Academic literature on the topic 'Microbiome bactérien'
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Journal articles on the topic "Microbiome bactérien"
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Després, Merlin, and Simon Gaudin. "Le monoxyde d’azote: Une arme du système immunitaire pour brouiller les communications entre bactéries." médecine/sciences 36, no. 11 (November 2020): 1074–77. http://dx.doi.org/10.1051/medsci/2020214.
Full textAbstract:
Le dossier thématique suivant a été rédigé par les étudiantes et étudiants de Master 1 de Biologie de l’École Normale Supérieure de Lyon à l’issue de l’UE Microbiologie Moléculaire et Structurale (2019-2020). Le Master de Biologie de l’ENS de Lyon, cohabilité par l’université Claude Bernard Lyon 1, accueille chaque année environ 50 étudiants en M1 et en M2 et propose une formation de haut niveau à la recherche en biosciences. Chaque étudiant y construit son parcours à la carte, en choisissant ses options parmi un large panel de modules, favorisant ainsi une approche pluridisciplinaire des sciences du vivant, et ce en relation étroite avec les laboratoires de recherche du tissu local, national et international. En participant à diverses activités scientifiques connexes aux UE de leur formation, les étudiants préparent également l’obtention du Diplôme de l’ENS de Lyon, qui valide leur scolarité à l’ENS. La rédaction du présent dossier, qui vise à transmettre de façon claire les messages issus d’une sélection d’articles scientifiques publiés récemment dans le domaine de la microbiologie, constitue l’une de ces activités connexes proposées aux étudiants. Les bactéries peuvent vivre en communautés dont la structure est régulée par de nombreuses interactions abiotiques et biotiques. Les interactions biotiques reposent sur des communications inter-bactériennes qui participent à la mise en place de relations de collaboration, de compétition ou de prédation. Ces communautés bactériennes peuvent en outre être en interaction avec des hôtes animaux, dans le cas des bactéries du microbiote ou des bactéries pathogènes par exemple, ou avec des virus parasites, les bactériophages. Le présent dossier illustre quelques aspects nouveaux de cette communication bactérienne, et de la façon dont les interactions bactéries/hôte ou bactéries/phages peuvent impacter cette communication. Deux nouvelles s’attardent sur des découvertes récentes autour du quorum sensing, une modalité de communication bactérienne permettant l’expression coordonnée des gènes à l’échelle de la population, en fonction de la densité de la population. La nouvelle intitulée « Le monoxyde d’azote : une arme du système immunitaire pour brouiller les communications entre bactéries » illustre comment le quorum sensing chez Staphylococcus aureus, une bactérie opportuniste, peut être affecté par un médiateur du système immunitaire de la souris. La nouvelle intitulée « Un bactériophage exploite le système de communication de son hôte bactérien pour entrer en cycle lytique » montre une stratégie étonnante par laquelle le phage VP882 décrypte des signaux issus du quorum sensing de la bactérie qu’il infecte pour réguler son propre cycle de réplication. Au-delà du quorum sensing, deux nouvelles décrivent de nouvelles modalités de communication inter-bactérienne. La nouvelle intitulée « Les nanotubes bactériens, acteurs de la compétition entre Bacillus subtilis et Bacillus megaterium » met en lumière le rôle des nanotubes, des structures de communication intercellulaire insoupçonnées jusque récemment chez les bactéries. La nouvelle intitulée « La bactérie Vibrio cholerae lyse les bactéries environnantes et assimile leur ADN qu’elle intègre dans son propre génome » illustre comment un système de sécrétion, qui permet l’injection d’effecteurs bactériens dans des cellules cibles, peut être exploité pour faciliter les transferts horizontaux de gènes chez les bactéries. Enfin, pour élargir la réflexion au monde des virus eucaryotes, deux nouvelles montrent comment l’infection virale peut interférer avec la communication entre cellules eucaryotes, sur l’exemple de la communication s’effectuant par l’intermédiaire de vésicules extracellulaires. La nouvelle intitulée « La sécrétion de vésicules extracellulaires par les plaquettes activées à l’origine de la létalité de la dengue ? » discute des mécanismes par lesquels le virus de la dengue déclenche la sécrétion de vésicules extracellulaires par les plaquettes, et des conséquences que cela peut avoir sur l’inflammation et le déclenchement de chocs hémorragiques. La nouvelle intitulée « Le coccolithovirus et Emiliania huxleyi : le détournement viral des vésicules extracellulaires » montre enfin comment ce virus d’algue unicellulaire exploite la communication intercellulaire de son hôte pour augmenter son pouvoir de diffusion au sein de la population, et des conséquences écologiques et géochimiques que cela peut entraîner à grande échelle.
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Gschwind, Rémi, Thierry Fournier, Marie-José Butel, and Sandra Wydau-Dematteis. "Établissement du microbiote." médecine/sciences 34, no. 4 (April 2018): 331–37. http://dx.doi.org/10.1051/medsci/20183404014.
Full textAbstract:
Certaines pathologies semblent avoir une origine développementale et, aujourd’hui, le microbiote apparaît comme un déterminant de l’état de santé de l’homme et son établissement, une étape importante chez le nouveau-né. Des variations dans sa constitution, incluant un déséquilibre (ou dysbiose), ont ainsi été associées à de nombreuses pathologies. De récents travaux suggèrent qu’une colonisation bactérienne de l’utérus, du liquide amniotique ou encore du placenta, des sites auparavant pensés stériles, existerait. Durant les phases de son développement, le foetus pourrait ainsi rencontrer des bactériesin utero. Elles contribueraient à l’établissement de son microbiote avant même l’accouchement et donc avant la rencontre avec les microorganismes des microbiotes vaginal, fécal et cutané, ceux-ci variant selon les modes d’accouchement (voie basse ou césarienne). Les premières études sur l’existence d’un microbiotein utero, qui se caractérise par une faible biomasse, sont cependant controversées.
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FURTADO, Bruna B., and Luciana O. FARIÑA. "Lactobacillus acidophilus associado a outros probióticos altera a microbiota de pacientes com câncer colorretal: revisão sistemática." Revista Brasileira de Farmácia Hospitalar e Serviços de Saúde 13, no. 1 (March 30, 2022): 746. http://dx.doi.org/10.30968/rbfhss.2022.131.0746.
Full textAbstract:
Objetivos: Microbioma é um fator importante para o desenvolvimento e progressão de câncer colorretal. O objetivo do trabalho foi realizar uma revisão sistemática para verificar se a administração de formulações alimentícias ou farmacêuticas contendo a bactéria Lactobacillus acidophilus, de forma isolada ou associada a outras bactérias e substâncias poderia alterar a microbiota intestinal em pacientes com câncer colorretal. Métodos: A revisão de ensaios randomizados comparou o uso de L. acidophilus versus placebo ou amostras de pacientes saudáveis sem intervenção. Resultados: Dois revisores independentes realizaram a busca e encontraram 1060 artigos, com a seleção preliminar de 22 artigos que foram lidos na íntegra e 04 artigos que foram incluídos na revisão sistemática. Os artigos incluídos trabalharam com formulações farmacêuticas contendo L. acidophilus associado com outras bactérias probióticas e fibras prebióticas. Os resultados demonstraram que a administração das formulações em pacientes com câncer colorretal foi por período inferior a 31 dias, passaram por colonoscopia ou ressecção cirúrgica tiveram alterações qualitativas e quantitativas da microbiota dos indivíduos incluídos em comparação com os indivíduos que receberam formulação placebo ou eram do controle saudável. Conclusões: As alterações encontradas demonstram que os probióticos tiveram a capacidade de modular a microbiota para um perfil próximo ao encontrado por pacientes saudáveis.
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Marie-José BUTEL and Anne-Judith WALIGORA-DUPRIET. "ÉTABLISSEMENT DU MICROBIOTE INTESTINAL." ACTUALITES PERMANENTES EN MICROBIOLOGIE CLINIQUE 18, no. 01 (March 1, 2019): 14. http://dx.doi.org/10.54695/apmc.18.01.1508.
Full textAbstract:
L’intestin constitue un écosystème extrêmement complexe etune communauté microbienne dynamique où coexistent bactéries,archées, virus et eucaryotes (Weinstock 2012). Ce microbiote esten contact permanent avec les nutriments et les cellules de l’hôte,responsable d’interactions fortes. Les relations micro-organismeshôte ont cependant longtemps été regardées essentiellement sousl’angle de la pathogénicité, mais aujourd’hui le microbiote commensal est reconnu pour ses interactions bénéfiques l’organismehumain en faisant un véritable partenaire de l’hôte. Ce partenariatdébute à la naissance, la colonisation bactérienne commençantdès la rupture des membranes fœtales. Les bactéries, dont lenombre tout d’abord considéré comme 10 fois supérieur auxcellules eucaryotes, ont été récemment réévaluées à 3,8 1013, soitdans un rapport similaire à celui des eucaryotes de l’organismehumain (Sender et al. 2016). La majorité du microbiote résidedans l’intestin, essentiellement le côlon, où il est caractérisé parson haut niveau et sa large diversité. Le nombre d’espèces bactériennes a été évalué par les techniques de culture classique à 400 à500 espèces par individu. Par des techniques indépendantes de laculture ce nombre est évalué à plus de 1000 espèces par individu(Tap et al. 2009), soit environ 25 fois le génome humain (Qinet al. 2010). Le microbiote intestinal peut ainsi être considérécomme un véritable organe, ouvert, métaboliquement adaptableet rapidement renouvelable.
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SADET-BOURGETEAU, S., and V. JULLIAND. "La diversité de l’écosystème microbien du tractus digestif équin." INRAE Productions Animales 25, no. 5 (December 10, 2012): 407–18. http://dx.doi.org/10.20870/productions-animales.2012.25.5.3228.
Full textAbstract:
Le gros intestin (caecum et côlon) des équins héberge un microbiote abondant et divers dont une fonction essentielle est la dégradation et la fermentation des parois végétales ingérées en produits directement utilisables par l’hôte. Ce microbiote est composé de cinq grandes communautés microbiennes (protozoaires, bactéries, champignons, Archaea et virus) parmi lesquelles les bactéries ont été les plus étudiées. Ces communautés sont spécifiques de l’espèce équine. La diversité des protozoaires comme celle des champignons et des virus a été décrite du point de vue taxonomique mais leur implication dans les processus de digestion est mal connue. La diversité des Archaea a été peu étudiée, pourtant leur étude permettrait de mieux évaluer la contribution de l'élevage équin à la production de gaz à effet de serre. La communauté bactérienne est diverse, appartenant majoritairement aux phyla des Firmicutes et desBacteroides, et comprend des bactéries dont les différentes fonctions (cellulolytiques, amylolytiques, glycolytiques, utilisatrices de lactate et protéolytiques) sont impliquées dans la digestion des aliments ingérés, en particulier des parois végétales. Cette communauté bactérienne est différente entre le contenu caecal et colique d’une part, et les fèces d’autre part. Des facteurs propres à l’hôte (type génétique, variabilité individuelle) et/ou environnementaux (régime alimentaire, saison, exercice physique) sont susceptibles de modifier la diversité des communautés microbiennes du gros intestin équin. Ceci peut provoquer des changements importants conduisant à des déséquilibres et parfois à l’apparition de pathologies (colites, fourbures).
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Thomas GUILLARD and Antoine GRILLON. "FLORE PULMONAIRE." ACTUALITES PERMANENTES EN MICROBIOLOGIE CLINIQUE 18, no. 02 (June 1, 2019): 4. http://dx.doi.org/10.54695/apmc.18.02.1515.
Full textAbstract:
Les poumons ont historiquement été décrits comme un organestérile chez les sujets en bonne santé. La présence de bactériesmise en évidence à partir des prélèvements respiratoires (expectoration, lavage broncho-alvéolaire etc.) a été rapprochée desituations cliniques d’affections respiratoires. Ce sont tout d’abordles caractéristiques anatomiques et histologiques qui ont conduità penser que les voies aériennes respiratoires supérieures étaientexemptes de toute communauté bactérienne ou microbiote. En effet,d’un point de vue anatomique, les voies respiratoires inférieuressont séparées des voies aériennes supérieures (naso-pharynx etoro-pharynx) et du tube digestif, tous les deux septiques, parl’épiglotte. D’un point de vue histologique, la clairance mucociliaire, assurée par les cellules ciliées de l’épithélium bronchiqueet bronchiolaire, permet la mobilisation du mucus, entraînant lesparticules et bactéries qui y sont piégées (Charlson et al., 2012 ;2011; Jeffery, 1983; Morris et al., 2013). Enfin, la méconnaissancedu microbiote des voies aériennes inférieures encore nomméemicrobiote pulmonaire ou flore pulmonaire, résulte en grandepartie de l’approche par culture bactérienne, limitée par la sensibilité de la culture et l’exigence de certaines espèces bactériennesdifficilement cultivables. Ces dernières années de nombreusesétudes ayant recours à de nouvelles approches, essentiellementmoléculaires, ont permis de caractériser la diversité bactériennedes voies respiratoires inférieures. Ceci ouvre la voie à une meilleure connaissance des interactions entre les bactéries et l’hôte,qu’elles soient commensales ou pathogènes.
