Dissertations / Theses on the topic 'Gènes liés à l'immunité'
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Sukkar, Dani. "Role of Nosema cerenae and pesticides on the decline of bees : Studies using a multifactorial approach : “Tipping the scale of honeybee immune responses - The effect of pesticides on immune-stimulation mimicking Nosema spp.”." Electronic Thesis or Diss., Université de Lorraine, 2023. http://www.theses.fr/2023LORR0086.
Abstract:
Les abeilles sont confrontées à la menace mondiale du syndrome d'effondrement des colonies (CCD), entraînant des décès de colonies et une diminution de leur nombre, affectant leur contribution environnementale et agronomique dans la pollinisation des plantes et des cultures commerciales, en plus de la production de miel. L'exposition aux pesticides peut être l'une des principales causes conduisant au CCD en affaiblissant le système immunitaire des abeilles et en altérant leurs réponses immunitaires. Les maladies de la nosémose causées par Nosema spp. peuvent avoir une contribution significative au CCD lorsque les abeilles sont exposées à différents pesticides simultanément. Dans cette étude, plusieurs facteurs de risque sont évalués, y compris les néonicotinoïdes les plus utilisés dans le monde, l'imidaclopride et l'amitraz qui est le pesticide utilisé directement en contact avec les abeilles pour traiter l'infection par les acariens. L'effet de ces pesticides est évalué au niveau de la stimulation immunitaire par zymosan A pour imiter l'infection par Nosema. L'effet des pesticides sur les produits cellulaires antimicrobiens, les réponses cellulaires et l'expression de gènes connexes est démontréHoneybee are facing the global threat of colony collapse disorder (CCD) leading colony deaths and decline in their numbers affecting their environmental and agronomic contribution in pollination of plants and commercial crops in addition to honey production. Pesticide exposure may be of the main causes leading to CCD by weakening the immune system of honeybees and impairing their immune responses. Nosemosis diseases caused by Nosema spp. may have a significant contribution to CCD when bees are exposed to different pesticides simultaneously. Multiple risk factors are assessed in this study including the most used neonicotinoids worldwide, imidacloprid and amitraz which is the pesticide used directly in contact with honeybees to treat mite infection. Th effect of these pesticides is evaluated at the level of immune stimulation by zymosan A to mimic Nosema infection. The effect of pesticides on antimicrobial cells products, cellular responses and related genes' expression are demonstrated
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Hoffmann, Thomas. "Association entre polymorphisme de gènes de l'immunité et évènements cliniques post-transplantation rénale." Thesis, Tours, 2009. http://www.theses.fr/2009TOUR4011/document.
Abstract:
Malgré les progrès effectués en transplantation rénale, on observe encore de nombreuses pertes de greffon sur le long terme. Mettre en évidence des polymorphismes génétiques influençant le devenir du greffon pourrait permettre d’améliorer la prise en charge des patients greffés. Nous avons génotypé 6 polymorphismes de gènes de l’immunité codant l’IL-12p40, PD-1, AIF-1, Lyp, TIM-1 et -3, puis nous avons recherché une association statistique avec plusieurs événements cliniques survenus après la greffe. Nous avons montré que les polymorphismes des gènes de l’IL-12p40, PD-1 et TIM-3 étaient associés à l’infection à CMV, que celui du gène de PD-1 influait sur la survie du greffon, et que ceux d’AIF-1 et Lyp étaient liés respectivement au cancer de la peau et à la reprise retardée de fonction du greffon. Ces résultats suggèrent l’intérêt de stratifier génétiquement les patients afin d’en identifier certains qui bénéficieraient tout particulièrement d’adaptations thérapeutiquesIn spite of the continuous progress in immunosuppressive therapy, a number of factors still interfere with the complete success of renal transplantation. Revealing some factors with impact on graft outcome may therefore have important consequences in clinical practice. In the work presented here, we studied 6 polymorphisms into immunity genes coding IL-12p40, PD-1, AIF-1, Lyp, TIM-1 and -3, and we assessed their association with several clinical events occurring after transplantation. We showed that the polymorphisms into IL-12p40, PD-1 and TIM-3 genes were associated with CMV infection, that the PD-1 gene polymorphism was associated with graft survival, and that the polymorphisms into AIF-1 and Lyp genes were associated with skin cancer and delayed graft function, respectively. These results suggest that it would be interesting to genetically stratify patients in order to better adapt treatments and patient care
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Trudel, Pierre. "Clonage et caractérisation de gènes liés à l'activité ligninolytique chez Trametes versicolor." Thèse, Université de Sherbrooke, 1988. http://hdl.handle.net/11143/11757.
Abstract:
Le but de ce travail est d'isoler des gènes qui sont impliqués dans la biodégradation de la lignine par la moisissure blanche du bois Trametes versicolor. La dégradation de la lignine est un phénomène mal connu. Les moisissures blanches du bois sont les organismes les plus efficaces pour dégrader la lignine mais leur mécanisme d'action est énigmatique. Bien que certains enzymes pouvant modifier la lignine aient été identifiés et leur gène cloné, le fonctionnement global du système demeure incertain. Le système ligninolytique de la moisissure n'est pas présent quand la moisissure est en phase primaire de croissance mais apparaît lorsque celle-ci passe en métabolisme secondaire. Dans ces conditions, la lignine n'est pas un inducteur de sa dégradation, c'est le passage de la culture en métabolisme secondaire qui induit l'activité ligninolytique. Ce passage peut être contrôlé par la concentration en azote du milieu de culture. Il est donc possible d'obtenir des cultures avec et sans activité ligninolytique en modifiant la concentration en azote du milieu. Sachant cela, nous avons entrepris de cloner par hybridation différentielle des gènes exprimés seulement lorsque la moisissure dégrade la lignine sans pour autant connaître leur fonction. Un premier criblage a été réalisé en utilisant comme conditions différentielles une culture ayant le maximum d'activité ligninolytique et une culture sans activité. Nous avons alors isolé 6 gènes. Aucun de ces gènes n'a montré une corrélation entre l'induction de son expression et l'induction de l'activité ligninolytique. L'expression de ces 6 gènes semble être contrôlée par des facteurs autres que l'azote qui seraient aussi différents dans les cultures induites et non induites utilisées. Un second criblage a ensuite été réalisé avec des sondes préparées à partir de cultures qui étaient dans des états physiologiques plus proches tout en démontrant une induction significative de l’activité ligninolytique. Lors de ce second criblage, 5 gènes ont été purifiés et l'expression de ces gènes concorde avec l'expression de l'activité ligninolytique. Nous avons aussi essayé de cloner le gène de la laccase par hybridation différentielle. La laccase est un enzyme produit lors de la formation des spores. Il a été impliqué dans l'activité ligninolytique mais son rôle demeure incertain et controversé. La technique d'hybridation différentielle ne nous a pas permis d'isoler ce gène mais, lors des expériences, nous avons observé un effet synergétique entre la laccase et le système ligninolytique concernant l'oxydation de certains polymères synthétiques. Finalement, la recherche de conditions de culture permettant d'isoler par hybridation différentielle des gènes liés à l'activité ligninolytique et l'observation d'un effet synergétique entre la laccase et le système ligninolytique nous ont amené à réévaluer les concepts touchant à la biodégradation de la lignine. Présentement, nous n'avons aucune évidence de l'existence d'une voie enzymatique de dégradation de la lignine. Nous émettons donc l'hypothèse que la dégradation de la lignine soit le résultat de l'action d'enzymes appartenant à d'autres voies métaboliques qui, lorsqu'ils sont co-induits produisent le phénotype de dégradation. Certains de ces enzymes pourraient être non-essentiels et substituables par des enzymes appartenant à d'autres voies métaboliques. Si c'est le cas, la dégradation de la lignine ferait appel à des concepts nouveaux qui ne se rencontrent pas dans la dégradation d'aucun autre polymère biologique.
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Billuart, Pierre. "Localisation et identification de gènes impliqués dans les retards mentaux liés au chromosome X." Paris 5, 1999. http://www.theses.fr/1999PA05CD02.
Abstract:
L'identification de gènes impliqués dans des retards mentaux et le décryptage des mécanismes physiopathologiques devraient permettre de mieux comprendre le développement et le fonctionnement du cerveau humain. La recherche de ces gènes est complexe du fait d'une grande hétérogénéité phénotypique et génétique de la maladie. Toutefois la plus grande fréquence chez les garçons ainsi que la description de formes familiales dans lesquelles le retard mental est transmis par la mère ont notamment orienté la recherche de gènes sur le chromosome X. Les retards mentaux liés au chromosome X (RMLX) sont divisés en deux groupes : les formes syndromiques (RMXS) avec un phénotype caractéristique et les formes non spécifiques (RMX) sans signe particulier. Dans les deux cas, les formes familiales sont répertoriées selon leur localisation établie par des analyses de liaisons génétiques. Les intervalles déduits de ces analyses sont souvent de grandes tailles et la recherche des gènes d'intérêt par la stratégie de clonage positionnel reste extrêmement difficile. Des approches complémentaires sont donc nécessaires, notamment l'étude des remaniements cytogénétiques associés à un retard mental. L'ensemble de ces approches nous a permis d'identifier trois nouveaux gènes impliqués dans des retards mentaux. (i) Utilisant la stratégie du gène candidat, nous avons montré que le gène GDI1 codant pour la protéine Rab-GDIa est muté dans des RMX. (ii) Nous avons identifié un autre gène, doublecortine, dont les mutations sont associées au syndrome X-SCLH/LIS. (iii) La caractérisation moléculaire d'une translocation X, autosome chez une fille atteinte d'un retard mental nous a amené à isoler un nouveau gène, oligophrénine 1. L'identification d'une mutation ponctuelle dans une famille RMX localisée en Xq12 a validé son implication dans un retard mental. Ce gène code pour une protéine Rho-GAP (OPHN1) dont la perte de la fonction est associée au déficit cognitif. La fonction régulatrice des protéines Rho-GAP sur les petites GTPases de type Rho suggère que OPHN1 participe à la morphogénèse neuronale en contrôlant l'organisation du cytosquelette d'actine au niveau des neurones et/ou des cellules gliales. Outre l'intérêt fondamental dans la compréhension des mécanismes physiopathologiques des déficits cognitifs, la découverte de ces trois nouveaux gènes permet de proposer un conseil génétique plus précis aux familles qui le désirent. Enfin, l'étude de la fonction de ces protéines et la caractérisation des voies de signalisation auxquelles elles participent pourraient avoir des applications à visées thérapeutiques.
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Maussion, Gilles. "Mécanismes moléculaires liés aux dérégulations de deux gènes, SLC25A12 et MARK1, associés aux troubles autistiques." Paris 5, 2008. http://www.theses.fr/2008PA05T008.
