Academic literature on the topic 'Maladies infectieuses émergentes et ré-émergentes'

La crise Covid-19 a mis en évidence le besoin d’anticipation des crises sanitaires. L’ANRS I Maladies Infectieuses Émergentes, agence issue de la fusion de l’ANRS (Agence Nationale de Recherche sur le SIDA) et du consortium REACTing (REsearch and ACTion targeting emerging infectious diseases), a été créée dans ce contexte. C’est une agence autonome de l’Inserm qui anime, évalue, coordonne et finance la recherche sur le VIH/sida, les hépatites virales, les infections sexuellement transmissibles, la tuberculose et les maladies infectieuses émergentes et ré-émergentes. La stratégie de l’agence s’intègre dans un large cadre d’initiatives structurantes mises en place au niveau national et international, allant de la recherche fondamentale au développement et à la bioproduction, pour améliorer la préparation et la réponse aux épidémies. Les aspects liés à l’innovation, aux enjeux sociétaux, ainsi qu’à la collaboration internationale sont particulièrement renforcés pour répondre à ces objectifs.

Les maladies infectieuses émergentes, qu’elles soient animales, humaines ou zoonotiques, sont devenues une composante essentielle dans le paysage sanitaire mondial. Qu’elles soient inconnues jusqu’alors pour les vraies émergences ou simplement qu’elles réapparaissent après plusieurs années voire des décennies de silence dans le cas des réémergences, les maladies infectieuses émergentes ou réémergentes sont caractérisées par une augmentation brutale de leur incidence et par une incertitude sur l’ampleur du phénomène. Dans cette revue, les conditions de l’émergence sont présentées et hiérarchisées en fonction des connaissances actuelles, selon que ces conditions soient liées à l’environnement, à l’hôte (ou les hôtes) ou à l’agent infectieux lui-même. Deux exemples sont présentés pour illustrer le propos : d’une part une maladie humaine nouvelle, le SRAS avec un ou des réservoirs animaux et une maladie strictement animale, la fièvre catarrhale ovine ou bluetongue apparue récemment en Europe. Face à ces émergences ou réémergences, les différents acteurs, chercheurs et autorités sanitaires, doivent s’organiser y compris au niveau mondial afin de prévenir ou au mieux de bien se préparer à ces émergences de maladies infectieuses.

L’apparition d’une maladie infectieuse en aquaculture est associée à des conditions zootechniques et environnementales données. De ce fait, le recueil des commémoratifs est absolument indispensable pour orienter le diagnostic et choisir les outils diagnostiques adaptés. Par ailleurs, pour répondre de manière efficace au problème de maladies émergentes infectieuses en aquaculture, il est nécessaire de disposer de réseaux de surveillance possédant un maillage assez fin et d’outils de diagnostic efficaces. Le premier article de synthèse (Michel et al) présente les intérêts et les limites des principales techniques diagnostiques en santé des espèces aquacoles. Dans le domaine du diagnostic des maladies rencontrées en aquaculture, un triple constat s’impose : le manque de techniques de diagnostic sensibles et spécifiques validées (développement d’outils dans différents laboratoires souvent sans concertation), une absence de laboratoire référent en termes de diagnostic des maladies des poissons et un besoin de reconnaissance des techniques sérologiques en pathologie des poissons dans un cadre réglementaire.Le deuxième article de synthèse (Pépin et al) fait le point sur l’émergence de maladies chez des organismes non aquacoles. Les maladies infectieuses émergentes ou réémergentes sont principalement caractérisées par une augmentation brutale de leur incidence et par une incertitude sur l’ampleur du phénomène.Deux articles plus spécifiques donnent des exemples d’émergence de maladies infectieuses aquacoles chez les poissons et les mollusques (Saulnier et al, Douet). De nombreux cas de maladies infectieuses émergentes ont en effet été rapportés ces dernières décennies en aquaculture : infection herpétique de la carpe Koï, infections impliquant des bactéries du genre Vibrio chez les crevettes en Nouvelle-Calédonie, bonamiose de l’huître plate en Europe, infections à nodavirus. Ces cas montrent que les causes et les facteurs favorisant l’émergence de maladies infectieuses peuvent être multiples : apparition d’un nouvel agent infectieux, évolution d’un agent existant, introduction d’un agent pathogène exotique, notion de vecteurs et de transferts, évolution des techniques de diagnostic et effet de facteurs environnementaux. Conserver des échantillons de manière adéquate afin de pouvoir les analyser de nouveau lorsqu’il y a des améliorations ou des avancées en termes de diagnostic apparaît comme une approche indispensable afin de mieux connaître les maladies infectieuses et y faire face.

Selon l’Office International des Epizooties (OIE) une maladie émergente désigne une maladie grave récemment reconnue, dont la cause peut, ou non, avoir déjà été établie, et qui est susceptible de se propager au sein d’une population ou entre des populations, par exemple à l’occasion d’échanges internationaux d’animaux aquatiques et/ou de produits d’animaux aquatiques. Si les maladies émergentes qui affectent la santé humaine ont été très étudiées, celles qui touchent les organismes marins et les organismes aquacoles d’intérêt économique en particulier sont en revanche peu documentées. C’est en restreignant l’émergence aux seules maladies infectieuses que seront présentés de façon non exhaustive quelques scénarios de l’émergence des maladies chez les organismes d’intérêt aquacole en les illustrant par trois exemples disponibles dans la littérature scientifique : l’un relatif à l’apparition d’un agent pathogène chez un nouvel hôte avec le cas de l’herpesvirus de la carpe Koï, l’autre à l’évolution d’un agent pathogène existant avec le cas de la vibriose à Vibrio nigripulchritudo sévissant dans les élevages de crevettes pénéides de Nouvelle-Calédonie et enfin le dernier lié à l’introduction d’un pathogène préexistant avec le cas de Bonamia ostreae infectant l’huître plate Ostrea edulis. Les causes d’émergence de maladies sont multiples et font intervenir de façon intercurrente l’agent pathogène, l’environnement, l’hôte ou les espèces hôtes et des facteurs anthropiques. Dans le milieu marin, ces causes sont bien souvent méconnues. Dans ce contexte le développement des réseaux de surveillance et des techniques de diagnostic revêtent un intérêt considérable afin d’anticiper, de prévenir et/ou d’intervenir sur l’émergence des maladies en limitant leur conséquences sanitaires, écologiques et politiques.

