Dissertations / Theses on the topic 'HLA region'

(a) The class III region of the human MHC is approximately 1.1 Mbp in size. Almost 50% has been cloned in two overlapping cosmid clusters by chromosome walking from the complement/ 210H gene cluster and from the TNF a locus. The complement/ 210H cosmid cluster consists of 45 independent recombinants, spaning 390 kb. The TNFα and TNF β cosmid cluster consists of 16 independent recombinants, spanning 150 kb. Each genomic insert has been characterised by restriction enzyme digestion and Southern blot analysis to produce a detailed restriction map of the cloned region. (b) Single copy DNA sequences isolated from the cosmid clones have been hybridised to Southern blots of genomic DNA digests separated by pulsed-field gel electrophoresis (PFGE). This analysis has established the orientation and precise position of the complement/ 210H gene cluster within the class III region relative to the class I and class II genes. Furthermore, probes from the TNF cosmid cluster have been used to show that the TNF genes lie ~250 kb centromeric to the HLA-B locus. The gene order from the centromere is HLA-DR-210HB-C2-TNF α-TNF β-HLA-B, with HLA-OR separated from 210HB by 300-350 kb, and C2 separated from HLA-B by 650 kb. (c) Genomic probes have been used in conjunction with PFGE to define the positions of RTF islands within the cloned portion of the class III region. Single copy sequences associated with these islands have been hybridised to Southern blots of DNA from a variety of animal species to look for cross-hybridisation indicative of phylogenetic conservation of coding sequences. These probes have been used to screen Northern blots and define island related transcripts. The products of 15 genes have been mapped within the cloned region. Of these, two have been identified as duplicated members of the HSP 70 family. The remaining loci appear to be single copy sequences. One (Gll) has been cloned and characterised.

La region du complexe majeur d'histocompatibilite de classe i qui s'etend sur 2 megabases se caracterise par une forte densite en genes, pseudogenes et fragments de genes ainsi qu'une organisation structurale complexe. Afin de determiner la structure complete de cette region et d'identifier l'ensemble des genes, une strategie de sequencage systematique a permis d'obtenir une sequence de 356 kb s'etendant du pseudogene hla-j au gene hla-f. Ce travail decrit l'analyse bioinformatique, puis experimentale de 120 kb de sequence de quatre cosmides, en particulier 69 kb centromerique a hla-j. Vingt et un arnm differents ont ete identifies, et sont principalement exprimes dans le tissu testiculaire. Ainsi, cinq unites de transcription ont ete caracterisees : hzfw, hzfc, hcgv, htex6 et htex4 soit environ un gene tous les 14 kb. Ce groupement de genes est localise dans une region correspondant a une unite de syntenie entre les cmh de l'homme et de la souris. Nous avons observe un epissage alternatif pour tous les genes, un chevauchement des arnm sens-antisens pour les genes hzfw/hzfc, un chevauchement des extremites 3 pour les genes hzfw/hcgv et un chevauchement des extremites 5 pour les genes htex6/htex4. Ces structures genomiques complexes suggerent un mecanisme de coregulation de l'expression des genes par cis-interaction.

Ce travail s'inscrit dans le cadre d'une strategie de clonage positionnel ayant pour but l'identification du gene responsable de l'hemochromatose. L'hemochromatose est la maladie hereditaire a transmission autosomique recessive la plus frequente dans les populations d'origine caucasoide. Elle se caracterise par une surcharge en fer progressive de l'organisme, generatrice de graves lesions tissulaires. L'anomalie biochimique responsable de cette accumulation de fer est encore inconnue. Le gene de la maladie a ete localise des 1975 sur le bras court du chromosome 6 en 6p21. 3, dans la region des genes hla de classe i. Des etudes de desequilibre de liaison entre le gene et des marqueurs rflp ont permis de definir une region candidate d'environ 400 kb centree sur le locus hla-a. Le laboratoire a donc entrepris une strategie de recherche systematique de genes dans cette region, aboutissant a l'isolement de sept adnc dont les genes correspondants ont ete appeles hcg (pour hemochromatosis candidate gene) i a vii. Notre travail a porte sur l'etude de l'un de ces sept genes, le gene hcg v, localise a 150 kb centromerique a hla-a. Afin de determiner son organisation genomique, nous avons reconstitue et sequence un adnc complet ainsi que le fragment d'adn genomique correspondant, isole de la banque de cosmides specifique du chromosome 6 rldb (reference library database). L'alignement des sequences montre une organisation en trois exons et deux introns, codant pour une proteine potentielle de 126 acides amines. L'hybridation sur northern-blot a revele une expression ubiquiste de ce gene, sous la forme d'un transcrit de 1,8 kb, dans tous les tissus aussi bien adultes que foetaux. Il s'est avere que le gene hcg v etait l'homologue humain du gene tctex-5, precedemment localise dans le complexe h-2 de la souris. Ce gene murin presente une expression preferentiellement testiculaire et pourrait donc etre implique dans la spermatogenese. Le gene hcg v etant localise dans la region susceptible de contenir le gene de l'hemochromatose, nous l'avons considere comme candidat potentiel et nous avons recherche chez les malades une deletion puis des mutations par les techniques de dgge (denaturing gradient gel electrophoresis) et sscp (single strand conformation polymorphism). Nous n'avons caracterise aucune anomalie structurale de ce gene et selon toute probabilite le gene hcg v n'est pas responsable de l'hemochromatose