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Silva, Aline de Paula Dias da, and Monique Cristina dos Santos. "Um mundo dentro de nós: explorando a microbiota humana através da metatranscriptômica." BIOINFO 3, no. 1 (September 21, 2023): 13. http://dx.doi.org/10.51780/bioinfo-03-13.
Full textAbstract:
Você já parou para pensar na quantidade de microrganismos existentes no mundo? E no nosso corpo? Claro, que como sempre, não estamos sozinhos no mundo e nem no nosso próprio corpo. Atualmente, sabe-se que mais de 1000 espécies de microrganismos habitam nosso corpo, fazendo parte do nosso microbioma [1]. O termo microbioma, cunhado pelo vencedor do prêmio Nobel, Joshua Lederberg, pode ser descrito como: “Um sistema ecológico de microrganismos comensais, simbióticos e também patogênicos que residem no corpo humano” [2]. Possuir um microbioma não é algo exclusivo do ser humano, já que podemos utilizar o termo “microbioma” para nos referir ao microbioma de plantas e de outros animais. Apesar dos termos “microbioma” e “microbiota” serem semelhantes, há algumas diferenças entre eles. Quando falamos de microbiota, estamos nos referindo ao conjunto dos microrganismos presentes em determinada região ou órgão, enquanto o microbioma é o conjunto de genes e materiais genéticos dos microrganismos que habitam determinado ambiente. Além disso, quando pensamos em microbiota, o primeiro pensamento que pode vir à sua mente, deve ser das bactérias intestinais. Porém, esses microrganismos podem ser bactérias, fungos, vírus ou archaea e não estão presentes somente no intestino, mas habitando outros locais do corpo, como boca, garganta, vias aéreas, estômago, intestino, sistema urogenital e pele.
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Silva, Alessandra Vieira da, Márcia Teixeira de Oliveira, and Edna Lopes Hardoim. "MICROBIO BACTÉRIAS: UM APLICATIVO EDUCACIONAL PARA O ENSINO DE MICROBIOLOGIA POR INVESTIGAÇÃO." REAMEC - Rede Amazônica de Educação em Ciências e Matemática 10, no. 3 (October 19, 2022): e22062. http://dx.doi.org/10.26571/reamec.v10i3.14183.
Full textAbstract:
Destaca-se que há muitos conteúdos no campo do conhecimento biológico que requerem compreensão de caráter abstrato, o que dificultaria o processo de ensino aprendizagem. Nesse sentido, elegemos um dos objetos do conhecimento mais abstratos no âmbito do Ensino de Biologia, que são alguns conceitos abordados nas aulas de Microbiologia. Salienta-se que, a abstração é vista com frequência nas aulas de Microbiologia, principalmente em razão das dimensões dos organismos ali tratados. Nesse sentido, objetivou-se contribuir e facilitar a compreensão da biologia das bactérias que compõem o microbioma intestinal humano, tornando as aulas de Microbiologia menos abstratas e mais motivadoras desenvolvendo um aplicativo educacional que estimulasse a investigação sobre conceitos microbiológicos relacionados. Após a criação do aplicativo MicroBio Bactérias, visando sua análise como um recurso metodológico facilitador da aprendizagem, bem como sua validação, desenvolvemos uma pesquisa com abordagem metodológica qualitativa descritiva, utilizando um questionário elaborado no Google Forms com 21 questões objetivas e subjetivas, e enviado via link por aplicativos de mensagens a 30 professores de Biologia da rede pública do Estado de Mato Grosso. Os resultados obtidos evidenciaram que os colaboradores dessa pesquisa constataram a relevância do tema abordado no app e que o aplicativo MicroBio Bactérias assinala uma contribuição que pode facilitar a compreensão da Biologia das bactérias que compõem o microbioma intestinal com base no ensino investigativo.
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Do Nascimento, Samara Lima, Mylena Cristina Cavalcanti Magalhães, and Samara Verçosa Lessa. "Microbiologia das infecções endodônticas: uma breve revisão." Brazilian Journal of Health Review 6, no. 3 (June 26, 2023): 13484–92. http://dx.doi.org/10.34119/bjhrv6n3-397.
Full textAbstract:
Objetivo: Destacar o papel dos microrganismos no insucesso no tratamento endodôntico. Revisão da literatura e discursão: Bactérias resistentes mesmo após tratamento é tido como um dos principais fatores colaboradores dos insucessos, devido a deficiência do tratamento ou não, apresentando em momentos distintos onde se faz necessário o conhecimento da evolução desta microbiota, nas diversas etapas da patogenia para resolução da infecção, estudos mostram a diversidade de bactérias encontradas intra e extraradicular, sua adaptação aos meios agressivos e microambientes. Conclusão: Não apenas a bactéria tem resistência, mas uma colônia que já está presente pode permanecer e se propagar porque são bactérias oportunistas, que podem variar de acordo com o estágio em que se encontram; emergente, persistente e recorrente. Existem várias formas de acesso, desde uma etapa do procedimento descuidada até uma restauração infiltrada, a complexidade das causas mostra uma necessidade de abordagem e qualificação profissional na execução.
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Leite, Carlos Artur Lopes. "Presença de Peptostreptococcus indolicus em bula timpânica de cão com otite média." Caderno de Ciências Agrárias 13 (July 20, 2021): 1–8. http://dx.doi.org/10.35699/2447-6218.2021.32519.
Full textAbstract:
A otite média é definida como uma inflamação da orelha média. Em cães, essa condição é uma das causas mais comuns na manutenção de otite externa recorrente. Tanto bactérias aeróbicas como anaeróbicas estão presentes na bula timpânica doente, sendo que em algumas circunstâncias, torna-se difícil determinar qual o papel que estes microrganismos ali exercem. Apesar de a microbiota aeróbica ser frequentemente estudada em cães com otopatias, poucos dados estão disponíveis sobre os microrganismos anaeróbicos estritos presentes nas orelhas destes pacientes. Neste relato é revelado o isolamento da bactéria anaeróbica Peptostreptococcus indolicus no exsudato de um cão adulto da raça São Bernardo com otite média crônica bilateral, se tratando da primeira descrição na literatura veterinária relacionada à presença desta espécie bacteriana em otite média canina. Com base neste achado, é sugerido que bactérias anaeróbicas como P. indolicus podem estar relacionadas ao processo infeccioso da orelha média em cães.
Dissertations / Theses on the topic "Microbiome bactérien"
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Nguyen, Do Ngoc Linh. "Mise au point de l’analyse par séquençage à haut-débit du microbiote fongique et bactérien respiratoire chez les patients atteints de mucoviscidose." Thesis, Lille 2, 2016. http://www.theses.fr/2016LIL2S011/document.
Full textAbstract:
L’infection broncho-pulmonaire représente le problème majeur des malades atteints de la mucoviscidose. Plusieurs bactéries sont connues depuis des dizaines années comme les principaux agents responsables de ces infections (par exemple Pseudomonas aeruginosa, Staphylococcus aureus, Burkholderia cepacia, Achromobacter xylosoxidans…). Récemment, certains genres fongiques notamment les champignons filamenteux (comme Aspergillus, Scedosporium…) ont été identifiés comme des pathogènes émergeants ou ré-émergeants pouvant être responsables d’infection invasive. Ainsi, la détection des microorganismes impliqués dans ces colonisations et/ou infections respiratoires demeure importante sur le plan physiopathologique et clinique.Si la culture microbiologique reste la méthode la plus utilisée à ce jour pour le diagnostic des infections microbiennes, elle ne permet pas d’identifier les microbes non-cultivables ou difficiles à cultiver. Depuis quelques années, grâce au développement de la technique moléculaire de séquençage à haut-débit (next generation sequencing ou NGS), plusieurs études ont montré que l’écologie microbienne du poumon des patients atteints de la mucoviscidose est très complexe et correspond à une flore poly-microbienne, appelée le microbiote pulmonaire, comprenant non seulement des bactéries mais également des micromycètes (levures et/ou champignons filamenteux) et des virus et phages. Une dysbiose (modification en abondance et diversité) de cette flore pourrait influencer la fonction respiratoire et l’état clinique du patient.Alors que le microbiome bactérien et son rôle en pathogenèse sont largement étudiés, peu d’études ont porté sur la composante fongique (mycobiote/mycobiome) du microbiote pulmonaire. Notre travail de thèse s’inscrit dans les différents projets développés au sein de l’axe de recherche « Microbiote pro- et eucaryote pulmonaire » coordonné par le Pr Laurence Delhaes dans l’équipe Biologie et Diversité des Pathogènes Eucaryotes Emergeants (BDPEE) dirigée par le Dr Eric Viscogliosi. Il se focalise sur l’analyse NGS du microbiote pro- et eucaryotique respiratoire chez les patients atteints de la mucoviscidose et notamment la comparaison de différentes approches méthodologiques en vue d’une optimisation et standardisation de la méthode.Dans un premier temps, nous présenterons une synthèse des connaissances actuelles d’une part des phénomènes de colonisations/infections fongiques chez les patients atteints de mucoviscidose et d’autre part dans le domaine du microbiote pulmonaire et surtout du mycobiote pulmonaire autour duquel notre équipe se focalise.2Dans un deuxième temps, nous avons travaillé à mieux adapter l’approche NGS aux études du microbiote pulmonaire dans la mucoviscidose. En effet, le séquençage à haut-débit est une technique puissante mais pour laquelle des biais peuvent être introduits à de nombreuses étapes méthodologiques. Un des biais les plus importants est que l’approche NGS ne permet pas de différencier les microorganismes vivants, des cellules mortes ou endommagées, ni de l’ADN extracellulaire. Dans le contexte de notre travail –celui du microbiote pulmonaire chez des patients atteints de mucoviscidose et souvent exposés aux antibiotiques par voie intraveineuse à forte dose, l’analyse NGS pourrait évaluer incorrectement l’abondance et la diversité de ce microbiote pulmonaire. Un prétraitement des échantillons par propidium monoazide (PMA), qui permet de cibler sélectivement l’ADN des cellules vivantes, pourrait être une solution pour palier à cette limite. Notre étude avait donc comme objectif de déterminer si un prétraitement par PMA des expectorations modifiait le microbiote pro- et eucaryote pulmonaire analysé par NGS. Nous discutons l’intérêt et la relevance clinique de cette approche « PMA - NGS » permettant une quantification isolée des microorganismes vivants dans le contexte de la mucoviscidoseChronic pulmonary infection results in an irreversible decline in lung function in patients with cystic fibrosis (CF). While several bacteria are known as main causes for these infections (for example: Pseudomonas aeruginosa, Staphylococcus aureus, Burkholderia cepacia, Achromobacter xylosoxidans...), more recently some fungal genera including filamentous fungi (such as Aspergillus, Scedosporium...) have also been identified as emerging or re-emerging pathogens able to cause invasive mycosis. Thus, the identification of the microorganisms involved in the respiratory colonizations and/or infections has become essential.Still now culture methods remain the gold standard for diagnostic of microbial infections. However, it could not identify non-culturable or difficult-to-cultivate microorganisms. Thanks to the development of high-throughput sequencing (next generation sequencing or NGS), recent studies have shown that the lung of patients with CF is a complex poly-microbial flora, also called the CF lung microbiota, which includes not only bacteria but also fungi (yeast and/or filamentous fungi), and viruses and phages. Dysbiosis (loss of abundance and/or diversity) of the lung microbiota has been associated with the patient's decreased lung function and poor clinical status.While lung bacteriota and its role in pathogenesis have widely been studied, few research studies focus on the fungal component (mycobiota/ mycobiome) of the lungs. Our thesis (PhD work) focuses on NGS analysis of pro- and eukaryotic lung microbiota in CF patients, in particular on the comparison of different methodological approaches to optimize and standardize the NGS protocol. This project has been developed under the supervision of Pr. Laurence Delhaes in the “Biology and Diversity of Eukaryotic Emerging Pathogens” team directed by Dr. Eric Viscogliosi.Firstly, we present a state of art on the current knowledge on the fungal colonization/infections risk in CF as well as the development of new concepts of lung microbiota and lung mycobiota on which our team focuses.Secondly, we applied the NGS approach to study the pro- and eukaryotic microbiota in the sputum samples of CF patient lung. Indeed, NGS is a powerful technique that may introduce biases on numerous methodological steps. One of the most important biases is that this technique could not differentiate among the living microorganisms, the dead or damaged cells, and the extracellular DNA. In the context of the CF lung microbiota which is often exposed to high-dose intravenous antibiotics, the analysis by NGS might evaluate4inaccurately the abundance and the diversity of the lung microbiota. Pretreatment of samples by propidium monoazide (PMA), which can target selectively the DNA of viable cells, could be a solution to overcome this limitation. Our study aimed to determine whether a sample pretreatment with PMA modified the lung pro- and eukaryotic microbiota analyzed by NGS. We discuss the clinical relevance of this approach "PMA - NGS" in the context of CF patients to a better quantification of living microorganisms
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Sharma, Poonam. "Genome analysis of multidrug resistant bacteria from patients with cystic fibrosis." Thesis, Aix-Marseille, 2013. http://www.theses.fr/2013AIXM5096.
