Dissertations / Theses: 'Glycan code'

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Lopes, Valéria Stefania. "Caracterização da família de genes HSP20 em Glycine max." Universidade Estadual de Londrina, EMBRAPA. Centro de Ciências Exatas. Programa de Pós-Graduação em Biotecnologia, 2012. http://www.bibliotecadigital.uel.br/document/?code=vtls000175506.

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Abstract:

As pequenas proteínas de choque térmico (HSP20) são frequentemente associadas com a resposta das plantas ao estresse causado por fatores abióticos e, mais recentemente, têm sido também associadas a resposta aos estresses bióticos. Nas plantas, os genes Hsp20 representam a classe mais abundante dentre as proteínas de choque térmico, mas ainda pouco se conhece sobre essa família de genes em soja. Devido à suas aparentes multifuncionalidades, essas proteínas são alvos promissores para o desenvolvimento de variedades agrícolas melhor adaptadas a condições de estresses abióticos e bióticos, até mesmo quando combinados. Dessa forma, o presente trabalho realizou a caracterização molecular in silico das regiões codificadoras e reguladoras da família de genes codificadores para HSP20 de soja, com foco em sua distribuição no genoma, localização subcelular, divisão em subfamílias, estrutura secundária e regulação frente a estresses bióticos e abióticos, além da identificação de padrões de cis elementos, potencialmente envolvidos na resposta da soja a nematóides. Após a prospecção de genes anotados em bancos de dados do genoma da soja como Hsp20, foram obtidos 76 modelos gênicos. Dentre estes, apenas 52 modelos gênicos fizeram parte dos potenciais candidatos a GmHsp20 (Glycine max-Hsp20), devido as suas características estruturais, de cis elementos e de expressão. Em seguida, foram identificados, a partir das análises in vivo, 45 genes como Hsp20 de soja, distribuídos em 11 subfamílias. Para cada uma dessas, foi possível observar padrões de estrutura secundária específicos. Dentre os 45 genes GmHsp20 responsivos ao estresse de calor, 5 foram também responsivos ao estresse de frio e outros 5 ao estresse por infecção pelo nematóide M. javanica. Além disso, foram observados mais dois genes responsivos ao estresse biótico, mas não ao choque térmico. Obtiveram-se modelos operacionais de promotores para os genes responsivos a cada tipo de estresse analisado. Entre os cis elementos identificados nos Hsp20, que respondem a infecção por M. javanica, estão os Wbox, CAAT box, ABRE e MYB, além do elemento HSE/Heat. Os promotores responsivos ao estresse biótico seguiram padrões de composição e distribuição de cis elementos, descritos na literatura como relacionados a esse tipo de estresse e outros. Tais resultados irão auxiliar na geração de tecnologias de expressão dirigida, ainda mais avançadas, e novos genótipos de soja cada vez mais adaptados a condições combinadas de estresse.
The small heat shock proteins (HSP20) are often associated in plant stress response caused by abiotic factors and, more recently, have also been associated with response to biotic stresses. The Hsp20 genes represent, in plants, the most abundant class among the heat shock proteins, but little is known about this gene family in soybean. Due their apparent multifunctionality, these proteins are promising targets to the crop varieties development for better conditions adapted to biotic and abiotic stresses, even when they are combined. Thus, the present study conducted an in silico molecular characterization of regulatory and coding regions of HSP20 genes from soybean, focus in its genome distribution, subcellular localization, division into subfamilies, secondary structure and regulation under biotic and abiotic stresses, besides the identification patterns to cis elements potentially involved in the response to nematodes. After the exploration of Hsp20 genes annotation in soybean genome databases, 76 gene models were obtained. After in silico analysis, just 52 gene models were part of the GmHsp20 potencial candidates due to their structural characteristics of cis elements and expression profile. In addition, based on in vivo analysis, 45 soybean Hsp20 genes were identified, distributed in 11 subfamilies, for which is possible to observe a specific secondary structure for each one. Among the 45 GmHsp20 genes heat stress responsives, 5 genes were cold stress responsive and other five were nematode infection by M. javanica responsive. Moreover, two genes were observed being responsive to biotic stress, but they weren't responsive to thermal shock. Operational Models of Hsp20 promoters were obtained to responsive genes to each stress condition examined in this study. Among the identified cis elements in Hsp20 soybean genes that were responsive to M. javanica infection were W box, CAAT box, ABRE and MYB, besides the HSE / Heat element. Promoters responsive to biotic stress in soybean follows composition and distribution standards of cis elements, as described in the literature to be related to this type of stress. These results, such as responsive genes and promoters to many different stresses, can assist in generation of expression directed technologies even more advanced and new soybean genotypes more adapted to under combined stress conditions.

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Rachid, Breno Francovig. "Identificação de novos locos de resistência à ferrugem asiática (Phakopsora pachyrhizi) em soja (Glycine max)." Universidade Estadual de Londrina. IAPAR. EMBRAPA. Centro de Ciências Biológicas. Programa de Pós-Graduação em Genética e Biologia Molecular, 2008. http://www.bibliotecadigital.uel.br/document/?code=vtls000154641.

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Abstract:

No Brasil, a ferrugem asiática, causada pelo fungo Phakopsora pachyrhizi, vem provocando perdas de produtividade e aumento no custo de produção pelo uso intensivo de fungicidas em lavouras de soja. A utilização de variedades resistentes é uma ferramenta importante no combate à doença. Atualmente existem cinco locos relatados contendo genes de resistência à doença, denominados rpp1 a rpp5. A resistência conferida por alguns genes presentes nos locos rpp1 e rpp3 foi quebrada, no Brasil, por uma nova raça do fungo. O presente estudo teve como objetivo realizar testes de alelismo entre fontes de resistência identificadas no banco de germoplasma da Embrapa Soja e que não mapeiam nos locos rpp2 e rpp4. Para tanto, 20 fontes cujos genes de resistência mapeiam fora dos locos rpp2 e rpp4 (Laperuta, 2007) foram separados em um grupo com quatro testadoras cruzadas entre si e com o outro grupo composto pelas outras 16 fontes. As gerações parentais e F2 derivadas desses cruzamentos foram inoculadas e avaliadas em casa-de-vegetação. Cada planta foi classificada de acordo com a reação de resistência (lesões RB) ou de suscetibilidade (lesões TAN). Com base na ausência de segregação ou no padrão de segregação observados na geração F2, foi possível concluir que das quatro fontes utilizadas como testadoras, três delas (PI 200487 ou Kinoshita, PI 200526 ou Shira Nui e GC 84058-18-4) possuem pelo menos um gene de resistência no mesmo grupo de ligação (GL), enquanto a outra testadora (PI 203398 ou Abura) possui um gene de resistência em loco independente. Das demais fontes testadas, duas delas (PI 416764 e PI 423966) pertencem ao grupo da Kinoshita, três (PI 416810, PI 417421 e PI 398777) pertencem ao grupo da Abura, e cinco (PI 397618TC1, PI 417074, PI 417503, Nova Santa Rosa e Hyuuga) obtiveram segregação independente em relação ao grupo da Kinoshita e Abura, indicando que apresentam pelo menos um gene de resistência segregando independentemente em relação aos GL testados. As fontes GC 84058-21-4 e GC 84051-9-1 não segregaram em cruzamentos com a testadora GC84058-18-4 enquanto a PI416819 não segrega com a testadora PI 200526, as quais devem conter pelo menos um gene próximo ao GL da Kinoshita. Outras três fontes (PI 471904, PI 200455 e PI 417115) não segregam em cruzamentos com Abura, mas não foi possível concluir sobre o GL já que a PI 471904 também não segrega com o grupo Kinoshita, enquanto a PI 200455 também não segrega com as 16 testadoras PI 200526 e PI 200487 do grupo da Kinoshita e, finalmente, a PI 417115 também não segrega com a PI 200487 do grupo da Kinoshita. É possível, em função desses resultados, que estejamos lidando com um novo grupo de genes de resistência a doenças, no GL N.
In Brazil, the soybean rust, caused by Phakopsora pachyrhizi, has caused yield losses and increased the cost of production by the intensive use of fungicides in soybean fields. The use of resistant varieties is an important tool to control the disease. Currently five different loci have been reported containing genes for resistance to disease, called rpp1 to rpp5. A new race of the fungus broke the resistance conferred by some genes present in the loci rpp1 and rpp3 in Brazil. This study aimed to perform allelism tests between sources of resistance identified in the germplasm bank of Embrapa Soybean, whose genes do not belong to rpp4 and rpp2 loci. To accomplish this objective, 20 sources of resistance genes mapping out of the loci rpp2 and rpp4 (Laperuta, 2007) were divided into a group with four testers, which were crossed between them, and with the other 16 sources. The parentals and F2 generations from these crosses were inoculated and evaluated in a greenhouse. Each plant was classified according to the reaction of resistance (RB lesion) or susceptibility (TAN lesion). Based on the segregation observed in the F2 generation, it was possible to conclude that among the four sources used as testers, three of them (PI 200487 or "Kinoshita," PI 200526 or "Shira Nui" and GC 84058 18-4) have at least one gene of resistance in the same linkage group (LG), while the other tester (PI203398 or "Abura") has a gene of resistance in an independent locus. Among the other sources tested, three of them (PI 416764 and PI 423966) belong to the group "Kinoshita," three (PI 416810, PI 417421 and PI 398777) belong to the group "Abura", and five (PI 397618TC1, PI 417074, PI 417503, Nova Santa Rosa and Hyuuga) segregated independently in relation to the groups "Kinoshita" and "Abura," which indicates that they have at least one gene of resistance mapping out of the loci 17 tested. The sources GC 84058-21-4 and GC 84051-9-1 didnt segregat in crosses with the tester GC 84058-18-4 and must contain at least one gene next to the LG of "Kinoshita." Three other sources (PI 471904, PI 200455 and PI 417115) not segregated in crosses with "Abura," but it was not possible to conclude about their LG, because the PI 471904 also do not segregate with "Kinoshita, while the PI 200455 do not segregate with the testers PI 200526 and PI 200487 of the group "Kinoshita" and, finally, the PI417115 also do not segregate with PI 200487 of the group "Kinoshita." According to these results, it is possible that we are dealing with a new cluster of genes for disease resistance in LG-N.

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Kuwano, Biana Harumi. "Encarquilhamento foliar em soja (Glycine max (L.) Merr.) no Paraná : fatores envolvidos e possíveis causas." Universidade Estadual de Londrina. Centro de Ciências Agrárias. Programa de Pós-Graduação em Agronomia, 2017. http://www.bibliotecadigital.uel.br/document/?code=vtls000218129.

