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Dissertations / Theses on the topic 'Gènes codant les protéines'
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Droual, Anne-Marie. "Analyse moléculaire et régulation comparée de l'expression de gènes de stress végétaux : étude d'un gène codant une cyclophiline cytosolique et de deux gènes codant des protéines riches en proline." Tours, 1998. http://www.theses.fr/1998TOUR3803.
Full text
2
Carreira, Suzanne. "Régulation nutritionnelle des gènes codant pour quelques protéines sécrétoires du pancréas de rat." Aix-Marseille 3, 1994. http://www.theses.fr/1994AIX30093.
Full textAbstract:
Le niveau des proteines secretoires du pancreas est module par la composition du regime alimentaire. Nous avons tente de mieux comprendre la reponse adaptative du pancreas a l'ingestion de deux regimes, l'un riche en proteines (64%) et l'autre aproteique, chez le rat sur une periode de 10 jours. Nous nous sommes interesses a deux niveaux de regulation possible de la biosynthese des proteines secretoires pancreatiques, la stabilite des arn messagers et la transcription des genes correspondants. Nous avons montre que l'ingestion d'un regime riche en proteines n'affecte pas la stabilite de la plupart des arnm codant pour les hydrolases pancreatiques, a l'exception de ceux de la trypsine anionique i et de l'elastase i. Ceci suggere que la modulation du niveau des arnm en reponse au regime hyperproteique resulte exclusivement d'une regulation de la transcription des genes correspondants. En revanche, l'administration d'un regime depourvu de proteines a un effet net sur la stabilite de la majorite des arnm des proteines secretoires a l'exception de celui de la lipase. Dans ce cas, la modulation du niveau des arnm serait due a une regulation de la stabilite des messagers couplee parfois a une regulation de la transcription des genes correspondants. Nous avons aussi montre que les arnm des deux inhibiteurs trypsiques secretes du pancreas sont modules de facon differentielle au niveau de leur stabilite par la nature du regime alimentaire. La reponse adaptative du pancreas a ces deux types de regimes extremes est donc la mise en place de mecanismes de regulations differentielles de l'expression des genes des proteines secretoires. Nous avons ensuite pu aborder le clonage de genes et d'adnc d'isoenzymes pancreatiques dans le but d'etudier les facteurs qui interviennent dans la regulation differentielle de la transcription des genes et de la stabilite des arnm en reponse a la nature du regime alimentaire. Au cours de cette derniere etude, une nouvelle forme de trypsine a ete mise en evidence dans le pancreas de rat et sa regulation etudiee comparativement a celle des autres isoenzymes
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Ihorai, Tania. "Etude de gènes codant des protéines du sustème thiorédoxine NADP-dépendant chez le blé." Montpellier 2, 1998. http://www.theses.fr/1998MON20120.
Full textAbstract:
Un gene tatrxh2 codant une thioredoxine $$ du ble tendre a ete isole par criblage de banque d'adn genomique et par acp. Sa structure est proche de celle des genes de thioredoxines $$ vegetales connues. La regulation spatio-temporelle de l'expression du gene tatrxh2 a ete etudiee par expression stable dans le riz et le gene gus codant la -glucuronidase a ete utilise comme gene rapporteur. Les tests fluorimetriques et histochimiques ont montre qu'au cours de la maturation, le promoteur a une activite faible exclusivement localisee dans le grain de riz au niveau de l'albumen amylace. Des deletions ont permis de delimiter des regions du promoteur impliquees dans l'expression tissulaire et temporelle du gene tatrxh2. Les sequences cis regulant l'expression dans le grain sont comprises dans les 288 pb en amont de l'atg et d'autres, permettant l'expression transitoire dans l'epithelium du scutellum sont presentes entre 1111 pb et 451 pb. Des sequences cis regulant l'expression temporelle du gene sont comprises dans les 451 pb en amont de l'atg. Cette etude suggere qu'au cours de la maturation du grain de ble, la thioredoxine $$ correspondante est accumulee dans l'albumen amylace en meme temps que les proteines de reserve dont elle pourrait assurer la reduction.
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Dila, Gopal Krishna. "Motifs de codes circulaires dans les gènes codant les protéines et les ARN ribosomaux." Electronic Thesis or Diss., Strasbourg, 2020. http://www.theses.fr/2020STRAD027.
