Academic literature on the topic 'Interactions entre espèces'

Cette synthèse présente l’influence des caractéristiques des animaux et de leurs conditions d’élevage sur les qualités des viandes et des chairs des principales espèces animales d’élevage (porc, bovins, ovins, poulets, poissons). Les dimensions intrinsèques (composition des carcasses, qualités sensorielle, nutritionnelle et technologique) et extrinsèques (interactions entre productions animales et environnement, bien-être des animaux, origine des produits, authenticité des pratiques de production…) de la qualité des produits sont considérées. Dans toutes les espèces, le type génétique et la conduite alimentaire sont les principaux déterminants de la composition des carcasses. La nature de l’alimentation des animaux constitue le principal levier pour moduler la qualité nutritionnelle, toutefois le niveau d’enrichissement des viandes et chairs en acides gras, minéraux ou vitamines favorables à la santé humaine varie selon les espèces. Pour une espèce donnée, les caractéristiques des animaux, leurs conditions d’élevage et d’abattage interagissent pour déterminer les propriétés (teneurs en lipides, glycogène, myoglobine…) et le métabolisme péri et post-mortem des muscles, et consécutivement la qualité sensorielle des viandes ou chairs et de leurs produits. A l’inverse, la qualité technologique, composante importante dans les filières porc, poulet et poisson résulte essentiellement du type génétique et des conditions d’abattage des animaux et de transformation des viandes. Dans les différentes filières animales, les qualités extrinsèques des produits font partie intégrante de certaines démarches collectives ou privées et sont garanties aux consommateurs au travers des signes officiels de qualité. Elles visent à améliorer les interactions favorables entre les productions animales et l’environnement et/ou le bien-être des animaux, garantir l’origine des produits et/ou valoriser l’authenticité des méthodes de production et de transformation. Différents exemples sont développés pour illustrer la prise en compte par les acteurs des filières de cette demande croissante des consommateurs et plus largement des citoyens envers leur alimentation.

Le sang de 203 animaux sauvages élevés dans un ranch de gibier au Burkina Faso a été examiné au niveau de la strate leucocytaire après centrifugation en tube capillaire à microhématocrite. Frottis et gouttes épaisses ont été examinés pour chaque animal afin de détecter la présence de Babesia, Anaplasma, Theileria, et de microfilaires. Le taux d'infection et la parasitémie, suivant l'espèce animale, ont été évalués ainsi que le degré d'anémie par la mesure de l'hématocrite. Pour chaque animal, les paramètres suivants ont été notés: espèce, sexe, âge, poids, présence éventuelle de parasites externes. Quatre sous-genres de trypanosomes ont été mis en évidence: Duttonella, Nannomonas, Trypanozoon, Megatrypanum. Le taux d'infection trypanosomienne était de 15,3 p. 100, avec cependant des variations très importantes selon les habitudes de vie et le biotope de l'espèce animale. Il semblerait en outre que chaque espèce a sa propre réceptivité vis-à-vis des différentes espèces de trypanosomes. Elle a été trouvée plus élevée chez Tragelaphus scriptus et Hippotragus equinus que chez les autres espèces testées. La présence de trypanosomes dans le sang ne semble pas affecter l'état de santé de la plupart des animaux sauvages capturés. L'étude met en évidence le rôle de la faune sauvage dans l'épizootiologie de la trypanosomose animale. Ce rôle varie en fonction de l'espèce d'animal sauvage, de l'espèce de glossine, de l'espèce de trypanosome et des interactions entre ces trois facteurs dans une zone donnée.

L’émergence de pathogènes dans l’eau destinée à la consommation humaine représente une préoccupation majeure en matière de santé publique pour les industriels et les pouvoirs publics concernés. Parmi ces pathogènes, certains sont d’origine fécale (Cryptosporidium,Campylobacterou bien les rotavirus), alors que d’autres vivent dans l’environnent naturel (Legionella,Pseudomonas,Aeromonasou bien les mycobactéries). Dans l’optique de mettre en place une analyse des risques liés à la présence de ces pathogènes, il est important d’accroître nos connaissances sur l’écologie de ces microorganismes et de développer des outils d’analyse afin de réaliser une meilleure surveillance sanitaire. Par conséquent, l’écologie microbienne du réseau de distribution d’eau potable doit être étudiée en détail, particulièrement vis-à-vis des propriétés physiologiques et la diversité des espèces microbiennes présentes, afin de mieux comprendre les interactions entre les espèces communément rencontrées et celles pathogènes.

Nous présentons les résultats d’une recherche pour l’action visant à la gestion de la biodiversité dans les bocages. Deux facteurs ont été testés vis-à-vis de leur pertinence pour évaluer la biodiversité : l’un local (note biodiversité Plan de gestion durable des haies, PGDH) et l’autre paysager (grain bocager) contrôlant la biodiversité des réseaux bocagers. La note PGDH se rapporte à la structure des haies (hauteur, densité de boisement, structure de la base). Le grain bocager combine la densité de haies et la géométrie du réseau. Les développements méthodologiques ont été menés en étroite coopération entre chercheurs et gestionnaires sur deux territoires bretons dont une zone atelier. Les méthodes ont ensuite été testées sur quatre autres sites bretons, puis dans le Gers. La biodiversité était représentée par le groupe des coléoptères carabiques en Bretagne et l’avifaune dans le Gers. La combinaison des deux indices permet d’évaluer la façon dont l’interaction entre la structure de la haie et la structure du réseau bocager contrôle la biodiversité. Ces interactions différencient des espaces favorables aux espèces à affinité forestière (les plus menacées dans les bocages) et ceux favorables aux espèces de milieu ouvert. Ces avancées ont été permises (développement et tests) grâce à la coopération intense entre les diverses parties prenantes.