Abstract:
L'autisme est une pathologie neuropsychiatrique diagnostiquée chez l'enfant. SLC25A12 et MARK1 sont des gènes associés à l'autisme. J'ai mis en évidence leur surexpression dans l'aire de Brodmann 46 des patients autistes. SLC25A12 code un transporteur aspartate/giutamate mitochondrial. MARK1 code une sérine/thréonine kinase régulant l'affinité entre les MAPs et les microtubules. La modulation de leur expression affecte la croissance dendritique et le trafic des mitochondries. Les variations d'expression de SLC25A12 modifient la structure des épines dendritiques. Les variations d'expression de MARK1 altèrent la polarité neuronale. Nous avons mis en évidence des dérégulations de l'expression des gènes CAMKIIA, RIM1 et BDNF dans les échantillons provenant de patients autistes. Ces gènes codent des protéines synaptiques. En conclusion, des modifications transcriptionnelles de gènes associés à l'autisme induisent des anomalies dendritiques qui peuvent modifier la plasticité synaptiqueAutism is a neuropsychiatric disorder diagnosed in the first years of childhood. SLC25A12 and MARK1 are genes associated to autism. I evidenced the overexpression of these genes in Brodmann Area 46 in autistic patients. SLC25A12 encodes a mitochondrial aspartate/giutamate transporter. MARK1 encodes a serine/threonine kinase regulating interactions between MAPs and microtubules. By modulating the expression of these genes, we observed modifications in the length of dendrites and in velocity of mitochondria. Variations in SLC25A12 expression modify structure of dendritic spines. Changes in MARK1 expression alter neuronal polarity. We found that CAMKIIA, RIM1 and BDNF gene expression levels are deregulated in autistic patients. These genes encode proteins involved in synaptic plasticity. In conclusion, transcriptional modifications of genes that are associated to autism induce dendritic abnormalities that consequently alter synaptic plasticity in sub-regions of central nervous system
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Nguyen, Tan-Trung. "Identifier des gènes nucléaires liés au maintien de l’ADN mitochondrial chez le champignon filamenteux Podospora anserina." Thesis, Paris 11, 2014. http://www.theses.fr/2014PA112014.
Abstract:
Les mitochondries jouent un rôle majeur dans le métabolisme de l'ATP des cellules eucaryotes. Le maintien de l'ADN mitochondrial (ADNmt) est fondamental pour la production d'énergie chez les organismes aérobie stricte. De grandes délétions de ADNmt sont à l'origine d'anomalies mitochondriales entrainant des maladies chez l'homme. Plusieurs gènes nucléaires impliqués dans le métabolisme de l’ADNmt ont été identifiés et caractérisés chez l'homme. Cependant, l’ensemble des facteurs et leurs activités requis pour le maintien de l'ADNmt reste largement inconnu. L'identification de ces facteurs et la détermination de leurs activités dans des systèmes modèles simples peuvent contribuer à l’étude du maintien de l'ADNmt et à la compréhension des mécanismes induisant des délétions de l’ADNmt chez l'homme. Le champignon filamenteux Podospora anserina est un modèle d'étude du maintien de l’ADNmt. Chez P. anserina, l’accumulation de délétions région-spécifiques de l’ADNmt (Δmt) est corrélée à la présence de la mutation AS1-4 dans le gène nucléaire codant la protéine cytosolique ribosomale S15. L'altération de la protéine S15 pourrait modifier la traduction de transcrits codant des protéines impliquées dans le maintien de l'ADNmt et indirectement causer l'accumulation des Δmt. Par une approche globale (translatome), nous avons analysé l’ensemble des transcrits associés aux ribosomes AS1-4 en cours de traduction. A partir des données obtenues, deux gènes candidats, PaIML2 et PaYHM2 potentiellement impliqués dans le maintien de l'ADNmt, ont été identifiés et étudiés. L'analyse fonctionnelle a été principalement développée pour PaYHM2. La protéine PaYHM2 partage 68% d’identité avec la protéine mitochondriale bi-fonctionnelle Yhm2 de levure, impliquée dans le transport de métabolites dans la mitochondrie et possèdant un domaine de liaison à l'ADN. J'ai démontré que le gène PaYHM2 est essentiel pour P. anserina, un organisme aérobie stricte et que la protéine PaYHM2 est mitochondriale. Par mutagénèse, j'ai montré que c'est la fonction de transport qui est essentielle à la survie du champignon et non pas la putative capacité à se lier à l'ADN. Les résultats obtenus suggèrent également que PaYHM2 participe au métabolisme de l'acétyl-CoA chez P. anserinaMitochondria play main role as adenosine triphosphate (ATP)-energy factories of the eukaryotic cells. To ensure energy production, mitochondrial DNA (mtDNA) maintenance is essential for all obligate-aerobe eukaryotic organisms. Large-scale mtDNA deletions are major causes of mitochondrial dysfunction in human diseases. Several nuclear genes implicated in mtDNA metabolism were identified and characterized in human. Nuclear-encoded factors and their activities required for mtDNA maintenance are, however largely unknown. Identification of these factors and discovery of their activities in simple model systems can contribute to the comprehension of mtDNA maintenance and of the mechanisms leading to mtDNA deletions in human. The filamentous fungus Podospora anserina is a useful model system for studying mtDNA maintenance. An S15 cytosolic ribosomal protein mutant in P. anserina, named AS1-4 mutant, shows a positive correlation with the accumulation of specific large mtDNA deletion (Δmt) at the time of death. Alteration of S15 protein might modify translation of transcripts encoding proteins related to mtDNA maintenance and indirectly cause Δmt accumulation. Polysome profiling (called translatome), a global approach giving genome-wide informations about modified transcripts on translation, was performed on AS1-4 mutant. From the data of this translatome, two candidate genes potentially related to mitochondrial DNA maintenance, the PaIML2 gene and PaYHM2 gene has been identified and functionally analyzed. The function of the PaYHM2 gene has been especially characterized in this project. This gene encodes a protein sharing 68% of identity with yeast Yhm2, a bi-functional protein as a mitochondrial carrier and as a protein with DNA-binding activity. I demonstrated that the PaYHM2 gene is essential for P. anserina, an obligate-aerobe organism and that the PaYHM2 protein localizes to mitochondria. Through mutagenesis approach, I showed that the transport function decides the essentiality of mitochondrial carrier PaYHM2 while the putative DNA binding activity of PaYHM2 protein is important for P. anserina. Furthermore, I found that the function of PaYHM2 probably participates in the cytosolic acetyl-CoA metabolism
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Guarmit, Basma. "Identification de gènes liés à la carcinogénèse prostatique : comparaison de tissus humains tumoraux et non tumoraux." Paris 11, 2010. http://www.theses.fr/2010PA11T075.
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Fernandez, Nadine. "Modulation de l'immunité antitumorale innée et acquise par transfert de gènes codant pour des immunomodulateurs ou par flt3 ligand." Paris 11, 1998. http://www.theses.fr/1998PA11T052.
Abstract:
L'immunothérapie active spécifique (lAS) du cancer a pour but de générer une réponse immune anti-tumorale spécifique susceptible de protéger le patient contre une rechute liée à la présence de cellules métastatiques. Plusieurs études pré-cliniques ont été réalisées dans le cadre de trois objectifs : - premièrement, comment augmenter l'immunogénicité (hépatocarcinome) ou rendre immunogène (mésothéliome) des tumeurs par des stratégies d'lAS? Nous avons montré qu'un protocole d'immunisation, efficace dans un modèle de tumeur implantée par voie sous-cutanée à des animaux naïfs, ne permet pas d'inhiber l'établissement ni même de ralentir la croissance d'une tumeur se développant spontanément dans des animaux transgéniques. Une autre étude, réalisée avec un modèle de tumeur non immunogène, a indiqué qu'une vaccination thérapeutique, permettant de générer une réponse immune protectrice dans un modèle de tumeur immunogène, n'induit au mieux que des régressions transitoires. Le transfert de gènes codant pour des immunomodulateurs, in vitro ou in vivo dans les cellules tumorales, permet d'induire une immunité innée et/ ou acquise, le plus souvent d'efficacité partielle, sur la croissance d'une tumeur non immunogène. - deuxièmement, est-il possible de détecter directement in vivo des amplifications clonotypiques de lymphocytes T spécifiques suite à un protocole de vaccination thérapeutique et de corréler cette réponse avec l'observation d'un effet anti-tumoral? L'analyse de la réponse immune dans un modèle de tumeur immunogène, à l'aide de la technique lmmunoscope, nous a permis de montrer que, contrairement à l'IFN-y et l'IL-2, la sécrétion paracrine d'IL-12 induit très efficacement des régressions tumorales complètes qui sont corrélées à des expansions clonales de LT CD8 spécifiques détectées dans la tumeur et en périphérie. - troisièmement, quel est le rôle des cellules dendritiques dans la modulation d'une réponse anti-tumorale dont les effecteurs principaux sont les cellules "natural killer" (NK)? L'administration de Flt3 ligand, dans un but de vaccination thérapeutique, nous a permis de démontrer que les cellules dendritiques sont capables d'activer directement les cellules NK. Cette nouvelle fonction place les cellules dendritiques à l'interface de l'immunité innée et de l'immunité acquise.
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Hirtzig, Thomas. "Recherche d'associations entre la progression vers le SIDA ou le Lupus Erythematosus et des polymorphismes de gènes humains impliqués dans l'immunité." Paris 11, 2006. http://www.theses.fr/2006PA112271.
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Marchand, Suzanne. "Recherche de marqueurs moléculaires liés aux gènes qui confèrent la résistance au charbon nu chez l'orge, Hordeum vulgare L." Thesis, National Library of Canada = Bibliothèque nationale du Canada, 1999. http://www.collectionscanada.ca/obj/s4/f2/dsk1/tape7/PQDD_0009/MQ41956.pdf.
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Deruytter, Nathalie. "De nouveaux gènes de prédisposition au diabète auto-immun liés au complexe majeur d'histocompatibilité chez la souris Non Obese Diabetic (NOD)." Paris 6, 2004. http://www.theses.fr/2004PA066088.
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Carthagena, Laetitia. "Rôle des protéines de la famille TRIM dans l'immunité innée : étude de leur implication dans l'activité anti-rétrovirale des interférons." Paris 7, 2008. http://www.theses.fr/2008PA077192.
