Academic literature on the topic 'Maladie endémique'

Une enquête épidémiologique sur la babésiose bovine a été effectuée dans le sud-ouest de l'Angola. La technique de l'hématocrite utilisée comme méthode de concentration détecte nettement plus de cas que le frottis de sang classique. Seul B. bigemina est l'agent étiologique identifié et B. decoloratus l'unique tique du genre Boophilus présente dans toutes les localités où l'enquête a été menée. La sérologie par l'immunofluorescence indirecte est une meilleure approche pour évaluer les situations endémiques. Les taux d'inoculation enregistrés montrent que la majorité des troupeaux et fermes échantillonnés sont dans une situation de stabilité endémique. La maladie ne pose aucun problème dans le secteur traditionnel. Elle est responsable de morbidité et de mortalité dans les entreprises agraires où la lutte contre les vecteurs est inadéquatement appliquée.

La trypanosomose est une maladie qui affecte à la fois l’homme et les animaux. Elle est provoquée par Trypanosoma sp. et cycliquement transmise par un vecteur, la glossine. Bien que cette maladie soit essentiellement endémique dans l’aire de distribution de son vecteur, les zones endémiques qui présentent une transmission active des deux types de la maladie ont rarement été décrites. Dans la présente étude, des enquêtes épidémiologique et entomologique ont été menées, puis les échantillons obtenus ont été analysés par la technique d’amplification en chaîne par polymérase (PCR). Au total, 13 410 personnes ont été examinées et 132 cas diagnostiqués. L’examen de 144 bovins par PCR a révélé l’infection de 33 d’entre eux, soit par Trypanosoma brucei (39 p. 100 des infections), soit par T. vivax (55 p. 100 des infections), soit par une coïnfection (deux animaux). Trois familles d’insectes (Glossinidae, Stomoxyinae et Tabanidae) ont été capturées à des densités variables. Glossina fuscipes fuscipes a été capturée uniquement dans la partie sud du foyer et la plus forte densité apparente (DAP = 0,56 glossine/piège/jour) a été observée dans la forêt galerie bordant les villages où a été diagnostiqué le plus grand nombre de malades. Les Tabanidae ont été présentes dans toutes les zones prospectées mais la plus forte densité (DAP = 15,55 tabanidés/piège/jour) a été observée dans la partie nord du foyer. Les stomoxes ont été absents de la zone prospectée la plus éloignée de la rivière. L’identification des trypanosomes chez l’homme et le bétail, et la présence du vecteur cyclique et des vecteurs mécaniques potentiels ont confirmé l’endémie de trypanosomose animale et humaine dans ce foyer. Seule une stratégie globale d’élimination permettrait de la contrôler durablement.

La peste équipe africaine (PEA), endémique dans les pays subsahariens, est considérée dans certaines parties du monde comme l’une des maladies des équidés les plus mortelles. Plusieurs foyers sporadiques de PEA ont été signalés dans le passé au Nigeria. Des anticorps dirigés contre le virus de la PEA ont été recherchés par un test Elisa d’inhibition dans les sérums de 284 chevaux collectés dans sept écuries de la métropole de Kaduna au Nigeria. Un grand pourcentage de sérums (86,6 p. 100) était positif, témoignant d’une exposition permanente des chevaux nigérians au virus de la PEA. La vaccination annuelle des chevaux et la lutte contre les vecteurs du virus sont recommandées pour limiter l’incidence de la maladie dans la région.

Un dépistage des anticorps contre le virus de l'arthrite-encéphalite des caprins a été effectué au nord-ouest de la Syrie en utilisant le test d'immunodiffusion en gélose. Sur 72 sérums testés, 12,5 % montraient une réaction positive. Aucune évidence clinique de la maladie n'a été trouvée chez les animaux testés. Ces résultats indiquent que l'infection est endémique dans la région étudiée.

Afin d'évaluer l'impact économique de la cowdriose (infection par Cowdria ruminantium ) et de créer un modèle pour l'impact des vaccins améliorés contre cette maladie, une étude sur le terrain a été conduite pour fournir des données sur les indicateurs de productivité du bétail au Zimbabwe. Des études transversales ont été réalisées dans les deux principales régions agro-écologiques, lowveld et highveld, où la cowdriose est supposée être endémique stable et épidémique, respectivement. Ces études ont été conçues pour fournir des données sur la productivité et la rentabilité du bétail ( des principaux indicateurs de production dans le secteur traditionnel et commercial (pour des entreprises productrices de viande bovine, de lait, d'ovins, de caprins). Les résultats prouvent que la rentabilité des fermes commerciales de viande bovine, comme l'indiquent les marges brutes globalement positives, était identique (p > 0.05), indépendamment de la présence et de la localisation de la cowdriose. Seules les fermes laitières commerciales qui ont enregistré des cas de cowdriose ont montré une marge brute négative, bien que ce ne soit pas sensiblement différent des exploitations laitières qui n'ont pas enregistré de cowdriose ou des fermes de viande bovine. Le secteur traditionnel dans les highveld et lowveld a affiché des marges brutes positives, bien que la marge ait été significativement (p < 0.001) plus élevée dans le highveld que dans le lowveld. Cette étude indique que les pertes associées à la cowdriose sont minimales lorsque la maladie est endémique stable ou épidémique avec un contrôle efficace des tiques. De plus, la rentabilité de la production animale, dans les secteurs commercial et traditionnel, pourrait être améliorée si des méthodes plus rentables pour le contrôle des tiques et des maladies transmises par les tiques (qui représentent un des principaux coûts de production) étaient disponibles.