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Abstract:

Áreas produtoras de soja (Glycine max L. Merr.) no Paraná têm apresentado plantas com sintomas de encarquilhamento foliar, semelhante a toxicidade de Mn, com redução de porte, geralmente observados em reboleiras. O objetivo desse trabalho foi analisar propriedades químicas e microbiológicas do solo relacionadas à ciclagem de Mn e investigar se a alta disponibilidade desse nutriente pode ter causado o encarquilhamento foliar em áreas comerciais de soja. Foram coletadas amostras de solo e planta em áreas de reboleiras com sintomas e áreas sadias adjacentes de nove propriedades na safra 2012/13 e três na safra 2013/14. Na parte aérea das plantas foram determinados: a massa seca e os teores foliares de P, K, Ca, Mg, S, B, Cu, Fe, Mn e Zn. As amostras de solo foram coletadas nas profundidades de 0-5, 5-10, 10-20 e 20-40 cm, secas ao ar e analisadas quanto ao pH (CaCl2), C orgânico, P disponível, Ca, Mg, K, Al, H+Al, soma de bases, CTC, saturação por bases, teores de B, Cu, Fe, Mn e Zn. As análises microbiológicas foram realizadas nas amostras de solo de 0-5, 5-10 cm e na rizosfera. Foram avaliados o número de unidades formadoras de colônias (UFC) de bactérias oxidantes e redutoras de Mn, sendo que os isolados representativos tiveram a região rDNA 16S sequenciada para identificação. O C da biomassa microbiana (CBM), a respiração basal e colonização micorrízica também foram avaliados. As plantas com encarquilhamento foliar apresentaram redução na massa da parte aérea e na produtividade de grãos. Em adição, apresentaram teores foliares mais elevados de P, Ca, Mg, Mn e B e menores teores de K. No solo das áreas sem sintomas, a SB, a CTC, os teores de Ca, Mg e Fe (0-5 cm) foram maiores, enquanto o os teores de P e Zn (10-20 cm) foram mais baixos. Na safra 2012/13, o CBM foi significativamente maior nas áreas sem sintoma de encarquilhamento foliar. O número de UFC de bactérias oxidantes de Mn foi maior no solo da área sem sintomas (0-5 cm, rizosfera) enquanto que o número de bactérias redutoras foi maior na área com sintomas. A maior população de bactérias redutoras de Mn da área com sintomas coincidiu com maiores teores de Mn na planta, ligeiramente superiores aos encontrados nas plantas sem sintomas. Entre as bactérias redutoras de Mn, predominou o gênero Streptomyces enquanto diversos gêneros representaram as bactérias oxidantes de Mn: Arthrobacter, Streptomyces, Bacillus, Novosphingobium, Agrobacterium, Variovorax, Acinetobacter e Pseudomonas. O teor de P diferiu entre as áreas tanto no solo como na planta, enquanto os teores de Ca e Mg diferiram apenas no solo, sugerindo que o sintomas podem não estar relacionados a um nuntriente em particular, mas pode ser o resultado da interação de vários fatores. Apesar de os teores de Mn na planta e no solo, tanto nas áreas com sintomas como nas áreas sem sintomas serem considerados altos, não foram apontados como causa direta do problema. É provável haver uma interação multifatores na manifestação dos sintomas que precisa ser mais bem estudada.
Soybean (Glycine max L. Merr.) producing fields in Paraná State have presented plants with leaf crinkle, similar to symptoms of Mn toxicity, resulting in growth reduction, generally observed in spots. The aim of this work was to analyze soil chemical and microbiological properties related with Mn cycling and investigate if high amounts of this nutrient have caused the "crinkle leaf" in commercial areas of soybean. Soil and plant samples were collected in spots with symptoms and adjacent healthy areas of nine fields in 2012/13 season and three in 2013/14 season. In the shoots, the dry weight and foliar concentrations of P, K, Ca, Mg, S, B, Cu, Fe, Mn and Zn were determined. Soil samples were collected at depths of 0-5, 5-10, 10-20 and 20-40 cm, air-dried and analyzed for pH (CaCl2), organic C, available P, Ca, Mg, K, Al, H + Al, Sum of bases, CEC, base saturation, B, Cu, Fe, Mn and Zn concentrations. Microbiological analyzes were carried out in soil samples from 0-5, 5-10 cm and rhizosphere. The number of colony forming units (CFU) of oxidizing and Mn reducing bacteria was evaluated, and the most representative isolates had the 16S rDNA region sequenced for identification. Microbial biomass C (MBC), basal respiration and mycorrhizal colonization were also assessed. Plants with foliar crinkling presented lower shoot dry weight and grain yield. In addition, showed higher foliar concentrations of P, Ca, Mg, Mn and B, and lower concentrations of K. The values of SB, CEC, Ca, Mg and Fe concentrations (0-5 cm) were higher in the soil of plants without symptoms, whereas P and Zn (10-20 cm) were lower. In the 2012/13 season, MBC was significantly higher in the soils of plants without symptoms. The number of CFUs of Mn-oxidizing bacteria was higher in the soil of the symptomless area (0-5 cm, rhizosphere), whereas the number of Mn-reducing bacteria was higher in the area with plants showing symptoms. The largest population of Mn-reducing bacteria in the area with symptoms coincided with slightly higher concentrations of Mn in plant leaves, compared with plants without symptoms. The genus Streptomyces predominated among the Mn-reducing bacteria, while several genera represented the Mn-oxidizing bacteria: Arthrobacter, Streptomyces, Bacillus, Novosphingobium, Agrobacterium, Variovorax, Acinetobacter and Pseudomonas. The P concentrations differed between both soil and plants, while Ca and Mg differed only in the soil, suggesting that the symptom may not be related to a particular nutrient, but may depend on the interaction between several factors. Despite the concentrations of Mn in plants and in the soil are considered high, they could not be considered the sole cause of the problem. A multifactorial interaction probably occurs and must be more deeply studied.

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Rosset, Michele. "Hidrólise enzimática de carboidratos de soja [Glycine max (L.) Merrill] e efeitos em tofu tipo silken." Universidade Estadual de Londrina, 2011. http://www.bibliotecadigital.uel.br/document/?code=vtls000168335.

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Abstract:

A adição de Viscozyme L na suspensão de soja pode resultar em um tofu com características diferentes do tradicional. Devido à ação da enzima, material da parede celular (polissacarídeos) poderá ser parcialmente hidrolisado liberando mono e oligossacarídeos, os quais serão transferidos para o tofu, provavelmente modificando sua composição e textura. O objetivo deste trabalho foi estudar os efeitos, em tofu tipo silken, da hidrólise de carboidratos de soja realizada pelo complexo enzimático Viscozyme L. Na primeira etapa, foi realizada a otimização da temperatura de ação de Viscozyme L e foi verificado que, a 55 oC, os teores dos açúcares redutores aumentaram em até 4 vezes, comparado ao controle. Estaquiose foi o oligossacarídeo predominante no tofu tratado (4,58 g/100 g) e o conteúdo de rafinose foi de 1,22 e 0,75 g/100 g nos tofus tratado e controle, respectivamente. O nível de glicose, aproximadamente, duplicou no tofu tratado (1,66 g/100 g) em relação ao controle (0,74 g/100 g). O tofu tratado apresentou maior quantidade de compostos fenólicos que o controle (173 e 161 mg equivalentes de ácido gálico/100 g de tofu liofilizado, respectivamente) e maior atividade antioxidante pelo teste ABTS e DPPH. O conteúdo total de isoflavonas (92 mMol/100 g tofu) não apresentou diferença entre as amostras, mas o tofu tratado apresentou maior concentração de malonil glicosídeos e o controle de ?-glicosídeos. Os tofus apresentaram diferenças sensoriais como maior odor de soja e menor uniformidade da superfície (tofu tratado), mas não houve preferência de uma amostra em relação à outra. O tofu tratado teve maior quantidade de glicose e frutose que o controle, porém não foram verificadas diferenças nos gostos (ácido e amargo) das amostras. Isto pode ter ocorrido pelo fato dos tofus terem sido coagulados com glucona-delta-lactona, um coagulante ácido que pode ter mascarado o sabor doce do tofu tratado com enzima. As condições ideais de temperatura e concentração de Viscozyme L para extração de proteína foram 60 oC e 30 FBG (Fungal Beta Glucanase) por 30 minutos. O pré-tratamento enzimático para extração de proteínas resultou em rendimento de 56,27%, superior ao método alcalino tradicional, 33,04%; o efeito da temperatura de pré-tratamento foi a variável mais importante. Para hidrólise de carboidratos, as condições ótima de temperatura e concentração de enzima foram 45 oC e 45 FBG/10 g de farinha desengordurada de soja, respectivamente. Ambas amostras de tofu apresentaram aglomerados de microestruturas globulares de proteínas e estrutura tridimensional fibrosa, típica de tofus.
The addition of Viscozyme L in soy suspension may result in a tofu with characteristics differents from traditional. Due to the presence of the enzyme, cell wall material (polysaccharides) may be partially hydrolyzed to release mono-and oligosaccharides, which will be transferred to the tofu and probably influencing composition and texture. The aim of this work was to study the effects, in silken tofu, of the hydrolysis of soy carbohydrates by the enzyme complex of Viscozyme L. First, this study investigated the enzymatic pre-treatment of soy slurry to optimize conditions of the enzyme action. The optimum temperature of Viscozyme L was 55 oC and it was found that the levels of reducing sugars increased up to 4 times compared to the control. Stachyose was the predominant oligosaccharide in treated tofu 4.58 g/100 g, and of raffinose was 1.22 and 0.75 g/100 g in treated tofu and control, respectively. The glucose level was approximately doubled in the treated tofu (1.66 g/100 g) compared to control (0.74 g/100 g). The treated tofu had a higher amount of phenolic compounds compared to the control, 173 and 161 mg of gallic acid equivalent/100 g of dried tofu, and higher antioxidant activity by ABTS and DPPH test. The total content of isoflavonas (92 mMol/100 g tofu) did not differ between the samples but the treated tofu had a higher concentration of malonyl glycosides and the control of ?-glycosides. The tofus showed sensory differences as the largest soybean odor and less uniform surface (treated tofu), but there was no preference for one sample over the other. The treated tofu had higher amount of glucose and fructose than the control, but there was no observed differences in the taste (acid and bitter) of the samples. This may have occurred because the tofus were coagulated with glucona-delta-lactone, an acid coagulant that may have masked the sweet taste of treated tofu. The optimum conditions of temperature and concentration of Viscozyme L for protein extraction were 60 ° C and 30 FBG (Fungal Beta glucanase), during 30 minutes. Enzimatic pre-treatment for proteins extraction resulted in a yield of 56.27%, higher than the traditional alkaline method, 33.04%; the effect of the pre-treatment temperature was the most important variable. For carbohydrate hydrolysis the optimal conditions of temperature and enzyme concentration were 45° C and 45 g of FBG/10 g defatted soy flour. All tofu samples had a globular microstructure of protein which was integrated into clumps and showed a fibrous three-dimensional network structure, typical of tofu.

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Almeida, Adriély Alves de. "Tratamento de sementes como alternativa para o controle de Meloidogyne javanica em soja Glycine max (L.) Merril." Universidade Estadual de Londrina. Centro de Ciências Agrárias. Programa de Pós-Graduação em Agronomia, 2014. http://www.bibliotecadigital.uel.br/document/?code=vtls000196041.

