Academic literature on the topic 'Niche d'interaction'

The control of Buruli ulcer (BU), a debilitating neglected tropical disease, is hampered by the inadequate understanding of the mode of transmission of its causative agent, Mycobacterium ulcerans (M. ulcerans). The DNA of M. ulcerans has been detected in some living organisms and non-living environmental samples of both aquatic and terrestrial sources. However, it is unclear whether the identified organisms support in vivo multiplication of the bacterium or play any role in its transmission. This paper identifies hosts of M. ulcerans, reviews progress made in unravelling the exact mode of transmission of M. ulcerans and identifies research gaps in this aspect of BU epidemiology. Using the search terms, ‘niche, Mycobacterium ulcerans’ and ‘mode of transmission, Mycobacterium ulcerans’ as well as defined inclusion criteria, information was obtained from the PubMed database and reviewed to assess their importance to the research question. Aquatic bugs of the genera Appasus and Diplonychus as well as Naucoris cimicoides and possums were identified to support in vivo multiplication of the bacterium. Bite of M. ulcerans contaminated Aedes notoscriptus, bite of aquatic bugs harboring or contaminated with M. ulcerans, and M. ulcerans contaminated skin-puncturing materials present in nature create opportunity for its transmission and infection. Appropriate protective measures may be useful to reduce the risk of exposure to M. ulcerans in BU endemic areas, and incorporation of trophic interactions of aquatic organisms known to support in vivo multiplication of M. ulcerans is needed in future research for better understanding of the spread of M. ulcerans in nature. French title: Hôtes et transmission de Mycobacterium ulcerans: une revue systématique Le contrôle de l'ulcère de Buruli (UB), une maladie tropicale négligée débilitante, est entravé par la compréhension insuffisante du mode de transmission de son agent causal, Mycobacterium ulcerans (M. ulcerans). L'ADN de M. ulcerans a été détecté dans certains organismes vivants et des échantillons environnementaux non vivants de sources aquatiques et terrestres. Cependant, il n'est pas clair si les organismes identifiés favorisent la multiplication in vivo de la bactérie ou jouent un rôle dans sa transmission. Cet article identifie les hôtes de M. ulcerans, passe en revue les progrès réalisés pour démêler le mode exact de transmission de M. ulcerans et identifie les lacunes de la recherche dans cet aspect de l'épidémiologie de l'UB. À l'aide des termes de recherche « niche, Mycobacterium ulcerans » et « mode de transmission, Mycobacterium ulcerans » ainsi que des critères d'inclusion définis, des informations ont été obtenues à partir de la base de données PubMed et examinées pour évaluer leur importance pour la question de recherche. Des punaises aquatiques des genres Appasus et Diplonychus ainsi que Naucoris cimicoides et possums ont été identifiées pour soutenir la multiplication in vivo de la bactérie. La piqûre d'Aedes notoscriptus contaminé par M. ulcerans, la piqûre d'insectes aquatiques hébergeant ou contaminés par M. ulcerans et les matériaux de perforation de la peau contaminés par M. ulcerans présents dans la nature créent une opportunité de transmission et d'infection. Des mesures de protection appropriées peuvent être utiles pour réduire le risque d'exposition à M. ulcerans dans les zones d'endémie UB, et l'incorporation d'interactions trophiques d'organismes aquatiques connus pour favoriser la multiplication in vivo de M. ulcerans est nécessaire dans les recherches futures pour une meilleure compréhension de la propagation de M. ulcerans dans la nature.

