Dissertations / Theses: 'Phénotypiques'

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Vincent, Levy-Frebault Véronique. "Analyses phénotypiques et génotypiques dans le genre Mycobacterium." Paris 7, 1985. http://www.theses.fr/1985PA077091.

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Abstract:

Après une brève introduction sur l'historique de la mycobactérioloaie et l'évocation des problèmes épidémiologiques, physiopathologiques et diagnostiques des principales mycobactéries, la première partie de ce travail est consacrée à une revue bibliographique des différentes méthodes de classification appliquées au genre Mvcobacterium. La deuxième partie de cette thèse expose nos propres travaux. Deux techniques ont été principalement développées : l'analyse des acides myccliques et l'hybridation ADN-ADN. L'application de ces' techniques nous a permis de résoudre des problèmes taxonomiques particuliers : identification des mycobactéries isolées de tissus de lépreux ; différenciation des pathogènes potentiels à croissance rapide : M. Fortuitum - M. Chelonae ; subdivision de M. Chelonae ; différenciation de M. Thermoresistibile des autres mycobactéries à croissance rapide description d'une nouvelle espèce M. Fallax. L'analyse des acides mycoliques très particuliers de cette dernière espèce nous a amené à redéfinir le critère d'inclusion dans le genre MYcobacterium selon la description des mycolates. Un schéma d'identification des mycobactéries tenant compte de l'analyse lipidique est proposé. Dans le cadre de notre recherche de nouveaux critères taxonomiques, les carotènes n'ont pas été retenus pour la classification mais leur étude nous a permis de mettre en évidence plusieurs aspects relatifs à leur synthèse (séquence de biosynthèse, régulation). Enfin les problèmes techniques inhérents aux mesures physiques de l'ADN de M. Leorae sont discutés.

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Sutera, Vivien. "Francisella et antibio-resistance : aspects génétiques, phénotypiques et cliniques." Thesis, Université Grenoble Alpes (ComUE), 2016. http://www.theses.fr/2016GREAV064/document.

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Abstract:

Francisella tularensis est une bactérie à Gram négatif intracellulaire facultative, agent causal de la tularémie. Cette zoonose est induite principalement par deux sous espèces : F. tularensis subsp. tularensis (type A) et F. tularensis subsp. holarctica (type B) retrouvées respectivement en Amérique du Nord et dans tout l’hémisphère Nord. Cette seconde sous espèce, moins virulente que la première induit majoritairement des formes cliniques de sévérité moyenne à modérée dites ganglionnaires. Leur traitement est basé sur l’utilisation des antibiotiques de la classe des fluoroquinolones ou des tetracyclines, l’utilisation des aminosides étant réservée aux formes graves. Les adénopathies évoluent cependant souvent vers la suppuration et la chronicité (20 à 40% des cas), malgré l’administration d’un traitement antibiotique adapté.Les travaux réalisés visent à étudier l’hypothèse de l’émergence de la résistance bactérienne chez Francisella, expliquant ces échecs thérapeutiques. Ils sont basés sur le développement et l’étude d’un modèle d’évolution in vitro de la bactérie en présence de ciprofloxacine, une fluoroquinolone. Nos travaux ont confirmé la capacité de la bactérie à évoluer vers un haut niveau de résistance à ces antibiotiques, corrélée à l’accumulation de mutations dans les gènes codant pour les topoïsomérases de type II. De plus, nous avons observé la présence sur l’ensemble des souches de F. tularensis subsp. holarctica d’un niveau de résistance cliniquement significatif induit par des mutations modifiant la sous-unité GyrA de l’ADN gyrase sur les acides aminés en position 83 et 87. La recherche de ce marqueur dans des prélèvements de patient en échec thérapeutique suite à divers traitements antibiotiques s’est avérée infructueuse.Après avoir vérifié l’action de l’antibiotique sur les bactéries dans le compartiment intracellulaire (fibroblates), nous avons recherché les autres mutations induites lors de l’évolution de Francisella en présence de fluoroquinolones. Cette étude a permis l’implication de plusieurs systèmes de transports transmembranaires dans la résistance antibiotique. Nous avons également révélé l’existence d’une seconde cible majeure impliquée dans le métabolisme du fer de la bactérie. L’altération de cette cible (FupA/B) en plus d’être associée à une augmentation de la résistance aux fluoroquinolones est corrélée à une forte diminution de la capacité de la bactérie à se multiplier dans les cellules phagocytaires
Francisella tularensis is a gram-negative facultative intracellular bacterium, causing tularemia. This zoonosis is mainly related to two subspecies: F. tularensis subsp. tularensis (type A) and F. tularensis subsp. holarctica (type B) in North America and throughout the Northern Hemisphere, respectively. Infections with this second subspecies, less virulent than the first one, predominantly induce glandular clinical forms of mild to moderate severity. Their treatment is based on antibiotherapy using a fluoroquinolone or a tetracycline. The use of aminoglycosides is reserved for severe clinical forms. The lymph nodes infection, however, often become chronic (20 to 40% of cases), despite administration of an appropriate antibiotic treatment.The aim of this study was to verify the hypothesis of the emergence of bacterial resistance in Francisella, which could explain treatment failures. It is based on the development and study of an in vitro evolutionary experiment of the bacterium in the presence of ciprofloxacin, a fluoroquinolone. Our work confirmed the bacterium's ability to evolve towards a high-level of resistance to fluoroquinolones, this evolution being correlated with the accumulation of mutations in the genes encoding for type II topoisomerases. In addition, we observed in all strains of F. tularensis subsp. holarctica resistant to fluoroquinolones at a clinically significant level, the presence of mutations altering the GyrA subunit of DNA gyrase at amino acids positions 83 and 87. The research of this marker in clinical samples from patients with treatment failure following appropriate antibiotic treatment was however unsuccessful.After checking the action of antibiotics on bacteria internalized in the intracellular compartment in fibroblast cells, we looked for other mutations induced during the evolution of Francisella to resistance to fluoroquinolones. This study unveiled the involvement of several transmembrane transport systems in antibiotic resistance. We also revealed the existence of a second major target involved in Francisella iron metabolism. The alteration of this target (FupA/B), in addition to being associated with an increase in fluoroquinolone resistance, is correlated with a sharp decrease in the ability of the bacteria to multiply in phagocytic cells

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Delhaye, Myriam. "Marqueurs phénotypiques au cours de l'hépatocarcinogénèse expérimentale et humaine." Doctoral thesis, Universite Libre de Bruxelles, 1993. http://hdl.handle.net/2013/ULB-DIPOT:oai:dipot.ulb.ac.be:2013/212869.

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Vergori, Luisa. "Rôle de PPARα sur les modulations phénotypiques des progéniteurs." Angers, 2013. http://www.theses.fr/2013ANGE0045.

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Fort, Patrice. "Rôle de la dystrophine Dp71 dans l'oeil : Impacts phénotypiques." Université Louis Pasteur (Strasbourg) (1971-2008), 2005. https://publication-theses.unistra.fr/public/theses_doctorat/2005/FORT_Patrice_2005.pdf.

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Abstract:

Le premier phénotype à avoir été décrit chez les patients souffrant de la dystrophie musculaire de Duchenne (DMD) est la dégénérescence musculaire progressive liée à l’absence du produit long issu du gène DMD : la dystrophine. Les différents travaux menés par la suite ont conduit à la mise en évidence d’autres troubles chez ces patients, affectant notamment leurs performances cognitives de façon non progressive. Ces travaux ont également permis de montrer que ces affections étaient liées aux produits courts du gène DMD et tout particulièrement à la Dp71. La Dp71 est le produit du gène majoritairement exprimé dans de nombreux tissus parmi lesquels le système nerveux central y compris la rétine. La découverte au milieu des années 1990, que 80% des patients DMD présentent une perturbation de la neurotransmission rétinienne, nous a conduit à étudier le rôle des dystrophines, et en particulier la Dp71 dans la rétine, à l’aide d’une souris transgénique pour laquelle l’expression de cette protéine a été invalidée. Cette étude nous a permis de montrer que la Dp71 est uniquement exprimé par les principales cellules gliales de la rétine, les cellules gliales de Müller, où elle est seulement accompagnée par l’utrophine, le produit d’un gène homologue du gène DMD. Nous avons ensuite montré que la Dp71 est responsable de la localisation de deux protéines, le canal potassique Kir4. 1 et le canal aqueux AQP4 qui sont essentielles à la régulation de l’homéostasie dans la rétine. De plus, l’absence de Dp71 entraîne une augmentation importante de la mort neuronale suite à un épisode ischémique, mettant en exergue l’intervention de la Dp71 dans la régulation de l’homéostasie rétinienne. Lors de l’étude clinique de la souris déficiente pour la Dp71, nous avons découvert un autre phénomène pathologique lié à l’absence de cette protéine : une cataracte congénitale progressive. Les dystrophines n’ayant jamais été étudiées dans le cristallin, nous avons caractérisé leur expression dans cette structure et montré que la Dp71 est également le produit du gène DMD majoritaire présent. Elle est principalement exprimée à la membrane des fibres secondaires du cristallin où elle colocalise avec le β-dystroglycane et le canal aqueux AQP0. Bien que des études complémentaires soient nécessaires, ces résultats indiquent qu’elle participe à un complexe macromoléculaire responsable de la conservation de l’intégrité de la membrane des fibres secondaires du cristallin. L’ensemble de ces travaux met en évidence le rôle de la Dp71 dans la vision, aussi bien dans un tissu nerveux, la rétine, que dans un tissu épithélial très spécifique : le cristallin
The first phenotype to be described among patients suffering from the Duchenne muscular dystrophy (DMD) is the progressive muscular degeneration related to the absence of the hole DMD gene product: the dystrophin. Various work undertaken thereafter led to the description of others troubles among these patients, affecting in particular their cognitive performances in a nonprogressive way. These works also made it possible to show that these affections were particularly related to the DMD gene short products and particularly Dp71. Dp71 is the mainly expressed product of this gene in many tissus among which the central nervous system including the retina. The discovery, in the middle of the 1990’s, that 80% of the DMD patients present a disturbance of the retinal neurotransmission led us to study the role of the dystrophins and in particular Dp71 in the retina using a transgenic mouse in which the expression of this protein was inactivated. This study enabled us to show that this DMD gene product is only expressed by the main glial cells of the retina, the Müller glial cells, where it is only accompanied by the utrophin, the product of an homologous gene of the dystrophin. We have also shown that Dp71 was responsible for the localization of two proteins essential for the homeostasis regulation of the retina: the potassic channel Kir4. 1 and the aqueous channel AQP4. Moreover the absence of Dp71 induce a significant increase in neuronal death following an ischaemic event putting forward the intervention of Dp71 in the regulation of retinal homeostasis. At the time of the clinical study of the defective mouse for the Dp71, we discovered another pathological phenomenon dependent on the absence of this protein: the development of a progressive congenital cataract. Since dystrophins had never been studied in the crystalline lens, we first characterized their expression in this structure and showed that Dp71 is also there the main DMD gene product and that it is mainly expressed in the membrane of the crystalline lens secondary fibers where it colocalize with the β-dystroglycane and the aquaporin channel AQP0. Although complementary studies are necessary, this seems to indicate that it takes part in a macromolecular complex responsible for the conservation of the integrity of the membrane of secondary fibres of the crystalline lens. The whole of this work puts forward the role of Dp71 in the vision, as well in one part of the central nervous system, the retina, as in a very specific epithelial tissue, the crystalline lens

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Touch, Sothea. "Cellules immunitaires dans les maladies cardiométaboliques : altérations phénotypiques et fonctionnelles." Thesis, Paris 6, 2017. http://www.theses.fr/2017PA066084/document.

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Abstract:

L’inflammation de bas grade est un trait commun aux maladies cardiométaboliques (CMDs). Dans l’obésité et le diabète de type-2 (DT2) en particulier, l’insulino-résistance a été associée à une inflammation dans plusieurs tissus. L’objectif de ce travail est d’évaluer les interactions entre les altérations des cellules immunitaires et les perturbations du métabolisme dans les CMDs. Dans une première étude, nous avons étudié l’immunité intestinale et la production cytokinique des lymphocytes T (LT) jéjunaux de sujets minces et obèses et évalué la relation fonctionnelle entre LT et entérocytes. Nous montrons que la densité des LT est augmentée dans la muqueuse dans l’obésité et que l’augmentation de la production de cytokines par les LT de sujets obèses induit une résistance à l’insuline sur les entérocytes in vitro. Dans une deuxième étude, nous avons caractérisé les cellules MAIT (mucosal-associated invariant T cells), une sous-population de LT qui reconnait des métabolites bactériens dérivés de la vitamine B, dans le sang de 5 groupes de patients présentant différentes CMDs par rapport à des sujets contrôles. Dans tous les groupes de patients, nous observons une diminution des cellules MAIT circulantes qui est corrélée avec l’HbA1c. Nous montrons ex vivo que cette diminution pourrait être liée à une plus forte apoptose provoquée par une glucotoxicité. Nos résultats indiquent que l’environnement immunitaire intestinal pourrait participer aux perturbations métaboliques locales et systémiques dans l’obésité humaine. De plus, l’abondance de certaines cellules immunitaires, comme les MAIT, pourrait servir de marqueur précoce de la dysfonction cardiométabolique
A common feature between cardiometabolic diseases (CMDs) is a state of chronic low-grade inflammation. In obesity and type-2-diabetes (T2D) notably, insulin resistance has been linked to inflammation in several tissues. The objective of this project is to evaluate the interactions between immune cell alterations and metabolic perturbations in CMDs. In a first study, we investigated intestinal immunity and cytokine production of intestinal T cells in a cohort of lean and obese subjects and evaluated the functional relationship between T cells and enterocytes. We demonstrated that T cell density and cytokine production was increased in the jejunal mucosa of obese subjects and promoted insulin resistance in enterocytes in vitro. In a second study, we characterized mucosal-associated invariant T (MAIT) cells, a subset of T cells recognizing bacterial vitamin B derivatives, in 5 groups of patients with different forms CMDs (metabolic syndrome, obesity, T2D, coronary artery disease with or without heart failure) compared to healthy subjects. We demonstrated that MAIT cell decrease is correlated with HbA1c and is a common feature in all CMD groups. In an ex vivo study, we show that their depletion in the blood could be explained by a higher propensity to apoptosis under high glucose concentrations. Altogether, our findings suggest that the jejunal immune microenvironment could participate in local and systemic metabolic perturbations in human obesity. We also demonstrate that the abundance immune cells, such as circulating MAIT cells could serve as an early marker of cardiometabolic dysfunction

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Silva, Nelly Da. "Dépigmentation et dolichomégalie chez une souris : analyses génétiques et phénotypiques." Paris 7, 2002. http://www.theses.fr/2002PA077177.

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Pinaudeau-Nasarre, Cécile. "Stades de spécification de différents aspects phénotypiques de neurones corticaux." Poitiers, 2002. http://www.theses.fr/2002POIT2295.

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Abstract:

Nous avons utilisé une approche par neurotransplantation pour étudier des mécanismes de développement du néocortex de Rat. Nous avons plus particulièrement étudié les caractéristiques de mise en place de la spécification des futurs neurones de couche V. Nous avons d'abord choisi d'étudier la spécification concernant le développement des efférences spinales et tectales issues de neurones néocorticaux. Nous montrons que des cellules prélevées au 12ème jour embryonnaire (E12) dans le futur cortex frontal ou occipital, et placées dans le cortex frontal ou occipital de rats nouveau-nés, ont des capacités équivalentes de différenciation, les conduisant ultérieurement à produire des neurones à projection spinale ou tectale, en fonction de signaux de régionalisation présents dans le site de transplantation. À partir de E14, des cellules du néocortex s'engagent irréversiblement dans une voie de différenciation qui les conduira à produire des neurones dont le système de connexions est en rapport avec leur site cortical d'origine. Nous avons également examiné la spécification du phénotype moléculaire, en étudiant l'expression d'un marqueur moléculaire de neurones corticaux: la CaM-Kinase II alpha. Les transplants de tissu cortical prélevés à E12 développent le phénotype moléculaire correspondant au site cortical dans lequel ils achèvent leur développement. Les transplants de tissu cortical prélevés à E14 développent le phénotype moléculaire correspondant à leur site d'origine. Enfin, nous avons vérifié, grâce à une technique de datation cellulaire, que la spécification concernant le phénotype hodologique se situe, au moins pour la plus grande majorité des cellules, au stade de progéniteur. Nos résultats montrent que la spécification des phénotypes hodologique et moléculaire s'établit donc entre E12 et E14. Cette période du développement représente une étape clé dans le processus de différenciation des précurseurs neuronaux, marquée pas une restriction importante de potentialité.

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Dulac, Amélie. "Marqueurs phénotypiques de la diversité des ressources génétiques du genre Hydrangea." Phd thesis, Université d'Angers, 2011. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00971779.

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Abstract:

La valorisation paysagère et horticole des espèces du genre Hydrangea est basée sur l'exploitation de leur diversité phénotypique s'exprimant notamment dans les formes architecturales et les coloris. La collection de ressources génétiques, située à Angers, comprend treize espèces introduites en Europe à partir du 18ème siècle. L'analyse de la composition chimique des inflorescences, réalisée pour la première fois sur l'ensemble du genre, permettra de compléter la caractérisation génétique des espèces et des clones. L'objectif de cette étude était ainsi d'analyser les profils phénoliques d'un ensemble de clones ainsi que la diversité intra et interspécifique existant dans la collection. La caractérisation structurale et la quantification de 80 composés phénoliques présents dans les inflorescences de 99 génotypes répartis dans 11 espèces du genre Hydrangea ont été réalisées. Ces composés se répartissent parmi 4 grandes classes chimiques : les flavonoïdes, les anthocyanes, les acides cinnamiques et les amines polyacylées. Une diversité importante existe entre les profils aussi bien des espèces que des sous-espèces. La structuration de cette diversité inter et intrapécifique est analysée. Ces connaissances nouvelles devraient permettre d'orienter les stratégies de conservation et de sélection.