Durant la saison sèche de 1990-1991 (novembre à mai), une épizootie de fièvre aphteuse a ravagé le nord du Bénin. Provenant des pays voisins, la maladie s'est répandue très rapidement dans la région, essentiellement par l'intermédiaire des troupeaux transhumants. Aucune mesure n'existe jusqu'à ce jour au Bénin pour limiter cette infection endémique qui connaît régulièrement des flambées de recrudescence. Des prélèvements sérologiques ont révélé que les types viraux A, O et SAT 2 ont sévi durant cette épizootie.

Résumé Le XIX' siècle nord-américain a connu plusieurs maladies à caractère épidémique au nombre desquelles il faut compter la variole. Cette dernière maladie, à cause de son taux élevé de létalilé et la célérité avec laquelle elle se propage, soulève la crainte parmi les populations. Les villes industrielles de la Nouvelle-Angleterre devront de toute nécessité organiser la lutte contre ces fléaux. Nous étudions spécialement le cas d'une ville du Massachusetts: Lowell entre 1865 et 1890. Cette dernière ville a dû faire face à la menace permanente d'apparition de la variole en raison du fait qu'elle était le point de destination de nombreux immigrants canadiens en provenance de régions où sévissait la variole à Vétat endémique. À Montréal en 1885, la variole prend soudainement les proportions d'une épidémie. Comme cette ville est reliée au nord-est américain par le réseau ferroviaire, le New Hampshire, l'état le plus immédiatement menacé, organisera conjointement avec le U.S. Marine Hospital Service, la protection des états de la Nouvelle-Angleterre.

Une enquête sur la tuberculose chez le bétail a été réalisée dans quatre abattoirs situés à Maiduguri, Damboa, Damaturu et Gashua au nord-est du Nigeria, de 1994 à 1998. Sur un total de 1 698 000 bovins abattus examinés post mortem, 2,8 (intervalle de confiance de 95 p. 100 : 2,76–2,84) avaient des lésions tuberculeuses pulmonaires. La prévalence a varié de 1,9 p. 100 à l’abattoir de Damaturu à 20 p. 100 à celui de Damboa. Les prévalences annuelles durant la période de l’étude ont varié de 2,3 à 4,7 p. 100. Les prévalences mensuelles ont révélé de prévalences sporadiques élevées au-delà du seul endémique. En conclusion, il a été trouvé que la tuberculose bovine était encore endémique dans cette région et des indications ont montré qu’elle avait atteint des proportions épidémiques dans la zone de Damboa. Il est donc nécessaire que le gouvernement fédéral prenne et mette en oeuvre des mesures de lutte afin de limiter la propagation de la maladie dans les cheptels bovins et sa transmission à l’homme.

La maladie du chancre scléroderrien des pins est causée par le Gremmeniella abietina. Cette étude porte sur la race européenne de cet ascomycète qui, une fois introduite en Amérique du Nord, s'est révélée plus destructrice que la race indigène nord-américaine, car elle peut tuer de grands arbres. Comme il n'existait pas de moyen de lutte efficace contre cette maladie en plantation, un traitement par élagage systématique a été mis à l'essai dans une plantation de pins rouges (Pinus resinosa) située à Kazabazua (Québec). Les quatre verticilles inférieurs des pins de 12 ans ont été élagués en 1982. Le taux d'incidence de la maladie, initialement de 67 %, est alors descendu à 22 % un an plus tard. En 1984 et 1985, deux autres interventions complémentaires d'émondage et de coupe des arbres morts ou moribonds ont réduit la maladie à l'état endémique. Les observations se sont poursuivies de 1987 à 1995, dans l'éventualité d'une recrudescence de la maladie. La fermeture du couvert en 1995 semble avoir eu raison des dernières infections en provoquant l'élagage naturel de plusieurs verticilles. Dans la plantation témoin, l'incidence de la maladie a varié de 86 à 100% des tiges durant la période d'observation; en 1995, le taux de mortalité atteignait 47 % des pins rouges. Afin d'éviter plusieurs interventions successives, il est recommandé d'élaguer la moitié inférieure des verticilles de la cime des arbres, et même les deux tiers, si nécessaire, dans les plantations infectées de moins de 20 ans.

