Academic literature on the topic 'Non-Hôte'

Cette recherche s’attache à comprendre en profondeur comment et pourquoi un méga-événement sportif peut influencer l’image touristique perçue de la ville hôte dans le contexte particulier des Jeux olympiques (JO) de Londres en 2012, via le concept de transfert d’image. En cohérence avec les objectifs exploratoires, cette recherche de nature qualitative repose sur l’analyse d’une série d’entretiens semi-directifs réalisés auprès des résidents et touristes dans la période précédant les JO en 2012. Son apport essentiel est d’affirmer la pertinence du concept de transfert d’image pour étudier l’influence de l’image de l’événement sur l’image touristique de la ville hôte. Les résultats suggèrent aussi que l’image de l’événement est en mesure d’affecter non seulement les associations existantes, mais également de créer de nouvelles associations à l’image touristique de la ville hôte.

AbstractLa construction passive ense faireest (devenue) sémantiquement indépendante de la construction causative réfléchie qui lui est homonyme. Comme dans les passifs enêtre, l'argument externe du prédicat auquel elle s'attache n'est pas représenté, et comme dans les passifs non verbaux porte le rôle Agent. Comme pourse-moyen le prédicat-hôte doit comprendre un argument interne, et est préférentiellement perfectif. Contrairement à ce qui est parfois affirmé, le réfèrent du sujet structural n'est ni nécessairement responsable du procès, ni obligatoirement humain, et l'action décrite par le prédicat-hôte n'est pas toujours violente. Bref, la construction passive ense fairea gagné sa place parmi les passifs.

This work provides insight into the experience of a group of Aboriginal and non-Aboriginal educators and their sense of responsibility. This involves discussions concerning the use of found poetry as well as how found poetry aided in fashioning an interpretation of educator’s experience of the hôte: a guest-host who accommodates and negotiates the difference of others and self.

La présente communication se propose d’examiner un phénomène fréquent mais peu décrit du français contemporain. Il s’agit des cas où un constituant introduit par quand parait entrer dans la dépendance d’un constituant autre que le verbe. D’un point de vue sémantique, il parait délicat de douter du rapport entre cet hôte non canonique du C-quand et le C-quand, mais d’un point de vue syntaxique, les liens sont parfois très ténus, voire difficiles à montrer. Nous examinerons donc ces phénomènes d’un point de vue syntaxique et sémantique, espérant ainsi contribuer à une meilleure compréhension des phénomènes d’intégration des constructions verbales.

Aux États-Unis comme ailleurs, l'étude de l'immigration ne saurait se limiter à celle des degrés et des moyens de l'assimilation des nouveaux venus dans la société hôte. Si l'idéal du « melting pot » — aujourd'hui contesté — suppose l'intégration de toutes les composantes de la population, il reste que le milieu d'accueil comme les immigrants forment des ensembles hétérogènes. La notion de « pluriethnicité » devient d'autant plus complexe qu'il s'agit non seulement d'interactions entre autochtones et immigrants, mais des relations interimmigrés où chaque protagoniste est pris lui-même dans des stratégies diverses d'intégration, d'identification ou simplement de survie vis-à-vis de la société globale.

Résumé La lecture est une responsabilité qui exige l’invention d’un lieu de rencontre. Le lecteur est d’abord un hôte. C’est à cette possibilité, c’est à cette exigence que s’ouvre Demeure. Maurice Blanchot, c’est du moins ce que donne à penser le geste extrêmement significatif par lequel Jacques Derrida, en ces pages, reproduit intégralement L’instant de ma mort. Ce serait là le secret de l’archive : Demeure se donnant non seulement à lire comme un témoignage, mais également comme un engagement à garder l’archive comme son secret, hébergeant dès lors L’instant de ma mort comme « l’aveu d’un secret demeuré secret ». Il y va de l’amitié comme d’une responsabilité pour l’avenir.

Theodor Kocher démontre expérimentalement en 1879 que ¡’ostéomyélite aiguë est une maladie infectieuse causée par un microorganisme non spécifique, le microcoque. Il montre que Vinfection de la moelle osseuse est consécutive à une dissémination hêmatogène d’une infection locale, cutanée ou muqueuse. La forme clinique et pathologique que prend la maladie dépend, selon lui, non seulement de la virulence du microcoque, mais également de la qualité du terrain sur lequel ce dernier se développe. Il suggère la même année que la strumite aiguë (l’inflammation du goitre) a, par analogie, la même étiologie que l’ostéomyélite ; il ne fournit cependant pas de preuves expérimentales à l’appui de cette hypothèse. Nous pouvons ainsi constater qu’à l’aube des années 1880, Kocher a défini de manière originale l’infection comme le produit d’une interaction entre un microorganisme et son hôte. L’influence exercée par ses idées sur ses contemporains atteste qu’il a stimulé les recherches sur l’étiologie des maladies infectieuses.

Ce texte relève une série d’embrouilles méthodologiques qui découlent d’une expérience de terrain à l’UNESCO – j’y étais en fonction de suivre les négociations menant à l’adoption de la Convention visant la protection et la promotion de la diversité des expressions culturelles en 2005. Une mauvaise synchronisation entre l’anthropologue et son terrain est à la source d’un premier constat qui laissait perplexe : s’approcher de la Convention semblait constamment mener à se détourner de l’institution hôte (UNESCO). Face à un objet aussi peu coopératif à se laisser cerner sous les traits disciplinaires, j’en viens d’abord à me demander dans quelle mesure la recherche pouvait être considérée comme un terrain. J’expose aussi comment, à partir d’une posture instable – un pied dans le terrain, l’autre non – l’objet tendait à se décliner d’une manière préalablement insoupçonnée.

