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Dissertations / Theses on the topic 'Paroi cellulaire – génétique'
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Louvet, Romain. "Approches biochimique et moléculaire du développement de la silique chez Arabidopsis thaliana (L. ) : Régulation et fonctions des Pectine MéthylEstérases." Amiens, 2008. http://www.theses.fr/2008AMIE0109.
Full textAbstract:
La paroi végétale est composée de polymères complexes de nature protéique, phénolique et polysaccharidique. Ces derniers se répartissent en trois catégories, les celluloses, les hémicelluloses et les pectines. Les homogalacturonanes (HG), composant majeurs des pectines, peuvent être déméthylestérifiés par des enzymes pariétales, les pectine méthylestérases (PMEs, E. C. 3. 1. 1. 11), qui constituent, chez Arabidopsis thaliana une famille multigénique de 66 membres. Au cours de cette étude, nous avons analysé de manière quantitative et qualitative les modifications des composés polysaccharidiques pariétaux au cours du développement de la silique chez Arabidopsis. La maturation de la silique se caractérise notamment par une diminution du degré de méthylestérification des HG et une augmentation de l’activité PME, ce qui nous a conduit à quantifier par RT-qPCR l’expression des 66 gènes codant ces enzymes putatives lors de ce processus de développement. Ceci a permis de mettre en évidence cinq groupes d'expression, et d'isoler plusieurs gènes présentant un profil intéressant sur lesquels la localisation tissulaire de l’expression a été réalisée grâce à des constructions entre leur promoteur et le gène codant la β-glucuronidase. Parmi ceux–ci, le gène At5g47500 est exprimé dans le méristème apical caulinaire et coexprimé dans de nombreux tissus avec le gène At5g20740 codant un inhibiteur de PME putatif. Une approche du rôle de AT5G47500 dans le fonctionnement du méristème a été menée, permettant de montrer que cette protéine joue effectivement un rôle dans le contrôle du degré de méthylestérification des pectines de celui-ci. La modification de la structure pariétale pourrait participer à l'émergence des primordiaPlant cell wall is a complex network which consists of phenolic, proteic and polysaccharadic compounds. The latter comprises notably cellulose, hemicelluloses and pectins. Homogalacturonans, which are one of the main pectic compounds, can be demethylesterified by cell wall bases enzymes, pectin methylesterases (PMEs, EC 3. 1. 1. 11), a multigenic family of 66 members in Arabidopsis thaliana. In this study, we have quantitatively and qualitatively analysed the cell wall polysaccharides composition during silique development in Arabidopsis. The decrease in the degree of methylesterification of homogalacturonan and the increase of total PME activity during silique maturation has lead us to investigate the variation in the expression of the 66 PMEs genes, using RT-qPCR, during this developmental process. Our results showed that PME gene expression can be clustered into five groups, and allowed some gene of interest to be chosen for further analysis. For several candidates, the precise tissue localization was realised using promoter::GUS fusions. This showed that one PME gene, At5g47500, is expressed in the shoot apical meristem and is coexpressed in many tissues with the At5g20740 gene, which encodes a putative PME inhibitor. A functional genomic approach showed that the function of AT5G47500 might be related to the fine tuning of the degree of methylesterification in meristematic tissues, which could play a role in the changes in cell wall structure leading to primordia emergence
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Turbant, Amélie. "Modification des pectines et développement de la graine d'Arabidopsis thaliana." Amiens, 2014. http://www.theses.fr/2014AMIE0115.
Full textAbstract:
La paroi primaire des cellules végétales est composée majoritairement de polysaccharides, notamment de microfibrilles de cellulose et d'hémicelluloses maintenues dans une matrice de pectines (Cosgrove, 2001). Parmi ces dernières, les homogalacturonanes (HG) qui sont les plus abondants peuvent être modifiés par des enzymes pariétales à l'origine de changements de structure de la paroi (Yadav et al. , 2009). Les gènes codant certaines de ces enzymes sont exprimés dans la graine d'Arabidopsis thaliana, suggérant un rôle de celles-ci dans le développement de la graine. L'étude de mutants d'insertion obtenus pour certains de ces gènes a mis en évidence un rôle de la pectine méthylestérase 58 (PME58) dans la structuration du mucilage. Le mucilage est une matrice riche en pectines produite par les cellules épidermiques du tégument de la graine et libérée lors de leur imbibition. Notre étude a montré que la PME58 est impliquée dans la déméthylestérification des HG présents dans le mucilage, dont la majorité provient probablement de la fragmentation des parois primaires des cellules épidermiques lors de l'extrusion du mucilage. L'étude des mutants pme58 par des approches analytiques et par immunodétection a montré que la PME58 est impliquée dans la régulation de la structuration et de la cohésion du mucilage, via la modulation des interactions entre les composants pectiques et cellulosiques
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Chateau, Sophie. "Les marqueurs de la compétence cellulaire à la transformation génétique via agrobacterium tumefaciens, chez les plantes modèles petunia hybrida L. Et arabidopsis thaliana L." Amiens, 2000. http://www.theses.fr/2000AMIE0105.
Full text
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Lacoux, Jérôme. "Etude de la régulation et du rôle du gène Lupme3 codant pour une pectine méthylestérase de lin (Linum usitatissimum) par transgenèse." Amiens, 2002. http://www.theses.fr/2002AMIE0206.
Full text
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Baldwin, Laëtitia. "Recherche de critères pertinents permettant de caractériser le déterminisme génétique des effets du froid sur la paroi végétale de pois." Amiens, 2011. http://www.theses.fr/2011AMIE0114.