Full textAbstract:
La mucoviscidose est une maladie génétique autosomique causée par une mutation dans le gène CFTR (Cystic Fibrosis Transmembrane Conductance Regulator). Mon travail s’est décomposé en deux parties principales : d’une part j’ai réalisé une revue de la littérature sur l’analyse des génomes bactériens isolés de patients mucoviscidosiques comparativement aux génomes des mêmes espèces isolées dans d’autrescontextes et d’autre part j’ai analysé les génomes de trois espèces bactériennes (Microbacterium yannicii, Chryseobacterium oranimense et Haemophilus parahaemolyticus). L’analyse exhaustive des génomes bactériens issus de patients atteints de mucoviscidose a révélé une extraordinaire évolution de ces génomes en fonction du temps et des traitements reçus par ces patients qui témoigne de la capacité qu’ont ces bactéries à s’adapter à leur écosystème notamment par l’acquisition de nouveaux gènes par transfert latéral de gènes. Ce travail montre l’extraordinaire plasticité des génomes bactériens dans un milieu donné et à ce titre le poumon de patients atteints de mucoviscidose représente un modèle unique pour comprendre l’évolution des génomes bactériens. De plus, notre travail a permis d’identifier leurs mécanismes moléculaires de résistance aux antibiotiques. Les travaux à venir sur l’étude des métagénomes de prélèvements chez ces patients pourrait permettre de répondre à ces questions dans le futur. La découverte de nouvelles espèces et / ou émergentes va nous permettre d’avoir une image plus complète de la mucoviscidose qui pourrait conduire à une meilleure connaissance de la maladie et donc à une meilleure prise en charge thérapeutiqueCystic fibrosis is an autosomal genetic disorder caused by a mutation in the CFTR (Cystic Fibrosis Transmembrane Conductance Regulator) gene. Pulmonary infection is the major problem faced by patients with cystic fibrosis. My work is divided into two main parts: first I made a review of the literature on the analysis of bacterial genomes isolated from CF patients compared to the genomes of the same species isolated in autrescontextes and other part I analyzed the genomes of three species of bacteria (Microbacterium yannicii, Chryseobacterium oranimense and Haemophilus parahaemolyticus). The comprehensive analysis of bacterial genomes from cystic fibrosis patients revealed an extraordinary evolution of these genomes with time and treatment received by these patients reflects the ability of these bacteria to adapt to their particular ecosystem the acquisition of new genes by lateral gene transfer. This work shows the extraordinary plasticity of bacterial genomes in a given environment and as the lungs of patients with cystic fibrosis represents a unique model for understanding the evolution of bacterial genomes. In addition, our work has identified their molecular mechanisms of resistance to antibiotics. Future work on the study of metagenomes sampling in these patients could help to answer these questions in the future. The discovery of new species and / or emerging will allow us to have a more complete picture of cystic fibrosis which could lead to a better understanding of the disease and thus a better therapeutic management
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Durand, Guillaume. "Incompatibilités de culture bactérienne." Thesis, Aix-Marseille, 2018. http://www.theses.fr/2018AIXM0705/document.
Full textAbstract:
L’étude du microbiote digestif est un enjeu important de recherche en microbiologie. La première partie de cette thèse porte sur la recherche au sein du microbiote digestif de nouveaux antibactériens, qui apparait comme une des pistes clés dans la lutte contre la résistance aux antibiotiques. Les trois quarts des antibiotiques sont des produits naturels, ou dérivés, sécrétés par des microorganismes de l’environnement. Comme lui, le microbiote digestif représente un écosystème complexe où règne une grande compétition. Nous avons recherché des antagonismes de culture dans le microbiote digestif contre les bactéries les plus pathogènes pour l’homme. Nous avons trouvé une inhibition de S. aureus par P. avidum, de E. cloacae par B. fragilis, E. dispar, L. delbruckii, P. acidipropionici, S. equinus, S. gallolyticus, et enfin de E. aerogenes par B. vulgatus et E. dispar. Nous avons également trouvé des clusters de gène de métabolites secondaires dans le génome de ces bactéries. Ce travail préliminaire confirme que le microbiote digestif est une source potentielle de nouveau antibactériens. En dépit de l’explosion du nombre d’espèces isolées dans le microbiote digestif grâce à la culturomics, certaines restent fastidieuses à cultiver. Nous avons analysé par métagénomique et culturomics une selle avant et après incubation anaérobie en présence de 5% de rumen et 5% de sang de mouton. Ce travail montre une dynamique de croissance des bactéries très hétérogène. Le milieu d’enrichissement utilisé était efficace et permettait la culture d’un plus grand nombre d’espèces bactériennes. Ce travail apporte des éléments nouveaux permettant l’optimisation de cette étape de culturomicsGut microbiota is a major health concern for microbiologists. Its alterations were previously related to diseases. In the first step of this thesis, we have searched for new antimicrobials within the gut microbiota. Indeed, antibiotic resistance is a global health concern and research for new antibiotics is a cornerstone for fight against it, according to the WHO. Three quarter of all current antibiotics are natural products, or derived from them, synthesised by bacteria and fungi from soil. Gut microbiota is another complex ecosystem with strong competition. We have searched for antagonism in the gut microbiota species against most human pathogenic species. We found an inhibition of growth of S. aureus by P. avidum, of E.cloacae by B. fragilis, E. dispar, L. delbruckii, P. acidipropionici, S. equinus, S. gallolyticus,and an inhibition of E. aerogenes by B. vulgatus and E. dispar. We also found BGCs for all these species. This preliminary work confirm that gut microbiota is a potential source for new antibiotics. Despite the explosion of bacterial species isolated from gut, some fastidious species remains difficult to grow. We performed a metagenomic and culturomics analysis of a fresh stool sample before and after incubation into an anaerobic blood bottle supplemented with sheep blood and rumen fluid. This medium used in culturomics for enrichment was effective, allowing the isolation of higher number of species. This work show that the dynamic growth of bacteria is very variable. This work brings some precisions in the dynamic of bacterial growth that could improve the culturomics process
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Tidjani, Alou Maryam. "Etude du microbiote digestif des enfants atteints de malnutrition sévère aiguë." Thesis, Aix-Marseille, 2016. http://www.theses.fr/2016AIXM5036/document.
Full textAbstract:
Depuis plusieurs années, il s’avère de plus en plus clair que le microbiote digestif a un impact remarquable sur la santé humaine. Il est affecté par de nombreux facteurs dont l’alimentation. En effet, en fonction du macronutriment majoritaire d’un régime alimentaire, certaines populations et fonctions bactériennes sont stimulées ou inhibées. Plusieurs pathologies de l’intestin ou liées à des troubles nutritionnels ou métaboliques ont un lien causal avec une altération du microbiote digestif parmi lesquelles la malnutrition sévère aigue. En effet, il a été récemment montré que le microbiote digestif des enfants malnutris était différent et colonisé par des Proteobacteria, des Enterococci, des bacilles Gram-négatifs et des espèces pathogènes. Au cours de nos travaux, une dysbiose est également observée chez nos patients malnutris par métagénomique et par culturomics avec un enrichissement en bactéries aérobies, en Proteobacteria et en espèces potentiellement pathogènes telles que Streptococcus gallolyticus et une perte notable en bactéries anaérobies associée à une perte de la capacité antioxydante du tractus gastro-intestinal révélée par une absence totale de Methanobrevibacter smitii, archeae méthanogène et un des procaryotes les plus sensibles à l’oxygène du tractus gastro-intestinal ainsi que un potentiel redox fécal accru. De plus, une perte de la diversité globale, connue et inconnue, est observée. Enfin, par culturomics et métagénomique, nous avons établi un répertoire des bactéries manquantes chez les malnutris dont treize présentent un potentiel probiotique et pourront être testées comme probiotiques dans un modèle expérimental dans un futur procheFor the last decade, it has become increasingly clear that the gut microbiota has a tremendous impact on human health. It is affected by several factors among which diet that has a big impact. In fact, according to the major macronutrient in a diet type, specific bacterial populations and functions are stimulated or inhibited. Several pathologies of the gut or linked to nutritional or metabolic disorders among which severe acute malnutrition are causally linked to an alteration of the diversity of the human gut microbiota. In fact, it has recently been shown by several studies that the gut microbiota of malnourished patients was different and colonized by Proteobacteria, Enterococci, Gram-negative bacilli and pathogenic species. The analysis of our data regarding the fecal microbiota of children afflicted with severe acute malnutrition from Niger and Senegal showed a dysbiosis observed through metagenomics and culturomics with an increase of aerobic bacteria, Proteobacteria and pathogenic species such as Streptococcus gallolyticus, and a depletion of anaerobic species associated with a loss of the antioxidant capacity of the gastro-intestinal tract exhibited by a total absence of Methanobrevibacter smithii, a methanogenic archaeon and one the most oxygen sensitive prokaryote of the gut microbiota alongside an increased fecal redox potential. Moreover, a loss of the overall diversity, known and unknown, was observed. Finally, through culturomics and metagenomics, we were able to identify a repertoire of missing microbes in malnourished children among which thirteen presented a probiotic potential and will be tested as such in an experimental model in the near future
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Bilen, Melhem. "Description of the human gut microbiota by culturomics." Thesis, Aix-Marseille, 2018. http://www.theses.fr/2018AIXM0177/document.
Full textAbstract:
Le microbiote intestinal humain a été fortement corrélé avec la santé humaine et les maladies et a montré un potentiel dans les développements thérapeutiques. La métagénomique a déjà montré qu'elle était capable de générer beaucoup de données, dont certaines sont dénuées de sens et constituaient la "matière noire". Alors culturomics a été développée pour compléter la métagénomique en ciblant des espèces bactériennes précédemment non cultivées. En utilisant la culturomics, nous avons décrit le microbiote intestinal humain des Pygmées et réussi à isoler un nombre significatif d'espèces bactériennes parmi lesquelles 38 étaient de nouvelles espèces. En comparant les résultats métagénomiques aux données culturomics, on constate que seulement 26% des espèces isolées ont été récupérées par métagénomique et que jusqu'à 59% des Operational taxonomic units détectées correspondaient à de nouvelles espèces bactériennes isolées par culturomique dans cette étude ou dans les précédentesThe human gut microbiota has been correlated in general health and diseases. Thus its description became mandatory to better understand its role and therapeutic potential. However, metagenomics has previously showed to be able to generate a lot of data, of which some are meaningless and constituted the “Dark matter”. Thus, culturomics was developed to complement metagenomics by targeting previously uncultured bacterial species. Using culturomics, we described the human gut microbiota of Pygmy people and succeeded in isolating a significant number of bacterial species out of which 38 were new species. Comparing metagenomics results to culturomics data, we see that only 26% of the isolated species were recovered by metagenomics and that up to 59% of the Operational taxonomic units detected corresponded to new bacterial species isolated by culturomics either in this study or in previous ones
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Diop, Khoudia. "Caractérisation du microbiote des flores vaginales normales et de vaginose bactérienne." Thesis, Aix-Marseille, 2018. http://www.theses.fr/2018AIXM0674/document.
