Dissertations / Theses on the topic 'Molecular species delimitation'
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Ranasinghe, Subhani Wathsala. "Molecular species delimitation, taxonomy and biogeography of Sri Lankan Gesneriaceae." Thesis, University of Edinburgh, 2017. http://hdl.handle.net/1842/28889.
Full textStoch, Fabio. "Molecular taxonomy, phylogeny and biogeography of European niphargids (Crustacea, Amphipoda)." Doctoral thesis, Universite Libre de Bruxelles, 2021. http://hdl.handle.net/2013/ULB-DIPOT:oai:dipot.ulb.ac.be:2013/326119.
Full textDoctorat en Sciences
info:eu-repo/semantics/nonPublished
Leavitt, Steven. "Assessing Traditional Morphology- and Chemistry-Based Species Circumspections in Lichenized Ascomycetes: Character Evolution and Molecular Species Delimitation in Common Western North American Lichens." BYU ScholarsArchive, 2010. https://scholarsarchive.byu.edu/etd/2191.
Full textWu, Yunke. "Molecular phylogenetics, morphological evolution, and speciation of Chinese stout newts (Salamandridae: Pachytriton)." Thesis, Harvard University, 2013. http://dissertations.umi.com/gsas.harvard:10714.
Full textReder, Tanja [Verfasser], and Michael [Gutachter] Melkonian. "A case study of species delimitation with molecular methods: the algal genus Microthamnion (Microthamniales,Trebouxiophyceae) / Tanja Reder ; Gutachter: Michael Melkonian." Köln : Universitäts- und Stadtbibliothek Köln, 2019. http://d-nb.info/1202920322/34.
Full textMAGOGA, GIULIA. "MOLECULAR IDENTIFICATION AND DELIMITATION OF INSECT TAXA: DEVELOPMENT OF NEW DATA, APPROACHES AND EVALUATION OF TOOLS EFFICIENCY." Doctoral thesis, Università degli Studi di Milano, 2020. http://hdl.handle.net/2434/702867.
Full textQuast, Mônica Paiva 1977. "Investigação de limites específicos em Corbula (Corbulidae: Bivalvia) do Sudeste e Sul do Brasil, com base em marcadores moleculares." [s.n.], 2003. http://repositorio.unicamp.br/jspui/handle/REPOSIP/315774.
Full textTese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia
Made available in DSpace on 2018-08-22T01:09:52Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Quast_MonicaPaiva_D.pdf: 2160555 bytes, checksum: a8f9e004b6d58d12222f57e63c865d89 (MD5) Previous issue date: 2013
Resumo: Espécies são unidades fundamentais da biologia e sua identificação é essencial para a pesquisa nos mais diversos campos. Esta tarefa, no entanto, é dificultada por limites interespecíficos naturalmente mal definidos, especialmente em ambientes marinhos, onde complexos de espécies crípticas são comuns. Assim, a delimitação de espécies tem recebido grande atenção nos últimos anos e técnicas moleculares têm se mostrado de grande importância para a questão. Corbula (Bivalvia: Corbulidae) é um gênero frequente e ecologicamente importante em comunidades bentônicas marinhas de sublitoral. A taxonomia do grupo é bastante confusa, em parte devido à plasticidade fenotípica das conchas que dificulta o estabelecimento de limites morfológicos entre as espécies. O presente estudo teve como objetivo estudar, com base em sequências de dois marcadores moleculares (COI e 16S), os limites entre seis espécies de Corbula morfologicamente identificadas da costa sudeste e sul do Brasil, de forma a testar a delimitação morfológica. Como se trata de espécies predominantemente de sublitoral, o material analisado encontrava-se preservado em álcool, havendo sido fixado em formol. Dessa forma, fez-se necessário o desenvolvimento de protocolos específicos de extração e amplificação. Uma combinação de extração orgânica com adsorção em sílica mostrou-se o melhor método de extração de DNA total. Para as reações de amplificação, a utilização de nested PCR produziu resultados superiores à PCR direta. As análises de delimitação utilizaram quatro métodos diferentes, dois baseados em árvores (GMYC e Brownie) e dois não (regra das 4x e ABGD). Os resultados divergiram entre métodos e marcadores, mas a combinação das diferentes linhas de evidência permitiu corroborar a delimitação morfológica de três espécies (Corbula caribaea, Corbula tryoni e Corbula lyoni). Os indivíduos identificados como Corbula patagonica dividiram-se em duas espécies distintas. O único indivíduo de Corbula aequivalvis foi considerado distinto das outras espécies e um indivíduo atribuído a Corbula sp1 não pôde ser distinguido de C. caribaea