Full textAbstract:
Les effets de l’acclimatation au froid sur le métabolisme pariétale du pois ont été étudiés grâce à une approche intégrative sur deux génotypes de pois, un tolérant au gel (Champagne) et un sensible au gel (Térèse). Les plantes ont été mises en culture en conditions contrôlées et les stipules de plantes ayant subi une acclimatation au froid (CA) ou non (NA) ont été récoltées à différents temps de prélèvements. La composition en sucres neutres non cellulosiques de la paroi, la teneur en acides uroniques et leur degré de méthylestérification (DM) ont été analysés par l’utilisation combinée de plusieurs approches dont l’analyse en chromatographie en phase gazeuse, la spectroscopie infrarouge à transformée de Fourier (FTIR) et l’immunolocalisation d’épitopes pectiques grâce à l’utilisation d’anticorps spécifiques. Les modifications d’expression de transcrits liés aux enzymes de la paroi ont été étudiés grâce à une analyse microarray et les activités des enzymes de remaniement des pectines ont été déterminées. Le froid induirait une expression différentielle de transcrits codant différentes enzymes et protéines pariétales. Ceci aurait des conséquences sur la composition de la paroi avec des variations distinctes de la teneur en résidus arabinose, xylose et galactose chez Champagne et Térèse. L’acclimatation au froid entraînerait une augmentation du DM, observée également par un marquage plus fort par l’anticorps JIM7 chez Champagne par rapport à Térèse. Notre étude montre que, chez les tissus végétatifs du pois, des modifications spécifiques de la composition en sucres neutres et du DM conduiraient à des modifications dans la solubilisation des pectines et donc des changements d’interactions entre les polymères pariétaux. Cela induirait une augmentation de la rigidité pariétale lors de l’acclimatation au froid et lors d’un gel. Ce travail ouvre la voie pour utiliser dans des études de génétique quantitative, les déterminants pariétaux permettant de discriminer les génotypes au niveau de leur tolérance au gel contrastéeThe effects of cold acclimation on pea cell wall metabolism were investigated, using an integrated approach, on one frost-tolerant genotype (Champagne, C) and one frostsensitive genotype (Terese, T). Plants were grown under controlled conditions and stipules of cold (CA) - and non-cold-acclimated (NA) plants were harvested at different time points. Cell wall non cellulosic neutral sugar composition, uronic acid content and their degree of methylesterification (DM) were determined using combined approaches including Gas Chromatography (GC), Fourier Transform InfraRed spectroscopy (FTIR) and immunolocalization of pectic epitopes using specific antibodies. The changes in transcript levels of cell wall-related enzymes were investigated using microarrays and the activities of pectin remodeling enzymes were determined. Cold induced differential expression of transcripts encoding cell wall proteins/enzymes. It had consequences on cell wall composition, with opposite changes in the content of arabinose, xylose and galactose residues in Champagne and Terese. Cold acclimation induced an increase in the DM, notably observed by a greater JIM7 labeling in Champagne compared to Terese. Our study demonstrate that, in vegetative tissue of pea, specific changes in neutral sugars and DM is likely to lead to changes in pectin solubilisation, in polymers interactions and an increase in cell wall rigidity during cold acclimation is observed. Our work paves the way for using, in quantitative genetics studies, cell wall determinants as criteria for discriminating between genotypes with contrasting cold tolerance behaviour
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Cuello, Clément. "Vers l'élaboration d'un modèle de construction des parois secondaires des fibres de bois chez le peuplier." Electronic Thesis or Diss., Orléans, 2021. https://theses.univ-orleans.fr/prive/accesESR/2021ORLE3118_va.pdf.
Full textAbstract:
Les arbres atteignent des hauteurs et des durées de vie considérables grâce aux propriétés remarquables de leur bois. En effet, le bois remplit trois fonctions principales : (i) la conduction de la sève brute de la racine au houppier, (ii) le soutien mécanique de la masse toujours en augmentation de l'arbre en croissance et (iii) le stockage de réserves temporaires, capitales pour la pérennité de l'arbre. Chez les angiospermes, les vaisseaux, les fibres et les rayons parenchymateux sont, respectivement, affiliés à ces fonctions. Chacune de ces cellules possède son propre schéma de développement. Par ailleurs, la composition et la structure des parois de ces cellules varient considérablement en fonction des stades de développement et des conditions environnementales. Cette complexité représente donc un frein à l’étude des mécanismes moléculaires de la formation du bois. Cette difficulté peut être contournée par le développement d’approches à l’échelle cellulaire.La thèse présentée ici vise à une caractérisation du développement des fibres, plus particulièrement de leurs parois secondaires, par le déploiement d’outils de caractérisation à l’échelle cellulaire et d’une analyse intégrative à cette échelle. Le développement d’une méthode de caractérisation des parois à l’échelle cellulaire, l’imagerie hyperspectrale en ATR-FTIR, a permis une analyse fine des différences entre types cellulaires au sein d’un arbre et entre types de bois pour un même type cellulaire. L’étude de données transcriptomiques obtenues par RNA-Seq de fibres et rayons micro disséqués a, elle, permis d’identifier des différences transcriptionnelles entre ces deux types cellulaires. La combinaison de ces deux résultats a permis d’identifier des acteurs semblant majeurs dans le développement des fibres de bois. Ce travail de thèse ouvre donc des perspectives de recherche permettant de mieux comprendre les mécanismes moléculaires associés à la formation des fibres de boisTrees are able to grow high et survive many years thanks to their wood properties. Wood delivers three major functions in trees : (i) water conduction, (ii) mechanical support et (iii) nutrient storage. In Angiosperm trees, vessels, fibers et parenchyma rays are respectively assigned to these functions, each of them following their own development scheme. Cell wall composition et structure varies greatly depending on cell type, developmental stage et environmental conditions. This complexity therefore represents a hindrance to study the molecular mechanisms of wood formation. However, this can be circumvented by the development of cell-specific approaches.This work aims at characterizing fiber development, focusing on their secondary cell wall, developing cell-specific methods et integrative analysis at the cell level. Development of ATR-FTIR hyperspectral imaging enabled to finely characterize differences in cell wall composition between cell types in a tree et within cell types in different types of wood. Transcriptomics data obtained by RNA-Seq of microdissected fibers et rays gave rise to major differences in the transcriptome of these two cell types. Combining both kind of result led to the identification of key players in fibers development. Hence, this work opens up new research hypothesis, which could lead to a better understanding of the molecular mechanisms underlying wood fiber development, including from a dynamic perspective
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Guillaumie, Sabine. "Identification et études d'expression de gènes connus ou putativement impliqués dans l'élaboration et la variabilité de digestibilité des parois du maïs fourrage." Poitiers, 2006. http://www.theses.fr/2006POIT2258.
