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Dissertations / Theses on the topic 'Génomique des plantes'

Author: Grafiati
Published: 8 March 2025

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Conte, Matthieu. "Développement d'une plateforme de génomique comparative dédiée aux plantes." Montpellier 2, 2007. http://www.theses.fr/2007MON20221.

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Ayadi, Mira. "Génomique fonctionnelle de facteurs de transcription de la famille GT chez Arabidopsis thaliana : caractérisation du facteur GT-3a." Amiens, 2003. http://www.theses.fr/2003AMIE0308.

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Beaulieu, Chloé. "Première exploration du paysage génomique intraspécifique de l'adaptation chez les plantes non vasculaires : le cas de l'hépatique Marchantia polymorpha." Electronic Thesis or Diss., Université de Toulouse (2023-....), 2024. http://www.theses.fr/2024TLSES004.

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Abstract:
L'adaptation des plantes à la vie terrestre il y a 500 millions d'années a joué un rôle majeur dans l'évolution de la vie sur Terre. Les plantes jouent toujours un rôle crucial à l'heure actuelle, en tant que base de la plupart des écosystèmes et, par conséquent, base de toutes les civilisations humaines. Comprendre leur adaptation aux modifications passées et présentes de leurs conditions de vie est une clef pour comprendre le passé et être capable de répondre aux défis agricoles futurs. Les sciences végétales ont fait de grands progrès dans la compréhension de la réponse des plantes à leur e
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Langlois-Meurinne, Mathilde. "Rôle de glycosyltransférases du métabolisme secondaire au cours des interactions plantes-agents pathogènes chez Arabidopsis thaliana." Paris 11, 2006. http://www.theses.fr/2006PA112094.

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Abstract:
Les métabolites secondaires jouent des rôles importants dans les réponses de défense des plantes aux agents pathogènes. La conjugaison à un sucre est l'une des modifications les plus répandues qui contribuent à la grande diversité et à la réactivité de ces substances naturelles. Les réactions de glycosylation assurées par les glycosyltransférases (UGTs) sont impliquées dans des voies métaboliques, dans la régulation de signaux endogènes et dans le transport de métabolites. Chez Arabidopsis thaliana, les UGTs du métabolisme secondaire sont codées par 120 gènes, organisés en 14 groupes (A-N). Le
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Bélanger, Sébastien. "Caractérisation génomique et transcriptomique de la microspore embryogénique chez l'orge." Doctoral thesis, Université Laval, 2019. http://hdl.handle.net/20.500.11794/33304.

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Abstract:
L’androgenèse est une biotechnologie végétale utilisée pour fixer le bagage génétique des plantes en une seule génération. Elle repose sur la capacité d’un grain de pollen immature, la microspore, à restaurer sa totipotence cellulaire végétale et se dédifférencier puis s’engager dans la voie de l’embryogenèse. Or, on observe que la capacité de la microspore à s’engager dans l’embryogenèse est génétiquement variable. En dépit des nombreux avantages qu’elle présente, l’androgenèse entraîne souvent une conséquence indésirable, soit une distorsion de la ségrégation (DS) chez les populations issues
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Darracq, Aude. "Évolution des génomes mitochondriaux de plantes : approche de génomique comparative chez Zea mays et Beta vulgaris." Phd thesis, Université des Sciences et Technologie de Lille - Lille I, 2010. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00833144.

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Abstract:
L'étude de l'évolution des génomes peut être abordée par différentes stratégies. Généralement, les analyses reposent sur les polymorphismes de séquences. Cependant, il existe des génomes dont le taux de mutation est très faible et dont la principale source de polymorphisme provient de l'arrangement différent de leurs gènes le long des chromosomes. Les événements de réarrangements chromosomiques deviennent alors les seuls marqueurs utilisables pour retracer l'évolution de ces génomes. Nous nous sommes intéressés dans ce travail à l'analyse de l'évolution des génomes mitochondriaux d'espèces vég
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Gachon, Claire. "Analyse fonctionnelle de gènes de glucosyltransférases chez Arabidopsis thaliana induits au cours des interactions plantes-pathogènes." Paris 11, 2005. http://www.theses.fr/2005PA112091.

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Abstract:
Les plantes produisent un grand nombre métabolites secondaires qui contribuent aux réactions de défense contre les agents pathogènes. La conjugaison à un sucre est une des modifications les plus répandues de ces substances naturelles, et son importance physiologique est reconnue dans de nombreux processus comme la synthèse, l'accumulation ou le transport de nombreux composés. Ces réactions de glycosylation sont assurées par une famille d'enzymes, les glycosyltransférases (GTs), au nombre de 120 chez Arabidopsis thaliana. Une douzaine de GTs induites en conditions de stress ont été identifiées
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Fodor, Agota. "La sélection génomique appliquée a l'espece Vitis vinifera L. subsp. vinifera, évaluation et utilisation." Phd thesis, Ecole nationale superieure agronomique de montpellier - AGRO M, 2013. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-01001690.