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Meffre, Geneviève. "Différences phénotypiques et fonctionnelles des sous-populations de lymphocytes B d'amygdales." Lyon 1, 1996. http://www.theses.fr/1996LYO1T276.

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Fromont-Hankard, Gaëlle. "Marqueurs tissulaires phénotypiques et moléculaires associés à la progression du cancer prostatique." Paris 7, 2005. http://www.theses.fr/2005PA077140.

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Abstract:

Une meilleure connaissance des facteurs prédictifs de lévolutivité tumorale et des mécanismes de progression est un enjeu clé pour la prise en charge des patients atteints de cancer prostatique. Nous avons premièrement recherché à optimiser l'analyse des facteurs histopronostiques en quantifiant les marges d'exérèse chirurgicales. Nous avons montré que la taille des marges est prédictive de tumeur résiduelle locale, et constitue un marqueur phénotypique supplémentaire du risque de récidive. Nous avons ensuite recherché d'autres facteurs pronostiques potentiels parmi les altérations du génome et de l'expression génique associées à la progression. En étudiant l'incidence des pertes d'hétérozygotie (LOH) les plus récurrentes en corrélation avec les facteurs histopronostiques et l'évolution, nous avons observé que l)le taux global de LOH augmente avec la progression du cancer, 2)la LOH en 8p22 est associée spécifiquement à l'infiltration périnerveuse, suggérant la présence dans cette région d'un gène impliqué dans les interactions épithélium-nerf. Enfin, 3)la LOH en 16q23. 2 est associé1 à des facteurs histopronostiques favorables, et constitue un facteur indépendant de bon pronostic, suggérant la présence dans cette région d'un gène impliqué dans la progression tumorale. Nous avons d'autre part analysé l'expression de 300 gènes en RT PCR quantitative. Nous avons retrouvé une expression génique différentielle entre le tissu tumoral, le tissu normal, et les proliférations bénignes. Il existe de plus un profil d'expression spécifique du cancer évolué hormono-réfractaire pa rapport au cancer localisé, incitant à analyser la valeur pronostique de ces gènes dysrégulés
A better knowledge of both the mechanisms underlying prostate cancer progression and the factors predictive of evolution is a key issue for the management of patients follow-up and treatment. We first tried to improve the analysis of commonly used histopronostic factors. We evaluated the impact of the positive surgical margin size after prostatectomy, and showed that the margin size is predictive of the incidence of residual tumor, therefore representing an additional phenotypic marker for the risk of progression. We then analyzed potentiel prognostic factors among the genomic alterations and gene expression dysregulations associated with prostate cancer progression. The incidence of loss of heterozygosity (LOH) on 6 chromosomal regions of interest was determined in relation with histoprognostic factors and evolution. We observed that l)the overall rate of LOH increased with cancer progression, 2)LOH at 8p22 is specifiquely associated with perineural invasion, suggesting the presence on this region of a gene involved in epithelium/nerve interaction. At the end, 3)LOH at 16q23. 2 is associated with favorable histopronostic factors, and constitute an independant marker of good prognosis, suggesting that this chromosomal region may contain a gene involved in tumor progression. The expression of 300 genes was analyzed by quantitative RTPCR. We observed a differential gene expression between normal prostate tissue, prostate cancer, and benign proliferative disorders. A specific gene expression profile was also identified in advanced hormone-refractory cancers whe compared to localized tumors, which prompt to study the predictive and therapeutic value of these dysregulated gene

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Baldoceda, Baldeon Luis Manuel. "Analyses génomiques et phénotypiques contrastant les embryons bovins des races Holstein et Jersey." Doctoral thesis, Université Laval, 2014. http://hdl.handle.net/20.500.11794/25437.

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Abstract:

Au cours des dernières années, la production laitière a été en croissance constante en raison de plusieurs facteurs tels que l’utilisation d’individus plus performants. L’augmentation du nombre d’enregistrements de vaches de la race Jersey confirme l’intérêt économique des producteurs pour cette race en raison de la production élevée de protéines et de gras du lait par rapport aux autres races. Cependant, les embryons de la race Jersey ont montré des difficultés dans le processus de cryopréservation lequel peut aider à une commercialisation massive de matériel génétique de cette race. Il a été observé que la race Jersey présente un faible taux de gestation lors du transfert des embryons après la cryopréservation en comparaison aux embryons de la race Holstein. Nous proposons que cette différence entre les deux races bovines soit due à des caractéristiques spécifiques de la race au niveau du phénotype et du génome. Dans un premier temps, les résultats de cette étude ont mis en évidence des différences au niveau du phénotype et du profil lipidique et génomique de l’embryon Jersey. Celui-ci est caractérisé par un contenu de lipides associé à une faible fonction mitochondriale laquelle déterminera le faible succès à la cryopréservation. Par la suite, nous avons évalué au niveau du phénotype et de la génomique, l’utilisation de la L-carnitine dans le milieu de culture in vitro afin de compenser cette caractéristique des embryons de la race Jersey. Cette étude sur la supplémentation de L-carnitine a permis d'identifier une faible réponse chez les embryons Jersey qui est expliqué par le faible effet de la L-carnitine sur l’activité mitochondriale. Afin de définir l’impact de la fonction mitochondriale sur la viabilité de l’embryon lors de nos études, nous avons mis au point une méthode pour compenser la dysfonction mitochondriale sur le développement embryonnaire chez le bovin. Enfin, l’application de la vitamine K2 dans le milieu de culture in vitro montre un impact positif sur la fonction mitochondriale qui a mené à des changements phénotypiques et génomiques chez les embryons bovins. En conclusion, ce projet a permis de caractériser et d’identifier la race comme un facteur qui limite la cryopréservation des embryons et peut influencer sur le métabolisme embryonnaire au niveau des mitochondries. La fonction mitochondriale est une caractéristique importante sur le développement embryonnaire bovin qui peut ouvrir sur des perspectives d’amélioration de la viabilité embryonnaire.
For the past decades, milk production has been increasing due to several factors such as the use of high genetic merit individuals. In this regard, Jersey cows have been of interest for the producers because of high protein and fat indexes in their milk compared to others breeds. However, there are some challenges associated with Jersey particularly poor results using embryo cryopreservation which could help to massively commercialize the genetic material of this breed. It was observed that the Jersey breed have low pregnancy rates following embryo transfer of cryopreserved Jersey embryos compared to the Holstein breed. Here, we hypothesised that those differences between these two breeds in embryo cryopreservation are due to specific phenotypic and genotypic characteristics at the embryo level. Initially, the results of this study showed differences on the phenotype, lipid profile and genomic differences of Jersey embryo characterized by the higher lipid droplets content associated with low mitochondrial function which will determine the low success with cryopreservation. Subsequently, we assessed the phenotype and genotype of embryos using L-carnitine supplementation in the in vitro embryo culture medium in order to compensate those characteristics in Jersey embryos. The results of this study revealed moderate beneficial effects of L-carnitine supplementation in Jersey embryos through low effect of L-carnitine on mitochondrial activity. To define the impact of mitochondrial function on the embryo viability during our study, we developed a method to compensate the mitochondrial dysfunction during early embryo development in bovine model. To do that, Vitamin K2 supplementation in the in vitro embryo culture medium was applied which showed a positive effect on the mitochondrial function leading to satisfactory phenotypic and genotypic changes in the embryos. In conclusion, this study resulted in identification and characterization of the cattle breeds effects as a critical factor on cryopreservation performance and embryonic metabolism of the mitochondria. Our results emphasized that mitochondrial function is an important feature of embryonic development in cattle, which can provide opportunities to improve embryonic viability.

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Cuccuini, Wendy. "Etude du facteur tissulaire par les progéniteurs endothéliaux : conséquences phénotypiques en condition inflammatoire." Thesis, Reims, 2011. http://www.theses.fr/2011REIMM202/document.

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Abstract:

Les cellules progénitrices endothéliales formant des colonies (EFCFs) sont issues decellules CD34+ de la moelle osseuse humaine. Peu de données concernent l’expression dufacteur tissulaire (FT) lors de cette différenciation endothéliale. Outre son rôle dansl’initiation de la génération de thrombine, le FT est impliqué dans l’angiogenèse.Nous montrons que les cellules CD34+ expriment le FT mais non ses isoformes. LesECFCs expriment peu de FT à l’état basal. En revanche, leur stimulation par le TNF-α induitune augmentation de l’expression de FT, et la génération de microparticules pro-coagulantes.Nous avons analysé les modifications fonctionnelles induites par cette stimulation. Nosrésultats montrent que l’expression de FT par les ECFCs est responsable d’une activité procoagulante majeure, alors que les propriétés angiogéniques ne semblent pas affectées.L’expression du tissue factor pathway inhibitor (TFPI) a été évaluée, ainsi que la capacité desmicroparticules issues de ECFCs à générer des métalloprotéinases (MMP2-, MMP-9).Une évaluation de la stabilité chromosomique des cb-ECFCs durant leur expansion aété réalisée, mettant en évidence des anomalies de nombre, mais pas d’anomalies destructures. Les conséquences de ces résultats en termes de thérapie cellulaire appliquées auxpathologies cardio-vasculaires sont discutées. Enfin, nous évoquons la possibilité deconsidérer l’expression de FT comme un marqueur de différenciation cellulaire
Endothelial colony-forming cells (ECFCs) can be obtained from human bone marrowCD34+ cells. In spite of the essential role of the tissue factor (TF) in coagulation triggeringand angiogenesis, its expression during endothelial differentiation is not established. We showthat CD34+ cells express TF, but not TF splicing forms. ECFCs express a small amount of TFat baseline level. In contrast, ECFCs express TF high levels of TF on response to TNF-α andcan generated highly pro-coagulant microparticles. We have examined the functionalproperties induced by TNF-α stimulation. TF expression confers to ECFCs a strong thrombingeneration capacity without influencing their non-coagulant properties. We have examinedthe co-expression of the tissue factor pathway inhibitor (TFPI) and the ability of ECFCs togenerate microparticles producing metalloproteins (MMP-2, MMP-9).We have performed an evaluation of cb-ECFCs chromosomal stability during theirexpansion. We found quantitative but no structural chromosomal abnormalities. Theconsequences of our observations in the use of cell therapy in cardiovascular diseases arediscussed. We conclude that TF expression may be considered as cell differentiation marker

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Clément-Duchene, Christelle. "Cancer bronchique et facteurs de risque : Existe-t-il des marqueurs phénotypiques spécifiques ?" Thesis, Nancy 1, 2009. http://www.theses.fr/2009NAN10112/document.

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Abstract:

Le cancer bronchique est la première cause de mortalité par cancer dans le monde, en raison d'un diagnostic à un stade avancé (IIIB et IV) et d'un pronostic sombre. Si les principaux facteurs de risques sont connus depuis de nombreuses décennies comme le tabagisme actif et les expositions professionnelles (amiante), 10 à 20 % de patients sont des non-fumeurs. Dans cette population, les étiologies restent plus controversées. Au niveau histologique, l'adénocarcinome est devenu le type histologique le plus fréquent et son association avec les facteurs de risque (tabagisme, exposition à l'amiante) fait débat. De même, la localisation tumorale est différente selon l'exposition aux différents facteurs de risque. Enfin, la survie du cancer bronchique semble être différente selon le sexe ou le statut tabagique. Suivant les expositions et les populations, les mécanismes de carcinogénèse diffèrent. C'est dans ce contexte, que notre étude a été menée sur une cohorte de 1493 patients atteints de cancer bronchique afin d'identifier des populations à risque et de mieux comprendre les voies de la carcinogénèse bronchique
Lung cancer is the leading cause of death in the world. Most lung cancer are diagnosed at an advanced stage (IIIB and IV), with a poor prognosis. The main risk factors are well known like active smoking, and occupational exposure (asbestos), but 10 à 20% occur in never smokers. In this population, various studies have been conducted in order to identify possible risk factors, and although many have been identified, none seem to explain more than a small percentage of the cases. According to the histological types, adenocarcinoma is now the more frequent type, and its association with the main risk factors (tobacco exposure, asbestos exposure) is still studied. The tumoral location is associated with the exposure to the risk factors. Finally, the survival seems to be different between gender, and between smokers, and never smokers. All these characteristics are perhaps associated with different pathways of carcinogenesis. In this context, we have analyzed a cohort of 1493 patients with lung cancer in order to identify phenotypic markers, and to understand the mechanisms of the lung carcinogenesis

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Boyer, Thomas. "Rôle du CD81 dans les leucémies aigües myéloïdes : implications phénotypiques et clinico-biologiques." Thesis, Lille 2, 2016. http://www.theses.fr/2016LIL2S027/document.

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Abstract:

Le CD81 est une molécule de surface appartenant à la superfamille des tetraspanines. Son rôle pronostique a été précédemment étudié dans les pathologies lymphoïdes, dont le myélome multiple où son expression est associée à un pronostic péjoratif. A ce jour, ce marqueur n'a pas été étudié dans les leucémies aiguës myéloïdes (LAM). Nous avons étudié l'expression membranaire du CD81 sur les blastes de LAM au diagnostic, son association aux autres caractéristiques des LAM et sa potentielle influence sur la survie des patients sur une cohorte de 134 patients traités par chimiothérapie intensive.Le CD81 a été retrouvé chez 92 patients sur 134 (69%). Les patients exprimant ce marqueur avaient une leucocytose initiale plus élevée (p=0.02) et présentaient une cytogénétique intermédiaire ou défavorable (p<0.001). L'expression du CD81 avait un impact négatif sur la survie des patients (survie sans évènements (EFS), survie globale (OS), survie sans rechute (RFS)) en analyse uni- (p<0.001) et multivariées (p=0.003, 0.002 and <0.001 respectivement).De plus, le CD81 avait un impact négatif sur l'OS des patients avec une mutation de NPM1 (p=0.01) et chez les patients du groupe cytogénétique favorable (p=0.002) selon la classification ELN.Les anomalies du cycle cellulaire étant associées à la chimiorésistance, la croissance tumorale et l'agressivité de la pathologie, nous avons étudié l'expression du Ki67 sur les blastes de LAM au diagnostic. Ainsi, 10 prélèvements médullaires de patients avec une faible expression du CD81 par les blastes (moins de 20% de positivité) et 10 prélèvements avec une forte expression du marqueur ont été étudiés. Nous avons pu démontrer une expression significativement inférieure du Ki67 sur les blastes CD81 positifs par rapport aux blastes CD81 négatifs (p<0.001), suggérant ainsi un rôle potentiel du CD81 dans le contrôle du cycle cellulaire. De plus, nous nous sommes intéressés au rôle du CD81 dans la chimiorésistance et sur les différentes voies de signalisation cellulaire en étudiant le profil d'expression génique.En conclusion, le CD81 semble être un nouveau marqueur pronostique des LAM ainsi qu'une cible potentielle de traitement de ces pathologies
CD81 is a cell surface protein which belongs to the tetraspanin family. While in multiple myeloma its expression on plasma cells is associated with worse prognosis, this has not yet been explored in acute myeloid leukemia (AML). We measured membrane expression of CD81 on AML cells at diagnosis, evaluated its association with AML characteristics and its influence on patient outcome after intensive chemotherapy in a cohort of 134 patients. CD81 was detected in 92/134 (69%) patients. Patients with AML expressing CD81 had elevated leukocyte count (p=0.02) and were more likely classified as intermediate or adverse-risk by cytogenetics (p<0.001). CD81 expression had a negative impact on survival (event-free [EFS], overall [OS] and relapse-free survival [RFS]) in univariate (p<0.001) and in multivariate analyses (p=0.003, 0.002 and <0.001, respectively). CD81 has a negative impact on OS in patients with NPM1 mutation (p=0.01) and in favorable risk patients by European Leukemia Net (ELN) classification (p=0.002).Since aberrations in cell cycle signaling can cause drug resistance, tumor growth and aggressiveness we measured Ki67 on primary blast cells from AML patients. We considered 10 bone marrow samples from AML patients with either weak CD81 expression (less than 20% of blast cells) or 10 bone marrow samples with strong CD81 expression on blasts. We found a significant lower ki67 expression on blast cells from CD81 positive patients compared with those from CD81 negative patients (p<0.001), indicating a potential role of CD81 in cell cycle control. Furthermore, we investigated the role of CD81 in chemotherapy resistance and investigated potentially implicated signaling pathways by gene expression profiling.In conclusion, the cell surface marker CD81 may be a new prognostic marker for diagnostic risk classification and a new potential therapeutic target for drug development in AML

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Mcheik, Jiad. "Études phénotypiques et fonctionnelles des capacités régénératives des kératinocytes humains - Application à l'autogreffe." Thesis, Poitiers, 2013. http://www.theses.fr/2013POIT1308/document.