Le développement de la génomique synthétique (GS) a permis l’élaboration d’outils et de méthodes innovantes permettant la synthèse, l’assemblage et la modification génétique précise de chromosomes bactériens complets. La raison principale de ce succès, ayant abouti à la création de la première cellule synthétique quasi-minimale JCVI-syn3.0, est l’utilisation de la levure Saccharomyces cerevisiae comme hôte temporaire d’accueil et de modification de ces génomes. Cependant, une autre technique a joué un rôle considérable dans le succès retentissant de ces travaux : la transplantation de génomes bactériens (TG). Cette technique, encore mal comprise, permet d’installer des génomes complets naturels ou synthétiques dans un contexte cellulaire favorable à leur expression et donner la vie. Une meilleure compréhension du processus de TG permettrait d’élargir l’ensemble des techniques de GS, appliquées actuellement quasi exclusivement à l’étude des mycoplasmes, à de nombreuses autres bactéries d’intérêt, y compris des bactéries génétiquement non-modifiables à ce jour.

L’arthrite juvénile idiopathique (AJI) est une maladie inflammatoire chronique caractérisée par la présence d’une ou plusieurs arthrites (inflammations des articulations) chez l’enfant. Les mécanismes exacts responsables de son développement restent inconnus. Pour de nombreuses maladies inflammatoires, un dialogue altéré entre le microbiote intestinal et son hôte est un élément clé de leur physiopathologie. Les micro-ARN (miARN) fécaux, de petits ARN non codants synthétisés par l’hôte que l’on retrouve dans les fèces, semblent jouer un rôle important dans ce dialogue. Dans l’AJI, si la présence d’une dysbiose et d’une modification du profil des miARN présents dans le sang, dans les cellules et les articulations ont été établies, les spécificités des miARN fécaux des patients n’ont pas été étudiées. Nous discutons, dans cette revue, l’intérêt d’une étude concomitante des miARN fécaux et du microbiote intestinal ches les patients atteints d’AJI, un concept qui apparaît essentiel pour la compréhension de la physiopathologie de cette maladie.

Dans le cadre d'une agriculture durable, la compréhension des mécanismes moléculaires qui déterminent la spécificité des pucerons pour les plantes est une étape essentielle dans le développement de stratégies de lutte contre les ravageurs. Cependant, les mécanismes conduisant à la compatibilité ou l'incompatibilité entre la plante et le puceron restent inconnus. Cette thèse visait à identifier les bases génétiques et les déterminants moléculaires impliqués dans la résistance du pois au puceron Acyrthosiphon pisum. La variabilité génétique naturelle de la résistance du pois aux biotypes adaptés et non-adaptés d'A. pisum a été identifiée en criblant une collection de 240 génotypes de pois. Une étude de génétique d'association a identifié le locus ApRVII contrôlant la résistance du pois aux biotypes adaptés et non adaptés d’A. pisumCette étude, couplée à des études transcriptomiques de génotypes de pois sélectionnés, a identifié des gènes candidats sous-jacents à ApRVII qui sont potentiellement impliqués dans la résistance du pois à A. pisum. Ces gènes indiquent l'implication des voies de biosynthèse de métabolites secondaires dans la résistance aux pucerons médiée par ApRVII. De plus, les études transcriptomiques ont identifié des voies moléculaires du pois spécifiquement réprimées pendant l'infestation par le biotype adapté, suggérant une possible manipulation du transcriptome du pois par l'infestation de pucerons. Les connaissances fournies au cours de cette thèse contribuent à une meilleure compréhension des mécanismes impliqués dans la compatibilité et l'incompatibilité entre les plantes et les pucerons
In the context of sustainable agriculture, understanding the molecular mechanisms that determine the specificity of aphids to plants is an essential step in developing pest management strategies. However, the mechanisms leading to compatibility or incompatibility between the plant and the aphid remain unknown. This thesis aimed to identify the genetic basis and molecular determinants involved in pea resistance to the aphid Acyrthosiphon pisum. The natural genetic variability of pea resistance to pea-adapted and non-adapted biotypes of the A. pisum was identified by screening a collection of 240 pea genotypes. An association genetics study identified the ApRVII locus controlling pea resistance to both adapted and non-adapted A. pisum biotypes.This study, coupled with transcriptomic studies of selected pea genotypes, identified candidate genes underlying ApRVII that are potentially involved in pea resistance to A. pisum. These genes indicated the involvement of biosynthetic pathways of secondary metabolites in ApRVII mediated resistance to the aphids. In addition, the transcriptomic studies identified pea molecular pathways specifically repressed during the infestation by the adapted biotype, suggesting a possible manipulation of pea transcriptome by the aphid infestation. The knowledge provided during this thesis contributes to a better understanding of the mechanisms involved in the compatibility and incompatibility between plants and aphids

