Academic literature on the topic 'Pathogènes fongiques'

L’utilisation du bénomyl et du thiabendazole (famille chimique des benzimidazoles), de l’azoxystrobine et du pyriméthanil montre, autant in vitro qu’in vivo, que ces fongicides sont faiblement à moyennement efficaces contre les agents pathogènes suivants : Rhizopus stolonifer, Penicillium expansum, Aspergillus niger, A. fumigatus, Alternaria alternata, Cladosporium herbarum, Fusarium oxysporum, Saccharomyces cerevisiae, Monilia fructigina, Cryptosporiopsis malicorticis, Spilocaea pomi et Trichothecium roseum. Utilisé in vitro, le chlorure de calcium seul à plus de 4 % est toléré par les douze espèces fongiques. In vivo et à basse température, le chlorure de calcium est efficace lorsqu’utilisé à 4 et 6 %. L’association de ces fongicides avec le chlorure de calcium (4 %) permet de diminuer l’intensité des lésions causées par la pourriture des pommes en conservation. Le chlorure de calcium apparaît intervenir en renforçant les liens avec les principaux sites d’action des fongicides de l’agent pathogène évalué.

L’anacardier (Anacardium occidentale L.) est d’une grande importance socio-économique. Malheureusement, il est attaqué par bioagresseurs dont les maladies fongiques et bactériennes. La présente a pour but d’inventorier les maladies majeures de cette culture, d’évaluer leur prévalence, incidence et sévérité, et d’identifier les pathogènes associés dans 5 des 10 cantons de la préfecture de Tchamba au Togo. Trois vergers par canton ont été évalués par rapport aux symptômes de maladies. Les résultats ont révélé 7 maladies : dessèchement des bourgeons (DB), anthracnose, jaunissement foliaire, rouille noire, gommose, chancre bactérien et rouille rouge. Le DB a donné les taux d’incidence et de sévérité respectifs de 15,99% et 19,19%, supérieur à ceux des autres maladies (p = 0,03). La prévalence des maladies a varié de 20% à 100%. Les pathogènes associés identifiés sont Colletotrichum gloeosporioides pour l’anthracnose, Cochliobolus sp. pour le jaunissement foliaire, Cephaleuros virescens pour la rouille rouge, Lasiodiplodia theobromae pour la gommose et Xanthomonas sp. pour le chancre bactérien. Il ressort de ces résultats que l’anacardier est la cible de pathologiesaussi bien fongiques que bactériens et que de stratégies de lutte adaptées doivent être déployées. English title: Cashew (Anacardium occidentale L.) diseases’ inventory in the prefecture of Tchamba in Togo Cashew (Anacardium occidentale L.) is an important tropical crop worldwide. However, it is attacked by several bioagressors among which fungal and bacterial diseases. The present study aimed to survey the major diseases of cashew tree, assess their prevalence, incidence and severity, and to identify the associated pathogens in five from the ten districts of the prefecture of Tchamba in Togo. Three cashew plantations per district were visited and fungal and bacterial disease symptoms evaluated. The results revealed seven diseases occurring in the surveyed area: Dieback of buds, anthracnose, leaf yellowing, black rust, gum disease, bacterial canker and red rust. Dieback of buds recorded significantly higher disease incidence of 15.99% and severity of 19.19% than the other diseases (p = 0.03). The prevalence of the diseases varied from 20% to 100%. The associated pathogens of the diseases were Colletotrichum gloeosporioides for anthracnose, Cochliobolus sp. for leaf yellowing, Cephaleuros virescens for red rust, Lasiodiplodia theobromae for gum disease and Xanthomonas sp. for bacterial canker. These results revealed the importance of fungal and bacterial diseases occurring in the studied area, thus appropriate control measures must be developed.

L’anacardier (Anacardium occidentale L.), importante culture de rente, est confrontée à la menace de nombreux pathogènes qui entravent sa productivité au Cameroun. Dès lors, cette étude se propose de déterminer le potentiel d’une lutte biologique à base d’extraits végétaux sur les champignons pathogènes identifiés sur des fruits prélevés dans le bassin de la Benoué. Pour atteindre ces objectifs, l’identification des agents pathogènes des fruits, des tests de pathogénicité et l’évaluation de l’effet antifongique in vitro et in vivo des extraits de piments et de neem ont été effectués. Les résultats ont montré que ces fruits abritent une diversité d’espèces fongiques dont les principales sont Colletotrichum gloeosporioides, Oïdium anacardii, Fusarium solani, Aspergillus niger et Phytophthora sp. Les tests de pathogénicité ont produit les symptômes des maladies observées sur le terrain. L’huile de neem et les extrait de piment ont inhibé totalement la croissance de C. gloeosporioides, O. anacardii et A. niger aux doses respectives de 7,5% v/v et 75 mg/ml. Cependant, l'huile de neem s'est avérée plus efficace. Ces résultats représentent des sources d'information précieuses pour l’implémentation d'une stratégie de lutte intégrée contre les agents pathogènes de l’anacardier à l’origine de la baisse de sa productivité, affectant ainsi son potentiel économique. English Title: Antifungal effect of two plant extracts on pathogens identified on fruits of Cashew tree (Anacardium occidentale L.) in North Cameroon The Cashew tree (Anacardium occidentale L.), an important cash crop, is challenged by the proliferation of pathogens that affect its productivity in Cameroon. Therefore, this study aims to determine the potential of a biological control based on plant extracts on pathogenic fungi identified on fruits collected in the Benoué basin. To achieve these objectives, identification of fruit pathogens, pathogenicity tests and evaluation of the in vitro and in vivo antifungal effect of chilli and neem extracts were carried out. The results showed that these fruits harbour a diversity of fungal species, of which the main ones are Colletotrichum gloeosporioides, Oïdium anacardii, Fusarium solani, Aspergillus niger and Phytophthora sp. The pathogenicity tests have generated the symptoms of the diseases observed in the field. Neem oil and chilli extracts completely inhibited the growth of C. gloeosporioides, O. anacardii and A. niger at doses of 7.5% v/v and 75 mg/ml respectively. However, neem oil proved to be more effective. These results represent valuable sources of information for the implementation of an integrated pest management strategy against cashew pathogens that impede the productivity of the tree, thereby affecting its economic potential.

