Dissertations / Theses on the topic 'Maladies animales – Épidémiologie'

Afin de contribuer a l'amelioration du fonctionnement des reseaux de surveillance epidemiologique des maladies animales qui se sont multiplies ces dernieres annees, un outil d'evaluation technico-economique a la fois qualitatif et quantitatif a ete cree et applique a un reseau d'epidemiosurveillance animale francais le renesa (suivi des salmonelles et des mycoplasmes dans les elevages avicoles inscrits au controle sani sanitaire officiel) et au reseau d'epidemiovigilance de la fievre aphteuse en france. Pour la mise au point de outil d'evaluation, il a ete necessaire d'identifier les points critiques des reseaux de surveillance epidemiologique par transposition de la methode haccp a leur fonctionnement ; par ailleurs, - un questionnaire de recueil de l'information necessaire a l'evaluation de la maitrise de ces points critiques pour chacun des deux types de reseau (epidemiosurveillance et epidemiovigilance) a ete elabore ; - une grille d'evaluation quantitative (sur 100 points) de chacun des deux types de reseau a ete cree puis validee par la methode delphi ; - deux guides permettant de standardiser la notation de chaque point critique ont ete rediges ; - la representation synthetique des resultats de l'evaluation qui permette de visualiser immediatement la marge de progres realisable a ete concue. - le cout annuel de fonctionnement de chacun des deux reseaux a egalement ete determine ; - les resultats detailles de cette evaluation technico-economique ont conduit a formuler des propositions d'amelioration pour chaque reseau. Le cout de ces propositions a ete etabli ; - une simulation des consequences de l'application des propositions d'amelioration a ete realisee et a conduit a une nouvelle note global d'evaluation de chacun des reseaux. - le cout par point de chaque amelioration a ensuite ete etabli et discute. Cet outil d'evaluation technico-economique des reseaux de surveillance epidemiologique des maladies animales est propose en vue de validation a plus large echelle et d'utilisation tant pour l'amelioration du fonctionnement de tels reseaux que pour l'analyse de risque lors d'echanges internationaux.

Ce travail a consisté à mettre au point une démarche d’élaboration d’indicateurs de performance des réseaux de surveillance épidémiologique des maladies animale qui puisse être applicable à tout type de réseau. Les indicateurs élaborés sont constitués par un nombre limité de variables permettant de suivre en continu le niveau de réalisation des activités prioritaires du réseau dans un objectif de pilotage. La démarche élaborée s’appuie entre autres sur les déterminants de la performance issus des travaux de la sociologie des organisations et de la psychologie du travail. La démarche est constituée par l’enchaînement de 10 étapes successives et a été validée par l’application à trois réseaux de surveillance des maladies animales choisis pour leur diversité. Cette validation montre l’adaptation de la démarche à des situations différentes ainsi que la possibilité et l’intérêt de l’utilisation des indicateurs de performance privilégiant une amélioration continue de la performance
This work consisted in developing a procedure for the definition of performance indicators for animal diseases epidemiological surveillance networks which can be applied to any type of network. The developed indicators consist in a limited number of variables making it possible to follow up on a continuous way the operation level of the priority activities of the network in order to monitor it. The procedure is based on the performance determinants resulting from work of organisational sociology and work psychology. The procedure consist in the sequence of 10 successive stages and has been validated by the application to three animal diseases surveillance networks chosen for their diversity. This validation shows the adaptation of the procedure to various situations as well as the possibility and the interest of the use of performance indicators privileging a continuous improvement of the performance

De par leur prévalence élevée et leur caractère potentiellement invalidant, les Affections Ostéo-Articulaires Juvéniles (AOAJ) sont à l’origine de pertes économiques substantielles pour l’industrie des courses et du cheval de sport. L’objectif des travaux présentés était de quantifier les effets ajustés de la génétique, de la croissance, et des pratiques d’alimentation et d’e��levage sur les AOAJ du foal. Une étude épidémiologique a permis de suivre 393 poulains dans 21 haras de Basse-Normandie. La validité de la mesure des AOAJ a été vérifiée par une étude de répétabilité des conclusions de lecture des radiographies. L’étude de la distribution des AOAJ en fonction des entités, de leur localisation, et de leur sévérité a montré des variations raciales, mais pas d’associations entre articulations atteintes. Les résultats de l’analyse des facteurs de risque a conduit à recommander un suivi de la croissance des poulains avec un ajustement adapté de l’alimentation, de même qu’une surface de pâture limitée avant l’âge de 2 mois et des sorties régulières quotidiennes afin de limiter la prévalence des AOAJ
Developmental Orthopaedic Disease (DOD) can cause pain and lameness. For this reason and due to its high prevalence, DOD causes important economic losses in the horse breeding industry. The aim of this study was to assess the adjusted effects of genetic, growth, feeding and management practices on DOD of foals. An epidemiological study that followed 393 foals from 21 stud-farms from Normandy, France, was used. The consistency of the disease assessment was checked by a repeatability analysis of the conclusions from radiographic evaluation. The study of the distribution of DOD occurrences depending on the entities, their location, and their severity showed between breed variations, but no association among affected joints. In order to reduce prevalence of DOD, the results of the risk factor analysis conducted to recommend to follow the growth of foals and adjust nutrients intakes accordingly to prevent too faster growth, to limit the surface of pastures offered to the foals, especially before 2 months of age, and to provide daily free exercise to foals

Résumé : Les méthodes de capture-recapture servent à décrire l'état d'une population et les processus qui en sous-tendent la dynamique, lorsque les méthodes d'observation et de détection de cette population sont imparfaites. En surveillance des maladies infectieuses, elles peuvent simplement être utilisées pour estimer la taille totale de la population infectée par un pathogène et estimer quantitativement la sensibilité du système de surveillance de ce pathogène. Bien qu'exploitées très largement dans le domaine de la santé publique pour répondre à cet objectif, l'utilisation des méthodes de capture-recapture (CR) en surveillance des maladies infectieuses animales peut être considérée comme récente. Parce que le contexte de surveillance des maladies animales est nettement différent de celui de la surveillance des maladies humaines, des questions demeurent quant à l'intérêt et aux limites de ces méthodes pour estimer la sensibilité des systèmes de surveillance des maladies animales. Pour tenter de répondre à ces questions, nous avons identifié quatre systèmes de surveillance différents par leur complexité, leur efficacité et leur maladie d'intérêt : nous avons retenu les systèmes de surveillance de la fièvre aphteuse au Cambodge, de l'influenza aviaire hautement pathogène (IAHP) H5N1 en Egypte, de la tremblante ovine en France et de l'IAHP H5N1 en Thaïlande. Pour chacun de ces systèmes de surveillance, nous avons déterminé le modèle de CR le plus adapté compte tenu des données générées (respectivement le modèle de CR à deux sources, le modèle log-linéaire à 4 sources, le modèle de comptage tronqué en zéro et le modèle de comptage enflé en zéro). Pour chaque application, nous avons donc estimé le nombre total d'unités épidémiologiques non détectées par les systèmes de surveillance considérés ce qui nous a permis d'apprécier la sensibilité de chaque système de surveillance considéré. Il est ressorti de ces applications que les méthodes de capture-recapture sont relativement faciles à conduire et qu'elles permettent à faible coût d'estimer l'importance réelle d'une maladie sur un territoire quand celle-ci est surveillée de manière imparfaite. Il semble cependant que les pratiques de surveillance et de contrôle des maladies animales limitent les applications à l'échelle de l'animal, et nécessitent d'élargir l'unité épidémiologique à une échelle supérieure (troupeau, commune, etc...). Cet élargissement introduit de nouvelles contraintes (notamment l'hétérogénéité d'abondance) qu'il est nécessaire de prendre en compte pour ne pas biaiser les estimations finales. Ce travail propose des perspectives d'application en épidémiologie descriptive, ainsi que des perspectives méthodologiques de recherche en statistique et en modélisation.

