Academic literature on the topic 'Memotype'

Abstract The BiGG Models knowledge base (http://bigg.ucsd.edu) is a centralized repository for high-quality genome-scale metabolic models. For the past 12 years, the website has allowed users to browse and search metabolic models. Within this update, we detail new content and features in the repository, continuing the original effort to connect each model to genome annotations and external databases as well as standardization of reactions and metabolites. We describe the addition of 31 new models that expand the portion of the phylogenetic tree covered by BiGG Models. We also describe new functionality for hosting multi-strain models, which have proven to be insightful in a variety of studies centered on comparisons of related strains. Finally, the models in the knowledge base have been benchmarked using Memote, a new community-developed validator for genome-scale models to demonstrate the improving quality and transparency of model content in BiGG Models.

AbstractMucins are present in mucosal membranes throughout the body and play a key role in the microbe clearance and infection prevention. Understanding the metabolic responses of pathogens to mucins will further enable the development of protective approaches against infections. We update the genome-scale metabolic network reconstruction (GENRE) of one such pathogen, Pseudomonas aeruginosa PA14, through metabolic coverage expansion, format update, extensive annotation addition, and literature-based curation to produce iPau21. We then validate iPau21 through MEMOTE, growth rate, carbon source utilization, and gene essentiality testing to demonstrate its improved quality and predictive capabilities. We then integrate the GENRE with transcriptomic data in order to generate context-specific models of P. aeruginosa metabolism. The contextualized models recapitulated known phenotypes of unaltered growth and a differential utilization of fumarate metabolism, while also revealing an increased utilization of propionate metabolism upon MUC5B exposure. This work serves to validate iPau21 and demonstrate its utility for providing biological insights.

AbstractStaphylococcus aureus is a high-priority pathogen causing severe infections with high morbidity and mortality worldwide. Many S. aureus strains are methicillin-resistant (MRSA) or even multi-drug resistant. It is one of the most successful and prominent modern pathogens. An effective fight against S. aureus infections requires novel targets for antimicrobial and antistaphylococcal therapies. Recent advances in whole-genome sequencing and high-throughput techniques facilitate the generation of genome-scale metabolic models (GEMs). Among the multiple applications of GEMs is drug-targeting in pathogens. Hence, comprehensive and predictive metabolic reconstructions of S. aureus could facilitate the identification of novel targets for antimicrobial therapies. This review aims at giving an overview of all available GEMs of multiple S. aureus strains. We downloaded all 114 available GEMs of S. aureus for further analysis. The scope of each model was evaluated, including the number of reactions, metabolites, and genes. Furthermore, all models were quality-controlled using MEMOTE, an open-source application with standardized metabolic tests. Growth capabilities and model similarities were examined. This review should lead as a guide for choosing the appropriate GEM for a given research question. With the information about the availability, the format, and the strengths and potentials of each model, one can either choose an existing model or combine several models to create models with even higher predictive values. This facilitates model-driven discoveries of novel antimicrobial targets to fight multi-drug resistant S. aureus strains.

Abstract Background Escherichia coli Nissle 1917 (EcN) is a probiotic bacterium used to treat various gastrointestinal diseases. EcN is increasingly being used as a chassis for the engineering of advanced microbiome therapeutics. To aid in future engineering efforts, our aim was to construct an updated metabolic model of EcN with extended secondary metabolite representation. Results An updated high-quality genome-scale metabolic model of EcN, iHM1533, was developed based on comparison with 55 E. coli/Shigella reference GEMs and manual curation, including expanded secondary metabolite pathways (enterobactin, salmochelins, aerobactin, yersiniabactin, and colibactin). The model was validated and improved using phenotype microarray data, resulting in an 82.3% accuracy in predicting growth phenotypes on various nutrition sources. Flux variability analysis with previously published 13C fluxomics data validated prediction of the internal central carbon fluxes. A standardised test suite called Memote assessed the quality of iHM1533 to have an overall score of 89%. The model was applied by using constraint-based flux analysis to predict targets for optimisation of secondary metabolite production. Modelling predicted design targets from across amino acid metabolism, carbon metabolism, and other subsystems that are common or unique for influencing the production of various secondary metabolites. Conclusion iHM1533 represents a well-annotated metabolic model of EcN with extended secondary metabolite representation. Phenotype characterisation and the iHM1533 model provide a better understanding of the metabolic capabilities of EcN and will help future metabolic engineering efforts.