Full textAbstract:
Le maïs fourrage est considéré comme la plante de stock incontournable pour l'alimentation des ruminants. Sa valeur alimentaire est essentiellement liée à la digestibilité des constituants de la paroi cellulaire. La teneur et la structure des lignines, ainsi que les relations entre la lignine et les autres constituants pariétaux sont les principales composantes influençant la digestibilité des parois des fourrages. A ce jour, seuls les gènes impliqués dans la voie de biosynthèse des lignines ont été identifiés et étudiés, mais leurs variations ne sont pas suffisantes pour expliquer les différences de digestibilité observées entre lignées. L'objectif de mon travail de thèse est d'identifier et d'étudier de nouveaux gènes candidats impliqués dans les variations de digestibilité des parois du maïs fourrage. La démarche utilisée repose sur une approche transcriptomique. Une puce à ADN, spécifique de la paroi du maïs, a été conçue à partir de séquences Zinnia, issues d'une banque SSH "paroi", et de recherche bioinformatique de gènes impliqués dans l'élaboration de la paroi. Une base de données "Maize Cell Wall Database" a été créée afin de regrouper les séquences et les analyses bio-informatiques effectuées. 683 Gene Specific Tags correspondant aux 3'UTR des gènes impliqués dans l'élaboration de la paroi ont été amplifiés et déposés sur notre "Maize Cell Wall Macroarray". Cette puce a été hybridée avec des ADNc radiomarqués provenant de différents tissus de maïs récoltés à différents stades de développement afin de mettre en évidence la dynamique d'expression des gènes pariétaux au cours du développement. La puce "paroi" a aussi été hybridée avec des ADNc provenant i) des mutants brown midrib, qui diffèrent par leur contenu en lignine et leur digestibilité, et ii) de lignées de maïs se distinguant par des digestibilités de parois différentes. Les résultats obtenus mettent en évidence l'intégration de la lignification dans un ensemble de régulations bien au delà des simples gènes du "lignin pathway". La puce "paroi" nous a permis de commencer à visualiser des co-régulations transcriptionnelles des gènes de composants pariétaux et de mettre en évidence l'empreinte transcriptionnelle d'une bonne digestibilité. Grâce aux résultats obtenus au cours de ce travail, avec la mise en évidence d'un ensemble original de gènes impliqués dans la biogenèse des parois, il sera possible de comprendre les bases des différences de digestibilité observées entre lignéesForage maize serves as a basis of ruminant nutrition. Forage feeding value is essentially related to digestibility of cell wall components. Lignin content and structure, and relations between lignin and other cell wall components are the main characteristics influencing forage cell wall digestibility. To date, only few genes involved in the lignin biosynthesis pathway have been identified and characterised, but their variations in expression are not sufficient to explain differences in digestibility between lines. The aim of my PhD is to identify and to study new candidate genes implicated in variations of cell wall digestibility of forage maize. The strategy used is based on a transcriptomic approach. A maize cell wall specific cDNA macroarray was constructed with maize homologs to Zinnia sequences, derived from a secondary cell wall SSH library, and a bioinformatic search of genes involved in cell wall formation. A "Maize Cell Wall Database" was constructed in order to centralize sequences and results from in depth bioinformatic analyses. 683 Gene Specific Tags, derived from 3'UTR of each gene involved in cell wall formation, were amplified and spotted on our "Maize Cell Wall Macroarray". This chip was hybridized with radiolabelled cDNA coming from different tissues of maize collected at various stages of development in order to highlight the dynamics of expression of parietal genes during the development. The cell wall macroarray was also hybridized with radiolabelled cDNA coming from i) brown midrib mutants, which differ by their lignin content and digestibility, and ii) maize lines previously characterized by different cell wall digestibilities. Results obtained highlight integration of lignification in a whole pattern of regulation far beyond genes of the "lignin pathway". The cell wall macroarray enabled us to start visualizing transcriptional co-regulations in genes of cell wall components and highlighting a transcriptional print of a good digestibility. Thanks to the results obtained during my PhD, with the description of an original set of genes implied in cell wall biogenesis, it will be possible to uderstand the bases of digestibility differences observed between maize lines
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Al-Qsous, Suha. "Purification et étude de l’expression d’une pectine méthylestérase de lin : rôle de cette isoforme dans la rigidification de la paroi." Rouen, 2005. http://www.theses.fr/2005ROUES050.
Full textAbstract:
Les pectines méthylestérases (PME, EC. 3. 1. 1. 11) sont des enzymes pariétales qui catalysent la déméthylestérification des pectines. Chez les plantes supérieures, les PME existent sous de nombreuses isoformes et sont impliquées dans divers processus de développement. Trois gènes (Lupme5, Lupme3 et Lupme1) codant des PME ont été isolés de l’hypocotyle de lin (Linum usitatissimum). Au cours de ce travail, nous avons purifié une isoforme très basique (B2 pI 9. 5), qui se trouve sous une forme mature (35 kDa) au sein de la paroi. Nous nous sommes intéressés aussi à l’expression du gène codant cette isoforme (LuPME5). Pour mieux comprendre ses rôles possibles dans l’hypocotyle, nous avons comparé l’expression de Lupme5 avec celle des deux autres gènes dans les différentes zones d’élongation et de maturation de l’hypocotyle de plantules âgées de 4, 6 et 10 jours à l’aide de la RCT-PCR semi-quantitative. Cette technique nous a permis de montrer que Lupme5 est le gène le plus exprimé, mais aussi qu’il a un profil d’expression qui pourrait être lié à la rigidification de la paroi après élongation. Une construction contenant une séquence partielle de ce gène (comprenant la partie N-terminale, spécifique de LuPME5), insérée en orientation antisens, sous le contrôle du promoteur CaMV 35S, a été transférée dans le lin. Parmi les cals transgéniques antisens obtenus, certains ont présenté une baisse de l’expression de l’ARNm de Lupme5 et de l’activité PME et de la quantité de protéine révélée par Western blot. Une légère augmentation dans le pourcentage de méthylestérification de la paroi a été observée chez ces cals transgéniques, indiquant une certaine efficacité de la construction antisensPectin methylesterases (PME, EC. 3. 1. 1. 11) are enzymes that demethoxylate pectins in the cell wall. Numerous PME isoforms exist in higher plants; these isoforms are known to play different roles in various developmental processes. Three genes (Lupme5, Lupme3 and Lupme1) encoding PME were isolated from flax (Linum usitatissimum) hypocotyls. We purified the mature LuPME5 isoform which was found to have a very basic isoelectric point (pI 9. 5) and a molecular mass of 35 kDa. In order to understand the possible roles of this isoform in the hypocotyls, we first performed a semi-quantitative RT-PCR in order to compare the expression levels of Lupme5 with Lupme3 and Lupme1. The expression of these genes was essayed in the different elongation and maturation zones of the hypocotyls of 4, 6 and 10 days old plants. The result showed that Lupme5 is the most expressed gene and that its expression profile could be correlated with the cell wall stiffening after elongation. A construct, containing a partial specific sequence of Lupme5 (in the antisense orientation) was introduced into flax genome. The antisense transformants displayed reduction in the levels of Lupme5 mRNA expression, crude PME activity and protein content. A slight increase in the degree of methylesterification of the cell wall was observed in the antisense constructs, indicating the functional efficiency of these constructs
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Paque, Sébastien. "Mise en évidence d’éléments de signalisation en aval du récepteur d’auxine ABP1." Thesis, Paris 11, 2013. http://www.theses.fr/2013PA112079/document.
Full textAbstract:
L’auxine est une hormone fondamentale dans le développement et la physiologie de la plante. L’obtention des plantes conditionnelles pour ABP1 a permis la mise en évidence de son importance dans la signalisation de l’auxine. Ainsi ABP1 agirait d’une part sur l’endocytose de vésicules à clathrine au niveau de la membrane plasmique et d’autre part sur la stabilité des Aux/IAAs. Ce dernier résultat suggère qu’une voie de signalisation en aval d’ABP1 permet de modifier l’homéostasie de la voie de régulation transcriptionnelle de l’auxine, la voie SCFTIR/AFBs.Mon travail de thèse a consisté à caractériser les plantes inactivées pour ABP1 lors de la croissance à l’obscurité dans la plante modèle Arabidopsis thaliana. Mon étude montre qu’ABP1 contrôle l’expansion cellulaire en jouant sur la plasticité pariétale. J’ai ainsi pu mettre en évidence une modification de la proportion de formes fucosylées des chaînes latérales des xyloglucanes, le principal hémicellulose de la paroi primaire chez Arabidopsis. Cette modification de la fucosylation des xyloglucanes requiert des changements d’expressions géniques médiés ce qui conforte l’existence d’une voie de signalisation reliant ABP1 à la voie SCFTIR/AFBs.En parallèle, j’ai mené une approche génétique de recherche de suppresseurs du phénotype lié à l’inactivation d’ABP1 à l’obscurité. Parmi les dix lignées validées, j’ai d’ores et déjà identifié le gène DCL3 comme étant impliqué dans la suppression du phénotype ss12k et mis en évidence l’implication de la voie d’extinction de gènes par l’intermédiaire de petits ARNs non codant (voie RdDM) dans le contrôle de l’expansion cellulaireAuxin is a key hormone concerning the control of plant physiology and the impact on plant development. Conditional plants for ABP1 allowed the post embryonic studies and have contributed to demonstrate the involvement of ABP1 in a broad range of cellular and developmental responses including the clathrin-dependent endocytosis and the regulation of Aux/IAAs homeostasis. These datas revealed that an ABP1-dependent pathway is acting on transcriptional regulation by modulating the SCFTIR/AFBs signaling pathway. I took advantage of the phenotype of dark grown seedlings to study cell expansion in ABP1 loss of function background. ABP1 knockdown induced modifications of fucosylated form of xyloglucan side chains that are the main hemicellulose in Arabidopsis primary cell wall. All data converge to show that this effect results from alterations of expression of cell wall related genes via the modulation of the SCFTIR/AFBs pathway. In parallel, I used a suppressor approach to discover new signaling components downstream of ABP1. Characterisation of one of the suppressor leads to the identification of a loss of function allele of DCL3. This data demonstrates the involvement of the RNA directed DNA methylation pathway downstream of ABP1
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Paux, Etienne. "Identification de gènes-candidats impliqués dans la formation du xylème chez l'eucalyptus." Toulouse 3, 2004. http://www.theses.fr/2004TOU30126.
