Dissertations / Theses: 'Interaction avec l'ARN'

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Spiluttini, Béatrice. "Interaction du snARN U1 de l'épissage avec l'ARN polymérase II." Phd thesis, Université Pierre et Marie Curie - Paris VI, 2009. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00814598.

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Abstract:

Les ARNs non codants sont des régulateurs de l'expression génétique à plusieurs niveaux. Chez la bactérie et chez la souris, des ARNs non codants (6S et B2) ont la propriété de se lier à l'ARN polymérase et d'inhiber son activité. Afin de déterminer si l'ARN polymérase II (RNAPII) humaine était associée à des ARNs non codants, une immunoprécipitation anti-RNAPII a été réalisée sur des cellules HeLa mitotiques. Les ARNs co-immunoprécipités ont été purifiés et marqués et l'ARN U1 s'est trouvé particulièrement enrichi par rapport au contrôle. Cette co-immunoprécipitation reflète l'association de la snRNP U1 avec la RNAPII. Pour vérifier cette association sur un site de transcription actif, des lignées ont été établies avec l'insertion en multiples copies d'un gène à un site unique, créant ainsi un unique super site de transcription visualisable par FISH (Fluorescence In Situ Hybridization). Deux lignées distinctes ont été créées, l'une avec un gène comportant un intron, l'autre avec le même gène où l'intron comporte trois mutations ponctuelles abolissant l'épissage. Alors que les snARNs U2, U4, U5 et U6 sont absents du site non épissé, l'ARN U1 est enrichi de la même façon indépendamment de l'épissage. La présence des protéines spécifiques de la snRNP U1 indique que la snRNP U1 est recrutée au complet au site de transcription. Ces résultats laissent supposer un rôle pour l'association RNAPII - U1snRNP dans l'épissage cotranscriptionnel.

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Fiset, Stéphan. "Interaction de hnRNP A1/UP1 avec les séquences télomériques humaines et l'ARN de la télomérase." Thesis, National Library of Canada = Bibliothèque nationale du Canada, 2000. http://www.collectionscanada.ca/obj/s4/f2/dsk1/tape2/PQDD_0017/MQ56900.pdf.

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Fiset, Stephan. "Interaction de hnRNP A1/UP1 avec les séquences télomériques humaines et l'ARN de la télomérase." Mémoire, Université de Sherbrooke, 2000. http://savoirs.usherbrooke.ca/handle/11143/3182.

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Abstract:

Les protéines hnRNP A1/UP1 sont en mesure d'interagir directement avec des séquences télomériques humaines. L'expression de l'une ou l'autre de ces protéines dans les cellules de mammifères provoque un allongement des télomères chez celles-ci. De plus, la forme recombinante de la protéine UP1 est en mesure de recruter l'activité télomérasique à partir d'un lysat cellulaire in vitro. Afin d'établir les bases moléculaires qui régissent les interactions entre les séquences télomériques, ces protéines et l'ARN de la télomérase, nous avons étudié les interactions de chacun des domaines de liaison à l'ARN pour leur habileté à interagir avec les acides nucléiques. Nous avons pu établir que les deux domaines sont impliqués dans la liaison à des acides nucléiques distincts. Le premier RRM est nécessaire pour interagir de façon spécifique avec les répétitions d'ADN télomériques alors que le second RRM est nécessaire pour permettre une liaison spécifique à l'ARN de la télomérase. Nos études de liaison en gel de retardement ont de plus permis de montrer que les protéines A1 et UP1 sont en mesure d'interagir avec l'ARN de la télomérase. Nous avons également pu établir, par des essais de protection, que la présence de la protéine UP1 entière est essentielle pour permettre une protection efficace contre l'action de la DNase I. Nos études de chromatographie suggèrent que les protéines A1 et UP1 peuvent interagir simultanément avec les répétitions d'ADN télomériques et l'ARN de la télomérase in vitro. Nous avons également montré que cette interaction pouvait résister à une incubation dans un extrait nucléaire complexe. Ces résultats suggèrent que l'interaction ARN de la télomérase-A1-ADN télomérique est possible dans un contexte cellulaire normal. Nos résultats supportent un modèle dans lequel la protéine A1 recruterait la télomérase aux extrémités des chromosomes de vertébrés.

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APONTE, CARLOS. "La proteine nonstructurale (nsp2) du rotavirus : interaction avec l'arn et implication dans une activite replicase." Paris 11, 1996. http://www.theses.fr/1996PA112087.

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Abstract:

Il est admis, tant dans les pays a haut niveau socio-economique, que dans les pays en voie de developpement, que le rotavirus est responsable d'un pourcentage important de diarrees neonatales aussi bien chez l'homme que chez l'animal. Au cours des dernieres annees, l'etude moleculaire des proteines nonstructurales du rotavirus a ete considerablement entravee par les difficultes a obtenir des reactifs mono-specifiques. Pour la production de tels reactifs, nous avons exprime dans le systeme baculovirus les proteines nonstructurales, nsp2 et nsp3, et produit des lignees cellulaires hybrides (hybridomes) secretant des anticorps monoclonaux contre ces deux proteines. La proteine nsp2 recombinante a ete purifiee par colonne echangeuse d'ions et par colonne d'affinite. L'etude de la proteine nsp2 recombinante et de la proteine produite dans des cellules ma104 infectees par le rotavirus a permis de determiner l'existence des formes oligomeriques de cette proteine. Nous avons suggere la presence des ponts disulfures intra-chaine dans cette proteine. Les proprietes de fixation des arn viraux de la proteine nsp2 ont egalement ete testees par pontage aux uv in vivo (dans des cellules ma104 infectees par le rotavirus et dans des cellules sf9 infectees le recombinant bacnsp2). Dans des cellules infectees par le rotavirus, nsp2 est etroitement liee aux 11 segments d'arn double brin. Nous avons aussi immunoprecipite un complex viral ayant une activite replicase. Ce complex est constitue des proteines structurales vp1, vp2 et vp6, et de la proteine nonstructurale nsp2

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KLINGER, CORINNE. "Etude de l'architecture quaternaire de l'arn polymerase i de s. Cerevisiae et de son interaction avec l'adn par microscopie electronique et analyse d'images." Strasbourg 1, 1997. http://www.theses.fr/1997STR13145.

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Abstract:

La transcription est une reaction hautement regulee orchestree autour de l'arn polymerase qui agit au travers de nombreux contacts avec differents partenaires (facteurs de regulation, l'adn, l'arn synthetise, des topoisomertases,. . . . ). Une etude structurale permettant de positionner ces differents contacts sur l'arn polymerase est un element important pour comprendre les mecanismes de la transcription et sa regulation. Les methodes de radiocristallographie ou par rmn permettant d'atteindre le resolution atomique ne sont pas a l'heure actuelle envisageable pour ces enzymes de grande taille. Seule la microscopie electronique permet de calculer des enveloppes tridimensionnelles a une resolution plus modeste qui ne permet pas de localiser directement ces sites. La microscopie electronique offre une alternative interessante qui est l'identification de domaines fonctionnels au niveau de l'enveloppe tridimensionnelle a l'aide de sondes structurales. L'interet de la localisation spatiale de domaines fonctionnels est qu'elle permet de definir des contraintes geometriques qui permettent de tester un certain nombre de modeles proposes. Cette these illustre une telle approche. L'enzyme etudiee est l'arn polymerase i de levure pour laquelle une enveloppe tridimensionnelle de l'enzyme a ete calculee a 3 nm de resolution. Deux types de sondes ont ete utilises pour determiner l'architecture quaternaire de l'enzyme et elucider l'interaction de l'enzyme avec l'adn. L'arrangement spatiale de sept des quatorze sous-unites la composant a ete etudie par l'observation d'immun-complexes formes entre l'enzyme et des anticorps diriges specifiquement contre les sous-unites. La localisation des epitopes permet par extrapolation de definir l'arrangement spatial des differentes sous-unites entre elles. La localisation des sites d'interaction de l'adn et l'arn quant a eux ont ete etudie par l'observation de complexes d'elongation stables arretes par l'omission d'un nucleotide.

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Paillart, Jean-Christophe. "La région 5' non traduite de l'ARN génomique du VIH-1 : structures, fonctions et interactions avec des ligands." Habilitation à diriger des recherches, Université Louis Pasteur - Strasbourg I, 2006. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00271207.

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Abstract:

Mes travaux de recherche sont centrés sur la compréhension des relations structure-fonctions de la région 5' non traduite de l'ARN génomique du VIH-1. Le travail réalisé au cours de ma Thèse de Doctorat dans le groupe de B. et C. Ehresmann (UPR 9002 du CNRS) à l'ULP, a porté sur l'étude de la dimérisation de l'ARN génomique du virus de l'immunodéficience humaine de type 1 (VIH-1) 1. Une propriété ubiquitaire des rétrovirus est l'encapsidation de deux molécules d'ARN génomique associées près de leur extrémité 5'. Cette caractéristique, qui traduit l'existence d'une forte pression de sélection, représente un avantage évident pour la recombinaison pendant la rétrotranscription. Elle permet en particulier au virus de se répliquer malgré la présence de lésions dans l'ARN génomique et favorise la variabilité génétique. Nos travaux nous ont permis d'aboutir à plusieurs résultats importants : (1) la dimérisation implique une séquence localisée en amont du site donneur d'épissage 2. Elle est initiée par un mécanisme de reconnaissance de type boucle-boucle entre les deux monomères, au niveau d'une structure en épingle à cheveux très conservée dans les différents isolats du VIH-1, que nous avons appelée DIS (Dimerization Initiation Site) 3; 4. Cette tige-boucle est également appelée SL1. La boucle du DIS possède 9 nucléotides, dont 6 forment une séquence auto-complémentaire. Nous avons montré que l'étape initiale de la dimérisation est réalisée par des appariements Watson-Crick entre les séquences autocomplémetaires de chacun des deux monomères 5; 6; 7. Cependant, ces appariements ne sont pas les seules interactions stabilisant le dimère. Un modèle tridimensionnel du complexe boucle-boucle du DIS obtenu sur la base de résultats de cartographie en solution montre l'existence d'interactions non-canoniques formées par les purines flanquant la séquence autocomplémentaire 8; 9. (2) Le DIS joue un rôle essentiel dans la réplication du virus au niveau de l'encapsidation de l'ARN génomique et de la synthèse de l'ADN proviral double brin 10. (3) Il est possible d'inhiber la dimérisation in vitro par des oligonucléotides sens et antisens 11; 12.
En 1997-1998, j'ai effectué un stage post-doctoral dans le laboratoire du Dr. Heinrich Gottlinger (DFCI, Harvard Medical School, Boston, MA, USA). Mon travail était de comprendre le mécanisme de régulation qui permettrait aux précurseurs protéiques viraux de se fixer à la membrane plasmique, lieu d'assemblage des virions. J'ai ainsi confirmé l'existence d'un switch conformationnel de l'acide myristique localisé en N-terminal de la protéine de Matrice du VIH 13.
Depuis mon retour à Strasbourg en 1999 dans l'équipe du Dr. Roland Marquet, je me suis intéressé de nouveau au monde de l'ARN et plus précisément au repliement de l'ARN génomique du VIH-1. Ainsi, après avoir mis en évidence un motif de structure tertiaire dans la région 5'-terminale de cet ARN 14, nous avons, en collaboration avec Markus Dettenhofer (Baltimore, MD, USA), caractérisé pour la première fois la structure secondaire de cet ARN dans les cellules infectées et les particules virales 15; 16. Cette avancée technologique nous a permis par la suite (1) d'analyser avec Valérie Goldschmidt (doctorante) les variabilités structurales existantes au sein du complexe d'initiation de la rétrotranscription 17 et (2) de montrer, en collaboration avec l'équipe de Philippe Dumas (UPR 9002), que des antibiotiques de la famille des aminoglycosides se fixent spécifiquement dans la boucle du DIS de l'ARN génomique du VIH-1 non seulement dans un système in vitro 18 mais également en culture cellulaire 19.
Récemment, nous avons initié un nouveau projet sur le rôle de la protéine virale Vif dans la réplication virale du VIH-1 et sa relation avec l'ARN génomique (travail de thèse de Simon Henriet). Outre ses activités sur la synthèse de l'ADN proviral, la stabilité du core viral ou encore l'intégration du provirus, nous avons montré que la protéine Vif se fixe de façon spécifique et de manière coopérative aux régions localisées dans la région 5'-terminale du génome rétroviral 20. En particulier, la tige-boucle TAR (région 1-57) est un point de nucléation nécessaire à la propagation de la fixation de Vif à l'ARN (de 5‘ vers 3') mais semble insuffisante pour stabiliser ces interactions.
De nombreuses perspectives découlent directement de ces travaux. Nous souhaiterions étudier la dimérisation de l'ARN génomique du VIH-1 directement dans la cellule et ainsi répondre à plusieurs questions fondamentales : où se forme le dimère d'ARN génomique ? Le DIS, ou la dimérisation, sont-ils nécessaires au transport et à l'encapsidation de l'ARN génomique ? La maturation du dimère d'ARN dans les particules virales est-elle liée à un remaniement conformationnel au niveau du DIS ? Des résultats préliminaires obtenus en collaboration avec par l'équipe de M. Mougel (UMR 5121, Montpellier) indiquent que le DIS pourrait effectivement être un signal positif pour le transport nucléo-cytoplasmique. Ces résultats nous encouragent ainsi à poursuivre le développement de nouveaux agents antiviraux dérivés des aminoglycosides dirigés contre le DIS (collaboration avec P. Dumas, UPR 9002 et P. Pale, UMR 7123-ULP).
Dans les perspectives liées à la compréhension du rôle de Vif dans la réplication virale, nous étudierons en particulier son action sur l'initiation de la rétrotranscription et sur la régulation de l'expression des protéines APOBEC-3G/3F. Les protéines APOBEC sont des cytidines désaminases qui ont été identifiées dernièrement et dont l'action hypermutatrice lors de la synthèse du brin (-) de l'ADN proviral est létale pour le virus. Ces protéines, exprimées exclusivement dans les cellules non permissives, sont exclues des particules virales en présence de Vif et dirigées vers la voie du protéasome. Nous étudierons entre autre la régulation de la traduction des protéines APOBEC par Vif (identification des régions de l'ARNm nécessaires) et analyserons les changements conformationnels éventuels au niveau de la région 5' non traduite de l'ARNm induits par la fixation de Vif.
L'ensemble de ces travaux devrait nous permettre de contribuer à la compréhension des mécanismes qui régulent la structure tridimensionnelle de la région 5' non traduite de l'ARN génomique du VIH-1, et à plus long terme d'identifier des molécules capables d'interagir avec les différents domaines structuraux de cette région.