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Abstract:
L'ambition de cette thèse était de proposer un nouvel élan pour la création variétale chez la vigne, incluant les connaissances et les derniers outils de la recherche. En effet, la viticulture française comme d'autres filières agricoles doit aujourd'hui faire face à 3 grands défis: la réduction des intrants phytosanitaires (plan Ecophyto 2018), les changements climatiques, et de nouveaux concurrents, notamment les pays du Nouveau Monde. La création variétale, qui a été peu exploitée chez la vigne, peut être une des solutions pour répondre à ces défis. S'appuyant sur un génotypage dense, plusie
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Abrouk, Michael. "Génomique comparée et évolutive chez les graminées : Cas particulier des micro-ARN." Thesis, Clermont-Ferrand 2, 2012. http://www.theses.fr/2012CLF22327.

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Abstract:
Les Poaceae aussi appelées Graminées forment une importante famille botanique regroupant près de 12 000 espèces en plus de 700 genres dont les céréales. Cette famille présente un intérêt économique majeur car elle est importante dans la nutrition humaine et animale. De ce fait, cette famille a été très étudiée en génomique comparée depuis les années 1990 révélant une grande conservation de la structure de leur génome depuis leur divergence d’un ancêtre commun. Avec le séquençage de Brachypodium distachyon en 2009, nous avons réalisé l’analyse de son génome par l’identification de douze blocs d
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Ben, Amor Besma. "Analyse génétique et génomique de la perception et de la transduction du signal Nod chez Medicago truncatula." Toulouse 3, 2004. http://www.theses.fr/2004TOU30059.

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Abstract:
Les facteurs Nod (NFs) agissent comme signaux symbiotiques dans l'établissement de l'interaction Rhizobium-légumineuses. La caractérisation d'un mutant de M. Truncatula incapable de réagir aux NFs pour les déformations de poils, un flux rapide de calcium, les oscillations calciques, l'expression des gènes de nodulines et les divisions cellulaires, a permis l'identification d'un nouveau gène qui contrôle la perception des NFs. Ce gène nommé NFP code pour une LysM sérine/thréonine récepteur like kinase. La structure de la protéine renforcent donc notre hypothèse selon laquelle le gène NFP corres
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Bobik, Christine. "Génomique de la fixation de l’azote chez Sinorhizobium meliloti : analyse du régulon FixLJ." Toulouse 3, 2006. http://www.theses.fr/2006TOU30149.

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Abstract:
En passant de la vie libre à la symbiose, la bactérie Sinorhizobium meliloti subit une différenciation irréversible en bactéroide fixateur d’azote. Une approche transcriptomique originale nous a permis d’identifier de nouveaux gènes candidats pour l’étude des étapes successives de cette différenciation. Ainsi, nous avons mis en évidence une centaine de gènes préférentiellement exprimés au cours des étapes symbiotiques tardives, parmi lesquels les gènes nif et fix essentiels à la fixation d’azote et régulés par le système à deux composants FixLJ. Nous avons identifié puis caractérisé le régulon
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Murat, Florent. "Etude de la plasticité évolutive et structurale des génomes de plantes." Thesis, Clermont-Ferrand 2, 2016. http://www.theses.fr/2016CLF22721.

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Abstract:
Les angiospermes (ou plantes à fleurs) regroupent environ 350 000 espèces ayant divergé il y a 150 à 200 millions d’années en deux familles botaniques principales, les monocotylédones (les orchidées, les palmiers, les bananiers, les joncs, les graminées...) et les eudicotylédones (les Brassicaceae, les Rosaceae, les légumineuses...) représentant respectivement 20% et 75% des plantes à fleurs. Les angiospermes font l’objet de nombreux travaux de recherche, en particulier en génomique depuis 2000 avec le séquençage du premier génome de plantes (Arabidopsis thaliana) qui a précédé le décryptage d
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Fodor, Agota. "La sélection génomique appliquée à l'espèce Vitis vinifera L. subsp vinifera, évaluation et utilisation." Thesis, Montpellier, SupAgro, 2013. http://www.theses.fr/2013NSAM0037/document.

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Abstract:
L'ambition de cette thèse était de proposer un nouvel élan pour la création variétale chez la vigne, incluant les connaissances et les derniers outils de la recherche. En effet, la viticulture française comme d'autres filières agricoles doit aujourd'hui faire face à 3 grands défis: la réduction des intrants phytosanitaires (plan Ecophyto 2018), les changements climatiques, et de nouveaux concurrents, notamment les pays du Nouveau Monde. La création variétale, qui a été peu exploitée chez la vigne, peut être une des solutions pour répondre à ces défis.S'appuyant sur un génotypage dense, plusieu
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Agapit, Corinne. "Emission d’auxine et de nitrates par les bactéries des turricules de vers de terre : effet sur la croissance et le développement des plantes." Thesis, Paris Est, 2018. http://www.theses.fr/2018PESC1001/document.

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Abstract:
Les plantes prélèvent des ressources dans leur environnement. Elles sont également exposées à de nombreux signaux, dont des molécules qui modifient profondément leur comportement et leur morphologie. La prédiction des flux de nutriments du sol vers la plante requiert une intégration de la régulation des flux par les signaux qui déterminent la cinétique des adaptations des plantes. Au cours de cette thèse, différentes approches expérimentales et analytiques (split-root, marquage isotopique, analyse racinaire) ont permis d’étudier le couplage signaux-flux dans les interactions entre plantes, mic
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Muller, Cédric. "Développement d'une méthodologie d'analyse de la conservation de synténie chez les plantes : du génome d'Arabidopsis à celui du Tournesol." Toulouse, INPT, 2005. http://ethesis.inp-toulouse.fr/archive/00000202/.

