Dissertations / Theses on the topic 'Organisation spatiale du génome'
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Lapendry, Audrey. "Les biais de composition des gènes et de leurs produits établissent un lien entre l'organisation spatiale du génome et celle de la cellule." Electronic Thesis or Diss., Lyon, École normale supérieure, 2023. http://www.theses.fr/2023ENSL0109.
Abstract:
Les gènes ne sont pas répartis de manière aléatoire dans l’espace du noyau, mais sont organisés au sein de clusters spatiaux plus ou moins dynamiques. Cette organisation spatiale du génome joue un rôle majeur dans la régulation de l’expression des gènes. En utilisant différents types de données expérimentales, il est montré que les gènes à proximité spatiale les uns des autres partagent les mêmes biais de composition nucléotidique, ce qui pourrait expliquer en partie l’auto-organisation spatiale du génome. De plus, les gènes co-localisés avec des biais similaires ont une plus grande probabilité d’être co-régulés par les mêmes facteurs de transcription. Ils produisent également des ARN qui partagent les mêmes biais de composition nucléotidique, qui sont co-régulés par les mêmes protéines de liaison à l’ARN. Enfin, les ARNm produits par des gènes qui co-localisent génèrent des protéines partageant les mêmes biais de composition en acides aminés. En conséquence, les protéines produites par des gènes co-localisés partagent les mêmes propriétés physico-chimiques et ont une plus grande probabilité d’appartenir aux mêmes sous-compartiments cellulaires et d’avoir des fonctions biologiques similaires. Ainsi, en analysant les biais de composition, en tant que proxy des propriétés physico-chimiques des gènes et de leurs produits, il est mis en évidence un lien entre l’organisation spatiale des gènes dans le noyau et l’organisation spatiale de leurs produits (c’est-à-dire les protéines) dans la celluleGenes are not randomly distributed in the nucleus space, but are organized within more or less dynamical spatial clusters. This genome spatial organization plays a major role in gene expression regulation. Using different types of experimental data, it is shown that genes in spatial proximity to each other share the same nucleotide composition biases, which could in part explain the spatial genome self-organization. In addition, co-localized genes with similar biases have a higher probability of being co-regulated by the same transcription factors. They also produce RNAs that share the same nucleotide composition biases, that are co-regulated by the same RNA-binding proteins. Finally, mRNAs produced by genes that co-localize generate proteins that share the same amino acid composition biases. As a consequence, proteins produced by co-localized genes share the same physicochemical properties and have a higher probability of belonging to the same cellular sub-compartments and to have similar biological functions. Thus, by analyzing compositional biases, as a proxy of the physicochemical properties of genes and their products, it is highlighted a link between the spatial organization of genes in the nucleus and the spatial organization of their products (i.e. proteins) in the cell
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Cournac, Axel. "Aspects temporel et spatial dans des systèmes de régulation génétique." Phd thesis, Université Paris-Diderot - Paris VII, 2009. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00472602.
Abstract:
Cette thèse s'intéresse à plusieurs aspects concernant la régulation génétique sur les plans théorique et expérimental. Un premier travail théorique qui s'inscrit dans le cadre de la modélisation des systèmes biologiques se propose de trouver des réseaux de régulation simples qui puissent répondre de manière optimale lorsqu'ils sont soumis à une stimulation périodique. Le réseau appelé ``Incoherent Feed Forward Loop'' s'est avéré présenter la propriété intéressante de laisser passer des trains de pulses au profil temporel particulier. Des extensions de ce motif (``Diamond'', ``Double Diamond''...) ont été suggérées pouvant également présenter des propriétés intéressantes pour traiter des signaux plus complexes. Un travail de revue et d'observations concernant les boucles d'ADN est ensuite présenté. Après avoir observé des points communs dans les systèmes de boucle d'ADN déjà connus, nous avons interrogé les bases de données pour savoir quelles étaient les régions de régulation présentant les mêmes caractéristiques. Nous proposons une liste de plusieurs opérons qui mériteraient une démarche expérimentale pour la mise en évidence d'une boucle d'ADN. Un travail expérimental de biologie moléculaire est ensuite présenté. Il s'est attaqué à tester une hypothèse présente dans plusieurs travaux de bioinformatique ou de physique statistique. La question testée est la suivante: est-ce que des facteurs de transcription pourraient se lier à des sites de liaison appartenant non pas à la même région de régulation d'un gène (comme dans le cas de l'opéron lac) mais à des sites de liaison appartenant à des gènes différents? Nous avons testé cette hypothèse sur le système de régulation d'entrée en virulence de la bactérie Erwinia chrysanthemi. Les expériences reproduites et réalisées dans plusieurs conditions physiologiques différentes ont abouti à la conclusion que les régions de régulation supprimées ne semblent pas agir sur d'autres gènes par le mécanisme de boucle d'ADN. Le dernier chapitre propose une méthode expérimentale pour rechercher de telles interactions de façon large dans un génome de bactérie. La méthode est basée sur des techniques de biologie moléculaire couramment utilisées comme la mutagénèse aléatoire ou l'alpha-complémentation. Elle utilise le système enhancer du promoteur de glnA d'Escherichia coli et vise à trouver des interactions 3D significatives entre segments d'ADN au sein d'un génome de procaryote.
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Tufaï, Muzafer. "Organisation sociale et spatiale en Macédoine yougoslave." Paris 5, 1985. http://www.theses.fr/1985PA05H020.
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Lhuillier, Yves. "Architecture et programmation spatiale." Paris 11, 2005. http://www.theses.fr/2005PA112267.
Abstract:
Les processeurs et multiprocesseurs actuels sont presque tous basés sur le paradigme Von Neumann. Grâce à ce paradigme, il est aisé de construire un processeur généraliste avec peu de transistors. L'accroissement en performance des processeurs Von Neumann a été majoritairement dû au formidable accroissement en fréquence qu'ont connu les technologies silicium. Dans la mesure où ces fréquences pourraient ne plus augmenter aussi vite qu'auparavant, beaucoup de travaux de recherche accordent aux architectures parallèles sur une même puce la capacité d'exploiter efficacement le nombre croissant de transistors. Dans cette thèse, nous introduisons d'abord un nouveau modèle de calcul, le "Blob Computing", combinant une architecture et un langage, tous les deux intrinsèquement conçus pour exploiter l'espace. A travers l'étude de ce paradigme, nous montrons que la remise en question de quelques principes à la base des machines Von Neumann permet potentiellement de dépasser certaines limitations majeures des architectures actuelles. Enfin, nous proposons une implémentation des concepts généraux du "Blob Computing" vers une architecture plus réaliste (processeurs multithreads). Nous attirons l'attention, grâce à cette implémentation, sur le fait que les efforts de recherche devront se concentrer sur l'obtention d'un équilibre entre le travail fourni par l'architecture, par le compilateur, et par l'utilisateur. En particulier, nous montrons qu'enrichir la sémantique parallèle passée par l'utilisateur dans son programme et donner à l'architecture le moyen d'exploiter cette sémantique constitue une voie prometteuse pour la scalabilité des futurs processeursCurrent processor and multiprocessor architectures are almost all based on the Von Neumann paradigm. Based on this paradigm, one can build a general-purpose computer using very few transistors. The performance improvement of Von Neumann processors was mainly due to the increase in clock frequency of silicon technologies. Because clock frequency may no longer increase as quickly, there is a growing consensus on on-chip concurrent architectures being a major route for the efficient exploitation of an increasing number of transistors. In this thesis, we first introduce a new computing model, the “Blob Computing” defining both an architecture and a language, that is intrinsically designed to exploit space. Through this model, we also want to outline that revisiting some of the principles of today's computing paradigm has the potential of overcoming major limitations of current architectures. Finaly, we propose an implementation of the “Blob Computing” main ideas on more traditional architectures (multithreaded processors). Thanks to this implementation, we advocate that research efforts should further focus on striking the right balance between architecture, compiler and user effort. Especially, we show that letting the user reasonably effortlessly pass information on program parallel properties and making the architecture ``aware'' of this additional information is a promising path for futur processors scalability
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Allardet-Servent, Annick. "Polymorphisme et organisation du génome à l'intérieur du genre Brucella." Montpellier 1, 1990. http://www.theses.fr/1990MON11304.
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Karayan-Tapon, Lucie. "Organisation du génome des bactéries appartenant au groupe alpha2 des proteobacteriaceae." Montpellier 1, 1992. http://www.theses.fr/1992MON11159.
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Canel, Annie. "Processus d'innovation technique, organisation de la firme et organisation spatiale Le cas de l'électronique." Phd thesis, Marne-la-vallée, ENPC, 1993. http://www.theses.fr/1993ENPC9312.
Abstract:
Favoriser l’innovation est un des principaux objectifs des entreprises aujourd’hui. L’objet de cette recherche est d’analyser la relation entre le processus d’innovation technique, l’organisation structurelle de la firme et son organisation spatiale, cette relation étant considérée comme un facteur déterminant de la capacité innovatrice de la firme. La recherche et développement est un élément essentiel de cette relation ; son double aspect, comme fonction d’entreprise et comme composante du processus d’innovation renvoie à deux cultures d’organisation différentes. La première est liée à l’organisation traditionnelle par fonctions ; la deuxième privilégie l’idée de processus. La coexistence de ces deux cultures se traduit par des tensions, organisationnelles et culturelles, dans le fonctionnement de l’entreprise. Des problèmes se posent à deux niveaux : celui des stratégies d’organisation en matière de recherche et d’innovation et celui des moyens utilisés, notamment la gestion des ressources humaines et la gestion par projet, pour développer les interactions entre la R. D. Et les autres acteurs de la firme. L’organisation spatiale des entreprises joue un rôle particulier dans les stratégies d’organisation ; elle constitue à la fois une contrainte, par l’inertie des localisations, et un facteur de développement de nouvelles synergies, par la relocalisation des équipes de R. D. Ou la réorganisation spatiale des relations entre les acteurs du processus d’innovation.
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Canel, Annie. "Processus d'innovation technique, organisation de la firme et organisation spatiale. Le cas de l'électronique." Phd thesis, Ecole Nationale des Ponts et Chaussées, 1993. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00344621.
Abstract:
Favoriser l'innovation est un des principaux objectifs des entreprises aujourd'hui. L'objet de cette recherche est d'analyser la relation entre le processus d'innovation technique, l'organisation structurelle de la firme et son organisation spatiale, cette relation étant considérée comme un facteur déterminant de la capacité innovatrice de la firme. La recherche et développement est un élément essentiel de cette relation; son double aspect, comme fonction d'entreprise et comme composante du processus d'innovation renvoie à deux cultures d'organisation différentes. La première est liée à l'organisation traditionnelle par fonctions; la deuxième privilégie l'idée de processus. La coexistence de ces deux cultures se traduit par des tensions, organisationnelles et culturelles, dans le fonctionnement de l'entreprise.Des problèmes se posent à deux niveaux: celui des stratégies d'organisation en matière de recherche et d'innovation et celui des moyens utilisés, notamment la gestion des ressources humaines et la gestion par projet, pour développer les interactions entre la R-D et les autres acteurs de la firme.
L'organisation spatiale des entreprises joue un rôle particulier dans les stratégies d'organisation; elle constitue à la fois une contrainte, par l'inertie des localisations, et un facteur de développement de nouvelles synergies, par la relocalisation des équipes de R-D ou la réorganisation spatiale des relations entre les acteurs du processus d'innovation.
