Dissertations / Theses: 'Modèles statistiques – Dissertation universitaire'

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Deltreil, Guillaume. "Matrices emplois expositions biomécaniques et troubles musculosquelettiques : comment modéliser au mieux les contraintes physiques par matrice dans la prédictivité des troubles musculosquelettiques." Electronic Thesis or Diss., Angers, 2023. https://dune.univ-angers.fr/documents/dune17781.

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Abstract:

Les troubles musculo - squelettiques ou TMS représentent un enjeu majeur de la santé au travail. La croissance du nombre de travailleurs touchés ces pathologies est un marqueur de l’aggravation des conditions de travail. Les matrices emplois-expositions constituent un outil permettant l’évaluation l’impact sur la relation entre ces conditions et ces troubles. L’objectif de cette thèse était d’étudier, dans une optique de vie professionnelle entière, les troubles musculo-squelettiques en se basant sur des données provenant de matrices emplois-expositions et grâce au concours d’outils statistiques. La matrice emplois-exposition CONSTANCES a été utilisée comme moyen d’évaluation des expositions pour ce travail de thèse. Elle se base sur la cohorte du même nom et regroupe des données personnelles et en lien avec le travail concernant la population générale. A travers le développement d'un outil, il a été permis de sélectionner un modèle de régression logistique mettant en relation la durée d'exposition et le niveau d'exposition avec l'apparition de la pathologie dans le cadre de l’étude des gonalgies notamment pour les hommes. Ainsi, le niveau d’exposition était le facteur le plus fortement impactant (1.34-2.81) sur la survenue des troubles bien que la durée augmentait (0.83-1.10) également les risques. Dans un second temps, il a été possible de montrer que ce même modèle devait être sélectionner également dans le cadre de l'étude des lombalgies et des douleurs sévères de main avec des résultats proches. Finalement, après la présentation d'un outil de machine learning, il a été possible d'adapter notre modèle dans le cadre de l'étude de données déséquilibrées. Ainsi, pour le canal carpien, l’impact de la durée (1.29) était plus important que dans les autres études mais c’est le niveau d’intensité (1.31) qui restait le plus déterminant. En conclusion, les matrices emplois-expositions ont permis d’obtenir une évaluation de l’impact de différents facteurs sur la survenue de plusieurs troubles et cela même dans un contexte de déséquilibre des données, même si de nombreuses autres études sont nécessaires pour pouvoir l’appliquer par les praticiens
Musculoskeletal disorders (MSDs) represent a major occupational health issue. The growth in the number of workers affected by these pathologies is a marker of the worsening of working conditions. Job-exposure matrices area tool for assessing the impact on the relationship between these conditions and these disorders. The objective of this thesis was to study, from a lifetime perspective,musculoskeletal disorders based on data from job-exposure matrices and using statistical tools.The CONSTANCES job-exposure matrix was used as a source of exposure across this work. It is based on the cohort of the same name and gathers personal and work-related data concerning the general population. Through the development of a tool, it was possible to select a logistic regression model linking the interaction between the duration of exposure and the level of exposure with the appearance of the pathology within the framework of the study of knee pain. It was showed that the level of exposure was the most strongly impacting factor (1.34-2.81) on the onset of disorders, although the duration also increased (0.83-1.10) the risks. Secondly, it was possible to found that this same model should also be selected for the study of low back pain and severe hand pain, with similar results. Finally, using a machine learning tool, it was possible to adapt our model within the framework of the study of the imbalance data. Tor the carpal tunnel surgery, the impact of the duration (1.29) was more important than in the other studies but it is the level of intensity (1.31) which remained the most determining.In conclusion, the job-exposure matrices made it possible to obtain an assessment of the impact of different factors on the occurrence of several disorders, even in a context of data imbalance, although many more studies are needed before it can be applied by practitioners

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Karpf, Léa. "Systematic Study of OX40 Ligand Context-Dependent Function on Human T Helper Cell Polarization A Quantitative Multivariate Model of Human Dendritic Cell-T Helper Cell Communication TH Cell Diversity and Response to Dupilumab in Patients With Atopic Dermatitis Inborn Errors of Type I IFN Immunity in Patients With Life-Threatening COVID-19 Quantitative Modeling of OX40 Ligand Context-Dependent Function on Human T Helper Cell SARS-CoV-2 Induces Activation and Diversification of Human Plasmacytoid Pre-Dendritic Cells." Thesis, université Paris-Saclay, 2020. http://www.theses.fr/2020UPASL044.

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Abstract:

L'immunité adaptative est principalement orchestrée par des lymphocytes T CD4 auxiliaires. Ils ont la capacité de se polariser en plusieurs sous-populations, chacune associée à un phénotype approprié au pathogène rencontré. L'activation des lymphocytes T auxiliaires peut être régulée par des checkpoints immunitaires co-stimulateurs, tel que OX40 Ligand, ou co-inhibiteurs. Ces molécules ont été étudiées individuellement, dans des conditions spécifiques. Cependant, la contexte-dépendance pourrait expliquer une grande partie de la variabilité fonctionnelle des biomolécules. Il n'y a actuellement aucune méthode permettant d’analyser et de quantifier la contexte-dépendance d’une molécule dans plusieurs contextes et sur une réponse donnée.Mon projet de thèse a porté sur la fonction de OX40L sur la polarisation des cellules T auxiliaires, dans 4 contextes moléculaires et 11 cellulaires. Nous avons mesuré 17 cytokines T auxiliaires et développé une stratégie de modélisation statistique pour quantifier la contexte-dépendance deOX40L. Les scores de contexte-dépendance se sont révélés très variables qualitativement et quantitativement, en fonction de la cytokine et du type de contexte. Parmi les contextes Th, Th2 était le plus influent sur la fonction OX40L. Parmi les contextes DC, le type de cellules dendritique était dominant dans le contrôle de la contexte-dépendance de OX40L plutôt que le stimuli d’activation. Mon travail de thèse dévoile les complexes déterminants de la fonction de OX40L, fournit une méthode unique pour quantifier la variabilité fonctionnelle contexte-dépendante de n’importe quelle biomolécule et appuie sur le fait que la contexte-dépendance devrait être davantage prise en considération dans les études futures
Adaptive immunity is mainly orchestrated by CD4 T helper cells. They have the ability to polarize in several subsets, each associated to a suitable phenotype for the encounter pathogen. T helper cell activation can be regulated by co-stimulator, such as OX40 Ligand, or co-inhibitor immune checkpoint molecules. These molecules have been studied individually, in specific conditions. However, context-dependency may explain large parts of the functional variability of biological molecules on a given output. Currently, there is no framework to analyze and quantify context-dependency of a molecule over multiple contexts and response outputs. My PhD project focused on OX40L function on T helper cell polarization, in 4 molecular and 11 cellular contexts. We measured 17 T helper cytokines and developed a statistical modeling strategy to quantify OX40L context-dependency on these cytokines. This revealed highly variable qualitative and quantitative context-dependency scores, depending on the output cytokine and context type. Among molecular contexts, Th2 was the most influential on OX40L function. Among cellular contexts, dendritic cell type rather than activating stimulus was dominant in controlling OX40L contextdependency. My thesis work unveils the complex determinants of OX40L function, provides a unique framework to quantify the context-dependent functional variability of any biomolecule, and supports that context-dependency should be more taken into consideration in future studies

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Valmy, Larissa. "Modèles hiérarchiques et processus ponctuels spatio-temporels - Applications en épidémiologie et en sismologie." Phd thesis, Université des Antilles-Guyane, 2012. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00841146.

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Abstract:

Les processus ponctuels sont souvent utilisés comme modèles de répartitions spatiales ou spatio-temporelles d'occurrences. Dans cette thèse, nous nous intéressons tout d'abord à des processus de Cox dirigés par un processus caché associé à un processus de Dirichlet. Ce modèle correspond à des occurrences cachées influençant l'intensité stochastique des occurrences observées. Nous généralisons la notion de " Shot noise Cox process " introduite par Moller et développons le traitement bayésien par un échantillonneur de Gibbs combiné à un algorithme de Metropolis-Hastings. Nous montrons que cette méthode MCMC est à sauts réversibles. Le modèle prend en compte, en effet, un nombre aléatoire de contributions cachées influençant l'intensité du processus ponctuel observé donc a un espace paramétrique de dimension variable. Nous focalisons l'inférence statistique sur l'estimation de la valeur espérée de chaque contribution cachée, le nombre espéré de contributions cachées, le degré d'influence spatiale de ces contributions et leur degré de corrélation. Le test d'égalité des contributions et celui de leur indépendance sont ainsi développés. L'utilité en épidémiologie et en écologie est alors démontrée à partir de données de Rubus fruticosa, Ibicella lutea et de mortalité dans les cantons de Georgia, USA. En termes de données observées, deux situations sont considérées: premièrement, les positions spatiales des occurrences sont observées entre plusieurs paires de dates consécutives; deuxièmement, des comptages sont effectués, au cours d'une période fixée, dans des unités d'échantillonnage spatiales. D'autre part, nous nous intéressons aux processus ponctuels à mémoire introduits par Kagan, Ogata et Vere-Jones, précurseurs de la statistique sismologique. En effet, les processus ponctuels spatio-temporels ont une place importante dans l'étude des catalogues sismiques puisque ces derniers sont généralement constitués d'événements sismiques datés et géo-référencés. Nous avons étudié un modèle ETAS (Epidemic Type Aftershock Sequence) avec une intensité d'arrière-plan indépendante du temps et plusieurs fonctions déclenchantes permettant d'intégrer les événements antérieurs récents. Cette approche est utilisée pour étudier la sismicité de l'arc des Petites Antilles. Une étude comparative des modèles Gamma, Weibull, Log-Normal et loi d'Omori modifiée pour les fonctions déclenchantes est menée. Nous montrons que la loi d'Omori modifiée ne s'ajuste pas aux données sismiques des Petites Antilles et la fonction déclenchante la plus adaptée est le modèle de Weibull. Cela implique que le temps d'attente entre répliques dans la zone des Petites Antilles est plus faible que celui des régions à sismicité décrite par la loi d'Omori modifiée. Autrement dit, l'agrégation des répliques après un événement majeur est plus prononcée dans la zone des Petites Antilles. La possibilité d'inclure une intensité d'arrière-plan suivant un processus de Dirichlet centré sur un processus spatial log-gaussien est discutée.

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Garcia, Aurélie. "Établissement de modèles cellulaires de cancer du sein et de l'ovaire permettant l'étude des effets des récepteurs des œstrogènes sur la proliférération et l'activation de gènes." Montpellier 1, 2010. http://www.theses.fr/2010MON1TA07.

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Abstract:

Les récepteurs des oestrogènes a et β (REa et REβ) régissent de manière opposée l'expression de gènes nécessaires à la prolifération et à la différentiation cellulaire. Leur activité transcriptionnelle dépend d'un ligand naturel et de molécules environnementales capables de perturber leur fonctionnement. Les cancers du sein et de l'ovaire peuvent être hormono-dépendants. Les thérapies visant à contrecarrer la progression des cancers du sein exprimant le REa reposent sur son inactivation par inhibition de la production d'oestrogènes et inhibition de son activité. L'hormonothérapie n'est pas proposée pour traiter les cancers de l'ovaire, en raison d'une résistance de nova qu'il faudrait mieux comprendre. Il est également nécessaire de mieux appréhender les mécanismes de la résistance acquise dans le cas de cancers du sein{ afin de rechercher de nouvelles thérapies. L'objectif de cette thèse a été de préciser les effets des RE sur la prolifération cellulaire et l'activation des gènes. Pour cela, nous avons établi des modèles cellulaires bioluminescents de cancer du sein et de l'ovaire, dont la bioluminescence est dépendante des ligands oestrogéniques. Ces lignées nous ont permis de préciser les effets de ligands sélectifs naturels, synthétiques et environnementaux sur l'activation de gènes par les RE a et β. L'autre volet de ce travail a consisté à établir d'autres modèles bioluminescents mammaires et ovariens permettant d'étudier la prolifération cellulaire et tumorale in vitro et in vivo. Nous démontrons également l'intérêt de ces modèles pour l'étude du mécanisme d'acquisition de l'hormono-résistance et la recherche de nouveaux traitements antitumoraux
Estrogen Receptors a and β (ERa and ERβ), which are members of the nuclear receptors superfamily, impact on cell proliferation and difrrentiation genes expression in an opposite manner. Both transcription factors activity belong to a natural ligand, but also to many environmental molecules, efficient to bind and disrupt their mechanism. Breast and ovarian cancers can be hormono-dependant cancers. Therapies aimed at counteract ERa positive breast cancers progression are mainly based on its invalidation. Nowadays, two strategies are applied: estrogen production inhibition using aromatase inhibitors, and ERa activity inhibition by anti-estrogens. On the contrary, hormono-therapy is not proposed for ovarian cancer treatment, because of a de nova resistance which remains to be better understood. It also appears essential to improve our knowledge about breast cancer resistance acquisition mechanisms, in order to research new therapies. The aim of this work was first to precise estrogen actions on~ cell proliferati n and target genes activation. For that, we established estrogen-responsive bioluminescent breast and ovarian cancers models. These cell lines allowed us to determine effects of naturat synthetic and environmental selective ligands on natural and synthetic genes activation through ERa and ERβ. The other part of this study consisted in establishing other breast and ovarian bioluminescent cell lines, allowing us to study cell and tumor proliferation in vitro and in vivo. We also show these bioluminescent models relevance to investigate hormono-resistance acquirement mechanisms and new anti-tumoral treatments

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Plancade, Sandra. "Estimation par sélection de modèles à partir de données partiellement observées." Paris 5, 2010. http://www.theses.fr/2010PA05S008.

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Abstract:

Cette thèse regroupe des procédures d'estimation non paramétrique dans différents contextes mettant enjeu des données partiellement observées. Les estimateurs s'appuient sur la méthode de sélection de modèles initiée par Birgé et Massart pour une étude du risque L2 mais également sur une méthode de sélection de modèles ponctuelle, adaptée au risque en un point donné. La première partie de ce manuscrit est consacré à l'estimation de la densité de l'erreur de régression, et la deuxième partie à l'étude de modèles de survie : estimation du risque instantané en présent de censure à droite, et estimation de la fonction de distribution conditionnelle à partir de données censurées par intervalle, cas 1
This manuscript presents several non parametric estimation procedures in frameworks involving partially observed data. The estimators rely on the model selection method adapted to the L2 risk (following Birge and Massart procedure) and also to the risk at a given point. The first part of the manuscript is devoted to the estimation of regression error density, and the second part to survival analysis issues: estimation of the hazard rate in presence of right censoring and estimation of the conditional distribution function from interval censored data

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Carrard, Julie. "Impact d'une exposition aux nanoparticules de carbone couplées au benzo(a)pyrène sur la réponse inflammatoire dans des modèles expérimentaux d'asthme." Thesis, Lille 2, 2020. http://www.theses.fr/2020LIL2S004.

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Abstract:

L'asthme allergique est une maladie inflammatoire chronique des voies aériennes. Elle se caractérise par le recrutement de cellules inflammatoires incluant les lymphocytes T helper (Th)CD4+ de type 2, producteurs d'interleukine (IL)-4, IL-5 et IL-13, ainsi que les éosinophiles, les mastocytes et les basophiles. La prévalence de l'asthme ne cesse d'augmenter ces dernières décennies et les modifications génétiques ne peuvent être les seules responsables. La pollution atmosphérique, et notamment particulaire, est suspectée de participer à cette tendance à la hausse. Les particules atmosphériques peuvent être classées selon leur diamètre aérodynamique, parmi lesquelles on retrouve les particules ultrafines (< à 100 nm). Ces dernières sont potentiellement plus nocives en raison de leur petite taille qui leur confère la capacité de se déposer profondément dans l'arbre bronchique. Elles sont également capables d'adsorber des molécules telles que les hydrocarbures aromatiques polycycliques. Or, certains de ces hydrocarbures, tels que le benzo(a)pyrène, sont connus pour être nocifs pour la santé et notamment pour l'appareil respiratoire. Nous nous sommes intéressés aux effets d'une exposition aux particules ultrafines liées au benzo(a)pyrène, sur la réponse inflammatoire dans deux modèles expérimentaux d'asthme induits par un allergène. Pour cela, nous avons utilisé un modèle simplifié de particules issues d'un processus industriel, que nous appellerons donc« nanoparticules ».Dans notre premier modèle, une exposition chronique aux nanoparticules de carbone couplées ou non au benzo(a)pyrène, a été réalisée chez des souris C57Bl/6 sensibilisées par voie intranasale à l'allergène Dermatophagoïdes pteronyssinus. Les nanoparticules n'ont eu aucun effet sur le recrutement cellulaire dans le lavage broncho-alvéolaire induit par l'allergène. De manière surprenante, la co-administration des nanoparticules avec l'allergène a diminué l'hyperréactivité bronchique par rapport à l’allergène seul. A l’inverse, au niveau tissulaire, la coexpositionaux nanoparticules couplées au benzo(a)pyrène avec l’allergène induit une forte augmentation de l'expression des cytokines Th2 et du recrutement de cellules inflammatoires dans le tissu pulmonaire par rapport aux souris sensibilisées. De plus, cette co-exposition modifie le type de cellules recrutées par rapport à l'allergène, avec une augmentation du nombre de neutrophiles, de cellules NKT-like, des cellules T CD8+, des monocytes/macrophages Ly6C+ etLy6C-. Ces résultats n'ont pas été retrouvés lors d'une co-exposition de l’allergène avec les nanoparticules non couplées au benzo(a)pyrène.Dans notre deuxième modèle, une exposition aux nanoparticules de carbone, couplées ou non au benzo(a)pyrène, a été réalisée chez des souris C57Bl/6 sensibilisées par voie intranasale avec une faible dose de l'allergène Dermatophagoïdes farinae. Les résultats préliminaires ont montré un effet adjuvant des nanoparticules avec l'allergène sur la production d'immunoglobulines E et sur l'infiltrat inflammatoire dans le lavage broncho-alvéolaire, principalement composé d'éosinophiles. L'expression des cytokines Th2 est également augmentée par la co-administration de l’allergène avec les nanoparticules non couplées au benzo(a)pyrène, mais pas avec celles couplées. La co-exposition aux nanoparticules couplées au benzo(a)pyrène avec l’allergène induit néanmoins l'expression de l'Il-33, une alarmine produite par l'épithélium, également pro-Th2.En conclusion, nos résultats suggèrent que les nanoparticules ont un impact sur l'inflammation chez les souris sensibilisées à l'allergène dans nos deux modèles expérimentaux. Cependant, la dose, la quantité et la nature des allergènes ainsi que des nanoparticules inhalées semblent influencer la réponse induite in vivo
Allergic asthma is a chronic inflammatory disease of the airways. It is characterized by therecruitment of inflammatory cells including CD4+ type 2 helper T-lymphocytes (Th), interleukin(IL)-4, IL-5 and IL-13 producers, eosinophils as well as mast cells and basophils. The prevalenceof asthma has continued to increase in recent decades and genetic changes cannot be solelyresponsible Air pollution, especially particulate matter, is suspected to be part of this rising trend.Atmospheric particles can be classified according to their aerodynamic diameter, includingultrafine particles (< 100 nm). These particles are potentially more harmful because of their smallsize, which gives them the ability to settle deep in the bronchial tree. They are also able to adsorbmolecules such as polycyclic aromatic hydrocarbons. However, some of these hydrocarbons,such as benzo(a)pyrene, are known to be harmful to health and in particular to the respiratorysystem. We investigated the effects of exposure to benzo(a)pyrene-bound ultrafine particles onthe inflammatory response in two experimental models of allergen-induced asthma. For this, weused a simplified model of particles from an industrial process that we call « nanoparticles ».In our first model, chronic exposure to carbon nanoparticles coupled or not to benzo(a)pyrene,was performed in C57Bl/6 mice sensitized intranasally to the allergen Dermatophagoidespteronyssinus. Nanoparticles had no effect on cell recruitment in allergen-inducedbronchoalveolar lavage. Surprisingly, co-administration of nanoparticles with the allergendecreased bronchial hyperreactivity compared to allergen alone. In contrast, we observed aneffect on lung tissue when co-exposed to benzo(a)pyrene-coupled nanoparticles and allergen.Indeed, this co-exposure induced a strong increase in Th2 cytokine expression and cellrecruitment in lung tissue compared to sensitized mice. In addition, this co-exposure modify thetype of cells recruited by the allergen, with an increase in the number of neutrophils, NKT-likecells, CD8+ T cells, Ly6C+ and Ly6C- monocytes/macrophages. These results were not found inco-exposure to nanoparticles not coupled to benzo(a)pyrene.In our second model, exposure to carbon nanoparticles, coupled or not with benzo(a)pyrène, wasperformed in C57Bl/6 mice sensitized intranasally with a low dose of the allergenDermatophagoides farinae. Preliminary results showed an adjuvant effect of nanoparticles withthe allergen on immunoglobulin E production but also on the inflammatory infiltrate in thebroncho-alveolar lavage, mainly composed of eosinophils. The expression of Th2 cytokines isalso increased by the administration of allergen with nanoparticles uncoupled to benzo(a)pyreneand not with benzo(a)pyrene-coupled particles. But, co-exposure of allergen withbenzo(a)pyrene-coupled nanoparticles induces the expression of Il-33, an alarmin produced bythe epithelium, which is also pro-Th2. In conclusion, our results suggest that nanoparticles have an impact on inflammation in allergensensitizedmice in our two experimental models. However, the dose, the amount of allergen andthe nature of the inhaled nanoparticles appear to influence the induced response in vivo