Full textAbstract:
La thèse porte sur les motifs du code circulaire X, un code correcteur d'erreurs trouvé dans les gènes, qui ont la capacité de trouver le cadre de lecture. Nous avons étudié la conservation des motifs X dans les gènes de différentes espèces et identifié des pressions sélectives spécifiques pour les maintenir. Nous avons aussi identifié des motifs X universels dans l'ARN ribosomique, situés dans des régions fonctionnelles importantes du ribosome et suggérant que les codes circulaires ont représenté une étape importante dans l'émergence du code génétique standard (SGC). Ensuite, nous avons étudié le rôle fonctionnel des motifs X dans la traduction moderne et identifié une forte corrélation entre l'enrichissement des motifs X et le niveau de traduction des gènes. Enfin, nous avons comparé l'optimalité du code X avec le SGC et d'autres codes circulaires maximaux, et identifié une nouvelle fonctionnalité de X dans la minimisation des effets des erreurs après un décalage du cadreThe thesis focuses on motifs of the circular code X, an error-correcting code found in protein-coding genes, which have the ability to synchronize the reading frame. We first investigated the evolutionary conservation of X motifs in genes of different species and identified specific selective pressures to maintain them. We also identified a set of universal X motifs in ribosomal RNAs, which are located in important functional regions of the ribosome and suggest that circular codes represented an important step in the emergence of the standard genetic code (SGC). Then, we investigated the functional role of X motifs in modern translation processes and identified a strong correlation between X motif enrichment in genes and translation levels. Finally, we compared the frameshift optimality of the circular code X with the SGC and other maximal circular codes, and identified a new functionality of the code X in minimizing the effects of translation errors after frameshift events
5
Bremaud, Laure. "Caractérisation des gènes codant les facteurs traductionnels, IF2 et EF-Tu, de la myxobactérie Stigmatella aurantiaca." Poitiers, 1995. http://www.theses.fr/1995POIT2325.
Full textAbstract:
La caracterisation des genes codant les facteurs traductionnels, if2 et ef-tu, chez la myxobacterie stigmatella aurantiaca a ete envisagee par le biais de la pcr. Les membres de la superfamille des proteines g presentent une structure primaire hautement conservee, en particulier a l'interieur du domaine g. Des oligonucleotides choisis au niveau de ces regions conservees ont ete utilises dans des reactions de pcr. Les fragments ainsi amplifies ont ete ensuite employes comme sondes homologues pour cribler une banque d'adn genomique. Pour le gene tuf, codant le facteur d'allongement ef-tu, un insert de 2,1 kpb a ete isole. Ce fragment code une proteine de 43,4 kda. L'analyse de la sequence revele egalement la presence de genes codant quatre arnt localises en amont du gene tufb. L'etude des transcrits et la recherche du site de demarrage de la transcription montrent une organisation en operon de ces genes. Enfin, l'analyse par southern, met en evidence un second gene tuf, appele tufa. Pour le gene infb codant le facteur de demarrage if2, le criblage d'une banque restreinte a permis d'isoler un fragment de 5 kpb. L'analyse de la sequence revele que le gene infb de s. Aurantiaca code une proteine de 116 kda, le plus grand facteur if2 connu a ce jour. La caracterisation fonctionnelle de ce facteur a ete realisee par complementation d'une souche de e. Coli depourvue de son propre gene. La sequence en acides amines revele une bonne conservation des domaines g et c-terminal. En revanche, le domaine n-terminal comporte une partie supplementaire de 160 acides amines retrouvee dans aucun des quatre autres facteurs deja connus. Ce domaine presente certaines caracteristiques laissant supposer son implication dans le processus de developpement des myxobacteries
6
Vautier, François. "Etude in vivo du gène ZO-2 codant pour une protéine de jonction serrée." Bordeaux 2, 1999. http://www.theses.fr/1999BOR28677.
Full text
7
Sauvage, Virginie. "Identification et caractérisation d'une famille de gènes codant pour des protéines ABC tranporteurs chez Toxoplasma gondii." Reims, 2005. http://www.theses.fr/2005REIMM207.