Le mélanome est le plus grave des cancers de la peau chez l’Homme. Avec une incidence en augmentation et un manque tragique de moyens thérapeutiques, ces tumeurs sont une préoccupation majeure de santé publique dans les pays occidentaux. Le chien, modèle de choix en génétique biomédicale, développe spontanément des mélanomes. Mon travail a consisté à collecter des cas de mélanomes et des contrôles au sein de races prédisposées, à caractériser leurs homologies avec les mélanomes humains et à engager des analyses génétiques cas/contrôle pour en identifier les bases génétiques. Des études épidémiologiques et d’histologie comparée ont d’abord permis d’identifier des prédispositions raciales liées à la couleur noire de la robe et de déterminer que la majorité des tumeurs mélaniques sont intra-dermiques. Ces résultats impliquent, entre autres, que le développement des mélanomes chez le chien soit indépendant des ultra-violets. Par séquençage, nous avons identifié dans les gènes NRAS et PTEN, des mutations somatiques conservées entre l’Homme et le chien. Enfin des premiers résultats d’études d’association génétique sur des mélanomes d’origine buccale chez le caniche nous ont permis d’identifier deux loci pertinents sur les chromosomes 5 et 22, contenant notamment MC1R, régulateur central de la voie de la pigmentation ainsi que plusieurs gènes impliqués dans le métabolisme tumoral
Melanoma is the most serious skin cancer in Humans. With an increasing incidence and a terrible lack of efficient treatments, these tumors represent a major issue of public health. The dog, a promising model in biomedical research, also develops melanoma. My work has consisted in the collection of cases of melanoma and healthy controls in predisposed dog breeds and to characterize their homology with human melanoma. First, epidemiological and histological studies allowed us to identify black coated predisposed breeds and to determine that melanocytic neoplasms in dog are mostly intradermal. These results argue in favor of the implication of non UV dependant pathways in dog in dog melanoma development. By tumor DNA sequencing, we identified somatic mutations in NRAS and PTEN genes, conserved between dos and Humans. Finally, genetic association studies has been performed to decipher the genetic bases of melanoma in dogs. Some preliminary association study results on oral melanoma in poodles allowed us to identify two relevant loci on chromosome 5 and 22, remarkably containing MC1R, the master regulator of pigmentation pathway, and several genes implicated in Human cancers

La veille en santé animale, notamment la détection précoce de l'émergence d'agents pathogènes exotiques et émergents à l'échelle mondiale, est l'un des moyens de lutte contre l'introduction de ces agents pathogènes en France.Récemment, il y a eu une réelle prise de conscience par les autorités sanitaires de l'utilité de l'information non-structurée concernant les maladies infectieuses publiée sur le Web.C'est dans ce contexte que nous proposons un outil de veille basé sur une méthode de fouille de textes pour la détection, collecte, catégorisation et extraction de l'information sanitaire à partir des donnés textuelles non structurées (articles médias) publiées sur le Web.Notre méthode est générique. Toutefois, pour l'élaborer, nous l'appliquons à cinq maladies animales infectieuses exotiques : la peste porcine africaine, la fièvre aphteuse, la fièvre catarrhale ovine, la maladie du virus Schmallenberg et l'influenza aviaire.Nous démontrons que des techniques de fouille de textes, complétées par les connaissances d'experts du domaine, sont la fondation d'une veille sanitaire du Web à la fois efficace et réactive pour détecter des émergences de maladies exotiques au niveau international.Notre outil sera utilisé par le dispositif de veille sanitaire internationale en France, et facilitera la détection précoce de signaux de dangers sanitaires émergents dans les articles médias du Web
Monitoring animal health worldwide, especially the early detection of outbreaks of emerging and exotic pathogens, is one of the means of preventing the introduction of infectious diseases in France.Recently, there is an increasing awareness among health authorities for the use of unstructured information published on the Web for epidemic intelligence purposes.In this manuscript we present a semi-automatic text mining approach, which detects, collects, classifies and extracts information from non-structured textual data available in the media reports on the Web. Our approach is generic; however, it was elaborated using five exotic animal infectious diseases: african swine fever, foot-and-mouth disease, bluetongue, Schmallenberg, and avian influenza.We show that the text mining techniques, supplemented by the knowledge of domain experts, are the foundation of an efficient and reactive system for monitoring animal health emergence on the Web.Our tool will be used by the French epidemic intelligence team for international monitoring of animal health, and will facilitate the early detection of events related to emerging health hazards identified from media reports on the Web

La réactosurveillance est la surveillance des incidents et des risques d'incidents résultant de l'utilisation de réactifs de laboratoire. Cette dernière vise à détecter les défaillances potentielles des méthodes d'analyse dans les laboratoires ainsi que les défauts de performance des réactifs, qui peuvent entraîner une augmentation des faux positifs (défaut de spécificité) et faux négatifs (défaut de sensibilité), potentiellement responsables de pertes économiques ou de retard dans la détection d'une épidémie. Dans ce contexte, nous avons évalué le système de réactosurveillance en nous concentrant sur cinq maladies des ruminants en France : la rhinotrachéite infectieuse bovine (IBR), la brucellose, l'hypodermose, la diarrhée virale bovine (BVD) et la leucose bovine enzootique, à l'aide d'OASIS, un outil d'évaluation des systèmes de surveillance. Parmi les principaux atouts, on peut citer le suivi de la performance des réactifs par les laboratoires et l’expertise des différents acteurs. Les principales limites étaient l'absence d'organes formalisés avec des rôles définis pour la prise de décision et la coordination, l'absence de procédures de déclaration et de suivi et un faible retour d'information vers certains acteurs. Pour améliorer le système, une nouvelle organisation est recommandée. De plus, un tour d’horizon des pratiques de réactosurveillance en Europe a été réalisé. Afin d’appuyer le système en place, la faisabilité d'un dispositif complémentaire est en cours d’étude pour l’IBR. Il serait basé sur des algorithmes de détection d'anomalies appliqués sur les données de prophylaxie en provenance du ministère et des laboratoires d’analyses, pour identifier rapidement les défaillances de réactifs ou les épidémies
Laboratory reagent surveillance is the monitoring of incidents and risks of incidents resulting from the use of laboratory reagents. It aims to detect potential failures of analytical methods in laboratories as well as performance defects of reagents, which can lead to an increase in false positives (lack of specificity) and false negatives (lack of sensitivity), potentially responsible for economic losses or delays in epidemic detection. In this context, we evaluated the French laboratory reagent surveillance system focusing on five ruminant diseases: infectious bovine rhinotracheitis (IBR), brucellosis, hypodermosis, bovine viral diarrhea (BVD), and enzootic bovine leukosis, using OASIS, a surveillance system evaluation tool. Among the main strengths are the monitoring of reagent performance by laboratories and the expertise of various stakeholders. The main limitations were the absence of formalized bodies with defined roles for decision-making and coordination, the lack of reporting and follow-up procedures, and poor feedback to certain actors. To improve the system, a new organization is recommended. Additionally, an overview of reagent surveillance practices in Europe was conducted. To support the existing system, the feasibility of a complementary mechanism is being studied for IBR. It would be based on anomaly detection algorithms applied to prophylaxis data from the ministry and analytical laboratories to quickly identify reagent failures or outbreaks