Ce travail s'est inscrit au depart dans le cadre d'une strategie de clonage positionnel visant a identifier le gene dont l'anomalie est responsable de l'hemochromatose. L'hemochromatose est la maladie hereditaire a transmission autosomique recessive la plus frequente dans les populations d'origine caucasoide. Elle se caracterise par une surcharge progressive en fer de l'organisme, generatrice de graves lesions tissulaires. L'anomalie biochimique a l'origine de l'accumulation du fer reste inconnue. Le gene de l'hemochromatose a ete, dans un premier temps, localise sur le bras court du chromosome 6, en 6p21. 3, a moins d'un centimorgan du gene hla-a. Par la suite, des etudes de desequilibre de liaison entre le gene et des marqueurs de type rflp, ont amene a localiser le gene dans une region de 400 kilobases centree sur le locus hla-a. Sur la base de ces resultats, le laboratoire avait entrepris d'identifier de nouveaux genes dans cette region, par une technique de selection d'adnc. Sept nouveaux genes appeles hcg (pour hemochromatosis candidate gene) et numerotes de i a vii, ont ete isoles. Notre travail a porte sur l'etude de l'un des transcrits isoles, correspondant au gene hcg iv qui s'est revele appartenir a une famille multigenique. Au cours de nos tentatives pour reconstituer un adnc complet, quatre familles de transcrits ont ete identifiees. La localisation physique des differents loci de cette famille n'a pu etre definitivement etablie que grace a l'etablissement d'un ensemble de cosmides chevauchants issus d'une banque specifique du chromosome 6. Dix sequences genomiques ont ainsi ete identifiees et localisees a proximite des genes et pseudogenes hla de classe i de la region hla-a. Afin de determiner la structure complete de la region hla-j/hla-f et identifier l'ensemble des genes, une strategie de sequencage systematique a ete developpee. Nous avons sequence un cosmide de 42 kb contenant les sequences hcg iv. 3 et hcg iv. 4 ainsi que la sequence hcg iv. 5 a laquelle correspond l'une des familles de transcrits. Les structures genomiques des autres sequences hcg iv ont ete determinees par le sequencage d'autres cosmides. Il s'est avere que l'ensemble de ces sequences hcg iv presentait une organisation en genes chevauchants avec des sequences hla de classe i de la region hla-a

La sequence qkraa de la troisieme region hypervariable de hla-drb1#*0401 porte la susceptibilite a developper une polyarthrite rhumatoide. Le role de la sequence qkraa n'est pas encore connu. Il implique sans doute une interaction avec un ou plusieurs ligands. Nous avons recherche si la sequence qkraa de la troisieme region hypervariable de hla-drb1#*0401 interagit avec des proteines susceptibles de jouer un role dans la polyarthrite rhumatoide. Nous avons montre que : 1- le peptide de troisieme region hypervariable de hla-drb1#*0401 contenant qkraa fixe specifiquement la proteine de choc thermique bacterienne, dnak. Le motif qkraa suffit a fixer dnak. 2- le motif qkraa est implique dans l'interaction de dnak avec la proteine de choc thermique, dnaj, qui porte aussi la sequence qkraa. 3- dans les lignees lymphoblastoides humaines, hla-drb1#*0401 interagit specifiquement avec la proteine de choc thermique constitutive hsp73. Hsp73 transporte directement hla-drb1#*0401 du reticulum endoplasmique vers les lysosomes.

Une banque genomique a ete construite a partir de laquelle 91 clones contenant des genes hla de classe i ont ete purifies. A partir de ces genes, nous avons prepare des sondes specifiques qui nous ont permis d'etudier le polymorphisme de ces gens ainsi que leur expression dans des cibles variees. En ce qui concerne le polymorphisme, differents loci ont ete etudies: locus e, f, h et 8. A l'exception du locus hla-e, tous les systemes etudies se sont reveles polymorphes: pour hla-f, un fragment polymorphe en desequilibre de liaison avec hla-11 est decrit, pour hla-h deux alleles sont determines en desequilibre de liaison avec hla-a, pour hla-8 un systeme bi-allelique est determinee avec un desequilibre de liaison avec hla-a. L'etude de l'expression de hla-e et f a ete effectuee a partir de differentes cibles: des lignees tumorales, en particulier des cancers epidermoides, des cellules leucemiques en rechute et en remission, des lymphocytes t au repos et a differents stades d'activation, des lymphocytes b et des lignees ebv. L'analyse des resultats observes permet de suggerer des mecanismes de regulation differents pour hla-e et hlaf

Ce travail decrit l'analyse structurale et transcriptionnelle de deux sous-region du complexe majeur d'histocompatibilite de classe i. Dans la premiere region, telomerique a hla-f, candidate pour le gene de l'hemochromatose, nous avons recherche des marqueurs polymorphes a partir d'une cartographie physique de yac. Un marqueur d'heterozygotie observee de 0. 88 a ete identifie. A partir d'une cartographie physique de pac, nous avons identifie, par capture d'exons 3 terminaux, 44 transcrits differents sur 1200 kb pouvant correspondre a autant de genes differents. La region hla-a, caracterisee par une forte densite en genes et pseudogenes, a ete sequencee sur 356 kb. L'annotation bioinformatique a permis l'identification d'exons et de motifs caracteristiques de la structure des genes par les logiciels xgrail et genefinder, des sequences repetees par censor, prerequis necessaire a l'interrogation des banques de donnees nucleotidiques et proteiques par le logiciel blast. Ce travail decrit l'annotation de la sequence telomerique de 78 kb qui contient, outre les unites de redondance hla, des sequences appartenant aux familles multigeniques mic ou hcg ix. Des sondes correspondant aux exons predits et est ont permis l'identification de 24 transcrits differents par hybridation sur northern blot et la selection des banques d'adnc. L'analyse transcriptionnelle a ete initiee grace a : - des criblages, experimentaux et in silico de banques d'adnc ; - des experiences de rt-pcr a partir de 4 tissus differents. Nous avons confirme experimentalement l'existence de deux exons dits orphelins, d'une structure exon/intron associee a un epissage alternatif chevauchant un locus de la famille multigenique mic, quatre transcrits sans introns, un chevauchement sens-antisens, et deux sites de polyadenylation alternative. Cinq unites transcriptionnelles, temoignant d'une activite transcriptionnelle intense, ont ete definies : elles correspondent aux regions 3 utr de genes potentiels.

