Academic literature on the topic 'Imagerie en biologie – Expérimentation animale'

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Journal articles on the topic "Imagerie en biologie – Expérimentation animale"

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VEISSIER, I. "Expérimentation animale : biologie, éthique, réglementation." INRAE Productions Animales 12, no. 5 (July 1, 1999): 365–75. http://dx.doi.org/10.20870/productions-animales.1999.12.5.3897.

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Abstract:
L’expérimentation sur des animaux, êtres vivants sensibles, reçoit souvent des critiques car elle peut entraîner des souffrances qui, aux yeux de certains, sont injustifiées. Cet article a pour objectif d’apporter des éléments de biologie, d’éthique et de réglementation à la réflexion sur la légitimité de l’expérimentation animale. Les réactions de stress et les symptômes de la douleur sont décrits. Etant donné que ces réactions peuvent avoir des conséquences sur le fonctionnement de l’organisme, il apparaît nécessaire de limiter le stress lors des expériences (à moins que cela soit le sujet d’étude). La réflexion éthique renvoie à ce qu’il est recevable ou non de faire. Bien que le statut de l’animal ait évolué de celui d’objet au service de l’Homme vers celui d’être sensible motivé pour vivre, les philosophes accordent généralement une place à l’expérimentation animale, arguant d’une certaine différence entre l’Homme et l’animal. De leur côté, certains biologistes proposent des règles de conduites (3 R : remplacement, réduction, raffinement) ou des modes d’évaluation de la recherche permettant de peser d’une part l’intérêt d’une expérimentation et d’autre part les contraintes imposées aux animaux. La réglementation française en matière d’expérimentation animale repose sur l’autorisation des chercheurs. Dans d’autres pays, les projets d’expérimentation doivent faire l’objet d’une autorisation après évaluation par un comité composé à la fois de chercheurs et de personnes n’expérimentant pas sur animaux.
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Dissertations / Theses on the topic "Imagerie en biologie – Expérimentation animale"

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Rucher, Guillaume. "Imagerie moléculaire des lésions d'athérosclérose vasculaires et valvulaires chez la souris." Thesis, Normandie, 2019. http://www.theses.fr/2019NORMC401/document.

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Abstract:
Les lésions d’athérosclérose sont une des causes majeurs du développement de pathologies cardiovasculaires. Cette pathologie chronique à l’origine inflammatoire est caractérisée par des mécanismes moléculaires et cellulaires complexes. L’activité de minéralisation retrouvée au sein des lésions est un critère clé de l’avancée de la maladie. A l’aide d’un modèle murin d’athérosclérose accélérée et de travaux d’optimisation technique, nous avons exploré la faisabilité de l’exploitation de l’imagerie par tomographie à émission de positons au fluorure de sodium associée à l’imagerie à résonance magnétique de la pathologie dans un modèle murin d’athérosclérose accélérée. Dans ce travail nous avons mis en évidence une activité de minéralisation précoce et soutenue associée à un statut inflammatoire plus avancé chez les animaux insuffisants rénaux. Ajouté à cela, nous avons mis en place un nouveau modèle murin de rétrécissement aortique calcifié par irradiation localisée
Atherosclerosis lesions are a leading cause of cardiovascular events. Atherosclerosis is a chronic inflammatory disease including complex molecular and cellular mechanisms. Mineralization process within the atherosclerosis lesions is a key feature of the disease development. Using a mouse model of accelerated atherosclerosis and imaging optimisation study, we showed the feasability of sodium fluoride positron emission tomography combined to magnetic resonance imaging to assess molecular activity in a mouse model of accelerated atherosclerosis. We showed that uremic animals had an early and sustained mineralization activity associated to an advanced inflammatory state. Furthermore, we developped a new mouse model of calcified aortic stenosis using targeted radiation exposure
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Guillemant, Marie. "Development of a three-photon microscope for awake and behaving non-human primates." Electronic Thesis or Diss., université Paris-Saclay, 2023. http://www.theses.fr/2023UPASL025.