Les réseaux de surveillance des maladies infectieuses aquacoles constituent un excellent outil de gestion de ces maladies. Un premier article (Joly et al) présente la surveillance des maladies des mollusques par le biais de deux réseaux de surveillance, REPAMO (surveillance de l’apparition des maladies chez les coquillages des côtes françaises métropolitaines) et REPANUI (surveillance de l’apparition des maladies de l’huître perlière en Polynésie). De tels réseaux n’existent pas pour les poissons. Etant donné leur intérêt pour la gestion des élevages, l’Agence Française de Sécurité Sanitaire des Aliments (AFSSA) a décidé de mettre en place cette année un réseau de surveillance des maladies des poissons, qui bénéficiera de l’expérience des réseaux mollusques. Parmi les mesures de gestion des maladies infectieuses piscicoles, la vaccination est celle qui séduit le plus les professionnels de terrain. Un deuxième article (Quentel et al) dresse ainsi l’état des lieux des vaccins disponibles en pisciculture. La principale limite de la vaccination tient à la difficulté d'en garantir l'efficacité lors d'administration orale malgré des tentatives d'amélioration par microencapsulation. Par ailleurs, le nombre de vaccins disponibles est très limité en raison des investissements nécessaires pour obtenir une autorisation de mise sur le marché piscicole de taille réduite. Les autovaccins peuvent aussi être utilisés, notamment en situation d’urgence, même si leurs conditions de préparation sont réglementées. La sélection génétique d'animaux résistants est porteuse d'espoir, en particulier pour les animaux destinés à l'exportation. Un troisième article (Quillet et al) présente donc la génétique de la réponse aux pathogènes piscicoles. Néanmoins, cette sélection génétique soulève des questions, d’une part sur les éventuelles corrélations génétiques entre différentes maladies ou entre une maladie et d’autres caractères (par exemple, la résistance à la SHV montre une légère corrélation négative avec la croissance chez la truite), d’autre part sur la possibilité de mutation des agents pathogènes. Les probiotiques, les prébiotiques et les peptides antimicrobiens pourraient à terme et en partie se substituer aux antibiotiques, notamment pour des raisons d'image des élevages et des produits mais aussi par crainte de voir se développer des antibiorésistances dans les élevages. Un dernier article (Nicolas et al) souligne donc la nécessité de soutenir des études sur ce thème dans le double objectif, d’une part d'une meilleure compréhension de leurs effets sur le système immunitaire des animaux aquatiques, d’autre part de la détermination de leur innocuité pour les animaux cibles, le consommateur et l’environnement. Il faut également rappeler la nécessité de poursuivre des études sur l’utilisation raisonnée des antibiotiques, principal moyen thérapeutique à court et moyen terme contre certaines maladies infectieuses aquacoles, émergentes ou non.

Contexte : l'émergence de maladies infectieuses est la conséquence de déséquilibres dynamiques, au sein d'écosystèmes complexes distribués à une échelle géographique donnée comprenant des humains, des animaux, des agents pathogènes et l’environnement. La mondialisation croissante des échanges implique une augmentation des flux internationaux de voyageurs et de marchandises qui peut favoriser la propagation des maladies infectieuses. Dorénavant, une crise sanitaire dans une région ou un pays peut avoir des répercussions très rapides sur la santé et l’économie dans de nombreuses parties du monde. Détecter les émergences, les comprendre par des investigations de terrain sont des étapes indispensables pour mieux contrôler les futures épidémies et pandémies. Expériences : au cours de mon parcours professionnel, mon travail personnel m’a permis d’aborder ces trois dimensions au travers de trois études qui ont donné lieu à publication dans des revues internationales à comité de lecture. Etude 1) Au cours d’une épidémie nationale d’Escherichia Coli O104 :H4 en 2011, j’ai exploré la rapidité du système de surveillance allemand en matière de détection, et recommandé une révision du système de surveillance en organisant la notification par les médecins et chefs de laboratoires dans une base de données centralisée et partagée avec différents droits d'accès par les services de santé aux niveau local, régional et national. Etude 2) Au décours de la pandémie grippale en 2009, j’ai investigué et comparé les caractéristiques des cas sévères pédiatriques en Allemagne durant deux saisons. La gravité inchangée de la grippe A(H1N1)pdm09 au cours de la première saison post pandémique (2010-11) et la proportion élevée et constante d'infections possiblement acquises à l'hôpital ont souligné le défi de prévenir les cas pédiatriques au-delà de la situation pandémique. Etude 3) Lors de l’épidémie du virus Ebola (MVE) en 2014, j’ai évalué les performances du contact tracing au Libéria en tant que mesure de contrôle spécifique. Malgré l'ampleur sans précédent du contact tracing pour la MVE au Libéria, sa capacité à détecter de nouveaux cas était limitée, en particulier dans les zones urbaines et pendant le pic épidémique. Discussion : la pandémie de Covid-19 a révélé des faiblesses des systèmes de surveillance dans presque tous les pays. Les leçons apprises au cours des épidémies et pandémies précédentes telles que celles auxquelles j’avais été exposé professionnellement et que je rapporte ici ont été insuffisamment prise en considération. En Afrique, les estimations de l’incidence et de la mortalité sont respectivement 100 fois et 15 fois plus élevées que les notifications. Parmi les explications à ces différences très importantes, on doit citer la faiblesse des systèmes de surveillance, du suivi des contacts, de l’utilisation des tests de dépistage et de diagnostic et le manque d’accès aux soins. L’amélioration des systèmes de surveillance des maladies émergentes nécessite : 1) d’accélérer la digitalisation et la mise en réseau des systèmes d’information sanitaire à tous les niveaux, des centres de santé et laboratoires périphériques jusqu’à l’échelon international ; 2) la captation, l’utilisation effective et la mise en relation d’autres sources de données (communautaires, enregistrements des décès, données animales et environnementales) et l’utilisation régulée d’internet et des réseaux sociaux ; 3) de renforcer les compétences et l’expertise des épidémiologistes de terrain et leur mise en réseau ; 4) d’investir dans la recherche au cours et entre les épidémies ; et 5) que les bailleurs de fonds et les gouvernements reconnaissent le caractère inévitable des prochaines épidémies de maladies infectieuses ou autres, aux conséquences graves, notre vulnérabilité à celles-ci et la nécessité d’investir en santé mondiale
Context: the emergence of infectious diseases is the consequence of dynamic imbalances, within complex ecosystems distributed at a given geographical scale including humans, animals, pathogens and the environment. The increasing globalization of trade implies an increase in international flows of travelers and goods which can promote the spread of infectious diseases. From now on, a health crisis in one region or country can have very rapid repercussions on health and the economy in many parts of the world. Detecting emergences and understanding them through field investigations are essential steps to better control future epidemics and pandemics. Experience: during my professional career, my own work has allowed me to address these three dimensions through three studies that have resulted in publications in international peer-reviewed journals. Study 1) During a nationwide outbreak of Escherichia Coli O104:H4 in 2011, I explored the timeliness of the German surveillance system for detection, and recommended a review of the surveillance system by organizing reporting by doctors and heads of laboratories in a centralized and shared database with different access rights by health services at local, regional and national level. Study 2) Following the influenza pandemic in 2009, I investigated and compared the characteristics of severe pediatric cases in Germany during two epidemic seasons. The unchanged severity of influenza A(H1N1)pdm09 during the first post-pandemic season (2010-11) and the consistently high proportion of possibly hospital-acquired infections highlighted the challenge of preventing pediatric cases beyond the pandemic situation. Study 3) During the Ebola virus (EVD) outbreak in 2014, I evaluated the performance of contact tracing in Liberia as a specific control measure. Despite the unprecedented scale of contact tracing for EVD in Liberia, its ability to detect new cases was limited, especially in urban areas and during the epidemic peak. Discussion: the Covid-19 pandemic has revealed weaknesses in surveillance systems in almost all countries. Lessons learned during previous epidemics and pandemics such as those to which I had been exposed professionally and which I report here have been insufficiently considered. In Africa, estimates of incidence and mortality are respectively 100 times and 15 times higher than official reports. Explanations for these very large differences include weak surveillance systems, insufficient use of contact tracing, screening and diagnostic tests, and lack of access to care. Improving surveillance systems for emerging diseases requires: 1) accelerating the digitization and networking of health information systems at all levels, from health centers and peripheral laboratories to the international level; 2) the capture, effective use and linking of other data sources (communitybased, death registries, animal and environmental data) and the regulated use of the internet and social networks; 3) to strengthen the skills and expertise of field epidemiologists and their networking; 4) to invest in research during and between epidemics; and 5) that donors and governments recognize the inevitability of future epidemics of infectious and other disease conditions with serious consequences, our vulnerability to them and the need to invest in global health

