Dissertations / Theses: 'Mécanique – Dissertation universitaire'

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de, Beco Simon. "Homéostasie mécanique des épithéliums : rôle de la dynamique du cytosquelette et des jonctions adhérentes." Paris 11, 2009. http://www.theses.fr/2009PA11T115.

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Bensaid, Samir. "Mise en place de contre-mesures pour limiter la perte protéique de cellules musculaires squelettiques consécutive à l’hypoxie cellulaire." Thesis, Lille 2, 2019. http://www.theses.fr/2019LIL2S021.

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Abstract:

Introduction et : ’exposition chronique à une hypoxie (diminution du taux d’oxygène) sévère engendre des effets délétères sur le système musculaire, entrainant des conséquences néfastes sur la masse musculaire squelettique. L'hypoxie provoque un déséquilibre de l'homéostasie protéique (balance entre anabolisme et catabolisme), en diminuant la synthèse des protéines (principalement régulée par la voie PI3K-Akt-mTOR) tout en augmentant la dégradation des protéines (principalement par autophagie et dégradation protéasomique). En revanche, les stimulations mécaniques (activité physique) et la supplémentation nutritionnelle, en particulier les acides aminés essentiel branché (BCAA), induisent l'activation de la voie mTOR tout en inhibant les voies cataboliques du muscles squelettiques chez l'homme, l’animal et cellules musculaires misent en culture. Sur un modèle in vitro de cellule musculaire squelettique, nous avons essayé de déterminer si la combinaison de la stimulation mécanique, la supplémentation nutritionnelle et une période de réoxygénation post-stimulation pourrait inverser les effets délétères de l'hypoxie sur l'homéostasie protéique.Protocole expérimentalPour vérifier notre hypothèse, nous avons utilisé un modèle de cellule musculaire squelettique en culture (C2C12). Après quatre jours de différenciation les myotubes C2C12 ont été placés dans une chambre hypoxique à 4% de O2 pendant 24h. Á la suite de cette période d’hypoxie, un programme de stimulation électrique a été appliquée aux cellules musculaires en utilisant un générateur d'impulsions électriques. Á la fin de la stimulation électrique, les myotubes ont tout d'abord été supplémentés avec des acides aminés essentiel branché (BCAA: mélange de leucine, d'isoleucine et de valine ajoutés à un milieu de culture), puis placés pendant 2 heures dans un environnement de normoxie (21% O2) (correspondant à la période de réoxygénation).RésultatsAprès 24 heures d'hypoxie, l'analyse morphologique des myotubes montre une diminution significative de leur diamètre, traduisant l'activation des voies de dégradation des protéines aux dépens des voies de synthèse des protéines. Appliqué séparément, chaque traitement a peu d’effet sur la voie mTOR et la morphologie des myotubes. Alors que, la combinaison de la stimulation électrique, de la supplémentation en BCAA et de la réoxygénation conduit à une augmentation de la phosphorylation de protéines clés impliquées dans la voie de synthèse des protéines (Akt, mTOR, p70S6K, GSK-3β), reflétant ainsi leur état d'activation. De plus, l'analyse morphologique montre une augmentation significative du diamètre du myotube et de l'indice de fusion (reflétant l'état de différenciation), signe de la présence d'une hypertrophie musculaire.ConclusionNos résultats suggèrent que la voie mTOR (l’une des voies principales de l’anabolisme) répond à une combinaison de stimulation électrique, de supplémentation en nutriments et de réoxygénation par phosphorylation de régulateurs clés de la synthèse des protéines, pouvant ainsi inverser la perte de protéines induite par l'hypoxie
Background and aims : Chronic exposure to severe hypoxia has deleterious effects on the muscular system, in particular on skeletal muscle mass. Hypoxia leads to imbalance of protein homeostasis, decreasing protein synthesis (mainly regulated through PI3K-Akt-mTOR pathway) while increasing protein degradation (mainly through autophagy and proteasomal degradation). In contrast, mechanical stimuli and nutrients, particularly the branched-chain amino acids (BCAA), induce activation of the mTOR pathway in human and rat skeletal muscle as well as and in cultured muscle cells, and decrease protein catabolism. In a model of skeletal muscle cell culture, we attempt to determine whether the combination of mechanical stimulation, nutritional supplementation and reoxygenation could reverse the deleterious effects of hypoxia on protein homeostasis.Experimental methodsWe induced a hypoxic stress on skeletal muscle murine cells differentiated into myotubes C2C12: four days after differentiation, the C2C12 myotubes were placed into a hypoxic chamber at 4% O2 for 24h. Electrical stimulation was applied to the cells using a pulse generator to provide electric pulses. Following the ES treatment, myotubes were firstly supplemented with branched-chain amino acids (BCAA: mixture of leucine, isoleucine and valine added to culture media) while placed to normoxia during 2 hours (corresponding so to a reoxygenation protocol).ResultsAfter 24 hours of hypoxia, the morphological analysis of myotubes shows a significant decrease in their diameter, translating the activation of protein degradation pathways at the expense of protein synthesis pathways. When applied separately, each treatment has little effect on the mTOR pathway and morphology of myotubes. However, the combination of electrical stimulation, supplementation BCAA and reoxygenation lead to an increase of the phosphorylation of key proteins involved in protein synthesis pathway (Akt and p70S6 kinase), thus reflecting their activation state. In addition, morphological analysis shows a significant increase in myotube diameter and fusion index (reflecting the state of differentiation), a sign of the presence of muscle hypertrophy.ConclusionOur preliminary results suggested that mTOR pathway responds to a combination of electrostimulation, nutrient supplementation and reoxygenation by phosphorylation of key regulators of protein synthesis, and could reverse the protein loss induced by hypoxia

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Garcia, Marine. "Développement d’une plateforme d’imagerie pour la caractérisation du transfert de masse dans les microsystèmes : application aux piles à combustible microfluidiques." Electronic Thesis or Diss., Paris, HESAM, 2024. http://www.theses.fr/2024HESAE007.

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Abstract:

Les piles à combustible sont des dispositifs qui transforment l'énergie stockée dans un oxydant et un réducteur en électricité grâce à des réactions électrochimiques. La technologie la plus mature pour réaliser cette conversion est la pile à hydrogène à membrane échangeuse de protons (PEMFC), mais d'autres systèmes alternatifs émergent. En particulier, les piles à combustible microfluidiques (PCM) ont permis de s’affranchir des problématiques liées à l’utilisation d’une membrane et du stockage gazeux grâce à l’utilisation de réactifs liquides à température et pression ambiante. Les dimensions du canal (1-5 mm de large et 20-100 µm de haut) permettent un écoulement co-laminaire des deux réactifs et de l’électrolyte liquides dans un micro-canal contenant les électrodes. Les PCMs n'ont donc pas de membrane et leurs performances sont dirigées par le transport de charges et de masse.À ce jour, il est difficile de caractériser expérimentalement tous les phénomènes physiques qui ont lieu dans la PCM car les méthodes existantes sont plutôt basées sur la caractérisation électrochimique. Ces méthodes permettent d'avoir une caractérisation globale du système mais ne fournissent pas d'informations précises sur les phénomènes de transport de masse dans le canal. Pour étudier le transport de masse, la modélisation numérique est généralement utilisée et permet de simuler le champ de concentration et les performances de la PCM pour différentes architectures et conditions opératoires. Toutefois, l'utilisation de ces modèles repose sur la connaissance de paramètres in-situ tels que le coefficient de diffusion D et le coefficient de réaction k0. Dans les travaux numériques, ces paramètres sont généralement approximés, ce qui permet une appréhension plutôt qualitative des phénomènes de transport. De plus, ces études numériques n'ont à ce jour pas été vérifiées avec des études expérimentales.Ainsi, le principal verrou scientifique de cette thèse repose sur le développement de méthodes d'imagerie quantitatives pour la caractérisation du champ de concentration dans une PCM en fonctionnement.Pour répondre à ce besoin, une plateforme d'imagerie basée sur la spectroscopie ainsi que trois méthodes de caractérisation ont été développées dans cette thèse. Dans un premier temps, les travaux se sont concentrés sur le développement d'un banc de spectroscopie pour étudier le phénomène d'interdiffusion. Cette étude a permis d'estimer le coefficient de diffusion du permanganate de potassium dans l'acide formique. Ces solutions ont été spécifiquement choisies car ceux sont celle utilisées dans la PCM développées pour la suite de l’étude.Le banc de spectroscopie a ensuite été adapté pour étudier le champ de concentration 2D en régime permanent d'une PCM en fonctionnement. Un modèle analytique du transfert de masse (advection/réaction/diffusion) couplé au champ de concentration 2D a ainsi permis de déterminer le taux de réaction. Les variations de concentration mises en jeu étant parfois très faibles (quelques micro-moles), une autre technique de caractérisation a été mis en place pour diminuer le bruit de mesure.Afin d'améliorer le rapport signal sur bruit, une méthode basée sur la modulation du champ de concentration a été développée. La démodulation du signal a permis de réduire significativement le bruit et des concentrations de 20 µM ont ainsi été estimées. Un modèle analytique décrivant le champ modulé a été établi afin d'implémenter une méthode inverse. La méthode proposée a permis de retrouver le taux de réaction associé à la variation de concentration.En conclusion, les méthodes de caractérisation proposées dans cette thèse permettent d'estimer quantitativement le transfert de masse et la cinétique de réaction à partir du champ de concentration 2D d'une PCM en fonctionnement. Cette technique a été appliquée au PCM, mais elle peut être transférée à un système micrométrique dans lequel les phénomènes de diffusion-advection-réaction ont lieu
Fuel cells are devices that convert the energy stored in an oxidant and a reductant into electricity through electrochemical reactions. The most mature technology for this conversion is the proton exchange membrane fuel cell (PEMFC), but other alternative systems are emerging. In particular, microfluidic fuel cells (MFCs) have overcome the problems associated with the use of a membrane and gas storage by using liquid reagents at ambient temperature and pressure. The dimensions of the channel (1-5 mm wide and 20-100 µm high) allow co-laminar flow of the two liquid reagents and the electrolyte in a microchannel containing the electrodes. Therefore, PCMs do not need membrane to separate reactants and performances are driven by charge and mass transport.Experimental characterization of all the physical phenomena involved in PCMs is difficult because actuals methods are more based on electrochemical characterisation. These methods provide an overall characterisation of the system but they do not give precise information on the mass transport phenomena occurring in the channel. To investigate concentration field, numerical modelling is generally used. Numerical methods evaluate the impact of the geometry or the operating conditions on MFC performances. However, the use of these models relies on the knowledge of in-situ parameters such as the diffusion coefficient D and the reaction rate k0. In numerical studies, these parameters are generally approximated leading to a qualitative understanding of the transport phenomena. Furthermore, these numerical studies have not yet been verified by experimental studies.Thus, the main scientific challenge of this thesis is to develop quantitative imaging methods for characterising the concentration field in an operating PCM.To meet this need, an imaging platform based on spectroscopy and three characterisation methods were developed in this thesis. First of all, the work focused on developing an experimental setup based on spectroscopy to study the interdiffusion phenomenon. This study reports the estimation of the diffusion coefficient of potassium permanganate in formic acid. These solutions were specifically chosen because they are used in the PCM developed for the rest of the study.The imaging plateform was then adapted to study the in operando MFC 2D concentration field in steady-state. An analytical mass transfer model (advection/reaction/diffusion) coupled to the 2D concentration field was used to determine the reaction rate. As the concentration variations involved can be very small (few micro-moles), another characterisation technique was implemented to reduce the measurement noise.To improve the signal-to-noise ratio, a method based on modulation of the concentration field was developed. Demodulation of the signal significantly reduced the noise and concentrations of 20 µM were estimated. An analytical model describing the modulated field was established in order to implement an inverse method. The proposed method made it possible to recover the reaction rate associated with the concentration variation.To conclude, the proposed characterisation methods enable the estimation of the mass transfer and the reaction kinetics using the 2D concentration field from an in operando MFC. This technique has been applied to the MFC, but it can be transferred to a micrometric system in which diffusion-advection-reaction phenomena take place

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Luukkonen, Sohvi. "Hydration of drug-like molecules with molecular density functional theory and the hybrid-4th-dimension Monte Carlo approach." Thesis, université Paris-Saclay, 2020. http://www.theses.fr/2020UPASF030.

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Abstract:

Le développement d’un médicament prend en moyenne plus de 10 ans pour un coût de 1 Mrd de dollars. Pour accélérer le processus et diminuer le coût, on utilise des méthodes in-silico lors de l’étape de découverte qui consiste à cribler ~10⁵ molécules de type médicament pour proposer quelques candidats à l’étape préclinique. Le critère majeur est l’affinité entre la molécule potentielle et la cible biologique. L’interaction se passant dans notre corps: cette affinité doit être prédite dans l’eau et le médicament doit être soluble dans l’eau pour avoir accès à la cible. Globalement, les effets de solvatation ont un rôle important dans la conception de médicaments. Numériquement, pour un champ de force donné, la solvatation peut être étudiée par des méthodes de simulation exactes mais coûteuses, par des modèles de continuum rapides mais qui ignorent la nature moléculaire du solvant, enfin par des théories des liquides approximatives mais capables de garder l’information moléculaire du solvant tout en diminuant le temps de calcul. L’objectif de cette thèse étant la prédiction des énergies libres d’hydratation (ELH) de molécules de type médicament par des méthodes qui soient les plus précises et plus rapides possibles, elle se concentre sur deux approches originales: Le Monte-Carlo hybride à 4ème dimension, une nouvelle méthode pour calculer les ELH selon le principe de Jarzynski à partir simulations courtes hors-équilibre pendant lesquelles on introduit ou retire le soluté doucement depuis le solvant avec un paramètre de couplage dépendant du temps. Nous montrons que cette approche est capable de prédire les ELH de molécules de type pharmaceutique 4-6 fois plus rapidement que l’approche classique de perturbation de l’énergie libre. La théorie de la fonctionnelle de densité moléculaire, une approche de théorie des liquides qui permet l’étude des propriétés de solvatation de n’importe quelle soluté rigide. Dans son état actuel, dans l’approximation hyper-netted-chain couplée à une correction de pression, nous montrons qu’elle est capable de prédire les ELH des mêmes molécules avec une précision de respectivement 0.5 ou 1.0 kcal/mol par rapport aux simulations ou aux données expérimentales, avec une accélération de calcul de l’ordre de 10³-10⁴ par rapport aux simulations. H4D-MC est considéré ici comme une source de références pour développer plus avant la MDFT, elle-même une méthode suffisamment rapide pour être envisagée dans un processus de criblage haut-débit
The development of a drug takes on average over 10 yr. for a cost of 1B dollars. To speed up the process, and reduce its cost, in-silico methods are used at the drug discovery stage. It consists of screening ~10⁵ drug-like molecules to propose few candidates to the pre-clinical stages. The main criterion is the affinity between the potential drug molecule and biological target. As the interaction happens the body, these affinities need to be predicted in water and the molecule needs to be water-soluble to access the receptor. Overall, solvation properties play an important role in drug design. Numerically, for a given force-field, solvation can be studied either with exact but time-consuming simulation methods, fast continuum models that lose the molecular nature of the solvent, or approximate liquid state theories that keep the solvent molecular information while speeding-up the computation. In this thesis, we focus on the prediction of the hydration free energies (HFE) of drug-like molecules with methods that are as fast and precise as possible, and we concentrate on two original approaches: Hybrid-4th-dimension Monte Carlo, a novel method that computes the HFEs according to the Jarzynski principle from short non-equilibrium simulations in which the solute is inserted or removed from the solvent with a time-depending coupling parameter. This approach is shown to predict the HFEs of drug-like molecules 4-6 times faster than the classical free energy perturbation approach. Molecular density functional theory, a liquid-state-theory approach that allows the study of the equilibrium solvation properties of any rigid solute. In its current level, the hyper netted-chain approximation coupled with a pressure correction, it is shown to predict the HFEs of drug-like molecules within 0.5 and 1.0 kcal/mol of simulations and experimental data, respectively, for an average computational speed-up 10³-10⁴ with respect to simulations. H4D-MC is considered here as a source of reference data for MDFT developments. MDFT is itself fast enough to be foreseen in a high-throughput screening pipeline

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Neyraud, Vincent. "L'ubiquitination des GTPases Ral : Un nouveau mécanisme de régulation diu trafic intracellulaire de Ral et des micro-domaines menmbranaires lipidiques." Paris 11, 2010. http://www.theses.fr/2010PA11T085.

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Guillaume, Anne Ivy. "Les effets mécaniques induits par les accélérations +Gz sur les structures encéphaliques." Paris 5, 1995. http://www.theses.fr/1995PA05S029.