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Abstract:
Le tournesol (Helianthus annuus L. ) est l'une des principales plantes oléagineuses cultivées. L'étude des gènes sous tendant les principaux caractères agronomiques est difficile en raison de son grand génome pour lequel peu d'informations existent. Par ailleurs, les moyens financiers et techniques sont loin d'être comparable à ceux mis en place pour les céréales ou d'autres végétaux (carte physique, séquençage en masse de génome, d'ARNm, recherche des duplications, des transposons. . . ). Pour étudier l'organisation du génome du tournesol, il a donc été envisagé une approche différente basée
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Goubet, Pauline. "Apports des approches de génomique ciblée dans l'étude des patrons d'évolution moléculaire du locus d'auto-incompatibilité dans le genre Arabidopsis." Thesis, Lille 1, 2011. http://www.theses.fr/2011LIL10117/document.

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Abstract:
Chez les plantes hermaphrodites, l’auto-incompatibilité est un système génétique permettant de limiter la dépression de consanguinité par évitement de l’autofécondation et de la reproduction entre individus apparentés. Ce système est considéré en biologie évolutive comme l’un des caractères modèles d’une forme particulière de sélection naturelle, la sélection fréquence-dépendante. Chez les Brassicaceae, le système d’auto-incompatibilité est contrôlé par une région génomique appelée le locus S. Cette région comprend deux gènes fortement liés, dont un codant une protéine déposée à la surface du
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Duplessis, Sébastien. "Caractérisation par ingénierie génomique des profils d'expression génique de Pisolithus tinctorius et d'Eucalyptus globulus au cours du développement de la symbiose ectomycorhizienne." Nancy 1, 2001. http://docnum.univ-lorraine.fr/public/SCD_T_2001_0019_DUPLESSIS.pdf.

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Abstract:
Les ectomycorhizes sont des associations symbiotiques établies entre les racines des arbres et certains champigpons du sol. Ces relations mutualistes, dont les bénéfices sont avant tout trophiques, entraînent des modifications morphologiques et métaboliques importantes chez les deux partenaires. La formation de l'ectomycorhize Eucalyprus globulus-Pisolithus tinctorius s'accompagne également d'un changement du protéome et de l'expression génique des racines et du champignon. Afin d'acquérir une vision globale des gènes exprimés et régulés au cours de la formation de l'ectomycorhize E. Globulus-
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Roux, Camille. "Effets de la sélection naturelle et de l'histoire démographique sur les patrons de polymorphisme nucléaire : comparaisons interspécifiques chez Arabidopsis halleri et A. lyrata entre le fond génomique et deux régions cibles de la sélection." Thesis, Lille 1, 2010. http://www.theses.fr/2010LIL10157/document.

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Abstract:
La vision dichotomique du vivant a longtemps prévalue pour représenter la diversité observée dans la nature. La récente expansion des données de séquençage ont permis d'identifier de larges discordances entre les phylogénies de gènes et des espèces, formant la structure dite "mosaïque" des génomes. Ce pattern complexe est la résultante de différents processus évolutifs neutres et adaptatifs qui conduisent à la diversité du vivant. Ces processus expliquent le partage de polymorphisme observé entre deux espèces. Le polymorphisme trans-spécifique (PTS) neutre est généré par la rétention du polymo
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Madoui, Mohammed-Amine. "Identification d'effecteurs du pouvoir pathogène et de voies métaboliques chez l'oomycète Aphanomyces euteiches par une approche génomique." Toulouse 3, 2009. http://thesesups.ups-tlse.fr/632/.

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Abstract:
Les oomycètes sont des microorganismes eucaryotes responsables de maladies dévastatrices chez les plantes cultivées. La pourriture racinaire causée par l'oomycète Aphanomyces euteiches est à l'origine de dommages importants sur les cultures de légumineuses. Afin d'identifier les effecteurs du pouvoir pathogène et de mieux connaitre le métabolisme d'A. Euteiches, une analyse globale du transcriptome a été réalisée. L'analyse bioinformatique de 20 000 ADNc issus de la souche ATCC201684 a conduit à la mise en place d'une base de données accessible en ligne, AphanoDB, sur laquelle les ESTs assembl
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Hereil, Alexandre. "Génétique d'association et prédiction génomique de la tolérance au stress abiotique chez la tomate." Electronic Thesis or Diss., Avignon, 2024. http://www.theses.fr/2024AVIG0374.

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Abstract:
Les stress abiotiques, tels que la salinité excessive ou la carence en nutriments, qui entraînent souvent une perte de rendement importante, constituent des défis majeurs pour l'agriculture mondiale. Ces stress sont particulièrement préjudiciables dans les régions confrontées à la pauvreté, à l'insécurité alimentaire et à la pénurie d'eau. L'amélioration de la résilience des cultures à haute valeur économique et nutritionnelle comme la tomate (Solanum lycopersicum L.) aux stress abiotiques pourrait offrir des avantages significatifs, à la fois sur le plan économique et en termes de santé publi
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Calenge, Fanny. "Organisation génomique globale des facteurs de résistance à la tavelure (Venturia inaequalis), à l'oi͏̈dium (Podosphaera leucotricha) et au feu bactérien (Erwinia amylovora) chez le pommier (Malus x domestica)." Angers, 2004. http://www.theses.fr/2004ANGE0002.