La présente étude se propose d’étudier l’efficacité des extraits aqueux, éthanoliques et des huiles essentielles de Chromolaena odorata et d’Ageratum conyzoïdes sur le développement des champignons responsables des pourritures des cabosses de cacaoyers dans les plantations villageoises d’Akonolinga, Dizangué et Tonga. Les extraits ont été obtenus par macération de 100 g de poudre de chaque plante. Les huiles essentielles obtenues par centrifugation ont été fixées par le sulfate de sodium anhydre. Trois milieux de cultures V6, V8 et le milieu Pomme de terre – Dextrose - Agar (PDA) ont été fabriqués pour la culture des champignons associés aux cabosses. Les extraits et huiles essentielles de plantes ont été préparés aux concentrations de 5 ; 10 ; 15 et 20 mg/ml. L’essai a été conduit suivant un dispositif en blocs complets aléatoires avec 3 répétitions. La fréquence d’isolement de chaque champignon par localité, la surface des lésions développées sur les cabosses infectées et le pourcentage d'inhibition PI (%) des champignons pathogènes ont été mesurés et soumises à l’analyse de la variance (ANOVA). Les moyennes obtenues ont été séparées par le test de Duncan au seuil de probabilité 5%. Les résultats suivants ont été obtenus : sur 8 espèces isolées, seulement Phytophtora megakarya, Botryodiplodia theobromae et Colletotrichum gloeosporioides. ont été pathogènes sur les cabosses saines. L’analyse statistique a montré des différences significatives (à P ≤ 0,05) entre les surfaces des lésions causées par ces champignons sur les cabosses entre le 4ième, 7ème et 10ème jour après inoculation (JAI) en fonction des espèces fongiques testées. Les extraits aqueux de C. odorata et d’A. conyzoides à la concentration de 20 mg/ml ont présenté des pourcentages d’inhibition à 100 % sur P. megakarya, B. theobromae et C. gloeosporioides. Les extraits éthanoliques et les huiles essentielles ont inhibé le développement de B. theobromae, de C. gloeosporioides et de P. megakarya à 100 % aux concentrations de 15 et 20 mg/ml. Les extraits et huiles essentielles de C. odorata et d’A. conyzoïdes pourraient donc être utilisés pour lutter contre les champignons responsables des pourritures de cabosses de cacaoyers.Abstract This work is to evaluate the antifungal activity of Chromolaena odorata and Ageratum conyzoides on the development of mycoflora associated with cocoa pods diseases in villager plantations in Akonolinga, Dizangue and Tonga. Extracts were obtained by steeping of 100 g of powder of each plant. Essential oil extractions were done through centrifugation. Essential oil were fixed by sulfate of sodium anhydre. Three culture media V6, V8 and Potato Dextrose Agar (PDA) were made to cultivate mycoflora associated with cocoa pods Data were randomized into completely blocs with three replications. Frequency of each fungus per locality, lesion area developed on cocoa pod by fungi and percentage of inhibition PI (%) of each fungus were being submitted in variance analysis. Means were separated by Duncan test with (P ≤ 0, 05). The results showed that: over 8 varieties of fungal species isolated from cocoa pods, unly Phytophthora megakarya, Botryodiplodia theobromae and Colletotrichum gloeosporioides were pathogens on cocoa pod inoculated. The analysis of the variance showed significatives differences (P ≤ 0, 05) of area lesions on cocoa pods between the 4th, 7th and the 10th days after inoculation. Mycelia growth was stopped at the concentrations of 20 mg/ml for aqueous extracts, of 15 and 20 mg/ml ethanolic extracts and essential oil. .The extracts and essential oil of C. odorata and A. conyzoides can be used to fight against micoflora associated with cocoa pods disease.