La sporulation est un phénomène présent chez de nombreux microorganismes, généralement impliqué dans les mécanismes de dispersion et/ou résistance en conditions environnementales défavorables. La sporulation observée chez certaines souches de Frankia (genre actinobactérien fixateur d'azote) lors de leur interaction symbiotique avec les plantes actinorhiziennes est donc paradoxale dans un contexte où la bactérie bénéficie d'une niche écologique favorable à son développement. Ces souches particulières de Frankia, dites Sp+, représentent un modèle unique de symbiote capable de sporulation au sein même des cellules de son hôte. Le rôle écologique et le sens évolutif de cette sporulation in-planta reste à ce jour peu élucidé. Les deux principaux objectifs de ce travail de thèse visent donc à (i) comprendre l'influence de la sporulation in-planta sur les capacités symbiotiques des souches Sp+, en termes d'infectivité et de compétitivité et (ii) appréhender l'impact de cette sporulation sur le fonctionnement du complexe symbiotique par une méthode de profilage métabolique. Ces travaux ont permis de confirmer les particularités symbiotiques des souches Sp+ (infectivité et compétitivité accrues) et de montrer des différences significatives dans le métabolisme primaire et secondaire du complexe symbiotique associées à la présence de spores de Frankia
Sporulation is a phenomenon present in many microorganisms, usually involved in the mechanisms of dispersion and/or resistance to unfavorable environmental conditions. Sporulation occurs in some Frankia strains (a diazotrophic actinobacteria) during their symbiotic interaction with actinorhizal plants, which is paradoxical in a context where the bacterium has a favorable ecological niche for its development. These particular Frankia strains, called Sp+, represent a unique model of symbiont capable of sporulation within the host cells. The ecological role and the evolutionary meanings of this in-planta sporulation still remain understood. The two main objectives of this thesis aimed to (i) understand the influence of in-planta sporulation on the symbiotic capacity of Sp+ strains in terms of infectivity and competitiveness and (ii) understand the impact of this sporulation on the functioning of the symbiotic complex by a metabolic profiling approach. These studies have confirmed the symbiotic characteristics of Sp+ strains (greater infectivity and competitiveness) and have shown significant differences in the primary and secondary metabolism of the symbiotic complex associated with the presence of Frankia spores

Chez les parasites à cycle complexe et à transmission trophique, des stratégies d'exploitation de l'hôte intermédiaire ont été sélectionnées. Notamment, de nombreux parasites sont capables d'altérer le comportement de leur hôte intermédiaire (manipulation comportementale). Cette manipulation n'intervient que lorsque le stade larvaire du parasite est infectieux pour l'hôte définitif. Avant d'atteindre cette infectivité, le développement du stade larvaire n'est pas suffisamment avancé pour lui permettre de s'établir dans l'hôte définitif (il est dit non-infectieux). La transmission prématurée d'un stade non-infectieux implique alors la mort du parasite. Les parasites capables de renforcer les défenses anti-prédateurs de leur hôte intermédiaire au stade non-infectieux (i.e. de le protéger vis-à-vis de la prédation), avant de manipuler leur comportement au stade infectieux (i.e. de les exposer à la prédation par l'hôte définitif) devraient avoir été sélectionnés. Dans ces travaux de thèse, j'ai pu montrer qu'au stade larvaire non-infectieux, le parasite acanthocéphale Pomphorhynchus laevis renforce les défenses anti-prédateurs de son hôte intermédiaire amphipode, ce qui a pour effet de diminuer ses risques de prédation. Cet effet protecteur de l'hôte intermédiaire affecte négativement l'approvisionnement de l'amphipode, bien que cela n'ait aucune incidence sur l'état des réserves énergétiques de l'hôte. De même, le comportement reproducteur de l'hôte mâle n'est pas affecté par l'infection par ce stade protecteur. Les origines de cette stratégie parasitaire sont discutées, et des perspectives écologiques à ce changement comportemental de l'hôte sont suggérées