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Tran, Cong Chi. "Adaptations myocardiques et accélerations + GZ chez l'animal : Un nouveau modèle d'insuffisance ventriculaire gauche par surcharge mécanique?" Paris 5, 1993. http://www.theses.fr/1993PA05S017.

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Abstract:

Sous accélérations + gz, le cœur doit travailler a post-charge augmentée. Les surcharges de pression sont un des mécanismes de l'hypertrophie myocardique et de l'insuffisance cardiaque. N'existerait-il pas alors des modifications persistantes des propriétés fonctionnelles de la fibre musculaire du cœur après expositions répétées aux accélérations + gz ? Pour vérifier cette hypothèse, nous avons entrepris un certain nombre d'expériences sur modèle animal (babouin et rat), les accélérations + gz étant créées par centrifugation. L'ensemble des résultats montre que la surcharge de pression imposée au ventricule gauche par les accélérations + gz est importante. Ce type de surcharge de pression n'entraine pas cependant d'hypertrophie myocardique ni de changement dans les isoformes de la myosine. Par contre, une insuffisance ventriculaire gauche a été mise en évidence, qui a pu être rapportée a des modifications des propriétés mécaniques intrinsèques de la fibre myocardique. La dégradation plus importante des composes phosphoryles riches en énergie ne permet pas d'expliquer complètement les anomalies micro biomécaniques. Quant aux courants calciques transmembranaires, ils sont peu modifies, mais il est possible que l'homéostasie calcique intracellulaire cardiaque soit impliquée dans les troubles de la contractilité myocardique. Les expositions répétées aux accélérations + gz paraissent donc entrainer un tableau cellulaire d'insuffisance ventriculaire gauche bien spécifique par rapport aux modèles classiques d'insuffisance cardiaque par surcharge de pression.

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Linez-Bataillon, Patricia. "Contribution à l'étude du mécanisme de l'adhésion d'ostéoblastes (MC3T3-E1) sur des alliages métalliques polis miroir." Lille 2, 2004. http://www.theses.fr/2004LIL2S037.

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Abstract:

L’adhésion cellulaire est essentielle à l’ostéointégration d’un implant. Dans cette étude, nous évaluons l’influence de la composition chimique et de l’énergie de surface de différents alliages : Ti-cp, Ti6A14V, Ti1. 5A125V, Co-Cr et l’acier inoxydable 316L sur le comportement des ostéoblastes. Une caractérisation physico-chimique des biomatériaux est réalisée par une analyse par spéctrométrie à énergie dispersive (E. D. S. ) et des mesures goniométriques. La cytocompatibilité est étudiée par une observation de la morphologie cellulaire au microscope électronique à balayage (M. E. B. ) et des tests de prolifération cellulaire. Une étude de la cinétique des premieres étapes de l’adhésion cellulaire par la méthose du pNPP est réalisée sur les matériaux non traités puis conditionnés par des protéines de la matrice extracellulaire. L’expression de plusieurs protéines intervenant dans l’adhésion cellulaire (actine, FAK, pFAK, collagène-I et fibronectine) est ensuite évaluée par un marquage immunocytochimique. L’ensemble des résultats biologiques obtenus indique une excellente tolérance des ostéoblastes vis-à-is de l’alliage Ti6A14V comparée aux autres alliages
The cellular adhesion is essential for the osteointegration of a implant. In this study, we estimate the influence of the chemical composition and the surface energy of different alloys on hte behaviour of osteoblasts : Ti-cp, Ti6A14V, Ti1. 5A125V, Co-Cr and the stainless steel 316L Physical and chemical surface characterization of these biomaterials are performed by energy dispersive spectrometry (E. D. S. ) analysis and goniometric measurements. The cytocompatibility is assessed by scanning electron microscopy (S. E. M. ) observations of the cell morphology and through cell proliferation tests. A time-course study of the early cell adhesion events is performed by the pNPP method on uncoated surfaces and on precoated surfaces with proteins of the extracellular matrix. The expression of several proteins prommoting cell adhesion (actine, FAK, pFAK, collagène-I et fibronectin) is then evaluated by cytochemical immune-labelling. All the biological results indicate an excellent tolerance of osteoblasts towards the alloy Ti6A14V compared with the other alloys

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Molimard, Mathieu. "Mécanisme d'action de la bradykinine sur les voies aériennes : application à l'analyse des effets protecteurs du furosémide dans l'asthme." Paris 5, 1994. http://www.theses.fr/1994PA05CD06.

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Abstract:

De nombreuses données de la littérature plaident pour l'implication des kinines dans la phytopathologie de l'asthme mais le mécanisme d'action complexe de ces dernières reste mal compris. S'il est bien établi que la bradykinine peut induire une bronchoconstriction chez l'asthmatique, il n'existerait pas jusqu'à ces dernières années de modèle de contraction des bronches humaines in vitro suffisamment fiable pour pouvoir en analyser les mécanisme d'action. Les études réalisées jusqu'ici n'avaient permis d'identifier que sur les voies aériennes d'animaux le rôle du récepteur B2, des prostaglandines et des fibres nerveuses sensitives dans l'action des kinines. L'effet protecteur du furosémide dans l'asthme pouvant, comme l'effet de la bradykinine, être lié à une interaction avec les prostaglandines ou avec les fibres C, l'étude de la contraction par la bradykinine des bronches humaines isolées nous a permis d'explorer parallèlement les mécanismes de l'effet du furosémide. Dans une première partie de notre thèse, nous avons mis au point un modèle de contraction des bronches humaines isolées de petit diamètre par la bradykinine. Nous avons pu ainsi montrer que l'effet obtenu est lié à la stimulation du récepteur B2 et, à l'aide d'un antagoniste du récepteur TP, le GR32191, que la contraction observée est la résultante de la libération de thromboxane A2 et de prostaglandines relaxantes. Cette synthèse de prostanoïdes est inhibée par la capsaïcine et le rouge de ruthénium ce qui pourrait faire évoquer un rôle des fibres C mais, à l'aide d'antagonistes des récepteurs NK1 et NK2, nous n'avons pu mettre en évidence la libération de neuropeptides. Nous avons montré que le furosémide inhibe la contraction des bronches humaines et de la trachée de Cobaye induite par la bradykinine. Sur la trachée de Cobaye, cette inhibition est levée par l'indométacine, faisant suspecter un rôle des protaglandines. Cependant, sur les cellules épithéliales de voies aériennes humaines en culture, le furosémide induit seulement une diminution de la synthèse des protaglandines E2 et F2. Sur les bronches est levée par l'indométacine, faisant su s. Sur les bronches humaines, nous avons montré que le furosémide exerce un antagonisme compétitif vis-à-vis du thromboxane A2 sur le récepteur TP qui pourrait être un des mécanismes de son effet dans l'asthme.

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Pauchard, Laure-Anne. "Analyse et modulation de la réponse inflammatoire au cours de l'agression pulmonaire liée à l'infection bactérienne et à la ventilation mécanique." Thesis, Dijon, 2015. http://www.theses.fr/2015DIJOMU05/document.

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Abstract:

Nonobstant d’immenses progrès accomplis depuis des décennies dans la prise en charge des patients soumis à la ventilation mécanique, les pneumonies acquises sous ventilation mécanique continuent de compliquer le séjour en réanimation de près de 28% des patients recevant une assistance respiratoire invasive prolongée. Parmi les malades des unités de soins intensifs, le risque de développer une pneumonie est de 3 à 10 fois supérieur chez les intubés sous ventilation. Elle reste cependant bien souvent le seul moyen de venir en aide aux patients souffrant de graves détresses respiratoires. Il a maintenant été clairement démontré que la ventilation mécanique, en particulier lorsqu’elle est mise en place selon des stratégies dites agressives, active les cellules pulmonaires conduisant alors à une réponse pro-inflammatoire même en l’absence de pathogène. Ce phénomène est connu sous le terme de biotrauma, et serait responsable en partie des lésions induites sur le poumon par la ventilation mécanique. En quelques sortes, la ventilation mécanique prépare les cellules épithéliales pulmonaires à répondre massivement à une seconde agression pro-inflammatoire par la libération de grandes quantités de cytokines (comme l’IL-8 notamment), accentuant alors les lésions du tissu pulmonaire essentiellement par le recrutement de polynucléaires neutrophiles attirés par la sécrétion massive d’IL-8. L’immunité innée joue donc un rôle très important dans le développement du VILI. L’implication des Toll Like Récepteurs a été suggérée par plusieurs études expérimentales. Par ailleurs, la ventilation en décubitus ventral a été décrite pour avoir des effets bénéfiques sur les patients ventilés souffrant de graves lésions pulmonaires particulièrement chez ceux souffrant du syndrome de détresse respiratoire aiguë. Notre équipe s’est particulièrement intéressée au TLR2, qui reconnait les bactéries à Gram-positif, car elle a montré dans des études précédentes in vitro que l’étirement cyclique de cellules pulmonaires humaines augmentait principalement l’expression de TLR2 ainsi que la réactivité de cellules pulmonaires à des composants de la paroi de bactéries à Gram positif. Ces données ont par la suite été confirmées dans un modèle in vivo de lapins ventilés dont la réponse immune innée était stimulée par du Pam3CSK4.Dans un premier projet, nous avons évalué l’impact d’une ventilation mécanique en décubitus ventral chez des lapins avec pneumonie unilatérale à Enterobacter aerogenes soumis à la ventilation mécanique. Nos résultats montrent que le décubitus ventral peut être protecteur si l’hôte est soumis à la ventilation mécanique dans le contexte d’une pneumonie bactérienne unilatérale.Pour vérifier la pertinence de nos hypothèses sur le TLR2 dans notre modèle animal de pneumonie acquise sous ventilation mécanique, nous avons mené des expériences avec des bactéries vivantes reconnues par le TLR2 (une souche de Staphylococcus aureus résistante à la methicilline SARM). Notre étude met en évidence qu’une ventilation mécanique modérément agressive impacte sur la clairance bactérienne pulmonaire en la diminuant, aggrave les lésions sur le tissu pulmonaire et favorise une réponse inflammatoire systémique. La surexpression du TLR2 tant au niveau pulmonaire que systémique pourrait expliquer ces résultats.Le troisième projet s’est attaché à évaluer l’impact d’une thérapie aux statines dans le contexte d’une pneumonie acquise sous ventilation mécanique à SARM, conjointement traitée par le linezolide, dans notre modèle animal de lapins ventilés. Nos résultats suggèrent qu’une pré-‐exposition aux statines pourrait avoir un effet anti-inflammatoire au niveau pulmonaire et systémique dans ce modèle, qui pourrait passer par une régulation négative de l’expression de TLR2, contre-balançant les effets de l’étirement cyclique
Despite major advances since decades in the management of ventilated patients, ventilator-associated pneumonia (VAP) continues to complicate the course of approximately 28% of the patients receiving mechanical ventilation (MV). Among patients hospitalized in intensive care units, the risk of pneumonia is 3- to 10- fold increased in MV patients. However, MV is often the only way to care for critically ill patients with respiratory failure. It has now been clearly demonstrated that MV, in particular adverse ventilatory strategies could activate lung cells, thus leading to a proinflammatory response, even in the absence of pathogen. This is the biotrauma paradigm, which accounts, at least in part, for the ventilator induced lung injury (VILI). In one way, MV primes airway cells to respond massively to a second proinflammatory insult, through the subsequent release of large amounts of cytokines (as interleukin (IL)‐ 8), thus leading to additional lung injury, particularly through the recruitment of neutrophils attracted by the massive release of IL-8. Accordingly, innate immunity plays an important role in the developement of VILI. The involvement of Toll-like receptors has been suggested by several experimental studies. Ventilation in the prone position (PP) has been described to have beneficial effects on patients under MV, especially in those with lobar involvement. Our team focused particularly on the TLR2, which interacts with Gram-positive bacteria, and we have previously demonstrated in vitro that cyclic stretch of human pulmonary cells resulted in TLR2 overexpression and enhanced TLR2 reactivity to Gram-positive cell wall components. We confirmed these datas in an in vivo model of ventilated rabbits which immune response had been stimulated with Pam3CSK4. In a first project, we assessed the impact of the PP on unilateral pneumonia to Enterobacter aerogenes in rabbits subjected to MV. Our results shows that the prone position could be protective if the host is subjected to MV and unilateral bacterial pneumonia. To ensure the relevance of our hypothesis on TLR2 in our animal model of VAP, we conducted experiments using live bacteria specifically recognized by TLR2 (Methicilin resist. aureus). We demonstrate that mild-‐stretch MV impaired lung bacterial clearance, hastened tissue injury and promoted a systemic inflammatory response. Both pulmonary and peripheral blood TLR2 overexpression could account for such an impact. The third project assessed the impact of a statins therapy in the context of MRSA VAP, treated with linezolid, in our model of ventilated rabbits. Our results suggest that statin exposure prior to pneumonia provides an anti-‐inflammatory effect within the lung and the systemic compartment of rabbits with MRSA VAP. Although LNZ enhances pulmonary bacterial clearance, dampening the host systemic inflammatory response with statin could impede defense against MRSA in this compartment. It could be subsequent to enhanced antibacterial defences and improvements in lung mechanics, thereby blunting overwhelming inflammation. In the last project, in collaboration with the University of Geneva, we assessed whether mitochondrial alarmins are released during VILI and can generate lung inflammation. Our results confirmed the hypothesis made and showed indeed that alarmins are released during during cyclic stretch of human epithelial cells, as well as in BAL fluids from rabbits ventilated with an injurious ventilatory regimen. These alarmins stimulate lung cells to produce bioactive IL-‐1, and are likely to represent the proximal endogenous mediators of VILI and ARDS, released by injured pulmonary cells

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Zhao, Zhongxin. "Rejet suraigu xénogénique in vitro dans la combinaison porc-homme : mécanisme de l'activation du complément, induction d'une accommodation, détermination des xénoantigènes." Paris 5, 1994. http://www.theses.fr/1994PA05CD03.

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Abstract:

Le mécanisme du rejet hyperaigu des xénogreffes dans la combinaison donneur-receveur porc-homme a été analysé in vitro par l'étude de la lyse des cellules endothéliales de porc en présence de sérum humain. Il a été montré que la voie classique et la voie alterne d'activation du complément interviennent simultanément dans ce modèle. Le phénomène d'accommodation des cellules endothéliales porcines aux anticorps et au complément humain a été observé lorsque les cellules étaient préincubées en présence de sérum humain décomplémenté. Ce phénomène semble être lié à l'action des IgG par l'intermédiaire de leur fragment Fc et fait intervenir une inhibition de la cytotoxité liée à la voie directe d'activation du complément. Cette accommodation ne s'associe pas à la modulation des xénoantigènes membranaires du porc, ni à l'inhibition du dépôt de fractions du complément. Dans le but de définir les épitopes glucidiques des xénoantigènes membranaires de porc reconnus par les anticorps naturels humains, neuf glycoconjugués (GC) de synthèse et la mucine gastrique de porc ont été évalués dans un test d'inhibition de la cytotoxicité du sérum humain pour les cellules endothéliales de porc. Quatre QC ont présenté un effet inhibiteur, mais la mucine gastrique de porc qui contient les déterminants G1cNAc (1,4)Gal et Gal(1,3)Gal a présenté l'effet inhibiteur le plus fort. Ces observations ouvrent des perspectives quant à la prévention du rejet hyperaigu des xénogreffes par le détournement de l'activation du complément humain ou par l'inhibition de la réaction entre xenoantigènes porcins et anticorps naturels humains.

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Scuotto, Angelo. "Contribution à l’étude des agrégats bifides : sélection, caractérisation, mécanisme et prévention du diabète de type 1." Thesis, Lille 2, 2015. http://www.theses.fr/2015LIL2S014/document.