Le Tomato chlorosis virus (ToCV) et le Tomato infectious chlorosis virus (TICV) sont deux crinivirus émergents qui provoquent des jaunisses chez la tomate. Une partie des deux génomes a été séquencée. La séquence du TICV est la première et le désigne comme une espèce divergente dans le genre. Celle du ToCV est proche des séquences publiées et confirme la faible diversité génétique de ce virus. L’expression hétérologue de la protéine de capside a permis de produire des antisera utilisables en ELISA pour le diagnostic. Si les deux virus sont transmis par Trialeurodes vaporariorum, seul le ToCV est transmis par Bemisia tabaci. T. Vaporariorum transmet aussi efficacement les deux virus. A partir de plantes infectées par les deux virus, aucun phénomène de complémentation fonctionnelle autorisant la transmission du TICV par B. Tabaci n’a été observé. La faible dissémination du TICV résulterait de sa transmission exclusive par T. Vaporariorum ; l’état endémique du ToCV serait lié à l’expansion des populations de B. Tabaci. Deux groupes invasifs de cette espèce, B et Q, prédominent dans le bassin méditerranéen. L’utilisation de marqueurs microsatellites a montré qu’en France, le groupe Q est très largement dominant. Aucune structuration géographique ou par la plante hôte n’a été mise en évidence. La faible différenciation génétique observée suggère des flux de gènes importants et une introduction récente, ce qui est corroboré par les séquences CO1. Les co-infections crinivirus-virus communs affectant la tomate montrent des effets mineurs sur les symptômes et sur les charges virales, qui n’augmenteraient pas les risques phytosanitaires que représentent ces virus
Tomato chlorosis virus (ToCV) and Tomato infectious chlorosis virus (TICV) are two emerging criniviruses inducing yellowing symptoms in tomato. They are restricted to the phloem, difficult to purify and cannot be transmitted by mechanical inoculation. A part of their genome was sequenced in this work. TICV, for which this is the first known sequence, appeared as one of the most divergent species within the genus. The ToCV sequence was very close to those already available and confirmed a very low intraspecific genetic diversity. The capsid proteins were expressed in E. Coli and used for producing specific antisera. ELISA tests were developed for routine diagnosis. If both viruses are transmitted by the whitefly Trialeurodes vaporariorum, only ToCV is transmitted by Bemisia tabaci. T. Vaporariorum transmitted efficiently both viruses. No functional complementation allowing transmission of TICV by B. Tabaci from co-infected plants was observed. The low dispersal of TICV probably results from its exclusive transmission by T. Vaporariorum, while the higher dispersal of ToCV could be linked to the spreading of B. Tabaci. Two invasive groups of B. Tabaci, B and Q, are predominant in the Mediterranean basin. Using microsatellite markers, we showed that group Q is largely predominant in France. No geographic and host plant effects were observed. High genetic flows and recent introduction are inferred from the low differentiation observed, and confirmed by CO1 sequences. Co-infections of criniviruses with other common tomato viruses did not induce any strong effects on symptoms and virus accumulation, suggesting that they would not increase the phytosanitary risk associated to criniviruses

