sur les activites enzymatiques serait en correlation avec les differentes capacites de resistance foliaire
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Duret, Marie-Pierre. "Les modèles en phytopathologie : étude du champignon Sclerotinia sclerotiorum sur colza (Brassica napus)." Lyon 1, 1992. http://www.theses.fr/1992LYO10120.
Abstract:
Le travail se situe au carrefour de plusieurs disciplines qui sont la biologie des populations, l'epidemiologie d'une maladie sur plantes, la modelisation, l'agronomie et la biometrie. La synthese bibliographique s'attache a une litterature specifique du domaine d'etude envisage, la phytopathologie. Sont presentes les modeles les plus couramment employes pour decrire et predire le developpement des maladies sur plantes, pour estimer les pertes de rendement qu'elles entrainent. Les problemes rencontres lors de l'acquisition des donnees indispensables a leur elaboration et leur mise en place sur le terrain sont discutes. L'importance de la notion de seuil de nuisibilite (biologique et economique) pour la construction d'un modele de prevision de pertes de rendement est egalement mise en evidence. Le systeme biologique etudie concerne un champignon ascomycete, sclerotinia sclerotiorum, qui se developpe sur le colza (brassica napus l. Var. Oliefera) et affecte son rendement. Les donnees sont fournies par le cetiom. Le protocole experimental permettant une etude epidemiologique de ce champignon est detaille, valide et des ameliorations possibles sont proposees. Des donnees issues d'enquetes agronomiques ou d'itineraires techniques sont egalement etudiees. Une partie methodologique montre l'apport des analyses multivariees (acp, acm, acp inter et intra-classes) au traitement de donnees d'epidemiologie vegetale en insistant sur leur interet pour la selection des variables reellement explicatives de la maladie et pour l'etude de l'influence de differents taux d'attaque, sur les variables morphologiques et le rendement. Une methodologie particuliere, derivee de la regression orthogonale, et l'utilisation de la methode d'analyse multitableaux statis sont proposees. Les criteres statistiques d'aide a la selection de la meilleure equation de regression sont egalement presentes. L'impact de faibles taux d'attaque de sclerotinia sclerotiorum sur le rendement du colza et l'existence d'une relation entre les caracteristiques morphologiques des plantes et le developpement d'une attaque sont etudies. Les resultats obtenus permettent d'emettre une hypothese sur le fonctionnement de la maladie dans le cas d'une faible attaque de sclerotinia sclerotiorum
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Soubeyrand, Samuel. "Spécifier un processus caché non modélisé en déterminant le lien asymptotique entre résidus et processus caché : application à l'analyse de la variabilité dans les expériences de propagation des rouilles du blé." Montpellier 2, 2005. http://www.theses.fr/2005MON20075.
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Sanssené, Jean. "Nécroses racinaires du pois causées par Fusarium solani (Mart. ) Sacc. F. Sp. Pisi (Jones) Snyd. & Hans. (Nectria haematococca Berk. & Br. , Mating Population VI) : connaissance de la maladie et diversité de la population pathogène." Littoral, 2002. http://www.theses.fr/2002DUNK0092.
Abstract:
Fusarium solani f. Sp. Pisi est l'agent de nécroses racinaires le plus fréquent du complexe parasitaire tellurique du pois. Avant d'engager un programme de sélection de variétés résistantes à ce parasite, deux axes de travail ont été privilégiés. Le premier concerne l'étude globale de la maladie, menée par expérimentations au champ, puis en conditions contrôlées semi-stériles. Le parasite attaque la plante lorsque la température dépasse 8°C, voire davantage en conditions séchantes. La nécrose est généralement centrée autour de la zone d'insertion des cotylédons. Par contre, en conditions séchantes, elle s'étend superficiellement sur toute la longueur de la racine, alors que la graine et l'épicotyle restent indemnes. La croissance de la plante est réduite lorsque la nécrose atteint le cylindre central, ce qui entraîne la dégradation du cambium et du phloème puis empêche l'extension du xylème. La gravité de l'attaque est bien représentée par la note de section nécrosée. La diversité de la population française de F. Solani f. Sp. Pisi est étudiée dans un deuxième temps, à partir d'une centaine d'isolats. L'appartenance à la population sexuelle MPVI est confirmée par séquençage et PCR-RFLP des ITSs et du gène d'ARN ribosomique 28S. Dans cette population, divers clones ont été identifiés, en combinant l'analyse des estérases et de l'extrémité télomérique. Certains présentent des caractères morphologiques communs utiles à leur identification. Au sein d'un clone, le pouvoir pathogène varie fortement entre les isolats. Trente génotypes de pois étudiés ont montré des différences selon leur niveau de résistance envers différents clones. Le choix du clone le plus fréquent en France s'impose donc pour les futurs travaux de sélection de variétés résistantes. Ce travail ouvre des perspectives d'étude des composantes du pouvoir pathogène de F. Solani f. Sp. Pisi, ainsi que des composantes de la résistance chez le poisFusarium solani f. Sp. Pisi is the most frequent root rot pathogen of peas in France. Before starting a breeding program of resistant varieties, investigation was carried out in two areas. The first one concerns the global study of the disease, with experiments conducted in the field and in semi-sterile conditions in the laboratory. The pathogen affects the plant when the temperature exceeds 8°C, even more in dry conditions. The necrosis is generally centred around the zone of insertion of cotyledons. On the other hand, in dry conditions, it extends superficially over the whole length of the root, while the seed and the epicotyl remain healthy. The plant growth is reduced when the fungus reaches the central cylinder, and induces the degradation of the cambium and the phloem, then prevents the extension of the xylem. The seriousness of the attack is well represented by the notation of rotted section. Secondly, we study the diversity of the French population of solani f. Sp. Pisi, from a collection of hundred monosopore isolates. The sequences and the PCR-RFLP analyses of the ITSs, and of the 28S rDNA, confirm the membership in the mating population MPVI. In this population, different clones were identified by combining the analysis of the esterases and the telomeric extremity. Some of them present common morphological characters useful for their identification. Within a clone, the pathogenicity varies strongly between isolates. Thirty genotypes of pea showed differences of resistance to various clones. As a consequence, the choice of the most frequent clone in France is imperative for the future breeding of resistant pea varieties. This work opens up perspectives of study of the constituents of pathogenicity of F. Solani f. Sp. Pisi, as well as constituents of pea resistance to this pathogen
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El, Chartouni Léa. "Conditions françaises de l'intéraction entre Mycosphaerella graminicola, agent de la septoriose du blé, et le blé : diversité et structure d'une population du champignon et modalités de la résistance et de la tolérance chez le blé." Littoral, 2009. http://www.theses.fr/2009DUNK0249.