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Abstract:

Certaines souches de bifidobactéries entrent dans la composition de laits infantiles. Leurs propriétés (modulation du microbiome, régulation de la translocation bactérienne, maturation de cellules dendritiques) sont liées à la capacité de sécrétion de composés de haut poids moléculaire lors de la fermentation bactérienne. Les objectifs de ce travail sont, dans un premier temps, de caractériser les molécules issues de la fermentation de la souche de référence B.breve C50, et de déterminer si d’autres bifidobactéries peuvent sécréter des molécules de propriétés similaires. Les analyses associant chromatographie gazeuse (GC), spectrométrie de masse (MS), électrophorèse, séquençage protéique montrent que les composés fermentaires de B.breve C50 sont des agrégats (>600kDa) associant des unités lipoprotéiques de la paroi cellulaire contenant un domaine CHAP et des sucres, en majorité du glucose. Ces agrégats sont reconnus par le TLR6, indiquant une structure lipoprotéique di-acylée. Ils sont également ligand de la galectine 1, ce qui suggère que les hexosamines et le galactose détectés par GC sont exposés à l’extérieur des agrégats. L’analyse in silico des homologies avec le gène codant pour la séquence protéique révèle la proximité du gène de B.longum avec B.breve. Par contre, il est peu probable que B.bifidum sécrète des agrégats semblables, la séquence du gène homologue étant dépourvu de lipobox. Les agrégats (>600 kDa), isolés après fermentation de la souche B.longum CBi0703 dans le milieu lacté de référence, montrent une composition similaire (unités lipoprotéique associées à des sucres, en majorité du glucose et du mannose), une reconnaissance par la Galectine 1 mais non par le TLR6. La différence de composition en lipide et l’hydrophobicité de la séquence protéique semble prévenir la reconnaissance de la structure lipoprotéique par le récepteur TLR6. Les agrégats de B.longum ayant montré des propriétés anti-inflammatoires, l’hypothèse d’une phagocytose a été explorée dans un deuxième temps. Les agrégats marqués par des marqueurs fluorescents ne sont pas détectés dans les cellules après contact direct (ex-vivo) ou gavage des animaux (in vivo). Une capture des agrégats par les cellules présentatrices d’antigènes est donc peu probable. La reconnaissance par la galectine 1 des deux types d’agrégats bifides nous fait privilégier la piste d’un mécanisme de régulation de la translocation du microbiome par l’intermédiaire des structures hexosamines et galactose exposées à la surface des agrégats. Dans un troisième temps, l’implication des agrégats bifides dans la prévention du diabète de type 1 a été explorée. En effet, le lait de femme prévient la survenue du diabète chez les souris NOD. La recherche par PCR du gène codant pour la lipoprotéine d’intérêt a permis la détection de B.longum dans 21 échantillons de lait maternel sur 33 (soit 12 mamans parmi 16). A l’inverse, B.breve est rarement isolé (2 mamans parmi 16). Comme l’analyse transcriptomique indique que les lipoprotéines sont synthétisées de façon continue, elles peuvent donc être sécrétées par les bifidobactéries dans le lait de femme. Aussi le choix s’est porté sur les agrégats de B.longum, testés à une dose anti-inflammatoire en prévention anti-diabétique. Si l’administration de lait maternel réduit l’incidence du DT1 chez des souris NOD âgées de plus de 18 semaines (p < 0.001), c’est au contraire une protection précoce mais qui ne persiste pas qui est observée sous agrégats bifides. L’effet protecteur est observé en absence de bifidobactéries intestinales. Les agrégats bifides à la dose anti-inflammatoire ne modulent pas à la même vitesse les bactéries intestinales sensibles au lait de femme, ce qui pourrait expliquer le retard d’apparition des premiers diabètes lors du traitement
Some bifidobacterial strains are used to ferment infant formulas. Their properties (modulation of microbiome, regulation of bacterial translocation, dendritic cells maturation) are related to their ability to secrete high molecular weight compounds during the bacterial fermentation. The first objective of the study was to characterize the molecules secreted by the strain B.breve C50 used as a reference, and to determine whether other bifidobacteria can secrete molecules with similar properties. Analysis using gas chromatography (GC), mass spectrometry (MS), electrophoresis, protein sequencing showed that the B.breve C50 fermentation compounds are constituted of aggregates (>600kDa) combining units of a cell wall lipoprotein with a CHAP domain and sugars moities, mostly glucose. The aggregates are recognized by TLR6, indicating that the protein was diacetylated. They are also ligand of the galectin 1, suggesting that the hexosamine and galactose moieties detected by GC surrounded the aggregates. In silico analysis showed that a B.longum gene exhibiting a high homology with the B.breve C50 gene, coded for a lipoprotein, which was secreted during fermentation, and formed aggregates with sugars. B.bifidum species likely does not secrete similar aggregates since the sequence of the homologous gene is deprived of lipobox. B.longum CBi0703 and B.breve C50 aggregates shared the same global structure (lipoproteins with CHAP domain bordered by sugars primarily constituted of glucose and mannose). Remarkably, the CBi0703 aggregates were also able to bind Gal-1 but were lacking binding capacities to TLR6. It is likely that the hydrophobicity of the protein sequence, as well as the lipid and sugar compositions prevented the recognition of the lipoprotein structure by the TLR6 receptor. Secondly, a putative phagocytosis of aggregates was investigated. Fluorescent-labeled aggregates are not detected within cells after direct contact (ex-vivo) or oral challenge in animals (in vivo). Capture of the aggregates by antigen presenting cells seemed improbable. The two types of aggregates being recognized by galectin-1, regulation of the intestinal bacterial translocation by the aggregates likely involves the hexosamines and galactose surrounding their surface. In a third step, the possible involvement of the bifidobacterial aggregates in the prevention of type 1 diabetes was investigated. Actually, breast milk was previously shown to prevent diabetes onset in old NOD mice. Detection of bifidobacteria using amplification of the gene encoding the B.longum lipoprotein was positive in 21 human milk samples out of 31 (i.e. 12 mothers out of 16). Conversely, B.breve is rarely isolated (2/16 mothers). Since transcriptomic analysis showed that the lipoproteins were continuously synthesized, we hypothesized that the bifidobacterial aggregates were secreted by the bifidobacteria harbored in human milk. To ensure that B.longum aggregates play a role in the protection induced by human milk, they were assayed at an anti-inflammatory dose. Contrary to breast milk which reduced the incidence of T1D in NOD mice older than 18 weeks (p <0.001), only early but not persistent protection is observed during bifidobacterial aggregates intake. The protective effect was observed in the absence of intestinal bifidobacteria. Variation in intestinal bacterial colonization did not match in groups drinking human milk or bifidobacterial aggregates at an inflammatory dose. The difference in kinetics could support the delay in diabetes onset induced by the bifidobacterial aggregates

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Belon, Jean-Paul. "Implications de la bêta-endorphine et des mono-aminescérébrales dans les états d'hyperglycémie chez l'animal : mécanisme d'action du glipizide." Paris 11, 1989. http://www.theses.fr/1989PA11A001.

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Artus, Cédric. "Caractérisation et mécanisme de l'apoptose induite dans des lignées de leucémies aiguës myéloïdes par un anticorps anti-CD44." Paris 5, 2006. http://www.theses.fr/2006PA05N11S.

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Abstract:

Les leucémies aiguës myéloïdes sont particulièrement résistantes à la mort cellulaire caspase-dépendante. Nos travaux réalisés au cours de cette thèse ont permis de montrer que l'anticorps monoclonal anti-CD44, A3D8, était capable de provoquer une mort cellulaire impliquant des mécanismes différents dans deux lignées, la NB4, modèle de LAM 3 et HEL, modèle de LAM 6. Dans la lignée NB4 les caspases sont responsables en partie de l'apoptose induite par A3D8. Elles sont activées via la caspase 8 sans l'intervention des récepteurs de mort. En parallèle des caspases il y a aussi l'activation de sérine protéases encore non-indentifiées mais qui participe activement à la mort cellulaire leur inhibition protégeant partiellement de la mort. Dans les cellules HEL le même anticorps A3D8 met en jeu un mécanisme de mort original, à savoir une sur-activation de la PARP-1
Ligation of the cell surface molecule by anti-CD44 monoclonal antibodies (mAbs) has been shown to induce cell differenciation, cell growth inhibition and in some cases, apoptosis in myeloid leukemic cells. We report, herein that exposure of human erythroleukemic HEL cells to the anti-CD44 mAb A3D8 resulted in cell growth inhibition followed by caspase-independent apoptosis-like cell death. This process was associated with the disruption of mitochondrial membrane potential , the mitochondrial release of apoptosis-inducing factor(AIF), but not of cytochrome c, and the nuclear translocation of AIF. All these effects including cell death, loss of mitochondrial and AIF release were blocked by pretreatment with the poly (ADP-ribose) polymerase inhibitor isoquinoline. A significant protection against cell death was also.

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Guiard, Bruno. "Rôle de la substance P et du brain-derived neurotrophic factor dans le mécanisme d'action des antidepresseurs sérotoninergiques." Paris 11, 2005. http://www.theses.fr/2005PA114814.

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Abstract:

La SP et le BDNF participeraient au mécanisme d'action des antidépresseurs de type IRSS. A partir de la technique de microdialyse intracérébrale chez la Souris, nous avons évalué leurs effets sur les [5-HT]ext centrales. L'activation des récepteurs NK1 par la SP, réduit les [5-HT]ext corticales en stimulant un rétrocontrôle inhibiteur exercé par les autorécepteurs 5-HT1A. Au contraire, les antagonistes des récepteurs NK1, potentialisent les effets neurochimiques des IRSS, en prévenant l'activation de ces autorécepteurs. La diminution constitutive des concentrations de BDNF, réduit la densité de transporteur de la 5-HT dans l'hippocampe, en rapport avec une augmentation locale des [5-HT]ext et une diminution de l'efficacité neurochimique des IRSS. Même s'il reste à déterminer dans quelles mesures un excès de SP et/ou une carence en BDNF, limite l'efficacité thérapeutique des IRSS, notre étude confirme l'intérêt d'une polythérapie dans le traitement des épisodes dépressifs chez l'Homme
SP and BDNF would be involved in the mechanism of action of the antidepressants: SSRI. By using intracerebral microdialysis in mice, we evaluated their effects on [5-HT]ext. Thus, the activation of NK1 receptors by exogenous SP, decreased cortical [5-HT]ext through the stimulation of an inhibitory feedback exerted by 5-HT1A autoreceptors. Interestingly, NK1 receptor antagonists enhanced the effects of SSRI on cortical [5-HT]ext by preventing this negative control on 5-HT neurons. The genetic inactivation of BDNF levels in BDNF +/- mice, reduced the density of 5-HT transporter in the hippocampus which concured to increase local [5-HT]ext. Moreover, the partial loss of BDNF inhibited the neuochemical activity of SSRI. Although is it still unclear whether or not an excess of SP and/or a reduction and BDNF, limits the therapeutic activity of SSRI, our experimental data highlighted the interest to act on various pharmacological targets in the treatment of mood disorders in Human

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Köysüren-Demirkapi, Nursel. "Étude de l'élongation des acides gras NADH-dépendante dans le réticulum endoplasmique de foie : mécanisme de régulation au niveau de la B-cétoréduction." Paris 11, 1989. http://www.theses.fr/1989PA11A002.

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Delcambre, Thierry. "Biomécanique de l'articulation temporo-mandibulaire et dimension verticale." Lille 2, 1998. http://www.theses.fr/1998LIL2A001.

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El, Rawadi Charles. "Mécanisme de l'action chronotrope positive de la sérotonine sur les oreillettes isolées de rat : interaction avec la transmission noradrénergique." Paris 11, 1993. http://www.theses.fr/1993PA114830.

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Vincent, Flavien. "Facteur Willebrand et modifications hémodynamiques associées à l’utilisation de dispositifs cardiovasculaires : mécanisme et applications cliniques." Thesis, Lille 2, 2018. http://www.theses.fr/2018LIL2S039/document.

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Abstract:

Le facteur Willebrand (VWF) est une proteine multimerique qui a une sensibilite unique aux forces de cisaillement et aux variations hemodynamiques du flux sanguin comme celles rencontrees lors d’utilisation de dispositifs cardiovasculaires tels qu’un remplacement valvulaire aortique transcatheter (TAVI) ou un assistance circulatoire mecanique a flux continu (ACM-FC). Des travaux anterieurs nous ont permis de mettre en evidence une secretion endotheliale declenchee par les modifications du flux liees a l’utilisation de ces dispositifs.Dans la première partie de la these, nous avons choisi d’etudier le role de la pulsatilite arterielle dans la reponse endotheliale a l’aide de plusieurs modeles animaux porcins d’ACM-FC pour isoler le role de la pulsatilite dans un environnement a forces de cisaillement elevees et constantes. Nous avons observe dans un modele dose-reponse la relation entre le niveau de pulsatilite et la multimerisation du VWF et dans un modele en cross-over le caractere dynamique du relargage endothelial en reponse a des variations aigues de pulsatilite.Ces resultats nous ont permis de conceptualiser dans la deuxième partie l'utilisation du VWF dans l’evaluation de la severite des fuites paravalvulaires (FPV) post-procedure TAVI. Deux cohortes de 183 et 201 patients ont permis de demontrer l’excellente capacite diagnostique de l’analyse multimerique du VWF avec une sensibilite, une specificite et une valeur predictive negative de respectivement 92.3%, 94.9%, et 98.7%. Le test de diagnostic rapide TO-ADP (temps d’occlusion a l’ADP) donnait des resultats equivalents pour un seuil > 180 sec.Enfin dans la troisième partie de la these nous avons concu le design d’un essai clinique permettant d’evaluer la valeur ajoutee de l’utilisation de ce test de diagnostic rapide TO-ADP en salle de catheterisme pour l’amelioration des resultats proceduraux et cliniques des procedures TAVI
Willebrand factor (VWF) is a multimeric protein that has a unique sensitivity to shear forces and hemodynamic variations in blood flow such as those encountered when using cardiovascular devices such as transcatheter aortic valve replacement (TAVI) or continuous flow mechanical circulatory assistance (CF-CAM)

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Morin-Boymond, Carole. "Étude in vitro du mécanisme d'activation des macrophages alvéolaires de rat : effet de la vectorisation d'un dérivé lipophile du muramyldipeptide." Paris 11, 1994. http://www.theses.fr/1994PA114808.

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Delacroix-Beaurain, Nathalie. "Conception et synthèse de dérivés benzothiopéniques impliquant les mécanismes mélatoninergiques." Lille 2, 2001. http://www.theses.fr/2001LIL2P004.

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Mouaffak, Toumi Nassima. "Mécanisme du transport du pyruvate dans les cellules du muscle squelettique L6 : Etude cinétique du caractère allostérique ou multisite associé aux isoformes fonctionnelles des transporteurs des monocarboxylates : analogies et différences avec le transport du L-lactate." Paris 5, 1998. http://www.theses.fr/1998PA05S033.

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Abstract:

La caractérisation du transport des monocarboxylates (pyruvate et lactate) par les cellules musculaires de la lignée L6, est réalisée à deux stades de différenciation cellulaire : myoblaste et myotube en absence et en présence des inhibiteurs spécifiques. Les résultats obtenus permettent de mettre en évidence, au stade myoblaste, un mécanisme diffusionnel non saturable indépendant des inhibiteurs appliqués. Dans les myotubes, l'apparition d'un système de transport des monocarboxylates saturable semble en étroite relation avec l'activté des créatines-kinases qui survient lors de la différenciation de la lignée L6. La fonctionnalité du système de transport dans les myotubes L6 peut être considérée comme un marqueur de la différenciation cellulaire. . . .

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Moreau, Magali. "Etude du mécanisme d'oxydation des guanidines par les no-synthases. Recherche de nouveaux précurseurs de No." Paris 5, 2005. http://www.theses.fr/2005PA05S014.

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Abstract:

Le monoxyde d'azote, NO, est un messager cellulaire important chez les mammifères. Il est sythétisé par oxydation de la L-arginine, catalysée par des enzymes appelés NO synthases (NOS). Dans les situations physiopathologiques correspondant à un déficit de NO, une stratégie serait de mettre au point des substrats exogènes de NOS. Dans un premier temps, nous avons pu montrer que des guanidines simples pouvaient être substrats de la NOS inductible. Dans une seconde partie, nous avons montré l'influence de la nature de la guanidine sur le découplage des électrons et la production d'espèces activées de l'oxygène. Des études de cinétique rapide, spectroscopies Raman de résonance et infrarouge nous ont permis de proposer des mécanismes différents pour les étapes de transfert proto-électron dans le processus d'activation de l'oxygène, dependant de la nature de la guanidine. Enfin, nous avons muté un résidu valine du site acftif et montré son importance pour la transformation et la reconnaissance des composés non-aminoacides. En conclusion notre étude a permis de caractériser de nouvelles molécules pour l'étude du mécanisme des NOS qui pourraient aussi être de nouveaux outils pharmacologiques pour l'étude de pathologies associées à des dysfonctionnements des NOS
Nitric oxide (NO) is an importnat signal molecule in mammalian systems and is produced via the oxidation of L-arginine, a reaction catalyzed by enzimes known as NO synthases (NOS). To adress physipathological conditions associated with NO deficiency, a strategy is to identify exogenous substrates for NOS. For the forst time, we demonstrated that simple guanidines could serve as substrates for inducible NOS. Secondly , we showed the influenceof guanidine on electron decoupling and on the production of recative oxygen species. Studies using stopped-flow kinetics, infrared and resonance Raman spectroscopy enabled us to propose differential mechanisms for the electron- and proton- transfer steps in the NOS-dependent, oxygen-activation process, contingent upon the guanidine derivative. Finally, using NOS mutant constructs, modified in one Valine residue at the active site, we revealed the importance of active site structure in the transformation and recognition of non-aminoacid compositions. In conclusion, our research has led to the characterization of novel molecules useful for studying mechanisms of NOS and that could also serve as novel pharmacological tools in studies associated with NOS dysfunction

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Unique, Cécile. "Compréhension du mécanisme d'inhibition de l'adhésion d'escherichia coli par des concentrations subinhibitrices d'antibiotiques : mise au point d'un test de criblage de molécules anti-adhérentes." Paris 11, 1992. http://www.theses.fr/1992PA114804.