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Abstract:

In vivo, l'épiderme se régénère en continu à travers la prolifération des cellules souches basales. Celles-ci obtenues à partir d'une biopsie cutanée, peuvent être greffées pour régénérer la peau. En vue de la transplantation kératinocytaire, nous avons étudié in vitro leur capacité à régénérer un épithélium en fonction de leur origine anatomique, et précisé leur phénotype. Par rapport aux différents sites étudiés, nous montrons que les kératinocytes issus de prépuce ont la plus grande capacité proliférative et régénérative, associée à une expression exacerbée de marqueurs d'immaturité, la p63 et la kératine 19 et une faible expression des marqueurs de la différenciation (involucrine et filagrine). Ces résultats nous ont amené à utiliser ces kératinocytes préputiaux en suspension pour transplanter les enfants brûlés, ce qui évite l'utilisation d'une membrane de transfert, source potentielle d'inefficacité. La transplantation des brûlures avec ces cellules autologues conduit à une épithélialisation accélérée avec une cicatrice de grande qualité. Ces résultats et la facilité de la procédure nous permettent de proposer la greffe autologue kératinocytaire de prépuce comme une procédure standard, qui peut être ajoutée à l'arsenal thérapeutique des équipes prenant en charge les enfants brûlés
In vivo, the skin regenerates continuously through the proliferation of basal stem cells. That can be obtained from a skin biopsy and may be grafted to regenerate skin. In vitro, we studied the regenerative keratinocyte capacities according to site donors, and we noted that keratinocytes from foreskin have the greatest proliferative and regenerative capacities, combined with expression of progenitor cell markers (p63 and keratin 19) and low expression of epidermal differentiation markers (involucrin and filaggrin). These results led us to use these preputial keratinocytes in suspension for graft in burned children. Apply directly cells with a suspension device, eliminates the use of a transfer membrane and a potential source of inefficiency. In our study, boys grafted with autologous keratinocytes isolated from foreskin leads to epithelialization with a high quality of scar. This technique is easily applicable to a large number of pediatric surgery teams. Our clinical success and the safety of the procedure in the operating room enable us to propose the kératinocyataire autologous transplantation as a standard procedure, which can be added to the therapeutic armamentarium in burns

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Lavigne, Jérémy. "Changements phénotypiques des cellules endothéliales irradiées au cours du développement des lésions radiques pulmonaires." Thesis, Paris 6, 2017. http://www.theses.fr/2017PA066308/document.

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Abstract:

La radiothérapie thoracique peut induire le développement de pneumopathies aiguës et de fibroses. La dysfonction du système vasculaire participe au développement de lésions radiques. Dans l'intestin, un KO endothélial de PAI-1 protège les souris de la fibrose radique. Le premier objectif de ce projet est d'explorer le rôle de PAI-1 dans l'apparition de la fibrose radique pulmonaire. L'irradiation thoracique de souris à 17 Gy altère sévèrement le parenchyme pulmonaire et l'analyse histologique révèle que l'invalidation de PAI-1 aggrave les lésions à 2 et 13 semaines. Cette invalidation ne protège donc pas les animaux des dommages radiques pulmonaires. L'organisation en parallèle du poumon permet d'envisager une tolérance à de fortes doses par fraction sur des petits volumes. Des irradiations en conditions stéréotaxiques ont donc été réalisées chez la souris. Les analyses histologiques montrent une déstructuration alvéolaire et un fort infiltrat inflammatoire au niveau de la zone cible. Un œdème est observable dans l'ensemble du poumon ipsilatéral deux semaines après irradiation. Le poumon ipsilatéral est également affecté par des altérations de structure, tel un épaississement des septa alvéolaires. Ces bouleversements se traduisent également au niveau transcriptomique. A la vue de l'ensemble de ces altérations, un test à l'effort a été réalisé pour évaluer l'impact potentiel sur la fonction pulmonaire. Les résultats mettent en évidence une diminution des performances des animaux. Les analyses sont à approfondir mais elles démontrent l'importance de s'intéresser aux tissus sains situés hors du volume cible mais recevant des fractions variables de la dose délivrée
Radiation-induced endothelial dysfunction is known to participate to the development of normal tissue damage. PAI- is implicated in the phenotypic changes of irradiated endothelial cells and KOendo mice are protected from radiation damage to the gut. Whole thorax of PAI-1 KOendo and floxed mice were exposed to 17 Gy. Histological analyzes showed that PAI-1 KOendo induces a worsening of injuries at 2 and 13 weeks. Consequently, contrary to the gut no protection from radiation-induced lung damage is observed in PAI-1 KOendo mice. Our second aim was to study the effects of a single high dose stereotactic irradiation on pulmonary tissues. Histological analyzes and scanner imaging show important injuries on the targeted volume. An ipsilateral edema can also be observed 2 weeks after irradiation. Ipsilateral lung is moreover importantly damaged. A thickening of alveolar septa is notably observable. A transcriptomic analysis show important similarities between tissues from the ipsilateral lung and the focal lesion. As really highly damages have been observed in both scanner and histological analyzes, we decided to perform forced physical activity test on treadmill. A drastic decrease of maximal distance traveled has been observed from two weeks. These experiments highlighted a deficiency in respiratory function and all of these results show the importance of non-targeted irradiated pulmonary volume in the development of radiation-induced fibrosis. Effect of an endothelium-specific deletion of HIF-1α has been investigated in this model of stereotactic irradiation. Only few differences have been observed between KOendo and control mice. Experiments are still ongoing

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Milgram, Sarah. "Effets cytoxiques et phénotypiques de l'uranium et du plomb sur des modèles cellulaires ostéoblastiques." Saint-Etienne, 2008. http://www.theses.fr/2008STET004T.

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Abstract:

Cette étude s'inscrit dans le cadre de l'évaluation du danger biologique lié à l'utilisation de l'uranium dans les activités nucléaires industrielles et de recherche. L'uranium, reconnu dans la littérature comme potentiellement cancérogène ou toxique pour la reproduction, peut devenir un problème de santé publique aux vues des diverses possibilités de contaminations humaines (militaires de la guerre du Golfe, populations finlandaises exposées à une eau de boisson contaminée par exemple). Le squelette représente l'organe de stockage à long terme de l'uranium et peut être une cible de sa toxicité. Le plomb partage ce mode de fixation dans la matrice osseuse et aura les mêmes effets néfastes sur la formation osseuse. Les ostéoblastes, cellules responsables dans la formation osseuse, sont des cibles particulières de ces deux métaux. Cette étude a consisté à évaluer les effets d'une toxicité aiguë de spéciations contrôlées de l'uranium et du plomb sur de ostéoblastes en culture. L'accumulation, la répartition et la spéciation intracellulaires ont ensuite été étudiés afin d'expliquer les toxicités observées. Une mortalité cellulaire et un désordre phénotypique ont été mis en évidence. La spéciation est apparue comme déterminante des effets biologiques de ces métaux. Les espèces les plus toxiques de ces deux métaux ont pu être identifiées. L'accumulation ou la répartition cellulaire n'ont pu expliquer à eux seuls l'impact de la spéciation sur la toxicité observée. Cependant, un phénomène de précipitation intracellulaire de l'uranium comme du plomb à été mis en évidence et pourrait être impliqué dans un mécanisme de détoxication.

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Krahn, Martin. "Analyses mutationnelles dans les calpainopathies et dysferlinopathies primaires : extension des spectres génotypiques et phénotypiques." Aix-Marseille 2, 2007. http://www.theses.fr/2007AIX20702.

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Abstract:

Nous avons analysé le spectre mutationnel du gène CAPN3 dans une cohorte française de 42 patients. L’analyse transcriptionelle a caractérisée l’effet délétère de plusieurs variants introniques, et déterminée les points de cassure d'une grande délétion génomique. Nous avons identifié des mutations constitutionnelles délétéres du gène CAPN3 chez 11 patients atteints de mysoite à éosinophiles idiopathiques, et ainsi la première cause génétique de cette maladie rare. Nous rapportons l'analyse moléculaire du gène DYSF dans une cohorte de 135 patients, ce qui constitue la plus grande cohorte d'analyse mutationnelle du gène DYSF décrite à ce jour. Nous avons créé une base de données locus-spécifique, UMD-DYSF, dans laquelle sont saisies toutes les données cliniques et moléculaires de notre série, et de la littérature, ce qui comporte des outils d'analyse bioinformatique, permettant d'effectuer des analyses statistiques, et d'évaluer la pathogénicité de variants nouvellement identifiés.

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Chevin, Luis-Miguel. "Génétique de l'adaptation : de l'évolution des caractères phénotypiques aux signatures moléculaires de la sélection." Paris 11, 2008. http://www.theses.fr/2008PA112260.

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Abstract:

L’adaptation est l’augmentation du succès reproducteur des organismes vivants sous l’effet de leur adéquation croissante à leur environnement. Son mécanisme, la sélection naturelle, agit sur le phénotype mais se répercute sur les gènes. La recherche de gènes impliqués dans l’adaptation, et potentiellement d’intérêt (agronomique, médical…) suscite actuellement un vif intérêt. Mais les méthodes de détection de signatures moléculaires de la sélection ne prennent souvent pas en compte le phénotype, ni la possibilité d’une réponse polygénique des caractères à la sélection. J’ai développé dans ma thèse plusieurs modèles de génétique des populations incorporant ces aspects. J’ai d’abord étudié les conséquences d’une sélection positive à deux locus proches sur le polymorphisme neutre. Cette situation peut diminuer notre capacité à détecter la sélection, mais peut aussi être exploitée pour obtenir des informations complémentaires sur la chronologie des substitutions favorables ou l’interaction entre gènes. Par ailleurs, comme la plupart des caractères adaptatifs varient de manière continue, j’ai étudié comment la signature moléculaire d’un locus sous sélection était affectée par la sélection à beaucoup d’autres locus affectant le même caractère. J’ai aussi mis au point une méthode préliminaire pour estimer la distribution des coefficients de sélection des mutations favorables à partir d’approches génomiques de détection de la sélection. Enfin, j’ai utilisé un modèle de mutation pléiotrope (affectant de nombreux caractères) pour comprendre comment l’hétérogénéité phénotypique de la mutation entre locus influe sur la probabilité que chacun d’eux soit utilisé lors de l’adaptation
Adaptation is the increase in reproductive success of living organisms that results from their growing match to their environment. Its underlying mechanism, natural selection, acts on phenotypes, but is transmitted to the genes. The search for the genes involved in adaptation, and of putative agronomical or medical interest, has been a matter of intense research recently. However, most methods to detect molecular signatures of selection overlook the phenotype, and do not consider the consequences of a possible polygenic response to selection. During this PhD, I developed several population genetic models that allow taking those aspects into account. I first studied the consequence of positive selection at two close loci on neutral polymorphism. This situation can paradoxically hinder our ability to detect selection, but can also be exploited to obtain additional information about the chronology of beneficial substitutions, or the interaction between genes. Since most adaptive traits vary quantitatively, I studied how the molecular signature left by a locus under positive selection is affected by selection at many other loci that affect the same trait. I also designed a preliminary method to estimate the distribution of the selection coefficients of beneficial mutations from genome scans for selection. Finally, I used a model of pleiotropic mutation to understand how the phenotypic heterogeneity of mutation across loci influences the probability that each locus is used during adaptation

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Lemaitre, Léa. "Caractérisations phénotypiques et fonctionnelles des cellules stromales mésenchymateuses au cours du traitement du myélome multiple." Thesis, Toulouse 3, 2020. http://www.theses.fr/2020TOU30279.

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Abstract:

Le myélome multiple (MM) est une hémopathie caractérisée par l'accumulation de plasmocytes (PC) malins dans la moelle osseuse pouvant occasionner entre autres des lésions ostéolytiques. Il s'agit d'une maladie extrêmement hétérogène, tant au niveau de la présentation clinique, de la réponse aux traitements, de la survie globale, que sur le plan biologique. L'hypothèse actuelle est que cette hétérogénéité est non seulement due à l'énorme variabilité moléculaire présente au sein des cellules tumorales mais également au microenvironnement des PC tumoraux. Dans ce microenvironnement nous nous intéressons plus particulièrement aux cellules stromales mésenchymateuses (MSC). Leur interaction avec les PC a des conséquences multiples : promotion de la prolifération, de la survie, de la migration et de la chimiorésistance des PC, stimulation de l'angiogenèse, stimulation de l'ostéoclastogenèse et inhibition de l'ostéoblastogenèse. Mon sujet de thèse porte sur l'analyse phénotypique et fonctionnelle des MSC retrouvées associées aux PC au diagnostic de la maladie et tout au long du traitement. Mon travail de recherche a consisté en la comparaison de différents prélèvements de MSC afin 1) de mettre en évidence le rôle des MSC dans la physiopathologie du myélome aux différents stades de la maladie et 2) d'identifier une cible thérapeutique potentielle au sein du microenvironnement tumoral. Les prélèvements de patients ont tout d'abord été sélectionnés pour constituer trois groupes homogènes composés de 10 prélèvements de moelle osseuse saine (HD BM-MSC), 12 de moelle osseuse de patients nouvellement diagnostiqués (D BM-MSC), 10 de moelle osseuse de patients dit en rémission (CR BM-MSC) et 9 prélèvements de patients en première rechute (ER BM-MSC). Les MSC ont été isolées à partir des moelles de ces différents groupes et une analyse transcriptomique a été réalisée. Nous avons confirmé les résultats antérieurs du laboratoire soit que les MSC de patients MM ont un profil transcriptomique différents des HD BM-MSC. Parmi les 845 gènes différentiellement exprimés entre HD et MM BM-MSC, nous avons identifié des facteurs connus dans la physiopathologie du myélome (IL6, GDF15, SERPINB2, DKK1, Runx2 ...) mais aussi des facteurs non répertoriés à ce jour. La voie Wnt, et certains facteurs de différenciation osseuse semblent être impliqués. De façon intéressante le profil transcriptomique des MSC ne varie pratiquement pas lors des différents stades du MM et plus particulièrement suite au traitement que le patient soit en rémission ou en rechute de sa maladie. Ces données suggèrent que le contact des PC avec les MSC pourrait conduire à une modification pérenne du transcriptome des MSC. Nous avons réalisé une analyse fonctionnelle des différentes MSC afin de corréler la différence transcriptomique observée avec une éventuelle différence de fonction. Les résultats montrent que les MSC issus de patients présentent une perte de capacité de différenciation en ostéoblastes et une différenciation facilitée en adipocytes. Concernant leur capacité immuno-modulatrice, les CR BM-MSC ont une fonction immuno suppressive altérée lorsqu'on les compare à celle des ER BM-MSC. [...]
Multiple myeloma (MM) is a B-cell malignancy characterized by clonal expansion of malignant plasma cells (PC) within the bone marrow (BM). MM patients often experience multiple relapses due to the presence of chemo-resistant residual MM clones. Therefore, there is a critical need to understand the mechanisms that regulate MM chemo-resistance and relapse. The interactions between microenvironment BM cells and malignant PCs play an essential role In MM growth and survival. Mesenchymal stromal cells (MSC) are multipotent BM stromal cells, able to differentiate into osteoblasts and adipocytes which support malignant PC growth through the release of different factors. A better understanding of the role of these cells in MM relapse is critically required. My work consisted in comparing different samples of MSC to understand their role at different stage of the disease and find a therapeutic target. To address this question, I created a homogeneous cohort of samples: 10 BM of healthy donors (HD BM-MSC), 12 from newly diagnosis MM patients (D BM-MSC), 10 from MM remission patients (CR BM-MSC) and 9 from MM patients with early relapse (ER BM-MSC). Then I isolated MSC from BM of these different groups and performed a transcriptomic analysis. My results reveal significant differences in expression of 845 genes between HD and MM BM-MSC. Wnt signaling, blood coagulation and angiogenesis appear to be involved in this pathological process. Surprisingly, the transcriptomic profile of MSC was very similar after treatment in relapse or remission patient. These data indicate that the alteration in MSC gene expression associated with MM development can persist even in the absence of clinical sign of the disease. This suggests that a deep imprinting of MSC cellular program occurs by the contact with MM PCs. Futhermore, I compare the functional capacity of HD and MM-MSC to differentiate, improve the MM cell growth and immunomodulation. MM-MSC differentiate preferentially into adipocytes than osteoblasts compared to HD BM-MSC. They both support MM tumor growth by secreted factors. Interestingly, CR BM-MSC decreased their capacity to immunosuppress T cells compared to ER BM-MSC. Finally, we observed an increase of toll like receptor 4 (TLR4) gene expression by MM BM-MSC compared to HD BM-MSC. TLR4 is a Pattern Recognition Receptor widely describe in innate immunology but not in MM. In vitro analysis performed by the laboratory suggest an important role of TLR4 to support tumor growth and TLR4 inhibitor, C34, inhibit MM cell lines growth. I performed this treatment on most relevant MM mouse model, VkMyC, and treatment delayed MM growth. These results suggest a clinical application of our data

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Martinez, Gilles. "Continuum autisme-schizophrénie : apport de l’étude de la cognition sociale et de marqueurs phénotypiques développementaux." Thesis, Sorbonne Paris Cité, 2017. http://www.theses.fr/2017USPCB065/document.