Dans cette recherche anthropologique sur les usages de l'eau au Cameroun, effectuée dans une approche résolument interdisciplinaire située au croissemnt des champs de l'environnement et de la santé, nous avons tenté de comprendre comment les populations Bamiléké, stigmatisées pour ces comportements non hygiéniques utilisent l'eau et les constructions symboliques qui concernent cette ressource tout en les exposant à des risques sanitaires. Pour cela, nous nous sommes simultanément intéressés à la fois au milieu rural (département du Ndé à Bangangté) et milieu urbain avec la ville de Yaoundé. En choisissant l'eau comme un lieu de lecture des comportements des populations dans un sens plus large que son seul usage. Notre travail de classification met bien en lumière la difficulté et la complexité des catégorisations et confirme que la maladie reste un bon moyen pour comprendre les structures sociales. L'eau majoritairement consommée est polluée par une multiplicité de déterminants qui accentuent le développemnt des maladies hybriques et face auxquelles les populations ont des croyances étiologiques qui ne coïncident pas avec les explications biomédicales. Ce processus est d'ailleurs le même pour le choix des itinéraires thérapeutiques. Loin d'être un univers incontrôflé, l'eau et les maladies sont perçues comme un champ "sur-humain" dont la logique obéit à d'autres règles que celles qui gouvernent les représentations hygiéniques de l'eau et biomédicales des maladies.

Associe au goitre endemique, le cretinisme est induit par la carence en iode et se traduit par des lesions cerebrales, un retard du developpement statural et une atteinte de la motricite. Sa mesure dans le village malien de sirao donne une prevalence de 1,18%, l'efficience intellectuelle et motrice etant liee a la gravite de l'hypothyroidie.

L'importance de l'endemie goitreuse dans la region de la kara au nord est du togo a conduit l'auteur a etudier la fonction thyrroidienne et a rechercher les facteurs etiologiques. L'endemie ne semble pas liee aux facteurs genetiques et immunologiques. Une carence iodee severe est observee chez les sujets goitreux et non goitreux. La fonction thyrroidienne est normale et le cretinisme est absent. Le fluor a ete trouve a un taux eleve dans 2 echantillons hydriques d'un des trois villages etudies. Une prevention par apport iode adapte aux conditions socioeconomiques du pays est a souhaiter