Full textAbstract:
Grâce aux avancées de la technologie et nouvelles stratégies OMICS, de nombreuses études se sont intéressées au microbiote vaginal ces dernières années. Elles ont révélé l'impact de ce dernier sur la santé de la femme. En effet, un déséquilibre de la flore vaginale la rend vulnérable, la prédisposant à la vaginose bactérienne ainsi qu’à des complications gynéco-obstétricales sévères. La pathogénèse de la vaginose reste encore méconnue et le traitement classique par antibiothérapie échoue dans plus de 50% des cas. En analysant 50 prélèvements vaginaux provenant de patientes atteintes de vaginose et de femmes saines vivant en France et au Sénégal, nous avons constaté une plus grande diversité bactérienne chez les patientes par rapport aux témoins avec l'augmentation d'espèces telles que Gardnerella vaginalis, Atopobium vaginae ainsi que les procaryotes sensibles à l'oxygène, y compris les Cocci anaérobies à Gram-positif et les Prevotella. Les femmes saines renfermaient plus d’espèces de Lactobacillaceae et de Proteobacteria dans leurs flores. La combinaison de la métagénomique et la culturomique a permis d’identifier un complexe de 11 espèces/genres bactériens associés à la vaginose. L’utilisation de la culturomique a permis d’accroître le répertoire des bactéries humaines avec l’isolement de 27 nouvelles espèces. Le faible taux de recouvrement entre les données de métagénomique et celles de culturomique montre la nécessité de persévérer dans l’isolement des bactéries par culturomique. L’obtention d'isolats permettra d'explorer in vitro les compétitions entre les bactéries et pourrait servir également de matière première pour développer un traitement par bactériothérapieOver the last decades, thanks to the technologic progresses including advanced molecular techniques and new OMICS strategies, many studies have focused on the vaginal microbiota. Thus, revealing the impact of the vaginal flora on women health. Indeed, the disruption of the vaginal bacterial community makes it prone to bacterial vaginosis and severe obstetrical and gynecological disorders. The pathogenesis of bacterial vaginosis is still unknown, and relapses are very frequent. Conventional treatment with antibiotic therapy fails in more than 50% of cases. The analysis of 50 vaginal samples from bacterial vaginosis patients and healthy women living in France and Senegal, showed a higher bacterial diversity in patients compared to controls with the increase of species such as Gardnerella vaginalis, Atopobium vaginae as well as oxygen-sensitive prokaryotes including Gram-positive anaerobic cocci, and Prevotella spp. Healthy women harbored more Lactobacillaceae species and Proteobacteria in their microbiota. The combination of metagenomics and culturomics has allowed the identification of a complex of 11 bacterial species/genera associated with bacterial vaginosis. The use of the culturomics approach has extended the repertoire of human-associated bacteria, with the isolation of 27 new bacterial species. The low range overlap between metagenomic and culturomics data indicates the need to continue the isolation of bacteria by culturomics. Obtaining isolates will make it possible to explore in vitro the competitions between the bacteria but can also be used as primary material for the development new treatments by bacteriotherapy
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Dione, Niokhor. "Exploration du microbiote digestif : stratégies de culture des bactéries anaérobies et de culture difficile." Thesis, Aix-Marseille, 2017. http://www.theses.fr/2017AIXM0614.
Full textAbstract:
Le microbiote digestif, composé de 1012 à 1014 bactéries par gramme de selle, est dominé par les bactéries anaérobies. Ces dernières, qui dépassent largement les aérobies, ont été découvertes en 1865 par Louis Pasteur dans ses travaux sur la fermentation. Les bactéries anaérobies représentent un intérêt médical particulier par leur implication dans les maladies infectieuses et métaboliques. Les anaérobies sont caractérisés par leur difficulté à être cultivés, car nécessitant une absence ou des concentrations faibles d’oxygène. Ainsi les connaissances sur ces microorganismes étaient limitées. Cependant, avec l’avènement des outils de biologie moléculaire notamment le séquençage à haut débit et le concept culturomics associé à l’identification par spectrométrie de mass MALDI-TOF, la connaissance des microorganismes anaérobies a été accentuée. Dans ce travail, nous nous sommes attelés dans un premier temps à la mise au point d’un milieu de culture efficace pour la culture des bactéries anaérobies et les tests d’activités antimicrobiennes. Nous avons montré dans un deuxième temps que culturomics, associé au MALDI-TOF, était un outil puissant dans l’identification des bactéries anaérobies en microbiologie clinique, mais également dans l’exploration de la diversité microbienne du tube digestif. Cette technique nous a permis d’isoler 19 nouvelles espèces de bactéries anaérobies dont 9 ont été décrites dans la troisième partie de ce travailThe human gut microbiota is known to contain around 1012 to 1014 bacteria per gram of feces, with the majority being anaerobic. The latters were first discovered in 1865 by Louis Pasteur while working on fermentation. Anaerobic bacteria are known to play an important role in health and diseases and thus have taken a lot of attention in the medical field, especially in infectiousdiseases and metabolism. These bacteria are known for its sophisticated culture system because its growth requires little to no oxygen. Nevertheless, few is known about these type of microorganisms but with the advancement of molecular biology and sequencing techniques, its study became wider. Culturomics, is a recently developed culture-based approach that relies on optimizing culture conditions for bacterial growth and its identification by MALDI-TOF MS and 16S rRNA sequencing. The present work aims to create and optimized culture condition for anaerobic bacteria along with testing its anaerobic activities. Also, we aim to demonstrate the efficiency of Culturomics and MALDI-TOF in culturing, identifying and describing anaerobic bacteria in clinical microbiology and in the human gut. This approach allowed us to isolate 19 new anaerobic species out of which 9 has been described in this work.Keywords: Human gut microbiota, culture of anaerobic bacteria, culturomics, MALDI-TOF
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Villain, Adrien. "Étude génomique des interactions diatomées-bactéries." Thesis, Aix-Marseille, 2018. http://www.theses.fr/2018AIXM0202/document.
Full textAbstract:
Les diatomées sont des algues microscopiques qui contribuent à hauteur de 25% environ à la production primaire planétaire. Les diatomées sont très souvent entourées d’une flore bactérienne, avec laquelle de nombreuses interactions ont été documentées. Les génomes de diatomées contiennent par ailleurs de nombreux gènes dont l’origine prédite est bactérienne.Nous avons étudié Asterionella formosa, une diatomée pennée présente dans de nombreux lacs et cours d’eau à l'aide de données omiques. L’utilisation de la métagénomique a permis de reconstruire 30 génomes bactériens, utilisés pour prédire d'éventuelles interactions avec la diatomée. Le séquençage de la sous-unité 16S de l’ARN ribosomique a montré que les différentes espèces bactériennes avaient une abondance variable au cours des phases de croissance de la diatomée, et que certaines étaient plus souvent au contact de la diatomée que libres dans le milieu. Le génome d'A. formosa a ensuite été séquencé à l'aide de la technologie Pacbio et comparé à ceux d'espèces proches. Enfin, l’impact des bactéries sur les diatomées a été abordé sous l’angle de l’évolution et des transferts horizontaux de gènes, qui ont été prédits à partir des données transcriptomiques d’une centaine de diatomées marines.Ce travail représente une première étape dans l'étude de la communauté bactérienne associée à A. formosa. Des expériences complémentaires incluant l’utilisation de transcriptomique ou métabolomique sont maintenant envisageables. Les données collectées et/ou analysées dans ce travail contribuent d'ores et déjà à l’effort global de caractérisation génomique des diatoméesDiatoms are ubiquitous microalgae that contribute approximately 25% to the primary production worldwide. Many interactions, either positive, neutral or negative, have been documented between diatoms and bacteria. Diatom genomes also harbor numerous genes of putative bacterial origin.We are studying Asterionella formosa, a freshwater pennate diatom. We characterized the community using a combination of omics and laboratory techniques. We reconstructed of the genome of the diatom as well as 30 individual genomes from co-cultured bacterial species and investigated metabolisms that could support diatom-bacteria interactions. 16S rRNA sequencing revealed that the abundance of some bacterial species was highly variable over the course of A. formosa growth. Some species seemed preferentially attached to the diatom while others were mainly free-living. Then, the reference sequence of the A. formosa genome was improved by additional long-read (Pacbio) sequencing. Last, relationships between diatoms and bacteria were investigated at a broader evolutionary scale, by looking at horizontal gene transfers using transcriptomic data of a hundred marine diatoms.This work is a first step in the study of the dynamic and complex bacterial community associated with the diatom A. formosa. The accurate identification and the reconstruction of the genome of these bacteria will enable further in silico predictions based on metabolic networks and new omics experiments using transcriptomic or metabolomic. This work already contributes to a global effort to study diatoms by the means of genomics
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Bellone, Rachel. "Aspects moléculaires de l'influence de la température sur la transmission du virus du chikungunya par le moustique Aedes albopictus." Electronic Thesis or Diss., Sorbonne université, 2021. http://www.theses.fr/2021SORUS072.
Full textAbstract:
Le virus du chikungunya (CHIKV) est un arbovirus émergeant qui, au cours des dernières décennies, s’est largement propagé à l’échelle mondiale. Le virus est transmis par les moustiques du genre Aedes, notamment Aedes albopictus qui est aujourd’hui présent dans une soixantaine de départements en France. Vecteurs de plusieurs agents pathogènes, Ae. albopictus représente une réelle menace de santé publique. L’émergence d’arboviroses est généralement liée à la convergence d’un ensemble de facteurs intrinsèques et extrinsèques affectant le vecteur, l’agent pathogène et l’hôte. Le moustique étant un organisme ectotherme, dont la température interne varie avec celle de l’environnement, il est très sensible aux variations de température du milieu ambiant. La relation entre la température et la transmission des arbovirus reste encore mal comprise, en particulier sur le plan moléculaire. L’objectif général de ce projet est de comprendre comment la température affecte les interactions virus-moustique et influence les cycles de transmission. Pour cela, nous étudions les aspects moléculaires du CHIKV, de son vecteur Ae. albopictus et de leurs interactions sous l’influence de la température. Nos résultats démontrent que la température affecte d’une part l’évolution du CHIKV et d’autre part, l’expression génétique et la composition microbienne du moustique, notamment en réponse à l’infection. Ces données apportent des informations importantes sur la manière dont les systèmes vectoriels peuvent être affectés par la température. La compréhension des mécanismes sous-jacents les interactions virus-moustique avec l’environnement sont essentielles afin de prévenir les épidémiesThe chikungunya virus (CHIKV) is an emerging mosquito-borne Alphavirus which has widely spread around the world in the last two decades. The virus is transmitted to human hosts by Aedes mosquitoes, including the invasive species Aedes albopictus, which has today conquered more than half of the French territory. As a vector of several viral pathogens, Ae. albopictus poses a real threat to the health authorities. The emergence of arboviruses such as CHIKV, often results from a complex combination of both intrinsic and extrinsic factors. Since mosquitoes are poikilothermic ectotherms (i.e., internal body temperature is not constant and depends on environmental temperatures), they are acutely susceptible to temperature variations. The relation between temperature and arbovirus transmission is a complex phenomenon that remains poorly understood, especially at the molecular level. The aim of our project is to better understand how temperature affects mosquito-virus interactions and influences transmission cycles. We study the molecular aspects of CHIKV, its vector Ae. albopictus and their interactions under the influence of temperature. Our results show that temperature affects CHIKV evolution as well as mosquito genetic expression and microbial composition, especially in response to infection. These data provide important information on how vector systems can be affected by temperature. Understanding the mechanisms underlying virus-mosquito interactions with the environment is essential in order to prevent epidemics
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Traore, Sory Ibrahima. "Etude de microbiote digestif africain par culturomics et nouvelle technique d'isolement et de culture de Methanobrevibacter smithii." Thesis, Aix-Marseille, 2018. http://www.theses.fr/2018AIXM0672/document.