Abstract: Species are fundamental unities in many biological studies and, being so, their identification is essential for researches in many different fields. This task, however, is complicated by badly defined interspecies boundaries, especially in the sea, where cryptic species are quite common. Species delimitation has been receiving much attention, and molecular techniques have been proved of great value to the matter. Corbula (Bivalvia, Corbulidae) is frequent and ecologically important genus in benthic marine communities. Nevertheless, its taxonomy is confusing, in part due to a plastic shell, which makes it difficult to establish species boundaries. This study aimed to analyze the COI and 16S sequences of six morphologically identified Corbula species occurring off the South-Southeastern Brazilian coast. Being a mainly sublittoral genus, most of the analyzed material had been previously sampled, fixed in formalin and preserved in alcohol. Hence, initially specific protocols for DNA extraction and PCR were developed. Better results were obtained with an extraction protocol combining organic extraction and silica adsorption. The nested PCR yielded more product than the direct PCR. Delimitation analyses were conducted with four different methods: two tree based (GMYC and Brownie) and two non-tree based (4x rule and ABGD). Different methods and markers produced different delimitations, but the combined evidence supports the morphological delimitation of three species: Corbula caribaea, Corbula tryoni and Corbula lyoni. Individuals assigned to Corbula patagonica were separated into two molecular species. Only one individual of Corbula aequivalvis was analyzed and it was distinguished from other species. One individual assigned to Corbula sp1 could not be distinguish from C. caribaea
Doutorado
Ecologia
Doutora em Ecologia
Ritchie, Andrew Miles. "Evaluating the Performance of Diversification Models for Reconstructing Evolutionary History." Thesis, The University of Sydney, 2017. http://hdl.handle.net/2123/17816.
Full textSeraphim, Noemy 1986. "Delimitando espécies = contribuição de marcadores morfológicos e moleculares para a compreensão do gênero Hermeuptychia Forster (Nymphalidae: Satyrinae: Euptychiina)." [s.n.], 2011. http://repositorio.unicamp.br/jspui/handle/REPOSIP/316038.
Full textDissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia
Made available in DSpace on 2018-08-19T17:32:03Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Seraphim_Noemy_M.pdf: 28481674 bytes, checksum: 287c682142f5d5cd09f6635fbb8a291f (MD5) Previous issue date: 2011
Resumo: O gênero Hermeuptychia Forster (Nymphalidae, Satyrinae, Euptychiina) está amplamente distribuído no continente Americano, desde a Argentina até o sul dos Estados Unidos. O gênero foi anteriormente considerado um complexo de espécies, e atualmente são reconhecidas oito espécies . Todas as espécies possuem um padrão alar muito parecido, o que compromete a identificação taxonômica correta. Em adição, a posição filogenética do gênero dentro da subtribo Euptychiina permanece incerta. Para o presente estudo foram obtidos espécimens de 45 localidades de cinco países, com maior ênfase em uma amostragem no Brasil. Três marcadores moleculares, dois do DNA mitocondrial (cox1 5' e nad6) e um do DNA nuclear (RpS5) foram utilizados para gerar hipóteses filogenéticas (Máxima Parcimônia e Inferência Bayesiana), para delimitar espécies, e para gerar estimativas de tempo de divergência e distribuição ancestral. Adicionalmente, o desempenho da região anterior da cox1 como 'barcode - código de barras' para delimitar as espécies de Hermeuptychia foi testado. Além disso, análise morfológica da genitália masculina foi empregada para a delimitação e identificação de espécies. Os indivíduos amostrados agruparam-se em dez clados nas análises moleculares, correspondendo a sete espécies reconhecidas mais H. gisella, que havia sido anteriormente sinonimizada com H. cucullina. A análise morfológica dos indivíduos possibilitou o estabelecimento de caracteres diagnósticos para todas as espécies de Hermeuptychia - incluindo H. cucullina, que não está presente nas análises moleculares - e concordou com os agrupamentos obtidos através das análises moleculares. As relações filogenéticas entre as espécies de Hermeuptychia permanecem incertas, possivelmente devido a um padrão de evolução rápida, descrito anteriormente para outros