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Abstract:
La microscopie multiphotonique est devenue un outil essentiel pour étudier l'activité fonctionnelle de la souris mais son application à des animaux plus grands se heurte à plusieurs obstacles. Il serait particulièrement avantageux de pouvoir l'appliquer aux macaques, car ils représentent un modèle animal de choix pour comprendre les mécanismes neuronaux des fonctions cognitives de haut niveau, telles que l'attention, la mémoire et la conscience. L'un des principaux facteurs limitant à l'imagerie chez les grands animaux est la dure-mère. Cette couche de tissu épaisse et opaque protège le cerveau, mais elle est si épaisse chez les grands animaux qu'elle entrave l'imagerie. Elle est donc couramment enlevée mais cela conduit à une préparation hautement invasive et instable. L'objectif principal de ce travail est d'étudier la possibilité d'enregistrer l'activité fonctionnelle du cortex du macaque rhésus à travers la dure-mère naturelle.Une installation de microscopie multiphotonique a été conçue avec des chemins optiques de microscopie à deux et trois photons pour pouvoir faire des enregistrements sur des primates non humains vigiles. La fréquence de répétition du laser est de 2MHz, ce qui permet une profondeur d'imagerie maximale à l'intérieur du cortex de 520µm à 960nm et 715µm à 1300nm en la présence d'une dure-mère de 120µm d'épaisseur à la surface. Le champ de vision est de 620x630µm² avec une fréquence d'acquisition de 7,8Hz en utilisant un balayage unidirectionnel. En plus de cette installation, des implants chirurgicaux ont été développés pour une imagerie stable sur le long-terme de sujets vigiles.En utilisant une étude ex vivo de la dure-mère d'un macaque rhésus, les aberrations optiques induites par celle-ci ont été étudiées en mesurant la diminution de la résolution spatiale du microscope pour une épaisseur variable de dure-mère. Ceci révèle qu'elle n'a pas d'impact significatif sur la résolution pour une épaisseur allant jusqu'à 150µm à 1300nm. La longueur d'atténuation effective de la dure-mère naturelle est estimée à 56.5±10.1µm à 960nm et 80.7±5.3µm à 1300nm. Ces valeurs sont utilisées pour modéliser la profondeur maximale d'imagerie en fonction de la fréquence de répétition du laser et de l'épaisseur de la dure-mère.Ce modèle est ajusté et validé à l'aide de données in vivo provenant de deux primates non humains. La longueur d'atténuation effective de la dure-mère naturelle et d'une repousse de tissu après une durectomie (appelée "néomembrane") sont étudiées. Des enregistrements fonctionnels ont été réalisés chez la souris et prétraités avec Suite2P. Les paramètres d'injection virale ont été testés chez trois macaques et nous avons enregistré l'activité structurelle et fonctionnelle de neurones pour l'un d'eux au moment de l'étude.Enfin, la comparaison entre l'utilisation de la microscopie à deux ou trois photons pour l'étude du primate non humain est discutée.En conclusion, nous avons mis en place et optimisé un microscope multiphotonique pour l'imagerie vigile et à long-terme du cortex de primates non-humains et montré qu'il était possible d'enregistrer le cortex jusqu'à plus de 700µm de profondeur (ce qui correspond aux couches L2/L3) tout en gardant la dure-mère naturelle en place
Multi-photon microscopy has become a standard technique to study the structural and functional activity in mice but it faces obstacles to be applied in larger animals. It would be particularly advantageous to be able to apply it to macaque monkeys, as they are the animal model of choice to understand the neural mechanisms of high-level cognitive functions such as selective attention, working memory and consciousness. One of the main limiting factors for imaging in larger animals is the dura mater. This tough and opaque layer of tissue protects the brain but is so thick in larger animals that it obstructs imaging. It is therefore commonly removed but this leads to a highly invasive and unstable preparation. The main aim of the current work is to investigate the possibility to record functional activity from the cortex of the rhesus macaque monkey through the natural dura.A multi-photon microscopy setup has been designed with a two-photon and a three-photon microscopy optical paths to record from awake macaque monkeys. The repetition rate of the laser is 2MHz which allows a maximum imaging depth inside the cortex of 520µm at 960nm and 715µm at 1300nm with an additional 120µm-thick layer of dura mater at the surface. Resonance-galvo scanning is used to allow a maximal frame rate of 15.6Hz at a field of view of 620x630µm². In addition to the setup, surgical implants have been developed for long-term and awake imaging.Using an ex vivo study of dura mater from a macaque monkey, the induced optical aberrations are studied by measuring the decrease in spatial resolution of the setup for a varying thickness of dura mater. This reveals that it has no significant impact on the spatial resolution for a thickness up to 150µm at 1300nm. The effective attenuation length of the dura mater is estimated to be 56.5±10.1µm at 960nm and 80.7±5.3µm at 1300nm. These measurements are used to model the maximum imaging depth that can be reached according to the repetition rate of the laser and the thickness of the dura.This model is adjusted and validated using in vivo data from two non-human primates. The effective attenuation length of the natural dura mater and of a regrowth of tissue following a durectomy (called a 'neomembrane') are investigated. Functional recordings have been performed in mice and preprocessed using Suite2P. Viral injection parameters have been tested in three macaque monkeys and we have so far recorded the in vivo structural and functional activity of neurons in one. Finally, the comparison between the use of two- and three-photon microscopy to study non-human primates is discussed. In conclusion, we have set up and optimized a multi-photon microscope for long-term awake imaging of the cortex of non-human primates and shown that it was possible to record down to over 700µm into the cortex (which corresponds to the layers L2/L3) while imaging through the natural dura mater or a neomembrane
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Monteil, Jacques. "Imagerie au 18-FDG avec un tomographe d’émission de positons par détection de coïncidences (TEDC) : optimisation pour l’oncologie expérimentale animale." Limoges, 2004. http://www.unilim.fr/theses-doctorat/2004LIMO310D/html/index-frames.html.