Chez les espèces domestiques de rente, les traitements de superovulation sont destinés à augmenter le taux naturel d’ovulations, afin de produire plusieurs embryons au cours d’un même cycle et de les transférer chez des femelles receveuses. Pour l’espèce équine, aucun traitement n’est commercialisé car, d’une part, les gonadotrophines commercialisées pour les autres espèces de rente sont inefficaces chez la jument, d’autre part, les réponses aux traitements montrent une grande variabilité. Chez la jument, les traitements administrés utilisent la FSH équine (eFSH). La variabilité des réponses concerne à la fois les capacités de stimulation, représentées par le nombre de follicules préovulatoires, le nombre d’ovulations et le nombre d’embryons transférables. Comme pour l’ensemble des espèces de rente, les causes de cette variabilité sont multiples. Parmi celles-ci une posologie d’administration des gonadotrophines inadaptée est responsable d’anomalies de la folliculogénèse et de perturbations endocriniennes qui conduisent à une diminution de la production d’embryons. Partant des modèles proposés dans l’espèce bovine, de nouvelles études ont été conduites chez la jument afin de déterminer les interactions entre les altérations folliculaires et endocrines et de préciser quels étaient les paramètres agissant sur la production d’embryons. Une posologie idéale a ensuite été recherchée comme étant capable de reproduire des taux plasmatiques physiologiques de FSH, susceptibles d’induire une superovulation, sans effets indésirables. Cette posologie correspond à l’apport d’une quantité quotidienne de eFSH égale à environ 50 % du taux de production journalier de la jument ovariectomisée. A partir de l’ensemble de ces données, un protocole de traitement peut actuellement être proposé, avec l’espérance d’obtenir pour une jument et par cycle traité une moyenne de 3 à 4 ovulations et 1,8 à 2,5 embryons. Différentes stratégies sont ensuite abordées qui pourraient améliorer l’efficacité des traitements. Cependant la commercialisation future d’une préparation de eFSH pour l’espèce équine est incertaine, du fait de la fourniture limitée des hypophyses nécessaires, des contraintes sanitaires liées à ce type de produit et de la nécessité de préparer un produit spécifique pour cette espèce.

Les données biologiques, en particulier les séquences d’ADN, s’accumulent extrêmement rapidement. Pour exploiter toutes ces données, une nouvelle science est née, la bioinformatique. Accéder de manière rapide et fiable aux données disponibles dans les banques internationales et analyser les données expérimentales produites à grande échelle nécessitent des outils informatiques puissants et en perpétuel développement. Assembler les séquences brutes, trouver les unités fonctionnelles des séquences génomiques, comparer les séquences entre elles, prédire les structures et les fonctions des macromolécules, comprendre les interactions entre les gènes et leurs produits en termes de réseaux métaboliques mais aussi d’évolution des espèces : toutes ces questions nécessitent l’utilisation de la bioinformatique et son développement.

La lutte contre la propagation des maladies infectieuses et les conséquences de celles-ci de manière préventive est particulièrement importante en santé des espèces aquacoles, du fait des difficultés d’éradication des maladies une fois qu’elles sont introduites, notamment en milieu marin. Par conséquent, la modélisation en tant qu’outil prédictif est particulièrement justifiée. Une revue bibliographique a été menée dans le cadre du projet européen DIPNET en vue de dresser l’inventaire des modèles utilisés dans le domaine de la santé des espèces aquacoles. L’appréciation quantitative des risques commence à se développer pour certaines maladies des salmonidés d’Europe du nord, visant à garantir les transferts, aider les programmes, surveiller et prévenir l’apparition de maladies émergentes. Les modèles dynamiques de maladies commencent à être utilisés pour la gestion du risque, pour les salmonidés et pour les coquillages (USA) mais sont, suivant leur complexité, coûteux en données et en temps d’élaboration. Les modèles dynamiques sont indispensables cependant, quand on veut tester prédictivement l’effet de telle ou telle mesure, dans un système complexe de causalité. Les études épidémiologiques rigoureuses sont rares en santé des espèces aquacoles, malgré leurs intérêts démontrés dans le domaine de la santé. Les modèles décrivant le phénomène d’un point de vue spatial, les conséquences écologiques et économiques sont également rares en santé des espèces aquacoles. Ceci est paradoxal compte tenu des fortes interactions entre l’hôte et son environnement dans le milieu aquatique, et compte tenu de l’intérêt pour le gestionnaire de risque. Ces approches nécessitent cependant un travail impliquant des compétences multidisciplinaires, qu’il n’est pas forcément facile de réunir pour les productions aquacoles.