Les agents infectieux sont reconnus comme cause de morbi-mortalité maternelle et fœtale. Les nombreuses épidémies qui frappent la Guyane soulignent l’importance de l’exposition de la population guyanaise à la menace infectieuse. Le territoire guyanais est par ailleurs un territoire en pleine croissance avec un fort taux de natalité et qui fait face à des défis majeurs, notamment un taux de prématurité parmi les plus élevés en France et un excès de mortalité infantile. Des questions se posent sur le rôle que pourrait jouer les différentes expositions infectieuses dans ce risque majoré. Afin d’étudier l’étendue des conséquences des pathologies infectieuses chez les femmes enceintes en Guyane, ce travail propose d’étudier l’épidémiologie descriptive et analytique au travers des données d’études réalisées dans la maternité de l’ouest de la Guyane. Son objectif est également de réaliser une analyse du lien entre les différentes expositions infectieuses et le risque majoré des issues défavorables de la grossesse. Pour cela, nous avons conduit des études prospectives non interventionnelles, en suivant un modèle exposé-non exposé, ainsi que d'autres études rétrospectives descriptives impliquant des femmes enceintes exposées à des menaces infectieuses et résidant dans l'ouest guyanais.Ce travail a permis d’identifier le jeune âge, la nulliparité et la précarité sociale comme des facteurs de risque majeurs de survenue des infections pendant la grossesse. Nous avons pu confirmer le risque majoré de prématurité, de perte fœtale et de naissance par césarienne au sein de la population des mères ayant eu de la fièvre comparativement à celles ne l’ayant pas eu. Nous avons confirmé l’effet tératogène du virus Zika et du virus Tonate. En effet, nous avons décrit le premier cas de transmission verticale du virus Tonate associé à des malformations multiples chez un fœtus. De plus, nous avons démontré la relation entre l’infection fœtale au Virus Zika et un retard des acquisitions neurologiques et neurosensorielles du fœtus, du nouveau-né et des enfants jusqu’à l’âge de 3 ans. En 2020, la première vague de Covid 19 a été particulièrement intense et a conduit dans notre population à un surrisque d’hémorragie du post-partum, de transfusion et d'admission en unité de soins intensifs dans la population des femmes infectées comparativement à celles non infectées. Elle a conduit également à un risque plus élevé de pertes fœtales. La précarité et les modifications du système de soins pendant l’épidémie auraient joué un rôle indirect. Les épidémies sont parfois associées, ainsi en 2020, il coexistait l’épidémie COVID 19, une épidémie de dengue ainsi qu’une augmentation des cas de syphilis. Nous avons rapporté une augmentation du nombre des cas de syphilis chez les femmes enceintes aboutissant à une véritable épidémie de syphilis dans l’ouest. Plus de la moitié des femmes enceintes infectées non traitées risque d’avoir une issue défavorable de leurs grossesses, incluant les naissances prématurées, les morts fœtales in utéro ou les morts périnatales ou encore des cas de syphilis congénitale pouvant entraîner des séquelles à distance. Ainsi, les agents infectieux sont une cause importante de morbi-mortalité néonatale en Guyane et nécessitent une surveillance particulière. Ils représentent au moins 4% des causes directes de mort fœtale sur le territoire. Les retombées de ces travaux sont majeures. Elles vont aider à optimiser le dépistage, le bilan initial, identifier les facteurs de risque aggravants, guider la prise en charge thérapeutique et la surveillance des infections chez les jeunes mères guyanaises pour réduire la morbi-mortalité maternelle et fœtale associée
Infectious agents are recognized as a cause of maternal and fetal morbidity and mortality. The numerous infectious epidemics that have occurred in French Guiana reveal the exposure of the population to numerous pathogens. French Guiana is experiencing rapid growth and boasts one of the highest birth rates in France. Studies confirm that infant mortality remains high, and premature births are among the highest in France. Many questions arise regarding the impact of various infectious epidemics and their role in this increased risk. To study the extent and consequences of infectious diseases in pregnant women in western French Guiana, this work aimed to study the descriptive and analytical epidemiology through scientific data from the western French Guiana maternity. It will also analyze the link between different infectious exposures and the increased risk of maternal and neonatal adverse outcomes. To achieve our objectives, we conducted non-interventional prospective studies, following an exposed-unexposed model, as well as other retrospective descriptive studies involving pregnant women exposed to infectious threats and residing in Western French Guiana.According to the results of our research, we found that young age, nulliparity, and social precarity are major risk factors for infections during pregnancy. We confirmed the link between exposure to fever during pregnancy and the increased risk of prematurity, fetal loss, and delivery by cesarean section in the population of mothers who experienced a fever, compared to those who did not. We have confirmed the teratogenic potential of the Zika virus and the Tonate virus. In fact, we have described the first case of vertical transmission of the Tonate virus and its associated fetal birth defects. Furthermore, we have demonstrated the relationship between Zika virus infection and delayed neurological and neurosensory development in fetuses, newborns, and children up to the age of 3. In 2020, the first wave of COVID-19 was particularly intense and led to a higher risk of postpartum hemorrhage, transfusion, and admission to intensive care units in the population of infected women compared to those who were not infected. It also led to a higher risk of fetal adverse outcomes. Social precarity and changes in the healthcare system during the epidemic may have played an indirect role. Epidemics are sometimes associated, as in 2020, the COVID-19 epidemic, a dengue epidemic, and an increase in syphilis cases coexisted. We have reported an increase in the number of syphilis cases among pregnant women, resulting in a true syphilis epidemic in the west. More than half of non-treated pregnant women will have an unfavorable pregnancy outcome. Syphilis infection is associated with an increased risk of prematurity, intrauterine fetal death, perinatal death, and congenital syphilis with a risk of long-term sequelae.Thus, infectious agents are a significant cause of fetal and neonatal morbidity and mortality in French Guiana and require special monitoring. It represents at least 4% of direct causes of fetal loss in the territory. The outcomes of this work are significant. They will certainly help optimize screening, initial assessment, identify exacerbating risk factors, guide therapeutic management, and monitor infections in mothers to reduce maternal and fetal morbidity and mortality resulting from these infections

Notre travail a consisté à rechercher au Cambodge chez les chauves-souris des infections par des virus émergents des genres Lyssavirus et Henipavirus, virus d'intérêt médical pour le pays puisque le cycle sauvage des infections à lyssavirus n'y est pas connu et que le Cambodge se trouve dans la zone de distribution des chauves-souris frugivores du genre Pteropus trouvées infectées par les henipavirus, pouvant laisser craindre l'émergence d'une épidémie. Nous avons pu avoir la preuve sérologique de la circulation de lyssavirus chez ces animaux mais le ou les virus en cause n'ont pas pu être identifiés. Par contre, nous avons pu isoler le virus Nipah hautement pathogène pour l'homme chez l'espèce Pteropus lylei, renforçant l'hypothèse de réservoir pour les chauves souris frugivores de ce genre. A l'occasion de ces recherches, nous avons également isolé l'orthobunyavirus Kaeng Khoi dont l'importance médicale est mal connue
The reservoir of rabies in wildlife is unknown in Cambodia although the disease is commonly reported in the country. Furthermore, pteropid bats, suspected to be the natural reservoir of the deadly henipaviruses, are present in Cambodia suggesting the presence of theses viruses in the country. Consequently, we conducted our research work to look for emerging viruses belonging to the genera Lyssavirus and Henipavirus, in bats in Cambodia. We got the serologic evidence of lyssaviruses infection in bats, but the(se) virus(es) could not be isolated. Interestingly, we got one Nipah virus isolate from the urine of one Pteropus lylei specimen. This result strengthens the hypothesis that flying foxes are the natural host of Nipah virus. In addition, during these investigations, we isolated the orthobunyavirus Kaeng Khoi, of which the medical importance is inknown