Background: Sickle cell disease (SCD) is associated with chronic haemolysis, immuno-suppression and susceptibility to infections, which may trigger infection-associated haemolysis (IAH). SCD patients are vulnerable to anaemic effect of IAH due to vicious interaction between pre-existing ‘inherited’ chronic haemolysis and ‘acquired’IAH. IAH in SCD manifests as febrile haemolytic crisis with clinical and laboratory features of severe anaemia or pancytopenia. Clinico-pathological perspectives of IAH in SCD are fragmented. This review presents a comprehensive but concise overview of pathogenesis, management and prevention of IAH in SCD.Methodology and results: Online literature search using search terms such as ‘sickle cell disease, viral, bacterial, parasitic, fungal, infections, hyperhaemolytic crisis, haemophagocytic syndrome, severe anaemia, pancytopenia’ in various combinations was done on PubMed/Medline, Google, Google-Scholar and Bing. Overall, 112 relevant publications were retrieved, which included 109 peer reviewed journal articles, 2 World Health Organization (WHO) technical reports, and 1 edited text book. A range of bacterial (Bartonella spp, Mycoplasma spp., Mycobacterium avium complex), viral (Dengue, SARS-CoV-2, Parvovirus-B19, Cytomegalovirus, Epstein-Barr virus), parasitic(Plasmodium spp., Babesia spp.), and fungal (Histoplasma spp.) infections were associated with IAH in SCD. There are two broad types of IAH in patients with SCD; infection associated extra-medullary haemolysis (IAEMH) and infection associated intra-medullary haemolysis (IAIMH). While IAEMH is associated with severe anaemia due to intravascular haemolysis caused by red cell invasion, oxidative injury, auto-antibodies, and/or pathogen-haem interaction, IAIMH is associated with haemophagocytic tri-lineage destruction of haematopoietic precursors in the bone marrow.Conclusion: Various microbial pathogens have been associated with IAH in SCD. SCD patients with fever, severe anaemia or pancytopenia should be investigated for early diagnosis and prompt treatment of IAH, which is a lifethreateninghaematological emergency for which transfusion therapy alone may not suffice. Prompt and sustainable termination of IAH may require therapeutic combination of transfusion, anti-microbial chemotherapy, and immune modulation therapy. SCD patients should also receive counselling on hygiene, barrier protection against vectors, routine chemoprophylaxis for locally endemic diseases, and immunization for vaccine-preventable infections as a long-term preventive strategy against IAH. Contexte: La drépanocytose (SCD) est associée à une hémolyse chronique, à une immunosuppression et à une susceptibilité aux infections, ce qui peut déclencher une hémolyse associée à une infection (HIA). Les patientsatteints de SCD sont vulnérables à l'effet anémique de l'HIA en raison de l'interaction vicieuse entre l'hémolyse chronique "héréditaire" préexistante et l'HIA "acquise". L'HIA dans la SCD se manifeste par une crise hémolytique fébrile avec des caractéristiques cliniques et de laboratoire d'anémie sévère ou de pancytopénie. Les perspectives clinico-pathologiques de l'HIA dans la SCD sont fragmentées. Cette revue présente un aperçu complet mais concis de la pathogenèse, de la gestion et de la prévention de l'HIA dans la drépanocytose.Méthodologie et résultats: Une recherche documentaire en ligne à l'aide de termes de recherche tels que "drépanocytose, virale, bactérienne, parasitaire, fongique, infections, crise hyperhémolytique, syndrome hémophagocytaire,anémie sévère, pancytopénie" dans diverses combinaisons a été effectuée sur PubMed/Medline, Google, Google-Scholar et Bing. Au total, 112 publications pertinentes ont été récupérées, dont 109 articles de revues à comité de lecture, 2 rapports techniques de l'Organisation mondiale de la santé (OMS) et 1 manuel édité. Unegamme bactérienne (Bartonella spp, Mycoplasma spp., Mycobacterium avium complex), virale (Dengue, SARS-CoV-2, Parvovirus-B19, Cytomegalovirus, Epstein-Barr virus), parasitaire (Plasmodium spp., Babesia spp.), et lesinfections fongiques (Histoplasma spp) étaient associées à l'IAH dans la SCD. Il existe deux grands types d'HIA chez les patients atteints de SCD; hémolyse extra-médullaire associée à une infection (IAEMH) et hémolyse intramédullaireassociée à une infection (IAIMH). Alors que l'IAEMH est associée à une anémie sévère due à une hémolyse intravasculaire causée par l'invasion des globules rouges, une lésion oxydative, des auto-anticorps et/ou une interaction pathogène-hème, l'IAEMH est associée à la destruction tri-lignée hémophagocytaire des précurseurshématopoïétiques dans la moelle osseuse.Conclusion: Divers agents pathogènes microbiens ont été associés à l'IAH dans la SCD. Les patients atteints de SCD avec de la fièvre, une anémie sévère ou une pancytopénie doivent être examinés pour un diagnostic précoce et un traitement rapide de l'HIA, qui est une urgence hématologique potentiellement mortelle pour laquelle la thérapie transfusionnelle seule peut ne pas suffire. L'arrêt rapide et durable de l'HIA peut nécessiter une combinaison thérapeutique de transfusion, de chimiothérapie antimicrobienne et de thérapie de modulation immunitaire. Lespatients atteints de drépanocytose devraient également recevoir des conseils sur l'hygiène, la barrière de protection contre les vecteurs, la chimioprophylaxie de routine pour les maladies endémiques locales et la vaccination contreles infections évitables par la vaccination en tant que stratégie préventive à long terme contre l'HIA.

Au Maroc, le sol et le climat sont deux facteurs ayant encouragé le développement des cultures ornementales. Or, la situation actuelle du secteur ornemental est telle que l'entretien et le diagnostic phytosanitaire sont loin d'être pratiqués régulièrement. Des isolements fongiques à partir des lésions foliaires de l'Hibiscus rosa-sinensisont révélé pour la première fois la présence duSetosphaeria rostrataet duCochliobolus spicifer. Ces deux espèces induisent des symptômes foliaires différents une fois inoculées aux plantes de l'Hibiscus rosa-sinensis. LeS. rostrataprovoque des lésions de forme irrégulière et de couleur brun clair ou noirâtre et entraîne un dessèchement du limbe. LeC. spiciferest responsable de lésions foliaires de couleur brun clair qui apparaissent à la marge des feuilles puis se développent vers le centre et prennent un contour pâle. LeC. spiciferest l'agent pathogène le plus agressif (coefficient d'infection = 44).

La gestion de l'eau dans les systèmes de culture hors-sol fait apparaître deux problèmes distincts. D'une part, les ressources en eau doivent être de bonne qualité et ne pas contenir de pesticides ou de germes pathogènes. D'autre part, les rejets fortement " chargés " en nutriments (NO3-, PO43-) polluants pour l'environnement, doivent être limités par le biais de leur recyclage ce qui implique nécessairement la désinfection des effluents. La technique mise en œuvre pour obtenir cette maîtrise de la qualité tant chimique que microbiologique des solutions circulantes en culture hors-sol est celle d'une oxydation à l'ozone seul et couplé au peroxyde d'hydrogène dans des réacteurs constitués de mélangeurs statiques. Les conditions de traitement sont une dose d'oxydant de 10 g O3/m3 d'effluent à traiter, un rapport H2O2/O3 de 0,15 g/g pour un temps de contact dans le réacteur de l'ordre de la seconde. Etudié sur site dans le cadre du traitement de effluents de serre réels, le procédé s'est révélé tout à fait adapté pour abattre les pesticides (# 90 % pour l'atrazine), maîtriser la prolifération des micro-organismes (Flore aérobie mésophile, flore fongique) et en particulier des germes pathogènes (Clavibacter michiganensis, Fusarium, Pythium sp ). Le procédé novateur O3/H2O2 sur mélangeurs statiques constitue donc pour les serristes une réponse nouvelle dont l'un des intérêts est de combiner les effets " détoxiquant " et désinfectant.

