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Dissertations / Theses on the topic 'PCR-RFLP'
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1
Šuranská, Hana. "Identifikace vinných kvasinek metodou PCR-RFLP." Master's thesis, Vysoké učení technické v Brně. Fakulta chemická, 2009. http://www.nusl.cz/ntk/nusl-216494.
Full textAbstract:
This thesis deals with identification of the wine yeasts by applying the PCR-RFLP method. The identification and characteristic of the yeasts has gone through substantial changes in recent years. There have been introduced new methods of taxonomic classifying based on the molecular methods, which are oriented to easy and fast identification. One of these methods is the PCR-RFLP method. The amplification of the 5•8S-ITS rDNA sequence by the polymerase chain reaction with use of the primers ITS1 and ITS4 leads to the amplification of the specific sequence of DNA. Such multiplied DNA is after repurifying by the ethanol and drying submitted to the restriction analysis. With use of the restriction endonuklases DNA is chopped into the specific segments typical for the particular genus. The chopped fragments can be separated in the electric field in the agarose gel and subsequently evaluated. In this thesis together 63 type yeasts were used. These yeasts were analysed by applying of the seven restriction endonuklases – HaeIII, HhaI, HinfI, HpaII, TaqI, AluI a MseI. The final image of type yeasts splitting was compared to the results of splitting of already identified wine yeasts and these yeasts were subsequently taxonomically classified. Evaluation of genetic similarity was conducted by program BioNumerics and as the results the dendrograms that were created with use of Jaccard‘s coefficients are obtained.
2
Ziebell, Kim. "Evaluation of PCR and PCR-RFLP protocols to identify the Shiga toxins." Thesis, National Library of Canada = Bibliothèque nationale du Canada, 2000. http://www.collectionscanada.ca/obj/s4/f2/dsk1/tape2/PQDD_0026/MQ51107.pdf.
Full text
3
Olivová, Radana. "Optimalizace metody PCR-RFLP pro taxonomické zařazení kvasinek." Master's thesis, Vysoké učení technické v Brně. Fakulta chemická, 2009. http://www.nusl.cz/ntk/nusl-216560.
Full textAbstract:
This thesis deal with optimalization method PCR – RFLP for taxonomy enlistment of yeasts. Conventional identification methods for yeasts are time-consuming. Molecular biological method based on PCR are instrumental towards fast and precise identification as compared to conventional phenotypic methods. In this thesis molecular biological method PCR – RFLP was used for identification and enlistment of yeasts. This metod follow repeating spacers of ribozomal DNA of yeast, characteristic for each species and strain. By the help of PCR were amplified specific partitions of DNA. These fragments of DNA were split by restriction endonucleases and identified by horizontal electroforesis. In background of this thesis there are information about yeasts, their taxonomy and molecular biological methods.
4
Arraes, Ana Carolina Palmeira. "Detecção da diversidade molecular de Candida spp. isoladas de UTI neonatal." reponame:Repositório Institucional da UFBA, 2013. http://www.repositorio.ufba.br/ri/handle/ri/11817.
Full textAbstract:
Submitted by Hiolanda Rêgo (hiolandar@gmail.com) on 2013-06-10T20:55:35Z
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CAPES
A incidência de candidemia tem aumentado nos últimos anos e o espectro das espécies de Candida tem mudado com a emergência das espécies não-albicans e com o aumento da resistência antifúngica. A técnica de PCR associada à análise dos polimorfismos de fragmentos de restrição (PCR-RFLP) e AP-PCR são exemplos de técnicas moleculares utilizadas para a detecção da variabilidade genética desses micro-organismos. O objetivo deste trabalho foi caracterizar molecularmente Candida spp. clinicamente importantes. Foram estudadas 82 leveduras do gênero Candida, 73 isolados clínicos e nove cepas padrão de referência da “American Type Culture Collection” (ATCC). O DNA genômico foi extraído através de lise mecânica/química e fenol-clorofórmio. Após amplificação com iniciadores ITS1 e ITS4, os produtos da PCR foram digeridos com as enzimas DdeI, HaeIII, BfaI e MspI. Outra amplificação foi realizada com o iniciador arbitrário AP-4. A identificação fenotípica revelou a frequência de 38% de C. parapsilosis, 33% de C. albicans, 27,5% de C. tropicalis e 1,5% de C. guilliermondii. Após amplificação, foi possível identificar e diferenciar as espécies C. lusitaniae, C. guilliermondii, C. famata e C. glabrata. A diferenciação entre C. albicans, C. dubliniensis C. tropicalis, C. krusei e C. parapsilosis não foi bem evidenciada com as enzimas DdeI e HaeIII. Porém, MspI conseguiu diferenciar C. tropicalis, C. krusei, C. parapsilosis, C. glabrata, C. guilliermondii, C. lusitaniae e C. famata, juntamente com BfaI que separou C. albicans de C. dubliniensis. Já a técnica de AP-PCR com o iniciador AP-4, possibilitou a distinção das nove espécies cepas padrão ATCC de Candida, pois todas apresentaram perfis de amplificação com número, intensidade e tamanho de banda específico, onde cada espécie foi alocada em grupo distinto e a relação de similaridade variou de 38-69%, ratificando o poder de diferenciação das espécies. As técnicas moleculares foram reprodutíveis e relativamente rápidas, de fácil interpretação e podem ser aplicadas na identificação de espécies clinicamente importantes de Candida para auxílio no diagnóstico mais rápido e tratamento mais eficiente.
Salvador
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Malvárez, Macedo Gabriela. "Aplicação das metodologias PCR/RFLP para caracterização de fungos ectomicorrízicos em eucalipto /." reponame:Repositório Institucional da UFSC, 1999. https://repositorio.ufsc.br/handle/123456789/112290.
Full text
6
Björkbom, Tommy. "PCR-RFLP analys av mt-DNA hos Öring (Salmo trutta) i Gävleborgs län." Thesis, University of Gävle, Department of Electronics, Mathematics and Natural Sciences, 2010. http://urn.kb.se/resolve?urn=urn:nbn:se:hig:diva-7624.
Full text
7
Sultan, Amal Hassan. "The development of molecular tools for identification of Leishmania species by PCR-RFLP." Thesis, University of Liverpool, 2008. http://ethos.bl.uk/OrderDetails.do?uin=uk.bl.ethos.479067.
Full text
8
MEDEIROS, Rafael Acioli. "Caracterização da Leishmania infantum e Leishmania (Viannia) braziliensis em cães provenientes da Região Metropolitana do Recife, Pernambuco." Universidade Federal de Pernambuco, 2013. https://repositorio.ufpe.br/handle/123456789/12218.
Full textAbstract:
Submitted by Milena Dias (milena.dias@ufpe.br) on 2015-03-12T17:45:21Z
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CAPES
As Leishmanioses são uma antropozoonose com ampla distribuição geográfica e ocorrência em torno de 88 países. Na Leishmaniose visceral americana (LVA), os cães domésticos são considerados os principais reservatórios da L. infantum no ambiente domiciliar. Diferentes perfis epidemiológicos da Leishmaniose Tegumentar Americana (LTA) têm sido caracterizados pela presença de casos humanos em áreas de colonizações antigas, sugerindo uma antropozoonose entre os animais domésticos por demonstrarem lesões tegumentares causadas pela Leishmania (Vianna) braziliensis. O diagnóstico das leishmanioses pode ser realizado através de métodos clínicos, epidemiológicos, parasitológicos, imunológicos e moleculares. Em áreas endêmicas o diagnóstico clínico e epidemiológico dessas zoonoses é dificultado pela similaridade clínica com outras doenças, tornando a utilização de exames laboratoriais de suma importância para confirmação diagnóstica. Em virtude da necessidade de diagnóstico especifico das leishmanioses na espécie canina, este trabalho tem como objetivo a utilização da PCR-RFLP, tendo como alvo o espaçador interno transcrito (ITS-1), para diferenciação das espécies de Leishmania em cães provenientes da Região Metropolitana do Recife. Foram coletadas 40 amostras de soro e medula de cães, 30 machos e 10 fêmeas, com idades entre 2 e 7 anos , que apresentaram suspeita clinica de leishmaniose quando atendidos no Hospital Veterinário da UFRPE. Foram realizados os testes diagnósticos de exame direto em medula e Reação indireta de imunoflorescência tanto para LTA quanto LVA. Além disso foi realizado a PCR-RFLP nas amostras de soro e urina para a pesquisa de L. infantum e L. (viannia) braziliensis. Dos 40 cães pesquisados 23 foram positivos para L.infantum e 17 foram negativos para as duas espécies pesquisadas. Quando comparado com os testes diagnósticos convencionais , 3 dos 23 cães foram positivos apenas na técnica molecular. Portanto, a ITS1-PCR RFLP pode ser uma importante ferramenta para o diagnostico e caracterização da leishmaniose canina em uma determinada região.
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Abreu, Daniel Paiva Barros de. "Caracteriza??o fenot?pica, genot?pica e perfil de sensibilidade a antif?ngicos de isolados cl?nicos de c?es e gatos pertencentes ao Complexo Sporothrix schenckii oriundos do estado do Rio de Janeiro." Universidade Federal Rural do Rio de Janeiro, 2017. https://tede.ufrrj.br/jspui/handle/jspui/2031.
Full textAbstract:
Submitted by Celso Magalhaes (celsomagalhaes@ufrrj.br) on 2017-09-13T12:31:48Z
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2017 - Daniel Paiva Barros de Abreu.pdf: 1307092 bytes, checksum: b384d4db2cb316d3f640b111bc8efba4 (MD5)Made available in DSpace on 2017-09-13T12:31:48Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2017 - Daniel Paiva Barros de Abreu.pdf: 1307092 bytes, checksum: b384d4db2cb316d3f640b111bc8efba4 (MD5) Previous issue date: 2017-02-20
Conselho Nacional de Desenvolvimento Cient?fico e Tecnol?gico - CNPq
Dimorphic fungi belonging to Sporothrix schenckii complex are responsible for sporotrichosis, important fungal infection with worldwide distribution. The anthropozoonotic characteristic is of high relevance in the state of Rio de Janeiro, where an increasing in the number of cases in human patients was observed in the last decades, highlighting the role of domestic cat as a transmitter agent. The description of new species compounding de Sporothrix genus, based on phenotypic and genotypic evaluations, showed the involvement of other members of this group in the epidemic status installed in Rio de Janeiro. The verification of strains resistant to itraconazole, a widely used antifungal in human and animal medicine for the treatment of this mycosis, is an important factor that possibly results in relapse and therapeutic failure of this disease. The present study aimed to identify, by phenotypic and molecular approaches, 168 isolates obtained from the routine of Veterinary Clinical Microbiology Laboratory ? UFRRJ, and the determination of minimal inhibitory concentration (MIC) for amphotericin B (AMB), ketoconazole (KTC), itraconazole (ITC), terbinafine (TRB) and voriconazole (VRC). Based on morphophysiological characteristics it was possible to identify 159 (94.64%) isolates as S. brasiliensis and 9 (5.36%) as S. luriei. However, applying PCR-RFLP of calmodulin 168 (100%) samples were identified as S. brasilensis. The susceptibility test, based on M38-A2 document (CLSI), showed that TRB was the most effective antifungal tested, followed by ITC, KTC, AMB, and VRC, respectively. No ITC resistant isolates were detected in the present study. These results demonstrate that the identification reached only by phenotypic evaluation is not recommended for the characterization of Sporothrix schenckii complex components. It also proves the predominance of S. brasiliensis in other regions of RJ state. The better efficacy of TRB added to the absence of isolates resistant to ITC support the necessity of pharmacodynamics and pharmacokinetics studies for the optimization of the therapeutic protocols. More information about isolates from dogs and cats correlated with the species from the S. schenckii complex, as well as in vitro antifungal efficacy evaluation provide knowledge about therapeutic alternatives. In this way, the present study also provides relevant information about the endemic status in Rio de Janeiro and important data for the treatment of human and animal sporotrichosis.
Fungos dim?rficos pertencentes ao complexo Sporothrix schenckii s?o respons?veis pela esporotricose, importante infec??o f?ngica que apresenta distribui??o mundial. Sua conhecida caracter?stica antropozoon?tica apresenta grande relev?ncia no estado do Rio de Janeiro, onde se verifica aumento significativo no n?mero de pacientes humanos e animais acometidos pela doen?a nas ?ltimas d?cadas, destacando-se em tais casos o papel do felino como agente transmissor. A descri??o de novas esp?cies pertencentes ao g?nero Sporothrix, baseada em caracter?sticas fenot?picas e genot?picas, demonstrou o envolvimento de outros componentes deste g?nero na epidemia instalada no estado. A verifica??o de isolados resistentes a itraconazol, antif?ngico amplamente utilizado na medicina humana e veterin?ria para o tratamento da doen?a, ? fato preocupante e tem poss?vel associa??o a recidivas e falhas terap?uticas. O presente estudo objetiva a identifica??o fenot?pica e genot?pica de 168 exemplares oriundos de pacientes felinos e caninos, obtidos na rotina do Diagn?stico Microbiol?gico Veterin?rio - UFRRJ, com determina??o da Concentra??o Inibit?ria M?nima (CIM) frente ? anfotericina B (AMB), cetoconazol (KTC), itraconazol (ITC), terbinafina (TRB) e voriconazol (VRC). A partir de caracter?sticas morfofisiol?gicas foi poss?vel identificar 159 (94,64%) isolados como S. brasiliensis e 9 (5,36%) como S. luriei. Contudo, metodologias moleculares identificaram 168 (100%) S. brasiliensis, a partir de PCR-RFLP em gene respons?vel pela s?ntese de calmodulina. O teste de sensibilidade, realizado a partir do documento M38-A2 (CLSI) determinou maior efic?cia in vitro para TRB, seguido por ITC, KTC, AMB e VRC, respectivamente. Cepas resistentes a ITC n?o foram detectadas no presente estudo. Tais resultados demonstram que a identifica??o alcan?ada exclusivamente por m?todos fenot?picos n?o ? recomendada para caracteriza??o de componentes do complexo Sporothrix schenckii. Comprova-se ainda a predomin?ncia de S. brasiliensis em outras regi?es do estado do RJ. A maior efic?cia de TRB, somada a aus?ncia de exemplares resistentes a ITC, refor?a a necessidade de estudos farmacodin?micos e farmacocin?ticos para otimiza??o dos protocolos terap?uticos atualmente utilizados. Obten??o de maiores informa??es acerca dos isolados provenientes de amostras provenientes de c?es e gatos correlacionados a esp?cies dentro do complexo S. schenckii, bem como a avalia??o da efic?cia in vitro de antif?ngicos proporcionam conhecimento sobre alternativas terap?uticas. Tais informa??es auxiliam no entendimento do quadro instalado no estado do Rio de Janeiro e fornece dados de grande utilidade para o tratamento humano e veterin?rio
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Spengler, C. J. "PCR-RFLP typification of microbes used in the production of a fermented fish product." Thesis, Stellenbosch : Stellenbosch University, 2001. http://hdl.handle.net/10019.1/52397.