Récemment, la levée de nombreux verrous technologiques a permis le développement de la « génomique fonctionnelle », désignant l'approche systémique appliquée à la biologie moléculaire et cellulaire. Les virus, parasites intracellulaires obligatoires, interagissent avec de nombreux composants de la cellule afin de se répliquer. Mieux définir les interactions entre les protéines virales et cellulaires permet de mieux comprendre le cycle de réplication et la pathogenèse virale, et ouvre la voie à de nouvelles approches thérapeutiques innovantes. Au cours de mon travail de thèse, j'ai cherché à définir la carte d'interaction, ou interactome, du virus du chikungunya (CHIKV), virus dont les interactions avec la cellule à l'échelle moléculaire restent encore mal connues. J'ai pour cela utilisé des approches par double-hybride à haut débit en levure (HT-Y2H) et de validations en cellules de mammifère (notamment la technique de protein complémentation assay ou PCA). Nous avons criblé toutes les protéines matures du CHIKV contre 3 banques différentes d'ADNc humains, et une banque normalisée de 12. 000 ORFs (open reading frame) humaines entières. Nous avons ainsi mis en évidence 22 interactions dont la plupart impliquent la protéine non structurale 2 (nsP2) du CHIKV. Parmi les interacteurs cellulaires mis en évidence, nous avons pu montrer le rôle important joué par hnRNP-K (heterogeneous nuclear ribonucleoprotein K) et l'ubiquiline 4 dans la réplication du virus in vitro. Par ailleurs, nous avons démontré l'implication de la protéine TTC7B (tétratricopeptide 7B) dans l'activité d'inhibition transcriptionnelle induite par la protéine nsP2 du CHIKV. Les techniques utilisées au laboratoire m'ont également permis de participer à la caractérisation de trois interactions virus-hôte identifiées par un autre étudiant en thèse du laboratoire et jouant un rôle dans la réplication du virus de la rougeole (VR) et du virus parainfluenza humain (hPIV3). J'ai notamment pu cartographier avec précision des domaines peptidiques impliqués dans ces interactions, grâce à une technique adaptée du Y2H. Ce travail m'a donc permis d'appréhender les techniques actuelles permettant de définir les interactomes virus-hôte, et de proposer ainsi une carte d'interactions virus-hôte pour le CHIKV, mais aussi d'apporter des éléments de réponses quant aux mécanismes viraux impliquées dans le cycle réplicatif et la pathogenèse de ce virus
The lifting of many technological barriers in recent years has allowed the development of « functional genomics », an innovative systemic approach to molecular and cell biology. Viruses, being intracellular parasites, interact with several components of the cell to replicate. Thus, defining and improving our knowledge of the interactions between viral and cellular proteins ensures a better understanding of the viral replication cycle and pathogenesis and opens the pathway to new therapeutic approaches. In my thesis, I defined the interaction map, or interactome, of the chikungunya virus (CHIKV), a virus whose interactions with the cell at the molecular level have been poorly understood. For this, I performed high throughput two-hybrid approaches in yeast (HT-Y2H) and validations in mammalian cells (including protein complementation assay technique or PCA). We screened all the CHIKV mature proteins across three different human cDNA libraries and a normalized 12,000 human full-length open reading frames (ORF) library. We identified 22 interactions, the majority of which involve non-structural protein 2 (nsP2) of CHIKV. Among the identified cellular interactors, we showed the important role of hnRNP-K (heterogeneous nuclear ribonucleoprotein K) and ubiquilin 4 in virus replication in vitro. Furthermore, we demonstrated the involvement of the TTC7B protein (tétratricopeptide 7B) in the transcriptional inhibition activity induced by the nsP2 protein of CHIKV. Such techniques conducted in the laboratory also allowed me to participate in thé charaterization of three virus-host interactions identified by a fellow PhD student and contribute to researching the replication of measles virus (MV) and type 3 human parainfluenza virus (hPIV3). In particular, I was able to accurately map the peptide domains involved in these interactions, using a technique adapted from Y2H. This work has allowed me to not only understand the current techniques for defining virus-host interactomes and consequently produce a map of virus-host interactions for CHIKV, but also to shed some light on the viral mechanisms involved in the replication cycle and the pathogenesis of this virus

Les ennemis naturels tel que les arthropodes prédateurs jouent un rôle important dans le contrôle des populations des bioagresseurs dans les agroécosystèmes. Les élevages de poules pondeuses sont des agroécosystèmes de production intensifs qui intègrent une diversité élevée d’arthropodes : parasites des poules et les arthropodes du fumier (détritivores, prédateurs, etc.). Le pou rouge des poules, Dermanyssus gallinae, est l’ectoparasite le plus préjudiciable aux élevages de poules pondeuses. Les infestations de D. gallinae entraînent des problèmes économiques et de bien-être animal. Dermanyssus gallinae est un ectoparasite nidicole qui vit à proximité de son hôte dans un environnement partagé par les arthropodes prédateurs qui peuplent naturellement les bâtiments d’élevages de poules pondeuses.Dans le cadre de cette thèse, notre objectif était d’améliorer l’état des connaissances sur l’impact des arthropodes prédateurs natifs de bâtiments d’élevage de poules pondeuses sur D. gallinae. Basé sur trois approches méthodologiques (descriptive, corrélative et expérimentale), le présent travail a exploré les interactions prédateur-proie (centrées sur D. gallinae) à trois échelles: i) l’échelle de l'individu: Etablir le réseau trophique des arthropodes natifs (in-vitro), ii) à l’échelle de l’espèce : analyser la covariation de l’abondance de D. gallinae et ces prédateurs dans les bâtiments d’élevage, ii) l’échelle de la population : Mesurer dans un système expérimental (poule-D. gallinae-prédateur) en mésocosmes l’impact des arthropodes prédateurs sur le développement des populations de D. gallinae.L’analyse de réseau trophique des arthropodes natifs a montré que D. gallinae est une proie potentielle pour dix espèces d’arthropodes prédateurs. Ces prédateurs ont montré une disparité importante dans la fréquence de prédation sur D. gallinae et une préférence pour D. gallinae en présence de proies alternatives telles que les acariens détritivores. Dans les bâtiments d’élevage de poules pondeuses, l’analyse des abondances relatives de D. gallinae et les prédateurs natifs a permis de soutenir l’existence d’une interaction entre D. gallinae et ses prédateurs qui ont montré une capacité élevée de le consommer in-vitro. La mise en place des expériences en mésocosmes a permis le développement de D. gallinae, les prédateurs natifs et les acariens détritivores. Sous nos conditions expérimentales, les arthropodes prédateurs natifs n’ont pas montré un effet détectable sur le développement de populations de D. gallinae quand d’autres espèces de proies alternatives étaient présentes. Ces résultats suggèrent que, dans nos conditions expérimentales, le développement de populations de D. gallinae semblait être limité par les ressources alimentaires (la poule) et non pas par l’effet de prédation. La présence d’une proie alternative (les acariens détritivores) pourrait aussi avoir diminué l’effet des prédateurs sur les populations de D. gallinae. A travers notre système expérimental, nous avons également montré que les acariens prédateurs élevés en masse et commercialisés actuellement pour lutter contre D. gallinae n’ont pas d'effet négatif sur les espèces natives non-cibles tels que les acariens prédateurs natifs.Nos résultats révèlent des lacunes importantes dans notre compréhension de la biologie de D. gallinae et de la dynamique de ses populations. Ces résultats montrent également l’importance d’explorer d’avantage le rôle potentiel des proies alternatives dans l’absence d’un effet régulateur des prédateurs natifs sur les populations de D. gallinae
Natural enemies such as predatory arthropods play an important role in controlling pest populations in agroecosystems. Laying-hen farms are agroecosystems of intensive production that incorporate a high diversity of arthropods: hen parasites and manure arthropods (predators, detritivorous, etc.). The poultry red mites Dermanyssus gallinae is the most damaging ectoparasite in laying-hen farms. Infestations with D. gallinae cause both welfare and economic problems. Dermanyssus gallinae is a nidicolous ectoparasite that lives close to its host in an environment shared by the naturally-occurring predatory arthropods in laying-hen farms.In this thesis, our objective was to improve our knowledge on the impact of native arthropods predators in laying-hen farms on D. gallinae. Based on three methodological approaches –descriptive, correlative and experimental–, the present work explored predator-prey interactions (with focus on D. gallinae) and the impact of arthropods predators on D. gallinae at three levels: 1) individual level: building the food web of native arthropods (in vitro), 2) species level: analyzing the covariation of the abundances of D. gallinae and its predators in farm buildings, 3) population level: measuring in an experimental system (hen-D. gallinae-predator) in mesocosms the impact of native arthropod predators on the development of D. gallinae populations.The analysis of native arthropods food web showed that D. gallinae is a potential prey for ten predatory species. These predators showed a significant disparity in predation frequency on D. gallinae and in their preferences for prey species between D. gallinae and detritivorous mites as alternative prey. In laying-hen farms, analysis of the relative abundances of D. gallinae and native predators supported the presence of interactions between D. gallinae and predatory species that showed high predation frequencies on it in vitro. The experiments in mesocosm allowed the development of D. gallinae, native arthropod predators and detritivorous mites. Under our experimental conditions, native arthropod predators did not show any detectable effect on the development of D. gallinae populations when other alternative prey species were present. These results suggest that, under our experimental conditions, the development of D. gallinae populations seemed to be limited by food resources (the hen) and not by the predation effect. The presence of alternative prey (detritivorus mites) may have reduced predators’ impact on D. gallinae populations. Through our experimental system, we also showed that mass-reared and commercially available predatory mites currently used to control D. gallinae in laying farms, did not have a negative effect on non-target species such as native predatory mites.Our results uncovered important gaps in our understanding of D. gallinae biology and population dynamics. These results also demonstrate the importance of further investigating the impact of alternative prey species in the absence of a regulatory effect of native predators on D. gallinae populations