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Branchereau, Julien. "Etude et techniques innovantes de préservation du pancréas dans des modèles de transplantation précliniques." Thesis, Nantes, 2020. http://www.theses.fr/2020NANT1008.

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Abstract:

La transplantation pancreatique est le traitement de choix du diabete de type instable. Les deux principales causes d’echec precoces de cette transplantation sont la pancreatite et la thrombose veineuse du greffon. Le pancreas est un organe particulierement sensible aux lesions d’ischemie reperfusion du fait de son anatomie et de sa physiologie. La technique actuelle de reference de preservation des transplants apres le prelevement et avant la transplantation demeure la conservation statique hypothermique. Les modifications des caracteristiques des donneurs amenent les equipes de transplantation a considerer des pancreas de plus en plus fragiles et donc sensibles aux lesions d’ischemie reperfusion. L’objectif de ce travail a ete d’etablir les modalites d’une technique innovante de preservation des transplants pancreatiques sur machine de perfusion hypothermique pulsatile. La premiere etape a ete d’evaluer la faisabilite technique et l’innocuite de cette perfusion sur des pancreas humains recuses pour la transplantation. La seconde etape a ete de tester ce modele de perfusion sur des pancreas de primate non humain. La troisieme etape a consiste en une evaluation de l’impact de la preservation pulsatile hypothermqiue dans un modele d’allo transplantation de pancreas chez le porc diabetique. La quatrieme etape a ete realisee en collaboration avec l’universite d’Oxford de mettre en place un modele de perfusion normothermique ex situ de pancreas. Les prochaines etapes seront d’evaluer l’interet de la preservation hypothermique pulsatile de pancreas par une solution enrichie en PEG et oxygenee dans un modele porcin de type donneur decede apres arret circulatoire. Apres avoir mis au moins les modalites de perfusions hypothermique pulsatile du pancreas et montre son efficacite notament sur la preservation du pancreas exocrine, nous travaillons actuelement a la mise en place d’un essai clinique evalutant cette perfusion pulsatile hypothermique
Pancreatic transplantation is the treatment of choice for unstable diabetes. The two main causes of early failure in this transplant are pancreatitis and venous graft thrombosis. Due to its anatomy and physiology the pancreas is an organ that is particularly sensitive to ischemia reperfusion injury. The current standard technique for preserving transplants after removal and before transplantation remains static hypothermic preservation. Changes in donor characteristics have led transplant teams to consider increasingly fragile pancreases, which are even more susceptible to ischemia reperfusion injury. The objective of this work was to establish the modalities of an innovative technique for the preservation of pancreatic transplants on a pulsatile hypothermic perfusion machine.The first step was to assess the technical feasibility and safety of this perfusion on human pancreas that had been discarded for transplantation. The second step was to test this perfusion model on nonU human primate pancreas. The third step consisted of an evaluation of the impact of hypothermic pulsatile preservation in a model of pancreatic alloUtransplantation in diabetic pigs. The fourth step was carried out in collaboration with the University of Oxford in order to develop normothermic ex situ reperfusion of the pancreas. The next step will be to assess the value of pulsatile hypothermic preservation of the pancreas with a PEG solution and oxygenation in a porcine donation model of death after circulatory arrest. We have in this study determined the parameters for hypothermic pulsatile perfusion of the pancreas and shown its effectiveness in the preserving of the exocrine pancreas. We are now working on the implementation of a clinical trial evaluating this hypothermic pulsatile perfusion

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Bergeron, Sandrine. "Microhémorragies cérébrales et cognition : impact fonctionnel à court, moyen et long termes dans un modèle murin." Thesis, Lille 2, 2018. http://www.theses.fr/2018LIL2S048.

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Abstract:

En imagerie par résonance magnétique (IRM), les MHC apparaissent comme des petites lésions arrondies et en hyposignal correspondant à des dépôts d’hémosidérine. La prévalence des MHC dans la population générale est d’environ 15,3%. Considérées comme des marqueurs des pathologies cérébrovasculaires, les MHC sont plus fréquentes chez les personnes atteintes de troubles cognitifs ou de démence avec une prévalence de 23% chez les patients atteints de la maladie d’Alzheimer (MA). Plusieurs études cliniques montrent un effet des MHC sur les fonctions cognitives dans la population générale. Elles pourraient jouer un rôle important dans la physiopathologie de la MA en créant un lien entre les hypothèses amyloïdes et vasculaires mais leur impact cognitif dans ce contexte reste encore indéterminé.Un nouveau modèle murin de microhémorragie corticale (MHC) a été développé afin d’étudier l’impact fonctionnel d’une lésion corticale avec une approche multimodale : i) sur des souris sauvages (WT) sans aucune pathologie sous-jacente, ii) sur les souris de la lignée J20 exprimant le précurseur de la protéine amyloïde humaine muté (APP). L’effet d’une modulation pharmacologique par atorvastatine a également été étudié.La MHC a été induite par injection stéréotaxique de collagénase (0,8 μUI/μL) chez des souris WT et APP âgées de 10 semaines. Une IRM a été réalisée à 24 heures (séquence T2*) pour visualiser le saignement. Les souris ont été réparties en groupes sham, MHC et MHC avec traitement. L’atorvastatine a été administrée via l’alimentation quotidienne à la posologie de 5mg/kg/j et initiée après la chirurgie. Le suivi était constitué d’une évaluation neurocomportementale (activité locomotrice spontanée, niveau d’anxiété, mémoire de travail, mémoire de référence spatiale et mémoire visuospatiale), et des mesures paracliniques (IRM 7 Tesla, tomographie à émission de positons, immunohistochimie) réalisées à différents temps allant de 1,5 à 12 mois post-chirurgie.Une cohorte de souris WT et APP a été suivie de façon longitudinale sur 12 mois post-chirurgie. Une première évaluation des souris WT à 6 semaines post-chirurgie a démontré un impact de la MHC sur l’anxiété et les mémoires de référence spatiale et visuospatiale. L’amélioration des performances chez les souris traitées a montré la sensibilité du modèle à une modulation pharmacologique par statine. Aux temps d’évaluation à 1,5, 3, 6, 9 et 12 mois, chez les souris WT, le groupe avec MHC a montré un niveau d’anxiété diminué et une altération de la mémoire de référence spatiale à 1,5 mois retrouvée à 9 et 12 mois. Cette étude n’a pas permis de conclure à un effet précipitant ou aggravant de la MHC chez la souris APP. Le traitement par atorvastatine a montré un effet positif sur la cognition chez les souris WT. A 12 mois, une diminution des volumes hippocampiques ipsilatéraux a été observée chez tous les groupes sans exception. Aucun effet de la MHC ou du traitement n’a été constaté sur le métabolisme cérébral.En clinique, une hypothèse propose que les MHC pourraient, par leur présence, entrainer des troubles cognitifs. L’autre les présente comme le reflet des atteintes cérébrovasculaires, elles-mêmes responsables des altérations cognitives. Cette étude a permis de démontrer qu’une MHC isolée peut altérer les fonctions cognitives chez les souris WT, en dehors de toute pathologie sous-jacente. Chez les souris APP, le poids des lésions neurodégénératives ne permet pas de mettre en évidence l’effet de la MHC. L’atorvastatine semble avoir un effet neuroprotecteur
In magnetic resonance imaging (MRI), cerebral microbleeds (CMB) appear as small, oval hypointense lesions corresponding to focal hemosiderin depositions. CMB prevalence in the general population is about 15,3%. Considered as biomarkers of small vessel diseases, CMBs are more frequent in people with cognitive impairments or dementia with a prevalence of 23% in A.lzheimer disease (AD). Several population-based studies show an effect of CMBs on cognitive functions. They could have a key role in AD pathophysiology creating a link between amyloid and vascular hypothesis. However, their cognitive impact in AD remains unclear. A new murine model of cortical microhemorrhage (CMH) has been developed in order to study with a multimodal approach, the functional impact of the cortical lesion: i) in Wild type (WT) mice without any underlying pathology, ii) in transgenic J20 mice expressing the human mutated amyloid protein precursor (APP). The effect of a pharmacological modulation by atorvastatin was also studied in this model._x000D_10 weeks-old male mice, WT and APP were operated by stereotaxic injection of collagenase 0.8 µUI/µL to induce the CMH. 24 hours after surgery, mice underwent MRI acquisition (T2* sequence) to visualize the bleeding. Mice were divided into sham, CMH and CMH treated by atorvastatin groups. Atorvastatin was administered by mixing a tablet into the mice’s standard chow at a dose of 5mg/kg/day and initiated after surgery. Follow-up included a neurobehavioral assessment (locomotor activity, anxiety, working memory, special reference memory, visiospatial memory), imaging (tesla MRI 7, positron emission tomography), and immunohistochemistry at different time from 1,5 months to 12 months post-surgery.An initial WT mice cohort assessed at 6 weeks post-surgery demonstrated an impact of CMH on anxiety, spatial reference and visuospatial memory. An improvement in cognition performances was depicted under atorvastatin indicating this CMH-model is sensitive to pharmacological modulation.A longitudinal follow-up on WT and APP groups was performed assessing cognitive performances at 1.5, 3, 6, 9 and 12 months post-surgery. In WT mice, the CMH group showed a decreased level of anxiety and an impaired spatial reference memory at 1.5 months. Cognitive impairment was also found at 9 and 12 months in this group. This study did not allow to conclude in a precipitating or aggravating effect of the CMH in APP mice. The treatment by atorvastatin seemed to have a positive effect on cognition in both WT and APP mice. A decreased volume of ipsilateral hippocampus was observed in all APP and WT groups at 12 months. No difference in metabolism of brain structures was found.It is hypothesized that either the presence of CMB or the cerebrovascular damages underlying their occurrence may cause cognitive impairment. This study proved that isolated CMH can affect cognitive functions in WT mice, regardless of any underlying vascular pathology. It is likely that the burden of neurodegenerative lesions exceeds the cognitive impact of the CMH in APP mice. Atorvastatin seems to have a neuroprotective effect

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Le, Guern Rémi. "Colonisation digestive par entérobactéries productrices de carbapénémase dans un modèle murin : aggravation de la pneumopathie à Pseudomonas aeruginosa." Thesis, Lille 2, 2019. http://www.theses.fr/2019LIL2S033.

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L’altération du microbiote digestif provoquée par une antibiothérapie augmente le risque de colonisation par des bactéries multirésistantes. Dans un modèle murin, nous avons étudié l’impact d’une colonisation digestive par entérobactéries productrices de carbapénémase (EPC) sur la sévérité d’une pneumopathie à Pseudomonas aeruginosa. Les souris colonisées par EPC présentaient une pneumopathie plus sévère (score clinique et perméabilité alvéolo-capillaire), ainsi qu’une mortalité plus élevée par rapport aux groupes contrôles ou ayant simplement reçu une injection de clindamycine. Une transplantation de microbiote fécal restaurait le pronostic. Les cellules dendritiques et les lymphocytes T CD4 étaient diminués au niveau pulmonaire dans le groupe colonisé par EPC. Au niveau du microbiote digestif, on observait une quasi-extinction des Muribaculaceae associée à une expansion du genre Hungatella chez les souris colonisées par EPC. Certains métabolites du tryptophane potentiellement impliqués dans la réponse immunitaire étaient modifiés dans le groupe colonisé par EPC. Une colonisation digestive asymptomatique peut ainsi entraîner des effets délétères sur la réponse de l’hôte
Antibiotics disrupt the gut microbiota, and are considered a risk factor of colonization by multidrug-resistant bacteria. In a murine model, we studied the impact of digestive colonization with carbapenemase-producing Enterobacteriaceae (CPE) on the severity of Pseudomonas aeruginosa pneumonia. Mice colonized by CPE presented a more severe pneumonia (clinical score and alveolocapillary permeability) and a higher mortality compared to controls or mice that received only clindamycin. Fecal microbiota transplant was associated with better outcomes. After infection by P. aeruginosa, lung dendritic cells and CD4 T lymphocytes were decreased in mice colonized by CPE. Gut microbiota was specifically altered in mice colonized by CPE: Muribaculaceae relative abundance was greatly reduced, associated with an expansion of the Hungatella genus. Tryptophan metabolites were modified by CPE colonization. Asymptomatic digestive colonization with CPE had a detrimental effect on the host response to P. aeruginosa pneumonia

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Ramdani, Linda. "Stratégies de vaccination basées sur l’exposition de peptides ou de protéines à la surface de particules virales : modèles de l’adénovirus 5 et du bactériophage T5." Thesis, Université Paris-Saclay (ComUE), 2019. http://www.theses.fr/2019SACLS597.

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Abstract:

Les vecteurs viraux capables d’induire l’expression d’un antigène d’intérêt ont montré leur potentiel à induire des réponses immunitaires et à protéger contre différents pathogènes. Au cours de mes travaux, je me suis intéressée à une approche de vaccination basée sur l’exposition d’antigènes (épitopes ou protéines) à la surface de particules virales et plus particulièrement à la surface de l’adénovirus de type 5 et du bactériophage T5.Dans 1ère partie de ma thèse, j’ai évalué la capacité d’adénovirus porteurs d’épitopes à induire des réponses immunitaires cellulaires chez la souris. Différents vecteurs adénoviraux à capside modifiée par insertion d’un épitope T dérivé de l’antigène modèle ovalbumine ont été produits et j’ai montré que ces vecteurs étaient capables d’induire des réponses cellulaires CD8+. De plus, j’ai observé que cette stratégie d’epitope display était plus efficace pour induire des réponses cellulaires quand l’épitope était inséré dans l’hexon et ce, quel que soit le statut de l’hôte vis-à-vis de l’Ad. Ces observations m’ont amenée, dans la 2ème partie de ma thèse, à évaluer la capacité de l’epitope display à induire des réponses cellulaires contre une cible d’intérêt thérapeutique, le papillomavirus humain. J’ai construit et caractérisé différents vecteurs porteurs d’épitopes T dérivés des protéines E6 et E7 d’HPV16 ou d’HPV18. Puis, j’ai analysé leur capacité à induire des réponses cellulaires anti-HPV chez la souris. Parmi les différents vecteurs produits, un vecteur Ad porteur d’un épitope T dérivé de la protéine E7 d’HPV16 a permis d’induire des réponses lymphocytaires CD8+ contre la protéine E7 chez la souris. Enfin, dans la dernière partie de ma thèse, j’ai évalué la capacité de capsides du bactériophage T5 exposant à leur surface une protéine fusion avec l’antigène ovalbumine à induire des réponses immunitaires humorales et cellulaires contre cet antigène. J’ai montré que ces capsides recouvertes d’ovalbumine généraient des fortes réponses humorales et cellulaires.Les résultats obtenus ont permis de préciser les bases moléculaires de l’efficacité de la vaccination par exposition d’épitopes (epitope display) à la surface de vecteurs adénoviraux ou exposition de protéines (protein display) à la surface de capsides du phage T5
Viral vectors capable of inducing the expression of an antigen of interest and VLP composed by proteins that can self-assemble into a non-infectious but immunogenic viruslike particles have shown their potential to induce immune responses and protect against different pathogens. During my work, I became interested in two vaccination approaches based on the exposure of antigens, epitopes or proteins, on the surface of viral particles. In the first part of my thesis, I evaluated the ability of epitope-displaying adenoviruses to induce cellular immune responses in mice. Different adenoviral vectors with capsid modified by insertion of a T epitope derived from the ovalbumin model antigen have been produced and I have shown that these vectors are capable of inducing CD8+ cellular responses. In addition, I observed that this epitope display strategy was more effective in inducing cellular responses when the epitope was inserted into the hexon, regardless of the host's status towards Ad. These observations led me, in the 2nd part of my thesis, to evaluate the ability of the epitope display to induce cellular responses against a therapeutic target, the human papillomavirus. I have constructed and characterized different vectors displaying T epitopes derived from the E6 and E7 proteins of HPV16 or HPV18. Then, I analyzed their ability to induce anti-HPV cellular responses in mice. Among the different vectors produced, one Ad vector displaying a T epitope derived from HPV16 E7 protein induced CD8+ LT responses against E7 protein in mice. Finally, in the last part of my thesis, I evaluated the ability of T5 bacteriophage capsids exposing a protein fused with the ovalbumin antigen on their surface to induce humoral and cellular immune responses against this antigen. I have shown that these ovalbuminexposed capsids generate strong humoral and cellular responses. The results obtained allowed to precise the molecular bases of the effectiveness of vaccination by exposure of epitopes (epitope display) to the surface of adenoviral vectors or exposure of proteins (protein display) to the surface of capsids of the T5 phage

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Papegay, Bérengère. "Identification des mécanismes moléculaires de l'hépatoprotection du foie de rat isolé." Thesis, Lille 2, 2020. http://www.theses.fr/2020LIL2S015.