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Bourdon, Sebastien. "Régulation des ARN G-Quadruplexes par les protéines de liaison à l'ARN et leur interaction avec les N6-Méthyladénosines dans les cellules du cancer." Electronic Thesis or Diss., Université de Toulouse (2023-....), 2024. http://www.theses.fr/2024TLSES129.

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Abstract:

Le développement du cancer et la réponse aux traitements sont associés à des variations de la régulation post-transcriptionnelle qui entraîne une modification du protéome qualitativement et/ou quantitativement. La régulation post-transcriptionnelle implique des protéines de liaison à l’ARN (RBP), interagissant avec des éléments cis comme les séquences, les modifications ou les structures de l’ARN. Parmi ces éléments cis, les structures non-canoniques nommées ARN G-Quadruplexes (RG4), et les modifications N6-Méthyladénosines (m6A), jouent un rôle critique dans le modelage post-transcriptionnel guidant l’expression des gènes du cancer, et leur ciblage est actuellement envisagé par des essais pré-cliniques. L’un des défis majeurs de ce champ de recherches repose sur la compréhension des mécanismes contrôlants la sélectivité des sites modifiés en m6A, leur reconnaissance et leur suppression, ainsi que sur l’identification des régulateurs de la structuration des RG4. Pour répondre à ces défis, la colocalisation entre les RG4 et les m6A et leur régulation mutuelle doit encore être étudiée de manière claire. Un autre objectif clé consiste à relier les interactions entre les protéines liant les RG4 dans les transcrits et leurs fonctions biologiques liées au cancer en tirant parti des prédictions de la structuration des RG4 et des données expérimentales sur les RG4 et les RBP. Mon projet de thèse aborde ces deux défis centrés sur la régulation cis- et trans- des RG4, en utilisant des approches multidisciplinaires incluant la bioinformatique, la biologie moléculaire et cellulaire. Pour cartographier et caractériser globalement les régulateurs agissant en trans sur les RG4, nous avons développé QUADRatlas (https://rg4db.cibio.unitn.it), une base de données de RG4 identifiés expérimentalement et prédits par ordinateur dans le transcriptome humain, liés à leurs fonctions biologiques et à leurs associations aux pathologies (Bourdon et al, NAR, 2023). Ce travail offre un accès à un large catalogue construit manuellement de protéines de liaison aux RG4 connues, complété par un vaste ensemble de données de sites de liaison de RBP pour découvrir de nouvelles interactions potentielles RG4-RBP. Notre étude sur l'interaction entre les RG4 et les m6A a révélé leur colocalisation dans le transcriptome codant humain. Nous avons démontré in vitro que la stabilité des RG4 n'était pas inhibée par la présence de m6A. Cependant, nous avons montré que la stabilisation des RG4 diminuait le niveau global de m6A dans les lignées cellulaires cancéreuses. Pour expliquer cet effet, nous avons étudié la capacité des RBP à se lier aux RG4, m6A ou aux RG4 contenant des m6A (RG4(m6A)). Nous avons découvert que les RG4s pouvaient agir comme des plateformes pour les protéines de liaison aux m6A et ainsi réguler leur présence sur les transcrits. Ce travail fournit des informations essentielles sur la régulation mutuelle de deux éléments cis majeurs de l'ARNm par les RBP. De futures analyses seront nécessaires pour découvrir l’effet de la colocalisation RG4(m6A) sur l’expression des gènes du cancer
Cancer development and response to treatments are associated to post-transcriptional rewiring which in turn modifies the cancer proteome qualitatively and/or quantitatively. Post-transcriptional regulation involves RNA binding proteins (RBP) interacting with cis-acting elements like RNA sequences, modifications or structures. Among the cis-regulators, non-canonical structures, called RNA G-Quadruplexes (RG4), and N6-methyladenosines modifications (m6A), play a critical role in shaping post-transcriptional expression of cancer genes and their targeting is currently investigated in pre-clinical studies. One major challenge in the field lies in understanding the mechanisms controlling selectivity in m6A deposition, reading and removal, as well as deciphering RG4 folding and regulators. Whether m6A and RG4 colocalize and regulate each other remains to be fully investigated. Another key challenge is to link RG4-protein interactions in transcripts to cancer-relevant biological functions by leveraging predictions of RG4 structuration and experimental data on RG4 and RBP.My thesis project tackled these two challenges centered on the cis- and trans- regulation of RG4s, using multidisciplinary approaches including bioinformatics, molecular and cellular biology. To globally map and characterize RG4 trans-acting regulators, we developed QUADRatlas (https://rg4db.cibio.unitn.it), a database of experimentally-derived and computationally predicted RG4 in the human transcriptome, linked with their biological function and disease associations (Bourdon et al, NAR, 2023). This work provides a broad access to a manually curated catalogue of known RG4-binding proteins, complemented with an extensive RBP binding sites dataset to discover new potential RG4-RBP interactions. Our study on the interplay between RG4 and m6A revealed their colocalization in the human coding transcriptome. We demonstrated in vitro that RG4 stability was not inhibited by m6A presence. However, we showed that the stabilisation of RG4 decreased global m6A level in cancer cell lines. To explain this effect, we studied the ability of RBP to bind RG4, m6A or RG4 containing m6A (RG4(m6A)) and found that RG4 could act as a platform for m6A binding proteins and thus regulate their presence on transcripts. This work provides insights on the co-regulation of two major mRNA cis-acting elements by RBP. Future analyses will then be needed to unravel the effect of RG4(m6A) colocalization on cancer gene expression

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Perard, Julien. "Etudes structurales et fonctionnelles de l'IRES du VHC en association avec le motif de reconnaissance à l'ARN de la sous-unité b du facteur eIF3." Phd thesis, Université Joseph Fourier (Grenoble), 2009. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00436687.

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Abstract:

L'IRES du VHC est organisé en une structure secondaire, complexe et hautement conservée, qui comprend quatre domaines distincts (I-IV). Cette organisation permet la liaison directe du facteur d'initiation eucaryote eIF3 et de la sous-unité 40S du ribosome. Le facteur d'initiation eucaryote eIF3 est un complexe de 13 protéines (~ 800 kDa). Certaines de ses sous-unités montrent une affinité pour l'ARN, et parmi elles deux possèdent des motifs de reconnaissance à l'ARN (MRR) : eIF3b (aa : 185-268) et eIF3g (aa : 239-317). Afin de déterminer l'implication de ces motifs dans l'interaction ARN-protéine, nous avons cloné les domaines contenant ces motifs MRR, ainsi que les protéines entières eIF3b et eIF3g. Nous avons ensuite étudié l'interaction de l'ARN et/ou domaines d'ARN avec le complexe eIF3 et/ou protéines ou domaines protéiques en utilisant la méthode de rétention sur filtre. Nous avons ainsi calculé les différentes constantes apparentes de dissociation entre : eIF3/IRES, eIF3b/IRES et MRR-eIF3b/IRES. Ces résultats montrent que la sous-unité eIF3b se lie directement au domaine III de l'IRES via son motif MRR situé dans le domaine N-terminal. Dans un deuxième temps, nous avons utilisé la spectroscopie RMN pour identifier précisément les acides aminés impliqués dans la reconnaissance de l'ARN viral. En utilisant différentes techniques telles que FBA, RMN et SAXS, il s'avère que le domaine IIId (30 nucléotides) représente le motif minimum impliqué dans l'interaction MRR-eIF3b/IRES. Enfin, la technique de SAXS a été mise à profit pour étudier la structure tridimensionnelle de l'IRES libre en solution.

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Sarkis, Pascale. "Conformational dynamics and interactions of eIF4B IDR and its phosphomimetic mutants." Electronic Thesis or Diss., Bordeaux, 2024. http://www.theses.fr/2024BORD0353.

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Abstract:

Selon le paradigme structure-fonction, la fonction d'une protéine dépend de sa structure, et une connaissance approfondie de cette structure révèle des mécanismes fonctionnels essentiels. Cependant, ce paradigme est remis en question par les protéines intrinsèquement désordonnées (IDPs), qui, bien qu'elles n'aient pas de structure stable, restent fonctionnelles. Le facteur d'initiation de la traduction eucaryotique 4B (eIF4B) est une IDP clé dans la régulation de l'initiation de la traduction chez les eucaryotes. Cofacteur essentiel de l'hélicase eIF4A, eIF4B est crucial pour la traduction des ARNm dotés de longues régions 5' non traduites structurées. Il possède plusieurs domaines fonctionnels, dont le domaine structuré du motif de reconnaissance de l'ARN (RRM) en N-terminal, la région désordonnée DRYG, riche en aspartate, arginine, tyrosine et glycine, et la région désordonnée riche en arginine (ARM) en C-terminal. Les domaines RRM et ARM sont connus pour se lier à l'ARN, tandis que la région DRYG est essentielle à l'auto-association de l'eIF4B. La surexpression d'eIF4B dans les cellules cancéreuses pourrait influencer la formation des granules de stress, et son activité est régulée par la phosphorylation, en particulier aux sites Ser406 et Ser422.Malgré l'importance de l'eIF4B, seul son domaine RRM structuré a été caractérisé au niveau atomique. Les détails moléculaires de sa région intrinsèquement désordonnée (IDR) restent inconnus, car ces protéines sont difficiles à étudier en raison de leur hétérogénéité conformationnelle et de leur comportement dynamique. Pendant ma thèse, j'ai poursuivi quatre objectifs :(i) caractériser structurellement l'IDR de l'eIF4B à l'état monomérique ;(ii) explorer la dynamique conformationnelle et les interactions de l'IDR au niveau moléculaire lors de l'oligomérisation et de la condensation à l'échelle mésoscopique ;(iii) étudier les dynamiques conformationnelles de l'IDR lors des interactions avec l'ARN ;(iv) analyser l'impact des mutations phosphomimétiques de l'eIF4B sur l'auto-association, sur la séparation de phase et sur les interactions ARN-protéine.Grâce au transfert d'énergie par résonance de Förster à molécule unique (smFRET), j'ai étudié l'IDR de l'eIF4B en tant que monomère, révélant un comportement conformationnel non uniforme et une flexibilité variable selon les régions. La région DRYG, bien que désordonnée, est étonnamment compacte, tandis que la région C-terminale (CTR) est plus étendue et flexible. Ces caractéristiques sont largement dictées par la composition spécifique de chaque sous-région. SmFRET a aussi permis d'analyser l'oligomérisation de l'eIF4B et les changements conformationnels associés. L'augmentation de la concentration protéique au-delà d'un certain seuil a conduit à une séparation de phase d'eIF4B. Ces analyses ont permis de cartographier un paysage d'auto-association complexe d'eIF4B, passant des monomères aux oligomères et aux gouttelettes condensées. Les mutations phosphomimétiques S406E et S422E n'affectent que peu l'oligomérisation d'eIF4B, mais réduisent sa tendance à la séparation des phases.Enfin, une combinaison d'expériences smFRET et RMN a permis d'étudier les interactions eIF4B-ARN. Il en ressort que la liaison concerne principalement la région 332 à 457, qui se compacte lors de la liaison à l'ARN. Cette interaction dépend de la force ionique, suggérant que les interactions électrostatiques en sont le moteur principal, tandis que la spécificité pour les ARN riches en guanosine indique des interactions π-π supplémentaires. Notamment, les mutations phosphomimétiques Ser406 et Ser422 affectent significativement l'affinité de liaison entre l'eIF4B et l'ARN. En résumé, ce travail offre une compréhension approfondie du comportement conformationnel de l'eIF4B et des mécanismes de ses interactions, fournissant des éclaircissements sur la manière dont une protéine sans structure stable peut remplir des fonctions essentielles
The structure-function paradigm defines that protein function is determined by its structure, and detailed structural knowledge provides critical insights into its functional mechanisms. This paradigm has been challenged with the intrinsically disordered proteins (IDPs) that lack a stable structure, yet they are functional under physiological conditions. Eukaryotic translation initiation factor 4B (eIF4B) is an IDP involved in the regulation of translation initiation in eukaryotes. As an essential co-factor of RNA helicase eIF4A, eIF4B is particularly important for translation of mRNAs with long and structured 5' untranslated regions. It contains several defined functional domains/regions, including the structured N-terminal RNA recognition motif (RRM) domain, the disordered DRYG region, enriched with aspartate, arginine, tyrosine and glycine and the disordered C-terminal arginine-rich motif (ARM) region. While the RRM and ARM domains mediate RNA binding, the DRYG region is essential for eIF4B self-association. eIF4B is overexpressed in cancer cells, and may influence stress granule formation. The cellular activity of eIF4B is regulated by phosphorylation, notably at Ser406 and Ser422 residues.Despite its importance, only the well-structured RRM domain has been characterized at atomic level. The molecular details of its large intrinsically disordered region (IDR) are still unknown, as proteins of this nature are difficult to characterize due to their conformational heterogeneity and dynamic behavior. During my PhD work I had four objectives:i) structural characterization of eIF4B IDR in its monomeric state;ii) characterization of conformational dynamics and interactions of eIF4B IDR on the molecular level upon oligomerization and upon condensation on the mesoscopic scale;iii) investigation of conformational dynamics of eIF4B IDR upon RNA interactions;iv) analysis of the impact of key phosphomimetic mutations on eIF4B protein - protein interactions, eIF4B condensation and eIF4B - RNA interactions.Using single-molecule Förster resonance energy Transfer spectroscopy (smFRET) I studied the eIF4B IDR as a monomer, demonstrating its non-uniform conformational behavior and flexibility, with different regions showing varying degrees of compactness and dynamics. Although the DRYG region is disordered, it is surprisingly compact, whereas the CTR is more expanded and flexible. These characteristics are largely dictated by the specific sequence composition of each subregion. smFRET also enabled probing eIF4B oligomerization behavior and associated protein conformational changes. Increasing the protein concentration above certain thresholds lead to eIF4B phase separation, which was studied by dedicated phase separation assays. Altogether, these experiments enabled mapping of the self-association landscape of eIF4B, which represents a complex transition from monomers to oligomers to condensed droplets. Interestingly, phosphomimetic mutations, such as S406E and S422E minimally affect eIF4B oligomerization, but considerably reduce the phase separation propensity.Finally, I used a combination of smFRET and NMR experiments to investigate eIF4B - RNA interactions, confirming that binding primarily involves the 332 to 457 region (overlapping with previously identified ARM region), which undergoes compaction upon RNA binding. The binding is ionic strength dependent, suggesting that electrostatic interactions are the main driving force, while sequence specificity towards guanosine-containing RNAs, indicates additional π-π stacking interactions. Importantly, the Ser406 and Ser422 phosphomimetic mutations within the RNA binding region significantly affect eIF4B-RNA binding affinity.Altogether, this work provides a detailed molecular understanding of conformational behavior of eIF4B and mechanisms of its interactions