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Dupont, Céline. "Conformation de la chromatine et réorganisation spatiale du génome dans le noyau : relation de cause à effet et conséquences en clinique humaine." Paris 5, 2010. http://www.theses.fr/2010PA05T037.
Abstract:
Chez l’homme, l’architecture nucléaire et l’organisation de la chromatine pendant l’interphase jouent un rôle crucial dans la régulation de l’expression génique. Au sein du noyau, la chromatine est organisée de façon non aléatoire en territoires chromosomiques distincts, permettant d’optimiser l’efficacité des processus transcriptionnels. L’hétérochromatine constitutive qui représente plus de 90% de notre génome et dont le rôle est largement méconnu pourrait être un des régulateurs principaux de l’organisation du génome à l’intérieur du noyau. L’objectif de notre projet a été d’étudier les conséquences sur la topographie du génome de modifications de l’hétérochromatine liées à des anomalies des cohésines (syndrome de Roberts) ou de la méthylation (syndrome ICF) en microscopie confocale et FISH 3D. Nous avons pu montrer que le défaut fonctionnel des cohésines secondaire aux mutations d’ESCO2 dans le syndrome de Roberts provoquait une modification de l‘architecture de l’hétérochromatine péricentromérique associée à un repositionnement au sein du noyau. Dans le syndrome ICF, l’hypométhylation de l’ADN associée aux nombreuses anomalies chromosomiques concernant particulièrement l’hétérochromatine constitutive semble également modifier l’architecture nucléaire. Ces résultats permettent d’avancer dans la compréhension du rôle de l’organisation en 3D du génome sur la régulation de l’expression, et de son impact dans la physiopathologie de ces deux syndromesIn humans, nuclear architecture and chromatin organization during interphase play a crucial role in gene expression regulation. Within the nucleus, chromatin is organized nonrandomly in distinct chromosome territories optimizing the efficiency of transcriptional processes. Constitutive heterochromatin, which represents over 90% of our genome and whose role is largely unknown could be one of the main regulators of genome organization within the nucleus. Our goal was to study the effects of topographic changes of heterochromatin secondary to cohesin abnormalities (in Roberts syndrome) or methylation defect (in ICF syndrome) by 3D FISH and confocal microscopy. We have shown that the functional defect of cohesin secondary to ESCO2 mutations in Roberts syndrome causes a change in the architecture of pericentric heterochromatin associated with a repositioning in the nucleus. In ICF syndrome, DNA hypomethylation of constitutive heterochromatin seems also to modify nuclear architecture. These results shed new light on the regulation of 3D organization of the genome and further refine the hypothesis on gene expression control pathways in the pathophysiology of both disorders
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Dauban, Lise. "Organisation du génome par le complexe cohésine chez la levure Saccharomyces cerevisiae." Thesis, Toulouse 3, 2019. http://www.theses.fr/2019TOU30100.
Abstract:
La cohésine est un complexe protéique conservé dans l'évolution composé d'un anneau capable d'embrasser l'ADN et de protéines auxiliaires régulant son association avec l'ADN. D'une part, la cohésine confère la cohésion des chromatides sœurs nécessaire à leur ségrégation, d'autre part elle établit et maintient des boucles de chromatine. Ces boucles sont requises pour la formation de domaines topologiques, l'expression génique et la stabilité du génome. Cependant les mécanismes régissant leur formation ne sont pas entièrement élucidés. Selon le modèle d'extrusion de boucles, la cohésine capturerait des boucles de petites tailles et les élargirait en extrudant l'ADN à travers son anneau. Dans ce modèle, la taille des boucles dépendrait à la fois du temps de résidence des cohésines sur l'ADN et de leur processivité. Étudier la régulation des cohésines est donc fondamental pour comprendre la biologie des chromosomes. Dans cette étude nous avons montré que les bras des chromosomes mitotiques de la levure Saccharomyces cerevisiae étaient organisés sous forme de boucles de chromatine dépendantes des cohésines. Nous avons étudié le rôle des sous-unités régulatrices des cohésines, Pds5, Wpl1 et Eco1 dans la formation de ces boucles. Nos données montrent que Pds5 inhibe leur expansion, via Wpl1 et Eco1. Comme décrit chez les mammifères, Wpl1 les abolit en dissociant les cohésines des chromosomes. En revanche, nos résultats suggèrent qu'Eco1 entraverait la translocation des cohésines sur l'ADN, nécessaire pour l'agrandissement des boucles. Nous avons ensuite analysé le rôle de ces protéines dans l'organisation de l'ADN ribosomique (ADNr), séquence enrichie en cohésines, hautement transcrite et isolée du reste du génome. Pds5 semble avoir un rôle central dans l'organisation de cette séquence, qui ne dépendrait pas de Wpl1 ou d'Eco1. Afin d'analyser de manière fine les réorganisations spatiales de l'ADNr, nous avons développé une analyse d'image dédiée permettant de sonder l'organisation de cette fibre en trois dimensions. Nous avons révélé une structure sous-jacente de l'ADNr composée d'une succession de domaines organisés spatialement par les cohésines. Cette étude ouvre des perspectives vers une meilleure compréhension de la régulation des cohésines dans l'organisation du génomeCohesin is an evolutionary-conserved complex composed of a ring capable of DNA entrapment and of auxiliary proteins regulating its association with DNA. On the one hand, cohesin confers sister chromatid cohesion required for their proper segregation and on the other hand it establishes and maintains chromatin looping. Chromatin loops are crucial for assembly of topological domains, gene expression and genome stability. However, mechanisms driving their establishment remain to be elucidated. According to loop extrusion model, cohesin would capture small loops and enlarge them by extruding DNA throughout its ring. This model predicts that loop size would depend on both cohesin residence time on DNA and on its processivity. Deciphering cohesin regulation is thus fundamental to understand chromosome biology. In this study, we showed that mitotic chromosome arms of yeast Saccharomyces cerevisiae are organised in cohesin-dependent chromatin loops. We studied the role of cohesin regulatory subunits Pds5, Wpl1 and Eco1 on loop establishment. Our data show that Pds5 inhibits loop expansion via Wpl1 and Eco1. As previously described in mammals, Wpl1 counteracts loop expansion by dissociating cohesin from DNA. Our results suggest that Eco1 would inhibit cohesin translocation on DNA, required for loop expansion. We then studied how these proteins contribute to the organisation of the ribosomal DNA array (rDNA), a cohesin-rich, highly transcribed sequence segregated away from the rest of the genome. Our data point toward a central role for Pds5 in organising this genomic region, independently of Wpl1 and Eco1. To study in detail rDNA spatial organisation, we developed a dedicated image analysis to assess its organisation in three dimensions. We have unveiled an underlying organisation for rDNA, made by a succession of small domains spatially organised by cohesin. This study opens large perspectives towards a better understanding of cohesin regulation in genome organisation
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Huet, Thomas. "Organisation spatiale et sériation des gravures piquetées du mont Bego." Phd thesis, Université de Nice Sophia-Antipolis, 2012. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00712290.
Abstract:
Ce travail s'inscrit essentiellement dans une démarche géographique et statistique en s'intéressant aux tendances centrales (distributions, moyennes, écarts-types, etc.) des quelques 20 000 gravures piquetées figuratives de la région du mont Bego (Alpes-Maritimes, France). Pour la première fois, l'utilisation conjointe d'un SIG et d'analyses statistiques (analyses multifactorielles, tests de comparaisons multiples, etc.) permet de mettre en relation les proximités géographiques et les ressemblances iconographiques entre les roches gravées et les gravures. Les classifications sont automatisées ; des effets de série et de partition sont mis en évidence. L'utilisation de tests statistiques (test de Dunn, etc.) permet de donner un sens précis à " significatif ", un terme parfois employé abusivement pour commenter les distributions de gravures. Les interprétations sont ainsi reléguées à la part congrue de l'analyse. Parallèlement aux analyses géostatistiques, un travail de recensement et de vérification des superpositions de gravures a été mené. L'étude des superpositions indique que les gravures d'armes (poignards et hallebardes) sont parmi les plus récentes. A l'opposé, les Figures à franges (anthropomorphes), apparaissent parmi les plus anciennes. La révision du mobilier archéologique a permis de préciser les périodes d'occupation du site en soulignant l'abondance du matériel attribuable à la période récente du Chasséen et au Campaniforme récent. Si une partie des gravures d'armes sont à rattacher au Campaniforme récent et à la première phase du Bronze ancien, d'autres gravures pourraient être attribuées à des périodes plus anciennes.
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Daillant, Isabelle. "Sens dessus dessous : organisation sociale et spatiale des Chimane d’Amazonie bolivienne." Paris 10, 1994. http://www.theses.fr/1994PA100211.
Abstract:
Apres avoir situé les Chimane (ainsi que leurs "parents", les mosetene voisins) dans un cadre historique, puis avoir exposé quelques principes fondamentaux de leur identité (en examinant notamment les relations qu'ils entretiennent avec leurs voisins indiens et boliviens), ce travail aborde l7un de ses deux thèmes majeurs : le système de parente. Comme souvent en Amazonie, celui des Chimane est cognatique et dravidien mais il présente en outre la particularité remarquable de fonctionner sur un mode global. L'analyse montre comment ce fonctionnement atypique peut résulter de la synthèse entre les différentes composantes du système ou des parties extrêmement rigoureuses (pour ce qui est de la terminologie et des mariages) coexistent avec des parties singulièrement souples (en matière de résidence et d'attitudes) qui s'avèrent également nécessaires. Outre des problèmes théoriques, cette configuration soulève encore une question démographique à laquelle une hypothèse concernant la constitution du réseau de parente actuel peut fournir une réponse. La partie suivante, consacrée à la religion et à un ancien mode d'organisation sociale plus formalise, s'attache à la fois à compléter la sociologie Chimane (accusations intra et inter-ethniques de sorcellerie, relations avec des esprits "parents") et à mettre en évidence certaines représentations spatiales (manifestées par les mythes, le destin post mortem, la localisation des esprits, le rituel, les anciens villages). La dernière partie porte spécifiquement sur la spatialité : soulignant la récurrence de la figure du retournement, elle propose aussi une vision d'ensemble de la morphologie et de l'orientation du monde Chimane. Celui-ci est organisé par une opposition intérieur extérieur qui admet plusieurs réalisations concrètes (concentrique, ouest est, dessous dessus) et qui ordonne de nombreuses représentations. Selon le registre auquel elles appartiennent, elles s'agencent en plusieurs tableaux qui, tout en obéissant aux mêmes principes de base, restent relativement autonomesThis enquiry first sketches the historical background of the Chimane (as well as of their "relatives" and neighbors, the mostene) and sets out some of the fundamental of their identity (i. A. With reference to their relationships with their Indian and Bolivian neighbors). It then addresses of its two major themes: the kinship system. As is common in the amazon, the Chimane system is cognatic and Dravidian but it is in addition characterized by a singular distinctive mark: it is a global mode of functioning. The analysis seeks to show how this a-typical fea may result from the conjunction of different components of the system which combines very rigorous parts (concerning terminology and marriage) with others that are most flexible (in matters of residence and attitudes) but not less necessary. In addition to such theoretical issues, this pattern raises a problem of demography to which an answer may be provided by a historical hypothesis concerning the emergence of the present kinship network. The following section, dealing with religion and with an older, more formal, type of social organization, seeks both to give a fuller picture of the Chimane sociology (e. G. Intra-and inter-ethnic accusations of witchcraft, relationships with spirit «relatives") and to throw some light on a series of spatial representations (underpinning myths, views of after-death destiny, localization of spirits, rituals, former village topography). The last section deals specifically with spatial sues: noting the recurrence of the "reversal" theme, it also proposes an overall view of the morphology and orientation of the Chimane world. This is ordained by an internal-external opposition which can assume various concrete forms (concentric, west east, under over) and governs many representations. According to the spheres of reality to which they belong, these combine to form various pictures which while conforming to the same basic principles, remain relatively autonomous
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Gicquel, Antoine. "Le système urbain pavillonnaire français : essai d'analyse structurelle d'une organisation spatiale." Tours, 2000. http://www.theses.fr/2000TOUR1504.