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Abstract:

Autisme et schizophrénie sont deux troubles psychiatriques neuro-développementaux. L’étude des formes précoces de schizophrénie, fréquemment associées aux troubles du spectre de l’autisme (TSA), a suggéré un possible continuum développemental entre ces troubles. Des arguments cliniques et épidémiologiques, et issus des études en génétique moléculaire ou en imagerie cérébrale, sont progressivement venus étayer cette hypothèse. Dans ce contexte, l’étude de la cognition sociale a fait l’objet d’un intérêt particulier, des altérations étant rapportées dans les deux troubles avec toutefois des résultats contrastés, révélant autant de points communs que de différences. Les relations entre altération de la cognition sociale et charge neuro-développementale ont par ailleurs été peu explorées. A travers nos trois études, nous avons confirmé l’existence d’altérations de la cognition sociale dans les TSA et la schizophrénie. Le MASC (Movie for the Assessment of Social Cognition), épreuve mixte et originale dont nous avons validé la version française, a permis de montrer une altération globale des capacités de mentalisation plus importante dans les TSA que dans la schizophrénie. Les Triangles Animés (épreuve d’attribution d’intention reposant sur un matériel non verbal) ont permis de révéler des différences qualitatives : tandis que l’hypomentalisation est commune aux deux troubles, l’hypermentalisation apparaît plus marquée dans la schizophrénie. Par ailleurs, à travers un continuum autisme-schizophrénie, l’altération de la cognition sociale était liée à la désorganisation de la pensée et du langage, et à l’importance des signes neurologiques mineurs (marqueur de vulnérabilité neurodéveloppementale). En outre, chez les sujets avec schizophrénie, l’hypermentalisation était corrélée à la précocité d’installation du trouble. Nos résultats soulignent l’intérêt de pouvoir repérer chez des patients adultes un trouble du développement. En ce sens, nous avons présenté les premiers éléments de validation d’un autoquestionnaire de dépistage des troubles du développement, permettant en population adulte un repérage rétrospectif des signes et symptômes d’autisme présents dans l’enfance. En conclusion, nos résultats apportent des arguments en faveur du continuum autisme-schizophrénie, en montrant l’existence d’une altération de la cognition sociale, dans ces deux troubles, corrélée à la charge neuro-développementale de façon trans-nosographique. Il existe toutefois des différences qualitatives. Un sous-groupe de sujets avec schizophrénie dont le trouble a débuté précocement semble par ailleurs se dessiner, caractérisé par une tendance à hyper-mentaliser et présentant une désorganisation plus marquée
Autism and schizophrenia are both neurodevelopmental psychiatric disorders. Research on early-onset schizophrenia, commonly associated to autism spectrum disorders (ASD), suggested a possible developmental continuum between both of these disorders. Clinical and epidemiological evidence, and research from molecular genetics or brain imaging, come to support this hypothesis. In this context, social cognition is a matter of special interest. Impairments are reported both in the two disorders, but with inconsistent results, revealing common features as well as differences. Otherwise, links between social cognition impairments and neurodevelopmental burden have been until now poorly explored. Through the contribution of our three studies, we confirmed the importance of social cognition impairment in autism and schizophrenia. The MASC test (Movie for the Assessment of Social Cognition), an original tool which was by our findings validated in a French version, revealed higher overall impairment of mentalizing capabilities in ASD than in schizophrenia. Animated Shapes (non verbal test of attribution of intentions) revealed qualitative differences: whereas hypomentalizing is common both to ASD and schizophrenia, overmentalizing seemed to be more important in schizophrenia. Furthermore, along a continuum between autism and schizophrenia, social cognition impairment was linked to thought and language disorganization, and to neurological soft signs (a marker for neurodevelopmental load). In addition, in subjects with schizophrenia, overmentalizing was correlated to the precocity of onset of the disease. Altogether, our results highlight the need to screen developmental feature in adulthood. In that way, we presented preliminary results in order to validate a developmental disorders screening self-rated questionnaire. As a conclusion, our results bring evidence in favour of a hypothesis of a continuum between autism and schizophrenia, showing a social cognition impairment in both disorders, correlated to the neurodevelopmental load existing in both of them in a transnosographic way. We contributed to emphasize the sub-group of subjects with schizophrenia with early-onset of disease, characterized by a tendency to overmentalizing and presenting a marked disorganization. Our work provides avenue to further studies, integrating neuroimaging and genetic data, that will help to advance in a deeper comprehension of the pathophysiology of autism and schizophrenia. Furthermore, we used and validated in this work promising tools to improve finely psychopathological evaluation and differential diagnosis in adults suffering from autism and from schizophrenia

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Lamoureux, Fabien. "Étude protéomique des modifications phénotypiques des cellules rénales exposées aux immunosuppresseurs inhibiteurs de la calcineurine." Limoges, 2011. https://aurore.unilim.fr/theses/nxfile/default/bd77cbbf-a082-45ad-9923-960a5b24bd69/blobholder:0/2011LIMO310F.pdf.

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Abstract:

Les médicaments inhibiteurs de la calcineurine, la cyclosporine (CsA) et le tacrolimus (TAC), sont utilisés depuis plus de 30 ans dans les protocoles d’immunosuppression afin de prévenir les rejets du greffon et traiter des maladies auto-immunes. Si ces traitements ont considérablement amélioré la survie du greffon à court terme, ils contribuent à long terme à l’apparition d’une atteinte rénale appelée néphropathie chronique d’allogreffe ainsi qu’à une dysfonction chronique du greffon, qui conduit au déclin progressif, irréversible de la fonction rénale et à la perte du greffon, en dehors de tout surdosage médicamenteux. Les mécanismes moléculaires impliqués dans la néphrotoxicité des inhibiteurs de la calcineurine sont nombreux et, bien que largement étudiés, restent mal compris. Notre objectif principal a été de développer et de mettre en application une approche protéomique à large échelle, basée sur la spectrométrie de masse, afin d’identifier et de quantifier les modifications d’expression protéique induites par la CsA et le TAC sur un modèle de cellules rénales en culture. La méthodologie utilisée est l’approche SILAC (ou Stable Isotope Labelling by Amino acids in Cell culture), qui consiste en un marquage métabolique des protéines cellulaires avec des acides aminés alourdis par du carbone isotope 13. Nous montrons que l’expression intra-cellulaire et la sécrétion de nombreuses protéines sont modulées par la CsA et que le TAC agit différemment sur ces mêmes protéines. Nos résultats confirment ainsi des observations précédemment décrites et nous conduisent également à formuler de nouvelles hypothèses concernant les mécanismes moléculaires potentiellement impliqués dans la néphrotoxicité induite par les inhibiteurs de la calcineurine. Des études ultérieures seront développées pour tester certaines de ces protéines comme biomarqueurs potentiels de cette néphrotoxicité chez des patients transplantés et traités par CsA ou TAC
Cyclosporine (CsA) and tacrolimus (TAC) are calcineurin inhibitors (CNIs) that have been widely used for more than 30 years to prevent allograft rejection and to treat immune disorders. Although the use of these immunosuppressive drugs has greatly improved short-term graft survival in transplant allograft recipients, long-term treatment can result in major and limiting side effects, including nephrotoxicity that contributes to chronic allograft nephropathy and rejection. CNIs-induced nephrotoxicity has been studied for years but the precise molecular mechanisms underlying such toxicity are complex and remain poorly understood. The aim of this work was to investigate CNIsinduced proteomic perturbations in renal cell using SILAC, a quantitative proteomic strategy based on mass spectrometry. SILAC (or Stable Isotope Labelling by Amino acids in Cell culture) consists in the metabolic labeling of the whole cell proteome by substitution of essential amino acids by their “heavy” variants containing isotopic carbon-13, which has been successfully applied to reveal drugrelated quantitative proteomic perturbations. Our results revealed perturbed expression level for numerous intracellular and secreted proteins following cell exposure with CsA. Moreover, using SILAC TAC toxicity profile appeared different from that of CsA, suggesting different molecular mechanisms leading to renal toxicity of both immunosuppressants. These results provide a new insight and are consistent with recent data regarding the molecular mechanisms of CNIs-induced nephrotoxicity. Our findings also offer new directions for future research aiming to identify specific biomarkers of CsA nephrotoxicity. Some of the proteins identified here are going to be tested as potential biomarkers of CNIs nephrotoxicity in subsequent clinical studies

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Désert, Romain. "Effets phénotypiques de deux mécanismes d’activation de la voie Wnt/beta caténine dans le carcinome hépatocellulaire." Thesis, Rennes 1, 2016. http://www.theses.fr/2016REN1B044/document.

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Abstract:

Le carcinome hépatocellulaire (CHC) est une des principales causes de mortalité par cancer dans le monde. Dans environ 50% des tumeurs, on observe les signes d’une activation de la voie Wnt/β-caténine, causée par une mutation de l’exon 3 du gène CTNNB1 ou par stimulation du récepteur FRZD. Des études transcriptomiques du CHCs ont montré que ces deux modes d’activation étaient associés à des sous-types de tumeurs différents. Nous avons cherché à mieux comprendre les caractéristiques cliniques et le phénotype moléculaire de ces deux sous-types de CHCs. Dans un premier temps, nous avons fait le lien entre l'activation Wnt extracellulaire, un phénotype de cellules cancéreuses souches ou progénitrices et la présence de foyers de fibrose discrète intra-tumorale, observable par examen histopathologique, que nous avons appelés "nids fibreux". Nous avons également mis en évidence HAPLN1, une protéine de la matrice extracellulaire dont l’expression est stimulée par Wnt3a dans un modèle de cellules hépatiques progénitrices HepaRG, comme un nouveau marqueur d’agressivité du CHC. Ces résultats montrent une association entre l’activation Wnt extracellulaire et une agressivité tumorale passant par un remodelage matriciel. Dans un second temps, une Méta-analyse de données publiques de transcriptomique a permis de mettre évidence 4 sous-types de CHCs. La mutation CTNNB1, prédite par l’expression de 5 marqueurs par une méthode développée durant la thèse, était associée à un de ces sous-types et à un bon pronostic clinique. Nous avons également isolé un nouveau sous-type de CHC de bon pronostic exprimant un phénotype de tumeur différenciée et des signatures de métabolisme hépatique périportales. Ce sous-type a probablement été un facteur confondant dans les études précédentes mesurant l’association de la mutation CTNNB1 avec un bon pronostic. Enfin, nous avons mis en évidence une forte association négative entre la mutation CTNNB1 et l’inflammation ainsi que la fibrose tumorale dans trois cohortes indépendantes. Cet effet pourrait être provoqué par une inhibition de NF-κB par la β-caténine mutée, comme suggérée par des résultats préliminaires issue d’un modèle in vitro d’HepaRG mutés T41 stimulés par LPS. Nos résultats suggèrent donc que les deux modes d’activation de la voie Wnt/β-caténine sont associés à des mécanismes moléculaires, des profils d’expression, des phénotypes et des pronostics cliniques très différents
Hepatocellular carcinoma (HCC) is the third cause of cancer-related death worldwide. Half of them show activation of Wnt/β-catenin pathway, caused by activating CTNNB1 exon 3 mutation of by stimulation of FRZD receptor. Transcriptomic based HCC classifications showed that this two types of activation were associated with distinct tumor subtypes. We tried to better understand the molecular phenotypes and the clinical features associated with these subtypes. In a first part, we linked extracellular Wnt activation with a stem/progenitor phenotype and with fibrous hotspot in HCC. Fibrous hotspot, which were called “fibrous nest”, can be detected by routine anatomic pathology analyses. We also showed that HAPLN1, an extracellular matrix protein induced by Wnt3a in progenitor HepaRG cells, was a new marker of stemness and bad outcome in HCC. Those results shows the associations between extracellular Wnt activation, extracellular matrix remodeling and tumor aggressiveness. In a second part, a transcriptome meta-analysis of 1133 HCCs highlighted 4 robust subclasses. CTNNB1 mutation, predicted by a 5-genes score based method, was associated with one of these subclasses and with good clinical features. We also highlighted a new subclass of CTNNB1 wild type HCCs associated with tumor differentiation, signatures of periportal metabolism and good outcome. This subclass was probably a confounding factor in survival studies comparing HCCs carrying mutant versus those carrying wild-type CTNNB1. Finally, we highlighted strong negative associations between CTNNB1 mutation and inflammation as well as tumor fibrosis in three independent cohorts. Preliminary results of in vitro HepaRG cells mutated for CTNNB1 in T41 and stimulated by LPS suggest an inhibitory effect of β-caténine on NF-κB. In conclusion, our results show that the two types of Wnt activation in HCC are associated with very distinct molecular phenotypes and clinical features

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Di, Filippo Mathilde. "Aspects génotypiques et phénotypiques des dyslipidémies primitives rares affectant le métabolisme des lipoprotéines riches en triglycérides." Thesis, Lyon 1, 2014. http://www.theses.fr/2014LYO10244/document.

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Abstract:

Les anomalies du métabolisme des lipoprotéines riches en triglycérides (LRTG), les chylomicrons et les VLDL exposent à des hypocholestérolémies lors d'un défaut de sécrétion et à des hypertriglycéridémies (HTG) majeures entraînant un risque athéromateux et de pancréatites aigües lors de l'altération de leur clairance. Nous avons diagnostiqué des patients présentant un défaut génétique de sécrétion des LRTG au décours de maladie de rétention des chylomicrons, d'abetalipoprotéinémie et d'hypobetalipoprotéinémie homozygote, causées respectivement par des mutations sur les gènes SAR1B, MTTP et APOB. Nous avons étudié le phénotype des 158 patients publiés avec mutation délétère et mis en évidence des différences portant principalement sur la stéatose hépatique, l'insulinorésistance et l'obésité. Nous avons également mis au point une méthode d'évaluation de l'activité post héparinique de la lipoprotéine lipase (LPL) par mesure de la lipolyse des triglycérides des VLDL in vitro, permettant l'exploration phénotypique des patients présentant une HTG sévère. Nous avons mis en évidence des activités LPL augmentées chez des patients présentant pourtant des antécédents d'HTG sévère et des déficits chez des patients ne présentant pas de mutation identifiable du gène LPL, laissant supposer l'existence de facteurs additionnels modulant l'expression ou l'activité de la LPL. Enfin des interrelations des multiples gènes impliqués dans le métabolisme des triglycérides modulent le phénotype. Elles soulèvent l'intérêt de l'exploration simultanée des principaux gènes impliqués dans les dyslipidémies, telle qu'elle sera effectuée par NGS, pour une meilleure compréhension de leur physiopathologie
Abnormal metabolism of triglyceride-rich lipoproteins (LRTG), chylomicrons and VLDL, can result in hypocholesterolemia in case of impaired secretion, or severe hypertriglyceridemia (HTG) and increased risk of atheroma and acute pancreatitis if clearance is affected. We explored patients suffering from genetic defect in the LRTG secretion (chylomicron retention disease, abetalipoproteinemia and homozygous hypobetalipoproteinemia) and identified mutations on respectively SAR1B, and MTTP and APOB gene. Then, we analysed the phenotype of 158 previously published patients with deleterious mutation (i.e. reported cases added to our cohort) and were able to highlight some specific differences like hepatic steatosis, insulin resistance and obesity. Furthermore we developed an assay to evaluate the lipoprotein lipase (LPL) functionality by measuring the triglyceride-VLDL lipolysis in vitro, and provide a reliable phenotypic exploration for patients with past history of severe hypertriglyceridemia. We found an increased LPL activity in some patients with severe hypertriglyceridemia but conversely showed deficits in other patients free from mutation on LPL gene. These results lead to hypothesize that additional factors might contribute to modulate the expression or the activity of LPL. Finally multiple genes of triglycerides metabolism interact together to additionally modulate phenotype. Of high interest is therefore the simultaneous exploration of the key genes involved in dyslipidemia, as provided by the new generation sequencing (NGS), for better understanding of all pathophysiological mechanisms

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Marquis, Olivier. "Variations phénotypiques et adaptations locales en réponse aux stress environnementaux chez la Grenouille rousse (Rana temporaria)." Chambéry, 2006. http://www.theses.fr/2006CHAMS008.

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Abstract:

Les populations d'une espèce ayant une large aire de répartition peuvent être soumises à différentes conditions environnementales exerçant des pressions de sélection variables sur les populations. Celles-ci peuvent alors présenter des particularités phénotypiques génétiquement fixées leur conférant des adaptations aux contraintes locales de leur environnement. Dans ce cadre de la compréhension des mécanismes d'évolution des espèces, nous avons mis en place des protocoles expérimentaux pour mesurer, chez la Grenouille rousse (Rana temporaria), les variations de sensibilité de populations soumises dans la nature à deux gradients de stress environnementaux: un gradient en UV -b (280-320 nm) et un gradient de contamination aux Hydrocarbures Aromatiques Polycycliques (HAP). L 'hypothèse de travail est que les populations soumises à un niveau de stress important dans la nature devraient présenter des adaptations leur conférant une sensibilité plus faible à ce facteur de stress. Selon un protocole en common garden, la sensibilité au UV -b et aux HAP des embryons et/ou des larves de R. . Temporaria provenant de différentes populations a été évaluée en conditions contrôlées en laboratoire. Nous avons pu mettre en évidence une adaptation à la résistance aux UV -b dans les populations de haute altitude aussi bien au niveau de l'embryon que de la larve. En revanche, nous n'avons pas montré de différences de sensibilité aux HAP entre les larves de populations provenant de sites plus ou moins contaminés. Par ailleurs, nous avons pu montrer que les larves issues de populations de haute altitude bien qu'étant naïves vis-à-vis de toute contamination aux HAP présentent moins de lésions à l'ADN dues à l'action génotoxique des HAP. Nous avançons alors l'hypothèse d'une co-tolérance entre les UV-b et les HAP. A partir d'outils d'écotoxicologie et de biologie des populations, nous proposons des hypothèses explicatives qui entrent dans le champ de la biologie évolutive
The populations of a species with a wide range of distribution can be exposed to various environmental conditions exercising different natura! selection pressures. They can then display genetically based phenotypic particularities giving them an adaptation to the local constraints of their environment. Ln the scope of understanding the mechanisms of species evolution, we set up experimental protocols to assess the variations of sensitivity in the Common frog (Rana temporaria), among populations submitted to two gradients of environmental stressors: the UVb (280-320 nm) gradient and a gradient of contamination by Polycylic Aromatic Hydrocarbons (PAHs). The hypothesis is that the populations submitted to a high level of environmental stressor in the field should show adaptations giving them a lower sensitivity to those environmental stressor. According to a common garden protocol,. The sensitivity of embryos or/and larvae of R. Temporaria collected in different populations experimenting in the field various levels of stress, was assessed in controlled conditions in the laboratory. We were able to show a local adaptation to UVb in high altitude populations at the embryonic stage as weIl as at the larval stage. Yet, we haven't pointed out any variation of sensitivity to PAHs among larvae coming from populations in more or less polluted areas. Besides we have shown that the larvae from high altitude populations, even if virgin of any PAHs contamination show less DNA damages due to genotoxicity of PAHs. We propose the hypothesis of a co-tolerance between UVb and PHAs. Using tools from ecotoxicology and population biology, we propose explicative hypothesis entering the field of evolutionary biology

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Pauwels, Maxime. "Origine et évolution de la tolérance au zinc chez Arabidopsis halleri (Brassicaceae) : approches phénotypiques et génétiques." Lille 1, 2006. https://ori-nuxeo.univ-lille1.fr/nuxeo/site/esupversions/9b6c5045-08c0-4791-8001-8cd18f01b97b.