Ce travail s'est inscrit a l'origine dans le cadre d'une strategie de clonage positionnel ayant pour but l'identification du gene responsable de l'hemochromatose. L'hemochromatose est la maladie hereditaire a transmission autosomique recessive la plus frequente dans les populations d'origine caucasoide. Elle se caracterise par une surcharge en fer progressive de l'organisme, generatrice de graves lesions tissulaires. L'anomalie biochimique responsable de cette accumulation en fer est encore inconnue. Le gene de l'hemochromatose a ete, dans un premier temps, localise sur le bras court du chromosome 6, en 6p21. 3, a moins d'un centimorgan du gene hla-a. Puis des etudes de desequilibre de liaison entre le gene et des marqueurs de type rflp ont permis de definir une region candidate d'environ 400 kb centree sur le locus hla-a. Le laboratoire a donc entrepris une strategie de recherche systematique de genes dans cette region, aboutissant a l'isolement de sept adnc de muqueuse duodenale humaine dont les genes correspondant ont ete appeles hcg (pour hemochromatosis candidate gene). Notre travail a porte sur l'analyse successive de trois des transcrits isoles : les clones -18, -29 et 6 correspondant respectivement aux sequences genomiques hcgiii, hcgvi et hcgii. Le clone 18 s'est avere correspondre dans son integralite a une sequence repetee de type line. Le clone 29 a ete publie par une autre equipe sous le nom de znf173 (chu et al. , 1995), avant que son analyse soit achevee. Le clone 6, correspondant au gene hcgii, s'est revele appartenir a une famille multigenique dont les trois membres (hcgii. 1, 2 et 3) ont ete localises a proximite immediate des genes tronques hla-80, hla-16 et hla-90. Par la suite, un autre transcrit 6a1a ete isole. Parallelement, au laboratoire, une strategie de sequencage systematique de la region hla-j/hla-f ayant ete entreprise, il nous a ete possible de poursuivre l'analyse comparative des deux transcrits attribues aux genes hcgii, avec les sequences genomiques provenant de cosmides de la region. A l'issue de cette etude, il apparait que les membres de cette famille multigenique correspondent vraisemblablement a des pseudogenes, ayant suivi le schema evolutif des genes hla-a tronques.