Full textAbstract:
Thesis (MScFoodSc)--Stellenbosch University, 2001.ENGLISH ABSTRACT: The preservation of various fresh fish products is achieved by either smoking, salting, canning, freezing or fermenting a highly perishable raw product. Since many of these facilities are not readily available, the use of fermentation as a means of preserving the product has been extensively practiced. However, the fermentation of fish is a time consuming practise and only by accelerating the process would it be possible to ensure the production of a more cost effective and readily available safe end-product. The quality of the fermented fish product is partially determined by the fermentation conditions and the metabolic activity of the microbes present. The rapid identification of the microbes present during the fermentation would enable the selection of possible starters to ensure an accelerated production of high quality fermented fish products. This study was thus undertaken to develop identification fingerprints for bacteria isolated from fermented fish products. A 1300 bp fragment of the 16S rRNA genes of each of the bacteria previously isolated was successfully amplified using the PCR technique. The isolates included strains of the genera Bacillus, Staphylococcus, Sphingomonas, Kocuria, Brevibacillus, Cryseomonas, Vibrio, Stenotrophomonas and Agrobacterium. The data obtained can, therefore, be used in the identification of these microbes isolated from other similar fermented fish products. The fingerprints could also be used to assist in determining the dominant microbial populations responsible for the characteristic qualitative changes occurring in the fish product during fermentation. The microbial composition of a fermenting fish product partially determines the quality of the end-product, therefore, the use of selected bacterial starters could result in the accelerated production of a microbial safe fermented fish product. A further objective of this study was to accelerate the production of a fermented fish product by inoculating macerated trout with either selected lactic acid bacteria (LAB) or with selected bacteria with high proteolytic activity over a 30 day fermentation period. The LAB included a combination of Lactobacillus plantarum, Lactococcus diacetylactis and Pediococcus cerevisiae strains, whereas the bacteria with high proteolytic activity included strains of Kocuria varians, Bacillus subtilis, two strains of B. amyloliquefaciens and a combination of these bacterial species. The quality of the fermented product was determined using changes in product pH, titratable acidity (%TA) and free amino nitrogen (FAN) formation as efficiency parameters. The data obtained during the fermentation of the macerated trout showed that the selected starters did not have a significant effect on the pH decrease in the product over a 30 day fermentation period. The LAB strains did not have a significant effect on the %TA of the fermenting fish product, yet the presence of these bacteria appeared to limit the FAN production in the product. The bacteria with high proteolytic activity resulted in slightly enhanced %TA values and a higher FAN content in the fermented product. It was also determined that the LAB and Kocuria varians, in contrast to the Bacillus spp. inoculums, did not survive the fermentation conditions well, possibly due to the low pH environment. The presence of the starter bacteria in the fermenting fish mixture at the end of the fermentation was also successfully determined with the use of the PCR-RFLP technique. The fermented fish product, obtained at the end of the fermentation period, had a good aroma and compared favourably to similar commercially available fermented fish products. The use of different microbial starters could in future enable the production of a diverse range of high quality products, which could be produced and marketed locally.
AFRIKAANSE OPSOMMING: Die preservering van ‘n verskeidenheid vars vis produkte word bereik deur die hoogs bederfbare produk te rook, te sout, te blik, te vries of te fermenteer. Aangesien baie van hierdie fasiliteite nie geredelik beskikbaar is nie, is die gebruik van fermentasie as ‘n preserverings metode al ekstensief beoefen. Die fermentasie van vis is egter 'n tydsame proses en slegs deur die versnelling van die proses sal dit moontlik wees om die produksie van ‘n meer koste effektiewe en geredelike beskikbare veilige eindproduk te verseker. Die kwaliteit van die gefermenteerde vis produk word gedeeltelik bepaal deur die fermentasie kondisies en die metaboliese aktiwiteit van die mikrobes teenwoordig. Die vinnige identifikasie van die mikrobes teenwoordig gedurende die fermentasie sal die seleksie van moontlike suursels om die versnelde produksie van hoë kwaliteit gefermenteerde vis produkte moontlik maak. Hierdie studie is dus onderneem om identifikasie vingerafdrukke vir bakteriee wat gei'soleer is van gefermenteerde vis produkte moontlik te maak. ‘n 1300 bp fragment van die 16S rRNA gene van elkeen van die bakteriee wat voorheen gei'soleer is, is suksesvol geamplifiseer deur die PCR tegniek. Die isolate sluit in stamme van die genera Bacillus, Staphylococcus, Sphingomonas, Kocuria, Brevibacillus, Cryseomonas, Vibrio, Stenotrophomonas en Agrobacterium. Die data kan dus gebruik word in die identifikasie van hierdie mikrobes as dit gei'soleer word van ander gefermenteerde vis produkte. Die vingerafdrukke kan ook gebruik word om die dominante mikrobiese populasies wat verantwoordelik is vir die kenmerklike kwalitatiewe veranderinge wat plaasvind in die vis produk gedurende die fermentasie, te identifiseer. Die mikrobiese samestelling van ‘n fermenterende vis produk bepaal gedeeltelik die kwaliteit van die eindproduk, daarom kan die gebruik van geselekteerde bakteriese suursels die versnelde produksie van ‘n mikrobies veilige gefermenteerde vis produk teweeg bring. ‘n Verdere doel van hierdie studie was om die produksie van ‘n gefermenteerde vis produk te versnel deur fyngemaakte forel met of geselekteerde melksuurbakteriee of met geselekteerde bakteriee met hoë proteolitiese aktiwiteit te inokuleer oor ‘n 30 dag fermentasie periode. Die melksuurbakteriee het ingesluit ‘n kombinasie van Lactobacillus plantarum, Lactococcus diacetylactis en Pediococcus cerevisiae, terwyl die bakterieë met hoë proteolitiese aktiwiteit stamme van Kocuria varians, Bacillus subtilis, twee stamme van Bacillus amyloliquefaciens en ‘n kombinasie van hierdie bakteriese stamme ingesluit het. Die kwaliteit van die gefermenteerde produk is bepaal deur die veranderinge in die pH, titreerbare suur (%TS) en vrye amino stikstof (VAS) vorming van die produk as effektiwiteits parameters te gebruik. Die data wat verkry is gedurende die fermentasie van die fyngemaakte forel het gedui daarop dat die geselekteerde suursels nie ‘n merkwaardige effek op die afname in pH in die produk oor ‘n 30 dag fermentasie periode het nie. Die melksuurbakteriee het nie ‘n merkwaardige effek op die %TS van die gefermenteerde vis produk gehad nie, terwyl dit geblyk het dat die teenwoordigheid van hierdie bakterieë die produksie van VAS in die produk belemmer het. Die bakteriee met hoe proteolitiese aktiwiteit het ‘n effense verhoogde %TS en ‘n hoër VAS inhoud in die gefermenteerde produk veroorsaak. Dit is ook bepaal dat die melksuurbakteriee en Kocuria varians, in teenstelling met die Bacillus spp. inokulums, nie die fermentasie kondisies goed oorleef het nie, moontlik as gevolg van die lae pH omgewing. Die teenwoordigheid van die suursel bakteriee in die fermenterende vis mengsel aan die einde van die fermentasie is ook suksesvol bepaal met die PKR-RFLP tegniek. Die gefermenteerde vis produk, verkry aan die einde van die fermentasie periode, het ‘n goeie aroma gehad en het goed vergelyk met soortgelyke kommersieel beskikbare gefermenteerde vis produkte. Die gebruik van verskillende mikrobiese suursels kan in die toekoms die produksie van ‘n diverse reeks hoë kwaliteit produkte wat plaaslik geproduseer en bemark kan word moontlik maak.
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Okuda, Liria Hiromi. "Orthopoxvirus bovino: inquérito soroepidemiológico e caracterização de amostras pela técnica de PCR e RFLP." Universidade de São Paulo, 2013. http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/10/10134/tde-09122013-152339/.
Full textAbstract:
No Brasil, casos de doença exantemática em bovinos e humanos têm sido relatados em diversas regiões, cujo agente causal é o virus vaccinia pertencente ao gênero Orthopoxirus da família Poxviridae. Classicamente, a varíola bovina é causada pelo Cowpoxvirus, entretanto, outros Poxvirus, como o vírus vaccinia podem desenvolver sintomatologia clínica semelhante. Além de comprometer a cadeia produtiva de leite, uma vez que dificulta a ordenha, predispõe a mastite e descarte do produto, é uma zoonose e atualmente está incluída no diagnóstico de doença vesicular. A origem desses casos bem como a epidemiologia da doença ainda é pouco conhecida. Assim, objetivou-se no presente estudo 1) Avaliar a soroprevalência de Orthopoxirus em rebanhos bovinos do circuito sete do Estado de São Paulo que compreendem as regiões do Vale do Paraíba e Mogi das Cruzes e associar os possíveis fatores de risco envolvidos na transmissão da doença; 2) Detectar e caracterizar a presença de Orthopoxirus em amostras suspeitas de doença vesicular, no período de 2007 a 2009, provenientes de diversas regiões do Brasil utilizando técnicas convencionais e moleculares: microscopia eletrônica, isolamento viral, PCR e RFLP; 3) Sequenciamento e análise filogenética das amostras positivas para o vírus vaccinia. Para o inquérito soroepidemiológico foram analisadas 76 propriedades pertencentes ao circuito 7 que compreendem as regiões do Vale do Paraíba e Mogi das Cruzes, estado de São Paulo, selecionadas aleatoriamente, totalizando 619 animais, estratificados em fêmeas acima de dois anos. A soroprevalência de Orthopoxirus no Vale do Paraíba foi de 32,3% (200/619) pela virusneutralização. Associação positiva foi encontrada para presença de animais silvestres. No diagnóstico virológico foram analisadas 227 amostras de epitélio, negativas para outras doenças vesiculares. Encontrou-se frequencia de 63,4% (144/227) positivas para o Orthopoxirus em praticamente todas as regiões do país. A análise por RFLP revelou perfil de padrão para o vírus vaccinia. O sequenciamento dos isolados confirmou que o vírus vaccinia é a estirpe circulante e está agrupado no grupo I de isolados de vaccinia brasileiros.In Brazil, cases of rash illness in cattle and humans have been reported in several regions whose causal agent is the vaccinia virus belonging to the genus Orthopoxirus (OPV) family Poxviridae. Classically, cowpox is caused by Cowpoxvirus, however, other poxviruses such as vaccinia virus may develop same clinical signs. In addition to compromising the production chain of milk, as it hampers milking, predisposes to mastitis and discard the product, also it is a zoonosis and is currently included in the differential diagnosis of vesicular disease. The origin of these cases as well as the epidemiology of the disease is still unknown. Thus, the aim of the present study 1) assess the serum prevalence of OPV in cattle herds circuit seven Vale do Paraíba and associate the possible risk factors involved in disease transmission, 2) identify and characterize the presence of OPV in samples suspected vesicular disease in the period 2007-2009, from various regions of Brazil using conventional techniques and molecular electron microscopy, virus isolation, PCR and RFLP; 3) Sequencing and phylogenetic analysis of the samples positive for OPV. For epidemiological survey were analyzed 76 properties in the region of Vale do Paraíba, São Paulo, randomly selected, totaling 619 animals, stratified in females more than two years. The serum prevalence of OPV in the Paraíba Valley was 32.3% (200/619) by virus neutralization. Positive association was found for presence of wild animals. The virological diagnosis were analyzed 227 samples of epithelium, negative for other vesicular diseases. Met frequency of 63.4% (144/227) positive for OPV in practically all regions of the country. RFLP analysis revealed default profile for the vaccinia virus. The sequencing of the isolates confirmed that vaccinia virus strain is circulating and is clustered in group I isolates of Brazilians vaccinia.
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Georges, Agnès. "Chlamydia Trachomatis et tetracyclines : étude de souches récidivantes par PCR-RFLP du gène omp1." Bordeaux 2, 1994. http://www.theses.fr/1994BOR2P094.
Full text
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Alvarez, Vega Luis Guillermo. "Detección de Staphylococcus pseudintermedius y Staphylococcus aureus aislados de piodermias caninas mediante PCR-RFLP." Bachelor's thesis, Universidad Nacional Mayor de San Marcos, 2019. https://hdl.handle.net/20.500.12672/11838.
Full textAbstract:
A nivel mundial la piodermia es una de las enfermedades de la piel más diagnosticada en
caninos. Entre los agentes involucrados se encontraba Staphylococcus intermedius, el que
se creía el principal agente de las piodermias caninas; sin embargo, en el año 2005 fue
reclasificado en 3 especies: S. intermedius, S. pseudintermedius y S. delphini.
Posteriormente, estudios en diferentes países reportaron que el Staphylococcus
pseudintermedius es en realidad el agente bacteriano más frecuentemente aislado en
piodermias, seguidamente surgieron los primeros reportes de aislados resistentes a
meticilina. Por otro lado, Staphylococcus aureus, patógeno importante en medicina
humana, se aísla con más frecuencia en muestras de piodermias caninas, siendo estos
potenciales reservorios para reinfecciones en humanos de cepas resistentes a antibióticos.
Por ello, este estudio buscó determinar la presencia S. pseudintermedius y S. aureus en
141 aislados de Staphylococcus sp. provenientes de casos de piodermia canina del periodo
2016 - 2018. El ADN de los 141 aislados fue extraído y analizado mediante PCR-RFLP,
el cual consistió en la amplificación del gen pta y la digestión con la enzima MboI.