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Abstract:

La tolérance aux métaux lourds est la capacité des espèces métallophytes à se développer sur des sols pollués par les métaux. L'étude de ce caractère adaptatif exceptionnel engage aujourd'hui des technologies lourdes nécessitant l'emploi de quelques espèces modèles. La proximité de l'espèce pseudometallophyte tolérante au Zn et Cd Arabidopsis halleri (Brassicaceae) avec le modèle de la biologie végétale Arabidopsis thaliana offre l'opportunité d'exploiter les outils moléculaires développés chez A. Thaliana. A. Halleri est donc à son tour proposée comme espèce modèle pour l'étude des mécanismes génétiques et moléculaires de la tolérance aux métaux lourds chez les végétaux supérieurs. Cependant les connaissances disponibles sur l'écologie et l'évolution de l'espèce sont limitées. Pour une meilleure compréhension de l'origine et l'évolution de la tolérance au Zn chez A. Halleri, ce travail proposait deux approches. Tout d'abord, évaluer la distribution des capacités de tolérance dans les populations de l'espèce en intégrant des populations métallicoles (M) recensées dans trois régions polluées du nord de l'Europe, et des populations non métallicoles (NM) réparties dans l'aire de distribution de l'espèce. Ensuite, décrire, à l'aide des approches contemporaines de la génétique des populations, la structure génétique de l'espèce, à l'échelle de l'Europe, pour donner un contexte génétique neutre à l'étude de la dynamique évolutive du caractère. L'analyse phénotypique de 33 populations confirme une tolérance constitutive, i. E. Présente dans toutes les populations. Cependant, un polymorphisme quantitatif intra- et inter-population a été observé. Une tendance générale vers plus de tolérance a été notée chez les populations M
L'analyse de la distribution géographique d'une généalogie d'haplotypes identifiés par PCR-RFLP révèle des origines multiples et mutuellement indépendantes des populations M géographiquement distantes. L'analyse combinée de la structure des haplotypes chloroplastiques et de six microsatellites nucléaires montre clairement deux ensembles génétiques isolés par les Alpes et aux histoires phylogéographiques distinctes. Dans le groupe génétique au Nord des Alpes, les populations M forment un groupe hétérogène et ne se différencient des populations NM qu'à travers la distance géographique. L'origine d'une tolérance constitutive ne peut pas être déterminée par une étude intraspécifique. Des hypothèses sont néanmoins émises. L'observation d'un polymorphisme quantitatif atteste d'un potentiel génétique pour l'évolution du caractère au sein de l'espèce. La tolérance supérieure des populations M confirment une adaptation de ces populations aux sols pollués, en dépit de la tolérance constitutive. Les origines indépendantes des populations M géographiquement distantes interrogent la nature des mécanismes localement sélectionnées. Enfin, la similitude des génomes nucléaires aux locus neutres entre populations M et NM géographiquement proches posent la question des mécanismes microévolutifs du maintien des différences adaptatives et présente un contexte favorable à des approches de scan génomique

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Gueguen, Gwénaelle. "Les communautés endosymbiotiques des insectes vecteurs de virus : diversité bactérienne, effets phénotypiques, conséquences écologiques et épidémiologiques." Thesis, Lyon 1, 2009. http://www.theses.fr/2009LYO10135.

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Abstract:

Les bactéries symbiotiques facultatives, transmises verticalement de mère à descendants, sont connues pour avoir des effets importants sur la reproduction de leurs hôtes (incompatibilité cytoplasmique et biais de sex-ratio), sur l’adaptation à des situations de stress (spécialisation, résistance aux pathogènes et aux fortes températures) ainsi que sur l’évolution de l’ADN mitochondrial par l’induction de balayages sélectifs. Bemisia tabaci est un complexe d’espèces divisé en nombreux biotypes, principalement différenciés sur la base de marqueurs moléculaires (essentiellement mitochondrial). Cet insecte héberge 7 symbiotes, 1 symbiote nutritionnel obligatoire et 6 symbiotes facultatifs. Nos résultats ont montré une extrême diversité ainsi qu’une prévalence exceptionnelle des bactéries symbiotiques chez B. tabaci. Leur dynamique rapide a entraîné de nombreux balayages sélectifs sur l’ADN mitochondrial influençant nettement son évolution. La très forte fréquence des infections multiples chez cet insecte peut certainement être expliquée par la co-localisation de l’ensemble des bactéries au sein des mêmes cellules, avec le symbiote nutritionnelle. Enfin, la coexistence de différents cytotypes en sympatrie offre l’opportunité d’étudier les interactions qui se mettent en place entre différentes communautés symbiotiques et comment ces systèmes vont évoluer
Facultative endosymbiotic bacteria that are vertically transmitted from mother to offsprings, have important effects on their host reproduction (cytoplasmic incompatibilities and sex-ratio biais), on host adaptation to situation of stress (specialization, resistance against pathogens or high temperature) and also on the evolution of mtDNA, by inducing selective sweeps. Bemisia tabaci is a species complex divided into numerous, mainly differentiated based on molecular markers (essentially mtDNA markers). This insect is infected by 7 bacterial symbionts, one nutritionnal symbiont that is obligatory and 6 facultative symbionts. Our results show an extreme diversity of symbionts in this insect and a very high prevalence in B. tabaci populations. Moreover their rapid dynamic has strongly influenced mtDNA evolution by inducing recurrent selective sweeps. The colocalization of the whole symbiotic community in the same cells, with the nutritional symbiont, might certainly explain the very high frequency of multiple infections in B. tabaci. Finally, coexistence of very different cytotypes in sympatry allows to study the interactions that take place between different symbiotic communities and how these systems will evolve

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Caro, Riaño Harling. "Changements phénotypiques du milieue sylvestre au milieu domestique chez les vecteurs de la maladie de Chagas." Montpellier 2, 2008. http://www.theses.fr/2008MON20243.

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Abstract:

La transmission à l'homme du parasite de la maladie de Chagas, Trypanosoma cruzi, est due principalement à l'activité de quelques espèces de grandes punaises hématophages, les Triatominae (Hemiptera: Reduviidae). Ces quelques espèces sont très répandues et sont importantes dans le maintien de l'endémie car elles vivent en étroite association avec l'homme. C'est leur anthropisation, qui fait l'essentiel de leur signification épidémiologique, de leur capacité vectorielle. Pourtant, il est d'observation courante de voir des espèces sylvestres, dont certaines sont peu connues, tenter d'établir des colonies intradomiciliaires. A ce jour, aucun critère, ni génétique ni environnemental, n'existe pour juger du danger (de domestication) représenté par telle ou telle espèce. Nous avons examiné l'espèce qui dans notre pays, la Colombie, est considéré comme une menace potentielle, Rhodnius pallescens. En Colombie, cette espèce reste confiné aux palmiers et semble échouer dans ses tentatives de colonisation domiciliaires. Est-elle inapte à s'adapter? Nous nous sommes intéressés aux paramètres métriques de la plasticité phénotypique déjà recensés chez les vecteurs avérés de la maladie de Chagas: principalement une diminution de taille en milieu domestique. Pour examiner non seulement la moyenne mais aussi la variance de la taille, nous mettons à disposition un logiciel développant des tests non-paramétriques adaptés. Chez R. Pallescens, nous confirmons que la diminution de taille semble typique du passage d'un milieu stressant, instable, de faible valeur nutritive, à un milieu stable et riche en source de sang, et qu'elle paraît systématique, valable d'une espèce à une autre, d'un genre (Rhodnius) à un autre (Panstrongylus). Nous mettons en évidence l'importance de l'interaction entre la densité des populations et la fréquence d'alimentation: c'est cette interaction qui rend compte de la diminution de taille, et non l'un de ces facteurs pris séparément. Les expérimentations réalisées sur des lignées isofemelles soulignent l'influence du génotype sur la réponse plastique de l'insecte, et suggèrent que la domestication pourrait ne pas être un attribut de l'espèce, mais plutôt d'un ou de plusieurs génotypes. Ainsi, la domestication serait en fait une affaire de chance, une rencontre entre un génotype, un milieu et des conditions favorables. Ces dernières sont liées au coût de la plasticité phénotypique. Les génotypes les plus aptes à la domestication seraient ceux qui assurent le mieux un équilibre entre les avantages adaptatifs et les coûts de la plasticité en réponse à des changements de milieu. Nos modèles de laboratoires nous permettent de suggérer qu'en Colombie, le poulailler est une porte d'entrée pour R. Pallescens en milieu domestique. Dans les villages colombiens, si l'on veut détecter une domestication rampante, le poulailler doit être examiné au même titre que le domicile. C'est la recommandation que cette thèse peut nous amener à faire au Ministère de la Santé en Colombie
Transmission to humans of the parasite inducing Chagas disease, Trypanosoma cruzi, is due mainly to a few species of hematophagous bugs of Triatominae (Hemiptera: Reduviidae). Although not numerous, these species are widespread and efficient vectors because of their close association with humans. However, it is relatively common to report also sylvatic, poorly known species invading human dwellings or peridomestic structures. Most of them seem to fail establishing domestic colonies, but, as far, neither genetic nor environmental criteria exist able to predict the final outcome. We studied the species which is considered as a potential threat in my country, Colombia. In this region, the species seems confined to palm trees, sporadically intruding human dwellings but failing to establish durable intradomiciliary colonies. Is it unable to accomplish domestication ? We examined some aspects of phenotypic plasticity already described in the literature for well known Chagas vectors: mainly their size reduction in domestic conditions of life. To consider not only the mean size but also its variance, we developed a specialized software based on non-parametric tests. In R. Pallescens, we confirmed that size reduction was typical of the transition from a stressing, poor and unstable environment to a stable and nutritive one, and that this size reduction was a systematic change, found for different species, different genera (Panstrongylus, Rhodnius). We highlighted the importance of the interaction between population density and feeding frequency: it is this interaction which drives the main changes in size, and not any of the factors separately. Experiences on isofemale lines indicate the influence of the genotype on plastic response, suggesting that ability to domesticate could be not a species but a genotype specific trait. Thus, domestication would be actually a matter of chance, an encounter between one or a few genotypes, a given environment and favorable conditions. The latter is linked to the cost represented by the plastic response. The genotypes able to be domesticated would be the ones enjoying the best balance between adaptive value and cost of their plastic response to environmental changes. Our laboratory observations suggest that in Colombia, hen houses would be the backdoor for R. Pallescens durable access to the domestic environment. In colombian villages, to avoid undetected but true domestication process, not only human dwellings but also hen houses are prioritary targets to be investigated for the presence of triatomine bugs. Based on the data obtained in our thesis, it is the recommandation we feel authorized to address to the Health Ministry of Colombia

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Cortijo, Sandra. "Etude des variations épigénétiques liées aux séquences répétées comme source de changements phénotypiques héritables chez Arabidopsis thaliana." Phd thesis, Université Paris Sud - Paris XI, 2012. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00742834.

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Abstract:

Des changements de méthylation de l'ADN peuvent affecter l'expression des gènes et pour certains être transmis au travers des générations. De telles " épimutations " qui concernent des groupes de cytosines à proximité ou dans les gènes sont donc une source potentielle de variation phénotypique héritable en absence de changements de la séquence de l'ADN. Chez les plantes la méthylation de l'ADN est cependant principalement observée au niveau des séquences répétées. Il reste à déterminer dans quelle mesure les changements de méthylation au niveau de ce type de séquences peuvent être héritées et affecter les phénotypes. Afin de répondre à ces questions, plus de 500 épiRIL (epigenetic Recombinant Inbred Lines) quasi-isogéniques a été générée chez Arabidopsis thaliana. Cette population a été obtenue par le croisement d'un parent sauvage et d'un parent mutant pour le gène DDM1 présentant une très forte réduction du taux de méthylation de l'ADN. Après un rétrocroisement de la F1 avec une plante sauvage, les individus sauvages pour le gène DDM1 ont été sélectionnés et propagées sur 6 générations par autofécondation. Nous avons montré par l'analyse du méthylome de plus de 100 épiRIL que l'hypométhylation induite par ddm1 présente selon les séquences affectées différents degrés de transmission au travers des générations. La réversion de l'hypométhylation concerne des régions associées à une abondance élevée en sRNA de 24 nt. Nous avons utilisé l'hypométhylation stablement transmise dans les épiRIL induite par ddm1 afin de détecter des QTL (Quantitative Trait Loci) affectant le temps de floraison et la longueur de la racine primaire, deux caractères pour lesquels les variations observées dans les épiRIL présentent une héritabilité importante. En dernier lieu, nous avons recherché par différentes approches les variations causales de ces QTL.

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Bouzigon, Emmanuelle. "Interrelations phénotypiques et génétiques entre des caractéristiques physiologiques associées à l'asthme dans les familles de l'étude EGEA." Paris 11, 2005. http://www.theses.fr/2005PA11T094.

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Kolbas, Aliaksandr. "Traits phénotypiques et développement de plantes exposées aux éléments traces; utilisation pour la phytoremédiation et l biosurveillance." Thesis, Bordeaux 1, 2012. http://www.theses.fr/2012BOR14590.

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Abstract:

Ce travail a pour objectif de tester des solutions viables et durables pour la phytoremédiation de sols contaminés en éléments traces. Il inclut à la fois des données sur l'évaluation initiale et résiduelle des risques (biomonitoring) et sur des solutions de phytomanagement à long terme utilisant des plantes et microorganismes associés, en particulier la phytoextraction aidée couplant l’épuisement du pool labile de contaminants du sol, la production de matière première végétale et la restauration de services écosystémiques. La phytotoxicité du Cu, le rôle améliorant des amendements organiques et minéraux et la tolérance des plantes ont été examinés utilisant des essais biologiques ainsi qu’une technique de dilution du sol. L'utilité d’une lignée de mutant de tournesol (Helianthus annuus) et d’une lignée parental de tabac (Nicotiana tabacum) pour le biomonitoring de sols contaminés en Cu a été investiguée. Les paramètres biochimiques qui sont en relation avec le statut antioxidant des plantes et leurs réponses moléculaires à l’excès de Cu ont en général montré une plus grande sensibilité que les traits morphologiques. Le tabac est plus tolérant au Cu que le tournesol. Des bactéries endophytes issues de différentes sources, notamment des graines d’une population métallicole d’une graminée (Agrostis capillaris) peuvent stimuler la croissance du tournesol et du tabac aux expositions en Cu modérément en excès. Pour ces plantes annuelles, accumulatrices secondaires du Cu et à phénotype d’exclusion, l'augmentation de la capacité de phytoextraction de Cu par les parties aériennes s’effectue principalement par l’accroissement de la biomasse aérienne, plutôt que par celui de sa concentration en Cu. Par conséquent, une attention a été prêtée aux pratiques agricoles dans les essais en parcelles sur site. Plusieurs options d’amélioration ont été examinées in situ: l'application d’amendements du sol, l'utilisation de lignées de mutants et de variants somaclonaux, la rotation de cultures et des cultivars, la bioaugmentation, la fertilisation, l’irrigation, etc. Deux lignées de mutants et des cultivars commerciaux de tournesol ainsi qu’une lignée parentale de tabac ont montré un fort potentiel pour la phytoextraction du Cu, accompagné d’une production significative de graines et/ou autre biomasse valorisable. Les solutions de restauration écologique basées sur la phytoextraction, utilisant des plantes annuelles accumulatrices secondaires de Cu permettraient (1) la décontamination progressive des sols contaminés en Cu au cours des rotations culturales, (2) un retour financier lié à la valorisation de la biomasse végétale, et (3) la restauration de services écosystémiques
This work aimed at assessing sustainable phytoremediation options for trace element-contaminated soils. It includes both the assessment of initial and residual risks (biomonitoring) and long-term sustainable decontamination options using plants and associated microbes, especially aided phytoextraction with the secondary purposes of producing plant-based feedstock and restoring ecosystem services. Copper phytotoxicity, the improving role of soil conditioners, and plant tolerance were tested using a bioassay as well as a fading technique. The usefulness of a mutant line of sunflower (Helianthus annuus) and a motherline of tobacco (Nicotiana tabacum) for the biomonitoring of Cu-contaminated soils was investigated. Biochemical parameters in relation to antioxidant status of plants and molecular responses to Cu excess generally showed a greater sensitivity than morphologic ones. Tobacco has a higher Cu tolerance than sunflower. Endophytic bacteria from various sources, notably from the seeds of metallicolous populations of grasses (Agrostis capillaris) can promote the growth of sunflower and tobacco exposed to Cu excess. For annual Cu-secondary accumulator plants with an excluder phenotype, increase in shoot Cu removal occurred primarily through increase in shoot biomass, rather than in shoot Cu concentration. Therefore, attention in field trials was paid to agricultural practices. Various improving options were tested in situ: application of soil amendments, the use of mutant lines and somaclonal variation, cultivars and crop rotation, bioaugmentation, fertilization, irrigation, etc. Two mutant lines and some commercial cultivars of sunflower as well as the motherline of tobacco showed a high potential for Cu phytoextraction as well as for plant-based feedstock. Ecological restoration options for Cu-contaminated soils based on phytoextraction using annual Cu-secondary accumulator plants with a high shoot biomass would (1) result in the progressive decontamination of Cu-contaminated soils during crop rotations, (2) provide a financial return through biomass valorization, and (3) promote ecosystem services

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Boutellis, Amina. "Etudes des variations phénotypiques et génotypiques des poux de tête et des poux de corps de l'homme." Thesis, Aix-Marseille, 2013. http://www.theses.fr/2013AIXM5036.