Abstract:
Nous avons étudié les particularités françaises de l’interaction entre le blé et M. Graminicola. Dans un premier temps, l’étude de la diversité et de la structuration de sous-populations françaises du champignon a été effectuée sur 364 souches provenant de 17 départements, en utilisant 4 marqueurs microsatellites (ST1A4, ST1E3, ST1E7 et ST1D7) et deux séquences partielles des gènes d’actine et de β-tubuline analysées par PCR-SSCP. Les résultats obtenus ont confirmé le potentiel adaptatif du champignon en France, avec un faible flux de gène et une différenciation génétique modérée. La population française du champignon s’est avérée plus structurée que les populations précédemment étudiées et nous suggérons la présence de deux populations fondatrices avec une région d’admixion. Dans un second temps, nous avons étudié aux niveaux cytologique et biochimique les mécanismes de défenses chez 5 cultivars de blé français possédants différents profils de résistance (R) ou de tolérance (T) vis-à-vis de M. Graminicola. Nous avons constaté que la R est liée à la présence de rares papilles, la sensibilité (S) est caractérisée par un développement intercellulaire du champignon alors que la T ne présente aucun impact sur le processus infectieux du champignon. Au niveau biochimique, les activités lipoxygénase (LOX), peroxydase (PO) et glutathion-S-transférase (GST) ne discriminent pas, à elles seules, les profils de R ou de T. Les études de corrélations entre les observations cytologiques et biochimiques et les différents profils permettent de lier la nécrose à l’activité LOX chez les cultivars NT, l’enroulement du tube germinatif autour du stomate à l’activité PO chez les cultivars R et les pénétrations directes à l’activité de la GST chez les cultivars S. En outre nous discriminons les cultivars S par leurs profils de TWe studied the interaction wheat-M. Graminicola in the French conditions. At first, we looked at the diversity and the structure of M. Graminicola French populations. 364 strains collected from 17 counties were investigated using 4 microsatellite markers (ST1A4, ST1E3, ST1E7 et ST1D7) and 2 actin and β-tubuline partial sequences analyzed with PCR-SSCP. The obtained results confirmed the fungus high adaptation potential in France. We revealed a moderate genetic differentiation with a low gene flow. The population was found to be more structured than previously investigated ones, with 3 groups corresponding to 2 major clusters and a zone of admixture. We then looked at this interaction at cytological and biochemical level. We investigated 5 French wheat cultivars presenting different resistance (R) and tolerance (T) profiles towards M. Graminicola. We noticed that R was linked to rare papillae formation, susceptibility (S) was characterized by intercellular mycelial growth, whereas T presented no impact on the fungal infection process. Lipoxygenase (LOX), peroxidase (PO), and glutathione-S-transferase (GST) activities did not discriminate between R and T profiles. Correlations between cytological and biochemical data with the different R and T profiles revealed that necrosis correlates with LOX in NT cultivars, mycelia surrounding of stomata correlates with PO in R cultivars and direct penetrations correlates with GST in S cultivars. Moreover, we discriminated between S cultivars according to their T profile
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As-Sadi, Falah. "Genetic and genomic based approaches towards a better sustainability of sunflower Helianthus annuus resistance to downy mildew Plasmopara halstedii." Toulouse 3, 2011. http://thesesups.ups-tlse.fr/1534/.
Abstract:
Le mildiou du tournesol, causé by P. Halstedii, est une des maladies les plus dévastatrice de la culture de tournesol (Helianthus annuus). Les gènes Pl qui confèrent une résistance totale et qualitative, ont été largement utilisés chez les cultivars. Probablement de type race-spécifique, les gènes Pl ont été progressivement dépassés du à la pression de sélection imposée sur l'agent pathogène. Ainsi depuis 10 ans, on assiste à une augmentation du nombre de races de P. Halstedii dans les champs. La résistance quantitative a été détectée par Tourvieille et al. (2008) et avancée comme une solution pour contrer l'évolution rapide de l'agent pathogène. Deux QTLs ont été détectés sur LG10 et LG8 dans une population de RILs issus d'un croissement XRQ*PSC8 par Vear et al. (2008). En examinant les différents aspects de l'interaction plante-agent pathogène pour améliorer la durabilité de la résistance du tournesol contre le mildiou, les objectives de cette thèse sont (i) côté agent pathogène, améliorer la caractérisation génétique et génomique de P. Halstedii (ii) côté plante, affiner la cartographie du QTL majeur localisé sur LG10 (QRM1) et (iii) comparer, par analyse transcriptomique, les voies génétiques régulés par Pl5 et QRM1-R. Le premier séquençage haut-débit a été effectué sur des échantillons de tournesol infecté et ainsi a permis d'augmenter les ressources génomiques disponibles de P. Halstedii et de mettre en évidence les premiers effecteurs putatifs RXLR et CRN chez P. Halstedii. Du côté de la plante, une cartographie fine de QRM1 a été effectué: une nouvelle banque BAC a été construite et " screenée " pour mettre en place une carte physique préliminaire de la région de QRM1 ; la carte génétique du LG10 a été construite et enrichie avec des marqueurs issus des BACs ; et une nouvelle méthode de phénotypage pour simuler la résistance quantitative dans un environnement contrôlé a été validé et utilisé pour phénotyper les nouvelles RILs obtenues. La région QRM1 a été réduite à 1. 5 cM. En utilisant les puces Affymetrix de tournesol, l'analyse transcriptomique a révélé plusieurs voies génétiques régulées par l'interaction incompatible (Pl5*race 710) ou l'interaction quantitative dépendante de QRM1-RDowny mildew, caused by P. Halstedii, is one of the major diseases for sunflower (Helianthus annuus). Pl genes conferring full, qualitative resistance were discovered and extensively spread in cultivars. They appeared as race-specific and were progressively overcome due to the selection pressure on the pathogen. Thus since 10 years we are witnessing an increase of P. Halstedii races in the fields. Quantitative resistance was found by Tourvieille et al. (2008) and proposed as a solution to counter the rapid evolution of the pathogen. Two QTLs were detected at LG10 and LG8 in a RIL population from XRQ*PSC8 by Vear et al. (2008). With the aim to improve the sustainability of sunflower resistance in gathering knowledge on several aspects of the plant*pathogen interaction, the objectives of this thesis are (i) on the pathogen side, to better characterize P. Halstedii at the genetic and genomic level, (ii) on the plant side, to obtain a fine mapping of the main QTL located on LG10 (QRM1) and (iii) to compare the Pl5 gene and QRM1-R dependent genetic pathways by transcriptomic analysis. The first high-throughput sequencing was performed on infected sunflower which increased the available genomic resources of P. Halstedii and highlighted first putative effectors RXLR and CRN of P. Halstedii. On the plant side, we performed a fine mapping of QRM1: a new BAC library was built and screened to set up a preliminary physical map of the QRM1 region; genetic map of LG10 was enriched with BAC derived markers and a phenotyping method to mimic the quantitative resistance in controlled environment was validated and used to phenotype newly constructed RILs. The QRM1 region was restricted to 1. 5 cM. Using Sunflower Affymetrix chip, transcriptomic analysis revealed different genetic pathways depending on incompatible interaction (Pl5 gene * race 710) or quantitative interaction managed by QRM1-R