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Bouillier, Camille. "L'analyse de l'interactome du facteur de transcription M2-1 du Virus Respiratoire Syncytial révèle une interaction avec PABPC1 (polyA-binding protein cytoplasmic 1)." Thesis, Université Paris-Saclay (ComUE), 2019. http://www.theses.fr/2019SACLV010/document.

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Abstract:

Bien que le Virus Respiratoire Syncytial, responsable de la bronchiolite du nourrisson, soit aujourd’hui un problème de santé publique majeur, il n’existe encore aucun vaccin ou antiviral curatif contre ce pathogène. Le manque de données sur les étapes clés du cycle viral et sur les interactions virus-cellule freine le développement de nouvelles molécules antivirales.Nous avons étudié l’interactome de deux protéines virales : la polymérase L et le facteur de transcription M2-1. Dans ce but, nous avons mis au point un crible s’appuyant à la fois sur des critères d’interactomique et sur des critères fonctionnels.La première étape consistait à identifier des partenaires potentiels de M2-1 et L par des co-immunoprécipitations couplées à une approche de protéomique quantitative. Pour plus de pertinence, ce crible a été réalisé sur cellules infectées, grâce des virus recombinants produits par génétique inverse. Ceci nous a permis d’identifier 45 et 137 partenaires potentiels de L et M2-1 respectivement. Une étude systématique de l’impact de l’inhibition de 15 partenaires potentiels de M2-1 sur la multiplication virale a mis en avant trois candidats : ILF2, PABPN1 et PABPC1.Nous nous sommes par la suite concentrés sur PABPC1. L’inhibition de l’expression de PABPC1 altère la multiplication virale, mais nous n’avons pas pu mettre en évidence un effet spécifique sur la transcription ou la traduction virale. Son interaction avec M2-1 a été confirmée, et le domaine MLLE de PABPC1 a été identifié comme le site de liaison à M2-1. L’interaction entre M2-1 et PABPC1 a été observée à la fois dans le cytoplasme et dans les IBAGs, des sous-structures concentrant les ARNm viraux au sein des corps d’inclusion viraux. Nous avons formulé l’hypothèse que M2-1, liée à PABPC1, accompagne les ARNm viraux après leur sortie des corps d’inclusion. Ceci suggère un rôle de M2-1 dans le devenir des ARNm viraux en aval de leur transcription
Although the Respiratory Syncytial Virus, responsible of bronchiolitis in infants, represents a major public health problem, there are currently no vaccine or curative antiviral directed against it. The lack of information on key steps of its viral cycle and on virus-cell interactions hinders the development of new antiviral molecules.We chose to study the interactome of two viral proteins: the polymerase L and the transcription factor M2-1. To do so, we developed a screen based on interactomic and functional criteria.The first step consisted in identifying potential binding partners of M2-1 and L by co-immunoprecipitations coupled to quantitative proteomics. For better relevance, this screen was realised on infected cells, thanks to recombinant viruses produced by reverse genetics. 45 and 137 potential binding partners of M2-1 and L respectively were thus identified. A systematic study of the inhibition of 15 potential partners of M2-1 and its impact on viral multiplication enabled the selection of three candidates: ILF2, PABPN1 and PABPC1.We chose to concentrate on PABPC1. The inhibition of PABPC1’s expression reduces viral multiplication, but no specific effect on viral transcription or translation was brought to light. Its interaction with M2-1 was confirmed, and the MLLE domain of PABPC1 was identified as the M2-1 binding site. The interaction between M2-1 and PABPC1 was observed both in the cytoplasm and in IBAGs, substructures of viral inclusion bodies where viral mRNA accumulate. We formulated the hypothesis that M2-1, with PABPC1, stays with viral mRNA after leaving inclusion bodies and during their translation. This suggests a role for M2-1 in the fate of viral mRNA downstream of transcription

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Franchet-Beuzit, Jenny. "Etude de la radiolyse de l'adn : interactions avec les proteines." Orléans, 1993. http://www.theses.fr/1993ORLE2005.

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Abstract:

L'attaque radiolytique de l'adn est essentiellement due aux radicaux hydroxyle, produits par la decomposition de l'eau sous l'effet des radiations ionisantes. Les dommages induits sur l'adn sont multiples et nous nous sommes exclusivement interesses aux coupures de chaines. Le fait que des proteines liees a l'adn le protegent de la coupure radiolytique par masquage physique, nous a amene a developper une methode d'empreinte moleculaire par radiolyse afin d'etudier les interactions adn-proteine in vitro. Trois types de radiations ionisantes ont ete utilisees: les gamma, les beta, et les neutrons rapides. Nous avons tout d'abord valide la technique d'empreinte moleculaire avec plusieurs systemes desoxyrinucleoproteiques bien definis: les complexes represseur-operateur lac et crp-site specifique de l'operon lactose d'escherichia coli, et le core de nucleosome. Nos resultats sont similaires a ceux qui sont obtenus avec des sondes plus classiques telles la dnase i, les composes 1,10-phenanthroline-cuivre et fe(ii)edta, le dms, et la radiation uv. Cette technique a une tres bonne resolution, tous les sites nucleotidiques peuvent etre analyses, puisque tous sont des sites de coupure radiolytique potentiels. Nous avons ensuite mise a profit ces experiences pour etudier la fixation sur l'adn de la proteine mc1, proteine chromosomique issue d'une archaebacterie methanogene, methanosarcina sp. Chti55. Des fragments de restriction totalement couverts par la proteine montrent une periodicite d'attaque. Elle correspond a la longueur du site exclu par la proteine: 11 paires de bases. Sur l'adn nu, la sequence 5'aatt apparait moins radiosensible que le reste de la molecule. Ce phenomene serait du a des modifications locales de la structure de l'adn. Pour le meme systeme d'interaction, les irradiations avec les photons gamma et les neutrons rapides donnent des resultats identiques. La technique d'empreinte moleculaire, qui ne met en jeu aucun reactif chimique, devrait pouvoir etre developpee pour l'etude de complexes desoxyribonucleoproteiques in vivo

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Plouvier, Bertrand. "Analogues thiazoliques de la nétropsine : interaction avec l'ADN et pouvoir cytotoxique." Lille 1, 1991. http://www.theses.fr/1991LIL10119.

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Abstract:

La nétropsine est un antibiotique d'origine naturelle qui se lie spécifiquement aux bases Adénine et Thymine du petit sillon de l'ADN. Des modèles synthétiques où le motif N-méthylpyrrole de la nétropsine est remplacé par un thiazole différemment substitué ont été élaborés. Le mode de liaison à l'ADN de ces analogues de la nétropsine a été étudié par de nombreuses techniques physicochimiques (spectroscopie d'absorption UV, fluorescence, viscosimétrie, dichroïsme linéaire électrique) et de biologie moléculaire (footprinting) pour l'un d'entre eux. En prenant comme molécules de référence l'amsacrine et la bléomycine, substances antitumorales utilisées en clinique, des hybrides répondant au concept peptide à liaison spécifique-intercalant ont été réalisés: ils comprennent dans leur structure une partie pseudopeptidique thiazolique analogue de la nétropsine et l'élément intercalant constitutif de l'amsacrine ou de la bléomycine. Le mode d'interaction à l'ADN et l'activité biologique de tels hybrides ont été étudiés. Cette étude a permis d'élaborer dans un premier temps un composé (Thia-Nt) se liant dans le petit sillon à une séquence oligonucléotidique spécifique et dans un second temps de composés hybrides hybrides possédant une activité antitumorale en partie due au noyau acridinique intercalant de l'amsacrine qu'on leur a greffé

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Meliani, Valérie. "INTERACTIONS AVEC L'ART NUMÉRIQUE. Analyses qualitatives des interactions des publics de l'art numérique avec des installations numériques et des sites web de type net art." Phd thesis, Université Paul Valéry - Montpellier III, 2009. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00817632.

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Abstract:

Notre thèse appréhende le domaine de l'art numérique du côté de la " réception ", c'est-à-dire dans l'espace où se joue la rencontre entre l'œuvre et les publics. Plus exactement, nous concevons l'activité des publics comme une interaction avec l'œuvre numérique, ainsi nous cherchons à comprendre comment les publics co-construisent du sens avec l'œuvre. Nos investigations partent de deux types de terrain. Dans le premier, nous rencontrons des publics-visiteurs d'expositions et dans le second des publics-internautes de sites net art. Nous considérons l'installation numérique et l'œuvre net art comme possibles qui se révèlent dans l'interaction avec les publics. Nous mettons en œuvre une méthodologie qualitative, pleinement ancrée dans l'approche compréhensive des phénomènes humains, pour analyser les interactions des publics avec les œuvres. Après un recueil de données de type ethnographique, nous appliquons deux méthodes d'analyse : la sémiotique situationnelle d'Alex Mucchielli et la théorisation ancrée de Pierre Paillé. Ce travail de thèse permet ainsi de rendre intelligible la manière dont les publics participent au dispositif de l'œuvre. Cette compréhension en situation de " réception " donne inévitablement des axes pour repenser les manières de faire en situation de " conception ", les interactions des publics avec l'œuvre participant dans des boucles de rétroactions aux créations des artistes et à leur médiatisation.

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Méliani, Valérie. "Interactions avec l'art numérique : analyses qualitatives des interactions des publics de l'art numérique avec des installations numériques et des sites web de type net art." Montpellier 3, 2009. http://www.theses.fr/2009MON30050.