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Abstract:

O tratamento de sementes tem sido evidenciado com boas perspectivas como medida complementar no controle de fitonematoides. Portanto, o objetivo desse trabalho foi verificar o efeito de produtos utilizados no tratamento de sementes de soja sobre o nematoide de galhas Meloidogyne javanica. Foram realizados ensaios in vitro e em casa de vegetação compostos pela combinação dos tratamentos: Testemunhas (inoculada e não inoculada com M. javanica para o ensaio em casa de vegetação); Abamectina; Tiametoxam; Fludioxonil + Metalaxil-M + Tiabendazol; Abamectina + Tiametoxam; Abamectina + Fludioxonil + Metalaxil-M + Tiabendazol; Tiametoxam + Fludioxonil + Metalaxil-M + Tiabendazol; e Abamectina + Tiametoxam + Fludioxonil + Metalaxil-M + Tiabendazol. O ensaio in vitro foi realizado com o objetivo de verificar o efeito de produtos sobre a eclosão, mobilidade e mortalidade dos juvenis de segundo estádio (J2) do nematoide. Para o ensaio em casa de vegetação, as sementes de soja cv. BRS 133 foram previamente tratadas conforme descrito anteriormente. A semeadura foi realizada em vasos com capacidade para 3 litros de substrato, com uma planta por vaso. Aos 15 dias da inoculação, avaliou-se o efeito dos tratamentos sobre o desenvolvimento das plantas e a penetração dos J2 pelo método de coloração com fucsina ácida. Após 30 e 60 dias, foram tomadas novamente medidas de desenvolvimento das plantas, bem como o número de galhas e massas de ovos, população final, fator de reprodução e número de nematoides por grama de raiz. Os tratamentos contendo Abamectina foram os mais eficientes em reduzir a taxa de eclosão dos J2, bem como os que apresentaram maiores taxas de imobilização e mortalidade sobre os juvenis, diferindo da testemunha. Aos 15 dias da inoculação, observou-se melhor desenvolvimento radicular, comprimento de parte aérea e massa fresca de parte aérea em plantas provenientes de sementes tratadas. Para o número de nematoides/g de raiz observou-se significativa diferença entre plantas provenientes de sementes tratadas e a testemunha inoculada, destacando-se os tratamentos contendo Abamectina, isolada, ou em combinação com os demais produtos. Após 30 dias, confirmou-se a eficiência do tratamento de sementes em reduzir a população do nematoide nos tratamentos 3 (Abamectina) e 9 (Abamectina + Tiametoxam + Fludioxonil + Metalaxil-M + Tiabendazol), apresentando menores valores para as variáveis população final, fator de reprodução e nematoides/g de raiz. No entanto, aos 60 dias, não observou-se eficiência dos tratamentos em manter baixa a população do nematoide. Portanto, a partir dos resultados obtidos confirmou-se que o tratamento de sementes é uma importante medida, auxiliar, a ser utilizada no manejo integrado dos fitonematoides.
The seed treatment have been demonstrated good prospects as a complementary measure to control nematodes. Therefore, this study aimed to investigate the effect of products used in the seeds treatment of soybean on root-knot nematode Meloidogyne javanica. To accomplish this, experiments were conducted in vitro and on greenhouse consisted of combinations of treatments: Control (inoculated and non-inoculated, for the test in a greenhouse with nematode and without seed treatment); Abamectin; Tiametoxam; Fludioxonil + Metalaxyl-M + Tiabendazole; Abamectin + Tiametoxam; Abamectin + Fludioxonil + Metalaxyl-M + Tiabendazole; Tiametoxam + Fludioxonil + Metalaxyl -M + Tiabendazole, and Abamectin + Tiametoxam + Fludioxonil + Metalaxyl-M + Tiabendazole. The in vitro assay was performed in order to verify the effect of chemicals on hatching, mobility and mortality of nematode second stage juveniles ( J2 ) . For the experiment in greenhouse, seeds were pretreated by the method of plastic bag with the following combination of treatment. The sowing was performed in glass with a capacity of 3 liters of substrate, leaving one plant per pot. At 15 days after inoculation, the treatment effect on plant growth and nematode penetration was evaluated by th the acid fuchsin method. After 30 and 60 days, were taken measures of plant development again, as well as the number of galls and egg masses, final population, reproduction factor and number of nematodes per gram of root. Treatments containing abamectin were the most effective in reducing the hatching rate of J2, as well as those which had higher immobilization and mortality rates on juveniles, differing from control. At 15 days, there was greater root development, length of shoot and fresh weight of shoots in plants grown from treated seeds. For the number of nematodes/g of root was observed significant difference among plants grown from treated seeds and inoculated control highlighting the treatments containing abamectin, isolated or in combination with other products. After 30 days, it was confirmed the effect of seed treatment on reducing nematode populations with treatment 3 (Abamectin) and 9 (Abamectin + Tiametoxam + Fludioxonil + Metalaxyl -M + Tiabendazole), with smaller values for final population factor, reproduction factor and nematodes/g of root. However, at 60 days, after inoculation, there was no effect of treatments on maintaining low nematode populations. Therefore, from the results obtained it can be concluded that the seeds treatment may be a measure that assists in the nematode integrated management.

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Santos, Esmael Lopes dos. "Influência do genótipo sobre as concentrações de proteína e óleo em sementes de soja [Glycine max (L.) Merrill]." Universidade Estadual de Londrina. Centro de Ciências Agrárias. Programa de Pós-Graduação em Agronomia, 2006. http://www.bibliotecadigital.uel.br/document/?code=vtls000117318.

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Abstract:

A soja [Glycine max (L.) Merrill] a cada ano vem confirmando a sua posição ímpar como produto agrícola brasileiro de maior importância, quer na geração de divisas para o país, quer no incremento das atividades da agroindústria, da produção de carnes, de óleo e derivados. A principal utilização da soja, tanto no Brasil como no restante do mundo, é como matéria prima para a indústria de esmagamento que produz óleo degomado e farelo. O óleo é utilizado como matéria prima para a indústria alimentícia na produção de óleo refinado, e seus derivados, e o farelo é utilizado, principalmente, na indústria de rações como enriquecedor protéico. A qualidade do farelo de soja é dada pelo seu conteúdo de proteína. O farelo obtido da soja produzida no Brasil, especialmente na região Sul, tem apresentado conteúdo de proteína abaixo das especificações exigidas pelo mercado, o que tem depreciado seu valor. A concentração de óleo e proteína na semente de soja é herdada como uma característica quantitativa que sofre grande influência do meio ambiente. Em condições de cultivo in vivo é difícil controlar precisamente o fornecimento de carbono e nitrogênio destinado às sementes. Com o objetivo de avaliar a influência de genótipos de soja sobre a concentração de proteína e óleo na semente com desenvolvimento in vivo e in vitro, sementes imaturas das cultivares CD 202 e CD 206 foram retiradas da planta mãe no estádio R5, cultivadas in vitro em meio de cultura líquido, contendo 20, 40 e 60 mM de glutamina. As sementes foram incubadas em frascos de vidro em constante agitação, por oito dias a 25 . 0,2.C, com concentração de sacarose de 204,5 mM. Após esse período de incubação, foi determinado o ganho de massa fresca das sementes. Posteriormente, foi determinado o teor de óleo e proteína das sementes desenvolvidas in vitro e das desenvolvidas in vivo. O ganho de massa fresca não apresentou diferença significativa (P>0,05) em uma mesma cultivar quando houve alteração da concentração de glutamina. Entre as cultivares o ganho de massa fresca apresentou diferença significativa (P<0,05) nas concentrações de 40 e 60 mM de glutamina na cultivar CD 206 em relação à CD 202. A porcentagem de proteína na concentração de 20 mM de glutamina não apresentou diferença significativa (P>0,05) na cultivar CD 206 cultivada in vitro quando comparada com a cultivada in vivo. Porém o inverso ocorreu para as concentrações de 40 e 60 mM de glutamina. A cultivar CD 202 quando cultivada in vitro na concentração de 20 mM apresentou porcentagem de proteína menor que as sementes cultivadas in vivo. Porém, acima da concentração de 20 mM de glutamina, a cultivar CD 202 apresentou uma alta porcentagem de proteína, respondendo positivamente ao aumento da concentração de glutamina. Com suprimento adequado de nitrogênio para as sementes com desenvolvimento in vitro o genótipo não limitou o acúmulo de proteína. Entre as duas cultivares estudadas, a proteína se apresentou sempre em maior porcentagem na cultivar CD 206. As concentrações de óleo e proteína foram inversamente relacionadas. O genótipo influencia na composição da semente de soja, pois mesmo quando houve variação no suprimento de nitrogênio para as sementes com desenvolvimento in vitro diferenças estatísticas apresentadas na porcentagem de proteína e óleo, foram mantidas entre os genótipos.
Soybean [Glycine max (L.) Merrill] confirms every year its unparalleled position of most important agricultural Brazilian product as regards the flow of money to the country and the increasing of agro-industry activities and also meat, oil and respective sub products production. In Brazil as well as in the rest of the world, soybean is mainly used as raw material of the grinding industry which produces degummed oil and meal. Soybean oil is the raw material of the food industry for the production of refined oil and its sub products and the meal is mainly used to increase the protein content in animal food. The quality of soybean meal is evaluated by its protein content. Meal resulting from soybean produced in Brazil, specifically in southern region of Brazil, has been presenting a protein content lower than the demands of the market, what results in the product?s devaluation. The concentration of oil and protein in soybean seed is an inherited qualitative trait, but it is greatly influenced by the environment .Under the condition of cultivation in vitro it is difficult to control precisely the supply of carbon and nitrogen destined for the seeds. With the purpose of evaluating soybean?s genotype on the concentration of protein and oil of seeds developed in vivo and in vitro, immature seeds of cultivars CD 202 and CD 206 were removed from the mother-plant in the stage R5 and were cultivated in vitro, in a liquid milieu of cultivation which contained 20, 40 and 60 mM of glutamine. The seeds were incubated in glass flasks and agitated constantly during eight days at 25± 0,2 º C with 204,5 mM sucrose concentration. After that period of incubation it was determined the gain of fresh mass of the seeds. Afterwards it was also determined the oil and protein contents of the seeds developed in vitro and those developed in vivo. The fresh mass gain did not present a significant difference ( P>0,05) in the same cultivar when the glutamine concentration was altered , but between the two cultivars, fresh mass gain showed a significant difference (P<0,05) in the concentration of 40 and 60 mM of glutamine in the cultivar CD 206 as compared to the cultivar CD 202. The protein percentage in the 20 mM glutamine concentration did not present a significant difference (P>0,05) in the cultivar CD 206 cultivated in vivo. Nevertheless the opposite occurs in 40 and 60 mM of glutamine concentrations. Cultivar 202 when cultivated in vitro in 20 mM concentration showed a lower protein percentage than that of the seed cultivated in vivo. However, over 20 mM glutamine concentration, the cultivar CD 202 showed a high percentage of protein, what represents a good response to the increase of glutamine concentration. With an adequate supply of nitrogen for the seeds cultivated in vitro, the genotype did not limit the protein gain. Between the studied cultivars, protein percentage was always higher in the cultivar CD 206. Oil and protein concentrations were inversely related. The genotype has influence on soybean seeds composition, since it was observed that statistical differences in the oil and protein percentage remained unchanged even when a variation in the nitrogen supply to the seeds developed in vitro ocurred.

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Santos, Maria Aparecida dos. "Identificação de QTL associados à simbiose entre bradyrhizobium japonicum/B. elkanii e a soja [Glycine max(L.) Merr.]." Universidade Estadual de Londrina. Centro de Ciências Biológicas. Programa de Pós-Graduação em Microbiologia, 2005. http://www.bibliotecadigital.uel.br/document/?code=vtls000108570.