Le virus Nipah (NiV) est un paramyxovirus zoonotique du genre Henipavirus, qui a émergé en 1998. NiV infecte l'homme et cause des troubles respiratoires et des encéphalites avec une forte létalité. A l’inverse, chez les hôtes naturels de NiV, les chauves-souris de la famille des Pteropodidae, l’infection est asymptomatique. Cependant, les mécanismes permettant aux Pteropodidae de contrôler l’infection sont inconnus à ce jour. NiV produit des protéines non structurales, V, W et C, qui sont des facteurs de virulence. V, W et C inhibent les voies de l’interféron de type 1. De plus, la protéine W inhibe la production de chimiokines in vitro et module la réponse inflammatoire in vivo, mais son mécanisme d’action reste inconnu. La voie NF-κB étant le principal régulateur de la réponse inflammatoire, nous avons émis l’hypothèse que W pourrait moduler la voie NF-κB. Nous avons démontré que la protéine W inhibe l'activation de la voie canonique de NF-κB induite par TNFα et IL-1β, effet pour lequel sa région C-terminale spécifique est nécessaire. Nous avons également identifié quels signaux d’import et d’export nucléaires de W sont nécessaires à son effet inhibiteur et ainsi mis en évidence l’importance du trafic nucléo-cytoplasmique de W pour l’inhibition de NF-κB. L’étude des interactions de W avec les protéines cellulaires nous a permis d’identifier un partenaire prometteur connu pour son rôle dans le rétrocontrôle négatif de NF-κB. Enfin, le rôle de W dans l'inhibition de la voie NF-κB a été démontré pendant l'infection par NiV. Les résultats obtenus ouvrent la voie à la compréhension du mécanisme par lequel W module la réponse inflammatoire. Finalement, afin de mieux comprendre le contrôle de l’infection de NiV par son hôte naturel, nous avons généré des lignées cellulaires primaires et immortalisées de chauve-souris Pteropus giganteus. Ces cellules devraient permettre de mieux comprendre les mécanismes par lesquels ces chauves-souris contrôlent l’infection virale
Nipah virus (NiV), from Henipavirus genus, is a zoonotic paramyxovirus, which emerged in 1998. In humans, it causes acute respiratory distress and encephalitis with a high lethality. Conversely, the natural hosts of NiV, bats from the Pteropodidae family, are asymptomatic. The mechanisms by which the Pteropodidae control infection are unknown to date. NiV produces non-structural proteins, V, W and C, which are virulence factors. V, W and C inhibit the type 1 interferon pathways. Moreover, W inhibits the production of chemokines in vitro and modulates the inflammatory response in vivo, but its mechanism remains unknown. The NF-κB pathway being the main regulator of the inflammatory response, we hypothesized that W could modulate the NF-κB pathway. We demonstrated that protein W inhibits the activation of the NF-κB canonical pathway induced by TNFα and IL-1β. The specific C-terminal region of W is necessary for this effect. We have also identified which nuclear import and export signals of W are necessary for its inhibitory effect and thus highlight the importance of the nucleo-cytoplasmic trafficking of W for the inhibition of NF-κB. The study of the interactions of W with the cellular proteins allowed us to identify a promising partner known for its role in the negative feedback of NF-κB. Finally, the role of W in the inhibition of the NF-κB pathway was demonstrated during the infection with NiV. The results obtained open the way to understanding the mechanism by which W modulates the inflammatory response. Finally, to better understand the control of the infection of NiV by its natural host, we generated primary and immortalized cell lines of Pteropus giganteus bat. These cells should provide a better understanding of the mechanisms by which these bats control viral infection