De nombreux documents concernant l'émergence, la propagation ou le suivi de maladies humaines et animales sont quotidiennement publiés sur le Web. Afin de prévenir l'expansion des maladies, les épidémiologistes doivent constamment rechercher ces documents et les étudier afin de détecter les foyers de propagation le plus tôt possible. Dans cette thèse, nous nous intéressons aux deux activités liées à ce travail de veille afin de proposer des outils visuels permettant de faciliter/accélérer l'accès aux informations pertinentes. Nous nous focalisons sur les maladies animales, qui ont été moins étudiées et qui pourtant peuvent avoir de lourdes conséquences sur les activités humaines (maladies transmises d'animaux à humains, épidémies dans les élevages, ...).La première activité du veilleur consiste à collecter les documents issus du Web. Pour cela, nous proposons EpidVis, un outil visuel permettant aux épidémiologistes de regrouper et structurer les mots-clés nécessaires à leurs recherches, construire visuellement des requêtes complexes, les lancer sur différents moteurs de recherche et visualiser les résultats retournés. La seconde activité du veilleur consiste à explorer un grand nombre de documents concernant les maladies. Ces documents contiennent non seulement des informations telles que les noms des maladies, les symptômes associés, les espèces infectées, mais aussi des informations de type spatio-temporelles. Nous proposons EpidNews, un outil de visualisation analytique permettant d'explorer ces données en vue d'en extraire des informations. Les deux outils ont été réalisés dans le cadre d'une étroite collaboration avec des experts en épidémiologie. Ces derniers ont réalisé des études de cas pour montrer que les fonctionnalités des propositions étaient complètement adaptées et permettaient de pouvoir facilement extraire de la connaissance
Many documents concerning emergence, spread or follow-up of human and animal diseases are published daily on the Web. In order to prevent the spread of disease, epidemiologists must frequently search for these documents and analyze them to detect outbreaks as early as possible. In this thesis, we are interested in the two activities related to this monitoring work in order to produce visual tools facilitating the access to relevant information. We focus on animal diseases, which have been less studied but can have serious consequences for human activities (diseases transmitted from animals to humans, epidemics in livestock ...).The first activity is to collect documents from the Web. For this, we propose EpidVis, a visual tool that allows epidemiologists to group and organize the keywords used for their research, visually build complex queries, launch them on different search engines and view the results returned. The second activity is to explore a large number of documents concerning diseases. These documents contain not only information such as disease names, associated symptoms, infected species, but also spatio-temporal information. We propose EpidNews, a visual analytics tool to explore this data for information extraction. Both tools were developed in close collaboration with experts in epidemiology. The latter carried out case studies to show that the functionalities of the proposals were completely adapted and made it possible to easily extract knowledge

L’épidémiologie d’intervention a pour objectif la détection précoce des situations d’alerte sanitaire afin d’apporter une aide à la décision pour le déclenchement d’une réponse visant à en limiter l’impact. Dans le domaine de la santé animale, l’épidémiologie d’intervention se développe sous l’influence d’enjeux sanitaires, économiques et de santé publique. La structuration des activités est nécessaire au développement performant de cette discipline.Dans ce contexte, un modèle pour la structuration opérationnelle de l’épidémiologie d’intervention a été développé selon les principes d’une méthode d’optimisation de la performance reconnue : l’approche processus. L’établissement de ce modèle a reposé sur l’identification des chaînes d’activités (processus) d’une épidémiologie d’intervention performante, adaptée à la santé animale, tout en capitalisant les acquis et les avancées de cette discipline dans le domaine de la santé publique. Ces chaînes d’activités ont été identifiées grâce à l’analyse qualitative rétrospective d’expériences en épidémiologie d’intervention dans différents domaines (santé publique, santé publique vétérinaire, santé animale), en réponse à des contextes variés.Ces analyses rétrospectives ont permis d’identifier des chaînes d’activités vectrices de performance en épidémiologie d’intervention. Ces activités ont été intégrées au modèle proposé pour la structuration opérationnelle de cette discipline.L’objectif serait désormais d’assurer la mise en œuvre des chaînes d’activités identifiées via un système intégré global, à même de détecter et de documenter toute maladie animale, ou menace liée aux animaux, et d’informer la prise de mesures adéquates pour son controle
Emerging disease surveillance and investigation aim at the early detection of any health threat in order to perform a comprehensive analysis of the disease situation to help target an appropriate response. Its expansion in the field of animal health is led by major health, economic, and public health drivers. In support of this ongoing development, a standard structure for improved emerging animal disease surveillance and investigation capacities was established. This structure was based on a Business Process Management (BPM) approach.The primary goal of this work was to identify chains of activities (processes) that can support the most successful implementation of emerging animal disease surveillance and investigation, while buidling on the achievements made in the public health area. These chains of activities were identified through a qualitative retrospective analysis of various experiences of emerging disease surveillance and investigation, in the domains of public health, veterinary public health and animal heath, in distinct contexts ranging from a routine investigation to a major sanitary crisis.These analysis resulted in the identification of standard chains of activities that can support a successful implementation of emerging disease surveillance and investigation. These chains of activities were integrated in a standard structure for enhanced emerging animal disease surveillance and investigation capacities.The goal should now be to set up an integrated global system that would routinely implement these chains of activities and allow for the detection and description of any animal disease or threat to help inform prevention and control strategies

Les lentivirus de petits ruminants (SRLV) présentent une grande diversité génétique et sont classés en plusieurs groupes et sous-types. En France, la prévalence des infections à SRLV est élevée, mais peu de données sont disponibles sur la nature des souches virales qui y circulent. Dans ce travail, une méthode de génotypage (HMA) à grande échelle et basée sur les séquences des gènes gag et env a été adaptée à l’étude des SRLV. Les enquêtes d’épidémiologie moléculaire réalisées dans des élevages caprins et ovins du sud de la France ont révélé une forte prévalence des sous-types B1 et B2. Des transmissions inter-espèces des deux sous-types, ainsi que des phénomènes de co-infection et de recombinaison, ont été décrits dans des élevages mixtes. Cependant, la distribution inégale de ces sous-types viraux dans les deux espèces animales suggère des interactions virus/hôte spécifiques. Une analyse comparative des propriétés biologiques de deux virus appartenant à chaque sous-type a été réalisée in vitro sur différents types cellulaires et in vivo chez la chèvre et le mouton après inoculation par voie intra-trachéale. Les deux virus testés partagent le même phénotype mais diffèrent pour leur pouvoir. Le virus du sous-type B1 présente un pouvoir infectant plus élevé chez les chèvres que chez les moutons. Bien que la sensibilité des chèvres et des moutons à l’infection par le virus du sous-type B2 soit identique, l’expression virale est plus constante chez les moutons. Ces résultats expérimentaux corroborent les observations de terrain en démontrant une interaction spécifique entre sous-type viral et espèce animale
The small ruminant lentiviruses (SRLV) display a high genetic diversity and are currently classified into several groups, and an increasing number of subtypes. While a high prevalence of SRLV infection has been reported in sheep and goats from France, the prevalent SRLV strains circulating in this country are still poorly known. In this study, a large-scale screening method (HMA) based on the sequences of gag and env genes has been developed for monitoring the genetic evolution of SRLV. Molecular epidemiological surveys in sheep and goats flocks from southern of France revealed a high prevalence of subtypes B1 and B2. Interspecies transmission of both subtypes was reported in mixed flocks, as well as co-infection and recombination. However, subtypes B1 and B2 were found with different frequencies in sheep and goats, suggesting a differential adaptation of SRLV subtypes in these hosts. The biological properties of two field SRLV isolates belonging to subtypes B1 and B2 were compared in vitro using different cell types, and in vivo in sheep and goats experimentally infected by intratracheal inoculation. These strains share similar phenotype but exhibit different replicative properties in macrophages and synovial membrane cells. The subtype B1 virus has been shown to be particularly prone to infect goats, compared to sheep. While the subtype B2 virus infects sheep and goats with the same efficiency, viral expression is more frequently detected in sheep than in goats. These results confirm those obtained from field investigations showing specific interaction between SRLV subtypes and their natural hosts

Ce travail de recherche s'inscrit dans le cadre des méthodes factorielles qui permettent de décrire et prédire des données structurées en plusieurs tableaux. Les objectifs et la nature des données d'épidémiologie analytique dans le domaine vétérinaire ont amené à centrer le travail sur les méthodes de régression multibloc, qui orientent la description de plusieurs tableaux de variables vers l'explication d'un autre tableau. Un des principaux objectifs est de contribuer à la réflexion sur la sensibilité de ces méthodes à la multicolinéarité. Des méthodes statistiques existantes sont présentées et reliées dans un cadre unifié, relevant soit de critères à maximiser comparables, soit d'un continuum général les reliant. De nouvelles méthodes peu vulnérables à l'égard de la multicolinéarité, et s'appliquant au cas de données structurées en deux puis en (K+1) tableaux, sont proposées. L'intérêt de ces méthodes, ainsi que des continuums qui leur sont associés, est illustré sur la base d'études de cas réels en épidémiologie. Ce travail de recherche a permis d'appliquer les méthodes multiblocs au domaine de l'épidémiologie animale, dans lequel elles n'avaient pas encore été utilisées.