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Abstract:
Le cancer est devenu aujourd’hui une priorité nationale de Santé Publique. Malgré des avancées incontestables dans le diagnostic et le traitement de cette affection depuis quelques années, il persiste des difficultés à traiter certains patients, en particulier quand la maladie se propage à distance par métastases ou lorsque apparaissent des cellules résistantes au traitement. Ces situations cliniques représentent un véritable défi pour la Médecine clinique et fondamentale. Pour proposer des solutions, la Recherche doit disposer d’outils performants. Et c’est dans cette optique, que l’utilisation de modèles expérimentaux d’origine animale devrait occuper une place de plus en plus importante dans la stratégie de développement de nouveaux traitements. Pour étudier l’impact de nouvelles molécules à tester, le suivi traditionnel de ces animaux s’effectue par surveillance des groupes témoins et des groupes traités à l’aide de moyens éprouvés que sont la mesure du poids, le volume de la tumeur et la survie des individus. Ces moyens cliniques simples ne sont pas toujours assez précis et sont parfois limités pour juger de l’évolution de la maladie, pour détecter la survenue de métastases ou pour objectiver rapidement un effet thérapeutique. La preuve de la dissémination de la maladie, objectivée par l’analyse macroscopique et microscopique des organes cibles, impose le sacrifice des animaux. Pour diminuer le nombre d’animaux à sacrifier, et surtout pour se rapprocher des pratiques médicales et des situations cliniques, il était intéressant, de tester et d’optimiser des techniques non invasives, de suivi d’individus témoins ou traités. Dans cette problématique, nous avons voulu tester en oncologie expérimentale, la scintigraphie au 18FDG à l’aide d’une caméra TEDC, utilisée en clinique humaine. Les différents paramètres influençant les acquisitions cintigraphiques devaient être adaptés et optimisés pour l’expérimentation animale. Ces données dépendant à la fois du domaine de la physique et du domaine de la pharmacocinétique, nous avons testé la variation des différents paramètres par des expérimentations (a) sur fantôme et (b) sur différents modèles animaux. Puis nous avons étudié in vivo, l’imagerie tumorale par TEDC de quatre modèles de tumeurs greffées sur le rat : l’ostéosarcome, le chondrosarcome de Swarn, le mélanome et le cancer du sein. Les différents aspects techniques de l’imagerie 18FDG en TEDC et ses limites physiques ont été évalués expérimentalement. Les différentes conditions d’examen (comprenant l’activité du radiotraceur à injecter et le temps d’attente entre l’injection et l’acquisition des images) ont été étudiées et optimisées. Les données d’optimisation de l’imagerie tumorale TEDC au 18FDG in vivo ont été confirmées par les résultats des expérimentations in vitro de captation cellulaire du 18FDG par les mêmes cellules tumorales en culture. Après avoir validé et optimisé l’outil d’imagerie, nous avons cherché à l’utiliser dans le domaine de l’oncologie expérimentale sur les modèles animaux de tumeurs greffées. Des variations rapides du métabolisme tumoral provoquées par le rejet de greffe tumorale de mélanome ont été clairement démontrées par l’imagerie au 18FDG par TEDC. Nous avons montré l’impact de cette méthode d’imagerie fonctionnelle dans 4 domaines particuliers : (a) le bilan initial, (b) la détection de métastases, (c) comme facteur pronostique et (d) dans le suivi thérapeutique. La supériorité de la scintigraphie au FDG par rapport à la surveillance clinique traditionnelle a été démontrée sur un suivi de modèle animal d’ostéosarcome du rat. L’imagerie au FDG à l’aide d’une caméra TEDC représente un moyen performant d’imagerie fonctionnelle bien adapté à l’étude et de suivi in vivo de modèle de tumeur greffée sur le rat.
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Tropres, Irène. "Imagerie RMN de la microvascularisation cérébrale chez le rat : applications." Université Joseph Fourier (Grenoble), 1999. http://www.theses.fr/1999GRE19012.