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Abstract:
L'objectif de cette thèse était d'étudier l'organisation génomique des facteurs de résistance du pommier. Nous avons effectué la cartographie génétique d'une descendance de pommier, puis étudié le déterminisme génétique de la résistance partielle à la tavelure, l'oi͏̈dium et le feu bactérien dans trois descendances de pommier par analyse QTL. Nous avons enfin cartographié des gènes candidats de résistance et de défense. Les facteurs de résistance cartographiés au cours de ce travail et au cours d'autres travaux menés par d'autres équipes ont été réunis sur une même carte génétique. Nous avons
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Wipf, Daniel. "Polymorphismes protéique et génomique au sein des Morchellaceae : mise au point d'un outil moléculaire adapté à l'étude de l'écologie du genre Morchella en milieu forestier." Nancy 1, 1997. http://docnum.univ-lorraine.fr/public/SCD_T_1997_0244_WIPF.pdf.

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Abstract:
Les morilles présentent une grande diversité de formes, difficiles à interpréter même pour les spécialistes. Ceci a engendré un grand nombre de classifications différentes. Par ailleurs, ces champignons présentent une grande variabilité de modes de vie, qui semblent fortement influencés par des facteurs micro-écologiques. Nous avons développé un outil moléculaire basé sur le polymorphisme de l'ADN ribosomal qui permet à la fois de clarifier la systématique ambigüe des morchellacees et une approche plus précise de leur écologie. Une étude préalable du polymorphisme isoenzymatique a montré que c
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Ventelon-Debout, Marjolaine. "Génomique de l'interaction entre le riz (Oryza sativa L. ) et le virus de la panachure jaune (Rice yellow mottle virus) : étude comparative de la réponse chez un cultivar sensible et un cultivar partiellement résistant." Perpignan, 2003. http://www.theses.fr/2003PERP0525.

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Abstract:
Le RYMV (Rice yellow mottle virus) est responsable de la panachure jaune du riz, maladie affectant les rizières africaines. Oryza sativa regroupe deux groupes analogues à des sous-espèces : O. S. Indica, sensible au RYMV, et O. S. Japonica, plus résistant au RYMV. Notre étude concerne l'analyse des transcriptomes et protéomes de deux cultivars IR64 (O. S. Indica) sensible et Azucena (O. S. Japonica) partiellement résistant au RYMV. Les réponses des deux cultivars aux premiers stades de l'infection virale ont été caractérisées, mettant en évidence de nombreuses dérégulations de l'expression tra
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Chantreau, Maxime. "Vers une compréhension moléculaire de la biosynthèse pariétale chez le lin." Thesis, Lille 1, 2014. http://www.theses.fr/2014LIL10215.

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Abstract:
Certaines plantes comme le jute, la ramie et le lin contiennent de longues cellules fibres caractérisées par la présence d’une épaisse paroi secondaire riche en cellulose et pauvre en lignine. Peu de choses sont connues concernant la biosynthèse de leur paroi, particulièrement en ce qui concerne les mécanismes qui contrôlent la lignification. Pour améliorer nos connaissances sur ces mécanismes chez le lin, deux approches de génomique fonctionnelle ont été développées. La première approche repose sur la technique de VIGS (Virus-Induced Gene Silencing). Le protocole d’infection a été optimisé en
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Nsibi, Mariem. "Contribution des stratégies de sélection génomique et phénomique aux programmes d'amélioration génétique de l'abricotier (Prunus armeniaca L.) pour quelques traits d'intérêt." Electronic Thesis or Diss., Montpellier, SupAgro, 2021. http://www.theses.fr/2021NSAM0021.

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Abstract:
L'adossement de l'amélioration génétique des espèces animales et végétales aux progrès technologiques a permis l'avènement de stratégies récentes de sélection s'appuyant sur des données à haut-débit. Le progrès génétique résultant, sous-tendu par l'étude de l'architecture génétique des caractères d'intérêt agronomique, permet désormais un changement de paradigme pour substituer à une démarche de caractérisation des candidats à la sélection une démarche de prédiction de leur réponse à la variation environnementale.Ainsi, la sélection génomique (SG) fondée sur la contribution de plusieurs dizain
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Gonin, Mathieu. "Etude fonctionnelle de gènes régulés par le facteur de transcription CROWN ROOT LESS1 impliqués dans l’initiation et le développement des racines coronaires chez le riz." Thesis, Montpellier, 2018. http://www.theses.fr/2018MONTG039.

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Abstract:
Le but de cette thèse est de préciser les mécanismes moléculaires agissant en aval du facteur de transcription CROWN ROOT LESS 1 (CRL1) qui régule la formation des racines coronaires (RC). Nous avons pu identifier dans un premier temps une nouvelle séquence d’ADN reconnue par CRL1 nommé CRL1-box différente de la LBD-box qui était le seul motif cis-régulateur précédemment décrit pour la famille des facteurs de transcription (FT) de type LATERAL ORGAN BOUNDARIES DOMAIN (LBD). Nous avons ensuite identifié un groupe de gènes régulés par CRL1, et avons montré l’implication de deux d’entre eux, OsRO
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Hénocq, Laura. "Histoire évolutive d’un groupe mésopolyploïde chez les Brassicaceae : approches transcriptomiques et phylogénomiques pour évaluer les conséquences de la polyploïdie sur l’évolution du système d’auto-incompatibilité." Electronic Thesis or Diss., Université de Lille (2018-2021), 2018. http://www.theses.fr/2018LILUR019.