L’intelligence épidémiologique a pour but de détecter, d’analyser et de surveiller au cours du temps les potentielles menaces sanitaires. Ce processus de surveillance repose sur des sources dites formelles, tels que les organismes de santé officiels, et des sources dites informelles, comme les médias. La veille des sources informelles est réalisée au travers de la surveillance basée sur les événements (event-based surveillance en anglais). Ce type de veille requiert le développement d’outils dédiés à la collecte et au traitement de données textuelles non structurées publiées sur le Web. Cette thèse se concentre sur l’extraction et la combinaison d’informations épidémiologiques extraites d’articles de presse en ligne, dans le cadre de la veille des maladies infectieuses animales. Le premier objectif de cette thèse est de proposer et de comparer des approches pour améliorer l’identification et l’extraction d’informations épidémiologiques pertinentes à partir du contenu d’articles. Le second objectif est d’étudier l’utilisation de descripteurs épidémiologiques (i.e. maladies, hôtes, localisations et dates) dans le contexte de l’extraction d’événements et de la mise en relation d’articles similaires au regard de leur contenu épidémiologique. Dans ce manuscrit, nous proposons de nouvelles représentations textuelles fondées sur la sélection, l’expansion et la combinaison de descripteurs épidémiologiques. Nous montrons que l’adaptation et l’extension de méthodes de fouille de texte et de classification permet d’améliorer l’utilisation des articles en ligne tant que source de données sanitaires. Nous mettons en évidence le rôle de l’expertise quant à la pertinence et l’interprétabilité de certaines des approches proposées. Bien que nos travaux soient menés dans le contexte de la surveillance de maladies en santé animale, nous discutons des aspects génériques des méthodes proposées, vis-à-vis de de maladies inconnues et dans un contexte One Health (« une seule santé »)
Epidemic intelligence aims to detect, investigate and monitor potential health threats while relying on formal (e.g. official health authorities) and informal (e.g. media) information sources. Monitoring of unofficial sources, or so-called event-based surveillance (EBS), requires the development of systems designed to retrieve and process unstructured textual data published online. This manuscript focuses on the extraction and combination of epidemiological information from informal sources (i.e. online news), in the context of the international surveillance of animal infectious diseases. The first objective of this thesis is to propose and compare approaches to enhance the identification and extraction of relevant epidemiological information from the content of online news. The second objective is to study the use of epidemiological entities extracted from the news articles (i.e. diseases, hosts, locations and dates) in the context of event extraction and retrieval of related online news.This manuscript proposes new textual representation approaches by selecting, expanding, and combining relevant epidemiological features. We show that adapting and extending text mining and classification methods improves the added value of online news sources for event-based surveillance. We stress the role of domain expert knowledge regarding the relevance and the interpretability of methods proposed in this thesis. While our researches are conducted in the context of animal disease surveillance, we discuss the generic aspects of our approaches regarding unknown threats and One Health surveillance

La délimitation de structures géographiques intervenant dans les processus spatio-temporels de transmission des maladies animales contagieuses, constitue un enjeu fondamental pour la planification de programmes de contrôle adaptés. L'auteur propose une approche de géographie de la santé animale, appliquée à la régionalisation des risques. Elle est basée sur l'analyse spatiale du système territorial, et sur l'étude de l'autocorrélation spatiale locale. L'analyse est illustrée par une recherche sur la Péripneumonie contagieuse bovine et la mobilité de l'élevage, dans une petite région d'Ethiopie. Elle révèle la capacité des méthodes d'analyse à y rendre compte de plusieurs dimensions socio-économiques et épidémiologiques du risque. La constitution finale d'un portefeuille de cartes se révèle adaptée pour guider la décision sanitaire
Geographical structures play an important role in the spatial processes driving the spread of contagious animal diseases. Their delineation is a fundamental stake for building adapted disease control strategy. The study suggests a holistic approach, based on health geography concepts, and applied to regionalisation of risks. It is based on the spatial analysis of a territory, with methodological support of local spatial autocorrelation concepts. The research is illustrated by a case study on Contagious bovine pleuropneumonia, and livestock mobility in Ethiopian highlands. It discloses the ability of methods used, to model several dimensions of epidemiological and socioeconomic risks. Final results assembled in a map portfolio display strong usefulness to guide decision making process, toward proper animal health planning

L’amélioration du bien-être des vaches laitières est un réel enjeu face aux attentes sociétales. Cette thèse a pour objectifs d’identifier (i) les aspects les plus dégradés du bien-être des vaches, (ii)les indicateurs de risque et (iii) les facteurs associés à l’atteinte de la relation homme-animal. Ce projet repose sur une étude épidémiologique utilisant la méthode Welfare Quality R pour évaluer le bien-être des vaches. En général, les boiteries étaient peu fréquentes et les animaux avaient une bonne liberté de mouvement. L’absence de faim et de soif et l’expression des comportements étaient bien respectés mais variables entre élevages. Le confort de couchage, l’absence de blessures et de maladies, le comportement social, l’état émotionnel et la relation homme-animal étaient dégradés et variables. L’écornage était souvent réalisé sans antidouleurs. Les principaux indicateurs de risque pour le bien-être des vaches sont la localisation géographique (pour la soif), la race (faim,comportement social), le logement (confort de couchage, blessures), l’interaction logement-race (état émotionnel) et localisation géographique-système de traite (expression des comportements propres à l’espèce). La mise en place de plan d’actions doit donc tenir compte du type d’élevage. Aucune association entre le système d’élevage et la relation homme animal n’a été trouvée. Les conditions de vêlage, les représentations des éleveurs et le comportement social des vaches étaient par contre associés à ce critère. De plus, de fortes variations entre vaches ont été relevées, suggérant que le tempérament des animaux joue un rôle important
Improving dairy cows’ welfare is a major challenge in response to citizen concerns. The present thesis aimed to identify (i) major welfare problems, (ii) which farm characteristics are associated with the impairment of welfare and (iii) which factors are associated with the impairment of human-animal relationships. We conducted an epidemiological survey and used the Welfare Quality R protocol to assess dairy cows’ welfare. In general, prevalence of lameness was low and cows had opportunities to walk. The absence of hunger and thirst and the expression of species-specific behaviors were achieved but variable between farms. Resting comfort, skin injuries, health, social behavior, cows’ emotional state and human-animal relationships were affected and variable. Disbudding was often performed without pain relief. The main risk indicators of poor cow welfare were farm location (for thirst), breed (hunger, social behavior), housing (resting comfort and skin injuries), the interaction housing-breed (emotional state) and location-milking system (expression of species-specific behaviors). Action plans should be designed according to farm types. The quality of the human-animal relationship was not associated with farm main characteristics, but to calving conditions, farmers’ attitudes and cows’ social behavior. In addition, we observed large variations between-cows in their responses to humans, suggesting that individual behavioral traits of cows play a major role