Full textAbstract:
La formation du xylème est un exemple de différentiation terminale unique chez les végétaux supérieurs qui met en jeu des processus fondamentaux tels que la division cellulaire, l'élongation, la formation d'une paroi secondaire lignifiée et la mort cellulaire programmée. Les propriétés physicochimiques des parois secondaires lignifiées du xylème conditionnent par ailleurs les propriétés du bois chez les arbres forestiers. Malgré l'importance que revêt la xylogenèse tant au plan fondamental qu'au plan appliqué, nos connaissances des mécanismes moléculaires qui sous-tendent ce processus sont encore très fragmentaires. Ces travaux de thèse se situent dans ce contexte et visaient à identifier chez l'Eucalyptus, première espèce de reboisement industriel dans le monde, des gènes potentiellement impliqués dans le contrôle génétique de la qualité du bois. Dans un premier temps, nous avons développé une approche de génomique fonctionnelle afin de sélectionner les gènes préférentiellement ou spécifiquement exprimés dans le xylème en différentiation. Dans ce but, nous avons combiné la construction d'une banque soustractive normalisée (SSH) de xylème et l'utilisation de macroarrays ce qui nous a conduits à identifier 224 EST indépendantes (ou unigènes), dont 81% présentaient une expression spécifique ou préférentielle dans le xylème. Parmi les gènes dont la fonction a pu être identifiée par recherche d'homologie dans les banques de biomolécules, près d'un tiers est associé à des mécanismes de signalisation et de biogenèse de la paroi. Ceci souligne l'importance dans la xylogenèse de l'intégration de signaux de mettre en évidence des gènes non encore identifiés. Exogènes et endogènes et de l'activation subséquente des gènes intervenant dans la biosynthèse et le remaniement de la paroi. Une forte proportion d'unigènes (44%) ne présentent pas d'homologie dans les bases de données, suggérant que l'approche développée a permis. . .
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Galvez, Lopez Didiana. "Etude des déterminants structuraux et génétiques de la texture de la pomme." Nantes, 2011. http://www.theses.fr/2011NANT2036.
Full textAbstract:
La texture est un critère majeur déterminant la qualité de la pomme. Elle dépend de facteurs cellulaires (parois cellulaires et pression de turgescence) et histologiques à différentes échelles lesquelles sont sous contrôle génétique. L’objectif de cette thèse était d’identifier des marqueurs génétiques associés à la texture du fruit. Une descendance de 150 individus a été phénotypée sur deux années à trois stades de conservation pour des caractères sensoriels et mécaniques, et pour des variables histologiques et biochimiques de la paroi cellulaire. Des corrélations entre des mesures instrumentales et sensorielles et des paramètres histologiques ont été établies alors qu’aucune n’a été trouvée avec les variables biochimiques. Les valeurs d’héritabilité varient de 0. 16 à 0. 94 pour l’ensemble des variables. La recherche de QTL s’est focalisée sur les 31 caractères les plus héritables. Au total, 127 QTL ont été localisés dans 36 régions réparties sur les 17 groupes de liaison du pommier : 25 codent pour les variables instrumentales et sensorielles, sept pour des paramètres histologiques, 27 pour des structures biochimiques pariétales. 19 régions montrent une co-localisation entre des caractères sensoriels et/ou instrumentals avec les mesures histologiques et/ou biochimiques, révélant pour la première fois des liens entre le contrôle génétique de caractères de texture de la pomme avec ceux de déterminants structuraux de la paroi. Ces résultats originaux offrent une base pour la recherche de gènes les contrôlant. Ils ouvrent également de nouvelles perspectives pour l’amélioration de la qualité de la pomme par sélection assistée par marqueurs moléculairesTexture is a major criterion of apple quality. It depends of cellular (cell wall and turgor pressure) and histological factors at different scales, which are under genetic control. The objective of this thesis was to identify new genetic markers related to fruit texture traits. A progeny of 150 individuals was phenotyped over two years at three different storage dates for sensory and mechanical traits, for histological parameters and cell wall biochemistry. Significant correlations were found between texture and histological traits, but no correlations were established with cell wall structures. The heritability values for all the traits varied from 0. 16 to 0. 94. The QTL mapping was focused on the 31 most heritable variables. A total of 127 QTL were located on 36 regions within the 17 apple linkage groups : 25 map for instrumental and sensory parameters, seven for histological and 27 for biochemical cell wall structures. 19 regions showed co-localization between sensory and/or instrumental characters with histological and/or biochemistry, revealing for the first time links between the genetic control of apple texture traits with those of structural cell wall determinants. Three regions co- localized with candidate genes related to fruit development and ripening identified in previous studies. These original results open new perspectives for improving the quality of apple by molecular marker-assisted breeding. They also provide a basis for deciphering new genes controlling structural determinants of texture
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Lagorce, Arnaud. "Etude du mécanisme de compensation induit en réponse à des mutations pariétales chez la levure Saccharomyces cerevisiae." Toulouse, INSA, 2002. http://www.theses.fr/2002ISAT0021.