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Abdelghafour, Florent. "Potentialités de l’imagerie couleur embarquée pour la détection et la cartographie des maladies fongiques de la vigne." Thesis, Bordeaux, 2019. http://www.theses.fr/2019BORD0430.
Abstract:
Le mildiou de la vigne est une phytopathologie d'origine fongique particulièrement inquiétante pour la filière viticole. L'objectif de cette thèse est d'étudier les potentialités de l'imagerie couleur embarquée pour estimer l'état sanitaire des vignobles affectés par le mildiou à l'échelle intra-parcellaire. La solution proposée vise à assister les réseaux de surveillance épidémiologique dans l'estimation des risques sanitaires et dans la préconisation de plans de lutte chimique. En pratique, la chaîne de traitement d'images construite est dédiée à la détection, au dénombrement et à la mesure des tissus symptomatiques du mildiou. Cette chaîne est conçue pour traiter des images acquises directement à la parcelle dans les conditions de travail viticole.La chaîne de traitement s’appuie des représentations structure-couleur et des modèles probabilistes des classes des tissus présents dans les vignes étudiées. Elle opère en trois étapes : formuler des descripteurs pour extraire les propriétés caractéristiques et discriminantes de chaque classe ; modéliser les distributions statistiques de ces descripteurs dans chacune des classes ; affecter chaque pixel à une classe selon son adéquation à leurs modèles. Les descripteurs combinent le tenseur local de structure (LST) avec des statistiques colorimétriques calculées dans le voisinage du pixel considéré. Pour tenir compte de la nature spécifique des LST, les descripteurs font l'objet de transformations pour être représentés dans l'espace log-euclidien. Dans cet espace, il devient possible de modéliser les classes de tissus d'intérêt par des distributions de mélanges de gaussiennes multivariées des représentations structure-couleur. Enfin, la classification est réalisée par Maximum A Posteriori (MAP). Cette chaîne de traitement est appliquée dans un premier temps à des images de vigne saine. Il s'agit de segmenter une image en classes d'organes (feuillage, grappes ou inflorescences et tiges). Les classifications réalisées se montrent très performantes. De plus, la chaîne de traitement s'avère robuste au réglage des principaux hyper-paramètres.Dans un second temps, la chaîne de traitement est adaptée pour traiter des images comportant des symptômes du mildiou ainsi que des facteurs confondants tels que nécroses, décolorations, carences, plaies mécaniques. La méthode de décision s’appuie sur une reconstruction des symptômes par croissance autour de germes. Les critères utilisés reposent sur les représentations structure-couleur et les modèles probabilistes déjà définis. La nouvelle chaîne de traitement permet de détecter de façon fiable les symptômes du mildiou et d'estimer la surface des tissus affectésThe downy mildew of the vine is a phytopathology of fungal origin particularly worrying for the wine industry. The aim of this thesis is to study the potentialities of on-board color imaging to estimate the health status of vineyards affected by downy mildew on an intra-plot scale. The proposed solution aims at assisting epidemiological monitoring networks in the estimation of health risks and in the recommendation of chemical control plans. In practice, two image processing chains are proposed, one dedicated to the segmentation of vine organs, and the other to the detection, counting and measurement of symptomatic tissues of downy mildew. These two chains are designed on a common strategy and are aimed at images acquired directly at the plot under the conditions of viticultural work. The proposed strategy is based on structure-color representations and probabilistic models of the tissue classes present in the vines. It operates in three steps : Formulating descriptors to extract the characteristic and discriminating properties of each class ; Modelling the statistical distributions of these descriptors in each class ; Assigning each pixel to on of the classes according to its suitability to their models. The descriptors combine the Local Structure Tensors (LST) with colorimetric statistics calculated in the neighborhood of the pixel considered. To account for the specific nature of LSTs, the descriptors are transformed to be represented in the Log-Euclidean space. In this space, it becomes possible to model the classes of interest by distributions of multivariate Gaussian mixtures of structure-color representations. This strategy is first applied to healthy vine images. It involves the partitioning of an image into organ classes (foliage, bunches or inflorescences and stems). A pixel-wise MAP (Maximum A Posteriori) classification is carried out and regularized by stochastic relaxation and mathematical morphology operations. The results obtained for three phenological stages are very convincing. In addition, the processing chain is robust to the setting of the main hyperparameters. In a second step, the previous methodological chain is adapted to process images with symptoms of downy mildew as well as necrosis, discolorations, deficiencies, mechanical wounds, which are confounding factors. The decision method is based on a reconstruction of symptoms by propagation around germs. The criteria used are based on the previously defined color-structure representations and probabilistic models. The new processing chain reliably detects downy mildew symptoms and estimates the area of the affected tissues
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Barnouin, Jacques. "Approche écopathologique de la composante nutritionnelle des troubles de santé chez la vache laitière : des facteurs de risque aux mécanismes de la pathogénicité." Montpellier 2, 1992. http://www.theses.fr/1992MON20095.