Du fait de changements environnementaux multifactoriels (pression anthropique, climat...), la répartition des vecteurs et des maladies qu'ils transmettent se modifie. La fièvre catarrhale ovine (FCO), arbovirose des ruminants s'étant récemment propagée dans le bassin méditerranéen, constitue un modèle pertinent pour étudier les conditions d'installation d'un vecteur exotique dans un nouvel environnement. Nous proposons ici d'utiliser la télédétection et l'analyse paysagère pour caractériser l'environnement favorable à la FCO et à son principal vecteur, Culicoides imicola, à une échelle locale, en Corse. Pour cela, l'environnement en lien avec les traits de vie du vecteur a été caractérisé au voisinage d'élevages sains ou infectés (approche maladie) et de sites de piégeages où le vecteur est présent ou absent (approche vecteur), en testant trois tailles de voisinage, à partir d'un modèle numérique de terrain, du réseau hydrographique et d'une image à haute résolution spatiale issue du satellite SPOT. La classification de l'image a permis de produire une carte d'occupation du sol à partir de laquelle des indicateurs paysagers reflétant la structure spatiale et la composition de la végétation ont été extraits. Les modèles liant environnement et présence/absence de la maladie ou du vecteur ont été validés en interne et en externe. Les résultats ont confirmé que les milieux favorables au vecteur et à la maladie pouvaient être caractérisés par des facteurs environnementaux autres que climatiques et ont mis en évidence l'importance des indicateurs paysagers aux trois échelles de voisinage. Ils ont montré que les milieux favorables présentaient une diversité et une fragmentation importante. La latitude, pouvant refléter la proximité à la Sardaigne, est également identifiée comme étant une variable liée au risque de présence du vecteur et de la maladie. La plupart des modèles ont présenté une capacité de discrimination élevée rendant possible leur utilisation à des fins de prédictions en Corse et sur d'autres territoires. Ils pourraient notamment servir à cibler les actions de surveillance sur le littoral continental français. Parmi les perspectives de travail, peuvent être envisagées l'application d'une démarche similaire sur les autres espèces de Culicoides impliqués dans la transmission de la FCO, l'intégration de paramètres climatiques, la recherche de nouveaux paramètres issus de données de télédétection et la conception de modèles dynamiques de capacité vectorielle.

La leptospirose est une zoonose ré-émergente de distribution mondiale, causée par un spirochète du genre Leptospira. L'OMS rapporte environ un million de cas sévères de leptospirose humaine par an à travers le monde, avec un taux de mortalité de 10 %. Les rongeurs étant considérés comme les principaux hôtes réservoirs de cette bactérie, la transmettent aux Hommes et aux animaux, par un contact direct ou indirect via de l'urine infectée. Le rat brun (Rattus norvegicus) est important d'un point de vue épidémiologique car il est réservoir du principal sérogroupe incriminé dans les cas de leptospirose humaine : le sérogroupe Icterohaemorrhagiae. Chez ce rongeur, l'infection est asymptomatique et a été caractérisée par des modèles expérimentaux centrés sur la colonisation rénale des leptospires faisant appel à une voie d'inoculation éloignée des conditions naturelles. De plus, les détails sur la dynamique de transmission rat-rat restent encore inconnus. Il est donc important de mieux comprendre le rôle du rat dans le maintien des leptospires dans l'environnement, afin de mieux contrôler les épidémies de leptospirose humaine et animale. À partir d'un modèle expérimental avec une voie d'inoculation mimant des conditions naturelles (conjonctivale ou sous-cutanée), nous avons mis en évidence que la réponse sérologique semblerait être indépendante de la mise en place de la colonisation rénale, et que la voie conjonctivale serait plus efficace pour devenir porteur rénal que la voie sous-cutanée. De plus, une étude de l'infection naturelle sur le terrain avec les mêmes méthodes d'analyse, a permis de mettre en évidence la présence de leptospires dans les poumons de manière concomitante à un portage rénal chez le même individu. Grâce à la mise au point d'une nouvelle méthode de typage moléculaire, nous avons identifié les souches circulantes de leptospires dans une population urbaine de rats et leur dynamique de transmission. Toutes les souches portées par les rats appartenaient au sérogroupe Icterohaemorrhagiae et chaque colonie de rat ne semblait maintenir qu'une seule souche de leptospires dans sa population
The leptospirosis is a zoonosis caused by spirochetes of the genus Leptospira, which could infect human and animals. This infection represents a major problem of public health in several countries. The WHO estimates at one million of severe cases of human leptospirosis by year in the world, with a 10 % fatality rate. In the human, the leptospirosis is a mortal infection if it is not treated. The rodents, including the brown rat (Rattus norvegicus), are considered as a carrier and excrete pathogenic leptospires via urine, which becomes the main source of direct or indirect contamination of human and animal. In the rat, the asymptomatic infection was few characterized by experimental model, or only focused on the renal colonization using a no-natural inoculation route. Furthermore, the details of the transmission rat-rat remain still unknown. It is important to know the role of the rat in the persistence of leptospires in rural or urban environments, in order to better control leptospirosis epidemics. With an experimental model using conjunctival and subcutaneous routes, we showed that the antibodies production was independent of the rate of renal colonization and that the conjunctival route was more efficient to become renal carrier than the subcutaneous route. Furthermore, a study of the characteristics of natural infection using the same methods showed the presence of leptospires in lung of rat which are renal carriers. With a new method of molecular typing, we have studied the circulating of the Leptospira strains in the rat’s urban population. All the strains belonged to the Icterohaemorrhagiae serogroup and every colony of rats maintained only one strain of Leptospira. The characterization of the infection with the experimental and field studies, and the epidemiological studies are also important to model the infection in the brown rat, for the prevention of human and animal leptospirosis

On ne peut pas reproduire l'expérience d'une épidémie à l'échelle d'un pays ou d'une région. Or, en l'absence d'expérience reproductible, la notion usuelle de « validation » de modèle qui consiste à tester si le modèle A* d'un système A permet de reproduire le comportement de A, n'a aucun sens statistique.Marvin Minsky donne la définition suivante de ce qu'est un modèle: Pour un observateur B, un objet A* est un modèle d'un objet A s'il permet à B de répondre à une question qu'il se pose sur A. Nous appelons triade de Minsky, l'ensemble des trois objets A, B et A*. Nous proposons d'utiliser la Théorie de la Modélisation et de la Simulation (TMS) pour modéliser et simuler la triade de Minsky. Cela nous permet de modéliser la triade vue comme un système dynamique composée des objets A, B et A*. Nous pouvons ainsi nous interroger sur l'utilisation d'un modèle A* par un utilisateur B et sur l'impact que cette utilisation a sur la trajectoire du système A.Nous appliquons ce cadre à une triade de Minsky empruntée à notre contexte d'étude. Il s'agit d'un cas d'école où une épidémie (l'objet A) est observée et contrôlée par un système de surveillance et de contrôle (l'observateur B) et où un modèle épidémiologique (A*) est utilisé pour évaluer les mesures de contrôle
The spread of a disease at national or international scale isn't a reproducible experiment. If experiment is not reproducible, the usual concept of model validation has no statistical meaning because it would involve the comparison between model behaviour and system behaviour.We use Marvin Minsky's definition of model: « to an observer B, an object A* is a model of an object A to the extent that B can use A* to answer questions that interest him about A ». The tree objects A, B and A* are the triad of Minsky. We propose to use the Theory of Modelling and Simulation (TMS) to model and simulate the triad seen as a dynamic system composed of the objects A, B and A*. We hence can answer questions about the use of A* and the impact it has on A.We apply this framework to a triad of Minsky in epidemiological surveillance in animal health. An epidemics (object A) is observed and controlled by a surveillance system and a control system (observer B) and an epidemiological model (model A*) is used to evaluate the control measures