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Abstract:

L’effet protecteur du jeûne a été observé dans plusieurs domaines de la santé. Pour l’étudier, un modèle de foie de rat perfusé ex vivo a ici été utilisé. Dans ce modèle, nous n’avons pas observé, pour un jeûne de 18h, l’effet protecteur du jeûne rapporté pour le foie in situ. Nous avons cependant souligné l’importance du coût énergétique du mécanisme protecteur du foie isolé soumis au stress expérimental de l’ischémie/reperfusion et corrélé la protection à un taux plus élevé de glycogène et une charge énergétique nécessitant le dépassement d’un seuil en deçà duquel la protection s’estompait. L’administration de substrats énergétiques (lactate et alanine) nous a permis de confirmer le besoin énergétique de la protection du foie isolé. Ensuite, l’accroissement de la durée du jeûne du rat donneur de 18 à 24heures s’est avérée hépatoprotectrice et, plus globalement, a montré que la capacité de mobilisation énergétique et,à ce titre, l’autophagie contribuaient à l’hépatoprotection, le coût énergétique bien connu de l’autophagie étant en adéquation avec les précédents travaux du doctorat. Trois voies de signalisation candidates pour l’activation de l’autophagie, impliquant AMPK, HMGB1 et ADP, ont été étudiées. La phosphorylation de l’AMPK était augmentée dans le foie de rat à jeun 24h vs 18h. Toutefois, l’ajout d’AICAR, un activateur de l’AMPK, bien qu’augmentant sa phosphorylation dans le foie isolé de rat à jeun 18h, n’a pas induit de protection. L’accumulation d’HMGB1, connue pour induire l’autophagie, n’a montré aucune corrélation avec les marqueurs de la cytolyse hépatique (LDH) et de l’autophagie (rapport LC3II/Actine). L’ADP, dans ses rapports ADP/(AMP+ADP+ATP) et ADP/(AMP+ATP), était plus élevée pour les foies de rat à jeun 24h et a été corrélée à l’hépatoprotection. L’ADP induisant l’autophagie par activation du récepteur membranaire P2Y13, un inhibiteur spécifique, le MRS2211, a été utilisé. Son inclusion dans le perfusât a estompé l’hépatoprotection et l’activation de l’autophagie associées au prolongement de la période de jeûne, validant le rôle-clef de cette signalisation dans l’hépatoprotection.En conclusion, le doctorat a permis une avancée substantielle de la compréhension du rôle joué par le statu tnutritionnel du sujet donneur sur l’hépatoprotection du foie isolé. L’identification des mécanismes moléculaires de l’hépatoprotection (mobilisation énergétique, autophagie) et de sa signalisation (ADP, récepteur P2Y13) ouvrent des perspectives thérapeutiques innovantes des maladies du foie et de nouvelles stratégies de préservation du greffon hépatique. Dans une optique de survie cellulaire, l’autophagie assure à la fois une fonction de maintien de la qualité des composants cellulaires et un rôle énergétique. Ce maintien de qualité protège la cellule, elle coûte en énergie rendant cette dernière indispensable à ce type de protection. Autrement dit, la maintenance préserve de la détérioration et cette protection a un coût qui passe par une signalisation (décision interne de financement) qui,identifiée, peut désormais être sollicitée comme souhaité. Aussi, un financement externe (apport de substrats énergétiques) peut être choisi voire ajouté au précédent
The protective effect of fasting has been observed in several areas of health. To study it, a rat liver model perfused exvivo was used here. In this model, we did not observe, for an 18h fasting, the protective effect reported for the liverin situ. However, we did emphasize the importance of the energy cost of the protective mechanism in the isolatedliver under experimental stress of ischemia/reperfusion and correlated protection with higher glycogen levels and anenergy load that required an exceeding threshold below which protection fades. The administration of energysubstrates (lactate and alanine) allowed us to confirm the energetic need for protection of the isolated liver. Then,increasing the duration of fasting of the donor rat from 18 to 24 hours proved to be hepatoprotective and, moregenerally, showed that the capacity for energy mobilization and, as such, autophagy contributed to hepatoprotection,the well-known energy cost of autophagy being in line with previous PhD work. Three candidate signaling pathwaysfor the activation of autophagy, involving AMPK, HMGB1 and ADP, were studied. Phosphorylation of AMPK wasincreased in fasted rat liver 24 hours vs. 18 hours. However, the addition of AICAR, an activator of AMPK, althoughincreasing its phosphorylation in isolated fasted rat liver 18h, did not induce protection. HMGB1 accumulation knownto induce autophagy, showed no correlation with markers of hepatic cytolysis (LDH) and autophagy (LC3II/Actin ratio).ADP, in its ADP/(AMP+ADP+ATP) and ADP/(AMP+ATP) ratios, was higher in 24-hour fasted rat livers and was correlatedwith hepatoprotection. ADP induced autophagy by activation of the membrane P2Y13 receptor, a specific inhibitor,MRS2211, was used. Its inclusion in the perfusate blunted the hepatoprotection and activation of autophagyassociated with prolonged fasting, validating the key role of this signaling in hepatoprotection.In conclusion, the Ph.D. allowed a substantial advance in the understanding of the role played by the nutritional statusof the donor on the hepatoprotection of the isolated liver. The identification of the molecular mechanisms ofhepatoprotection (energy mobilization, autophagy) and of its signaling (ADP, P2Y13 receptor) opens up innovativetherapeutic perspectives for liver diseases and new strategies for liver graft preservation. From a cell survivalperspective, autophagy ensures both a function of maintaining the quality of cellular components and an energeticrole. This maintenance of quality protects the cell and costs energy, making it indispensable for this type of protection.In other words, the maintenance preserves from deterioration and this protection has a cost that goes throughsignalling (internal funding decision) which, once identified, can now be requested as desired. Also, external financing(contribution of energy substrates) can be chosen or even added to the previous one

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Guedjdal, Sarah. "Le rôle d’une nouvelle forme tronquée de la protéine Tau dans le développement de la maladie d’Alzheimer et son potentiel thérapeutique." Thesis, Lille 2, 2020. http://www.theses.fr/2020LIL2S021.

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Abstract:

La protéine Tau est impliquée dans la physiopathologie de nombreuses maladies neurodégénératives regroupées sous le terme de Tauopathies. Dans la maladie d’Alzheimer (MA), la Tauopathie la plus fréquente, Tau est retrouvée sous une forme agrégée dans les neurones. Ces agrégats de Tau constituent la lésion cérébrale caractéristique de la MA, appelée dégénérescence neurofibrillaire (DNF), dont l’évolution spatio-temporelle est corrélée à l’avancée et la gravité des signes cliniques. Les mécanismes qui initient ce processus pathophysiologique ne sont pas encore bien élucidés. Néanmoins, les modifications post-traductionnelles (MPT) de la protéine Tau semblent jouer un rôle important dans l'apparition de ces formes pathologiques. Par ailleurs, ces MPT peuvent représenter des marqueurs de diagnostic précoce et des cibles thérapeutiques de la MA. L’équipe a récemment identifié une nouvelle forme tronquée de la protéine Tau débutant à la méthionine 11 avec une modification qui n’a jamais été décrite pour la protéine Tau : la N-α-acétylation (AcMet11-Tau). De plus, l’équipe a développé un anticorps monoclonal, le 2H2D11, ciblant spécifiquement la forme AcMet11-Tau. Les premières études à partir de cerveaux de patient Alzheimer indiquent que la protéine AcMet11-Tau est présente dans les neurones qui dégénèrent et qu’elle ferait partie des protéines Tau anormales qui marquent la pathologie. Les travaux présentés dans cette thèse ont pour objectif d’évaluer le rôle de AcMet11-Tau dans le développement de la MA et des dysfonctionnements associés, notamment dans un modèle transgénique mimant le versant Tau de la MA (modèle THY-Tau22). Ces souris THY-Tau22 reproduisent avec l’âge plusieurs aspects de la pathologie Tau associés à une perte de mémoire. Nous avons montré que chez ces souris, la forme AcMet11-Tau apparait précocement, bien avant l’apparition des troubles de mémoire. Un de mes objectifs de thèse a consisté à évaluer une approche de modélisation in vivo, basée sur des injections stéréotaxiques, dans l’hippocampe de souris sauvages et transgéniques THY-Tau, de vecteurs lentiviraux pour exprimer la forme Met11-Tau. Les résultats montrent que cette protéine est bien exprimée sous forme N-α-acétylée, et de manière stable dans l’ensemble de l’hippocampe. AcMet11-Tau est plus particulièrement détectée dans des régions ayant un rôle important dans la plasticité synaptique et la mémoire. De plus, nos résultats préliminaires suggèrent que la forme AcMet11-Tau n’est pas capable de s’agréger toute seule en absence d’autres protéines Tau humaines, et qu’elle se comporterait plutôt comme un agent de nucléation en favorisant l’agrégation de protéines Tau entières. Ainsi, AcMet11-Tau semble être un acteur important du processus pathologique, représentant un bon candidat pour le ciblage thérapeutique. À ce jour, plusieurs stratégies thérapeutiques sont étudiées pour traiter la pathologie Tau parmi lesquelles l’immunothérapie. La seconde partie de ma thèse a pour objectif d’établir la preuve de concept pour le ciblage d’AcMet11-Tau en utilisant une approche d’immunothérapie passive. Dans ces travaux de thèse, nous montrons que l’immunisation précoce des souris THY-Tau22 contre la forme AcMet11-Tau permet de prévenir l'altération de la mémoire de travail mesurée par le test du labyrinthe en Y et améliore l’apprentissage des animaux lors de l’évaluation de la mémoire spatiale de référence par le test de Barnes. Cette diminution de l'atteinte cognitive est associée à une diminution de la phosphorylation anormale de Tau au niveau de l'hippocampe et à une réduction significative des espèces insolubles de Tau. Nous montrons également que le ciblage d’AcMet11-Tau exerce des effets anti-inflammatoires dans ce modèle de Tauopathie. L’ensemble de ce travail démontre que AcMet11-Tau serait bien instrumentale dans le développement de la pathologie ; et que son ciblage par immunothérapie est une stratégie thérapeutique à prendre en considération
Tau protein is involved in the pathophysiology of more than twenty neurodegenerative diseases referred to as Tauopathies. In Alzheimer’s disease (AD), the most common Tauopathy, Tau is found aggregated in neurons. These pathological aggregates of Tau called neurofibrillary tangles (NFT) are the hallmarks of AD brains. The progression of NFT in AD brain is correlated with cognitive impairment. The mechanisms underlying this pathophysiological process are not well understood yet. Nevertheless, post-translational modifications of Tau protein seem to play an etiopathological role. Furthermore, these post-translational modifications may provide early diagnostic markers and therapeutic targets for AD. Our team has recently identified a new truncated Tau protein starting at methionine 11 and bearing a modification that has never been described for the Tau: N-α-acetylation (AcMet11-Tau). In addition, our team has developed a monoclonal antibody, 2H2D11, which specifically targets the AcMet11-Tau form. The first studies from AD brains indicate that AcMet11-Tau protein is present in degenerating neurons and that it is part of pathological Tau proteins. The present thesis work aims to establish the role of AcMet11-Tau in the development of Tau pathology linked to AD and its associated dysfunctions, using a transgenic model mimicking the Tau side of AD (THY-Tau22 model). These THY-Tau22 mice reproduce with age several aspects of Tau pathology associated with memory loss. We have showed in these mice that AcMet11-Tau form appears early before the onset of memory impairment. One of my thesis objectives was to evaluate an in vivo modeling approach, based on stereotaxic injections of lentiviral vectors, in the hippocampus of wild and THY-Tau transgenic mice, to express the Met11-Tau protein. Our immunohistochemical analyzes show that this protein is stably expressed throughout the hippocampus as an N-α-acetylated form. More particularly, AcMet11-Tau is detected in brain regions having an important role in synaptic plasticity and memory. In addition, our preliminary results suggest that AcMet11-Tau is likely a seeding factor that promotes the aggregation of Tau proteins. Thus, AcMet11-Tau appears to be an important player in the pathological process, representing hence a good candidate for therapeutic targeting. To date, there are several therapeutic strategies aiming to treat Tau pathology, including immunotherapy. The second objective of my thesis aims to establish the proof of concept of a passive immunotherapy approach targeting AcMet11-Tau. We have showed that immunization of THY-Tau22 mice against the truncated AcMet11-Tau form prevents the alteration of working memory in the Y-maze test and improves animal learning during the evaluation of the spatial reference memory by the Barnes maze at the age of 8 months. This beneficial effect is associated with a decrease in abnormal Tau phosphorylation in the hippocampus and a significant reduction in insoluble Tau species. We have also showed that targeting AcMet11-Tau exerts anti-inflammatory effects in this model of Tauopathy. Together, our data demonstrate that the new truncated form AcMet11-Tau plays an instrumental role in Tau pathology development; its targeting by passive immunotherapy is likely a promising therapeutic strategy for AD treatment

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Chen, Yaohua. "Maladie d’Alzheimer : influence des microhémorragies, du sexe et de la modulation pharmacologique : données cliniques et expérimentales." Thesis, Lille 2, 2018. http://www.theses.fr/2018LIL2S043/document.

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Abstract:

La maladie d'Alzheimer (MA) est un processus multifactoriel. La dysfonction vasculaire pourrait être impliquée dans sa progression. Les microhémorragies cérébrales (MH) sont fréquentes chez les patients atteints de MA, et pourraient jouer un rôle clé dans le lien qui relie la dysfonction vasculaire à la MA. Le sexe pourrait également impacter sur la sévérité des lésions. Les statines ont été proposées en prévention de maladies neurodégénératives dont la MA. Leur intérêt est encore débattu mais ces molécules ont une action pléiotrope. Ce travail a pour objectif d'étudier l'impact des lésions microhémorragiques sur le déclin cognitif dans la MA, le rôle du sexe et la modulation pharmacologique par Atorvastatine, dans une perspective translationnelle,i.e. en considérant à la fois l'aspect expérimental chez l'animal et l'aspect clinique. Pour la partie expérimentale, nous avons étudié à partir d'un modèle original de MH chez les souris femelles saines et pathologiques. La MHC est créée par injection stéréotaxique de Collagénase (0,8|uUI/|iL). L'atorvastatine est administrée dans l'alimentation quotidienne des rongeurs(5mg/Kg/J). Le suivi était multimodal à trois temps différents : six semaines, six mois et douze mois après la chirurgie. Au plan clinique, nous avons étudié une base de données de patients atteints de la MA, suivis de façon standardisée. Notre travail a mis en évidence, dans une approche translationnelle, un impact cognitif et non cognitif des MHs, en présence ou non d'une maladie d'Alzheimer chez le sexe féminin. Nos résultats tendent à confirmer l'intérêt de l'atorvastatine dans la neuroprotection, grâce à ses effets pléiotropes. D'une manière générale,notre travail souligne, une fois de plus, l'intérêt d'une prise en charge personnalisée, et précoce de la MA
The physiopathology of Alzheimer disease (AD) is complex. Associated factors, in particular at the vascular level with damaged small blood vessels, might be involved. Cerebral microbleeds(CMB) in particular, could be one of the key contributing factor in AD. The cumulative evidence suggested a sex-specific patterns of disease. Furthermore, statins might be interesting by pleitropic effects. The objectives of this study was to evaluate the interaction between vascular and neurodegenerative lesions in Alzheimer, the influence of sex, and the pharmacological modulation by atorvastatin. This experimental model is designed in a multimodal approach to ensure its scientific relevance and to fit with clinical research. The third objective is indeed to confront theresulting experimental data to the clinical data of cohorts of Alzheimer patients. With an original model of CMB in female mice, we folio wed-up them from 1.5 months to 12 months postsurgery.For the clinical part, we studied patients with AD from a database of a tertiary memory center, with standardized framework. In a translational way, we observed a cognitive and a non cognitiveimpact of CMBs, differently in wild-type mice and in diseased mice. Different outcome was noticed for young female mice. And Atorvastatine offered a mild neuroprotection particularly in presymptomatic stage. Finally, the mechanism implied will be studied, in particular the inflammatory pathway, and will help to propose targeted pharmacological modulation in order to prevent or limit the impact of CMB on AD, by offering a personalized approach

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Barus, Romain. "Effet du sexe sur les mécanismes induits par une microhémorragie cérébrale et leurs conséquences cognitives dans un modèle murin et évaluation d’un traitement par atorvastatine." Thesis, Lille 2, 2020. http://www.theses.fr/2020LIL2S025.