Abstract:
Récemment, un membre de la famille TRIM (TRipartite Motif) a été décrit comme induit par les IFN, TRIMSα. Les facteurs TRIMSa issus des espèces homme, macaque et singe vert inhibent ia réplication des souches N-MLV, mais pas des souches B-MLV. De plus, les protéines TRIMSa de macaque et singe vert confèrent une résistance à l'infection par le VIH-1, De même, la protéine chimérique TRIMS-cyclophiline A (TRIMCyp), du singe hibou, inhibe la réplication du VIH-1. Nous avons tenté de déterminer si TRIM5 ne constitue pas un médiateur de l'effet anti-rétroviral des IFN, Nous montrons que les facteurs TRIMSα humain et simiens sont induits par les IFN, et que cette induction entraîne une augmentation de la restriction des cellules humaines et de singe vert envers N-MLV. Nous montrons que le traitement des cellules de singe hibou par les IFN entraîne une augmentation de la restriction face au VIH-1 associée à l'augmentation de l'expression de TRIMCyp, mais également l'apparition d'une restriction indépendante de TRIMCyp face aux souches MLV. Ces résultats, et la détermination de l'étape du cycle viral bloquée, suggèrent qu'il existe chez le singe hibou des facteurs anti-MLV induits par les IFN qui restent à identifier. Nous avons alors considéré tous les membres TRIM comme potentiellement médiateurs de l'immunité innée. Nous avons analysé l'expression des TRIM dans les cellules primaires de l'immunité (macrophages, lymphocytes), après traitement aux IFN. Nous montrons que les IFN régulent l'expression de 27 TRIM sur les 72. Ces résultats ont permis l'identification de nouveaux TRIM induit par les IFN et suggère leur implication dans la régulation de l'activité antivirale cellulaireTRIMSa is a restriction factor that interferes with retroviral infections in a species specific manner in primate cells. A particular case exists in owl monkey cells, which express a fusion protein between TRIM5 and cyclophilin A, TRIMCyp, interfering with HIV-1 infection. TRIMSα expression has been shown to be induced by IFN. We evaluated the implication of TRIMSα or TRIMCyp in IFN-induced anti-retroviral activities. We show that IFN enhances TRIMSa expression in human, African green monkey and macaque cells, as well as TRIMCyp expression in owl monkey cells. We show that IFN potentates restriction activity against N-MLV in human and African green monkey cells, and that TRIMSa is the mediator of this IFN-induced activity. IFN treatment of owl monkey cells induces a TRIMCyp-dependent enhancement of HIV-1 restriction, as well as a strain-tropism independent restriction of MLV independent of TRIMCyp expression. Our results indicate that TRIMSα and TRIMCyp are implicated in IFN-induced anti-retroviral responses in primate cells, and suggest the existence of an IFN-induced anti-MLV activity in owl monkey cells, which involves a factor that remains to be identified, We next examined whether the entire TRIM protein family was involved in innate immunity. We performed a systematic analysis of TRIM gene expression in human primary cells (lymphocytes, macrophages) in response to IFN. We found that 27 of the 72 human TRIM genes are either up or down-regulated after IFN treatment, and identified novel TRIM proteins that are up-regulated by ÎFN. Our results suggest the involvement of additional TRIM proteins in regulating host antiviral activities
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Arista, Gautier. "Génomique comparative et fonctionnelle de familles de gènes liés au métabolisme secondaire de la vigne (Vitis vinifera) et de ses proches parents." Thesis, Strasbourg, 2017. http://www.theses.fr/2017STRAJ010/document.
Abstract:
La vigne (Vitis vinifera) possède un métabolisme secondaire particulièrement riche donnant naissance à une large palette de molécules dont certaines sont impliquées dans les défenses contre les pathogènes et d'autres dans la grande diversité d’arômes qui fait la renommée des vins. L’analyse de la séquence de référence du génome de la vigne a permis de mettre en évidence une remarquable expansion de certaines familles de gènes liés au métabolisme secondaire par rapport aux autres plantes. Dans ce travail, j'ai étudié les familles gènes codant pour les cytochromes P450, dont certains sont impliqués dans la production d’arômes, les gènes codant pour les stilbènes synthases (STS), les endo-β-1,3-glucanases et les gènes de résistance de type NBS impliqués dans les défenses de la vigne. Ma thèse vise à proposer des hypothèses expliquant l’organisation structurale de ces familles de gènes et ainsi à mieux comprendre pourquoi certaines familles présentent une amplification dans le génome de la vigne. Des approches bioinformatiques ont été utilisées afin d’étudier ces différentes familles de gènes. Les gènes cytochromes P450 et gènes R de type NBS ont tout d'abord été annotés de manière manuelle dans le génome de référence de la vigne. L’expression des gènes endo-β-1,3- glucanases, STS et cytochromes P450 a été analysée en utilisant une approche transcriptomique à grande échelle. Pour ce faire, un outil a été développé durant cette thèse pour estimer le niveau d’expression des gènes à partir de données RNA-Seq disponibles dans les banques de données publiques. Parallèlement, des données de reséquençage d’ADN de 56 cépages et espèces de vigne ont été analysées, afin de déterminer les variations structurales de type CNV au sein des familles de gènes à domaine NBS et de gènes STS. Ces différents travaux ont permis de montrer que l’amplification des familles de gènes étudiées n’est pas spécifique du génome de référence mais est retrouvée dans l'ensemble du genre Vitis, mais également de mettre en évidence des variations structurales au sein des différents génomes étudiés. L'analyse de la famille STS a montré que ces gènes sont organisés en blocs de duplication, et que les gènes plus conservés sont aussi les plus exprimés. Nous avons également montré que les gènes à domaine NBS sont organisés en cluster, dont certains sont particulièrement soumis à variation. Ces travaux contribuent à une meilleure connaissance de facteurs de défense efficaces et durables ainsi que des gènes impliqués dans la synthèse d’arômes dans la vigne. Ces connaissances pourront bénéficier aux programmes de création variétale mis en œuvre à l’INRA de ColmarGrapevine (Vitis vinifera) has a particularly rich secondary metabolism, giving rise to a wide range of molecules, some of which are involved in defences against pathogens and others in the great diversity of aromas that make wines famous. Analysis of grapevine reference genome has shown a remarkable expansion of certain families of genes linked to secondary metabolism in comparison with the other plants. In this work, I have analysed gene families coding for cytochromes P450, some of them being involved in the production of aromas, genes coding for stilbene synthases (STS), endo-β-1,3-glucanases and NBS type resistance genes involved in grapevine defences. My thesis intends to propose hypothesis to explain the structural organisation of these families and therefore better understand why some of these families are amplified in the grapevine genome. Bioinformatic approaches have been used to study these different genes families. The cytochromes P450 and R genes of NBS type were manually annotated to improve the knowledge of these families of genes. The expression of endo-β-1,3-glucanases, STS and cytochromes P450 genes has been quantified using a large-scale transcriptomic approach. To this purpose, a tool has been developed during this thesis to estimate the level of genes expression from RNA- Seq data available in public databases. In the meantime, DNA resequencing data from 56 cultivars and grapevine species have been analysed to identify structural variations of CNV types within the genes with a NBS domain and the STS genes. These works showed that the amplification of the gene families of interest was not specific to the reference genome but occurred at the scale of the Vitis genus, but also to highlighted structural variations in different genomes. Regarding the STS genes, blocks of duplication and more conserved and expressed genes were identified. For the genes with NBS domain, a clustered organisation has been highlighted with some clusters varying more than others in the studied genotypes. These works contribute to a better knowledge of gene families for efficient and durable defence against pathogens and optimal aromas synthesis in grapevine. This knowledge will benefit to breeding programs currently in progress at INRA Colmar
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Soler, Lucile. "Recherche in silico de gènes potentiellement liés au sexe sur le groupe de liaison LG3, chez le tilapia du Nil Oreochromis niloticus." Thesis, Montpellier 2, 2012. http://www.theses.fr/2012MON20183/document.
Abstract:
Les tilapias (espèces Oreochromis) sont le second groupe le plus important de poissons dans l'aquaculture mondiale ainsi qu'une des premières sources de protéines animales pour des millions de personnes dans les pays en cours de développement. En effet, Les tilapias ont la plupart des qualités requises dans le monde aquacole comme un taux de croissance important et une résistance aux maladies. Cependant leurs reproductions précoces et continues provoquent une surpopulation des bassins et un nanisme des individus. Pour surmonter ces difficultés, il s'agit de créer de nouvelles méthodes de contrôle du sexe (génétique et température) pour une meilleure compréhension de la détermination du sexe chez le tilapia. La détermination sexuelle chez les tilapias est complexe. En effet, le sexe est influencé par des facteurs génétiques majeurs (XX/XY), des facteurs génétiques mineur (sur les autosomes : LG3, LG23) et la température. Au cours des dernières années, de nombreuses ressources génomiques ont été progressivement développées (Bac End Sequences, Expressed sequence Tag, physical map, RH map…). Dans ce travail de thèse nous avons cherché à identifier, par des approches in silico, des gènes liés au sexe, en nous intéressant, en particulier, à ceux localisés sur LG3. Nous avons divisé notre travail en deux étapes. La première recouvre des travaux préliminaires de collecte et de comparaison d'informations existantes. Elle s'est concrétisée par la création d'une carte physique comparée entre le génome complet de l'épinoche et des BES du tilapia ainsi que d'une carte RH du tilapia. La deuxième étape porte sur l'analyse du chromosome correspondant au LG3 (Chr3). Nous avons pu grâce aux méthodes, outils et données développés lors de la première étape, reconstituer le Chr3, l'annoter et faire une liste de gènes impliqués dans la cascade du sexe chez le tilapia du NilTilapias (Oreochromis spp.) are the second most important fish group in aquaculture and a primary source of animal protein for millions of people in developing countries. Indeed, Tilapias have most of the qualities required in aquaculture such as a good growth-rate and resistance to diseases. Nevertheless, their early and constant reproduction leads to tank overpopulation and dwarfism of individuals. To overcome this, new sex controlling methods (genetics and temperature) are being studied to better understand the sex determination in tilapia. Sex determination in tilapia is complex since sex is influenced by major genetic factors (XX/XY), minor genetic factors (on an autosome: LG3, LG23) and temperature factors. Over the past years a great effort has been done to increase the genomic tools in tilapia by obtaining data on Bac End Sequences (BES), Expressed Sequence tags (EST), physical map, RH map.... The objective of our work is to identify, by in silico approaches, genes associated to sex, especially the ones located on the linkage group LG3. We divided our work in two steps. The first work is to collect heterogeneous and available information existing on tilapia using comparative genomic analyses. This step led to the creation of a comparative physical map between the complete genome of stickleback and the BES of tilapia along with a tilapia RH map. The second step is to analyse the chromosome corresponding to the LG3 (Chr3). Using methods, tools and data developed during the first step, we recreated the Chr3, annotated it and listed the genes involved in the sex cascade in Nile tilapia
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Peron, Sophie. "Caractérisation moléculaire des déficits immunitaires héréditaires liés à un défaut de la commutation isotypique des immunoglobulines." Paris 7, 2008. http://www.theses.fr/2008PA077109.