Full textAbstract:
La paroi de Saccharomyces cerevisiae est une structure complexe composée de polymères de résidus de glucose (b-glucanes), de mannose (mannanes) et de N-acétylglucosamine (chitine). Pour étudier le mécanisme de compensation induit en réponse à une mutation pariétale, nous avons analysé cinq mutants affectés différemment dans la structure pariétale. Ce travail a dans un premier temps mis en évidence le rôle majeur du gène GFA1, codant pour une glutamine fructose-6P-amidotransférase, dans l'activation de la synthèse de la chitine induite en réponse aux mutations pariétales. Dans un second temps, nous avons analysé le mécanisme de compensation pariétale grâce à l'utilisation de filtres à haute densité. Cette approche a permis la caractérisation de la signature transcriptionnelle du mécanisme de compensation et l'identification d'un nouveau motif de régulation potentiellement fonctionnel : WCE (pour Wall Consensus Element). Enfin, l'analyse des promoteurs des gènes impliqués dans le mécanisme de compensation pariétale suggère que ce mécanisme soit gouverné par deux systèmes de régulation : la voie de maintien de l'intégrité cellulaire et la voie de réponse générale aux stressSaccharomyces cerevisiae cells are surrounded by a cell wall, which consists of a complex structure essentially composed of polymers of glucose units (b-glucans), of mannose units (mannans) and of N-acetylglucosamine units (chitin). In order to investigate on the cell wall rescue mechanism induced in response to cell wall mutations, we studied five mutants affected in different pathways of the cell wall metabolism. First, this work demonstrated the key role played by the gene GFA1, which encodes a glutamine fructose-6P-amidotransferase, in the activation of the chitin biosynthesis pathway in response to cell wall mutation. Secondly, we investigated the cell wall rescue mechanism using high density filters arrays. This approach led to the characterisation of the cell wall compensatory transcriptional signature and to the identification of a novel regulatory motif named WCE (for Wall Consensus Element). Moreover, promoter analysis of the genes implicated in the cell wall compensatory mechanism clarified the two regulatory pathways underlying this mechanism : the cell wall integrity pathway and the general stress response pathway
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Roeder, Vincent. "Recherche et étude de marqueurs moléculaires de la réponse au stress chez l'algue brune Laminaria digitata." Rennes 1, 2006. http://hal.upmc.fr/tel-01115470.
Full textAbstract:
Afin d'identifier des marqueurs moléculaires de la réponse au stress et des gènes impliqués dans la synthèse de la paroi cellulaire chez l'algue brune Laminaria digitata, 1985 EST issus de protoplastes (cellules isolées et stressées) ont été générées. Un quart de ces EST mannuronane-C5-épimérases (ManC5), seraient impliquées dans la synthèse de la paroi. La production de protoplastes entraînant la libération d'oligoguluronates et mimant ainsi l'attaque par un pathogène, la technique d'hybridation soustractive sur des sporophytes élicités a permis d'identifier des gènes plus spécifiques au stress (heat shock proteins, glutathion S-transférases) ou à la défense (thiorédoxine péroxydases, 6-phosphogluconate déshydrogénase, glucose 6-phosphate déshydrogénase). De plus, nous avons mesuré des variations d'expression pour quatre ManC5 par PCR quantitative chez les protoplastes et des sporophytes élicités.
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Rahantamalala, Anjanirina. "Identification et caractérisation des éléments cis régulateurs des promoteurs des gènes EgCAD2 et EgCCR codant des enzymes clés de la voie de biosynthèse des lignines chez l'Eucalyptus." Toulouse 3, 2009. http://thesesups.ups-tlse.fr/638/.
Full textAbstract:
La cinnamoyl CoA réductase (CCR) et l'alcool cinnamylique deshydrogénase (CAD) sont les enzymes terminaux de la voie de biosynthèse des monomères de lignines, polymères phénoliques pariétaux. Nous avons entrepris la caractérisation fonctionnelle des éléments cis des promoteurs EgCAD2 et EgCCR d'Eucalyptus gunnii potentiellement impliqués dans l'expression vasculaire de ces gènes, via une approche de mutagenèse dirigée. Nos résultats montrent l'importance majeure des éléments cis de type MYB pour la formation des complexes ADN-Protéines in vitro et pour l'activation de la transcription des gènes dans les tissus vasculaires de tiges de tabac. Dans le promoteur EgCAD2, nous avons identifié un nouvel élément cis " BSb " qui joue un rôle dans l'expression cambiale. Nous avons également optimisé un protocole de purification biochimique des protéines régulatrices capables de reconnaître les éléments régulateurs cisThe cinnamoyl CoA reductase (CCR) and cinnamyl alcohol dehydrogenase (CAD) are the two terminal enzymatic steps for the biosynthesis of lignin monomers, phenolic cell wall polymers. To functionally characterize the cis elements identified in EgCAD2 and EgCCR promoters of Eucalyptus gunnii putatively involved in the vascular expression of these genes, a site-directed mutagenesis approach was performed. The cis elements MYB were shown to be critical for the formation of DNA-protein complexes in vitro and for the transcriptional activation of EgCAD2 and EgCCR in the vascular tissues of tobacco stems. We have also identified a new cis element (BSB) in the EgCAD2 promoter, important for the expression in the cambial zone. Finally, we have optimized a protocol for the biochemical purification of cognate trans protein factors able to recognize these regulatory elements
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Huis, Rudy. "Régulation des « gènes lignine » chez le lin à fibres, Linum usitatissimum L." Thesis, Lille 1, 2012. http://www.theses.fr/2012LIL10050.
Full textAbstract:
Le lin est une plante annuelle cultivée pour ses fibres longues et ses graines oléagineuses. Les fibres sont traditionnellement employées dans l’industrie textile et, depuis peu, incorporées dans des agro-matériaux. Les fibres longues sont situées dans la tige entre l’écorce et le bois, en périphérie du phloème. Les cellules fibreuses sont essentiellement composées de parois secondaires dans lesquelles la teneur en lignine est faible (2% à 4%). C’est pourquoi, elles sont qualifiées d’« hypolignifiées ». En effet, une paroi secondaire « classique » est généralement composée de 40 à 50% de cellulose et de 20 à 30% de lignine. Ainsi, nous suggérons l'existence d'une régulation particulière lors de la mise en place de cette paroi. On ne retrouve ce type de paroi secondaire que dans de très rares cas chez les végétaux comme dans d'autres fibres phloémiennes présentes par exemple chez le chanvre, mais aussi dans les couches G du bois de tension. Le lin est donc un bon modèle d’étude pour la compréhension de la régulation de la lignification des parois secondaires. Mes travaux visent ainsi à améliorer nos connaissances sur les mécanismes cellulaires et moléculaires permettant de mettre en place une telle paroi. Les raisons pour lesquelles ces fibres contiennent de faibles quantités de lignine demeurent complètement inconnues. Différentes pistes peuvent être explorées et parmi celles-ci, l'existence de phénomènes de régulations géniques spécifiques à ces types cellulaires. Les travaux réalisés dans le cadre de ma thèse s'inscrivent dans l'hypothèse de l'existence d'une régulation transcriptionnelle à ce niveauFlax is an annual species cultivated for its fibers and seed oil. Flax bast fibers are traditionally used in textiles and since more recently, they are integrated in composite materials used in automobile and construction industries. These fibers are located between the epidermis and the secondary xylem. Their cell walls contain unusually low amounts of lignin (2 %) compared to more classical secondary cell walls (between 20 and 30 %). So we suggest the existence of a special regulatory control of lignification within these fibers. The same types of cell walls also exist in other bast fibers such as in hemp but also in the G-layer of tension wood. Flax is a suitable model to gain knowledge on the lignification process. The reason why the bast fibers are hypolignified is completely unknown and may be due to a regulatory control at the gene transcription level
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Chabi, Malika. "Approches transcriptomique et protéomique pour étudier les rôles de l’environnement et du génotype sur le métabolisme pariétal chez le lin." Thesis, Lille 1, 2015. http://www.theses.fr/2015LIL10206/document.