O objetivo geral da pesquisa foi associar os polimorfismos do gene HLA-G (região 3\' NT) com a coinfecção HIV/HCV e com os grupos (HIV, HCV e controles saudáveis). Trata-se de um estudo transversal, comparativo, descritivo. Participaram do estudo, 560 indivíduos, sendo 156 controles saudáveis, 102 coinfetados HIV/HCV, 186 infectados pelo HIV e 116 por HCV. Para a identificação dos polimorfismos, o DNA genômico foi extraído do sangue total e a genotipagem feita por PCR e visualizada em gel de poliacrilamida a 7%, no qual o polimorfismo de 14pb foi identificado, e por sequenciamento os outros sete SNPs. Os resultados sociodemográficos apontam que a amostra na sua grande maioria foi composta por indivíduos adultos e do sexo masculino. No que diz respeito à cor da pele, na comparação entre os grupos HCV e HIV/HCV, observou-se um maior número de coinfectados apresentando a cor preta e parda do que nos monoinfectados (P=0,0001). Com relação à categoria de exposição para aquisição do HIV, na comparação entre os grupos HIV e HIV/HCV, observou-se diferença significante na transmissão por via heterossexual, sendo sua frequência maior no grupo HIV (P=0,0000). No caso da comparação entre os grupos HCV e HIV/HCV, observou-se também diferença na transmissão heterossexual, sendo sua frequência significantemente maior no grupo HIV/HCV (P=0,0001). Quanto aos achados relacionados ao genótipo do HCV, na comparação entre os grupos HCV e HIV/HCV, o genótipo 1a apresentou frequência maior nos coinfectados (P=0,0001). No que diz respeito à carga viral do HIV, na comparação entre os grupos HIV e HIV/HCV, o grupo da monoinfecção apresentou maior carga viral do que o grupo da coinfecção (P=0,0350). Com relação ao grau de fibrose hepática, na comparação entre os grupos HCV e HIV/HCV, o grupo da coinfecção tem mais fibrose leve do que o grupo da monoinfecção (P=0,0009). Quanto aos polimorfismos genéticos da região 3\' NT do HLA-G, foi encontrado que o genótipo de heterozigose Del/Ins de 14 pb apresentou diferença significante nos indivíduos coinfectados pelo HIV/HCV (P=0,0216) quando comparados com o grupo controle. Em relação ao SNP +3003, a comparação dos grupos HCV e controle saudável mostrou que alelo +3003T apresentou uma frequência significantemente maior no grupo HCV (P=0,0147); o genótipo +3003C/T apresentou uma frequência maior no grupo controle (P=0,0095); o genótipo +3003T/T estava maior no grupo HCV (P=0,0095). A comparação entre os grupos HIV e HCV mostrou que a frequência do alelo +3003C estava maior no grupo HIV (P=0,0463); e o genótipo +3003T/T apresentou uma frequência maior no grupo HCV (P=0,0494). A frequência do genótipo +3187A/A estava maior no grupo HIV/HCV em comparação ao HIV (P=0,0193); e do +3187A/G estava maior no grupo HIV (P=0,0187). O genótipo +3196C/G apresentou frequência significamente maior no grupo HIV do que no controle saudável (P=0,0213). A UTR-10, na comparação entre os grupos HIV e controle, mostrou frequência maior no grupo HIV (P=0,0044); quando comparados os grupos HIV/HCV e HIV, frequência foi maior no grupo HIV (P=0,0300) e na comparação entre os grupos HIV e HCV, sua frequência também foi maior no grupo HIV (P=0,0140). A UTR-4, na comparação dos grupos HCV e controle saudável, revelou uma frequência maior no grupo controle (P=0,0147). A UTR-9, na comparação dos grupos HIV/HCV e HIV, mostrou frequência maior no grupo HIV/HCV (P=0,0460). Em relação aos dados clínicos, a presença do alelo T na posição +3035 foi significantemente associada à maior carga viral do HCV, acima de 400.000 cópias/mL (P=0,0244). Em relação aos tipos de genótipos do HCV, a presença do alelo +3027C foi associada ao subtipo 1a do HCV (P=0,0109). Adicionalmente, a presença do genótipo C/C na posição +3027 também foi significantemente associada com o subtipo 1a do HCV (P=0,0015). Ainda, o alelo A do SNP +3187 foi significantemente associado com os outros genótipos do HCV, excluindo o 1a (P=0,0369). Embora não esteja totalmente esclarecida a função do gene HLA-G, estudos têm sido desenvolvidos para melhor elucidar sua função nos contextos fisiológicos, como gestação, e patológicos, como tumores, transplantes, doenças inflamatórias e infecciosas. Tais estudos procuram ampliar o conhecimento sobre o sistema imunológico e contribuem para o desenvolvimento de novas estratégias diagnósticas e terapêuticas. Os resultados do presente estudo contribuem para a ampliação do conhecimento sobre os polimorfismos da região 3\' NT do gene HLA-G, na coinfecção HIV/HCV. Como também, na melhoria da assistência de enfermagem que deve buscar reduzir a morbimortalidade pela referida patologia. Porém, ainda há um longo percurso a ser percorrido na compreensão dos fatores imunogenéticos envolvidos na coinfecção pelo HIV/HCV
The general objective of the research was to associate the polymorphism of the gene HLA-G (region 3\' NT) with the co-infection HIV/HCV and with the groups (HIV, HCV and healthy control). It is a cross-sectional, comparative, descriptive study. 560 individuals participated of the study, being 156 healthy control individuals, 102 co- infected HIV/HCV, 186 infected by HIV and 116 by HCV. For identifying the polymorphisms, the genomic DNA was extracted from the total blood and the genotyping was made by PCR and visualized in gel of polyacrylamide at 7%, in which the polymorphism of 14pb was identified, and by sequencing the other seven SNPs. The social demographic results point that the most of the sample was composed by male adult individuals. Regarding the color of the skin, in the comparison between the groups HCV and HIV/HCV, a bigger number of co-infected with black skin and brown-skinned was observed than in the mono infected (P=0,0001). Regarding to the category of exposition for acquisition of the HIV, in the comparison between the groups HIV and HIV/HCV, a significant difference was observed in the transmission through heterosexual exposition, being its frequency bigger in the group HIV (P=0,0000). In the case of the comparison between the groups HCV and HIV/HCV, the difference in the heterosexual transmission was also observed, being its frequency significantly higher in the group HIV/HCV (P=0,0001). About the finding related to the genotype of the HCV, in the comparison between the groups HCV and HIV/HCV, the genotype 1a presented higher frequency in the co- infected (P=0,0001). Regarding to the viral load of the HIV, in the comparison between the groups HIV and HIV/HCV, the group of the mono infection presented bigger viral load that the group of the co-infection (P=0,0350). Regarding to the level of hepatic fibrosis, in the comparison between the groups HCV and HIV/HCV, the group of co-infection has a lighter fibrosis that the group of the mono infection (P=0,0009). Regarding to the genetic polymorphisms of the region 3\' NT of the HLA-G, it was found that the genotype of heterozygosis Del/Ins of 14 pb, presented significant difference in the individuals co-infected by the HIV/HCV (P=0,0216) when compared with the control group. About the SNP +3003, the comparison of the groups HCV and healthy control, it was showed that the allele +3003T presented a significant higher frequency in the group HCV (P=0,0147); the genotype +3003C/T presented a higher frequency in the control group (P=0,0095); the genotype +3003T/T was bigger in the group HCV (P=0,0095). The comparison between the groups HIV and HCV showed that the frequency of the allele +3003C was bigger in the group HIV (P=0,0463); and the genotype +3003T/T presented a bigger frequency in the group (P=0,0494). The frequency of the genotype +3187A/A was bigger in the group HIV/HCV in comparison to the HIV (P=0,0193); and of the +3187A/G was bigger in the group HIV (P=0,0187). The genotype +3196C/G presented frequency significantly bigger in the group HIV than in the healthy control (P=0,0213). The UTR-10, in comparison between the groups HIV and control, showed bigger frequency in the group HIV (P=0,0044); when compared the groups HIV/HCV and HIV, frequency was bigger in the group HIV (P=0,0300) and in the comparison between the groups HIV and HCV, its frequency was also bigger in the group (P=0,0140). The UTR-4, in the comparison of the groups HCV and healthy control, revealed a bigger frequency in the control group (P=0,0147). The UTR-9, in comparison of the groups HIV/HCV and HIV, showed bigger frequency in the group HIV/HCV (P=0,0460). Regarding to the clinical data, the presence of the allele T in the position +3035, was significantly associated to bigger viral load of the HCV, above 400.000 copies /mL (P=0,0244). About the types of genotypes of the HCV, the presence of the allele +3027C was associated with the subtype 1a of the HCV (P=0,0109). Additionally, the presence of the genotype C/C in the position +3027 was also significantly associated with the subtype 1a of the HCV (P=0,0015). Still, the allele A of the SNP +3187 was significantly associated with the other genotypes of the HCV, excluding the 1a (P=0,0369). Although the function of the gene HLA-G, is not totally clarified, studies have been developed for better elucidate its function in the physiological contexts, like gestation, and pathological, such as tumours, transplants, infectious and inflammatory diseases. These studies aim to extend the knowledge about the immunological system and contribute for the development of new diagnostic and therapeutic strategies. The results of this study contribute for enhancement of the knowledge about the polymorphisms of the region 3\' NT of the gene HLA-G, in the co-infection HIV/HCV. As well as, in the improvement of the assistance of nursing that must seek reducing the morbid mortality by the pathology referred. However, there is still a long path to be followed in the comprehension of the immunogenic factors involved in the co-infection by the HIV/HCV