Abstract:
La generation du repertoire des anticorps s'effectue en deux etapes: la generation du repertoire primaire dans la moelle osseuse et celle du repertoire secondaire dans les organes lymphoïdes secondaires. Dans les organes lymphoïdes secondaires, l'activation des lymphocytes b par l'antigene (ag) sous la dependance des lymphocytes t aboutit a la generation des centres germinatifs dans lesquels les deux evenements majeurs de la maturation terminale des anticorps interviennent: la commutation isotypique (csr) permettant la production d'immunoglobulines (ig) d'isotypes diversifies, et la generation des mutations somatiques des regions variables (v) des ig (shm). Des anomalies de la voie de maturation terminale des lymphocytes b resultent en des deficits immunitaires primitifs rares caracterises par un defaut de csr associe ou non a un defaut des shm. Parmi les defauts de csr dus a un defaut intrinseque du lymphocyte b, les defauts en activation-induced cytidine deaminase (aid) et en uracil-n glycosylase (ung) ont mis en evidence le role majeur de aid dans la maturation des anticorps. Cependant, la plupart des defauts de csr dus a un defaut intrinseque du lymphocyte b restent de cause moleculaire inconnue et ont fait l'objet de notre etude pendant cette these. Nous avons caracterise deux nouveaux defauts de csr : l'un lie a un defaut en pms2, l'autre associe a une anomalie de la reparation de l'adn. La definition moleculaire des differents defauts de csr presente un interet en clinique humaine et permet une meilleure comprehension des mecanismes complexes de la maturation des anticorps chez l'hommeAntibody diversity generation occurs in two steps: the primary antibody repertoire is generated in the fetal liver and in the bone marrow by means of the v(d)j recombination process and the secondary antibody repertoire is shaped in secondary lymphoid organs. The terminal maturation of b lymphocytes occurs in the germinal centers of the secondary lymphoid organs following antigen (ag) and t-cell-driven activation. Two major events take place: class switch recombination (csr) resulting in the production of immunoglobulin (ig) of different isotypes and somatic hypermutations (shm). Defects in the terminal maturation of b cells result in ig-csr deficiencies. Ig-csr deficiencies are rare primary immunodeficiencies characterized by a defective ig-csr variably associated with defective shm. Activation-induced cytidine deaminase (aid) and uracil-n glycosylase (ung) deficiencies have established the major role of aid in antibody maturation. Meanwhile, most cases of intrinsic b-cell defects responsible for ig-csr deficiencies are not due to aid or ung deficiencies and are related to unknown molecular basis. The major aim of my thesis was to contribute to the molecular characterization of these immunodeficiencies. We have characterized two new ig-csr deficiencies: the first one is due to pms2 deficiency, the second is assosiated with defective dna repair. The ongoing delineation of inherited ig-csr deficiencies is essential from a medical point of view and contributes to a better understanding of the complex mechanisms underlying antibody maturation in humans
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Couvert, Philippe. "Physiopathologie moléculaire des retards mentaux syndromiques et non spécifiques liés à des mutations du gène MECP2." Paris 5, 2002. http://www.theses.fr/2002PA05CD07.
Abstract:
Le syndrome de Rett (SR) est une encéphalopathie progressive sévère touchant presque exclusivement les filles avec une prévalence de 1 cas sur 15000 naissances féminines. Défini par des critères cliniques précis, le SR typique se caractérise par un développement initial apparemment normal, suivi d'une perte progressive des fonctions psychomotrices. Cinq variants cliniques de SR ont étés définis, qui diffèrent du SR typique par la chronologie et/ou la sévérité des symptôme. Des mutations du gène MECP2,localisé en Xq28, ont été identifiées chez des patients présentant un SR typique, un variant clinique du SR chez des garçons souffrant d'encéphalopathies néonatales sévères. Nous avons identifié des mutations de MECP2 chez environ 65% des patientes (30/46) présentant un syndrome de Rett typique. Le développement d'une stratégie d'amplification par PCR allèle spécifique nous a alors permis de montrer dans la majorité des cas, les mutations de novo de MECP2 se produisaient sur le chromosome d'origine paternelle, raison principale pour laquelle seules les filles étaient touchées par le syndrome de Rett. Devant l'hétérogénéité phénotypique des mutations de MECP2, nous avons recherché des mutations de ce gène chez les garçons atteints de retard mental non syndromique. Des mutations faux-sens, différentes de celles retrouvées dans les cas de SR, ont été identifiées chez des garçons présentant un retard mental isolé sporadique. Afin d'essayer de savoir si la physiopathologie de ces retards mentaux était semblable à celle du SR, nous nous sommes intéressés aux conséquences de ces mutations sur la capacité de MeCP2 à lier l'ADN méthylé in vitro. Les résultats observés montrent que la mutation R453Q augmente l'affinité de MeCP2 pour l'A2DN méthylé. Le retard mental isolé lié à cette mutation pourrait donc être la conséquence d'une répression transcriptionnelle accrue de MeCP2.
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Fauconnier, Alain. "L'invasine, produit du gène inv de Yersinia enterocolitica :analyse fonctionnelle de la protéine et des déterminants codés par les gènes flagellaires liés à inv." Doctoral thesis, Universite Libre de Bruxelles, 1995. http://hdl.handle.net/2013/ULB-DIPOT:oai:dipot.ulb.ac.be:2013/212545.
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Boudry, Pierre. "Le rôle des ARN non codants dans le contrôle de processus liés à la pathogenèse chez Clostridium difficile." Sorbonne Paris Cité, 2015. http://www.theses.fr/2015USPCC156.
Abstract:
Clostridium difficile est la cause la plus fréquente de diarrhée nosocomiale dans le monde. Nos précédentes données suggèrent fortement l'importance des mécanismes basés sur les ARN pour la modulation de l'expression de gènes. Afin de comprendre la fonction de la protéine chaperonne d'ARN Hfq, nous avons construit et caractérisé une souche déplétée pour Hfq. Conformément aux phénotypes observés, l'analyse transcriptomique révèle des effets pléiotropiques lors de la déplétion de Hfq sur l'expression des gènes, parmi lesquels des gènes codant pour des protéines impliquées dans la sporulation, la réponse au stress, des protéines de parois et des régulateurs transcriptionnels. Un grand nombre de gènes appartenant au régulon SigK, un facteur a spécifique de la sporulation, sont surexprimés lors de la déplétion de Hfq. RCd1 est un ARN régulateur liant Hfq avec une haute affinité in vitro et in vivo. Nos résultats suggèrent que RCd1 contrôle l'expression de SigK par inhibition de l'excision de l'élément skie', un prophage cryptique inséré dans le gène sigK. Cet entéropathogène est exposé à de multiples éléments génétiques exogènes au sein du microbiote intestinal. Les systèmes CRISPR-Cas basé sur des ARN non codant, permettent aux bactéries de s'adapter aux éléments génétiques étrangers. Nos données révèlent l'expression et la maturation des ARN CRISPR fournis par les différents loci. Grâce à des expériences de conjugaison de plasmide et des expériences de transformation chez un hôte hétérologue, Escherichia coli, nous avons démontré une interférence active des systèmes CRISPR-Cas. Ainsi, cette thèse met en évidence la caractérisation et l'identification de mécanismes médié par ARN non-codant chez cet entéropathogèneClostridium difficile is the cause of most frequently occurring nosocomial diarrhea worldwide. Our previously data strongly suggest the importance of RNA-based mechanisms for the control of gene expression in C. Difficile. In an effort to understand the function of the RNA chaperone protein Hfq, we constructed and characterized an Hfq-depleted strain. In accordance with observed phenotypes, the transcriptome analysis revealed pleiotropic effects of Hfq depletion on gene expression, including genes encoding proteins involved in sporulation, stress response, metabolic pathways, cell wall-associated proteins, transporters, and transcriptional regulators. Remarkably, a great number of genes of the regulon dependent on sporulation-specific sigma factor, SigK, were upregulated in the Hfq¬depleted strain. We found a regulatory RNA, named RCd1, binding Hfq with a high affinity in vitro and in vivo. Our results suggest that RCd1 control SigK expression by the inhibition of skie element excision, a sigk disrupting cryptic prophage. As an enteropathogen, C. Difficile must be exposed to multiple exogenous genetic elements in bacteriophage-rich gut communities. CRISPR-Cas systems based on non-coding RNA, allow bacteria to adapt to foreign genetic invaders. Our data revealed active expression and processing of CRISPR RNAs from multiple type I-B CRISPR arrays. Through plasmid conjugation experiments and plasmid transformation experiments in a heterologous host, Escherichia coli, we demonstrate a defensive function of the CRISPR-Cas system. Altogether, this thesis provides characterization and identification of non-coding RNA—based mechanisms in this emergent enteropathogen
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Ouédraogo, Tinga Jérémy. "Construction d'une carte de liaison génétique du niébé, Vigna unguiculata L. (Walp.) et identification de marqueurs AFLP liés aux gènes de résistance au Striga gesnerioides (Willd.) Vatke." Thesis, National Library of Canada = Bibliothèque nationale du Canada, 2001. http://www.collectionscanada.ca/obj/s4/f2/dsk3/ftp04/NQ60781.pdf.
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Pontiroli, Alessandra. "Devenir de l'ADN transgénique dans les environnements liés à la plante et au sol : implications potentielles dans les transferts horizontaux de gènes entre plantes transgéniques et bactéries." Lyon 1, 2006. http://n2t.net/ark:/47881/m6bk19s3.
Abstract:
Les transferts latéraux d'information génétique sont reconnus comme étant la force majeure de l'évolution des bactéries leur ayant permis de coloniser la grande majorité des écosystèmes de la biosphère. Les mécanismes impliqués dans ces transferts de gènes sont la transduction, la conjugaison et la transformation. Aujourd'hui, ce sont ces mécanismes qui assurent aux bactéries un potentiel adaptatif conséquent vis à vis de différents stress liés aux pollutions chimiques par des composés xénobiotiques ou à l'usage massif des antibiotiques. Les transferts latéraux de gènes sont aussi responsables de la défiance généralisée vis à vis de nouvelles technologies comme la bio-ingénierie végétale, pouvant être à l'origine de la dispersion par transformation naturelle, des transgènes des plantes transgéniques vers les bactéries du sol. Ce dernier processus se caractérise par une certaine universalité, les bactéries pouvant acquérir des gènes d'autres microorganismes plus ou moins proches phylogénétiquement ou même d'eucaryotes comme des plantes. Le projet de recherche a spécifiquement porté sur l'étude du devenir de l'ADN végétal transgénique dans l'environnement et de ses interactions avec le microbiote. A cette fin ont été utilisés des plants de tabac transplastomique caractérisés par leur nombre très élevé de copies du transgène par cellule et plusieurs approches complémentaires de microbiologie et de biologie moléculaire afin de retracer les différents niveaux d'interaction entre l'ADN végétal et les bactéries de la phytosphère et du sol. Nos travaux ont permis de déterminer le niveau de persistance des molécules d'ADN libérées dans le sol par la plante en décomposition et le maintien du potentiel biologique de cet ADN vis à vis de la microflore tellurique. Différentes niches écologiques particulièrement favorables aux transferts horizontaux des gènes entre la plante et les procaryotes ont été identifiées. C'est notamment le cas des tissus végétaux en décomposition (la residusphère) qui offrent les conditions nécessaires pour la croissance bactérienne et le développement physiologique d'un état de compétence génétique. Ces travaux confirment que certaines conditions environnementales peuvent être très favorables aux échanges de gènes entre bactéries et permettre, le cas échéant, une dissémination des transgènes végétaux vers la microflore environnementaleHorizontal gene transfers (HGT) are considered as the major force of bacterial evolution, which allowed for the colonisation of most ecosystems of the biosphere. Mechanisms implied in such gene transfers are transduction, conjugation and natural transformation. Today, these mechanisms endow bacteria with an adaptive potential ensuing from different stress linked to chemical pollution by xenobiotics or massive antibiotic utilisation. HGT are also responsible for societal concerns about new technologies such as plant bioengineering, being held responsible of the dissemination of transgenes via natural transformation from transgenic plants to soil bacteria. This last HGT process is characterized by some universality, since bacteria may acquire genes of other microorganisms more or less phylogenetically related or even from eukaryotes such plants. This thesis project focused on the study of the fate of plant transgenic DNA in the environment and of its interactions with the microbiota. To this aim transplastomic tobacco plants, characterized for an extremely high transgene copy number per cell, and several complementary microbiological and molecular biological approaches have been used, to track the different levels of interaction between plant DNA and bacteria dwelling in the phytosphere or in soil. Our work allowed to determine the degree of persistence of DNA molecules released into soil by the decaying plant and of the maintenance of the DNA biological potential vis- à -vis the telluric microflora. Several ecological niches particularly favourable to horizontal gene transfer between plant and prokaryotes have been identified. This is paradigmatic in the case of decaying plant tissues (the residuesphere) which provided conditions conducive to bacterial growth and competence development. This work confirms that certains environmental conditions might be highly favourable for genetic exchange between bacteria and potentially allow the dispersion of plant transgenes towards the environmental microflora
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Tollot, Marie. "Recherche de gènes fongiques codant des facteurs de transcription liés à l'établissement de la symbiose mycorhizienne à arbuscules : identification et caractérisation du gène GintSTE de Glomus intraradices." Dijon, 2009. http://www.theses.fr/2009DIJOS006.