Full textAbstract:
Le lin (Linum usitatissimum L.) est cultivé pour ses fibres riches en cellulose utilisées dans l’industrie textile et pour l’élaboration des matériaux composites. La « qualité » des fibres dépend, en partie, de la structure de la paroi cellulaire et nous avons donc essayé de mieux comprendre les différents facteurs pouvant impacter sur la composition des parois cellulaires chez le lin. Dans un premier temps nous avons validé un nouvel support de microarray de type Nimblegen en passant d’un système à base d’oligonucléotides courts (25-mer) à une version avec oligonucléotides longs (60-mer) pour des analyses de transcriptomique. Ensuite une étude protéomique sur plusieurs organes végétatifs nous a permis d’identifier 1242 protéines non-redondantes dont 410 sont associées au métabolisme pariétal. En parallèle nous avons démontrés la présence des hémicellulose de type xyloglucane dans les parois des fibres de lin et mis en évidence une importante paralogie de la famille IIIA des XTHs (xyloglucan endo-transglycosylase/hydrolase) potentiellement impliqué dans la formation/structuration de la paroi des fibres de lin. Puis, une comparaison transcriptomique et protéomique entre différentes variétés de lin (fibre printemps, fibre hiver, huile hiver) cultivées au champ sur 2 années consécutives a permis d’identifier 659 gènes différentiellement exprimés (DEGs) au niveau variétale, et 1571 DEGs au niveau environnemental. Un nombre non-négligeable de ces gènes est impliqué dans le métabolisme pariétal permettant ainsi de fournir les premiers indices expliquant le lien entre variété et qualité. Cette dernière étude a également souligné l’importance potentielle de la protéine XTH dans le métabolisme pariétal du lin. Le rôle de l’environnement sur le métabolisme pariétale était explorée d’avantage dans une étude visant à disséquer l’impact d’un stress hydrique sur les transcriptomes de 3 organes végétatifs (tige, feuille, racine). Les analyses préliminaires ont identifié un nombre important de DEGs impliqués dans la biosynthèse et le remodelage de plusieurs polymères pariétauxFlax (Linum usitatissimum L.) is grown for its cellulose-rich bast fibers used in the textile industry and for reinforcing composite materials. Fiber “quality” depends partly on the structure of the cell wall and we have therefore tried to obtain a better understanding of the different factors that can influence the structure of flax cell walls. We firstly confirmed the use of a new Nimblegen microarray changing from a system based on short (25-mer) oligonucleotides to a system based on long oligonucleotides (60 mers). A proteomics approach was then used and allowed us to identify 1,242 non-redundant proteins of which 410 could be related to cell wall metabolism. In parallel we demonstrated the presence of xyloglucan hemicelluloses in flax fiber cell walls and identified an important paralogy in the IIIA XTH (xyloglucan endo-transglycosylase/hydrolase) family potentially implicated in the formation/structuration of the flax fiber cell wall. Then a transcriptomic and proteomic comparison between different field-grown flax varieties (spring fiber, winter fiber, winter oil) over 2 consecutive years allowed us to identify 659 differentially-expressed genes (DEGs) at the variety level, and 1,571 genes at the environmental level. A non-negligible number of these genes is involved in cell wall metabolism thereby providing some initial clues allowing a link to be made between variety and quality. This study also underlined the potential importance of the XTH protein in flax cell wall metabolism. The role of the environment on cell wall metabolism was further explored in a study aiming to dissect the impact of drought stress on the transcriptomes of 3 vegetative organs (stem, leaf, root). Preliminary analyses identified an important number of DEGs involved in the biosynthesis and remodeling of several cell wall polymers
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Mathieu, Mélanie. "Expression de gènes "germin-like" au cours de l'embryogenèse somatique et du développement précoce chez les conifères." Lille 1, 2004. https://pepite-depot.univ-lille.fr/RESTREINT/Th_Num/2004/50376-2004-79.pdf.
Full textAbstract:
Les mécanismes moléculaires de l'embryogenèse somatique chez les gymnospermes ne sont pas complètement compris. Parmi les nombreuses études réalisées visant à améliorer les connaissances sur ce phénomène particulier de développement, certaines ont été menées sur l'implication et le rôle des protéines extracellulaires. Parmi elles, certaines sont des germines et GLPs dont les fonctions ne sont pas totalement connues. Elles appartiennent à une superfamille de protéines apoplastiques exprimées à des stades spécifiques de développement ou lors de stress. Dans les rares cas où une fonction enzymatique a pu être associée à ces protéines, il a été montré qu'elle entraînait la production d'H2O2 au niveau pariétal. PcGER1, un gène GLP avait déjà été isolé chez les conifères. Ses homologues chez le mélèze hybride (LmGER1) et le pin sylvestre (PsGER1) ont été caractérisés. Ces gènes GLPs ont une structure très proche et nous avons montré que les protéines correspondantes ont probablement une activité SOD générant du H2O2. Leurs séquences promotrices, conservées ont été soumises à une analyse bioinformatique révélant qu'elles possédaient dans leur partie distale de nombreux éléments cis retrouvés ans les promoteurs de gènes répondant aux hormones et/ou exprimés dans les tissus embryonnaires, ans la graine ou encore lors de la germination. L'activité du promoteur PcGER1 a été évaluée au cours de la culture de cellules BY-2. Celle-ci s'est révélée maximale en présence de 2,4-D et de BA à la fin de phase exponentielle de croissanceUne analyse par cytométrie en flux a montré que 70 à 80 % des cellules avaient un contenu en ADN en 2C. Les cellules dans lesquelles le promoteur était activé étaient en phase G1. Par ailleurs, la comparaison de l'activité du promoteur pleine longueur et de deux fragments délétés dans la partie distale montre que l'activité décroît avec la longueur du promoteur. Enfin, nous avons mis en évidence une corrélation significative entre le taux de parois et l'activité du promoteur. L'activité du promoteur LmGER1 a été évâluée en système homologue à l'aide d'un gène rapporteur au cours du développement. Nous avons pu montré que l'expression du gène était tissu-spécifique et avait lieu tout au long de l'embryogenèse somatique. Cette expression est localisée au niveau de la coiffe racinaire et des procambia vasculaires de l'hypocotyle et des cotylédons de l'embryon somatique. Au niveau des jeunes plants, l'expression de LmGER1 est située dans la nervure centrale des euphylles au niveau du système vasculaire et précisément dans le procambium vasculaire mais nous avons également pu constater une expression au niveau des cellules de garde des stomates. Enfin, une construction provoquant de l'IR-PTGS a été introduite dans des masses embryogènes de mélèze hybride afin d'évaluer l'impact de l'extinction de ces GLPs sur le phénotype embryonnaire. Les lignées embryogènes montrant une forte sous expression du gène se sont montrées incapables de maturer. Nous avons ainsi émis des hypothèses quand au rôle des GLPs dans le contrôle de l'expansion pariétale au sein d'un certain nombre de tissus
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Romero, Guido Cynthia. "Etude des mécanismes physiologiques et moléculaires permettant la prise en charge des substrats hydrophobes par la levure Yarrowia lipolytica au niveau pariétal." Phd thesis, Université de Bourgogne, 2012. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00825481.