Full textAbstract:
L’étude du microbiote digestif a connu un regain d’intérêt au début des années 2000, avec l’avènement des techniques moléculaires. La culturomics a démontré sa complémentarité depuis 2010 en réduisant une partie des biais des méthodes moléculaires. Une revue sur les techniques d’étude du microbiote digestif et l’analyse du microbiote des sujets africains. Les études de métagénomique en Afrique ont révélé une augmentation de la biodiversité, en particulier des Spirochaetes et des Prevotella chez les africains par rapport aux occidentaux. Sur les 1162 bactéries isolées par culturomics, 476 n'étaient pas africaines, 445 étaient communes et 241 étaient d’origine africaine dont 68 nouvelles espèces. Pour ma participation au travail de culturomics, 102750 colonies testées par MALDI-TOF,ont permis d'identifier 377 espèces incluant 40 nouvelles espèces,17 nouveaux genres et 2 nouvelles familles.Ces nouvelles espèces ont été décrites par taxonogenomics ou new species announcement.Les archaea méthanogènes ont une prévalence de 97,4% pour M. smithii et associés à des pathologies comme l’abcès du cerveau,les parodontites etc. La culture est fastidieuse et nécessitait une source extérieure d’hydrogène. Sous enceinte anaérobie, nous avons cultivé avec succès M. smithii à partir d’un milieu de culture liquide inoculé d’échantillon de selle. L’isolement en culture pure a été un succès sur milieu gélosé en réalisant une coculture avec Bacteroides thetaiotaomicron. Nous avons aussi testé avec succès la coculture de M. smithii avec d’autres bactéries productrices d’hydrogène connues. Les tests de chromatographie en phase gazeuse montraient que ces souches produisaient de l’hydrogèneThe study of the digestive microbiota was a renewed interest in the early 2000s, with the advent of molecular techniques. The culturomics has demonstrated its complementarity since 2010 by reducing some of the biases of molecular methods. A review on the techniques of studying the digestive microbiota and the analysis of the microbiota of African subjects. Metagenomic studies in Africa have revealed an increase in biodiversity, especially Spirochaetes and Prevotella among Africans compared to Westerners. Of the 1162 bacteria isolated by culturomics, 476 were non-African, 445 were common, and 241 were of African origin, including 68 new species. For my participation in the work of culturomics, 102750 colonies tested by MALDI-TOF, identified 377 species including 40 new species, 17 new genera and 2 new families. These new species have been described by taxonogenomics or new species announcement.Methanogenic archaea have a prevalence of 97.4% for M. smithii and associated with pathologies such as brain abscess, periodontitis and so on. The cultivation is tedious and required an external source of hydrogen. Under anaerobic enclosure, we successfully cultivated M. smithii from a liquid culture medium inoculated with a stool sample. The isolation in pure culture was a success on agar medium by performing a coculture with Bacteroides thetaiotaomicron. We have also successfully tested the co-culture of M. smithii with other known hydrogen-producing bacteria. Gas chromatographic tests showed that these strains produced hydrogen
Book chapters on the topic "Microbiome bactérien"
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BURGAIN, Jennifer, and Marie-Bénédicte ROMOND. "Lactobacilles : sélection des souches et effets probiotiques." In Mise en oeuvre des procédés enzymatiques et des bactéries lactiques dans les industries agro-alimentaires, 227–39. ISTE Group, 2023. http://dx.doi.org/10.51926/iste.9137.ch9.
Full textAbstract:
Les lactobacilles sont des bactéries lactiques présentes dans les aliments fermentés tels que le yaourt, le fromage, le pain ou la choucroute. Ils jouent un rôle clé au niveau du microbiote intestinal. Lacticaseibacillus rhamnosus GG est considérée comme une bactérie probiotique modèle et fait l'objet de nombreuses études cliniques visant à démontrer ses effets bénéfiques sur la santé. Dans ce chapitre, le potentiel probiotique de certaines espèces récemment reclassées (Lacticaseibacillus casei, Lacticaseibacillus paracasei, Lacticaseibacillus rhamnosus, Lactobacillus acidophilus) est mis en évidence et discuté.
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CRUZ, L. C. F., S. A. SAMPAIO, T. F. COSTA, S. L. S. A. ALEXANDRINO, C. S. SOUZA, K. F. BORGES, and C. S. MINAFRA. "Principais desafios que afetam a saúde intestinal das aves." In Produção Animal e Vegetal: Inovações e Atualidades. Agron Food Academy, 2021. http://dx.doi.org/10.53934/9786599539633-62.
Full textAbstract:
O trato gastrointestinal das aves é colonizado por microrganismos benéficos e maléficos, vivendo de maneira comensal. As bactérias benéficas influenciam positivamente a integridade intestinal, funcionalidade da barreira de proteção, resposta imunológica, digestão e absorção dos nutrientes. As bactérias maléficas causadoras de enterites nas aves são: Clostridium colinum (enterite ulcerativa), Clostridium perfringens (enterite necrótica), Campylobacter jejuni e Campylobacter coli (enterite hemorrágica), Escherichia coli, Salmonella entérica (Salmonella pullorum - pulorose e Salmonella gallinarum - tifo aviário). Os protozoários causadores de enterites são: Eimeria acervulina, Eimeria maxima, Eimeria tenella (causam a coccidiose), Cryptosporidium meleagridis, Cryptosporidium baileyi e Cryptosporidium galli. Os vírus que acometem aves são: Paramoxivírus aviário tipo I (doença de Newcastle), rotavírus, astrovírus e reovírus. Porém, as lesões intestinais provocadas pelo microbioma maléfico podem ser amenizadas com o uso de prebióticos e probióticos na dieta das aves. Os prebióticos e probióticos fortalecem o sistema imunológico da ave, previne contra doenças entéricas infecciosas e melhora a digestão e absorção intestinal. Algumas bactérias que pertencem a microbiota intestinal das aves são utilizadas como probióticos, as espécies mais utilizadas pertencem ao gênero Lactobacillus e Bifidobacterium. Esta revisão analisa as informações científicas disponíveis sobre os principais microrganismos que afetam a saúde intestinal das aves e o uso de prebióticos e probióticos como aditivos preventivos na literatura vigente.
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Sabino, Yasmin Neves Vieira, Thaís Costa de Almeida, Beatriz Oliveira Rodrigues, Cinthia Alvim Faria, Fernanda Nogueira Elerati, Pedro Henrique Ferreira de Carvalho, Aripuanã Sakurada Aranha Watanabe, et al. "Relação entre microbiota pulmonar e eixo intestino-pulmão com a tuberculose: Uma revisão de literatura." In CIÊNCIA MÉDICA DESCOBERTAS CIENTÍFICAS PARA UMA SAÚDE TRANSFORMADORA. Seven Editora, 2023. http://dx.doi.org/10.56238/ciemedsaudetrans-039.
Full textAbstract:
A microbiota corresponde ao conjunto de microrganismos, como bactérias, arqueas, fungos e vírus, os quais estão presentes no corpo humano. O trato respiratório, juntamente ao intestino, a pele, o trato urogenital e a cavidade bucal, representam microbiomas complexos. O trato respiratório é dividido, anatomicamente, em trato respiratório superior, o qual é composto por cavidade nasal, seios paranasais, nasofaringe e laringe; e em trato respiratório inferior, formado por traqueia, brônquios, bronquíolos e pulmões; partes que apresentam microbiotas distintas. Por muito tempo, o pulmão de um indivíduo saudável foi considerado um ambiente estéril. Contudo, desde 2010, essa crença tem sido refutada. Além disso, foi descoberto que a microbiota pulmonar apresenta profunda relação com a microbiota intestinal, através do eixo intestino-pulmão. Esse eixo indica relação entre o sistema imune desses dois órgãos, via sistema linfático e corrente sanguínea, atuando na modulação da imunidade e influenciando na susceptibilidade a doenças, como a tuberculose. A tuberculose é uma doença causada pelo M. tuberculosis, e é uma das principais causas de morte em todo o mundo. Em 2019, cerca de 10 milhões de novos casos de tuberculose e 1,4 milhões de mortes foram contabilizados pela OMS. Desse modo, o presente capítulo visa compreender a forma com que a microbiota pulmonar e sua conexão com intestino, via eixo intestino-pulmão, interfere na patogênese da tuberculose, doença de grande relevância epidemiológica, além de reunir informações sobre as alterações da microbiota devido à doença e também relacionar um possível uso de moduladores da microbiota no tratamento da tuberculose.
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TEÓFILO, Jeanine S. C., Lia K. C. BACK, and Juliana D. LINDENAU. "Microbioma intestinal humano e as influências do modo de vida." In CIÊNCIAS AMBIENTAIS E DA SAÚDE NA ATUALIDADE: Insights para alcançar os Objetivos para o Desenvolvimento Sustentável, 7–32. Instituto de Inteligência em Pesquisa e Consultoria Cientifica Ltda, 2022. http://dx.doi.org/10.56041/9786599841804-1.
Full textAbstract:
O corpo humano abriga cerca de 100 trilhões de micro-organismos. Estima-se que, no corpo humano exista 1,3 células bacterianas para cada célula humana, e que o número de genes microbianos exceda em 100 vezes o humano. A relação entre o homem e os micro-organismos presentes no corpo humano foi estabelecida desde o surgimento da vida e, acompanha todas as condições de vida a que ambos estão sujeitos. O microbioma intestinal humano é moldado por uma complexa conexão entre os fatores intrínsecos do microbioma e os fatores externos, que estão relacionados ao hospedeiro e ao ambiente. Com os importantes avanços das ciências genômicas, os estudos deste campo evoluíram muito, e já é possível compreender que há diferenças entre o microbioma ancestral, o dos povos caçadores-coletores, o dos agricultores e o dos de vida urbana. Corre-se o risco de perder alguns tipos específicos de bactérias intestinais devido à urbanização e sanitização. Quais bactérias se deve preservar e como realizar isso, são questões nesta área de estudo ainda não esclarecidas. Este capítulo se propõe a discutir o status do conhecimento atual sobre este tema.
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OLIVEIRA, C. R., A. B. MARIANI, C. L. CARVALHO, G. M. GALLI, and I. ANDRETTA. "Uso de probióticos na produção de suínos: revisão." In Produção Animal e Vegetal: Inovações e Atualidades. Agron Food Academy, 2021. http://dx.doi.org/10.53934/9786599539633-71.
Full textAbstract:
Uma microbiota equilibrada é indispensável para um intestino saudável, e consequentemente, para a melhor absorção dos nutrientes advindos da dieta. Diferente dos antibióticos, que não são seletivos e atingem tanto as bactérias patogênicas como as bactérias benéficas, os probióticos são microrganismos vivos que promovem um aumento da concentração de bactérias benéficas em detrimento das patogênicas. Eles são utilizados como modificadores nutricionais e fonte de abastecimento da microbiota intestinal, atuando na recuperação do sistema imunológico dos animais e conferindo melhor desempenho de produção. Além disso, atuam tanto na redução de toxinas quanto na redução de diarreia em leitões pós-desmamados, beneficiando o crescimento dos suínos. Portanto, a utilização de probióticos se faz presente como um possível substituto da utilização de antibióticos compensando eventuais malefícios que estes tenham causado ao longo de sua utilização, apoiando desta forma, a produção de suínos de forma lucrativa e sustentável. Nesta revisão, microrganismos probióticos e produtos comerciais utilizados na nutrição de suínos são discutidos, visando fornecer um conhecimento atualizado e abrangente para nutricionistas e produtores de suínos.
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Costa, Sarah Camargo, Isabelly Cristina Felipe, and Bettina Gerken Brasil. "A INFLUÊNCIA DA MICROBIOTA INTESTINAL NO DESENVOLVIMENTO DO CÂNCER COLORRETAL." In O cuidado em saúde baseado em evidências - Volume 2, 48–68. Editora Científica Digital, 2023. http://dx.doi.org/10.37885/230713674.
Full textAbstract:
A microbiota intestinal é uma comunidade de micro-organismos conhecida por bactérias, fungos, arqueias e vírus que colonizam o trato gastrointestinal, principalmente o intestino grosso. Em um indivíduo saudável, os filos predominantes na microbiota são Firmicutes e Bacteroidetes. Foi desenvolvido uma revisão narrativa com o objetivo de descrever como a microbiota e alimentação podem ser fator de risco ou proteção ao câncer colorretal. Os hábitos alimentares têm uma influência significativa no ambiente intestinal, e a alimentação ocidental está fortemente associada à disbiose, caracterizada pelo desequilíbrio e acúmulo de patógenos oportunistas. Por outro lado, uma dieta equilibrada pode prevenir e afetar a progressão de câncer colorretal. A microbiota desempenha diversos papéis, desde a troca de nutrientes e indução da imunidade inata até a ativação de vias de sinalização envolvidas no desenvolvimento de condições patológicas e doenças neurodegenerativas. Estima-se que 30% a 40% dos tipos de câncer estejam relacionados à má alimentação e ao estilo de vida, o que torna o câncer uma doença em grande parte evitável. Recentemente, tem-se destacado não apenas da suscetibilidade gênica, mas também as interações entre gene e dieta.
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PEREIRA TIAGO, FABIANA DA CONCEIÇÃO, GIULIA CLARA DE AMORIM, and FABIANA DE MOURA. "ANÁLISE DE CEPAS BACTERIANAS DE CULTIVOS DE KEFIR SELVAGEM COM CARACTERÍSTICAS POTENCIALMENTE PROBIÓTICAS PARA O DESENVOLVIMENTO DE UM ALIMENTO FUNCIONAL." In Educação Profissional e Tecnológica (Vol 02). Editora Realize, 2024. http://dx.doi.org/10.46943/ix.conedu.2023.gt20.008.