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Abstract:

Notre thèse appréhende le domaine de l’art numérique du côté de la « réception », c'est-à-dire dans l’espace où se joue la rencontre entre l’œuvre et les publics. Plus exactement, nous concevons l’activité des publics comme une interaction avec l’œuvre numérique, ainsi nous cherchons à comprendre comment les publics co-construisent du sens avec l’œuvre. Nos investigations partent de deux types de terrain. Dans le premier, nous rencontrons des publics-visiteurs d’expositions et dans le second des publics-internautes de sites net art. Nous considérons l’installation numérique et l’œuvre net art comme possibles qui se révèlent dans l’interaction avec les publics. Nous mettons en œuvre une méthodologie qualitative, pleinement ancrée dans l’approche compréhensive des phénomènes humains, pour analyser les interactions des publics avec les œuvres. Après un recueil de données de type ethnographique, nous appliquons deux méthodes d’analyse : la sémiotique situationnelle d’Alex Mucchielli et la théorisation ancrée de Pierre Paillé. Ce travail de thèse permet ainsi de rendre intelligible la manière dont les publics participent au dispositif de l’œuvre. Cette compréhension en situation de « réception » donne inévitablement des axes pour repenser les manières de faire en situation de « conception », les interactions des publics avec l’œuvre participant dans des boucles de rétroactions aux créations des artistes et à leur médiatisation
Our thesis deals with the domain of the digital art from the point of view of the "reception", that is in the space where the meeting between the work and the public takes place. More exactly, we conceive the activity of the public as an interaction with the digital work, so we try to understand how the public co-build the sense together with the work. Our investigations come from two types of ground. In the first one, we meet public-visitors of exhibitions and in the latter of the public-Internet users of net art sites. We consider the digital installation and the net art work as possibles which reveal themselves in the interaction with the public. We implement a qualitative methodology, completely anchored in the comprehensive approach of human phenomena, to analyze the interactions of the public with the works. After a collection of ethnographical type data, we apply two methods of analysis: situational semiotics, by Alex Mucchielli, and the grounded theory by Pierre Paillé. The present research then allows to make intelligible the way publics participate in the device of the work. This understanding in situation of "reception" inevitably gives axes to rethink the ways to make in situation of "conception", the interactions of the public with the work participating in feedback loops of in the creations of the artists and in their mediatization

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Bouffier, Laurent. "Synthèse d'hétérocycles azotes dérivés d'acridine et étude de leur interaction avec l'ADN." Université Joseph Fourier (Grenoble), 2005. http://www.theses.fr/2005GRE10182.

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Abstract:

Nous avons développé la synthèse de pyridoacridines, analogues d'alcaloïdes naturels et évalué leurs propriétés (physico-chimiques et biologiques). D'une part, nous avons préparé des conjugués entre le motif pyridoacridone et des amines par addition de Michael sur une fonction quinone, ainsi que des conjugués entre le chromophore pyridoacridine et des sucres par lien oxime. Dans un deuxième temps, nous avons élaboré deux voies de synthèse pour accéder à une structure octacyclique. L'étape clé est la condensation d'ortho-diamines sur un bis-électrophile, la phendione. Cette même condensation a été utilisée pour élaborer une nouvelles famille de composés polycycliques fonctionnalisés par des amines (heptacycles). Les propriétés des produits ont été étudiées : D'abord la cytotoxicité des pyridoacridines (ones) avec une IC50 de l'ordre du micromolaire pour les plus actifs. Ensuite, l'électroactivité de certaines pyridoacridones a servi à élaborer un biocateur (détection de l'hybridation de l'ADN). Finalement, deux complexes de ruthénium (II) ont été préparés et caractérisés. Les ligands heptacycliques introduits dans ces complexes modifient fortement l'émission de fluorescence des complexes. De plus, ils interagissent fortement avec le double brin d'ADN et produisent des photocoupures sous illumination
We have prepared new pyridoacridines, analogues of natural alcaloids and evaluate their properties (physico-chemical and biological). Firstly, we have prepared conjugates between the pyridoacridone moiety and amines by Michael addition onto a quinone function. Conjugates between pyridoacridine chromophore and sugars have also been prepared using oxime bond formation. Secondly, a new octacyclic structure has been made and the key step is the condensation of ortho-diamines with the bis-electrophile phendione. The same condensation has been used to prepared a new family of amino functionalized heptacycles. The properties of the products have been investigated : Cytotoxicity of pyridoacridines (ones) with an IC50 in the micromolar scale for the most active compounds. Further more, pyridoacridones electroactivity has been used to build a biosensor (DNA hybridisation detection). Finally, two Ru (II) complexes have been prepared and characterized. The heptacyclic ligand has a strong influence on the emission behaviour of the complexes. Its interact strongly with double strand DNA et are responsible of photocleavage under illumination

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Véry, Thibaut. "Simulation de propriétés photophysiques de complexes de ruthénium en interaction avec l'ADN." Thesis, Université de Lorraine, 2012. http://www.theses.fr/2012LORR0232/document.

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Abstract:

Les molécules se trouvent très rarement isolées, ceci implique qu'une modélisation de leur environnement doit être faite lors du calcul de propriétés physiques ou chimiques. Il est possible de considérer l'environnement par plusieurs méthodes de chimie théorique. Le modèle du continuum polarisable est un exemple dont les premières applications ont maintenant plus de 30 ans. Ce modèle permet de reproduire l'influence d'un solvant mais n'est pas capable de représenter des milieux fortement anisotropes tels que les macro-molécules. Afin de représenter de tels environnements, des méthodes couplant la mécanique quantique, pour le traitement de la partie d'intérêt chimique ou physique, et la mécanique moléculaire pour la représentation de l'environnement, ont été développées. Cette thèse est consacrée à l'étude de complexes de ruthénium en interaction avec l'ADN. Leurs spectres d'émission présentent des particularités trés intéressantes dues à cette interaction. Nous montrons que les propriétés photophysiques calculées doivent prendre en compte l'environnement. En particulier, nous avons utilisé une méthode permettant de modéliser la réponse électronique de l'environnement lors de transitions électroniques verticales. Les états triplets de ces complexes intercalés entre deux paires de bases de l'ADN sont également étudiés. En effet, les propriétés d'émission sont liées à la nature de ces derniers et il est important de modéliser de façon correcte le double-brin pour comprendre les mécanismes mis en jeu. Nous avons ainsi donné une interprétation physique à l'effet light-switch
Molecules are rarely isolated and a modelisation of their environment must be carried out when computing their physical or chimical properties. Quantum chemistry offers various ways to take into account this environment. For instance, polarizable continuum model is available for more than 30 years. This model is able to reproduce the influence of a solvent upon a solute but while the environment is becoming less isotropic, serious limitations are found for the model. In order to represent such environments, methods coupling quantum mechanics, for the treatment of the physically or chemically interesting part, and molecular mechanics for the environment have been developped. This thesis is dedicated to the study of ruthenium complexes in interaction with DNA. Moreover, their emission spectra are strongly modified by this interaction. We show that the photophysical properties calculated must take into account the environment. Eventually, we used a methodology able to include effects linked to the electronic response of the surroundings when computing vertical transitions. Triplets of these complexes intercalated between 2 DNA base pairs are also studied. Indeed, emission properties are linked to the nature of these and it is necessary to modelize correctly the double-strand to better understand mecanisms involved. The light-switch effect is then elucidated

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Toukifimpa, Rémy. "L'ARNr 5S du chloroplaste d'épinard structure et interaction avec les protéines ribosomiques." Grenoble : ANRT, 1988. http://catalogue.bnf.fr/ark:/12148/cb37593844m.

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Imbert, Emmanuelle. "Interactions de dérivés phosphoryles du polystyrène avec les facteurs de transcription de l'ARN polymérase II." Paris 13, 1995. http://www.theses.fr/1995PA132003.

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Abstract:

Des travaux antérieurs ont montré que des dérivés phosphorylés du polystyrene présentent un caractere antigénique analogue à celui de l'ADN vis à vis d'anticorps anti-ADN du lupus érythémateux disseminé. Ces polymères, susceptibles d'interagir avec d'autres protéines de liaison a l'ADN, ont été étudiés pour leurs interactions avec les facteurs de transcription de l'ARN polymérase ii (ft-arn pol. II). Ces derniers se lient à l'ADN, et jouent un rôle essentiel dans la régulation de l'expression des genes. Nous avons procèdé à la synthèse de polystyrène sulfamide d'éthanolaminé phosphoryle à différents taux. La caractérisation de ces résines par dosage acidimétrique, met en évidence la présence de groupements phosphomono- et diesters, dont les proportions varient avec le taux de phosphorylation. L'utilisation de simulation numérique basée sur la méthode Monte-Carlo, permet de modéliser la fonctionnalisation du polystyrène. Les simulations indiquent l'effet des proches voisins dans la réaction de phosphorylation, notamment l'impossibilité de substituer deux phosphodiesters adjacents sur la chaine macromoléculaire. Nous avons mis en évidence que les ft-arn pol. II contenus dans des extraits nucléaires de cellules HeLa, présentent des affinités variables pour les résines phosphorylées. Tous les FT-ARN pol. II présentent un maximum d'affinité pour un taux de phosphorylation voisin de 20%. De plus, nous avons montré que les FT-ARN pol. II désorbés des resines gardent leur activité biologique puisqu'ils sont capables d'initier la transcription in vitro. Enfin, nous avons déterminé par simulation numérique, la séquence probable du site d'interaction des FT-ARN pol. Ii sur le dérivé phosphoryle à 20%. Cette séquence correspond à la réplique synthétique de la position des phosphodiesters extrêmes du grand et du petit sillons, équivalent à un tour d'hélice d'ADN. Nous avons donc proposé un modèle d'intéraction des FT-ARN pol. II avec les séquences ADN-LIKE présentes sur les dérivés phosphoryles du polystyrène, lui permettant d'intéragir spécifiquement avec des protéines de liaison à l'ADN

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Poulat, Francis. "Le facteur de détermination testiculaire humain : son interaction avec l'ADN, sa localisation nucléaire." Montpellier 1, 1994. http://www.theses.fr/1994MON1T035.

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Jourdan, Muriel. "Les lésions abasiques de l'ADN : étude par RMN et interaction avec des drogues." Université Joseph Fourier (Grenoble ; 1971-2015), 1998. http://www.theses.fr/1998GRE10255.

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Abstract:

Notre travail s'inscrit dans le cadre de l'etude par resonance magnetique nucleaire (rmn) d'une des lesions majeures de l'adn : le site abasique. Celui-ci resulte de la perte d'une base nucleique conduisant a la formation du 2-desoxyribose ou de sa forme oxyde, la 2-desoxyribonolactone. La 2-desoxyribonolactone fait l'objet de nombreux travaux mais reste une lesion mal connue, tant d'un point de vue chimique, biologique que structural. Nous avons determine par rmn et modelisation moleculaire, la premiere structure d'un oligonucleotide contenant cette lesion. Par comparaison avec la structure du duplex de reference non modifie et caracterise de la meme facon, nous avons mis en evidence les deformations specifiques induites par la 2-desoxyribonolactone. Une deuxieme partie est consacree a la determination par rmn du mode d'interaction de composes qui reconnaissent specifiquement le site 2-desoxyribose. L'interet majeur de ces molecules est qu'elles pourraient inhiber le systeme de reparation de l'adn dans la cellule. L'etude a ete realisee sur un oligonucleotide contenant un residu tetrahydrofurane, analogue stable du 2-desoxyribose. Nous avons montre qu'une molecule de type base-chaine-intercalant qui potentialise in vitro et in vivo l'effet cytotoxique d'un agent alkylant anticancereux (le bcnu), se complexe de facon specifique avec l'adn. La base de la drogue s'insere notamment dans la loge abasique et forme des liaisons hydrogene de type watson-crick avec la thymine qui fait face a lesion. Par ailleurs, l'etude de l'interaction entre un macrocycle de type bisacridine et ce meme oligonucleotide a montre que la molecule traverse l'adn, une acridine s'intercalant dans la loge abasique, l'autre a une paire de base cote 3, et les chaines polyaminees se positionnent chacune dans un sillon. Une telle molecule constitue ainsi un bon module de reconnaissance du site 2-desoxyribose et pourrait servir de modele a la conception de molecules inhibitrices du systeme de reparation. Ce travail apporte des informations nouvelles sur les lesions abasiques de l'adn et devrait, contribuer a une meilleure comprehension des phenomenes biologiques s'y rapportant ainsi qu'au developpement d'autres molecules a activite anticancereuses.

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Castaing, Bertrand. "La formamidopyrimidine-ADN glycosylase, un enzyme de reparation de l'ADN chez E. Coli : étude de son interaction avec l'ADN." Aix-Marseille 2, 1993. http://www.theses.fr/1993AIX22035.

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Abstract:

La formamidopyrimidine-adn glycosylase (fpg ou mutm) tient une place originale parmi les systemes de reparation de l'adn par excision de base chez e. Coli et constitue un antimutateur puissant de la transversion spontanee g. C. T. A. Fpg est une metalloproteine a zinc multifonctionnelle qui assure l'elimination des purines a cycle imidazole ouvert (residus formamidopyrimidiques ou fapy) et de la 8-oxoguanine (8-oxog), lesions genotoxiques et promutagenes induites dans l'adn par les radiations ionisantes et par l'oxygene singulet. A cote de ses activites fapy- et 8-oxog-adn glycosylase, la proteine fpg est associee a une activite ap endonuclease de classe i. Nous avons applique la methode des gels retards pour l'etude de l'interaction entre fpg et l'adn et nous avons pu mettre en evidence que: 1) un oligonucleotide contenant un site abasique reduit ou un site 1,3-propanediol (analogues de site ap) n'est pas metabolisable par l'enzyme mais se comporte comme un inhibiteur fort des deux activites de l'enzyme. Il forme un complexe abortif stable avec fpg et constitue un ligand de haute affinite pour celle-ci (k#dapp=2,610#1#0m); 2) le site de coordination du zinc dans la proteine est associe au motif conserve -cys-x#2-cysx#1#6-cys-x#2-cys- et est replie sous la forme d'un doigt a zinc necessaire a la fixation de la proteine a l'adn; 3) l'excision de la 8-oxog par l'enzyme est fonction de la base qui est appariee a la lesion et les vitesses d'excision de la 8-oxog dans les paires 8-oxog. N (ou n=c,t,g, ou a) refletent une affinite differente de l'enzyme pour ces differents substrats, 4) fpg interagit avec un facteur cellulaire contenu dans un extrait brut de e. Coli. Il ne se fixe au complexe binaire (fpg/adn) que quand l'adn cible est porteur d'une lesion 8-oxog et n'interfere pas dans la reconnaissance d'un analogue de site ap. Nous proposons que ce facteur est implique, in vivo, dans la reconnaissance specifique de la paire de bases 8-oxog. C

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Pasco, Morgane. "Synthèse asymétrique de diamines cyclopentaniques polyfonctionnelles : des outils pour l'étude d'interactions avec l'ARN." Paris 5, 2010. http://www.theses.fr/2010PA05P626.