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Abstract:
La plupart des plantes à fleurs ont connu au moins un évènement de duplication de génome entier (WGD) au cours de leur histoire évolutive et en particulier les membres des Brassicaceae. Ainsi, l’ancêtre commun de la tribu des Brassiceae aurait subi deux évènements successifs de WGD, générant une triplication de génome (WGT). Les évènements de WGD sont généralement suivis d’une diploïdisation impliquant des modifications génétiques, épi-génétiques et transcriptionnelles aboutissant à la formation d’un génome diploïde. Par ailleurs, après un événement de WGD, la dynamique des éléments transposab
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Hénocq, Laura. "Histoire évolutive d’un groupe mésopolyploïde chez les Brassicaceae : approches transcriptomiques et phylogénomiques pour évaluer les conséquences de la polyploïdie sur l’évolution du système d’auto-incompatibilité." Thesis, Lille 1, 2018. http://www.theses.fr/2018LIL1R019/document.

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Abstract:
La plupart des plantes à fleurs ont connu au moins un évènement de duplication de génome entier (WGD) au cours de leur histoire évolutive et en particulier les membres des Brassicaceae. Ainsi, l’ancêtre commun de la tribu des Brassiceae aurait subi deux évènements successifs de WGD, générant une triplication de génome (WGT). Les évènements de WGD sont généralement suivis d’une diploïdisation impliquant des modifications génétiques, épi-génétiques et transcriptionnelles aboutissant à la formation d’un génome diploïde. Par ailleurs, après un événement de WGD, la dynamique des éléments transposab
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Akakpo, Roland. "Etude de la domestication et de l’adaptation de l’igname (Dioscorea spp) en Afrique par des approches génomiques." Thesis, Université Paris-Saclay (ComUE), 2018. http://www.theses.fr/2018SACLS124.

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Abstract:
L’igname (Dioscorea spp) est un aliment de base de plus de 100 millions de personnes en Afrique. L’objectif de cette thèse était d'étudier la diversité génomique de l'igname, comprendre les bases génétiques de sa domestication, et d'étudier son adaptation à différentes zones climatiques. L’étude du processus de domestication de l’igname a été menée par une approche de génomique comparée entre l’espèce cultivée D. rotundata et deux espèces sauvages apparentées D. praehensilis et D. abyssinica, en utilisant des données de séquençage NGS génomique. Nous avons mis en évidence des sélections fortes
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Cunnac, Sébastien. "Identification à l'échelle génomique des effecteurs dépendant du système de sécrétion de type III de la bactérie phytopathogène Ralstonia solanacearum." Toulouse 3, 2004. http://www.theses.fr/2004TOU30197.

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Abstract:
La bactérie phytopathogène Ralstonia solanacearum est l'agent causal du flétrissement bactérien des solanées. Les gènes hrp codent pour un appareil de sécrétion de protéines, dit de type III, qui permet l'injection d'effecteurs du pouvoir pathogène à l'intérieur des cellules végétales hôtes. Le gène régulateur hrpB contrôle l'expression des composants de la machinerie Hrp et des substrats qui l'empruntent. La caractérisation du mécanisme d'action de HrpB a permis de définir un motif cis-opérateur conservé, la boite hrpII, indispensable à l'activité des promoteurs du régulon. Une liste de 114 g
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Lariviere, Delphine. "Méthodes bioinformatiques d'analyse de l'histoire évolutive des familles de gènes ˸ intégration de données, indices évolutifs, et analyses fonctionnelles appliquées aux familles de gènes impliquées dans la réponse des plantes aux stress environnementaux." Electronic Thesis or Diss., Montpellier, SupAgro, 2016. http://www.theses.fr/2016NSAM0041.

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Abstract:
L'étude des familles de gènes et de leur histoire évolutive apporte des indices précieux pour l'annotation fonctionnelle. En effet, le transfert d’annotations fonctionnelles entre gènes dépend de leur histoire évolutive, que cela soit l’histoire des duplications ou la simple divergence de séquence. Afin d'aider la compréhension des familles de gènes, la reconstruction de l'histoire évolutive doit être associée à des annotations et indices fonctionnels liés aux gènes de la famille. Cette reconstruction de l'histoire évolutive des familles passe par l'intégration de plusieurs données hétérogènes
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Lalagüe, Hadrien. "Genetic response of tree population to spatial climatic variation : an experimental genomic and simulation approach in Fagus sylvatica populations along altitudinal gradients." Thesis, Montpellier 2, 2013. http://www.theses.fr/2013MON20042/document.