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Breton, Élodie. "Applications précliniques de l'IRM à bas champ et sa place dans un contexte multimodal microTEMP et microTDM." Université Louis Pasteur (Strasbourg) (1971-2008), 2007. https://publication-theses.unistra.fr/public/theses_doctorat/2007/BRETON_Elodie_2007.pdf.

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Abstract:
L'imagerie préclinique in vivo des petits animaux offre une approche unique d'étude des phénomènes physiopathologiques. Ce travail de thèse étudie le rôle que pourrait jouer l'IRM à bas champ 0,1T en imagerie préclinique compte tenu de ses caractéristiques économiques et techniques. Après avoir présenté les spécificités de l'imagerie préclinique, les choix techniques mis en oeuvre afin de réaliser de l'IRM à 0,1T in vivo du petit animal sont détaillés. Ces développements ont permis l'obtention de données quantitatives à 0,1T dans des applications variées d'IRM : anatomique (suivi longitudinal d'une croissance tumorale), fonctionnelle (dynamique cardiaque synchronisée) et avec gradients de sensibilisation au mouvement (ERM). Dans un contexte multimodal, la complémentarité des techniques d'imagerie est abordée à travers d'une part la conception simple et originale d'une modalité duale TEMP/IRM à bas champ, et d'autre part l'utilisation du CT pour mener certaines études de tissus mous
In vivo preclinical imaging in small animals offers a unique insight in physiopathological processes. This PhD thesis is a study of the role that 0. 1T low field MRI could play in preclinical imaging considering its economical and technical characteristics. The specificities of preclinical imaging are first presented, then the technical adaptations developed for in vivo small animal imaging using 0. 1T MRI are detailed. These technical choices allow to obtain quantitative results using 0. 1T MRI in various in vivo imaging studies: anatomical (longitudinal follow-up of tumor growth), functional (triggered cardiac dynamic) and motion-sensitizing gradients (MRE). In a multimodal context, the complementarity of imaging techniques is shown through the simple and original conception of a dual SPECT/low field MRI modality, and the use of microCT in some specific soft tissues studies
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Vazeille, Emilie. "Etude de la protéolyse protéasome-dépendante et de l'apoptose mitochondriale pendant l'atrophie et la récupération musculaire : rôle du curcumin." Clermont-Ferrand 1, 2009. http://www.theses.fr/2009CLF1MM02.