Les peuplements zooplanctoniques et piscicoles de la retenue de Sainte-Croix (lac oligotrophe profond) ont été suivis de la mise en eau (1974) à 1986. La phase initiale de colonisation (1974-1975), caractérisée par le calanide Acanthodiaptomus denticornis et la dominance des espèces piscicoles peuplant antérieurement le Verdon lotique (Barbus fluvatilis, Leuciscus cephalus) a été de courte durée. Par la suite, les cladocères sont restés dominants avec cependant de profondes modifications dans la structure du peuplement. En 1977-78, Daphnia longispina était dominante tout au long de l'année (76 %). Plus récemment, cette espèce ne représentait plus que 34 %. des effectifs (1983-84), puis 24 % (1985-1986). La situation actuelle est caractérisée par la présence de Diaphanosoma brachyurum en été et l'abondance des petites formes (bosmines). L'ichtyofaune s'est elle aussi modifiée avec, notamment, une importante population d'ablette (Alburnus cluburnus), exploitant la zone pélagique. Son régime alimentaire est largement zooplanctonophage mais inclut mollusques et insectes lorsqu'elle est capturée en zone littorale. Cette augmentation de la pression de prédation a entraîné un net déplacement du spectre des tailles du zooplancton vers tes classes inférieures à 0,8 mm en 1986 (82 %) alors que les grandes formes ( > à 1 mm) représentaient 60 % des effectifs en 1977-78. Les densités de D. longispina et D. brachyurum décroissent rapidement entre 1983 et 1986. Les conséquences de cette prédation sélective sont discutées (évolution prévisible du système) ainsi que les causes pouvant expliquer l'absence de régulation efficace (densité-dépendance) dans un tel système prédateur-proie.

La connaissance du profil écologique de la faune d’un site est importante pour mieux apprécier la dynamique spatio-temporelle des espèces et les interactions entre elles. La présente étude a été réalisée au Parc National de Taï. Elle a pour objectif de déterminer les périodes d’activités nycthémérales et la structure sociale du céphalophe zébré et du céphalophe de Jentink. Au total, 291 pièges photographiques ont été installés suivant un dispositif systématique de mars 2019 à mars 2020. Le traitement des enregistrements vidéo obtenus a permis de montrer que le céphalophe zébré est préférentiellement diurne avec 84% des observations faites dans la journée. Les périodes d’activités maximales de cette espèce ont été marquées en début de journée de 6 à 8h et en fin d’après-midi de 15 à 17h. Par contre, le céphalophe de Jentink est principalement nocturne avec 83% des observations enregistrées la nuit. Cette espèce a été plus active autour de 2h, 4h et 19h. Cependant, ces deux espèces mènent une vie généralement solitaire avec parfois une formation de groupes de deux individus adultes. Pour le céphalophe zébré, 94,21% des individus vivent seul. Concernant le céphalophe de Jentink, 96,70% des individus solitaires ont été identifiés. The knowledge of the ecological profile of the fauna of a site is important to better appreciate the spatio-temporal dynamics of species and the interactions between them. The present study was carried out in the Taï National Park. Its objective is to determine the periods of nycthemeral activities and the social structure of zebra duiker and Jentink’s duiker. A total, of 291 camera traps were set in a systemic design from March 2019 to March 2020. The processing of the obtained video recordings showed that the zebra duiker is preferentially diurnal with 84% of the observations made during the day. The periods of maximum activity of this species were marked at the beginning of the day from 6 to 8 am and in the late afternoon from 3 to 5 pm. In contrast, Jentink’s duiker is mainly nocturnal with 83% of observations recorded at night. This species was most active around 2h, 4h and 19h. However, these two species lead a generally solitary life with sometimes a groups formation of two adult individuals. For the zebra duiker, 94.21% of individuals live alone. Concerning the Jentink’s duiker, 96.70% of the solitary individuals have been identified.