Full textAbstract:
Yarrowia lipolytica a la particularité de pousser sur de nombreux substrats hydrophobes et de les métaboliser via la β-oxydation ou de les stocker dans des corps lipidiques. Le premier contact entre la cellule et les substrats hydrophobes se déroule sur la surface cellulaire. A cette étape, la composition de la paroi cellulaire en protéines, en β-glucane et en chitine pourrait jouer un rôle important sur l'adhésion et la prise en charge des substrats hydrophobes. Dans le cadre de cette thèse, nous avons étudié l'effet d'une source de carbone hydrophobe (par rapport au glucose) et de la composition du milieu de culture sur la structure pariétale et la production de mélanine chez Y. lipolytica. Les résultats de nos analyses biochimiques et moléculaires ont montré que l'oléate de méthyle (un composé utilisé comme modèle de source de carbone hydrophobe) a induit des modifications au niveau de la paroi cellulaire et que ces modifications ont conduit ou non à l'adhésion de gouttelettes lipidiques à la surface cellulaire ; à une modification du contenu des composés pariétaux ; à la résistance des cellules à des composés toxiques ayant pour cible la paroi cellulaire ; et à la modification des profils d'expression de 27 gènes analysés codant des protéines de paroi cellulaire. L'identité des gènes surexprimés suggère la participation de leurs protéines dans l'intégrité de la paroi cellulaire, dans l'adhésion des gouttelettes lipidiques et dans la réponse au stress par l'oléate de méthyle et/ou le manque d'azote. Nos résultats ont aussi montré que la présence d'oléate de méthyle, huile de ricin et ricinoléate de méthyle a induit la production de DHN-mélanine chez une souche génétiquement modifiée de Y. lipolytica (MTLY40-2p) dont la β-oxydation est affectée
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El, Hage Fadi. "Impact du déficit hydrique sur la dégradabilité, la biochimie pariétale et la répartition des tissus lignifiés chez l’entrenoeud de maïs et déterminisme génétique de ces caractères." Thesis, Université Paris-Saclay (ComUE), 2018. http://www.theses.fr/2018SACLS609.
Full textAbstract:
Ce projet de thèse s’inscrit dans un contexte de changement climatique et de remplacement des énergies fossiles, où la réduction des apports en eau et l’optimisation de la valorisation de la biomasse sont deux enjeux majeurs des systèmes de productions durables. La dégradabilité de la biomasse est principalement limitée par la dégradabilité des parois et afin de l’améliorer, il est nécessaire de comprendre quels facteurs sont impliqués dans cette limitation de dégradabilité. Plusieurs études ont montré que la dégradabilité pariétale est impactée par la composition et la structure de la paroi mais aussi par la distribution des tissus lignifiés au sein des organes. Pour faire la part entre l’impact de la biochimie et celui de l’histologie sur la dégradabilité dans différentes conditions d’irrigation, des outils haut-débit de quantifications biochimiques et histologiques ont été développés et dédiés à l’étude d’entrenoeuds portant l’épi principal. Les études ont porté sur un panel de diversité génétique de maïs et d’une population de lignées recombinantes, cultivés durant plusieurs années dans des conditions d’irrigation contrastées dans le sud de la France. Nos résultats mettent en évidence que le déficit hydrique induit une augmentation de la dégradabilité pariétale, accompagnée par une diminution de la teneur en lignines pariétales et par une induction préférentielle d’une lignification corticale, plus p-coumaroylée. De façon originale, nous avons aussi cartographié 90 QTLs de caractères histologiques dans les différentes conditions d’irrigation sur le génome du maïs. Plus particulièrement, une large région entre le bin 1.07 et le bin 1.11 est impliquée dans les variations observées du nombre de faisceaux vasculaires et de la surface de section des entrenoeuds. De façon globale, de nombreux QTLs de composition pariétale de l’entrenoeud co-localisent avec ceux obtenus au niveau de la plante entière sans épis chez la même population. Enfin nous avons pu démontrer que le choix de l’entrenoeud portant l’épi principal est judicieux pour représenter à la fois les caractéristiques histologiques des tiges entières et biochimiques de la biomasse lignocellulosique des plantes entières. Ainsi, les caractéristiques histologiques et biochimiques des entrenoeuds de maïs sont proposées comme des cibles de choix pour sélectionner des lignées de maïs résilientes au déficit hydriqueThis PhD project encompass in a context of global warming and replacement of fossil resources, where both water supply decrease and biomass valorisation optimisation are two major issues for providing sustainable systems of production. Biomass degradability is mainly limited by cell wall degradability and in order to improve it, it is necessary to understand what are the factors involved in the limitation of the degradability. Several studies have shown that cell wall degradability is impacted by the structure and the composition of the cell wall but also by the distribution of the lignified tissues within the organs. To decipher the impact of the biochemistry and from the one of the histology on degradability under different watering conditions, high-throughput quantifications tools for histology and biochemistry have been developed and dedicated to the study of the internode carrying the main ear. The studies were conducted on a maize genetic diversity panel and a recombinant inbred lines population, cultivated during several years under contrasted irrigation conditions in South of France. Our results highlight that water deficit induce an increase of the cell wall degradability, associated to a decrease of the cell wall lignin content and a preferential induction of a cortical lignification, more p-coumaroylated. In original ways, we also detected 90 QTLs for histological traits under the different irrigations scenarios on the maize genome. More particularly, a large region between bin 1.07 and bin 1.11 is involved in the observed variations of the bundle number and the stem section area of the internodes. More generally, numerous QTLs of cell wall composition of the internode co-localised with the ones detected for the whole plant without ear level in the same population. Finally we were able to demonstrate that the choice of the internode carrying the main ear is judicious to represent both histological characteristics from the whole stem and biochemical characteristics from the lignocellulosic biomass of the whole plant. Thus, histological and biochemical traits in maize internode are proposed as particular targets to select lines resilient to water deficit
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Boulant, Erika. "Utilisation des pompes d'efflux dans l'ingénierie de la tolérance chez Deinococcus geothermalis." Thesis, Aix-Marseille, 2018. http://www.theses.fr/2018AIXM0764.
Full textAbstract:
L’objectif de cette thèse a été d’élaborer une stratégie de détoxification la quantité d'un composé intracellulaire en permettant sa sortie hors de la cellule via l'utilisation d'un système d’efflux.L’hôte choisi pour cette étude est un nouvel organisme modèle, Deinococcus geothermalis. Nous avons utilisé les pompes d'efflux comme outils biologique pour permettre la sortie d'un composé devenu toxique en intracellulaire. Pour ce faire, nous avons dans un premier temps inséré par recombinaison homologue une sélection de gènes codant pour des pompes d’efflux hétérologues dans le chromosome de D. geothermalis. Puis la seconde étape a été de déterminé la susceptibilité des recombinants obtenus vis à vis de composés à forte valeur ajoutée. Un certain nombre de recombinants présentant une résistance plus élevée que la souche sauvage à plusieurs composés ont alors été sélectionnés. L'étape suivante a été de vérifier que le gain de résistance observé était effectivement dû à l’insertion dans l’enveloppe bactérienne d’une pompe d’efflux fonctionnelle. Pour ce faire, des tests d’efflux employant un marqueur fluorescent, le composé Hoechst 33342 ou avec un antibiotique fluorescent ont été réalisés. Nous avons réussi à obtenir la preuve de concept qu' un gène codant pour une pompe d'efflux hétérologue pouvait conduire à l'expression d'une protéine fonctionnelle chez D. geothermalis et cette protéine membranaire permettait la diminution la quantité intracellulaire d'un composé donnéThe objective of this thesis was to develop a strategy for detoxifying the amount of an intracellular compound by allowing its exit from the cell through the use of an efflux system.The host chosen for this study is a new model organism, Deinococcus geothermalis. We used efflux pumps as biological tools to allow the release of a compound that became toxic intracellularly. To do this, we first inserted by homologous recombination a selection of genes encoding heterologous efflux pumps into the D. geothermalis chromosome. Then the second step was to determine the susceptibility of the recombinants obtained to high value-added compounds. A number of recombinants with higher resistance than the wild multi-compound strain were then selected. The next step was to verify that the observed resistance gain was indeed due to the insertion of a functional efflux pump into the bacterial shell. To do this, efflux tests using a fluorescent marker, Hoechst compound 33342 or with a fluorescent antibiotic were performed. We were able to obtain proof of concept that a gene encoding a heterologous efflux pump could lead to the expression of a functional protein in D. geothermalis and that this membrane protein allowed the intracellular amount of a given compound to be decreased
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Legay, Sylvain. "Caractérisation fonctionnelle de deux facteurs de transcription MYB R2R3 : rôle dans la formation du bois chez les angiospermes." Thesis, Université Laval, 2008. http://www.theses.ulaval.ca/2008/25501/25501.pdf.