Les virus à ARN de polarité positive (ARN(+)) partagent la capacité de réorganiser les membranes cellulaires en organelles vésiculaires. Ces compartiments, appelés organelles de réplication (OR), fournissent un environnement approprié permettant d’héberger la machinerie de réplication virale, ses cofacteurs cellulaires et les ARN viraux néo-synthétisés. En raison de leur rôle indispensable à la réplication virale, ces compartiments et les mécanismes moléculaires nécessaires à leur assemblage ont suscité un réel intérêt ces dernières années. Alors que des progrès significatifs ont été réalisés dans ce domaine pour d’autres virus à ARN(+), peu de données relatives au mécanisme de formation des ORs des Alphavirus ont été produites. Ces virus ont pourtant été associés à des enjeux majeurs de santé publique au cours de la dernière décennie, en particulier avec la propagation récente du virus Chikungunya (CHIKV). CHIKV est en effet un virus réémergent transmis par les moustiques et à l’origine d’épidémies ayant des conséquences socio-économiques dévastatrices dans les pays où il se propage. Les symptômes se caractérisent par une forte fièvre et une éruption cutanée, avec un pourcentage significatif de patients qui souffrent de douleurs articulaires à long terme, souvent invalidantes. À l’heure actuelle, il n’existe aucun vaccin ou traitement antiviral pour ce virus.Les OR de CHIKV se présentent comme des sphérules de 50 à 60 nm résultant d’une courbure négative de la membrane plasmique. À l’intérieur de ces compartiments, la machinerie de réplication est ancrée à la membrane par l’interaction directe de la protéine non structurale 1 (nsP1) avec la bicouche lipidique. Cette protéine virale, exprimée de façon isolée, conduit à des déformations membranaires de type filopodes. Ainsi, nsP1 apparait comme un acteur majeur du remodelage membranaire au cours de l’infection par les Alphavirus. Dans ce contexte, le but de cette thèse, centrée sur nsP1, est de caractériser les interactions de nsP1 avec les membranes cellulaires et de définir les conséquences fonctionnelles de ces interactions dans la réplication virale. Nous avons mis en évidence le rôle du métabolisme lipidique dans l’ancrage membranaire de nsP1 et dans l’infection virale. Nos résultats indiquent que la production d’acides gras est nécessaire au cycle infectieux et favorise l’interaction de nsP1 avec les membranes. Ils mettent en évidence le rôle complètement nouveau des acides gras insaturés dans l’étape de réplication des Alphavirus. Nous avons également démontré l’affinité de la forme palmitoylée de nsP1 pour les microdomaines lipidiques riches en cholestérol de la membrane plasmique. Nous avons établi les conséquences fonctionnelles de cette affinité sur la localisation des autres protéines non structurales et sur la réplication virale. Enfin, nous avons défini l’interactome fonctionnel de nsP1, de façon à identifier les cofacteurs cellulaires pouvant contribuer aux déformations membranaires induites par cette protéine virale. Ce travail permet de mieux comprendre les mécanismes de déformation membranaires observés au cours de l’infection par les Alphavirus
Positive strand RNA ((+) RNA) viruses share the common capacity to rearrange cellular membranes into vesicular organelles. These membranous compartments referred to as replication organelles (ROs), are seen as providing an appropriate environment recruiting all viral components and cofactors required for replication. Because of their strict necessity for viral replication, these compartments and the molecular mechanisms required for their assembly have generated an intense interest in recent years. Contrasting with the consequential advances made in this field for other (+)RNA viruses, virtually no mechanistic data has been produced on the formation of ROs by Alphaviruses which in the last decade have proven to be medically paramount viruses, especially with the recent spread of Chikungunya virus (CHIKV). CHIKV is a re-emerging virus transmitted by mosquitoes that has caused outbreaks with devastating socio-economic impact in countries where it propagates. Symptoms include high fever and rash, with a significant percentage of patients suffering of long-term, often incapacitating, joint pain. Currently there is no vaccine or anti-viral treatment for this virus.CHIKV ROs appear as 50-60 nm electron translucent bulb-shaped spherules resulting from negative curvature at the plasma membrane. Inside these compartments, the replication machinery is anchored to the membrane through the direct interaction of the non-structural protein 1 (nsP1) with the lipid bilayer. When expressed as an isolated protein nsP1 dramatically remodels cellular membranes into filopodia-like protrusions. Therefore, this designated nsP1 as a critical factor in cellular membrane reshaping observed during infection. In this context, the aim of this thesis, with nsP1 at its centerpiece, is to characterize nsP1 interactions with cellular membranes and to define their functional consequences on viral replication. In this investigation, we have demonstrated the role of host cell lipid metabolism in nsP1 membrane anchoring and viral infection. Our results indicate that fatty acid synthesis is required for viral life cycle and favors nsP1 interaction with membranes. We also provide the very first information on the role of unsaturated fatty acids in Alphavirus replication. In-depth studies on the role of cholesterol revealed that palmitoylated nsP1 anchored CHIKV non-structural proteins to cholesterol-rich microdomains with functional consequences on replication. Finally, we have identified nsP1 interactome in order to identify host-cofactors required for the membrane deformation induced by this viral protein. Taken together, this thesis provides new information on nsP1/membrane lipids and host cofactors interplay. This work will allow the further comprehension of the mechanisms behind membrane deformation observed during Alphavirus replication