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Abstract:

Les microhémorragies cérébrales (MHC), petites lésions dont la prévalence augmenteavec l’âge sont associées à un risque augmenté de troubles cognitifs. Les mécanismes parlesquels les MHC pourraient altérer les fonctions cognitives ainsi que l’effet du sexe sur lesMHC ne sont pas bien élucidés. Le premier objectif de ce travail de thèse était d’étudier lesmécanismes mis en place après la formation d’une MHC corticale, chez des souris mâles etfemelles. Le deuxième objectif était de déterminer les effets de l’atorvastatine, médicamentconnu pour ses effets pléïotropes, sur la cognition et sur les mécanismes induits par la MHC.Six semaines après la formation d’une MHC induite par injection stéréotaxique de collagénasedans le cortex de souris C57BL/6J, des effets différents en fonction du sexe d’ordre cellulaire,protéique, génomique et métabolique étaient observés dans le cortex et l’hippocampe des sourismâles et femelles, conduisant à l’hypothèse d’une altération des réseaux corticohippocampiques,à l’origine de troubles de la cognition chez les mâles. L’atorvastatinecorrigeait les modifications induites par la MHC en fonction du sexe et améliorait les troublesde la cognition chez les mâles. Au total, cette étude a montré, à partir d’un travail précis portantsur l’impact cognitif d’une MHC, que la prise en compte du sexe dans un protocole précliniques’avère indispensable pour mieux élucider les mécanismes physiopathologiques de la maladiemodélisée dans le but de développer des traitements les plus adaptés possibles
Cerebral microhemorrhages (CMH) are small lesions whose prevalence increases withage. CMH are associated with a risk of cognitive impairment. The mechanisms by which CMHimpair cognitive function and an eventual sex effect on CMH remain under-explored. The firstgoal of this work was to characterize the mechanisms induced by a cortical CMH, in male andfemale mice. The second objective was to determine the effects of atorvastatin (AT), a drugknown for its pleiotropic effects, on those mechanisms and on cognition. Six weeks after theformation of a CMH, induced by an injection of collagenase in the cortex of C57BL/6J mice,sex-specific cellular, protein, genomic, and metabolic modifications were observed in thecortex and hippocampus of male and female mice, suggesting an impairment of the corticohippocampalnetwork explaining the cognitive impairment in males. AT has modified theCMH-induced sex-specific modifications and has improved cognition in males. This studyhighlights the necessity to take sex into account in preclinical studies to increase ourcomprehension of pathophysiological mechanisms and develop the most appropriate treatment

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Pellay, François-Xavier. "Méthodes d'estimation statistique de la qualité et méta-analyse de données transcriptomiques pour la recherche biomédicale." Thesis, Lille 1, 2008. http://www.theses.fr/2008LIL10058/document.

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Abstract:

La connaissance des gènes exprimés dans une cellule, dans des conditions physiologiques ou pathologiques, est un élément essentiel à la compréhension des phénomènes biologiques qui la gouvernent. Parmi les technologies permettant de mesurer l'expression génique, la plus utilisée est la technologie des puces à ADN capable de mesurer l'abondance relative des gènes exprimés dans les cellules. Les puces qualifiées de pangénomiques sont supposées couvrir l'ensemble des gènes existants, soit près de trente-mille dans l'espèce humaine. La mesure, l'analyse et l'interprétation d'une telle quantité de données posent un certain nombre de problèmes et la maîtrise des méthodes d'analyse utilisées déterminera la fiabilité et la précision des informations obtenues. Le but de cette thèse est de définir des méthodes permettant de contrôler les mesures, d'améliorer l'analyse et d'approfondir l'interprétation des données transcriptomiques afin d'en optimiser l'utilisation et de pouvoir appliquer ces méthodes pour analyser le transcriptome de patient atteint de leucémie myélomonocytalre juvénile dans le but d'améliorer le diagnostic et de comprendre les mécanismes biologiques de cette maladie rare. Nous avons ainsi développé, et validé au travers de nombreux projets indépendants, un programme de contrôle qualité des puces, ainsi qu'un logiciel qui permet d'améliorer les interprétations biologiques des données microarrays basées sur les ontologies des gènes, et un outil de visualisation et d'analyse globale des voies de signalisation. Enfin, en combinant plusieurs des approches , décrites, nous avons mis au point une méthode pour obtenir des signatures biologiques fiables à des fins diagnostiques
To understand the biological phenomena taking place in a cell under physiological or pathological conditions, it is essential to know the genes that it expresses Measuring genetic expression can be done with DNA chlp technology on which are set out thousands of probes that can measure the relative abundance of the genes expressed in the cell. The microarrays called pangenomic are supposed to cover all existing proteincoding genes, that is to say currently around thirty-thousand for human beings. The measure, analysis and interpretation of such data poses a number of problems and the analytlcal methods used will determine the reliability and accuracy of information obtained with the microarrays technology. The aim of thls thesis is to define methods to control measures, improve the analysis and deepen interpretation of microarrays to optimize their utilization in order to apply these methods in the transcriptome analysis of juvenile myelomocytic leukemia patients, to improve the diagnostic and understand the biological mechanisms behind this rare disease. We thereby developed and validated through several independent studies, a quality control program for microarrays, ace.map QC, a software that improves biological Interpretations of microarrays data based on genes ontologies and a visualization tool for global analysis of signaling pathways. Finally, combining the different approaches described, we have developed a method to obtain reliable biological signatures for diagnostic purposes

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Castra, Laurent. "Typologie des arrêts cardiaques au regard des inégalités sociales et territoriales de santé en Ile-de-France : application au registre national des arrêts cardiaques (RéAC)." Thesis, Lille 2, 2018. http://www.theses.fr/2018LIL2S025/document.

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Abstract:

Introduction : L'arrêt cardiaque (AC) est considéré comme un problème majeur de santé publique. Prévenir les arrêts cardiaques, les décès consécutifs et optimiser leur prise en charge sont les objectifs partagés à la fois par les professionnels de l’urgence et les décideurs des politiques de santé publique. A l’heure de la territorialisation prenant en compte les besoins des populations, très peu d’études ont été consacrées aux variations d’incidence induites par la localisation géographique des arrêts cardiaques et les caractéristiques socio-économiques des patients. L’objectif de cette thèse est d'identifier, à partir des données du registre national des arrêts cardiaques RéAC, dans les trois départements de la petite couronne d’Ile-de-France, des clusters de communes présentant une incidence élevée ou faible en matière d’arrêt cardiaque, puis de les caractériser à partir des facteurs socio-économiques qui peuvent leur être associés. Matériel et Méthodes : Nous avons étudié les données d’arrêt cardiaque des trois départements d’Ile-de-France composant la petite couronne francilienne. Nous avons ainsi travaillé sur un ensemble de 123 communes. Les données relatives aux arrêts cardiaques ont été extraites du registre français des arrêts cardiaques RéAC. Des données socioéconomiques ont été collectées pour chacune de ces communes auprès de l’Institut National de la Statistique et des Etudes Economiques (INSEE). En termes de méthodes, nous avons eu recours à une double approche sur le plan statistique, combinant des méthodes bayésiennes afin d’étudier les variations géographiques d'incidence des arrêts cardiaques et des statistiques de scan en vue d’identifier des clusters de communes selon le niveau d’incidence des arrêts cardiaques. Enfin, nous avons caractérisé et comparé ces clusters de communes selon des facteurs socioéconomiques. Résultats : Nous avons inclus 3.414 arrêts cardiaques sur une période de deux ans, entre août 2013 et août 2015. De fortes variations géographiques - significatives - ont été observées parmi 123 municipalités : 34 présentaient un risque d'incidence élevé et 37 présentaient un risque faible. Les statistiques de scan ont permis d’identifier 7 clusters significatifs sur le plan de l’incidence des arrêts cardiaques, dont 3 clusters à faible incidence (le risque relatif variait de 0,23 à 0,54) et 4 clusters à forte incidence (avec un risque relatif de 1,43 à 2). Les clusters de municipalités ayant une incidence élevée d'AC se caractérisent par un statut socioéconomique inférieur à celui des autres (clusters d'incidence d’arrêt cardiaque faible ou normale). L'analyse a montré des relations statistiquement significatives entre les facteurs de défaveur sociale et une incidence élevée. Discussion : L’analyse des taux d’incidence standardisés et lissés dans la zone de la petite couronne parisienne révèle l’existence d’une forte hétérogénéité en termes d’incidence des arrêts cardiaques. L’utilisation des statistiques de scan nous a permis d’identifier 7 clusters significatifs, dont 4 de sur-incidence et 3 de sous-incidence. Ces résultats, les premiers en France sur cette thématique, confirment ceux déjà existants dans la littérature internationale montrant une hétérogénéité spatiale de l'incidence de l'arrêt cardiaque et l’importance de certains facteurs socio-économiques. Enfin, le recours aux statistiques de scan, différente des méthodes généralement utilisées, permet de mettre en évidence l'existence de zones à haut risque d’arrêt cardiaque [...]
Cardiac arrest (CA) is considered a major public health problem. Preventing cardiac arrest and subsequent deaths and optimizing their management are objectives shared by both emergency professionals and public health policy makers. At a time when territorialization is taking into account the needs of populations, very few studies have been devoted to the variations in incidence induced by the geographical location of cardiac arrests and the socio-economic characteristics of patients. The objective of this thesis is to identify, based on data from the national register of cardiac arrests RéAC, in the three departments of the inner suburbs of Ile-de-France, clusters of municipalities with a high or low incidence of cardiac arrest, and then to characterize them based on the socio-economic factors that can be associated with them. Equipment and Methods: We studied cardiac arrest data from the three departments of Ile-de-France that make up the inner suburbs of the Paris region. We have worked on a total of 123 municipalities. Data on cardiac arrests were extracted from the French register of cardiac arrests RéAC. Socio-economic data were collected for each of these municipalities from the Institut National de la Statistique et des Etudes Economiques (INSEE). In terms of methods, we used a statistically twofold approach, combining Bayesian methods to study geographical variations in the incidence of cardiac arrest and CT statistics to identify clusters of communes according to the incidence level of cardiac arrest. Finally, we characterized and compared these clusters of municipalities according to socio-economic factors

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Baloche, Valentin. "Contributions négatives et positives de la galectine-9 au développement tumoral : étude dans des modèles tumoraux murins syngéniques In the MB49 Murine Model, Genetic Ablation of Galectin-9 Enhances Anti-Tumor Immune Response: Possible Role of a Greater CXCL9/Il-6 Production Tumor Exosomal Micrornas Thwarting Anti-Tumor Immune Responses in Nasopharyngeal Carcinomas Interferon β and Anti-PD1/PD-L1 Checkpoint Blockade Cooperate in NK Cell-Mediated Killing of Nasopharyngeal Carcinoma Cells Interferon Beta Increases NK Cell Cytotoxicity against Tumor Cells in Patients with Nasopharyngeal Carcinoma via Tumor Necrosis Factor Apoptosis-Inducing Ligand Emerging Therapeutic Targets for Nasopharyngeal Carcinoma: Opportunities and Challenges Galectin-9 Promotes a Suppressive Microenvironment in Human Cancer by Enhancing STING Degradation." Thesis, université Paris-Saclay, 2020. http://www.theses.fr/2020UPASS117.

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Abstract:

Comme les autres galectines, la galectine-9(gal-9) est une lectine animale qui interagit avec un sous-groupe défini de polysaccharides portés par des glycoprotéines ou des glycolipides. La gal-9 associée aux cellules exerce de multiples fonctions dans le cytoplasme, dans le noyau et à la surface de la membrane plasmique. Quelques publications suggèrent que la gal-9 intra-cellulaire inhibe la mobilité des cellules malignes et exerce un effet antimétastatique. En outre la gal-9 peut être sécrétée dans le milieu extra-cellulaire où elle se comporte comme une cytokine avec des effets principalement immunosuppresseurs. Ces effets ont été mis en évidence dans un contexte tumoral chez l’homme et dans des modèles murins. Cependant, on ne disposait pas jusqu’à présent d’un modèle tumoral murin permettant d’évaluer les effets pro-tumoraux ou antitumoraux de la gal-9 indépendamment de la gal-9 des cellules infiltrantes. Pour résoudre ce problème, nous avons dérivé, en employant la technologie CRISPR/Cas9, des clones isogéniques invalidés ou non pour la gal-9 à partir de 2 lignées tumorales murines : CT26 (fond génétique BALB/c) et MB49 (fond génétique C57BL/6). Dans le cas de la lignée MB49, nous avons pu mettre en évidence un phénotype remarquable in vivo. Lors de transplantations itératives, on assiste pour les tumeurs dérivées des clones invalidées à une réduction drastique de la croissance tumorale au bout de 3 ou 4 passages sur les souris syngéniques mais pas sur les souris immunodéficientes. L’émergence de la réponse immunitaire responsable de cet arrêt de la croissance tumorale a été étudiée par immunohistochimie, dosage de cytokines en multiplex dans les extraits tumoraux et analyse du transtriptome par RNAseq. L’augmentation de la production intra-tumorale d’interféron-γ, de CXCL9 et d’Il-6 semble jouer un rôle important dans le renforcement de la réponse immunitaire contre les tumeurs KO-gal-9
Like other galectins, galectin-9 (gal-9) is an animal lectin which interacts with a defined subgroup of glycans carried by glycoproteins or glycolipids. Gal-9 associated with cells performs multiple functions in the cytoplasm, in the nucleus and at the surface of the plasma membrane. Some publications suggest that intracellular gal-9 inhibits the mobility of malignant cells and exerts an anti-metastatic effect. In addition, gal-9 can be secreted into the extracellular medium where it behaves like a cytokine with mainly immunosuppressive effects. These effects have been demonstrated in the context of human tumors and in mouse tumor models. However, so far there was no murine tumor model available to assess the pro-tumor or anti-tumor effet of gal-9 independently of gal-9 produced by infiltrating cells. To address this issue, we derived isogenic clones invalidated or not for gal-9 from 2 murine tumoral lines : CT26 (BABL/c genetic background) and MB49 (C57BL/6 genetic background), using CRISPR/Cas9 technology. In the case of the MB49 line, we were able to demonstrate a remarkable phenotype in vivo. During serial transplantations, we saw, for tumors derived from invalidated clones, a dramatic reduction in tumor growth after 3 or 4 passages in syngenic mice but not in immunodeficient mice. The emergence of the immune response responsible for this arrest of tumor growth was investigated by immunohistochemistry, multiplex cytokine assay in tumor extracts and transcriptome analysis by RNAseq. Increased intra-tumor production of interferon-γ, CXCL9 and Il-6 appears to play an important role in enhancing the immune response against KO-gal-9 tumors

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Canouil, Mickaël. "Développement et application de méthodologies statistiques pour études multi-omiques dans le diabète de type 2 : au-delà de l'ère des études d'association pangénomiques." Thesis, Lille 2, 2017. http://www.theses.fr/2017LIL2S017/document.

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Abstract:

Les études d'association pangénomiques (GWAS) ont permis l'identification de plusieurs dizaines de gènes et de polymorphismes nucléotidiques (SNPs) contribuant au risque de diabète de type 2.Plus généralement, les GWAS ont permis d'identifier des milliers de SNPs contribuant à des maladies complexes chez l'Homme.Cependant, la caractérisation fonctionnelle et les mécanismes biologiques impliquant ces SNPs et ces gènes restent en grande partie à explorer.En effet, les conséquences de ces polymorphismes sont complexes et peu connues. Une conséquence directe est l'altération de la protéine codée par un gène, voire une extinction complète de la transcription du gène (p.ex. via l’introduction d’un codon stop dans la séquence).Par ailleurs, ces polymorphismes peuvent avoir un rôle de régulation dans l'expression des gènes, par exemple, en perturbant la liaison de facteurs de transcription et d'enzymes impliqués dans la méthylation de l'ADN.Malgré des associations fortes des SNPS identifiés, ils ne peuvent expliquer la totalité de l'héritabilité du diabète de type 2, suggérant par le fait même des mécanismes d'interactions entre les différentes couches que représentent la génomique, la transcriptomique et l'épigénomique.Le changement de paradigme en statistique génétique et la disponibilité de données transcriptomiques et épigénomiques sont responsables de l'évolution du domaine, passant des analyses d'associations à des analyses transversales de type multi-omique, et permettant de fournir des éléments de réponse sur l’aspect fonctionnel des SNPs ou des gènes impliqués, et dans certains cas, permettant d'évaluer le lien causal de ces variants sur la pathologie.Les développements et applications méthodologiques proposés dans cette thèse sont variés, allant d’une approche similaire aux GWAS, mettant à profit les données longitudinales disponibles dans certaines cohortes (p.ex. D.E.S.I.R.), au moyen d'un modèle joint; de la caractérisation fonctionnelle de gènes candidats, identifiés par GWAS, dans la sécrétion d'insuline par une étude transcriptomique multi tissu et dans un modèle cellulaire; de l'identification d'un nouveau gène candidat (PDGFA) impliqué dans la dérégulation de la voie de l'insuline dans le diabète de type 2 via des mécanismes épigénétiques et transcriptomiques; et enfin de la caractérisation de l'effet sur le transcriptome de deux substituts du bisphénol A dans un modèle d’adipocyte primaire.L'augmentation des connaissances des processus biologiques dans lesquels sont impliqués les SNPs et gènes identifiés par GWAS pourrait permettre l'élaboration de stratégies diagnostiques plus efficaces, ainsi que l'identification de cibles thérapeutiques pour le traitement du diabète de type 2 et des complications associées (p.ex. insulinorésistance, NAFLD, cancer, etc.). Plus généralement, ces études multi-omiques ouvrent la voie à l'approche émergente que représente la médecine de précision, permettant le traitement et la prévention des pathologies tout en prenant en compte ce qui fait la spécificité d'un individu, à savoir son génome et son environnement, tous deux interagissant sur son transcriptome et son épigénome
Genome-wide association studies (GWAS) have resulted in the identification of several dozen of genes and single nucleotide polymorphisms (SNPs) contributing to type 2 diabetes.More generally, GWAS have identified thousands of SNPs contributing to complex diseases in humans.However, the functional characterization and biological mechanisms involving these SNPs and genes remain largely to be explored. Indeed, the consequences of these polymorphisms are complex and little known.One direct consequence of the SNPs is the alteration of the protein encoded by a gene, or even a complete transcriptional gene silencing (e.g. codon stop in the sequence). Furthermore, these polymorphisms may have a regulatory role in gene expression, for example, by interfering with the binding of transcription factors and enzymes involved in DNA methylation.Despite the strong associations of identified SNPs, they cannot explain the full heritability of type 2 diabetes, suggesting interactions mechanisms between the different layers of -omics, such as genomics, transcriptomics and Epigenomics.The shift of paradigm in statistical genetics and the availability of transcriptomic and epigenomic data are responsible for the evolution of the discipline, moving from association studies to multi-omics, and providing insights on the functional aspect of the SNPs or genes involved, and in some cases allowing to evaluate the causal link of these variants on the pathology.The methodological developments and their applications proposed in this thesis are various, ranging from a similar approach to GWAS, leveraging the longitudinal data available in some cohorts (e.g. D.E.S.I.R.), using an joint model approach; the functional characterisation of candidate genes in insulin secretion by a multi tissue transcriptomic study and transcriptomic study in a cell model; the identification of a new candidate gene (PDGFA) involved in the deregulation of the insulin\\\'s pathway in type 2 diabetes through epigenetic and transcriptomic mechanisms; and finally, the characterisation of the effect on the transcriptome of two substitutes of bisphenol A in a primary adipocyte model.The increase of knowledge in biological processes involving SNPs and genes identified by GWAS could enable the development of more effective diagnostic strategies, and the identification of therapeutic targets for the treatment of type 2 diabetes and associated complications (e.g., insulin resistance, NAFLD, cancer, etc.).More generally, these multi-omics studies pave the way for the emerging approach of precision medicine, allowing the treatment and prevention of pathologies while taking into account what makes the specificity of an individual, namely his genome and his environment, both interacting on his transcriptome and his epigenome

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Alari, Anna. "Variations temporelles et géographiques des méningites à pneumocoque et effet du vaccin conjugué en France." Thesis, Université Paris-Saclay (ComUE), 2018. http://www.theses.fr/2018SACLV070/document.