Full text
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Youssef, Chvan. "Bases génétiques de la croissance hétérotrophe de l'hypocotyle en conditions optimales et sous stress abiotiques chez Medicago truncatula : contribution du nombre et de la longueur des cellules." Thesis, Rennes, Agrocampus Ouest, 2015. http://www.theses.fr/2015NSARC119/document.
Full textAbstract:
La croissance hétérotrophe de l’hypocotyle est une étape clé pour la réussite de la levée. La présente étude est focalisée sur le déterminisme génétique de l’allongement de cet organe à l’obscurité chez Medicago truncatula en analysant le nombre et la longueur des cellules de l’épiderme, tissu gouvernant l’allongement des organes. Une grande variabilité génétique du nombre de cellules a été révélée dans les graines de 15 génotypes représentatifs de la diversité génétique de l’espèce. La stabilité de ce caractère dans des graines provenant de différentes productions suggère qu’il est sous contrôle génétique fort. Il a été montré que ce nombre de cellules, préétabli dans les graines, est le principal déterminant de la variation génotypique de la longueur de hypocotyle en conditions optimales de croissance. Par contre, l'élongation cellulaire devient le déterminant majeur des différences génotypiques observées sous stress abiotiques (basse température, déficit hydrique).Des loci contrôlant le nombre de cellules de l’épiderme et leur longueur maximale à basse température ont ensuite été identifiés dans une population de lignées recombinantes. Ceux ayant un impact sur l’élongation de l’hypocotyle à basse température ont été mis en évidence. Enfin, deux génotypes présentant un nombre de cellules similaire mais des capacités d’allongement cellulaire contrastées ont été plus finement comparés. Des protéines ayant un rôle dans la formation et l’organisation du cytosquelette et dans la modification des parois cellulaires ont été révélées en lien avec les différences d’allongemeThe heterotrophic growth of hypocotyl is a crucial process for successful seedling emergence. The present study is focused on the genetic determinism of its elongation in darkness in Medicago truncatula by analyzing the number and the length of cells of epidermis, the tissue controlling organ elongation.A large genetic variability of the epidermal cell number of the hypocotyl in seeds of 15 genotypes representative of the genetic diversity of the species was revealed. The stability of this trait in the seeds collected from different productions suggests it is under strong genetic control. This cell number was shown to be the main contributor of genotypic variation of hypocotyl length in optimal conditions. On the other hand, cell elongation becomes the major determinant of the genotypic differences observed under abiotic stresses (low temperature, water deficit).Quantitative Trait Loci (QTLs) controlling the number of epidermal cells and their maximal length at low temperature were then identified using a recombinant inbred lines population, and those impacting hypocotyl elongation at low temperature were highlighted.Finally, two genotypes sharing a similar cell number but contrasted capacities of cell elongation were compared more in detail. Proteins playing a role in the formation and organization of cytoskeleton and in the modification of the cell wall were revealed in connection with the differences in cellular elongation between genotypes. Moreover, differences in the cell wall sugar composition, in the degree of methylation of pectins and in a potential inhibito
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Bedon, Frank. "Structure génique et caractérisation fonctionnelle de facteurs de transcription MYB-R2R3 impliqués dans la formation du xylème chez les conifères." Thesis, Université Laval, 2007. http://www.theses.ulaval.ca/2007/24997/24997.pdf.
Full text
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Berrio-Sierra, Jimmy. "Etude biochimique et immunocytochimique de l'impact de mutations génétiques sur la lignification et l'assemblage des parois d'Arabidopsis thaliana." Phd thesis, 2007. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00223893.
Full textAbstract:
La biomasse végétale suscite un intérêt accru en raison de son potentiel pour les énergies de remplacement du pétrole. Dans toutes ces formes d'utilisation et de valorisation, la paroi cellulaire lignocellulosique occupe un rôle central. C'est dans ce contexte d'une meilleure connaissance de la structure fine de la paroi secondaire lignifiée et de la fonction des polymères constitutifs dans l'élaboration du biocomposite qu'est la paroi que se situent les travaux réalisés dans le cadre de cette thèse.Plusieurs mutants nuls de la plante modèle Arabidopsis thaliana, dont un ou plusieurs gènes (cinnamoyl-CoA-réductase, mutant ccr1 ; cinnamyl alcohol deshydrogénase, mutants cad-c et cad-d ; aldéhyde déshydrogénase, mutant ref1 ; férulate 5-hydroxylase, mutant f5h) impliqués dans la synthèse des alcools coniférylique et sinapylique, précurseurs des unités G et S des lignines, ont été totalement réprimés, ont constitué les modèles utilisés pour étudier les effets de la mutation sur la composition et la structure des parois. L'analyse biochimique des lignines des plantes mutantes par thioacidolyse, d'une part, et l'étude à l'échelle ultrastructurale par immunomarquage en microscopie électronique, d'autre part, ont constitué les deux principales approches complémentaires privilégiées par lesquelles il a été possible de décrire les impacts des mutations sur la structure des lignines et par là sur l'assemblage macromoléculaire des parois. Les conséquences des mutations se sont avérées tissu-spécifiques et suggèrent une régulation spatio-temporelle de la lignification accompagnant la différenciation. La comparaison des altérations induites dans l'assemblage des parois par les différentes mutations a permis de déduire que les structures non-condensées des lignines assuraient un rôle important dans la cohésion du composite cellulose-hémicelluloses-lignines. L'analyse des impacts des mutations simples ou multiples des différents gènes montre que les effets sur les lignines et les parois ne correspondent pas à la simple sommation des effets de chacune des mutations des gènes, suggérant des régulations croisées. Le développement d'une nouvelle approche de microanalyse impliquant la microdissection à capture laser a permis de préciser pour la première fois les différences analytiques des lignines des fibres par rapport aux vaisseaux, et a montré tout son potentiel pour l'analyse de l'impact des mutations à l'échelle tissulaire.