Le goéland leucophée endémique dans la région méditerranéenne française. Son mycobiote intestinal n'a jamais été étudié. Ce travail visait à décrire le rôle de ces oiseaux comme réservoir et disséminateur de champignons pathogènes pour l’homme. Nous avons collecté 177 guano de goélands dans cinq sites sur le littoral méditerranéen français; La Grande-Motte, Palavas-les-Flots, Pierre-Blanche, Frioul and Riou archipels. Nous avons identifié dix-sept espèces de levure; les plus fréquentes étant Candida krusei, Galactomyces geotrichum, C. glabrata et C. albicans. On notait d’une part une augmentation de la fréquence des espèces anthropiques de levures C. glabrata et C. albicans avec l’anthropisation des biotopes des colonies de goélands dont d’isolats résistants aux antifongiques. Nous avons analysé les communautés de champignons filamenteux aérocontaminants isolés à partir des mêmes échantillons. Nous avons identifié 16 genres de champignons filamenteux. la faible diversité et abondance de champignons filamenteux dans les zones urbaines par rapport aux suburbains ou à un environnement peu affecté par l'anthropisation et l’association claire entre certaines espèces fongiques et des environnements particuliers. nous avons analysé la génétique des populations de la levure C. glabrata. Nous avons typé par MLVA, 111 isolats de goélands et 79 isolats collectés chez des patients des hôpitaux de Nîmes, Montpellier et Marseille. Nous avons observé une diversité génétique similaire entre les populations de C. glabrata isolées chez le goéland ou chez l’homme. Les isolats de C. glabrata résistants au fluconazole se distribuaient uniformément dans les deux populations
The yellow-legged gull is endemic in the French Mediterranean area. Their gut mycobiota has never been studied. This work aimed to describe their role in the spreading of potentially human pathogenic fungi with antifungal resistance. Therefore, we sampled 177 yellow-legged gull’s faecal samples in five sites along the Mediterranean littoral South of France; La Grande-Motte, Palavas-les-Flots, Pierre-Blanche, Frioul and Riou archipelagos. We identified seventeen yeast species; the most frequent were Candida krusei, Galactomyces geotrichum, C. glabrata, C. albicans and Saccharomyces cerevisiae. The frequency of the anthropic yeast species C. glabrata and C. albicans increased with the synanthropy of the gull’s colonies and antifungal resistance was found in each of the five most frequent yeast species. We further analyzed the airborne filamentous fungi species isolated from the same sample cultures. We identified 35 filamentous fungi species in 16 genera including 35 species. Both fungal diversity and abundance were low in urban area when compared to suburban ecocline or environments that were little affected by anthropogenic impact and particular fungal species were clearly associated with distinct environments. Finally, we analyzed the population genetic of the human pathogenic yeast C. glabrata, which were isolated from gulls (111 isolates) and from patients (79 isolates) in Nimes, Montpellier and Marseille hospitals, via MLVA analysis. We found that the C. glabrata populations isolated from gulls or humans shared a similar genetic diversity. Antifungal-resistant C. glabrata isolates were evenly distributed in both gull and human populations

Dans la mucoviscidose, le tableau clinique est dominé par les infections respiratoires qui constituent la cause majeure de morbidité. Diverses espèces fongiques sont décrites dans ces infections, notamment les Scedosporium et le complexe Rasamsonia argillacea pour lesquels les connaissances restent limitées. Dans ce travail, nous avons évalué l’intérêt de l’amplification des séquences répétitives de l’ADN pour la différenciation spécifique et infraspécifique de ces champignons. La rep-PCR a d’abord été appliquée à l’analyse d'isolats du genre Scedosporium. La rep-PCR a produit des résultats concordants avec ceux obtenus par séquençage du gène de la bêta-tubuline, amplification aléatoire de fragments d’ADN polymorphes et séquençage multi-loci. Elle permet également l’identification précise des espèces au sein du complexe R. argillacea. L’analyse des résultats obtenus sur 116 isolats a montré la capacité de ces champignons à coloniser de manière chronique les voies respiratoires, un même profil électrophorétique étant observé généralement chez un même patient. Enfin, nous avons produit de nouvelles données sur l’écologie des Scedosporium en étudiant différents biotopes au Maroc. Comme précédemment rapporté,ces champignons préfèrent les environnements impactés parles activités humaines. On les rencontre dans des sols de pH neutre, riches en matières organiques et pauvres en sels. Enfin, si S. apiospermum était l’espèce la plus abondante, S. boydii, S. aurantiacum et S. dehoogii ont été rencontrés avec des fréquences comparables. En conclusion, les données générées renforcent nos connaissances sur l’épidémiologie des infections causées par ces pathogènes émergents
In cystic fibrosis (CF), respiratory infections are the leading cause of morbidity and mortality. Bacteria are the most common causative agents of these infections, but an increasing number of fungal species may also be found, including Scedosporium species and species of the Rasamsonia argillacea complex. In order to improve our knowledge on the epidemiology of these infections, here we evaluated the interest of PCR amplification of repetitive DNA sequences (rep-PCR) for species identification and strain delineation. rep-PCR was applied to the retrospective analysis of a panel of 63 isolates belonging to the Scedosporiumgenus. Results were consistent with those obtained by beta-tubulingene sequencing, random amplification of polymorphic DNA and Multilocus Sequence Typing. rep-PCR also permitted precise species identification in the R. argillacea complex. Analysis of the data obtained on 116 isolates revealed the capacity of these fungi to chronically colonize the airways of patients with CF, a unique electrophoretic profile being observed usually for each patient. Finally, we produced in this thesis new data about the ecology of Scedosporium species by studying different biotopes in Morocco. As previously reported, these fungi are mainly found in human-impacted areas. Also they prefer soils with a neutral pH, a high organic matter content and a very low mineral salts content. In addition, if S. apiospermum was by far the predominant species, S. boydii, S. aurantiacum and S. dehoogii were encountered with similar frequencies. In conclusion, data provided here reinforce our knowledge on the epidemiology of the infections caused by these emerging pathogens