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Yang, Xinyi. "Remodelage des jonctions sous stress mécanique." Thesis, Strasbourg, 2017. http://www.theses.fr/2017STRAJ065.

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Abstract:

Les changements de forme des cellules épithéliales sont cruciaux pour la morphogenèse embryonnaire. Chez les embryons de C. elegans, l'activité musculaire sous les cellules épidermiques est l'une des deux forces mécaniques qui dirigent ce processus. Cependant, les mécanismes moléculaires détaillés à travers lesquels l'activité musculaire favorise l'allongement polarisé le long de l'axe antérieur / postérieur (A / P) restent à être totalement compris. Ici, en utilisant l'imagerie rapide-3D, on découvre que les embryons tournent après l'activation musculaire et on décrit le schéma local et global de la rotation de l'embryon induite par activité musculaire. En outre, on a observé que les muscles des côtés opposés de l'embryon se contractent alternativement, expliquant les rotations de l'embryon. Par conséquent, les jonctions adhérentes sont étirées le long de la direction A / P pendant les rotations de l'embryon et sont donc sous une tension plus élevée. Nos résultats préliminaires d'imagerie en molécule unique ont montré que plus de E-cadhérine, matériau de jonction, fusionne avec des jonctions orientées A / P quand il y a une tension élevée sur ces jonctions
Epithelial cell shape changes is essential for embryonic morphogenesis. In C. elegans embryos, muscle activity from underneath epidermal cells is one of the two mechanical force inputs driving this process. However, the detailed molecular mechanisms through which muscle activity promotes the polarized elongation along the anterior/posterior (A/P) axis remains to be fully understood. Here, using fast-3D imaging, we discover that embryos rotate after muscle activation and we describe the local and global pattern of embryo rotation induced by muscle activity. Furthermore, we observed that muscles located on opposite sides of the embryo mostly contract alternatively, accounting for embryo rotations. As a consequence, adherens junctions get stretched along the A/P direction during embryo rotations and therefore are under higher tension. Our preliminary results from single molecule imaging showed that more junction material E-cadherin fuses with A/P oriented junctions when there is high tension on these junctions

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Riss, Arnaud. "Tribologie du laminage à froid d’alliages légers." Paris, ENMP, 2005. http://www.theses.fr/2005ENMP1354.

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Wilhelm, Maud. "Etude du mécanisme d'action chez l'homme d'un peptide immunomodulateur de la maladie lupique." Thesis, Strasbourg, 2016. http://www.theses.fr/2016STRAJ034/document.

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Abstract:

Le lupus érythémateux disséminé est une maladie autoimmune systémique déclenchée par une combinaison de facteurs génétiques, hormonaux et environnementaux. Il se caractérise notamment par la présence d’autoanticorps dirigés principalement contre des éléments nucléaires. Les traitements proposés aux patients sont essentiellement palliatifs et non curatifs et engendrent de nombreux effets secondaires indésirables. Des nouvelles stratégies thérapeutiques plus spécifiques sont basées sur l’utilisation de peptides dérivés d’autoantigènes. Le peptide P140, découvert au laboratoire, est un candidat prometteur dans ce domaine. Il correspond à la séquence 131-151 de la protéine splicéosomale U1-70K et est chimiquement phosphorylé sur le résidu sérine 140. Son administration à des souris lupiques MRL/lpr diminue la sévérité des symptômes sans effet immunosuppresseur. Il est actuellement évalué chez l’homme dans un essai clinique de phase III. Le mécanisme d’action du peptide P140 commence à être bien connu chez la souris lupique. Récemment, mon équipe à montré que le peptide P140 affecte directement ou indirectement deux formes d’autophagie, la macroautophagie et l’autophagie médiée par les chaperonnes (CMA). De plus, il réduit l’expression des molécules du CMH-II ce qui conduirait à une baisse de la présentation antigénique et à une diminution de l’activation des LT autoréactifs. Finalement, une baisse de la production des autoanticorps, notamment des anticorps reconnaissant l’ADN double brin est observée suite à l’injection du peptide aux souris. L’objectif de mon projet de thèse a été de consolider ces résultats et également d’étudier le mode d’action du peptide chez l’homme puisque ceci n’avait pas encore été fait. Nous avons démontré que comme chez la souris, le peptide P140 réduit l’expression des molécules du CMH-II à la surface des LB de patients lupiques. De plus, nous avons montré que plus le score d’activité de la maladie est élevé, plus l’effet du peptide sur l’expression du CMH-II est important. En revanche, bien que nous ayons confirmé la dérégulation de la macroautophagie dans les LT CD8+ de patients, le peptide P140 ne semble pas affecter ce processus cellulaire. Nous étudions actuellement l’effet du peptide sur la CMA. Enfin, nous avons montré que chez la souris MRL/lpr et chez l’homme, le peptide P140 réduit le nombre de plasmablastes. Cette altération de la différenciation des LB conduit à une baisse de la production des IgM et des IgG, ce qui explique son effet bénéfique sur la maladie lupique
Systemic lupus erythematosus (SLE) is a systemic autoimmune disease triggered by genetic, hormonal and environmental factors. It is mainly characterized by the presence of autoantibodies directed against nuclear elements. Most of current treatments proposed to patients are palliative and not curative and lead to numerous side effects. New therapeutical strategies are based on the use of peptides derivated from autoantigens. The P140 peptide discovered in our laboratory is a promising candidate. It corresponds to the 131-151 sequence of the U1-70K spliceosomal protein and is phosphorylated on ser140 residue. Its administration to MRL/lpr lupus-prone mice reduces symptom severity without immunosuppressive effect. It is currently evaluated in phase III of clinical trial. The mechanism of action of P140 peptide has been mostly elucidated in lupus mice. Recently, my team has shown that P140 peptide affects direclty or indireclty macroautophagy and chaperone-mediated autophagy (CMA), two major forms of autophagy. Furthermore, it reduces the expression of MHC class II molecules, which leads to the decrease of antigenic peptide presentation and activation of autoreactive T cells. Finally, a reduction of autoantibodies levels against double stranded DNA is shown after P140 injection in mice. The aim of my thesis project was to consolidate these data and to study the mode of action of P140 in humans since this was not done until now. We have shown that like in lupus-prone mice, P140 peptide reduces expression of MHC-II molecules on the surface of B cells from SLE patients. Furthermore, we have demonstrated that higher the disease activity score was, higher the effect of P140 peptide was. Unfortunately, although we confirmed the dysregulation of macroautophagy in CD8+ T cells from SLE patients, P140 peptide does not seem to affect this cellular process. We are currently studying the effect of the peptide on CMA. Finally, we have shown that in both MRL/lpr mice and humans, P140 peptide reduces the number of plasmabasts. This alteration of B cell differentiation lead to the decrease of IgM and IgG production, thus explaining the P140’ benefical effect on the course of lupus disease

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Macri, Christophe. "Mécanisme d'action du phosphopeptide P140 dans la modulation de la réponse autoimmune du lupus." Thesis, Strasbourg, 2013. http://www.theses.fr/2013STRAJ074/document.

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Abstract:

Le lupus érythémateux disséminé est une maladie autoimmune systémique provoquant des lésions tissulaires graves. Notre laboratoire a découvert un peptide phosphorylé, appelé P140, présentant des propriétés thérapeutiques pour le traitement du lupus. Le mode d’action du peptide P140 dans le traitement du lupus repose sur son interaction avec la protéine de choc thermique HSPA8/HSC70 et l’objectif de mon projet de thèse a été de consolider et compléter ce mécanisme. Nous avons démontré qu’après internalisation par endocytose dépendante des clathrines, le peptide P140 se localise rapidement au sein du lysosome des lymphocytes B. Dans cet organelle, il réduit l’import de substrat cytosolique par autophagie dépendante des chaperonnes en ciblant et réduisant l’activité de HSPA8 intralysosomale. Nous avons également entrepris une analyse comparative du répertoire des lymphocytes T et B des souris lupiques par rapport aux souris saines. Nos résultats révèlent un changement dans la fréquence de certains réarrangements du TCR entre les souris lupiques et les souris saines et un effet bénéfique du peptide P140 sur certains réarrangements associés au lupus
Systemic lupus erythematosus is a multi-organ autoimmune disease provoking tissue damages. Our laboratory has discovered a phosphorylated peptide, named P140, with therapeutic activities in lupus. The mode of action used by P140 peptide relies on its interaction with the heat shock protein HSPA8/HSC70. The aim of my thesis project was to consolidate and complete this HSPA8-dependent mechanism. We have demonstrated that, upon internalization by clathrin-mediated endocytosis, P140 peptide homes rapidly into B cell lysosome. In this organelle, the peptide reduces chaperone-mediated autophagy by interacting and inhibiting intralysosomal HSPA8 activity. We also performed a comparative analysis of T cell and B cell repertoire on lupic mice compared to healthy mice Our results show a modification in the frequency of certain TCR rearrangements between lupus-prone mice and healthy mice and a beneficial effect of P140 peptide on certain lupus-associated rearrangements

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Cetin, Semih. "Caractérisation moléculaire du mécanisme de dégradation des microARN par un transcrit cible." Thesis, Strasbourg, 2016. http://www.theses.fr/2016STRAJ105/document.

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Abstract:

La littérature indique que les miARN sont régulés à plusieurs niveaux de leur biogenèse et de leur activité. Cependant, il existe très peu d’information concernant la régulation de la stabilité des miARN. Le projet de thèse a consisté à étudier la dégradation spécifique d’un miRNA cellulaire (miR-27) induite par un transcrit viral (m169) au cours de l’infection par le cytomégalovirus murin (MCMV). Ce miARN est déstabilisé par un mécanisme moléculaire appelé ‘target-RNA directed miRNA degradation’ (TDMD). En suivant deux grands axes de recherche j’ai entrepris : premièrement l’étude et la caractérisation des déterminants moléculaires et des facteurs cellulaires impliqués dans le mécanisme de TDMD ; puis dans un second temps, la mise en place d’une approche protéomique permettant l’identification des partenaires de la protéine AGO2 potentiellement impliqué dans le TDMD dans des cellules infectées ou non par le MCMV
Several regulatory mechanisms have been uncovered at every level of the biogenesis and the activity of miRNAs. However, there is less information about the regulation of the stability of miRNAs. The PhD project entailed the study of a process, which specifically enables the degradation of a cellular miRNA (miR-27) induced by a viral transcript (m169) during an infection by the mouse cytomegalovirus (MCMV). This miRNA is destabilized by a process called ‘target-RNA directed miRNA degradation’ (TDMD). I first undertook the study and the characterization of the molecular determinants and the cellular factors implicated in TDMD. Moreover, I started to set up a protocol in order to identify AGO2 partners of viral or host origin during MCMV infection, which would potentially be implicated in TDMD

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Schwenzer, Anja. "Mécanisme et conséquences de la répression de DKK1 par la ténascine-C, une molécule du microenvironnement tumoral." Thesis, Strasbourg, 2013. http://www.theses.fr/2013STRAJ086/document.

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Abstract:

La Ténascine-C (TNC) est un composé majeur de la matrice extracellulaire tumorale et sa forte expression est directement corrélée à l’angiogenèse tumorale et au processus métastatique. Lors de ma thèse j’ai pu démontrer que la TNC dérégulait DKK1, un inhibiteur de la voie de signalisation Wnt et par ce biais augmentait l’activité de cette voie impliquée dans la cancérogenèse. La diminution de la formation des fibres de stress en présence de TNC est l’un des mécanismes majeurs qui contribue à la diminution de DKK1. L’activité de MKL1, facteur co-transcriptionnel de SRF et régulable par l’actine, s’avère diminuée en présence de TNC. Mes données indiquent que la fonction de MKL1 n’est peut-être pas le mécanisme majeur de la régulation de DKK1 par la statu de l’actine. D’autres facteurs, probablement liés aux fibres de stress d’actine pourraient être impliqués. L’augmentation de l’activité de la voie de signalisation Wnt, dépendante de DKK1, est probablement le mécanisme majeur par lequel la TNC active la progression tumorale. Cette étude a permis de mettre en évidence un nouveau mécanisme de régulation de DKK1 faisant intervenir l’intégrité du cytosquelette d’actine
Tenascin-C (TNC) is a major component of the tumor specific extracellular matrix and its expression has been linked to tumor angiogenesis and metastasis. I demonstrated that TNC downregulates the expression of the Wnt signalling inhibitor DKK1 and by that enhances Wnt/-catenin signalling. Reduced stress fibre formation in the presence of TNC was identified as a major mechanism contributing to DKK1 downregulation. The activity of the actin-regulated SRF co-transcription factor MKL1 was found to be reduced in the presence of TNC. My results indicate that TNC-regulated MKL1 function maybe one, but not the major mechanism of DKK1 regulation by the actin status and that other factors, presumably regulated by actin stress fibres, are involved. Enhanced Wnt signalling activity downstream of TNC-induced DKK1 downregulation might be a major mechanism by which TNC promotes tumor progression. Furthermore, this study discovered a novel mechanism of regulating the Wnt inhibitor DKK1 by the integrity of the actin cytoskeleton

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Bode, Corinna. "PLGA implants for ocular drug delivery." Thesis, Lille 2, 2019. http://www.theses.fr/2019LIL2S008.

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Abstract:

Jusqu'à aujourd'hui, le traitement des maladies oculaires postérieures, telles que la dégénérescence maculaire liée à l'âge, la rétinopathie diabétique et l'uvéite, reste difficile. L'œil avec ses différentes barrières oculaires est bien protégé des agressions extérieures. Ces barrières réduisent également la biodisponibilité des médicaments pour le vitré. Après une administration topique, seule une quantité limitée (0,001 - 0,0004 %) permet d'atteindre le vitreux. Ceci est causé par exemple par une dilution des larmes et une faible perméabilité cornéenne du médicament. Après une administration systémique ou orale, les barrières hémato-oculaires empêchent le médicament d'entrer et seulement environ 2 % du médicament administré se trouve dans le vitré. Afin d'atteindre des concentrations thérapeutiques, une dose élevée doit être administrée, ce qui augmente le risque d'effets secondaires. La façon la plus efficace de traiter les maladies postérieures restent l'injection intravitréenne. Cependant, de petites molécules lipophiles comme la dexaméthasone peuvent facilement se diffuser à travers la rétine et les barrières oculaires et ont donc une demi-vie limitée de quelques heures seulement. Étant donné que de nombreuses maladies postérieures sont chroniques, une injection intravitréenne fréquente serait nécessaire. Chaque injection comporte des risques de décollement de la rétine, d'hémorragie et d'autres effets secondaires. Les implants biodégradables pour administration intravitréenne peuvent prolonger la libération du médicament et en diminuer les effets secondaires. PLGA est un polymère largement utilisé qui est biocompatible et biodégradable. Il peut également soutenir la libération du médicament de quelques jours à plusieurs mois. Dans cette étude, les implants de formation in situ (ISFI) et les implants préformés préparés par extrusion à chaude ont été étudié en profondeur. L'objectif de ce travail était (i) d'étudier l'impact du volume du rejet (ii) évaluer le comportement de libération, de gonflement et de dégradation des implants préformés préparés avec différentes charges de médicament et différents types de polymères, (iii) visualiser la libération de médicament et l'absorption d'eau des implants préformés et de l'ISFI en utilisant des médicaments modèles colorés et (iv) étudier l'effet des quantités variables des différents additifs sur les caractéristiques essentielles de l'ISFI. Ces informations peuvent aider à fabriquer des implants avec différents profils de libération. Nos études montrent que l'ISFI est assez robuste en ce qui concerne les différents volumes de l'humeur vitreuse que l'on peut rencontrer in vivo. Cependant, le poids moléculaire et la concentration du polymère ont une forte influence sur la morphologie et le gonflement de l'implant. Par conséquent, la dégradation et la libération du médicament sont affectées. Pour les implants préformés, le gonflement "orchestre" la libération du médicament. Au début, seule une quantité limitée d'eau peut se diffuser dans les implants. Ainsi, seules des quantités insignifiantes du médicament sont dissoutes et peuvent être libérées. Lorsque le PLGA commence à se dégrader, le polymère devient plus hydrophile et de plus grandes quantités d'eau peuvent pénétrer. Ce gonflement du polymère facilite la dissolution et la diffusion du médicament et déclenche la libération du médicament. Les études utilisant des médicaments modèles colorés corroborent le rôle de la pénétration de l'eau et de la dissolution du médicament pour les implants préformés. En ce qui concerne l'ISFI, il a visualisé l'importance de la concentration du polymère sur la structure interne de l'implant qui en résulte et par conséquent l'absorption d'eau et la libération du médicament. Le comportement de gonflement et la morphologie de l'ISFI pourraient également être modifiés de manière significative en utilisant différents additifs. L'effet global sur la libération du médicament a été limité
Until today, the treatment of posterior eye diseases, such as age-related macular degeneration, diabetic retinopathy and uveitis, remains challenging. The eye with its different ocular barriers is well protected from external factors. Those barriers also reduce the bioavailability of drugs to the vitreous. After a topical administration, only a limited amount (0.001 – 0.0004 %) reaches the vitreous. This is caused by for example reflexive blinking, tear dilution and a low corneal permeability of the drug. After a systemic or oral administration, the blood-aqueous and the blood-retinal barrier hinder the drug from entering and only around 2 % of the administered drug is found in the vitreous. In order to reach therapeutic concentrations, a high dose has to be given which in turn increases the risk for systemic side effects. The most efficient way to treat posterior diseases remains the intravitreal injection. However, small lipophilic molecules like dexamethasone can easily diffuse through the retina and the blood-ocular barriers and, thus, have a limited half-life of just a few hours. Since many of the posterior diseases are chronic, a frequent intravitreal injection would be necessary. Every intravitreal injection bears the risks for retinal detachment, hemorrhage, and other side effects. Biodegradable implants for intravi-treal administration can prolong the drug release and in turn decrease the side effects. Poly(lac-tic-co-glycolic acid) (PLGA) is a widely used polymer that is biocompatible and biodegrada-ble. It can also sustain the drug release from a few days up to several months. In this study, in-situ forming implants (ISFI) and pre-formed implants prepared via hot melt extrusion were studied in depth. The aim of this work was (i) to study the impact of the volume of the release medium, polymer type and concentration as well as drug content of different ISFI, (ii) to eval-uate the drug release, swelling and degradation behavior of pre-formed implants prepared with different drug loadings and polymer types, (iii) to visualize the drug release and water uptake of ISFI and pre-formed implants using colored model drugs and (iv) to investigate the effect of varying amounts of different additives on key features of ISFI. This knowledge can help to manufacture implants with different release profiles. Our studies show that ISFI are rather ro-bust regarding different volumes of the vitreous humor that could be encountered in vivo. How-ever, the polymer molecular weight and polymer concentration have a strong influence on the morphology and swelling behavior of the implants. Consequently, the degradation and drug release are affected. For pre-formed implants the swelling “orchestrates” the drug release. In the beginning only limited amounts of water can diffuse into the implants. Thus, only insignif-icant amounts of the drug are dissolved and can be released. When the PLGA starts to degrade, the polymer becomes more hydrophilic and bigger amounts of water can penetrate. This poly-mer swelling facilitates drug dissolution and diffusion and initiates the drug release. The studies using colored model drugs corroborate the role of water penetration and drug dissolution for pre-formed implants. Concerning ISFI, it visualized the importance of the polymer concentra-tion on the resulting inner implant structure and consequently the water uptake and drug release. The swelling behavior and morphology of ISFI could also be significantly altered using differ-ent additives. The overall effect on the drug release was limited

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Youl, Estelle. "Syndrome métabolique, stress oxydant et insulino-sécrétion : étude in vivo et in vitro du mécanisme d’action des polyphénols." Montpellier 1, 2009. http://www.theses.fr/2009MON13519.

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Abstract:

Le stress oxydant (SO) induit par l’hyperglycémie favorise la déficience progressive de sécrétion d’insuline qui lui est associée (gluco-toxicité). Le stress oxydant peut toutefois se manifester en absence d’hyperglycémie lors du syndrome métabolique (SM), ou pré-diabète, et favoriser la survenue de complications cardiovasculaires tout en jouant un rôle dans le déficit insulino-sécrétoire. Il est également connu que les polyphénols, anti-oxydants naturels, sont susceptibles de prévenir les complications cardiovasculaires et l’apoptose des cellules ß. Des molécules pures issues de différentes familles polyphénoliques ont tout d’abord été étudiées in vivo sur un modèle de syndrome métabolique d’origine nutritionnelle (rat nourri par un régime enrichi en fructose). Nous avons montré leur action différentielle sur les différentes expressions du SM ainsi que leur propriété commune de prévention de la fibrose cardiaque, liée à leur activité anti-oxydante. Le mécanisme de deux polyphénols, la quercétine (Q) et le resvératrol (R), ainsi que celui d’un anti-oxydant synthétique, la N-acétyl cystéine (NAC), a été étudié sur un modèle de cellule ß insulino-sécrétrice (lignée INS1) en absence ou en présence de SO induit par H2O2. Seule la Q potentialise la sécrétion d’insuline induite par le glucose en sur-activant p42/44 MAPKinase (ERK1/2), une voie impliquée dans la régulation de la sécrétion d’insuline et la survie des cellules ß. De plus, seule la Q protège la fonctionnalité de la cellule ß vis-à-vis du SO en mettant en jeu une sur-activation de ERK1/2. Cet effet pourrait passer par une modulation de JNK, une voie activée par le SO et induisant une déphosphorylation d’ERK1/2
Oxidative stress (OS) induced by hyperglycaemia favors the progressive deficiency of insulin secretion through gluco-toxicity of endocrine pancreatic ß cells. OS can also occur in the absence of hyperglycaemia during metabolic syndrome (MS), or pre-diabetes, and favor the occurrence of cardiovascular complications and insulin secretion impairment. It is also known that the natural anti-oxidants polyphenols are susceptible to prevent cardiovascular complications and ß-cell apoptosis. In our work, we studied the effect of pure polyphenolic molecules from various families on a nutritionallyinduced MS model (the fructose-fed rat). We showed that the various polyphenols had differential effects on the various expressions of MS, and displayed similar effects on the prevention or cardiac fibrosis in relation with their anti-oxidant properties. The mechanism of two polyphenols, quercetine (Q) and resveratrol (R), as well as that of a synthetic antioxidant, N-acetyl cystein (NAC), were studied on a ß-cell model, the INS1 cell line, in the absence or presence of H2O2-induced OS. Q, but not R or NAC, potentiated glucose-induced insulin secretion and overactivated p42/44 MAPKinase (ERK1/2), a signaling pathways involved in the regulation of insulin secretion and ß-cell survival. Moreover, Q, but not R or NAC, protected ß-cell function against OS via ERK1/2 overactivation. This effect could possibly occur through the inhibition of JNK, a pathway activated by OS and a promoter of ERK1/2 dephosphorylation

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Chantreau, Vanessa. "Rôle des prolines des hélices 2 et 5 dans le mécanisme d’activation des récepteurs couplés aux protéines G : Exemples du récepteur de la thyrotropine et du récepteur 2 de la vasopressine." Thesis, Angers, 2014. http://www.theses.fr/2014ANGE0041.

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Abstract:

Objectifs : Les Récepteurs Couplés aux Protéines G (RCPG) constituent une grande famille ubiquitaire. Leur structure est caractérisée par sept hélices transmembranaires. Les déformations de ces hélices jouent un rôle majeur dans l’activation de ces récepteurs. La plupart de ces déformations sont liées à la présence de prolines conservées. Cependant, les prolines de l’hélice 2 et 5 des RCPG ne sont pas systématiquement présentes. De plus, la position de la proline dans l’hélice 2 est variable (2.58, 2.59 ou 2.60). Nous nous intéressons aux rôles des prolines des hélices 2 et 5 dans l’activation de deux RCPG : le récepteur de la thyrotropine (TSHR) et le récepteur 2 de la vasopressine (V2R). Méthodes : pour le TSHR et le V2R, nous concevons et caractérisons des mutants pour chaque position conservée de la proline dans l’hélice 2 et/ou 5, ainsi que des mutants sans proline. Résultats : Les mutants du TSHR n’ont pas le même comportement en termes d’expression, de glycosylation ou d’activité. La position la mieux tolérée, 2.59, nous permet de rapprocher le TSHR des récepteurs avec une proline en position 2.59 qui possèdent un renﬂement dans l’hélice 2. Pour l’hélice 5, les données expérimentales couplées à l’analyse des séquences et la modélisation moléculaire suggèrent une structure non renﬂée. Pour le V2R, le changement de position de la proline de l’hélice 2 est plus délétère que l’absence de proline dans cette hélice. La proline de l’hélice 5 est indispensable pour l’activité de ce récepteur. Conclusion : Les données obtenues sur le TSHR permettent de proposer un modèle avec une hélice 2 renﬂée et une hélice 5 non renﬂée et d’améliorer la modélisation de la cavité interne de ce récepteur, ce qui est essentiel pour le drug design. L’étude du V2R permet de proposer un modèle évolutif de ce récepteur et met en évidence sa spéciﬁcité par rapport à des récepteurs proches
Objectives : Class A G-Protein-coupled receptors (GPCRs) constitute a large family of transmembrane receptors. Helical distortions play a major role in the overall fold and in the activation mechanism of these receptors. Most distortions are related to the presence of conserved proline residues. However, in helices TM2 and TM5, the presence of proline is not mandatory and the correlated mutation of these proline residues is observed in several GPCR sub-families. In addition, the position of the TM2 proline is variable (2.58 to 2.60). We are interested in the role of the TM2 and TM5 proline residues in the folding and activation mechanism of two GPCRs : the thyrotropin receptor (TSHR) and the vasopressin receptor type 2 (V2R). Methods : For both receptors, we engineered and characterized mutants with proline residues at different positions in TM2 and/or at position 5.50 in TM5, and without proline. Results : The expression, the glycolysation or the activity of TSHR mutants are differentially altered by changes in the proline pattern. The “best” mutant, TSHR P2.59, is consistent with a bulged structure for TM2. Experimental data in addition to sequences analysis and modeling suggest an unbulged structure for TM5. For V2R, the absence of proline in TM2 is better tolerated than ashift in the position. The TM5 proline is mandatory for the receptor activation. Conclusion : We suggest a model for TSHR with a bulged TM2 and an unbulged TM5. This should improve the modeling of the transmembrane cavity, which is fundamental for drug design. Our results on V2R suggest an evolutionary model for this receptor and enlighten its speciﬁcity compared to nearby receptors

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Azzouz, Brahim. "Association entre antihypertenseurs et psoriasis : lien de causalité, mécanisme d’action ? Psoriasis après exposition aux antagonistes des récepteurs à l’angiotensineII : un effet indésirable sous-estimé Psoriasis après exposition aux inhibiteurs de l’enzyme de conversion : donnéesde pharmacovigilance française et de la littérature Inhibiteurs calciques et psoriasis: enquête de pharmacovigilance, données de la littérature." Thesis, Reims, 2020. http://www.theses.fr/2020REIMP201.

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Abstract:

Le psoriasis est une dermatose érythrosquameuse pouvant détériorer la qualité de vie des patients. Plusieurs cas ou séries de psoriasis iatrogène avec les antagonistes des récepteurs à l’angiotensine II (ARA-II), les inhibiteurs de l'enzyme de conversion (IEC) et les inhibiteurs calciques (ICa) ont été publiés. Les données des études épidémiologiques évaluant l’association entre l’exposition à ces médicaments et le risque de psoriasis sont contradictoires. Le risque de psoriasis est uniquement mentionné dans les Résumés des Caractéristiques des Produits (RCP) de certaines molécules de la classe des IEC. Nous avons réalisé une étude cas/non-cas à partir de la Base Nationale de Pharmacovigilance (BNPV) afin d’évaluer si la mention du risque de psoriasis dans les RCP des ARA-II, des IEC et des ICa serait pertinente. Nous avons mis en évidence une disproportionnalité statistiquement significative pour chacune de ces classes, ce qui constitue un potentiel signal de pharmacovigilance. Le délai de survenue des manifestations psoriasiques est plus long avec les ICa qu’avec les ARA-II et les IEC, l’évolution des lésions psoriasiques est le plus souvent favorable à l’arrêt des médicaments. La prise concomitante de bétabloquant ne semble pas être un sur-risque de psoriasis. Les mécanismes physiopathologiques du psoriasis avec ces médicaments sont complexes, partiellement élucidés. Le risque de psoriasis sous ARA-II, IEC et ICa est méconnu de la communauté médicale. Les professionnels de santé doivent être sensibilisés à ce risque. Il nous parait judicieux que le risque de psoriasis soit mentionné dans les RCP des ARA-II, des IEC et des ICa
Psoriasis is an erythrosquamous dermatosis that can have a considerable negative impact on patient’s quality of life. Several case reports and case series of psoriasis related to angiotensin receptor blockers (ARBs), angiotensin converting enzyme inhibitors (ACEIs) and calcium channel blockers (CCBs) were published. Data from epidemiological studies regarding the association between these drugs and psoriasis risk were conflicting. Psoriasis risk is mentioned in the Summary of Product Characteristics (SmPC) of some, but not all ACEIs. We analyzed data from the French Pharmacovigilance Database (FPVD) in order to judge whether it is necessary to include a mention of psoriasis in the Summary of SmPCs of ARBs, ACEIs and CCBs. We highlighted a statistically significant disproportionality which constitutes a potential safety signal. Time to onset of psoriatic manifestations seems much longer with CCBs than ARBs and ACEIs, outcome of psoriatic lesions is most often favorable with drug discontinuation. Concomitant betablocker intake does not seem to be at higher risk of psoriasis. Physiopathological mechanism of psoriasis related to these drugs is complex, not yet elucidated. The risk of psoriasis with ARBs, ACEIs and CCBs is largely unknown to the medical community. Healthcare workers should be sensitized to this risk. Given the suggestive reports in the FPVD and in the literature, psoriasis risk should be mentioned in the SMPCs of ARBs, ACEIs and CCBs

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Liu, Yihua. "Une nouvelle approche thérapeutique de l'insuffisance cardiaque ischémique associant l'assistance biologique et l'assistance mécanique." Thesis, Université de Lorraine, 2015. http://www.theses.fr/2015LORR0072/document.