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Abstract:

Streptococcus pneumoniae est une bactérie cocci gram positif commensale de la flore oropharyngée qui colonise le rhinopharynx de l’Homme et dont près de 100 sérotypes sont connus. Les nourrissons et les jeunes enfants représentent son réservoir principal. Le pneumocoque peut être à l’origine d’infections graves, telles que la méningite, les bactériémies et la pneumonie, et moins graves mais plus courantes comme la sinusite et l’otite moyenne aiguë. Deux vaccins anti-pneumococciques conjugués ont été introduits en France : le PCV7 (couvrant contre 7 sérotypes) en 2003 et le PCV13 (couvrant contre 6 sérotypes supplémentaires) en 2010. L’objectif général de ce travail de thèse est d’évaluer l’impact des politiques vaccinales sur les infections invasives à pneumocoque en France, en s’intéressant principalement aux évolutions temporelles et géographiques des plus graves : les méningites à pneumocoque (MP). Un premier travail a étudié les dynamiques temporelles des MP sur la période 2001–2014 afin d’identifier l’impact de l’introduction des vaccins conjugués. Des techniques statistiques de modélisations adaptées aux séries temporelles ont été utilisées. Les résultats de ce travail retrouvent des effets rapportés dans la littérature : une réduction des MP à sérotypes vaccinaux mais aussi une augmentation des MP dues aux sérotypes non inclus dans le vaccin (phénomène de « remplacement sérotypique »).Par conséquent, le premier bénéfice, à l’échelle de la population générale, de l’introduction de cette vaccination a été observé seulement onze ans après l’introduction du PCV7, et principalement suite à l’introduction du PCV13 en 2010, avec une diminution de 25% du nombre de MP en 2014. La composante géographique a ensuite été prise en compte afin d’étudier le rôle de la de couverture vaccinale dans la variabilité des MP annuelles entre les départements sur la période 2001-2016. Les résultats confirment l’efficacité des deux formulations du vaccin sur les MP dues aux sérotypes vaccinaux et suggèrent une certaine homogénéité de cet effet entre les différents départements. Inversement, le remplacement sérotypique a été confirmé mais uniquement suite à l’introduction de la première formulation du vaccin et ces effets présentent une répartition géographique hétérogène et variable. La variabilité de la couverture vaccinale entre les départements n’explique pas celle observée dans le nombre de MP, ce qui suggère l’intervention d’autres facteurs tel que la densité géographique. Enfin, une modélisation dynamique, permettant de prendre en compte des aspects fondamentaux des dynamiques de transmission et d’infection du pneumocoque non intégrés dans les méthodes de modélisation statique, a été proposée afin de prédire l’impact de différentes stratégies de vaccination pour les adultes de 65 ans et plus et ainsi évaluer leur rapport coût-utilité
Streptococcus pneumoniae is a Gram-positive commensal bacterium of the oropharyngeal flora usually colonizing human’s rhino pharynx, of which almost 100 serotypes are known. Infants and young children constitute its main reservoir. Pneumococcus may cause serious infections, such as meningitis, bacteremia and pneumonia, or less serious but more common such as sinusitis and acute otitis media (AOM). Two conjugate pneumococcal vaccines have been introduced in France: PCV7 (covering 7 serotypes) in 2003 and PCV13 (covering 6 additional serotypes) in 2010. The overall objective of this thesis is to assess the impact of vaccination policy on invasive pneumococcal diseases in France, by focusing on temporal and geographical trends of the most serious of them: pneumococcal meningitis (PM). An initial study of PMs temporal dynamics over the 2011-2014 period assessed the impact of conjugate vaccines’ introduction. Statistical modeling techniques were used for time series analysis. The results confirm the effects found in literature: a reduction of vaccine serotypes PMs but at the same time an increase of PMs, due to non-vaccine serotypes (effect of “serotype replacement”). Therefore, the first benefit of vaccine introduction at population scale has been observed no less than 11 years after PCV7 introduction, and then principally after PCV13 was introduced in 2010, with a 25% decrease in PMs in 2014. The geographic component was then implemented to analyze the role of vaccine coverage in annual PM variability between geographic units over the 2001-2016 period. Results confirm the effectiveness of both vaccine compositions on vaccine serotypes PMs and suggest homogeneity of this effect among geographic units. Conversely the serotype replacement has been confirmed only after the first vaccine composition was introduced and presents a variable and heterogeneous geographical repartition. Variability in vaccine coverage among geographic units doesn’t explain the differences in PMs, which could suggest the role of others factors such as demographic density. Finally, a dynamic modeling capable of taking into consideration fundamental aspects of pneumococcus transmission and infection mechanisms not integrated in static modeling has been proposed in order to predict the impacts of different vaccination strategies for 65+ adults and therefore assess their cost-utility ratios

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Bauvin, Pierre. "Modélisation de la stéatose hépatique (NAFLD) et de ses facteurs de risque par apprentissage sur des données de santé." Thesis, Lille 2, 2020. http://www.theses.fr/2020LIL2S028.

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Abstract:

La stéatose hépatique non-alcoolique (NAFLD) est une maladie chronique du foie regroupant la stéatose simple à évolution lente, et la stéatohépatite non-alcoolique (NASH), forme inflammatoire accélérant son évolution. On estime qu’une personne sur quatre dans le monde est atteinte de NAFLD, et cette prévalence augmente rapidement, en parallèle avec celle de ses principaux facteurs de risque : le surpoids, l’obésité et le diabète. Cette pathologie est asymptomatique jusqu’aux complications, la cirrhose et le cancer du foie (carcinome hépatocellulaire, CHC), ce qui induit un diagnostic tardif et un impact négatif sur la morbidité et mortalité associées. De plus, le diagnostic de référence nécessite une biopsie hépatique, un examen invasif qui ne peut être réalisé en routine. En conséquence, la progression de la maladie est mal connue et son estimation peut souffrir d’un biais de sélection, vers les patients présentant des facteurs de risques importants, qui nécessitaient une biopsie en premier lieu. Mieux l’appréhender permettrait de mettre en place des stratégies diminuant son fardeau.L’approche par modélisation est appropriée pour prendre en compte l’ensemble des patients susceptibles, sans avoir à réaliser d’étude de suivi à large échelle par biopsie hépatique chez des patients en majorité asymptomatiques. Les objectifs de cette thèse sont de décrire et quantifier la progression de la NAFLD, de prédire la morbidité et mortalité associées, ainsi que d’identifier la population à risque, par modèles de Markov. Pour cela, il est nécessaire de renseigner une partie des paramètres de progression via une revue de la littérature, de caractériser les états initiaux (population susceptible de développer la NAFLD) et les états finaux (mortalité due à la NAFLD), pour en déduire les paramètres de progression manquants entre l’entrée dans la maladie et la mortalité, par rétro-calcul.Pour caractériser la mortalité due à la NAFLD de manière exhaustive, nous avons identifié tous les patients avec une cirrhose ou un CHC à partir des bases de données nationales des hôpitaux, soit plus de 380 000 patients. Nous avons ensuite élaboré un algorithme d’identification pour déterminer l’étiologie sous-jacente à la complication hépatique, à partir de l’ensemble des séjours des patients identifiés. Cet algorithme nécessite d’identifier les patients avec cirrhose ou CHC d’origine alcoolique ou virale, pour obtenir par élimination uniquement les patients NAFLD.Une fois les données de mortalité spécifiques obtenues, nous avons estimé la population susceptible de développer la NAFLD, définie comme l’ensemble des individus avec un surpoids ou un diabète de type 2, en excluant la population de buveurs excessifs. Nous avons estimé la prévalence et l’incidence de cette population, et modélisé son évolution avec l’âge et les années, à partir de données individuelles d’enquêtes représentatives de la population française.Enfin, nous avons quantifié la progression de la NAFLD, et l’impact des facteurs de risque, via deux approches : à partir de la littérature, et à partir de données de biopsies de plus de 1 800 patients obèses candidats à la chirurgie bariatrique, aboutissant à un outil de prédiction de la progression de la NAFLD dans cette population. Nous avons choisi de rétro-calculer les paramètres de progression correspondant aux états asymptomatiques, les plus susceptibles au biais de sélection.Nous avons obtenu un modèle de l’évolution de la NAFLD, prenant en compte la distribution dynamique de la population parmi les classes de poids et le statut de diabète, et aboutissant aux statistiques observées de décès dus à la NAFLD. Le modèle prend en compte le sexe, l’âge, l’année, la classe d’IMC, le statut de diabète et la présence d’un polymorphisme génétique (PNPLA3 rs738409, C→G) comme covariables de progression. Il constitue un outil permettant d’évaluer l’impact d’un éventuel traitement ou d’une politique de santé publique sur la morbi-mortalité
Non-alcoholic fatty liver disease (NAFLD) is a chronic liver disease which is a combination of simple, slowly progressing steatosis, and non-alcoholic steatohepatitis (NASH), an inflammatory form which accelerates its progression. It is estimated that one in four people in the world is affected by NAFLD, and its prevalence is increasing rapidly, in parallel with the prevalence of its main risk factors: overweight, obesity and type 2 diabetes.This pathology is asymptomatic up to the complications, cirrhosis and liver cancer (hepatocellular carcinoma, HCC), which leads to late diagnosis and a negative impact on the associated morbidity and mortality. Furthermore, the reference diagnosis requires a liver biopsy, an invasive examination that cannot be performed routinely. As a result, the progression of the disease is poorly known and its estimation may suffer from a selection bias, towards patients with significant risk factors, who require a biopsy in the first place. A better understanding would allow the implementation of strategies to reduce its burden.The modelling approach is appropriate to take into account all susceptible patients, without having to carry out a large-scale follow-up study using liver biopsies in patients who are mostly asymptomatic. The objectives of this thesis are to describe and quantify the progression of NAFLD, to predict the associated morbidity and mortality, and to identify the population at risk, using Markov models. To do this, it is necessary to fill in some of the progression parameters via a literature review, to characterise the initial states (population likely to develop NAFLD) and the final states (mortality due to NAFLD), in order to deduce the missing progression parameters between the onset of the disease and mortality, by back-calculation.To exhaustively characterise NAFLD mortality, we identified all patients with cirrhosis or HCC from national hospital databases, representing more than 380,000 patients. We then developed an identification algorithm to determine the etiology underlying the hepatic complication, based on all the stays of the identified patients. This algorithm requires the identification of patients with cirrhosis or HCC of alcoholic or viral origin, to obtain by elimination only NAFLD patients. Once the specific mortality data had been obtained, we estimated the population likely to develop NAFLD, defined as all individuals with overweight or type 2 diabetes, excluding the population of excessive drinkers. We estimated the prevalence and incidence of this population, and modelled its evolution with age and years, based on individual data from surveys representative of the French population.Finally, we quantified the progression of NAFLD, and the impact of risk factors, using two approaches: from the literature, and from biopsy data from more than 1,800 obese patients who were candidates for bariatric surgery, resulting in a tool for predicting the progression of NAFLD in this population. We chose to back-calculate the progression parameters corresponding to the asymptomatic states, which are the most susceptible to selection bias.We obtained a model of the progression of NAFLD, taking into account the dynamic distribution of the population among weight classes and diabetes status, and resulting in the observed statistics of NAFLD deaths. The model takes into account gender, age, year, BMI (body mass index) class, diabetes status and the presence of a genetic polymorphism (PNPLA3 rs738409, C→G) as covariates of progression. It is a tool for assessing the impact of a possible treatment or public health policy on morbidity and mortality

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Kamel, Rima. "Implication de la dynamique mitochondriale et de la voie de la kynurénine dans la cardioprotection au cours de l’infarctus du myocarde." Thesis, Angers, 2019. https://dune.univ-angers.fr/documents/dune12955.

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Abstract:

L'infarctus du myocarde reste une des principales causes de mortalité dans les pays développés. Bien que la reperfusion soit indispensable au sauvetage du myocarde ischémique, la taille finale de l'infarctus est due à la fois aux lésions d'ischémie mais aussi de reperfusion. La cardioprotection consiste à activer des voies de signalisation endogène de protection pour réduire les lésions d'ischémie/reperfusion (I/R). Il a été montré que la fission mitochondriale augmentait après une ischémie. Nous avons donc étudié l’impact d’un déficit en protéine de la dynamique mitochondriale dans des modèles de souris. Les souris DRP1+/- déficientes en fission mitochondriale présentaient un infarctus d’une taille réduite par rapport aux souris WT, réduction potentiellement liée à une augmentation de la mitophagie. Une déficience simultanée en protéines de fusion et de fission mitochondriales (Drp1+/- Opa1+/-) n’a pas d’influence sur la morphologie et la fonction cardiaque à l’état basal. De plus, Les souris Drp1+/- Opa1+/- présentaient une taille d’infarctus comparable à celle des souris WT. Ensuite, nous avons montré l’importance de la voie de la kynurénine dans la cardioprotection. Une étude récente menée dans notre laboratoire a montré que la kynurénine était augmentée après un conditionnement ischémique à distance. La kynurénine est un métabolite de la voie de la kynurénine, la principale voie de dégradation du tryptophane. Nous avons montré que la kynurénine et l'acide kynurénique, un sous-produit de la kynurénine, pouvaient médier une cardioprotection dans un modèle d'I/R myocardique chez le rat. La cardioprotection était associée à la stimulation de la mitophagie et du système de défense anti-oxydant. Cependant, une meilleure compréhension des voies de signalisation associées à la cardioprotection est nécessaire pour pouvoir identifier des cibles thérapeutiques
Myocardial infarction remains a leading cause of mortality in developed countries. Although timely reperfusion is indispensable for ischemic myocardium salvage, final infarct size is due to both ischemia and reperfusion injuries. Cardioprotection consists of activating endogenous signaling protective pathways to decrease ischemia/reperfusion (I/R) injuries. Mitochondrial fission has been shown increased after ischemia, thus we studied the impact of mitochondrial dynamics proteins deficiency in mice models. Mitochondrial fission deficient DRP1+/- mice, exhibited a smaller infarct size compared to WT due to a potential increase in mitophagy. Simultaneous deficiency in mitochondrial fusion and fission proteins (Drp1+/-Opa1+/-) did not influence cardiac morphology and function at baseline and infarct size was comparable to WT. Next, We showed an importance of kynurenine pathway in cardioprotection. A recent study conducted in our laboratory showed that kynurenine, was increased after remote ischemic conditioning. Kynurenine is a metabolite of the kynurenine pathway which is the main tryptophan degradation route. We showed that kynurenine and kynurenic acid, a byproduct of kynurenine, mediated cardioprotection in a rat myocardial I/R model. Cardioprotection was associated to stimulation of mitophagy and anti-oxidant defense system. However a better understanding of associated signaling pathways is necessary to identify therapeutic targets

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Dib, Abdallah. "Programmation foetale du système vasculaire en réponse à l'exposition in utero au diabète maternel chez le rat." Thesis, Angers, 2016. http://www.theses.fr/2016ANGE0066/document.