Full textAbstract:
O presente trabalho foi realizado no Centro Federal de Educação Tecnológica de Minas Gerais e teve como objetivo analisar o potencial probiótico de cepas bacterianas isoladas de kefir de leite. O kefir é uma bebida fermentada geralmente em leite e seus grãos são associações simbióticas de microrganismos, dentre eles bactérias ácido acéticas e ácido lácticas. Já foram observados diversos benefícios á microbiota intestinal devido ao consumo de kefir. Inicialmente, foram isoladas e caracterizadas quanto à morfologia 11 cepas bacterianas provenientes de uma amostra de kefir. Os isolados foram submetidos a testes de termotolerância, simulação do ambiente gástrico e resistência aos sais biliares e teste de inibição in vitro. Os resultados mostraram que todas as culturas bacterianas possuem bom crescimento na temperatura corporal dos mamíferos de 37°C. Entretanto, mesmo sendo resistente aos sais biliares, a maior parte das bactérias testadas não apresentaram grande número de sobreviventes à simulação do ambiente gástrico. Por fim, nenhum dos isolados produziu substâncias inibidoras contra os patógenos testados. Portanto, as bactérias isoladas de kefir cultivado em leite e testadas no presente experimento não possuem alto potencial probiótico para o desenvolvimento de um alimento funcional. É importante ressaltar que este trabalho não utilizou testes de identificação específicos para determinar a identidade das bactérias isoladas de kefir.
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Lopes, M. J. S., I. Silva, D. Santos, E. Brito, B. Santiago, and Ely Simone Cajueiro Gurgel. "RIZOBACTÉRIAS DA CARAPA GUIANENSIS AUBL." In Gestão Ambiental e Biodiversidade: tópicos atuais em pesquisa, 147–53. Editora Científica Digital, 2023. http://dx.doi.org/10.37885/230513065.
Full textAbstract:
Dentre as espécies nativas da Amazônia, a Carapa guianensis Aubl, popularmente conhecida por andiroba, destaca-se pelo seu múltiplo uso, principalmente pelas suas propriedades medicinais. Sua microbiota rizosférica é um ambiente ideal para selecionar microrganismos com potencial de aumentar a tolerância de plantas aos estresses ambientais. Por isso, o objetivo do estudo foi verificar a resistência de rizobactérias de Carapa guianensis Aubl. à alta temperatura. A rizosfera de andiroba foi coletada na floresta nativa do Pará. O experimento foi conduzido no Laboratório de Biotecnologia de Propágulos e Mudas (LBPM) do Museu Paraense Emílio Goeldi (MPEG). Para seleção de ribactérias foi utilizado o método de diluição seriada e de alta temperatura. Foram realizados teste de fluorescência, características morfológicas das colônias, pH e o cálculo da Unidade Formadora de Colônias (UFC). Não foram encontradas bactérias fluorescentes. A elevada temperatura reduziu o crescimento de colônias, selecionando bactérias resistentes com potencial biotecnológico para testes futuros.
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LIRA DE SÁ CAVALCANTI, FELIPE, LINDOMAR MARIA DE SOUZA, and MARTA RIBEIRO BARBOSA. "AVALIAÇÃO MICROBIOLÓGICA DOS APARELHOS CELULARES DE FUNCIONÁRIOS E COLABORADORES DO CETENE: UMA IMERSÃO DO PROGRAMA FUTURAS CIENTISTAS." In Ciência e democracia - o que essa relação depende de nós? Editora Realize, 2022. http://dx.doi.org/10.46943/vii.conapesc.2022.01.006.
Full textAbstract:
Com o advento da tecnologia, novos hábitos foram criados e incorporados na vida cotidiana das pessoas, a exemplo do porte e utilização dos aparelhos celulares. Por serem objetos pequenos e de fácil manuseio, estão constantemente em contato com o ambiente e corpo dos seus usuários, sendo expostos à contaminação. O objetivo deste projeto, dentro do Programa Futuras Cientistas, foi fazer uma investigação morfológica e microscópica da microbiota presente nos celulares de profissionais de uma Instituição de Pesquisa da cidade do Recife. Para isso foram coletadas amostras de 20 aparelhos com auxílio de “swab” estéril e incubadas em meio BHI por 24h. Em seguida as amostras foram semeadas por esgotamento em estria em Ágar sangue, Ágar MacConkey e Ágar cromogênico. A avaliação das colônias foi realizada por inspeção visual seguida de microscopia óptica após coloração de Gram. Os resultados indicaram que todas as amostras coletadas apresentaram algum tipo de colonização, constatada pelo crescimento de colônias em pelo menos dois dos três meios de cultura utilizados. Foi verificado em várias amostras a presença de bactérias Gram-positivas e Gram-negativas oriundas do ambiente (Actinobactérias e Pseudomonas aeruginosa), além de bactérias da microbiota normal e transitória da pele e mucosas (Staphylococcus spp. e Staphylococcus aureus) e trato intestinal (Escherichia coli, Klebsiella pneumoniae e Enterococcus faecalis). Devido ao número limitado de amostras, não foi possível inferir nenhuma associação entre os dados sociodemográficos dos participantes do estudo com o perfil microbiológico encontrado. Por fim, este estudo demostrou que os telefones celulares são objetos altamente colonizados e que podem ser um veículo de contaminação e propagação de doenças para seus usuários. Portanto, hábitos de higiene mais adequados, tais como a lavagem das mãos antes e após a utilização destes aparelhos e a higienização frequente dos mesmos, se faz necessário.
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Quintino, Greice Kelly Leite, Sara Scandorieiro, Mirela Fulgencio Rabito Melo, Fernanda Belicantha Borghi Pangoni, Renata Katsuko Takayama Kobayashi, and Audrey Alesandra Stinghen Garcia Lonni. "Contaminação microbiológica em maquiagens de uso coletivo, uso individual e sem uso (novas) e seus possíveis efeitos adversos aos usuários." In CIÊNCIA MÉDICA DESCOBERTAS CIENTÍFICAS PARA UMA SAÚDE TRANSFORMADORA. Seven Editora, 2024. http://dx.doi.org/10.56238/ciemedsaudetrans-053.
Full textAbstract:
A contaminação microbiológica de cosméticos pode trazer riscos à saúde do consumidor, podendo estar relacionada com o manuseio incorreto, não realização de Boas Práticas de Fabricação (BPF) e higiene, compartilhamento de produtos e proliferação de microrganismos advindo de partículas suspensas no ar. Os produtos cosméticos permitem o crescimento microbiano, devido à presença de quantidades variáveis de nutrientes, que pode causar deterioração dos produtos e atuar como fonte potencial de infecções. Tendo em vista o grande uso de cosméticos na categoria de maquiagens, fazem-se necessários estudos sobre a avaliação microbiológica destes produtos, levando em conta o uso individual e compartilhado (testers, salões de beleza, etc). O objetivo desta revisão é descrever os principais microrganismos envolvidos na contaminação de maquiagem de uso coletivo, uso individual e sem uso, e correlacionar com eventos adversos causados aos usuários. Para coleta de dados foram analisados diferentes artigos científicos de pesquisa relacionada a controle de qualidade microbiológico de maquiagens. Foram encontrados diversos microrganismos, bactérias Gram-positivas, bactérias Gram-negativas e fungos, sendo que a maioria estava acima dos limites permitidos pela Anvisa. Dentre as bactérias, o gênero mais predominante foi Staphylococcus spp. devido este estar presente na microbiota normal da pele. Outros microrganismos de importância clínica também foram relatados e ultrapassaram os limites permitidos pela Anvisa. Em indivíduos imunocomprometidos, o risco de infecção por contaminação microbiana desses cosméticos é maior do que em indivíduos imunocompetentes. Sendo assim, este estudo de revisão bibliográfica conclui que é importante garantir o controle de qualidade microbiológico dos cosméticos, seguindo as recomendações das BPF e higiene. O uso inadequado e compartilhamento de maquiagens trazem riscos à saúde do consumidor.
Conference papers on the topic "Microbiome bactérien"
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Alencar, Artur Nogueira Matos, Rafael Del Bel Sonoda, Renato de Lima Rozenowicz, Juliana Cristina Marinheiro, and Heloísa Rosa. "O PAPEL DO MICROBIOMA NO DESENVOLVIMENTO DO CÂNCER DE MAMA: UMA ASSOCIAÇÃO POSSÍVEL?" In Congresso Médico Acadêmico da Universidade Nove de Julho. Universidade Nove de Julho, 2022. http://dx.doi.org/10.5585/comamedvg.2022.23.
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Introdução: A microbiota humana é formada por microrganismos comensais e os genes que eles expressam são conhecidos por microbioma. A microbiota intestinal (MI) participa de processos fisiológicos e sua composição pode ser modulada por fatores modificáveis e não modificáveis como genética, dieta, tabagismo e consumo de álcool; seu desequilíbrio (disbiose) pode levar a várias doenças, entre elas o câncer. Estudos recentes mostram a relação entre a composição da MI no metabolismo dos estrogênios e seu possível envolvimento com o câncer de mama, que é o tipo de câncer mais incidente entre mulheres. De acordo com o Instituto Nacional de Câncer (INCA), para o Brasil, estimam-se 66.280 novos casos de câncer de mama, para cada ano do triênio 2020-2022. Objetivo: Revisar a literatura acerca da possível associação entre o microbioma/MI no desenvolvimento do câncer de mama. Materiais e Métodos: Trata-se de uma revisão bibliográfica narrativa utilizando-se artigos científicos publicados na base de dados Medline/Pubmed, buscados a partir das palavras-chave "breast cancer AND microbiome", no dia 28/01/2022. Para a pesquisa, foram aplicados os seguintes filtros: livros e documentos, ensaio clínico, ensaio clínico randomizado, meta-análise, revisão sistemática e revisão, no período de 10 anos. Dentre os 156 artigos encontrados, foram mantidos para análise aqueles cujo título contém as palavras “microbiome” e/ou “microbiota” e “breast cancer”, somando um total de 28 artigos. Resultados: Os 26 de 28 artigos analisados sugerem que a MI influência nos níveis de estrogênios circulantes e excretados. Estrogênios endógenos (estradiol, estrona e estriol), seus metabólitos e estrogênios exógenos são relevantes para a carcinogênese do tecido mamário. No fígado, são conjugados a partir de reações de glicuronidação e sulfonação e posteriormente secretados no intestino através da bile. Hipotetiza-se que o estroboloma (conjunto de genes de bactérias entéricas cujos produtos são capazes de metabolizar os estrogênios) module o metabolismo do hormônio devido a atividade beta-glicuronidase exibida por bactérias como Escherichia coli, Bacteroides, Bifidobacterium e Citrobacter. Sendo assim, na disbiose, sugere-se que um estroboloma enriquecido com tais bactérias favorece a desconjugação e o consequente aumento nos níveis de estrogênios livres circulantes via reabsorção entero-hepática. Ao se ligar no receptor de estrogênio no tecido mamário, o estrogênio estimula a proliferação celular, favorecendo a iniciação e a promoção do câncer. Conclusão: Novos estudos devem ser realizados para comprovar a associação entre o microbioma e a constituição da MI no desenvolvimento do câncer de mama. A descoberta poderá auxiliar na elaboração de novas recomendações e diretrizes para a prática clínica, além de melhorar a abordagem quanto à prevenção e prognóstico do câncer de mama, diminuindo o número de mortes associadas à doença. Palavras-chave: microbiota; estrogênios; neoplasia da mama.
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Veríssimo, Graciete Soares Libório, and Ivanize Barbosa De Souza. "MICROBIOMAS: O EQUÍLIBRIO ENTRE O MUNDO MICROBIANO E O NOSSO." In II Congresso Brasileiro de Ciências Biológicas On-line. Revista Multidisciplinar de Educação e Meio Ambiente, 2021. http://dx.doi.org/10.51189/rema/1266.