L'hemochromatose genetique est une maladie hereditaire, autosomique recessive, frequente, qui se caracterise par une surcharge en fer generalisee de l'organisme dont les complications peuvent etre mortelles. La physiopathologie en est inconnue. Le gene responsable est situe sur le bras court du chromosome 6. D'abord etablie au voisinage du gene hla-a, la region candidate a ete recemment etendue de 4 a 5 megabases vers le telomere. Dans le contexte de la localisation initiale du gene, nous avons entrepris, au sein d'une demarche de clonage positionnel, la recherche de genes candidats par criblage d'une banque d'adnc de muqueuse duodenale, tissu ou existe une hyperabsorption de fer au cours de l'hemochromatose, avec un yac contenant une partie de la region hla-a. Sept nouveaux adnc ont ete ainsi isoles et nous avons poursuivi l'etude de l'un d'entre eux appele clone 58. La sequence du clone 58 presente une homologie importante avec le gene suppresseur omnipotent de la levure, sup 45, considere actuellement comme un facteur de terminaison de la traduction. Le gene correspondant (hcg 7) a ete localise a 100 kb centrometrique a hla-a et trois autres genes fortement homologues existent sur les chromosomes 5, 7 et x. Nous avons isole, d'une banque de cosmides specifique du chromosome 6, deux sous-clones contenant la sequence genomique de hcg 7. Cette sequence n'est pas totalement identique a celle du clone 58, qui n'est donc pas le transcrit de hcg 7 et nous ne pouvons dire actuellement si ce gene est fonctionnel ou non. Son etude sera donc poursuivie car il se situe dans la region candidate pour l'hemochromatose. On peut imaginer que son homologie avec un facteur de terminaison de la traduction puisse avoir un lien avec la regulation d'une proteine du metabolisme du fer

Le gene de l'hemochromatose a ete, dans un premier temps, localise dans la region du complexe majeur d'histocompatibilite de classe i humain, sur le bras court du chromosome 6, en 6p21. 3, a moins d'un centimorgan du gene hla-a. Par la suite, des etudes de desequilibre de liaison entre le gene de l'hemocrhromatose et des marqueurs de type rflp, ont pense localiser le gene dans une region de 450 kilobases centree sur le locus hla-a. Sur la base de ces resultats, le laboratoire a entrepris d'isoler de nouveaux genes dans cette region, par une technique de selection d'adnc appliquee sur le yac b30h3, recouvrant les 150 kb de la partie centromerique de la region d'interet. Sept nouveaux genes appeles hcg (pour hemochromatosis candidate gene) et numerotes de i a vii, ont ete isoles. Deux d'entre eux (hcgii et hcgiv) se sont reveles appartenir a des familles multigeniques dont les membres sont repartis a travers l'ensemble de la region hla de classe i. Afin d'etendre la recherche de nouvelles sequences codantes a l'ensemble des 450 kb de la region d'interet, j'ai entrepris l'etude de nouveaux yacs recouvrant la totalite de cette region et realise un contig de yacs non chimeriques de 800 kb, centre sur le gene hla-a. L'etablissement de la cartographie physique de ce contig a necessite le sous clonage de l'un des yacs en plasmide. Parmi les sous clones obtenus, deux se sont reveles correspondre a des nouvelles sequences codantes qui ont ete appelees hcgviii et hcgix. L'analyse du gene hcgix a montre son association en cluster avec une autre famille de genes, la famille perb11, dont les membres sont repartis a travers toute la region hla de classe i. L'analyse du gene hcgviii n'est pas achevee mais elle a deja permis de definir un nouveau rflp specifiquement associe a l'hapotype hla-a11. En parallele, je me suis interesse aux deux familles multigeniques hcgii et hcgiv. La localisation physique des differents loci de ces deux familles n'a pu etre definitivement etablie que grace a l'etablissement d'un contig de cosmides issus de la banque specifique du chromosomes 6 (rldb). L'etude de contig a permis de preciser l'organisation des loci correspondant a ces deux familles et de les localiser par rapport aux loci de trois autres familles multigeniques decrites dans cette region, les familles p5. 1, pmc6. 7 et hla-a. Ces loci sont organises en clusters plus ou moins identiques, dont le nombre rend compte, en partie, du polymorphisme de taille observe entre les haplotypes hla-a3, a24 et a31. Cette organisation est vraisemblablement le resultat de remaniements successifs et complexes de la region hla de classe i au cours de l'evolution

La region de classe i du complexe majeur d'histocompatibilite est caracterisee par une forte densite en genes et pseudogenes et une organisation structurale complexe. Afin de determiner la structure complete de la region hla-a/hla-f, qui a ete supposee contenir le gene de l'hemochromatose, et identifier l'ensemble des genes, une strategie de sequencage systematique a ete developpee. Ce travail decrit l'etablissement d'un ensemble continu de cosmides couvrant la region et l'analyse d'une sequence de 37 kb de l'un des cosmides. Quatre nouveaux genes, regroupes autour du gene hcg-v prealablement localise dans la region, ont ete identifies. Deux d'entre eux contiennent un motif en doigt a zinc caracteristique des proteines capables de s'associer a l'adn. L'un, fortement exprime dans la prostate, appartient a la famille des genes codant des proteines contenant le motif en doigt a zinc du type c3hc4 et est egalement caracterise par la presence d'un domaine hautement conserve, domaine de type b30-2, identifie dans de nombreux genes de la region de classe i. Le second, d'expression ubiquitaire, code l'equivalent de la sous-unite a12. 2 de la polymerase i de levure et est egalement l'equivalent du gene murin tctex6. Parmi les 2 autres genes, l'un n'a pas ete caracterise alors que l'autre, specifiquement exprime dans le testicule, est l'equivalent du gene murin tctex4. Ces genes, localises dans une region correspondant a une unite de syntenie entre les cmh murin et humain, semblent hautement conserves

Le diabete juvenile est une maladie multifactorielle grave touchant un individu sur 4000 environ. Elle se caracterise par un deficit en insuline consequant a la destruction des ilots beta du pancreas. Les causes de cette destruction demeurent encore inconnues. On accorde cependant un role important aux phenomenes autoimmuns. Des nombreux arguments conferent au complexe majeur d'histocompatibilite une place apparemment essentielle dans la susceptibilite au diabete juvenile. Des nombreuses etudes genetiques montrent que les facteurs de susceptibilite resident dans une region du complexe dite de classe ii, plus precisement dans la region dqb. L'objet de cette these etait de rechercher l'existence d'autres facteurs de risque au sein de la region hla (complexe majeur d'histocompatibilite de l'homme). Le polymorphisme intense de cette region, fut aborde aisement par les techniques de biologie moleculaire qui creerent un arsenal de nouveaux marqueurs. Deux types de ces marqueurs furent utilises: les rflp (fragments de restriction de longueur polymorphe) et les oligonucleotides de synthese. Cette etude nous a permis de proposer l'existence d'un locus autre que dqb dans la susceptibilite au diabete. Ce nouveau locus serait situe dans un fragment de 1500 kb telomerique par rapport a dqb. Ces conclusions ouvrent une voie de recherche dans l'etude du diabete en indiquant l'existence probable d'une heterogeneite genetique qui souligne par ailleurs la complexite du probleme pose par l'association entre hla et des nombreuses maladies