This paper discusses climate change and poultry production as their interaction impacts on unemployment in Nigeria. Climate change and animal production have always had a negative impact on each other, with animal production accounting for about 15-18% global anthropogenic greenhouse gases (GHGs) emission in form of carbon dioxide (CO2), nitrous oxide (N2O) and methane (CH4) which are emitted when animals respire. On the other hand, the effect of climate change and global warming on animal production is on the increase and will continue to increase with the high rate of man's industrial activity if not checked. In Nigeria, there is an increasing demand for animal protein and the unemployment rate is increasing yearly because of high increase in population. In order to meet up with this increase in demand for food and reduce youth unemployment in an environment with less climate change challenge, more youth involvement in Agriculture is needed. But, this agricultural revolution will have great challenge on the environment because of the high rate of climate change that goes with industrialization and agriculture. Because poultry have low global warming potential, it has an edge over other animals or livestock such as cattle, sheep, and goat. This is because poultry has low GHGs emission as a result of its low enteric methane production rates compared to ruminant animal species. Apart from poultry being cheap, it is nutritious and readily marketable. In addition, it can be a nice source of investment and income generation for Nigerian youths, if harnessed properly. It is therefore, concluded and recommended that to meet up with the ever-increasing demand for jobs in an environment having less climate change challenges, various government agencies, banks, private sectors, civil society, rural co-operative societies, youth agencies in Nigeria with the assistance of various international donor agencies can collaborate and play a more facilitating role through giving of loans, grants and adequate extension services to ensure that food security and youth empowerment is achieved within an eco-friendly environment through profitable poultry production. Cet article discute du changement climatique et de la production de volaille comme leurs effets d'interaction sur le chômage au Nigéria. Le changement climatique et la production animale ont toujours eu un impact négatif l'un sur l'autre, la production animale représentant environ 15 à 18% des émissions mondiales de gaz à effet de serre (GES) anthropiques sous forme de dioxyde de carbone (CO2), d'oxyde nitreux (N2O) et de méthane (CH4) qui sont émis lorsque les animaux respirent. En revanche, l'effet du changement climatique et du réchauffement planétaire sur la production animale est en augmentation et continuera d'augmenter avec le taux élevé de l'activité industrielle de l'homme s'il n'est pas maîtrisé. Au Nigéria, il y a une demande croissante de protéines animales et le taux de chômage augmente chaque année en raison de la forte augmentation de la population. Afin de répondre à cette augmentation de la demande alimentaire et de réduire le chômage des jeunes dans un environnement où les défis du changement climatique sont moins importants, une plus grande implication des jeunes dans l'agriculture est nécessaire. Mais, cette révolution agricole aura un grand défi sur l'environnement en raison du taux élevé de changement climatique qui accompagne l'industrialisation et l'agriculture. Parce que la volaille a un faible potentiel de réchauffement planétaire, elle a un avantage sur les autres animaux ou le bétail comme les bovins, les moutons et les chèvres. En effet, la volaille a de faibles émissions de GES en raison de ses faibles taux de production de méthane entérique par rapport aux espèces animales ruminantes. En plus d'être bon marché, la volaille est nutritive et facilement commercialisable. En outre, il peut être une belle source d'investissement et de génération de revenus pour les jeunes Nigérians, s'il est correctement exploité. Il est donc conclu et recommandé que pour répondre à la demande toujours croissante d'emplois dans un environnement ayant moins de défis liés au changement climatique, diverses agences gouvernementales, banques, secteurs privés, société civile, sociétés coopératives rurales, agences de jeunesse au Nigéria avec l'aide de divers organismes donateurs internationaux peuvent collaborer et jouer un rôle plus facilitateur en accordant des prêts, des subventions et des services de vulgarisation adéquats pour garantir la sécurité alimentaire et l'autonomisation des jeunes dans un environnement respectueux de l'environnement grâce à une production avicole rentable.