Abstract:
Les facteurs de risque de la composante nutritionnelle des troubles de sante de la vache laitiere sont etudies via des enquetes epidemiologiques conduites dans des exploitations volontaires en france. Le colza fourrager et des uremies elevees refletant de forts apports en azote non proteique sont facteurs de risque des troubles hepatiques. Une ration de tarissement riche en ensilage d'herbe et pauvre en concentres a base de cereales augmente le risque de retention placentaire. Le risque de fievre vitulaire est superieur chez les vaches recevant beaucoup de calcium via le concentre mineral et de tourteau de soja en fin de gestation. Il y a plus de mortinatalite chez les vaches ingerant du colza fourrager en fin de gestation. Une alimentation comportant de l'uree et un velage d'hiver augmente le risque de metrite du post-partum. Un mauvais equilibre en acides gras polyinsatures, energie et calcium, une surnutrition azotee et des composes toxiques du colza sont a l'origine des troubles de sante. Les hypotheses etiologiques precises sont presentees et des regles preventives proposees pour mieux garantir la sante de la vache laitiere
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Crete, Rémi. "Prise en compte de l'hétérogénéité spatiale dans la modélisation de la dynamique du développement de la tavelure du pommier." Angers, 2013. http://www.theses.fr/2013ANGE0060.
Abstract:
La tavelure du pommier est l’une des principales maladies présentes dans les vergers de pommiers. Causée par un champignon ascomycète nommé Venturia inaequalis, elle peut avoir des conséquences lourdes au niveau de la production de fruits. L’objectif de ce travail est de modéliser la propagation spatio-temporelle de la tavelure, à partir de données provenant d’une expérience conduite entre 2004 et 2008 au sein d’un verger situé au centre INRA d’Angers. Le modèle sur lequel s’appui notre démarche est un processus ponctuel de Poisson spatio-temporel dont l’intensité symbolise le risque d’infection par le pathogène. Cette intensité prend en compte les grandes composantes de développement de la maladie : la production de spores, la dispersion et l’infection dans les deux phases principales de contaminations, ainsi que certains facteurs environnementaux et climatiques. Dans l’introduction nous exposons le contexte et les enjeux liés à la tavelure, décrivons l’expérience menée et fournissons quelques résultats d’analyse descriptive des données. Après un panorama de modèles mathématiques utilisés en épidémiologie végétale nous définissons notre modèle, discret spatialement et à temps continu. Il depend de quelques paramètres inconnus décrivant les différentes composantes du développement de la maladie. Nous proposons en fin une méthode d’estimation des paramètres basée sur une approche Bayesienne, quelques résultats numériques à partir de algorithme MCMC implémenté, puis donnons des conclusions concernant la dispersion spatiale de la tavelureApple scab is one of the major diseases in apple orchards. Caused by an ascomycete fungus called venturia inaequalis, it can serious consequences for fruit production. The objective of this work is to model the spatiotemporal spread of scab, using data from an experiment conducted between 2004 and 2008 in an orchard located at INRA of Angers. Our model is based on a spatiotemporal poisson point process whose intensity represents the risk of infection by the pathogen. This intensity takes into account the main components of development of the disease : spore production, dispersal and infection in two main phases of contamination, as well as some environmental and climatic factors. In the introduction, we present the context and issues related to scab, we describe the experiment results and we provide some descriptive data analysis. After an overview of mathematical models used in plant epidemiology we define our model, spatially discrete and continuous in time. It depends on a few unknown parameters describing the various components of the development of the disease. Finally, we propose a method for parameter estimation based on a Bayesian approach, some numerical results from MCMC algorithm implemented and give conclusions on the spatial spread of scab
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Vidal, Tiphaine. "Intérêt de la diversité architecturale des plantes cultivées pour limiter la progression épidémique de maladies foliaires à dispersion pluviale : cas de la septoriose au sein d'associations variétales de blé." Thesis, Université Paris-Saclay (ComUE), 2017. http://www.theses.fr/2017SACLA012/document.