Les pommiers sont la cible de nombreux ravageurs et maladies fongiques, à l’origine de pertes économiques importantes. Les agriculteurs sont dans l’obligation de traiter les micro-organismes responsables des maladies fongiques, notamment à l’aide de pesticides. Les produits phytosanitaires sont aujourd’hui très controversés. Ainsi, les pouvoirs publics, français et européens, contrôlent leur emploi par de nombreuses règlementations. Par conséquent, il apparaît nécessaire de proposer une alternative peu rémanente permettant de contrôler le développement fongique. L’objectif de cette thèse est d’évaluer l’efficacité d’une alternative innovante basée sur l’emploi d’eau chargée en ozone contre quatre espèces fongiques à l’origine des principales maladies du pommier : Venturia inaequalis, Botrytis cinerea, Neofabraea alba et Phytophthora syringae. Dans un premier temps, ce travail de thèse a permis de vérifier l’action anti-fongique de l’ozone sur les suspensions de spores des quatre espèces fongiques ainsi que sur différents stades de développement des spores de V.inaequalis. Il a été mis en évidence une différence de sensibilité selon l’espèce et le stade de développement considérés. Par ailleurs, l’altération de la membrane sous l’action de l’ozone a été observée par plusieurs expérimentations : quantification du degré de peroxydation des phospholipides membranaires, observations des spores au Microscope Electronique à Balayage et au Microscope Optique après colorations. Dans un second temps, l’effet de l’eau chargée en ozone a été évalué sur des jeunes plants de pommiers préalablement contaminés par les spores de V.inaequalis. Cette étude a confirmé l’action anti-fongique de l’eau chargée en ozone. Il a également été observé l’importance des quantités d’eau et d’ozone apportées qui doivent être maîtrisées pour optimiser l’efficacité du traitement. Ces résultats permettent de valider la candidature de l’ozone comme fongicide alternatif à l’emploi de produits phytosanitaires. Les modalités d’application devront faire l’objet de recherches supplémentaires en vue du transfert de la technologie du laboratoire au verger
Apple trees are the target of a lot of pests and fungal diseases, responsible for many economic losses. Farmers treat these micro-organisms mainly with pesticides. Plant-protection products are today very controversial. French and European authorities control their use by means of numerous regulations. Therefore, an alternative solution with a low remanence must be found in order to limit fungal diseases. The aim of this thesis is to evaluate the innovative process efficiency based on the use of ozonated water against four fungal species: Venturia inaequalis, Botrytis cinerea, Neofabraea alba and Phytophthora syringae. Firstly, this work of thesis verified the ozone antifungal action on spores suspensions of the four fungal species and on different stages of development of V.inaequalis spores. According to the species and stages of development considered, a difference of sensibility was detected. Moreover, alteration of the membrane, due to ozone action, was observed thanks to several experimentations: quantification of phospholipids peroxidation, spore observations with Scanning Electron Microscopy and with Optical Microscopy after staining. Secondly, the ozonated water effects on seedlings previously contaminated by V.inaequalis spores were evaluated. This study confirmed the anti-fungal action of water containing ozone. It was also observed the importance of the water and of ozone quantities supplied. These quantities must be controlled to optimize the antifungal action of the treatment. These results validated the ozone application as a fungicide alternative of use of pesticides. Additional researches will be made concerning the treatment modalities: the aim is to transfer the technology from the laboratory to the orchard