Full textAbstract:
La toxoplasmose est une zoonose due à un parasite intracellulaire obligatoire, Toxoplasma gondii. L'infection généralement bénigne peut cependant être responsable de formes cliniques sévères particulièrement en cas de transmission congénitale et chez l'immunodéprimé. Les différents schémas de traitement de la toxoplasmose reposent sur un nombre limité de médicaments et des échecs thérapeutiques ont été rapportés dans le traitement de la toxoplasmose congénitale ou celui des formes graves survenant chez les patients immunodéprimés. L'implication de protéines de transport responsables d'une réduction de l'accumulation des médicaments à l'intérieur du parasite, phénomène décrit chez Plasmodium, pourrait participer à ces échecs. Suite à l'émergence des résistances aux antiparasitaires, de nombreux gènes codant pour des protéines ABC transporteurs de type Pgp (ABCB) et MRP (ABCC) ont été identifiés et caractérisés chez de nombreux parasites protozoaires. Chez T. Gondii, des travaux précédents ont montré que différents inhibiteurs de Pgp, notamment le vérapamil et la cyclosporine A, réduisent l'invasion parasitaire de façon significative. Par conséquent, nous avons étudié le transport actif de xénobiotiques et sa modulation par le vérapamil et la cyclosporine A sur des parasites extra- et intracellulaires. L'utilisation de sondes fluorescentes (JC-1 et Daunorubicine) a permis de montrer, par spectrofluorimétrie et microscopie confocale, une inhibition des échanges moléculaires en présence de ces deux inhibiteurs à la fois dans les parasites vivants extra- et intracellulaires. Ces résultats ont suggéré l'existence d'une P-glycoprotéine homologue localisée au niveau du complexe membranaire du parasite. A la vue de ces résultats, l'identification de protéines de type ABC transporteur chez T. Gondii, a été abordée dans un premier temps par une approche utilisant des amorces dégénérées dirigées contre les motifs consensus, ce qui nous a permis d'isoler une séquence de 393 pb, nommée TgABC1, correspondant au site ATPasique d'une putative protéine ABC dont nous avons vérifié l'expression par RT-PCR au stade tachyzoïte des trois types de souches (I, II, III). En parallèle, nous avons exploré la banque de données de T. Gondii, ToxoDB récemment finalisée. Une recherche par homologies de séquences (Blastp) utilisant les protéines ABC caractérisées chez l'homme et les protozoaires a permis d'identifier 24 0RFs. Quinze d'entre eux ont été classés dans 5 des 7 familles ABC humaines: 6 ABCB, 2 ABCC, 1 ABCE, 1 ABCF et 5 ABCG. Les 9 ORFs restant correspondent à 4 protéines SMC, 4 ABCH et une protéine de structure atypique, non classable. La présence de transcrits ABC a été détectée aux stades tachyzoïte (I, II, III) et bradyzoïte (II, III) pour tous les gènes étudiés, suggérant une implication importante des protéines correspondantes dans la biologie du parasite. Ces gènes pourraient constituer de nouvelles cibles thérapeutiques. A notre connaissance, il s'agit de la première identification d'une famille de gènes codant pour des protéines ABC transporteur chez T. Gondii@Toxoplasma gondii is a protozoan intracellular parasite responsible for widespread infections. Toxoplasmosis is generally asymptomatic or causes very mild symptoms, but it can be severe in two populations, namely congenitally infected children and immunocompromised patients. Treatments of toxoplasmosis are limited, and failure due to drug resistance were reported in case of congenital or severe toxoplasmosis. One explanation could be due to implication of proteins in transport leading to reduction of drug concentrations into parasite, as described in Plasmodium. Several genes encoding for ABC transporters of Pgp (ABCB) and MRP (ABCC) type, were identified and characterized among protozoan parasites (ie P. Falciparum). In T. Gondii, previous studies showed that different Pgp inhibitors, such as verapamil and cyclosporine A, significantly decreased parasite invasion. Hence, we investigated the active transport of xenobiotics (JC-1 and Daunorubicine; fluorescent probes) and its modulation by verapamil and cyclosporine A on extra- and intracellular parasites. We have observed that these two Pgp inhibitors increase both extracellular and intracellular dye accumulation in living T. Gondii, pointing to the existence of a transmembrane transport mediated by a Pgp homologue localized on the parasite membrane complex. To further this study, degenerate oligonucleotide primers directed against consensus motifs were used in a PCR-based approach to clone a member of the ABC genes in T. Gondii. The isolated nucleotide sequence displayed a 393 bp open reading frame which was named T. Gondii ABC1 gene (TgABC1) corresponding to the ATP-binding site of a putative ABC protein. TgABC1 gene expression was detected by RT-PCR in the tachyzoite stage of T. Gondii genotypes I, II and III. Finally, the recent completion of the T. Gondii genome (ToxoDB) has permitted to retrieve 24 putative ABC proteins by BLAST comparison. For this, we used human and protozoan ABC sequences, and ATP-binding consensus motifs to screen the T. Gondii TwinScan2 predicted proteins database. Fifteen of them clustered into 5 of the 7 families of human ABC proteins: 6 ABCB, 2 ABCC, 1 ABCE, 1 ABCF and 5 ABCG. The 9 remaining ORFs were represented by 4 SMC proteins, 4 ABCH, and 1 member of atypical structure. The presence of ABC transcripts was detected in tachyzoite (I, II, III) and bradyzoite (II, III) stages, for all genes studied. Further research on the implication of these ABC proteins will increase our knowledge of the basic biology of Toxoplasma and provide the opportunity to identify novel therapeutic targets. To our knowledge, this is the first report of ABC protein-encoding genes family in T. Gondii
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Zhou, Dao Xiu. "Organisation et expression de gènes chloroplastiques et nucléaires codant pour des protéines ribosomiques du chloroplaste d'épinard." Grenoble 1, 1988. http://www.theses.fr/1988GRE10113.