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Introdução: Microbioma é uma comunidade de microrganismos, e seus genes, que convivem de forma equilibrada em determinado ecossistema. Cada comunidade hospeda um microbioma único, que pode ser alterado por uma variedade de condições, tanto bióticas quanto abióticas, cujas faixas quantitativas determinam taxas de crescimento positivas ou negativas da unidade evolutiva contidas nesse espaço. Objetivo: Compreender melhor as interações que existem entre o microbioma e a qualidade de vida. Material e métodos: Consistiu-se em uma revisão de literatura, a partir de uma abordagem qualitativa, na base de dados Pubmed, utilizando como termo de busca booleano ((microbiome[Title/Abstract]) AND (human[Title/Abstract])) AND (environment[Title/Abstract]). Foram encontrados 900 artigos, compreendendo o período de 2016 a 2021. Resultados: Desde sua origem a Terra é dominada por microrganismos, que interagem entre si, formando a biosfera, controlando ciclos biogeoquímicos, afetando a geologia, hidrologia, climas locais e globais. A relação entre as plantas e sua microbiota mostram que elas hospedam comunidades microbianas individuais e diversas, essenciais para sua sobrevivência, influenciando o hospedeiro, como crescimento, tolerância a patógenos, pragas, estresses ambientais e até mesmo na produtividade do ecossistema. Com o advento do sequenciamento genético, descobrimos que corpo humano é composto por um microbioma de mais trilhão de microrganismos, que convivem de forma equilibrada e desempenha um papel benéfico sobre nossa saúde. O microbioma humano interage com o hospedeiro, oferecendo suporte fisiológico no processo de digestão, barreira mucosa intestinal, absorção de nutrientes, maturação de tecidos imunológicos, além de prevenir a propagação de microrganismos. Sua função é relatada no equilíbrio do sistema auto-imune, problemas como obesidade, diabetes, câncer de cólon, dentre outros. Quanto aos distúrbios psiquiátricos, há estudos de seu papel na depressão, ansiedade e aspectos neurológicos como Alzheimer, Parkinson e autismo. Outra área em ascensão é o transplante de microbiota fecal, método de tratamento utilizado para tratar doenças intestinais e combater bactérias patogênicas sem a necessidade do uso de antibióticos. Conclusão. Embora houvesse um conceito de que os microrganismos eram majoritariamente seres nocivos, hoje se sabe que os microrganismos são necessários para o equilíbrio de vida tanto no ambiente em que vivemos, como no nosso corpo.
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Lopes, Lorena Vieira, VINÍCIUS GRZECHOEZINSKI AUDINO, and GABRIEL STECHECHEN WIER. "EIXO INTESTINO-PULMÃO E O PAPEL DA MICROBIOTA INTESTINAL NA RESPOSTA À INFECÇÃO POR SARS-COV-2." In II Congresso Brasileiro de Imunologia On-line. Revista Multidisciplinar em Saúde, 2022. http://dx.doi.org/10.51161/ii-conbrai/6286.
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Introdução: A microbiota intestinal está relacionada à modulação do sistema imunológico, influenciando no processo inflamatório e na resposta a infecções. No curso da COVID-19, uma resposta exacerbada, na conhecida “tempestade de citocinas”, gera hiperinflamação e é fator determinante da gravidade da doença. Objetivo: Analisar os efeitos da microbiota intestinal na regulação da resposta imunológica à infecção por SARS-CoV-2 e seus mecanismos. Metodologia: Realizou-se revisão da literatura, a partir de publicações indexadas na plataforma PubMed. Foram utilizados os descritores “COVID-19”, “microbiome”, “inflammation” e “gut-lung axis”. Após avaliação criteriosa, foram selecionados 5 artigos para a presente revisão. Resultados: Foram relatadas associações entre a microbiota intestinal e a mortalidade por infecções respiratórias, sugerindo a existência de um eixo de comunicação bilateral “intestino-pulmão”. O possível mecanismo dessa interação é a atuação da microbiota na imunidade inata antiviral do trato respiratório através da liberação de metabólitos e sinais imunomodulatórios que influenciam macrófagos alveolares, células epiteliais e células dendríticas. O microbioma modula a expressão de receptores Interferon tipo I e secreção de IFN-α e IFN-β, com efeito na restrição da replicação viral. A alteração da composição da microbiota intestinal (disbiose) possivelmente guarda correlação positiva com a gravidade da COVID-19: observou-se aumento de táxons patogênicos e diminuição daqueles conhecidos por sua ação protetora, conforme maiores as taxas de complicações. A composição bacteriana intestinal em pacientes com doença leve se mostrou mais próxima a controles, enquanto casos graves e fatais apresentaram importante diferença em relação às bactérias protetoras. Maiores níveis de citocinas inflamatórias foram correlacionados à alteração da microbiota intestinal em pacientes hospitalizados com COVID-19. A disbiose intestinal prévia, comum em pacientes com comorbidades e idade avançada, também está ligada à desregulação da resposta inflamatória ao SARS-CoV-2. Conclusão: Os mecanismos que ligam a microbiota intestinal à resposta à infecção por SARS-CoV-2 não são totalmente compreendidos. Porém, os resultados sugerem correlação entre a composição da microbiota intestinal, reação inflamatória e o curso da COVID-19, constituindo uma rota promissora à compreensão da patogênese e elaboração de estratégias que diminuam o impacto da doença. Dessa forma, mais estudos são necessários para que essa relação seja estabelecida.
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Saliba, Leonardo Camargos, and KAREN RODRIGUES VIEIRA. "MICROBIOTA COMO FONTE IMUNOMODULADORA: NOVOS OLHARES SOBRE AS DOENÇAS EMERGENTES DO SÉCULO XXI." In II Congresso Nacional de Microbiologia Clínica On-line. Revista Multidisciplinar em Saúde, 2022. http://dx.doi.org/10.51161/ii-conamic/6174.
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Introdução: A microbiota humana representa uma ampla gama de microorganismos que compõem a flora intestinal de um indivíduo. Essa comunidade microbiana se forma após o nascimento e está intimamente relacionada com a modulação do sistema imunológico. Considerada um ecossistema extremamente complexo, sua composição varia com a idade, estilo de vida e hábitos alimentares. No último século, após o advento dos antibióticos e da industrialização alimentícia, houve uma mudança significativa nos subgrupos da microbiota intestinal. Concomitantemente, elevou-se o espectro das doenças consideradas imunomediadas. Alergias, demências e distúrbios gastrointestinais prevalecem no cotidiano de grande parcela da população a nível mundial. Questiona-se, então, a relação entre nossos microorganismos intestinais com a ativação e equilíbrio do sistema imunológico. Objetivo: O presente trabalho busca relacionar as mudanças na microbiota e sua relação com a elevada incidência de doenças autoimunes no século XXI. Material e métodos: Realizou-se uma revisão bibliográfica das bases de dados PubMed e Scielo utilizando os descritores: Autoimmune diseases, Microbioma, Microbiota Intestinal e Simbiose Intestinal. Foram selecionados 5 artigos publicados a partir de 2017 para base deste estudo. Resultados: O equilíbrio simbiótico entre microbiota e sistema imune permite que haja tolerância imunológica às bactérias consideradas benéficas ao organismo humano. A médio e longo prazo, nota-se que esses pacientes se tornam mais protegidos de doenças autoimunes. Em contrapartida, pacientes medicados repetidamente com antibióticos apresentam uma disbiose seguida de infecções intestinais oportunistas, como a causada pelo Clostridium difficile. Outrossim, dietas ricas em carboidratos e com baixo teor de fibras mostram-se mais imunogênicas ao comprometer a homeostase de bactérias residentes no TGI. Com isso, há maiores chances de desenvolver doenças inflamatórias intestinais, como Chron e Retocolite. Conclusão: Nosso microbioma intestinal tem mostrado influência no processo de saúde e doença de seu hospedeiro. Entende-se, portanto, que a manutenção de uma microbiota autóctone é capaz de reduzir a incidência de doenças imunomediadas. Tendo isso em mente, alternativas que visem corrigir uma disbiose intestinal, como probióticos, prebióticos e até transplante de microbiota fecal, podem prevenir e tratar uma ampla gama de doenças consideradas emergentes no século XXI.
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Gomes, Ana Beatriz Dourado, and PAULO HENRIQUE TAKATSU DE OLIVEIRA. "A INFLUÊNCIA DA MICROBIOTA NA RESPOSTA AO TRATAMENTO COM IMUNOTERAPIA EM PACIENTES ONCOLÓGICOS." In II Congresso Brasileiro de Imunologia On-line. Revista Multidisciplinar em Saúde, 2022. http://dx.doi.org/10.51161/ii-conbrai/6931.
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Introdução: Estudos realizados demonstr:aram que a microbiota intestinal influencia a resposta aos inibidores de checkpoint (CPIs) em pacientes oncológicos. Dessa forma, a administração de um produto contendo bactérias vivas (CMB588), demonstrou impacto positivo sobre a resposta ao tratamento com imunoterápicos. Objetivo: Investigar a influência da microbiota na resposta ao tratamento com imunoterapia em pacientes oncológicos. Material e métodos: Utilizou-se o banco de dados PubMed. Os descritores utilizados, pesquisados de acordo com o DeCS e MeSH, foram \"microbiota” e “imunoterapia” e \"imunologia\" e\"oncologia\". De 6 artigos, foram selecionados 4, nacionais e internacionais, dos últimos 3 anos, configurados como meta-análise, revisões sistemáticas e estudos clínicos randomizados. Resultados: Estudos realizados em diversos grupos de pacientes oncológicos demonstraram uma correlação entre a microbiota intestinal e a resposta ao tratamento com imunoterapia. A microbiota representa um conjunto de microorganismos que habitam o intestino humano, sendo importantes no desenvolvimento das células do sistema imune, no estímulo à função protetora do organismo e na própria progressão tumoral. A imunoterapia, por sua vez, é uma modalidade terapêutica que utiliza a modulação do sistema imune como base para o combate às neoplasias, tendo como alvo principal o bloqueio do eixo PD-1/PD-L1 (responsável por permitir evasão tumoral), por meio da administração de anticorpos monoclonais. Estudos comparativos em pacientes com carcinoma de células renais metastático fazendo uso de Nivolumabe e Ipilimumabe, foram divididos em dois grupos controle, o primeiro fez uso do produto bacteriano vivo CMB588, porém o outro não. Dessa forma, a adição de certos microrganismos selecionados à microbiota, favoreceu a hiper - regulação do sistema imune (por meio da melhora na resposta do CPI), aumentando a resposta ao tratamento imunoterápico e a consequente progressão da sobrevida global. Conclusão: Determinadas bactérias presentes na microbiota intestinal possuem impacto positivo na resposta ao tratamento imunoterápico contra neoplasias, mediante o acréscimo na resposta do CPI. Diante disso, torna - se imperativo o incremento de estudos que promovam observação clínica, elucidação do mecanismo de ação e os efeitos do microbioma no sistema imune.
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Carvalho, Evelise Leis, Darlene Lopes Rangel, Carlos Eduardo Pinheiro Leher, Juliano Tomazzoni Boldo, and Paulo Marcos Pinto. "MICROBIOTA ASSOCIADA À ALGA ANTÁRTICA PRASIOLA CRISPA." In II Congresso Brasileiro de Biotecnologia On-line. Revista Multidisciplinar de Educação e Meio Ambiente, 2022. http://dx.doi.org/10.51189/conbiotec/17.
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Introdução: O continente Antártico tem atraído a atenção por propiciar o desenvolvimento de vida em condições ambientais extremas. Frio e ventos intensos, ciclos de congelamento e descongelamento, altos níveis de radiação ultravioleta tornam este ecossistema um desafio para o desenvolvimento de organismos. Um organismo presente na região é a Prasiola crispa, uma macroalga verde taloide extremófila que, além de sobreviver, se desenvolve com sucesso em regiões supralitorais e terrestres da Antártica. Pouco é conhecido sobre os mecanismos de sobrevivência da P. crispa, no entanto, vários estudos tem sido realizados para compreender melhor o organismo e o que fez esta macroalga se destacar tanto na região. Associações microrganismo-alga são conhecidas e estudadas há vários anos, dentre elas, a relação mutualística onde ambos organismos se beneficiam e, além disto, podem prover melhores condições de desenvolvimento e melhores respostas a estresses. Objetivo: Portanto, o objetivo deste trabalho foi analisar o metatranscriptoma de P. crispa a fim identificar a microbiota associada que possa estar relacionada com desenvolvimento e a sobrevivência desta alga na Antártica. Material e métodos: Os dados do metatranscriptoma previamente obtidos pelo grupo, foram submetidos ao pipeline de análise MG-RAST (https://www.mg-rast.org/), contra o banco de dados do software, com parâmetros padrão, por 72 horas. Resultados: Os resultados da análise do conjunto de dados pelo MG-RAST apresentaram uma diversidade alfa de 428 espécies. As sequências do metatranscriptoma foram classificadas por táxons, onde 72,30% das sequências foram do domínio Bactéria, 27,56% do domínio Eukaryota, em relação as famílias de bactérias, as sequências mais abundantes foram de Sphingobacteriaceae 15,65%, e Comamonadaceae 11,32%. Por fim, 3,98% e 3,07% da sequência total analisada são do gênero Variovorax e Polaromonas respectivamente, ambas pertencentes a famílias das Comamonadaceae. Polaromonas são bactérias gram-negativas, aeróbicas e possuem forma de bastão, além do mais, são psicrófilos, ou seja, são bactérias extremófilas encontradas em regiões de baixa temperatura. Conclusão: Sendo assim, com esta abordagem metatranscriptômica, identificamos sequencias de bactérias presentes no metatranscriptoma de P. crispa, demonstrando que esta alga possui associações com microrganismos. Estudos futuros para elucidar o papel destes microrganismos no desenvolvimento e sobrevivência de P. crispa serão realizados.