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Abstract:
Un enjeu majeur de la génétique évolutive est de comprendre comment l'adaptation locale se développe en population naturelle, et comment les différentes forces évolutives y contribuent. Les études expérimentales d'adaptation locale utilisent couramment les gradients altitudinaux présentant une variation spatiale marquée des conditions environnementales. Dans ces conditions, on s'attend à ce que la différentiation génétique pour les caractères (traditionnellement mesurée par QST) et pour les gènes déterminant ces caractères (traditionnellement mesurée par FSTq) le long du gradient soit gouverné
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Pêtre, Benjamin. "Contribution à l'analyse post-génomique de l'interaction entre le peuplier et Melampsora larici-populina, le champignon biotrophe responsable de la maladie de la rouille foliaire." Thesis, Université de Lorraine, 2012. http://www.theses.fr/2012LORR0110/document.

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Abstract:
Melampsora larici-Populina est un champignon biotrophe qui infecte le peuplier et cause la maladie de la rouille foliaire, entraînant d'importants dégâts dans les peupleraies. Un des objectifs de l'UMR Interactions Arbres/Microorganismes est de caractériser les déterminants moléculaires de ce pathosystème. Au cours de cette thèse, des approches post-Génomiques ont permis de mener à bien quatre projets de recherche. Premièrement, l'analyse du transcriptome des temps précoces de l'interaction peuplier/M. larici-Populina a révélé un transporteur de sulfate de peuplier fortement induit par l'infec
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Robic, Kévin. "Les populations de Dickeya pathogènes de la pomme de terre : lutte intégrée, structure et génomique des populations Pattern and causes of the establishment of the invasive bacterial potato pathogen Dickeya solani and of the maintenance of the resident pathogen D. dianthicola." Thesis, université Paris-Saclay, 2020. http://www.theses.fr/2020UPASB012.

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Abstract:
Chez la pomme de terre, Solanum tuberosum, les phytopathogènes des genres Pectobacterium et Dickeya sont responsables de la maladie de la jambe noire et de la pourriture molle causant d’importants dommages dans les champs mais aussi lors du stockage des tubercules. En dehors des méthodes de prophylaxie, aucun traitement n’est à ce jour efficace pour lutter contre cette maladie. La FN3PT/inov3PT mène différents projets de recherche afin de mieux connaitre ces pathogènes et de proposer des traitements adaptés. L’objectif de ce travail a été d’étudier les gènes essentiels à la bactérie D. solani
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Yu, Hong. "Caractérisation des familles de facteurs de transcription ARF et Aux/IAA chez l'eucalyptus, rôles dans la formation du bois." Toulouse 3, 2014. http://thesesups.ups-tlse.fr/2446/.

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Abstract:
L'auxine est une hormone centrale du développement chez les végétaux et joue un rôle clé dans la régulation de la formation du bois. Les ARFs (Auxin-response factors) et les Aux/IAAs (Auxin/Indole acetic acid) sont des régulateurs importants de la voie de signalisation de l'auxine. La disponibilité de la séquence du génome d'Eucalyptus grandis nous a permis d'étudier les caractéristiques et l'histoire évolutive de ces deux familles de gènes. Nous avons identifié et caractérisé 17 EgrARFs et 24 EgrIAAs. Des analyses d'expression sur un large panel d'organes et de tissus et en réponse à des sign
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Poncet, Bénédicte N. "Modèles de distribution d’allèles pour la détection de la variabilité génétique adaptative chez une espèce non modèle, Arabis alpina." Grenoble, 2010. http://www.theses.fr/2010GRENV034.

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Abstract:
Comprendre les bases moléculaires de l'adaptation est un enjeu majeur en biologie évolutive. L'adaptation locale est le patron de distribution de génotypes résultant de l'action de la sélection qui tend à différencier certaines populations vivant dans des environnements différents. Au niveau génétique, l'adaptation locale se traduit par des fréquences alléliques variant le long des gradients de sélection. L'objectif de ce travail de doctorat est d'étudier l'apport des modèles de distributions d'allèles dans l'étude de l'adaptation locale à travers le cas de la plante alpine Arabis alpina (Bras
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Soundiramourtty, Abirami. "Exploring the transpositional landscape and recent transposable element activity in beech trees using long read mobilome and genome sequencing and with new computational tools." Electronic Thesis or Diss., Perpignan, 2024. http://www.theses.fr/2024PERP0043.

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Abstract:
L’adaptation des organismes aux changements environnementaux est devenue une question fondamentale de la recherche, en particulier face aux impacts du réchauffement climatique. Un axe clé de recherche consiste à comprendre comment les éléments génétiques sous jacent, tels que les éléments transposables (ET). Les ET sont des séquences d'ADN répétés présentes chez tous les Eucaryotes, possédant la capacité unique de se déplacer au sein du génome, un phénomène appelé transposition active. Ainsi, ils peuvent provoquer des mutations en générant des insertions polymorphiques d'ET (TIPs) entre indivi
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Chambard, Marie. "Analyse génomique de l'ADN extracellulaire du Root Extracellular Trap (RET) et caractérisations omiques des "root Associated Cap-Devrived Cells" (AC-DC) chez le soja Glycine max (L.) Merr.1917." Thesis, Normandie, 2020. http://www.theses.fr/2020NORMR020.