Abstract:
La culture d’associations de variétés sensibles et résistantes au sein d’une même parcelle permet de réduire la propagation des maladies fongiques foliaires aériennes. L’architecture des plantes a un impact sur la dispersion de spores et le microclimat, mais est rarement prise en compte dans la conception des associations. L’objectif de cette thèse était de comprendre le rôle joué par l’architecture dans des associations de variétés différant par leur niveau de résistance à une maladie dispersée par éclaboussement, la septoriose du blé, causée par Zymoseptoria tritici. Une expérimentation en conditions contrôlées a permis de quantifier des relations entre interception de spores et architecture des couverts. Des différences de densité entre couverts purs et associés ont donné lieu à une réduction du niveau de maladie sur les plantes sensibles cultivées en association par rapport à celles cultivées pures. Lors d’une expérimentation au champ, les associations de variétés de hauteurs de tiges contrastées étaient moins malades que celles ayant des hauteurs similaires. Ces résultats ont été mis en relation avec des effets de l’architecture sur la dispersion de spores et la durée d’humectation au sein des couverts. Une approche de modélisation spatialement explicite a permis d’identifier des mécanismes de dispersion par éclaboussement liés à l’architecture des couverts associés. Dans des associations de variétés de hauteurs différentes, la quantité d’inoculum éclaboussée dépendait de la surface foliaire présente au dessus des feuilles malades (effet parapluie). La quantité d’inoculum interceptée par un étage foliaire était liée à la différence de hauteur entre la source d’inoculum et l’étage foliaire (effet hauteur). Les différences de hauteur de plantes entre variétés d’une association ont modulé l’interception de spores par des feuilles résistantes (effet barrière). Nos résultats suggèrent qu’une prise en compte de l’architecture des variétés dans la conception des associations variétales permettrait de mieux maîtriser les maladies par éclaboussementGrowing mixtures of susceptible and resistant cultivars in the same field makes it possible to reduce the propagation of airborne fungal plant diseases. Plant architecture has an impact on spore dispersal or microclimate, but is rarely taken into account in mixture design. The objective of this work was to understand the role of canopy architecture in mixtures of cultivar of different levels of resistance to a disease dispersed by rain-splash, septoria tritici blotch, caused by Zymoseptoria tritici. A controlled conditions experiment made it possible to quantify relationships between spore interception and canopy architecture. Differences of canopy density between pure stands and mixtures led to a reduction in disease on susceptible plants grown in mixture, compared to the susceptible pure stand. During a field experiment, mixtures of cultivars with contrasted stem height were less diseased than those with similar stem height. These results were related to the effect of canopy architecture on spore dispersal and leaf wetness duration. A spatially explicit modeling approach made it possible to identify splash dispersal mechanisms related to the architecture of mixed canopies. In mixtures of cultivar with diverse plant height, the amount of splashed inoculum depended on leaf area located above diseased leaves (umbrella effect). The amount of inoculum intercepted by a leaf layer was related to its difference of height between the inoculum sources (height effect). Differences of plant height between cultivars composinga mixture modulated the interception of spores by resistant leaves, providing an increased protection of susceptible leaves (barrier effect). Our results suggest that considering cultivar architecture in the design of cultivar mixtures could make it possible to improve the management of splash-dispersed diseases
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Soewarto, Julia. "Maladie fongique et profils de vulnérabilité : le cas de la rouille des Myrtaceae (Austropuccinia psidii) en Nouvelle-Calédonie." Thesis, Nouvelle Calédonie, 2017. http://portail-documentaire.unc.nc/files/public/bu/theses_unc/Manuscrit-these-corrige-SOEWARTO.pdf.
Abstract:
Les espèces exotiques envahissantes et les maladies infectieuses représentent un problème croissant au niveau mondial et constituent l'une des principales menaces pour la biodiversité. La Nouvelle- Calédonie, archipel situé dans le sud-ouest du Pacifique, est reconnue comme l'un des principaux points chauds de la biodiversité. Sa flore vasculaire native illustre cette singularité biologique remarquable, avec 3250 espèces dont plus de 74% sont endémiques. Dans ce contexte, la gestion et la préservation de cette biodiversité est une question prioritaire. Austropuccinia psidii est un champignon, considéré comme l’une des principales menaces environnementales pour les plantes appartenant à la famille des Myrtaceae à l’échelle mondiale. Communément connu sous le nom de "rouille des Myrtaceae", ce pathogène a été observé en Nouvelle-Calédonie en 2013. L’établissement de ce phytopathogène exotique est préoccupant compte tenu de l’importance environnementale occupée par les Myrtaceae dans les écosystèmes de l’archipel. L’objectif appliqué de cette thèse est de mettre en place une stratégie de lutte permettant à la fois de contrôler l’expansion du pathogène en milieu naturel, et dans[ les ]pépinières productrices de Myrtaceae.Dans une première partie, nous allons mettre en évidence l’importance de l’impact d’A. psidii en termes d’étendue géographie, de gamme hôte et de sévérité des symptômes induits. Ces informations sont primordiales pour cibler spécifiquement les priorités de conservations des espèces et préservation des milieux les plus touchés. Les résultats montrent qu’A. psidii impacte un large panel d’espèces de Myrtaceae sur le territoire. Les variations dans la sévérité des symptômes exprimés entre individus d’une même espèce suggèrent la possibilité d’engager une lutte intégrée axée sur la sélection de caractères liés à la résistance à cette maladie.Dans une seconde partie, nous tenterons d’identifier des marqueurs génétiques permettant de discriminer les individus en fonction du phénotype de résistance qu’ils expriment face à l’infection causée par la rouille. C’est ainsi que via une approche RNA-Seq, combinant à la fois une analyse de différentiel d’expression des gènes et la recherche de variants nucléotidiques directement positionnés sur des parties codantes des génomes de plantes concernées, nous sommes parvenus à identifier des gènes candidats discriminants pour les caractères résistants vs sensibles chez des espèces de Myrtaceae locales connues pour leurs caractères patrimonial, économique, ou encore écologique. Parmi ces gènes candidats certains admettent des fonctions connues impliquées dans les mécanismes de résistance aux pathogènesInvasive alien species and emerging infectious diseases represent a growing worldwide problem and constitute one of the major threats to biodiversity. New Caledonia, an archipelago located in the South West Pacific, is recognized as one of the major biodiversity hotspot. The native vascular flora illustrates this outstanding biological uniqueness, with 3250 species of which over 74 % are endemic. In this context, management and preservation of this biodiversity is a priority issue.Austropuccinia psidii is a fungus considered to be one of the major environmental threats to plants belonging to the family Myrtaceae on a global scale. Commonly known as "Myrtle rust", this pathogen has been observed in New Caledonia in 2013. The establishment of this exotic plant pathogen is of concern given the environmental importance of Myrtaceae in the archipelago ecosystems of Myrtaceae.The objective of this thesis is to put in place a strategy to control both the expansion of the pathogen in a natural environment and in nurseries cultivating Myrtaceae.In a first part, we will highlight the importance of the impact of A. psidii in terms of geographic extent, host range and severity of symptoms. This information is essential to specifically target the conservation priorities of the species most affected and preserved their habitats. The results show that A. psidii impacts a wide range of Myrtaceae species on the territory. Variations in the severity of the symptoms expressed between individuals of the same species suggest the possibility of initiating integrated control strategy based on the selection of traits related to resistance to this disease.In a second part, we will try to identify genetic markers to discriminate individuals according to the phenotype of resistance they express to the infection caused by myrtle rust. By using an RNA-Seq approach, combining both differential gene expression and the search for nucleotide variations positioned in coding parts of the genomes, we were able to identify discriminant candidate genes for resistant vs susceptible in endemic Myrtaceae species known for their patrimonial, economic or ecological role. Among these candidate genes some admit known functions involved in mechanisms of resistance to pathogens
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Nilusmas, Samuel. "Gestion durable des nématodes à galles en culture maraîchère par la modélisation et l’optimisation du déploiement de variétés résistantes." Thesis, Université Côte d'Azur, 2020. http://www.theses.fr/2020COAZ4086.