Abstract:
GintSTE, le premier facteur de transcription (FT) de type STE12 identifié chez un champignon mycorhizogène à arbuscules (MA) (Glomus intraradices), est proche des FT STE12 de champignons filamenteux et serait conservé au sein des Gloméromycètes. GintSTE est induit au cours de la germination des spores et dans les structures fongiques extraradiculaires pendant l'étape de pénétration des racines des plantes hôtes. GintSTE restaure la croissance invasive d’un mutant ste12Δ de levure ainsi que la pénétration dans les tissus végétaux d’un mutant clste12Δ du champignon phytopathogène hémibiotrophe Colletotrichum lindemuthianum, indiquant une possible conservation des mécanismes de colonisation des tissus végétaux chez les champignons symbiotiques et pathogènes. GintSTE pourrait donc être impliqué dans le contrôle de la morphogenèse symbiotique précoce des champignons MA, et en particulier dans l’étape de pénétration dans les tissus racinaires à partir des appressoria. Des séquences cibles de GintSTE chez G. Intraradices ont été identifiées par simple hybride inversé. Elles contiennent des éléments régulateurs proches de ceux reconnus par STE12 chez la levure (PRE, Pheromone Responsive Element), capables d’interagir avec une protéine GintSTE recombinante in vitro. La disposition des sites de type PRE indique que GintSTE pourrait réguler simultanément l’expression de plusieurs gènes via des modules de régulation distaux de types « enhancers ». Certains homologues de gènes régulés par STE12 chez la levure, et impliqués dans la synthèse de paroi et de membrane ainsi que la morphogenèse ou la réponse au stress, pourraient être des cibles de GintSTEThe transcription factor GintSTE, the first STE12 homologue to be identified in a mycorrhizal fungus (Glomus intraradices), is similar to other STE12 proteins from filamentous fungi and seems to be conserved among the Glomeromycota. GintSTE is induced during spore germination and its expression increases in extraradical fungal structures upon penetration of the rhizodermis. Moreover, GintSTE can restore invasive growth of an ste12Δ yeast mutant as well as penetration of host tissues by a clste12Δ mutant of the hemibiotrophic plant pathogen Colletotrichum lindemuthianum, suggesting that symbiotic and pathogenic fungi may share common determinants for invasion of plant tissues. GintSTE could thus be involved in the control of the early symbiotic morphogenesis and in particular in the process of penetration of plant tissues by AM fungi. Sequences targeted by GintSTE have been identified from reverse one-hybrid yeast experiments. They contain regulating elements closely related to those recognized by STE12 in yeast (PRE, Pheromone Responsive Element) which are able to interact with a recombinant GintSTE protein in vitro. The organization of PRE sites indicate that GintSTE may simultaneously regulate the expression of distinct genes by interacting with distal regulating modules of enhancer type. Homologues of the yeast STE12-regulated genes involved in plasma membrane and cell wall synthesis, morphogenesis control or stress responses could be regulated by GintSTE in G. Intraradices
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Makhlouf, Mélanie. "Etude du réseau de régulation de Xist/XIST : caractérisation d'un rôle conservé de YY1 dans la supression mono-allélique de ce gène." Paris 7, 2012. http://www.theses.fr/2012PA077142.
Abstract:
Chez les mammifères, le développement embryonnaire précoce des femelles s'accompagne de Tinactivation transcriptionnelle d'un de leurs deux chromosomes X. Ce processus est initié par un ARN non codant, Xist, à la suite de son expression mono-allélique. Chez la souris, si des éléments impliqués dans l'activation de Xist commencent à être identifiés, les mécanismes moléculaires sous-tendant sa régulation allélique différentielle restent largement incompris. Mon travail de thèse a consisté à identifier des facteurs impliqués directement dans le contrôle de l'expression asymétrique de Xist/XIST aussi bien chez la souris que chez l'humain. Par une approche combinée d'immunoprécipitation de chromatine et d'ARN interférence, j'ai pu mettre en évidence un rôle clé de YY1 dans l'activation transcriptionnelle de Xist. J'ai pu également montrer que YY1 était nécessaire à une initiation correcte de l'inactivation ainsi qu'au maintien de l'expression de Xist dans les cellules différenciées. YY1 lie Pallèle actif de Xist et cette liaison mono-allélique dépend de la méthylation de l'ADN. En outre, l'étude du profil de liaison de YY1 ainsi que des effets de la réduction des niveaux protéiques dans les cellules humaines m'ont permis de constater la conservation de la fonction de YY1 chez l'humain. Finalement, des analyses bioinformatiques indiquent que cette conservation semble s'étendre à d'autres mammifères euthériens. Mon travail de thèse a permis la caractérisation du premier activateur transcriptionnel de Xist/ XIST jouant un rôle dans régulation allélique de dernier. Il pose les bases moléculaires d'un réseau de contrôle commun aux mammifères placentaires, qui jusqu'à présents semblaient adopter des stratégies divergentes pour accomplir la mise en place d'un même mécanisme de compensation de doseIn female mammals, early embryonic development is accompanied by the transcriptional inactivation of one of the two X chromosomes. The latter process strictly relies on the monoallelic upregulation ofXist, a long non-codinig RNA. Although several Xist activating elements have been recently identified in mouse, the molecular mechanisms underlying Xist differential allelic regulation remain poorly understood. My PhD project aimed at identifying factors directly involved in the control of Xist/XIST asymmetric expression in both mouse and human. Using chromatin immunoprecipitation and RNA interference, I uncovered a key role for YY1 in the transcriptional activation ofXist. I also showed that YY1 was necessary for the proper initiation of inactivation as well as for the maintenance of Xist expression in differentiated cells. YY1 binds exclusively the active Xist alle le. This monoallelic binding appears to be DNA-methylation dependent. Importantly, the characterization of YY1 binding profiles in human cells, in addition to knockdown experiments revealed a conserved function of YY1 in human. Ultimately, our bioinformatics analysis predicted that this conservation broadens to other eutherian mammals. My PhD work allowed thé characterization of thé first transcriptional activator of Xist/XIST involved in an allelic régulation. It defines the molecular basis of a common regulatory network between placental mammals, which appeared up to now to adopt divergent strategies for achieving the establishment of a same dosage compensation mechanism
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Fabre, Odile. "Rôle de l'endoribonucléase latente (RNase L) dans l'immunité innée et l'inflammation chronique lors du développement de l'insulinorésistance." Thesis, Montpellier 1, 2013. http://www.theses.fr/2013MON13506.
Abstract:
L'insulinorésistance, caractérisée par l'incapacité des organes impliqués dans le métabolisme énergétique (tissu adipeux, muscles squelettiques et foie) à répondre à l'insuline, tient une place centrale dans la physiopathologie des complications métaboliques de l'obésité. L'apparition d'une insulinorésistance chez un sujet obèse est plurifactorielle et les mécanismes moléculaires impliqués ne sont à ce jour pas complètement élucidés.L'expansion majoritairement hyperplasique du tissu adipeux conduit à une hypoxie et un stress des adipocytes, induisant un relargage accru de cytokines inflammatoires et d'acides gras libres (AGL). Les AGL se fixent eux-mêmes sur les récepteurs toll-like (TLRs) de l'immunité innée, dont l'activation aboutit également à la sécrétion de cytokines inflammatoires. Ces AGL et cytokines, véhiculés par la circulation systémique, contribuent, avec la coopération des macrophages infiltrant le tissu adipeux, au développement d'une inflammation chronique de bas grade. Ainsi, les perturbations de l'homéostasie énergétique, associées à une activation du système immunitaire sont à l'origine d'une atteinte globale de la sensibilité à l'insuline de l'organisme, particulièrement délétère au métabolisme musculaire.Cette étude porte sur le rôle d'un effecteur de l'immunité innée, l'endoribonucléase latente (RNase L), dont l'expression est régulée par les interférons de type I et l'activation, par un oligoadénylate, le 2-5A. La RNase L clive les ARNs cellulaires conduisant à l'inhibition spécifique de l'expression de certains gènes. Nous montrons par ce travail l'implication de la RNase L dans le contrôle de la différenciation cellulaire et la pathogenèse de l'insulinorésistance associée à l'obésité, via la régulation des voies de l'inflammation au niveau des tissus adipeux et musculaireInsulin resistance, which is characterized by the incapacity of organs involved in the energetic metabolism (adipose tissue, skeletal muscles and liver) to respond to insulin, has a central place in the pathophysiology of the metabolic complications associated to obesity. The onset of insulin resistance in obese subjects is multifactorial and the molecular mechanisms involved have not yet been completely elucidated.The mainly hyperplasic expansion of white adipose tissue leads to hypoxia and stress in adipocytes, inducing an increased release of inflammatory cytokines and free fatty acids (FFA). FFA bind and activate the toll-like receptors (TLR) of the innate immunity system, leading to the secretion of inflammatory cytokines. These FFA and cytokines, taken by the systemic circulation, contribute, with the cooperation of macrophages infiltrating the adipose tissue, to the development of a chronic low-grade inflammation. Thus, the disturbances of the energetic homeostasis, associated with an activation of the immune system cause a global impairment of insulin sensitivity of the body, with particularly deleterious effects on muscular metabolism.This study focuses on the role of an effector of innate immunity, the latent endoribonuclease (RNase L). RNase L expression is regulated by type I interferons and is activated by the 2-5A oligoadenylate. RNase L splits cellular RNA, thus leading to the specific inhibition of the expression of certain genes. In this study, we demonstrate the implication of RNase L in the control of cell differentiation and the pathogenesis of obesity-associated insulin resistance, via the regulation of inflammatory pathways in the adipose and muscular tissues
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Zhang, Zhe. "In silico modeling the effect of single point mutations and rescuing the effect by small molecules binding." Paris 7, 2013. http://www.theses.fr/2013PA077054.