Obteniendo que los aislados de Staphylococcus sp. fueron identificados como
Staphylococcus pseudintermedius en un 87.9%, 12.1% como otros Staphylococcus sp. y
no se detectó Staphylococcus aureus. Concluyéndose que el Staphylococcus más
frecuentemente involucrado en piodermias caninas es el Staphylococcus
pseudintermedius; sin embargo, no se debe omitir el rol potencial que puede cumplir
Staphylococcus aureus como patógeno en caninos.Universidad Nacional Mayor de San Marcos (Lima). Vicerrectorado de Investigación y Posgrado
Tesis
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Dlapalová, Kristýna. "Izolace a charakterizace autochtonních kvasinek z interspecifické odrůdy vinné révy." Master's thesis, Vysoké učení technické v Brně. Fakulta chemická, 2015. http://www.nusl.cz/ntk/nusl-217112.
Full textAbstract:
The aim of this thesis is the isolation and identification of yeasts obtained from the wine berries and the characterization of the collection yeast by using processes of PCR - RFLP. The type yeasts were obtained from the collection of yeasts of CCY in Bratislava, yeasts from the wine berries were collected from the species of Hibernal wine from the wineries of Štěpán Maňák. Identification of individual yeast is then based on analysis of the DNA segment in the area of 5,8S - ITS using primers ITS1 and ITS4. The restriction analysis was performed using restriction endonucleases HaeIII, HinfI, HhaI a TaqI(a). Restriction analysis is used to chopp the DNA to specific sections that are characteristic for each microorganism. For the assesment of the genetic similarity analyzed yeasts the BioNumerics software has been used. BioNumerics processes the results using cluster analysis using Jaccard´s coefficients.
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Pereira, Lucas Carlos Gomes. "Importância dos polimorfismos C3435T e C1236T do gene de resistência a múltiplas drogas (MDR1) na resposta ao tratamento com mesilato de imatinib em pacientes com Leucemia Mielóide Crônica (LMC)." Universidade Federal de Goiás, 2013. http://repositorio.bc.ufg.br/tede/handle/tede/3100.
Full textAbstract:
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In recent years, the evolution of health expenditures and specifically drugs, has worried governments. Among the various specialties, oncology is among those dealing with the greatest difficulties in the management of drug therapy. It is known that patients treated with various drugs have variability of response and susceptibility to drug toxicity. In present work, we study the role of Multiple Drug Resistance gene (MDR1) polymorphisms C1236T and C3435T frequencies and response to treatment with imatinib mesylate in 96 patients with chronic myeloid leukemia (CML). A total of 96 patients with CML were treated according to the Brazilian National Cancer Institute (INCA) guidelines and the blood samples were collected for genotyping. Genomic DNA was extracted and C1236T and C3435T polymorphisms genotyping was performed by the polymerase chain reaction with restriction fragment length polymorphism (PCR-RFLP), which detects a variation in length of a DNA fragment generated (370pb and 340pb) by a specific endonuclease in a specific site of the genome (HaeIII and MboI). Of the 96 CML samples, 31 samples were homozygous (CC), 13 homozygous (TT) and 52 heterozygous (CT) for exon 12 (1236). For the exon 26 (3435), 35 were homozygous (CC), 12 homozygous (TT) and 49 heterozygotes (CT). All frequencies for both polymorphisms were in Hardy-Weinberg equilibrium (p = 0.229 and q = 0.414). We found percentage association between polymorphisms and their distribution in different populations, and the response to treatment both cytogenetic and molecular difference was not statistically significant (p <0.05) when compared to age and sex presented response by patients and also no statistical difference (p <0,050). We conclude that the observed allele frequency for exons 1236 were 59.4% for C and 40.6% for T and the frequencies for the exon 3435 were 62.0% for C and 38.0% for T. That the relationship between the frequencies of polymorphisms of MDR1 in populations of different geographic locations, can provide tools that help in choosing a more appropriate and effective treatment of CML.
Neste estudo, o papel dos polimorfismos C1236T e C3435T do gene de Resistência a Múltiplas Drogas (MDR1) foram investigados em relação à frequência e a resposta ao tratamento com imatinibe em pacientes com leucemia mielóide crônica (LMC). Um total de 96 pacientes com LMC foram tratados de acordo com as diretrizes do Instituto Nacional do Câncer (INCA) e amostras de sangue foram coletadas para genotipagem do gene MDR (Resistência à Multiplas Drogas). O DNA genômico foi extraído e a genotipagem dos polimorfismos C1236T e C3435T foi realizada por meio da reação em cadeia da polimerase com fragmentos de restrição (PCR-RFLP), que detectou uma variação no comprimento de um fragmento de DNA gerado (370pb e 340pb) por uma endonuclease específica em um sítio específico do genoma (HaeIII e Mbol). Analisando as 96 amostras de pacientes para o polimorfismo no éxon 12 (1236) com LMC, 31 amostras apresentaram homozigose (CC), 13 homozigose (TT) e 52 heterozigose (CT). Para o estudo do polimorfismo no éxon 26 (3435), 35 foram homozigotas (CC), 12 homozigotas (TT) e 49 heterozigotas (CT). Todas as frequências para ambos os polimorfismos apresentaram-se em equilíbrio de Hardy-Weinberg (p = 0,229 e q = 0,414). Foi encontrada associação do percentual dos polimorfismos estudados em relação à distribuição dos mesmos em grupos de diferentes localizações geográficas, e sobre a resposta ao tratamento tanto citogenética e molecular, não houve diferença estatísticamente significante (p<0,05), quando foi comparado à idade e ao gênero apresentados pelos pacientes e a resposta também não houve diferença estatística (p<0,05). Conclui-se que as frequências alélicas observadas para o éxon 1236 foram de 59,4% para C e 40,6% para T e as frequências para o éxon 3435 foram de 62,0% para C e 38,0% para T e que a relação entre as frequências de polimorfismos de MDR1 nas populações de diferentes localizações geográficas, pode fornecer ferramentas que auxiliem na escolha de um tratamento mais adequado e eficaz da LMC.
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Vitaliano, Sérgio Netto. "Isolamento e caracterização biológica e genotípica de Toxoplasma gondii em animais selvagens do Brasil." Universidade de São Paulo, 2012. http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/10/10134/tde-04102012-182312/.
Full textAbstract:
Toxoplasma gondii é um protozoário formador de cistos capaz de infectar diversas espécies de aves e mamíferos domésticos e selvagens, incluindo o homem. Apesar de evidências sorológicas da infecção por T. gondii em animais selvagens, pouco se sabe sobre o papel da vida selvagem na cadeia epidemiológica e tampouco a susceptibilidade das variadas espécies a este parasito. O presente trabalho consistiu no isolamento e caracterização genotípica de T. gondii de tecidos de animais selvagens, de vida livre e de cativeiro, provenientes de diversas localidades do Brasil e na detecção sorológica de anticorpos contra o parasito nas amostras em que foi possível obter o soro. A sorologia foi realizada em 54 amostras de soros de aves e mamíferos de várias espécies por meio do Teste de Aglutinação Modificado (MAT). Deste total, 18 amostras (cinco de aves e 13 de mamíferos) foram positivas para anticorpos anti-T. gondii. Para o isolamento do parasito foi realizado o bioensaio em camundongos. Homogenados de coração e cérebro de cada um dos animais foram submetidos à digestão péptica e inoculados em grupos de cinco camundongos. Tecidos dos camundongos que vinham à óbito eram examinados para constatar a presença de formas de T. gondii. Seis semanas após inoculação, foi colhido sangue dos camundongos para a realização de testes sorológicos (MAT) para detecção de anticorpos anti-T. gondii e dois meses após a inoculação estes animais foram submetidos à eutanásia para a procura por cistos teciduais do parasito. Por meio desta prova biológica foi possível isolar T. gondii em 18 animais selvagens (16 de diversas espécies de mamíferos e duas de aves) provenientes de diferentes localidades. T. gondii foi isolado em uma coruja-buraqueira (Athene cunicularia), um pica-pau-de-banda-branca (Dryocopus lineatus), um gato-do-mato-pequeno (Leopardus tigrinus), um lobo-guará (Chrysocyon brachyurus), uma mucura (Didelphis marsupialis), uma paca (Cuniculus paca), três queixadas (Tayassu pecari), uma raposa-do-campo (Pseudalopex etulus), três tamanduás-mirim (Tamandua tetradactyla), três tatus-galinha (Dasypus novemcinctus) e dois tatuspeba (Eufractus sexcinctus). Dezesseis dos 18 isolados obtidos foram letais para 100% dos camundongos infectados. O isolado de um tatu-peba não causou mortalidade em camundongos e o isolado da coruja-buraqueira causou 50% de mortalidade. A caracterização genotípica dos isolados foi realizada pela técnica de PCR/RFLP utilizando 12 marcadores genotípicos. As amostras primárias dos tecidos provenientes dos animais selvagens que foram positivas na PCR de triagem também foram submetidas à caracterização genotípica. Por meio da PCR/RFLP foi possível obter o genótipo completo de 22 amostras, 15 delas provenientes de isolados e sete de amostras primárias de tecidos. Dos 18 isolados obtidos através do bioensaio, em três (tatu-peba, coruja-buraqueira e mucura) não foi possível obter a caracterização completa de todos os 12 marcadores utilizados. Pela análise das 22 amostras caracterizadas foram observados 17 genótipos diferentes, sendo que 13 deles são inéditos. A mortalidade de camundongos infectados foi comparada com a ocorrência dos diferentes alelos no marcador CS3 nos 15 genótipos provenientes de isolados, dos quais, sete apresentaram o alelo tipo I, seis o alelo tipo II e os alelos u-1 e u-3 foram encontrados em um isolado cada. Todos os isolados apresentaram 100% de mortalidade para os camundongos infectados.Toxoplasma gondii is an intracellular protozoan parasite that infects almost all warmblooded animals, including humans. Although studies indicate that wild animals are frequently positive for antibodies anti-T. gondii, the role of wild life in the epidemiology of this parasite is not well understood nor the susceptibility of different wild species. The present study aimed to isolate T. gondii from free-living and captive wild birds and mammals from different locations from Brazil, to perform the genotipic characterization of T. gondii found in the analyzed tissue samples and to detect aintibodies anti-T. gondii in samples which were possible to obtain the serum. Serology was performed in 54 serum samples from different species of wild birds and mammals by the Modified Agglutination Test (MAT). From this total, 18 samples (five from birds and 13 from mammals) were seropositive for antibodies anti-T. gondii. For the isolation of the parasite, mice bioassay was performed. Brain and heart homogenates were submitted to peptic digestion and were inoculated in groups of five mice per animal sampled. Tissues of mice that died were examined for the presence of T. gondii. Mice were bled six weeks post-inoculation, and their sera were tested for anti-T. gondii antibodies by MAT. Surviving mice were euthanized two months after the inoculation and their brains were examined for the presence of T.gondii tissue cysts. T. gondii was isolated in 18 wild animals (16 from different species of mammals and two from birds) from different locations. T. gondii was isolated from one burrowing owl (Athene cunicularia), one lineated woodpecker (Dryocopus lienatus), three collared anteater (Tamandua tetradactyla), one hoary fox (Pseudalopex vetulus), one maned wolf (Chrysocyon brachyurus), one oncilla (Leopardus tigrinus), one opossum (Didelphis marsupialis), one paca (Cuniculus paca), three nine-banded armadillo (Dasypus novemcinctus), two six-banded armadillo (Euphractus sexcincticus) and three white-lipped peccary (Tayassu pecari). Sixteen of the 18 isolates were lethal to 100% of inoculated mice. The genotypic characterization was performed using 12 PCR-restriction fragment length polymorphism (RFLP) Primary tissue samples which were positive in a trial PCR were also submitted to genotypic characterization. It was possible, by PCR/RFLP, to obtain the complete genotype of 22 samples, 15 from isolates and seven from primary tissue samples. It was not possible to accomplish the complete genotypic characterization in three isolates; one burrowing owl, one opossum and one sixbanded armadillo. In this 22 samples characterized, a total of 17 different genotypes were found with 13 of them described for the first time. Mortality of infected mice was compared between the different alleles of the marker CS3 in the 15 genotypes originated from isolates, which seven were type I, six were type II and alleles u-1 and u-3 were found in one isolate each. All the isolates presented 100% of mortality in infected mice.
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Andrade, Vanessa da Silva Silveira. "Polimorfismos genéticos, susceptibilidade e resposta ao tratamento em crianças portadoras de leucemia linfoblástica aguda." Universidade de São Paulo, 2006. http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/17/17135/tde-27082007-085802/.