Les plantations d'espèces à croissance rapide (par exemple les peupliers, les saules, les eucalyptus) sont largement utilisées pour l'approvisionnement en biomasse. Cependant, ces plantations sont souvent des systèmes monospécifiques et sont généralement très consommatrices en ressources. C'est notamment le cas des plantations des espèces appartenant au genre Populus, pouvant être cultivées en conditions de culture intensive, qui utilisent des quantités importantes d'eau et d'azote pour produire de grands volumes de biomasse. Dans ce contexte, les plantations mélangées, forestières ou agroforestières, apparaissent comme une alternative intéressante aux monocultures. En effet, elles peuvent produire plus en utilisant plus efficacement les ressources indispensables à la croissance des différentes composantes du mélange en jouant sur la complémentarité entre les espèces. L'introduction d'espèces fixatrices d'azote dans ces mélanges peut également être un atout supplémentaire pour réduire les besoins en intrants azotés de synthèse.Dans toute plantation, forestière ou agroforestière, les interactions intraspécifiques (individus d'une même espèce) ou interspécifiques (entre individus de deux espèces différentes) peuvent être négatives, positives, ou neutres. À ce jour, les interactions entre espèces qui déterminent si un mélange donné sera plus productif que les monocultures correspondantes sont encore mal comprises et les études de leur impact sur l'efficacité d'utilisation des ressources sont rares. L'objectif général des travaux de thèse a consisté à évaluer l'impact de plusieurs mélanges d'espèces, forestiers et agroforestiers, sur les performances de croissance des arbres à travers les effets sur les déterminants fonctionnels (efficiences d'utilisation des ressources), structuraux (architecture des houppiers) et phénologiques (phénologie printanière et automnale des bourgeons et des feuilles). L'hypothèse principale était que grâce à la fixation symbiotique de l'azote et à une complémentarité entre espèces, les arbres dans les mélanges seraient plus productifs et utiliseraient plus efficacement les ressources qu'en monoculture.Cet objectif a été poursuivi sur une plantation instrumentée sur le site de La Bouzule (54), installée au printemps 2014, composée de mélanges d'espèces ligneuses (peupliers et aulnes) et herbacées (légumineuses, graminées), ainsi que les monocultures correspondantes. Le fonctionnement de trois types de mélanges comprenant des espèces fixatrices d'azote (peupliers/succession luzerne - trèfle ; peupliers/aulnes ; aulnes/succession céréales - prairie temporaire) a été comparé avec les monocultures des deux espèces ligneuses. L'originalité des travaux réside notamment dans l'alliance de l'étude de processus intervenant aux échelles de l'organe et de l'arbre pour décrire les processus d'interactions entre espèces et les performances globales des différents types de mélanges, par rapport aux monocultures correspondantes.Les interactions entre espèces dans une plantation ne sont pas statiques mais changent au fur et à mesure que le peuplement se développe. La nature des interactions entre le peuplier et les légumineuses dans la parcelle agroforestière a évolué d'une compétition prédominante, au début de la plantation, vers une facilitation grâce à un enrichissement du sol en azote. Les performances de croissance des peupliers étaient accrues, par rapport à la monoculture, associées à une efficience d'utilisation de l'eau plus élevée qu'en monoculture ainsi qu'à une réduction de compétition entre les houppiers permettant une meilleure interception de la lumière en agroforesterie. En revanche, une efficience d'utilisation de l'eau plus élevée des peupliers associés à l'aulne qu'en monoculture n'a pas été associée à de meilleures performances de croissance des deux espèces comparativement à leurs monocultures respectives. Globalement, l'aulne n'était que très peu affecté par les mélanges
Plantations of fast-growing species (e.g. poplars, willows, eucalyptus) are widely used for biomass supply. However, these plantations are often monospecific systems and are generally very resource demanding. This is particularly the case for plantations of species belonging to the Populus genus, which can be grown under intensive cultivation conditions, and which use large quantities of water and nitrogen to produce large volumes of biomass. In this context, mixed forest or agroforestry plantations appear as an interesting alternative to monocultures. Indeed, they can produce more by using more efficiently the resources necessary for the growth of the different components of the mixture by playing on the complementarity between the species. The introduction of nitrogen-fixing species in these mixtures can also be an additional asset to reduce the need for synthetic nitrogen inputs.In any plantation, forest or agroforestry, intraspecific interactions (individuals of the same species) or interspecific interactions (between individuals of two different species) can be negative, positive, or neutral. To date, the interactions between species that determine whether a given mixture will be more productive than the corresponding monocultures are still poorly understood and studies of their impact on resource-use efficiency are scarce. The overall objective of the PhD work was to evaluate the impact of several species mixtures, both forest and agroforestry, on tree growth performance through effects on functional (resource-use efficiencies), structural (crown architecture) and phenological (spring and fall bud and leaf phenology) determinants. The main hypothesis was that thanks to symbiotic nitrogen fixation and complementarity between species, trees in mixtures would be more productive and use resources more efficiently than in monoculture.This objective was pursued on an instrumented plantation on the La Bouzule site (54), installed in spring 2014, composed of mixtures of woody (poplars and alders) and herbaceous (legumes, graminoids) species, as well as their respective monocultures. The functioning of three types of mixtures including nitrogen-fixing species (poplars/alfalfa - clover succession; poplars/alders; alders/cereal - temporary grassland succession) was compared with monocultures of the two woody species. The originality of the work lies on the combination of the study of processes occurring at the organ and tree scales to describe the interaction processes between species and the overall performance of the different types of mixtures, compared to their respective monocultures.Species interactions in a plantation are not static but change as the stand develops. The nature of the interactions between poplars and legumes in the agroforestry plot evolved from a predominant competition at the beginning of the plantation to facilitation through soil nitrogen enrichment. The growth performances of the poplars were increased compared to the monoculture, associated with a higher water-use efficiency than in monoculture and a reduction of competition between the canopies allowing a better interception of light in agroforestry. In contrast, higher water-use efficiency of poplars associated with alder than in monoculture was not associated with better growth performances of both species compared to their respective monocultures. Overall, alder was only slightly affected by the mixtures

Pendant mon travail de thèse, j’ai caractérisé le développement d’un biofilm multi-espèces en canaux milli-fluidiques sous flux constant de milieu nutritif. J’ai tout d’abord mis au point l’utilisation d’un nouveau rapporteur fluorescent sur un biofilm d’Escherichia coli. J’ai montré les limites des rapporteurs classiques de type GFP sur le système et introduit la protéine FAST à fluorescence inductible pour les dépasser. Avec ce nouvel outil, j’ai ensuite étudié la formation d’un biofilm multi-espèces, issu d’un biofilm naturel adapté au laboratoire, constitué de Bacillus thuringiensis (Bt), Pseudomonas fluorescens (Pf), Kocuria salsicia (Ks) et Rhodocyclus sp. (R). J’ai caractérisé le développement de cette communauté par vidéo-microscopie de lumière transmise et de fluorescence, en mesurant en temps-réel les cinétiques de développement de la biomasse globale et des espèces fluorescentes au sein de la communauté. J’ai ainsi mis en évidence une succession de phases de croissance et de récession du biofilm, puis l’établissement d’état stationnaire après 30h de croissance. J’ai également trouvé que Pf, l’espèce dominante de cette communauté, opère après quelques heures un changement de niche lui donnant probablement un avantage important. Ces résultats m’ont amené à formuler l’hypothèse que le mécanisme de formation de cette communauté est gouvernée par l’équilibre de l’O2 dans le système. Enfin, j’ai étudié les 15 différentes combinaisons pouvant être formées par les membres de la communauté à la recherche d’interactions existantes entre les bactéries. J’ai pu ainsi montrer l’existence d’interactions de compétition entre Pf et Bt, la relation de parasitisme de Bt sur Ks, ainsi que celle d’amensalisme de Pf sur Ks. Nous avons aussi déterminé que R se développe de manière neutre vis-à-vis des autres espèces. Nos résultats suggèrent que ces interactions s’établissent principalement sur la base d’interactions physiques et de régulations physico-chimiques
During my PhD work, I characterized the development of a multi-species biofilm in milli-fluidic channels under constant flow of nutrient medium. I first developed the use of a new fluorescent reporter on a single-species Escherichia coli biofilm. I have shown the limitations of classical GFP type reporters on the system and introduced the inducible fluorescence protein FAST to overcome these limitations. With this new tool, I studied the formation of a multi-species biofilm, resulting from a natural biofilm adapted to the laboratory, consisting of Bacillus thuringiensis (Bt), Pseudomonas fluorescens (Pf), Kocuria salsicia (Ks) and Rhodocyclus sp. (R). I characterized the development of this adherent community by video-microscopy of transmitted light and fluorescence, by measuring in real time the kinetics of development of global biomass and fluorescent species within the community. I thus highlighted a succession of phases of growth and recession of the biofilm, then the establishment of stationary state after 30h of growth. I also found that Pf, numerically the dominant species of this community, operates after a few hours a change of niche probably giving him an important advantage. These results led me to formulate the hypothesis that the formation mechanism of this adherent community is largely governed by the equilibrium of O2 in the system. Finally, I have studied the different combinations that can be formed by members of the community in search of existing interactions between bacteria. I was able to show the existence of competitive interactions between Pf and Bt, the parasitism relation of Bt on Ks, as well as that of amensalism of Pf on Ks. We also determined that R develops in a neutral way towards the other species. Our results suggest that these interactions are mainly based on physical interactions and physicochemical regulation