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Abstract:
Le soja, culture d’intérêt agronomique mondiale et bientôt Normande, doit faire face à l’attaque de nombreux phytopathogènes et notamment à l’oomycète Phytophthora sojae Kaufm. & Gerd., qui engendrent chaque année d’importantes pertes économiques. Le RET (Root Extracellular Trap) est situé à l’apex racinaire, est constitué de cellules détachées de la racine appelées cellules frontières ou AC-DC (root Associated Cap-Derived Cells) et de leur mucilage associé. On retrouve au sein de ce mucilage des glycomolécules, des protéines, ou encore de l’ADN extracellulaire (ADNex). Cet ensemble, forma
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Changenet, Valentin. "Towards new roles for cytochrome P450s and strigolactones in Fusarium Head Blight of Brachypodium distachyon." Thesis, Université Paris-Saclay (ComUE), 2018. http://www.theses.fr/2018SACLS354/document.

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Abstract:
La fusariose des épis est l’une de maladies les plus dommageables des céréales tempérées et est principalement causée par le champignon toxinogène Fusarium graminearum (Fg). Ces dix dernières années, de nombreuses études ont rapporté l’induction transcriptionnelle de gènes de la plante codant pour des cytochromes P450 (P450) en réponse l’infection par Fg. Les P450s constituent une famille enzymatique impliquée dans de nombreuses voies métaboliques, certaines avec des intérêts potentiels dans la résistance face aux maladies. Nous avons utilisé la petite graminée modèle Brachypodium distachyon (
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Schatz-Daas, Déborah. "OEX1, une exonuclease/flap endonuclease nécessaire à la stabilité du génome mitochondrial d'arabidopsis thaliana." Electronic Thesis or Diss., Strasbourg, 2021. http://www.theses.fr/2021STRAJ016.

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Abstract:
Les organites des plantes sont en permanence exposées à divers stress pouvant altérer leurs génomes. Des mécanismes spécifiques sont dédiés à leur maintenance et leur réparation. Si l'on connait les mécanismes en jeu, certains facteurs indispensables ne sont pas encore identifiés, entre autres des nucléases nécessaires pour la réplication, la réparation et la stabilité du génome mitochondrial. Au cours de ma thèse, j'ai caractérisé l'exonucléase mitochondriale OEX1 d'Arabidopsis thaliana. Les mutants d'OEX1 ce sont avérés très affectés dans leur développement et fertilité. J'ai montré que OEX1
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Cormier, Fabien. "Nitrogen use efficiency inwheat in bread wheat (T. aestivum L.) : breeding & gene discovery." Thesis, Clermont-Ferrand 2, 2015. http://www.theses.fr/2015CLF22574/document.

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Abstract:
Dans un contexte de réduction des intrants agricoles, la création de variétés de blé qui utilisent l’azote de manière plus efficiente est aujourd’hui nécessaire. Cette thèse, issue d'un partenariat public-privé entre l'Institut National de la Recherche Agronomique et Biogemma, avait pour but d'apporter des outils nécessaires à la création de variétés répondant à cette exigence. Pour ce faire, nous avons analysé 225 variétés commerciales génotypées avec 24K SNP et testées dans huit combinaisons d’année, lieu et régime azoté. Nous avons montré que même si la sélection a amélioré l’efficience d’u
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Picart, Picolo Ariadna. "L'importance du nucléole et des gènes d'ARN ribosomique 45S dans l'organisation 3D et la stabilité du génome chez Arabidopsis thaliana." Thesis, Perpignan, 2019. http://www.theses.fr/2019PERP0025/document.

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Abstract:
Le nucléole est le site de biogenèse des ribosomes, qui commence par la transcription des gènes d’ARN ribosomique (ARNr). Cependant, le nucléole est également impliqué dans d'autres processus cellulaires, comme l’organisation 3D du génome. Ainsi, des régions génomiques appelées NADs pour Nucleolus-Associated chromatin Domains, ont été identifiées dans des cellules animales et végétales. Ces régions sont surtout hétérochromatiques et les gènes associés ont tendance a être peu ou pas transcrits. Un des objectifs de ma thèse a été d’étudier l’implication du nucléole dans l’organisation de la chro
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Baron, Étienne. "Génomique écologique de la réponse à la compétition chez Arabidopsis thaliana." Thesis, Lille 1, 2014. http://www.theses.fr/2014LIL10206/document.

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Abstract:
La compétition est considérée comme un facteur majeur responsable de la structure, de la diversité et de la dynamique des communautés végétales. Cependant, la génétique sous-jacente à cette dynamique éco-évolutive est encore peu connue. Notamment, à l’échelle d’une population, la variation génétique naturelle de la réponse à différentes conditions de compétition, l’identité des traits phénotypiques sous sélection génotypique et des bases génétiques impliquées dans la réponse à la compétition sont mal compris. Par une approche de génomique écologique ciblant l’espèce modèle Arabidopsis thaliana
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Limones, Méndez Mariana Cecilia. "Développement d’outils moléculaires et cellulaires pour générer des variétés de Pomelo « Star Ruby » ne produisant pas de Furocoumarines." Electronic Thesis or Diss., Université de Lorraine, 2019. http://www.theses.fr/2019LORR0045.