Les infections fongiques représentent un problème émergeant de santé publique dans les pays développés. C. albicans est une levure dimorphique, commensale des muqueuses orales, génitales et intestinales d’une majorité de la population saine. Elle peut cependant conduire à des infections locales, comme les candidoses orales et vaginales voire à des infections systémiques chez les patients immunodéprimés. Si les interactions entre C. albicans et le système immunitaire de l’hôte sont désormais de mieux en mieux connues, l’invasion des épithélia qui est pourtant à l’origine des processus d’infection, demeure mal comprise. Quatre étapes ont été décrites : l’adhésion de la levure aux cellules de l’hôte, suivi par la filamentation qui permet d’obtenir une hyphe capable d’invasion et parfois de dommage infligé aux les cellules hôtes pouvant aboutir à une translocation dans les tissus profonds. Plusieurs facteurs ont été décrits, tant du côté de l’hôte que du pathogène, comme jouant un rôle dans l’invasion des epithelia, incluant les adhésines et invasines fongiques, la toxine candidalysine et l’E-cadherin de la cellule hôte. Une étude récente de notre équipe basée sur une technique de microscopie live à l’échelle cellulaire a permis de déterminer que l’invasion précoce des cellules épithéliales HeLa et Caco-2 peut faire intervenir deux modes d’interaction et donc deux modes de vie fongiques distincts : (1) l’invasion conduisant au dommage cellulaire, au cours de laquelle la membrane plasmique de la cellule hôte est rompue, fréquemment suivie de la mort de la cellule hôte (2) l’invasion au travers de tunnels trans-cellulaires (CaTCT) au cours de laquelle les hyphes envahissent les cellules hôtes entourés de tunnels de membrane cellulaire, sans dommage. Ces tunnels peuvent être multicellulaires et sont constitués de couches membranaires successives. Les mécanismes moléculaires conduisant à la formation de ces tunnels tant du point de vue fongique que du point de vue de l’hôte ne sont pas connus. L’objectif de ma thèse était d’identifier et de caractériser les facteurs d’hôte et du pathogène impliqués dans l’infection des cellules épithéliales Caco-2, qui ne fait intervenir que l’invasion au travers de CaTCT jusqu’à 9 heures d’infection. A cette fin j’ai développé un outil expérimental de microscopie permettant de quantifier de façon objective, universelle (i.e. pouvant s’appliquer à de nombreux modèles fongiques et de cellules hôtes) et à haut débit l’adhésion, la filamentation l’invasion et le dommage cellulaire au cours d’une seule expérience d’infection in vitro. Cet outil a ensuite été utilisé afin d’étudier plusieurs aspects dede la formation des CaTCT : (1) le rôle de la protéine fongique Als3 au cours de l’adhésion et de l’invasion (2) l’origine cellulaire des membranes impliquées dans les CaTCT (3) le rôle de la toxine peptidique candidalysine et des aspartyl-protéases (4) le métabolisme fongique au cours de l’invasion et notamment du métabolisme du glycogène (5) l’immunité de l’hôte au niveau des muqueuses au travers de la secrétion d’IgA. Le protocole mis en place m’a également permis de screener des souches cliniques commensales et issues d’infections systémiques afin de rechercher de nouveaux facteurs de virulence fongiques. Pour conclure, la nouvelle méthode expérimentale développée au cours de ce projet a permis quelques avancées dans la compréhension du processus énigmatique des CaTCT, et pourra servir à de futures études de l’infection de epithelia par C. albicans mais aussi à celles d’autres pathogènes
Fungal infections are an emerging threat to human health in developed countries. Candida albicans is a dimorphic yeast which colonizes the oral, genital and intestinal mucosa as part of the commensal flora of most of the healthy population. However, it can also lead to local infections such as oral and vaginal thrush and in susceptible patients to severe systemic infections. While much effort has been made in deciphering the interplay between C. albicans and the host at the immunological level, infection begins with invasion of the host epithelium, a process that is only partially understood. At the onset of infection, C. albicans transforms from a yeast to a filamentous hyphal form that can invade and damage epithelial cells, sometimes followed by translocation deeper into host tissues. Several fungal and host molecular factors have been shown to regulate epithelial invasion, including fungal adhesins, invasins and secreted factors such as the fungal toxin candidalysin, as well as host factors such as E-cadherin, which plays a role in C. albicans endocytic uptake. Recent work from our lab based on single cell, live imaging of early invasion into HeLa and Caco-2 cell lines revealed that two invasive lifestyles involving distinct host cellular niches can be exploited by the fungus: (1) Damaging invasion, in which host membranes are breached, leading most often to host cell death; (2) C. albicans trans-cellular tunnelling (CaTCT), in which hyphae extend within host membrane-derived transcellular tunnels without host damage. During CaTCT, hyphae can traverse through several host cells in sequence, leading to the formation of multi-layered tunnel structures. Currently, the molecular factors and cellular mechanisms regulating CaTCT from both the fungal and host sides remain almost entirely undescribed. The objective of my thesis project was to identify and characterize molecular factors and cellular processes regulating early Caco-2 infection by C. albicans, which occurs exclusively via CaTCT for up to 9 hours post-infection. For this purpose, I developed a novel quantitative, high-throughput and universal (i.e. applicable to a wide variety of fungal and host models) experimental imaging assay that uses an automated non-biased approach to provide single cell readouts pertaining to adhesion, hyphal formation, invasion and host damage in a single experiment. I then applied this assay to study several distinct aspects of CaTCT: (1) the function of the fungal Als3 protein in C. albicans adhesion and invasion; (2) the reservoir of host membranes implicated in trans-cellular tunnel formation and extension; (3) the function of the fungal toxin candidalysin and fungal secreted aspartyl proteases (Saps); (4) nutrient uptake and glycogen metabolism ; (5) the role of host secreted IgA in immune defence at the epithelial surface. In order to identify new potential virulence factors, I also employed the assay to screen for differences in epithelial infection between C. albicans clinical strains isolated from commensal and invasive origins. Overall, my work has provided several new insights into the mechanism of CaTCT, which act to further enhance our knowledge of this enigmatic process. Furthermore, the experimental assay developed in this project has important potential applications for future targeted studies and screens relating to C. albicans epithelial infection, as well as infection by other fungal pathogens

Des molecules appelees eliciteurs isolees de la paroi ou du filtrat de culture d'agents microbiens sont capables d'induire chez la plante des reactions de defense dont la synthese de phytoalexines. Chez l'illet, la synthese de phytoalexines, dianthalexine et methoxydianthramide, a ete observee apres traitement des boutures par les filtrats de culture des champignons pathogenes fusarium oxysporum f. Sp. Dianthi et phytophthora parasitica dastur cultives in vitro. Le fractionnement par chromatographie sur deae-cellulose du filtrat de culture de f. Oxysporum a permis d'isoler une fraction non retenue active sur illet. Un fractionnement supplementaire des composes polysaccharidiques de f. Oxysporum f. Sp. Dianthi sur cl4b a conduit a la purification d'une fraction fa composee de glycanes de 10 kda. Ces glycanes, actifs sur illet, contiennent du mannose, du galactose et du glucose lies en (1>3) et (1>4) avec de nombreuses ramifications en 2, 3 et 6 ainsi qu'un hexofuranose di-o-substitue. La fraction non retenue isolee du filtrat de culture de p. Parasitica est tres faiblement active sur illet, elle contient des (1>3)(1>6)-d-glucanes. Par contre l'activite se retrouve essentiellement dans la fraction liee (pl) qui contient en melange des polysaccharides et des proteines. L'eliciteur present dans la fraction pl de p. Parasitica dastur a ete isole par electrophorese preparative. Il s'agit d'une glycoproteine de 25 425 da composee de 17 acides amines differents et dont la partie polysaccharidique renferme du mannose, du galactose et du glucose ainsi que les oses amines galactosamine et glucosamine presents en tres faible quantite. Cette etude (preliminaire) montre que l'eliciteur de phytoalexines chez l'illet possede une nature chimique differente selon la source fongique. Il s'agit d'un glycane de faible masse moleculaire pour f. Oxysporum f. Sp. Dianthi alors que pour p. Parasitica dastur il s'agit d'une glycoproteine de 25 425 da. Les (1>3)(1>6)-d-glucanes exocellulaires de p. Parasitica dastur et la glycoproteine de 25 425 da (gp30) se retrouvent dans le filtrat de culture d'isolats pathogenes et non pathogenes sur tabac appartenant a la variete nicotianae. Ces composes exocellulaires sont tres faiblement actifs sur l'illet. De plus les isolats fortement pathogenes sur tabac (t) produisent une proteine (p) de 11 kda differente de la parasiticeine (e) produite par les isolats faiblements pathogenes (t) ou non pathogenes (nt). Cette proteine p est active sur l'illet. Les isolats de p. Parasitica peuvent etre classes en te p + (isolats pathogenes sur tabac, non producteurs d'elicitine, producteurs de la proteine p), te +p (isolats faiblement pathogenes sur tabac, producteurs de la parasiticeine, non producteurs de la proteine p) et nt e +p (isolats non pathogenes sur tabac, producteurs de la parasiticeine, non producteurs de la proteine p). La glycoproteine (gp30) presente dans les trois classes d'isolats est un marqueur de l'espece parasitica.