Full textAbstract:
As leucemias constituem o câncer mais comum da infância, representando 30% de todas as neoplasias infantis. Dentre elas, a leucemia linfoblástica aguda (LLA) é a mais freqüente, atingindo 75% dos casos pediátricos de leucemias. A ocorrência da LLA tem sido relacionada com a exposição a alguns fatores ambientais (químico, físico e biológicos) e maternos (uso de drogas e dieta) tanto no desenvolvimento intra-útero como após o nascimento. No entanto, o processo de leucemogênese, particularmente com relação à importância da susceptibilidade genética herdade e fatores ambientais, ainda não foi elucidado. As enzimas do citocromo P450 (CYP), assim como outras enzimas das fases I e II do metabolismo estão envolvidas na biotransformação de uma variedade de xenobióticos presentes na alimentação, no cigarro, nas drogas, nas bebidas alcoólicas e nos poluentes ambientais. Polimorfismos em genes responsáveis por codificar essas enzimas de metabolismo têm sido associados com um aumento na susceptibilidade a diferentes tipos de câncer e a doenças hematológicas em adultos e crianças. Similarmente, a capacidade diferencial de crianças portadoras de leucemia aguda para metabolizar carcinógenos e drogas quimioterápicas, a qual é influenciada pelos polimorfismos dos genes que codificam enzimas de metabolização, podem modificar a resposta à terapia. Sendo assim, é importante a realização de investigações epidemiológicas moleculares em crianças portadoras de leucemia, pois estes estudos poderão fornecer informações sobre a etiologia e os mecanismos que levam a esta doença, e sobre as respostas adversas ou inadequadas a certos agentes terapêuticos, com o intuito de buscar tratamentos mais específicos e eficazes. O presente trabalho teve por objetivo estimar a freqüência dos polimorfismos dos genes CYP2D6, EPHX1, MPO (responsáveis pelo metabolismo de xenobióticos) e TS (associado à síntese de DNA) e investigar a associação destes polimorfismos com o efeito do tratamento quimioterápico. Foram genotipados através da técnica de PCR-RFLP 132 pacientes portadores de LLA e 300 indivíduos controles. Analisando o gene CYP2D6 foi observada uma prevalência significante do alelo CYP2D6*3 no grupo dos pacientes. Em relação ao gene EPHX1, o alelo polimórfico *2 foi mais freqüente no grupo de indivíduos controles, assim como a repetição tripla (3R) do gene TS. O genótipo heterozigoto para o gene TS e o homozigoto selvagem para o gene MPO foram mais freqüentes em indivíduos do sexo feminino, sugerindo uma associação destes genótipos com o sexo. Não foi encontrada nenhuma associação dos polimorfismos estudados com a resposta ao tratamento quimioterápico. Com base nestes dados, é possível sugerir uma associação destes polimorfismos com a susceptibilidade ao desenvolvimento da LLA, destacando a importância da sua determinação para o prognóstico bem como para o caráter preventivo relacionado ao risco aumentado de doenças associadas à exposição ambiental.The leukemias are the most common type of cancer in children, representing above 30% of all the pediatric malignancies. Among them, the acute lymphoblastic leukemia (ALL) is the most frequent, with a percentage of 75% of the total pediatric cases of leukemia. Its occurrence is closely related to the exposure to chemical, physical and biological environmental factors and so maternal factors either, such as drugs, alcohol even in the uterine phase or after birth. Despite all the investigations made until now, little is known about the leucemogenous process, in particular about the importance of herdable genetic susceptibility and environmental factors. The citochrome P450 enzymes, as well as other phase I and II enzymes are involved on the biotransformation process of a huge variety of xenobiotics on food, smoke, alcohol, drugs and chemical poluents. Polymorphisms on these genes have been associated to the increased susceptibility to different kind of adult cancers and hematological diseases in adults and child. Similarly, the differential capacity of children with ALL to metabolize carcinogen compounds and chemotherapy drugs, witch is influenced by polymorphisms on genes that encode metabolizing enzymes, can modify the individual risk of relapse and therapy response. Thus, molecular epidemiological investigations in children with acute leukemia became so important to help clinicians answer questions about the etiology and the right mechanisms that induce this malignance and about the adverse responses to therapy found in huge number of patients, trying to reach more specific treatments. So, the present study objective is to evaluate the polymorphism frequency on the following genes CYP2D6, EPHX1 and MPO (xenobiotic metabolizing genes) and TS gene (DNA synthesis) in patients with ALL and in controls individuals. We analyzed 132 patients and 300 health controls by PCR-RFLP technique. The CYP2D6*3 variant was more frequent on the case group. The EPHX1*2 and the triple repeat (3R) of TS gene were more frequent on the control group. The heterozygous genotype for the TS gene and the homozygous for the MPO gene were more prevalent on the female group, suggesting an association of these polymorphisms with the gender. We did not find any association with the studied polymorphisms and the response to therapy. Beyond these data, is it possible to suggest an association of these polymorphisms and the leukemia development susceptibility, emphasizing the importance of the polymorphism determination for prognosis and for the prevention, related to the increased risk of the diseases related to environmental exposure.
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Michálek, Petr. "Sledování vlivu použité autochtonní kultury kvasinek na kvasný proces výroby vína." Master's thesis, Vysoké učení technické v Brně. Fakulta chemická, 2015. http://www.nusl.cz/ntk/nusl-217130.
Full textAbstract:
This thesis deals with the identification of wine yeasts isolated from the grape must using PCR-RFLP method. The yeasts were isolated from Pinot Noir grape variety must. Grapes were grown and produced in accordance with the requirements placed on organic and integrated farming. Samples were processed in the laboratory, where pure cultures of individual yeast were obtained. A commercial kit was used for yeast DNA isolation. Obtained DNA was used for further analysis. Using the polymerase chain reaction and the primers ITS1 and ITS4 a specific segment of 5.8S rDNA-ITS region was amplified. The PCR products were then detected by electrophoresis in an agarose gel, and after a subsequent purification, three restriction enzymes: HaeIII, HinfI and HhaI were subjected to restriction analysis. The DNA was digested to fragments specific for yeast species and they were detected by agarose electrophoresis. Similarity of these isolates was compared using BioNumerics program and the result is dendrogram of genetic similarity of isolated yeast. The basic chemical analysis of samples must was also performed.
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Fialová, Lenka. "Izolace a identifikace kvasinek z vinice pro jejich možné využití k výrobě vína." Master's thesis, Vysoké učení technické v Brně. Fakulta chemická, 2016. http://www.nusl.cz/ntk/nusl-240584.
Full textAbstract:
The aim of this work was to isolate the Saccharomyces cerevisiae yeast from the surface of wine grapes of the Malverina and Sauvignon varieties. Isolated yeasts were identified by the PCR-RFLP method. 5,8S ITS rDNA was amplified using PCR and restricition endonucleases HaeIII, HhaI, HinfI and TaqI were used for the restriction analysis which followed. The results were processed by UPGMA cluster analysis using the BioNumerics programme. The dominant genus on the surface of the Malverina variety grapes was Brettanomyces/Dekkera, while on the surface of the Sauvignon grapes we found mainly yeasts of the Pichia genus. The Saccharomyces cerevisiae species was not isolated from any of the two grape varieties.
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陳子明 and Tsz-ming Chan. "Comparison of molecular epidemiological study on Mycobacterium tuberculosis using IS6110 RFLP and IS6110 PCR typing." Thesis, The University of Hong Kong (Pokfulam, Hong Kong), 2000. http://hub.hku.hk/bib/B31969689.
Full text
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Chan, Tsz-ming. "Comparison of molecular epidemiological study on Mycobacterium tuberculosis using IS6110 RFLP and IS6110 PCR typing." Hong Kong : University of Hong Kong, 2000. http://sunzi.lib.hku.hk/hkuto/record.jsp?B22029850.
Full text
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Esmerini, Patrícia de Oliveira. "Ocorrência e isolamento de Toxoplasma gondii e Neospora spp. em equídeos do Brasil." Universidade de São Paulo, 2013. http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/10/10134/tde-11062013-103048/.
Full textAbstract:
Neospora caninum é um parasito intracelular obrigatório, formador de cistos, que acomete vários animais domésticos e silvestres, tendo maior importância nas espécies canina e bovina, nas quais causa problemas nervosos e reprodutivos. Os canídeos do gênero Canis são os únicos reconhecidos como hospedeiros definitivos do N. caninum até o momento, nos quais ocorre a fase sexuada de multiplicação, resultando na eliminação de oocistos pelas fezes. Toxoplasma gondii também é um coccídio responsável por uma das zoonoses de maior importância e ocorrência em todo o mundo. A fase assexuada de desenvolvimento do T. gondii ocorre nos mamíferos e aves (hospedeiros intermediários) com formação de cistos teciduais e a fase sexuada de desenvolvimento ocorre no intestino delgado dos hospedeiros definitivos, que são os membros da família Felidae. Este estudo teve por objetivo determinar a soroprevalência de anticorpos contra Neospora spp. e T. gondii em equídeos de diferentes regiões do Brasil e o isolamento e caracterização genética destes coccídios em amostras de tecidos de equídeos. A sorologia para T. gondii e Neospora spp. foi realizada em 453 amostras de soros por meio da Reação de Imunofluorescência Indireta com ponto de corte de 50 para Neospora spp e 64 para T. gondii. Deste total, oito (1,75%) amostras (sete de jumentos e um de cavalo) foram positivas para Neospora spp. e 129 (28,47%) amostras (82 jumentos, 32 cavalos e 15 mulas) para T. gondii. Para o isolamento do T. gondii foram realizados 29 bioensaios em camundongos, sendo 19 de animais soropositivos e 10 de pools de tecidos de cavalos soronegativos. Por meio dessa prova biológica, foi possível o isolamento em uma amostra de jumento (Equus asinus) de Mossoró, RN, ocorrendo a morte dos dois únicos camundongos infectados, no 16o e 17o dia pós-inoculação. A caracterização genotípica do isolado foi realizada pela PCR-RFLP utilizando 12 marcadores genotípicos. A genotipagem dessa amostra evidenciou o genótipo #60 TgCkBr220, já isolado em galinha do Arquipélago de Fernando de Noronha, PE, Brasil. O isolamento de Neospora spp em gerbilos não pode ser feito uma vez que não foi possível a obtenção de tecidos dos equídeos soropositivos.Neospora caninum is an obligate intracellular parasite, forming cysts that affect many domestic and wild animals, having greater importance in canine and bovine species due neurological and reproductive problems. Canids of the genus Canis are recognized as the only definitive hosts of N. caninum until the moment in which sexual phase occurs multiplication, resulting in the elimination of oocysts in the feces. Toxoplasma gondii is also a coccidian parasite responsible for a zoonotic disease of great importance and occurrence around the world. The asexual developmental stage of T. gondii occurs in mammals and birds, the intermediate hosts, resulting in the formation of cysts and the sexual stage occurs in the small intestine of definitive hosts, which are the felids, occurring oocysts formation. This study aimed to determine the seroprevalence of antibodies against Neospora spp. and Toxoplasma gondii in equids from different regions of Brazil and the isolation and genetic characterization of these parasites from equids tissue. Serology for T. gondii and Neospora spp. was performed in 453 serum samples by Immunofluorescence Antibody Test (IFAT). Of this total, eight (1.75%) samples (seven of donkeys and one of horse) were positive to Neospora spp. antibodies and 129 (28.47%) samples (82 donkeys, 32 horses, 15 mules) were T. gondii seropositive. For the isolation of T. gondii, bioassay was performed in mice. A sample of one donkey (Equus asinus) from Mossoró, RN, was obtained with two of the 20 inoculated mouse infected. The mouse died at day 16th and 17th post inoculation. The genotypic characterization of the isolate was performed by PCR-RFLP using 12 genotypic markers. Genotyping showed the genotype #60 TgCkBr220, already described in chickens from Fernando de Noronha, PE, Brazil. Due the impossibility of acquisition of tissue from Neospora spp seropositive equids, isolation of this coccidian by gerbil bioassay was not possible to be done.
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Krátká, Veronika. "Výběr vhodných autochtonních kvasinek pro výrobu vína." Master's thesis, Vysoké učení technické v Brně. Fakulta chemická, 2014. http://www.nusl.cz/ntk/nusl-217062.
Full textAbstract:
The aim of this diploma thesis was the selection of appropriate indigenous yeasts for wine production. Tested yeasts were isolated from the grapes from the winery Maňák Žádovice. The yeasts isolated within theses in 2009 – 2012 have been also tested, and commercial wine yeast have been tested for comparison. In the theoretical part the focus is on the technology of wine, in particular fermentation. The work is also focused on yeasts metabolism and taxonomy. There was described the principle of PCR-RFLP, and methods used to characterize the properties of isolated yeasts. In the experimental part was made isolation of yeasts, theirs identification using PCR-RFLP and to select the most suitable yeast in wine making proces were performed physiological tests.
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Škodová, Anna. "Identifikace kvasinek rodu Saccharomyces z listů, bobulí a moštu révy vinné." Master's thesis, Vysoké učení technické v Brně. Fakulta chemická, 2008. http://www.nusl.cz/ntk/nusl-216401.
Full textAbstract:
This diploma thesis is concerned about the PCR-RFLP method for identification of yeasts genus Saccharomyces from leaves, grapes and must of white wine. The thesis describes an obtaining of pure cultures of yeasts, isolation DNA and amplification of specific segments of DNA using PCR method. Splitting of this segments by restriction endonukleases and a detection of final fragments by zone electrophoresis are mentioned too. Length of fragments and numbers of restriction fragments, which are characteristic of every species, enable a determination of microorganisms and their inclusion into the system. The basic informations on yeasts and molecular methods for their identification are named in the theoretical part of the thesis. The main part of the thesis deals with the processing of grapes of grape-wine and the manufacturing of white wine.
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Del, Valle Luis J., Michael L. Jaramillo, Miguel Talledo, Maria J. Pons, Lidia Flores, Ruth L. Quispe, Pablo Ramírez, et al. "Development of a 16S rRNA PCR-RFLP Assay for Bartonella Identification: Applicability in the Identification of Species Involved in Human Infections." Horizon Research Publishing, 2014. http://hdl.handle.net/10757/322342.
Full textAbstract:
Abstract We designed a 16S rRNA gene PCR-RFLP scheme to identify all currently described Bartonella spp. The 16S rRNA genes of all Bartonella spp. were in-silico analyzed in order to design a RFLP technique able to discriminate among different species. The restriction enzymes selected were MaeIII, MseI, Sau96I, BsaAI, DrdI, FokI, BssHII, BstUI, AluI, TspDTI and HphI which, according to a decision-making tree, facilitated the differentiation of all the currently described species of Bartonella.The technique was experimentally tested in different species of Bartonella, including human pathogenic B. bacilliformis and B. henselae with a 100% of concordance with the in-silico predicted patterns.This novel RFLP assay could be used to identify both human and non-human pathogenic Bartonella in diagnostic, phylogenetic and epidemiologic studies.
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Mazurowski, Artur. "Analiza wpływu polimorfizmu wybranych genów w odniesieniu do cech reprodukcyjnych loch ras polska biała zwisłoucha i wielka biała polska." Rozprawa doktorska, Uniwersytet Technologiczno-Przyrodniczy w Bydgoszczy, 2018. http://dlibra.utp.edu.pl/Content/1171.
Full textAbstract:
Celem pracy była identyfikacja polimorfizmu w odrębie genów: RYR1, AREG, EGF, SPP1, GH, GH-RH, PIT1, BF, ZAR1 oraz określenie ich struktury genetycznej w populacji loch ras polska biała zwisłoucha (pbz) i wielka biała polska (wbp), a także analiza wpływu polimorfizmu wybranych genów na cechy reprodukcyjneThe aim of the present was to identify polymorphism within the genes: RYR1, AREG, EGN, SPP1, GH, GH-RH, PIT1, BF, ZAR1 and to determine their genetic structure in two Polish sow breads: Polish Landrace and Polish Large White breeds. In addition the aim was to find associations between polymorphism of selected genes and reproductive traits in the studied groups of animals
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Piza, Vanessa Mirabelli Toledo [UNESP]. "Detecção e diferenciação do vírus da bronquite infecciosa pela técnica de imunocaptura-RT-PCR E RFLP." Universidade Estadual Paulista (UNESP), 2007. http://hdl.handle.net/11449/94869.