Les amibes libres sont des microorganismes unicellulaires eucaryotes dont l'écologie au sein des réseaux d'eau potable est mal connue. Les amibes libres représentent un enjeu de santé publique, du fait de leur capacité à favoriser la présence de bactéries potentiellement pathogènes, parmi lesquelles des mycobactéries.Une campagne de prélèvement menée sur le réseau d'eau potable de Paris a permis d'évaluer la diversité des amibes libres et de leur microbiome bactérien, par pyroséquençage ciblant les gènes ribosomaux (16S et 18S). Ces analyses ont suggéré la prédominance des genres Acanthamoeba, Vermamoeba, Echinamoeba et Protacanthamoeba. Le microbiome des amibes a révélé une grande diversité bactérienne, dominée par Pseudomonas, Stenotrophomonas, Bradyrhizobium, Sphingomonas et Pseudoxanthomonas. L'intégration des paramètres physicochimiques a permis de suggérer l'importance de l'origine de l'eau, la température, le pH et la concentration en chlore dans la dynamique des populations amibiennes. Une endosymbiose originale entre V. vermiformis et des bactéries du phylum TM6 a également été mise en évidence.Les amibes ont été fréquemment co-isolées avec des mycobactéries dans le réseau, principalement les espèces M. llatzerense et M. chelonae. Des expériences d'infection chez A. castellanii ont permis d'observer la capacité de ces mycobactéries à survivre et croitre en présence d'amibes. Par génomique comparative et analyses transcriptomiques, plusieurs facteurs de virulence, conservés entre M. llatzerense, M. chelonae et M. tuberculosis, ont été identifiés et sont surexprimés au cours de l'infection. Ces données suggérent leur implication dans la résistance à la prédation amibienne.L'ensemble de ces travaux a permis d'améliorer la connaissance des populations amibiennes et de leur microbiome au sein du réseau d'eau potable, apportant des éléments supplémentaires concernant leur implication dans la survie et la persistance des mycobactéries
Free-living amoebae are unicellular eukaryotes whose ecology in drinking water networks remains poorly understood. They may represent a public health concern, because of their ability to favour the presence of potentially pathogenic bacteria, among which are mycobacteria.A sampling scheme based on Paris drinking water network allowed identifying the diversity of both freeliving amoebae and their bacterial microbiome, using ribosomal RNA targeted pyrosequencing. These analyses indicated the major presence of Acanthamoeba, Vermamoeba, Echinamoeba and Protacanthamoeba genera. The microbiome was highly diverse and dominated by Pseudomonas, Stenotrophomonas, Bradyrhizobium, Sphingomonas and Pseudoxanthomonas. The coupling of physicochemical parameters to this analysis allowed underlining the importance of water origin, temperature, pH and chlorine concentration in shaping amoebal populations. Also an original endosymbiosis between V. vermiformis and a bacterium of the TM6 phylum was described. Free-living amoebae were frequently co-isolated with mycobacteria in the water network, mainly M. llatzerense and M. chelonae species. Infection experiments on A. castellanii illustrated the capacity of these species to resist and grow in presence of amoebae. Through genomics and transcriptomics approaches, several virulence factors, conserved between M. llatzerense, M. chelonae and M. tuberculosis were identified, and found to be upregulated during infection experiments. These results suggest their involvement in mycobacterial resistance to amoebal predation.Altogether, this work helped to better understand the ecology of free-living amoebae and their microbiome in drinking water networks, as well as the role of free-living amoebae in the survival and persistence of mycobacteria in such environments