Le séquençage haut débit révèle une nouvelle écologie des microorganismes. Ils sont présents partout et leurs fonctions sont primordiales pour leurs écosystèmes hôtes, organismes ou environnements. La métagénomique permet notamment d'estimer la composition et l'abondance des espèces microbiennes d'un ensemble d'échantillons de même type de communautés microbiennes. Lors d'études cherchant à comprendre la diversité et la structure de telles communautés, des approches réseaux permettent d'identifier des associations statistiques entre microbes, en faisant l'hypothèse que ces associations statistiques reflètent les interactions biologiques. Dans ce contexte, le sujet de ma thèse était de mieux cerner le potentiel des approches réseaux dans la détection d'associations entre OTUs au sein de données métagénomiques et de développer les outils nécessaires pour améliorer l'analyse des jeux de données. Dans un premier temps, j'ai étudié les pratiques et les outils d'analyse utilisables pour inférer des réseaux d'associations au sein de métagénomes. Compte-tenu des propriétés des données métagénomiques, j'ai déterminé leur efficacité et leurs limites. Ces travaux m'ont permis de déterminer des pistes pour améliorer l'étude des associations microbiennes. Sur la base des connaissances accumulées, j'ai développé un package d'analyse des associations entre OTUs (nommé MAGMA) visant à inférer les associations pertinentes au sein de métagénomes. MAGMA prend en compte les spécificités des données métagénomiques et offre la possibilité de prendre en compte l'effet d'un facteur structurant sur la distribution des OTUs avant de rechercher les associations entre microbes. Par le biais de participations dans différents projets de métagénomique, j'ai confirmé la pertinence de l'outil développé et identifié des pistes d'améliorations permettant de faire face aux problématiques biologiques actuelles
High throughput sequencing reveals a new ecology of microorganisms. They are everywhere and their functions are essential for their host ecosystems, organisms or environments. Metagenomics makes it possible to estimate the composition and abundance of microbial species from a set of samples of the same type of microbial communities. In the studies that seek to understand the diversity and structure of such communities, network approaches can identify statistical associations between microbes, assuming that these statistical associations reflect biological interactions. In this context, the subject of my thesis was to better understand the potential of network approaches in the detection of associations between OTUs within metagenomic data and to develop the necessary tools to improve the analysis of datasets. As a first step, I studied the practices and analysis tools that can be used to infer association networks within metagenomes. Given the properties of metagenomic data, I determined their effectiveness and their limits. This work allowed me to identify ways to improve the study of microbial associations. Based on the accumulated knowledge, I developed an association analysis package between OTUs (named MAGMA) to infer relevant associations within metagenomes. MAGMA takes into account the specificities of metagenomic data and offers the possibility to take into account the effect of a structuring factor on the distribution of OTUs before looking for associations between microbes. Through participations in different metagenomics projects, I confirmed the relevance of the tool developed and identified ways of improving the current biological issues