Satyrini. Entretanto, dois grupos de espécies-irmãs podem ser identificados, H. pimpla + H. harmonia, e H. gisella + H. fallax, ambos sustentados por ocorrência simpátrica. Em adição, H. gisella e H. fallax parecem apresentar um isolamento reprodutivo incompleto, com formação de híbridos. Algumas espécies de Hermeuptychia estão distribuídas amplamente, como H. atalanta, H. hermes e H. gisella, sendo que H. atalanta é a espécie mais comum encontrada no Brasil. H. fallax é uma espécie restrita a Mata Atlântica; H. pimpla e H. harmonia são espécies restritas à região andina, encontradas em altitudes moderadas; H. maimoune pode ser encontrada na região andina e no sul da Amazônia brasileira, correspondendo a duas espécies crípticas; H. cucullina foi encontrada no centro-oeste brasileiro e na região andina, e é a espécie mais rara de Hermeuptychia; e H. sosybius pode ser encontrada do sul dos Estados Unidos até a região norte da Colômbia. O gênero diversificou-se de seu grupo-irmão a cerca de 8,2 milhões de anos (mya), a diversificação das espécies ocorreu entre 3,5 e 1,4 mya, e a distribuição ancestral estimada é a cordilheira dos Andes. Apenas com a região 'barcode' e análise de distância usando Neighbor-Joining, foi possível separar as espécies de Hermeuptychia com uma taxa de 2% de erro. O limite entre as distâncias intra e interespecíficas estimado fica em torno de 2% de divergência genética
Abstract: The Hermeuptychia genus Forster (Nymphalidae: Satyrinae: Euptychiina) is widely distributed in the American continent, from Argentina to South United States. Previously considered a species complex, the genus presents eight valid species taxa at the moment. Wing pattern is very similar in all Hermeuptychia species resulting in difficult and prone to error taxonomic identification. Additionally its position within the subtribe Euptichiina remains uncertain. Samples from 45 locations in five countries, with major emphasis in Brazilian territory sampling, were obtained for the present study. Three molecular markers, two from mitochondrial DNA (cox1 5' and nad6) and one from nuclear DNA (RpS5), were used to generate phylogenetic hypothesis (Maximum Parsimony and Bayesian Inference), to delimit species, and to estimate divergence time and ancestral distributions. The 'barcode' region performance (cox1 5') was tested for Hermeuptychia species. Male genitalia morphology was also used to identify and delimitate species. Sampled individuals are grouped in ten molecular clusters, corresponding to seven valid species and H. gisella, previously synonymized to H. cucullina. Morphological analysis of individuals revealed morphological diagnose traits to identify all Hermeuptychia species, including H. cucullina, which is not present in the molecular analysis, and was congruent with molecular analysis. Phylogenetic relationships among Hermeuptychia species remain unresolved due to a possible rapid evolutionary pattern common to Satyrini. However, two pairs of sister species could be identified: H. pimpla + H. harmonia and H. gisella + H. fallax, both sympatric. Additionally, H. gisella + H. fallax present incomplete reproductive isolation, with hybrids. Some Hermeuptychia are widely distributed as H. atalanta, H. hermes, and H. gisella, and H. atalanta is the most common species found in Brazil. H. fallax is restricted to Atlantic Forest; H. pimpla and H. harmonia are restricted to Andes region, at moderately high altitudes; H. maimoune is found in the Andine and in the Amazonian regions, corresponding to two cryptic species; H. cucullina is the rarest Hermeuptychia and was found in Central Brazil and in Andes; and H. sosybius is the only Hermeuptychia found in North America, been present from South United States to north Colombia. The genus diverged from its sister group around 8.2 my, species diversification occurred between 3.5 and 1.4 my and the ancestral estimate distribution is Andine region. Only the 'barcode' region was able to identify each Hermeuptychia species, with an 2% error rate and the molecular threshold for intra and interspecific distance was around 2% of genetic divergence
Mestrado
Ecologia
Mestre em Ecologia
Malaver, Jorge Luis Ramirez. "Problemas taxonômicos da família Threskiornithidae: filogenia molecular e o caso de Eudocimus." Universidade Federal de São Carlos, 2011. https://repositorio.ufscar.br/handle/ufscar/5486.