La leptospirose est une zoonose d’importance médicale majeure dans les îles du Sud-Ouest de l’Océan Indien (SOOI) dont certaines enregistrent des incidences parmi les plus élevées au monde. Durant la dernière décennie, les données épidémiologiques moléculaires obtenues avec une approche « One Health » ont mis en évidence une grande diversité de lignées de leptospires ainsi que différentes chaines de transmission sur les différentes îles de la région. Les données moléculaires montrent la présence de leptospires pathogènes et de réservoirs animaux introduits ou endémiques de cette région. La distribution de ces différentes lignées de leptospires est associée à (i) un contraste épidémiologique incluant des différences dans la sévérité des cas humains et (ii) des niveaux de spécificité d’hôtes différents selon les leptospires considérés. Plus particulièrement, les leptospires endémiques du SOOI semblent être moins pathogènes chez les humains et montrent une plus forte affinité pour leur réservoir que les leptospires cosmopolites. Pour compléter nos connaissances sur l’histoire évolutive des leptospires du SOOI, nous avons produit des données provenant de chauves-souris de l’Afrique de l’Est. Ces données confirment la spécificité de certaines lignées de leptospires envers leurs hôtes chiroptères et suggèrent que les chauves-souris d’Afrique ont colonisé Madagascar tout en étant infectées par leurs leptospires. Afin de mieux comprendre le rôle des différents leptospires dans l’épidémiologie régionale de la leptospirose, nous avons mesuré la pathogénicité de trois souches de leptospires retrouvées dans cette région à l’aide d’un modèle hamster. Des souches de Leptospira mayottensis et Leptospira borgpetersenii ont été isolés respectivement de Tenrec ecaudatus (tenrec) et Triaenops menamena (chauve-souris), deux mammifères endémiques du SOOI. Une souche de Leptospira interrogans, dont le génotype est retrouvé dans la majorité des cas humains graves à la Réunion, a été isolée de Rattus rattus (rat). En cohérence avec les données épidémiologiques humaines de Mayotte et de La Réunion, les leptospires endémiques se sont révélées être significativement moins pathogènes que la souche L. interrogans. La spécificité d’hôte des deux souches isolées de mammifères endémiques a été mise à l’épreuve par des infections expérimentales de Rattus norvegicus, connu comme un réservoir important de leptospires. Les rats ont été infectés avec les trois isolats précédemment utilisés. Les rats infectés par les souches endémiques n’ont pas développé d’infection rénale chronique contrairement à la souche cosmopolite. Ces résultats montrent que la spécificité d’hôte des leptospires endémiques observée in natura est probablement due à des facteurs génétiques plutôt qu’à des facteurs écologiques, comme un manque de contacts physiques entre les réservoirs animaux endémiques et introduits. Enfin, le séquençage complet de souches de leptospires du SOOI a été réalisé afin d’identifier des caractéristiques génétiques pouvant être associées à la pathogénicité et la spécificité d’hôte des leptospires pathogènes. Une classification précise de souches de leptospires du SOOI a pu être réalisée sur la base des génomes complets. La comparaison de ces génomes a permis d’identifier des gènes spécifiques à un groupe ou une espèce de leptospires. Cependant des modifications génomiques complexes rendent difficiles l’identification de caractéristiques génomiques responsables d’un phénotype particulier tel que la virulence ou la spécificité d’hôte
Leptospirosis is a zoonosis of main medical concern on several islands of southwestern Indian Ocean (SWIO), some of which recording among the highest human incidence worldwide. Over the last decade, molecular epidemiology investigations carried out under a One Health framework have revealed a wide variety of Leptospira lineages and distinct transmission chains throughout the islands of the region. These islands are home to pathogenic Leptospira lineages and animal reservoirs that are either introduced or endemic to the SWIO region. Interestingly, the regional distribution of Leptospira diversity is associated with (i) a contrasted severity of human cases and (ii) distinct levels of specificity of Leptospira towards their mammalian hosts. Specifically, endemic Leptospira appear less pathogenic in humans and display higher specificity towards their animal reservoirs than their cosmopolitan counterparts. To complete the dataset of Leptospira diversity in the SWIO region, we produced data from bats of eastern Africa. Results support the previously observed pattern of host specificity of Leptospira towards their bats hosts and, overlaid upon the biogeographic history of Malagasy bats, suggest that these volant mammals have colonized Madagascar from continental Africa while hosting pathogenic Leptospira. To better understand the role of distinct Leptospira lineages in the contrasted epidemiology observed in the SWIO, we investigated the pathogenicity of three Leptospira isolates from this region using a hamster model. Leptospira mayottensis and Leptospira borgpetersenii isolates were obtained from Tenrec ecaudatus (tenrec) on Mayotte and Triaenops menamena (bat) in Madagascar, respectively, both mammals endemic to the SWIO region. A Leptospira interrogans strain, which genotype has been reported in the majority of human acute cases on La Réunion, was isolated from the introduced Rattus rattus (rat). In keeping with a distinct severity of the disease on Mayotte and La Réunion, endemic bat-borne and tenrec-borne Leptospira were significantly less pathogenic than the control cosmopolitan rat-borne isolate. The host specificity of the isolates obtained from endemic hosts was addressed using experimental infection of Rattus norvegicus, a known reservoir of pathogenic Leptospira. This animal model was challenged with all three isolates and mostly failed in supporting chronic infection with bat-borne and tenrec-borne Leptospira. Hence, the strong host-specificity of endemic Leptospira toward their hosts observed in the wild likely results from genetic determinants shaped by long-term co-evolutionary processes rather than from ecological constraints such as a lack of physical contact between introduced and endemic animal reservoirs. Finally, we undertook full genome sequencing of regional strains in order to highlight genomic features that may be associated with virulence and host specificity. Whole genome sequencing allowed the accurate classification of Leptospira isolates obtained on SWIO islands. Comparative genomics allowed to identify genes specific to a group or species of Leptospira but complex changes in Leptospira genome make difficult the identification of genomic elements responsible for specific traits such as virulence and host specificity