Full textAbstract:
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piza_vmt_me_jabo.pdf: 496784 bytes, checksum: 8e82f3b02d746dfe3daa52fd23b8be9e (MD5)Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)
Nesse estudo foi desenvolvido e aplicado o procedimento de imunocaptura para realizar a reação de transcrição reversa seguida pela reação em cadeia da polimerase (IC-RT-PCR) a fim de ser amplificada uma região 5'_ proximal do gene 81 do vírus da bronquite infecciosa (VBI) com 228 pb e de forma a fazer a detecção e a diferenciação desse vírus, comparando-se os resultados dessa metodologia com os obtidos na técnica convencional de RT-PCR. Todas as 11 estirpes do VBI testadas foram amplificadas pelas duas técnicas moleculares, enquanto que nenhum dos vírus heterólogos (Pneumovírus Aviário do grupo A e B, Vírus da Doença de Gumboro e o Vírus da Doença de Newcastle) ensaiados levaram a amplificação específica do gene 81. O limiar de detecção para a técnica de IC-RT-PCR foi idêntico ao do método de RT-PCR e correspondeu a 102.8 Doses Infectantes Embrionárias 50%. Para um total de 35 amostras de tecidos do trato respiratório testadas e provenientes de aves infectadas experimentalmente, 32 foram positivas pela técnica de IC-RT-PCR e também pela RT-PCR convencional, enquanto que o isolamento viral foi obtido para 22 dessas amostras. A análise do produto amplificado do gene 81 na IC-RT-PCR através da técnica de RFLP (restriction fragment length polymorphism), com as enzimas Alul e Mboll, permitiu a diferenciação das 5 estirpes de referências e dos 6 isolados de campo analisados em 4 diferentes genótipos, correspondentes às estirpes de referência M41, Connecticut, ou 8E-17, ou a um isolado de campo. Portanto, a técnica de IC¬RT -PCR demonstrou um grande potencial para ser aplicada no diagnóstico direto do VBI, apresentando vantagens sobre a técnica convencional de RT-PCR, as quais foram derivadas da combinação da especificidade da imunocaptura em fase sólida com a sensibilidade da reação de PCR, o que pode proporcionar ganho de tempo e menor custo para a manipulação de um maior número de amostras.
In this study, the immunocapture procedure followed by reverse transcription and polymerase chain reaction (IC-RT-PCR) technique was standardized and applied for the amplification of 5'- proximal pari of 81 gene of infectious bronchitis virus (IBV) in infected f1uid or tissue samples, which were collected from embryonating chicken eggs or experimentally infected birds. The results of this technique were compared with those obtained in conventional RT-PCR. Ali eleven IBV strains tested were amplified, while none of the heterologous avian viral pathogens (Groups A and B Avian Pneumovirus, Newcastle Disease Virus and Gumboro Disease Vírus) gave positive results. The limit of detection for IC-RT¬PCR was identical to the common RT-PCR and corresponded to 102.8 50% embryonic infectious doses. Thirty two out of thirty five respiratory tissue samples collected from experimentally infected chickens were positive by both molecular techniques (IC-RT-PCR I common RT-PCR), whereas the vírus isolation test detected IBV in twenty two of these samples. The AluL and Mobll RFLP analysis of the 228 bp amplicon generated from IC-RT-PCR led to the discrimination of the 5 reference strains and 6 field IBV isolates in four genotypes; which were associated to the M41, to Connecticut, ar to 8E-17 strain, or to a field isolate. Therefore, the IC-RT-PCR demonstrated in this study a high potential for the application in the direct diagnosis of IBV and has relevant advantages over the conventional RT¬PCR, because it combines the specificity of the immunocapture in a solid phase with the sensitivity of the PCR, providing simplicity, rapidity and low cost for the manipulation of a high number of samples.
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Piza, Vanessa Mirabelli Toledo. "Detecção e diferenciação do vírus da bronquite infecciosa pela técnica de imunocaptura-RT-PCR E RFLP /." Jaboticabal : [s.n.], 2007. http://hdl.handle.net/11449/94869.
Full textAbstract:
Orientador: Hélio José MontassierBanca: Liana Brentano
Banca: Maria da Glória Buzinaro
Resumo: Nesse estudo foi desenvolvido e aplicado o procedimento de imunocaptura para realizar a reação de transcrição reversa seguida pela reação em cadeia da polimerase (IC-RT-PCR) a fim de ser amplificada uma região 5'_ proximal do gene 81 do vírus da bronquite infecciosa (VBI) com 228 pb e de forma a fazer a detecção e a diferenciação desse vírus, comparando-se os resultados dessa metodologia com os obtidos na técnica convencional de RT-PCR. Todas as 11 estirpes do VBI testadas foram amplificadas pelas duas técnicas moleculares, enquanto que nenhum dos vírus heterólogos (Pneumovírus Aviário do grupo A e B, Vírus da Doença de Gumboro e o Vírus da Doença de Newcastle) ensaiados levaram a amplificação específica do gene 81. O limiar de detecção para a técnica de IC-RT-PCR foi idêntico ao do método de RT-PCR e correspondeu a 102.8 Doses Infectantes Embrionárias 50%. Para um total de 35 amostras de tecidos do trato respiratório testadas e provenientes de aves infectadas experimentalmente, 32 foram positivas pela técnica de IC-RT-PCR e também pela RT-PCR convencional, enquanto que o isolamento viral foi obtido para 22 dessas amostras. A análise do produto amplificado do gene 81 na IC-RT-PCR através da técnica de RFLP (restriction fragment length polymorphism), com as enzimas Alul e Mboll, permitiu a diferenciação das 5 estirpes de referências e dos 6 isolados de campo analisados em 4 diferentes genótipos, correspondentes às estirpes de referência M41, Connecticut, ou 8E-17, ou a um isolado de campo. Portanto, a técnica de IC¬RT -PCR demonstrou um grande potencial para ser aplicada no diagnóstico direto do VBI, apresentando vantagens sobre a técnica convencional de RT-PCR, as quais foram derivadas da combinação da especificidade da imunocaptura em fase sólida com a sensibilidade da reação de PCR, o que pode proporcionar ganho de tempo e menor custo para a manipulação de um maior número de amostras.
Abstract: In this study, the immunocapture procedure followed by reverse transcription and polymerase chain reaction (IC-RT-PCR) technique was standardized and applied for the amplification of 5'- proximal pari of 81 gene of infectious bronchitis virus (IBV) in infected f1uid or tissue samples, which were collected from embryonating chicken eggs or experimentally infected birds. The results of this technique were compared with those obtained in conventional RT-PCR. Ali eleven IBV strains tested were amplified, while none of the heterologous avian viral pathogens (Groups A and B Avian Pneumovirus, Newcastle Disease Virus and Gumboro Disease Vírus) gave positive results. The limit of detection for IC-RT¬PCR was identical to the common RT-PCR and corresponded to 102.8 50% embryonic infectious doses. Thirty two out of thirty five respiratory tissue samples collected from experimentally infected chickens were positive by both molecular techniques (IC-RT-PCR I common RT-PCR), whereas the vírus isolation test detected IBV in twenty two of these samples. The AluL and Mobll RFLP analysis of the 228 bp amplicon generated from IC-RT-PCR led to the discrimination of the 5 reference strains and 6 field IBV isolates in four genotypes; which were associated to the M41, to Connecticut, ar to 8E-17 strain, or to a field isolate. Therefore, the IC-RT-PCR demonstrated in this study a high potential for the application in the direct diagnosis of IBV and has relevant advantages over the conventional RT¬PCR, because it combines the specificity of the immunocapture in a solid phase with the sensitivity of the PCR, providing simplicity, rapidity and low cost for the manipulation of a high number of samples.
Mestre
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Trevisani, Natascha. "Genotipagem de isolados de Toxoplasma gondii obtidos de Gallus gallus naturalmente infectados no estado de Santa Catarina." Universidade do Estado de Santa Catarina, 2013. http://tede.udesc.br/handle/handle/878.
Full textAbstract:
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Previous issue date: 2013-02-21Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior
Toxoplasmosis is a widely-distributed zoonosis that can infect warm-blooded animals, including birds and humans. Chickens, as well as other birds, can be considered indicators of environmental contamination. Toxoplasma gondii has a distinct clonal populational structure of three lineages (I, II and III) with high recombination, resulting in wide genotypic diversity in Brazil. Recent studies have demonstrated the importance of T. gondii genotyping regard the relationship between genotypes and distinct clinical signs in hosts. This study aimed to isolate and characterize T. gondii isolates from chickens (Gallus gallus) naturally infected in the state of Santa Catarina. Serum samples from 133 fowls raised in free-range conditions were analyzed by Immunofluorescence Assay (IFA ≥ 1:16) to detect IgG antibodies to T. gondii. Brain and heart tissues from 30 seropositives (IFA) chickens were used to isolate the parasite (bioassay in mice). The isolates were subjected to genotypic characterization by PCR-RFLP using 12 genetic markers (SAG1, 5 -3 SAG2, alt.SAG2, SAG3, BTUB, GRA6, c22-8, c29-2, L358, PK1, Apico and CS3). The results were classified according to the genotypes present in ToxoDB (http://toxodb.org/toxo/). Among 133 chicken serum samples analyzed, 84 (63.16%) were positive, with antibody titers ranging from 1:16 to 1:1024. Eleven isolates were obtained in the assay (Ck 3, Ck 32, Ck 35, Ck 56, Ck 63, Ck 89, Ck 102, Ck 103, Ck 125, Ck 127 and Ck 128). Genotyping revealed six genotypes, three of them were classified as #26, #53 and #120 and three were not previously described, denominated NEO 1, NEO 2 e NEO 3. In two isolates it was not possible to amplify all markers, but the 18S rRNA PCR-RFLP was performed for differentiation of other apicomplexans (Neospora spp. and Sarcocystis spp.) and it was confirmed as T. gondii. The present study confirms the high genetic diversity of the parasite observed in Brazil and this is the first mapping of genotypes obtained from naturally infected chickens in the state of Santa Catarina
A toxoplasmose é uma zoonose de ampla distribuição geográfica, que acomete animais homeotérmicos, incluindo as aves e o ser humano. Galinhas, assim como outras aves, são consideradas indicadoras de contaminação ambiental. Toxoplasma gondii possui uma estrutura populacional altamente clonal, constituída por três linhagens, designadas I, II e III com alta frequência de recombinação, o que resulta na grande diversidade genotípica observada no Brasil. Estudos recentes têm demonstrado a importância da genotipagem dos isolados de T. gondii considerando a relação de diferentes genótipos com as distintas patologias observadas nos hospedeiros. A realização do presente trabalho teve como objetivo isolar e caracterizar genotipicamente T. gondii de galinhas (Gallus gallus) naturalmente infectadas do estado de Santa Catarina. Soros de 133 aves criadas extensivamente foram analisados pela Reação de Imunofluorescência Indireta (RIFI ≥1:16) para detecção de anticorpos IgG contra T. gondii. Para o isolamento do parasito (bioensaio em camundongos) foram utilizados coração e cérebro de 30 aves soropositivas na RIFI. Os isolados obtidos foram submetidos à caracterização genotípica por meio da PCR-RFLP utilizando 12 marcadores genéticos (SAG1, 5 -3 SAG2, alt.SAG2, SAG3, BTUB, GRA6, c22-8, c29-2, L358, PK1, Apico e CS3). Os resultados obtidos foram classificados de acordo com os genótipos presentes no ToxoDB (http://toxodb.org/toxo/). Das 133 amostras de soros de galinhas analisadas, 84 (63,16%) foram positivas, com títulos de anticorpos variando de 1:16 a 1:1024. No bioensaio foram obtidos 11 isolados (Ck 3, Ck 32, Ck 35, Ck 56, Ck 63, Ck 89, Ck 102, Ck 103, Ck 125, Ck 127 e Ck 128). Pela análise genotípica revelou-se a presença de seis genótipos, três dos quais classificados como #26, #53 e #120 e três não descritos anteriormente, denominados NEO 1, NEO 2 e NEO 3. Em dois isolados não foi possível amplificar todos os marcadores, entretanto foi realizada a 18S rDNA PCR-RFLP, para diferenciar de outros apicomplexas (Neospora spp. e Sarcocystis spp.), e que confirmou estes como T. gondii. O presente trabalho ratifica a ampla diversidade genética do parasito verificada no Brasil sendo este o primeiro mapeamento dos genótipos do protozoário, a partir de galinhas naturalmente infectadas, que ocorrem no estado de Santa Catarina
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Moreira, Abdiel Aparecido. ""Pesquisa de sítios de restrição enzimática em segmento da ORF K1 do genoma de herpesvírus humano tipo 8 (HHV-8) em isolados clínicos de São Paulo: relação com subtipos virais e implantação da técnica de RFLP (Restriction Fragment Length Polymorphism Analyses) para determinar subtipos virais"." Universidade de São Paulo, 2003. http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/9/9136/tde-01102004-164856/.