Abstract:
Le système urbain pavillonnaire français : Essai d’analyse structurelle d’une organisation spatiale. Le système urbain pavillonnaire français forme un ensemble de maisons d’habitation avec jardins, mais cette particularité observable est insuffisante pour le définir. Les objets territoriaux se définissent les uns par rapport aux autres, selon des séries de distinctions territoriales (ville/campagne, centre/banlieue, ancienne banlieue/périurbanisation, collectif/pavillonnaire). Ces distinctions ne sont pas naturelles, elles découlent de logiques culturelles et opérationnelles. Elles sont historiques et évolutives, liées à des discours d’acteurs revendiquant une légitimité dans les opérations urbaines. Les distinctions théoriques entraînent des distinctions formelles. L’évolution du sens géographie du pavillonnaire est liée à la théorie développée par l’école architecturale. Celle-ci, depuis le début du 20ième siècle, revendique une légitimité dans le domaine urbain par l’intermédiaire des systèmes de logement, aptes à associer lés échelles architecturales et urbaines. Sur la base de la question de la densité urbaine, les systèmes d’habitat collectifs et pavillonnaires s’opposent, pour solutionner la question de l’habitat (approche républicaine du logement pour tous). Selon les incidences sociales, au cours du siècle, les discours urbains et politiques favorisent l’un ou l’autre des systèmes d’habitat. Le système pavillonnaire se définit, au delà des distinctions théoriques, en fonction de l’histoire des formes effectivement réalisées. Il est par conséquent défini selon des nuances, découlant des différents systèmes régulateurs mis en place pour les réalisations, selon les directives théoriques, dans l’histoire du 20ième siècle ; Trois familles à l’intérieur du système pavillonnaire en constituent la définition géographique. Nous pouvons synthétiser en mettant en avant l’équilibre des sphères d’acteurs : la première famille, la plus ancienne, est liée à l’initiative privée, au lotissement et à la « post-régulation » ; la seconde famille, liée à la coure période urbaniste des années 60, est dominée par la logique publique imposant une relation très forte ; la troisième correspond à la recherche d’un équilibre entre les acteurs, le système régulateur public étant instauré à l’avance, laissant une marge de manoeuvre pour la relation habitants /sphère privée. Nous prenons dans le travail à témoin les formes urbaines de l’agglomération lavalloise, en Mayenne, dans l’ouest de la France.
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Pascarel, Devilder Marie-Claire. "Caractérisation, séquence nucléotidique et organisation du génome du virus 4 de Spiroplasma melliferum : spv4." Bordeaux 2, 1987. http://www.theses.fr/1987BOR22002.
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Thiébaut, Michel. "INTERACTIONS FRONTO-PARIETALES: DYNAMIQUE ET ORGANISATION DES RESEAUX CEREBRAUX DE L'ATTENTION SPATIALE." Phd thesis, Université Pierre et Marie Curie - Paris VI, 2007. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00803106.
Abstract:
L'attention spatiale est une famille de processus cognitifs qui nous permet d'interagir de façon efficace avec notre environnement, en sélectionnant les stimuli importants et en inhibant les distracteurs. La négligence spatiale unilatérale (NSU) est une condition neurologique qui résulte de lésions de l'hémisphère cérébral droit chez l'homme. Le signe principal de cette pathologie est un manque sévère de la distribution de l'attention dans l'hémiespace gauche. Les travaux de cette thèse mettent en évidence à partir de la NSU qu'une distribution équilibrée de l'attention spatiale nécessite la préservation des chemins de connexions reliant le lobe pariétal au lobe frontal. La seconde partie de cette thèse porte sur l'anatomie de ces connexions, sur une réflexion sur la pertinence de l'étude des grandes voies de connexion (approche hodologique) dans les neurosciences cognitives et des conséquences des disconnexions dans les syndromes neurologiques.
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Martin, Jean-Yves. "Artisanat et tourisme en maine-et-loire. Approche economique et organisation spatiale." Angers, 1994. http://www.theses.fr/1994ANGE0020.
Abstract:
Cette these de doctorat etudie les relations qu'entretient le secteur des metiers avec le tourisme en maine-et-loire et analyse plus particulierement les retombees commerciales de la frequentation touristique sur l'economie artisanale. Apres avoir degage les principales caracteristiques des acteurs concernes, les touristes d'un cote et les artisans de l'autre, l'analyse croisee de la consommation touristique et de l'offre artisanale a permis d'evaluer les repercussions economiques du tourisme sur le secteur des metiers. A bien des egards, le developpement du tourisme est profitable a l'artisanat. Cependant, l'auteur met en lumiere l'inegale emprise du fait touristique sur celui-ci et a procede a une hierarchisation des metiers selon la part prise par le tourisme dans les entreprises. La nature des activites, l'environnement geographique, le comportement et la motivation des artisans sont autant de facteurs qui se combinent pour expliquer l'amplitude des retombees economiques sur l'artisanat. Par ailleurs, le tourisme, sans aller jusqu'a faconner des espaces artisanaux specifiques, participe toutefois localement au maintien d'une desserte artisanale plus dense, notamment pour les secteurs de l'alimentation et du batiment. L'etude s'acheve sur la definition d'une politique de valorisation de l'artisanat par le tourisme declinee en une serie de propositions d'actions
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Kabatusuila, Panu-Mpanu. "Organisation spatiale, cadre de vie et crise de l'environnement à Kananga (Zaïre)." Bordeaux 3, 1994. http://www.theses.fr/1994BOR30026.
Abstract:
Kananga est une ville situee au centre sud du zaire. Elle est la metrople de la province de kasai occidental. Sa position geographique est definie par les coordonnees 5035' de latitude sud et 22o25' de longitude est. Sa population est estimee a 380. 000 habitants (1990). L'etude a pour but de demontrer que dans une situation de pauvrete du plus grand nombre, telle que nous la decrivons, les activites humaines dites de "survie" contibuent a la degradation de l'ecosysteme urbain. Il est evident que l'equilibre ecologique de ce dernier tient a trois composantes a savoir les milieux abiotique, biotique et humaion. La rupture des rapports equilibres entre ces ensembles est la principale cause de la crise environnementale que connait la ville de kananga. Celle-ci se manifeste par l'intensification du processus erosif, la pollution, la deforestation, l'insalubrite, bref, par des nuissances urbaines de plus en plus importances a partir d'enquetes de terrain sous-tendues par une approche systemique, nousn avons propose quelques recommandations essentiell -ement basees sur la revalorisation du cadre de vie du citadin en faisant appel aux methodes participativesKananga, the subject of this study is a town situated in the southern part of zaire. Serving as the metropolitan city of westen kasai, kananga has a population of 380. 000 inhabitants and lies on the latitudes 5o35' southwards and on the longitudes 22025' eastwards. The study aims to illustrate how human activities (for survival) in poverty stricten situations contribute to the degradation of the urban ecosytem. It is universally accepted that ecological balance results from equilibrum between the biotic, abiotic and human systems. The discruption of balanced relationship between these three systems can best explain the causes of the environmental problems encountered in kananga : massive soil erosions, pollutions, deforestation and the lack of sanitation etc. . . To clearly quality the effects of these problems, we carried out a systematic and integrated field survey. The analysis of this investigation helped us to come up some recommendations such and intensive community motivation and involvement as one of the stratigies by shich we can improve urban life
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Dias, Miguel José. "Plasticité du génome de la bactérie Lactococcus lactis : domaines de contraintes révélés par inversions expérimentales." Toulouse 3, 2006. http://www.theses.fr/2006TOU30008.
Abstract:
Nous avons abordé l'étude de la plasticité du génome de Lactococcus lactis en générant des inversions chromosomiques expérimentales. L'avantage des inversions est d'altérer l'organisation du chromosome sans modifier son contenu génétique. Pour réaliser ces inversions, une stratégie originale développée au laboratoire a été mise en œuvre : elle est basée sur le système de recombinaison spécifique de site, Cre-loxP. Une dizaine d'inversions chromosomiques ont été obtenues. Leur taille varie de 140 kb à 1200 kb. La totalité des inversions se répartit en différentes classes en fonction de leur stabilité. La position des bornes des inversions instables ou impossible à isoler sur le chromosome de L. Lactis suggère l'existence de deux domaines sur lesquels s'exercent des contraintes particulièrement fortes : un domaine Ori (couvrant un cinquième du chromosome), et un domaine Ter de taille réduite (200 kb) localisé à l'opposé du domaine Ori sur le chromosomeWe used artificial chromosome inversions to investigate the chromosomal constraints that preserve genome organization Lactococcus lactis. Chromosomal inversions are the most appropriate rearrangement for the experimental analysis of genome organization because they disturb the normal order of sequences on the chromosome without affecting overall genetic content. Twenty large inversions, 80-1260 kb in length, were constructed using the site-specific Cre-loxP recombination system. These inversions were all mechanistically feasible and fell into various classes according to stability and effect on cell fitness. The location of detrimental inversions allowed identification of two constrained chromosomal regions : a large domain covering one fifth of the genome that encompasses the origin of replication (Ori domain) and a smaller domain, covering approximately 200 kb, located at the opposite of the chromosome (Ter domain)
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Baudrimont, Marie. "Analyse quantitative de la morphologie neuronale : facteurs influençant l'organisation spatiale de l'arborisation dendritique." Aix-Marseille 2, 1987. http://www.theses.fr/1987AIX21916.
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Lestrade, Marc. "Système d'information et implantation spatiale des grandes entreprises." Paris 4, 1999. http://www.theses.fr/1998PA040326.
Abstract:
Le développement des systèmes d'information est réputé abolir progressivement les contraintes géographiques et permettre de nouvelles stratégies d'implantation des entreprises, qu'il s'agisse du desserrement par le télétravail ou de la dispersion des établissements par l'internationalisation des firmes. L'objet de la thèse est de montrer qu'il n'y a pas en fait de nouvelle donne, mais un transfert des contraintes spatiales traditionnelles en enjeux technologiques et financiers. Dans sa première partie, la thèse montre que tout au long de l'histoire des télécommunications, depuis les premiers réseaux télégraphiques, le développement des techniques et des réseaux de communications a toujours été marqué par l'empreinte d'héritages juridiques, économiques ou culturels, dans lesquels se sont moulés les nouveaux réseaux de communications, que cela soit à l'échelle des régions, des nations ou des grands espaces. La deuxième partie montre, sur la base d'études de cas, que, pour des entreprises publiques et privées, à différentes échelles d'intervention, du local au mondial, la vocation d'universalité des technologies de l'information, loin de gommer la diversité, a fait naitre de nouvelles différenciations de l'espace géographique. Ces conditions nouvelles, appuyées sur l'histoire, prennent une signification spécifique en fonction des exigences liées au système d'information et de ses objectifs. La troisième partie analyse de façon approfondie, au sein des grandes entreprises publiques ou privées, nationales ou multinationales, la constitution des systèmes d'information et leur gestion de plus en plus complexe et onéreuse. Face à cet outil incontournable dans la compétitivité, se dessine une nouvelle typologie des entreprises en matière d'implantation spatiale dépendant de leur réponse aux défis informatiques. La quatrième partie essaye donc, à partir d'enquêtes, de mesurer une implication des grandes entreprises dans les choix sous-tendant leur organisation et leur développement spatial. Il en résulte que le développement des systèmes d'information, tout en ouvrant des perspectives nouvelles en matière d'implantation spatiale, ne reste qu'un outil, plus ou moins bien maîtrise, au service de stratégies spatiales dont il peut assurer l'efficacité mais non la définition.