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Abstract:

L'insuffisance cardiaque (IC) chronique représente la pathologie la plus fréquente nécessitant l'hospitalisation chez les patients de plus de 65 ans. La mortalité à 5 ans est estimée à plus de 50% et les enjeux en terme d’économie et de santé publique sont immenses. Parmi de nombreuses étiologies, les cardiopathies ischémiques sont la cause principale de l’IC. Sur les quinze dernières années, de nombreuses études précliniques et cliniques ont confirmé le potentiel thérapeutique des cellules souches d’améliorer la fonction cardiaque et d’atténuer le remodelage ventriculaire. Néanmoins, beaucoup de questions fondamentales liées à la thérapie régénératrice avec les cellules souches restent à résoudre. Parmi les raisons expliquant l'inefficacité de la thérapie cellulaire figurent l'intégration et la survie compromises des cellules greffées dans un microenvironnement défavorable au sein de tissus infarcis ainsi que la présence d'inflammation, de stress oxydatif, d'hypoxie sévère et de privation des nutriments. Une des approches pour améliorer la thérapie cellulaire serait d’adapter le milieu de culture des cellules in vitro en terme de concentration en oxygène afin qu’il soit plus proche des conditions in vivo. Notre étude a bien montré que le préconditionnement des cellules souches mésenchymateuses (CSMs) à l’hypoxie permettait de promouvoir la croissance cellulaire tout en gardant leur potentiel de différenciation trilignée. De plus, notre étude in vivo montrait que les CSMs cultivées en hypoxie, par rapport à celles cultivées en normoxie, présentaient un meilleur potentiel thérapeutique : amélioration de la viabilité dans la zone infarcie, augmentation de la contractilité intrinsèque et favorisation du processus d’angiogénèse, etc. Force est de constater que la récupération de la fonction cardiaque sous dispositifs d'assistance ventriculaire (bridge to recovery) pose un jalon dans le traitement de l'insuffisance cardiaque. Le phénomène « bridge to recovery » nous a permis d'approfondir la connaissance sur la physiopathologie du remodelage ventriculaire, qui était considéré comme un processus unidirectionnel. Cependant, plusieurs controverse existent sur la stratégie ‘Bridge to Recovery’. Une des questions les plus soulevées est s'il y a une limite à la durée et à l'intensité de la décharge ventriculaire afin d'éviter ses effets secondaires. Pour simuler les décharges mécaniques ventriculaires d'intensités différentes, nous avons mis au point deux modèles de transplantation cardiaque hétérotopique (TCH), cœur seul ou cœur-poumon, mimant respectivement la décharge complète et la décharge partielle. Notre étude montrait que la décharge mécanique résultait d’une atrophie myocardique, d’une réduction du métabolisme glucidique, d’une fibrose cardiaque et d’une altération de fonction cardiaque diastolique. Les effets étaient tous dépendants des intensités de décharge. Notre travail s'insère dans la thématique générale du laboratoire, qui est de développer un programme de recherche sur les approches thérapeutiques innovantes pour traiter l'infarctus du myocarde et l'IC chronique. Dans la première partie de notre projet, nous avons cherché à clarifier les effets de l'injection intramyocardique de CSMs d'origine médullaire dans la zone infarcie sur la perfusion et la fonction cardiaque (étude n°1). Nous avons ensuite étudié l'impact de la culture cellulaire en hypoxie des CSMs dérivées de moelle osseuse sur leurs caractéristiques biologiques et leur potentiel thérapeutique (étude n°2). Enfin, nous avons caractérisé les effets de décharges mécaniques d'intensités différentes sur le remodelage ventriculaire du cœur sain, sur le plan morphologique, fonctionnel et métabolique (étude n°3)
Heart failure (HF) represents one of the most frequent disease requiring hospitalization in the old population (>65 years old). The 5-year survival rates associated with heart failure are less than 50% and it results in a huge cost on social economy and public health. Ischemic heart diseases represent one of the most frequent etiologies of the heart failure. Over the last fifteen years, many preclinical and clinical studies have confirmed the therapeutic potential of stem cells to improve heart function and reduce ventricular remodeling. The failure of cell therapy can be ascribed to some extent to the poor integration and compromised survival of grafted cells in an unfavorable microenvironment in infarcted tissue which is complicated by the presence of inflammation, oxidative stress, hypoxia and severe deprivation of nutriments. Furthermore, bone marrow stem cells are physiologically located in a hypoxic environment. The adaptation of the in vitro culture medium, in terms of oxygen concentration, to the in vivo natural niche as well as the targeted area, might be one of solutions to improve the efficacy of cell therapy. One of our studies has demonstrated that preconditioning of mesenchymal stem cells (MSCs) with hypoxia could promote cell proliferation without altering the differentiation potential. What’s more, our in vivo study showed that hypoxia-preconditioned MSCs, compared with those cultured in normoxia, presented with better therapeutic efficiency, such as improvement of the myocardial viability in the infarcted area, increase of intrinsic contractility and favoring the processes of angiogenesis. The recovery of cardiac function with ventricular assist devices (bridge to recovery) is a milestone in the treatment of heart failure. The phenomenon "bridge to recovery" has enabled us to deepen the knowledge on the physiopathology of ventricular remodeling, which was considered to be a one-way process. However, the strategy of ‘Bridge to Recovery’ causes many controversies. One of the arisen questions is if there exists a limit in terms of the duration and intensity regarding the mechanical unloading in order to minimize its secondary complications. To simulate ventricular mechanical unloading of different intensities, we have developed two models of heterotopic heart transplantation (TCH), namely, heterotopic heart transplantation (HHT) and heterotopic heart-lung transplantation to simulate complete and partial unloading, respectively. Our study revealed that mechanical unloading resulted in myocardial atrophy, cardiac fibrosis and diastolic dysfunction. These secondary effects were dependent on the intensity of unloading. Our work fits into the general theme of the laboratory, which is to develop a research program on innovative therapeutic approaches to treat myocardial infarction and chronic heart failure. In the first part of our study, we sought to clarify the effects of bone marrow-derived MSCs following intramyocardial injection on the perfusion and function of the infarcted myocardium (study 1). We then investigated the impact of long-term hypoxic culture on the biological characteristics and therapeutic potential of MSCs (study 2). Finally, we explored the effects of mechanical unloading of different intensities on the structure, function and metabolism of healthy myocardium (Study 3)

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Gribling-Burrer, Anne-Sophie. "Etude du mécanisme d'hyperméthylation de la coiffe des ARNm de sélénoprotéines et impact sur leur traduction." Thesis, Strasbourg, 2015. http://www.theses.fr/2015STRAJ051/document.

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Abstract:

La synthèse des sélénoprotéines fait appel à un mécanisme de recodage traductionnel d’un codon UGASec. Chez les mammifères, ce processus est conditionné par le recrutement de facteurs spécialisés dans la région 3’UTR des ARNm de sélénoprotéines, au niveau d’une tige-boucle appelée SECIS. Lors de ma thèse, nous avons montré que certains ARNm de sélénoprotéines possèdent une coiffe hyperméthylée m32,2,7G à leur extrémité 5’, à la manière d’ARN non-codants, et ne sont pas reconnus efficacement par le facteur canonique d’initiation de la traduction eIF4E. Nous avons déterminé le mécanisme de biogenèse de cette coiffe qui fait appel à la Triméthyl-guanosine synthase, et avons montré que les ARNm de sélénoprotéines coiffés m32,2,7G sont traduits in vivo. Par ailleurs, nos résultats indiquent que l’initiation de la traduction des ARNm de sélénoprotéines suit un mécanisme atypique qui ferait intervenir des éléments structuraux de l’ARNm, la région 3’UTR et une GTPase encore inconnue
Selenoprotein synthesis requires co-translational recoding of in-frame UGA codons. In mammals, this process is governed by the recruitment of dedicated factors on a hairpin structure, called SECIS, in the 3’UTR of selenoprotein mRNAs. During my PhD, we showed that several selenoprotein mRNAs bear a hypermethylated m32,2,7G cap and undergo a similar 5’ end maturation pathway than non-coding RNAs. This cap biogenesis mechanism involves the enzyme Trimethyl-guanosine synthase, m32,2,7G capped selenoprotein mRNAs are not efficiently recognized by the canonical translation initiation factor eIF4E but are translated in vivo. Furthermore, our results suggest the existence of an atypical mechanism of translation initiation for selenoprotein mRNAs. This process involves structural RNA determinants, the 3’UTR region and a GTPase that remains to be identified

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Schirtz, Tom. "Etude du mécanisme de translocation de l'ARNtLys dans les mitochondries de Saccharomyces cerevisiae." Phd thesis, Université de Strasbourg, 2012. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00868796.

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Abstract:

L'import d'ARN dans les mitochondries est un processus ubiquitaire chez les eucaryotes. Dans Saccharomyces cerevisiae un isoaccepteur cytosolique de l'ARNtLys, l'ARNtLys(CUU) (tRK1), est partiellement importé dans les mitochondries. L'adressage vers la surface mitochondriale a été étudié en détail mais l'étape de translocation dans les mitochondries reste toujours à démontrer. L'objectif principal de ce travail de thèse était l'identification et la caractérisation des protéines qui participent dans ce processus. Deux protéines de la membranes externe capables de former des canaux, Tom40 et VDAC1, ont été identifiées et leur rôle dans l'étape de translocation a été évalué in vitro et in vivo en utilisant des souches mutantes appropriées ou des agents capables de bloquer de manière spécifique les canaux formés par les protéines Tom40 et VDAC1. Ainsi il a été démontré que la délétion de VDAC1 ou l'inhibition du canal VDAC1 a conduit à une inhibition importante, néanmoins pas complète, de l'import de tRK1. Le blocage simultané des canaux Tom40 et VDAC1 par contre a causé un arrêt complet de l'import de tRK1 in vitro. Vu ces résultats, nous proposons que la translocation de tRK1 à travers la membrane mitochondriale externe puisse suivre deux chemins alternatifs.

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Bidon, Baptiste. "Mediator and NER factors in transcription initiation." Thesis, Strasbourg, 2017. http://www.theses.fr/2017STRAJ093/document.

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Abstract:

La synthèse d’ARN messagers résulte d’une cascade d’évènements temporellement et spatialement orchestrée. Au moment de l’initiation de la transcription, divers facteurs tels que les facteurs généraux de transcription, le complexe Médiateur, des co-activateurs, des facteurs de remodelage de la chromatine ainsi que l’ARN polymérase II sont recrutés au niveau de la région promotrice du gène. Certains facteurs de la voie NER de réparation de l’ADN sont également recrutés. En utilisant des cellules de patients porteurs de mutations dans les gènes MED12 (sous-unité du Médiateur) ou XPC (facteur initiant la voie NER), nous avons pu étudier le rôle de ces protéines dans la transcription. Les patients MED12 sont notamment caractérisés par une lourde déficience intellectuelle et des malformations congénitales. Nous avons montré que MED12 est impliqué dans le contrôle de certains gènes de réponse immédiate comme JUN, qui contribue notamment au développent et à la plasticité cérébrale. L’expression de ce dernier est affectée par les mutations de MED12, mais différemment en fonction de la position de la mutation, apportant une possible indication sur l’origine des variations phénotypiques observées chez les patients. En parallèle, les patients XPC se caractérisent par une forte photosensibilité. Nous avons montré que la protéine XPC, en collaboration avec le facteur E2F1, est impliquée dans le recrutement de l’histone acetyl-transférase GCN5 au niveau du promoteur d’un certain nombre de gènes. Cette dernière permet notamment l’a modification de l’environnement chromatinien, en coopération avec le facteur général de transcription TFIIH et participe ainsi à l’initiation de la transcription. En plus d’approfondir la compréhension des mécanismes régissant la transcription, ces résultats ont permis de mieux comprendre l’étiologie des maladies associées aux mutations
The synthesis of messenger RNA is a highly regulated process. During transcription initiation, a large number of proteins are recruited to gene promoter, including the RNA polymerase II, general transcription factors, co-activators, chromatin remodellers and the Mediator complex. Some DNA repair factors from the NER pathway are also recruited. Using cells derived from patients bearing mutations in either MED12 gene or XPC gene, we studied the roles of such proteins in transcription. MED12 patients are mostly characterised by intellectual disability and developmental delay. We showed that MED12 is implicated in the transcription regulation of immediate early genes like JUN, known for its role in neurological development and neuronal plasticity. JUN expression is markedly altered by MED12 mutations. We also showed that the position of the mutation influences this alteration, bringing possible explanation for inter-patients symptom variability. Meanwhile, XPC patients are mostly characterized by photosensitivity. We showed that XPC protein, which engages one of the NER pathways, is implicated in chromatin post-translational modification. Together with E2F1, it helps the recruitment of GCN5 acetyl-transferase to promoter of a certain set of genes. On the promoter, GCN5 notably cooperates with TFIIH to modify the chromatin environment during transcription initiation. In addition to help the comprehension of the transcription mechanisms, these results bring knew insight into the aetiology of mutations associated diseases

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Hua, Yue. "Modélisation de l'influence des sollicitations mécaniques dynamiques sur les phénomènes de remodelage et de croissance des vaisseaux sanguins des membres supérieurs." Thesis, Université de Lorraine, 2017. http://www.theses.fr/2017LORR0134/document.

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Abstract:

Le syndrome de vibration main-bras (HAVS) est généralement provoqué par l'utilisation d'outils électriques portatifs sur le long terme ; il se manifeste après une exposition au froid, en provoquant une forte et anormale vasoconstriction des vaisseaux sanguins. L'objectif de la thèse est d'établir un nouveau modèle prédictif des changements géométriques et structurels des parois des capillaires causés par l'exposition des membres supérieurs aux vibrations. Le contexte médical du HAVS est rappelé en premier lieu, en particulier les mécanismes pathologiques sous-jacents. Les modèles constitutifs des tissus mous de la pulpe de doigt et de la paroi du vaisseau en croissance issus de la littérature sont rappelés. Dans la troisième partie de la thèse, les paramètres élastiques et visqueux de la pulpe du doigt sont identifiés par le recalage des résultats de la simulation d'un modèle 2D d'une section transversale du bout du doigt avec des données expérimentales. La dernière partie de la thèse aborde la modélisation de la croissance des capillaires induite par la vibration de l'outil, en considérant des échelles spatiales et temporelles macroscopique et microscopique. Le problème spatial multi-échelles est résolu par une méthode de zoom structural, le champ de déformation calculé à l’échelle macroscopique définissant la condition limite appliquée ensuite à l’échelle microscopique. Le problème multi-échelle de temps est résolu en transformant le problème dynamique en un problème équivalent quasi-statique. Les résultats obtenus montrent que les vibrations induisent l'épaississement de la paroi du capillaire, l’effet étant maximum au voisinage de la fréquence de résonance. Des analyses paramétriques sont réalisées pour étudier la relation entre la croissance des capillaires en fonction de la localisation dans la pulpe du doigt, la fréquence de la vibration, l’amplitude de la pré-charge statique, et la dose de vibrations
Hand-Arm Vibration syndrome (HAVS) is usually caused by long-term use of hand-held power tools. It typically occurs after exposure to cold, causing an abnormally strong vasoconstriction of blood vessels. A model predicting the geometrical and structural changes of the arterial walls caused by vibration exposure is developed for the first time in this thesis. The medical context of HAVS is first recalled, especially the underlying pathological mechanisms. The constitutive models for the finger pulp and the growth of the vessel wall from the literature are used as a basis for the modeling of the arterial wall remodeling under exposure to vibration. The elastic and viscous parameters of the fingertip have been identified by adjusting the simulation results of a 2D model of fingertip cross-section to available experimental data. The last part of the thesis develops a first attempt to build the growth model of capillary induced by the tool vibration, considering multiscale spatial and temporal aspects. The two-scale spatial problem is solved by a structure focus, the deformation field computed at the macro level defining the boundary condition next applied at the microscopic level. The two-scale time problem is solved by transforming the dynamic problem into a quasi-static problem. The results obtained show that vibration induces an increase of the thickness of the capillary's wall. Parametric analyses were carried out to study the relationships between the capillary growth and their localization within finger’s pulp, the vibration frequency, the magnitude of the static preload and the vibration dose

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Risser, Fanny. "Études d’un mécanisme enzymatique et d’interactions inter-protéiques au sein de voies complexes de biosynthèse de polycétides Characterization of Intersubunit Communication in the Virginiamycin trans-Acyl Transferase Polyketide Synthase Understanding Intersubunit Interactions in the Enacyloxin Mixed cis- /trans-acyltransferase Modular Polyketide Synthase Insights into a dual function amide oxidase/macrocyclase form lankacidin biosynthesis." Thesis, Université de Lorraine, 2019. http://www.theses.fr/2019LORR0296.