Le palmier à huile africain Elaeis guineensis Jacqu. (Arecales : Arecaceae) est une plante tropicale d’intérêt économique et la première source mondiale d’huile végétale. La production d’huile dépend de la pollinisation par des charançons du genre Elaeidobius (Coleoptera : Curculionidae). Ces insectes sont impliqués dans une relation mutualiste spécialisée avec leur plante-hôte : ils se développent au dépend des inflorescences mâles qu’ils détectent par le biais des odeurs émises durant l’anthèse, tandis que les inflorescences femelles sont pollinisées en mimant les odeurs mâles. Une maladie mortelle sévissant en Amérique du sud et qui touche l’E. guineensis a contribué au développement de variétés commerciales d’hybrides interspécifiques, résultat du croisement entre E. guineensis et le palmier à huile sud-américain Elaeis oleifera (Knuth) Cortés. Mais ces hybrides s’avèrent naturellement mal pollinisées et nécessitent l’intervention d’une pollinisation assistée couteuse et contraignante. Cette thèse part de l’hypothèse que la communication chimique qui permet la rencontre entre les deux espèces de palmiers et leurs pollinisateurs respectifs est déficiente chez les hybrides.L’objectif principal de cette thèse a été d’étudier le fonctionnement du système de pollinisation des deux espèces de palmiers afin de comprendre pourquoi les hybrides sont mal pollinisés. L’étude a été conduite dans une plantation commerciale en Equateur, dans laquelle coexistent les deux espèces E. guineensis et E. oleifera avec leur insecte pollinisateur respectif, le charançon africain Elaeidobius kamerunicus Faust. et le charançon sud-américain Grasidius hybridus O’Brien & Beserra (Coleoptera : Curculionidae) et des palmiers hybrides interspécifiques. En utilisant des techniques de piégeages et l’échantillonnages des odeurs florales, nos résultats ont montré le système de pollinisation des deux espèces de palmier est basé sur l’émission d’un signal chimique spécifique et une duperie olfactive, renforcée par un phénomène de thermogénèse. Les deux insectes sont attirés en faible proportion sur les hybrides, qui possèdent une composition chimique intermédiaire à celle des espèces parentales. Des tests physiologiques et comportementaux ont permis d’identifier les composés organiques volatils clés responsables de l’attraction des insectes pollinisateurs.Ce travail devrait contribuer à apporter des connaissances théoriques sur le système de pollinisation du palmier à huile, et permettre d’élaborer des méthodes pratiques de gestion des pollinisateurs afin de réduire les coûts en pollinisation assistée
The African oil palm Elaeis guineensis Jacqu. (Arecales: Arecaceae) is a tropical plant of economic interest and the world's leading source of vegetable oil. Oil production depends on pollination by weevils of the genus Elaeidobius (Coleoptera: Curculionidae). These insects are involved in a specialized mutualist relationship with the host plant: they develop at the expense of the male inflorescences they detect through the odors emitted during the anthesis, while the female inflorescences are pollinated by mimicking the male odors. E. guineensis is affected by a lethal disease in South America that leads to the development of commercial varieties of interspecific hybrids, resulting from artificial crossing between E. guineensis and the South American oil palm Elaeis oleifera (Knuth) Cortés. However, the natural pollination of these hybrids is inadequate and require the intervention of a costly assisted pollination. This thesis hypothesizes that the chemical communication underlying the successful encountering between each oil palm species and their respective pollinators is deficient in hybrid palms.The main objective of this work was to study the functioning of the pollination system for both oil palm species to understand why natural pollination in hybrids is inefficient. The study was conducted in a commercial plantation in Ecuador, including the two species E. guineensis and E. oleifera present with their respective pollinating insects, the African weevil Elaeidobius kamerunicus Faust. and the South American weevil Grasidius hybridus O'Brien & Beserra (Coleoptera: Curculionidae), as well as interspecific hybrid palms. Using techniques of trapping and sampling of floral odors, our results showed the pollination system of both species of palm is based on the emission of a specific chemical signal and an olfactory deception, reinforced by a phenomenon of thermogenesis. The two insects are attracted in a small proportion to hybrid palms, which have an intermediate chemical composition compare to parent species. Physiological and behavioral tests permit the identification of the key volatile organic compounds responsible for pollinator attraction.This work should contribute to theoretical knowledge about the oil palm pollination system and the development of practical methods for pollinator management to reduce costs in assisted pollination

Les effets des introductions d'espèces non natives sur le milieu restent mal connus et les poissons top-prédateurs, au sommet du réseau trophique (intégrateurs), sont des modèles d'étude intéressants pour observer ces impacts. Des changements de fonctionnement de communautés animales, en liaison avec ces introductions, ont été mis en évidence par les analyses des isotopes stables au sein des réseaux trophiques lentiques et lotiques, grâce à l'évaluation des positions trophiques et des régimes alimentaires des top-prédateurs. De plus, la chimie des otolithes a permis de reconstituer l'histoire de vie de poissons introduits (translocation). Ainsi, de nouvelles informations sur l'écologie trophique des poissons top-prédateurs ont été acquises et permettront la mise en place de plans de gestion.

Les effets des introductions d'espèces non natives sur le milieu restent mal connus et les poissons top-prédateurs, au sommet du réseau trophique (intégrateurs), sont des modèles d'étude intéressants pour observer ces impacts. Des changements de fonctionnement de communautés animales, en liaison avec ces introductions, ont été mis en évidence par les analyses des isotopes stables au sein des réseaux trophiques lentiques et lotiques, grâce à l'évaluation des positions trophiques et des régimes alimentaires des top-prédateurs. De plus, la chimie des otolithes a permis de reconstituer l'histoire de vie de poissons introduits (translocation). Ainsi, de nouvelles informations sur l'écologie trophique des poissons top-prédateurs ont été acquises et permettront la mise en place de plans de gestion
The impacts of exotic species on ecosystem functions are still poorly known. Top-predatory fish, which are at the top of the food-chain are relevant models to study the impacts on freshwater ecosystems. Introductions of exotic top-predator fish can induce changes in the functioning of freshwater communities, that could be inferred by stable isotope analyses in lentic and lotic food-webs, using trophic positions and diet compositions of top-predators. Moreover, the otolith chemical signatures can discriminate freshwater fish stocks and help to reconstruction of the introduced fish life history. Our results provide new information about trophic ecology of top-predator fish, and this knowledge will be useful to design regional conservation plans