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Abstract:

O nitrogênio (N) necessário para a soja [Glycine max (L.) Merril] pode ser suprido pelo processo de fixação biológica do nitrogênio (FBN) com estirpes de Bradyrhizobium japonicum/ B. elkanii, de tal forma que, hoje, não se recomenda o uso de fertilizantes nitrogenados para essa cultura no Brasil. Contudo, nos últimos anos, os parâmetros de FBN não vêm sendo avaliados nos programas de melhoramento, que priorizam o rendimento de grão e a resitência a doenças. O objetivo deste estudo foi identificar QTL (Quantitative Trait Loci), utilizando marcadores microssatélites (SSR), relacionados com a FBN em uma população F2:7 de 157 linhagens endogâmicas recombinantes derivadas do cruzamento entre as cultivares contrastantes quanto as características de nodulação e crescimento de plantas, relacionadas com a FBN, Bossier (alta) x Embrapa 20 (média). As linhagens foram avaliadas em casa de vegetação quanto às características relacionadas com o crescimento da planta (massa da parte aérea seca, MPAS) e nodulação (massa de nódulos secos, MNS; número de nódulos, NN e massa média de nódulos secos, MNS/NN). Todas as características avaliadas apresentaram diferenças significativas (p = 0,05), indicando a existência de variabilidade genética entre as linhagens. A cultivar Bossier apresentou as maiores médias para todas as características avaliadas. Foram mapeados 16 marcadores distribuídos em seis dos vinte grupos de ligação, cobrindo uma região de 5% do genoma da soja (151,6 cM). A análise de regressão identificou doze associações significativas em quatro grupos de ligação (B1, C2, D1b, e H): três para a massa da parte aérea, quatro para número de nódulos, duas para massa de nódulos e três para a massa média de nódulos. Todos os QTL detectados foram de efeitos menores (R2 variando de 2,5% a 8,0%), semelhante ao encontrado na população F2:3 de Embrapa 20 (média) x BRS 133 (baixa) ( Nicolas et al., 2005). Contudo, sete marcadores foram confirmados nas duas populações, indicativo de uso potencial em programas de melhoramento visando a FBN.
Nitrogen (N) demand of soybean [Glycine max (L.) Merrill] can be supplied via biological nitrogen fixation (BNF) through the inoculation with selected Bradyrhizobium japonicum/B. elkanii strains, such that today no N-fertilizer is recommended for the crop in Brazil. However, traits related to BNF have not been lately evaluated in soybean breeding programs, with priority given to yield and resistance to diseases. The objective of this study was the identification of QTL (Quantitative Trait Loci) related to BNF using microsatellites (SSR) markers, in an F2:7 population of 157 Recombinant Imbred Lines (RILs), derived from the cross between parental cultivars with contrasting capacities of BNF, Bossier (high) and Embrapa 20 (medium). Soybean lines were grown under greenhouse conditions for the evaluation of the parameters of plant growth (shoot dry weight, SDW), and nodulation (nodule number, NN; nodule dry weight, NDW and the relation nodule dry weight/nodule number, NDW/NN). All parameters evaluated showed statistical differences (P= 0.05), indicating genetic variability among soybean lines. Sixteen markers located in six out of the twenty soybean linkage groups have been mapped, covering about 5% of the genome (151.6 cM). The regression analysis identified twelve significant associations in four linkage groups (B1, C2, D1b and H): three for shoot weight, four for nodule number, four for nodule weight and three for the medium value of nodule weight. All QTL had minor effects (R2 = 2,5 to 8,0%) similar to previous reports in an F2:3 of BRS 133 (low) x Embrapa 20 (medium) (Nicolás et al., 2005). However, seven QTL were confirmed in both populations, indicating that they might be effective in increasing BNF in soybean breeding programs.

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Seibel, Neusa Fátima. "Caracterização, fracionamento e hidrólise enzimática dos componentes do resíduo do processamento da soja [Glycine Max (L.) Merrill], fibras dos cotilédones." Universidade Estadual de Londrina. Centro de Ciências Agrárias. Programa de Pós-Graduação em Ciência de Alimentos, 2006. http://www.bibliotecadigital.uel.br/document/?code=vtls000118533.

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Abstract:

Ingredientes derivados de soja, fibras de cotilédones, farinha desengordurada e concentrado protéico foram avaliados quanto às características químicas e propriedades funcionais. O macromineral de maior concentração foi o potássio e o micromineral foi o ferro em todos os ingredientes. O maior percentual de ácido fítico estava nas amostras protéicas, assim como as isoflavonas, no entanto, as fibras apresentaram mais genisteína e daidzeína e o total de isoflavonas correspondeu a 45% do valor encontrado na farinha. As fibras alimentares tiveram as melhores propriedades de hidratação e as propriedades relacionadas com o óleo foram similares à da farinha de soja, mesmo tendo menores percentuais de proteínas. A parede celular das fibras dos cotilédones de soja foi fracionada e o componente majoritário foi a hemicelulose, correspondendo a 55%, em média. Com a constituição dos monossacarídeos das frações houve a distinção de dois grupos: (1) celulose e (2) pectina e hemiceluloses. A classificação das proteínas foi baseada na solubilidade em diferentes solventes, a farinha desengordurada de soja apresentou a maior fração extraída com solução salina e o concentrado protéico, assim como as fibras de cotilédones, com solução alcalina. A eletroforese apresentou as proteínas majoritárias da soja, ß-conglicinina e glicinina nas fibras de cotilédones e nos ingredientes protéicos. A proteína extraída das fibras também revelou bandas com peso molecular próximo aos 30KDa, sendo provavelmente glicoproteínas de parede celular, ricas em hidroxiprolina. Após a determinação das melhores condições, as fibras de soja foram hidrolisadas com carboidrase e com protease. As frações sólidas das fibras hidrolisadas com carboidrase tiveram maior quantidade de proteínas e aumento nas propriedades hidrofílicas, enquanto que a fração solúvel teve 73% dos carboidratos e 50% dos ácidos urônicos da quantidade inicial das amostras. A protease foi capaz de solubilizar 54% do total das proteínas, produzindo uma fração sólida contendo 76% de fibras alimentares totais. A fração solúvel teve peptídeos de baixo peso molecular, menor que 10KDa e uma banda de peso molecular próximo aos 25KDa. As micrografias da MEV confirmaram a redução das partículas na amostra micronizada em relação à original. A estrutura física da fibra original hidrolisada com protease ficou mais porosa superficialmente do que a fibra micronizada. As amostras hidrolisadas com carboidrase apresentaram uma estrutura mais compactada.
Soybean derived ingredients: cotyledon fibers, defatted flour and protein concentrate were evaluated for chemical characteristics and functional properties. Potassium was the macro and iron the micro mineral in highest concentration in all the ingredients. The highest concentration of phytic acid was in the protein concentrate, as well as the highest concentration of isoflavones, however, the fibers had more genistin and daidzein and the total isoflavones in the fibers corresponded to 45% of the amount in the defatted flour. Dietary fibers had the best hydration properties and in properties related to oil emulsification had similar indexes to soybean flour, despite the lower protein concentration. The cell wall soybean cotyledon fiber was fractioned and the major component was hemicellulose, corresponding to 55% on the average. Based on monosaccharide composition of the cell wall fractions there were two groups: (1) cellulose and (2) pectin and hemicelluloses. Protein classification due to solubility in different solvents showed that defatted flour had a major protein fraction extracted with salt solution while the protein concentrate and dietary fibers had higher protein solubility with alkaline solution. The electrophoresis presented the major soybean proteins, ß-conglicinin and glicinin in cotyledon fibers and in protein ingredients. The protein extracted from fibers also reveled bands with molecular weigh next 30KDa, probably cell wall hydroxyproline-rich glycoproteins. After identifying the best conditions, the soybean fibers were hydrolyzed with carbohydrase and protease. The solid fraction of carbohydrase hydrolyzed fiber had higher protein concentration and increased hydrophilic properties, while the soluble fraction had 73% carbohydrates and 50% uronic acids of the initial quantity in samples. The protease hydrolyzed 54% of the total protein in the fiber samples, producing a solid fraction with 76% total dietary fiber. The soluble fraction had peptides of low molecular weigh, lower than 10KDa, and one band of molecular weigh close to 25KDa. The SEM micrographies confirmed the reduced particle in the milled sample in relation to the original sample. The physical structure of the original fiber hydrolyzed with protease had more superficial porosity than the reduced particle fiber. The hydrolyzed samples with carbohydrase presented a more compact structure.

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Aoyagi, Luciano Nobuhiro. "Caracterização estrutural e transcricional dos fatores de transcrição R2R3-MYB no genoma da soja (Glycine max) em resposta a doenças." Universidade Estadual de Londrina. Centro de Ciências Exatas. Programa de Pós-Graduação em Biotecnologia, 2013. http://www.bibliotecadigital.uel.br/document/?code=vtls000188152.

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Abstract:

A soja representa uma das mais importantes culturas para a economia, uma vez que é o principal produto do setor agropecuário e de exportação do Brasil. A Ferrugem asiática da soja (FAS), causada por Phakopsora pachyrhizi, representa além de um um fator limitante para a expansão da cultura, uma ameaça devido ao seu potencial em causar perdas na produção de grãos e aumento nos custos do cultivo. O controle baseado em produtos quimicos, além de ser despendioso, causa impactos indesejáveis ao homem e ao ambiente, criando a necessidade de se buscar formas alternativas e igualmente eficazes de controle. A compreensão dos mecanismos de defesa e resistência de plantas de soja, bem como a busca de genes ligados a esses processos, representam um caminho para encontrar formas de se transpor os problemas causados por este e outros patógenos. Estudos da interação (transcritoma) de soja com FAS indicam que fatores de transcrição (FT) da família MYB são expressos com frequência e diferencialmente em plantas resistentes. Em Arabidopsis, MYBs são amplamente estudados e muitos apresentam funções bem determinadas, incluindo o controle sobre as respostas de defesa. Apesar das evidências apontarem a possível participação destes FTs no controle de importantes processos em soja, incluindo a resposta de defesa, existe uma grande escassez de conhecimento, em comparação. Atualmente MYB é a maior família de FT de G. max, assim como a maior entres as plantas, indicando grande potencial de conter candidatos que atuem no controle de importantes processos, assim como é observado em Arabidopsis. Objetivando aumentar o conhecimento sobre estes FT, bem como seu real papel e funções para soja, o presente estudo, analisou a família de fatores de transcrição MYB. GmMYBs da classe R2R3 foram identificados a partir do genoma da soja por meio ferramentas de bioinformática (SMART, Pfam e MEME), e a função putativa foi determinada com base na contrução de árvore filogenética e classificação dos GmMYBs em subfamílias, utilizando guias (AtMYB) com funções conhecidas. Todas as subfamilias MYB de Arabidopsis thaliana e algumas de soja observadas em trabalhos prévios foram formadas, assim como novo subgrupos. A expressão e o perfil transcricional dos GmMYBs R2R3 em ensaios com P. pachyrhizi, Aphis glycines, Heterodera glycines, Pratilenchus brachyurus e Phytophthora sojae, através de análises em bancos de transcritomas (Soybase, LGE-Genosoja, Genevestigator), foi realizada e associada a determinação das funções putativas em busca de potenciais genes envolvidos no controle de mecanismos de defesa. Após a seleção dos modelos gênicos alvos, a indução pela infecção com P. pachyrhizi foi avaliada, por meio de PCR quantitativo em tempo real. tilizando três genótipos, dois resistentes, PI230970 e Shiranui que possuem o gene Rpp2 e Rpp5, respectivamente, e Williams 82 como modelo suscetível. Entre os genes avaliados, houve destaque para aqueles ligados a síntese de lignina, com três GmMYBs induzidos em plantas resistentes em maior nível e mais rapidamente, um GmMYB com função desconhecida e outro possivelmente ligado a modulação de genes responsivos a quitina, ambos induzidos por um período mais prologando na planta resistente. Analises funcionais futuras irão ser conduzidas para confirmar o envolvimento desses genes na resposta a infecção por patógenos em soja.
Soybean is one of the most important crops for the economy, since it is the main product of the agricultural sector and export of Brazil. Asian soybean rust caused by Phakopsora pachyrhizi, is a limiting factor for the crop expansion and a threat because of its potential yield losses and increase in cultivation costs. The control carried out with chemicals is expensive and cause undesirable impacts to humans and the environment, creating the need to seek for alternatives and equally effective control. A more profound understanding of the mechanisms of defense and resistance of soybean plants, as well as the search for genes associated with these processes represent a path to find ways to overcome the problems caused by FAS and other pathogens. Studies of the interaction of soybeans with FAS indicate that transcription factors (TF) MYB family are differentially expressed in resistant plants. In Arabidopsis, MYBs are extensively studied and have well-defined functions, including control over the defense of the plant. Despite evidence suggest a possible role of these TFs in controlling important processes in soybean, including defense response, there is a lack of knowledge, compared with Arabidopsis. MYB is currently the largest family of FT of G. max, and also in plants, indicating great potential to contain candidates that act to control important processes. Aiming to increase knowledge about these mechanisms, in this work we evaluated the family of MYB transcription factors. GmMYBs class R2R3 were identified from the soybean genome using bioinformatics (SMART, Pfam and MEME), and putative function was determined on the basis of phylogenetic tree construction and classification of subfamilies in GmMYBs using guides (AtMYB) with functions known. All MYB subfamilies of Arabidopsis thaliana and some soybean seen in previous works were formed, as well as new subgroups. The expression and transcriptional profile of GmMYBs R2R3 assays with FAS through analysis in banks of transcritomas (Soybase, LGE-Genosoja, Genevestigator) was performed and associated with determining the putative functions for search potential genes involved in the control mechanism defense. After the selection of target genes, induction by infection with FAS was assessed by quantitative PCR in real time at different times of inoculum (12, 24, 48, 72 and 96 hai) into two treatments (with or without inoculum of spores of P. pachyrhizi). Assays were performed in three genotypes, two resistant PI230970 (resistant) having Rpp2 allele and the allele that has Shiranui Rpp5, and showing lesions of the type RB in response to FAS and Williams 82 (susceptible) having TAN type lesions. Among the genes evaluated, there was especially those related to lignin synthesis with three GmMYBs induced in plant resistance in higher levels and faster, one GmMYB with unknown function and other possibly connected to modulation of responsive genes chitin, both induced by a longer period in the plant resistant.