Full textAbstract:
A epidemia da Síndrome de Imunodeficiência Adquirida (AIDS) fez aumentar a incidência de sarcoma de Kaposi (SK) em todos os países e o SK passou a ser considerado doença definidora de AIDS. Desde a descoberta de seu agente etiológico, o herpesvírus humano tipo 8 (HHV-8), vários estudos vêm sendo realizados com o objetivo de caracterizar subtipos virais presentes em todas as formas de SK: clássica, endêmica, iatrogênica e epidêmica. Os sistemas rotineiramente usados na subtipagem do HHV-8 têm usado o seqüenciamento de um gene que contém regiões hipervariáveis e que codifica uma glicoproteína de membrana viral (ORF K1). O presente trabalho apresenta um sistema de subtipagem alternativo que se baseia na presença de sítios de restrição enzimática em um pequeno segmento do gene ORF K1, região hipervariável 1 (VR1) e que permite discriminar subtipos virais. A análise de 68 seqüências; 50 que pertenciam a 36 pacientes com sarcoma de Kaposi infectados e não infectados pelo HIV-1 de São Paulo e 18 a protótipos dos subtipos A a E, mostraram mapas de restrição enzimática característicos dos principais subtipos virais descritos até o momento. Tomando como base apenas as enzimas disponíveis comercialmente, foram selecionadas cinco que se mostraram úteis para a subtipagem de HHV-8: Taq I, Nsi I, Hinf I, Hae III e Mse I. Os resultados obtidos com a técnica de PCR-RFLP (reação em cadeia de polimerase associada à análise do polimorfismo de fragmentos de restrição enzimática) mostraram que de 48 espécimes brasileiros previamente classificados como sendo dos subtipos A, B e C por seqüenciamento gênico, todos foram corretamente subtipados pela técnica de PCR-RFLP. Três amostras (duas do subtipo A e uma do B) apresentaram mais um sítio de restrição enzimática além dos descritos como sendo os predominantes. Mais recentemente, outras 27 amostras de 18 casos de infecção por HHV-8 foram subtipadas pela PCR-RFLP. Houve detecção de oito isolados do subtipo A, sendo seis de variante predominante, um de variante minoritária conhecida e um de nova variante viral. Dois casos de infecção por HHV-8 do subtipo B e sete do subtipo C também foram identificados. Finalmente, um provável caso de infecção pelo subtipo E foi encontrado em paciente com SK-AIDS disseminado, resistente à quimioterapia. Na avaliação global, houve maior número de casos de infecção por HHV-8 dos subtipos A e C. Concluindo, devido à alta sensibilidade e especificidade, baixo custo, rapidez e facilidade de execução, a técnica de PCR-RFLP pode ser usada em larga escala para estudos de epidemiologia molecular, principalmente em países em desenvolvimento.AIDS epidemic has increased the incidence rates of Kaposi s sarcoma (KS) in all countries, and KS has been considered an AIDS-defining illness. Since the discovery of the human herpesvirus 8 (HHV-8), the etiological agent of KS, several studies have been conducted in order to characterize HHV-8 in all forms of KS: classic, endemic, iatrogenic, and epidemic. The HHV-8 genome presents a hypervariable region termed ORF K1 useful for virus subtyping. The objectives of the present study were to describe an alternative method for subtyping HHV-8, to compare this new method with DNA sequencing, and to use this method for HHV-8 subtyping. After cloning and sequencing a segment of the ORF K1 (VR1) in 50 HHV-8/DNA isolates from 36 Brazilian KS-AIDS patients, we searched for restriction enzymatic sites in this segment of DNA, and compared them with 18 sequences reported in the literature. Then we constructed the enzymatic restriction maps useful for discriminating all HHV-8 subtypes described up to now, and standardized a PCR-RFLP (restriction fragment length polymorphism analysis) using five commercial enzymes: Taq I, Nsi I, Hinf I, Hae III e Mse I. After comparing the results obtained by the two methods, we used PCR-RFLP for HHV-8 subtyping in 27 new HHV-8/DNA isolates. The results obtained by DNA sequencing and PCR-RFLP showed 100% of concordance, and allowed the use of PCR-RFLP for HHV-8 subtyping. Indeed, we disclosed that among KS-AIDS patients from São Paulo, subtypes A and C are more prevalent than subtype B. Although additional restriction sites were detected in some Brazilian HHV-8 isolates, the majority of them belonged to the predominant strains described in the literature. Interestingly, one probable case of HHV-8 subtype E was detected in a patient who presented disseminated KS and resistance to chemotherapy. Because of its high sensitivity, specificity, low cost, and rapid execution, PCR-RFLP could be used on a large scale, mostly in countries with poor resources and where KS is endemic.
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Contieri, Marcelo Bittencourt. "Estudo comparativo entre os métodos genético e morfológico para a identificação entre espécies, utilizando o tecido ósseo como matéria." Universidade de São Paulo, 2006. http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/10/10133/tde-26012007-142544/.
Full textAbstract:
Na medicina legal a identificação de produtos de origem animal vem atingindo grande importância. A grande maioria das amostras encontradas na cena do crime são fragmentos de tecido não facilmente degradável, entre estes o tecido ósseo. Por ter sua estrutura composta por uma matriz mineral o osso preserva sua característica morfológica e material genético viável. Os objetivos do presente trabalho foram: caracterizar morfologicamente o tecido íntegro, agregando assim mais informações a respeito da espécie animal, e verificar se os dados da literatura quanto à identificação genética são confiáveis e passíveis de reprodução. Para isso foram utilizados 10 fêmures de espécies diferentes. Este material foi descarnado e teve suas características morfológicas avaliadas. Após realizar a diferenciação macroscópica, o material foi serrado em sua porção diafisária, de onde retiramos um fragmento para avaliação histológica e outro para estudo do material genético. Os métodos de avaliação histológica foram baseados na morfologia do sistema harvesiano, na disposição destes na superfície de corte, conformação do canal de Havers e nas características dos osteócitos. As características morfométricas foram baseadas apenas na área do canal haversiano e no diâmetro do Sistema Harvesiano (osteon). A avaliação genética teve como objeto de estudo o citocromo B, localizado no DNA mitocondrial, que é encontrado em maior quantidade que o DNA nuclear, além de possuir herança materna que lhe confere grande especificidade quanto à espécie animal. Utilizando um par de primers que seleciona uma porção de 358 pares de bases e três enzimas de restrição, HinfI, AluI e Hae III, foi possível identificar geneticamente as 10 espécies estudadas. Este estudo revelou que a metodologia de identificação animal por morfologia macroscópica, microscópica e genética podem ser reproduzidas e são de grande importância dentro da medicina legal. Entretanto, o método genético mostrou-se mais eficiente e confiável quando dispomos de fragmentos ósseos muito reduzidos.In Legal Medicine, the identification of products from animals has been reaching a great importance. The great majority of samples that have been founded in a crime scene are pieces of tissues that are not easily destroyed, between them, the bone tissue. Because of their structure, composed by a mineral matrix, bone preserves morphologic characteristics and viable genetic materials. The objective of the present work had been: to characterize morphologically the complete tissue, thus adding more information regarding the animal species and the verification concerning the information in literature about the genetic identification, if they are trustworthy and available to reproduction. For this 10 femur of different species had been used. This material was picked the flesh off and its morphologic characteristics had been evaluated. After to carry through the macrocospic differentiation, the material was sawed in its diafisary portion, where we remove a piece for histologic evaluation and another one for genetic material study. The methods of histologic evaluation had been based on the morphology of the harvesian system, in the disposal of these in the cut surface, conformation of the Havers canal and in the characteristics of the osteocitos. The morphometric characteristics had been based only on the area of the haversiano canal and on the diameter of the Harvesiano System (osteon). The genetic evaluation had as study object the citocromo B, located in the mitochondrial DNA, which is better founded than the nuclear DNA, besides possessing mother inheritance that confers a great especify about animal specie. Using a pair of primers that selects a portion of 358 pairs of bases and three enzymes of restriction, HinfI, AluI and Hae III, it was possible to identify genetically the 10 studied species. This study disclosed that the methodology of animal identification for macrocospic, microscopical and genetic morphology can be reproduced and it has a great importance inside of the medical jurisprudence. However, the genetic method revealed more efficient and trustworthy when the work involves the use of very reduced bone pieces
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Frota, Maria Zeli Moreira, and 92-98231-9393. "Avaliação de métodos de extração de DNA e de identificação de dermatófitos por análise de PCR-RFLP." Universidade Federal do Amazonas, 2011. http://tede.ufam.edu.br/handle/tede/5883.
Full textAbstract:
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Dermatophytes comprise a group of filamentous fungi of great interest on public health because of their ability to parasitize keratinized tissues, such as skin, hair and nails, and for their wide distribution in the world. As a consequence of this parasitism, an infectious process of dermatophytosis is established, from which a variety of clinical manifestations can occur, affecting people of both genders and all age groups. Laboratory methods for mycological diagnosis do not always allow a clear an especific definition of the agent. In this study, different strategies for extraction of DNA, and molecular typing by PCR-RFLP, of seven dermatophyte species were assessed. Two target regions: ITS/rDNA and the topoisomerase II gene were evaluated, by testing three PCR protocols and three restriction enzymes (DdeI, HinfI, HaeIII). For the DNA extraction, the glass bead shaking technique for cell lysis, followed by Gustincich (1991) based mehod for DNA separation, demonstrated more advantages. Our results has demonstrated that the topoisomerase II gene is a suitable target region for identification of the seven major pathogenic dermatophyte fungal species, reinforcing previous studies, and pointed to a new PCR-RFLP protocol, which is based on a PCR of this gene using dPsD2 primer, followed by digestion of PCR products with HaeIII restriction enzyme.
Os dermatófitos compreendem um grupo de fungos filamentosos de grande interesse na área da saúde, devido à sua capacidade de parasitar os tecidos queratinizados, como a pele, pêlos e unhas, e à sua ampla distribuição no mundo. Como conseqüência desse parasitismo instala-se um processo infeccioso de dermatofitose, a partir do qual pode ocorrer uma diversidade de manifestações clínicas, acometendo pessoas de ambos os gêneros e de todos os grupos etários. Os métodos laboratoriais para o diagnóstico micológico nem sempre permitem uma clara definição do agente em nível de espécie. No presente estudo foram analisadas diferentes estratégias para a extração de DNA e para a identificação molecular por PCR-RFLP das principais espécies de dermatófitos. Duas regiões alvo, a região ITS/DNAr e o gene da topoisomerase II foram analisadas, testando-se três protocolos de PCR e três enzimas de restrição (DdeI, HinfI, HaeIII). Na extração do DNA, o método de lise utilizando pérolas de vidro e a separação do DNA com base no método de Gustincich (1991) demonstrou importantes vantagens. Nossos resultados demonstraram que o gene da topoisomerase II é uma região alvo adequada para identificação das sete principais espécies de fungos dermatófitos patogênicos, reforçando estudos anteriores, e apontaram para um novo protocolo de RFLP-PCR, que se baseia em uma PCR desse gene utilizando o primer dPsD2, seguido da digestão dos produtos obtidos com a enzima de restrição HaeIII.
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Paulino, Rosangela Clara. "Detecção molecular de Giardia sp em amostras fecais e água : extração de DNA genomico, PCR e RFLP /." oai:ufpr.br:234179, 2005. http://200.17.209.5:8000/cgi-bin/gw_42_13/chameleon.42.13a?host=localhost%201111%20DEFAULT&sessionid=VTLS&function=CARDSCR&search=KEYWORD&pos=1&u1=12101&t1=234179.
Full textAbstract:
Orientadora : Vanete Thomaz SoccolTese (doutorado) - Universidade Federal do Paraná, Setor de Tecnologia, Programa de Pós-Graduaçao em Processos Biotecnológicos. Defesa: Curitiba, 2005
Inclui bibliografia
Área de concentração: Saude humana e animal
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May, Duncan Robert. "Population genetics of Penaeus vannamei on the West Coast of Mexico." Thesis, Bangor University, 2000. http://ethos.bl.uk/OrderDetails.do?uin=uk.bl.ethos.312405.
Full text
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FREITAS, L. B. "Caracterização Molecular de Papilomavírus Humano (HPV) e Vírus Adeno-Associado (AAV) em Lesões Intraepiteliais de Colo Uterino: Um Estudo de Seguimento." Universidade Federal do Espírito Santo, 2014. http://repositorio.ufes.br/handle/10/4597.
Full textAbstract:
Made available in DSpace on 2016-08-29T15:35:05Z (GMT). No. of bitstreams: 1
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Previous issue date: 2014-06-04O câncer de colo uterino (CCU), cujo agente etiológico é o papilomavírus humano (HPV), é um dos tipos de câncer mais frequentes em mulheres em todo o mundo, não só em incidência como também em mortalidade. Alguns genótipos de HPV, denominados de alto risco (HR-HPV), e suas variantes gênicas, estão mais associados à indução de lesões malignas, sendo HPV16 e 18 os mais frequentes. Algumas infecções do trato genital podem atuar como cofatores da progressão carcinogênica do CCU, porém a infecção por vírus adeno-associado (AAV) parece estar inversamente relacionada, o que pode refletir em um papel protetor no desenvolvimento do CCU induzido pelo HPV. Portanto, este estudo objetivou investigar o papel da infecção mista AAV-HPV e das variantes oncogênicas de HPV na progressão das lesões intraepiteliais de colo de útero e acompanhar a eliminação /persistência viral em relação à progressão / regressão das lesões cervicouterinas. Exames citológicos foram realizados em amostras de espécime cervical, coletadas em dois momentos, de mulheres atendidas no Hospital Universitário Cassiano Antonio Moraes HUCAM e seguiram para tratamento conforme preconizado. DNA foi extraído pelo kit comercial QIAamp® DNA Mini Kit, seguindo instruções do fabricante. DNA de AAV foi investigado por PCR e nPCR e, de HPV, por PCR e Captura Híbrida® (CH). Genotipagem de AAV e HPV foram realizadas por RFLP e RLB, respectivamente. Dos casos encaminhados ao ambulatório de colposcopia, 57,3% tiveram citologia normal, 23,1% lesões de baixo grau e 19,6% lesões de alto grau. Dos casos com citologia normal, 78% permaneceram normais, enquanto 22% progrediram à lesão; dos casos com lesão de baixo grau, 74% regrediram para citologia normal, enquanto 78,6% dos casos com lesão de alto grau apresentaram lesão de baixo grau ou citologia normal na segunda coleta. Foram positivas para HPV, 56% e 36,5% das amostras da primeira e segunda coletas, respectivamente. Foi observada boa correlação (kappa= 0,66) entre os testes de PCR e CH para detecção de HPV. Os HR-HPV foram detectados em mais de 90% das amostras de ambas as coletas, sendo os mais frequentes os HPV16, 58, 51, 52 e 53. Variante não-europeia esteve associada ao desenvolvimento de lesão cervical de alto grau, enquanto a presença de AAV foi inversamente relacionada à progressão da lesão cervical induzida por HPV.
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Šerý, Filip. "Sledování vlivu použité komerční kultury kvasinek na kvasný proces výroby vína." Master's thesis, Vysoké učení technické v Brně. Fakulta chemická, 2013. http://www.nusl.cz/ntk/nusl-216920.