The thesis here presented establishes a triple parallelism between biology and psychology. First, through Haeckel's recapitulation theory as the source of freudian and jungian psychology. Second, from the reductionist view of science to the new phenomenology of evolutionary developmental biology. Third, by overcoming the reductionist paradigm in biology through the Extended Synthesis and in psychology though the revisited archetype theory. By establishing these parallelisms, the thesis faces the nature vs. nurture debate on three epistemological levels, in which the external and internal levels are being mediatied by a middle one. This turns the dualistic debate into a heuristic paradigm aimed to resolve any irreducible dualism inherent in the reductionist view

Η ανάπτυξη ευφυών υλικών, ή καλύτερα ευφυών συστημάτων, βασίζεται στην αξιοποίηση των λειτουργικών ιδιοτήτων μιας σειράς υλικών με κυριότερους εκπροσώπους τα υλικά με μνήμη σχήματος, τα ηλεκτρορεολογικά αιωρήματα και τα πιεζο/σιδηροηλεκτρικά στοιχεία. Το επιστημονικό και τεχνολογικό πεδίο των «ευφυών υλικών» επιχειρεί να αναπτύξει συστήματα υλικών των οποίων η επιτυχία δε θα βασίζεται στην εκπλήρωση πολύ υψηλών και σταθερών προδιαγραφών, αλλά στη δυνατότητα ελεγχόμενης μεταβολής της συμπεριφοράς τους. Η εργασία αυτή αναφέρεται σε κράματα με μνήμη σχήματος και στη μελέτη των συντελούμενων σε αυτά κρυσταλλογραφικών μετασχηματισμών, με τη μέθοδο της διαφορικής θερμιδομετρίας σάρωσης και τη μέθοδο της δυναμικής μηχανικής ανάλυσης. Στόχος της παρούσας εργασίας ήταν η μελέτη των μετασχηματισμών φάσεων προτανυσμένων συρμάτων SMA που είναι ενσωματωμένα στο εσωτερικό πολυμερικής μήτρας. Για λόγους αναφοράς εξετάσθηκε και η θερμική απόκριση των συνιστωσών υλικών. Το πρώτο μέρος της εργασίας προσφέρει μια βιβλιογραφική επισκόπηση του αντίστοιχου επιστημονικού πεδίου και το δεύτερο μέρος αναφέρεται στην πειραματική μελέτη του ίδιου θέματος. Στη συνέχεια δίνεται μια συνοπτική περιγραφή της διάρθρωσης της παρούσης εργασίας. Στο πρώτο κεφάλαιο γίνεται λόγος για τα ευφυή υλικά. Ως ευφυή υλικά αναφέρονται συστήματα που έχουν την ικανότητα να μεταβάλλουν τη συμπεριφορά τους ή ορισμένα χαρακτηριστικά τους (σχήμα, ιδιοσυχνότητα, συντελεστή απόσβεσης δονήσεων και άλλα) με δεδομένο και ελεγχόμενο τρόπο, εξ’ αιτίας μιας διέγερσης. Τα συστήματα αυτά ενσωματώνουν αισθητήρες και ενεργοποιητές, οι οποίοι συνδέονται μεταξύ τους με έναν κατάλληλο βρόχο ελέγχου. Στο ίδιο κεφάλαιο αναφέρονται τα υλικά που μπορούν να χρησιμοποιηθούν ως αισθητήρες και ενεργοποιητές και οι τύποι τους, τα είδη ελέγχου που έχουν επιτευχθεί, καθώς και εφαρμογές των ευφυών συστημάτων. Στο δεύτερο κεφάλαιο γίνεται αναφορά στα σύνθετα υλικά. Ως σύνθετο υλικό χαρακτηρίζεται ένα σύστημα δύο ή περισσότερων, διαφορετικών σε σύσταση και χημική δομή, υλικών τα οποία είναι φυσικά συνδεδεμένα μεταξύ τους. Τα σύνθετα υλικά αποτελούνται από μια συνεχή φάση, που λέγεται «μήτρα», ενισχυμένη με κάποιο υλικό που συνήθως αποκαλείται «ενισχυτικό ή πληρωτικό μέσο» και μια τρίτη φάση τη «διεπιφάνεια». Στο κεφάλαιο αυτό αναφέρονται οι κατηγορίες των σύνθετων υλικών, τα είδη μήτρας και εγκλεισμάτων, καθώς και τα χαρακτηριστικά της διεπιφάνειας. Στο τρίτο κεφάλαιο παρουσιάζονται τα ευφυή σύνθετα υλικά με ενσωματωμένα σύρματα με μνήμη σχήματος. Τα κράματα με μνήμη σχήματος εμφανίζουν την ικανότητα να μεταβάλλουν αντιστρεπτά ορισμένες φυσικές ιδιότητες του υλικού καθώς και το σχήμα τους. Εδώ αναλύεται ο ευθύς και αντίστροφος μαρτενσιτικός μετασχηματισμός, το φαινόμενο μνήμης σχήματος, τα κυριότερα κράματα μνήμης σχήματος που χρησιμοποιούνται και οι μηχανικές τους ιδιότητες, ενώ γίνεται αναφορά στις δυνατότητες και στους περιορισμούς των κραμάτων στις διάφορες εφαρμογές. Στο τέταρτο κεφάλαιο αναφέρονται τα υλικά που χρησιμοποιήθηκαν για την παρασκευή των ευφυών συστημάτων στην παρούσα εργασία. Αρχικά γίνεται λόγος για τη χημική δομή, τη θερμική κατεργασία και τις εφαρμογές εποξειδικών ρητινών. Στη συνέχεια αναφέρονται οι ίνες Kevlar® και αναλύεται η χημική δομή τους, τα είδη των ινών Kevlar® που υπάρχουν και οι εφαρμογές τους. Στο κεφάλαιο αυτό παρουσιάζονται και τα σύρματα με μνήμη σχήματος. Στο πέμπτο κεφάλαιο περιγράφεται ο τρόπος με τον οποίο παρασκευάστηκαν τα σύνθετα με ενσωματωμένα σύρματα με μνήμη σχήματος. Στο έκτο κεφάλαιο αναφέρονται οι πειραματικές τεχνικές που χρησιμοποιήθηκαν για τη μελέτη των δοκιμίων. Εδώ αναφέρονται