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Godoy, Leandro Pereira de. "Panorama genômico da estirpe semia 5079 (=CPAC 15) de Bradyrhizobium Japonicum, recomendada comercialmente para a cultura da soja (Glycine max (L) merr.)." Universidade Estadual de Londrina. Centro de Ciências Biológicas. Programa de Pós-Graduação em Microbiologia, 2007. http://www.bibliotecadigital.uel.br/document/?code=vtls000125585.

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Abstract:

O processo de fixação biológica do nitrogênio atmosférico (FBN) com bactérias das espécies Bradyrhizobium japonicum e B. elkanii é fundamental para a viabilidade econômica da cultura da soja no Brasil. Com a expansão da cultura no País, no início dos anos 1960, também teve início um programa de seleção de estirpes adaptadas às condições ambientais e às cultivares nacionais e a estirpe SEMIA 5079 (=CPAC 15), pertencente à espécie B. japonicum, destacou-se por sua eficiência, competitividade e adaptação às condições ambientais estressantes, passando a ser utilizada em inoculantes comerciais desde 1992. Nesta última década, o seqüenciamento de alguns genomas de rizóbios permitiu obter grandes avanços no conhecimento da genética dessas bactérias, e este estudo teve por objetivo o seqüenciamento parcial do genoma da estirpe SEMIA 5079, visando a identificação de genes relacionados à capacidade saprofítica, à competitividade e à eficiência do processo de FBN. As leituras dos clones de bibliotecas do tipo "shotgun", construídas a partir do DNA total da SEMIA 5079, resultaram em uma cobertura real de 13,17 % do genoma, com um total de 1.371 CDSs ("coding sequences") anotadas, sendo 729 de função conhecida, 312 hipotéticas conservadas e 330 hipotéticas. A classificação funcional das CDSs pelo banco de dados COG ("Clusters of Orthologous Groups of proteins") mostrou genes putativos em quase todas as classes. Em relação ao banco KEGG ("Kyoto Encyclopedia of Genes e Genomes"), houve similaridade das seqüências anotadas na SEMIA 5079 com outros 71 organismos, e a maior similaridade foi constatada com a estirpe USDA 110 de B. japonicum, e com as estirpes BTAi1 e ORS278 de Bradyrhizobium sp. Quatorze transposases foram encontradas, a maioria relacionada a seqüências de inserção, indicativo de plasticidade elevada do genoma da SEMIA 5079; além disso, 4,54% das CDSs foram identificadas como genes parálogos, também relacionados à adaptação ambiental. Várias CDSs foram anotadas como genes que codificam proteínas relacionadas à nodulação, como os genes nodB, nodD2 e nodW e à FBN, como os genes nifE, fixP, fixQ, fixR e fixO, além de outras proteínas envolvidas no ciclo do N. No seqüenciamento parcial do genoma da estirpe SEMIA 5079, 5,76 % das CDSs válidas codificam enzimas que participam de quase todas as vias de biodegradação de xenobióticos, podendo representar um reservatório importante de genes com potencial biotecnológico.
The biological nitrogen fixation (BNF) process with bacteria belonging to the species Bradyrhizobium japonicum and B. elkanii is crucial for the economical viability of the soybean crop in Brazil. A strain selection program began with the crop expansion in the earlier 1960s, aiming at the identification of bacteria adapted to the local environmental conditions and to the Brazilian cultivars; strain SEMIA 5079 (= CPAC 15) of B. japonicum was then recognized by its efficiency, competitiveness and adaptability to stressful environmental conditions, therefore it has been employed in commercial inoculants since 1992. Few rhizobial genomes were completly sequenced in the last decade, and allowed an impressive increase in the genetic knowledge of these bacteria. In this context, this study aimed at the partial sequencing of the genome of strain SEMIA 5079, searching for genes related to the saprophytic capacity, competitiveness and efficiency of the BNF process. The readings of shotgun libraries built with SEMIA 5079 total DNA resulted in a real covering of 13.17% of the genome, with a total of 1.371 CDSs (coding sequences) annotated, 729 with known functions, 312 classified as conserved hypothetical and 330 as hypothetical. The functional classification of the CDSs in the database COG (Clusters of Orthologous Groups of proteins) identified putative genes in almost all classes. Furthermore, the comparison with strain USDA 110 of B. japonicum, sequenced in 2002 by Japanese researchers, has also demonstrated similar percentages of CDSs classified in the categories of COG, an important indication to support the strategy of partial genome sequencing of a bacterium. In relation to the KEGG (Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes) database, the CDSs of SEMIA 5079 have shown similarity with the sequences of 71 other organisms, but in a higher number with B. japonicum strain USDA 110, and with Bradyrhizobium sp. strains BTAi1 and ORS278. Fourteen transposases were found, most related to insertion sequences, indicating high plasticity of the genome of SEMIA 5079; furthermore, 4.54% of the CDSs were classified as paralog genes, also favoring environmental adaptation. Several CDSs were annotated as genes that codify proteins related to the nodulation, as nodB, nodD2 and nodW genes, and to the BNF, as nifE, fixP, fixQ, and fixR genes, in addition to other proteins involved in the cycle of N. The partial sequencing of the genome of strain SEMIA 5079 has also identified 5.76% of CDSs participating in almost all pathways of xenobiotic biodegradation, and might represent a reservoir of important genes with biotechnological potential.

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Marks, Bettina Berquó. "Ação de metabólitos secundários e de inoculantes microbianos na promoção de crescimento de soja (Glycine max (L.) Merr.) e milho (Zea mays L.)." Universidade Estadual de Londrina. Centro de Ciências Biológicas. Programa de Pós-Graduação em Microbiologia, 2013. http://www.bibliotecadigital.uel.br/document/?code=vtls000183388.

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Abstract:

Com a atual deterioração ambiental, causada, entre outros fatores, pelo aumento progressivo da população mundial, o Brasil, em um futuro próximo, se destacará como sendo um celeiro de alimentos mundial. Entre as culturas que desempenham papel importante no cenário agricola brasileiro destacam-se a soja (Glycine max (L.) Merr.) e o milho (Zea mays L.). A substituição do uso de fertilizantes nitrogenados por bio-fertilizantes e inoculantes contendo bactérias rizosféricas fixadoras de nitrogênio (rizóbios) e promotoras do crescimento de plantas (BPCPs) pode diminuir os custos de produção para os agricultores e diminuir a poluição ambiental, através da redução da emissão de gases poluentes, e contaminações de solos e lençóis freáticos. Os microrganismos rizosféricos conhecidamente produzem compostos derivados de seu metabolismo secundário, que aumentam sua sobrevivência e podem ainda promover o crescimento vegetal. Entre esses compostos destacam-se os antimicrobianos, exopolissacarídeos, lipoquitooligossacarídeos (LCOs) e hormônios vegetais. Apesar dos recentes avanços no entendimento de como as sinalizações químicas bactéria-planta hospedeira se dão, moléculas provenientes do metabolismo secundário bacteriano ainda são parcamente utilizadas para aumentar a produção agrícola. Neste estudo foram testados os efeitos de metabólitos secundários concentrados (MSCs) de duas estirpes de rizóbios, Bradyrhizobium japonicum USDA 110 e Rhizobium tropici CIAT 899, em diferentes concentrações, em duas importantes interações bactéria-planta: B. japonicum-soja e Azospirillum brasilense-milho. Para soja, foram feitos dois ensaios a campo e dois ensaios em casa de vegetação, onde o efeito da adição de MSC homólogo e heterólogo, e do flavonoide indutor genisteína, adicionados a inoculante contendo B. japonicum, foram testados. Para milho foram realizados três ensaios a campo e três ensaios em casa de vegetação, para observar os efeitos no crescimento da cultura, da adição de MSCs provenientes de ambas estirpes, a inoculante contendo A. brasilense. Foram analisados os seguintes parâmetros: massa da parte aérea seca (MPAS), teor de N na parte aérea (mgN/g), acúmulo de N na parte aérea (mgN/pl) [em soja e milho em todos os ensaios]; massa da raiz seca (MRS) [em soja e milho em casa de vegetação]; produção de grãos (PROD) [em soja e milho a campo]; número de nódulos (NN) e massa de nódulos seca (MNS) [em soja em todos os ensaios]. Nos ensaios a campo de soja, quando comparado ao tratamento somente inoculado, o tratamento com a adição de MSC de B. japonicum USDA 110 a 10-9 M obteve os maiores valores absolutos de número e massa seca de nódulos, e uma produção de grãos 4% maior. Já nos ensaios em casa de vegetação, a adição de MSCs não produziu plantas de soja com valores significativamente maiores do que os demais tratamentos. Em milho, nos ensaios a campo, os maiores valores absolutos foram obtidos no tratamento com a adição de MSC proveniente de R. tropici CIAT 899 a 10-8 M, com aumentos de produção que chegaram a 17% quando comparados ao tratamento inoculado + 75%N. Nos ensaios de casa de vegetação, as plantas de milho que obtiveram os maiores valores absolutos nos parâmetros analisados foram aquelas tratadas com MSCs provenientes de B. japonicum USDA 110 na concentração 10-9 M. Os benefícios observados neste trabalho podem ser devidos à combinação de efeitos positivos provenientes dos MSCs adicionados aos inoculantes, incluindo os efeitos protetores dos exopolissacarídeos, e os efeitos promotores de crescimento dos LCOs e dos hormônios vegetais. Tais resultados chamam atenção para o potencial biotecnólogico do uso de metabólitos microbianos secundários de rizóbios, que adicionados a inoculantes contendo rizóbios ou BPCP, podem promover o crescimento e aumentar a produção agrícola.
With the current environmental deterioration, caused, among other factors, by the progressive increase of the world population, Brazil stand out as being a storehouse of food worldwide. Among the cultures that play an important role in the Brazilian agricultural scenario we highlight the soybean (Glycine max (L.) Merr.) and maize (Zea mays L.). The substitution of nitrogen fertilizer use by bio-fertilizers and inoculants containing nitrogen-fixing rhizospheric bacteria (rhizobia) and plant-growth promoting rhizobacteria (PGPR) can lower production costs for farmers and reduce environmental pollution by reducing the greenhouse-gas emissions, and contamination of soil and groundwater. The rhizosphere microorganisms known to produce compounds derived from secondary metabolism, which increases their survival and can also promote plant growth. Among these compounds stand out antimicrobials, exopolysaccharides, lipochitooligosaccharides (LCOs) and plant hormones. Despite recent advances in understanding how the chemical signals bacteria-host plant occur, molecules derived from bacterial secondary metabolism are still poorly used to increase agricultural production. This study tested the effects of concentrated secondary metabolites (CSMs) from two strains of rhizobia, Bradyrhizobium japonicum USDA 110 and Rhizobium tropici CIAT 899 at different concentrations, in two important plant-bacteria interactions: B. japonicum-soybean and Azospirillum brasilense-maize. For the soybean, two field and two greenhouse experiments were performed and effects of addition of homologous and heterologous CSM, and of the flavonoid genistein, added the inoculant containing B. japonicum were investigated. For the maize, three field and three greenhouse experiments were performed to verify the effects of the CSM addition, from both strains, to inoculant containing A. brasilense. The following parameters were analysed: dry mass of shoots (DMS), N content in shoot (mgN/g), N accumulation in the shoot (mgN/pl) [in soybean and maize field and greenhouse experiments]; dry mass of root (DMR) [in soybean and maize greenhouse experiments]; grain production (PROD) [in soybean and maize field experiments]; nodule number (NN) and dry mass of nodules (DMN) [in soybean experiments]. For the soybean, compared with the treatment inoculated exclusively with B. japonicum, benefits were achieved with the addition of B. japonicum CSM, and at the concentration of 10-9 M improved dry weight of nodules and grain yield by an average of 4%. In greenhouse experiments, the addition of CSMs did not produce soybean plants with significantly higher values than the other treatments. For the maize field experiments, the best results were obtained with the addition of R. tropici CSM at the concentration of 10-8 M, increasing grain yield by an average of 17% when compared to treatment inoculated + 75% N. In greenhouse experiments, maize plants that have the best parameters were those treated with CSM derived from B. japonicum at a concentration 10-9 M. Benefits might be related to a combination of positive effects attributed to CSMs, including the protective effects of exopolysaccharides, and the growth promoting effects of LCO and plant hormones. The results emphasize the biotechnological potential of using secondary microbial metabolites of rhizobia together with inoculants containing both rhizobia and PGPR to improve plant growth and yield of grain crops.

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Kamizake, Neide Kiyoko Kondo. "Efeito do envelhecimento de soja (Glycine max) sobre as propriedades físicas e químicas dos grãos, extratos e tofus e características sensoriais dos tofus." Universidade Estadual de Londrina. Centro de Ciências Agrárias. Programa de Pós-Graduação em Ciência de Alimentos, 2012. http://www.bibliotecadigital.uel.br/document/?code=vtls000182075.

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Abstract:

Após a colheita, muitas vezes, a soja é armazenada em temperatura e umidade relativa (UR) ambiente e não controlada, resultando no envelhecimento e perda da qualidade dos grãos. Os objetivos deste trabalho foram investigar as alterações físicas e químicas nos grãos, extratos e tofus em função do envelhecimento dos grãos de soja das cultivares Coodetec 214 e BRS 267 e avaliar as consequências do envelhecimento dos grãos na concentração de coagulante (MgSO4), nas características sensoriais (aparência, aroma, sabor e textura) e na aceitação de tofus. Grãos de soja foram armazenados em três condições: envelhecimento acelerado (EA): 30 ºC e 84% UR até nove meses; envelhecimento natural (EN): temperatura e UR ambiente (variação no período = 17,3 a 24,5 ºC e 59 a 93% UR) até 18 meses e controle (C): -20 ºC e 47% UR. O armazenamento em cada condição foi conduzido em duplicata. As avaliações realizadas na soja foram: micrografia eletrônica de varredura (MEV) da casca e dos cotilédones, taxa de sorção de água e umidade de equilíbrio durante a hidratação dos grãos, medida instrumental de cor dos grãos inteiros e moídos e de dureza dos grãos cozidos, composição centesimal, mineral (Ca, Mg, P), teor de fitatos, compostos fenólicos totais, solubilidade das proteínas e capacidade de absorção e retenção de água pelos grãos moídos. Os extratos foram obtidos pelo método semi-kanetsu-shibori e tiveram a cor e a composição química determinadas. Para o preparo dos tofus, determinou-se a concentração ótima do coagulante (COC) por titulometria. Os tofus foram caracterizados por medida instrumental de cor e perfil de textura, análise sensorial (Análise Descritiva Quantitativa - ADQ) empregando-se 13 julgadores treinados, e a aceitação avaliada por escala hedônica e 110 consumidores. Os dados foram tratados por ANOVA, teste de Tukey, análise de correlação de Pearson (p ≤ 0,05) e Análise de Componentes Principais. Ao longo do período de estocagem EA e EN observaram-se o escurecimento dos grãos inteiros e moídos, as superfícies das células paliçádicas do cotilédone tornaram-se rugosas e murchas, a taxa de sorção de água e a dureza dos grãos cozidos aumentaram e a umidade de equilíbrio diminuiu, o teor de fitatos não variou, compostos fenólicos totais e acidez aumentaram, lipídeos, pH, capacidade de absorção de água e solubilidade das proteínas diminuíram. O padrão eletroforético das proteínas dos grãos variou somente para a condição EA a partir de 8 meses. Os extratos de soja das condições EA e EN apresentaram-se mais escuros e com menor conteúdo de sólidos que o controle ao longo do tempo. A COC diminuiu com aumento da temperatura de coagulação e tempo de envelhecimento, e apresentou correlação positiva com conteúdo de sólidos totais, proteínas, cinzas, Ca, Mg e P dos extratos de soja. Houve diminuição do rendimento e dos parâmetros de cor (L* e ho), proteínas, lipídios, carboidratos, cinzas, Ca, Mg, P, fraturabilidade, dureza, elasticidade, coesividade, gomosidade e aumento da adesividade dos tofus com o tempo de envelhecimento dos grãos. Por meio da ADQ os tofus de soja controle foram caracterizados pela cor clara, uniforme e brilhante, aparência coesa, aroma e sabor adocicado e textura firme e elástica, enquanto os tofus de soja da condição EA (6 meses) apresentaram cor cinza, com manchas escuras, aparência rugosa, aroma e sabor fermentado, sabor rançoso, adstringente, amargo, textura fraturável, mas com aderência na cavidade oral após a mastigação. Os tofus de soja da condição EN (18 meses) apresentaram atributos sensoriais com intensidades intermediarias aos do controle e EA. A preferência pelos tofus da soja controle foi justificada pela suas características de aparência, aroma, sabor e textura.
After the harvest, the soybeans are often stored in temperature and relative humidity (RH) environment and uncontrolled, resulting in aging and loss of grain quality. Main goals of this study were to investigate the physical and chemical changes in the grains, soy milks and tofus due to the aging of soybean cultivars Coodetec 214 and BRS 267, the effect of aging the grain on coagulant concentration (MgSO4), sensory characteristics (appearance, aroma, flavor and texture) and acceptance of tofu. Soybeans were stored under three conditions: accelerated aging (EA), 30 ºC, 84% RH, nine months; natural aging (EN), room temperature, RH (range in the period = 17.3 at 24.5 ºC and 59 at 93% RH), 18 months and control (C), -20 ºC and 47% RH. Storage in each condition was performed in duplicate. The following evaluations were performed in the samples: scanning electron micrograph (SEM) of the hull and cotyledons, water sorption rate and equilibrium moisture during grain hydration, instrumental color measurement of whole and ground grains and hardness of cooked soybean, proximate composition, minerals (Ca, Mg, P), phytate content, total phenolic, protein solubility and absorption and retention of water by ground grain. The soy milks were obtained by the method semi-kanetsu-shibori and had the color and chemical composition were determined. To prepare tofu, the optimum concentration of coagulant (COC) was measured by the titration method. The tofu was characterized by measuring: color and texture profile, sensory analysis (Quantitative Descriptive Analysis - QDA) employed by 13 trained judges, and acceptance evaluated by hedonic scale and 110 consumers. The data were treated by ANOVA, Tukey test, Pearson correlation analysis (p ≤ 0.05) and Principal Component Analysis. Throughout the storage period AA and NA observed darkening of whole and ground grains, the surfaces of the palisade cells of the cotyledons became rough and wilted, the water sorption rate and hardness of cooked grains increased and equilibrium moisture content decreased, the content of phytate not varied, total phenolic and acidity increased, lipids, pH, water absorption capacity and proteins solubility decreased. The protein electrophoretic patterns changed only for the AA condition affer 8 months. The soy milks of AA and NA conditions were more dark and with lower solids content than control over time. The COC decreased with increasing temperature of coagulation and aging time, and it was positively correlated with total solids content, protein, ash, Ca, Mg and P of aqueous extracts. There was a reduction in yield and color parameters (L* and h°), proteins, lipids, carbohydrates, ash, Ca, Mg, P, brittleness, hardness, elasticity, cohesiveness, gumminess and increased adhesiveness of tofu with the aging time. The QDA indicated that tofus of soybean control characterized by light color, bright and uniform, cohesive appearance, sweet aroma and taste and firm and elastic texture, while the tofus of soybean condition AA (6 months) have gray color with dark spots, appearance rough, fermented aroma and flavor, rancid taste, astringent, bitter, brittle texture, but with adherence in the mouth after chewing. The tofus of soybean condition NA (18 months) showed sensory attributes with intermediate intensities to control and AA. The preference for tofu soybean control was justified by the characteristics of appearance, aroma, flavor and texture.

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Roméo, Yves. "Etude des mécanismes de régulation de l'opéron busA qui code un système de transport de la glycine bétaine chez Lactococcus lactis : identification et caractérisation du régulateur transcriptionnel BusR." Toulouse 3, 2003. http://www.theses.fr/2003TOU30043.

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Rezende, José Marcos [UNESP]. "Ácaros associados a plantas da região Core do Cerrado e sua influência na acarofauna em cultivos de soja (Glycine max (L.) Merril) (Fabaceae)." Universidade Estadual Paulista (UNESP), 2011. http://hdl.handle.net/11449/87630.