Full textFinanciadora de Estudos e Projetos
The family Threskiornithidae includes 13 genera and 32 species, but the relationships among genera, species or subspecies have been little studied. This family is traditionally divided into two subfamilies: Plataleinae and Threskiornithinae. One of the more interesting taxonomical questions within this group is the case of the species Eudocimus ruber and Eudocimus albus. They are usually considered as separate species, but they show similar behavior and there are also records of hybridization in nature. This study aims to reconstruct the phylogenetic relationships within the family Threskiornithidae as well as assess the level of genetic differentiation between Eudocimus albus and E. rubber, using mitochondrial and nuclear gene sequences. DNA was extracted from blood and tissue samples from 13 species of Threskiornithidae (seven genera) and two outgroups. For the Eudocimus study were extracted 10 individuals of each species. We sequenced the 16S rRNA and the intron 7 of β- Fibrinogen for all species. For Eudocimus Cytochrome B, Cytochrome Oxidase I, intron 11 of Glyceraldehyde-3-Phosphate Desidrogenase, intron 4 of the Myelin Proteolipid Protein and intron 2 of Myoglobin were also sequenced. Sequences for other five species of the family were obtained from GenBank. Phylogenetic trees were constructed using Neighbor-Joining, Maximum Parsimony, Maximum Likelihood, Bayesian inference and Bayesian inference of species tree. Networks and genetic distances were determined for Eudocimus haplotypes. Several approaches for species delimitation using multilocus data were applied. All analyses strongly supported the family Threskiornithidae (18 species) as a monophyletic group. However, the current classification of two subfamilies was not supported by our data: Plataleinae formed a monophyletic group, but nested within Threskiornithinae (a paraphyletic group). Tests of monophyly rejected the hypothesis of monophyly of Threskiornithinae. The family Threskiornithidae also showed a division into two groups: one with only genera endemic to the American continent (Theristicus and Eudocimus) and another with the remaining species. Within the latter clade, species of genus Plegadis are observed in a basal position, while subfamily Plataleinae was grouped with the remaining species. This pattern of species distribution suggests an initial Gondwana division and subsequent colonization by species from the Old to the New World. The divergence within the family was estimated at 35-40 million years, which is before the separation between America and Antarctica. Mitochondrial genetic analysis showed Eudocimus species as two different lineages. Multilocus analysis based on nuclear genes revealed a strong signal of speciation despite the polyphyly found in three of the four markers.