La structure sociale d'un groupe peut théoriquement réguler la transmission des informations et le risques de maladies via les contacts sociaux et la proximité. En théorie, les mêmes propriétés de réseau qui favorisent la transmission d'information favorisent également la transmission de pathogènes, créant de fait un potentiel compromis entre eux. Dans ma thèse, j'ai utilisé des données empiriques, des analyses de réseaux et modèle de simulation individuel afin de comprendre l'influence des structures sociales sur la transmission sociale chez les primates et dans des réseaux théoriques. Mes études ont montré que i) les macaques japonais centraux dans Je groupe transmettent les pathogènes plus rapidement mais sont également plus susceptibles d' être infectés; ii) le nombre d'individus infectés dans 40 groupes de primates est dépendant des propriétés globales du réseau et de l'étape de l'infection: iii) un pic d'efficacité de réseau à des valeurs intermédiaires de sous­ structure de groupe dans des réseaux empiriques et théoriques ; et iv) des variations dans les propriétés de réseaux sont la conséquence de décisions individuelles en fonction de compromise entre la collecte d'information et l'évitement de l'infection. Ainsi, ma thèse a démontré les mécanismes de transmission social et indiqué que les propriétés de réseau pourrait réflecter un compromise entre transmission de l'information et transmission de pathogène
Social structure can theoretically regulate information transmission and disease risk via social contact or proximity. In theory, the same network properties that favor information transmission also favor pathogen transmission creating a potential trade-off between them. In my thesis, I used empirical data, network analysis and individual-based modelling to understand the influence of social structure on social transmission in primate and theoretical networks. My studies show that i) central Japanese macaques transmit disease faster but are also more prone to acquiring infectious agents; ii) the number of infected individuals in 40 wild primate groups is dependent on global network properties and epidemic time; iii) network efficiency peaks with intermediate values of group substructure in theoretical and empirical networks; and, iv) variation in the network properties is a consequence of individual decisions given the trade-offs between collecting information and avoiding infection. Altogether, my thesis reveals the mechanisms of social transmission and indicates that network properties might reflect a trade-off between information and pathogen transmission

Tous les hôtes ne contribuent pas également à la transmission de parasites. Certains individus ou espèces peuvent par exemple être davantage infectés que d'autres, une observation qui a mené à la proposition de la règle des `20/80', selon laquelle 20 % des individus seraient responsables de 80 % de la transmission. Cependant, les études qui se sont intéressées à l'hétérogénéité de la transmission se sont principalement focalisées sur les sources d'hétérogénéité intrinsèques à l'espèce ou à l'individu, telles que la susceptibilité ou l’infectivité, tandis que les facteurs extrinsèques, comme la connectivité entre espèces au sein de la communauté d'hôtes et le rôle de différents types de mouvements des hôtes ont été relativement négligés. Dans ce contexte, cette thèse aborde le rôle des causes extrinsèques de l'hétérogénéité de transmission sur la propagation d'infections dans les systèmes multi-hôtes, en utilisant notamment les systèmes tiques-oiseaux marins-microparasites comme support empirique à des approches de modélisation théorique. Quatre principales sources d'hétérogénéité dans les systèmes à transmission vectorielles ont ainsi été considérées : (i) l'hétérogénéité de l'abondance des vecteurs, de leur distribution, et l'estimation des paramètres de la dynamique de leurs populations, (ii) l'hétérogénéité de contact entre espèces de communautés multi-hôtes et multi-vecteurs, (iii) l'hétérogénéité de la propagation d'infections en raison de différents types de comportements des hôtes (avec en particulier, l'importance de considérer les mouvements de prospection entre groupes d'hôtes chez les espèces sociales) et (iv) l'hétérogénéité dans les capacités de dispersion et de transmission d'infections entre vecteurs à traits d'histoire de vie contrastés (dispersion en fonction du stade de vie). Nous soulignons d'abord l'importance potentielle d'une estimation fiable des abondances d'ectoparasites, à l'aide d'approches hiérarchiques susceptibles de prendre en compte à la fois l'hétérogénéité de leur probabilité de détection et leur distribution agrégée. Ensuite, nous utilisons une approche permettant d'étudier l'impact des caractéristiques du réseau d'interactions au sein de la communauté d'hôtes sur la transmission et le maintien d'infections. Nos résultats indiquent que la structure de la communauté mais aussi les propriétés locales des espèces modèlent l'émergence d'espèces qui contribuent disproportionnellement à la transmission de l'infection (`superspreader') et d'espèces qui contribuent disproportionnellement au maintien de l'infection (`keystone') dans les communautés d'infections multi-hôtes, multi-vecteurs. Nous avons également exploré le rôle de la contribution de différents comportement de déplacement des hôtes et des traits d'histoire de vie des vecteurs sur la propagation d'agents infectieux. Une revue de la littérature nous a permis de souligner l'importance potentielle, relativement aux autres comportements de déplacement plus communément considérés, des mouvements de prospection entre groupes d'hôtes sur le rôle dans la transmission d'infections. Les résultats d'un travail théorique nous on également permis de montrer l'importance des caractéristiques des traits d'histoire de vie des vecteurs (notamment la durée de repas sanguins) et des contraintes démographiques (effet Allee) sur le potentiel de colonisation des tiques. Cette différence de dispersion en fonction du stade est ainsi susceptible d'avoir une incidence sur la propagation d'infections à transmission vectorielle et la structure génétique des populations de tiques. Dans l'ensemble, les travaux menés ont permis de mettre en évidence l'importance de l'étudie des déterminants des hétérogénéités de transmission et leurs conséquences dans les systèmes à transmission vectorielles, pour une meilleure compréhension de l’écologie et l’évolution des interactions entre hôtes et parasites, avec des implications potentielles pour le contrôle des maladies
Different hosts may not contribute equally to parasite transmission. For instance, some individuals or species may be more heavily infected than others, an observation that lead to the `20/80' rule, stating that in many cases 20% of individuals are responsible for 80% of the transmission. However, studies on heterogeneity in transmission have primarily focused on intrinsic factors of transmission, such as susceptibility and infectivity, while the impact of extrinsic factors, such as connectivity network among individuals or species of the host community and the role of various host movements has been relatively neglected. This thesis investigates the role of extrinsic transmission heterogeneities on the spread of infectious disease in multi-host systems, using tick-seabird-microparasite system as empirical models for theoretical investigations. Four main causes of heterogeneity in transmission of vector-borne diseases were considered : (i) heterogeneity in vector abundance, distribution, and estimation thereof (ii) heterogeneity in contact among species in a multi-host, multi-vector community, (iii) heterogeneity in infection spread caused by different host mouvement behaviors (notably the potential role of ‘prospecting’ by host individual among host groups), and (iv) heterogeneity in dispersal ability and transmission competence among vectors with different life-history traits (stage-dependent dispersal). First, we highlight the need to accurately estimate ectoparasite abundances with hierarchical modeling approaches that can take into account both heterogeneity in their detection probability and their aggregated distribution among hosts. Next, using network theory to examine the impact of community context on disease transmission and maintenance, we found that network structure (modularity, nestedness) and node-based measures (e.g., centrality) both shape the emergence of ‘super-spreader’ species (i.e., species that contribute disproportionally to disease transmission) and keystone species (i.e., species that contribute disproportionally to disease maintenance) in multi-host, multi-vector pathogens communities. Finally, we explored the contribution of host behavior and vector life-history traits to the spread of infectious agents. By reviewing the recent literature, we highlight the fact that prospecting, relative to various other types of host movement, may be of key importance to disease transmission among host groups, notably in social species. We also show how vector life history characteristics (e.g. length of bloodmeals) and demographic constraints (Allee effects) affect their colonization potential. Soft ticks, which take a single, long bloodmeal at only the larval stage, should have much lower colonization rates than hard ticks, which take a single, long bloodmeal at every life stage. These stage-dependent dispersal discrepancies may have direct consequences for the genetic structure of their populations and the spread of vector-borne infectious agents. Overall, these findings highlight the importance of studying the causes and consequences of transmission heterogeneity in multi-host, multi-vector systems. A series of potentially important sources of heterogeneity in parasite transmission are outlined, together with perspectives of empirical and theoretical studies to further explore their implications for understanding ecology and evolution of host-parasite interactions and for disease management purposes