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Abstract:

L'exposition in utero au diabète maternel aboutit à des changements cardiovasculaires permanents en lien avec des altérations de la fonction vasculaire. En effet, alors que le rat exposé in utero à l'hyperglycémie maternelle modérée (DMO) développe une hypertension artérielle à 6 mois, une altération spécifique de la vasodilatation induite par la prostacycline dans l'aorte est présente dès l’âge de 3 mois. La prostacycline jouant un rôle clé dans le contrôle du tonus vasculaire dans les artères de résistance, nous avons émis l'hypothèse que la programmation foetale du tonus vasculaire suite à l'hyperglycémie maternelle pouvait jouer sur la régulation de la pression artérielle chez les DMO. Notre étude montre que la relaxation induite par la prostacycline est diminuée dans les artères mésentériques aussi bien à 3 mois qu’à 18 mois; de plus, une dysfonction endothéliale tardive associée à une augmentation de l'activité contractile des cellules musculaires lisses (tonus myogénique) est observée à 18 mois. Le tonus vasculaire est étroitement lié au remodelage vasculaire ; aussi nous avons étudié l'effet du diabète maternel sur le remodelage vasculaire après altération chronique de la pression ou du flux. Chez les DMO âgés, l'hypertension n’induit aucun remodelage de l'aorte, ni des artères mésentériques.Chez les jeunes DMO, la réduction du flux carotidien gauche (ligature) induit un remodelage constrictif ; la carotide droite subissant, quant à elle, un remodelage expansif en réponse à l’augmentation de flux. Par contre, la ligature des artères mésentériques n’entraîne aucun remodelage en réponse à la diminution de flux chez les DMO, alors que le remodelage expansif suite à l’augmentation de flux est maintenu. Ces résultats mettent en évidence une programmation foetale du système vasculaire en réponse au diabète maternel,qui pourrait être impliquée dans le développement de l'hypertension à plus long terme
Cardiovascular alterations including hypertension are lifelong consequences of in utero exposure to maternal diabetes. One possibility was that hypertension could be caused by alterations of vascular function. Preliminary studies demonstrated that rat exposed in utero to moderated maternal hyperglycemia (DMO) developed hypertension around 6 months of age, associated with a specific alteration of prostacyclin-induced vasodilation in aorta. Because prostacyclin plays a key role in the control of vascular tone in resistance arteries, we aimed to determine whether maternal hyperglycaemia could affect this parameter in offspring. We hypothesized that fetal programming of vascular tone could impact regulation of arterial pressure in DMO. We found that prostacyclin induced relaxation was reduced in resistance arteries both at 3- and 18-month of age ; endothelium-mediated relaxation was reduced in 18-monthold DMO although an increase of contractile activity of smooth muscle cells (myogenic tone) was measured at the same age. Secondly, because vascular tone is closely linked to vascular remodeling, we studied the effect of maternal diabetes on vascular remodeling after chronic alteration of pressure or flow. In old DMO, hypertension did not induce inward remodeling neither in aorta nor in mesenteric arteries. In young DMO, the reduction of left carotid flow (induced by ligation) induced an inward remodeling ; the right carotid underwent an increased flow involving outward remodeling. Conversely, in mesenteric arteries, after 1 or 3 weeks of ligation, DMO did not exhibitin ward remodeling in response to low-flow although outward remodeling in high-flow arteries is maintained.These results evidenced a fetal programming of vascular system in adult rats exposed in utero to maternal diabetes, which may be involved in the development of hypertension

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Carene, Dimitri. "Décrypter la réponse thérapeutique des tumeurs en intégrant des données moléculaires, pharmacologiques et cliniques à l’aide de méthodes statistiques et informatiques." Thesis, Université Paris-Saclay (ComUE), 2019. http://www.theses.fr/2019SACLS589.

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Abstract:

Le cancer est la cause la plus fréquente de décès dans le monde, avec 8,2 millions de décès par an. Des études génomiques à grande échelle ont montré que chaque tumeur est caractérisée par un profil génomique unique, conduisant au développement de la médecine de précision, où le traitement est adapté aux altérations génomiques de la tumeur du patient. Dans le cancer du sein précoce HR+/HER2-, les caractéristiques clinicopathologiques des patientes, bien qu’elles aient une valeur pronostique claire, ne sont pas suffisantes pour expliquer entièrement le risque de rechute à distance. L'objectif principal de ce projet de thèse était de déterminer les altérations génomiques impliquées dans la rechute à distance, en plus des paramètres cliniques des patientes, en utilisant des méthodes statistiques et informatiques. Ce projet a été réalisé à partir de données cliniques et génomiques (nombre de copies et mutations) issues des études PACS04 et METABRIC.Dans la première partie de mon projet de thèse, j’ai tout d’abord évalué la valeur pronostique du nombre de copies de gènes prédéfinis (FGFR1, Fibroblast Growth Factor Receptor 1 ; CCND1, Cyclin D1 ; ZNF217, Zinc Finger protein 217 ; ERBB2 ou HER2, Humain Epidermal Growth Factor) ainsi qu’un panel de mutations de gènes « driver ». Les résultats de l’étude PACS04 ont montrés que l’amplification de FGFR1 augmente le risque de rechute à distance alors que les mutations de MAP3K1 diminuent le risque de rechute. Ensuite, un score génomique fondé sur FGFR1 et MAP3K1 a été créé et a permis de déceler trois niveaux de risques de rechute à distance : risque faible (patientes ayant une mutation du gène MAP3K1), risque modéré (patientes n’ayant pas d’altération du nombre de copies de FGFR1 et n’ayant pas de mutation de MAP3K1) et risque élevé (patientes ayant une amplification de FGFR1 et n’ayant pas de mutation de MAP3K1). Enfin, ce score génomique a été validé sur une base de données publique, METABRIC. Dans la seconde partie de mon projet de thèse, de nouveaux biomarqueurs génomiques pronostiques de la survie ont pu être identifiés grâce aux méthodes pénalisées de type LASSO, prenant en compte la structure en bloc des données.Mots-clés : Altération du nombre de copies, mutations, cancer du sein, biomarqueurs, méthode de sélection de variables, réduction de dimension, modèle de Cox
Cancer is the most frequent cause of death in the world, with 8.2 million death / year. Large-scale genome studies have shown that each cancer is characterized by a unique genomic profile. This has led to the development of precision medicine, which aims at targeting treatment using tumor genomic alterations that are patient-specific. In hormone-receptor positive/human epidermal growth factor receptor-2 negative early breast cancer, clinicopathologic characteristics are not sufficient to fully explain the risk of distant relapse, despite their well-established prognostic value. The main objective of this thesis project was to use statistical and computational methods to assess to what extent genomic alterations are involved in distant breast cancer relapse in addition to classic prognostic clinicopathologic parameters. This project used clinical and genomic data (i.e., copy numbers and driver gene mutations) from the PACS04 and METABRIC trial.In the first part of my thesis project, I first evaluated prognostic value of copy numbers of predefined genes including FGFR1, Fibroblast Growth Factor Receptor 1; CCND1, Cyclin D1; ZNF217, Zinc Finger Protein 217; ERBB2 or HER2, Human Epidermal Growth Factor, as well as a panel of driver gene mutations. Results from the PACS04 trial showed that FGFR1 amplification increases the risk of distant relapse, whereas mutations of MAP3K1 decrease the risk of relapse. Second, a genomic score based on FGFR1 and MAP3K1, allowed to identify three levels of risk of distant relapse: low risk (patients with a MAP3K1 mutation), moderate risk (patients without FGFR1 copy number aberration and without MAP3K1 mutation) and high risk (patients with FGFR1 amplification and without MAP3K1 mutation). Finally, this genomic score was validated in METABRIC, a publicly available database. In the second part of my thesis project, new prognostic genomic biomarkers of survival were identified using penalized methods of LASSO type, taking into account the block structure of the data.Keywords: Copy number aberrations (CNA), mutations, breast cancer (BC), biomarkers, variable selection methods, dimension reduction, cox regression

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Buffiere, Anne. "Etude de l’importance de la kinase LCK, des radeaux lipidiques et de la sécrétion autocrine de l’interleukine 7 dans les leucémies aiguës lymphoblastiques T, via des modèles de souris humanisées." Thesis, Bourgogne Franche-Comté, 2019. http://www.theses.fr/2019UBFCI001.

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Abstract:

Mon travail de thèse concerne l’étude des leucémies aiguës lymphoblastiques T (LAL-T). Il se décline en deux projets. Le premier, Le Saracatinib affecte les LAL-T humaines en ciblant la kinase LCK dans les cellules riches en radeaux lipidiques, nous a permis d’identifier une nouvelle voie métabolique importante pour la prolifération des cellules leucémiques. Nous avons montré que la kinase LCK est intégrée dans les radeaux lipidiques et impliquée dans la croissance des cellules leucémiques. L’inhibiteur de LCK Saracatinib affecte les cellules de LAL-T in vitro et in vivo en ciblant particulièrement les cellules les plus agressives ayant beaucoup de radeaux lipidiques à leur surface. Ces résultats permettent d’envisager une nouvelle stratégie thérapeutique pour traiter les LAL-T et ont fait l’objet d’une publication parue dans Leukemia en janvier 2018. Le second projet, Les leucémies aiguës lymphoblastiques T produisent l’interleukine 7 de manière autocrine, démontre pour la première fois que pour la plupart des LAL-T, les cellules sont capables de sécréter elles-mêmes la cytokine IL-7. Nous avons complété cette étude par une analyse des mécanismes épigénétiques impliqués dans la régulation de cette sécrétion autocrine. Nos résultats montrent qu’elle est activée par la fixation des facteurs de transcription IRF-1 (Interferon Regulatory Factor 1) et IRF-2 au niveau du promoteur du gène IL 7, lorsque celui-ci est peu méthylé. Grâce à l’inactivation du gène IL-7 dans un de nos modèles de LAL-T, nous avons pu démontrer que la sécrétion autocrine favorise le développement de la leucémie chez la souris xénogreffée en impactant la prise de greffe et le nombre de cellules initiatrices de leucémie. Ainsi, la régulation épigénétique de la sécrétion autocrine d’IL-7 pourrait être impliquée dans les premières étapes de la leucémogenèse des LAL-T
My PhD work concerns T-cells acute lymphoblastic leukemia (T-ALL) and includes two projects. The first one, Saracatinib impairs maintenance of human T-ALL by targeting the LCK tyrosine kinase in cells displaying high level of lipid rafts, allow us to identify a new signaling pathway important for the proliferation of T-ALL cells. We showed that LCK is localized into lipid rafts and is involved in the growth of T-ALL cells. The LCK inhibitor Saracatinib affects T-ALL cells in vitro and in vivo by targeting the most aggressive cells displaying high level of lipid rafts. These results highlight a new therapeutic strategy to treat T-ALL and were published in Leukemia in January 2018. The second project, T cell acute lymphoblastic leukemia produces autocrine interleukin 7, demonstrated for the first time that T-ALL cells are able to produce IL-7 cytokine. We performed an analysis of epigenetic mechanisms involved in the regulation of this autocrine secretion. Our results showed that when the IL-7 gene promoter is low methylated, Interferon Regulatory Factor 1 (IRF-1) and (IRF-2) transcription factors bind IRF-E sequence and upregulate IL-7 gene transcription. Thanks to IL 7 gene inactivation in one of our T ALL models, we demonstrated that autocrine secretion promotes leukemia development on xenografted mice through increasing engraftment cells capacity and leukemia initiating cells number. Thus, epigenetic regulation of IL-7 autocrine secretion may be involved in the leukemogenesis of T-ALL

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Payen, Cyrielle. "Implication des troubles métaboliques maternels sur la programmation fœtale des fonctions métabolique hépatique et vasculaire de la descendance." Thesis, Angers, 2019. http://www.theses.fr/2019ANGE0047.

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Abstract:

L’exposition in utero à des pathologies métaboliques maternelles aboutit à une programmation foetale favorisant la survenue de pathologies métabolique, vasculaire et hépatique pour la descendance. Les travaux exposés dans ce manuscrits intéressent à la programmation foetale induite par deux types de pathologies métaboliques maternelles : l’obésité et le diabète. Nous avons ainsi pu mettre en évidence que l’obésité maternelle induisait une programmation foetale directe de la fonction vasculaire de la descendance et ce indépendamment des anomalies métaboliques. De plus, nous avons montré que la perturbation de l’alimentation périnatale, bien que ne modifiant pas la programmation foetale de la fonction vasculaire, conduit à la survenue précoce d’anomalies métaboliques dans la descendance de mère obèse. A court terme, la chirurgie bariatrique n’est pas suffisante pour contrer la programmation foetale des fonctions métabolique et vasculaire décrites pour la descendance de mère obèse. Nous avons également mis en évidence que la programmation foetale des anomalies vasculaires de la descendance de mère diabétique pouvait être transmise de la génération F1 à la génération F2. Finalement, nous avons mis en avant l’importance du dimorphisme sexuel dans la programmation foetale de la fonction vasculaire. Ces résultats démontrent que les maladies vasculaires (hypertension artérielle) et métabolique (obésité, diabète) ne sont pas des maladies exclusivement comportementales mais sont des maladies pouvant trouver leur origine durant la vie foetale et être transmises sur plusieurs générations, contribuant à expliquer la forte augmentation de la prévalence de ces pathologies regroupées au sein du syndrome métabolique au niveau mondial
In utero exposure to maternal metabolic pathologies leads to fetal programming, which increases the occurrence of metabolic, vascular and hepatic diseases in offspring. In this thesis, we focused on fetal programming induced by two types of maternal metabolic dysfunctions : obesity and diabetes. We highlighted that maternal obesity induced direct fetal programming of the vascular function in offspring regardless of metabolic disorders. In addition, we showed that disruption of perinatal nutrition leads to the early occurrence of metabolic disorders in offspring of obese mothers, without modifying the fetal programming of vascular function. Bariatric surgery doesn’t seem tobe able to reverse fetal programming of metabolic and vascular functions as described in obese mothers offspring. We also showed that fetal programming of vascular dysfunction of diabetic mother’s offspring can be transmitted from the F1 to the F2 generation. Finally, we highlighted the importance of sexual dimorphism in the fetal programming of vascular function. These results demonstrate that vascular (arterial hypertension) and metabolic (obesity, diabetes) diseases are not exclusively behavioral diseases but can also have a fetal life origin. They can be transmitted over several generations, thus contributing to explain the worldwide spread of obesity and associated metabolic disorders

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Delacôte, Claire. "Vers une meilleure compréhension de la maladie du foie liée à l'alcool et des facteurs influençant sa progression : approche de modélisation." Thesis, Lille 2, 2020. http://www.theses.fr/2020LIL2S029.

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Abstract:

En France, la consommation excessive d’alcool est la première cause de cirrhose et de carcinome hépatocellulaire (CHC), devant les hépatites virales et le syndrome métabolique. En 2016, on recense près de 10 500 décès par cirrhose ou CHC, et ce malgré une diminution significative de la consommation per capita d’alcool depuis 1960 (26L en 1960, 11,7L en 2017).Les personnes consommant de l’alcool ont un risque de développer une maladie du foie liée à l’alcool (MFLA). Elle évolue du stade initial de stéatose vers des stades plus avancés de fibrose et de cirrhose, pouvant se compliquer d’une décompensation ou d’un CHC. Avant l’apparition des complications, la MFLA est une pathologie asymptomatique et nombre de patients sont diagnostiqués tardivement, ce qui a des conséquences sur leur pronostic vital.Mettre en place des actions précoces auprès des consommateurs excessifs d’alcool pourrait permettre de réduire la morbi-mortalité hépatique par l’évitement ou le diagnostic plus précoce des complications. L’évaluation du bénéfice éventuel de telles actions de santé publique nécessite d’une part de connaitre les différentes étapes conduisant au développement des complications et d’autre part l’impact des facteurs de risque sur la progression ; ce afin de pouvoir déterminer les populations à cibler. Parmi les facteurs de risque identifiés, le syndrome métabolique joue un rôle important. Ainsi pour comprendre les mécanismes d’évolution de la MFLA, il est nécessaire d’étudier en parallèle ceux conduisant à la stéatopathie métabolique.L’histoire naturelle de la MFLA est encore mal décrite, notamment pour les stades précédant la cirrhose. La modélisation mathématique offre un cadre conceptuel qui permet de remédier aux problèmes éthiques que poserait une étude de terrain sur l’évolution de la MFLA.Ce travail a pour objectif principal de reconstruire mathématiquement l’histoire naturelle de la MFLA et de prédire la morbi-mortalité associée. Les objectifs secondaires sont d’estimer l’incidence de cette pathologie et d’identifier la population à risque. Pour cela, nous avons développé un modèle de Markov qui simule la trajectoire de cohortes d’individus à partir du moment où ils débutent une consommation d’alcool à risque jusqu’à leur décès. Il intègre les principaux facteurs de risque décrits comme associés à la progression de la MFLA dans la littérature (sexe, âge, surpoids et obésité, quantité d’alcool, polymorphisme génétique). Les paramètres inconnus de progression sont estimés par une méthode de rétrocalcul.Trois étapes ont été nécessaires pour alimenter et calibrer ce modèle : 1) caractériser la mortalité par cirrhose décompensée et par CHC liée à la consommation d’alcool ou au syndrome métabolique à partir des données fournies par Programme de Médicalisation des Systèmes d’Information ; 2) mettre en place un modèle de Markov sur des données d’hospitalisation de consommateurs excessifs pour estimer la progression de la fibrose; 3) mettre en place un modèle de Markov sur des données d’enquêtes réalisées en population générale française pour estimer le processus d’entrée dans une consommation à risque d’alcool ou de l’apparition du surpoids et de l’obésité.En conclusion, ce travail est le premier à caractériser la progression de la MFLA en population générale française. Il s’appuie sur des données épidémiologiques robustes auxquelles un éclairage nouveau est apporté. Les outils développés pourraient servir à tester l’impact de politiques de santé publique qui pourraient être mises en oeuvre auprès des populations les plus susceptibles de développer des lésions hépatiques
In France, excessive alcohol consumption is the leading cause of cirrhosis and hepatocellular carcinoma (HCC), ahead of viral hepatitis and metabolic syndrome. In 2016, there were nearly 10,500 deaths by cirrhosis or HCC, despite a significant decrease in per capita alcohol consumption since 1960 (26L in 1960, 11.7L in 2017).Alcohol drinkers are at risk of developing alcohol-related liver disease (ALD). It progresses from the initial stage of steatosis to more advanced stages of fibrosis and cirrhosis, which may lead to complications: decompensation and HCC. ALD is an asymptomatic disease prior to the onset of complications, and many patients are diagnosed late with life-threatening consequences.Implementing early actions targeting excessive alcohol drinkers could help to reduce liver morbidity and mortality through the avoidance or earlier diagnosis of complications. The evaluation of the possible benefit of such public health actions requires, on the one hand, knowledge of the different stages leading to the development of complications and, on the other hand, knowledge of the impact of risk factors on progression, in order to be able to determine the populations to target. Among the risk factors identified, the metabolic syndrome plays an important role. Thus, in order to understand the mechanisms of evolution of ALD, it is necessary to study in parallel those leading to non-alcoholic fatty liver disease (NAFLD).The natural history of ALD is still poorly described, especially for the stages preceding cirrhosis. Mathematical modeling provides a conceptual framework to overcome the ethical issues that would arise from a cohort study of the evolution of ALD.The main objective of this work is to mathematically reconstruct the natural history of ALD and to predict the associated morbidity and mortality. The secondary objectives are to estimate the incidence of this pathology and to identify the at-risk population. For this purpose, we developed a Markov model that simulates the trajectory of cohorts of individuals from the moment they start at-risk alcohol consumption until their death. It integrates the main risk factors described as associated with the progression of ALD in the literature (sex, age, overweight and obesity, amount of alcohol, genetic polymorphism). Unknown parameters of progression are estimated by a back-calculation method.Three steps were necessary to supply and calibrate this model : 1) characterize mortality by decompensated cirrhosis and HCC related to alcohol consumption or metabolic syndrome from data provided by the French National Hospital Discharge database; 2) set up a Markov model on hospitalization data of excessive consumers to estimate the progression of fibrosis; 3) implement a Markov model on survey data from the general French population to estimate the process of entry into at-risk alcohol consumption or the onset of overweight and obesity.In conclusion, this work is the first to characterize the progression of ALD in the general French population. It is based on robust epidemiological data to which new insights are provided. The developed tools could be used to test the impact of public health policies that could be implemented in populations most likely to develop liver damage

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Ngabirano, Laure. "Matrices Emplois-Expositions : Exemples de création, validation et application." Thesis, université Paris-Saclay, 2020. http://www.theses.fr/2020UPASS072.