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Abstract:

Les poux sont de véritables marqueurs pour l'étude de l'évolution humaine car ils ont été associés à l’homme depuis nos ancêtres et se sont dispersés à travers le monde avec ses différentes migrations. Les poux de tête et les poux de corps ont été étudiés morphologiquement depuis longtemps. Les poux de tête vivent et pondent leurs lentes dans les cheveux tandis que les poux de corps vivent et pondent leurs lentes dans les vêtements. Ces derniers sont associés à une mauvaise hygiène de vie et sont responsables de la transmission du typhus épidémique, de la fièvre des tranchées et de la fièvre récurrente. L’un des objectifs de ma thèse était d'accroître les connaissances sur les poux de tête et les poux de corps de l’homme afin d’assurer un meilleur contrôle. Il est essentiel de déterminer si les poux de tête et les poux de corps sont allopatriques ou s’ils pourraient exister en sympatrie. Ainsi, les études d'ADN mitochondrial ont montré qu'il y a trois clades clairement divergents des poux de tête (A, B et C) et un seul clade des poux de corps qui est partagé avec les poux de tête (clade A). Chaque clade a une répartition géographique bien déterminée
Lice are effective markers for studying human evolution because they have been parasitizing humans since the emergence of our hominid ancestors and have been dispersed throughout the world by early human migrations. Human head and body lice have been studied morphologically for a long time. Head lice live and lay their eggs in human hair. Body lice live and lay their eggs in clothes, are associated with poor hygiene in clothing and are responsible for the transmission of epidemic typhus, trench fever and relapsing fever. One aim of my thesis was to increase the knowledge of human head lice and body lice for a better control. It is critical to determine if head lice and body lice are allopatric, with distinct epidemiology, or if they might exist in sympatry. Then, mitochondrial DNA studies have shown that there are three clearly divergent clades of head lice (A, B and C) and that only one clade of body lice is shared with head lice (clade A). Each clade has a unique geographic distribution. During the thesis work, extensive literature survey was done to write a review. Then we aimed to establish a molecular tool in order to distinguish between head and body lice. We found that only one gene (Phum_PHUM540560 gene) was able to differentiate the two ecotypes of Pediculus humanus. Moreover, we aimed to estimate the correlation between phenotypes and genotypes among human lice, and we found that the lice phylogeny (based on intergenic spacers) was correlated to the geographic origin of lice, but no correlation between the color and the phylogeny

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Fneich, Sara. "Les contributions épigénétiques et génétiques dans l’expression des variants phénotypiques essentiels pour l’interaction : Schistosoma mansoni / Biomphalaria glabrata." Thesis, Perpignan, 2014. http://www.theses.fr/2014PERP1213.

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La variabilité phénotypique est définie par la capacité d’une espèce donnée à produire des variants phénotypique à partir d’un seul génotype, sous l’influence de l’environnement. L’origine de la variabilité phénotypique constituait un débat entre les scientifiques jusqu’à l’heure actuelle. Il était généralement admis que les variations génétiques seraient la seule source de la variabilité phénotypique. Cependant, les études récentes montrent que des variations épigénétiques pourraient être une source alternative pour les variants phénotypiques, sans modifier la séquence de l’ADN. L’épigénétique est l’une des composante du « Dual inheritance system », une théorie qui évoque l’existence de deux systèmes d’héritabilité : la génétique et l’épigénétique. Dans les interactions hôte / parasite, les parasites exercent des pressions sélectives sur leurs hôtes et vice versa, conduisant à une véritable course aux armements entre les deux partenaires. Une telle interaction nécessite une adaptation rapide où chaque partenaire doit évoluer sa capacité d’exprimer de nouveaux variants phénotypiques. Schistosoma mansoni est un parasite humain responsable de la bilharziose intestinale. Cette maladie est classée au second rang mondial selon l’OMS. Le schistosome se caractérise par un cycle de vie qui est complexe nécessitant le passage par deux hôtes : l’hôte intermédiaire Biomphalaria glabrata et l’hôte définitif qui pourrait être l’homme ou les rongeurs. Nous nous sommes intéressés au cours de la thèse à l’interaction de S. mansoni avec B. glabrata. Cette thèse avait pour objectif de montrer l’implication des modifications épigénétiques dans la production des variants phénotypiques dans un contexte de coévolution de l’interaction entre S. mansoni et B. glabrata. Les deux principaux buts c’étaient : (i) Déterminer le poids relatif épigénétique / génétique dans l’expression des variants phénotypiques chez le parasite. (ii) Initier l’investigation autour des mécanismes épigénétiques chez l’hôte. Les résultats de nos travaux ont montré que les modifications des histones constituent en effet une origine des variants phénotypiques chez S. mansoni. Ces variants phénotypiques exprimés sont à la base d’une meilleure fitness voire d’une virulence pour le parasite. Finalement, l’étude de l’héritabilité des modifications épigénétiques a montré une transmission qui ne respecte pas les lois mendéliennes. En ce qui concerne B. glabrata, nous étions les premiers à mettre en évidence la méthylation de l’ADN chez ce mollusque. Au niveau du génome, 2% des cytosines totales sont méthylées
Phenotypic variability is defined by the capacity of a given species to produce phenotypic variants from one genotype under the influence of the environment. There is several thinking about the origin of phenotypic variability. It was generally assumed that the genetic variations are the sole source of phenotypic variants. However, recent studies show that epigenetic variations can provide alternative source for phenotypic variants without change in DNA sequence. Epigenetic is one of the two components of the « Dual inheritance system », theory that evokes the existence of two inheritance system: genetics and epigenetics. In host / parasite interactions, parasites exert selective pressures on their hosts and vice versa, leading to a genuine arms race between both partners. Such interaction requires rapid adaptation where each partner has to evolve the capacity to express new phenotypic variants. We propose that epigenetic variations play an important role in the genesis of phenotypic variability. Schistosoma mansoni is a human parasite that causes intestinal schistosomiasis. Thisdisease is ranking second in the world according to the WHO. Schistosome is characterized by a life cycle that is complex requiring passage by two hosts: the intermediate host Biomphalaria glabrata and the definitive host that could be humansor rodents. During the PhD project, we are interested to the interaction of B. glabrata with S. mansoni. This PhD project aimed to show the involvement of epigenetic changes in the production of phenotypic variants in the context of coevolution of the interaction between S. mansoni and B. glabrata. The two main goals were: (i) To determine the relative weight epigenetic / genetic in the expression of phenotypic variants in the parasite. (ii) To initiate the investigation of epigenetic mechanisms in the host. The results have shown that histone modifications are indeed a source of phenotypic variants in S. mansoni. These phenotypic variants are the basis for better fitness and / or virulence of the parasite. Finally, studying the heritability of epigenetic changes showed a non-mendelian transmission. For B. glabrata, we were the first to highlight the DNA methylation in the snail. 2% of total cytosines are methylated in his genome

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Soler, Alexandra. "Caractérisations phénotypiques et moléculaires de lignées cellulaires issues de cellules tumorales circulantes dans le cancer du colon." Thesis, Montpellier, 2018. http://www.theses.fr/2018MONTT035.

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Abstract:

Les cellules tumorales circulantes (CTCs) sont des cellules tumorales provenant de la tumeur primaire et/ou des métastases que l’on retrouve dans la circulation sanguine. Les plus agressives d’entre elles peuvent envahir les organes distants pour former des métastases. Leur faible nombre parmi la multitude de cellules sanguines rend difficile leurs détections et leurs études. C'est pourquoi, le challenge actuel est de pouvoir mettre en culture ces cellules.Dans le cadre de l’éude clinique nationale COLOSPOT, notre laboratoire a pu recueillir des échantillons de patients atteints d’un cancer colorectal métastatique. Grâce à ces prélèvements sanguins, 9 lignées dérivées de CTCs ont pu être établies : CTC-MCC-41, CTC-MCC-41.4, CTC-MCC-41.5A-G.Dans ce projet de thèse, les 9 lignées cellulaires ont été caractérisées au niveau du génome, du transcriptome, du protéome, du sécrétome et fonctionnel, et comparées à des lignées cellulaires tumorales primaires et métastatiques connues, comme effectuée précédemment sur la lignée CTC-MCC-41 (Cayrefourcq et al. 2015)Cette analyse très complète a montré malgré des profils génétiques très différents, toutes les lignées CTCs ont les caractéristiques d’un phénotype intermédiaire épithélial/mésenchymal, des propriétés de cellules souches, la mutation BRAFV600E et la capacité d’éviter divers processus de lutte contre les cellules tumorales comme la résistance à l’anoïkis et l’échappement au système immunitaire. Les études fonctionnelles ont montré que les CTC-MCC pouvaient induire rapidement la formation de tubes avec des cellules endothéliales in vitro, signe d'un potentiel angiogénique.La seconde partie de ce travail de thèse a été d’étudier la transition épithélio-mésenchymateuse (EMT) in vitro. Ce phénomène est une étape clé du processus métastatique des CTCs et implique diverses transformations des cellules à divers niveaux : morphologique, protéique et transcriptomique. Trois méthodes différentes ont été testées pour induire l’EMT au sein des lignées CTCs impliquant deux différents modes d’induction et deux modes de culture. Ces changements ont pu être observés dans les lignées témoins, validant les expérimentations effectuées. Cependant, l’EMT n’a pas été clairement observée sur les lignées CTCs.En conclusion, ces analyses suggèrent que les CTC coliques cultivés à partir de biopsies liquides séquentielles, effectuée durant le traitement d’un même patient, ont des caractéristiques communes. Mais la sélection des clones, avec un phénotype distinct, résistant au traitement, a été observée. D'autres études avec ces lignées CTC-MCC sont en cours, évaluant leur capacité à induire des tumeurs résistantes à des médicaments spécifiques ou à analyser la contribution épigénétique. Ces données peuvent fournir des indications pour la découverte de nouveaux biomarqueurs permettant d'identifier les sous-populations de CTC les plus agressives et pour la mise au point de nouveaux médicaments pour inhiber les CTCs initiatrices de métastases dans le cancer du côlon
Circulating tumor cells (CTCs) are tumor cells that have been shed from the primary tumor and/or metastases into the bloodstream. The most aggressive ones can invade distant organs to form metastases. Their low number among the multitude of blood cells makes difficult their detection and study. This is why the current challenge in this field of expertise is to be able to culture them ex vivo.In the national COLOSPOT clinical study, our team was able to collect samples of patients with metastatic colorectal cancer. From blood samples of only one patient, 9 cancer cell lines derived from CTCs could be established: CTC-MCC-41, CTC-MCC-41.4, CTC-MCC-41.5A-G.In this project, the 9 CTC-MCC lines have been characterized at the genome, transcriptome, proteome, secretome and functional levels, and compared with primary and metastatic commercial colon cancer cell lines, as previously done on the CTC-MCC-41 line (Cayrefourcq et al., Cancer Res. 2015)These analyses have shown that despite their very different genetic profiles, all CTCs have the characteristics of an epithelial/mesenchymal intermediate phenotype, stemcell like characteristics, with BRAFV600E mutation, and the ability to avoid biological processes such as the resistance to anoïkis and the escape to the immune system. Moreover, functional studies have shown that all CTC-MCC lines can rapidly induce tubes formation with endothelial cells in vitro, a sign of an angiogenic potential.The second part of this thesis work was to study the epithelial-to-mesenchymal transition (EMT) in vitro. This phenomenon is a key step in the metastatic process and involves several cell transformations at various levels: morphological, proteomic and transcriptomic. Three different methods have been tested to induce EMT within these CTC-MCC lines involving two different induction and culture modes. These changes could be observed in the control lines, validating the experiments carried out. However, EMT has not been clearly observed yet on the CTC-MCC lines.In conclusion, this longitudinal study suggest that colorectal CTCs cultured from sequential liquid biopsies, performed during treatment of the same patient, have common characteristics. However, our results strongly suggest that no clonal selection, with a distinct phenotype, resistant to treatment, has occurred. Further studies with these CTC-MCC lineages are in process, evaluating their ability to induce in vivo drug-resistant tumors or to analyze the epigenetic contribution. These data may provide guidance for the discovery of new biomarkers to identify the most aggressive CTC subpopulations and for the development of novel drugs to inhibit metastases-competent CTCs in colon cancer

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Labidi-Galy, Sana Intidhar. "Altérations fonctionnelles et phénotypiques des cellules dendritiques plasmacytoïdes et des lymphocytes T régulateurs dans le cancer de l'ovaire." Phd thesis, Université Claude Bernard - Lyon I, 2011. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00861852.

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Abstract:

Le cancer de l'ovaire est immunogène et constitue un bon modèle pour étudier l'immunité antitumorale. Nous avons effectué une étude comparative et systématique de la fréquence, du phénotype, de la fonction et de l'impact sur la survie des cellules dendritiques plasmacytoïdes (pDC) et des lymphocytes T régulateurs (Treg) dans le sang, l'ascite et la tumeur. Nous avons observé que les pDC s'accumulent dans les ascites et sont présentes dans certaines tumeurs alors qu'elles sont profondément déplétées dans le sang des patientes. La présence de pDC associées aux tumeurs (TApDC) est un facteur pronostique indépendant associé à une survie sans progression (SSP) plus courte. De plus, les TApDC, mais pas les pDC d'ascite, sont altérées dans leur fonction innée principale de production d'IFN-α en réponse aux TLR ligands in vitro et induisent le développement de lymphocytes T CD4+ producteurs d'IL-10 responsables d'une tolérance immune favorisant la progression tumorale. Les Treg s'accumulent dans les ascites et les tumeurs de l'ovaire mais leur taux dans le sang est comparable aux donneurs sains. Leur accumulation dans les tumeurs et non dans les ascites est un facteur pronostique indépendant associé à une SSP plus longue. Les TATreg ont un phénotype activé et inhibent la production d'IL-10 par les lymphocytes T CD4+ conventionnels associés aux tumeurs. De façon intéressante, les patientes dont les tumeurs augmentent l'infiltration par les Treg Foxp3+ après chimiothérapie néoadjuvante ont une rechute retardée suggérant qu'en plus d'un effet antitumoral direct, la chimiothérapie induit une réponse immune

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Labidi-Galy, Sana Intidhar. "Altérations fonctionnelles et phénotypiques des cellules dendritiques plasmacytoïdes et des lymphocytes T régulateurs dans le cancer de l’ovaire." Thesis, Lyon 1, 2011. http://www.theses.fr/2011LYO10183/document.

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Abstract:

Le cancer de l’ovaire est immunogène et constitue un bon modèle pour étudier l’immunité antitumorale. Nous avons effectué une étude comparative et systématique de la fréquence, du phénotype, de la fonction et de l’impact sur la survie des cellules dendritiques plasmacytoïdes (pDC) et des lymphocytes T régulateurs (Treg) dans le sang, l’ascite et la tumeur. Nous avons observé que les pDC s’accumulent dans les ascites et sont présentes dans certaines tumeurs alors qu’elles sont profondément déplétées dans le sang des patientes. La présence de pDC associées aux tumeurs (TApDC) est un facteur pronostique indépendant associé à une survie sans progression (SSP) plus courte. De plus, les TApDC, mais pas les pDC d’ascite, sont altérées dans leur fonction innée principale de production d’IFN-α en réponse aux TLR ligands in vitro et induisent le développement de lymphocytes T CD4+ producteurs d’IL-10 responsables d’une tolérance immune favorisant la progression tumorale. Les Treg s’accumulent dans les ascites et les tumeurs de l’ovaire mais leur taux dans le sang est comparable aux donneurs sains. Leur accumulation dans les tumeurs et non dans les ascites est un facteur pronostique indépendant associé à une SSP plus longue. Les TATreg ont un phénotype activé et inhibent la production d’IL-10 par les lymphocytes T CD4+ conventionnels associés aux tumeurs. De façon intéressante, les patientes dont les tumeurs augmentent l’infiltration par les Treg Foxp3+ après chimiothérapie néoadjuvante ont une rechute retardée suggérant qu’en plus d’un effet antitumoral direct, la chimiothérapie induit une réponse immune
Ovarian cancer (OC) is an immunogenic disease and represents a good model for studying antitumoral immunity. We performed a systematic comparison between plasmacytoid dendritic cells (pDC) and regulatory T cells (Treg) in blood, ascites, and tumors in term of frequencies, phenotypes, functions, and impact on outcome of OC patients. We found that pDC accumulate in ascites and are present in some tumors whereas they are profoundly depleted in patients’ blood. Their presence within tumors (but not ascites) is deleterious because associated with early relapse of OC patients. Moreover, Tumor associated pDC (TApDC) but not ascite pDC were altered in their innate function, i.e. the production of IFN-α in response to TLR ligands in vitro, and they induce the development of IL-10+ CD4+T cells. All these results suggest that TApDC but not ascite pDC induce immune tolerance allowing cancer progression. Treg accumulate in ascites and tumors but their levels in patients’ blood were not increased. Their accumulation in tumors, but not ascites, was an independent prognostic factor associated with delayed relapse. TATreg showed an activated phenotype and inhibit IL-10 production by CD4+conventional TAT cells. Interestingly, patients whose tumor infiltration by Foxp3+ Treg is increased after neoadjuvant chemotherapy showed delayed relapse suggesting that chemotherapy, in addition to its direct antitumoral effect, induces an immune response

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Guedj, Fayçal. "Etude des altérations phénotypiques induites par la modification du dosage génique de DYRK1A et développement de stragégies thérapeutiques." Paris 7, 2010. http://www.theses.fr/2010PA077222.