Maladie hereditaire du metabolisme du fer particulierement frequente en bretagne, l'hemochromatose est due a l'anomalie d'un gene situe sur le bras court du chromosome 6 a moins d'1 cm du locus hla-a. Dans le contexte de genetique inverse afin de preciser la localisation de ce gene, nous avons entrepris de dresser une carte de restriction a large echelle de la region hla classe i, en utilisant les techniques d'electrophorese en champ pulse. Avec la technique chef, une carte detaillee et continue sur une distance d'environ 2000 kb entre hla-b et hla-f a ete etablie en utilisant differentes sondes provenant de yacs ou de cosmides de cette region. Nous avons ensuite compare l'organisation genomique de cette region dans trois lignees cellulaires homozygotes pour trois haplotypes hla-a differents (a3, a24, a31). Par rapport a la lignee hla-a3, la lignee hla-a24 presente une deletion de 20 kb alors que la lignee hla-a31 montre une insertion de 60 kb. De la meme facon, nous avons compare les cartes de la region hla-a de trois germains hla-a31 homozygotes, l'un d'entre eux etant atteint d'hemochromatose. L'adn de ce dernier presenterait une difference de taille d'environ 20 kb dont la localisation n'est pas encore definitive. Une cartographie plus fine de cette region est en cours afin de confirmer ce resultat. En definitive cette carte physique de la region hla classe i a permis de localiser avec precision differents loci polymorphes associes au gene de l'hemochromatose et de cerner ce gene dans une region de 350 kb centree sur le locus hla-a

Data Distribution Management (DDM) deals with two basic problems: how to distribute data generated at the application layer among underlying nodes in a distributed system and how to retrieve data back whenever it is necessary. This thesis explores DDM in two different network environments: peer-to-peer (P2P) overlay networks and cluster-based network environments. DDM in P2P overlay networks is considered a more complete concept of building and maintaining a P2P overlay architecture than a simple data fetching scheme, and is closely related to the more commonly known associative searching or queries. DDM in the cluster-based network environment is one of the important services provided by the simulation middle-ware to support real-time distributed interactive simulations. The only common feature shared by DDM in both environments is that they are all built to provide data indexing service. Because of these fundamental differences, we have designed and developed a novel distributed data structure, Hierarchically Distributed Tree (HD Tree), to support range queries in P2P overlay networks. All the relevant problems of a distributed data structure, including the scalability, self-organizing, fault-tolerance, and load balancing have been studied. Both theoretical analysis and experimental results show that the HD Tree is able to give a complete view of system states when processing multi-dimensional range queries at different levels of selectivity and in various error-prone routing environments. On the other hand, a novel DDM scheme, Adaptive Grid-based DDM scheme, is proposed to improve the DDM performance in the cluster-based network environment. This new DDM scheme evaluates the input size of a simulation based on probability models. The optimum DDM performance is best approached by adapting the simulation running in a mode that is most appropriate to the size of the simulation.

Le diabete insulino-dependant (did) touche 0,4% de la population caucasienne. Il est caracterise par une destruction selective, selon un processus d'origine auto-immune, des cellules b du pancreas productrices d'insuline. Les facteurs genetiques et environnementaux ont un role dans l'etiologie de la maladie. Plusieurs etudes recentes ont montre qu'il existait, a cote du locus hla, d'autres loci predisposant a la genetique de la maladie. Dans le but d'identifier ces loci de predisposition, nous avons employe une approche globale d'etude du genome humain. Nous avons utilise 321 marqueurs genetiques, en majorite de type microsatellites. A l'aide de ces marqueurs, nous avons determine les genotypes de 61 fratries diabetiques (43 familles d'origine caucasienne possedant au moins deux enfants diabetiques ayant presente un etat d'acido-cetose lors du diagnostic clinique did). Nous avons confirme la contribution majeure du locus hla a la predisposition au did et detecte 10 regions potentiellement liees a la maladie. Parmi celles-ci, les regions 11q, 10p et 6q21, qui ont par la suite ete etudiees dans des echantillons plus larges de familles diabetiques. Nous avons detecte sur le bras court du chromosome 10 une liaison avec le did. Cette region contient le gene de l'acide glutamique decarboxylase (gad2) qui represente chez l'homme et la souris nod (non obese diabetique) le principal antigene dans l'auto-immunite du did. Nous avons identifie 6 nouveaux polymorphismes dans gad2. L'etude de ces polymorphismes n'a montre aucune association ou liaison genetique au did. Ces resultats preliminaires montrent que, malgre l'importance de gad2 dans la physiopathologie du did, celui-ci n'a pas de contribution majeure dans la genetique du did. Apres etude d'un echantillon elargi de 533 paires de germains diabetiques, une liaison genetique au did persiste en 10p11-2. Il n'est toutefois pas possible, a ce stade, de conclure que cette liaison est attribuable a gad2.