Les infections aiguës des voies respiratoire inférieures (ALRI) sont un problème persistant et dominant de santé publique. De nombreux virus peuvent causer une ALRI, y compris le virus respiratoire syncitial, le virus de la grippe, le virus parainfluenza, le rhinovirus, l'enterovirus, l'adénovirus et le coronavirus. Depuis l'épidémie de SRAS en 2004 et les épidémies récentes de grippe aviaire H5N1 hautement pathogène, la transmission des virus zoonotiques à l'homme pose un problème majeur de santé publique, car les contacts rapprochés entre l'animal et l'homme ou entre les hommes faciliteraient le réassortiment et la recombinaison entre les virus pour générer des nouveaux virus qui pourraient passer la barrière d'espèce. L'introduction de ces nouveaux virus dans la population immunologiquement naïve pourrait être à l'origine d'épidémies ou de pandémies. . Par ailleurs, de nouveaux virus comme le métapneumovirus humain, les coronavirus humains NL63 et HKU1, et le bocavirus humain, ont été identifiés grâce au développement des nouvelles techniques moléculaires. Toutes ces approches ont changé le profil étiologique des ALRI. Pour mieux identifier les causes d'épidémies, il est nécessaire de surveiller la distribution et l'évolution génétique des virus respiratoires. L'objectif de ce travail a été dicté en priorité par la nécessité de développer des méthodes rapides, spécifiques et sensibles de diagnostic pouvant détecter non seulement des pathogènes viraux importants mais également de nombreuses co-infections virales. Les objectifs de ce travail étaient de développer différentes techniques moléculaires multiplexées et de mettre en place une plateforme de diagnostic des virus respiratoires. La stratégie a été de développer de nouvelles techniques en rapport avec les types de virus à détecter: (1) virus prioritaires comme la grippe aviaire H5N1 ou le virus pandémique SOI-H1N1v, détectés par RT-PCR en temps réel et multiplexée; (2) virus à haute prévalence de circulation dans la population possédant une diversité génétique élevée, détectés par RT-PCR multiplexée ; virus rares et émergents, détectés et étudiés par micropuce ADN et séquençage à haut-débit
Acute respiratory infections (ARIs) are one persistent and Worldwide problem to public health and the leading cause of morbidity and mortality in developing countries. In China, nearly 21 million cases occur every year [1]. Numerous viruses can cause ALRI, including respiratory syncitial virus, influenza virus, parainfluenza virus, rhinovirus, adenovirus and coronavirus [2-12]. Since the outbreak of SARS in 2004 and the recent epidemics of highly pathogenic avian influenza H5N1 virus in China [13-15] as well as in other countries of Southeast Asia, the transmission of zoonotic viruses from animals to human has become a big concern to public health because the increasing close contacts of animal-human and human-human would largely facilitate the reassortment and recombination of viruses to generate new viruses which could cross the species barrier. The introduction of new viruses to immune naïve population would cause epidemics or pandemics. Meanwhile, new viruses like human metapneumovirus, human coronaviruses NL63 and HKU1, and human bocavirus, were identified as the result of development of new molecular techniques. All these approaches have largely changed the etiological profile in ARI. To better react in case of epidemics, it is necessary to monitor the distribution and the genetic evolution of respiratory viruses. Sustained global surveillance project was required to improve the capacity in many developing countries to detect endemic, epidemic and newly emerging respiratory pathogens [16]. To set up such project, reliable and standardized diagnostic methods were requested. With sequencing and phylogenetic analysis, the project could identify a wide variety of agents, to differentiate highly pathogenic viruses from less virulent seasonal respiratory viruses and to identify new emerging viruses. Meanwhile, the epidemiological and etiological profile of ARI should be thoroughly studied to describe the background and set up a baseline for epidemic alert. In 2006, the project "Surveillance and Investigation of Endemic Situations in South-East Asia (SISEA)" was implemented (http://www. Hku. Hk/respari/research_07. Htm), which supported my PhD work. Shanghai, as the biggest metropolis of China, is an important center for population migration and with distinct four seasons including very cold winter

CE TRAVAIL ABORDE L'EPIDEMIOLOGIE DESCRIPTIVE ET MOLECULAIRE DE L'INFECTION PAR L'HTLV-1 ET L'HHV-8 AU VANUATU EN MELANESIE. A PARTIR DE 4 500 INDIVIDUS NOUS AVONS IDENTIFIE 4l NOUVELLES SOUCHES HTLV-1 APPARTENANT AU SOUS-TYPE C MELANESIEN, DEMONTRE POUR LA PREMIERE FOIS LA PRESENCE DE L'HTLV-1 AU VANUATU ET CONFIRME L'ENDEMIE EN MELANESIE, PUISQUE LE VIRUS ETAIT PRESENT EN PAPOUASIE NOUVELLE-GUINEE (PNG), DANS LES ÎLES SALOMON ET EN AUSTRALIE. LA SEROPREVALENCE GLOBALE HTLV-l (0,62%) AUGMENTE AVEC L'AGE ET LA TRANSMISSION DU VIRUS PERSISTE AU SEIN DE FOYERS FAMILIAUX DANS AU MOINS 3 ILES DE L'ARCHIPEL. L'ANALYSE PHYLOGENETIQUE D'UNE PORTION DU GENE D'ENVELOPPE REVELE QUE LES SOUCHES DU VANUATU SONT PLUS PROCHES DES SOUCHES DES SALOMON QUE DE PNG ou D'AUSTRALIE ET UNE ANALYSE D'HORLOGE MOLECULAIRE SUGGERE QUE LES SOUCHES DU VANUATU ET DES SALOMON ONT EMERGE A PARTIR D'UN ANCETRE COMMUN IL Y A 10 000 ANS. APRES LA DECOUVERTE D'UN VARIANT MOLECULAIRE DU SOUS-TYPE D « ASIE-PACIFIQUE » CHEZ UN POLYNESIEN ORIGINAIRE DE L'ILE DE WALLIS, NOUS AVONS MIS EN EVIDENCE L'ENDEMIE DE L'HHV-8 (45% DANS LA POPULATION AGEE DU VANUATU (>65 ANS) ET LA CIRCULATION DU VIRUS AU SEIN DE 13 FAMILLES. LA VARIABILITE DU GENE Kl, MONTRE QUE LES 30 SEQUENCES SE REPARTISSENT AU SEIN DU SOUS-TYPE D SELON 3 CLADES DISTINCTS ET TEMOIGNENT D'UNE ORIGINE A LA FOIS « POLYNESIENNE », « TAÏWANAISE » OU « AUSTRALIENNE » DES SOUCHES. CETTE REPARTITION REFLETE L'ORIGINE MULTIPLE DES ANCETRES DES HABITANTS DU VANUATU ET DOIT ETRE CONFRONTEE A DES DONNEES CONCERNANT LE FOND GENETIQUE (ADN MITOCHONDRIAL ET CHROMOSOME Y) DES POPULATIONS INFECTEES, AFIN DE MIEUX COMPRENDRE L'ORIGINE DU PEUPLEMENT DE CETTE REGION
In this study we demonstrate, for the first time, by molecular analysis the presence 0f htlv-1 genome in 41 htlv-1 seropositive vanuatu inhabitants. The sequence analysis clearly showed that these strains belong to the divergent molecular subtype c. These htlv-1 variants should be representative of the strains present in whole vanuatu population. Molecular clock analysis showed that these strains were probably introduced during ancient migration of the original settlers, 10 000 years ago. We also show human herpesvirus 8 with diverse molecular subtype d variants to be highly endemic among the vanuatu populations. Most kl genes were nearly identical to polynesian strains, although a few clustered with australian or taiwanese strains. Taken together, these results suggest diverse origins of the vanuatu populations and raise questions about the ancient human population movments in melanesia. Further molecular studies about mitochondrial dna of the infected populations are now ongoing and well help us to reconstruct the patterns of human dispersal into oceania