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Abstract:
Les furocoumarines sont des composés phénoliques impliqués dans la défense contre les herbivores. Ces molécules sont majoritairement décrites dans quatre familles botaniques, notamment les Rutaceae, dont font partie les agrumes. Ces molécules sont phototoxiques ce qui peut poser des problèmes pour leur utilisation comme par exemple en cosmétique ou en phytothérapie. D’autre part, en cas d’ingestion par exemple via la consommation de jus de certains agrumes, elles ont responsables de l’inhibition d’enzymes de détoxication comme le CYP3A4 humain. Cela peut conduire à des surdosages médicamenteux
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Koné, Doufoungognon. "Réponse évolutive à l'effet combiné de la pollution et du réchauffement climatique." Electronic Thesis or Diss., Université de Toulouse (2023-....), 2024. http://www.theses.fr/2024TLSES032.

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Abstract:
L'effet combiné des stress environnementaux induits par l'homme entraîne la perte de biodiversité et la dégradation de nos écosystèmes. La plasticité et l'adaptation sont des processus éco-évolutifs clés qui peuvent limiter les pertes de biodiversité dues aux changements environnementaux. De nombreuses études évaluent la réponse immédiate des organismes aux multistress, peu se focalisent sur leur réponse évolutive. Mon projet de thèse vise à apporter de nouvelles réponses sur les effets de deux stress environnementaux majeurs, la pollution et le réchauffement climatique, sur la fitness des org
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Baron, Étienne. "Génomique écologique de la réponse à la compétition chez Arabidopsis thaliana." Electronic Thesis or Diss., Lille 1, 2014. http://www.theses.fr/2014LIL10206.

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Abstract:
La compétition est considérée comme un facteur majeur responsable de la structure, de la diversité et de la dynamique des communautés végétales. Cependant, la génétique sous-jacente à cette dynamique éco-évolutive est encore peu connue. Notamment, à l’échelle d’une population, la variation génétique naturelle de la réponse à différentes conditions de compétition, l’identité des traits phénotypiques sous sélection génotypique et des bases génétiques impliquées dans la réponse à la compétition sont mal compris. Par une approche de génomique écologique ciblant l’espèce modèle Arabidopsis thaliana
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Davalos, Marcela. "Approches génomiques de la régulation azotée chez Sinorhizobium meliloti." Toulouse 3, 2004. http://www.theses.fr/2004TOU30128.

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Abstract:
La fixation de l'azote lors de la symbiose Rhizobium-légumineuses implique une réorientation du métabolisme azoté bactérien, qui passe d'un état d'assimilation vers un état d'export de l'ammonium. Chez Rhizobium, la régulation azotée dépend du système Ntr (Nitrogen Regulatory System). Nous avons utilisé des arrays génomiques pour identifier les gènes cibles du système Ntr chez Sinorhizobium meliloti. L'utilisation de glutamate (bon inducteur du système Ntr), provoque l'induction de gènes de l'assimilation et du transport de l'azote, et la répression de gènes codant pour une pyrophosphatase-H+
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Gendrel, Anne-Valérie. "Etude de la dérégulation épigénétique des éléments transposables et impact sur l'expression du génome chez la plante modèle Arabidopsis thaliana." Paris 11, 2005. http://www.theses.fr/2005PA112023.

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Abstract:
Nous avons développé une approche puce à ADN, dans le but d’identifier la nature des mécanismes à l’origine des variants d’expression d’origine épigénétique ou épimutations chez Arabidopsis. Nous avons réalisé des analyses comparatives de l’expression entre des plantes sauvages et le mutant ddm1, le long d’une région d’hétérochromatine. Le gène DDM1 code un facteur de remodelage de la chromatine. Nous avons montré que ce gène est requis pour maintenir des profils normaux de méthylation de l’ADN comme de la lysine 9 de l’histone H3, de manière spécifique au niveau des séquences répétées. Par ai
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Borland, Stéphanie. "Rôle des systèmes à deux composants dans l’adaptation de la bactérie phytostimulatrice Azospirillum à la rhizosphère." Thesis, Lyon 1, 2015. http://www.theses.fr/2015LYO10037.

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Abstract:
Les systèmes à deux composants jouent un rôle prépondérant dans l'adaptation des bactéries à leur environnement. L'objectif de ce travail de thèse était d'identifier et de caractériser des systèmes à deux composants chez la bactérie phytostimulatrice Azospirillum nécessaires à l'adaptation à la rhizosphère de sa plante-hôte. L'analyse de la distribution génomique des gènes appartenant à la famille des systèmes à deux composants dans les génomes d'Azospirillum disponibles a révélé l'existence d'un grand nombre de gènes codant des hisitidine kinases hybrides, et une analyse plus approfondie a mo
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Limones, Méndez Mariana Cecilia. "Développement d’outils moléculaires et cellulaires pour générer des variétés de Pomelo « Star Ruby » ne produisant pas de Furocoumarines." Thesis, Université de Lorraine, 2019. http://www.theses.fr/2019LORR0045.

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Abstract:
Les furocoumarines sont des composés phénoliques impliqués dans la défense contre les herbivores. Ces molécules sont majoritairement décrites dans quatre familles botaniques, notamment les Rutaceae, dont font partie les agrumes. Ces molécules sont phototoxiques ce qui peut poser des problèmes pour leur utilisation comme par exemple en cosmétique ou en phytothérapie. D’autre part, en cas d’ingestion par exemple via la consommation de jus de certains agrumes, elles ont responsables de l’inhibition d’enzymes de détoxication comme le CYP3A4 humain. Cela peut conduire à des surdosages médicamenteux
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