A família Threskiornithidae inclui 13 gêneros e 32 espécies e suas relações interespecíficas, assim como as designações dos gêneros, espécies ou subespécies foram pouco estudadas. A família tem sido dividida em duas subfamílias: Plataleinae e Threskiornithinae. O caso de Eudocimus ruber e Eudocimus albus é uma das questões interessantes da taxonomia do grupo, pois têm sido consideradas como espécies, mas mostram similaridades no comportamento e há registros de hibridização na natureza. Os objetivos do presente estudo foram reconstruir as relações filogenéticas dentro da família Threskiornithidae e avaliar o nível de diferenciação genética entre Eudocimus albus e E. ruber, baseando-se nos dados de sequências de genes mitocondriais e nucleares. DNA foi extraído de amostras de sangue e de tecidos de 13 espécies de Threskiornithidae, representantes de sete gêneros da família e de dois grupos externos. Para o estudo do caso de Eudocimus foram analisadas amostras de 10 indivíduos de cada espécie. Foram sequenciados os genes 16S rRNA e o íntron 7 do β-fibrinogênio para todas as espécies. Nos indivíduos de Eudocimus foram sequenciados também os genes Citocromo B, Citocromo Oxidase I, o íntron 11 da Gliceraldeído-3-Fosfato Desidrogenase, o íntron 4 da Proteína Proteolipídica da Mielina e o íntron 2 da Mioglobina. Sequências para outras cinco espécies da família foram obtidas do GenBank. Árvores filogenéticas foram construídas pelos métodos de inferência de Neighbor-Joining, Máxima Parcimônia, Máxima Verossimilhança, Análise Bayesiana e Estimativa Bayesiana de árvore de espécies. Redes de haplótipos e distâncias genéticas foram determinadas para as sequências de Eudocimus. Diversas abordagens de delimitação de espécies usando informação multilocus foram realizadas. A família Threskiornithidae com 18 espécies se apresentou como grupo monofilético fortemente sustentado em todas as análises. A classificação atual das duas subfamílias não foi corroborada: Plataleinae se apresentou como grupo monofilético, mas agrupada dentro dos Threskiornithinae, sendo este último um grupo parafilético. Os testes de monofilia rejeitaram a hipótese de Threskiornithinae ser um grupo monofilético. A família Threskiornithidae pode ser dividida em dois grupos: o primeiro agrupando somente gêneros endêmicos do continente americano (Theristicus e Eudocimus) e o outro com as demais espécies. Dentro deste ultimo clado, observa-se em posição basal as espécies do gênero Plegadis e a subfamília Plataleinae agrupada com o restante das espécies. Este padrão de distribuição de espécies concorda com uma divisão inicial Gondwânica e uma posterior colonização por espécies do velho ao novo mundo. A divergência da família foi estimada em 35 40 milhões de anos, data anterior à separação do continente Americano da Antártica. As análises genéticas mitocondriais mostraram as espécies de Eudocimus como duas linhagens diferentes. Nas análises multilocus baseadas nos genes nucleares foi possível recuperar um forte sinal de especiação apesar da polifilia encontrada em três dos quatro marcadores.
Welker, Cassiano Aimberê Dorneles. "Filogenia molecular de Saccharum L. e Eriochrysis P.Beauv.(Poaceae-Andropogoneae) e resolução taxonômica de complexos de espécies." reponame:Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da UFRGS, 2015. http://hdl.handle.net/10183/131781.