Les maladies infectieuses émergentes ont façonné l'histoire de l'espèce humaine. Encore aujourd'hui, l'émergence de nouveaux pathogènes menace la santé publique. Deux axes principaux ont été abordés : la dynamique épidémique des maladies infectieuses émergentes (MIEs) dans les populations humaines et l'impact du comportement humain sur le contrôle des infections. La dynamique épidémique des MIEs est peu connue car elle reste souvent étudiée sans prendre en compte l'effet de leurs caractéristiques, à savoir leur maintien dans un réservoir et leur capacité à émerger chez plusieurs espèces animales. Nous avons modélisé la dynamique des MIEs et mis en évidence que la transmission via réservoir et les populations intermédiaires est aussi importante que la transmission inter humaine pour comprendre les nombreuses et imprévisibles épidémies que l'on peut observer. Par la suite, l'impact du comportement humain sur le contrôle des infections a été étudié en considérant deux aspects, la prise de décision de vaccination et les pratiques culturelles. La considération de biais cognitifs liés à la prise de décision de vaccination et l'interaction entre le comportement et l'épidémiologie peut aboutir aux fluctuations de la couverture vaccinale observées empiriquement. Enfin, l'étude des pratiques culturelles a montré que, bien que souvent considérées comme à l'origine de la propagation de pathogènes dans la population, certaines pratiques peuvent en limiter la transmission. L'ensemble de ces résultats suggère que la prise en compte de l'écologie permet de faire de meilleures prédictions sur l'influence de l'environnement sur l'émergence et la réémergence des maladies infectieuses
Infectious diseases have shaped the history of the human species. Nowadays, the emergence of new pathogens threatens public health. Understanding the interaction between pathogen ecology and human behaviour can help understanding the dynamics observed in human populations. In this thesis, two main axes were studied: the epidemic dynamics of emerging infectious diseases (EID's) in human populations and the impact of human behaviour on the control of infectious diseases. The epidemic dynamics of emerging pathogens is poorly understood because it is often studied without taking into account the effect of their characteristics, namely their persistence in a reservoir population and their ability to emerge in a broad range of species. For the first time, we modeled the dynamics of EID's and highlighted that transmission from both the reservoir and intermediate populations are critically important to consider in order to understand the many and unpredictable outbreaks that can be observed. Thereafter, the impact of human behaviour on infectious diseases control was studied by considering two aspects, vaccination decision-making and cultural practices. We show that consideration of cognitive biases related to vaccination decision-making and the interaction between behaviour and epidemiology can lead to the fluctuations observed in vaccination coverage. Finally, the study of cultural practices has shown that, although often assumed to favour the spread of pathogens in a population, certain practices can limit disease transmission. The results taken together suggest that an ecological approach is key for predicting the dynamics underpinning the emergence and re-emergence of infectious diseases and adapt control strategies

Chez de nombreuses espèces, il a été montré que les stratégies de choix de partenaires socio-sexuels par un individu étaient liées aux qualités de ces partenaires (phénotypiques ou génétiques) et étaient susceptibles de maximiser la qualité de ses descendants et améliorer sa propre valeur adaptative. Nous nous sommes intéressés au choix de partenaires chez les femelles de gorille de plaines de l’ouest par une étude de leur dispersion sociale en lien avec l’influence relative de l’environnement social et des caractéristiques des mâles adultes dans les décisions des femelles à résider dans un groupe social ou à émigrer, et dans leur choix du groupe dans lequel immigrer. Nous avons montré que les femelles immigrent préférentiellement dans des groupes reproducteurs plutôt que vers des mâles solitaires et vers des groupes jeunes plutôt que vieillissants. Les groupes de 10-15 individus sont évités. Les femelles émigrent des groupes contenant une grande proportion d’individus affectés par une maladie de peau. A court terme après un effondrement démographique du à une épidémie à virus Ebola, le taux d’émigration des femelles diminue dans les groupes de grande taille, ce qui suggère une meilleure qualité reproductrice et protectrice des mâles survivants. Les caractéristiques génétiques des partenaires sexuels dans le choix des femelles, notamment les gènes du complexe majeur d’histocompatibilité (CMH) qui codent pour des protéines impliquées dans les défenses immunitaires, peuvent être impliquées dans le choix de partenaire chez certains primates. Son implication éventuelle n’avait jamais été étudiée chez le gorille. Dans cette perspective nous avons cherché à développer une méthode pour étudier ce complexe de gènes à partir d’échantillons d’ADN non invasifs (fèces), c’est-à-dire avec de l’ADN faiblement concentré et dégradé. Nous avons défini une nouvelle amorce puis utilisé des méthodes de séquençage haut débit, d’électrophorèse sur gel à gradient dénaturant et un marqueur microsatellite lié au CMH afin de déterminer une méthode d’analyse à l’échelle populationnelle. Huit nouveaux allèles de CMH ont été détectés par séquençage haut débit. Le marqueur microsatellite présente un schéma d’amplification complexe et nécessite une optimisation des protocoles qui permettra de réduire les couts d’analyses de la variabilité du CMH à l’échelle populationnelle. Nos développements ouvrent de nouvelles perspectives pour l’étude de l’influence du CMH sur le choix de partenaire dans des populations sauvages de primates
In many species, it has been shown that strategies of choice of socio-sexual partners by an individual are related to the phenotypic or genetic quality of these partners and are likely to maximize the quality of its descendants and improve its own fitness. We investigated the partner choice in western lowland gorilla females in studying their social dispersion and the relative influence of the social environment and the characteristics of adult males in females’ decisions, to stay in a social group or to emigrate, and in their choice of the group into which immigrate. We showed that females preferentially migrated towards breeding groups rather than solitary males and towards younger rather than aging groups. Groups of 10-15 individuals were avoided. Females emigrated from groups containing a large proportion of individuals affected by skin disease. In the short term after a demographic die-off due to an Ebola epidemic, female’s emigration rates declined in large groups, suggesting better reproductive and protective value of surviving males. The influence of the genetic characteristics of the sexual partners in the choice of females, in particular the genes of the major histocompatibility complex (MHC) genes that encode proteins involved in immune defenses, may be involved in partner choice in some primates. Its possible involvement had never been studied in the gorilla. In this perspective we have sought to develop a method to study this gene complex from non-invasive DNA samples (feces), that is to say with weakly concentrated and degraded DNA. We defined a new primer and then used high throughput sequencing, denaturing gradient gel electrophoresis, and a MHC-linked microsatellite marker to determine a population-level analysis method. Eight new MHC alleles were detected by high throughput sequencing. The microsatellite marker has a complex amplification pattern and requires protocol optimization that will reduce the cost of analyzing MHC variability at the population level. Our developments open new perspectives for the study of the influence of CMH on partner choice in wild populations of primates