Full textAbstract:
This diploma thesis focuses on isolation and taxonomic classification of yeast species isolated during the red wine (Pinot noir) fermentation. Grapes were grown under organic and integrated farming in South Moravia wine region, Czech Republic. Processing was controlled – for inoculation was used strain Saccharomyces cerevisiae BS6. Polymerase chain reaction followed by restriction fragment lenght polymorphism of PCR-amplified fragments (PCR-RFLP) was used for yeast species identification. For DNA analysis we used coding region of 5.8S ITS rDNA which was amplified using ITS1-ITS4 primers. Amplicon was digested by three restriction endonucleases - HaeIII, HinfI and HhaI. Isolates were divided into eleven groups using UPGMA cluster analysis (software BioNumerics). We identified following yeast species: Candida valida, Candida vini, Issatchenkia occidentalis, Pichia fermentans, Saccharomyces cerevisiae and Zygosaccharomyces bailii. We were not able to identify some yeast species. Differences between organic and integrated farming were demonstrated with varying composition of yeast species.
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Markowska, Agnieszka Magdalena. "Polimorfizm genu białka prionowego owiec w kodonach: 127, 141, 151, 171 i 198." Rozprawa doktorska, [Nakł.aut.], 2013. http://dlibra.utp.edu.pl/Content/561.
Full textAbstract:
Celem pracy było zbadanie polimorfizmu genu PRNP w kodonach: 127, 141, 151, 171 i 189 owiec (n=424) pochodzących z Polski, Słowacji i Włoch. Oszacowano frekwencje alleli i genotypów oraz porównano badane populacje owiec pod względem zmienności w tym zakresie
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Cabral, Cynthia Hatsue Kitayama. "Determina??o de hapl?tipos do gene ?s em portadores de anemia falciforme." Universidade Federal do Rio Grande do Norte, 2010. http://repositorio.ufrn.br:8080/jspui/handle/123456789/18543.
Full textAbstract:
Made available in DSpace on 2015-03-03T14:03:52Z (GMT). No. of bitstreams: 1
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Previous issue date: 2010-05-11Conselho Nacional de Desenvolvimento Cient?fico e Tecnol?gico
Haplotypes linked to the ?S gene represent patterns of DNA polymorphisms along chromosome 11 of individuals bearing the ?S gene. Analysis of haplotypes, in addition to serving as an important source for anthropological studies about the ethnic origin of a population, contributes to a better understanding of the variations in clinical severity of sickle cell anemia. The aim of the present study was to determine ?S gene haplotypes in a group of patients with sickle cell anemia treated at the Dalton Barbosa Cunha Hematology Center (Hemonorte) in Natal, Brazil and the Oncology and Hematology Center in Mossor?, Brazil. Blood samples were obtained from 53 non-related patients (27 males and 26 females), aged between 3 months and 61 years (mean age: 16.9 ? 12.1 years). Laboratory analyses consisted of the following: erythrogram, reticulocyte count, hemoglobin electrophoresis at alkaline pH, measurement of hemoglobin A2 and Fetal hemoglobin, solubility test and molecular analysis to determine ?S gene haplotypes. DNA samples were extracted by illustra blood genomicPrep Mini Spin kit and ?S gene haplotypes were determined by PCR-RFLP, using Xmn I, Hind III, Hinc II and Hinf I restriction enzymes for analysis of six polymorphic restriction sites in the beta cluster. Of 106 ?S chromosomes studied, 75.5% were Central African Republic (CAR) haplotype, 11.3% Benin (BEN) and 6.6% Cameroon (CAM). The atypical haplotypes had a frequency of 6.6%. More than half the patients (58.5%) were identified as CAR/CAR genotype carriers, 16.9% heterozygous CAR/BEN, 13.2% CAR/CAM and 1.9% BEN/BEN. Patients with atypical haplotype in one or two chromosomes accounted for 9.5% (CAR/Atp, BEN/Atp and Atp/Atp). The genotype groups showed no statistically significant difference (p < 0.05) in their laboratory parameters. This is the first study related to ?S haplotypes conducted in state of Rio Grande do Norte and the higher frequency of Cameroon halotype found, compared to other Brazilian states, suggests the existence of a peculiarity of African origin
Os hapl?tipos do gene ?s representam padr?es de polimorfismos do DNA ao longo do cromossomo 11 de indiv?duos portadores do gene ?s. A an?lise dos hapl?tipos, al?m de servir como uma fonte importante para estudos antropol?gicos acerca da origem ?tnica de uma popula??o, colabora para uma melhor compreens?o da varia??o de gravidade cl?nica da anemia falciforme. O presente estudo teve como objetivo determinar os hapl?tipos do gene ?s em um grupo de pacientes portadores de anemia falciforme atendidos no Ambulat?rio de Hematologia do Hemocentro Dalton Barbosa Cunha (Hemonorte) - Natal/RN e no Centro de Oncologia e Hematologia de Mossor?/RN. Foram obtidas amostras sang??neas de 53 pacientes n?o aparentados (27 do sexo masculino e 26 do sexo feminino), com idade variando entre 3 meses e 61 anos (m?dia de idade: 16,9 ? 12,1 anos). As an?lises laboratoriais consistiram em: eritrograma, contagem de reticul?citos, eletroforese de hemoglobina em pH alcalino, dosagem de hemoglobinas A2 e Fetal, teste de solubilidade e an?lise molecular para determin??o dos hapl?tipos ?s. O DNA foi extra?do pelo kit illustra blood genomicPrep Mini Spin e a determina??o dos hapl?tipos do gene S foi realizada por PCR-RFLP, utilizando as endonucleases de restri??o Xmn I, Hind III, Hinc II e Hinf I para an?lise de 6 s?tios polim?rficos do cluster ?. Os resultados observados mostraram, em rela??o ao n?mero de cromossomos, o predom?nio do hapl?tipo CAR (75,5%), frente aos hapl?tipos Benin (11,3%), e Camar?es (6,6%). Os hapl?tipos at?picos tiveram freq??ncia de 6,6%. Com rela??o aos gen?tipos, mais da metade dos pacientes (58,5%) foram identificados como portadores do gen?tipo CAR/CAR. O segundo mais freq?ente foi o CAR/BEN (16,9%), seguido de CAR/CAM (13,2%) e BEN/BEN (1,9%). Os pacientes com hapl?tipo at?pico em um ou nos dois cromossomos representaram 9,5% (CAR/Atp, BEN/Atp e Atp/Atp). N?o houve diferen?a estatisticamente significativa das m?dias dos par?metros laboratoriais entre os diferentes grupos de gen?tipos comparados. O presente trabalho ? o primeiro estudo relacionado aos hapl?tipos ?s realizado no estado do Rio Grande do Norte e o encontro de uma maior freq??ncia do hapl?tipo Camar?es, em rela??o a outros estados do Brasil, sugere a exist?ncia de uma peculiaridade da origem africana no estado
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Masoudi, Mehrnoush. "Identification of variants within the coding region and 5'-flanking region of the k-casein encoding gene in Holsteins using PCR-RFLP and PCR-SSCP analyses." Thesis, McGill University, 1996. http://digitool.Library.McGill.CA:80/R/?func=dbin-jump-full&object_id=23409.
Full textAbstract:
Single-strand conformation polymorphism analysis (SSCP) and restriction fragment length polymorphism analysis (RFLP) were used to determine the genotype of Holsteins at the $ kappa$-casein ($ kappa$-CN) locus. A 432-bp fragment within exon IV containing nucleotide substitutions diagnostic of the A- and B-variants of $ kappa$-CN was amplified using the polymerase chain reaction (PCR). The sires from the earliest years of the AI industry had a significantly higher (p $<$ 0.01) frequency of allele than sires in modern usage. These data indicate that selection or milk production parameters may discriminate against the B-allele. SSCP analysis was also used for detecting polymorphisms within the regulatory region of $ kappa$-CN gene. A 640-bp fragment within the 5$ sp prime$-flanking region of bovine $ kappa$-CN gene which contained the TATA box, CAAT box, and exon I was amplified using PCR. The SSCP analysis of this fragment revealed no variation, possibly due to the lower detection efficiency of SSCP with large fragment size. Nested primers were, therefore, designed to amplify fragments of 234- and 486-bp. Polymorphism was detected only in the 486-bp fragment and the two variants were designated M$ sb1$ and M$ sb2.$ The allelic frequencies of M$ sb1$ and M$ sb2$ in bulls used by AI industry before 1970 were 0.67 and 0.33, and in bulls used by AI industry after 1980 the frequencies were 0.68 and 0.32, respectively. The frequency of these alleles were not significantly different in Holsteins used by AI industry before 1970 and after 1980. Unlike the apparent change in frequency of the A- and B-variants noted within exon IV, this polymorphism seems to have not responded to selection. However, a higher frequency of M$ sb1$ allele appeared to be associated with B-variant (exon IV) genotypes. The presence of these variants within the regulatory region may possibly be involved in the quantitative expression of $ kappa$-CN gene. (Abstract shortened by UMI.)
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Mohamed, Ahmed Abdel-Rady Mahmoud. "Bestimmung der Wirtstierarten in Blutmahlzeiten von Tsetsefliegen (Diptera: Glossinidae) mittels der Polymerasekettenreaktion und Restriktionsfragment-Längenpolymorphismus- Analyse (PCR-RFLP)." Berlin : Mensch-und-Buch-Verl, 2004. http://www.diss.fu-berlin.de/2004/175/index.html.
Full text
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Schlögl, Paulo Sérgio. "Análise da diversidade genética em regiões não codificadoras de DNAs de cloroplastos em araucaria angustifolia por PCR-RFLP." Florianópolis, SC, 2000. http://repositorio.ufsc.br/xmlui/handle/123456789/79098.
Full textAbstract:
Dissertação (mestrado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro de Ciências Biológicas.Made available in DSpace on 2012-10-17T23:11:38Z (GMT). No. of bitstreams: 0Bitstream added on 2014-09-25T17:02:36Z : No. of bitstreams: 1 170181.pdf: 4522961 bytes, checksum: 7850488cbaae2f803b9149bd8813629b (MD5)
Caracteriza a variabilidade genética em regiões não codificadoras dos genomas de cloroplasto de Araucaria angustifolia, em populações naturais do Estado de Santa Catarina, utilizando a reação de PCR seguida por RFLP. Estuda como é distribuida a diversidade nas populações da espécie, com o objetivo de fornecer dados úteis para uso em estratégias de conservação e melhoramento genético.
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Corcelle, Benjamin. "Mise au point et évaluation d'un test pour le diagnostic des hémoglobinoses S et C par PCR-RFLP." Nantes, 2001. http://www.theses.fr/2001NANT012P.
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Paiva, Samuel Rezende. "Caracterização da diversidade genética de ovinos no Brasil com quatro técnicas moleculares." Universidade Federal de Viçosa, 2005. http://www.locus.ufv.br/handle/123456789/10554.
Full textAbstract:
Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2017-06-06T11:18:38Z
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texto completo.pdf: 909512 bytes, checksum: 95d360795ba1a42ae10b3949c99caca0 (MD5)Made available in DSpace on 2017-06-06T11:18:38Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 909512 bytes, checksum: 95d360795ba1a42ae10b3949c99caca0 (MD5) Previous issue date: 2005-12-14
Fundação de Amparo a Pesquisa do Estado de Minas Gerais
Os ovinos foram introduzidos no Brasil principalmente pelos portugueses e espanhóis durante o processo de colonização. Por motivos sócio-culturais, a criação desses animais foi considerada no Brasil uma atividade de categoria inferior, de modo que foram criados somente para subsistência. Esse descaso fez com que os produtos derivados de ovinos (lã, carne, pele) perdessem competitividade frente aos produtores de outros países. Para que ocorra uma mudança desse cenário, é necessária uma profunda modificação logística de todas as classes envolvidas na produção de ovinos, visto que os ovinos representam, principalmente nas regiões Sul e Nordeste, uma fonte de recursos importante do ponto de vista social, cultural e histórico. O objetivo desse trabalho foi realizar um conjunto de técnicas moleculares que permitam a caracterização genética das principais raças e/ou estoques de ovinos naturalizados do Brasil de modo a.oferecer subsídios para a elaboração de programas estratégicos de conservação e melhoramento desta espécie. Foram utilizadas quatro classes de marcadores moleculares (RAPD, microssatélites, sequenciamento do DNA mitocondrial e do cromossomo Y) em até 11 raças de ovinos naturalizadas e comerciais existentes no Brasil. Os resultados permitiram identificar padrões de estruturação genética existentes nessa espécie no Brasil, bem como demonstraram a viabilidade de aplicação de marcadores moleculares para: 1) monitoramento genético de rebanhos; 2) testes de exclusão de paternidade para controle de pedigrees; 3) origem geográfica de raças ou populações; 4) inferências filogenéticas intra- específicas.
In Brazil, sheep breeds were introduced during the colonization process by Spanish and Portuguese settlers. Social and cultural factors determined that sheep rearing was considered a low-status activity, and therefore, sheep were raised only to meet subsistence goals. The outcome of this is that products derived from sheep such as wool, meat and hides are non competitive in the international market. A change of this scenario requires a profound logistic alteration involving all sheep production-related groups, particularly in the northern and southern regions in the country, where sheep are of high cultural, social and historical relevance. The objective of this work was to characterize the main naturalized Brazilian sheep breeds using molecular markers. Our results will be a baseline for the development of management and conservation programs. Four kinds of molecular markers were used (RAPD, microsatellites, and sequences of mtDNA and Y chromosome) and were applied on 11 breeds of naturalized and commercial breeds. Results identified the genetic structure of the species in the Country and demonstrated the efficiency of molecular markers for 1) herd genetic monitoring, 2) paternity (exclusion) analyses, 3) for determining the geographic origin of breeds and populations, and 4) for investigating within-species phylogenies.
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Sadel, Peter. "Identifikace kvasinek z interspecifické odrůdy vinné révy." Master's thesis, Vysoké učení technické v Brně. Fakulta chemická, 2016. http://www.nusl.cz/ntk/nusl-240551.