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Abstract:

Il a été établi au laboratoire que les diamines 1,3 cyclopentaniques fonctionnalisées pouvaient mimer le motif central des aminoglycosides et permettre ainsi d’accéder à de nouvelles molécules capables de se lier aux ARN. Ces diamines peuvent être facilement obtenues après fonctionnalisation d’hydrazines bicycliques, par coupure de la liaison N-N. Différentes voies de synthèse ont été développées pour introduire un atome de fluor de façon régio-, diastéréo- et dans certains cas énantiosélective sur ces composés polyazotés. Les diamines fluorées obtenues ont ensuite permis de mettre en évidence un phénomène de reconnaissance chirale supramoléculaire en présence d’ARN, qui se traduit par un dédoublement caractéristique en RMN 19F. Ces petites molécules peuvent donc constituer d’intéressantes sondes structurales pour l’étude d’interactions ligands-ARN. La désymétrisation des diamines 1,3 cyclopentaniques meso par substitution allylique a également été étudiée. La catalyse à l’iridium n’a pas permis de différencier les deux amines, seule la stéréochimie de la position allylique ayant pu être contrôlée efficacement. En revanche, le produit de monoallylation linéaire a pu être obtenu avec un excès énantiomérique allant jusqu’à 61 % en présence d’une catalyse au palladium
In the laboratory, functionalized 1,3-cyclopentanic diamines have been developped to design new RNA ligands by mimicking the central framework of aminoglycosides. These diamines are easily obtained after functionalization of bicyclic hydrazines and cleavage of the N-N bond. Different synthetic routes has been explored to allow a regio-, diastereo- and in some cases enantioselective introduction of a fluorine atom on these polynitrogenated compounds. Binding experiments using 19F NMR highlighted a supramolecular chiral recognition phenomenon between the fluorinated diamines and RNA. This led to a split of the signal correlated with the location of the fluorine nucleus and the structure of the RNA. Fluorinated diaminocyclopentanes could then serve as useful probes for the study of ligand-RNA interactions. The desymmetrisation of meso 1,3- cyclopentanic diamines using allylic substitution reactions has been studied as well. With the use of iridium catalysis, the efficiency of the resolution of the two amines proved to be very low, and only stereochemistry of the allylic position has been fully controlled. However, the linear monoallylated product could been obtained with an enantiomeric exces up to 61 % using palladium catalysis

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He, Yunfei. "Étude sur les propriétés interfaciales de tensioactifs et de leurs interactions avec l'ADN." Phd thesis, Université Paris Sud - Paris XI, 2013. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00852186.

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Abstract:

Ayant une partie hydrophile et une partie hydrophobe, les tensioactifs peuvent s'adsorber sur des interfaces et d'abaisser la tension interfaciale (γ), ce qui améliore les propriétés interfaciales. Tensioactifs chargés sont également utilisés dans des applications biologiques, par exemple dans la livraison de gènes. Dans cette thèse, nous avons étudié les propriétés d'adsorption des tensioactifs, à la fois aux interfaces air/eau et sur l'ADN pour former des complexes.La première partie de la thèse se concentre sur les études d'interface de tensioactifs. Pour comprendre comment ils fonctionnent dans ces applications, il est important de connaître les échelles de temps de l'adsorption et la désorption de surfactant. Ainsi, il est nécessaire d'étudier l'adsorption et la cinétique de désorption, qui sont déjà largement étudié. Cependant, les études traditionnelles ont tendance à faire de nombreuses hypothèses, par exemple, l'extension de l'applicabilité des relations d'équilibre à des cas de non-équilibre. Dans cette mémoire, l'adsorption des deux systèmes tensioactifs différents a été étudiée, C12E6 de tensioactif non ionique et d'agent tensio-actif ionique CTAB avec suffisamment de sel. Une mesure de la compression de la bulle unique combiné avec une tension superficielle d'équilibre connue (γeq) de valeur permet de déterminer γ(Γ), ce qui est plus précis que les résultats des méthodes traditionnelles. Les concentrations de surface en fonction du temps sont mesurés, ce qui montre que l'adsorption est contrôlée par la diffusion à temps courts.Après avoir montré que l'adsorption est contrôlée par diffusion, nous rapportons la désorption des tensioactifs à partir de l'interface air/eau pour différents systèmes. Les processus de désorption sont confirmées pas être purement limitée par diffusion, indiquant la présence d'une barrière d'énergie. La barrière d'énergie est influencée par la longueur de la chaîne alkyle, et non le type de contre-ion.Dans la deuxième partie de la thèse, nous nous concentrons sur les systèmes d'ADN/tensioactif. Bien que l'interaction entre les tensioactifs cationiques et anioniques polyélectrolyte a été largement étudiée, il reste nécessaire de mieux comprendre le système complexe, en particulier pour rationaliser le choix des tensioactifs pour atteindre une capacité de liaison de l'ADN contrôlable et une faible toxicité pour l'organisme. Dans cette thèse, nous avons lancé l'enquête systématique sur les interactions des deux tensioactifs cationiques avec l'ADN.Le premier tensioactif utilisé est un gemini tensioactifs cationiques 12-2-12∙2Br. Avant de l'utiliser avec l'ADN d'une caractérisation approfondie a été effectuée. L'équilibrage du 12-2-12∙2Br sur une interface air/eau en l'absence d'électrolyte est très lent. Ajout de NaBr affecte peu la cinétique d'adsorption à des temps courts, pendant lesquels l'adsorption de diffusion. Cependant, l'adsorption s'équilibre beaucoup plus rapide. La formation de micelles de tensioactif cationique gemini 12-3-12∙2Br a été étudiée. La concentration micellaire critique (CMC) augmente légèrement avec la température et diminue avec la force ionique. 12-3-12∙2Br interagit fortement avec l'ADN, en raison de l'attraction électrostatique entre les deux et les interactions hydrophobes entre les chaînes alkyles. Sel écrans l'attraction électrostatique, tout en augmentant la longueur d'écartement des Gémeaux tensioactif affaiblit son interaction avec l'ADN.Un autre agent a également été étudié pour sa capacité de liaison à l'ADN et nous présentons une étude systématique sur les interactions entre tensioactif cationique liquide ionique [C12mim]Br et de l'ADN par des techniques expérimentales et de dynamique moléculaire (MD) de simulation. En ajoutant [C12mim]Br, les chaînes d'ADN sont soumis à compactage, des changements conformationnels, avec le changement de charge nette portée par le complexe ADN/tensioactif. simulation de MD confirme les résultats expérimentaux.

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BENCHOKROUN, YOUSSEF. "Interactions des composes polyanioniques avec l'adn topoisomerase ii. Implications dans la thematique anticancereuse." Paris 6, 1996. http://www.theses.fr/1996PA066031.

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Abstract:

Afin de mieux comprendre les bases moleculaires des effets cytotoxiques de la suramine, nous avons developpe une lignee resistante a la suramine, dc-3f/su1000, par exposition continue a des concentrations croissantes de suramine. Nous avons montre que ces cellules dc-3f/su1000 presentent une resistance croisee aux inhibiteurs classiques de la topoisomerase ii comme l'amsacrine, la doxorubicine et l'etoposide et une diminution de l'induction du complexe clivable. Les activites catalytiques des topoisomerases i et ii dans les extraits nucleaires des cellules resistantes sont augmentee. L'augmentation de l'activite topoisomerase ii est probablement due a une augmentation dans la phosphorylation de l'enzyme. Par contre ni l'adn polymerase ni l'arn polymerase ne sont modifies dans les cellules resistantes dc-3f/su1000 (lelievre et al. , 1995). L'exposition continue et prolongee des cellules dc-3f/su1000 en presence de la suramine a provoque plusieurs modifications moleculaires telles que l'alteration de la topoisomerase i et ii. Ces alterations ne sont pas forcement liees directement a l'action cytotoxique de la drogue. Afin d'avoir une alteration plus specifique des cibles cellulaires de la suramine et confirmer l'action cytotoxique de la suramine sur la topoisomerase ii, nous avons developpe une autre lignee resistante a la suramine ; les cellules dc-3f/sum-1 par mutagenese des cellules parentales dc-3f suivie par une selection a la suramine. Lors de la mutagenese des cellules dc-3f. La quantite en proteine topoisomerase ii et des cellules resistantes dc-3f/sum-1 dans les lysats cellulaires et dans les noyaux n'a pas changee par rapport a la lignee parentale sensible. Les differences resident au niveau des complexes clivables stabilises par le vm-26, le vp-16 et le mamsa. Leur quantite est diminuee d'environ 2 fois par rapport aux cellules sensibles. On pense qu'une mutation au niveau de la topoisomerase ii des cellules resistantes a pu modifier la sensibilite de l'enzyme vis a vis de la suramine in vitro. Cependant, cette mutation semble alterer la localisation nucleaire de la topoisomerase ii, probablement due aux changements dans ses interactions avec d'autres facteurs dans le noyau. Cet efet pourrait expliquer la diminution des complexes clivables stabilises in vivo. De plus les cellules resistantes montraient une diminution d'environ 4 fois de la quantite de topoisomerase ii associee a la matrice nucleaire, alors que la quantite de topoisomerase ii n'a pas changee. Cette diminution de l'association de l'isoforme a l'adn pourrait etre la consequence d'une mutation de l'enzyme qui se reflete par une diminution de la sensibilite a la suramine. En conclusion, ces modifications sont responsables, de la diminution de l'activite catalytique de la topoisomerase ii dans ces cellules, de la resistance croisee a l'amsacrine et a l'etoposide et par une reduction de l'association de la topoisomerase ii a la matrice nucleaire

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TARNAUD, ERIC. "Synthese de nouvelles porphyrines tricationiques caracterisation et etude de leurs interactions avec l'adn." Paris 11, 1994. http://www.theses.fr/1994PA112338.

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Abstract:

Nous rapportons la synthese de porphyrines cationiques hydrosolubles couplees soit a un groupement bypiridyle de cuivre susceptible de catalyser l'hydrolyse des liaisons phosphodiesters de l'adn, soit des motifs peptidiques capables de reconnaitre des sequences specifiques et des conformations particulieres de celui-ci. Nous avons mis au point l'etude et la caracterisation de complexes porphyriniques par la spectrometrie de masse par desorption de plasma et temps de vol (pdms#2#5#2cf). Nous rapportons l'etude des interactions adn-porphyrines cationiques. Nous avons effectue une etude systematique de porphyrines simples, puis par comparaison avec celle-ci, nous avons determine le type d'association mis en jeu par les complexes bipyridyl et peptidyl-porphyrines que nous avons synthetise

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Boissieras, Joseph. "Étude des interactions de ligands et d'anticorps avec les i-motifs de l'ADN." Electronic Thesis or Diss., université Paris-Saclay, 2024. http://www.theses.fr/2024UPASF080.

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Abstract:

Les i-motifs sont des structures tétramériques d'ADN constituées de paires de bases CH+:C intercalées et qui peuvent se former dans des séquences d'ADN riches en cytosine, notamment dans les conditions légèrement acides (pH≈6,0) où certaines cytosines seront protonées. Bien qu'elles soient connues depuis plus de 30 ans, du fait de leur forte dépendance au pH ces structures ont longuement été considérées comme uniquement présentes in vitro. Plus récemment, en 2018, un anticorps iMab a été développé pour cibler les i-motifs et les études ont suggéré leur présence au niveau cellulaire. De nombreuses séquences pouvant former des i-motifs ont été identifiées dans des zones actives du génome, au niveau de télomères ou de promoteurs d'oncogènes, suggérant alors de potentiels rôles biologiques de cette structure. Afin de déterminer ces effets, des outils complémentaires à l'anticorps doivent être développés afin de pouvoir contrôler la formation et la stabilité du i-motif. Ces composés chimiques, capables de stabiliser la structure et ainsi de contrôler sa formation, sont appelés ligands. De nombreux composés ont été décrits au fil des années mais aucun composé n'a aujourd'hui été unanimement admis comme ligand de i-motif de l'ADN. Cette absence de ligand de référence s'explique notamment par les méthodes utilisées jusqu'à présent pour observer les interactions des molécules avec la structure du i-motif. En effet, les techniques employées ont été héritées des études d'autres structures d'ADN et de nombreux biais introduits par celles-ci ont été identifiés, remettant en question les effets précédemment observés. Afin d'éclaircir le sujet et de conclure sur les différents effets de composés, nous avons alors proposé une méthode d'étude spécifique aux i-motifs permettant d'évaluer les effets de ligands sur la structure. Pour cela, une méthode dite de titration potentiométrique, basée sur des études de dichroïsme circulaire à différents pH à température constante, a été développée et validée sur le i-motif. Cette technique permet d'observer sans marquage de l'ADN l'état de ce dernier à différents pH, et ainsi de détecter une stabilisation causée par un ligand. Cette méthode a ensuite été couplée à des études thermiques et les deux ont alors été utilisées pour tester différents composés issus de la littérature et observer leurs effets sur la stabilité du i-motif vis-à-vis du pH. Nos résultats montrent que parmi tous les composés testés, aucune des petites molécules testées n'est capable de stabiliser un i-motif natif. Si trois composés (TMPyP4, BRACO-19 et Mitoxantrone) ont montré un effet déstabilisant sur la structure, seul le complexe [Ru(phen)2dppz]2+ a montré une certaine capacité de stabilisation. Néanmoins, cette stabilisation n'a été observée que sur une séquence spécifique à longues boucles, suggérant que cette interaction ne se fait que par des interactions avec des boucles d'ADN. Les effets des autres composés ont également été étudiées sur ces boucles, suggérant que les effets précédemment observés dans la littérature ne résultent que d'interactions à longues boucles, non spécifiques au i-motif. Dans la seconde partie, la spécificité de l'anticorps iMab a également été testée et les résultats démontrent que cet anticorps cible des séquences d'ADN riches en cytosines et non spécifiquement le i-motif. D'autres résultats indiquent même que cet anticorps est capable de déplier le i-motif suggérant là encore que cet anticorps se lie aux séquences C-riches dépliées. Dans l'ensemble, les résultats présentés dans cette thèse ne montrent qu'aucun des composés testés n'est capable de stabiliser le i-motif en interagissant directement avec le i-motif, mettant en lumière les difficultés de cibler la structure. De plus, les résultats concernant l'anticorps remettent en question l'interprétation des foyers nucléaires observés dans d'autres études et qui représentent aujourd'hui les seules observations de i-motifs natifs au niveau cellulaire
I-Motifs are tetrameric DNA structures constituted by mutually intercalated CH+:C base pairs that can form in cytosine-rich DNA sequences under slightly acidic conditions (pH ≈ 6.0) where some of cytosines are protonated. They have been known for over thirty years, but due to their strong pH dependence, these structures were long considered to exist only in vitro. Quite recently, in 2018, studies renewed interest in the i-motif suggesting its presence at the cellular level, especially due to the development of the iMab antibody, raised against i-motifs. Numerous sequences capable of forming i-motifs have been identified in active regions of the genome, such as at telomeres or oncogene promoters, suggesting potentially important biological roles for this structure. To determine these effects, tools complementary to antibodies need to be developed to control i-motif formation and stability. These chemical compounds capable of stabilizing the structure and thus controlling its formation are called ligands. Many compounds have been described over the years, but none has yet been unanimously accepted as a ligand for DNA motifs. This absence of a reference ligand is partly explained by the methods used so far to observe small-molecule interactions with the i-motif structure. Indeed, the techniques employed were inherited from studies of other DNA structures, and many biases introduced by them have been identified, calling previous observations into question. To clarify the subject and conclude on the various effects of compounds, we proposed a specific method for studying i-motifs that allows the evaluation of ligands' effects on these structures. Toward this end, a potentiometric titration method, based on circular dichroism studies at different pH, was developed and validated for the i-motif. This technique allows the observation of DNA conformation without labelling at different pH, thereby detecting stabilization caused by a ligand by measuring the transition pH between folded and unfolded DNA, in isothermal conditions. This method was then coupled with thermal studies, and both were used to test different compounds previously described in the literature and observe their effects on the i-motif's stability in relation to pH. The results show that among all the tested compounds, none were capable of stabilizing native i-motifs. While three compounds (TMPyP4, BRACO-19, and Mitoxantrone) did indeed show a destabilizing effect on the structure, only the complex [Ru(phen)2dppz]2+ demonstrated some stabilizing capacity. However, this stabilization was only observed with a specific sequence with long loops, suggesting that this interaction occurs through interactions with DNA loops. The effects of other compounds on these loops were also studied, suggesting that the effects previously observed in the literature resulted from secondary, non-specific interactions with the i-motif loops. In the second part of this thesis, the selectivity of the iMab antibody was also assessed, and the results show that this antibody targets cytosine-rich DNA sequences rather than the i-motif specifically. Other results even indicate that this antibody can unfold the i-motif, further suggesting that it binds to unfolded C-rich sequences rather than to i-motifs. Overall, the results presented in this study show that none of the tested compounds could stabilize the i-motif by directly interacting with it, highlighting the difficulties of targeting this DNA structure. Additionally, the results concerning the iMab antibody call into question the interpretation of nuclear foci observed in other studies, which currently represent the only evidence of native i-motifs at the cellular level

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Bessiere, Damien. "Le domaine THAP de THAP1 : structure par RMN en solution et interaction avec l'ADN." Phd thesis, Université Paul Sabatier - Toulouse III, 2008. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00257781.

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Abstract:

La famille des protéines THAP est caractérisée par la présence d'un motif protéique, le domaine THAP, conservé au cours de l'évolution et retrouvé dans une centaine de protéines chez l'homme et les organismes animaux modèles. La protéine THAP1 humaine est impliquée dans la régulation du cycle cellulaire dans la voie pRb/E2F et dans la prolifération cellulaire. Le domaine THAP de THAP1 est un motif de liaison à l'ADN de type C-X2-4-C-X35-50-C-X2-H, séquence-spécifique et dépendant du zinc. Nous avons déterminé la structure tridimensionnelle du domaine THAP de THAP1 par Résonance Magnétique Nucléaire en solution. Ce doigt de zinc atypique de ~ 80 résidus se distingue par la présence d'un long motif ΒΑΒ entre les deux paires de ligands de coordination au zinc C2CH. Nous avons étudié la liaison du domaine THAP de THAP1 à sa séquence ADN spécifiquement reconnue en déterminant une constante de dissociation spécifique par Résonance Plasmonique de Surface et en réalisant des expériences d'empreinte RMN de façon à identifier les résidus impliqués dans la liaison à l'ADN. La combinaison des données de variation de déplacement chimique avec des données de mutagénèse dirigée nous a permis de localiser l'interface de liaison à l'ADN du domaine, correspondant à une zone chargée positivement, et de construire un modèle d'interaction protéine-ADN rendant compte d'une reconnaissance originale.

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Huambachano, Calderon Orlando Sandro. "PARP-1 : interaction du domaine de liaison à l'adn avec des oligonucléotides simple brin." Thesis, Université Laval, 2010. http://www.theses.ulaval.ca/2010/27398/27398.pdf.

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Bessière, Damien. "Le domaine THAP de THAP1 : structure par RMN en solution et interaction avec l'ADN." Toulouse 3, 2008. http://thesesups.ups-tlse.fr/175/.

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Abstract:

La famille des protéines THAP est caractérisée par la présence d'un motif protéique, le domaine THAP, conservé au cours de l'évolution et retrouvé dans une centaine de protéines chez l'homme et les organismes animaux modèles. La protéine THAP1 humaine est impliquée dans la régulation du cycle cellulaire dans la voie pRb/E2F et dans la prolifération cellulaire. Le domaine THAP de THAP1 est un motif de liaison à l'ADN de type C-X2-4-C-X35-50-C-X2-H, séquence-spécifique et dépendant du zinc. Nous avons déterminé la structure tridimensionnelle du domaine THAP de THAP1 par Résonance Magnétique Nucléaire en solution. Ce doigt de zinc atypique de ~ 80 résidus se distingue par la présence d'un long motif beta\alpha\beta entre les deux paires de ligands de coordination au zinc C2CH. Nous avons étudié la liaison du domaine THAP de THAP1 à sa séquence ADN spécifiquement reconnue en déterminant une constante de dissociation spécifique par Résonance Plasmonique de Surface et en réalisant des expériences d'empreinte RMN de façon à identifier les résidus impliqués dans la liaison à l'ADN. La combinaison des données de variation de déplacement chimique avec des données de mutagénèse dirigée nous a permis de localiser l'interface de liaison à l'ADN du domaine, correspondant à une zone chargée positivement, et de construire un modèle d'interaction protéine-ADN rendant compte d'une reconnaissance originale
The THAP proteins family is characterised by the presence of a protein motif, designed the THAP domain, conserved during evolution and found in a thousand of human and model animal organism proteins. Human THAP1 protein is a regulator of the cell cycle through pRB/E2F pathway. The THAP domain of THAP1 is a C-X2-4-C-X35-50-C-X2-H type of zinc binding module with sequence specific DNA-binding properties. We solved the three-dimensional structure of the THAP domain of THAP1 by solution Nuclear Magnetic Resonance. This atypical zinc finger of ~ 80 residues is distinguished by the presence of a long beta\alpha\beta motif between the two pairs of the C2CH zinc coordinating residues. We studied the DNA-binding of the THAP domain of THAP1 by the determination of a specific dissociation constant with Surface Plasmon Resonance studies and by performing chemical shift mapping in order to identify DNA-binding affected residues. Combining the chemical shift perturbation data with mutagenesis data allowed us to map the DNA-binding interface of the domain to a highly positively charged area and to build a DNA-protein interaction model showing an original way of recognition

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D'Augustin, de Bourguisson Ostiane. "Caractérisation de la dynamique de l'ADN-glycosylase OGG1 et de résidus responsables de son interaction avec l'ADN en cellules vivantes." Electronic Thesis or Diss., Rennes 1, 2022. http://www.theses.fr/2022REN1B060.

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Abstract:

L’ADN est constamment soumis à de nombreux stress, menaçant son intégrité et, par conséquent, le bon fonctionnement cellulaire. Pour y faire face, la cellule dispose de tout un arsenal de voies de réparation. L’une des altération du génome les plus fréquentes est l’oxydation de la guanine en 8-oxoguanine (8-oxoG). La 8-oxoG possède un fort potentiel mutagène du fait de son appariement préférentiel avec l’adénine au lieu de la cytosine lors de la réplication. Ainsi, elle doit être détectée et réparée à temps pour éviter la fixation dans le génome de mutation par transversion G:C vers T:A. Cette lésion appairée à une cytosine est détectée et excisée par la 8-oxoguanine ADN-glycosylase (OGG1), ce qui initie la réparation par excision de base. Si le fonctionnement d’OGG1 a été largement étudié in vitro et que de nombreuses données structurales sont disponibles, très peu d’études se sont penchées sur la dynamique de cette protéine au sein du noyau cellulaire. Le but de ma thèse était donc de caractériser la dynamique de recherche de la 8-oxoG par OGG1 et d’identifier les éléments (résidus ou fonctions) régulant cette dynamique. Ainsi, j’ai pu montrer que l’interaction avec l’ADN était un élément majeur de la recherche de la 8-oxoG par OGG1, et que muter les résidus impliqués dans l’interaction avec l’ADN perturbait la dynamique d’OGG1 et sa capacité à trouver et exciser la 8-oxoG. De même, la reconnaissance de la 8-oxoG, mais également celle de la cytosine lui faisant face, jouent toutes deux un rôle important dans le fonctionnement de l’ADN-glycosylase et son recrutement à la zone de dommages. Enfin, le motif NNN, très conservé mais très peu caractérisé jusqu’ici semble être essentiel à l’association spécifique avec la 8-oxoG mais pas à la dynamique de recherche
DNA is constantly subjected to various stress, threatening its integrity, and consequently, the proper functioning of the cell. In order to preserve the genomic integrity, the cell can activate a large set of repair pathways. One of the most common genomic alteration is the base modification 8-oxoguanine (8-oxoG), an oxidized form of guanine. It is highly mutagenic, due to its tendency to pair with adenine instead of cytosine during replication. Thus, it needs to be detected and repaired on time to avoid G:C to T:A transversions. 8-oxoG paired with cytosine is recognized and excised by the 8-oxoguanine DNA-glycosylase (OGG1), which initiates the base excision repair pathway. Although OGG1 has been widely studied in vitro and many structural data are available, many questions remain concerning the dynamics of the protein within the cell nucleus. Hence, the goal of my PhD project was to characterize the dynamics of OGG1 searching for 8-oxoG and get new insights about the residues or functions of OGG1 that regulate these dynamics. I was able to show that the interaction between OGG1 and DNA is crucial for the efficient search of 8-oxoG, and that mutating the residues involved in such interaction impairs OGG1 dynamics and its ability to detect and excise 8-oxoG. Similarly, 8-oxoG detection, but also that of the facing cytosine, both play an important role in the function of the DNA-glycosylase and in its ability to accumulate at the sites of damage. Finally, the NNN motif, which is highly conserved but very poorly characterized, seems to be essential to the specific association with 8-oxoG, but not for the nuclear exploration by OGG1

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Tremblay, Annick. "Caractérisation des interactions de l'ARN hY5 avec les autoanticorps anti-ARN hY5 ainsi qu'avec les protéines cellulaires." Thesis, National Library of Canada = Bibliothèque nationale du Canada, 1998. http://www.collectionscanada.ca/obj/s4/f2/dsk2/ftp01/MQ35711.pdf.

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Tremblay, Annick. "Caractérisation des interactions de l'ARN hY5 avec les autoanticorps anti-ARN hY5 ainsi qu'avec les protéines cellulaires." Sherbrooke : Université de Sherbrooke, 1998.

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LEGER, JEAN-FRANCOIS. "L'adn : une flexibilite structurale adaptee aux interactions avec les autres macromolecules de son environnement." Université Louis Pasteur (Strasbourg) (1971-2008), 1999. http://www.theses.fr/1999STR13094.