Les maladies infectieuses émergentes sont aujourd'hui particulièrement étudiées et surveillées du fait de l'augmentation sans précédent de leurs nombres, de leurs vitesses et échelles de dispersion, que se soit au sein de la faune sauvage, domestique ou des populations humaines. Chez l'homme, il est estimé aujourd'hui que 75% de ces maladies émergentes ont une origine zoonotique, c'est à dire causées par des agents infectieux pouvant se transmettre naturellement entre l'homme et d'autres espèces d'animaux vertébrés. L'origine de l'émergence de ces zoonoses est à relier directement avec les perturbations générées par l'homme sur son environnement naturel à plus ou moins grande échelle. Mon travail s'inscrit dans ce contexte et se focalise plus particulièrement sur les interactions entre les pathogènes responsables de ces maladies et les écosystèmes. Les objectifs de ma thèse étaient donc (i) d'aborder l'étude des interactions entre activités humaines, parasitisme et écosystèmes, par l'intermédiaire de travaux de synthèse et de réflexion; (ii) d'étudier plus en détail l'écologie des virus influenza aviaires en Camargue et plus particulièrement les prévalences d'infections des communautés d'oiseaux présents tout au long de l'année, le rôle des écosystèmes aquatiques dans la dynamique temporelle de la maladie et les caractéristiques génétiques des virus circulant; (iii) d'étudier plus spécifiquement le virus hautement pathogène H5N1, à l'échelle de la Camargue mais aussi à une échelle plus large. Il est notamment mis en valeur la nécessité d'intégrer les connaissances relatives à l'écologie de l'hôte et au fonctionnement des écosystèmes dans l'étude de cette maladie émergente. Les travaux effectués ont permis d'accroître nos connaissances concernant l'écologie des virus influenza en Camargue et, plus généralement, de souligner la nécessité d'étudier les pathogènes responsables des zoonoses émergentes à l'échelle des écosystèmes
Emerging infectious diseases are particularly studied and monitored today because of their unprecedented increase in number, speed and wideness of dispersion within wildlife, domestic or human populations. In humans, it is now estimated that 75% of these emerging diseases have a zoonotic origin, meaning they are caused by infectious agents that can be transmitted naturally between humans and other vertebrate animal species. The origin of the emergence of these zoonoses is directly linked to human interference with the natural environment, to a greater or lesser degree. Within this framework, my thesis specifically focuses on the interactions between pathogens responsible for these diseases and ecosystems. The objectives were (i) to study interactions between human activities, parasites and ecosystems through synthesis and discussion papers; (ii) to study in more detail the ecology of avian influenza viruses in the Camargue, especially the prevalence of infections in bird communities present throughout the year, the role of aquatic ecosystems in the temporal dynamics of the disease, and genetic characteristics of the circulating virus; (iii) to study more specifically highly pathogenic H5N1 viruses within the Camargue but also on a wider scale, particularly to highlight the need to integrate knowledge about the ecology of the host and the functioning of ecosystems in the study of this emerging disease. The work led to increased knowledge of the ecology of influenza virus in the Camargue and, more generally, to stress the need to study pathogens responsible for emerging zoonotic diseases at the level of ecosystems