: Les plantes ont développé au cours de leur évolution un système d’immunité innée constitué de barrières préformées et de réponses de défense induites contre les agents pathogènes. Ce travail s’inscrit dans l’étude des résistances induites chez Arabidopsis thaliana soit naturellement contre les agents pathogènes racinaires Fusarium oxysporum spp. (Fo), ou après application de phosphite (Phi), contre le parasite foliaire Hyaloperonospora arabidopsidis (Hpa). Dans la première partie du travail, les rôles des métabolites secondaires (MS) et des formes réactives de l’oxygène (ROS) dans les résistances racinaires basale et non-hôte, respectivement aux formes spéciales conglutinans (Foco) et melonis (Fom) de Fo, ont été analysés. Nous avons démontré la participation de la camalexine, une phytoalexine indolique, dans la résistance basale d’Arabidopsis à Foco. En revanche, la scopolétine, une phytoalexine phénolique, et les ROS jouent des rôles essentiels dans la résistance non-hôte à Fom. Ces données soulignent le rôle clé des MS et des ROS dans les résistances hôte et non-hôte d’Arabidopsis. Dans une deuxième partie de ce travail, le mode d’action du Phi, un oxyanion de l’acide phosphoreux (H3PO3) protégeant Arabidopsis contre l’isolat Noco2 de Hpa, a été étudié. L’effet de faibles doses de Phi est aboli chez des mutants d’Arabidopsis affectés dans la voie de transduction du signal acide salicylique (SA) indiquant que l’induction de résistance à Hpa est médiée par des mécanismes dépendants du SA. Le Phi potentialise les réponses de défense contre Hpa Noco2 via EDS1-PAD4, deux composants essentiels de la résistance basale, NPR1 et la protéine de défense PR1. L’expression de la MAP kinase MPK4, un régulateur négatif de la résistance à Hpa, est diminuée par le Phi, lors de l’inoculation par Hpa Noco2. Nos résultats démontrent que la potentialisation des réponses de défense par le Phi est associée à la régulation négative de MPK4
Plants have developed during their evolution an innate immunity system consisting of preformed barriers and induced defence responses against pathogens. This work studies resistances in Arabidopsis thaliana induced either naturally against the root pathogen Fusarium oxysporum spp. (Fo), or after application of phosphite (Phi) against the leaf pathogen Hyaloperonospora arabidopsidis (Hpa). In a first part, roles of secondary metabolites (SM) and reactive oxygen species (ROS) in basal and non-host resistances of roots to the special forms conglutinans (Foco) and melonis (Fom) of Fo, respectively, were analyzed. We demonstrated the involvement of the indolic phytoalexin camalexin, in basal resistance of Arabidopsis to Foco. In contrast, the phenolic phytoalexin, scopoletin, and ROS play essential roles in non-host resistance to Fom. These data underscore the key role of MS and ROS in basal and non-host resistances of Arabidopsis. In a second part, the mode of action of Phi, an oxyanion of phosphorous acid (H3PO3) protecting Arabidopsis against the Hpa isolate Noco2 was studied. Effect of low doses of Phi is abolished in Arabidopsis mutants affected in salicylic acid (SA) signalling, indicating that induced resistance to Hpa is mediated by SA-dependent mechanisms. Phi primes defence responses against Hpa Noco2 via EDS1-PAD4, two essential components of basal resistance, as well as NPR1 and PR1. Expression of the MAP kinase MPK4, a negative regulator of resistance to Hpa, is decreased by Phi after inoculation with Hpa Noco2. Our results demonstrate that priming of defence responses by Phi is associated with down-regulation of MPK4

L'objectif de cette thèse est d'une part l'étude de la stabilité des équilibres de certains modèles épidémiologiques et d'autre part la construction d'un observateur pour l'estimation des états non mesurés et d'un paramètre clé pour un modèle intra-hôte. Nous proposons des extensions des modèles du type SIR, SIRS et SIS et nous étudions la stabilité globales de leur équilibres. En présence de plusieurs souches de pathogène d'un modèle SIS, on montre que le principe de compétition exclusive est vérifié: la souche qui maximise un seuil remporte la compétition en éliminant les autres souches. Il se trouve aussi que la souche gagnante est celle qui donne à l'équilibre le minimum de population hôte susceptible. Ceci peut être interprété comme étant un principe de pessimisation. En considérant ce modèle avec cette fois une loi de contact de type fréquence-dépendante, on montre que la dynamique change et qu'un équilibre de coexistence existe et qui est globalement asymptotiquement stable sous certaines conditions. Le comportement asymptotique des deux équilibres frontières est aussi prouvé. L'étude de la stabilité des états d'équilibres est essentiellement faite par la construction des fonctions de Lyapunov combiné avec le principe d'invariance de LaSalle. On considère un modèle intra-hôte structuré en classe d'âge du parasite Plasmodium falciparum avec une force d'infection général. Nous développons une méthode d'estimation de la charge parasitaire totale dont on ne sait mesurée par les méthodes actuellement connues. Pour cela nous utilisons les outils de la théorie du contrôle, plus particulièrement les observateurs à entrées inconnues, pour estimer les états non mesurés à partir des états mesurés (données). De cela nous déduisons une méthode d'estimation d'un paramètre inconnu qui représente le taux d'infection des globules rouges saines par les parasites
The purpose of this thesis is on the one hand to study stability of equilibria of some epidemic models and secondly to construct an observer to estimate the non-measured states and a key parameter in a within host model. We propose extensions of classical models SIR, SIRS and SIS and we study the global stability of their equilibria. In presence of multiple pathogen strains, we proved that competitive exclusion principle holds: the strain having the largest threshold wins the competition by eliminating the others. It turns out that the winning strain is the one for which the equilibrium gives the minimum of the susceptible host population. This can be interpreted as pessimization principle. By considering the same model with two strains and a frequency-dependent type of the contact law, we prove that dynamics changes and a coexistence equilibrium exists and it is globally asymptotically stable under some conditions. The asymptotic behavior of the two other boundary equilibria is also established. The stability study of equilibrium states is mainly done by construction Lyapunov functions combined with LaSalle's invariance principle. We consider an age-structured within-host model of the Plasmodium falciuparum parasite with a general infection force. We develop a method to estimate the total parasite burden that cannot be measured by the current methods. To this end, we use some tools from control theory, more precisely observers with unknown inputs, to estimate the non measured states from the measured ones (data). From this, we deduce a method to estimate an unknown parameter that represents infection rate of healthy reed blood cells by the parasites