Les interactions entre espèces dans les communautés écologiques sont complexes : de nombreuses espèces peuvent interagir les unes avec les autres de façons variées et à différentes échelles spatiales et temporelles. De plus, ces réseaux d'interactions sont la résultante de multiples causes, engendrent de multiples processus et ont des conséquences parfois indirectes transmises au travers de la structure du réseau. Cette complexité nécessite une diversité d'approches pour comprendre les déterminants des interactions et prédire leurs effets dans les systèmes écologiques. Cette thèse étudie plusieurs aspects des réseaux d'interactions écologiques par une approche méthodologique qui se concentre sur la description, l'évaluation et le développement de méthodes statistiques et d'outils logiciels. Dans une première partie, j'étudie les causes de la structure des réseaux d'interactions en me concentrant sur les niches d'interactions et en utilisant la notion de concordance des traits entre espèces. Pour cela, j'utilise des méthodes de la famille de l'analyse des correspondances et j'applique et j'étends des méthodes de mise à l'échelle réciproque à l'analyse de réseaux bipartites. J'applique ces méthodes à l'analyse d'un réseau d'interactions plantes-frugivores d'une forêt de montagne péruvienne et je montre que les traits des espèces peuvent être reliés à leur largeur de niche. Dans une deuxième partie, j'étudie les conséquences des interactions au travers de leur influence sur la répartition spatio-temporelle des espèces. Pour cela, j'utilise des processus de Hawkes multivariés pour analyser des données de pièges photographiques. J'illustre ces modèles sur cinq mammifères de la savane sud-africaine et je montre des attractions et évitements entre plusieurs de ces espèces à courte échelle spatio-temporelle. Dans une troisième partie, je me penche sur l'analyse de données collectées par pièges photographiques. Je développe un package R pour nettoyer et standardiser ces données à l'usage du programme Snapshot Safari, ainsi qu'une application Shiny destinée à un usage plus général pour visualiser de données de façon interactive et reproductible. Cette thèse présente des méthodes statistiques et outils logiciels pour analyser des données écologiques complexes et améliorer la compréhension des réseaux d'interactions. Ces résultats ouvrent des perspectives nouvelles concernant l'analyse de données écologiques ainsi que les développement méthodologique en écologie
Interactions between species in ecological communities are complex: many species can interact with each other in a variety of ways and at different spatial and temporal scales. Moreover, these interaction networks are the result of multiple causes, generate multiple processes and can have indirect effects transmitted through the structure of the network. This complexity calls for a variety of approaches to understand the determinants of interactions and predict their effects in ecological systems. This thesis studies several aspects of ecological interaction networks using a methodological approach that focuses on the description, evaluation and development of statistical methods and software tools. In a first part, I study causes of the structure of interaction networks, focusing on interaction niches and using the notion of trait matching between species. To this end, I use methods from the correspondence analysis family and apply and extend reciprocal scaling methods to the analysis of bipartite networks. I apply these methods to the analysis of a plant-frugivore interaction network in a Peruvian montane forest, and show that species traits can be related to their niche width. In a second part, I study the consequences of interactions through their influence on the spatio-temporal distribution of species. To this end, I use multivariate Hawkes processes to analyze camera trap data. I illustrate these models on five mammals from the South African savanna, showing attraction and avoidance between several of these species at a short spatio-temporal scale. In a third part, I consider camera trap data analysis. I develop a R package to clean and standardize camera trap data intended for the Snapshot Safari program, as well as a Shiny application intended for a more general use to visualize data in an interactive and reproducible way. This thesis presents statistical methods and software tools to analyze complex ecological data and improve our understanding of interaction networks. These results open new perspectives on ecological data analysis and methodological development in ecology

Cette thèse s’intéresse aux liens entre réseaux d’interactions en écologie, espace et temps. On assiste à un changement croissant de représentation d’un communauté d’espèces, d’un ensemble d’espèces à un ensemble d’espèces et leurs interactions : un réseau d’interactions. On s’attachera alors à élaborer les prémisses d’une théorie spatiale des réseaux, en développant des méthodes, des modèles et en les appliquant sur des données écologiques. La thèse s’articule autour de quatre chapitres. Dans un premier chapitre, on se penchera sur le problème de comparaison de réseau en différents points du temps et de l’espace. Nous étendrons les mesures de diversité, jusque-là développées pour des abondances uniquement, aux réseaux avec abondances des espèces et des interactions. Nous nous attacherons à définir des indices à plusieurs niveaux d’agrégation des noeuds dans le réseau et montrerons l’intérêt de la méthode sur des données de réseaux trophiques. Dans un deuxième chapitre, nous nous intéresserons au développement d’une théorie des méta-communautés qui modélise explicitement l’espace comme un réseau spatial et la communauté comme un réseau d’interaction. Nous définirons la notion de capacité de persistance de la méta-communauté. Dans un troisième chapitre, nous nous intéresserons aux problèmes d’inférence d’interactions sur des données de sol d’ADN environnemental le long d’un gradient d’altitude dans les Alpes. Nous montrerons que la méthode proposée permet d’estimer l’influence des variables environnementales et de reconstruire un réseau d'interaction cohérent vis-à-vis de la littérature. Dans un quatrième chapitre, nous nous intéresserons à la combinaison d’abondances provenant de différents marqueurs d’ADN environemental et montrerons l’efficacité de la méthode proposée pour obtenir des meilleurs données d’abondances sur des données de plantes