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Abstract:

Les polycétides sont des métabolites secondaires produits par divers organismes et présentant un large spectre d'activité thérapeutique. L'organisation modulaire des enzymes responsables de leur synthèse, les polycétides synthases (PKS), en font des cibles attrayantes pour la biologie synthétique visant l'obtention de nouvelles structures de polycétides. L’une des stratégies les plus prometteuses à ce jour consiste à échanger des sous-unités entières entre différents systèmes PKS. Cependant, le succès de cette stratégie dépend essentiellement de la compréhension et de l’utilisation des domaines de docking. Ces petits éléments structuraux, situés aux extrémités C- et N-terminales des sous-unités de PKS, sont responsables de leur bon appariement et donc du transfert correct de l’intermédiaire polycétidique. Pour approfondir nos connaissances sur les DD, nous avons étudié plusieurs interfaces entre sous-unités de PKS trans-AT et cis-AT. Ces travaux ont notamment conduit à l'identification de la première classe de DD chez les PKS trans-AT, et nous avons pu caractériser une interface complète, formée entre deux sous-unités consécutives au sein de la PKS virginiamycine. De plus, nous avons montré qu’au moins un des DD de paires appariées est souvent une région intrinsèquement désordonnée (IDR), ce mode de reconnaissance permet d’assurer une interaction spécifique couplée à une affinité moyenne. En effet, chez l’enacyloxine synthase, une PKS hybride cis-AT/trans-AT, les six interfaces de docking sont médiées par une IDR C-terminal. En outre, nous avons démontré que ce système présentait plusieurs classes structurales de DD, mais que des variations du code électrostatique au sein d’une classe individuelle pouvaient également être utilisées pour garantir la spécificité. Ensemble, ces résultats fournissent des indications importantes pour les futures tentatives d’utilisation des DD en ingénierie des sous-unités de PKS. Une autre stratégie innovante permettant d’obtenir de nouveaux dérivés polycétidiques, consiste à utiliser des enzymes post-PKS. Ces dernières modifient de manière extensive l’intermédiaire et lui confèrent bien souvent son activité biologique. Dans ce contexte, nous avons étudié LkcE, une enzyme bi-fonctionnelle qui catalyse une réaction rare d’oxydation d’amide, suivie d’une réaction de Mannich intramoléculaire. Nous avons résolu quatre structures cristallographiques de l’enzyme et ces données couplées aux études cinétiques, nous ont permis de proposer un mécanisme catalytique détaillé pour LkcE, impliquant un changement conformationnel à grande échelle de l'enzyme pour amener le substrat à une conformation de pré-cyclisation. De plus, nous avons démontré que LkcE possède une certaine tolérance vis-à-vis de la structure de son substrat, suggérant son utilité comme catalyseur général de cyclisation/ligation en biologie synthétique et synthèse chimique
Complex polyketides are secondary metabolites which are produced by a range of different organisms, and which present a broad spectrum of therapeutic activity. The modular organization of the enzymes responsible for their synthesis, the polyketide synthases (PKS), makes them attractive targets for synthetic biology aimed at obtaining new polyketide structures. One of the most promising strategies to date consists in swapping of whole sub-units between different PKS systems. However, the success of this strategy critically depends on understanding and exploiting ‘docking domains’  the protein sequences at the C- and N-terminal extremities of the subunits which are responsible for correctly ordering the polypeptides, and therefore for faithful chain transfer. To increase our knowledge of DDs, we investigated several interfaces in both trans-AT and cis-AT PKSs. This work led notably to the identification of the first family of DDs from trans-AT PKSs, and we were further able to characterize a complete interface formed between two consecutive subunits within the virginiamycin PKS. In addition, we showed that at least one DD of matched pairs is often an intrinsically disordered region (IDR), as this type of interaction motif allows for specific but medium affinity contacts. Indeed, in the enacyloxin hybrid cis-AT/trans-AT PKS which we also investigated extensively, docking at every interface is mediated by a C-terminal IDR. In addition, we demonstrated that multiple structural classes of DD are present within the system, but that variations of the electrostatic ‘code’ within an individual structural class can also be used to ensure specificity. Taken together, these results provide important guidelines for future attempts to deploy DDs in subunit engineering. Another attractive target for synthetic biology are the so-called ‘post-PKS’ enzymes, which chemically decorate the initially-formed structure, and are often essential for their bioactivity. In this context, we studied LkcE, a bi-functional enzyme that catalyzes a rare amide oxidation followed by an intramolecular Mannich reaction to yield the lankacidin macrocycle – both to understand its unusual mechanism and to evaluate its suitability as a general polyketide modifying enzyme. We solved four crystal structures of the enzyme, and characterized it kinetically. Together, our data allowed us to propose a detailed catalytic mechanism for LkcE, involving a large-scale conformational change of the enzyme to bring the substrate into a cyclisation-ready state. Moreover, we showed that LkcE displays a certain tolerance toward its substrate structures, suggesting its usefulness as a general catalyst for cyclisation/ligation reaction in synthetic biology and chemical synthesis

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Matta, Elie. "Characterization of DNA ADP-Ribosylation Mechanism and its Role in DNA Damage Signaling Insight into DNA Substrate Specificity of PARP1-Catalysed DNA Poly(ADP-Ribosyl)ation Role of PARP-catalyzed ADP-ribosylation in the Crosstalk Between DNA Strand Breaks and Epigenetic Regulation." Thesis, université Paris-Saclay, 2020. http://www.theses.fr/2020UPASS058.

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Abstract:

Les poly (ADP-ribose) polymérases dépendantes de l’ADN (PARPs) PARP1, PARP2 et PARP3 agissent comme des détecteurs de cassures d'ADN signalant des dommages à l'ADN. Lors de la détection des dommages à l'ADN, ces PARPs utilisent le nicotinamide adénine dinucléotide comme substrat pour synthétiser un monomère ou un polymère d'ADP-ribose (MAR ou PAR, respectivement) attaché de manière covalente au résidu accepteur des protéines cibles. Récemment, il a été démontré que les protéines PARP1–3 peuvent directement ADP-ribosyler les cassures d'ADN en attachant les oligomères MAR et PAR aux phosphates terminaux.Néanmoins, peu de choses sont connues sur les mécanismes régissant la reconnaissance et la spécificité du substrat de PARP1, qui représente la majeure partie de l'activité de PARylation cellulaire, ainsi que sur les protéines responsables de la détection et de l'élimination des adduits d'ADN ADP-ribosylés et son rôle dans une multitude de processus cellulaires. Dans cette étude, nous avons caractérisé de manière détaillée la spécificité du substrat (ADN) de PARP1 et des mécanismes de la PARylation de l'ADN. Nous avons montré que le résidu phosphate 3'-terminal aux extrémités des cassures de l'ADN double brin servait de site accepteur majeur pour la PARylation catalysée par PARP1 en fonction de l'orientation et de la distance entre les cassures du brin d'ADN dans une seule molécule d'ADN. De plus, une préférence pour l’ADP-ribosylation des molécules d'ADN contenant du phosphate 3'-terminal a été observée par rapport à l'auto-ADP-ribosylation de PARP1, et un modèle de modification de l'ADN par PARP1 a été proposé. Des résultats similaires ont été observés avec l’enzyme PARP1 recombinante purifiée et des extraits provenant des cellules HeLa. Ainsi, les effets biologiques de l’ADP-ribosylation médiée par PARP peuvent dépendre fortement de la configuration des cassures complexes des brins d'ADN. De plus, nous avons élaboré une nouvelle approche permettant d’identifier et valider les protéines responsables de la détection («readers») ou de l'élimination («erasers») des adduits ADN- ADP-ribose. Nos données protéomiques ont révélé que les adduits de l'ADN MARylé modulaient sélectivement la reconnaissance de l'ADN par un grand nombre de protéines impliquées dans différentes voies de signalisation cellulaire. Environ 90 protéines, y compris des complexes protéiques, ont été sélectionnées comme lecteurs («readers») potentiels d'adduits ADN-MARylé. Le rôle de l'ADP-ribosylation de l’ADN dans la jonction d'extrémités non homologues (NHEJ) a été partiellement caractérisé dans une étude in vitro. Nous avons démontré que l'ADP-ribosylation de l’extrémité de la cassure double brin («DSB») peut conduire à l'inhibition de la réparation de la DSB bout franc par la voie NHEJ canonique si elle n'est pas éliminée par la glycohydrolase PARG. Au contraire, la présence d'une coupure («nick») proximale avec un site apurinique / apyrimidinique stabilisé conduit à une efficacité NHEJ accrue, apparemment de manière indépendante de l'ADP-ribosylation. Enfin, nous avons recherché de nouveaux inhibiteurs de PARP1, PARP2 et PARP3 parmi les dérivés de 1,4-dihydropyridine, ayant une capacité de liaison à l'ADN. Nos résultats ont révélé que certains analogues de NAD + pourraient être utilisés par les PARPs pour la modification de l'ADN conduisant à la stabilisation des adduits MARylés et PARylés correspondants, en raison de leur résistance à l'activité d'hydrolyse des PARG. Ensemble, ces données mettent en évidence la pertinence physiologique et les résultats biologiques possibles de l’ADP-ribosylation de l’ADN catalysée par les protéines PARPs, tels que la fourniture d'une référence stable de l'emplacement d'une cassure du brin d'ADN sur une carte de chromatine, le recrutement de protéines de réparation de l'ADN et l'inhibition du mécanisme NHEJ toxique
DNA-dependent poly(ADP-ribose) polymerases (PARPs) PARP1, PARP2 and PARP3 act as DNA break sensors signaling DNA damage. Upon detecting DNA damage, these PARPs use nicotine adenine dinucleotide as a substrate to synthesize a monomer or polymer of ADP-ribose (MAR or PAR, respectively) covalently attached to the acceptor residue of target proteins. Recently, it was demonstrated that PARP1–3 proteins can directly ADP-ribosylate DNA breaks by attaching MAR and PAR moieties to terminal phosphates. Nevertheless, little is still known about the mechanisms governing substrate recognition and specificity of PARP1, which accounts for most of cellular PARylation activity, as well, about proteins responsible for detection and removal of ADP-ribosylated DNA adducts and its role in multitude of cellular processes.In this study we provide a detailed characterization of PARP1 DNA substrate specificity and mechanisms of DNA PARylation. We showed that the 3′-terminal phosphate residue at double-strand DNA break ends served as a major acceptor site for PARP1-catalysed PARylation depending on the orientation and distance between DNA strand breaks in a single DNA molecule. Moreover, a preference for ADP-ribosylation of DNA molecules containing 3′-terminal phosphate over PARP1 auto-ADP-ribosylation was observed, and a model of DNA modification by PARP1 was proposed. Similar results were obtained with purified recombinant PARP1 and HeLa cell-free extracts. Thus, the biological effects of PARP-mediated ADP-ribosylation may strongly depend on the configuration of complex DNA strand breaks. Furthermore, we elaborated a new research technique to identify and validate proteins responsible for ADP-ribose-DNA adducts detection (“readers”) or removal (“erasers”). Our proteomic data revealed that MARylated DNA adducts selectively modulated DNA recognition of a large number of proteins involved in different cellular pathways. About 90 proteins including protein complexes were selected as potential MAR-DNA adduct readers. The role of DNA ADP-ribosylation in non-homologous end-joining (NHEJ) was partially characterized in an in vitro study. We demonstrated that ADP-ribosylation of DSB terminus can lead to inhibition of blunt DSB repair by canonical NHEJ if not removed by PARG glycohydrolase. Contrary, presence of a proximal nick with a stabilized apurinic/apyrimidinic site leads to increased NHEJ efficiency, apparently in ADP-ribosylation-independent manner. Finally we searched for novel PARP1, PARP2 and PARP3 inhibitors among derivatives of 1,4-dihydropyridine with DNA binding capacity. Our results revealed that some of NAD+ analogues analogs could be used by PARPs for DNA modification leading to stabilization of corresponding MARylated and PARylated adducts due to their PARG hydrolysis activity resistance. Taking together, these data highlight the physiological relevance and possible biological outcomes of PARP-catalyzed DNA-ADP-ribosylation such as providing a stable benchmark of the location of a DNA strand break on a chromatin map, recruitement of DNA repair proteins and inhibition of the toxic NHEJ

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Gasmi, Hanane. "Microparticules à libération controlée : impact du gonflement sur la cinétique de libération de substance active." Thesis, Lille 2, 2015. http://www.theses.fr/2015LIL2S057/document.

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Abstract:

Les études de libération de substance active à partir de système polymériques tels que des microparticules à base d’acide poly(lactique-co-glycolique) (PLGA) ont été largement explorées au cours de ces dernières décennies . L’objectif principal de ce travail consiste à mieux comprendre les mécanismes de transport de masse contrôlant la libération de substance active à partir des microparticules de PLGA. Un nouvel aperçu devait être acquis sur la base de suivi expérimental de la cinétique de gonflement de microparticules. Dans un premier temps, des microparticules à base de PLGA chargées de différents types de substances actives (acide, base et neutre), tels que kétoprofen, prilocaine base libre et dexamethasone ont été préparées par simple émulsion (huile dans eau) en utilisant une méthode d'extraction/évaporation du solvant. Les microparticules obtenues avaient des taux d’efficacité d’encapsulation qui sont variables selon la substance active utilisée. Une caractérisation des propriétés clés des microparticules obtenues a été réalisée en utilisant différentes techniques (microscopie optique, microscopie électronique). La chromatographie par permeation de gel a été utilisé pour déterminer le poids moléculaire du PLGA après exposition des microparticules au milieu de libération à différents temps afin d’évaluer la cinétique de dégradation du polymère. La diffraction des rayons X et la calorimétrie différentielle à balayage étaient utilisés pour étudier l’état physique du polymère, de la substance active pure ainsi que les microparticules chargées en substance active. Les études de libération ont montré deux types de profils de libération : un profil tri-phasique et un profil plus ou moins mono-phasique. Le profil tri-phasique observé est constitué de trois phases : une phase de libération initiale rapide suivie d’une libération constante qui est suivie ; à son tour ; par une seconde phase de libération rapide. En revanche, les différentes phases étaient difficilement distinguées pour le deuxième type de profil obtenu, du fait de la libération rapide de substance active ce qui permet de dire que les profils obtenus étaient plus ou moins mono-phasique. L’élucidation des mécanismes de libération de substance active était basée sur le suivi expérimental de la cinétique de gonflement des microparticules. Comme pour les cinétiques de libération obtenues à partir des microparticules à base de PLGA, différentes phases peuvent être distinguées pour les profils de gonflement. Les transitions d’une phase à une autre semblent s’accorder entre le profil de libération et celui du gonflement. Ainsi, le gonflement des microparticules pourrait contribuer au contrôle de la libération de la substance active à partir des microparticules à base de PLGA
The drug release studies from polymeric system such as Poly(lactic-co-glycolic) acid (PLGA)-based microparticles have been widely investigated during recent decades. The main objective of this work is to better understand the mass transport mechanisms controlling the drug release kinetics from PLGA microparticles. New insight was to be gained based on the experimental monitoring of the swelling kinetics of single microparticle. Initially, PLGA microparticles containing different type of drugs (acidic, basic and neutral), such as ketoprofen, prilocaine free base and dexamethasone were prepared using simple oil in water emulsion extraction/evaporation solvent technique. The characterization of the key properties of microparticles was performed using different techniques (optical microscopy, electron microscopy). The gel permeation chromatography was used to determine the molecular weight of PLGA following exposure of microparticles to the release medium at various times to assess the kinetic degradation of the polymer. The X-ray diffraction and differential scanning calorimetry were used to study the physical state of the polymer, drug and drug-loaded microparticles. Release studies have shown two types of release profiles: tri-phasic and more or less mono-phasic profile. The tri-phasic profile is composed of three phases: an initial rapid release phase followed by a constant release which is followed by a second phase of rapid release. In contrast, at the investigated higher initial drug loadings, different release phases could hardly be distinguished: The profiles were more or less mono-phasic. The elucidation of drug release mechanisms was based on the experimental results of the swelling kinetics of single microparticles. As for drug release, distinct phases can be distinguished for microparticles swelling. The transition from one phase to another seem to coincide for microparticle swelling and drug release. Thus also microparticle swelling might contribute to a significant extent to the control of drug release

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Chen, Wanyin. "Reprolifilage d'une petite molécule chimique à activité thérapeutique et cellules souches cancéreuses : étude et compréhension du mécanisme d'action du bisacodyl sur les cellules souches cancéreuses isolées de glioblastome." Thesis, Strasbourg, 2017. http://www.theses.fr/2017STRAJ027.

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Abstract:

Les glioblastomes (GBM) sont les formes les plus agressives de tumeurs gliales avec une survie médiane des patients traités n’excédant pas 2 ans. Ce mauvais pronostic est dû, entre autres, à l’hétérogénéité de ces tumeurs avec la présence de cellules souches cancéreuses (CSCs) en prolifération ou quiescentes, particulièrement résistantes aux traitements conventionnels. Cibler ces cellules au sein du microenvironment tumoral hypoxique et acides fait donc partie des thérapies d’avenir des GBMs. Le laxatif bisacodyl a été identifié par criblage de la chimiothèque Prestwick comme un composé induisant la mort par nécrose des CSCs de glioblastome (GSCs en prolifération et en quiescence), uniquement dans des conditions de faible acidité retrouvées également au sein des tumeurs. Une activité antitumorale in vivo a également été démontrée pour ce composé. Cette thèse présente l’identification du mode d’action du bisacodyl dans les GSCs. Celui-ci implique la serine/thréonine kinase WNK1 et ses partenaires, les kinases Akt et SGK1 et des co-transporteurs Na+/HCO3- NBC. Nos résultats ont également révélé un rôle de WNK1 dans la physiopathologie des GSCs
Glioblastoma (GBM), the most aggressive glial tumor, is currently incurable with a very short-term patient survival (< 2 years). The heterogeneity of GBM and the presence of highly resistant proliferating and quiescent cancer stem-like cells (CSCs), is largely responsible for poor prognosis in this disease. Thus, new approaches targeting glioblastoma CSCs (GSCs), within the acidic/hypoxic tumor microenvironment, are promising strategies for treating GBM. The laxative bisacodyl was identified in a high throughput screening of the Prestwick chemical library as a compound inducing necrotic cell death in proliferating and quiescent GSCs only in acidic microenvironments similar to those found in tumors. Bisacodyl was further shown to induce tumor shrinking and to increase survival in in vivo GBM models. In this thesis work, we identify bisacodyl’s mechanism of action in GSCs. This mechanism involves the serine/threonine kinase WNK1 and its signaling partners including protein kinases Akt and SGK1 and NBC Na+/HCO3- cotransporters. Our data also highlight a previously unknown role of WNK1 in GSC physiopathology

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Van, Zoggel Johanna. "Dermaseptine B2 : un peptide antimicrobien issue des sécrétions de peau de Phyllomedusa bicolore avec des activités antitumorales et angiostatiques." Thesis, Paris Est, 2010. http://www.theses.fr/2010PEST0051.