Abstract:
Les nématodes à galles sont des endoparasites telluriques obligatoires des racines des plantes qui causent d’importantes pertes de rendement dans le monde. Les méthodes de lutte respectueuses de l’environnement contre ces nématodes sont fondées principalement sur l’utilisation de variétés résistantes. Ces variétés contrôlent efficacement les populations de nématodes naturellement présentes sur le terrain, mais favorisent l’émergence de variants virulents vis-à-vis des gènes de résistance portés par ces variétés. Comme la virulence est associée à des coûts de fitness, qui réduisent la capacité des nématodes virulents à infester les racines ou à se reproduire, les variétés sensibles contre-sélectionnent les nématodes virulents. L’objectif de cette thèse est d’identifier des stratégies de déploiement de gènes de résistance efficaces et durables pour lutter contre les nématodes à galles en culture maraîchère. Pour cela, nous avons développé un modèle épidémiologique semi-discret décrivant la dynamique des nématodes dans le sol et dans les racines d’une plante sensible ou résistante pendant sa période de croissance, ainsi que la survie des nématodes entre saisons de culture. Le modèle a été ajusté à des données expérimentales intra-saisonnières d'infestation de racines de tomates sensibles. Il a été utilisé pour déterminer les stratégies de rotations entre plantes sensibles et résistantes qui maximisent un proxy du rendement moyen, sur différents horizons temporels et pour différentes combinaisons d’intensité épidémiologique et de paramètres génétiques (taux de mutation et coûts de virulence). En outre, des analyses de sensibilité ont été menées pour évaluer la robustesse des stratégies de déploiement des résistances variétales. Nos résultats montrent que des rotations bien choisies permettraient non seulement d’augmenter le rendement des cultures, mais aussi de préserver la durabilité des gènes de résistance. Cette thèse ouvre des perspectives, à la fois expérimentales et de modélisation, pour un meilleur contrôle des nématodes à gallesRoot-knot nematodes are obligate soil-borne endoparasites of plant roots that cause major yield losses throughout the world. Environmentally-friendly plant protection methods against root-knot nematodes are mainly based on the use of resistant plant cultivars. These cultivars efficiently control nematode populations naturally present in the field, but they favour the emergence of virulent variants that circumvent the resistance genes carried by these cultivars. Since virulence is associated with fitness costs, which limit the virulent nematode ability to infest plant roots or reproduce, susceptible crops counter-select virulent nematodes. The aim of this thesis is to identify effective and sustainable resistance deployment strategies to control root-knot nematodes in horticultural crops. To this end, we developed a semi-discrete epidemiological model describing the nematode dynamics in the soil and in the roots of a resistant or susceptible plant during its growing season, as well as the survival of nematodes in the soil between cropping seasons. The model was fitted to experimental data of within-season infestation of susceptible tomato roots. It was used to determine the rotation strategies alternating susceptible and resistant plants that maximise an average yield proxy, over different time horizons and for different combinations of epidemiological intensity and genetic parameters (mutation rate and virulence costs). Moreover, sensitivity analyses were performed to assess the robustness of the plant resistance deployment strategies. Our results show that carefully designed rotation strategies would not only increase crop yield, but also preserve the sustainability of resistance genes. Sensitivity analyses were performed to evaluate the robustness of our results. This thesis opens both experimental and modelling perspectives for a better control of root-knot nematodes
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Aguayo, Silva Jaime Cristián. "Étude des conditions de l'émergence du phytophthora alni sur l'aulne glutineux." Thesis, Université de Lorraine, 2012. http://www.theses.fr/2012LORR0153/document.