Title: Stop moving stuff around all the time! - A scientific essay about the challenges in the preschool indoor environment  My scientific essay is based on a series of events in which I believe that both I and my colleague was unprofessional and did not have the children’s best interest at heart. The events took place in my professional career as an unskilled educator. The quandary was about the clashes that occurred between me and my colleague, when I was hired as a new but experienced educator to her department. A department with, in my opinion, a poor educational indoor environment. I came up with new ideas on how it could be further developed, but did not discuss it with my colleague or children before I changed it. This meant that we ended up in conflict with each other, both because of my hasty actions, but also because of her ambiguous leadership. The purpose of this scientific essay has been to reflect on the importance of how we as educator communicate with each other and what the consequences are when we do not. I examined how the distribution of power between us educators may appear and the importance of having a good educational indoor environment in the preschool facility. The issues I have analyzed are: What characterizes a good educational environment? How to work towards cooperation and collaboration in a new team of educator? How does the division of power between the teachers affect the educational operation in preschools? I have used the method of reflection to examine my dilemma. I chose to use the Reggio Emilia pedagogy to reflect on the children's part in creating the preschool environment, in which they spend their days. I’ve also reflected on the perspective of knowledge of Aristotle’s work The Nicomachean Ethics, where I focused primarily on the three forms of knowledge; episteme, techne and phronesis. Last but not least, I reflect on power relations, based on some of Foucault's thoughts about power. It has been discovered in my individual reflections as well as in discussions with my fellow students and work colleagues that this is a common dilemma and that conflicts often arise when strong wills meet and are to be welded into a collaborating team.
Min vetenskapliga essä utgår från en serie händelser där jag anser att både jag och min kollega handlade oprofessionellt och inte hade barnens bästa för ögonen. Händelserna utspelade sig inom min yrkesverksamma tid som outbildad barnskötare. Dilemmat handlade om de krockar som uppstod mellan mig och min kollega, när jag kom som ny men erfaren pedagog till hennes avdelning. En avdelning med, enligt mig, undermålig pedagogisk inomhusmiljö. Jag kom med nya idéer om hur den skulle ändras, men diskuterade inte det med min kollega eller barnen innan jag ändrade i den. Detta gjorde att vi hamnade i konflikt med varandra, både på grund av mitt förhastade handlande men även på grund av hennes otydliga ledarskap. Syftet med den vetenskapliga essän har varit att reflektera över vikten av att vi pedagoger kommunicerar med varandra och vilka konsekvenserna blir när vi inte gör det. Jag undersökte hur maktfördelningen mellan oss pedagoger kan te sig och vikten av att ha en god pedagogisk inomhusmiljö på förskolan. De frågeställningar jag utgått från är: Vad kännetecknar en bra pedagogisk miljö? Hur får man till bra samarbeten och samarbetsformer i ett nytt arbetslag? Hur påverkar maktfördelningen mellan pedagogerna det pedagogiska arbetet i förskolan? Jag har använt metoden reflektion för att kunna undersöka mitt dilemma. Jag valde att använda mig av Reggio Emilia pedagogiken, för att reflektera över barnens del i den miljön de vistas i varje dag. Jag har reflekterat kring kunskapsperspektivet med utgångspunkt i Aristoteles bok Den Nikomachiska etiken, där jag fokuserat på de tre kunskapsformerna; episteme, techne och fronesis. Sist men inte minst har jag reflekterat utifrån ett maktperspektiv med utgångspunkt i några av Foucaults tankar om makt. Det har framkommit i mina individuella reflektioner samt i diskussioner med mina kurskamrater och arbetskollegor att detta är ett vanligt dilemma och att det ofta förekommer konflikter när starka viljor möts och ska sammansvetsas till ett fungerande arbetslag.

The purpose of this study is to investigate the effects of mathematics teacher and classroom characteristics on students&rsquo
mathematics achievement across Turkey,European Union countries and the other candidate countries by analysing the data collected from student and teacher background questionnaire and mathematics achievement test in the Third International Mathematics and Science Study (TIMSS-R). Mathematics teacher characteristics were divided into three groups as teacher&rsquo
s background variables, teacher&rsquo
s instructional practices and class characteristics. Except Cyprus, in all the other countries, there was sufficient amount of between-class variance to build explanatory models. After home educational resources (HER) of students was taken as a control variable, explanatory models were built by using Hierarchical Linear Modeling (HLM). The amount of variance explained by the full model ranged from 26 % in Romania to 74 % in Netherlands. There were substantial differences among the countries, especially in the teacher&rsquo
s instructional practices. It was found that mean of HER had high effect on student mathematics achievement in all the countries except Romania. It is recommended that the factors that were found to have significant effects on student learning should be explored in experimental settings.

I tidigare forskning har förskolans läsmiljö främst undersökts genom studier av barns perspektiv och genom observationer. Syftet med denna studie är därför att undersöka hur förskollärare beskriver läsmiljön i förskolan. De frågeställningar som studien utgår ifrån är: Vad beskriver förskollärarna är viktigt att tänka på för att skapa en inspirerande läsmiljö för barnen? Hur beskriver förskollärarna att läsmiljön väcker barnens nyfikenhet kring böcker och läsning? Vi har valt att använda oss av en kvalitativ metod i form av en enkät med öppna frågor som skickas ut till förskollärare på olika förskolor. Studiens teoretiska utgångspunkter är det sociokulturella perspektivet och filosofin Reggio Emilia eftersom en central del inom teorierna är miljön och barnens samspel i den. I studiens resultat framgår hur de flesta förskollärarna medvetet utformat läsmiljön i förskolan. Det som de framförallt beskriver är hur böckerna ska vara tillgängliga för barnen. Det framgår också att många av dem använder sig av tekniska hjälpmedel vid läsning. Barnen visar stort intresse för böcker och tittar mycket i dem, både själva och tillsammans med andra barn. Resultatet visar även att barnen ofta tar med sig böcker till pedagogerna för att få dem upplästa.

Denna uppsats avser att studera framskrivningar om kön och barns subjektivitet, utifrån en samling texter som beskriver Reggio Emilia-filosofin och dess pedagogik. Med feministisk poststrukturalism och diskursanalys som teori och metod har jag i texterna sökt efter bland annat representationer, och utifrån dessa skrivit fram diskurser om barns subjektivitet respektive barn som könade subjekt. I materialet betonas en helhetssyn på barn, där barnet ses som ett kompetent, medskapande och unikt subjekt – men studien visar också att flickor och pojkar som generaliserade grupper beskrivs som delvis olika, och att denna antagna olikhet ger anledning till exempelvis gruppindelning efter kön. Dessa framställningar uppfattar jag stå i spänningsförhållande till varandra: diskursen om barn som könade kan förstås som begränsande för vad som ryms i diskursen om barns subjektivitet. Fokusering på olikhet mellan könen kan spåras till dels ett inom Reggio Emilia-filosofin värnande av just ”värdet” olikhet och dels en tanke om denna könsliga olikhet som något delvis inneboende hos barnen – en slags essens – som så att säga kommer före det relationella, kontextuella. Denna essentialistiska syn på könsligt bundna egenskaper förefaller stå i kontradiktoriskt förhållande till Reggio Emiliafilosofins betonande av individens unika subjektivitet. Studien gör gällande att denna olikhet, avseende kön, inte problematiseras i merparten av mitt material – men att det samtidigt tycks finnas en slags motdiskurs som gör detta problematiserande.