Nous proposons une révision, générique et spécifique, des genres de Clariidae Africains Dinotopterus BOULENGER, 1906, endémique du lac Tanganyika, et Bathyclarias JACKSON, 1959, endémique du lac Malawi, déclarés synonymes (Greenwood, 1961). A partir de critères morphométriques, méristiques, ostéologiques et morphologiques, relevés sur 462 spécimens des collections des NHM (GB), MRAC (Belgique), SAIAB (Afrique du Sud) et CU (USA), nos résultats présents confirment un premier travail, de rang générique (Anseaume & Teugels, 1999), conduisant à rejeter la synonymie entre les deux genres et à déclarer le second valide. Nos ACP et observations morpho-anatomiques nous amènent à reconnaître une espèce valide dans le genre Dinotopterus, douze espèces valides et deux nouvelles espèces, dans le genre Bathyclarias. Six cas d’hybridations sont envisagés. La découverte d’une pièce préanale semi-osssifiée, chez les Clariidae et les Heteropneustidae, se répercute sur la phylogénie des Siluriformes
We put forward a generic and specific révision of the African Clariid genera Dinotopterus BOULENGER, 1906, endemic to Lake Tanganyika, and Bathyclarias JACKSON, 1959, endemic to Lake Malawi, declared synonymous (Greenwood, 1961). Our current results based on morphometric, meristic, osteologic and morphologic criterions, collected on 462 specimens from the NHM’s (UK), MRAC’s (Belgium), SAIAB’s (South-Africa) and CU’s (USA) collections, confirm our first work of generic level (Anseaume & Teugels, 1999), leading us to reject the synonymy between both genera and to declare the second as valide. PCA and morpho-anatomic observations lead us to recognize one valide species in the genus Dinotopterus, twelve valide and two new species in the genus Bathyclarias. Six hybridation cases are viewed. The underscore of a semi-ossified preanal piece, featured by the Clariidae and the Heteropneustidae, affect the phylogeny of the Siluriformes