This thesis focuses on the links between interaction networks, space and time. There is a paradigm shift in community ecology concerning the representation of a species community : from a collection of species towards species and their interactions, represented by an interaction network. We aim to build the bricks for a spatial network theory, by developing new methods, new models and applying it on ecological data. This manuscript contains four chapters. In a first chapter, we extend the diversity indices, built on Hill numbers, to network diversity indices. We define diversity indices across species aggregation levelsand show the interest of this method on a trophic network data set. In a second chapter, we develop a spatially explicit meta-community theory, with various kind of interactions. The theory contains a stochastic and a deterministic meta-community model. We then define the notion of meta-community persistence capacity. In a third chapter, we focus on network reconstruction from environmental DNA data along an environmental gradient.We show that the proposed method allows to evaluate the influence of environmental variables on community and infer a network in agreement with the literature on soil interactions. Finally, in a fourth chapter, we develop a method to combine environmental DNA data coming from different primers and show the efficiency of the method to better estimate plant abundances

Le contrôle des ravageurs est l'un des principaux services éco-systémiques rendus par la biodiversité à l'agriculture. Les communautés d'insectes auxiliaires, hébergées par les espaces agricoles présentent des niveaux de diversité, spécifique et fonctionnelle, élevés et leurs biologie et traits de vie sont bien décrits et étudiés. Ces communautés constituent donc un excellent modèle pour aborder des questions d'intérêt à la fois fondamental et appliqué sur les mécanismes à l'origine de la biodiversité et sur l'impact de la biodiversité sur l'approvisionnement en services éco-systémiques. Dans cette thèse, nous développons une combinaison originale d'approches classiques et d'approches moléculaires de pointe pour élucider les relations trophiques au sein de la communauté de coléoptères carabiques en milieu agricole. Les coléoptères carabiques peuvent contribuer de façon significative au service de contrôle biologique mais les mécanismes généraux conditionnant cette contribution restent encore difficiles à évaluer par manque d'approche systémique pour l'analyse de leurs réseaux d'interactions.L'étude sans a priori du régime alimentaire de la communauté de carabes dans un paysage agricole typique révèle un partitionnement de la ressource entre groupes d'espèces. L'étude expérimentale des interactions entre espèces avec un régime alimentaire similaire montre une différentiation des activités spatio-temporelles à fine échelle. D'un point de vue fondamental, ces résultats semblent démontrer la prépondérance des processus déterministes (partage de niche) par rapport aux processus neutres (stochasticité environnementale) pour expliquer la coexistence des espèces. D'un point de vue appliqué, l'importance de la ressource dans la structuration des communautés de carabes fournit un levier d'action potentiel pour l'élaboration de stratégies de gestion afin d’optimiser leur fonction de régulateurs naturels
Biological control is one of the main ecosystem services provided by biodiversity in agroecosystems. Communities of beneficial insects, hosted by agricultural areas exhibit high levels of species and functional diversity, and their biology and life history traits are well described today. These communities are therefore an excellent model for addressing issues of fundamental and applied interest about mechanisms at the origin of biodiversity and its impacts on the supply of ecosystem services. In this thesis, we develop an original combination of advanced molecular approaches and more traditional methods in order to elucidate trophic interaction network within the community of carabid beetles in agricultural areas. The carabid beetles can significantly contribute to the service of biological control, but their contribution and beneficial conditions are difficult to assess because of their opportunistic and plastic feeding behavior. A without a priori investigation of carabid diet at community level in a typical agricultural landscape reveals a resource partitioning between groups of species. Additional experimental studies in laboratory conditions indicate that interspecific competition could be the mechanism generating this partitioning. From a fundamental point of view, these results suggest a preponderance of deterministic processes (niche partitioning) compared to neutral processes (environmental stochasticity) to explain the coexistence of species. From an applied point of view, the importance of the resource in structuring carabid communities provides a potential lever of action for the development of efficient management strategies optimizing carabid function as crop auxiliaries