Abstract:
Le polymorphisme d'un seul nucléotide (SNP, single-nucleotide polymorphism) est la variation (polymorphisme) d'une seule paire de bases du génome, entre individus d'une même espèce. Une forme non synonyme ou une mutation faux sens est une mutation ponctuelle dans laquelle un nucléotide d'un codon est changé, induisant le changement de l'acide aminé associé. Ceci peut affecter la fonction de la protéine et provoquer des pathologies par perturbation du site actif, déstabilisation de la structure ou des interactions protéine-protéine, entre autres, et pour cela cette étude est focalisée sur des mutations faux sens. Le syndrome de Snyder Robinson (SRS) est un cas particulier d'un syndrome génétique lié au chromosome X qui est provoqué par quatre mutations découvertes dans la spermine synthase (SMS). Nous avons développé une approche rationnelle in slico pour analyser l'impact de ces mutations sur la structure et la fonction de la SMS. De plus, nous avons appliqué une approche de criblage virtuel « structure-based » afin d'identifier de petites molécules qui seraient capable de stabiliser le dimère et ainsi de restaurer son activité enzymatique normaleSingle-point mutation in genome, for example, single-nucleotide polymorphism (SNP) or rare genetic mutation, is the change of a single nucleotide for another in the genome sequence. Some of them will result in an amino acid substitution in the corresponding protein sequence (missense mutations); others will not. This investigation focuses on genetic mutations resulting in a change in the amino acid sequence of the corresponding protein. This choice is motivated by the fact that missense mutations are frequently found to affect the native function of proteins by altering their structure, interaction and other properties and cause diseases. Particular disease is the Snyder-Robinson syndrome (SRS), which is an X-linked mental retardation found to be caused by missense mutations in human spermine synthase (SMS). In this thesis, a rational approach to predict the effects of missense mutations on SMS wild-type characteristics was carried. Following this work, a structure-based virtual screening of small molecules was applied to rescue the disease-causing effect by binding the small molecules to the corresponding malfunctioning SMS mutant
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Zhang, Xing. "Exploring fungal virulence using C. elegans." Thesis, Aix-Marseille, 2020. http://theses.univ-amu.fr.lama.univ-amu.fr/200924_ZHANG_406xehco6dvggp718z420kj_TH.pdf.
Abstract:
Parmi les candidats figuraient plusieurs entérotoxines thermolabiles, une famille de protéines qui est élargie dans le génome de D. coniospora par rapport à d'autres champignons pathogènes. Nous nous sommes concentrés sur 3 (DcEntA-C). L'expression de DcEntA et de DcEntB, mais pas de DcEntC, rendait les vers malades et plus sensibles à l'infection. Normalement, l'infection par D. coniospora provoque l'induction de l'expression de gènes codant des peptides antimicrobiens des familles nlp et cnc. Il est intéressant de noter que l'expression de la seule entérotoxine DcEntA a bloqué la transcription des gènes nlp et cnc. DcEntA a agi en inhibant la translocation nucléaire du facteur de transcription STAT STA-2, nécessaire à l'expression des gènes de défense. Nous avons démontré que cet effet était spécifique car DcEntA a induit une forte expression d'un gène inductible par une infection indépendante de STA-2. En revanche, les vers exprimant l'entérotoxine DcEntB présentaient une élévation de l'expression de nlp-29 dépendante de STA-2. DcEntB est localisé au niveau du nucléole et affecte la taille et la morphologie du nucléole. La base moléculaire de ces différences et l'importance relative de ces facteurs au cours de l'infection ont été étudiées en détail. Notre résultat révélé la complexité des stratégies de virulence fongique. Globalement, en disséquant le mode d'action des différents facteurs de virulence, cette étude nous a permis de mieux comprendre la pathogénie fongique et la course évolutive entre l'hôte et l'agent pathogèneAmong the candidates were several heat-labile enterotoxins, a protein family that is expanded in the genome of D. coniospora compared to other pathogenic fungi. We focused on 3 (DcEntA-C). Expression of DcEntA and DcEntB, but not DcEntC made worms sick and more susceptible to infection. Normally, D. coniospora infection provokes the induction of expression of antimicrobial peptide genes of the nlp and cnc families. Interestingly, expression of the single enterotoxin DcEntA blocked the transcription of both nlp and cnc genes. DcEntA acted by inhibiting the nuclear translocation of the STAT transcriptional factor STA-2, required for defence gene expression. We demonstrated that this effect was specific as DcEntA induced high expression of a STA-2-independent infection-inducible gene. In contrast, worms expressing the enterotoxin DcEntB exhibited a STA-2 dependent elevation of nlp-29 expression. DcEntB was localized to the nucleolus and affected nucleolus size and morphology. The molecular basis of these differences and the relative importance of these factors during infection was explored in detail. Our result revealed the complexity of fungal virulence strategies. Overall, by dissecting the mode of action of different virulence factors, this study allowed us to understand better fungal pathogenesis and the evolutionary arms race between host and pathogen
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Poonlaphdecha, Srisupaph. "Recherche et caractérisation de gènes exprimés dans les gonades et le cerveau d'Oreochromis niloticus, utilisables comme marqueurs liés au sexe pour la production de populations monosexes mâles par des approches respectueuses de l'environnement." Thesis, Montpellier 2, 2010. http://www.theses.fr/2010MON20223.
Abstract:
La connaissance et la maîtrise du déterminisme du sexe et de la différenciation sont des défis majeurs pour la production de tilapia. L'élevage de populations monosexes mâles évite les effets négatifs d'une reproduction continue et profite de la meilleure croissance des mâles. Dans le contexte d'une aquaculture durable, le développement de stratégies alternatives et écologiques est nécessaire pour le contrôle du sexe du tilapia sans avoir recours aux approches hormonales. Ces alternatives reposent sur des approches génétiques ou environnementales, en utilisant l'effet masculinisant des températures élevées appliquées au cours de la différenciation sexuelle. Dans cette thèse la recherche de gènes impliqués dans la différenciation sexuelle a été réalisée dans les gonades et le cerveau en utilisant l'analyse de certains gènes candidats. L'objectif était de développer des marqueurs putatifs pour produire des populations monosexes mâles par des approches respectueuses des consommateurs et de l'environnement. Les expressions temporelles et spatiales de cyp19a1a, cyp19a1b, FOXL2, dmrt1, SOX9, DAX1 et amh ont été analysées dans plusieurs descendances de mâles ou des femelles génétiques ainsi que dans des femelles traitées à fortes températures. Leur lien avec les masculinisations par la températ ure a également été recherché sur des lignées thermosensibles de tilapia. L'un des gènes qui présente un dimorphisme sexuel important est l'amh qui est exprimé aussi bien dans les gonades que dans le cerveau pendant les premiers stades de la différenciation sexuelle. Le niveau d'expression de l'amh dans le cerveau est élevé chez les mâles quand les gonades sont toujours indifférenciées et probablement même avant la synthèse des stéroïdes gonadique. Une procédure de sexage moléculaire précoce a été développée en utilisant ce gène chez le tilapia. Cette procédure sera d'un grand intérêt pour les éleveurs et les scientifiques pour identifier rapidement des individus YY mâles avec un gain en temps et en argent, et pourra être utilisée également pour rechercher d'autres approches fiables de production de populations monosexes mâles sans l'utilisation des hormonesKnowledge and the control of sex determination and differentiation are major challenges for tilapia production. Farming of male monosex populations avoids the negative effects of a continuous reproduction and benefits from males' fast growth. In the context of a sustainable aquaculture, alternative and ecological strategies have to be developed to control sex in tilapia without hormonal treatment. These approaches will rely on genetic and environmental treatments, such as the use of masculinising high temperatures applied during sex differentiation. The search for genes implicated in sex differentiation has been performed in both gonads and brains using the analysis of candidate genes. The objective was to develop putative markers to produce male monosex populations through consumer and environmentally friendly approaches. Temporal and organ expressions of cyp19a1a, cyp19a1b, foxl2, dmrt1, sox9, dax1 and amh were analysed in several progenies o f genetic males or females as well as in temperature-treated individuals. Their link with temperature masculinisation was also performed on the thermosensitive tilapia lines. One of the sexual dimorphic genes was amh which was found expressed in both gonads and brains during early stages of sex-differentiation. Brain amh was elevated in males when the gonads were still undifferentiated and probably before steroid synthesis took place. A precocious molecular sexing procedure was developed in tilapia using this gene. This procedure will be of great advantage for both farmers and scientists in identifying quickly male individuals and in finding reliable male monosex approaches not using hormones
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Boury, Stéphane. "Développement chez le chou-fleur (Brassica oleracea var. Botrytis L. ) de techniques et méthodologies de recherche de marqueurs moléculaires génétiquement liés à des gènes d'intérêt : pertinence en création variétale (Sélection Assistée par Marqueurs)." Brest, 2007. http://www.theses.fr/2007BRES2022.
Abstract:
Le chou-fleur est l’une des principales cultures légumières de Bretagne, première région légumière de France, et largement leader de la production nationale de ce légume (75%). A ce titre, et pour maintenir cette place, les producteurs régionaux, aidés notamment par leurs collectivités territoriales, se sont dotés d’un centre de recherche appliquée, BBV (Bretagne Biotechnologie Végétale), chargé du transfert de technologie, depuis le secteur de la recherche académique (collaborations avec l’INRA, les Universités et le CNRS), vers le monde agricole. C’est dans ce cadre qu’a été réalisé le présent travail de thèse, qui avait pour but de développer chez le chou-fleur, les principales techniques et stratégies d’obtention de marqueurs moléculaires génétiquement liés à des gènes d’intérêt. Ceci devait nous permettre de mettre en place une démarche de Sélection Assistée par Marqueurs (SAM), afin de soutenir la création des nouvelles variétés de chou-fleur. Ainsi, les travaux réalisés ont consisté à rechercher des marqueurs liés à différents gènes (nucléaires) contrôlant chacun la stérilité mâle chez le chou-fleur (caractère évitant l’autofécondation lors de la production des semences des variétés hybrides F1), en utilisant des «Lignées Quasi-Isogéniques », ou par «Bulked Segregant Analysis ». Des marqueurs étroitement liés aux 3 gènes étudiés ont ainsi été obtenus, et sont maintenant utilisés en SAM. De plus, les 3 gènes ont pu être localisés dans la carte génétique du chou-fleur: ils se situent sur un même groupe de liaison (chromosome), et 2 d’entre eux semblent allèles. En marge de ce projet concernant un caractère qualitatif; des travaux de recherche de QTLs ont pu être conduits pour un caractère quantitatif. A l’issue de ces différentes expériences, il nous est apparu que l’application de schémas de type BCAM (Back-Cross Assistés par Marqueurs) était très pertinente pour les caractères monogéniques (ou oligogéniques), mais qu’il nous fallait attendre l’apparition de nouvelles technologies, à haut débit et coûts limités, pour envisager chez le chou-fleur des programmes de SAM adaptés aux caractères polygéniques. Au-delà de l’utilisation des techniques de biologie moléculaire pour des études de liaison génétique, cette thèse nous a également permis d’acquérir un savoir-faire en traçabiité génétique (identification variétale des plantes et détection de microorganismes phytopathogènes)Cauliflower is one of the most important vegetable crops in Brittany, the leading vegetable producing area of France. The region produces 75% of the national crop. BBV (Bretagne Biotechnologie Végétale) is a centre for applied research with a mission for technology transfer from the academic research sector (close collaboration between BBV and INRA, Universities and CNRS) to the agricultural world. The creation of the centre was an initiative of vegetable growers in Brittany, supported by the local and regional authorities. Within this context, a major objective is te development of molecular markers and their application to cauliflower breeding (Marker Assisted Selection, MAS). In ibis PhD project, we used «Near-Isogenic lines» and «Bullced Segregant Analysis» for obtaining molecular markers linked to several cauliflower genes, each of them inducing malesterility (a trait winch suppress the self-fertilization of the female line during the F1 hybrid seed production). Markers closely linked to each of the 3 studied genes were obtained, and are now routinely used in breeding programs (MAS). Moreover, these 3 genes were located on the genetic map for cauliflower: ail are on the same linkage group (chromosome), and 2 of them seems to be alleles. Tins project dealt with a qualitative trait, but other work involving a QTL detection approach for a quantitative trait was also undertaken. The sum of these experiences convince us of the pertinence of applying schemes such as MABC (Marker Assisted Back-Crosses) when dealing with monogenic (or indeed oligogenic) traits in cauliflower breeding programmes. However, it will be necessary to await the emergeance of new (high throughput, low cost) technologies to be able to apply MAS to polygenic traits in cauliflower breeding. Besides te application of molecular markers to genetic linkage studies, this PhD project allowed us to acquire experience in fields such as cultivar identification and molecular detection of plant pathogens
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Häfner, Sophia Julia. "Study of X-inactivation independent functions of the conserved long noncoding RNA Ftx." Paris 7, 2014. http://www.theses.fr/2014PA077015.