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Abstract:
La fonte musculaire observée dans de nombreuses situations physiopathologiques (vieillissement, cancers, SIDA, etc) peut, à long terme, réduire l'efficacité du système immunitaire et des traitements mis en place, augmentant ainsi les taux de morbidité et de mortalité. L'affaiblissement des individus engendré peut conduire à l'alitement, ce qui constitue un facteur aggravant de l'atrophie musculaire. Les processus protéolytiques et apoptotiques jouent un rôle important dans l'établissement de la fonte musculaire. Par contre, leur rôle pendant les phases de récupération n'a pas été clairement défini. L'objectif de ma thèse était de mieux caractériser ces mécanismes pendant la perte et la récupération de protéines musculaires suite à une immobilisation. Des rats adultes ont donc été soumis à une immobilisation unilatérale de la patte arrière par plâtrage pendant 8 jours et placés en récupération jusqu'à 40 jours. La patte contra latérale a servi de témoin dans l'ensemble des expérimentations menées. Nous avons montré que l'apoptose mitochondriale dépendante des caspases est activée conjointement à la protéolyse ubiquitine(ub)-protéasome-dépendante pendant l'atrophie musculaire consécutive à l'immobilisation par plâtrage chez le rat. Ces 2 processus sont ensuite séquentiellement normalisés pendant la récupération musculaire. En effet, la protéolyse ub-protéasome-dépendante se normalise quand l'atrophie musculaire se stabilise alors que l'apoptose mitochondriale est réprimée puis normalisée pendant l'accrétion musculaire. Enfin, l'administration quotidienne de curcumin (doté de propriétés anti-oxydantes et anti-inflammatoires) a permis d'anticiper la récupération musculaire en accélérant la normalisation de ces 2 processus. En conclusion, mon travail de thèse a donc permis de démontrer l'importance de l'apoptose mitochondriale dépendante des caspases dans l'établissement de l'atrophie musculaire dans le modèle d'immobilisation par plâtrage. Il a également montré que la protéolyse ub-protéasome-dépendante et l'apoptose mitochondriale sont régulées selon des cinétiques différentes pendant la récupération musculaire. Enfin, mes travaux sur les effets bénéfiques du curcumin indiquent que des stratégies nutritionnelles adaptées aux différentes phases de récupération musculaire sont envisageables afin de favoriser l'accrétion musculaire
Uncontrolled and sustained muscle wasting observed in various catabolic situations (e. G. Aging, cancers, AIDS) may reduce the response to therapies and the efficiency of immune system, thus increasing morbidity and mortality. The subsequent weakness impairs human movement and ultimately can lead bed-rest, which is a worsening factor of muscle atrophy. Proteolytic and apoptotic pathways play a crucial role in the establishment of muscle atrophy. However, their respective role during recovery periods is not clearly defined. The purpose of my Ph. D. Thesis was to better characterize these mechanisms during muscle loss and the recovery following immobilization. Adult rats were subjected to unilateral hindlimb casting for 8 days and allowed to recover up to 40 days. The controlateral leg served as control in all experiments. We showed that the mitochondria-associated apoptotic pathway was up-regulated concomitantly to the ubiquitin(ub)-proteasome-dependent system during immobilization induced-muscle atrophy. We also demonstrate that these pathways are sequentially normalized during skeletal muscle recovery. Indeed, ub-proteasome-dependent proteolysis is normalized when muscle atrophy stabilized whereas the mitochondria-associated apoptotic pathway is later sequentially down-regulated and normalized when muscle mass increased. Finally, the daily administration of curcumin, which exhibit anti-oxydant and anti-inflammatory properties, speeded up muscle mass recovery by furthering the normalization of these two processes. In conclusion, my Ph. D. Thesis work demonstrated the crucial role of the mitochondria-associated apoptotic pathway during the casting induced-muscle atrophy. It further demonstrated that the ub-proteasome-dependent proteolytic and the mitochondria-associated apoptotic pathways are regulated according to different kinetics during muscle recovery. Finally, the study of the beneficial effects of curcumin indicated that nutritional strategies adapted to different stages of muscle recovery are conceivable to improve muscle mass accretion
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Le, Bars Emmanuelle. "Application des techniques de spectroscopie et d'imagerie par résonance magnétique in "vivo" : étude des effets métaboliques cérébraux induits au cours d'une hypoxémie modérée et d'une ischémie focale chez le rat." Université Joseph Fourier (Grenoble), 1995. http://www.theses.fr/1995GRE19002.

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Joubert, Michaël. "Diabète et remodelage cardiaque : approches physiopathologiques et mécanistiques." Caen, 2016. http://www.theses.fr/2016CAEN3164.