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Godwin, Matthew. "The Skylark rocket : British space science and the European space research organisation, 1957-1972 /." Paris : Beauchesne, 2007. http://catalogue.bnf.fr/ark:/12148/cb411905977.
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Thiebaut, de Schotten Michel. "Interactions fronto-pariétales : dynamique et organisation des réseaux cérébraux de l'attention." Paris 6, 2007. http://www.theses.fr/2007PA066719.
Abstract:
L'attention spatiale est une famille de processus cognitifs qui nous permet d'interagir de façon efficace avec notre environnement, en sélectionnant les stimuli importants et en inhibant les distracteurs. La négligence spatiale unilatérale (NSU) est une condition neurologique qui résulte de lésions de l'hémisphère cérébral droit chez l'homme. Le signe principal de cette pathologie est un manque sévère de la distribution de l'attention dans l'hémiespace gauche. Les travaux de cette thèse mettent en évidence à partir de la NSU qu'une distribution équilibrée de l'attention spatiale nécessite la préservation des chemins de connexions reliant le lobe pariétal au lobe frontal. La seconde partie de cette thèse porte sur l'anatomie de ces connexions, sur une réflexion sur la pertinence de l'étude des grandes voies de connexion (approche hodologique) dans les neurosciences cognitives et des conséquences des disconnexions dans les syndromes neurologiquesSpatial attention refers to a family of cognitive processes which allow us to interact efficiently with our environment, by selecting relevant stimuli and inhibiting distractors. Unilateral spatial neglect (USN) is a dramatic neurological condition resulting from damage to the right hemipshere of the human brain. USN is mainly characterized by a severe lack of attention for left, contralesional stimuli. This thesis uses USN to demonstrate that a normal distribution of spatial attention needs unimpaired pathways linking the parietal to the frontal lobe. The second part of this thesis deals with the connectional anatomy of long-range brain pathways, the relevance of the study of these pathways to cognitive neuroscience (hodological approach), and the consequences of white-matter disconnections in neurological syndromes
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Bodet, Jean-Marie. "Etude expérimentale de phénomènes d'auto-organisation spatiale dans les systèmes chimiques hors d'équilibre." Bordeaux 1, 1986. http://www.theses.fr/1986BOR10640.
Abstract:
Etude experimentale des ondes chimiques, phenomene d'organisation autocoherente de l'espace cree par certaines reactions chimiques. Recherche systematique sur l'origine des structures-cibles apparaissant en milieu reactionnel oscillant (reaction de belousov-zhabotinsky)
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Bodet, Jean-Marie. "Etude expérimentale de phénomènes d'auto-organisation spatiale dans les systèmes chimiques hors d'équilibre." Grenoble 2 : ANRT, 1986. http://catalogue.bnf.fr/ark:/12148/cb375960982.
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Ramasinjatovo, Nirinjaka. "Organisation et perception de l'espace en Imerina, Madagascar." Paris 5, 2008. http://www.theses.fr/2008PA05H041.
Abstract:
Cette thèse a pour objectif d'analyser au niveau d'une zone rurale merina des Hautes Terres malgaches l'influence actuelle et l'évolution des marqueurs spatiaux d'identité merina sur l'organisation et la perception de l'espace, les relations sociales afférentes et les comportements qu'ils induisent. Les marqueurs analysés ici sont la riziculture irriguée et la maison, celle des vivants et celle des morts : le tombeau. Nous montrons comment l'évolution du contexte socioéconomique et environnemental influe sur la place de ces marqueurs. Cette thèse offre par ailleurs une lecture culturelle des relations d'une population avec son environnementThis dissertation's objective is to analyze the current influence of spatial markers of Merina's identity and its evolution in the space organization, perception and also the social relationships that are related to these latters. The spatial markers assessed here are the irrigated rice culture, the tombs and the houses. We highlight how the evolution of the socioeconomic context determines the level and the nature of the markers'influence. Moreover, this dissertation offers a cultural perspective to illustrate the relationships and interdependencies between the population and its environment
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Terrone, Sophie. "Connexion entre organisation 3D du génome et épissage alternatif médiée par les hélicases DDX5 et DDX17." Thesis, Lyon, 2019. https://n2t.net/ark:/47881/m6n015wq.
Abstract:
L'épissage alternatif est le mécanisme permettant la production de plusieurs isoformes d'ARNs messagers à partir du même gène. La majorité des gènes humains sont concernés par ce processus. Epissage et transcription étant simultanés, les deux processus sont co-régulés. Plusieurs études récentes ont proposé que l'organisation tridimensionnelle du génome, qui régule la transcription, pourrait également moduler l'épissage. DDX5 et DDX17 sont deux hélicases à ARN impliquées dans plusieurs étapes de la biogenèse et de la maturation des ARNs, y compris la transcription et l'épissage. Des travaux de notre équipe ont montré que leur expression est réprimée lors de la différenciation cellulaire, ce qui contribue à établir des programmes d'épissage spécifiques. DDX5 et DDX17 interagissent avec CTCF et le complexe Cohésine, deux régulateurs de l’organisation 3D de la chromatine, suggérant un rôle des hélicases dans la topologie du génome, et potentiellement dans la connexion éventuelle entre organisation 3D et épissage. Nous avons dans un premier temps évalué l’impact à large échelle de DDX5/17 sur l’épissage par RNA-Seq, et montré que la co-déplétion de CTCF et de Cohésine avec les hélicases augmente leur effet sur l'inclusion de certains exons. De plus, nos résultats indiquent que la déplétion de DDX5/17 impacte la terminaison de la transcription de centaines de gènes. Enfin, nous avons sélectionné deux exons régulés par DDX5/17 et CTCF pour étudier l'organisation tridimensionnelle de leurs gènes par des expériences de 3C (Chromosome Conformation Capture). Le premier candidat est un exon interne du gène NCS1 et le second un exon situé just en aval du promoteurdu gène PRMT2. Nos résultats de 3C indiquent la présence d'une boucle entre le promoteur du gène NCS1 et l'exon alternatif interne. De plus, nous montrons pour les 2 gènes testés la proximité physique entre leur promoteur et leur région terminatrice, et une déstabilisation de cette boucle en absence de DDX5/17, ce qui pourrait expliquer les défauts observés de terminaison. . Enfin, une stabilisation contrainte de la boucle promoteur-terminateur du gène PRMT2 altère l'inclusion de l'exon promoteur proximal de ce gène. Ainsi, nos résultats appuient l'hypothèse d'un lien mécanistique entre l'organisation 3D des gènes et la régulation de l'épissage alternatif et plus généralement de la fidélité de leur transcriptionAlternative splicing is the mechanism that allows the production of several mRNA isoforms from the same gene, and that concerns the majority of human genes. As it occurs during transcription, both processes are co-regulated. Several recent studies have proposed that the three-dimensional organization of the genome, which regulates transcription, could also have an impact on splicing. DDX5 and DDX17 are two RNA helicases involved in several steps of RNA biogenesis and processing, including transcription and splicing. Notably, previous studies from our lab have shown they are downregulated during cellular differentiation, which contributes to establish specific splicing programs. Moreover, DDX5/17 interact with CTCF and Cohesin that are key regulators of chromatin topology and looping. This suggests a role for DDX5/17 in genome topology, and could suggest their involvement in the cross-talk between 3D organization and splicing. In order to address this question, we first assessed the impact of DDX5/17 on splicing by RNA-Seq and tested the contribution of CTCF and Cohesin on DDX5/17-dependant exon inclusion. We observed that the co-depletion of CTCF and Cohesin with DDX5/17 increases the effect of the helicases on the inclusion of some exons. Moreover, our results indicate for the first time that depletion of DDX5/17 deregulates transcriptional termination of many genes. Finally, we selected two exons regulated by both DDX5/17 and CTCF and investigated the three-dimensional organization of their associated genes by Chromosome Conformation Capture (3C) assays. The first exon is located within the NCS1 gene while the second exon has a promoter-proximal position in the PRMT2 gene. Our 3C experiments indicate the presence of a chromatin loop between the NCS1 promoter and its internal DDX5/17- and CTCF-regulated exon. Moreover, our results reveal a physical proximity between the promoter and the terminator region of both genes, and a deregulation of this specific configuration upon DDX5/17 depletion, which could possibly lead to transcriptional readthrough. Finally, stabilizing the promoter-terminator loop using a dCas9-based approach altered the inclusion of the PRMT2 promoter-proximal exon. Altogether, our results support the hypothesis of a mechanistical link between the 3D organization of genes and the regulation of alternative splicing and transcription fidelity
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Trichet, Valérie. "Étude structurale et organisation des gènes vitellogénine dans le génome de la truite arc en ciel." Rennes 1, 1996. http://www.theses.fr/1996REN10090.
Abstract:
Chez les vertebres ovipares, les genes vitellogenine sont transcrits dans le foie sous le controle de l'oestradiol. Le produit de ces genes, la vitellogenine est secretee dans la circulation sanguine d'ou elle est captee par l'ovocyte en croissance. La vitellogenine est le precurseur majeur des proteines du jaune d'uf. Dans l'ovocyte, elle subit une proteolyse et est stockee pour former les reserves nutritives necessaires au developpement du futur embryon. La famille des genes vitellogenine a ete plus particulierement etudiee chez xenopus laevis et chez le poulet, ou respectivement 4 genes et 3 genes plus 2 pseudogenes ont ete denombres. La presente etude menee chez un salmonides, la truite arc-en-ciel (oncorhynchus mykiss) revele la presence de 20 genes vitellogenine distribues en 3 groupes structuraux et de 10 pseudogenes distribues en quatre groupes structuraux. Les pseudogenes sont des copies incompletes ne presentant que les six ou les neuf premiers exons d'un gene vitellogenine forme de 34 exons. Ces copies completes et incompletes partagent des taux d'identite elevees compris entre 97 et 100% sur leurs regions transcrites et egalement sur leurs regions 5' flanquantes. Pour la plupart, ces copies des genes vitellogenine sont organisees en repetitions directes et sont separees par une region intergenique conservee. L'unique locus vitellogenine detecte s'etend sur 700 a 1 400 kb. De nombreuses sequences repetees ont ete identifiees, notamment des micro ou minisatellites en 3' des pseudogenes. Dans la region intergenique conservee entre les copies, deux sequences de type retrotransposon avec et sans ltr ont ete reperees. Un element de type retroposon a ete caracterise dans l'intron 9 de deux groupes de copies completes et il serait implique dans les rearrangements structuraux observes pour le troisieme groupe de copies completes et pour trois des quatre groupes de pseudogenes. Une etude preliminaire chez deux especes du genre salmo (s. Salar et s. Trutta) montre que les genes vitellogenine sont presents en nombre restreint de copies par rapport aux deux especes du genre oncorhynchus etudiees (o. Mykiss et o. Tshawytscha). La synthese des donnees obtenues permet de proposer un modele decrivant la mise en place de la famille des genes vitellogenine dans le genome de la truite arc-en-ciel. Ce modele propose une augmentation du nombre de copies en deux temps avec une etape de duplications locales des genes suivie d'une etape d'amplification de fragments genomiques de plusieurs centaines de kb
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Labbé, Jessy. "Contribution à l'étude de la structure et du polymorphisme du génome du basidiomycète ectomycorhizien "Laccaria bicolor" (Maire) Orton et identification de QTLs de mycorhization chez les peupliers, "Populus trichocarpa Torr. & A. Gray ex Hook. et "Populus deltoides (Bartr.) Marsh." Thesis, Nancy 1, 2009. http://www.theses.fr/2009NAN10079/document.