Les virus émergents sont définis comme ceux qui sont récemment apparus ou ceux dont les populations ont récemment augmenté en prévalence, en pathogénicité et / ou en répartition géographique. Comprendre comment les virus évoluent et s'adaptent à de nouvelles niches écologiques est une question centrale de l'émergence virale. Parmi les phytovirus, le genre Begomovirus (ADN circulaire simple brin), transmis par l'aleurode Bemisia tabaci, est responsable de nombreuses maladies émergentes d'importances économiques majeures sur diverses cultures. Des études récentes ont montré l'existence de complexe de begomovirus indigènes et exotiques dans les îles du Sud-Ouest de l'océan Indien. De part l'insularité et la richesse écologique exceptionnelle, cette région représente un lieu de travail idéal pour l'étude de la diversité en begomovirus et des facteurs évolutifs associés. À La Réunion, l'introduction accidentelle et successive de deux souches exotiques et invasives de Tomato yellow leaf curl virus (TYLCV), nous a offert l'opportunité d'étudier l'évolution spatio-temporelle de ce complexe viral dans un écosystème tropical et insulaire. Cette étude a mis en avant un déplacement rapide du TYLCV-Mld par le TYLCV-IL. Nos analyses du pouvoir pathogène ont montré que si aucune différence statistique de fitness entre les deux souches de TYLCV n'a été mise en évidence, les tests de virulence ont au contraire démontré que le TYLCV-IL d'origine recombinante présentait une virulence plus élevée que le TYLCV-Mld. Des hypothèses fortes ont été proposées quant à l'origine moléculaire et aux conséquences épidémiologique de cette virulence plus élevée. Dans le contexte plus large des îles du Sud-Ouest de l'océan Indien (SWIO), l'étude de la diversité génétique des bégomovirus a dévoilé l'existence d'une extraordinaire diversité virale. La reconstruction phylogénétique a montré que les virus des îles SWIO étaient associés au groupe « Africain Méditerranéen » des begomovirus monopartites et bipartites, et qu'ils présentent une origine polyphylétique. L'analyse des facteurs évolutifs associés à la genèse de cette diversité, a permis (1) de montrer que la recombinaison avait pris une part prépondérante dans l'évolution de ces virus, et (2) de décrire l'existence de hot spot et de cold spot de recombinaison sur le génome des bégomovirus. Dès lors, la réalisation d'une analyse globale basée sur les séquences de bégomovirus disponibles dans les bases de données, a permis de suggérer l'intervention de facteurs mécanistiques et/ou sélectifs dans le façonnage des profils de recombinaison. Des raisons mécanistiques associées à des conflits entre les complexes de réplication et de transcription ont été avancées quant à l'origine de la création des recombinants. L'étude du niveau de perturbation des protéines après recombinaison (analyse SCHEMA) démontre qu'une fois créés, les recombinants sont soumis à une forte sélection purificatrice agissant sur les réarrangements délétères. À terme, seuls devraient persister les virus recombinants pour lesquels la recombinaison n'aura pas perturbé les multiples réseaux d'interactions codés par le génome et responsables des fonctions biologiques du virus. Enfin, l'élargissement de cette même analyse à l'ensemble des virus à ADN circulaire simple brin, présentant pourtant des gammes d'hôtes très variées (animaux, végétaux et bactéries), a permis de montrer encore une fois l'importance de la recombinaison et de la sélection purificatrice sur le « façonnage » des profils de recombinaison. L'aptitude des bégomovirus à échanger du matériel génétique par recombinaison et l'existence de taux de mutation élevé semblent être de solides atouts pour s'adapter aux nouvelles niches écologiques offertes par leur vecteur et sa dissémination mondiale. L'ensemble de ces paramètres biologiques fait de ces virus des candidats très sérieux à l'émergence, domaine dans lequel ils ont déjà rencontré ces dernières années un certain succès
Emerging viruses are defined as those that have recently appeared or those whose populations have recently increased in prevalence, pathogenesis and / or geographical distribution. Understanding the pathways viruses use to evolve and adapt to new ecological niches is a central issue of viral emergence. Among phytoviruses, Begomovirus genus (circular single strand DNA) is responsible of numerous emerging diseases on crops. Recent studies have shown the existence of indigenous and exotic begomovirus complexes in the South West Indian Ocean Islands. This region, because of its isolation and its ecological richness, represents an opportunity for begomovirus diversity study and the understanding of evolutionary factors involved in. In Reunion Island, the accidental and successive introduction of two exotic and invasive strains of Tomato yellow leaf curl virus (TYLCV), gave us the opportunity to study the spatial and temporal evolution of this viral complex in a tropical and insular ecosystem. This study has put forward a rapid displacement of TYLCV-Mld by TYLCV-IL strain. Our analyses of pathogenicity showed no statistical difference in fitness between the two strains, but the virulence tests have demonstrated that TYLCV-IL present a higher virulence than TYLCV-Mld. Hypotheses about those differences and explanation of TYLCV-Mld displacement in regards to the recombinant nature of TYLCV-IL were proposed. In the broader context of the South West Indian Ocean Islands, the study of begomovirus genetic diversity has shown the existence of an extraordinary viral diversity. Phylogenetic reconstruction demonstrates that the island viruses are associated with the 'African Mediterranean' monopartite and bipartite begomovirus group and that they display a polyphyletic origin. An analysis of evolving factors associated with the genesis of this diversity, enabled (1) to show that recombination had taken a dominant place in the evolution of these viruses, and (2) to describe the existence of hot and cold spots of recombination on begomovirus genome. Therefore, conducting a comprehensive analysis based on begomovirus sequences available in public databases, has led to suggest the intervention of mechanistic factors and / or selective pressure in shaping recombination patterns. Mechanistic factors due to conflicts between replication and transcription complexes were proposed to be involved in the creation of recombinant viruses. The study of recombinant protein disruption level (SCHEMA analysis) demonstrates that newly created recombinants are under strong purifying selection acting on deleterious rearrangements. Ultimately, it would only remain the reasonably adapted recombinant viruses, for which recombination has not disrupt the multiple interactions networks encoded by the genome and responsible of its biological functions. Finally, enlargement of the same analysis to all circular single strand DNA viruses, viruses presenting a wide host ranges (animals, plants and bacteria), demonstrated once again the importance of recombination in their evolution and that purifying selection shapes recombination profiles. The ability of begomovirus to exchange genetic material by recombination and the existence of high mutation rates appear to be a strong advantage for the adaptation to new ecological niches offered by their vectors and its worldwide spread. Those factors made begomovirus having a strong emerging potential, domain in which they were already successful

La veille en santé animale, notamment la détection précoce de l'émergence d'agents pathogènes exotiques et émergents à l'échelle mondiale, est l'un des moyens de lutte contre l'introduction de ces agents pathogènes en France.Récemment, il y a eu une réelle prise de conscience par les autorités sanitaires de l'utilité de l'information non-structurée concernant les maladies infectieuses publiée sur le Web.C'est dans ce contexte que nous proposons un outil de veille basé sur une méthode de fouille de textes pour la détection, collecte, catégorisation et extraction de l'information sanitaire à partir des donnés textuelles non structurées (articles médias) publiées sur le Web.Notre méthode est générique. Toutefois, pour l'élaborer, nous l'appliquons à cinq maladies animales infectieuses exotiques : la peste porcine africaine, la fièvre aphteuse, la fièvre catarrhale ovine, la maladie du virus Schmallenberg et l'influenza aviaire.Nous démontrons que des techniques de fouille de textes, complétées par les connaissances d'experts du domaine, sont la fondation d'une veille sanitaire du Web à la fois efficace et réactive pour détecter des émergences de maladies exotiques au niveau international.Notre outil sera utilisé par le dispositif de veille sanitaire internationale en France, et facilitera la détection précoce de signaux de dangers sanitaires émergents dans les articles médias du Web
Monitoring animal health worldwide, especially the early detection of outbreaks of emerging and exotic pathogens, is one of the means of preventing the introduction of infectious diseases in France.Recently, there is an increasing awareness among health authorities for the use of unstructured information published on the Web for epidemic intelligence purposes.In this manuscript we present a semi-automatic text mining approach, which detects, collects, classifies and extracts information from non-structured textual data available in the media reports on the Web. Our approach is generic; however, it was elaborated using five exotic animal infectious diseases: african swine fever, foot-and-mouth disease, bluetongue, Schmallenberg, and avian influenza.We show that the text mining techniques, supplemented by the knowledge of domain experts, are the foundation of an efficient and reactive system for monitoring animal health emergence on the Web.Our tool will be used by the French epidemic intelligence team for international monitoring of animal health, and will facilitate the early detection of events related to emerging health hazards identified from media reports on the Web