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Abstract:

En épidémiologie des risques professionnels, l’évaluation de l’exposition est communément basée sur les réponses à un questionnaire, notamment pour explorer l’exposition à des facteurs, comme les facteurs psychosociaux et les facteurs biomécaniques en milieu professionnel. Ce mode d’évaluation peut être entaché de biais : biais de classement (notamment de mémorisation), biais sur les estimations des associations observées avec des variables de santé (notamment lorsque l’exposition est recueillie en même temps que la maladie). Les matrices emplois-expositions (MEE) sont une méthode alternative d’évaluation de l’exposition dont il est intéressant de mieux connaître la pertinence.Ce projet de thèse avait trois objectifs : 1) construire et valider une MEE ‘STRESSJEM’ pour l’évaluation d’un large panel des facteurs psychosociaux au travail à partir des données des enquêtes nationales SUMER (vagues de 2003 et de 2010). La méthode de segmentation ‘Classification And Regression Trees’ (CART) a été utilisée ; 2) étudier la validité de scores d'expositions biomécaniques basés sur une MEE 'JEM Constances' comparé à l'évaluation auto-rapportée dans la cohorte CONSTANCES ; 3) appliquer la JEM Constances pour réaliser des analyses étiologiques sur le lien entre exposition aux facteurs biomécaniques durant la vie professionnelle et limitations à monter des escaliers à partir de la cohorte CONSTANCES.Les résultats de la première partie de la thèse ont permis de conclure que la MEE ‘STRESSJEM’ pourrait constituer une méthode complémentaire pour l’évaluation de la latitude décisionnelle et le travail posté, voire des autres dimensions du questionnaire de Karasek, à l’exclusion de la demande psychologique. Dans le second objectif, nous avons conclu à une bonne validité d’un score d’exposition cumulé basé sur la MEE ‘JEM Constances’ pour évaluer l‘exposition au port des charges lourdes comparé à l’utilisation des données auto-rapportées. La validité était plutôt modérée pour évaluer le travail répétitif et le travail physiquement intense. L’analyse étiologique a montré que l’exposition au port des charges lourdes ou à un travail à genou au cours d’une vie professionnelle était associée aux limitations à monter des escaliers, notamment pour les sujets les moins qualifiésLes résultats de ce travail contribuent à préciser les avantages et les limites d’une utilisation des MEE et ouvre des perspectives de recherches et d’applications
In epidemiology of occupational risks, exposure assessment is commonly based on answers to a questionnaire, in particular to explore exposure to factors such as psychosocial and biomechanical work factors. This method of measure can suffer from bias: classification bias (including memory bias), bias in estimated associations with health variables (especially when exposure and disease are collected simultaneously). Job-exposure matrix (JEM) could be an alternative and a relevant exposure assessment method.Three main objectives for this thesis project were: 1) to create and validate a JEM ‘STRESSJEM’ using the data from the national SUMER surveys (waves of 2003 and 2010) for the assessment of a large panel of psychosocial work factors. The Classification And Regression Trees (CART) segmentation method was used; 2) to study the validity of biomechanical exposure scores based on the JEM ‘JEM Constances’ compared to self-reported assessment in the CONSTANCES cohort; 3) to apply the JEM Constances to perform etiological analyzes on the relationship between exposure to biomechanical factors during lifetime work and limitations in climbing stairs from the CONSTANCES cohort.The results of the first part of the thesis allowed to conclude that the JEM ‘STRESSJEM’ could constitute a complementary method for the evaluation of decisional latitude and shift work, or even other dimensions of the Karasek questionnaire, excluding psychological demand. In the second objective, we concluded that a cumulative exposure score based on the JEM Constances was adequate for assessing exposure to carrying heavy loads compared to self-reported data. The validity was rather moderate repetitive work and physically intense work. Etiological analysis has shown that cumulative work exposure to carrying heavy loads or kneeling across working life was associated with functional limitations in climbing stairs, especially among the less educated.The results presented in this thesis contribute to a better knowledge about what can be expected from JEMs, concerning both possibilities and limitations of this kind of approach, with research perspectives and applications

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Mejlachowicz, Dan. "Développement de modèles in vitro et in vivo pour analyser la réponse aux radiations ionisantes du tissu thyroïdien normal humain." Thesis, université Paris-Saclay, 2020. http://www.theses.fr/2020UPASL057.

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Le seul facteur étiologique démontré pour le cancer de la thyroïde est une exposition aux radiations ionisantes (RI) durant l’enfance. Les études épidémiologiques mesurent un risque significatif de développer un cancer suite à l’exposition pour une dose reçue à la thyroïde d’au minimum 50 mGy, le risque étant proportionnel à la dose. Ce risque est observé après une exposition externe à fortes doses/débits de dose (radiothérapie) et après une contamination à de plus faibles doses de radioisotopes de l’iode. Si des cancers radio-induits (R) se développent à des doses <50mGy, l’excès de cancers ne peut pas être mesuré par l’épidémiologie conventionnelle, d’autant plus que l’incidence des cancers spontanés de la thyroïde (S) augmente. En conséquence, il n’est pas possible de répondre aux interrogations sociétales sur les risques pour la santé d’exposition aux faibles doses délivrées lors d’examens d’imagerie médicale dans la région « tête et cou » chez l’enfant, ou reçues suite aux retombées des accidents de Tchernobyl et Fukushima, et aux essais nucléaires atmosphériques en Polynésie française.Pour répondre à ces interrogations, une meilleure connaissance de l’effet des RI en fonction de la dose et du débit de dose sur la thyroïde humaine est nécessaire. La carcinogenèse thyroïdienne présente des spécificités d’espèces : chez la souris, l’incidence de cancers de la thyroïde S et R est faible, et les quelques tumeurs R qui se développent sont principalement des cancers folliculaires alors qu’ils sont majoritairement papillaires chez l’Homme (S et R).Pour analyser la réponse aux RI du tissu thyroïdien humain normal, nous avons développé plusieurs approches à partir de biopsies de tissu normal provenant de patients ayant subi une thyroïdectomie : des cultures primaires de thyrocytes, des modèles 3D in vitro (thyrosphères, cultures organotypiques) et des xénogreffes chez la souris.Pour les modèles 3D, le maintien de la polarité, de la différenciation cellulaire, de la complexité tissulaire et de l’activité physiologique des cultures ont été contrôlés. Nous avons obtenu des thyrosphères (6 donneurs) organisées en follicules délimitant un lumen composé de thyroglobuline. Nous avons développé des cultures organotypiques en matrigel selon le protocole publié par Toda et al. (thyroïde de porc, 2002) (7 donneurs), et montré un choc hypoxique dans les tissus. Une oxygénation optimale du tissu a été obtenue par une culture en interface air-liquide (ALI) (3 donneurs). En culture ALI, les biopsies sécrétent l’hormone thyroïdienne T4 en réponse à la TSH (1 donneur, 1 semaine). Ce protocole a permis un maintien du tissu sur 4 semaines. Les xénogreffes devraient permettre une analyse à des temps plus tardifs, et ont déjà permis le maintien du tissu sur 5 semaines sur des souris SCID/beige (3 donneurs).En parallèle, nous avons comparé la prolifération, la survie et la cinétique d’induction/réparation des cassures après exposition aux RI de cultures primaires de thyrocytes de patients exposés (radiothérapie) pendant l’enfance (2 donneurs) ou non exposés (3 donneurs). Nous observons de façon reproductible que les thyrocytes exposés sont plus radiorésistants que les thyrocytes non exposés. Ces résultats suggèrent fortement l’existence d’une empreinte à long terme d’exposition aux RI dans le tissu normal, en accord avec l’identification de signatures moléculaires discriminant le tissu normal exposé et non exposé par C Ory et N Ugolin au LCE. Comme suggéré par l’équipe de C Dupuy, cette empreinte pourrait être due à la mise en place d’un stress oxydatif chronique dans la thyroïde suite à l’exposition aux RI.Les modèles développés pendant cette thèse seront essentiels pour comprendre les effets et les risques des RI à faibles et fortes doses, associées ou non aux perturbateurs endocriniens, sur la thyroïde humaine, ainsi que les premières étapes de la carcinogenèse et l’origine de cette empreinte d’exposition persistante sur le long terme
The only demonstrated etiologic factor for thyroid cancer is an exposure to ionizing radiation (IR) during childhood. Epidemiological studies can measure a significant risk to develop a cancer following thyroid doses above 50 mGy. This risk is observed after external exposure to high doses/dose rates (radiotherapy) and after contamination of iodine radioisotopes at lower doses.As the risk decreases with the dose, if radiation-induced cancers (R) develop after thyroid doses <50mGy, an excess of cancers cannot be measured by conventional epidemiology, especially because the incidence of sporadic cancers (S) increases. Consequently, it is not possible to answer the societal debates concerning the risk associated to low doses exposure, such as the risk for patients during medical diagnosis by imagery technics in the "head and neck" area especially for children, following Chernobyl and Fukushima accidents fallout, and following contamination after the atmospheric nuclear tests in French Polynesia.To answer the questionnning about the risk of low doses IR on human thyroid, a better knowledge of the exposure according to doses and dose rates is necessary,. Thyroid carcinogenesis presents specificities among species. Indeed, in mice, S or R thyroid cancers incidence is low, and the few R tumors developping are mainly follicular cancers whereas there are mainly papillary cancers in humans (S and R).In order to analyze the normal human thyroid tissue response to IR, we have developed several approaches using biopsies of non-pathological tissues from patients who have undergone thyroidectomy: primary thyrocyte cultures, in vitro 3D models (thyrospheres and organotypic cultures) and xenografts in mice.For 3D models, maintenance of polarity, cell differentiation, tissue complexity and physiological activity of the cultures were controlled. We obtained thyrospheres (6 donors) organized in follicles delimiting a lumen composed of thyroglobulin. We used the matrigel-based protocol described by Toda et al. (2002) for organotypic cultures of porcin tissue, and showed an hypoxic stress in the human tissue (7 donors). An optimal oxygenation of the tissue was obtained by air-liquid interface culture (3 donors). In ALI organotypic cultures, a secretion of free thyoid hormone T4 was observed (1 donor, at 1 week), and this protocol allowed the tissue maintenance over 4 weeks. Mouse xenografts permitted human tissue maintenance over a period of at least one year, we already succeed in maintaining the thyroid tissue over 5 weeks in SCID/beige mice (3 donors).In parallel, we compared the proliferation, the survival and the kinetics of DNA strand breaks induction/repair after exposure of thyrocytes from patients exposed (radiotherapy) during childhood (2 donors) or unexposed (3 donors), in primary cultures. We reproducibly observed that exposed thyrocytes are more radioresistant than unexposed thyrocytes. These results strongly suggest the existence of a long-term phenotypic signature of exposure to IR in normal thyroid tissue, consistent with the identification of molecular signatures discriminating exposed and unexposed normal thyroid tissue by C Ory and N Ugolin in the laboratory. As suggested by C Dupuy's team, this imprinting could be due to the development of a chronic oxidative stress following IR exposure in the thyroid.The models developed during this thesis will be essential to understand low and high doses IR effects and risks on the human thyroid. They will also be usefull to asses the effects of endocrine disruptors (ED) on human thyroid, alone or in cocktail and estimate if this ED exposure may modify the radiosensitivity of the thyroid. These models will be used to analyse the first steps on radiation-induced thyroid carcinogenesis as well as the origin of this persistent long-term exposure imprinting

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Eller, Carla. "Un criblage gain-de-fonction identifie CDKN2C comme facteur d'hôte impliqué dans le cycle viral du virus de l'hépatite B." Thesis, Strasbourg, 2019. http://www.theses.fr/2019STRAJ103.

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L’hépatite B est causée par le virus de l’hépatite B (VHB) qui est une cause majeure du carcinome hépatocellulaire, deuxième cancer le plus meurtrier au monde. Le VHB infecte des hépatocytes humains, et, dû à la petite taille de son génome, dépend de nombreux facteurs de l’hôte, qui contribuent au tropisme d’espèce et à sa spécificité tissulaire. Cependant, au niveau moléculaire les interactions virus-hôtes nécessaires au cycle viral restent mal connues, à cause de l’absence de modèles cellulaires robustes pour l’étude de l’infection par le VHB. Un criblage innovant de génomique fonctionnel a révélé le rôle de CDKN2C comme facteur d’hôte proviral promouvant la réplication du VHB lors d’une étape du cycle viral postérieure à la formation de l’ADN super-enroulé, ceci, par sa fonction de régulateur du cycle cellulaire. Les travaux réalisés offrent une meilleure compréhension des interactions virus-hôte et des limites des systèmes de culture cellulaire actuellement disponibles, et contribuera au développement de systèmes modèles infectieux plus performantes et à l’élaboration de stratégies thérapeutiques novatrices pour lutter contre l’hépatite B chronique
Hepatitis B is caused by the hepatitis B virus (HBV) and is a major cause of progressive liver disease including cirrhosis and hepatocellular carcinoma (HCC), the second leading cause of cancer death worldwide. HBV infects human hepatocytes, and, because of the tiny size of its genome, depends on multiple host functions, contributing to species and tissue tropism. However, fundamental virus-host interactions remain obscure, owing to the lack of robust infectious models for HBV research. An innovative functional genomics screen revealed the role of CDKN2C as proviral host factor promoting HBV replication in a step of the life cycle after the formation of covalently closed circular (ccc) DNA via its function as cell cycle regulator. This provides a better understanding of virus-host interactions and limitations of currently available cell culture systems, and will contribute to the development of physiological infectious model systems and novel therapeutic strategies for viral cure

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Alameddine, Asmaa. "Dysfonction vasculaire et conditions environnementales dans des modèles expérimentaux chez l’homme et l’animal." Thesis, Angers, 2015. http://www.theses.fr/2015ANGE0037/document.

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La gravité est un facteur environnemental majeur. C’est cette force qui a façonné la vie et le fonctionnement de notre organisme est intimement lié à la gravité. Pour rester en bonne santé, nous devons bénéficier de l’influence quotidienne de la gravité et d’un apport alimentaire adapté à notre activité physique. L’objectif de ce travail de thèse est d’étudier le remodelage vasculaire et la dysfonction endothéliale dans des modèles de sédentarité et de troubles métaboliques ainsi que d’explorer des moyens de contre mesures. Un alitement de 60 jours chez des sujets sains masculins induit un remodelage de la macrocirculation au niveau de l’artère fémorale ainsi qu’une dysfonction endothéliale au niveau de la microcirculation. La prise quotidienne d’extraits végétaux complexes issus de la médecine traditionnelle chinoise (Taikong Yangxin) a permis de prévenir l’atteinte endothéliale.Dans un modèle de rat diabétique avec atteinte vasculaire (rats GK),nous avons testé le salidroside, important composé issus du Taikong Yangxin. Bien qu’il n’ait pas d’effets sur le diabète, cecomposé a montré un effet bénéfique sur la vasodilatation endothéliale -dépendante et -indépendante. Dans une dernière partie nous avons étudié chez la souris l’implication du récepteur de type 2 à l’angiotensine et des récepteurs aux estrogènes dans les dysfonctions cardiovasculaires induite par une alimentation hypercalorique. L’inactivité physique induit un remodelage morphologique et fonctionnel au niveau de l’arbre vasculaire ce qui en fait un facteur de risque majeur et indépendant des maladies cardio-vasculaires. Des extraits végétaux simples ou complexes ont des effets bénéfiques sur les fonctions endothéliales. Le récepteur de type 2 à l’angiotensine et ses interactions possibles avec le récepteur aux oestrogènes pourrait être une cible pharmacologique comme contre mesure des atteintes vasculaires liées à l’environnement
Gravity is a major environmental factor. This force that shaped the life and the functioning of our body is closely related to gravity. To remain healthy, we should benefit from the daily influence of gravity and a food intake adapted to our physical activity. The objective of this thesis is to study vascular remodeling and endothelial dysfunction in sedentary models and metabolic disorders and to explore ways of countermeasures. 60 days of head down bed rest in healthy male induce a macrocirculation remodeling at the femoral artery and an endothelial dysfunction at the microcirculation level. Daily intake of complex plant extracts from traditional Chinese medicine (Taikong Yangxin) helped to prevent endothelial dysfunction. In a diabetic rat model with vascular dysfunction (GK rats), we tested the salidroside, an important compound from the Taikong Yangxin. Although it has no effect on diabetes, this compound showed a beneficial effect on endothelial -dependent and -independent vasodilation. In the last part of our work, we studied the involvement of type 2 angiotensin receptor and estrogen receptor in cardiovascular dysfunction induced by a high calorie diet in mice. Physical inactivity induces morphological and functional remodeling in the vascular tree, making it a major risk factor independent of cardiovascular diseases. Simple or complex plant extracts have beneficial effects on endothelial function. Angiotensin type 2 receptor and its interaction with the estrogen receptor could be a pharmacological target as a countermeasure against vascular damage related to the environment

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Champon, Isabelle. "Compréhension et modélisation des mécanismes de désactivation d’un catalyseur de méthanation de CO2 au sein d’un réacteur-échangeur milli-structuré à lit fixe." Thesis, Strasbourg, 2019. http://www.theses.fr/2019STRAF045.