Abstract:
Les symbioses mycorhiziennes, entre champignons et racines de plantes, concernent 95 % des espèces végétales. Les arbres sociaux des forêts boréales et tempérées forment avec les champignons un type particulier d’association : la symbiose ectomycorrhizienne. Les ectomycorrhizes jouent un rôle essentiel dans la nutrition hydrominérale des arbres, le cycle des éléments minéraux et la production primaire. Cependant, leur complexité n’a pas permis à ce jour de déchiffrer leurs rôles et leurs fonctions précises. La récente disponibilité du génome du champignon ectomycorhizien Laccaria bicolor et de celui de l'arbre hôte Populus trichocarpa fournit une occasion inégalée d’approfondir nos connaissances du développement et du fonctionnement de cette symbiose. Les objectifs de cette étude ont donc été de participer à la caractérisation et au décryptage du génome de L. bicolor puis à la recherche des gènes impliqués dans la formation des ectomycorhizes chez les deux partenaires. Dans un premier temps et afin d’aider à l’assemblage de la séquence génomique de L. bicolor, nous avons identifié les séquences répétées et construit une carte génétique. Sur les 60 Mb de ce génome, nous avons mis en évidence 8 % de séquences microsatellitaires et 24 % d’éléments transposables. Une carte génétique a été construite à partir de 111 monocaryons issus de L. bicolor S238N. Cette carte comprend 326 marqueurs (8 RAPD, 243 AFLP, 59 SSR et 14 SNP) répartis sur 10 groupes de liaison ancrés à la séquence génomique de L. bicolor. Dans un second temps, nous avons tenté d’identifier les gènes impliqués dans l’établissement des ectomycorhizes chez le peuplier en combinant une approche de détection par QTLs et par puces à ADN. Nous avons ciblé 81 gènes potentiellement impliqués dans l’établissement et/ou le fonctionnement de la symbioseThe mycorrhizal symbioses between fungi and roots concern 95 % of the plant species. Social trees of boreal and temperate forests form a particular type of root association with fungi: the ectomycorrhizal symbiosis. Ectomycorrhizas play a major role in tree hydromineral nutrition, nutrient cycles and primary production. However, their complexity have so far prevented from deciphering their precise function and role. The recent availability of the genome of the ectomycorrhizal fungus Laccaria bicolor and that of the host-tree Populus trichocarpa provides an unprecedented opportunity to decipher the key components of development and functioning of this symbiosis. The aims of this study were to participate to the characterization and deciphering of the genome of L. bicolor, and to determine the genes involved in the formation of ectomycorrhizas in both partners. Firstly, in order to facilitate the assembly of the genomic sequence of L. bicolor, we have identified the repeated sequences and generated a genetic map. On the 60 Mb of this genome, 8 % are microsatellite sequences and 24 % transposable elements. A genetic map was built from 111 monokaryons issued from L. bicolor S238N. This map includes 326 markers (8 RAPD, 243 AFLP, 59 SSR and 14 SNP) distributed on 10 linkage groups anchored onto the genomic sequence of L. bicolor. Secondly, we have identified the genes involved in the establishment of ectomycorrhizas in poplar by combining QTL detection and DNA microarrays. We targeted 81 genes which can be involved in the establishment and/or the functioning of the symbiosis
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Maunier-Sifre, Laurence. "Organisation spatiale du tissu conjonctif intramusculaire : relation avec la texture de la viande bovine." Phd thesis, Université Blaise Pascal - Clermont-Ferrand II, 2005. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00668883.
Abstract:
Le périmysium a été analysé à l'aide de deux modalités d'imagerie, l'histologie et l'imagerie par résonance magnétique (IRM). L'histologie a permis l'observation des faisceaux primaires et l'IRM des faisceaux d'ordre supérieur. Dans les deux cas, une méthode de seuillage du périmysium a été mise au point et validée avec la construction d'une banque de cartes de référence probabilistes, résultat de la segmentation manuelle du réseau par un jury d'experts. Le périmysium segmenté a été caractérisé à l'aide de variable morpho-anatomiques et granulométriques. Celles-ci ont été ensuite reliées à la résistance mécanique et à la tendreté sensorielle de la viande cuite. Ce sont les structures macroscopiques, visualisées en IRM, qui jouent un rôle majeur sur le déterminisme de la tendreté de la viande bovine cuite. Ces résultats ouvrent des perspectives pour le développement de méthodes d'imagerie simples adaptées à la prédiction et au contrôle de la tendreté de la viande bovine.
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Alberton, Lorenzo. "Organisation spatiale des activités techniques sur un campement du prédorsétien tardif (2900-2500 AA)." Thesis, Université Laval, 2006. http://www.theses.ulaval.ca/2006/23989/23989.pdf.
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LECLERC, JACQUES. "Organisation spatiale d'un assemblage d'araignees et strategies d'exploitation des ressources : approche experimentale et modelisation." Paris 6, 1990. http://www.theses.fr/1990PA066201.
Abstract:
L'organisation spatiale d'un assemblage d'araignees de litiere de foret decidue est etudiee dans le cadre de la theorie de la competition et de la theorie de l'exploitation optimale des ressources. Une premiere analyse de la distribution des principales especes d'araignees dans les microhabitats disponibles (definis a l'aide d'une analyse multivariee) montre que des phenomenes de specialisation ont lieu, peut-etre pour diminuer le risque de competition interspecifique. Une deuxieme approche multispecifique utilise une analyse numerique des echelles d'agregation. La theorie de la competition pour l'obtention des sites favorables a la construction des toiles predit dans ce cas que des especes partageant un meme microhabitat devraient s'exclure mutuellement a l'echelle des sites de toile. Cette hypothese n'est pas soutenue par les resultats experimentaux. On s'interesse ensuite a determiner pour une des principales especes la saturation du milieu (proportion des sites de toile occupees), le type de distribution spatiale des toiles et la fidelite au site. On trouve que le milieu est faiblement sature (5 a 10%), que les toiles sont distribuees au hasard et que la fidelite au site depend en grande partie des perturbations physiques comme les chutes de feuilles, ce qui remet en question le role presume de la competition. Enfin, deux modeles d'exploitation des ressources avec sensibilite au risque sont presentes: il apparait que la strategie a site fixe est en general optimale, que cette strategie est grandement affectee par les perturbations physiques et que la competition n'est sans doute pas importante dans ces conditions
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Cavey, Matthieu. "Organisation spatiale de l'adhérence intercellulaire par le cytosquelette d'actine dans l'épithélium embryonnaire de drosophile." Aix-Marseille 2, 2008. http://theses.univ-amu.fr.lama.univ-amu.fr/2008AIX22092pdf.
Abstract:
L'adhérence intercellulaire, responsable de la cohésion des tissus, est maintenue par les protéines transmembranaires E-Cadhérines (E-Cad) qui sont liées dynamiquement via β- et α-Caténine au cytosquelette d'actine. Afin de mieux comprendre comment cette interaction dynamique stabilise l'adhérence et comment les molécules E-Cad sont distribuées à la surface des cellules, j'ai utilisé au cours de ma thèse l'épithélium embryonnaire de drosophile. Mes travaux mettent en évidence deux nivaux de contrôle de l'adhérence par l'actine. Des filaments d'actine qui se renouvellent lentement maintiennent localement les molécules E-card en agrégats stables. D'autres filaments, qui se renouvellent rapidement, contrôlent la localisation de ces agréagats en les immobilisant par un mécanisme d'ancrage impliquant α-Caténine. Mes travaux identifient la principale fonction de α-Caténine dans le contrôle de l'adhérence et démontrent que d'adhérence est organisée spatialement à la surface cellulaireIntercellular adhesion, crucial for tissue cohesion, is maintained by E-Cadherin (E-Cad) transmembrane proteins which are dynamically linked to the actin cytoskeleton via β- and α-Catenin. To understand how this dynamic interaction stabilizes adhesion and how E-Cad molecules are distributed at the cell surface, i have used drosophila embryonic epithelial cells during my phD. My work reveals two levels of control of adhesion by actin. One population of actin filaments with a slow turnover maintains locally E-Card molecules in stable aggregates. Another population of filaments, with rapid turnover, controls the localization of these aggregates by immobilizing them by an anchoring mechanism which involves α-Catenin. This work identifies the main function of α-Catenin in adhesion control and demonstrates that adhesion is spacially organized at the cell surface
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Durand, Eric. "Modèles statistiques pour la structure génétique des populations : organisation spatiale et liens de parentés." Grenoble INPG, 2009. http://www.theses.fr/2009INPG0064.
Abstract:
La structure génétique décrit la présence de groupes génétiquement différenciés au sein d'un ensemble d'organismes. Connaître la structure génétique est crucial dans des domaines tels que la détection de gènes impliqués dans une maladie ou la biologie de la conservation. Nous nous sommes intéressés à l'inférence de la structure génétique des populations, qui n'est généralement pas observable. Nous avons développé deux approches statistiques très différentes. La première suppose qu'on dispose de génotypes multilocus d'un échantillon d'individus géoréférencés. Nous avons développé un algorithme MCMC pour l'inférence de la structure génétique tirant parti de l'information spatiale. Pour la seconde approche, on ne dispose que du nombre d'organismes d'une population. Nous avons développé un modèle stochastique de généalogie fondé sur la théorie de la coalescence pour prédire le nombre de groupes dans la population, sous l'hypothèse que ces groupes sont constitués de plus proches parentsGenetic structure arises when genetically differentiated groups are present among a set of organisms. The knowledge of genetic structure is of first importance in many domains, such as the detection of genes associated with diseases or in conservation genetic. We developed two very different statistical methods to analyze the genetic structure of populations, which is generally hidden. The first method assumes that we have genotyped multilocus markers for a set of georeferenced individuals. We built an MCMC algorithms to infer the genetic structure taking advantage of the spatial information. The second method only relies on the census number of organisms in a population. We developed a coalescent model of animal group patterns which assumes that individuals tend to group with their closest relatives
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Chaplot, Vincent. "Organisation spatiale des sols hydromorphes de fonds de vallee. Modelisation predictive de leur distribution." Rennes, Agrocampus Ouest, 1998. http://www.theses.fr/1998NSARD028.