La fusariose de l'épi est une des maladies les plus importantes du blé. Elle est causée par un complexe d'espèces dont les plus courantes sont F. graminearum, F. culmorum, F. poae, M. majus et M. nivale. Ces champignons infectent les épis de blé au moment de la floraison mais l'impact de contaminations tardives sur les grains est peu compris. De plus, deux ou trois espèces sont susceptibles de co-infecter un même épi, ce qui pourrait modifier leur développement et leur production de toxines dans l'épi. Pour étudier ces problématiques, plusieurs isolats appartenant aux espèces citées ont été caractérisés selon leurs traits de vie et leur agressivité sur épi. Nous avons ensuite étudié le développement de souches de Fusarium inoculées 3 jours avant ou 0, 8, 18 ou 28 jours après la sortie des premières anthères. Les niveaux de maladie et toxines se sont révélés maximum autour de la floraison. La date d'inoculation semble conditionner la sévérité de la maladie et influencer le développement des souches. Des contaminations précoces et tardives seraient malgré tout possibles avec des isolats agressifs, ce qui ouvre la possibilité de telles infections au champ. Dans une deuxième expérimentation, nous avons étudié la compétition entre F. graminearum et les autres espèces (F. culmorum, F. poae, M. majus et M. nivale). Les réponses se sont avérées variables ; néanmoins, les souches agressives ne sont pas influencées ou légèrement favorisées par la présence d'un compétiteur alors que les souches peu agressives sont défavorisées par la présence de souches agressives. La production de toxines est, dans la plupart des cas, restée stable ou a diminué en co-inoculations par rapport aux inoculations simples. Dans une dernière expérimentation nous avons étudié la compétition entre souches associée à leurs mouvements dans l'épi. Inoculés seuls, les champignons progressent dans la totalité de l'épi alors que la présence d'un second champignon empêche leur développement, ce qui suggère une interaction compétitive entre eux. Cette étude apporte de nouveaux éléments nécessaires à la compréhension de l'épidémiologie de ces agents pathogènes et des niveaux de contamination à l'échelle du champ.

Dans l'optique d'une meilleure prévision des performances des cultures associées à base de légumineuses, il est nécessaire d'accroître nos connaissances sur la mise en place de la compétition entre les espèces associées. Ainsi, la croissance précoce, de la levée jusqu'au début de la compétition, est une phase déterminante de la compétitivité initiale de chaque espèce. La croissance précoce serait fonction des traits de semence et de plantule, i. e. masse de la semence, type de levée (épigée ou hypogée) en relation avec les conditions de semis, i. e. durée de levée, disponibilité en éléments minéraux. Les objectifs de la thèse étaient (i) d'identifier et de modéliser les effets des facteurs déterminants de la croissance précoce en lien avec les traits de semence et plantule et les conditions de semis (ii) et d'évaluer les impacts de variations de la croissance précoce sur la suite du cycle. Les expérimentations réalisées ont permis de mettre en évidence et de modéliser les effets de la masse de la semence et du degré d'utilisation des réserves séminales (en fonction de la durée de levée) sur la croissance précoce. La nutrition minérale a eu un effet stimulant chez toutes les espèces étudiées. L'intégration de la croissance précoce dans un modèle de fonctionnement de l'association pois-blé (AZODYN-IC) a montré que des variations de la croissance précoce avaient des conséquences sur la biomasse et sur la proportion de chaque espèce en fin cycle. Ces impacts ont aussi été observés expérimentalement. Les résultats obtenus apportent des éléments pour prédire le fonctionnement des cultures associées et pour proposer des leviers afin d'orienter les performances de ces couverts.

Bromus erectus, Brachypodium rupestre et Arrhenatherum elatius sont trois graminées qui dominent respectivement les pelouses collinéennes xériques et pauvres en nutriments, mésiques et pauvres, et mésiques et riches en nutriments. Nous avons fait l'hypothèse que trois stratégies expliquent ces patrons et qu'elles sont associées au type de ressource du sol. La conservation de ressources serait associée aux milieux pauvres alors que l'exploitation de ressources serait associée aux milieux riches en nutriments. Les deux graminées dominantes des communautés mésiques auraient une forte aptitude compétitive contrairement à B. Erectus. Cette espèce dominerait grâce à une meilleure tolérance à la sécheresse. Pour tester ces hypothèses, nous avons manipulé la disponibilité en eau, en nutriments et les interactions biotiques sur les trois graminées, en pots et sur le terrain. Les traits et les réponses des espèces sans interactions biotiques confirment la meilleure tolérance au stress hydrique de B. Erectus et le caractère conservateur de B. Erectus et de B. Rupestre. Les expérimentations de compétition montrent qu'il y a une hiérarchie dans les réponses compétitives et que celle-ci est stable indépendamment du niveau de ressource. B. Erectus a été l'espèce la plus sensible à la compétition, B. Rupestre a eu une réponse compétitive intermédiaire et A. Elatius a été la moins sensible. Les espèces ont différé en terme d'effet compétitif B. Rupestre, l'espèce conservatrice de forte stature, un effet compétitif plus forte que la plus petite espèce conservatrice et tolérante au stress qu'est B. Erectus. Ces différences de stratégies expliqueraient la dominance de ces deux espèces dans leurs communautés respectives. Cependant, l'effet compétitif de B. Rupestre semble principalement associé à des mécanismes de type interférence comme de l'allélopathie, contrairement à A. Elatius qui dominerait sa communauté par compétition via l'exploitation rapide des ressources
The three grasses Bromus erectus, Brachypodium rupestre and Arrhenatherum elatius dominant xeric and nutrient poor, mesic and nutrient poor, and mesic and nutrient rich gras si and respectively. We hypothesized that three contrasting strategies may explain this pattern, depending on water and nutrient availability. Resource conservation strategy may be associated to nutrient poor communities whereas resource exploitation may be associated to nutrient rich community. On the other hand, the two dominant grasses of mesic communities Brachypodium rupestre and Arrhenatherum elatius may have a strong competitive ablhty but not Bromus erectus. This former species may rather dominate thanks to higher tolerance ability to abiotic constraint (i. E. Drought). Ln order to test these hypotheses, we manipulated water, nutrients and biotic interactions separately on the three grasses in a pots experiment and on the three dominant grasses and their communities on the field. Leaf traits and target response without any biotic interactions are consistent with our hypothesis as we confirmed the highest drought tolerance ability of Bromus erectus and the best conservative strategy ofboth B. Erectus and B. Rupestre. Competition experiment showed that there is a ranking in competitive response on the field, and this ranking is stable whatever the resource availability. B. Erectus was the most affected by competition, B. Rupestre was intermediate and A. Elatius was the least. Most importantly, the three asses showed. Contrasted competitive effect. The large conservative species B. Rupestre had a much higher competitive effect than the short conservative and drought tolerant B. Erectus, which may explain their dominance in mesic and xeric sites respectively. However, our results suggest that the competitive effect of B. Rupestre may involve primarily interference mechanisms and likely allelopathy, as compared to the resources competition processes of the exploitative A. Elatius