Candida albicans est une levure commensale de la flore gastro-intestinale de l'homme. C'est également un des principaux organismes pathogènes opportunistes fongiques. La population de C. Albicans est structurée en clades. Le travail de thèse présenté dans ce manuscrit est consacré à l'étude des événements moléculaires qui sous-tendent la diversité intra- et inter-clades chez C. Albicans. Nous avons montré que la diversification des isolats au cours du commensalisme fait fréquemment intervenir des événements de recombinaison conduisant à de larges pertes d'hétérozygotie (LOH). Par ailleurs, nous avons mis en évidence un excès d'hétérozygotie dans la population, suggérant l'existence d'un mécanisme de contre-sélection des LOH. De plus, nous avons démontré que les échanges génétiques entre les clades et au sein des clades sont rares et que, par conséquent, les clades ne constituent pas des espèces cryptiques. Une étude exhaustive de la variabilité génomique au sein de l'espèce a montré que les souches de C. Albicans peuvent différer par un nombre significatif de SNPs et d'insertions/délétions impliquant majoritairement des éléments transposables et des séquences répétées en tandem. Enfin, et de façon importante, nous avons montré que la distribution de ces indels est hautement corrélée avec la structuration de la population en clades. L'ensemble de ces résultats a contribué à une meilleure compréhension de la diversité génétique et des mécanismes de diversification au sein de l'espèce C. Albicans
Candida albicans is a common component of the human digestive tract and is considered the major opportunistic fungal pathogen. Candida albicans is an asexual yeast with a largely clonal propagation and a population structured in clades. The research project introduced in this manuscript aimed to shed light on the genetic diversity underlying the C. Albicans population, between and within clades. We have shown that, during commensalism, large Loss of Heterozygosity (LOH) events are fréquent. Moreover, we have evidenced an excess of heterozygosity in the C. Albicans population, suggesting that large LOH events ïnust be counter-selected to maintain a high level of heterozygosity. Additionally, we hâve shown that genetic exchanges are rare between and within clades, demonstrating that clades do not depict cryptic species. Finally, we have performed a comprehensive investigation of the genomic variability in the C. Albicans species. The results have shown a significant number of SNPs and insertions/deletions differentiating C. Albicans strains. Indels events, mainly attributed to transposable éléments and tandem repeats, contributed to a gene content variability among strains. Importantly, we have demonstrated that the distribution of the SVs in the population of C. Albicans is superimposable with the assignment of strains to clades. Taken together, our results contribute to a comprehensive overview of the different events underlying the genetic diversity in the C. Albicans population

Candida albicans est un microorganisme commensal du tractus gastro-intestinal et génital de l'Homme, responsable de la majorité des mycoses systémiques. Le succès de C. Albicans en tant que pathogène opportuniste est lié à sa capacité à alterner entre une forme levure et une forme hyphale. Ce dimorphisme est contrôlé par des voies de régulation positives et négatives, coordonnées au sein d'un réseau de signalisation complexe, en réponse à des signaux multiples. Le travail de thèse présenté dans ce manuscrit a été mené dans le but d'approfondir nos connaissances concernant la régulation de la morphogenèse chez C. Albicans. D'une part, nous avons identifié douze gènes régulateurs de la filamentation en réalisant un crible de surexpression pour l'altération de la morphogenèse dans une souche sauvage. Les résultats obtenus à partir d'expériences complémentaires de transcriptomique, de délétion de gènes et surtout de surexpression, nous ont permis de montrer que trois de ces gènes interagissent au sein d'une nouvelle voie de régulation et de positionner ces gènes par rapport à des acteurs majeurs connus de la morphogenèse chez C. Albicans. D'autre part, nous avons mis en évidence trois points importants pour la régulation de la protéine-kinase Yak1, impliquée dans la différenciation hyphale chez C. Albicans : cette protéine s'autorégule sur au moins deux sites de phosphorylation ; sa fonction est réprimée par la kinase AMPc-dépendante ; et, elle interagit avec la protéine Bmhl. De plus, nos données issues d'un crible de suppression et d'une approche de phosphoprotéomique quantitative nous permettent de proposer de nouvelles pistes pour la recherche de cibles de la protéine-kinase Yak1. L'ensemble de nos résultats montre le potentiel de nouvelles stratégies - la construction d'un premier ORFéome partiel et une approche de surexpression systématique - dans l'étude des réseaux de régulation chez C. Albicans
Candida albicans is a commensal organism of the human digestive and genital tracts, responsible for the majority of systemic fungal infections. Its success as an opportunistic pathogen is linked to its ability to undergo a reversible yeast-to-hypha transition. This switch is controlled by both positive and negative regulatory pathways that interact in a complex signalling network in response to multiple signals. The research project introduced in this manuscript aimed to improve our knowledge about the regulation of morphogenesis in C albicans. First, we have performed a screen for genes whose overexpression altered morphogenesis in a wild-type strain and identified twelve regulators of filamentation. Results obtained using transcript profiling, gene inactivation and especially gene overexpression showed that three of these genes form a new regulatory module governing morphogenesis and we have positioned this module relative to known players of morphogenesis in C. Albicans. Second, we have identified three important aspects for the regulation of Yak1, a kinase involved in hyphal differentiation in C. Albicans: this protein is auto-regulated by phosphorylation at two different sites; its fonction is repressed by the cAMP-dependent protein kinase; and it interacts with the Bmhl protein. In addition, data obtained from a screen for multi-copy suppressors of a knock-out mutation in thé YAKJ gène and using a quantitative phosphoproteomics approach allowed us to propose targets of the Yakl protein kinase. Taken together, our results show the potential of new strategies, including the construction of a partial ORFeome and genetic screens based on gene overexpression, in the study of regulatory networks in C. Albicans