Abstract:
La caracterisation des sols dans les fonds de vallee est souvent rendue difficile en raison d'une forte variabilite pedologique et d'une prospection de terrain laborieuse. Dans ce contexte, la modelisation predictive de la distribution des sols au moyen d'attributs du relief apparait etre un outil particulierement interessant. L'objectif de ce travail est de decrire l'organisation des sols hydromorphes dans des situations de fonds de vallee du massif armoricain et de proposer une demarche de modelisation predictive de la distribution de ces sols pour completer un modele d'organisation des sols (mos) existant. Ce travail propose une demarche de cartographie les sols hydromorphes sur de grandes etendues en se fondant sur une etude conjointe de l'organisation des sols et de leur fonctionnement a differentes echelles et en effectuant un retour entre les phases de construction et de validation des modeles predictifs. Les resultats sur l'organisation des sols indiquent que l'organisation des horizons et leur fonctionnement hydromorphe du domaine alluvial peuvent etre caracterises par un indice d'hydromorphie, hi, qui tient principalement compte de la clarte et de la purete de la matrice de l'horizon de surface. La distribution spatiale de hi est modelisee par les parametres explicatifs de cette organisation et de ce fonctionnement et qui sont l'aire drainee specifique, le denivele et la distance au cours d'eau. Les resultats montrent que la prediction de ce modele topographique est tres sensible a la resolution des mnt. Aux fortes resolutions (pas inferieur a 30 m), les erreurs de prediction sont faibles. Aux faibles resolutions, le modele surestime l'hydromorphie et l'ajout d'une information pedologique dans la modelisation devient necessaire. Sa validation sur d'autres sites d'etude detailles indique que l'estimation reste bonne au sein du bassin versant de construction et qu'elle tend ailleurs a surestimer l'hydromorphie. Parmi les voies possibles d'amelioration du modele, les cartes de sol indiquent que la geomorphologie actuelle peut expliquer certains ecarts, soit par erosion dans les zones de surrection, soit par conservation voire hypertrophie du domaine mal draine dans les zones d'effondrement.
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Guevara, Garcia Rosario Amaris. "Organisation spatiale et ségrégation des récepteurs BMP2 dans les sites d'adhésion impliquant l'intégrine β3." Thesis, Université Grenoble Alpes, 2020. https://thares.univ-grenoble-alpes.fr/2020GRALV039.pdf.
Abstract:
Comprendre comment les cellules intègrent les signaux biochimiques et physiques de la matrice extracellulaire pour spécifier une différenciation cellulaire au travers de la signalisation des récepteurs adhésifs est un défi majeur en biologie cellulaire. Le BMP2 est un facteur de croissance crucial pour le développement osseux normal chez les vertébrés en induisant une différenciation ostéoblastique des cellules mésenchymateuses pluripotentes. Le laboratoire hôte a précédemment montré que les récepteurs BMP (BMPR) et l'intégrine β3 collaborent pour contrôler la signalisation Smad et l'homéostasie tensionale (Fourel, 2016), couplant ainsi l'adhésion cellulaire et le devenir de la cellule deux aspects fondamentaux de la biologie du développement et de la médecine régénérative. Il reste à déterminer si la dynamique entre l'intégrine et les BMPR sont contrôlée dans l'espace et dans le temps pour guider les processus intracellulaires.Mon travail pendant ce doctorat a consisté à étudier la distribution des récepteurs BMP2 (ALK3 et BMPRII) et de l'intégrine β3 à la surface cellulaire et l'impact de leur proximité physique sur le comportement cellulaire en combinant l'imagerie, la technique de FRAP (Fluorescence Recovery After Photobleaching), les substrats biomimétiques et une approche optogénétique.Mes résultats ont montré que les BMPR sont discrètement organisés dans des domaines membranaires distincts dévoilant une ségrégation entre ALK3 et BMPRII à la surface cellulaire. J'ai montré que ALK3 est enrichi au niveau des adhérences focales contenant l’intégrine β3 après stimulation BMP2. Contrairement à ALK3, le BMPRII est souvent exclude ces sites d’adhésion. De plus, le recrutement de ALK3 au niveau des sites d’adhésion requiert l’engagement des intégrines 3 sur leur matrice extracellulaire. Par ailleurs, la forme activée d'ALK3 est recrutée dans les sites d'adhésion indépendamment de la stimulation par le BMP2. Ces résultats suggèrent que le recrutement de ALK3 au niveau des sites d'adhésion dépend de l'activité de l'intégrine et de l'activation d'ALK3. Les expériencesde FRAP supportent le modèle de ségrégation des BMPR montrant non seulement desmobilités latérales différentes entre les BMPR mais un aussi un piégeage de ALK3 dans les sites adhésifs résultant de la stimulation BMP2.Pour contrôler de manière réversible l’interaction entre le BMPR et l'intégrine β3 une approche optogénétique basée sur le système Venus iLID (improved Light Inducer Dimer) (Guntas, 2016) a été développée. Ces approches imitent la stimulation BMP2 en ciblant ALK3, mais pas BMPRII, dans les sites d’adhésion contenant l'intégrine β3. Mes résultats montrent que cette proximité entre l'intégrine β3 et ALK3 induite par la lumière est suffisante pour induire l'étalement cellulaire sur un substrat mou. De plus, le ciblage d'ALK3 dans les sites adhésifs est responsable de la migration cellulaire induite par le BMP2présenté par la matrice.Tous ces résultats montrent que la coopération entre l'intégrine b3 et ALK3 converge déjà à la surface cellulaire de par la proximité physique lors de la stimulation BMP2. Ces données démontrent que le regroupement de ALK3 sous forme de microdomaines avec les intégrines β3 est fortement régulé à la fois par la stimulation BMP2 et l'engagement des intégrines β3 à la matrice extracellulaire. Ces résultats suggérent que le contrôle spatial d'ALK3 pourrait avoir des implications fonctionnelles spécifiques pour la mécanotransduction ou la signalisation.Dans une perspective plus large, ce couplage entre les intégrines et les voies de signalisation BMP pourrait être exploité dans les processus de développement et de médecine régénérative, où le recrutement cellulaire est une condition préalable à la différenciation cellulaire pour former un organe spécifique ou réparer un tissu endommagé. L'identification de la signalisation fournira de nouvelles stratégies thérapeutiques pour optimiser la réparation et la régénération osseuseHow cells integrate biochemical and physical input from the extracellular matrix to achievespecific cell differentiation through adhesive receptor signaling is a big challenge in cellbiology. BMP2 is a crucial molecule for normal bone development in vertebrates andinduces osteoblastic differentiation of pluripotent mesenchymal cells likely troughcoordination with matrix elements such as fibronectin. The host lab has previously shownthat BMP receptors and β3 integrin work together to control Smad signaling and tensionalhomeostasis (Fourel, 2016), thereby coupling cell adhesion and fate commitment -twofundamental aspects of developmental biology and regenerative medicine. However, stillrequire to indentify whether their spatial arrangement affects the cellular response toreceptor signaling. Whether dynamics between integrin and BMP receptors is controlled inspace and time to guide pivotal intracellular processes remains to be elucidated.My work during this Ph.D. consisted of investigating the distribution of BMP2 receptors(ALK3 and BMPRII) and β3 integrin at the cell surface and the impact of their physicalproximity on cell behavior by combining live imaging, fluorescent recovery afterphotobleaching (FRAP), biomimetic substrates, and an optogenetic approach.My results showed that BMP receptors (BMPR) are discretely organized into segregatedspatial domains at the cell surface. I have shown that ALK3 is enriched at β3-integrin focaladhesions after BMP2 stimulation. Unlike ALK3, BMPRII is often excluded from these sitesand never enriched. Furthermore, the use of specific matrix protein reveals that therecruitment of ALK3 in focal adhesion is visible when β3 integrin is prone to form focaladhesions upon its engagement. The activated form of ALK3 is able to be localized inadhesion sites independently on BMP2. These results suggested that ALK3 organization atadhesion sites is dependent on integrin activity and ALK3 activation by BMP2 stimulation.FRAP experiments support the BMPR segregation model showing a distinct pattern oflateral movement of ALK3 and BMPRII upon BMP2 treatment through trapping of ALK3within focal adhesions.For a reversible and light-controlled interaction between BMPR and β3 integrin in space andtime, an optogenetic approach is based on the Venus-iLID (improved Light Inducer Dimer)system (Guntas, 2016) has been developed. These approaches mimic BMP2 stimulation bytargeting ALK3, but not BMPRII, into β3 integrin containing focal adhesions. Additionally,the optogenetic approach allows us to apply or withdraw the light signal to induce theproximity between ALK3 and β3 integrin offering the opportunity to induce rapid and localsignal activation. My results show that this light-induced proximity of ALK3 and β3 integrinis sufficient to induce cell spreading on a soft substrate independently on matrix-boundBMP2. Moreover, the targeting of ALK3 into β3 integrin containing focal adhesion uponBMP2 treatment is responsible for cell migration induced by matrix-bound BMP2.These results show that the cooperation between β3 integrin and ALK3 converges alreadyat the cell surface upon BMP2 stimulation. These data demonstrate that the microdomainclustering of ALK3 with β3 integrins is highly regulated by both BMP2 stimulation and β3integrin engagement, indicating that the spatial control of ALK3 might have specificfunctional implications for mechanotransduction or BMP signaling.From a broader perspective, this coupling between Integrins and BMP signaling pathwaysis of great relevance in developmental processes and regenerative medicine, where cellrecruitment is a prerequisite to cell differentiation to form a specific organ or repairdamaged tissue. Identification of signaling will provide new therapeutic strategies foroptimizing bone repair and regeneration
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Stahl, Philippe. "Le Chat forestier d'Europe, Felis silvestris, Schreber 1777 exploitation des ressources et organisation spatiale /." Grenoble 2 : ANRT, 1986. http://catalogue.bnf.fr/ark:/12148/cb37601337s.
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Maunier-Sifre, Laurence Culioli Joseph. "Organisation spatiale du tissu conjonctif intramusculaire Relation avec la texture de la viande bovine /." Clermont-Ferrand : Université Blaise Pascal, Clermont-Ferrand 2, 2009. http://195.221.120.247/simclient/consultation/binaries/stream.asp?INSTANCE=UCFRSIM&eidmpa=DOCUMENTS_THESES_110.
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Moindrot, Benoît. "Organisation de la chromatine et son lien avec la réplication de l'ADN." Phd thesis, Ecole normale supérieure de lyon - ENS LYON, 2012. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00733254.
Abstract:
L'organisation de la chromatine a une importance fonctionnelle pour contrôler le programme d'expression des gènes. Par contre, les liens qui l'unissent au déroulement de la réplication de l'ADN sont beaucoup moins connus. Grâce à des approches basées sur la capture d'interactions chromosomiques et sur l'imagerie cellulaire, nous avons étudié les liens entre le repliement à grande échelle de la chromatine et le timing de réplication. Cette analyse, effectuée dans des cellules humaines lymphoblastoïdes, des cellules mononucléées du sang (PBMC) et des cellules issues d'une leucémie myéloïde à caractère érythrocytaire, a permis l'identification de domaines structuraux du noyau. Ces domaines sont relativement isolés les uns des autres et leurs frontières coïncident avec les zones d'initiation précoce. De plus, notre étude montre que ces zones d'initiation précoce interagissent préférentiellement, aussi bien entre voisins immédiats (séparation génomique de l'ordre de la mégabase) que le long du chromosome entier. Les loci répliqués tardivement interagissent eux-aussi avec leurs homologues, conduisant, dans l'espace nucléaire, à une ségrégation des loci en fonction de leur timing de réplication. Ces résultats sont soutenus par des mesures de distances sur des hybridations in-situ qui montrent que les loci répliqués en début de phase S sont plus proches qu'attendus. Nos travaux révèlent enfin que l'organisation de la chromatine est similaire dans des cellules en phase G0 (PBMC dormantes), démontrant qu'elle n'est pas spécifique des cellules en phase S. Pris ensemble, ces résultats apportent des preuves directes d'une organisation robuste de la chromatine, partagée par les cellules en cycle et dormantes, et corrélée au timing de réplication à différentes échelles.