Models of the origin of human prosociality towards non-kin have been primarily developed from chimpanzee studies. Substantially less effort has been made to consider the prosociality of bonobos. Like chimpanzees, bonobos cooperate with non-kin extensively but, unlike chimpanzees, immigrating members are central to bonobo cooperation. In experiments bonobos are tolerant during encounters with strangers and during co-feeding. They help strangers without immediate tangible reward, and forfeit monopolizable food to facilitate a physical interaction with them. Such prosociality seems proactive as it is not elicited by solicitation. Bonobos also seem to prefer sharing food over non-food objects, while chimpanzees reliably transfer non-food objects rather than food. These findings highlight the possibility that human sharing with strangers might have also evolved as a mutualistic endeavour to initiate a long-term partnership. Future models of human prosociality will need to incorporate findings from both Pan species. Les modèles de l’origine de la prosocialité humaine entre non-parents ont été développées en majorité à partir d’études de chimpanzé. Beaucoup moins d’efforts ont été faits pour considérer la prosocialité des bonobos. Comme les chimpanzés, les bonobos coopèrent extensivement avec non-parents mais, contrairement au chimpanzés, les membres immigrants sont au centre de la coopération bonobo. Les bonobos sont tolérants, en expérimentation, durant les rencontres avec des étrangers et durant la co-alimentation. Ils aident les étrangers sans récompense immédiate, et abandonnent la nourriture monopolisable pour faciliter une interaction physique avec eux. Une prosocialité pareille paraît proactive vu qu’elle n’est pas sollicitée. Les bonobos, il paraît, préfèrent partager la nourriture que d’autres objets, alors que les chimpanzés préfèrent partager les objets non-aliments que la nourriture. Ces résultats soulignent la possibilité que le partage humain avec les étrangers a pu évoluer comme une enquête mutuelle pour initier un partenariat à longue durée. Les modèles futurs de la prosocialité humaine doivent inclure les résultats des deux espèces Pan.

Le modèle Poisson log-normal multivarié propose une modélisation conjointe des abondances des espèces d’une communauté distinguant les effets environnementaux (abiotiques) des interactions entre espèces (biotiques). Ses différentes variantes permettent la visualisation par réduction de dimension ou l’inférence du réseau d’interactions directes entre les espèces. Ces approches sont utilisées pour analyser l’écosystème marin de la forêt de kelp de l’île d’Anacapa.

Nous nous intéressons aux interactions entre espèces. Les données d'interactions sont représentées par un réseau dont la structure est étudiée pour comprendre l'organisation de l'écosystème. Pour ce faire, nous présentons les modèles à blocs stochastiques qui sont des modèles de mélange adaptés aux réseaux et qui permettent d'obtenir une classification des espèces sur la base de leurs patrons d'interactions.

Parmi l’ensemble des dispositifs susceptibles de renforcer le processus de construction des territoires, le musée semble constituer davantage un outil de patrimonialisation qu’un lieu de collection et d’exposition. Il s’est imposé dans les projets de recherches universitaires et dans l’enseignement scolaire depuis les années 1860. En effet, le musée peut être appréhendé à la fois comme un laboratoire de recherche et un temple du savoir, dans lequel on conserve et expose des objets retraçant l’histoire des êtres humains, de l’univers et des espèces animales, végétales et aquatiques. Ces collections sont le fil conducteur du passé dans le présent et se projettent dans le futur, dans une logique de sensibilisation et de transmission valorisée aux nouvelles et futures générations. Elles sont au cœur des stratégies territoriales au Sénégal depuis la période coloniale jusqu’à nos jours. Cet article tente ainsi de montrer le rôle et l’importance des musées au Sénégal dans la réécriture de l’histoire des peuples africains et l’attractivité touristique des territoires. En étudiant la Maison des Esclaves de Gorée comme musée-mémorial, il analyse également les interactions entre musée et école dans le processus de mise en valeur touristique des biens patrimoniaux. En s’appuyant sur des observations participatives et des recherches documentaires, des enquêtes et des entretiens semi-directifs ont été réalisés avec la population locale, les touristes, les élus locaux, les conservateurs de musées et les institutions publiques. Ces enquêtes ont permis de mieux comprendre les enjeux du tourisme dans la gestion des ressources patrimoniales qui devient une préoccupation majeure au Sénégal.