Full textAbstract:
The main goal of my diploma thesis was to identify and characterize yeasts from must Hibernal and also collection yeasts by using methods called RFLP-PCR (Restriction Fragment Length Polymorphism - Polymerase Chain Reaction). Theory was the first part of my diploma thesis which dealt with wine, yeasts and molecular methods. Theory section was followed by experimental section divided into two parts. The main goal of the first part was to characterize and identify yeasts from must Hibernal by using PCR and RFLP-PCR methods. In the samples there were found yeasts Saccharomyces and Pichia. The second experimental part of my diploma thesis had a goal to extend the database of new yeasts using the same methods mentioned in the first part of experimental section.
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Arnaldo, Marcela. "Relações entre fluxos de óxido nitroso (N2O) com umidade e genes associados à desnitrificação em floresta e sistemas agrícolas." Universidade de São Paulo, 2014. http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/64/64133/tde-05112014-152017/.
Full textAbstract:
O óxido nitroso (N2O) é um importante gás de efeito estufa (GEE) e, nos ecossistemas terrestres, é produzido principalmente pelo processo de desnitrificação. Esse ocorre em condições anaeróbias e, portanto, é fortemente estimulado pelo aumento do teor de umidade do solo. Entretanto, solos sob diferentes usos podem exibir taxas de emissão de N2O distintas, mesmo quando apresentam teores de umidade equivalentes. Ainda não está claro se isso se deve somente ao fato de os mesmos diferirem quanto a atributos físicos e químicos capazes de afetar a atividade dos organismos desnitrificantes ou se também se deve à diferenças com relação ao tamanho de suas populações. O presente trabalho foi desenvolvido com o objetivo de compreender as relações entre os fluxos de N2O, a umidade e a abundância de genes bacterianos envolvidos no processo de desnitrificação (nirK, norB e nosZ) em solos de floresta, pastagem e cultivo de cana-de-açúcar, utilizando um experimento de microcosmos. Amostras de solo foram coletadas na fazenda Capuava, situada no município de Piracicaba, SP. Os microcosmos estabelecidos a partir das mesmas foram mantidos com diferentes teores de umidade (original e ajustados para atingir 60% e 90% da capacidade de campo) e incubados a 30 °C por 30 dias. Ao longo do período de incubação, os fluxos de N2O a partir desses solos foram analisados por cromatografia gasosa. Amostras coletadas do interior dos microcosmos, antes e depois da aplicação dos tratamentos, foram comparadas quanto à estrutura de suas comunidades bacterianas, utilizando a técnica de T-RFLP, e quanto à abundância dos genes 16S rRNA, nirK, norB e nosZ, através da técnica de qPCR. Somente os solos que tiveram sua umidade ajustada para 90% da capacidade de campo exibiram incrementos significativos na produção de N2O. Em tais amostras, também foi verificada a alteração da estrutura das comunidades bacterianas e do número de cópias dos genes norB e nosZ. Apenas este último, no entanto, apresentou uma correlação positiva com a umidade do solo. A abundância dos genes avaliados não apresentou correlações significativas com as taxas de emissão do GEE. Por outro lado, as emissões cumulativas de N2O se correlacionaram positivamente com as quantidades de genes desnitrificantes presentes inicialmente nas amostras de solo. Estes genes se mostraram mais abundantes nas amostras de pastagem e floresta, as quais apresentavam maiores teores de matéria orgânica, carbono, nitrogênio, nitrato e argila do que aquelas provenientes da área cultivada com cana-de-açúcar. Tais resultados demonstram que o conteúdo de água do solo afeta a taxa de emissão de N2O, mas que isso não se deve a alterações na abundância das bactérias envolvidas no processo, como as que carregam os genes nirK, norB e nosZ. Aparentemente, no entanto, quantidade de GEE que o solo é capaz de produzir está relacionada ao tamanho das populações desses organismos desnitrificantes.Nitrous oxide (N2O) is an important greenhouse gas (GHG) and, in terrestrial ecosystems, it is mainly produced by denitrification. This process occurs under anaerobic conditions and, therefore, is strongly stimulated by the increase of the soil moisture content. However, soils under different uses may exhibit distinct N2O emission rates, even when they have the same moisture content. It is still not clear whether this is due solely to the fact that they differ in relation to physical and chemical properties that affect the activity of denitrifying organisms or whether this is also due to differences in the size of their populations. The aim of this work was to evaluate the relations between N2O fluxes, moisture and abundance of bacterial genes involved in denitrification process (nirK, norB e nosZ) in soil samples from forest, pasture and sugarcane field, through a microcosm experiment. These samples were collected at Fazenda Capuava, located in Piracicaba, SP. Microcosms established from them were maintained with different moisture contents (original and adjusted to achieve 60% and 90% of field capacity) and incubated at 30 °C for 30 days. During the incubation period, the N2O fluxes from soils were analyzed by gas chromatography. Soil samples from microcosms, collected before and after application of the treatments, were compared regarding the structure of their bacterial communities, by using T-RFLP technique, and the abundance of 16S rRNA, nirK, norB and nosZ genes, through qPCR technique. Only samples that had their moisture content adjusted to 90% of field capacity exhibited significant increases in N2O production. In these samples, changes in the structure of bacterial communities and in the copy numbers of norB and nosZ genes were also detected. Only the latter gene, however, showed a positive correlation with soil moisture. The abundance of the quantified genes showed no significant correlations with the gas emission rates. On the other hand, the cumulative N2O emissions were positively correlated with the amounts of denitrifying genes initially present in the samples. These genes were more abundant in pasture and forest soils, which had higher levels of organic matter, carbon, nitrogen, nitrate and clay than those from sugarcane cropping area. These results indicate that soil water content affects the N2O emission rates. However it is not due to changes in the abundance of bacteria involved in the process, such as those that bear the nirK, norB and nosZ genes. Apparently, it is the size of these organisms\' populations that determines the amount of GHG that the soil is able to produce.
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Ayala, Claudia de Oliveira. "Sorologia de antígenos flagelares de amostras de Escherichia coli Enteropatogênicas (EPEC) e E. coli produtoras da Toxina de Shiga (STEC) isoladas de diferentes animais e análise comparativa do gene fliC por PCR-RFLP." Universidade de São Paulo, 2009. http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/42/42132/tde-02022010-100052/.
Full textAbstract:
A espécie Escherichia coli constitui um grupo de bactérias tipicamente não patogênicas e que fazem parte do trato intestinal de humanos e animais. As amostras são sorotipadas com base em seus antígenos de superfície O (somático), H (flagelar) e K (capsular). O antígeno flagelar correspondente ao filamento é formado pela polimerização da flagelina, codificada pelo gene fliC. O presente trabalho empregou a técnica de PCR-RFLP para analisar os padrões de antígenos flagelares de 112 amostras de EPEC e STEC. Quatorze amostras não amplificaram o gene fliC, 17 tiveram seu antígeno flagelar determinado apenas por PCR-RFLP e 75 amostras tiveram seus antígenos flagelares confirmados por esta técnica. Três antígenos H com padrões irregulares foram clonados e sequenciados. Após o sequenciamento, inserções e remoções de nucleotídeos foram encontradas. Até o momento, poucos estudos utilizam um número abrangente de amostras de STEC e EPEC provenientes de diferentes animais para a determinação do antígeno H empregando a técnica de PCR-RFLP do gene fliC. De acordo com os resultados encontrados neste estudo, podemos concluir que a técnica de PCR-RFLP do gene fliC é mais rápida, menos trabalhosa e mais eficiente que a metodologia de sorotipagem clássica.The Escherichia coli species consists of a group of typically non-pathogenic bacteria present in the intestinal tract of humans and animals. Strains are serotyped according to their O (somatic), H (flagellar) and K (capsular) surface antigens, in order to distinguish these microorganisms from the non-pathogenic members of the intestinal microbiota. The flagellar antigen corresponding to the filament is formed by the polymerization of the flagellin, codified by the fliC gene. This study employed the PCR-RFLP technique to analyze flagellar antigen patterns from 112 EPEC and STEC strains. Fourteen strains have not amplified the fliC gene, 17 had their flagellar antigen determined only by the PCR-RFLP and 75 strains had their flagellar antigen confirmed by this technique. Three H antigens with irregular patterns were cloned and sequenced. After sequencing, insertions and deletions of nucleotides were discovered. So far, few studies used a significant number of STEC and EPEC strains originated from different animals to determine H antigens employing the PCR-RFLP technique of the fliC gene. According to the findings of this study, we assumed that PCR-RFLP of the fliC gene is faster, less laborious and more efficient than classic serotyping methodology.
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Beníčková, Romana. "Sledování vlivu použití autochtonní kvasinky při výrobě vína v podmínkách vinařství." Master's thesis, Vysoké učení technické v Brně. Fakulta chemická, 2014. http://www.nusl.cz/ntk/nusl-217061.
Full textAbstract:
This thesis deals with identification of yeasts by applying the RFLP-PCR method. Objective of the thesis was to identify the yeasts present in wine from Grüner Veltliner during fermentation. Identification was made by amplification of 5,8S-ITS sequences of DNA by the polymerase chain reaction with primers ITS1 and ITS4. Amplified DNA was submitted to the restriction analysis by restriction endonuclease HaeIII, HinfI and HhaI. By restriction analysis with a specific enzyme, the amplified DNA is chopped into the specific fragments which are characteristic for given kind of yeasts. In the analysed wine, the dominance of autochthonal yeast Saccharomyces cerevisiae was confirmed throughout fermentation. The other identified yeasts in the wine were of kind Pichia. The second part of the thesis was to expand the database by characterization of 28 type-yeasts, using RFLP-PCR analysis. To compare the genetic similarity, program BioNumerics was used, which processed the results of UPGMA cluster analysis using Jaccard´s coefficients.
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Sanches, Letícia da Cruz [UNESP]. "Caracterização das espécies de leishmania em sangue periférico de cães por PCR-RFLP NA área endêmica de Bauru/SP." Universidade Estadual Paulista (UNESP), 2014. http://hdl.handle.net/11449/128128.
Full textAbstract:
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000849239.pdf: 306516 bytes, checksum: cab162ea96c4456d9e47531798b2c3eb (MD5)Leishmaniasis is a major public health problem in the world. The protozoa of the genus Leishmania has worldwide distribution and epidemiology of the disease depends on the characteristics of the parasites. Leishmaniasis are divided into visceral leishmaniasis and cutaneous. The dog plays a key role in the transmission of L. infantum to humans and in the epidemiology of the disease. Due to the adaptation of Leishmania to new hosts or vectors is important to know the current etiologic agent in dogs. Molecular techniques have been used for the diagnosis of leishmaniosis. The PCR-RFLP detects and distinguishes the different species of the parasite. The objective of this study was to identify the Leishmania species found in 103 samples of peripheral blood of dogs naturally infected with this protozoan, the city of Bauru - SP. For the diagnosis of leishmaniosis was determined by parasitological examination, indirect ELISA and PCR was performed. The determination of Leishmania species the DNA amplified intergenic region ITS1 was digested with the restriction enzyme HaeIII. Positive samples for Leishmania ssp. showed an identical restriction profile of L. amazonensis in 77/103 samples, 17/103 were similar to L. infantum, and 09/103 were mixed profile. In conclusion, we identified L. amazonensis greater number of dogs than L.infantum in Bauru city, SP
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Sanches, Letícia da Cruz. "Caracterização das espécies de leishmania em sangue periférico de cães por PCR-RFLP NA área endêmica de Bauru/SP /." Araçatuba, 2014. http://hdl.handle.net/11449/128128.
Full textAbstract:
Resumo:A leishmaniose representa um dos principais problemas de saúde pública do mundo. O protozoário do gênero Leishmania tem distribuição mundial e a epidemiologia da doença depende das características dos parasitas. As leishmanioses se dividem em leishmaniose visceral e tegumentar. O cão desempenha um papel fundamental na transmissão de L. infantum aos humanos e na epidemiologia da doença. Devido à adaptação da Leishmania a novos vetores ou hospedeiros é importante conhecer o agente etiológico circulante nos cães. As técnicas moleculares têm sido utilizadas para o diagnóstico das leishmanioses. A PCR-RFLP detecta e distingue as diferentes espécies do parasita. O objetivo do presente trabalho foi identificar as espécies de Leishmania encontradas em 103 amostras de sangue periférico de cães naturalmente infectados por esse protozoário, do município de Bauru - SP. Para o diagnóstico da leishmaniose foi realizado o exame parasitológico, ELISA e PCR. A determinação das espécies de Leishmania foi realizada pelo método de PCR-RFLP. Para a identificação das espécies, o DNA amplificado da região intergênica ITS1 foi digerido com a enzima de restrição HaeIII. As amostras positivas para Leishmania ssp, mostraram um perfil de restrição idêntico a L. amazonensis em 77/103 amostras, em 17/103 foram semelhantes a L. infantum, e em 09/103 apresentaram perfil misto. Em conclusão, identificamos L. amazonensis infectando maior número de cães do que a L. infantum em cães no município de Bauru, SPAbstract:Leishmaniasis is a major public health problem in the world. The protozoa of the genus Leishmania has worldwide distribution and epidemiology of the disease depends on the characteristics of the parasites. Leishmaniasis are divided into visceral leishmaniasis and cutaneous. The dog plays a key role in the transmission of L. infantum to humans and in the epidemiology of the disease. Due to the adaptation of Leishmania to new hosts or vectors is important to know the current etiologic agent in dogs. Molecular techniques have been used for the diagnosis of leishmaniosis. The PCR-RFLP detects and distinguishes the different species of the parasite. The objective of this study was to identify the Leishmania species found in 103 samples of peripheral blood of dogs naturally infected with this protozoan, the city of Bauru - SP. For the diagnosis of leishmaniosis was determined by parasitological examination, indirect ELISA and PCR was performed. The determination of Leishmania species the DNA amplified intergenic region ITS1 was digested with the restriction enzyme HaeIII. Positive samples for Leishmania ssp. showed an identical restriction profile of L. amazonensis in 77/103 samples, 17/103 were similar to L. infantum, and 09/103 were mixed profile. In conclusion, we identified L. amazonensis greater number of dogs than L.infantum in Bauru city, SP
Orientador:Valéria Marçal Félix de Lima
Banca:Alex Akira Nakamura
Banca:José Eduardo Tolezano
Mestre
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Vekris, Antoine. "Développement d'applications de la PCR et d'analyses RFLP à la détection et au typage d'Ureaplasma urealyticum et Chlamydia trachomatis." Bordeaux 2, 1993. http://www.theses.fr/1993BOR28272.
Full text