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Dordet-Frisoni, Emilie. "Staphylococcus xylosus : cartographie du génome et diversité génétique." Phd thesis, Université Blaise Pascal - Clermont-Ferrand II, 2007. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00718141.
Abstract:
Staphylococcus xylosus est une bactérie ubiquitaire, commensale de la peau et des muqueuses de l'homme et des animaux. C'est un des principaux ferments utilisé en salaison. Ses propriétés technologiques étaient bien connues mais peu de données génétiques sur cette espèce étaient disponibles. Nous avons établi la première carte physique et génétique de la souche modèle S. xylosus C2a. Cette carte nous a permis d'avoir une estimation de la taille (2,89 Mb) et de l'organisation globale d'un chromosome de S. xylosus. Au sein de cette espèce, nous avons montré qu'il existait une grande diversité, tant au niveau des caractères phénotypiques (métabolisme des sucres, formation de colonies géantes) que génotypiques (profils génomiques, taille du chromosome). Nous avons étudié, par hybridation soustractive, la diversité du contenu génétique de souches de diverses origines. Le génome de la souche C2a a été soustrait à ceux d'un ferment et de deux souches isolées d'infections opportunistes. Au total, 78 kb de séquences d'ADN ont été identifiés, la majorité correspondant à des gènes du métabolisme. La distribution de ces fragments souchesspécifiques au sein de l'espèce S. xylosus révèle deux groupes dont un composé des souches présentant un risque potentiel. Ces fragments pourraient être utilisés dans des études épidémiologiques. La région de l'oriC est une zone d'insertion privilégiée de ces fragments sur les chromosomes de S. xylosus. Elle permet l'acquisition de matériel génétique important pour son adaptation à différentes niches écologiques. Le séquençage de cette zone chez différentes souches permettra d'évaluer la plasticité des génomes de S. xylosus.
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Dordet-Frisoni, Emilie. "Staphylococcus xylosus : cartographie du génome et diversité génétique." Phd thesis, Clermont-Ferrand 2, 2007. http://www.theses.fr/2007CLF21760.
Abstract:
Staphylococcus xylosus est une bactérie ubiquitaire, commensale de la peau et des muqueuses des mammifères. C'est un des principaux ferments utilisés en salaison. Nous avons établi la carte physique et génétique de la souche modèle S. Xylosus C2a. Cette carte nous a permis d'avoir une estimation de la taille (2,89 Mb) et de l'organisation globale d'un chromosome de S. Xylosus. Au sein de cette espèce, nous avons montré qu'il existait une grande diversité à la fois phénotypique et génotypique. Nous avons étudié cette diversité intra-espèce par hybridation soustractive. Le génome de la souche C2a a été soustrait à ceux d'un ferment et de deux souches isolées d'infections opportunistes. Au total, 78 kb de séquences d'ADN ont été identifiés. Leur distribution sein de l'espèce révèle l'existence d'un groupe de souches présentant un risque potentiel. La région de l'oriC permettrait l'acquisition de matériel génétique impliqué dans l'adaptation de S. Xylosus à différentes niches écologiques
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Rodriguez, Mathieu. "Évolution et organisation spatiale de la dynamique vibratoire des arbres au cours de leur développement." Phd thesis, Ecole Polytechnique X, 2009. http://pastel.archives-ouvertes.fr/pastel-00005729.
Abstract:
Le vent est à l'origine d'une excitation mécanique chronique des arbres. Malgré tout, ils se développent continûment, par la croissance et la ramification. Il en résulte une grande variété de géométries, fonctions à la fois de l'espèce, et du milieu dans lequel l'arbre s'est développé. Tout au long de son existence, les caractéristiques dynamiques de l'arbre sont l'élément déterminant de son interaction avec le vent. Ainsi, cette thèse porte sur l'évolution et l'organisation spatiale de la dynamique des arbres au cours de leur développement. Une expérience de suivi des caractéristiques dynamiques de plantes, pendant leur développement, associée à un modèle mécanique de leurs oscillations en flexion, met en évidence le rôle de leurs croissances primaires et secondaires sur l'évolution temporelle de leurs fréquences naturelles. Une description générique de la géométrie de l'arbre, basée sur l'architecture et la biométrie, suivie d'une analyse dimensionnelle de sa dynamique vibratoire, permet de dériver une loi d'échelle décrivant l'organisation spatiale de ses caractéristiques dynamiques. Cette loi d'échelle est validée sur plusieurs cas d'arbres dont les caractéristiques dynamiques ont été déterminées expérimentalement ou numériquement. Une analyse dimensionnelle de l'interaction dynamique entre le vent et l'arbre permet de dériver des lois d'échelle décrivant la réponse multimodale de l'arbre au vent, et donc la répartition dans l'ensemble de l'arbre de sa réponse. Le rôle de la géométrie de l'arbre, et donc de son développement continu par la croissance et la ramification de ces axes, sur son interaction dynamique avec le vent, est ainsi quantitativement mis en évidence.
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VIAUD, Valérie. "Organisation spatiale des paysages bocagers et flux d'eau et de nutriments. Approche empirique et modélisations." Phd thesis, Agrocampus - Ecole nationale supérieure d'agronomie de renneS, 2004. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00007460.
Abstract:
La pollution des eaux par les nutriments, pesticides et sédiments est un problème majeur dans les bassins versants agricoles. En Bretagne, l'intensification de l'agriculture, avec à la fois l'augmentation de la consommation d'intrants et la disparition des haies et des zones humides entre les parcelles et les cours d'eau, est considérée comme la principale cause de la dégradation de la qualité des eaux. Les travaux menés depuis les années 1970 sur le bocage montrent que localement, le rôle hydrologique et hydrochimique des haies est important.Le premier objectif de cette thèse est d'aborder l'impact du bocage sur les flux d'eau et de nutriments à l'échelle du bassin versant, compatible avec la gestion de la ressource en eau. Le second objectif est d'articuler les connaissances sur les fonctions tampons des haies avec les connaissances sur l'organisation et l'évolution des paysages sous l'effet de dynamiques agricoles. Trois axes ont été développés : un axe conceptuel pour définir le rôle tampon des paysages, un axe empirique de comparaison du rôle tampon à l'exutoire de cinq bassins versants et un axe de modélisation. Ce
dernier comprend d'une part l'intégration des résultats locaux sur le fonctionnement hydrique des haies (évapotranspiration) dans un modèle hydrologique spatialisé et d'autre part une démarche de modélisation de paysages à partir de règles de fonctionnement (allocation des usages) et d'évolution des exploitations agricoles (agrandissement, changement de système de production), couplée à deux modèles de description de l'organisation fonctionnelle des réseaux de haies, l'un pour les transferts de surface, l'autre pour les transferts de subsurface.
Une analyse bibliographique critique du concept de rôle tampon et de sa mesure à des échelles spatiales larges a été réalisée. Elle a débouché sur une typologie des effets tampons des structures paysagères, basée sur la prise en compte du temps, et sur la définition d'un effet tampon des paysages intégrant l'effet des structures paysagères et du milieu physique. L'étude empirique montre un gradient de rôle tampon qui va dans le sens du gradient de densité de bocage entre les bassins. Elle fait ressortir la co-variation des types de géomorphologie, des types de système de production, des types de parcellaire, et des types de bocages, dans les paysages. La modélisation hydrologique montre spécifiquement le rôle hydrologique des haies à l'échelle annuelle, plus marqué les années sèches.
Dans la modélisation de paysages, le rôle de l'exploitation agricole dans l'organisation spatiale des usages et de leur évolution est pris en compte explicitement. Elle montre qu'une même évolution des exploitations se traduit par une évolution variable de l'effet tampon à l'échelle des bassins versants.
Le rôle tampon sur les transferts de subsurface apparaît plus stable et plus résilient que le rôle tampon sur les transferts de surface, très dépendant de la continuité du réseau de haies..
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Viaud, Valérie. "Organisation spatiale des paysages bocagers et flux d'eau et de nutriments : Approche empirique et modélisations." Rennes, Agrocampus Ouest, 2004. http://www.theses.fr/2004NSARD041.
Abstract:
La pollution des eaux par les nutriments, pesticides et sédiments est un problème majeur dans les bassins versants agricoles. En Bretagne, l'intensification de l'agriculture, avec à la fois l'augmentation de la consommation d'intrants et la disparition des haies et des zones humides entre les parcelles et les cours d'eau, est considérée comme la principale cause de la dégradation de la qualité des eaux. Les travaux menés depuis les années 1970 sur le bocage montrent que localement, le rôle hydrologique et hydrochimique des haies est important. Le premier objectif de cette thèse est d'aborder l'impact du bocage sur les flux d'eau et de nutriments à l'échelle du bassin versant, compatible avec la gestion de la ressource en eau. Le second objectif est d'articuler les connaissances sur les fonctions tampons des haies avec les connaissances sur l'organisation et l'évolution des paysages sous l'effet de dynamiques agricoles. Trois axes ont été développés : un axe conceptuel pour définir le rôle tampon des paysages, un axe empirique de comparaison du rôle tampon à l'exutoire de cinq bassins versants et un axe de modélisation. Ce dernier comprend d'une part l'intégration des résultats locaux sur le fonctionnement hydrique des haies (évapotranspiration) dans un modèle hydrologique spatialisé et d'autre part une démarche de modélisation des paysages à partir de règles de fonctionnement (allocation des usages) et d'évolution des exploitations agricoles (agrandissement, changement de système de production, couplée à deux modèles de description de l'organisation fonctionnelle des réseaux de haies, l'un pour les transferts de surface, l'autre pour les transfert de subsurface.
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Roche, Philip. "Structuration de la végétation et organisation du paysage en Provence calcaire : approche spatiale et hiérarchique." Aix-Marseille 1, 1994. http://www.theses.fr/1994AIX11008.
Abstract:
En prenant comme cas d'etude, une commune du centre var (83), la commune de le val, le principal objectif de ce travail est methodologique. A travers l'examen des differents outils permettant la quantification des patrons spatiaux a differentes echelles et la creation d'un systeme d'information geographique base sur l'utilisation d'une base de donnees spatialisee, il a ete recherche les relations existant entre l'organisation spatiale du paysage et les structures de vegetation. La theorie de la hierarchie fournit un cadre conceptuel en formalisant les relations entre des phenomenes se deroulant a differentes echelles. Ce travail a permis, notamment, de montrer l'existence d'une forte correlation entre l'ordination spatiale des unites de vegetation et leur ordination le long des sequences de succession. Les patrons spatiaux resultent alors de phenomenes temporels par abandon successif de territoires excentres. L'etude des relations entre les gradients floristiques et les gradients de structure du paysage a mis en evidence la necessite d'integrer conjointement au paysage, les variables geo-pedologiques dans des modeles lineaires bases sur la technique des regressions multiples. La vegetation repond de fait a des determinismes qui sont a la fois locaux (contraintes ecologiques) et spatiaux (organisation du paysage, dynamique des populations), ce qui a permis de definir un lien fort entre les approches spatiales et les approches floristiques. La spatialisation des donnees et l'integration des activites humaines permet d'approcher les phenomenes ecologiques
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Perrin, Catherine. "Organisation socio-spatiale et distribution des activités chez la marmotte alpine (Marmota marmota Linné 1758)." Paris 7, 1993. http://www.theses.fr/1993PA077087.