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Abstract:

L'etude mecanique des acides desoxyribonucleiques presentee dans ce travail de these, montre comment leurs etonnantes proprietes mecaniques de flexibilite structurale sont particulierement bien adaptees a l'interaction avec les autres molecules biologiques avoisinantes. Nous avons developpe un appareil de mesure de forces pour etudier l'elasticite d'une molecule d'adn unique. L'elasticite des molecules est utilisee comme sonde pour nous renseigner sur l'etat du systeme a des echelles trop petites pour permettre l'observation par microscopie optique. Le premier chapitre de cette these explore la richesse des changements structuraux que l'on peut induire sur l'adn en contraignant mecaniquement cette molecule par micromanipulation. Si l'on cherche a l'etirer, a l'enrouler ou le derouler, l'adn se deforme et adopte de nouvelles structures differentes de la structure canonique en double helice. Toutes les nouvelles structures d'adn observees sont assez proches energetiquement de la forme canonique. Les deformations imposees a une molecule entiere par micromanipulation pourraient etre localement induites simplement par agitation thermique. Ces conformations doivent apparaitre naturellement par fluctuation thermique. Nous avons essaye de mesurer directement la frequence de ces fluctuations thermiques de l'adn dans le deuxieme chapitre. Les cadences obtenues (de l'ordre de plusieurs dizaines de nanosecondes) sont lentes, laissant ainsi le temps aux interactions adn-proteine de s'effectuer. Le troisieme chapitre aborde l'etude explicite de l'interaction adn-proteine a l'aide d'experiences de micromanipulation. Beaucoup de complexes adn-proteine dont les structures ont ete resolues par cristallographie ou rmn presentent des molecules d'adn tres deformees. Nous montrons en quoi la flexibilite structurale intrinseque de l'adn lui permet de se plier aux exigences des autres molecules avec lesquelles il interagit.

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Elqaidi, Samir. "Etude de la spécificité d'interaction des protéines homologues Mlc et NagC avec l'ADN." Paris 6, 2008. http://www.theses.fr/2008PA066434.

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Abstract:

Les protéines homologues NagC et Mlc sont des régulateurs de la transcription des gènes d'utilisation des sucres chez E. Coli. In vitro, chacune des deux protéines peut interagir avec l'opérateur de l'autre alors qu'aucune régulation croisée n'a été détectée in vivo. Pour comprendre les aspects moléculaires de cette spécificité étroite, nous avons muté les opérateurs du gène ptsG qui est régulé par Mlc, et identifié deux caractéristiques principales permettant de basculer ce gène vers le régulon NagC. Afin de caractériser d'autres gènes régulés par NagC ou Mlc, nous avons effectué une analyse in silico dont les résultats suggéraient l'appartenance du gène galP au régulon NagC. L'étude de la région régulatrice de ce gène a montré que NagC réprime l'expression du gène galP en coopération avec GalR et GalS, isorépresseurs du régulon gal, et que ce contrôle correspondrait à un nouveau mode de régulation, impliquant les régulateurs spécifiques de deux voies métaboliques distinctes.

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Paillusson, Fabien. "Contribution de la physique des colloïdes à la modélisation de l'interaction de nanoparticules avec l'ADN." Paris 6, 2010. http://www.theses.fr/2010PA066651.

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Abstract:

Cette thèse a eu pour objet de modéliser des protéines devant se lier à l'ADN pour assurer leur rôle fonctionnel. En nous restreignant à une description effective, il nous a été possible de calculer l'interaction non spécifique électrostatique d'une protéine avec un segment d'ADN en solution, en utilisant des outils théoriques provenant de la physique des colloïdes. Les protéines auxquelles nous nous sommes intéressés étant chargées positivement et l'ADN étant chargé négativement, ces deux objets doivent en principe s'attirer l'un l'autre jusqu'au contact. Notre étude a montré qu'en réalité si les colloïdes sont concaves (ce qui est le cas pour un grand nombre de protéines), cette interaction attractive entre deux corps de charges opposées laisse place à une force répulsive à courte distance de séparation. L'origine physique de cette répulsion à courte portée a pu être identifiée comme étant le piégeage de contre-ions de l'ADN dans l'espace interstitiel entre les deux macromolécules pour assurer l'électroneutralité locale du système en solution. L'existence d'un complexe non spécifique à une distance de l'ordre de quelques Angströms entre un segment d'ADN et une protéine nous a permis de proposer un double rôle fonctionnel pour la forme concave de cette dernière. De part la généralité des effets physiques prédits, il nous a également été possible d'étrendre nos résultats à l'étude de la génotoxicité de nanoparticules utilisées pour des applications biomédicales et qui, de part leur taille, peuvent pénétrer à l'intérieur des cellules

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Boitte-Haddou, Nezha. "Synthèse de dérivés anthraquinoniques : étude de leurs propriétés physicochimiques, biologiques et d'interaction avec l'ADN." Lille 1, 1996. https://pepite-depot.univ-lille.fr/LIBRE/Th_Num/1996/50376-1996-91.pdf.

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Abstract:

La mitoxantrone est un médicament anticancéreux de la famille des aminoalkylaminoanthracene-9,10-diones qui a prouvé son efficacité clinique. Elle est utilisée dans le traitement de première intention du cancer du sein. Elle interagit avec l'adn par un processus d'intercalation. L'objectif de cette étude était d'obtenir des composes capables de se lier à l'adn avec une grande affinité et une spécificité de liaison pour des sites particuliers. Dans cette optique, une pharmacomodulation de la mitoxantrone, axée principalement sur la nature des chaînes latérales, a été réalisée. En effet, le noyau anthraquinonique plan de la mitoxantrone, potentiellement intercalant, a été associé à des bras polyamines par analogie aux polyamines naturelles, au peptide chélateur gly-gly-l-his et au résidu bispyrrolique de la netropsine ligand du petit sillon de l'adn, se liant à des séquences oligonucléotidiques riches en adénine et en thymine. Leur mode de liaison à l'adn a été étudié par plusieurs techniques physicochimiques (viscosimétrie, quenching de fluorescence, dichroïsme linéaire électrique, dichroïsme circulaire) et de biologie moléculaire (footprinting). L'activité biologique a été évaluée in vitro et in vivo pour l'un d'entre eux. Cette étude a permis d'explorer deux concepts originaux : le concept peptide chélateur-intercalant et le concept peptide liaison spécifique-intercalant

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Couppez, Maurice. "Les histones H2A, H2B, H3 et H4 : préparation, fragments, structure secondaire, immunologie, interaction avec l'ADN, acétylation." Lille 1, 1996. http://www.theses.fr/1996LIL12034.

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Abstract:

Les histones constituent, abstraction faite de l'eau, environ le tiers de la masse du noyau ; ce sont des constituants intrinsèques de la chromatine. Nous avons décrit cette dernière sous son aspect statique (composition, structure) et sous son aspect fonctionnel (réplication, mitose, différentiation, transcription). Une attention particulière a été accordée aux modifications post-synthétiques des histones. Après avoir mis au point un protocole permettant l'obtention de grandes quantités d'histones pures, nous avons utilisé une partie de celles-ci pour la préparation de grands fragments. Les histones h3 et h4 ont pu d'autre part être fractionnées selon leur degré d'acétylation (acétylation post-traductionnelle des fonctions epsilon-amine des lysines) par deux méthodes de chromatographie d'échange d'ions. L'une est effectuée à pH 6,8 en milieu réducteur à partir d'un mélange d'histones h3 et h4. Les histones sont élues sous forme de complexes h3-h4, dans l'ordre décroissant de leur degré d'acétylation. L'autre méthode qui procède à partir d'une histone isolée est moins douce (urée 6m, pH 3) mais conduit à la séparation totale des sous-espèces de l'histone h4. Tout ce matériel a été utilisé pour des études biochimiques, biophysiques et immunologiques, ce qui a permis notamment les observations qui suivent : les propriétés antigéniques sont liées à la structure secondaire. Les zones en hélice des histones sont essentielles dans la stabilisation de l'ADN en forme b. Le comportement in vitro des histones h3 et h4 dépend étroitement du variant d'histone h3 considère et du milieu. Les particules, reconstituées à partir d'histones acétylées, ou non acétylées, apparaissent semblables en microscopie électronique et en dichroïsme circulaire, mais différent quelque peu par leurs propriétés antigéniques. L'acétylation de l'histone h4 se fait dans un certain ordre, cet ordre dépend du processus cellulaire dans lequel elle est impliquée

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Lefrançois, Marc. "Interaction des sites abasiques de l'ADN avec des effecteurs modèles : dosage, étude enzymatique et application pharmacologique." Châtenay-Malabry, Ecole centrale de Paris, 1991. http://www.theses.fr/1991ECAP0197.

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Abstract:

Nous avons développé une méthode de dosage des sites abasiques présents dans l’ADN des cellules eucaryotes. Cette méthode, associant les propriétés de coupure du tripeptide Lys-Trp-Lys au niveau des sites apuriniques/apyrimidiniques et la technique d'élution alcaline, a permis de montrer qu'il existe environ 1500 à 2000 de ces sites par génome de cellule l1210. Nous avons ensuite poursuivi l'étude de l'interaction entre la 9-amino-ellipticine et les sites apuriniques et de ses conséquences. Nous avons montré que la 9-aminoellipticine coupe le brin d’ADN porteur d'un site apurinique de cote de la lésion. De plus, les propriétés spécifiques d'interaction avec les sites apuriniques permettent à cette molécule d'inhiber un système enzymatique mimant la réparation par excision de bases. Sur des cellules eucaryotes, cependant, la 9-aminoellipticine n'induit pas de potentialisation détectable de l'activité cytotoxique de certains agents alkylants qui provoquent sur l’ADN des lésions corrigées par ce mécanisme de réparation

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Chartier, François. "La protéine chromosomale MC1 isolée d'archaebactéries de la famille des Methanosarcinaceae : Structure primaire et interaction avec l'ADN." Lille 1, 1989. http://www.theses.fr/1989LIL10064.

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Étude de la protéine mc1 (protéine chromosomique) d'archaeobactéries de la famille des méthanosarcinaceae: structure primaire et étude de sa variabilité. Une région particulière formée de 3 coudes beta juxtaposés semble correspondre au domaine d'interaction avec l'ADN. La protéine MC1 ne présente aucune homologie de séquence avec les protéines chromosomiques des eucaryotes ou des eubactéries ; elle est capable de stabiliser l'ADN contre la dénaturation thermique. Quand la protéine MC1 est complexée à l'ADN dans un rapport physiologique, une forte stimulation de la transcription de l'ADN est observée in vitro.

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MARX-LARRAZABAL, MAITE. "Synthese de derives de l'ellipticine : relation entre cytotoxicite et pouvoir antitumoral et interaction avec l'adn topoisomerase ii." Toulouse 3, 1989. http://www.theses.fr/1989TOU30148.

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Abstract:

Notre travail a consiste a synthetiser differentes ellipticines pour en etudier d'une part les proprietes pharmacologiques, et d'autre part, pour rechercher s'il existait une correlation entre leur cytotoxicite et leur aptitude a interagir avec l'adn topoisomerase ii, cette enzyme etant consideree comme une cible potentielle des ellipticines. Nous avons obtenu deux molecules qui presentent des activites antitumorales tres superieures a celle des autres produits. Par contre, nous n'avons pu etablir de correlation entre la cytotoxcicite des ellipticines et leur pouvoir antitumoral sur les leucemies l1210 et p388. Par ailleurs, nous avons montre que toutes les molecules etudiees qui interagissent avec l'adn topoisomerase ii sont 9-hydroxylees. Le pourcentage de complexes clivables qu'elles forment decroit avec leur cytotoxicite et tend vers un plateau pour des ci#5#0 superieures ou egales a 1 um. Toutefois, l'adn topoisomerase ii ne peut etre consideree comme cible unique pour ces produits etant donne que certains d'entre eux ont presente une cytotoxicite et un pouvoir antitumoral non negligeables alors qu'ils ne forment pas de complexes clivables. Cette etude nous a egalement permis de reveler une autre molecule tres interessante dans le sens qu'elle est capable d'induire la formation d'un pourcentage en complexes clivables superieur a celui de la molecule temoin vp16. Il conviendrait a present de poursuivre l'etude de ce compose

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PIARD, KARINE. "Le pcna (proliferating cell nuclear antigen) de schizosaccharomyces pombe : interaction avec l'adn polymerase et relations structure / fonction." Paris 7, 1998. http://www.theses.fr/1998PA077271.