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Abstract:
Le diabète de type 2 connait une croissance épidémique partout dans le monde et cette pathologie métabolique est associée à une augmentation de la morbi-mortalité cardiovasculaire. L’hyperglycémie chronique favorise le développement de la maladie athéromateuse, notamment coronarienne, mais également une atteinte directe du myocarde (cardiomyopathie diabétique). Les mécanismes impliqués dans les effets délétères du diabète sur le cœur ne sont pas encore parfaitement élucidés. A l’aide d’un modèle expérimental de diabète induit par la streptozotocine, nous avons exploré l’impact du diabète, et plus spécialement de la variabilité glycémique, sur les lésions d’ischémie-reperfusion ainsi que l’impact précoce du diabète sur la survenue de la cardiomyopathie diabétique. Grâce à un modèle murin de diabète lipo-atrophique, nous avons également étudié les mécanismes impliqués dans la cardiomyopathie diabétique et notamment les conséquences de la glucotoxicité. Parallèlement à ces travaux, une étude méthodologique a évaluée la reproductibilité de l’IRM cardiaque préclinique, principal outil d’exploration utilisé pour nos travaux
Type 2 diabetes is growing epidemic worldwide and this metabolic disease is associated with increased cardiovascular morbidity and mortality. Long term hyperglycemia is involved in the development of atherosclerosis, especially in coronary arteries, but diabetes also causes direct myocardial abnormalities (diabetic cardiomyopathy). The mechanisms involved in the deleterious effects of diabetes on the heart are not yet fully explained. Using a rodent models with streptozotocin-induced diabetes, we explored the impact of diabetes, especially glycemic variability, on ischemia-reperfusion injury and the early impact of diabetes on the occurrence of diabetic cardiomyopathy. In addition, using a mouse model of lipo-atrophic diabetes, we also studied the mechanisms involved in diabetic cardiomyopathy and in particular the consequences of glucotoxicity. Parallel to this work, a methodological study evaluated the reproducibility of cardiac MRI in rodents, the main exploration tool for our work
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Guignard, Léo. "Analyse quantitative de la morphogenèse animale : de l'imagerie laser haut-débit à l'embryon virtuel chez les ascidies." Thesis, Montpellier, 2015. http://www.theses.fr/2015MONTS048/document.

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Abstract:
Les embryons d'ascidies se développent avec un lignage cellulaire stéréotypé et évolutionairement conservé pour produire en quelques heures ou jours un têtard comportant un petit nombre de cellules. De ce fait, ils fournissent un cadre intéressant pour décrire avec une résolution cellulaire le programme de développement d’un organisme complet. Pendant mon doctorat, j’ai développé une approche quantitative pour décrire l’évolution morphologique embryonnaire pendant le développement de Phallusia mammillata. J’ai ensuite utilisé cette approche pour systématiquement caractériser en détail les logiques des événements de spécifications de destin cellulaire.Pour caractériser quantitativement les comportements cellulaires pendant l’embryogenèse, nous avons utilisé de la microscopie à feuille de lumière multi-angles pour imager des embryons entiers à haute résolution spatio-temporelle. Les membranes plasmiques étaient marquées pour permettre l’identification des cellules. Pour extraire les informations biologiques de ce jeu de donnés, j’ai développé une nouvelle méthode pour segmenter les cellules en 4D, ASTEC. Une fois appliquée aux embryons de Phallusia mammillata imagés pendant 6 heures entre le stade 64 cellules et le début des stades bourgeon caudal, cette méthode a permis de récupérer la forme et de suivre 1030 cellules pendant 640 divisions. L’embryon digital 4D résultant peut être formalisé par un graphe dynamique, dans lequel les cellules sont représentées par des sommets reliés par des arrêtes représentant au sein d’un point de temps leur voisinage spatial, et entre différents points de temps leur lignage cellulaire.Basé sur cette représentation digitale et quantitative, nous avons systématiquement identifié les événements de spécification cellulaire jusqu’au dernier stade de la gastrulation. Des simulations informatiques ont révélé que des règles remarquablement simples intégrant les aires de contacts cellulaires et les expressions spatio-temporelles booléennes de signaux moléculaires extracellulaires sont suffisantes pour expliquer les inductions cellulaires au cours du développement précoce. Ce travail suggère que pour les embryons établissant des contacts stéréotypés et précis entre cellules voisines, les contraintes génomiques sont relâchées, ce qui permet une évolution plus rapide du génome
Ascidian embryos develop with stereotyped and evolutionarily conserved invariant cell lineages to produce in a few hours or days tadpole larvae with a small number of cells. They thus provide an attractive framework to describe with cellular resolution the developmental program of a whole organism. During my PhD, I developed a quantitative approach to describe the evolution of embryonic morphologies during the development of the ascidian Phallusia mammillata. I then used this approach to systematically characterize in detail the logic of cell fate induction events. To quantitatively characterize cell behaviors during embryogenesis, we used multi-angle light-sheet microscopy to image with high spatio-temporal resolution entire live embryos with fluorescently labeled plasma membranes. To extract biological information from this imaging dataset, I then developed a conceptually novel automated method for 4D cell segmentation, ASTEC. Applied to a Phallusia mammillata embryo imaged for 6 hours between the 64-cell and the initial tailbud stages, this method allows the accurate tracking and shape analysis of 1030 cells across 640 cell divisions. The resulting 4D digital embryo can be formalized as a dynamic graph, in which cells are represented by nodes, linked within a time point by edges that represent their spatial neighborhood, and between time points by temporal edges describing cell lineages.Based on this quantitative digital representation, we systematically identified cell fate specification events up to the late gastrula stage. Computational simulations revealed that remarkably simple rules integrating measured cell-cell contact areas with boolean spatio-temporal expression data for extracellular signalling molecules are sufficient to explain most early cell inductions. This work suggests that in embryos establishing precise stereotyped contacts between neighboring cells, the genomic constraints for precise gene expression levels are relaxed, thereby allowing rapid genome evolution
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Lemasson, Benjamin. "Evaluation de l'IRM multiparamétrique comme indicateur de l'effet de thérapies anti-angiogéniques sur des modèles de gliomes implantés chez le rat." Phd thesis, Université de Grenoble, 2010. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00908915.