Abstract:
Mon travail de thèse se focalise sur l'étude du 1ARNnc Ftx, dont le gène est situé dans le centre d'inactivation du chromosome X , région riche en gènes codant pour des IARNncs et responsable du processus d'inactivation du chromosome X chez les mammifères femelles. Le laboratoire a montré que l'expression de Ftx favorise l'expression des gènes voisins, lui conférant ainsi un rôle activateur dans le processus d'inactivation. Ftx est également exprimé dans l'organisme murin adulte, plus spécifiquement dans le cerveau, suggérant ainsi des fonctions indépendantes du processus d'inactivation. Ainsi, je me suis focalisée sur l'étude de l'implication potentielle d( Ftx dans le développement et/ou le fonctionnement du cerveau. L'expression de Ftx dans le cerveau est relativement homogène entre différentes régions, en revanche elle s'instaure que durant la période postnatale, plus précisément entre P7 et P21, où elle augmente brusquement. Cette période correspond à une importante phase de structuration du cerveau murin, à la fois en termes de myélination et de remaniement synaptique. Il est envisageable que Ftx participe à un de ces processus. En utilisant un modèle cellulaire basé sur des cellules souches embryonnaires murines sauvages et portant une délétion constitutive de Ftx, j'ai développé une technique de différenciation neurale in vitro. Malgré le fait que la perte de Ftx n'a pas d'impact majeur sur le potentiel de différenciation neurale des cellules, une analyse par puce ADN a révélé qu'elle induit une surexpression d'une grande quantité de gènes Hox. L'ensemble de ces travaux fortifient l'hypothèse initiale et donnent naissance à des pistes excitantesMy PhD project focuses on the study of the long RNAnc Ftx, whose gene is located in the X chromosome inactivation center, a region rich in genes encoding long RNAncs and in charge of the inactivation process of one X chromosome in female mammals. The team has shown that the expression of Ftx favors the expression of the neighboring genes, conferring it the role of an activator of the inactivation process. Ftx is also expressed in the adult murine organism, more specifically in the brain, suggesting thus functions independent of the inactivation process. As a consequence, I focused on the potential implication of Ftx in de development and/or the functions of the brain. Ftx expression in the brain is relatively homogeneous among different regions, although it is established only during the postnatal period, between P7 and P21, when it increases suddenly. This period corresponds to an important phase of restructuring of the murine brain like myelination and synaptic reorganization. Thus it is conceivable that Ftx takes part in one of these processes. Using a cellular model based on wild-type and Ftx-deleted mouse embryonic stem cells? I developed a technique of in vitro neural differentiation. Although the lors of Ftx does not impact in a visible way on the neural differentiation potential of the cells, an analysis by microarray revealed that it causes the overexpression of several Hox genes. These combined results reinforce the initial hypothesis and lay numerous exciting tracks
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Kanaan, Sami barna. "Facteurs de risque liés au chromosome X à l'origine de la prédominance des femmes dans la polyarthrite rhumatoïde." Thesis, Aix-Marseille, 2013. http://www.theses.fr/2013AIXM4112/document.
Abstract:
Comme dans la plupart des maladies auto-immunes une prédominance féminine est observée dans la polyarthrite rhumatoïde (PR). Le chromosome X, présent en 2 exemplaires chez la femme, est intéressant puisque beaucoup de gènes à fonctions immunitaires y sont localisés. Dans ce travail, nous montrons que certains de ces gènes peuvent augmenter leur nombre de copies quand l'individu vieillit. En outre, cette variation est spécifique au sexe avec une augmentation chez les hommes et l'inverse chez les femmes. D’autre part, alors que généralement les femmes inactivent aléatoirement (50:50) le chromosome X d’origine maternel ou X d’origine paternel, nous montrons un biais d’inactivation (≥ 80:20) chez les femmes atteintes de PR. De plus ce biais est préférentiellement associé à celles qui portent les gènes de susceptibilité à la maladie. Ces résultats soulignent l’importance du chromosome X dans le développement de l’auto-immunité et aident à la compréhension du biais féminin dans ces maladiesAs in many autoimmune diseases, a female predominance is observed in rheumatoid arthritis (RA). The X chromosome, present in 2 copies in females, is of particular interest as it contains many genes with immune functions. In this work, we show an increase with age in copy number of some X-linked genes in peripheral blood cells of men, healthy or with RA. Importantly, this increase is not observed in women. On the other hand, when in fact females generally randomly inactivate (50:50) either the paternally-derived or the maternally-derived X chromosome, we show a skewed inactivation (≥ 80:20) in women with RA. Moreover this skewing correlates preferentially with women carrying disease susceptibility genes. Altogether, our findings highlight the importance of this fascinating chromosome in the development of autoimmunity in a step forward to better understand female predilection to autoimmune diseases
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Fornuskova, Alena. "Genes of innate immunity and their significance in evolutionary ecology of free livings rodents." Phd thesis, Université Montpellier II - Sciences et Techniques du Languedoc, 2013. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-01021258.
Abstract:
Appropriate recognition of parasites is crucial for effective immune response, ensuring activation of adequate defence mechanisms. In vertebrates, it has frequently been demonstrated that genes encoding proteins involved in pathogen recognition by an adaptive immune system are often subject to intense selection pressures. On the contrary, much less information has been provided on the evolution of recognition mechanisms of innate immunity. The aim of this thesis is to describe the pattern of natural variation of innate immunity genes involved in pathogen recognition in rodents and to analyze the mechanisms of their evolution. We used murine rodents (subfamily Murinae) as a principal model group because they are potential reservoirs of various pathogens dangerous to humans. First, we studied the intraspecific variability of five bacterial sensing Toll-like receptors (TLR1, TLR2, TLR4, TLR5, and TLR6) in inbred strains derived from two subspecies of the house mouse (M. m. musculus, hereafter abbreviated as Mmm and Mus musculus domesticus, Mmd). Wild-derived inbred strains are suitable tools for studying variation of immunity genes because they provide information about alleles that occur in natural populations, and at the same time they occur at homozygous state. The most significant results include the findings of a stop codon in exon 2 of the Tlr5 gene in one Mmm strain and no variability in Tlr4 of Mmd. Following these results we decided to check whether the absence of Tlr4 polymorphism in Mmd reflects the pattern found in natural populations, or whether it is a consequence of insufficient sampling or subsequent breeding. We therefore sequenced Tlr4 in both subspecies across a large part of the Western Palearctic region (in total 39 Mmm and 62 Mmd individuals), then we compared these results with variability on mitochondrial DNA (cytochrome b). The result confirmed our prediction that observed variability in Mmd is strongly reduced also in free-living populations (compared to Mmm), probably due to strong purifying selection by pathogens with which they met during the westward colonization. However, the influence of random evolutionary processes (e.g. drift during bottlenecks) cannot be excluded based on our data. At the intraspecific level, we could not find any sign of positive selection. The last part of my dissertation is devoted to interspecific comparison of two receptors, TLR4 and TLR7. These two TLRs differ in the exposure and the ligands detection. TLR4 is an extracellular receptor detecting mainly bacterial ligands (especially lipopolysaccharides), while TLR7 is located inside the cell and detects ssRNA viruses. The aim of this part of the thesis was to describe variability of both receptors at the interspecific level and to reveal selection forces acting on TLRs in longer evolutionary time scale. In total we analyzed 23 rodent species of the subfamily Murinae in Europe, Asia and Africa. Our results suggest that purifying selection has been a dominant force in evolution of the Tlr4 and Tlr7 genes, but we also demonstrated that episodic diversifying selection has shaped the present species-specific variation in rodent Tlrs. Sites under positive selection were concentrated mainly in the extracellular domain of both receptors, which is responsible for ligand binding. The comparison between two TLRs lead us to the conclusion that the intracellular TLR7 is under much stronger negative selection pressure, presumably due to its interaction with viral nucleic acids.
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Muyle, Aline. "Évolution des chromosomes sexuels chez les plantes : développements méthodologiques et analyses de données NGS de Silènes." Thesis, Lyon 1, 2015. http://www.theses.fr/2015LYO10109/document.
Abstract:
Malgré leur importance dans le déterminisme du sexe chez de nombreux organismes, les chromosomes sexuels ont été étudiés chez quelques espèces seulement du fait du manque de séquences disponibles. En effet, le séquençage et l'assemblage des chromosomes sexuels est rendu très difficile par leurs abondantes séquences répétées. Durant cette thèse, une méthode probabiliste a été développée pour inférer les gènes liés au sexe à partir de données RNA-seq chez une famille. Des tests de cette méthode appelée SEX-DETector sur des données réelles et simulées suggèrent qu'elle fonctionnera sur une grande variété de systèmes. La méthode a inféré ∼1300 gènes liés au sexe chez Silene latifolia, une plante dioïque qui possède des chromosomes sexuels XY pour lesquels quelques données de séquence sont disponibles (dont certaines obtenues lors de cette thèse par séquençage de BACs). Les gènes du Y sont moins exprimés que ceux du X chez S. latifolia, mais le statut de la compensation de dosage (un mécanisme qui corrige la sous-expression des gènes liés au sexe chez les males) est encore controversé. L'analyse des nouveaux gènes liés au sexe inférés par SEX-DETector a permis de confirmer la compensation de dosage chez S. latifolia, qui est effectuée par la surexpression du X maternel, possiblement via un mécanisme epigénétique d'empreinte. Les données ont également été utilisées pour étudier l'évolution de l'expression biaisée pour le sexe chez S. latifolia et ont révélé que la majorité des changements de niveaux d'expression ont eu lieu chez les femelles. Les implications de nos résultats concernant l'évolution de la dioécie et des chromosomes sexuels sont discutésIn many organisms, sexes are determined by sex chromosomes. However, studies have been greatly limited by the paucity of sex chromosome sequences. Indeed, sequencing and assembling sex chromosomes are very challenging due to the large quantity of repetitive DNA that these chromosomes comprise. In this PhD, a probabilistic method was developed to infer sex-linked genes from RNA-seq data of a family (parents and progeny of each sex). The method, called SEX-DETector, was tested on simulated and real data and should performwell on a wide variety of sex chomosome systems. This new method was applied to Silene latifolia, a dioecious plant with XY system, for which partial sequence data on sex chromosomes are available (some of which obtained during this PhD by BAC sequencing), SEX-DETector returned ∼1300 sex-linked genes. In S. latifolia, Y genes are less expressed than their X counterparts. Dosage compensation (a mechanism that corrects for reduced dosage due to Y degeneration in males) was previously tested in S. latifolia, but different studies returned conflicting results. The analysis of the new set of sex-linked genes confirmed the existence of dosage compensation in S. latifolia, which seems to be achieved by the hyperexpression of the maternal X chromosome in males. An imprinting mechanism might underlie dosage compensation in that species. The RNAseq datawere also used to study the evolution of differential expression among sexes in S. latifolia, and revealed that in this species most changes have affected the female sex. The implications of our results for the evolution of dioecy and sex chromosomes in plants are discussed
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Raess, Matthieu. "Deciphering the functional and molecular differences between MTM1 and MTMR2 to better understand two neuromuscular diseases." Thesis, Strasbourg, 2017. http://www.theses.fr/2017STRAJ088.