Abstract:
Depuis les années 1990, l'aulne glutineux, espèce clé des ripisylves, est affecté par un oomycète qui cause son dépérissement : Phytophthora alni subsp. alni (Paa). La genèse de Paa est liée à un événement d'hybridation interspécifique entre deux espèces proches, improprement nommées P. alni subsp. uniformis (Pau) et P. alni subsp. multiformis (Pam), car initialement considérées comme des variants de Paa. L'objectif de cette thèse était d'identifier les facteurs ayant pu jouer un rôle dans l'émergence de la maladie en Europe. Par une approche de génétique des populations, nous avons montré que Pau est une espèce invasive en Europe, probablement originaire d'Amérique du Nord. Après son introduction, l'hybridation de Pau avec Pam serait l'un des facteurs essentiels de l'apparition de Paa. Nos résultats confirment que Paa aurait été généré suite à des hybridations récurrentes, qui ont structuré géographiquement les populations en Europe. L'analyse de la variabilité génétique de Paa, révélée par des marqueurs microsatellites, a toutefois montré un faible polymorphisme, avec un génotype dominant largement répandu en Europe. Par ailleurs grâce à la modélisation, nos résultats ont établi que le dépérissement du houppier des aulnes est lié à la température. En particulier l'incidence de la maladie augmente lors des hivers doux, qui pourraient favoriser la survie du mycélium de Paa, celui-ci ne présentant pas de structure de survie hivernale (chlamydospores ou oospores). La température estivale joue également un rôle, plus complexe à interpréter. On constate en effet que l'incidence de la maladie diminue avec l'augmentation des températures estivales, mais ce phénomène pourrait dépendre d'autres facteurs tels que l'état physiologique des arbres ou le type de communautés microbiologiques présentes dans les sols. Inversement, le phénomène de guérison des arbres est favorisé par des températures hivernales basses et par des températures estivales élevées. L'émergence de la maladie ne peut pas être expliquée par le changement climatique. Cependant, une augmentation des températures hivernales dans le futur dans le cadre du changement climatique aggraverait très probablement l'épidémieSince the early 1990's alder decline caused by the oomycete Phytophthora alni subsp. alni (Paa) is one of the most important threats to riparian ecosystems in Europe. The emergence of Paa is related to an interspecific hybridization event between two related species -initially considered as Paa variants- misnamed as Phytophthora alni subsp. uniformis (Pau) and Phytophthora alni subsp. multiformis (Pam). The objective of this thesis was to identify the factors that may have contributed to the emergence of the disease in Europe. Following a population genetics approach we showed that Pau is likely to be an invasive species in Europe, probably native to North America. Its introduction would have enabled hybridization with Pam and, consequently be a major cause on the emergence of Paa. Our results confirm that Paa has arisen from several hybridization events, which have geographically structured its European populations. Paa's genetic variability, revealed by microsatellite markers, showed low levels of polymorphism, with a dominant genotype scattered throughout Europe. In addition, a modelling approach revealed that alders' crown decline is linked to temperature. In particular, the disease incidence increases during mild winters which favours mycelium survival as Paa does not produce resistant spores (chlamydospores or oospores). The effect of summer temperatures is more complex to explain. Disease incidence decreases when summer temperatures are higher, but this phenomenon can also be linked to the physiological conditions of trees or changes in soil microbiological communities. Conversely, tree recovery is favoured by lower winter and higher summer temperatures. Climate change does not explain the emergence of the disease. However, increases in winter temperatures du to climate change may strengthen the epidemic
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Papaïx, Julien. "Structure du paysage agricole et risque épidémique, une approche démo-génétique." Thesis, Paris, AgroParisTech, 2011. http://www.theses.fr/2011AGPT0056/document.
Abstract:
L'intensification de l'agriculture a amélioré de façon considérable la production alimentaire ces dernières cinquante années mais elle s'est accompagnée d'un impact croissant sur l'environnement. En particulier, la modernisation de l'agriculture a impliqué une simplification de la structure des paysages agricoles rendant nos agro-ecosystèmes plus sensibles au risque épidémique. L'utilisation de la diversité génétique des cultures est une solution prometteuse pour réduire le risque d'occurrence et de propagation des maladies des cultures. Elle nécessite cependant une gestion collective des espaces agricoles. En conséquences, l'échelle d'étude ne doit plus se focaliser sur la parcelle mais sur le paysage. Dans cette thèse, nous nous interessons aux processus se déroulant à l'échelle du paysage et au rôle de la diversité des plantes cultivées pour le contrôle des épidémies. Nous avons identifié trois questions: comment les populations pathogènes se propagent-elles dans un paysage d'hôtes hétérogène ? Comment les différents génotypes composant la population pathogène entrent-ils en compétition au sein d'une population hôte diversifiée ? et, à plus long terme, comment les populations pathogènes évoluent-elles en réponse à la structure des populations hôtes ? Chacune de ces questions a été approfondie grâce à l'analyse de données obtenues en condition de production mais aussi par des approches théoriques. Nous avons montré que la composition et la structure spatiale des populations hôtes influence fortement la population pathogène. Cependant, les recommandations que peut fournir ce travail pour gérer la diversité génétique dépendent de l'objectif viséAgriculture intensification has improved food production impressively in the past 50 years but this came with an increasing impact on the environment. In particular, modern agriculture has led to the simplification of the environmental structure over vast areas. As a consequence, agro-ecosystems are particularly susceptible to epidemics. The increase of crop genetic diversity is a promising way for reducing the risk of occurrence and development of diseases in crops but the technical and organisational conditions required to manage the genetic resources at this scale have not been established yet. This will require shifting the scale of crop protection investigations from the field to the agricultural landscape. In this PhD thesis we focus on landscape-scale processes and on the potential role of functional diversity in cultivated landscapes to better control plant diseases. We identified three questions: how does a pathogen population spread over a heterogeneous host landscape? How do pathogen genotypes compete in a diversified host population? And, in a longer term, how do pathogen populations evolve in response to host landscape structure? Each of these questions is investigated through the analysis of real data and the development of theoretical approaches. We demonstrate that the composition and the spatial structure of the host landscape greatly influence the pathogen population dynamics and evolution. The recommendations that this work could provide in order to practically manage the genetic resources will depend on the desired aim and will request further collaborative work withthe professional operators
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Pages, Marielle. "Effets et mécanismes d'action de l'ozone utilisé comme moyen de lutte contre des champignons pathogènes du pommier : études in vitro et in vivo." Thesis, Toulouse, INPT, 2015. http://www.theses.fr/2015INPT0102.