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Sábio, Laís Roberta, JULIANA FERNANDES AREAL CARRIZO, HELOÍSA PEDRO GERMANO, and LAHIS CANELLO MÜLLER. "PAPEL DA MICROBIOTA INTESTINAL NO DESENVOLVIMENTO DA INFECÇÃO POR SARS-COV-2." In II Congresso Nacional de Microbiologia Clínica On-line. Revista Multidisciplinar em Saúde, 2022. http://dx.doi.org/10.51161/ii-conamic/06.
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INTRODUÇÃO: A microbiota intestinal é conhecida por influenciar e ser influenciada por diversos sistemas orgânicos do corpo humano. Dentre eles, sua interface com o sistema imunológico tem recebido atenção por seu papel na execução e modulação de respostas imunológicas. Recentemente foi demonstrada uma interação bidirecional da microbiota intestinal com a mucosa respiratória, o que foi denominado como eixo intestino-pulmão. OBJETIVO: Dessa forma, o objetivo deste trabalho foi analisar o envolvimento da microbiota intestinal na infecção por SARS-CoV-2. METODOLOGIA: Para tanto, foi realizada uma pesquisa bibliográfica nas bases de dados PubMed, onde foram selecionados artigos condizentes ao tema publicados entre 2020 e 2021. RESULTADOS: Indivíduos infectados por SARS-CoV-2 demonstraram decréscimo na diversidade da microbiota intestinal quando comparados aos controles em estudos com metodologia similar. Houve predominância de gêneros oportunísticos, tais como Actinomyces, Rothia, Streptococcus, Veillonella, Coprobacillus, Clostridium ramosum e Clostridium hathewayi ao mesmo tempo em que houve correlação positiva com a severidade da COVID-19 associados a marcadores de inflamação intestinal. Além disso, os pacientes infectados também apresentaram um decréscimo de bactérias benéficas, tais como dos gêneros Bifidobacterium, Agathobacter, Fusicatenibacter, Roseburia e da família Ruminococcaceae e foram correlacionados negativamente com a progressão da doença. Ainda, durante a hospitalização por COVID-19, a quantidade relativa de Bacteroides dorei, B. massiliensis, B. ovatus e B. thetaiotaomicron foi inversamente correlacionada à carga viral nas fezes de pacientes com COVID-19. Durante hospitalização, pacientes infectados mostraram aumento de fungos oportunistas mesmo após eliminação do vírus e resolução dos sintomas, sugerindo um microbioma intestinal instável e persistente disbiose. Em biópsias de casos fatais de COVID-19 foram detectadas espécies comumente encontradas na microbiota intestinal tais como Enterobacter, Escherichia coli, Klebsiella e Proteus, nos pulmões de pacientes falecidos por COVID-19, o que evidencia a relação da microbiota intestinal com a pulmonar. CONCLUSÃO: Tendo em vista esses achados é possível concluir que mudanças na composição da microbiota intestinal podem contribuir com o estabelecimento e progressão da doença. No entanto, mais estudos são necessários a fim de esclarecer se a microbiota intestinal modula o sistema imunológico frente à infecção por SARS-CoV-2 e/ou é afetada pela resposta imunológica frente à infecção por esse vírus.
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Oliveira, Nathália Brígida de, Anna Clara Silva Fonseca, Lailla Luísa Silva Gomes, Aline Balducci Ferreira Dos Santos, and Beatriz Martins Borelli. "ANÁLISE DA RELAÇÃO ENTRE A SÍNDROME DE LEAKY GUT, A MICROBIOTA INTESTINAL E DOENÇAS AUTOIMUNES: UMA REVISÃO BIBLIOGRÁFICA." In I Congresso Nacional de Microbiologia Clínica On-Line. Revista Multidisciplinar em Saúde, 2021. http://dx.doi.org/10.51161/rems/1215.
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Introdução: Às células epiteliais do trato gastrointestinal participam da absorção de nutrientes e conferem proteção. Essa barreira é composta por junções estreitas, formando uma proteção física e conferindo a capacidade permeativa do intestino, e por uma camada de muco. Quando essas junções são agredidas por fatores imunológicos, citocinas ou patógenos, elas perdem a sua capacidade de selecionar o conteúdo intestinal e, assim, desenvolve a Síndrome do Intestino Permeável. Está disfunção se relaciona com inflamações sistêmicas e doenças autoimunes, o que ocorre, também pela alteração na composição da flora intestinal. Objetivos: Realizar revisão bibliográfica da literatura a respeito da correlação da Síndrome de Leaky gut e doenças autoimunes, bem como a importância da microbiota intestinal neste processo. Material e Métodos: A pesquisa foi realizada nas bases de dados SCIELO e PUBMED. Os descritores utilizados foram “autoimmune diseases”, “autoimmune disorders”, “gut microbiome”, “leaky gut” e “leaky gut syndrome”. Foram selecionados artigos acadêmicos originais, escritos na língua inglesa, que foram publicados entre 2014 e 2020. Tais artigos foram analisados de acordo com o ano de publicação, método de avaliação, objetivos e principais resultados. Resultados: A produção de moléculas pró-inflamatórias capazes de comprometer a integridade da barreira intestinal pode ser provocada por antígenos bacterianos intestinais. Esse quadro pode levar a síndrome de Leaky gut, o que explica a presença de bactérias intestinais no Sistema Imune, acarretando doenças autoimunes como: artrite reumatoide (AR), doença celíaca, Diabetes Mellitus tipo 1 (DM1). Na relação da AR e a permeabilidade intestinal, observou-se que indivíduos mais propensos a doenças tendem a ter um desequilíbrio da microbiota, gerando disbiose e contra regulação do sistema imune local e sistêmico à longo prazo e esse mesmo mecanismo ocorre com pacientes com AR. Conclusão: Considerando os dados obtidos, observou-se que há uma relação entre Leaky gut e a microbiota reduzida, como também a alteração funcional, tendo efeito na resposta imune principalmente em doenças autoimunes (AR, DM1 e doença celíaca). Percebe-se também que pela importância do tema há poucos estudos em humanos, o que demonstra a necessidade de mais pesquisas na área.
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Silveira, Ana Laura de Melo, KAREN RODRIGUES VIEIRA CARVALHO, JULIA MARIA DOS SANTOS AMARAL, and LEONARDO CAMARGOS SALIBA. "RELAÇÃO INTRÍNSECA ENTRE A MICROBIOTA PULMONAR E AS PNEUMOPATIAS." In II Congresso Nacional de Microbiologia Clínica On-line. Revista Multidisciplinar em Saúde, 2022. http://dx.doi.org/10.51161/ii-conamic/24.
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Introdução: Até o início do século XXI acreditava-se que o pulmão era um órgão estéril enquanto as vias aéreas superiores eram habitadas por bactérias comensais. Há uma década, por meio de estudos baseados no crescimento bacteriano de material colhido através do lavado broncoalveolar, passou a ser conhecida a caracterização da microbiota pulmonar, que é composta mais comumente pelos filos genéticos: Proteobacteria, Firmicutes, e Bacteroidetes; em relação ao gênero, predominam Streptococcus, Prevotella, Fusobacteria e Veillonella, e uma menor contribuição de potenciais patógenos, como Haemophilus e Neisseria. Dessa forma, a microbiota pulmonar saudável apresenta uma densidade baixa de colônias que vivem em equilíbrio com o organismo mas que estão sujeitas a diversas modificações ambientais e/ou genéticas, gerando disbiose. Questiona-se então se essa disbiose estaria relacionada ou não com o surgimento de doenças pulmonares e intersticiais. Objetivo: Este trabalho busca esclarecer a relação entre a disbiose da microbiota pulmonar e a manifestação de doenças respiratórias. Material e métodos: Foi realizada uma revisão de literatura por meio de bases de dados como Scielo, Pubmed e Google Acadêmico, utilizando como palavras chaves: Microbioma pulmonar, disbiose, doenças pulmonares. Resultados: Neste presente estudo foram selecionadas três conhecidas doenças pulmonares, dentre elas: DPOC, asma e fibrose cística. Foi constatado então, que nos pacientes portadores dessas três doenças existia um processo de disbiose a qual sofria alteração de acordo com doença. Na DPOC, confirmou-se um crescimento de uma determinada colônia em detrimento de outras. Na asma, adultos portadores apresentaram uma prevalência maior de organismos do filo Proteobacteria, como Haemophilus influenzae, quando comparados a controles saudáveis. Por último, na fibrose cística, estudos mostraram que em portadores jovens há uma grande diversidade nas comunidades bacterianas, enquantos pacientes em estágio final da doença pulmonar, possuíam uma diversidade extremamente baixa, sugerindo mais uma vez, a relação intrínseca entre a disbiose e as pneumopatias. Conclusão: Foi comprovada a existência de um desequilíbrio na microbiota pulmonar em pacientes portadores de patologias do sistema respiratório. Entretanto, apesar de excitante, não se pode concluir que há relação de causalidade entre elas, visto que os estudos ainda não conseguiram determinar temporalmente o que se inicia primeiro: a disbiose ou doença pulmonar.
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Santos, Victória Regina dos. "MICROBIOTA INTESTINAL E A DOENÇA DE ALZHEIMER." In II Congresso Nacional de Microbiologia Clínica On-line. Revista Multidisciplinar em Saúde, 2022. http://dx.doi.org/10.51161/ii-conamic/20.
Full textAbstract:
Introdução: A microbiota intestinal representa um conjunto de microrganismos que atuam na integridade da barreira celular intestinal, proteção contra patógenos, maturação do sistema imunológico, síntese de vitaminas e a absorção da energia de alimentos que não foram aproveitados pelos ácidos graxos de cadeia curta. Estima-se que a microbiota intestinal tem em sua composição maior quantidade de bactérias, leveduras, arquéias, entre outros, do que células no corpo humano. Este conjunto de seres vivos também demostra uma significante relação com o eixo cérebro-intestino, onde o desequilíbrio da microbiota pode ser fator de risco para processos fisiopatológicos que dão início as desordens neurodegenerativas como a doença de Alzheimer. Objetivo: A intenção deste resumo é informar a relação da microbiota intestinal e a doença de Alzheimer, juntamente com os possíveis acontecimentos devido à disbiose intestinal e apresentar brevemente o motivo da microbiota ser um importante aliado nas pesquisas sobre a da doença. Material e métodos: Foram realizadas pesquisas bibliográficas nas bases de dados PubMed e Google Scholar com artigos científicos nos anos de 2017 e 2019. Os artigos foram escolhidos por contemplar com detalhes ambos os assuntos e fazer uma união dos conhecimentos. Resultados: Através de estudos em animais para obter mais informações sobre o eixo cérebro-microbiota-intestino e sua relação na Doença de Alzheimer, foram feitos com: estudos livre de germes, uso de antibióticos, uso de próbioticos, em infecções bacterianas e no transplante de microbiota fecal. Observou-se alterações na neurogênese, comprometimento no comportamento cognitivo, estímulos neuroinflamatórios e até mesmo que bactérias como Escherichia coli e Staphylococcus aureus podem contribuir para a patogênese da doença de Alzheimer devido as cepas bacterianas que se gerarem amilóides em relevante quantidade, podem formar os oligômeros Aβ. Conclusão: Em razão da doença ter prevalência no envelhecimento, nessa fase a microbiota já está comprometida, o que estimula o sistema imunológico até mesmo a inflamação crônica e o comprometimento da barreira hematoencefálica. Em conexão da idade avançada e a disbiose intestinal, ocorre o aumento da permeabilidade intestinal, deslocamento da microbiota e estímulos de ativação de citocinas pró-inflamtórias, que juntos são fatores de risco significantes para o aparecimento da doença de Alzheimer.