Malgré leur importance reconnue pour la santé publique et la conservation, les études sur l’écologie et l’évolution des maladies infectieuses dans les populations sauvages souffrent de contraintes sur la disponibilité de données permettant l’identification des processus impliqués dans les systèmes considérés. Les méthodes sérologiques (i.e., détection d’anticorps dans des échantillons biologiques) permettent de retracer l’exposition à des agents infectieux spécifiques mais leur interprétation est complexe. Par exemple, la prévalence d’individus séropositifs dans une population résulte d’une combinaison de dynamiques épidémiologiques (ex. : l’incidence de la maladie) et démographiques (ex. le taux de renouvellement de la population). Dans ce contexte, l’objectif de cette thèse est de montrer comment les processus sous-jacents à la circulation d’agents infectieux en populations sauvages peuvent être inférés à partir de données sérologiques. Tout d’abord, j’illustre comment les études transversales focalisée sur une espèce sentinelle à l’interface entre populations sauvages et humaines peuvent permettre d’efficacement décrire informer sur les patterns d’exposition à une hiérarchie d’échelles spatiales. Ensuite, je compare les avantages et inconvénients de ce type d’approches transversales à ceux d’approches longitudinales basées sur les suivis d’individus marqués et je propose une solution pour intégrer ensemble ces deux types de données pour quantifier les dynamiques éco-épidémiologiques. Finalement, en utilisant une population menacée d’oiseaux longévifs régulièrement touchée par des épizooties de choléra aviaire comme cas d’étude, j’illustre les bénéfices de combiner la sérologie avec d’autres approches. Ce travail souligne la valeur des études à long-terme de l’exposition d’hôtes à des agents infectieux en milieu naturel, où les processus écologiques et évolutifs sont clés pour comprendre les dynamiques éco-épidémiologiques et peuvent avoir d’importantes implications pour la conservation de la biodiversité
Despite their increasingly recognized interest for public health and biodiversity conservation, investigations on the ecology and evolution of infectious diseases in wildlife have been hampered by the difficulty of collecting data allowing efficient inference of underlying processes. Serology (i.e., detection of antibodies in biological samples) is a useful tool to detect past exposure to specific infectious agents. Still, interpreting serological data is not straightforward. For instance, the prevalence of seropositive individuals in a population is driven by a combination of epidemiological (e.g., disease incidence) and demographic (e.g., population turnover) dynamics. In this context, the objective of this thesis is to show how processes underlying infectious agent circulation in wild populations can be inferred from serological data. First, I illustrate how cross-sectional studies focusing on a sentinel species at the wildlife-human interface can efficiently inform on patterns at a hierarchy of scales. Then, I compare the pros and cons of such cross-sectional approaches to longitudinal sampling designs involving marked individuals when attempting to quantify the dynamics of infectious agents and I propose a way to integrate those two approaches in future studies. Finally, using avian cholera epizootics in a threatened long-lived seabird on an isolated island as a case study, I illustrate the benefits of combining serology with other approaches. This work notably highlights the value of detailed long-term studies of host exposure to infectious agents in the wild, where ecological and evolutionary processes are likely critical drivers of disease dynamics and can have important implications for biodiversity conservation

A. phagocytophilum, une bactérie transmise par les tiques, est responsable de l’anaplasmose granulocytaire, une maladie émergente qui infecte une large gamme de mammifères dont l’homme. Actuellement, la description des cycles épidémiologiques de cette bactérie est incomplète. L’objectif de cette thèse est de caractériser la diversité génétique d’A. phagocytophilum chez différentes espèces d’hôtes, afin de déterminer quelles espèces participent au même cycle épidémiologique. D’abord, nous avons caractérisé la diversité génétique d’A. phagocytophilum chez les animaux domestiques malades à l’aide d’une MLSA. Nous avons identifié trois groupes de génotypes infectant les bovins, dont un groupe est partagé avec les chevaux et les chiens, et un avec les chevreuils. Ensuite, nous avons recherché quelles espèces de tiques pouvaient transmettre la bactérie, et quels pouvaient être les réservoirs parmi les mammifères sauvages. En Camargue, un génotype au fort potentiel zoonotique a été identifié chez cinq espèces de tiques du genre Rhipicephalus, Dermacentor et Hyalomma. La prévalence chez des rongeurs suggère qu’ils peuvent être réservoirs, mais la présence de génotypes infectant les bovins chez les mulots est à vérifier. Enfin, la comparaison des génotypes obtenus chez les tiques et les chevreuils par séquençage 454, a montré que la contribution des chevreuils à l’infection des tiques était faible sur le site des Vallons de Gascogne. L’absence de rongeurs infectés sur ce site suggère que d’autres mammifères réservoirs sont présents. Cette étude montre la complexité des cycles d’A. phagocytophilum et l’intérêt des outils moléculaires
A. phagocytophilum, a tick-borne bacterium, is responsible of the granulocytic anaplasmosis, an emerging disease that infects a large range of mammals including humans. Currently, the description of the epidemiological cycles of this bacterium is incomplete. The objective of this thesis was to characterize the genetic diversity of A. phagocytophilum in different host species to determine those involved in the same epidemiological cycle. First, we characterized the genetic diversity of A. phagocytophilum in sick domestic animals with a MLSA. We identified three groups of genotypes infecting cattle, including one group shared with horses and dogs, and another shared with roe deer. Then, we investigated what species of ticks can transmit the bacteria, and what wild mammals could be reservoirs. In Camargue, a genotype with high zoonotic potential was identified in five species of ticks of the genus Rhipicephalus, Dermacentor and Hyalomma. The prevalence in French rodents suggests that they may be reservoir hosts, but the presence of genotypes infecting cattle in rodents must be checked. Finally, comparing the bacterial genotypes in ticks and roe deer by 454 sequencing, showed that the contribution of the roe deer to tick infection was low in the site of “Vallons de Gascogne”. The absence of infected rodents in this location suggests that other reservoir mammals are present. This study demonstrates the complexity of the A. phagocytophilum cycle and the contribution of molecular tools