Abstract:
MTM1 et MTMR2 sont 2 phosphatases de phosphoinositides appartenant à la famille des myotubularines, conservée pendant l’évolution. Bien qu’étant très similaires, des mutations dans MTM1 entraînent la sévère myopathie XLCNM alors que les mutations dans MTMR2 entraînent la neuropathie CMT4B. On ne comprend pas encore les bases moléculaires de cette spécificité de tissu, et il n’existe aucun traitement spécifique pour ces maladies. J’ai tout d’abord caractérisé l’activité des 2 isoformes endogènes de MTMR2, nommés MTMR2-L et MTMR2-S. J’ai démontré que la différence fonctionnelle entre MTM1 et MTMR2 s’explique principalement par l’extension N-terminale de MTMR2, et que l’isoforme MTMR2-S dépourvu de cette extension entraîne les mêmes phénotypes que MTM1. Ensuite, grâce à l’injection d’AAV dans les souris Mtm1 KO, j’ai démontré que l’expression exogène des isoformes de MTMR2, et surtout de MTMR2-S, améliore grandement l’atrophie musculaire, la force musculaire et les marqueurs histologiques de ces souris myopathiques. Ces résultats révèlent une première base moléculaire expliquant les spécificités fonctionnelles de MTM1 et MTMR2, et montrent que MTMR2 est une cible thérapeutique potentielle pour la myopathie XLCNMMTM1 and MTMR2 are 2 phosphatases of phosphoinositides that belong to the myotubularin family conserved through evolution. Despite their high level of similarity, mutations in MTM1 lead to the severe XLCNM myopathy while mutations in MTMR2 lead to the CMT4B neuropathy. The molecular bases for the surprising tissue-specific functions of these ubiquitously expressed proteins was unclear. Moreover, there is no specific therapy for these diseases.I first characterized the activity of the two naturally occurring isoforms of MTMR2, that we named MTMR2-L (long) and MTMR2-S (short). I found that the functional differences between MTM1 and MTMR2 reside mostly in the N-terminal extension of MTMR2-L, and that the endogenous MTMR2-S isoform lacking this N-terminal extension behaves similarly as MTM1. Then, using the myopathic Mtm1 KO mouse and AAV-mediated expression, I showed that exogenous expression of MTMR2 isoforms, and specifically of MTMR2-S, strongly improved the muscle atrophy, muscle force and the histological hallmarks of the myopathic mice. These data reveal a first molecular basis for the functional specificities of MTM1 and MTMR2, and highlight MTMR2 as a therapeutic target for XLCNM myopathy
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Liu, Yi. "Calcium-related fungal genes implicated in arbuscular mycorrhiza." Phd thesis, Université de Bourgogne, 2012. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00985826.
Abstract:
Fluctuations in intracellular (Ca2+) calcium levels generate signaling events and regulate different cellular processes. Whilst the implication of Ca2+ in plant cell responses during arbuscular mycorrhiza (AM) interactions is well documented, nothing is known about the regulation or role of this secondary meesenger in the fungal symbiont. The molecular basis of fungal calcium homeostasis in the AM symbiosis was analyzed by investigating the expression of Ca2+-related fungal genes. In a first study, G. mosseae genes putatively encoding a MAP3k-like protein kinase (Gm2) and a P-type ATPase (Gm152) were investigated. Both Ca2+-related genes were up-regulated by A. sinicum root exudates, suggesting a role in early interactions prior to symbiosis establishment. The full-length cDNA sequence of Gm152 obtained from germinating spores of G. mosseae confirmed its identity. The role of Ca2+ in fungal processes leading to establishment of an AM symbiosis was investigated in more detail in G. intraradices-M. truncatula interactions. Enhanced expression of genes encoding six membrane transport proteins and one nuclear protein kinase, selected from the G. intraradices transcriptome database, was related to colonization of wild-type M. truncatula (line J5) roots and not observed with the mycorrhiza-resistant mutant dmi3/Mtsym13. Laser microdissection mapping of transcripts indicated that the Ca2+-related G. intraradices genes were differentially up-regulated in arbuscules and/or in intercellular hyphae. The tempo-spatial variations in fungal gene expression suggest different roles in the development or functioning of the AM symbiosis. Full-length cDNA of three G. intraradices genes putatively encoding a PMR-like endoplasmic reticulum P-type ATPase, a VCX1-like vacuolar Ca2+ ion transporter and a nuclear CCaMK were obtained for functional analyses in yeast mutants to gain insight into their role in the mycorrhizal symbiosis. Possible mechanisms are discussed in which Ca2+-related proteins of G. intraradices may play a role in the mobilization and perception of the intracellular messenger by the AM fungus during symbiotic interactions with host roots
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Han, Yi. "Functional analysis of glutathione and autophagy in response to oxidative stress." Thesis, Paris 11, 2012. http://www.theses.fr/2012PA112392/document.
Abstract:
Le H2O2 est reconnu comme un signal dans l’activation des mécanismes de défense en réponse à divers stress, et son accumulation est donc régulée étroitement par le système antioxydant des plantes. Puisque la signalisation par le H2O2 peut être transmise par des processus thiol-dépendants, le statut du glutathion pourrait jouer un rôle important. Le rôle de ce composé en tant que molécule antioxydante est bien établi; cependant, son importance en tant que signal reste à élucider. Afin d’étudier cette question, ce travail a utilisé un mutant, cat2, ayant un défaut dans son métabolisme du H2O2 peroxysomal qui engendre, d’une manière conditionnelle, une oxydation et une accumulation du glutathion. Les modifications du glutathion dans cat2 sont accompagnées par l’activation à la fois de réponses dépendantes de l’acide salicylique (SA) ainsi que l’expression de gènes associés à l’acide jasmonique (JA). L’activation des deux voies phytohormonales par le stress oxydant intracellulaire est largement empêchée en bloquant génétiquement l’accumulation du glutathion dans un double mutant, cat2 cad2, qui porte une mutation additionnelle dans la voie de synthèse du glutathion. Les phénotypes contrastants de cat2 cad2 et cat2 gr1, dans lequel la perte de l’activité GR1 aggrave le stress oxydant, suggèrent que des processus glutathion-dépendants relient le H2O2 et l’activation des réponses de pathogenèse SA-dépendantes par un effet qui est additionnel aux fonctions antioxydantes du glutathion. Des comparaisons directes de cat2 cad2 et cat2 npr1 indiquent que les effets de bloquer l’accumulation du glutathion sur l’induction des voies SA et JA chez cat2 ne sont pas causés par une déficience dans la fonction de la NPR1. L’autophagie a été impliquée dans des processus comme la sénescence, et interagirait à la fois avec le stress oxydant et avec la signalisation par le SA. Afin d’explorer des relations entre autophagie et stress oxydant, des mutants atg ont été sélectionnés et croisés avec le cat2. Des analyses phénotypiques ont révélé que l’étendue de lésions SA-dépendantes observée chez cat2 cultivé en jours longs est similaire chez trois double mutants cat2 atg, alors que l’augmentation de la disponibilité en H2O2 peroxysomal liée à la mutation cat2 retarde la sénescence précoce observée chez les mutants atg. Dans son ensemble, le travail suggère que (1) des nouvelles fonctions glutathion-dépendantes sont importantes pour relier la disponibilité en H2O2 intracellulaire et activation des voies de signalisation SA et JA, et (2) que le H2O2 produit par la photorespiration pourrait jouer un rôle antagoniste dans les phénotypes de sénescence précoce observée chez les mutants atgH2O2 is a recognized signal in activation of defence mechanisms in response to various stresses, and its accumulation is thus tightly controlled by plant antioxidant systems. Because H2O2 signals may be transmitted by thiol-dependent processes, glutathione status could play an important role. While the antioxidant role of this compound is long established, the importance of glutathione in signaling remains unclear. To study this question, this work exploited a stress mimic mutant, cat2, which has a defect in metabolism of peroxisomal H2O2 that conditionally leads to oxidation and accumulation of glutathione. In cat2, changes in glutathione are accompanied by activation of both salicylic acid (SA)-dependent responses and jasmonic acid (JA)-associated genes in a time-dependent manner. This up-regulation of both phytohormone signaling pathway by intracellular oxidative stress can be largely prevented by genetically blocking glutathione accumulation in a double mutant, cat2 cad2, that additionally carries a mutation in the pathway of glutathione synthesis. Contrasting phenotypes between cat2 cad2 and cat2 gr1, in which loss of GR1 activity exacerbates oxidative stress, suggest that glutathione-dependent processes couple H2O2 to activation of SA-dependent pathogenesis responses through an effect that is additional to glutathione antioxidant functions. Direct comparison of cat2 cad2 and cat2 npr1 double mutants suggests that the effects of blocking glutathione accumulation on cat2-triggered up-regulation of both SA and JA pathways are not mediated by defective NPR1 function. Autophagy has been implicated in processes such as senescence, and may interact with oxidative stress and SA signaling. To explore relationships between autophagy and oxidative stress, selected atg mutants were crossed with cat2. Phenotypic analysis revealed that SA-dependent lesion spread observed in cat2 grown in long days is similar in three cat2 atg double mutants, whereas increased peroxisomal H2O2 availability in cat2 delays an oxidative stress related-senescence triggered by atg in short days. Overall, the work suggests that (1) novel glutathione-dependent functions are important to couple intracellular H2O2 availability to the activation of both SA and JA signaling pathways and (2) H2O2 produced through photorespiration may play an antagonistic role in the early senescence phenotype observed in atg mutants
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Di, Sante Jessica. "Méthylation de gènes liés au stress à travers différents tissus périphériques humains, et la pertinence pour le fonctionnement cérébral." Thèse, 2017. http://hdl.handle.net/1866/19431.
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Benmouissa, Saloua. "Conséquence du stress oxydatif des embryons bovins cultivés in vitro." Thèse, 2005. http://hdl.handle.net/1866/17517.