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Abstract:

Les secrétions de peau des grenouilles néo tropicales et sud américaines contiennent un large éventail de molécules biologiquement actives et notamment les peptides ayant des propriétés antimicrobiennes. Disposant de sécrétions de peau de la grenouille sud américaine du genre Phyllomedusa bicolor, nous avons recherché la présence molécules ayant des activités antitumoraleet angiostatique. Deux peptides cationiques antimicrobiens membres de la famille des dermaseptine (Drs) ont été identifies comme possédant ces activités: les dermaseptines B2 et B3 (Drs B2 et Drs B3). Ces deux peptides sont ainsi capables d’inhiber la prolifération et la formation de colonies de différentes lignées de cellules tumorales, la prolifération des cellules endothéliales ainsi que la formation de pseudo-capillaires in vitro. D’autre part, la Drs B2 est également capable d’inhiber la croissance des cellules tumorales dans un modèle in vivo dexénogreffe. L’exploration du mécanisme d’action de la Drs B2 sur les cellules tumorales PC3 nous a permis de mettre en évidence un rapide re-largage de la LDH cytosolique, une absence d’activation des caspases-3, -9 et -8 ainsi que l’absence de modification du potentiel de membrane mitochondriale. L’ensemble de ces données semble indiquer que la Drs B2 n’induit pas la mort de cellules tumorales par un mécanisme d’apoptose mais plus probablement par une fixation à la surface de cellules entraînant une lyse rapide de la membrane plasmique des cellules conduisant à une mort par nécrose. En conclusion, la Drs B2 est une molécule qui cible préférentiellement les cellules tumorales pour des concentrations efficaces de l’ordre du micro molaire, ce qui en fait un outil pharmacologique potentiellement intéressant pour le traitement du cancer
The skin secretions of neotropical and South American frogs contains large amounts of a widerange of biological active molecules. Commonly studied are peptides with antimicrobialactivities. In this study we have postulated that the skin secretions from the South Americanfrog Phyllomedusa bicolor contain molecules with antitumor and angiostatic activities. Twowell known cationic alpha helical antimicrobial peptides of the dermaseptin (Drs) family wereidentified to have these activities: Drs B2 and Drs B3. Both peptides inhibited proliferationand colony formation of various tumor cell lines, and the proliferation and capillary formationof endothelial cell in vitro. Furthermore, Drs B2 inhibited tumor growth in a PC3 xenograftmodel in vivo.Research on the mechanism of action of Drs B2 on tumor cells PC3 demonstrated a rapidincreasing amount of cytosolic LDH, no activation of caspase-3, -9 or -8, and no changes inmitochondrial membrane potential. These data together indicate that Drs B2 does not act byapoptosis but possibly could fix to the tumor cell surface, disrupt the cellular plasmamembrane leading to its death by necrosis.In conclusion, Drs B2 could be an new interesting and promising pharmacological leadermolecule for the treatment of cancer. Its antitumor and angiostatic activities, especially itsselective targeting of tumoral cells with micro molar concentrations propose Drs B2 as anpotential candidate for the development of a new efficient targeting therapy against cancer

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Goula, Agathi Vasiliki. "Implication des lésions oxydantes et du mécanisme de réparation par excision de base dans la sélectivité tissulaire de l'instabilité somatique des répétitions CAG dans la maladie de Huntington." Phd thesis, Université de Strasbourg, 2012. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00868694.

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Abstract:

La maladie de Huntington (MH) est une maladie neurodégénérative fatale, causée par l'expansion des répétitions CAG du gène de Huntingtine. La longueur de l'expansion est instable et proportionnelle à la gravité de la maladie. L'instabilité varie selon les tissus, p.ex. le striatum est très instable et dégénère, alors que le cervelet a une instabilité limitée et est épargné par la maladie. Nous avons étudié le rôle des lésions oxydantes et du mécanisme de réparation par excision de base (BER) dans la sélectivité tissulaire de l'instabilité dans ces deux tissus de souris R6/1. Le niveau des lésions était similaire dans ces tissus, alors que les niveaux et les activités des principales protéines BER étaient globalement diminués dans le striatum. L'efficacité de réparation dépendait de la stoechiométrie de BER, la position de la lésion et la séquence d'ADN. Nos résultats suggèrent une faible coopération entre les activités BER associée à la spécificité tissulaire de l'instabilité de la MH.

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Balbinot, Camille. "Fonction et mode d'action du gène homéotique intestinal Cdx2 dans les cancers de l'intestin." Thesis, Strasbourg, 2017. http://www.theses.fr/2017STRAJ006/document.

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Abstract:

Chez l’adulte, le facteur de transcription homéotique Cdx2 est spécifiquement exprimé dans l’intestin dont il maintient l’identité et contrôle l’homéostasie. Des études récentes menées chez l’homme ont identifié des formes de cancer colorectal de mauvais pronostic dans lesquelles l’expression de Cdx2 est très fortement réduite. Ce travail de thèse visait à étudier les conséquences physiopathologiques de la perte de fonction de Cdx2 dans l’intestin adulte. A partir d’un modèle murin d’invalidation conditionnelle et mosaïque de Cdx2, nos résultats montrent que la perte de Cdx2 conduit au développement de lésions caecales de type gastrique qui n’évoluent pas spontanément en cancer. Ces lésions créent cependant un microenvironnement inflammatoire qui favorise la transformation maligne de cellules épithéliales voisines intactes pour Cdx2 et prédisposées à la tumorigénèse. Globalement, ces résultats montrent que Cdx2 exerce une fonction suppresseur de tumeurs « cellule non-autonome » dans l’intestin
The intestine-specific transcription factor Cdx2 is required throughout life for intestinal homeostasis and for the maintenance of intestinal identity. Several recent studies showed that Cdx2 expression is dramatically reduced in some human colon cancers of poor prognosis. This work aimed to investigate the pathophysiological consequences of the loss of Cdx2 in the adult gut. Conditional mosaic ablation of Cdx2 in mice causes gastric-type metaplasia in the cecum which do not spontaneously evolve to cancer. However, these lesions strongly modify the inflammatory microenvironment which facilitates the malignant transformation of adjacent Cdx2-intact and cancer-prone epithelial cells. Collectively, these results unravel a novel and original function of Cdx2, namely its non-cell autonomous tumor suppressor activity in the gut

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Bazzi, Wael. "Une nouvelle cascade régulant l'hématopoïèse et la réponse inflammatoire chez la drosophile." Thesis, Strasbourg, 2017. http://www.theses.fr/2017STRAJ043.

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Abstract:

Les cellules immunitaires provenant des deux vagues hématopoïétiques jouent des rôles distincts dans la réponse immunitaire, ce qui pose la question d’une potentielle communication entre les deux vagues d’hématopoïèse. De plus, la réponse immunitaire joue un rôle primordial dans la progression des tumeurs. Les cascades inflammatoires telles que la voie JAK/STAT et la voie Toll régulent l’hématopoïèse et les mutations affectant ces voies sont associées à des défauts hématopoïétiques et au développement de cancer du sang chez l’humain. Les deux voies de signalisation sont conservées au cours de l’évolution. La voie Toll a notamment été découverte chez la drosophile. Comme chez les mammifères, les mutations dans ces cascades produisent chez la larve des tumeurs des cellules du « sang » appelées tumeurs mélanotiques qui sont dues à la prolifération et à la présence d’hémocytes à l’état inflammatoire qui s’agrègent et forment des masses noires mélanisées. Au cours de mon doctorat, j’ai caractérisé l’impact de Gcm, le seul facteur de transcription spécifique de l’hématopoïèse primitive, sur la réponse immunitaire innée et l’activation de l’inflammation. Je me suis concentré sur les voies Toll et JAK/STAT en utilisant le modèle de la drosophile. J’ai pu montrer que Gcm inhibe la formation des tumeurs mélanotiques provoquées par l’activation constitutive de l’une ou l’autre voie. Gcm agit en activant l’expression d’inhibiteurs de chacune des deux voies. De plus, mes données montrent pour la première fois l’interaction entre les vagues d’hématopoïèses primitive et définitive, une interaction qui est nécessaire pour monter une réponse inflammatoire efficace. Dans ce système, Gcm inhibe la sécrétion de cytokines pro-inflammatoire Upd2 et Upd3 des hémocytes embryonnaires. Mes résultats indiquent également que Gcm a un impact sur l’expression de gènes mitochondriaux dans un fond génétique qui conduit au développement de tumeurs mélanotiques et à un état inflammatoire. Enfin, j’ai transposé mes résultats à un système mammifère en montrant que chez la souris, Gcm induit l’expression d’inhibiteur de la voie JAK/STAT dans une lignée cellulaire leucémique humaine. Pour conclure, mes données mettent en évidence l’importance de la communication entre les deux vagues d’hématopoïèse dans le système immunitaire et montrent qu’une voie de régulation développementale régule la capacité du système à répondre à l’inflammation
Immune cells originating from different hematopoietic waves play role in mounting an efficient immune response, which raises the aspect of communication between distinct waves. In addition, immune responses have pivotal roles in modulating tumor progression. Inflammatory cascades, such as the JAK/STAT and Toll pathways are also known to regulate hematopoiesis and mutations in either of them are associated with hematopoietic defects and blood cancers in humans. Both pathways are highly conserved in evolution and interestingly, the Toll cascade was initially discovered in Drosophila. Like in mammals, mutations within these cascades produce the so called “melanotic tumors” in Drosophila larvae, which are due to blood cell proliferation and to the presence of hemocytes in an inflammatory state that aggregate and form black melanized masses. During my PhD, I proposed to decipher the impact of Gcm, the only known transcription factor specific to embryonic hematopoiesis on innate immune response and inflammation, by focusing on the JAK/STAT and Toll signaling cascades in vivo using the simple Drosophila model. I was able to show that Gcm inhibits melanotic tumors formation induced by the over-activation of both the JAK/STAT and Toll cascades. This is mediated by inducing the expression of JAK/STAT and Toll cascades inhibitors. In addition, my data describes for the first time the interaction occurring between the primitive and definitive hematopoietic waves and necessary to trigger an appropriate inflammatory response, where Gcm inhibits the secretion of the proinflammatory cytokines Upd2 and Upd3 from embryonic hemocytes. Moreover, I show that Gcm impacts the molecular landscape of mitochondrial genes in genetic backgrounds that lead to melanotic tumors and to an inflammatory state. Interestingly, I transpose my findings to vertebrates by showing that a GCM murine gene induces the expression of JAK/STAT inhibitors in a human leukemia cell line. In conclusion, my data highlights the importance of hematopoietic wave communication in the immune response and show that a developmental pathway regulates the competence to respond to inflammation

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Dan, Pan. "Nouvelles approches en ingénierie vasculaire basées sur un scaffold fonctionnalisé, une matrice extracellulaire naturelle et une cellularisation intraluminale : de la caractérisation à la validation chez l’animal." Thesis, Université de Lorraine, 2016. http://www.theses.fr/2016LORR0304/document.

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Rupp, Tristan. "Mechanisms of Tenascin-C dependent tumor angiogenesis." Thesis, Strasbourg, 2015. http://www.theses.fr/2015STRAJ041/document.

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Abstract:

Une expression élevée de la protéine de la matrice extracellulaire ténascine-C (TNC) favorise la progression du cancer et est corrélée à une réduction de la survie des patients. Dans cette thèse, j’ai étudié comment la TNC affecte l'angiogenèse tumorale. J’ai montré que la TNC altère les protrusions angiogéniques, la tubulogenèse, la migration et la prolifération des cellules endothéliales. J’ai lié ces effets à la perturbation du cytosquelette d'actine et la réduction de la signalisation YAP par la TNC. Chez les cellules tumorales et les fibroblastes associés au cancer, la TNC favorise la sécrétion de facteurs angio-modulateurs qui stimulent la survie et la tubulogenèse des cellules endothéliales de façon paracrine. Cet effet implique la régulation de l’expression de SDF1 (CXCL12) et de deux membres de la famille des lipocalines. Ainsi, la TNC favorise l’angiogenèse en activant chez les cellules tumorales un sécrétome pro-angiogénique, et inhibe la tubulogenèse en altérant la survie des cellules endothéliales. Ces effets opposés pourraient expliquer pourquoi nous avons observé dans un modèle de tumeur spontanée chez la souris que la TNC favorise le switch angiogénique résultant en la formation d’une forte vascularisation tumorale, mais qui reste peu fonctionnelle associée à la formation de plus de métastases. Ce travail fournit pour la première fois la possibilité de contrer l’action de la TNC dans l'angiogenèse tumorale
A high expression of the extracellular matrix molecule tenascin-C (TNC) enhances multiple steps in cancer progression and correlates with worsened survival prognosis. In this thesis I studied how TNC affects tumor angiogenesis. I showed that TNC impairs endothelial sprouting, tubulogenesis, migration and proliferation. I linked this effect to disruption of the actin cytoskeleton and reduced YAP signaling activity by TNC. In tumor cells and cancer associated fibroblasts, TNC regulated secretion of angio-modulatory factors that promoted endothelial cell survival and tubulogenesis in a paracrine manner involving regulation of SDF1 (CXCL12) and two lipocalin family members. Altogether, TNC promotes endothelial tubulogenesis through a pro-angiogenic secretome from tumor cells, and inhibits by direct contact tubulogenesis by impairing endothelial cell survival. These opposing effects could explain why we observed that TNC promotes the tumor angiogenic switch resulting in more but poorly functional blood vessels associated with more metastasis in a spontaneous tumor mouse model. This knowledge provides for the first time opportunities to counteract TNC activities in tumor angiogenesis

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Schelcher, Cédric. "Détermination du mode d'action et des substrats de RNases P protéiques chez Arabidopsis thaliana." Thesis, Strasbourg, 2017. http://www.theses.fr/2017STRAJ044/document.

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Abstract:

L’activité RNase P est l'activité essentielle qui élimine les séquences 5' supplémentaires des précurseurs d'ARN de transfert. "PRORP" (PROteinaceous RNase P) définit une nouvelle catégorie de RNase P uniquement protéique. Avant la caractérisation de PRORP, on pensait que les enzymes RNase P étaient universellement conservées sous forme de ribonucléoprotéines (RNP). La caractérisation de PRORP a révélé une enzyme avec deux domaines principaux, un domaine N-terminal contenant plusieurs motifs PPR et un domaine NYN C-terminal portant l’activité catalytique. Nous avons utilisé une combinaison d'approches biochimiques et biophysiques pour caractériser le complexe PRORP / ARNt. La structure du complexe en solution a été déterminée par diffusion des rayons X aux petits angles (SAXS) et les Kd des interactions de différents mutants de PRORP avec l’ARNt ont été déterminées par ultracentrifugation analytique. Notre analyse révèle un cas intéressant d'évolution convergente. Il suggère que PRORP a développé un processus de reconnaissance de l'ARN similaire à celui des RNase P RNP. Par ailleurs, nous avons mis en place une approche de co-immunoprécipitation de PRORP avec l’ARN afin de définir le spectre de substrats des RNase P protéiques
RNase P is the essential activity that removes 5'-leader sequences from transfer RNA precursors. “PRORP” (PROteinaceous RNase P) defines a novel category of protein only RNase P. Before the characterization of PRORP, RNase P enzymes were thought to occur universally as ribonucleoproteins (RNP). The characterization of PRORP revealed an enzyme with two main domains, an N-terminal domain containing multiple PPR motifs and a C-terminal NYN domain holding catalytic activity. We used a combination of biochemical and biophysical approaches to characterize the PRORP / tRNA complex. The structure of the complex in solution was determined by small angle X-ray scattering and Kd values of the PRORP / tRNA interaction were determined by analytical ultracentrifugation. We also analyzed direct interaction of a collection of PPR mutants with tRNA in order to determine the relative importance of individual PPR motifs for RNA binding. This reveals to what extent PRORP target recognition process conforms to the mode of action of PPR proteins interacting with linear RNA. Altogether, our analysis reveals an interesting case of convergent evolution. It suggests that PRORP has evolved an RNA recognition process similar to that of RNP RNase P. Moreover, we also implemented a PRORP-RNA co-immunoprecipitation approach to determine the full extent of PRORP substrates

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Dissertations / Theses on the topic 'Mécanique – Dissertation universitaire'

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