La leptospirose est une maladie négligée émergente touchant plus particulièrement les régions tropicales, et plus encore les îles tropicales telles que les Seychelles, qui enregistrent des incidences humaines parmi les plus élevées au monde. Cette thèse a pour objectifs d’explorer l’éco épidémiologie de la leptospirose aux Seychelles (i) en utilisant les rats comme marqueurs d’exposition environnementale, (ii) en décrivant l’épidémiologie moléculaire de la maladie chez l’homme et l’animal à travers une approche “One Health”, et enfin (iii) en identifiant les comportements et professions à risque tout en en comparant la situation actuelle à celle décrite il y a 25 ans. La combinaison d’approches géographique, moléculaire et clinique vise à dresser un tableau complet de la situation épidémiologique de cette maladie aux Seychelles en intégrant les réservoirs animaux, l’homme et l’environnement qu’ils occupent.La fragmentation de l’habitat et la proximité de ressources alimentaires apparaissent comme de bons prédicteurs d’infection chez les rats. Les analyses géo-spatiales permettent de mettre en évidence d’autres variables corrélées négativement (altitude ou distance à un point d’eau douce) ou positivement (niveau d’urbanisation, pluviométrie) au statut d’infection chez les rats. Ces résultats pourraient être pris en compte dans les politiques d’aménagement du territoire mises en place dans des buts de conservation des habitats ou de contrôle des rongeurs, afin de réduire l’exposition de l’homme à des pathogènes maintenus dans l’environnement par les rats. Si le niveau d’urbanisation est positivement corrélé avec le statut d’infection, ce patron pourrait au moins en partie résulter de la distribution des deux espèces Rattus norvegicus et Rattus rattus. En effet la première espèce, retrouvée essentiellement en milieu urbain, est nettement plus infectée que la deuxième que l’on retrouve partout sur l’île. Néanmoins, la comparaison des leptospires retrouvés chez les rats et chez les cas humains graves indique que les rats ne sont impliqués que dans un tiers des transmissions à l’homme, la majorité des cas humains étant causée par des leptospires dont le(s) réservoir(s) reste(nt) à identifier. Une incidence annuelle de 54,6 (95% IC 40,7-71,8) pour 100 000 habitants confirme l’importance médicale majeure de cette maladie dans le pays. La maladie touche très majoritairement les hommes (96%) et présente un taux de mortalité élevé (11,2%), essentiellement associé à des formes sévères (dysfonctions rénales et hépatiques, hémorragie pulmonaire). Les activités agricoles et le jardinage, la proximité d’élevages et de chats, une thrombocytopénie, une leucocytose, un taux de bilirubine élevé et des valeurs élevées aux tests de fonction rénale sont de bons prédicteurs de leptospirose. La distribution géographique des cas humains ne correspond pas à celle des districts hébergeant des populations de rats aux prévalences d’infection élevées, en cohérence avec un rôle restreint des rats dans la leptospirose humaine.La comparaison des données présentées ici avec celles publiées il y a 25 ans révèle un changement dans les comportements et les expositions, et montre qu’une meilleure prise en charge hospitalière a vraisemblablement contribué à faire diminuer la mortalité liée à la leptospirose, même si celle-ci reste élevée. Un faible niveau de connaissance de la maladie en population générale souligne l’importance de mettre en place des campagnes de sensibilisation. Les données produites dans le cadre de cette thèse stimulent la mise en place d’études complémentaires visant à mettre en évidence le(s) réservoir(s) complémentaire(s) et adapter les mesures de prévention pour limiter le fardeau que représente cette maladie aux Seychelles, aujourd’hui encore reconnue comme la maladie infectieuse causant le plus de décès dans le pays
Leptospirosis is an emerging neglected disease representing a heavy burden in the tropics, especially in tropical islands such as Seychelles, which record among the highest human incidence worldwide. This thesis aims at exploring the eco-epidemiology of leptospirosis in Seychelles by (i) using rats as markers of environmental exposure to Leptospira infection, (ii) describing the molecular epidemiology of the disease in humans and animals in a One Health framework, and (iii) identifying occupational and behavioural risk factors while comparing the current situation to that described 25 years ago. The combination of fine spatial distribution, molecular and clinical epidemiology complement each other in providing a comprehensive picture of the continuum involving reservoirs and human hosts within a shared environment.Habitat fragmentation and proximity to nutritional sources are found good predictors of Leptospira-laden Rattus spp. Geospatial analyses determined a selection of other important variable factors that are strongly correlated with Leptospira infection in Rattus spp., including altitude or distance to surface water (negative correlation), urbanization and heavy rainfall (positive correlation). Results of these analyses can guide policy makers and especially urban planners to best implement landscape structures for conservation or pest control goals leading to reduced exposure of humans to rat-borne diseases.Rattus norvegicus is found significantly more infected than Rattus rattus. Therefore, increased infection in urbanized/fragmented habitats may result at least in part from Rattus spp distribution, as R. norvegicus is mostly found in urban areas. Most importantly, genotyping of Leptospira in human acute cases and rats suggests that these rodents are involved in only a third of human acute infections, while most human cases originate from yet to be identified reservoir(s).An annual incidence of 54.6 (95% CI 40.7-71.8) per 100,000 confirms the major medical and public health importance of the disease in the country. The disease affects mainly men (96%) and displays a case fatality rate of 11.2%, mostly associated with severe forms (acute renal failure, hepatic failure and pulmonary haemorrhage). Farming and gardening related activities, proximity to cattle and cats, thrombocytopaenia, leukocytosis, elevated bilirubin and high values for renal function tests are predictors of leptospirosis. The geographical distribution of human cases poorly overlaps districts of high prevalence in rats in keeping with a restricted role of rats in human disease.The comparison of figures reported herein and in previous studies published 25 years ago reveals changes in behaviour and exposure, and shows that the development of health care has lowered the case fatality despite still high disease incidence in the country. A low level of knowledge on leptospirosis is reported, urging the need for implementing health education campaigns. Altogether, the data presented in this thesis strongly supports the implementation of a research program aiming at discovering alternative reservoir(s) to provide a full understanding of the epidemiological situation, which will allow fine tuning preventive measures for an efficient control of a disease that is still recognised as the infectious disease causing the highest mortality in the country

Cette thèse a pour objectif l'étude épidémiologique de zoonoses chez le sanglier en Corse afin d'éclairer l'analyse et la gestion du risque zoonotique. La première partie décrit la démarche d'analyse du risque et les données nécessaires à son estimation, met en évidence que le sanglier, porteur potentiel de nombreux agents pathogènes, est un modèle biologique intéressant pour le suivi de maladies transmissibles à l'Homme par ingestion ou manipulation de carcasses, et décrit le contexte d'étude, la Corse, notamment sur le plan cynégétique et de l'élevage. La seconde partie présente le dispositif mis en place pour la collecte des données, un réseau d'épidémiosurveillance active à l'échelle de la région insulaire, puis l'étude épidémiologique de trois agents zoonotiques (respectivement maladies) : Trichinella britovi (trichinellose), Toxoplasma gondii (toxoplasmose) et Mycobacterium bovis (tuberculose bovine). A l'issue de nos travaux, le risque de trichinellose, avéré en 2004, demeure difficile à évaluer mais plausible, nécessitant le maintien des consignes de prévention (cuisson de la viande, test des carcasses commercialisées). Le risque de toxoplasmose est fort sur l'ensemble de l'île et davantage encore dans les zones à forte densité d'exploitations agricoles. Le risque de tuberculose apparaît majeur à considérer, le bacille étant présent à la fois chez les sangliers et chez des porcs ou bovins de quatre régions corses. Nos travaux concluent en l'importance d'une meilleure gestion des carcasses et viscères d'animaux sanvages et domestiques, et la nécessité d'une coordination pérenne du dispositif mis en place pour le suivi des zoonoses en Corse

Cette thèse a pour objectif l'étude épidémiologique de zoonoses chez le sanglier en Corse afin d'éclairer l'analyse et la gestion du risque zoonotique. La première partie décrit la démarche d'analyse du risque et les données nécessaires à son estimation, met en évidence que le sanglier, porteur potentiel de nombreux agents pathogènes, est un modèle biologique intéressant pour le suivi de maladies transmissibles à l'Homme par ingestion ou manipulation de carcasses, et décrit le contexte d'étude, la Corse, notamment sur le plan cynégétique et de l'élevage. La seconde partie présente le dispositif mis en place pour la collecte des données, un réseau d'épidémiosurveillance active à l'échelle de la région insulaire, puis l'étude épidémiologique de trois agents zoonotiques (respectivement maladies) : Trichinella britovi (trichinellose), Toxoplasma gondii (toxoplasmose) et Mycobacterium bovis (tuberculose bovine). A l'issue de nos travaux, le risque de trichinellose, avéré en 2004, demeure difficile à évaluer mais plausible, nécessitant le maintien des consignes de prévention (cuisson de la viande, test des carcasses commercialisées). Le risque de toxoplasmose est fort sur l'ensemble de l'île et davantage encore dans les zones à forte densité d'exploitations agricoles. Le risque de tuberculose apparaît majeur à considérer, le bacille étant présent à la fois chez les sangliers et chez des porcs ou bovins de quatre régions corses. Nos travaux concluent en l'importance d'une meilleure gestion des carcasses et viscères d'animaux sanvages et domestiques, et la nécessité d'une coordination pérenne du dispositif mis en place pour le suivi des zoonoses en Corse.