Full textSpecies delimitation is a vital issue concerning evolutionary biology and conservation of biodiversity. However, delimiting species based on morphology is a difficult task especially in plant groups with an evolutionary history involving rapid radiation and little morphological discontinuity between taxa, as the tribe Andropogoneae (Poaceae). The present thesis uses DNA sequences, such as low-copy nuclear genes and complete plastome sequencing, to resolve the taxonomic circumscriptions of species complexes in Andropogoneae, particularly from genera Saccharum and Eriochrysis, and to investigate their phylogenetic affinities to other genera of the tribe. Phylogenetic, taxonomic, and nomenclatural aspects were investigated. We clarified that Andropogoneae Dumortier is the correct name for the tribe, rather than Sacchareae Martinov, as recently suggested by several authors. The present phylogenetic analyses support the hypothesis of an initial rapid diversification in Andropogoneae and the non-monophyly of subtribe Saccharinae. The allopolyploid origin of Saccharum was demonstrated using evidence from nuclear genes. Saccharum s.l. is polyphyletic and Tripidium should be recognized as a distinct genus. The phylogenetic analyses were also able to define the circumscriptions of the species of Saccharum s.l., confirming the occurrence of three native species in South America: S. angustifolium, S. asperum and S. villosum. The occurrence of natural hybrids between S. villosum and S. angustifolium was documented. The phylogenetic analyses of Eriochrysis confirmed the monophyly of the genus and resolved the circumscriptions of its species: E. villosa is distinct from E. cayennensis, and E. laxa is distinct from E. warmingiana. Natural hybrids between E. laxa and E. villosa were also documented. Eriochrysis villosa is reported here for the first time for Uruguay and E. laxa for the State of Rio Grande do Sul. The present thesis has demonstrated the efficiency of low-copy nuclear genes in the delimitation of species and genera from tribe Andropogoneae, even in presence of polyploidy, reticulate evolution and recent radiation. The complete plastome sequencing is also a promising tool for phylogenetic inferences in Andropogoneae.
Hime, Paul Michael. "GENOMIC PERSPECTIVES ON AMPHIBIAN EVOLUTION ACROSS MULTIPLE PHYLOGENETIC SCALES." UKnowledge, 2017. http://uknowledge.uky.edu/biology_etds/45.
Full textFegies, Ana Claudia. "Sistemática do gênero Cryptonanus (Didelphimorphia: Didelphidae) baseada em análises moleculares." Universidade Federal de São Carlos, 2014. https://repositorio.ufscar.br/handle/ufscar/8596.
Full textApproved for entry into archive by Maria de Lourdes Mariano (lmariano@ufscar.br) on 2017-03-21T19:02:28Z (GMT) No. of bitstreams: 1 FEGIES_Ana_Claudia_2014.pdf: 53292518 bytes, checksum: 185c39de601cf0257dadd521e8f16898 (MD5)
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Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)
The Cryptonanus genus, in Didelphidae family, is currently constituted by five recognized species restricted to the open vegetation areas of South America: C. agricolai, C. chacoensis, C. guahybae, C. ignitus e C. unduaviensis. Morphological analyses on specimens from Cerrado, Caatinga and Pantanal, indicate the need of taxonomic revision for this group, especially considering its wide range of phenotypic variation and geographic distribution. This study aims to contribute in Cryptonanus species delimitation by evaluating possible patterns of intra and interspecific genetic variation, by the analysis of the phylogenetic relationships from the genetic lineages and their geographic distribution. Combined analysis using mtDNA potentially informative sequences, from cytochrome b (cytb) and subunit I of cytochrome oxidase c (coI) genes, were performed for 51 Cryptonanus specimens, in addition to independent analysis of each marker, 64 specimens for cytb and 54 for coI, sampling a total of 42 localities in South America. Genetic distances were estimated based on a DNA barcode approach. Phylogenetic relationships were retrieved from the results of Maximum Parsimony, Maximum Likelihood and Bayesian Inference methods. The topologies recovered were congruent relative to the position of the genus Cryptonanus as a monophyletic cluster, subdivided in nine clades. Regarding species delimitation, two evolutionary hypotheses were tested: 1- the maintenance of four from five valid taxa (except C. ignitus, since this species was not included in the analyses), based on the characterization of intraspecific genetic variation ranged from 0 to 5,3% (cytb) and from 0 to 5,1% (coI), while interspecific variation ranging from 4,1 to 13,2% (cytb) and from 4,7 to 9,6% (coI), related with genetically structured populations in C. agricolai and C. chacoensis clusters; 2- extended biological diversity, related with the identification of five new species besides the five currently recognized. On this scenario, intraspecific genetic variation ranges from 0 to 2,4% (cytb) and from 0 to 3% (coI), while interespecific variation ranges from 2,1 to 13,2% for cytb and 1,6 to 9,6% for coI. The hypothesis 2 is argued to provide a better picture for species delimitation in Cryptonanus, based on the congruence between geographic structure, intra and interspecific genetic variation ranges and the recovery of reciprocal monophyletic genetic lineages in every phylogenetic analyses.