Abstract:
Cette étude écoéthologique de la marmotte alpine Marmota marmota (Linné 1758) a été effectuée dans la réserve naturelle de la Grande Sassière (Parc National de la Vanoise, Alpes françaises). Son but était de suivre la distribution temporelle des activités de la marmotte, et de décrire son organisation socio-spatiale dans une population de haute altitude (2350 m) afin d'apporter de nouvelles informations sur cette espèce, et de comparer son organisation à celle d'autres espèces de Sciuridés terrestres bien étudiées à ce propos. L'unité sociale est le groupe familial, composé d'un couple d'adultes reproducteurs et de jeunes issus de portées successives. La dispersion a lieu à l'âge de 2 ans, mais peut être retardée. Une seule femelle par groupe se reproduit. Les interactions sociales au sein du groupe sont majoritairement cohésives, alors que les interactions entre groupes, peu fréquentes, sont surtout agonistiques. Le domaine vital du groupe (de 2,65 à 4,13 ha) est constitué d'un système principal, où se situe l'hibernaculum, et d'une zone périphérique essentiellement utilisée pour le fourragement. Celui-ci augmente en août, et diminue en septembre, les marmottes restant de plus en plus sur le système principal, quand la période d'hibernation approche. Le faible taux de recouvrement des domaines vitaux de groupes voisins (8 à 12%), la nature agonistique des interactions entre membres de groupes différents, et la densité élevée de latrines au niveau des zones de recouvrement des domaines vitaux, permettent de caractériser cette espèce comme territoriale. Ces différents points (unité sociale de type groupe familial, dispersion retardée, type d'interactions, défense commune du territoire. . . ) confirment que la marmotte alpine est hautement sociale, et peut donc être placée au niveau 5 de la classification de Michener (1983)
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Viaud, Valérie. "Organisation spatiale des paysages bocagers et flux d'eau et de nutriments : approche empirique et modélisations /." Rennes : Éd. de Géosciences Rennes, 2004. http://catalogue.bnf.fr/ark:/12148/cb39955689n.
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Gaussier, Nathalie. "Environnement et organisation spatiale : un modèle statique et dynamique d'étude de la localisation des décharges." Aix-Marseille 3, 1998. http://www.theses.fr/1998AIX32045.
Abstract:
Depuis les annees 1990, la gestion des dechets menagers subit une profonde mutation. Elle marque le passage d'une logique de stockage a une logique de traitement multifiliere destinee a combiner le recyclage et l'incineration des dechets. Ces objectifs pourraient modifier radicalement l'organisation de l'espace. La logique de stockage jusqu'alors dominante consiste a localiser les dechets le plus loin possible des habitations dans les limites du territoire concerne. Elle devrait faire place a une logique organisationnelle, fondee sur la recherche d'economie d'echelle, a proximite des villes, pour gerer l'etendue du reseau et pour beneficier des infrastructures et des economies que genere une population agglomeree. Les decideurs toutefois se heurtent a la virulence du syndrome nimby (never in my back yard) et a l'incertitude sur la perennite des filieres. Ils adoptent bien souvent un comportement ambivalent. L'inertie des logiques passees en temoigne. L'experience acquise en matiere de localisation des decharges permet-elle d'enrichir la reflexion et d'envisager globalement le comportement des agents economiques face aux dechets ? comment comprendre et expliquer la localisation des decharges ? cette these degage des pistes de reflexion a partir de l'experience de la localisation des decharges dans les annees 1980 en region provence-alpes-cote d'azur. Elle s'articule sur deux niveaux de modelisation differents. Nous avons construit un modele probabiliste qui illustre le probleme de la localisation d'une decharge a l'aide du comportement complexe d'une ville par rapport a sa decharge. Cette approche est generalisee au cas de plusieurs villes regroupees autour d'une decharge. Notre modele statique a un aspect predictif interessant. Nous en proposons une explication a l'aide d'une approche dynamique qui, sans etre une demonstration, developpe certains des processus capables de porter la complexite des etats observes. La combinaison des aspects statique et dynamique de la modelisation est riche d'enseignements. Elle permet de progresser dans la comprehension des comportements micro, economiques spatiauxSINCE 1990'S, OBNOXIOUS GOODS LOCATION IS UNDERGOING PROFOUND CHANGES. AN ORGANIZATIONAL LOGIC BASED ON THE COMBINATION OF RECYCLING FACILITIES AND INCINERATORS MARKS THE END THE STORAGE LOGIC. THESE OBJECTIVES MIGHT RADICALLY TRANSFORM THE SPATIAL ORGANIZATION. THE STORAGE LOGIC THAT PREVAILED, LOCALIZED THE GARBAGE DUMPS AS FAR AS POSSIBLE FROM THE INHABITANTS IN THE AREAS OF THE JURISDICTION OF THE TOWNS. THIS LOGIC SHOULD BE REPLACED BY AN ORGANIZATIONAL ONE THAT IS LOOKING FOR SCALES ECONOMIES IN THE VICINITY OF THE TOWNS IN ORDER TO MANAGE NETWORK AREA AND TO HAVE THE ADVANTAGE OF AGGLOMERATION ECONOMIES. NEVERTHELESS, THE LOCAL AUTHORITIES FACE THE VIRULENCE OF THE NIMBY SYNDROME (NEVER IN MY BACK YARD) AND THE UNCERTAINTY ABOUT THE DURATION OF THE TREATMENT MEANS. THEY BEHAVE IN AMBIVALENT WAYS. THE INERTIA OF THE PREVIOUS LOGIC IS AN EXAMPLE. PREVIOUS EXPERIENCE IN LANDFILLS SITE LOCATION IS INSTRUCTIVE. OUR THESIS IS BASED ON 1980S DATA IN PROVENCE-ALPES-COTE D'AZUR AREA. TWO LEVELS OF OUR WORK HANG TOGETHER. WE HAVE BUILT A PROBABILISTIC MODEL BASED ON THE COMPLEXE BEHAVIOUR OF A TOWN IN ITS GARBAGE DUMP LOCATION. THIS APPROACH HAS BEEN ENLARGED TO THE CASE OF SEVERAL TOWNS. OUR STATIC MODEL HAS AN INTERESTING FORECASTING ASPECT. OUR DYNAMIC MODEL EXPLAINS, without BEING A DEMONSTRATION, SOME PROCESS THAT COULD SUPPORT THE COMPLEX CONFIGURATIONS WE OBSERVED IN THE PROBABILISTIC APPROACH. THE ARRANGEMENT OF THE STATIC AND DYNAMIC APPROACHES IS FRUITFUL. IT IS A WAY TO PROGRESS WITH THE UNDERSTANDING OF THE SPATIAL MICROECONOMIC BEHAVIOURS
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Le, Bourgeois Pascal. "Structure et organisation du chromosome de Lactococcus lactis : [thèse en partie soutenue sur un ensemble de travaux]." Toulouse 3, 1993. http://www.theses.fr/1993TOU30095.
Abstract:
Lactococcus lactis est une bacterie a gram positif employee dans l'elaboration de tres nombreux produits laitiers fermentes. La structure et l'organisation du chromosome de cette bacterie ont ete etudiees par electrophorese en champs pulses. Une carte physique et genetique du chromosome a ete etablie pour deux souches de laboratoire de l. Lactis. Ce travail a necessite le developpement d'outils genetiques originaux. Le plasmide prl1, un plasmide integratif qui permet d'introduire de nouveaux sites de restriction rares au hasard dans le chromosome, a ete utilise pour construire la carte physique du chromosome. La localisation precise des genes sur cette carte physique a ete realisee a l'aide d'un second plasmide integratif, prc1. La carte genetique comprend une vingtaine de marqueurs chromosomiques, et des sequences recurrentes comme les operons ribosomiques et les sequences d'insertion. Bien que les cartes physiques des deux souches etudiees different sensiblement, l'organisation genetique globale semble conservee sur approximativement 1500 kilobases. Ce travail montre que la cartographie chromosomique par electrophorese en champs pulses constitue un outil indispensable pour l'etude du polymorphisme genomique chez lactococcus lactis, et devrait permettre de mieux evaluer la dynamique des chromosomes bacteriens au cours de l'evolution
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Wierinckx, Anne. "Les gènes de fucosyltransférases de Bos Taurus "Organisation et expression d'un gène (futb) d'alpha 3-fucosyltransférase"." Limoges, 1999. http://www.theses.fr/1999LIMO0004.
Abstract:
Le gene futb est constitue de 5 exons dont quatre sont non traduits et de 4 introns repartis sur 10 kpb. Seul un gene, correspondant aux trois genes humains fut3, fut5 et fut6, est identifie dans le genome bovin et serait ainsi l'homologue orthologue de l'ancetre des genes de ce cluster humain. La determination de la structure genomique du gene futb revele la presence de sequences dispersees de type sines dans ses introns. Nous pouvons ainsi avancer l'hypothese d'une duplication des genes de fucosyltransferases chez les primates selon un mecanisme similaire a celui des genes de globines. La decouverte de sequences homologues aux exons non-traduits humains de fut3 et fut6 dans les introns de futb montre que ces exons ont recemment emerge de sequences introniques ancestrales. Le gene futb est exprime probablement sous le controle de deux promoteurs comme indique par la presence de 4 transcrits repartis en deux types et qui different par la longueur de leur region 5 non-traduite. L'etude du role des regions 5 et 3-non-traduites suggere une interaction entre les extremites des transcrits qui module l'efficacite de la traduction. Transfecte dans des cellules eucaryotes, le gene bovin induit la synthese d'une 3-fucosyltransferase avec une specificite pour les substrats accepteurs de type 2 similaire a celle de l'enzyme fuc-tvi humaine. L'activite 3-fucosyltransferase detectee dans plusieurs tissus bovins est resistante a la n-ethylmaleimide (nem), a l'exception du cerveau et des lymphocytes indiquant la presence d'au moins deux 3-fuc-ts chez le bovin. L'une est sensible au nem, comme fuc-tb, et correspond a la sous famille des enzymes lewis (fuc-tiii, fuc-tv et fuc-tvi). L'autre est resistante au nem et pourrait etre structurellement similaire aux enzymes fuc-tiv d'autres especes et dont le gene est detecte chez le bovin, ou a l'enzyme fuc-tix dont le gene a ete recemment isole chez la souris.
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Robin, Guillaume. "L'art pariétal des tombes à couloir néolithiques autour de la Mer d'Irlande : iconographie et organisation spatiale." Phd thesis, Université de Nantes, 2008. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00360165.
Abstract:
L'art pariétal des tombes à couloir néolithiques situées autour de la Mer d'Irlande est composéexclusivement de signes géométriques, considérés généralement comme abstraits et non structurés.
Une analyse spatiale révèle au contraire une réelle organisation des signes. Cette analyse, menée sur plus
de 630 dalles gravées, met en avant un grand nombre de récurrences dans l'association des signes, dans
leur positionnement sur les pierres ainsi que dans leur emplacement dans l'architecture complexe des
tombeaux. Il est ainsi possible de définir une véritable « syntaxe » régissant l'agencement des signes à
différentes échelles de l'espace. Cette syntaxe permet par ailleurs de retrouver la position d'origine de
dalles gravées en réemploi dont les gravures, en position secondaire, sont « désorganisées ». Enfin, une
étude de l'organisation des éléments architecturaux et des dépôts funéraires montrent que ceux-ci
forment avec l'art pariétal un seul et même modèle symbolique de représentation spatiale.