Le portage et les infections à entérobactéries productrices de bêta-lactamase à spectre étendu (E-BLSE) touchent de plus en plus fréquemment les sujets communautaires. La prévalence de portage dans la communauté a été estimée à 30 et 70% respectivement en Afrique et en Asie alors qu’elle n’est que de 10% en Europe. Le fait de vivre ou de séjourner dans des zones de forte endémie constitue donc un facteur de risque élevé d’acquisition d’E-BLSE. La prévalence du portage d’entérobactéries résistantes dans les zones intertropicales et les facteurs de risque d’acquisition par un sujet individuel lors de l’exposition à de tels environnements ont été largement étudiés mais la question des transmissions secondaires à partir de ces cas index n’a pas été appréhendée alors qu’elle est essentielle, notamment pour comprendre son impact dans la diffusion des E-BLSE dans la communauté. Nous avons étudié l’acquisition et la transmission des E-BLSE au sein de deux cohortes de sujets vivant en zones de forte endémie et en promiscuité avec d’autres individus au moment de l’acquisition. Nous avons utilisé dans ce but des techniques de PCR et de séquençage de génome complet (WGS) associé à une fine analyse des single nucleotide polymorphisms (SNPs). La première cohorte était constituée de militaires en mission dans 3 régions différentes, l’Afghanistan, la Guyane et la Côte d’Ivoire. Les taux d'acquisition d'E-BLSE pendant la mission étaient variables selon les destinations : 88% en Afghanistan, 49% en Côte d’Ivoire et 5% en Guyane. La transmission d’E. coli BLSE entre les militaires, étudiée au sein de la compagnie afghane, n’a permis de mettre en évidence aucune transmission de souches dans cette compagnie. Les bonnes conditions d’hygiène dans le campement et le peu de contact avec la population locale suggéreraient que le fort taux d’acquisition observé pourrait être dû à une acquisition individuelle, à partir de repas achetés régulièrement auprès des nombreux vendeurs ambulants installés autour du campement. La deuxième cohorte était issue d’une étude contre placebo réalisée chez des enfants dénutris non hospitalisés vivant au Niger. Ce travail avait pour objectif de mesurer l’impact de l’amoxicilline administrée de façon systématique dans les protocoles de renutrition des enfants présentant une malnutrition sévère, sur la colonisation par des E-BLSE et sur la transmission des souches au sein desfratries. Nous avons observé que l’administration d’amoxicilline augmentait le risque d’acquisition d’E-BLSE chez l’enfant traité dans la semaine qui suivait sa prise en charge (54% vs 32%, p<0,001) ainsi que le risque de transmission d’une E-BLSE dans la fratrie (11.5% vs 3.8%, p=0.04). Au total, dans ces deux études nous avons pu montrer que la caractérisation complète des souches par WGS et l’analyse des SNPs apportait des informations incontournables pour comprendre la dynamique de partage des souches d’E-BLSE entre les sujets. Ces études apportent des éléments de réponses sur la transmission des E-BLSE dans la communauté et les facteurs de risques associés, mais d’autres facteurs de risques et d’autres situations restent encore à explorer avec ces nouveaux outils
Colonization and infection by extended spectrum bet a-lactamase producing enterobacteriaceae (ESBL-E) increasingly affect subjects in community. The prevalence of carriage in the community has been estimated at 30 and 70% respectively in Africa and Asia, while it is only 10% in Europe. Living or visiting areas with high endemicity is therefore a high risk factor for ESBL-E acquisition. ESBL-E prevalence carriage in intertropical areas and the risk factors for acquisition by an individual subject when exposed to such environments have been widely studied, but the issue of secondary transmissions from these index cases has not been addressed, although it is essential, in particular to understand its impact on the spread of ESBL-E in the community. We studied the acquisition and transmission of ESBL-E in two cohorts of subjects living in highly endemic areas in promiscuity, with other individuals at the time of acquisition. For this purpose, we used PCR and whole genome sequencing (WGS) techniques, combined with a fine analysis of single nucleotide polymorphisms (SNPs). The first cohort was composed of soldiers on mission in 3 different regions, Afghanistan, Guyana andCôte d'Ivoire. The ESBL-E acquisition rates during the mission varied depending on the destination: 88% in Afghanistan, 49% in Côte d'Ivoire and 5% in Guyana. The transmission of ESBL E. coli between soldiers, studied within the Afghan company, did not evidence any transmission of strains in this company. The good hygienic conditions in the camp and the limited contact with the local population would suggest that the high acquisition rate observed could be due to individual acquisition, based on meals purchased regularly from the many street vendors installed around thecamp. The second cohort was based on a placebo-controlled study on malnourished, outpatient children living in Niger. The objective of this work was to evaluate the impact of amoxicillin administered systematically in renutrition protocols for severely malnourished children, on ESBL-E colonization and on strain transmission in siblings. We observed that the administration of amoxicillin increased the risk of ESBL-E acquisition in the treated child within one week of treatment(54% vs. 32%, p<0.001) and the risk of ESBL transmission in the siblings (11.5% vs. 3.8%, p=0.04). In total, in these two studies, we showed that the complete characterization of strains by WGS and SNP analysis provided essential information to understand the dynamics of ESBL-E sharing between subjects.These studies provide some answers on the ESBL-E transmission in the community and the associated risk factors, but other risk factors and situations still need to be explored with these new tools