O gênero Cryptonanus, pertencente à família Didelphidae, é composto por cinco espécies válidas, restritas às formações abertas da América do Sul: C. agricolai, C. chacoensis, C. guahybae, C. ignitus e C. unduaviensis. De acordo com análises morfológicas de espécimes do Cerrado, Caatinga e Pantanal, é necessária uma revisão taxonômica do grupo, considerando todo o espectro de variação morfológica encontrada e a amplitude da distribuição geográfica. Este estudo tem como objetivo auxiliar na delimitação das espécies de Cryptonanus a partir da avaliação de possíveis padrões de distribuição da variação genética intra e interespecífica, da análise das relações filogenéticas obtidas entre as diferentes linhagens genéticas e da distribuição geográfica destas linhagens. Devido ao seu potencial informativo em estudos de delimitação taxonômica, foram realizadas análises combinadas de sequências dos genes citocromo b (cytb, 781 pb) e subunidade I da citocromo oxidase c (coI, 743 pb) do DNA mitocondrial para um conjunto de 51 espécimes de Cryptonanus, além de análises em separado para cada marcador, 64 espécimes para o cytb e 54 para o coI, amostrando 42 localidades da America do Sul. As estimativas de distância genética foram realizadas em análises utilizando a estratégia de DNA barcode. As relações filogenéticas foram analisadas com base nas inferências resultantes dos métodos de Máxima Parcimônia, Máxima Verossimilhança e Inferência Bayesiana. As topologias obtidas apresentaram resultados congruentes em relação ao posicionamento do gênero Cryptonanus em um agrupamento monofilético, o qual foi subdividido em nove clados. Em relação à delimitação de espécies, foram investigadas duas hipóteses evolutivas: 1- a manutenção de quatro dos cinco táxons válidos (excluindo-se C. ignitus, que não integra este estudo), a partir da caracterização de intervalos de variação genética intraespecífica entre 0 a 5,3% (cytb) e entre 0 a 5,1% (coI) e de variação interespecífica entre 4,1 a 13,2% (cytb) e 4,7 a 9,6% (coI), com estruturação genética nas populações de C. agricolai e C. chacoensis; 2- ampliação da diversidade do gênero com a identificação de cinco novas espécies, além das cinco espécies atualmente válidas, caracterizado por valores de variação intraespecífica entre 0 a 2,4% (cytb) e entre 0 a 3% (coI) e valores de variação interespecífica nos intervalos de 2,1 a 13,2% para cytb e 1,6 a 9,6% para coI. A hipótese 2 é defendida como sendo a condição que melhor representa a delimitação das espécies de Cryptonanus com base na congruência entre a estruturação geográfica, os intervalos de variação genética intra e interespecíficos válidos para outras espécies e a recuperação de linhagens genéticas reciprocamente monofiléticas em todas as análises filogenéticas.
Delaney, Paul L. IV. "Testing for Cryptic Diversity and Inference of Population Structure in the Cosmopolitan Hoplonemertean Emplectonema gracile (Nemertea)." VCU Scholars Compass, 2019. https://scholarscompass.vcu.edu/etd/6108.
Full textOliveira, Caio Martins Cruz Alves de. "Avaliação sistemática de camarões de água doce do gênero Atya Leach, 1816 (Crustacea: Decapoda: Atyidae) por meio de dados moleculares." Universidade de São Paulo, 2017. http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/59/59139/tde-10072017-090906/.