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Abstract:

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:22:57Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2011-02-18Bitstream added on 2014-06-13T20:49:36Z : No. of bitstreams: 1 rezende_jm_me_sjrp_parcial.pdf: 122619 bytes, checksum: baa3b3bc0e7f357a40cb2617202838cf (MD5) Bitstreams deleted on 2015-08-07T12:19:53Z: rezende_jm_me_sjrp_parcial.pdf,. Added 1 bitstream(s) on 2015-08-07T12:20:55Z : No. of bitstreams: 1 000641059.pdf: 2070533 bytes, checksum: 208e09b4a9cde9b178893001a0110c98 (MD5)
Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)
O Cerrado é um dos principais biomas brasileiros devido à abundância de espécies endêmicas e à extensão territorial. Apresenta várias fitofisionomias, dentre as quais o cerrado sensu stricto. Parte desse bioma tem sido destruída para avanço da agricultura, principalmente para o cultivo de soja (Glycine max (L.) Merril) (Fabaceae), que tornou-se uma das principais atividades da região. Assim, percebe-se que o modelo de agricultura atual não mantém o equilíbrio entre produção agrícola e preservação ambiental. Essa integração passa necessariamente pelo conhecimento sobre as espécies de organismos que habitam as áreas próximas aos cultivos; já estas podem se dispersar para as lavouras e interferir na sua produtividade. Ácaros são importantes neste contexto, principalmente pela existência de espécies-praga e espécies predadoras. Assim, este estudo teve como objetivo conhecer a acarofauna associada a plantas em áreas de cerrado sensu stricto e cultivos de soja na região central do país, além de verificar a influência da fitofisionomia sobre a acarofauna dessa cultura. Para isso, o trabalho foi organizado em três capítulos. No primeiro, foi realizado um levantamento da acarofauna associada a plantas nativas em 10 fragmentos de cerrado sensu stricto através de amotragens qualitativas, além de análise da similaridade e diversidade β para as comunidades de ácaros entre indivíduos de plantas hospedeiras localizados em diferentes áreas. Foram encontradas 123 espécies de ácaros, pertencentes a 20 famílias. Os testes de similaridade e diversidade β demonstraram que uma mesma espécie de planta apresentou diferentes comunidades de ácaros, conforme o fragmento analisado. Isso sugere que somente a conservação de várias áreas de cerrado sensu stricto ao longo do bioma pode manter preservada sua acarofauna plantícola. No capítulo dois, foi realizado...
The Cerrado is one of the major biomes due to abundance of endemic species and territorial dimension. It presents various vegetation types, among which there is the cerrado sensu stricto. Part of this biome has been lost to agricultural encroachment, mainly for the cultivation of soybean (Glycine max (L.) Merril) (Fabaceae), that became one of main activities in the region. Thus, it realized that this model does not maintain a balance between agricultural production and environmental preservation. This integration necessarily involves knowledge about the species of organisms that inhabit the areas near the crops, since they can disperse into crops, and interfere with their productivity. Mites are important in this context mainly by the existence of pest species and predators. Therefore, this study aimed to know the mites associated with plants in the cerrado sensu stricto and soybean crops in the central region of the country, and to investigate the influence of this phytophysiognomy on the mites in soybeans. For this, the work was organized into three chapters. At first, a survey was made of the mite fauna associated with native plants of the 10 fragments of Cerrado through qualitative samplings, and analysis of similarity and β diversity to mite communities among individuals of host plants located in different areas. 123 species of mites were found, belonging to 20 families. Tests for similarity and β diversity demonstrated that a single plant species may have different plant communities of mites, according to fragment. This suggests that only the preservation of various areas of Cerrado along the biome can keep its mite fauna preserved. In chapter two, a survey was made of mite species associated with 10 soybean fields in the middle region of the Cerrado by quantitative and qualitative samplings, and also ecological analysis. 30 species of mites were found, belonging... (Complete abstract click electronic access below)

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Rezende, José Marcos. "Ácaros associados a plantas da região "Core" do Cerrado e sua influência na acarofauna em cultivos de soja (Glycine max (L.) Merril) (Fabaceae) /." São José do Rio Preto : [s.n.], 2011. http://hdl.handle.net/11449/87630.

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Abstract:

Orientador: Antonio Carlos Lofego
Banca: Carlos H. W. Flechtmann
Banca: Samuel Roggia
Resumo: O Cerrado é um dos principais biomas brasileiros devido à abundância de espécies endêmicas e à extensão territorial. Apresenta várias fitofisionomias, dentre as quais o cerrado sensu stricto. Parte desse bioma tem sido destruída para avanço da agricultura, principalmente para o cultivo de soja (Glycine max (L.) Merril) (Fabaceae), que tornou-se uma das principais atividades da região. Assim, percebe-se que o modelo de agricultura atual não mantém o equilíbrio entre produção agrícola e preservação ambiental. Essa integração passa necessariamente pelo conhecimento sobre as espécies de organismos que habitam as áreas próximas aos cultivos; já estas podem se dispersar para as lavouras e interferir na sua produtividade. Ácaros são importantes neste contexto, principalmente pela existência de espécies-praga e espécies predadoras. Assim, este estudo teve como objetivo conhecer a acarofauna associada a plantas em áreas de cerrado sensu stricto e cultivos de soja na região central do país, além de verificar a influência da fitofisionomia sobre a acarofauna dessa cultura. Para isso, o trabalho foi organizado em três capítulos. No primeiro, foi realizado um levantamento da acarofauna associada a plantas nativas em 10 fragmentos de cerrado sensu stricto através de amotragens qualitativas, além de análise da similaridade e diversidade β para as comunidades de ácaros entre indivíduos de plantas hospedeiras localizados em diferentes áreas. Foram encontradas 123 espécies de ácaros, pertencentes a 20 famílias. Os testes de similaridade e diversidade β demonstraram que uma mesma espécie de planta apresentou diferentes comunidades de ácaros, conforme o fragmento analisado. Isso sugere que somente a conservação de várias áreas de cerrado sensu stricto ao longo do bioma pode manter preservada sua acarofauna plantícola. No capítulo dois, foi realizado... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo)
Abstract: The Cerrado is one of the major biomes due to abundance of endemic species and territorial dimension. It presents various vegetation types, among which there is the cerrado sensu stricto. Part of this biome has been lost to agricultural encroachment, mainly for the cultivation of soybean (Glycine max (L.) Merril) (Fabaceae), that became one of main activities in the region. Thus, it realized that this model does not maintain a balance between agricultural production and environmental preservation. This integration necessarily involves knowledge about the species of organisms that inhabit the areas near the crops, since they can disperse into crops, and interfere with their productivity. Mites are important in this context mainly by the existence of pest species and predators. Therefore, this study aimed to know the mites associated with plants in the cerrado sensu stricto and soybean crops in the central region of the country, and to investigate the influence of this phytophysiognomy on the mites in soybeans. For this, the work was organized into three chapters. At first, a survey was made of the mite fauna associated with native plants of the 10 fragments of Cerrado through qualitative samplings, and analysis of similarity and β diversity to mite communities among individuals of host plants located in different areas. 123 species of mites were found, belonging to 20 families. Tests for similarity and β diversity demonstrated that a single plant species may have different plant communities of mites, according to fragment. This suggests that only the preservation of various areas of Cerrado along the biome can keep its mite fauna preserved. In chapter two, a survey was made of mite species associated with 10 soybean fields in the middle region of the Cerrado by quantitative and qualitative samplings, and also ecological analysis. 30 species of mites were found, belonging... (Complete abstract click electronic access below)
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Pivetta, Laércio Augusto [UNESP]. "Avaliação do sistema radicular da soja sob sistemas de manejo do solo." Universidade Estadual Paulista (UNESP), 2011. http://hdl.handle.net/11449/86414.

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Abstract:

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:22:16Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2011-02-25Bitstream added on 2014-06-13T19:48:26Z : No. of bitstreams: 1 pivetta_la_me_botfca.pdf: 269979 bytes, checksum: 10bd45eedf903d7012d0a565b5b8ecf1 (MD5)
Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)
Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)
A avaliação do sistema radicular de uma cultura é fundamental para o desenvolvimento de práticas agrícolas que visam a otimização da produtividade. Além disso, a distribuição das raízes no perfil do solo não necessariamente condiz com a atividade radicular, que é mais importante no tocante a absorção de água e nutrientes. O objetivo do experimento foi avaliar o efeito de sistemas de manejo sobre o sistema radicular e a produtividade da soja e comparar as metodologias do trado e do elemento não marcado (rubídio), na análise radicular. As avaliações foram realizadas na safra agrícola 2009/2010, em um experimento instalado desde 2003. O delineamento experimental utilizado foi de blocos ao acaso, em esquema de parcelas subdivididas, com quatro repetições. As parcelas foram constituídas pelas culturas de inverno triticale (X Triticosecale Wittmack) e girassol (Helianthus annuus L.), e as subparcelas pelos manejos de primavera envolvendo milheto (Pennisetum glaucum L.), sorgo forrageiro (Sorghum bicolor (L.) Moench) e crotalária júncea (Crotalaria juncea L.), além da escarificação, realizada em 2003 e 2009. Na safra de verão foi cultivada a soja, em todas as subparcelas. As avaliações realizadas foram: densidade de comprimento, área superficial, massa de matéria seca (trado) e atividade radicular (rubídio) da soja, nas distâncias 0,00; 0,11 e 0,22 m da planta de referência, no estádio R4 da cultura, além da produtividade de grãos. Pelo método do trado foram amostradas as camadas 0,00-0,05, 0,05-0,10, 0,10-0,20, 0,20-0,40 e 0,40-0,60 m. O marcador para a atividade radicular, nitrato de rubídio (RbNO3), foi aplicado nas profundidades 0,05, 0,10, 0,20, 0,40 e 0,60 m. A produtividade da soja não foi influenciada pelas culturas de inverno ou manejos de primavera. As culturas de inverno não se diferenciaram em nenhuma das variáveis...
The knowledge of root distribution as affected by cropping systems and its role in nutrient acquisition by plants is important in planning crop rotations and soil management that optimize crops yield. Furthermore, root distribution in the soil profile does not necessarily matches root activity, which is more important in water and nutrient acquisition. The objective of this research was to assess the effects of managements systems on soybean root distribution and yields, and compare a direct method (soil core sampling) with an indirect method (with rubidium) in evaluating the root system. Evaluations were carried out in season 2010, in an experiment that has been running since 2003. The experimental design is a complete randomized block with a split-plot arrangement of treatments with four replicates. Plots consist in fall-winter crops triticale (X Triticosecale Wittmack) and sunflower (Helianthus annuus L.), and the subplots in spring crops pearl millet (Pennisetum glaucum L.), forage sorghum (Sorghum bicolor (L.) Moench) and sunn hemp (Crotalaria juncea L.), besides chisel tillage in 2003 and 2009. In summer, soybean (Glycine max L. (Merril) is sowed in all subplots. The evaluations carried out were: soybean root length, surface, dry matter (soil core sampling), activity (rubidium), at 0.0, 0.11 and 0.22 m from the reference plant, at R4, besides soybean yield. The samples by soil core sampling method were taken at layers 0.00- 0.05, 0.05-0.10, 0.10-0.20, 0.20-0.40 and 0.40-0.60m. The rubidium nitrate was applied at depths 0.05, 0.10, 0.20, 0.40 and 0.60m. Soybean yield was not affected by winter crops or spring managements. Winter crops did not differ in any variable. Among spring managements, the chisel tillage and sunn hemp resulted less soybean root length. The chisel tillage resulted highest soybean root activity at depth 0.10 m, however... (Complete abstract click electronic access below)

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Pivetta, Laercio Augusto 1986. "Avaliação do sistema radicular da soja sob sistemas de manejo do solo /." Botucatu : [s.n.], 2011. http://hdl.handle.net/11449/86414.