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Le syndrome de Down (SD) est l'anomalie génétique la plus fréquente avec une prévalence de 1/800 à la naissance. Ce syndrome est caractérisé par une série de signes phénotypiques de pénétrance variable incluant la morphogenèse du cerveau, la morphologie de la face et des membres, la brachycéphalie, des anomalies cardiaques congénitales, des malformations du tube digestif, une apparition précoce des signes histopathologiques de la maladie d'Alzheimer et un retard mental constant et d'intensité variable (QI=20-55). L'établissement des cartes de corrélation génotypes/phénotype chez des patients atteints de trisomies 21 partielles a permis d'identifier la région DCR-1 qui s'étend sur 2,5 Mb entre les gènes CBR1 et ERG et qui est associée à l'apparition de 13 signes cliniques du SD dont le retard mental suggérant un rôle important des gènes de cette région dans le SD. Le gène DYRK1A, localisé dans cette région, constitue un bon gène candidat dans l'apparition du retard mental associé au SD. Ce gène code pour une sérine/thréonine kinase à double spécificité capable de s'auto-activer par autophosphorylation et de phosphoryler un grand nombre de substrats protéiques incluant des facteurs de transcription, des facteurs d'épissage, des protéines importantes pour l'activité synaptique ainsi que d'autres protéines impliquées dans diverses fonctions biologiques et conditions pathologiques. Afin de comprendre le rôle de DYRK1A dans le développement normal et analyser l'effet de l'altération de son dosage génique sur la morphogenèse du cerveau et la plasticité synaptique, trois modèles murins présentant trois copies (hYac-TgDYRKIA, mBac-TgDyrklA) et une copie (DyrklA+/-) fonctionnelles de ce gène ont été utilisés. Dans la première partie du travail, une nouvelle lignée transgénique portant trois copies du gène DyrklA de la souris sous le contrôle de son promoteur endogène (modèle mBac-TgDyrklA) a été construite au laboratoire. L'analyse de l'expression du transcrit et de la protéine DyrklA dans les différentes parties du cerveau des souris mBac-TgDyrklA, hYac-TgDYRKIA et DyrklA+/- a révélé une expression dosage-génique dépendante de DyrklA validant ainsi l'utilisation de ces trois modèles dans les études du retard mental associé à la trisomie et à la monosomie libres ou partielles du chromosome 21. La deuxième partie était consacrée à l'étude de l'effet de la modification du dosage génique de DyrklA sur la morphogenèse du cerveau et les densités neuronale et gliale dans le cortex somatosensoriel (CSS) et le noyau thalamique VPL/VPM en combinant les techniques d'imagerie in vivo, de stéréologie et de western blotting. Les résultats obtenus montrent que la modification du dosage génique de DyrklA induit des altérations hétérogènes de la morphogenèse du cerveau (augmentation du volume chez les souris hYac-TgDYRKIA et mBac-TgDyrkla avec un effet plus important dans le thalamus/hypothalamus) et des densités neuronales (diminution de la densité neuronale dans le CSS et une augmentation dans le VPL/VPM) dans les différentes régions analysées. Ces altérations morphologiques sont associées à une altération de l'expression de la protéine MBP (marqueur de la morphologie neuronale), de la phosphorylation de FKHR (important dans la régulation du cycle cellulaire) et de la voie des MAP kinases suggérant un rôle crucial de ttyrklA dans la régulation de la balance apoptose/prolifération mais aussi de la croissance axonale et la myélinisation de ces axones. Les études comportementales effectuées dans la troisième partie de ce travail ont mis en évidence une altération de la mémoire spatiale dépendante de l'hippocampe, de la mémoire à long terme et de la fonction motrice chez les trois lignées de souris étudiées. Ces altérations comportementales sont accompagnées d'une diminution de l'activation de la CamKII dans l'hippocampe des souris hYac-TgDyrkl A adultes mais aussi d'une augmentation de la phosphorylation de AKT dans cette même région au stade postnatal P21. L'ensemble de ces résultats est en faveur d'un rôle important de DyrklA dans la régulation de la synaptogenèse et de la transmission synaptique. Enfin, une stratégie corrective des phénotypes observés chez les souris hYac-TgDYRKIA et Ts65Dn (trisomie 16 partielle de 104 gènes incluant DyrklA) a été développée en utilisant deux types de traitements à base d'EGCG auparavant identifié comme un inhibiteur spécifique de l'activité kinase de DyrklA. Les analyses morphométriques, comportementales et moléculaires ont montré que l'EGCG est capable de corriger de manière importante les différentes altérations observées chez les souris hYac-TgDYRKIA et Ts65Dn nous permettant de proposer le gène DyrklA comme cible potentielle d'une démarche correctrice : cette stratégie thérapeutique pourrait être utilisée dans le traitement du retard mental associé au SD
Down syndrome (DS) is the most common genetic disorder affecting 1/800 newborns. It is characterized by several phenotypic signs with a variable penetrance including alteration of the brain morphogenesis, morphology of the face and members, brachycephaly, congenital heart diseases, digestive tract malformations, an early onset of Alzheimer disease histopathological signs and a constant mental retardation with variable severity (IQ = 20-55). Construction of genotype/phenotype correlation maps in patients with partial trisomy 21 enabled the identification of DCR-1, a region of 2. 5 Mb between CBR1 and ERG associated with the apparition of 13 clinical signs of DS among which mental retardation suggesting an important role of the genes contained in this region for the DS phenotype. DYRK1A gene, localized in this region, is a good candidate gene for mental retardation associated with DS. It encodes a dual-specificity serine/threonine kinase activated via autophosphorylation on the tyrosine 321 residu and phosphorylates a myriad of protein substrates including transcription and splicing factors, proteins playing important roles in synaptic plasticity and others proteins implicated in a variety of biological functions and pathological conditions. To understand DYRK1A role in the normal development and analyze the effects of its gene dosage alteration on the brain morphogenesis and synaptic plasticity, two mouse models bearing three copies (hYac-TgDYRKl A, mBac-TgDyrkl A) and an haploinsufficient model with only one copy of this gene (Dyrkl A+/-) have been used in this study. In the first part of this work, a new transgenic mouse line containing three copies of the mouse DyrklA gene with its endogenous promoter (mBac-TgDyrklA model) has been constructed in our laboratory. DyrklA transcript and protein expression analysis in the different brain parts of adult mBac-TgDyrklA, hYac-TgDYRKIA and DyrklA+A mice revealed a gene-dosage dependent expression of DyrklA validating the use of these models in the studies of mental retardation associated with free or partial trisomy and monosomy of the chromosome 21. The seconds part of our study focused on the DyrklA gene dosage alteration impact on brain morphogenesis and neuronal and glial cell density in the somatosensory cortex (SSC) and the ventrobasal (VPL/VPM) thalamic nucleus by combining in vivo imaging, seterology and western blotting techniques. Results obtained showed that DyrklA gène dosage modification induces heterogeneous alterations of the brain morphogenesis (increased brain volume in hYac-TgDYRKIA and mBac-TgDyrklA with a more pronounced action on the thalamus/hypothalamus region) and neuronal densities (a decreased neuronal density in the SSC and an increased density in the VPL/VPM) in the different investigated régions. These morphological changes are associated with MBP (neuronal morphology marker) overproduction, FKHR (important for the cell cycle regulation) hyperphosphorylation and MAPKs signaling pathway dysregulation suggesting an important role of DyrklA in the apoptosis/proliferation balance regulation but also in the axonal growth and myelinization. Behavioral studies performed in the third part of our work highlighted an impairment of the hippocampus-dependent spatial memory, the long-term memory and the motor function in the three studied mouse lines. These behavioral phenotypes are linked to a decreased activation of CamKII observed in the hippocampus of hYac-TgDYRKIA mice, but also to an increased AKT phosphorylation in this region at postnatal day P21. Taken together, these results indicate clearly that DyrklA plays a major role in synaptogenesis and synaptic transmission regulation. Finally, a corrective strategy of the phenotypes observed in hYac-TgDYRKIA and Ts65Dn (Partial MM 16 trisomy with 104 triplicated genes including DyrklA) mice has been developed ,using two EGCG (identified as spécifie DyrklA inhibitor in vitro) based diets. Morphometric, behavioral and molecular analysis showed that EGCG is able to strongly correct the phenotypic alterations observed in hYac-TgDYRKIA and Ts6Dn mice allowing us to propose the DyrklA gene as a potential target for a therapeutic approach of the DS associated mental retardation

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Ogier, Nicolas. "Rôle de la protéine de transfert des phospholipides (PLTP) dans l'athérogénèse : modifications phénotypiques des lymphocytes et des macrophages." Dijon, 2008. http://www.theses.fr/2008DIJOMU02.

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Les données disponibles montrent que la PLTP systémique constitue un facteur pro-athérogène. Toutefois, son action à l’échelle tissulaire reste encore à étudier. Bien que la PLTP soit synthétisée et sécrétée par les macrophages, les conséquences en termes de métabolisme du cholestérol de ces cellules restaient à déterminer. Tout d’abord, nous avons déterminé, grâce à l’utilisation d’un modèle murin génétiquement modifié PLTP-KO, la caractérisation phénotypique des macrophages en comparaison à des souris WT. Cette étude montre que la PLTP augmente le contenu en -tocophérol des macrophages péritonéaux, diminuant ainsi le stress oxydant au sein de ces cellules et par conséquent leur capacité à oxyder les LDL. Ce phénomène s’accompagne d’une diminution de l’incorporation de cholestérol dans les macrophages. Cette étude a permis de mettre en évidence l’effet anti-athérogène de la PLTP sécrétée par les macrophages. Nous avons ensuite regardé le rôle de cette protéine sur un autre type cellulaire fortement impliqué dans l’inflammation et présent au sein de la plaque d’athérosclérose : les lymphocytes. Notre étude montre que contrairement aux macrophages, les lymphocytes de souris PLTP0 contiennent plus de vitamine E que les lymphocytes de souris WT. Cette augmentation de vitamine E s’accompagne d’une modification de la balance Th1/Th2, orientant celle-ci vers un profil Th2 in vitro comme in vivo, et ceci en dehors de ces propriétés anti-oxydantes. En conclusion, cette étude montre qu’en plus d’être pro-athérogène, la PLTP apparaît pro-inflammatoire in vivo et participe de se fait à l’accélération du processus d’athérosclérose
The plasma phospholipid transfer protein (PLTP) was initially described as the factor responsible for the transfer of phospholipids between lipoproteins. Further studies have shown that PLTP is able to transfer other amphipatic compounds including -tocopherol, between lipoproteins as well as between lipoproteins and cells. Available data tend to indicate that systemic PLTP is a pro-atherogenic factor via its action in the modulation of lipoprotein metabolism. Although PLTP is produced and secreted by macrophages, the hallmark cells of atherosclerotic lesions, consequences in cholesterol metabolism of these cells were still to determine. Our first aim was to characterize macrophage phenotype of PLTP-KO and WT mice. Our study shows that PLTP increases -tocopherol levels in peritoneal macrophages, decreases oxidative stress in these cells and consequently their ability to oxidize LDL. Besides, this process is associated with a decrease in cholesterol accumulation in macrophages. Our works underline the anti-atherogenic effect of macrophage-derived PLTP. We assessed the impact of PLTP in an other cellular type involved in atherosclerosis progression: lymphocytes. Our study shows that unlike macrophages, PLTP0 lymphocytes contain more vitamin E than WT lymphocytes. This increase in vitamin E levels is associated with a change in Th1/Th2 balance, facing this one towards a Th2 profile in vitro as well in vivo. The action of vitamin E seems to occur independently of its antioxidant properties. In conclusion, this work indicates that in addition to its pro-atherogenicity, PLTP seems to be pro-inflammatory in vivo, and to participate to atherosclerosis development

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De, Vriendt Laurent. "Effets de l'isolement des tourbières sur les variations génétiques et phénotypiques entre les populations de l'orchidée "Platanthera blephariglottis"." Master's thesis, Université Laval, 2015. http://hdl.handle.net/20.500.11794/27544.

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Abstract:

Cette étude visait à caractériser la connectivité des tourbières du Québec méridional en analysant la variabilité phénotypique et génétique des populations de l’orchidée Platanthera blephariglottis. Quinze traits phénotypiques furent mesurés sur 24 individus dans 20 populations et des tests de germination ont été réalisés. Les analyses génétiques ont été effectuées suivant un protocole de « Genotyping-By-Sequencing ». L’isolement des populations fut évalué via la distance à la population la plus proche et le nombre de populations présentes dans différents rayons autour des sites. Des différences entre les populations ont été trouvées pour tous les traits phénotypiques étudiés et pour les taux de germination. La variation de plusieurs traits phénotypiques et une baisse des taux de germination étaient corrélées à l’isolement. La structure génétique des populations présentait un patron d’isolement par distance, signifiant la présence d’échanges entre populations rapprochées. Les tourbières constituent ainsi un réseau dynamique d’écosystèmes interconnectés pour P. blephariglottis.
The aim of this study was to characterize the connectivity of peatlands in southern Quebec using phenotypic and genetic variability among populations of the orchid Platanthera blephariglottis. Fifteen phenotypic traits were measured on 24 individuals in 20 populations and germination trials were conducted. Genetic analyses were realised through a Genotyping-By-Sequencing protocol. Isolation of populations was evaluated by the distance to the nearest population and by the number of populations occurring within different buffers around studied sites. Differences were found between populations for all phenotypic traits and several of these differences were correlated with isolation. A diminished germination was also correlated to increased isolation. The genetic structure of populations followed a pattern of Isolation-By-Distance (IBD), meaning that exchanges of propagules occur between close populations. We can thus consider peatlands as a dynamic network of interconnected patches for P. blephariglottis.

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Vigan, Finlin Ines Nadège. "Caractéristiques phénotypiques et fonctionnelles des lymphocytes T intra-hépatiques et périphériques au cours de l'hépatite virale chronique C." Université Joseph Fourier (Grenoble), 2001. http://www.theses.fr/2001GRE10117.

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L'hepatite virale c (hvc) represente un reel probleme de sante publique compte tenu de sa prevalence et du risque important d'evolution vers la cirrhose et le carcinome hepato-cellulaire. Ma these a pour objet de caracteriser la diversite, le phenotype et la fonction des populations lymphocytaires t intra-hepatiques et peripheriques au cours de l'hepatite chronique virale c. Nous avons evalue la diversite des lymphocytes t + intra-hepatiques et peripheriques, par analyse moleculaire de l'heterogeneite des regions hypervariables cdr3 des transcrits codant pour la chaine du recepteur a l'antigene des lymphocytes t(tcr). Cette etude montre que les lymphocytes t intra-hepatiques expriment une grande diversite de tcr. La reponse immune intra-hepatique developpee par l'hote au cours de la pathologie est de type polyclonale et multi-specifique. Nous avons ensuite etudie par cytometrie de flux et rt-pcr quantitative les caracteristiques phenotypiques et fonctionnelles des populations lymphocytaires t intra-hepatiques et peripheriques et ce en relation avec les parametres virologiques, histologiques et biochimiques des patients infectes par le virus de l'hepatite c. L'analyse par cytometrie montre une correlation etroite et significative entre la frequence de lymphocytes conventionnels cd3 +cd56 - intra hepatiques et les marqueurs de la severite de la maladie (scores histologiques de knodell et de metavir, et le taux de transaminases). Une correlation significative a egalement ete retrouvee entre le lymphocytes t cd3 +cd56 - peripheriques et les marqueurs de la severite de la maladie. L'analyse par rt-pcr quantitative des transcrits specifiques des populations lymphocytaires t montre que les quantites de transcrits cd3, tcr, cd8, cd69, perforine et plus particulierement celle des transcrits cd8 sont significativement correlees au taux de transaminases, au score de knodell et a l'index d'activite metavir. Ces resultats renforcent ceux obtenus par cytomertrie et suggerent une fois de plus un role deletere des lymphocytes t conventionnels cd3 +tcr +cd8 + intra-hepatiques au cours de la phase chronique de la pathologie.

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Monteil, Vanessa. "Analyses phénotypiques et génotypiques de différentes souches de dengue : applications en épidémiologie et recherche de facteurs de virulence." Thesis, Aix-Marseille, 2013. http://www.theses.fr/2013AIXM5038.

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Abstract:

De 50 à 100 millions de cas de maladie de dengue sont recensés chaque année dans le monde. Le virus de la dengue présente aujourd’hui un problème de santé publique avec son émergence en Europe et particulièrement en France. L’infection par le virus peut être asymptomatique ou être responsable de trois pathologies: l’une avec des symptômes grippaux (DF), une autre avec des hémorragies modérées (DHF) et une dernière avec des hémorragies sévères entraînant un syndrome de choc (DSS).Les facteurs de l’hôte jouent un rôle important dans le développement de formes sévères mais les facteurs viraux impliqués restent peu décrits. Le but de ce travail de thèse était de mieux comprendre ces facteurs viraux au travers de l’étude des dynamiques de circulation de souches de dengue 3 génotype III en Afrique et de la caractérisation de trois souches de dengue de sérotype I du Cambodge. Ce travail nous a permis de mettre en évidence la circulation de variants pendant les épidémies, permettant de supposer que la présence de variants permet une meilleure dissémination, ainsi que des caractéristiques génotypiques et phénotypiques particulières in vitro aux souches associées aux formes hémorragiques et aux formes avec syndrome de choc chez l’homme. Ces travaux ont été complétés par le développement d’un système original de détection du virus de la dengue et des autres virus du genre Flavivirus. Ce travail de thèse a permis d’identifier de potentiels facteurs de virulence propres au virus, ouvrant la voie à la recherche sur le rôle de certaines protéines virales dans la pathogénicité
From 50 to 100 million cases of dengue illness occurred every year in the world. Today, dengue virus is a public health problem with its emergence in Europe, particularly in France. DENV infection can be asymptomatic or be responsible for three distinct pathologies: one with flu-like symptoms (DF), another with moderate hemorrhage (DHF) and the last one with severe bleeding leading to shock syndrome (DSS). Host factors have an important role in the development of severe forms but implicated viral virulence factors stay not well described. The aim of this research work was to better understand these viral factors through study of dengue serotype 3 genotype III dynamics of circulation in Africa and through the characterization of three dengue serotype 1 strains in Cambodia. This work highlighted the circulation of variants during epidemics, allowing us to suppose that the presence of variants permits a better dissemination, as well as specific phenotypic and genotypic characteristics in vitro of strains associated with hemorrhagic forms or forms with shock syndrome in humans. These works were completed by the development of an original system of detection of dengue virus and other viruses of genus Flavivirus. This research work allowed identifying potential virulence factor specific to virus, opening the way for research on the role of certain viral proteins in pathogenicity

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Desbourdes, Laura. "Evaluation des modifications transcriptionnelles, phénotypiques et fonctionnelles des cellules souches mésenchymateuses dans les leucémies aiguës myéloblastiques de novo." Thesis, Tours, 2015. http://www.theses.fr/2015TOUR3301/document.