Candida albicans est un organisme commensal présent dans le microbiote, qui peut cependant provoquer des infections superficielles mais aussi systémiques, engageant alors le pronostic vital chez les patients immunodéprimés. La transition entre forme bourgeonnante et forme filamenteuse hyphale hautement polarisée, ce qui nécessite une réorganisation du cytosquelette et un trafic membranaire soutenu, est associée à la virulence. Chez les eucaryotes, les GTPases de la famille Rab (Ras related protein in the brain) et leurs régulateurs jouent un rôle central dans le trafic membranaire. L'objectif de ce travail est de comprendre le rôle de ces protéines, en particulier de Ypt6, l'homologue de Rab6 humain, dans la transition morphologique et la virulence de C. albicans. Dans ce but, j'ai construit des mutants « perte de fonction » et déterminé que YPT6 n'est pas essentiel à la viabilité, mais est critique pour l'intégrité de la paroi cellulaire et la croissance hyphale invasive ; les hyphes du mutant ypt6 sont plus courtes que celles de la souche sauvage. En outre, YPT6 est critique pour la virulence dans deux modèles murins de candidose. Lors de la croissance hyphale, Ypt6 est co-localisé avec Arl1, une GTPase de la famille Arf (ADP Ribosylation Factor), également nécessaire pour la croissance hyphale et la virulence de C. albicans. De plus, la surexpression de YPT6 compense spécifiquement le défaut de croissance hyphale du mutant de délétion arl1, mais pas l'inverse. La délétion de YPT6 résulte également en une augmentation du nombre de citernes Golgiennes, suggérant que l'intégrité du Golgi est altérée dans ce mutant. Utilisant de l'imagerie sur cellules vivantes, j'ai montré que la distribution d’Abp1 (Actin binding protein 1), qui est un rapporteur des sites d’endocytose, est aussi altérée dans le mutant ypt6, en ceci qu’elle n’est plus restreinte à l’apex de l’hyphe, comme observé dans les cellules sauvages. Ces données suggèrent que le défaut de maintien de la croissance hyphale du mutant ypt6 est au moins en partie associé à une altération de la distribution des sites d’endocytose. En résumé, j’ai identifié le rôle de Ypt6 dans la croissance hyphale invasive et la virulence du pathogène fongique opportuniste de l’homme C. albicans, et mis en évidence une interaction entre deux GTPases, Ypt6 et Arl1, lors du processus de croissance hyphale
Candida albicans is a harmless constituent of the human microbiota that causes superficial infections as well as life threatening infections in immune compromised individuals. The transition from a budding form to the highly polarized hyphal form is associated with virulence and requires cytoskeleton reorganization and sustained membrane trafficking. In a range of eukaryotes, Ras related protein in the brain (Rab) G proteins and their regulators have been shown to play a central role in membrane traffic. The objective of this work is to understand the role of Rab proteins, in particular Ypt6, the homolog of Human Rab6, in the morphological transition and virulence of C. albicans. To this aim, I generated loss of function mutants and found that YPT6 is not essential for viability, yet was critical for cell wall integrity and invasive hyphal growth, with ypt6 hyphal filaments shorter compared to that of the wild type (WT). Furthermore, YPT6 was important for virulence in two murine candidiasis models. I determined that Ypt6 was localized at the late Golgi compartment during hyphal growth, where it co-localized with Arl1, a small GTPase of the Arf (ADP Ribosylation Factor) family, also required for hyphal growth and virulence. Interestingly, overexpression of YPT6 specifically rescued the hyphal growth defect of the arl1 mutant, but not the converse. Further characterization of the ypt6 deletion mutant showed that the number of Golgi cisternae is increased in this mutant compared to that of WT strain, suggesting an alteration of Golgi integrity. In addition, using live cell imaging I showed that the distribution of Actin binding protein 1 (Abp1), which is a reporter for actin patches, was altered in the ypt6 mutant, in that it was no longer restricted to the tip of the filament, as is observed in WT cells. These data suggest that the defect in hyphal growth maintenance of the ypt6 deletion mutant is at least partly associated with an alteration of the distribution of endocytic sites. Thus, I identified a critical role of Ypt6 during invasive hyphal growth and virulence in the human fungal opportunistic pathogen C. albicans and revealed an interaction between Ypt6 and Arl1 in the hyphal growth process

Candida glabrata est le second agent étiologique des candidoses de l'adulte. Nous avons développé une PCR pour le différentier de C. Bracarensis et C. Nivariensis deux espèces phénotypiquement identiques. Le développement d’une méthode de typage par microsatellites, nous a permis de montrer une répartition des souches principalement au sein de six complexes clonaux, l’un ne comportant que des souches MATα. La méthode a été validée pour le traçage des souches. L’analyse des génotypes de souches isolées du tube digestif humain et d’hémocultures a montré que C. Glabrata pouvait micro-évoluer au niveau du tube digestif, qu’une transmission intrafamiliale existait et que les souches digestives présentaient une diversité génétique plus importante. Celle-ci a été aussi retrouvée par l’analyse du polymorphisme de taille des gènes EPA. Nous avons étudié comparativement l’adhésion in vitro sur cellules Caco2, de souches présentant des génotypes différents. Le niveau d’adhésion n’était pas corrélé aux caractéristiques génétiques mais il existait d’importantes variations selon les souches. Ces résultats devraient être utiles pour des études ultérieures