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Abstract:

Orientador: Ciro Antonio Rosolem
Banca: Juliano Carlos Calonego
Banca: José Salvador Simoneti Foloni
Resumo: A avaliação do sistema radicular de uma cultura é fundamental para o desenvolvimento de práticas agrícolas que visam a otimização da produtividade. Além disso, a distribuição das raízes no perfil do solo não necessariamente condiz com a atividade radicular, que é mais importante no tocante a absorção de água e nutrientes. O objetivo do experimento foi avaliar o efeito de sistemas de manejo sobre o sistema radicular e a produtividade da soja e comparar as metodologias do trado e do elemento não marcado (rubídio), na análise radicular. As avaliações foram realizadas na safra agrícola 2009/2010, em um experimento instalado desde 2003. O delineamento experimental utilizado foi de blocos ao acaso, em esquema de parcelas subdivididas, com quatro repetições. As parcelas foram constituídas pelas culturas de inverno triticale (X Triticosecale Wittmack) e girassol (Helianthus annuus L.), e as subparcelas pelos manejos de primavera envolvendo milheto (Pennisetum glaucum L.), sorgo forrageiro (Sorghum bicolor (L.) Moench) e crotalária júncea (Crotalaria juncea L.), além da escarificação, realizada em 2003 e 2009. Na safra de verão foi cultivada a soja, em todas as subparcelas. As avaliações realizadas foram: densidade de comprimento, área superficial, massa de matéria seca (trado) e atividade radicular (rubídio) da soja, nas distâncias 0,00; 0,11 e 0,22 m da planta de referência, no estádio R4 da cultura, além da produtividade de grãos. Pelo método do trado foram amostradas as camadas 0,00-0,05, 0,05-0,10, 0,10-0,20, 0,20-0,40 e 0,40-0,60 m. O marcador para a atividade radicular, nitrato de rubídio (RbNO3), foi aplicado nas profundidades 0,05, 0,10, 0,20, 0,40 e 0,60 m. A produtividade da soja não foi influenciada pelas culturas de inverno ou manejos de primavera. As culturas de inverno não se diferenciaram em nenhuma das variáveis... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo)
Abstract: The knowledge of root distribution as affected by cropping systems and its role in nutrient acquisition by plants is important in planning crop rotations and soil management that optimize crops yield. Furthermore, root distribution in the soil profile does not necessarily matches root activity, which is more important in water and nutrient acquisition. The objective of this research was to assess the effects of managements systems on soybean root distribution and yields, and compare a direct method (soil core sampling) with an indirect method (with rubidium) in evaluating the root system. Evaluations were carried out in season 2010, in an experiment that has been running since 2003. The experimental design is a complete randomized block with a split-plot arrangement of treatments with four replicates. Plots consist in fall-winter crops triticale (X Triticosecale Wittmack) and sunflower (Helianthus annuus L.), and the subplots in spring crops pearl millet (Pennisetum glaucum L.), forage sorghum (Sorghum bicolor (L.) Moench) and sunn hemp (Crotalaria juncea L.), besides chisel tillage in 2003 and 2009. In summer, soybean (Glycine max L. (Merril) is sowed in all subplots. The evaluations carried out were: soybean root length, surface, dry matter (soil core sampling), activity (rubidium), at 0.0, 0.11 and 0.22 m from the reference plant, at R4, besides soybean yield. The samples by soil core sampling method were taken at layers 0.00- 0.05, 0.05-0.10, 0.10-0.20, 0.20-0.40 and 0.40-0.60m. The rubidium nitrate was applied at depths 0.05, 0.10, 0.20, 0.40 and 0.60m. Soybean yield was not affected by winter crops or spring managements. Winter crops did not differ in any variable. Among spring managements, the chisel tillage and sunn hemp resulted less soybean root length. The chisel tillage resulted highest soybean root activity at depth 0.10 m, however... (Complete abstract click electronic access below)
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Both, Peter. "Etude structure-fonction d'une fucosyltransférase (FucTA) de Arabidopsis thaliana." Phd thesis, Université Joseph Fourier (Grenoble), 2009. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00449431.

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Abstract:

Ce travail cherche à apporter un éclairage sur les relations séquence-structure-fonction des alpha1,3/4-fucosyltransférases, avec un accent particulier sur les core alpha1,3-fucosyltransférases des plantes. La fucosylation de type Core alpha1,3 est une caractéristique des oligosaccharides N-liés des plantes et invertébrés, avec une fonction biologique qui n'est pas encore élucidée. L'activité Core alpha1,3-fucosyltransférase est responsable d'allergies alimentaires, au pollen, et aux insectes chez l'homme. Dans le cadre de ce travail sont présentés des résultats de caractérisation biochimique (effet de cations divalents sur l'activité, Km de substrat donneur), des expériences de troncation des différents domaines (ex: suppression du domaine C-terminal spécifique aux core alpha1,3-fucosyltransférases des plantes), et de mutagenèse dirigée, en utilisant comme protéine modèle, la core 1,3-fucosyltransferase A (FucTA) d'Arabidopsis thaliana qui a été exprimée sous forme recombinante chez Pichia pastoris. Ces expériences ont été dictées sur la base de nos résultats d'analyses bioinformatiques des séquences de alpha1,3/4-fucosyltransférases et de la modélisation par homologie du domaine de liaison au nucléotide-sucre de l'enzyme FucTA. La mutagenèse des résidus clé identifiés par cette approche a permis de confirmer l'importance de certains acides aminés dans le mécanisme catalytique. Enfin la protéine FucTA étant elle-même glycosylée quand elle est produite chez P. pastoris, nous avons étudié l'impact de cette glycosylation sur la production et l'activité de la protéine, par des expériences de mutagenèse, de Western blotting et de spectrométrie de masse.

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Nisha, G. J. "Molecular Characterization of Mannose Binding Lectins." Thesis, 2018. https://etd.iisc.ac.in/handle/2005/4628.

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Abstract:

Lectins are proteins of non-immunologic origin that bind to carbohydrates with high fidelity. They constitute a large class of multivalent recognition molecules that specifically interact with their cognate sugar moieties for decoding the information displayed. Protein-carbohydrate interactions play a pivotal role in mediating biomolecular recognition. We attempt to unravel its intricacies by understanding how the glycan code is interpreted by a myriad of carbohydrate binding proteins. This thesis entitled ―Molecular characterization of Mannose binding lectins‖ presents a study on this class of proteins which are known to be mannose specific from the two kingdoms of life – Mammalian ER Cargo Lectins, having the Legume lectin fold and Horcolin, a plant lectin, having β-prism I fold. Although the proteins have a distinct role, they share a common ligand specificity at the monosaccharide level that is they are Mannose Binding Proteins (MBP). Pattern recognition through heatmaps assists in reducing data complexity and enhances data interpretation by visualization. Hence, we have exploited it in this study to analyze the data generated from amino acid variability in a set of 46 legume lectins. Our findings on sequence-based variability and phylogenetic analysis are complementary to the previous studies, revealing that legume lectins arose from divergent evolution while retaining a common β sandwich fold. There is a clear distinction in the sequence identity among these proteins specific to a particular monosaccharide. The results from percentage composition justify the plausible role of certain amino acid residues in the carbohydrate binding site for non-covalent interactions with the sugar thereby imparting specificity.

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Lin, Chia-Wei, and 林家緯. "Convenient Synthesis of a N-Glycan Core Trisaccharide by the Assistance of a Novel Fluorous Tag." Thesis, 2011. http://ndltd.ncl.edu.tw/handle/31564283620035315308.

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Park, Chaeho. "The characterization of a novel human core-specific lysosomal [alpha]1-6mannosidase involved in N-glycan catabolism." 2005. http://purl.galileo.usg.edu/uga%5Fetd/park%5Fchaeho%5F200508%5Fphd.

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Abstract:

Thesis (Ph. D.)--University of Georgia, 2005.
Directed by Kelley W. Moremen. Includes an article submitted to Journal of biological chemistry. For abstract see http://getd.galib.uga.edu/public/park%5chaeho%5F200508%5Fphd/park%5Fchaeho%5F200508%5Fphd.pdf. Includes bibliographical references.

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"Identificação de QTL associados à simbiose entre bradyrhizobium japonicum/B. elkanii e a soja [Glycine max(L.) Merr.]." Tese, Biblioteca Digital da Universidade Estadual de Londrina, 2005. http://bibliotecadigital.uel.br/document/?code=vtls000108570.

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"Transporte de nitrogenio e metabolismo da aspargina em soja (Glycine Max L.) sob deficiencia na assimilação do nitrogenio." Tese, Biblioteca Digital da Unicamp, 2002. http://libdigi.unicamp.br/document/?code=vtls000248370.

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"Caracterização, fracionamento e hidrólise enzimática dos componentes do resíduo do processamento da soja [Glycine Max (L.) Merrill], fibras dos cotilédones." Tese, Biblioteca Digital da Universidade Estadual de Londrina, 2006. http://bibliotecadigital.uel.br/document/?code=vtls000118533.

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"Transporte e metabolismo de glutamina em soja [Glycine max (L.) Merril] : uma relação estreita com a fixação simbiotica do nitrogenio atmosferico." Tese, Biblioteca Digital da Unicamp, 2002. http://libdigi.unicamp.br/document/?code=vtls000257451.

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"Papel da redutase do nitrato em soja [Glycine max(L.) Merr. Cv IAC-17] sob condições de hipoxia do sistema radicular." Tese, Biblioteca Digital da Unicamp, 2005. http://libdigi.unicamp.br/document/?code=vtls000365798.

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"Metabolismo de nitrogenio em plantas de soja [Glycine max (L.) Merr. cv IAC-17] submetidas a deficiencia de O2 no sistema radicular." Tese, Biblioteca Digital da Unicamp, 2001. http://libdigi.unicamp.br/document/?code=vtls000219169.

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"Modelos numericos para a descrição do crescimento da planta de soja (Glycine max L. Merril, cultivar IAC-15) em condições saxonais diferenciadas." Tese, Biblioteca Digital da Unicamp, 2021. http://libdigi.unicamp.br/document/?code=vtls000065423.

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"Efeito de fontes de nitrogenio e enxofre na sintese das proteinas de reserva de sementes de soja (Glycine max [L] Merril) cultivadas "In Vitro"." Tese, Biblioteca Digital da Unicamp, 1994. http://libdigi.unicamp.br/document/?code=vtls000075134.

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"Seleção de linhagens e obtenção de hibridos de Saccharomyces cerevisiae Meyen com respectivas de utilização na indução de resistencia a doenças em soja (Glycine max (L.) Merril)." Tese, Biblioteca Digital da Unicamp, 1993. http://libdigi.unicamp.br/document/?code=vtls000069987.

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VIJAY, DATTARAM PAWAR. "Diethylene glycol ether as triply branched dendritic anchors to CdSe/ZnS core/shell type nanoparticles: potential hydrophilic fluorescent probes." 2005. http://www.cetd.com.tw/ec/thesisdetail.aspx?etdun=U0021-2004200716205387.

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Janvier, Florence. "Preparation, characterization, and rheological properties of star-shaped poly(ethylene glycol) with a cholane core and study of its effect on red blood cell aggregation." Thèse, 2009. http://hdl.handle.net/1866/7822.

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Dissertations / Theses on the topic 'Glycan code'

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