Parmi les nombreuses pathologies infectieuses dignes d’intérêt en Guyane, deux d’entre elles, deux zoonoses, ont connu récemment un regain d’intérêt conduisant en quelques années à améliorer nettement leur connaissance, mais également découvrir des particularités épidémiologiques inattendues qui nous ont amené à nous poser la question de leur caractère émergent ou réémergent. Bien que cosmopolite et à tropisme tropical, la leptospirose n’a que peu été décrite en Guyane et sur le bouclier des Guyanes. La littérature repose sur des cas cliniques ou série de cas anciens, la dernière publication remontant à 1995. Sont présentées ici plusieurs études qui ont permis d’en savoir un peu plus sur cette infection bactérienne : revue exhaustive de la littérature, étude rétrospective des rapports du CNR, étude rétrospective multicentrique sur les leptospiroses prises en charge en Guyane entre 2007 et 2014, avec analyse de ses déterminants, démographiques, écologiques, cliniques, séro-épidémiologique, comparaison de ses formes graves à celles d’Afrique du Nord. Bien que sa présence ait été identifiée dès les années 50 en Guyane, la fièvre Q ou infection à Coxiella burnetii, n’avait suscité localement aucun intérêt jusqu’à la fin des années 1990. Le travail ici présente la progression des connaissances sur cette infection bactérienne, également cosmopolite, mais avec des spécificités locales tout à fait inédites. Au fil des découvertes sur cette bactérie à la sauce guyanaise, nous présenterons la contribution de notre équipe à la progression du savoir sur cette pathologie et l’apport de réponses amenant tout autant de nouvelles. Ainsi les réflexions portent autour de ce génotype si particulier, le MST17, trouvé exclusivement en Guyane, qui entraine l’incidence la plus élevée au monde de la fièvre Q, une prévalence élevée parmi les pneumopathies retrouvée nulle ailleurs. En outre, le cycle épidémiologique de la bactérie, habituellement fondé sur le bétail, semble ici suivre un tout autre chemin et trouver son réservoir dans la faune sauvage. L’on s’interroge également sur le contraste entre le problème de santé publique majeur que cette maladie représente en Guyane et le caractère tout juste anecdotique dans le reste de l’Amérique latine.Finalement, bien que ces deux zoonoses puissent être qualifiées de « maladies nouvelles » en Guyane, il s’agit probablement pour la leptospirose d’une augmentation récente du nombre de cas lié à l’amélioration des techniques diagnostiques et à la sensibilisation des médecins à cette maladie, tandis que la fièvre Q semble présenter un véritable profil émergent, avec augmentation récente de son incidence, et de nombreuses inconnues lié à un génotype très particulier.Plusieurs questions concernant ces deux infections restent encore sans réponse, et le travail est immense pour mieux comprendre les enjeux de ces deux maladies, tant à l’échelle de la Guyane qu’à celle du continent latino-américain
Among the numerous infectious diseases of interest in French Guiana (FG), two of them, two zoonoses, have recently experienced a revival of interest leading in a few years to a marked improvement in their knowledge. Several studies allowed as well discovering unexpected epidemiological features that have led us to question their emerging or reemerging character.Although cosmopolitan and with tropical a tropism, leptospirosis has been barely described in FG and on the Guiana Shield. The literature is old and reports only clinical cases or series, the most recent publication dating back to 1995. Several studies are presented in this work which have allowed to know a little more about this bacterial infection: exhaustive review of the literature, retrospective study of the reference national center reports, a retrospective multicenter study on leptos-piroses managed in FG between 2007 and 2014, with analysis of its determinants, demographic, ecological, clinical, sero-epidemiological, and a study comparing Guianese severe forms to those of North Africa.Although its presence had been suspected as early as the 1950s in FG, Q fever or Coxiella burnetii infection had not aroused interest locally until the late 1990s. The work here presents the progression of the knowledge of this bacterial infection, also cosmopolitan, but with unusual local specificities. In the course of the discoveries around this Guianese outbreak, we will present the contribution of our team to the progression of knowledge on this pathology and the contribution of answers bringing as much new questions. Thus the discussion will focus on this particular genotype, MST17, found exclusively in FG, which results in the highest incidence of Q fever in the world, a prevalence among pneumonias never found elsewhere. Moreover, the epidemiological cycle of the bacterium, usually based on livestock, seems to follow a completely different path and find its reservoir in wildlife. We also wonder about the contrast between the major public health problems that this disease represents in FG and the anecdotal character in the rest of Latin America.Finally, although these two zoonotic diseases may be described as "new diseases" in FG, it is likely that leptospirosis presents a recent increase in the number of cases related to the improvement of diagnostic techniques and the sensitization of physicians to this disease, but without real emergence, while Q fever seems to present a true emergent profile, with a recent increase in its incidence, and many unknowns linked to a very particular genotype.Many questions concerning these two infections remain unanswered, and the work is immense to better understand the stakes of these two diseases, both on the scale of FG and that of the Amazonian region and the Latin American continent

Depuis le début des années 2000, les autorités sanitaires internationales ont observé une accélération de l’apparition ou la réapparition de maladies au fort potentiel épidémique. Ces émergences, ou réémergences, sont liées à plusieurs facteurs favorisants : le dérèglement climatique, la mondialisation de l’activité humaine et les importants flux de voyageurs ou de migrants. Les Forces armées françaises en opération sont exposées au risque de ces maladies émergentes. La compréhension de ces phénomènes est essentielle pour orienter la mise en place de mesures de prévention, ou de contre-mesures efficaces en cas d’épidémie au sein des forces. Dans cet article, après avoir expliqué les facteurs favorisants l’apparition des maladies émergentes et leur propagation, nous revenons sur plusieurs exemples récents d’émergence ou de réémergence virale et sur le risque encouru par les militaires français. Puis nous exposons quelques exemples d’outils pour la détection précoce de ces maladies.