Full textThe genus Atya Leach, 1816 shrimps are the largest of the Atyidae family, and the 13 acknowledge species are geographically distributed in rivers and stream in the tropical and subtropical regions of America (Atlantic and Pacific drainages) and West Africa. The first registry of an Atya was in the XVII century and since then new species were described and previous description revised in an eventful taxonomic historic. Although throughout the XX century taxonomic revisions stabilized the genus systematics, the morphological variability and the trans-isthmic geographic distribution of A. innocous caused questioning. Moreover, molecular phylogenetic studies that included Atya representatives raised doubt on the genus systematics (possibly non-monophyletism) and some species A. gabonensis A. margaritacea and A. scabra hypothesis. As molecular markers have never been used concerning Atya species delimitation complementary to the morphology and it could improve the genus systematics, the goal of this study was to evaluate with molecular markers the taxonomic hypothesis of the species A. gabonensis, A. innocous, A. margaritacea e A. scabra. Sequences of the mitochondrial genes 16S and Cytochrome Oxidase I and nuclear gene Histone 3 were generated by means of DNA extraction and sequence protocols from specimens obtained in loans/donations. Putative species evidenced by the analysis of nucleotide similarity (genetic distances), character sharing (phylogenetic reconstitutions), Automatic Barcode Gap Discovery, Poisson Tree Processes and Generalized Mixed Yule Coalescence were compared to the prevailing taxonomic hypothesis. The systematic evaluation with the molecular data of this study, in addition with the morphological information in the literature sustain A. gabonensis as an amphi-atlantic distributed species, but do not corroborated A. innocous hypothesis as an trans-isthmian species. In this sense, the use of A. innocous stricto sensu for the Caribbeans Sea populations and A. tenella to that restricted to the pacific drainage of America is suggested. Atya margaritacea, distributed along the pacific drainage of America, is considered a valid species distinct from A. scabra, widespread distributed in the Atlantic drainage of America and Africa, besides Caribbean Sea. However, the possibility of a cryptic species in the Gulf of Mexico population is discussed. Aditionally, the relevant knowledge to future systematic and taxonomy studies about the shrimps of the genus Atya were summarized and are shown.
Hung, Li-Yuan, and 洪吏院. "Morphological and Molecular Evidence for a Stepwise Terrestrial Evolution and Species Delimitation on the Coenobita Phylogeny." Thesis, 2008. http://ndltd.ncl.edu.tw/handle/12967401017675648885.
Full text國立臺灣大學
漁業科學研究所
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Terrestrial hermit crabs are represented by the Coenobitidae, which includes only two genera, Birgus and Coenobita. Coconut crabs (Birgus) are among the world’s largest terrestrial arthropods, having a crab-like morphology and a strongly calcified exoskeleton. The shell-carrying terrestrial hermit crabs (Coenobita), in contrast, have depended on gastropod shells for protection and as an aid in respiration. The asymmetrical pleons of terrestrial hermit crabs have been considered an evidence of marine hermit crab ancestry. Shell-carrying has constrained the morphological evolution of hermit crabs by requiring a decalcified asymmetrical pleon capable of coiling into gastropod shells. The target purpose of this work is to explore the species identification, phylogenetic relationships and evolutionary processes of terrestrial hermit crabs based on the morphological and molecular information. Comparative analysis of morphological characters and molecular sequences in a phylogenetic effort efficiently improves the sensitivity and accuracy of evolutionary inference, producing more precise results than single dataset analyses can provide. The partial sequences from the mtDNA COI and 16S rDNA genes of Coenobita species, nine of which are presented here for the first time (C. brevimanus, C. cavipes, C. clypeatus, C. hilgendorfi, C. perlatus, C. pseudorugosus, C. purpureus, C. rugosus, C. violascens), demonstrate how morphological patterns can illuminate the processes of evolutionary transition at the genus scale. Besides, there have been several taxonomic ambiguities among these Coenobita species. We reexamined and reidentified reliable morphological characters for species identification by referring to the patristic distances between each species. And, most important of all, we present evidences of molecular and morphological studies that the evolutionary route of terrestrial adaptation in the Coenobita phylogeny was from the inland to the shore, and not, as some carcinologists would have believed, gradually from the shore to the inland.