Abstract:
Les pommiers sont la cible de nombreux ravageurs et maladies fongiques, à l’origine de pertes économiques importantes. Les agriculteurs sont dans l’obligation de traiter les micro-organismes responsables des maladies fongiques, notamment à l’aide de pesticides. Les produits phytosanitaires sont aujourd’hui très controversés. Ainsi, les pouvoirs publics, français et européens, contrôlent leur emploi par de nombreuses règlementations. Par conséquent, il apparaît nécessaire de proposer une alternative peu rémanente permettant de contrôler le développement fongique. L’objectif de cette thèse est d’évaluer l’efficacité d’une alternative innovante basée sur l’emploi d’eau chargée en ozone contre quatre espèces fongiques à l’origine des principales maladies du pommier : Venturia inaequalis, Botrytis cinerea, Neofabraea alba et Phytophthora syringae. Dans un premier temps, ce travail de thèse a permis de vérifier l’action anti-fongique de l’ozone sur les suspensions de spores des quatre espèces fongiques ainsi que sur différents stades de développement des spores de V.inaequalis. Il a été mis en évidence une différence de sensibilité selon l’espèce et le stade de développement considérés. Par ailleurs, l’altération de la membrane sous l’action de l’ozone a été observée par plusieurs expérimentations : quantification du degré de peroxydation des phospholipides membranaires, observations des spores au Microscope Electronique à Balayage et au Microscope Optique après colorations. Dans un second temps, l’effet de l’eau chargée en ozone a été évalué sur des jeunes plants de pommiers préalablement contaminés par les spores de V.inaequalis. Cette étude a confirmé l’action anti-fongique de l’eau chargée en ozone. Il a également été observé l’importance des quantités d’eau et d’ozone apportées qui doivent être maîtrisées pour optimiser l’efficacité du traitement. Ces résultats permettent de valider la candidature de l’ozone comme fongicide alternatif à l’emploi de produits phytosanitaires. Les modalités d’application devront faire l’objet de recherches supplémentaires en vue du transfert de la technologie du laboratoire au vergerApple trees are the target of a lot of pests and fungal diseases, responsible for many economic losses. Farmers treat these micro-organisms mainly with pesticides. Plant-protection products are today very controversial. French and European authorities control their use by means of numerous regulations. Therefore, an alternative solution with a low remanence must be found in order to limit fungal diseases. The aim of this thesis is to evaluate the innovative process efficiency based on the use of ozonated water against four fungal species: Venturia inaequalis, Botrytis cinerea, Neofabraea alba and Phytophthora syringae. Firstly, this work of thesis verified the ozone antifungal action on spores suspensions of the four fungal species and on different stages of development of V.inaequalis spores. According to the species and stages of development considered, a difference of sensibility was detected. Moreover, alteration of the membrane, due to ozone action, was observed thanks to several experimentations: quantification of phospholipids peroxidation, spore observations with Scanning Electron Microscopy and with Optical Microscopy after staining. Secondly, the ozonated water effects on seedlings previously contaminated by V.inaequalis spores were evaluated. This study confirmed the anti-fungal action of water containing ozone. It was also observed the importance of the water and of ozone quantities supplied. These quantities must be controlled to optimize the antifungal action of the treatment. These results validated the ozone application as a fungicide alternative of use of pesticides. Additional researches will be made concerning the treatment modalities: the aim is to transfer the technology from the laboratory to the orchard
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Pasquier, Grégory. "Etude de l’impact de l’Esca sur la qualité des raisins par une approche protéomique." Thesis, Bordeaux 2, 2012. http://www.theses.fr/2012BOR21909/document.
Abstract:
La vigne est sensible à de nombreuses maladies cryptogamiques qui vont altérer la qualité des raisins et des vins. Depuis plusieurs années, l’Esca est devenue un fléau pour la viticulture moderne, car elle est responsable de la mort des pieds de vigne lorsqu’elle se présente sous forme apoplectique. Sa forme chronique est liée à la présence d’un cortège de champignons pathogènes dans le tronc et les bras, qui vont provoquer le plus souvent des symptômes foliaires. L’altération de la photosynthèse que cela provoque, va avoir des conséquences sur la maturation du fruit. Cependant, peu de travaux de recherche ont été menés pour caractériser précisément l’impact de cette maladie sur le métabolisme et la composition chimique des baies de raisin. Notre étude avait pour but d’apprécier, grâce à une approche protéomique, les conséquences de cette maladie sur la qualité des raisins. Nos travaux ont permis de mettre en évidence que l’expression de symptômes foliaires d’Esca provoque une modification d’abondance des protéines liées aux mécanismes de défense et de stress oxydatif de la pellicule du raisin. Il est également observé un changement de capacité antioxydante par modulation des teneurs en peroxyde d’hydrogène, en glutathion ou en pyridoxine. Les concentrations en molécules d’intérêt œnologique comme les acides aminés, les amines biogènes ou les tannins sont également modifiées en présence de symptômes foliaires d’EscaThe vine is susceptible to many fungal diseases that will affect the quality of grapes and wines. For several years, Esca has become the bane of modern viticulture because it is responsible for the death of the vines when presented in the form apoplectic. Its chronic form is associated with the presence of a procession of pathogenic fungi in the trunk and arms that will most often cause leaf symptoms. The alteration of photosynthesis that this causes will affect fruit ripening. However, little research has been conducted to characterize precisely the impact of this disease on the metabolism and chemical composition of grape berries. Our study aimed to assess, using a proteomic approach the disease's impact on the quality of grapes and get specific markers. Our work allowed us to demonstrate that the expression of foliar symptoms of Esca causes a change in abundance of proteins related to defense mechanisms and oxidative stress in the grape skin. It is also observed a change in antioxidant capacity by modulating levels of hydrogen peroxide, glutathione or pyridoxine. The concentrations of molecules of oenological interest such as amino acids, biogenic amines or tannins are also modified in the presence of foliar symptoms of Esca