Les écosystèmes forestiers méditerranéens présentent des espèces d'arbres vivant en limite sud de leur aire de répartition sensibles aux stress climatiques et des espèces vivant au coeur de leur aire de répartition et a priori adaptées à ces mêmes stress. Ces contrastes interrogent sur la diversité potentielle des mécanismes régulant la dynamique des populations de leurs parasites, et en retour l'impact des parasites sur la dynamique de leurs hôtes. Les scolytes constituent un bon modèle pour l'étude de ces interactions hôte-parasite car ils alternent des phases endémiques et épidémiques. Nous avons développé une approche pluridisciplinaire couplant la caractérisation de traits écophysiologiques et dendrométriques impliqués dans la résistance des populations d'arbres aux attaques de scolytes avec la caractérisation de facteurs écologiques clés pour la démographie des scolytes. Chez le pin d'Alep, T. destruens est présent à un niveau endémique mais des attaques subsistent dans des patchs d'arbres formés par des arbres attaqués et morts suite aux attaques, des arbres attaqués qui ont résisté et des arbres non attaqués. Des stratégies de dispersion locale différentes selon les deux grandes phases du cycle de T . destruens semblent favoriser l'exploitation d'une ressource peu abondante. Chez le sapin pectiné, nous avons montré qu'une communauté abondante de scolytes s'attaque à des arbres déjà affaiblis par des sécheresses répétées et présentant un mauvais état sanitaire et une croissance en baisse. Ces deux écosystèmes forestiers permettent de mieux appréhender les mécanismes impliqués dans les interactions plantes-insectes dans un contexte de changement global
Mediterranean forest ecosystems have both trees living in their southern range and being sensitive to climatic stress and tree species living in the core of their range and being non sensitive to the same stress. These contrasts in tree populations questioned about potential contrasts in their interrelationships with their parasites and on the impact of that parasites have on their host in turn. Bark beetles are a relevant model to study such host-parasite interactions because they alternate endemic and epidemic phases. We developed a multidisciplinary approach combining the characterization of ecophysiological and dendrometrical traits involved in resistance of tree populations to bark beetle attacks with this assessment of key ecological factors involved in bark beetles demography. We focused on the two following contrasted Mediterranean ecosystems in South-Eastern France: a healthy Aleppo pine interacting with a bark beetle population at an endemic state and a declining population of the Silver fir interacting with a bark beetle community at an epidemic state. Our results suggested that this Aleppo pine population, the pine shoot beetle T. destruens showed low abundance levels. All attacks remained in patches formed by dead trees following the attacks. T. destruens dispersal strategies seem to favor the exploitation of a scarce resource. On silver fir, we showed a bark beetle community attacking trees already weakened by repeated droughts and with poor health status and low growth. The study of these two contrasted forest ecosystems allowed us to shed some critical light on the mechanisms involved in plant-insect interactions in the context of global change

Le vitiligo est une leucodermie affectant 0,5 à 1% de la population mondiale. Il n’y a pas de différence de prévalence concernant l’âge, le sexe ou le type de peau. La disparition des mélanocytes entraine une hypopigmentation localisée en plaques symétriques blanches ivoire, à bords nets souvent hyperpigmentés. Les lésions sont le plus souvent retrouvées au niveau des zones découvertes, de frottement et des extrémités. L’évolution des lésions est imprévisible, alternant des phases de développement et de quiescence. Le mécanisme physiopathologique est mal connu, il s’agirait d’une pathologie auto immune avec une prédisposition héréditaire sur un terrain psychologique affaibli. On le retrouve associé dans d’autres affections auto immunes : l’insuffisance surrénalienne, les pathologies thyroïdiennes et la maladie de Biermer (Nagarajan et al (2015)). Le cas clinique rapporté est celui d’une jeune femme de 17 ans, qui présentait une dépigmentation de la lèvre supérieure apparue en octobre 2016. Initialement, la lésion affectait l’hémi lèvre supérieure gauche. Le dermatologue avait posé le diagnostic de vitiligo et instauré un traitement par vitamine C et acide folique, suivi pendant un mois, sans résultat. En juillet 2017 la patiente a consulté en pathologie de la muqueuse buccale car la lésion s’était étendue à l’ensemble de la lèvre supérieure avec atteintes de la commissure labiale gauche et cutanée en regard. L’interrogatoire a révélé un mordillement chronique des lèvres. L’examen de la muqueuse buccale a mis en évidence une dépigmentation linéaire de du bord vermillon de la lèvre supérieure avec renforcement pigmentaire périphérique. L’examen cutané a révélé une plage dépigmentée centimétrique de l’auriculaire de la main droite. Un bilan biologique incluant thyréostimuline, anticorps anti thyroglobuline et anticorps antithyroperoxydase a été prescrit de façon systématique. Il n’a pas révélé d’anomalie. Le traitement prescrit était : tacrolimus à 0,1% en application locale biquotidienne et arrêt de la pathomimie. Le vitiligo des muqueuses buccales est rare. Il a essentiellement été décrit en Inde où la maladie est endémique (Nagarajan et al (2015)). L’atteinte des muqueuses orales concernerait 55% des patients et la lèvre serait touchée dans près d’un cas sur 2 dans cette population. Le cas présenté concernait une patiente originaire d’Afrique du nord. Les études concernant le traitement du vitiligo labial ont été menées uniquement sur le traitement chirurgical : micropigmentation et greffes de mélanocytes semblent avoir le plus fort taux de succès (Gupta et al (2006)). Rodrigues et al (2017) ont conseillé une application locale biquotidienne de tacrolimus 0,1% pour les affections de la face et des zones intertrigineuses. De par son mode d’action, le tacrolimus a une activité immunosuppressive et pourrait favoriser la pigmentation de la muqueuse orale (Fricain et al 2005). Dans le cas présenté, un traitement par tacrolimus a été instauré dans un premier temps. Un traitement chirurgical par greffe de mélanocytes ou un traitement cosmétique sera proposé en cas d’échec du traitement local. Bien que rare, le vitiligo de la muqueuse buccale ne doit pas être ignoré du chirurgien oral qui devra collaborer avec le dermatologue pour définir le traitement adapté.