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Abstract:

La contribution des Cellules Souches/Stromales Mésenchymateuses (CSM) dans le développement des Leucémies Aiguës Myéloblastiques (LAM) n’est pas encore clairement établie. L'objectif de ce travail a été de rechercher de potentielles modifications phénotypiques et fonctionnelles au sein des CSM médullaires de patients atteints de LAM de novo au diagnostic. Nous montrons que ces cellules présentent un défaut prolifératif accompagné d’une augmentation de l’apoptose et d’un déficit d’expression de certains facteurs de la niche (Ang-1, SCF, TPO et VCAM-1). De façon intéressante, ce défaut prolifératif est indépendamment associé à une évolution péjorative de la maladie. Néanmoins, ces anomalies des CSM de LAM ne semblent pas affecter leur capacité de soutien de l’hématopoïèse physiologique ou leucémique in vitro. En effet, comme les CSM normales, elles protègent les cellules leucémiques de l’apoptose, induisent leur quiescence (principalement par contact direct) et ainsi diminuent la proportion des cassures double-brin d’ADN. Ces données suggèrent que les modifications des CSM de LAM, probablement une des conséquences délétères de la prolifération tumorale, n'auraient pas un rôle spécifique dans le développement du processus leucémique
The contribution of Mesenchymal Stem/Stromal Cells (MSCs) to the development of Acute Myeloid Leukemias (AMLs) remains poorly understood. In the present study, we investigated potential functional and phenotypic modifications of Bone Marrow (BM)-derived MSCs from patients with AML de novo at diagnosis. We showed that BM-derived MSCs from most of AML patients display proliferative defect, had increased apoptosis levels and demonstrated defective expression of several niche-related factors (Ang-1, SCF, TPO and VCAM-1). Interestingly, this proliferative defect was independently associated with disease progression. Nevertheless, these abnormalities in AML MSCs did not affect their in vitro capacity to support physiological but also leukemic hematopoiesis. Indeed, as normal MSCs do, they protect blast cells from apoptosis, induce their quiescence (mainly by direct contact), and decreased yields of DNA double-strand breaks. Consequently, in AML de novo these stromal cell alterations, probably a consequence of the deleterious effect of the tumor cell growth on BM MSCs, do not appear to have a specific role in the development of the leukemic process

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Fraipont, Florence de. "Caractérisation et utilisation des déterminants phénotypiques et moléculaires de la neurovirulence et de l'atténuation des souches de poliovirus." Strasbourg 1, 1992. http://www.theses.fr/1992STR15085.

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Marcorelles, Pascale. "Expressions phénotypiques au cours du développement humain de deux pathologies : la mucoviscidose et les anomalies de migration neuronale." Brest, 2010. http://www.theses.fr/2010BRES2302.

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Abstract:

L’expression phénotypique de protéines impliquées dans la physiopathologie de maladies géniques a été étudiée dans deux types de pathologies l’une non malformative, l’autre malformative. Les anomalies morphologiques foetales et l’expression de la protéine CFTR ont été recherchées dans la mucoviscidose. Au niveau broncho-pulmonaire, un retard d’expression de 3 semaines, une intensité maximale et une topographie diffuse précoce puis une décroissance spatiale et en intensité de signal ont été trouvées. Des signes de destruction de l’appareil excréteur génital male ont été mis en évidence parallèlement à l’expression précoce de la protéine, persistant mais ne comportant pas de gradient d’intensité à l’inverse des tissus adultes. Il apparaît un renforcement apical de l’expression parallèlement à la différentiation tissulaire épithéliale. L’expression précoce et intense de la protéine CFTR, sa cinétique, sa localisation cytoplasmique puis avec renforcement apical évoquent un rôle particulier pendant lé développement. Les lissencéphalies de type 1 forment un groupe hétérogène d’anomalies de migration neuronale. L’expression des protéines de liaison du calcium (calrétinine, calbindine, parvalbumine) qui colocalisent avec l’acide gamma-aminobutyrique (GABA) au niveau des interneurones a été étudiée dans trois syndromes lissencephaliques par atteinte des gènes LISI, DCX, ARX. Ceci a permis de mettre de comparer les anomalies de la migration tangentielle et de la migration radiaire confirmant l’hypothèse d’une atteinte différente des interneurones selon le gène incriminé. Ces altérations établissent un rôle majeur aux interneurones lors des étapes critiques du développement
The morphological analysis and the expression of several proteins have been performed in two different genetic disorders, the former without malformation the later with malformation. The pattern of expression of the CFTR protein has been analysed in the respiratory tract and in the male genital excretory tract. The CFTR expression appeared with a 3- week delay in the respiratory tract; had a different pattern of spatial expression according to the tissue differentiation. In the genital tract, the expression of die protein remained diffuse without any gradient of intensity conversely to the adult pattern. The early and diffuse localisation of the CFTR protein raises the question of its role during development. Neuronal migration anomalies form a large group in which type 1 lissencephaly group of disorders belongs. We studied the calcium binding proteins to analyse the GABAergic interneurons in three agyric/pachygyric syndromes dues to defects in the LISJ, DCX, ARX genes. GABAergic neurons migration was disturbed in a particular pattern in each case. These data argue for impairment in both the radial telencephalic migration and the tangential telencephalic migration in these different disorders

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Champetier, Tiphaine. "Deep Learning pour l’identification de différences phénotypiques visuelles subtiles entre lignées neuronales, modèles de la maladie de Parkinson." Electronic Thesis or Diss., Université Paris sciences et lettres, 2020. http://www.theses.fr/2020UPSLE037.

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Abstract:

Le criblage à haut contenu connaît un essor important depuis le milieu des années 2000. Cette technologie est d’un intérêt primordial pour l’industrie pharmaceutique car elle permet en principe la découverte de molécules à visée thérapeutique pour des maladies dont les voies moléculaires sont mal identifiées. Jusqu’à présent un phénotype cellulaire mesurable doit au préalable être identifié afin d'évaluer l’effet d’une banque de composés sur celui-ci. Du point de vue de l’analyse d’image, les cellules traitées sont détectée automatiquement sur des centaines de milliers d’images et des mesures de descripteurs permettent de différencier finement les traitements effectifs par rapport à un contrôle négatif. En collaboration avec les entreprises Ksilink et Sanofi, nous avons été confrontés à un nouveau type de crible à haut contenu pour identifier des composés efficaces contre la maladie de Parkinson. Celui-ci, présentant des images de neurones, rendait caduque l’analyse dépendant d’une segmentation robuste des cellules. Par ailleurs, grâce à des techniques de différentiation cellulaire et d’édition de génome, les contrôles du modèle cellulaire sont deux cultures de neurones, isogéniques à une mutation près : la mutation GS2019 induisant la maladie. Néanmoins, l’hétérogénéité propre à ces cellules de forme complexe, et les différences fines entre les deux lignées isogéniques ne permettent pas à l’œil humain l’identification de deux phénotypes distincts. Dans le but de permettre la mise en évidence automatique des différences entre phénotypes, nous avons proposé d’employer des approches de deep learning. Ce travail s’est décomposé principalement en deux étapes. La première étape a consisté à identifier une architecture de réseau capable de classifier des images de neurones. Nous avons appris que les cultures de neurones montraient des différences de phénotype de manière très hétérogène et donc pas systématique. La deuxième étape a consisté à proposer des méthodes pour expliquer et interpréter les différences subtiles de phénotype, ceci afin de s’assurer que le crible soit effectué sur la base d’une différence avérée entre phénotypes et non sur la base d’un biais technique. Partant du principe que les différences entre phénotypes neuronaux sont difficiles à appréhender visuellement entre deux images différentes du à la grande variabilité naturelle des neurones, nous proposons l’idée que la transformation d’une même image d’un phénotype à un autre peut représenter une approche intéressante. En effet, nous montrons qu'il est possible d'entraîner des réseaux antagonistes à transformer une image de neurone non porteur de la mutation en neurone porteur et inversement. De cette façon, nous avons pu mettre en évidence des potentiels biais de l’assay mais également ce que nous pensons être de véritables différences morphologiques liés à la mutation pathologique auparavant invisibles
High-content screening has experienced a significant growth since the mid-2000s. This technology is of primary interest to the pharmaceutical industry as it allows in principle the discovery of therapeutic molecules for diseases whose molecular pathways are poorly identified. Until now, a measurable cell phenotype must first be identified in order to evaluate the effect of a compound library on it. From an image analysis point of view, treated cells are automatically detected in hundreds of thousands of images and measurements of descriptors allow to finely differentiate effective treatments from a negative control. In collaboration with the companies Ksilink and Sanofi, we have been confronted with a new type of high-content screen to identify compounds effective against Parkinson's disease. This one, presenting images of neurons, made analysis dependent on robust cell segmentation obsolete. In addition, using cell differentiation and genome editing techniques, the controls of the cell model are two neuron cultures, isogenic but for one mutation: the GS2019 mutation that induces the disease. Nevertheless, the heterogeneity of these complex cells and the fine differences between the two isogenic lines do not allow the human eye to identify two distinct phenotypes. In order to allow the automatic detection of differences between phenotypes, we have proposed to use deep learning approaches. This work was mainly divided into two steps. The first step consisted in identifying a network architecture capable of classifying neural images. We learned that neuron cultures show phenotype differences in a very heterogeneous and therefore not systematic way. The second step consisted in proposing methods to explain and interpret subtle differences in phenotype, to ensure that the screening is performed on the basis of a proven difference between phenotypes and not on the basis of a technical bias. Based on the premise that differences between neuronal phenotypes are difficult to visually apprehend between two different images due to the high natural variability of neurons, we propose the idea that transforming the same image from one phenotype to another may represent an interesting approach. Indeed, we show that it is possible to train antagonistic networks to transform an image of a neuron that does not carry the mutation into a neuron that carries it and vice versa. In this way, we have been able to highlight potential assay biases but also what we believe to be true morphological differences related to the pathological mutation that were previously invisible

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Lienhardt-Roussie, Anne. "Mutations activatrices du récepteur sensible au calcium : aspects moléculaires, phénotypiques et implications thérapeutiques à travers une large étude collaborative." Limoges, 2000. http://www.theses.fr/2000LIMO112L.

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Rabouam, Corinne. "Variation géographique et structure des populations chez le Puffin cendré (Aves, Procellariiformes) : apports respectifs des marqueurs génétiques et phénotypiques." Tours, 1997. http://www.theses.fr/1997TOUR4004.

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Abstract:

Ce travail analyse les apports respectifs de différents marqueurs pour étudier la variation géographique et la structure des populations, chez une espèce à distribution naturellement fragmentée : le puffin cendré, oiseau marin de l'ordre des procellariiformes (albatros et pétrels). Une première étape consistait à étudier la dispersion des individus, laquelle détermine les flux géniques, afin d'en déduire des prédictions quant à la structure et au degré de différenciation des populations. Cette analyse est basée sur l'observation d'individus bagués poussins avant l'envol, puis recapturés ultérieurement sur les colonies de reproduction. Les résultats montrent l'existence d'un dimorphisme sexuel, non seulement dans les taux de retour sur le site de naissance pour se reproduire, mais aussi dans les distances de dispersion. La philopatrie est plus importante chez les mâles, mais certains individus réalisent des mouvements dispersifs à grande échelle, tandis que les femelles dispersent d'avantage, mais à des distances relativement courtes. Ensuite, plusieurs paramètres ont été échantillonnés selon différentes échelles spatiales d'analyse, allant de la sous-espèce à la sous-colonie, afin de constituer un jeu de marqueurs potentiels de la variation géographique chez le puffin cendré : - l'étude de la structure et de la différenciation génétique des populations repose sur l'analyse de l'adn, à partir de marqueurs RAPDS, et microsatellite ; - l'étude des divergences phénotypiques repose sur l'analyse des patterns de variation géographique de la biométrie (masse corporelle, hauteur du bec, longueurs du bec, de l'aile pliée, de la queue, et du tarse), et de la phénologie du cycle reproducteur (dates de ponte, d'éclosion, et d'envol des jeunes ; durées de l'incubation, et de la croissance des jeunes), en parallèle avec la variation des facteurs océanographiques (température et salinité, fréquence d'occurrence des fronts thermiques, et distance aux colonies), aux différentes échelles spatiales à travers l'aire de répartition de l'espèce ; - enfin la variabilité des signaux de communication utilisés lors de la formation du couple est également analysée à travers les vocalisations, en tant que marqueurs comportementaux de l'identité géographique et spécifique des populations. Nos résultats montrent que la variabilité des différents caractères utilisés comme marqueurs ne reflète pas forcément un même et unique schéma de différenciation géographique, mais des facettes différentes et complémentaires de ce processus évolutif : - les marqueurs génétiques. L'utilisation d'un marqueur microsatellite nous a permis de mettre en évidence une structuration géographique non détectée à partir des protéines et de l'adn mitochondrial, reflétant les conséquences de la dispersion des individus, et donc l'histoire phylogéographique des populations. - les marqueurs morphologiques mettent en évidence des divergences qui traduisent avant tout des variations spatio-temporelles dans les caractéristiques océanographiques locales sources de contraintes sélectives, témoignant d'un processus adaptatif plutôt qu'historique. - les marqueurs comportementaux. Chez le puffin cendré, comme chez l'ensemble des procellariiformes, la variabilité des vocalisations est essentiellement d'origine génétique, et leur différenciation géographique reflète également les conséquences de l'histoire évolutive des populations. Ces résultats sont discutés dans un cadre plus général, à la lumière des particularités biologiques de chaque marqueur et des modèles étudiés dans la littérature

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Séguin, David Lalonde. "Caractéristiques phénotypiques et génotypiques des isolats de Staphylococcus Aureus colonisant les voies respiratoires des patients atteints de la fibrose kystique." Mémoire, Université de Sherbrooke, 2011. http://savoirs.usherbrooke.ca/handle/11143/4912.

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Abstract:

La fibrose kystique est une maladie génétique et transmissible qui affecte particulièrement les fonctions respiratoires des patients atteints. Ce déclin du système respiratoire est entre autres le résultat de la présence de différents pathogènes causant des infections. Staphylococcus aureus est l'un des pathogènes les plus fréquemment retrouvés dans cet environnement. Ce pathogène pouvant être associé à différents types d'infections chez l'être humain, utilise différentes stratégies qui lui permettre [i.e. permettent] de tirer avantage des multiples environnements où il peut se retrouver. L'une de ces stratégies est d'adopter un phénotype particulier nommé : small-colony variant (SCV). Le profil transcriptionnel particulier des SCVs tend à les associer aux infections de type chronique. De plus, la résistance accrue aux aminoglycosides aussi bien qu'aux inhibiteurs de la voie des folates font des SCVs des pathogènes plus difficiles à éliminer par les traitements conventionnels. Malgré le fait que nos connaissances sur les SCVs ne cessent d'augmenter, les facteurs sous-jacents à leur présence dans certaines pathologies comme celle retrouvée chez les patients fibro-kystiques sont encore mal définis. Il est connu que certains facteurs tels que des antibiotiques et des exoproduits bactériens favorisent leur présence in vitro. Cependant, l'impact in vivo de ces facteurs ainsi que le rôle que jouent les infections à S. aureus chez ces patients ne sont toujours pas bien compris. Les projets présentés dans ce travail ont pour but de mieux caractériser les infections à S. aureus et plus particulièrement celles produites par les SCVs chez les patients atteints de cette maladie. Le premier volet est une étude clinique qui a permis de faire le constat de l'importante proportion d'isolats de S. aureus portant des résistances à différents antibiotiques cliniquement utilisés. Bien qu'aucun facteur environnemental n'ait pu être mis en cause pour la présence de SCVs, leur capacité à produire plus de biofilm ainsi que leur sensibilité réduite aux aminoglycosides a été mise en évidence. Malgré ces caractéristiques inquiétantes, les résultats de cette étude pilote semblent montrer que la présence de S. aureus et des SCVs à [i.e. a] peu d'impact sur les fonctions respiratoires des patients comparativement à P. aeruginosa. Cependant, il n'est pas exclu que la présence de S. aureus et des SCVs ait un effet important sur l'incidence de P. aeruginosa et les interactions bactériennes pouvant modulées [i.e. moduler] la santé des patients. Dans cette optique, le deuxième projet à [i.e. a] permis de mieux comprendre les mécanismes qu'utilisaient S. aureus lui permettant, face à la présence de P. aeruginosa, de passer au phénotype SCV. Ce projet connexe a démontré l'importance du facteur alternatif sigB dans le mécanisme d'acquisition du phénotype SCV en réponse au HQNO, un exoproduit de P. aeruginosa. Il a également permis de mieux comprendre les effets transcriptionnels de cette molécule sur S. aureus ainsi que son impact global sur la production de biofilm. Ces travaux ont contribué à mieux comprendre les infections bactériennes, en grande partie responsables de la diminution des fonctions respiratoires chez les patients atteints de la fibrose kystique. Éventuellement, ces travaux pourront permettre de mieux gérer ces infections et d'améliorer ainsi la qualité de vie des personnes aux prises avec cette pathologie, encore incurable.

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Garnier, Jeanne-Luce. "Lymphomes en transplantation d'organes : modifications phénotypiques induites par le virus d'Epstein-Barr : étude du modèle de la souris SCID/HU." Lyon 1, 1998. http://www.theses.fr/1998LYO1T160.

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Dissertations / Theses on the topic 'Phénotypiques'

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