σε συντομία γενικά στοιχεία για τη μέθοδο της διαφορικής θερμιδομετρίας σάρωσης (DSC) και για τη μέθοδο της δυναμικής μηχανικής ανάλυσης (DMA). Επίσης, περιγράφονται οι συσκευές της διαφορικής θερμιδομετρίας σάρωσης και της δυναμικής μηχανικής ανάλυσης που χρησιμοποιήθηκαν για τη μελέτη της θερμικής και μηχανικής απόκρισης των δοκιμίων. Στο έβδομο κεφάλαιο παρατίθενται τα πειραματικά αποτελέσματα για δοκίμια Ni-Ti, Ni-Ti-Cu με 6% σε Cu, Ni-Ti-Cu με 12% σε Cu και για σύνθετα δοκίμια NiTi με προτάνυση 3%, NiTiCu (6% Cu) με προτάνυση 2%, NiTiCu (12% Cu) με προτάνυση 3%, που μελετήθηκαν με τη διάταξη της διαφορικής θερμιδομετρίας σάρωσης (DSC). Επιπλέον, παρουσιάζονται τα πειραματικά αποτελέσματα για σύρματα Ni-Ti-Cu με 12% σε Cu και Ni-Ti, καθώς και για σύνθετα Ni-Ti-Cu (12% Cu) με 3% προτάνυση και για ρητίνη με ίνες Kevlar 29®, που μελετήθηκαν με διάταξη δυναμικής μηχανικής ανάλυσης (DMA). Στο επόμενο κεφάλαιο σχολιάζονται τα αποτελέσματα αυτά, ενώ στο τελευταίο κεφάλαιο αναφέρονται τα συμπεράσματα που προκύπτουν από τη μελέτη των αποτελεσμάτων.
Exploiting the functional properties of materials such as shape memory alloys, electrorheological suspensions and piezo/ferroelectric elements results in the development of smart materials or systems. In the scientific and technological field of smart materials the major achievement is not related to the values of specific physical properties but to the “adopted” ability to control their own behaviour. The subject of the present work concerns the crystallographic transformations of Shape Memory Alloys (SMA) under constrained conditions. The occurring transitions are studied experimentally by means of Differential Scanning Calorimetry (DSC) and Dynamic Mechanical Analysis (DMA). The first part of this work is a bibliographical review of the field, while the second one is the experimental study of the same subject. In the following lines, a short description, of the present thesis is given. The first chapter gives an introduction to smart materials. Composite systems, which under the influence of an external cause, can vary their behaviour or some characteristics (shape, natural vibration frequency, damping coefficient etc) in a specific and controllable way, are referred as smart materials. These systems incorporate sensors and actuators, which in turn are connected by a suitable control loop. Suitable materials for being employed as sensors and actuators, as well as the types of the, up to now, achieved control are also discussed. Chapter two covers briefly, fundamental aspects of composite materials. A system of two or more different, in composition and chemical structure, materials physically bonded between of them is characterised as a composite material. Composite materials are consisted from a continuous phase, often called “matrix”, and a discrete phase, called “reinforcing or filling phase”. Composite materials exhibit always a third phase, namely interface, between matrix and reinforcement. In this chapter the types of composites, matrices, fillers and the characteristics of interface are referred. Chapter three presents smart composite systems with embedded shape memory alloys (SMA). Shape memory alloys have the ability to change, reversibly, a number of characteristics, including their own shape. In this chapter direct and reverse martensitic transformation, shape memory effect, important shape memory alloys and their mechanical properties, as well as a short description of the manufacturing procedure of smart systems with embedded shape memory alloys, is presented. In the fourth chapter the employed materials for the production of the smart systems are discussed. The chemical structure, the curing procedure and the applications of epoxy resins are referred. Aramid fibres, such as Kevlar® fibres are also discussed, connecting their reinforcing role with their microstructure. Chapter five describes analytically the preparation procedure of the specimens. Next chapter describes the main characteristics of differential scanning calorimetry, dynamic mechanical analysis, as well and the devices used to study the thermal and mechanical response of the specimens. Chapters seven and eight present the experimental results of all the examined specimens and the resulting discussion respectively. Finally, concluding remarks and possible future work are included in chapter nine.