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Le Power-to-SNG est un procédé permettant de stocker le surplus d’énergie électrique renouvelable sous forme de SNG (Substitute Natural Gas) via la réaction de méthanation de CO2, catalysée par un catalyseur solide. Dans le but d’une injection directe du SNG dans le réseau de gaz, il est nécessaire d’obtenir des taux de conversion élevés. Néanmoins, au cours du temps, le catalyseur se désactive et il est alors possible que le gaz produit ne respecte plus les spécifications d’injection dans le réseau de gaz. Dans ces travaux, une méthodologie est mise en place pour comprendre les principaux mécanismes de désactivation d’un catalyseur commercial (Ni/Al2O3) intervenant au sein d’un réacteur-échangeur milli-structuré à lit fixe afin de les modéliser. Elle consiste à aborder la désactivation du catalyseur sous un angle expérimental à différentes échelles. Un modèle cinétique ainsi que des lois de désactivation sont identifiés et sont par la suite implémentés dans un modèle de représentation du réacteur déjà existant. Finalement, les résultats de simulation sont confrontés aux résultats de désactivation expérimentaux obtenus à l’échelle du réacteur milli-structuré
Power-to-SNG aims at storing the renewable electric surplus as SNG (Substitute Natural Gas) via the CO2 methanation reaction with a solid catalyst. For the purpose of the SNG direct injection into the gas network, high conversion rates are needed. Nevertheless, over time, the catalyst deactivates and the SNG may no longer meet the gas network injection specifications. In this work, a methodology is developed to understand the main deactivation mechanisms of a commercial catalyst (Ni/Al2O3) in a milli-structured fixed-bed reactor-heat exchanger in order to model them. Deactivation is dealt with at different experimental scales. A kinetic model and deactivation laws are identified and subsequently implemented in an already existing multi-scale reactor model. Finally, the simulation results are compared with experimental deactivation results obtained at the scale of the milli-structured reactor

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Chauviere, Laëtitia. "Déficits cognitifs et altération de l'activité de réseau au cours de l'épileptogenèse dans un modèle expérimental d'épilepsie du lobe temporal." Thesis, Aix-Marseille 2, 2010. http://www.theses.fr/2010AIX20662/document.

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Abstract:

L’épilepsie du lobe temporal (ELT) est la forme d’épilepsie partielle la plus fréquente chez l’adulte. Elle se caractérise par une période de latence pendant laquelle l’ELT se met en place. Cette période est appelée épileptogenèse. L’épileptogenèse reste une période inaccessible chez l’Homme. Cependant, les modèles animaux présentent l’avantage de pouvoir l’étudier, dans le but de prévenir l’ELT. Ainsi, mon travail de thèse a consisté à mettre en évidence des marqueurs prédictifs de l’épileptogenèse, sur le plan cognitif et électrophysiologique in vivo, à partir du modèle pilocarpine. Les résultats ont montré que dès le stade précoce de l’épileptogenèse, des déficits de mémoire spatiale corrélaient avec une diminution de la puissance des oscillations thêta chez les animaux pilocarpine, sans modification jusqu’au stade chronique. Au même stade, une diminution de la puissance et de la fréquence des oscillations thêta lors du comportement d’exploration a été observée. L’activité interictale, activité paroxystique présente chez les patients entre leurs crises et caractéristique du stade épileptogène dans les modèles animaux, ne corrèle pas directement avec les déficits cognitifs mais diminue la puissance des oscillations thêta dans l’onde après la pointe au cours de l’épileptogenèse mais plus au stade chronique, ce qui suggère une importante modification du réseau avant le stade chronique. On a également décrit deux types d’activité interictale dont les propriétés (amplitude, nombre) et la dynamique au cours du temps sont modifiées juste avant la première crise spontanée, ce qui pourrait constituer, comme les déficits spatiaux et l’altération du rythme thêta, un marqueur prédictif de l’épileptogenèse. De plus, une augmentation du couplage entre l’hippocampe et le CE est observée au cours de l’épileptogenèse mais plus au stade chronique, alors qu’une modification du flux de l’information entre ces deux structures au stade épileptogène précoce persiste jusqu’au stade chronique, indépendamment de la présence ou non d’activité interictale. Ces résultats mettent en évidence la construction d’un réseau épileptogène, un changement majeur du réseau avant la première crise spontanée, et des marqueurs qui pourraient être prédictifs de l’épileptogenèse. L’ELT, les oscillations et les fonctions cognitives faisant intervenir des propriétés de réseau, tels les processus de synchronisation, l’enregistrement de 15 structures au sein du lobe temporal a montré, à partir du modèle pilocarpine, un réseau doté de caractéristiques plus « small-world » (SW) qui tendrait à se synchroniser plus localement, avec une perte des connexions longue distance. Ces résultats pourraient expliquer les altérations de réseau observées précédemment au cours de l’épileptogenèse. L’analyse SW et de cohérence, à l’échelle de ce réseau de structures, lors de différents états (comportementaux, processus cognitifs), mettent en évidence des changements de la dynamique lors de ces états, en conditions normales et pathologiques. Toutes ces modifications de réseau doivent être sûrement recrutées dans la mise en place d’un cerveau épileptique et des altérations cognitives associées
Temporal lobe epilepsy (TLE) is the most common form of partial epilepsy in adults. TLE is characterized by a latent period during which TLE takes place. This period is called epileptogenesis. In TLE patients, epileptogenesis is unexplored. However, the use of animal models, like pilocarpine model, allows the study of epileptogenic processes, in order to try to prevent TLE. Thus, my PhD work tries to yield some predictive markers of epileptogenesis, in the pilocarpine model. We studied cognitive and electrophysiological in vivo alterations in this model. We showed that there are early and persistent spatial deficits that correlate with a decrease of the power of theta oscillations, i.e. during the early stage of epileptogenesis and the chronic stage. At the same time, there is also a decrease of power and frequency of theta rhythm during exploratory behaviors. Interictal-like activity (ILA) is a pathological activity present during epileptogenesis in experimental models. ILA does not correlate with cognitive deficits, but decreases theta power after the spike, i.e. in its wave, during epileptogenesis but not during the chronic stage anymore. This suggests an important network alteration before the chronic stage. Indeed, we described two types of ILA, whose properties (number, amplitude) and dynamics evolved during epileptogenesis with a major switch just before the first spontaneous seizure. All together, these results may constitute, with spatial deficits and theta rhythm alterations, predictive markers of epileptogenesis. Moreover, we showed an increase in the coupling, ILA-dependent, between the hippocampus and the entorhinal cortex, during epileptogenesis but not during the chronic stage, whereas a reversal of the information flow between these two structures occurs at the early stage of epileptogenesis and persists without any modification till the chronic stage. These results suggest the build-up of an epileptogenic network, a major switch of network properties just before the first spontaneous seizure, and some markers that could be predictive of epileptogenesis. TLE, oscillations and cognition involved processes at the network level, in particular synchronization processes. These processes could be possible via oscillations, which allow information transfer between structures of the network, in order to provide behavioral and cognitive processing. Recordings performed in 15 different structures of the temporal lobe showed, in pilocarpine animals, a network with more “small-world” (SW) features, with a higher local clustering and a loss of long-range connections. These results could explain cognitive and oscillatory alterations observed previously during epileptogenesis. SW and coherence analysis, at the network level, between signals during different brain-states (behaviors and cognitive processes) showed changes in dynamics occurring during these states, in normal and epileptogenic conditions. All these modifications in network activities may be involved in the construction of an epileptic brain and in associated cognitive deficits

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Fahs, Amin. "Modeling of naturel convection in porous media : development of semi-analytical and spectral numerical solutions of heat transfer problem in special domains." Thesis, Strasbourg, 2021. https://publication-theses.unistra.fr/restreint/theses_doctorat/2021/Fahs_Amin_2021_ED269.pdf.

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Le problème de la cavité poreuse carrée est largement utilisé comme cas de référence courant pour les problèmes de Convection Naturelle (CN) en milieux poreux. Il peut être utilisé pour plusieurs applications numériques, théoriques et pratiques. Par ailleurs, toutes les solutions de haute précision existantes dans la littérature scientifique sont développées dans des conditions de régime permanent. Cependant, il est bien connu que les processus de CN dans les milieux poreux se produisent naturellement dans un régime dépendant du temps, car les conditions aux limites peuvent être variables dans le temps. Pour surmonter cette difficulté, la solution en régime permanent est souvent simulée comme une solution transitoire qui évolue jusqu'à atteindre l'état d'équilibre. Ces régimes dépendant du temps sont très efficaces pour détecter les effets des variations de paramètres sur le processus physique de CN, en particulier pour les sujets d'intérêt de cette thèse: la variation du niveau d'inclinaison du domaine et la prise en compte des variations de température de la paroi chaude dans le temps. À cet effet, trois objectifs sont identifiés dans cette thèse: 1. Développer une solution de convection naturelle en fonction du temps dans des milieux poreux en utilisant le Modèle Darcy en deux modes: transitoire et instable. 2. Étudier le comportement en fonction du temps de la convection naturelle dans des milieux poreux ayant le niveau d'inclinaison du domaine comme paramètre variable dans deux modes: transitoire et instable. 3. Développer une solution de convection naturelle en fonction du temps dans des milieux poreux en utilisant le Modèle Darcy-Lapwood-Brinkman en deux modes: transitoire et instable. Pour ce faire, du fait de la grande précision dans les domaines simplement connectés, une méthode spectrale de résidus pondérés de type Galerkin est choisie pour développer une solution au problème de CN dans une cavité carrée poreuse. L’application de la procédure de Fourier-Galerkin (FG), deux configurations traitant des régimes instables sont considérées où chaque solution est dérivée pour une large gamme des nombres de Rayleigh (Ra) avec d'autres conditions spéciales. Ce travail de thèse est subdivisé en cinq chapitres. Dans le premier chapitre, nous avons présenté un aperçu physique du processus de convection naturelle en milieux poreux. Dans le deuxième chapitre, le développement mathématique des équations, la méthode de résolution et la procédure de résolution sont décrits en détails. Dans le chapitre trois, la première étude de cas de cette thèse, la solution dépendante du temps de la convection naturelle dans une cavité carrée remplie de milieux poreux saturé utilisant le modèle de Darcy est développé. Dans le chapitre quatre, le problème de variation temporelle de Darcy-Lapwood- Brinkman de CN dans une enceinte poreuse saturée carrée est étudié. Dans le chapitre cinq, les solutions dépendant du temps sont développées pour le problème de convection naturelle utilisant la loi de Darcy dans une cavité poreuse inclinée et considéré comme une étude complète sur les effets de l'inclinaison du domaine sur le processus physique du problème de convection libre. Pour tous les cas, les régimes transitoires et instables sont considérés
The problem of the porous square cavity is extensively used as a common benchmark case for Natural convection (NC) problem in porous media. It can be used for several numerical, theoretical, and practical purposes. All the existing high accurate solutions are developed under steady-state conditions. However, it is well known that the processes of NC in porous media occurs naturally in a time-dependent procedure, as boundary conditions can be variable in time. Also, the convergence of the steady-state solution is known to be difficult. To overcome this difficulty, the steady-state solution is often simulated as a transient solution that evolves until reaching the steady-state condition. These time-dependent modes are very efficient to detect the effects of the parameter variations on the physical process of NC, especially for the subject of interest in this thesis: the domain inclination level and hot wall temperature variation in time. For this purpose, three goals are identified in this Thesis: 1. Developing a time-dependent solution of natural convection in porous media using the Darcy model in two modes: Transient and unsteady. 2. Investigating the time-dependent behavior of natural convection in porous media having the domain inclination level as a variable parameter in two modes: Transient and unsteady. 3. Developing a time-dependent solution of natural convection in porous media using the Darcy-Lapwood-Brinkman model in two modes: Transient and unsteady. To do so, according to the high accuracy in the simply connected domains, one of the Galerkin spectral weighted residual method is chosen to develop a space-time dependent solution for NC problem in a square porous cavity. Applying the Fourier-Galerkin (FG) procedure, two configurations dealing with transient and unsteady regimes are considered where each solution is derived for a wide range of Rayleigh numbers with other special conditions. This work of thesis is explained in details as five chapters.The NC physical process with the time-dependent variations is described in the transient mode to reach the steady-state solution and for the unsteady mode during a one period using periodic sinusoidal boundary conditions on the cavity hot wall. Finally, the work of this thesis is described in details in five chapters; while the sixth and last chapter is devoted to the summary and conclusion.The results in this thesis work provide a set of high-accurate data that are published in three papers to be used for testing numerical codes of heat transfer in time-dependent configurations

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Moreno, Betancur Margarita. "Regression modeling with missing outcomes : competing risks and longitudinal data." Thesis, Paris 11, 2013. http://www.theses.fr/2013PA11T076/document.

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Les données manquantes sont fréquentes dans les études médicales. Dans les modèles de régression, les réponses manquantes limitent notre capacité à faire des inférences sur les effets des covariables décrivant la distribution de la totalité des réponses prévues sur laquelle porte l'intérêt médical. Outre la perte de précision, toute inférence statistique requière qu'une hypothèse sur le mécanisme de manquement soit vérifiée. Rubin (1976, Biometrika, 63:581-592) a appelé le mécanisme de manquement MAR (pour les sigles en anglais de « manquant au hasard ») si la probabilité qu'une réponse soit manquante ne dépend pas des réponses manquantes conditionnellement aux données observées, et MNAR (pour les sigles en anglais de « manquant non au hasard ») autrement. Cette distinction a des implications importantes pour la modélisation, mais en général il n'est pas possible de déterminer si le mécanisme de manquement est MAR ou MNAR à partir des données disponibles. Par conséquent, il est indispensable d'effectuer des analyses de sensibilité pour évaluer la robustesse des inférences aux hypothèses de manquement.Pour les données multivariées incomplètes, c'est-à-dire, lorsque l'intérêt porte sur un vecteur de réponses dont certaines composantes peuvent être manquantes, plusieurs méthodes de modélisation sous l'hypothèse MAR et, dans une moindre mesure, sous l'hypothèse MNAR ont été proposées. En revanche, le développement de méthodes pour effectuer des analyses de sensibilité est un domaine actif de recherche. Le premier objectif de cette thèse était de développer une méthode d'analyse de sensibilité pour les données longitudinales continues avec des sorties d'étude, c'est-à-dire, pour les réponses continues, ordonnées dans le temps, qui sont complètement observées pour chaque individu jusqu'à la fin de l'étude ou jusqu'à ce qu'il sorte définitivement de l'étude. Dans l'approche proposée, on évalue les inférences obtenues à partir d'une famille de modèles MNAR dits « de mélange de profils », indexés par un paramètre qui quantifie le départ par rapport à l'hypothèse MAR. La méthode a été motivée par un essai clinique étudiant un traitement pour le trouble du maintien du sommeil, durant lequel 22% des individus sont sortis de l'étude avant la fin.Le second objectif était de développer des méthodes pour la modélisation de risques concurrents avec des causes d'évènement manquantes en s'appuyant sur la théorie existante pour les données multivariées incomplètes. Les risques concurrents apparaissent comme une extension du modèle standard de l'analyse de survie où l'on distingue le type d'évènement ou la cause l'ayant entrainé. Les méthodes pour modéliser le risque cause-spécifique et la fonction d'incidence cumulée supposent en général que la cause d'évènement est connue pour tous les individus, ce qui n'est pas toujours le cas. Certains auteurs ont proposé des méthodes de régression gérant les causes manquantes sous l'hypothèse MAR, notamment pour la modélisation semi-paramétrique du risque. Mais d'autres modèles n'ont pas été considérés, de même que la modélisation sous MNAR et les analyses de sensibilité. Nous proposons des estimateurs pondérés et une approche par imputation multiple pour la modélisation semi-paramétrique de l'incidence cumulée sous l'hypothèse MAR. En outre, nous étudions une approche par maximum de vraisemblance pour la modélisation paramétrique du risque et de l'incidence sous MAR. Enfin, nous considérons des modèles de mélange de profils dans le contexte des analyses de sensibilité. Un essai clinique étudiant un traitement pour le cancer du sein de stade II avec 23% des causes de décès manquantes sert à illustrer les méthodes proposées
Missing data are a common occurrence in medical studies. In regression modeling, missing outcomes limit our capability to draw inferences about the covariate effects of medical interest, which are those describing the distribution of the entire set of planned outcomes. In addition to losing precision, the validity of any method used to draw inferences from the observed data will require that some assumption about the mechanism leading to missing outcomes holds. Rubin (1976, Biometrika, 63:581-592) called the missingness mechanism MAR (for “missing at random”) if the probability of an outcome being missing does not depend on missing outcomes when conditioning on the observed data, and MNAR (for “missing not at random”) otherwise. This distinction has important implications regarding the modeling requirements to draw valid inferences from the available data, but generally it is not possible to assess from these data whether the missingness mechanism is MAR or MNAR. Hence, sensitivity analyses should be routinely performed to assess the robustness of inferences to assumptions about the missingness mechanism. In the field of incomplete multivariate data, in which the outcomes are gathered in a vector for which some components may be missing, MAR methods are widely available and increasingly used, and several MNAR modeling strategies have also been proposed. On the other hand, although some sensitivity analysis methodology has been developed, this is still an active area of research. The first aim of this dissertation was to develop a sensitivity analysis approach for continuous longitudinal data with drop-outs, that is, continuous outcomes that are ordered in time and completely observed for each individual up to a certain time-point, at which the individual drops-out so that all the subsequent outcomes are missing. The proposed approach consists in assessing the inferences obtained across a family of MNAR pattern-mixture models indexed by a so-called sensitivity parameter that quantifies the departure from MAR. The approach was prompted by a randomized clinical trial investigating the benefits of a treatment for sleep-maintenance insomnia, from which 22% of the individuals had dropped-out before the study end. The second aim was to build on the existing theory for incomplete multivariate data to develop methods for competing risks data with missing causes of failure. The competing risks model is an extension of the standard survival analysis model in which failures from different causes are distinguished. Strategies for modeling competing risks functionals, such as the cause-specific hazards (CSH) and the cumulative incidence function (CIF), generally assume that the cause of failure is known for all patients, but this is not always the case. Some methods for regression with missing causes under the MAR assumption have already been proposed, especially for semi-parametric modeling of the CSH. But other useful models have received little attention, and MNAR modeling and sensitivity analysis approaches have never been considered in this setting. We propose a general framework for semi-parametric regression modeling of the CIF under MAR using inverse probability weighting and multiple imputation ideas. Also under MAR, we propose a direct likelihood approach for parametric regression modeling of the CSH and the CIF. Furthermore, we consider MNAR pattern-mixture models in the context of sensitivity analyses. In the competing risks literature, a starting point for methodological developments for handling missing causes was a stage II breast cancer randomized clinical trial in which 23% of the deceased women had missing cause of death. We use these data to illustrate the practical value of the proposed approaches

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Dissertations / Theses on the topic 'Modèles statistiques – Dissertation universitaire'

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