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Abstract:

Notre laboratoire travaille sur la replication de l'adn et son controle au cours du cycle cellulaire en utilisant la levure schizosaccharomyces pombe comme systeme modele. Nous nous sommes plus particulierement interesse a deux proteines replicatives, l'adn polymerase (pol ) et le pcna. La pol de mammiferes est composee d'une sous-unite catalytique de 125 kda (p125) et d'une sous-unite de 50 kda (p50) qui n'a pas de fonction enzymatique connue. Le pcna est une proteine homotrimerique impliquee dans la replication (il stimule l'activite de la pol ), la reparation de l'adn et le controle du cycle cellulaire. Dans un premier temps, nous avons etudie l'interaction entre la pol et le pcna de s. Pombe et avons montre qu'il n'y a pas d'interaction directe entre la p125 et le pcna, ce qui suggere que la p50 pourrait etre le mediateur de l'interaction pol /pcna. Dans un deuxieme temps, nous nous sommes interesse a l'etude des relations structure/fonction du pcna de s. Pombe. Nous avons introduit des mutations au hasard sur la molecule de pcna et, grace a un crible genetique, nous avons isole 2 mutants ponctuels letaux incapables de complementer une souche de s. Pombe deletee du gene codant pour le pcna. Ces mutants n'activent plus la pol de s. Pombe, du fait d'un defaut de trimerisation. Nous avons ainsi identifie deux acides amines indispensables au maintien de la structure tridimensionnelle du pcna et a sa fonction en tant que cofacteur de la pol. Dans une troisieme partie du travail, nous nous sommes interesse au probleme de la toxicite du pcna lorsqu'il est surexprime. Il a ete montre que la surexpression du pcna provoque un allongement des cellules de s. Pombe du a un ralentissement de la phase g2 du cycle cellulaire. En surexprimant differentes deletions du pcna dans les cellules de s. Pombe, nous avons identifie deux regions du pcna potentiellement impliquees dans l'effet toxique. Des experiences complementaires devront etre realisees pour confirmer que ces regions sont effectivement responsables de l'effet toxique.

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DIMOVA, DILIANA. "La proteine regulatrice argr de bacteries hyperthermophiles du genre thermotoga : clonage, thermostabilite et interactions avec l'adn." Nantes, 2000. http://www.theses.fr/2000NANT2027.

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Abstract:

Afin d'etudier la regulation transcriptionnelle chez les micro-organismes hyperthermophiles, nous avons choisi comme modele les genes du metabolisme de l'arginine chez des representants du genre thermotoga. Le gene argr a ete clone a partir des bacteries t. Neapolitana et t. Maritima. D'apres des experiences d'exclusion-diffusion, les monomeres de la proteine argr (17. 2 kda) s'assemblent en trimeres en absence d'arginine. Les trimeres identiques peuvent eux-memes former des hexameres soit en presence d'arginine, soit a des concentrations elevees en proteine. L'analyse par dichroisme circulaire de la proteine argr revele qu'elle possede une temperature de denaturation d'environ 103\c et qu'elle est tres resistante a l'action de l'uree. Un operateur putatif nomme argr 0, presentant une sequence proche de celle des operateurs arg identifies chez d'autres bacteries, a ete mis en evidence en amont du gene argr de t. Neapolitana. Des experiences de retardement sur gel ont ete realisees pour examiner les interactions de la proteine argr avec argr 0. La proteine est capable de se fixer sur cette cible meme apres 24 h de traitement a 95\c. En consequence, nous avons developpe une methode d'identification de la region d'interaction de l'adn avec la proteine argr qui a permis de preciser la position de l'operateur argr 0. La fixation de la proteine argr augmente la temperature de denaturation de l'adn cible de 15\c a des concentrations faibles en sels. La proteine montre une affinite importante pour l'operateur argr 0 dans une gamme de temperatures allant de 4\c a 80\c et cette affinite est plus forte en absence d'arginine qu'en sa presence. Par contre, vis-a-vis de l'operateur argg 0 1, situe en amont des genes de la voie de biosynthese de l'arginine, argghcjbd de t. Maritima, l'affinite de la proteine argr est plus elevee en presence d'arginine qu'en son absence. La proteine argr du genre thermotoga se comporte comme un surrepresseur, car elle empeche la croissance des cellules hotes d'escherichia coli sur milieu minimum meme en presence d'arginine. Dans le meme contexte, la proteine est capable de fixer l'operateur heterologue argc 0 de bacillus stearothermophilus. Elle reprime faiblement la transcription des genes-rapporteurs a partir du promoteur pargc de b. Stearothermophilus dans les cellules d'e. Coli et dans le systeme in vitro de transcription-traduction couple d'e. Coli. Cette repression est plus accentuee pour le mutant ser107gln d'argr qui possede une dependance importante vis-a-vis de l'arginine. Nos resultats montrent donc, que grace a sa capacite a se fixer de facon arginine-dependante ou arginine-independante sur des operateurs differents, la proteine argr peut jouer un role global dans la regulation de la transcription des genes chez les bacteries hyperthermophiles.

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KOCISOVA, EVA. "Activites antivirales et anticancereuses de l'hypericine et de l'hypocrelline : etudes des interactions avec l'adn et l'albumine." Paris 6, 1999. http://www.theses.fr/1999PA066666.

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Abstract:

Les anthraquinones, hypericine et hypocrelline, se trouvant respectivement dans les plantes de la famille hypericum et dans le champignon parasite hypocrella bambusae suscitent un grand interet depuis quelques annees. Ces pigments sont capable d'inhiber la replication de certains types de virus, par exemple hiv-1, et d'induire des activites antineoplasiques. Pour comprendre les mecanismes principaux de leurs interactions avec les cibles cellulaires, nous avons etudies par differentes techniques experimentales, leurs modes d'interactions avec quelques molecules biologiques importantes (oligonucleotides pour l'hypericine et albumine du serum humain pour l'hypericine et l'hypocrelline). Pour le complexe albumine/hypericine, l'hypericine interagit par son groupe carbonyle avec le groupe n1-h du thryptophane qui se trouve dans le sous domaine iia de la proteine, en formant un pont hydrogene. En ce qui concerne l'hypocrelline on a montre l'existence de plusieurs sites de fixation, non specifiques et situes a l'exterieur de la proteine, chacune de ces liaisons influencant la structure generale de l'albumine. Dans les adn en double helice, les sequences de nucleotide ag et dans une moindre mesure ga ont ete identifiees comme les cibles specifiques de l'hypericine. Le travail sur les oligonucleotides de differentes longueurs (douze, six et quatre bases) a montre que la structure secondaire et l'arrangement structural autour la cible de l'oligonucleotide sont extremement importants pour la formation du complexe. L'hypocrelline n'interagit pas avec l'adn.

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HURSTEL, SERGE. "Le represseur lexa du systeme sos d'escherichia coli : purification des fragments d'autoclivage, interactions avec l'adn, cristallisation." Université Louis Pasteur (Strasbourg) (1971-2008), 1989. http://www.theses.fr/1989STR13137.

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Abstract:

L'activite d'autoclivage du represseur lexa du systeme sos est utilisee pour obtenir les deux fragments specifiques de cette proteine. L'interaction cooperative du fragment amino-terminal avec l'adn est etudiee par des experiences de protection des cycles desoxyribose de l'operateur; le fragment carboxy-terminal est responsable de l'oligomerisation de l'adn

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Thiebaut, Frédéric. "Photomarquage d'affinité couplé à la spectrométrie de masse pour l'identification de protéines interagissant avec des modifications épigénétiques de l'ADN." Thesis, Paris 6, 2017. http://www.theses.fr/2017PA066490/document.

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Abstract:

Au cours des dernières décennies, la méthylation de l'ADN en position 5 de la cytosine est apparue comme une importante modification épigénétique qui joue un rôle essentiel dans le contrôle spécifique de l'expression des gènes. Cependant, les mécanismes impliqués dans la régulation de la méthylation de l'ADN restent incompris. Des études récentes ont montré que des protéines de type oxydases, nommées TET, peuvent catalyser l'oxydation de la 5-méthylcytosine (5mC) et générer des dérivés oxydés de celle-ci ce qui soulève la question du rôle biologique des formes oxydées de la 5mC. L'identification et la caractérisation des protéines interagissant avec ces formes oxydées devraient permettre une meilleure compréhension de la fonction de ces modifications de l'ADN et de la régulation de la méthylation de l'ADN. Dans ce projet, nous avons développé des sondes photoactivables basées sur l'ADN pour capturer, isoler et caractériser les protéines associées à ces modifications épigénétiques de l'ADN. Tout d'abord, nous avons conçu et évalué les propriétés de différentes sondes oligonucléotidiques photoactivables. Nous avons ensuite réalisé une étude méthodologique afin de caractériser au niveau moléculaire les photoadduits obtenus par MALDI-TOF. Enfin, nous avons développé une méthode de pull-down couplé à du photomarquage et associée à une analyse protéomique par spectrométrie de masse afin d’identifier les protéines ayant une affinité spécifique pour ces modifications épigénétiques
Over the past few decades, DNA methylation at the 5-position of cytosine has emerged as an important epigenetic modification that plays essential roles in the specific control of gene expression. However, the mechanisms involved in the regulation of DNA methylation remain unclear. Recent studies have shown that oxidase proteins, called TETs, can catalyze the oxidation of 5-methylcytosine (5 mC) and generate oxidized derivatives thereof, raising the question of the biological role of the oxidized forms of 5mC. The identification and characterization of proteins interacting with these oxidized forms should allow for a better understanding of the function of these DNA modifications and the regulation of DNA methylation.In this project, we develop DNA-based photoactivatable probes to capture, isolate and characterize the proteins associated with these epigenetic DNA modifications. First, we designed and evaluated the properties of different photoactivatable oligonucleotide probes. We then carried out a methodological study in order to characterize at the molecular level the obtained photoadducts by MALDI-TOF. Finally, we developed a pull-down method coupled to photolabelling and associated with proteomic analysis by mass spectrometry to identify proteins with specific affinity for these epigenetic changes

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Mansouri, Souad. "Synthèse, interactions avec l'ADN et activité photonucléasique de chlorophylles modifiées : des pyrophéophorbides liés à une chaîne polyaminée." Toulouse 3, 1994. http://www.theses.fr/1994TOU30079.

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Abstract:

Le but de cette these est de rechercher de nouveaux colorants ayant une bonne activite photonucleasique. Dans cette optique, de nouveaux photosensibilisateurs absorbant dans le rouge et presentant une bonne affinite pour l'adn, les pyropheophorbides a couples a une chaine polyaminee, ont ete prepares. Une methodologie de synthese a tout d'abord ete mise au point sur des derives de la protophorphyrine ix couples sur une chaine n,n-dimethylethylenediamine puis etendue a des pyropheophorbides couples soit a une chaine n,n-dimethylethylenediamine soit a la spermidine. Dans ce dernier cas, la spermidine comportant deux fonctions amines bloquees a ete synthetisee. L'etude par spectroscopie d'absorption, d'emission et par dichroisme circulaire de ces differents pyropheophorbides a permis d'etablir que ces composes etaient sous forme agregee en solution aqueuse alors qu'ils etaient sous forme libre (ou peu agregee) en solution alcoolique. Elle a permis egalement de montrer que ces composes se lient a l'adn selon deux modes d'interactions differents qui dependent du rapport adn/colorant. Les proprietes photonucleasiques des composes ont ete etudiees. Il a ete montre que sous irradiation a 400 nm et a 690 nm, tous les pyropheophorbides precedemment synthetises photosensibilisent la coupure de l'adn de phage x 174 selon un mecanisme d'action qui a ete determine. Ces composes ont une efficacite comme agents de coupure du meme ordre de grandeur que celle des protoporphyrines ix analogues tout en presentant l'avantage par rapport a ces composes de pouvoir etre irradies a 690 nm (longueur d'onde interessante en phototherapie). De tous les composes etudies, le compose le plus efficace est le pyropheophorbide comportant une chaine spermidine

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Sari, Marie-Agnès. "Syntheses de porphyrines cationiques solubles dans l'eau et etude de leurs interactions avec l'adn de thymus de veau." Paris 6, 1988. http://www.theses.fr/1988PA066528.

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Preparation et caracterisation de porphyrines cationiques dont le nombre et la position des charges varient. Cytotoxicite vis-a-vis des cellules l1210 et de bacteries sensibles aux intercalants et deficients ou non dans leurs systemes de reparation de l'adn

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Caspar, Régis. "Etude des interactions de complexes de ruthénium optiquement purs avec l'ADN : reconnaissance chirale à l'échelle moléculaire et supramoléculaire." Paris 6, 2004. http://www.theses.fr/2004PA066038.

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Sari, Marie-Agnès. "Synthèses de porphyrines cationiques solubles dans l'eau et étude de leurs interactions avec l'ADN de thymus de veau." Grenoble 2 : ANRT, 1988. http://catalogue.bnf.fr/ark:/12148/cb37618446x.

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Cisse, Cheickna. "Etude structurale des aptamères peptidiques anti-Fur et de leur interaction avec leur cible." Phd thesis, Université de Grenoble, 2012. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00846781.

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Abstract:

Fur (Ferric Uptake Regulator) est un régulateur transcriptionnel spécifique des bactéries qui intervient dans le contrôle de l'homéostasie du fer, ce qui en fait une cible antibactérienne intéressante. Avant mon arrivée au laboratoire, quatre inhibiteurs interagissant spécifiquement avec Fur avaient été isolés. La partie active de ces inhibiteurs consiste en des peptides de 13 acides aminés. Au cours de cette thèse, j'ai utilisé une double-approche : théorique et expérimentale pour étudier l'interaction de ces peptides avec Fur afin de comprendre le mécanisme d'inhibition. J'ai synthétisé plusieurs séquences peptidiques, montré par des tests biochimiques que certaines inhibaient Fur et déterminé les interactions importantes à l'activité inhibitrice. J'ai obtenu des modèles théoriques des complexes Fur/peptides par amarrage moléculaire, cohérents avec les résultats expérimentaux, qui ont mis en évidence une zone d'inhibition de Fur. Des criblages in silico dans cette zone ont permis de sélectionner de petites molécules, inhibitrices potentielles de Fur et donc intéressantes pour des applications thérapeutiques.

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Dissertations / Theses on the topic 'Interaction avec l'ARN'

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