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Abstract:
L'IRM joue un rôle extrêmement important dans l'évaluation de nouvelles thérapies anti-tumorale vis-à-vis des gliomes tant en préclinique, qu'en clinique. L'objectif de cette thèse est de déterminer si un ou plusieurs paramètres IRM peuvent être utilisés comme indicateur d'effet thérapeutique sur des modèles de gliomes chez le rat. Nous avons évalué différents paramètres IRM (ADC : coefficient de diffusion apparent de l'eau, BVf : volume sanguin et VSI : index de taille des vaisseaux) sur 6 modèles de gliomes étudiés pour le même volume tumorale, puis au cours d'un suivi longitudinal de 2. Ces 2 études ont permis de valider ces paramètres IRM (robustesse des techniques, validation biologique). Dans une 3ème étude, nous avons suivi l'évolution de ces paramètres en y ajoutant la mesure de la perméabilité des vaisseaux à un agent de contraste, et ce lors du suivi de 2 thérapies (chimiothérapie et anti-angiogénique). Dans une dernière étude nous avons complété ce protocole par la perméabilité quantitative à deux agents de contraste de taille différente ainsi que la mesure de la saturation sanguine en oxygène (lSO2) lors du suivi de l'effet de 2 thérapies (anti-angiogénique et radiothérapie par rayonnement synchrotron) appliquées seules ou en combinaison sur un modèle de gliome. L'IRM multiparamétrique telle que présentée dans les différentes études, apparaît comme une modalité d'imagerie ayant un fort potentiel pour l'évaluation en préclinique de nouveaux médicaments sur les tumeurs cérébrales. Le transfert clinique des nouvelles techniques IRM utilisées durant cette thèse (VSI, perméabilité à 2 agents de contraste, lSO2) peut maintenant être envisagé dans un futur proche.
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Books on the topic "Imagerie en biologie – Expérimentation animale"

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(Roland), Frey R., and SpringerLink (Online service), eds. Anatomical Imaging: Towards a New Morphology. Tokyo: Springer Japan, 2008.

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Molecular zoology: Advances, strategies, and protocols. New York: Wiley-Liss, 1996.

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(Editor), Joan D. Ferraris, and Stephen R. Palumbi (Editor), eds. Molecular Zoology: Advances, Strategies and Protocols. Wiley-Liss, 1996.

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American Society of Zoologists (Corporate Author), Joan D. Ferraris (Editor), and Stephen R. Palumbi (Editor), eds. Molecular Zoology: Advances, Strategies and Protocols. Wiley-Liss, 1996.

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