Sociology
Ph.D.
This dissertation examines the overlap of the racial composition of a neighborhood and the existence of a dual mortgage market in which prime and subprime lenders serve different neighborhoods and borrowers. Does subprime lending represent the democratization of credit or does it serve to track people by race? This dissertation employs Home Mortgage Disclosure Act Data, U.S. Census Data and the HUD Subprime Lender List to identify subprime loans. I use Hierarchical Linear Modeling to predict the likelihood of subprime for a borrower in Philadelphia, Baltimore, San Francisco and Alameda County California. The findings demonstrate that blacks and borrowers in black neighborhoods have a higher likelihood of originating a subprime loan than whites or borrowers in white neighborhoods. Further, blacks borrowing in largely white neighborhoods have an even higher likelihood of originating a subprime loan compared to their white neighbors than do blacks borrowing in largely black neighborhoods. These findings indicate that subprime lenders not only serve different neighborhoods, but also different borrowers regardless of the neighborhood in which they are borrowing and support the existence of a dual mortgage market that is defined by race. The results from the analysis examining the consequences of subprime lending for neighborhoods indicate that after controlling for neighborhood characteristics, the positive relationship between earlier and later rates of subprime lending disappears. Also, while higher rates of subprime refinance lending were associated with a decrease in neighborhood median income in 2000, subprime lending was associated with positive changes in median house value and percent of homeowners that are black in the neighborhood, although the effects of subprime on median house value disappeared after controlling for neighborhood conditions. The study points to the continued difficulties that black borrowers and borrowers in black neighborhoods face in obtaining a fair loan. As lending practices are reformed, it is important to keep in mind the need to ensure that minority borrowers who are in the position to afford a home loan maintain the ability to get a loan, but increased care must be taken to ensure that they obtain the ability to do so on fair terms.
Temple University--Theses

Bibliography: leaves 135-166.
166, [139] leaves : ill. ; 30 cm.
Provides insights into the structure/function relationships within the El Tor haemolysin (HlyA). Generates some constructs used to determine the three-dimensional structure of the protein and of the pore. The genetic organisation of the region flanking the hly locus suggests a pathogenicity island.
Thesis (Ph.D.)--University of Adelaide, Dept. of Microbiology and Immunology, 1998

Thesis is submitted in partial fulfilment for the degree of Master of Science Development Planning to the Faculty of Engineering and the Built Environment, School of Architecture and Planning at the University of the Witwatersrand, Johannesburg, 2017
The lack of capacity, coordination and pervasive corruption are the views commonly associated with local implementation agencies particularly when it comes to housing construction and delivery in South Africa. One of the reasons for these views could be associated with the increasing backlog of adequate housing couple with the ever-increasing number of housing need within the country. From the governmental point of view, a lot of progress regarding housing delivery have been recorded since 1994 through different delivery strategies. However, different spheres of government particularly the local level feels the need that a lot still needs to be done in order to keep up with the increasing demand and also to cater for the sustainability of these different housing projects. The need for a sustainable housing project has resulted to the establishment of The Housing Development Agency (HDA) in 2009 under a close supervision and monitoring by The National Department of Human Settlement (NDHS). HDA is expected to operate independently in addressing the shortage of housing. Its mandate was that of identifying, acquiring and developing well-located land for building and establishment of human settlements. Established at a National Level, the services they render cut across the provincial and municipal sphere of government. The Housing Development Agency (HDA) has been in charge of Housing delivery over the past 6 years with different development within the Gauteng City Region (GCR) i.e. Johannesburg, Tshwane and Ekurhuleni but despite this, most communities within Gauteng province are far from achieving an integrated and sustainable human settlement. This research seeks to understand if there are any challenges vis-à-vis coordination between HDA and local implementation agencies in Gauteng province while considering different implementation approaches, strategies, chosen catalytic and interventions in achieving spatial transformation amongst these three selected municipalities. The research utilized the various reports from present, past and future development strategies of HDA and in comparison, with the three local implementation agencies strategies, diverse qualitative information was collected and analysed in relation to the location of the identified human settlement projects within the GCR areas. Furthermore, Interview guideline questions were structured to guide various interview sessions with senior HDA administrative officials. Conversation analysis method was further used to filter the interview sessions while making sure the confidentiality of my participants is not jeopardized. Finally, finding from this study highlights that municipalities are striving to achieve a sustainable and socially integrated housing development particularly in Gauteng but the stereotype cross cutting issues like access to information, gender, race, disability and income are serious challenges HDA or any private agency needs to deal with in order for it to achieve any given mandate.
MT 2018

Regional Differences in Healthy Life Expectancy in Czechia Abstract Over the past decade, the health status of the population has also been measured by Healthy Life Expectancy indicator. This indicator covers not only the quantitative aspect, but it takes into the account also the qualitative aspect of prolonging human life. The main objective of this thesis is to evaluate the differences in healthy life expectancy among the regions of Czechia, both in terms of space and time (2009-2014). The introductory part of the thesis outlines the connections of the origin of the healthy life expectancy indicator and analyses the methods of its construction. The theoretical part of the thesis also includes description of sample surveys. To calculate healthy life years, the Sullivan method is used. Data on health status were obtained from the SILC survey. According to the results of the analysis, there is considerable variability between regions in terms of healthy life expectancy. The difference is significantly higher in terms of healthy life expectancy than in the case of life expectancy. A more detailed analysis of the distribution of the healthy life expectancy values has revealed that there is a certain "paradox" of healthy life expectancy in relation to life expectancy, since there are regions where the high...