Full text
9
Randoux, Béatrice. "Modifications dans l'expression des gènes au cours de l'embryogenèse somatique chez un hybride de chicorée : identification de gènes codant pour une protéine de liaison au GTP." Lille 1, 1999. https://pepite-depot.univ-lille.fr/LIBRE/Th_Num/1999/50376-1999-339.pdf.
Full textAbstract:
Le Cichorium hybride "474" (Cichorium intybus var. Sativum x Cichorium endivia var. Latifolia) constitue un modèle de choix pour appréhender le déterminisme de l'embryogenèse somatique. L'origine directe et unicellulaire des embryons, ainsi que la possibilité de synchroniser la 1ère division de la cellule embryogène, favorisent l'étude des étapes précoces, autant au niveau cytologique qu'aux niveaux biochimique et moléculaire. Notre étude est particulièrement focalisée sur l'expression des gènes au cours de l'embryogenèse somatique. Des expériences de marquage in vivo des protéines et de traduction in vitro des ARN messagers polyadénylés montrent que de nombreuses modifications interviennent dans l'expression des gènes au cours de l'induction de l'embryogenèse somatique, aussi bien au niveau traductionnel que transcriptionnel. Ceci suggère une reprogrammation importante dans l'expression des gènes des les premières étapes de ce processus. Pour caractériser certains gènes exprimes différentiellement, nous avons utilisé la technique de Differential Display (DDRT-PCR) et parmi les différents ADNc partiels détectés, deux ont été plus particulièrement étudiés. L'un d'entre eux présente des homologies avec un EST répertorié dans les banques de données. Il s'accumule durant la cinétique d'embryogenèse chez le génotype embryogène, alors qu'il est beaucoup moins représente chez la chicorée « Pévèle » non embryogène cultivée dans les mêmes conditions. Le second ADNc, correspondant à un gène codant pour une protéine de liaison au GTP de type rab5, est induit des la mise en culture chez la chicorée embryogène "474", mais n'est pas amplifié chez la chicorée non embryogène. Par criblage d'une banque d'ADNc et par des expériences de 5’RACE-PCR, nous avons montré l'existence de 4 ARNm correspondant à ce produit. Ils diffèrent particulièrement dans leurs régions non codantes. L'un d'entre eux, détecte dès le 1er jour de la cinétique chez les deux génotypes de chicorée, semble corréler à la mise en culture in vitro des explants ; un autre est produit tout au long de la culture chez la variété embryogène alors que sa synthèse cesse à partir du 4ème jour de culture chez la variété non embryogène. Par analogie avec le règne animal, nous proposons une implication des protéines rab que nous avons identifiées dans le transport vésiculaire au cours de l'embryogenèse somatique chez la chicorée.
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Toursel, Catherine. "Clonage et expression des gènes codant pour les protéines mitochondriales cytochrome b et Hsp60 de Toxoplasma gondii." Lille 1, 1999. https://pepite-depot.univ-lille.fr/LIBRE/Th_Num/1999/50376-1999-225.pdf.
Full textAbstract:
La différenciation de Toxoplasma gondii en ses formes tachyzoïtes ou bradyzoïtes est un mécanisme clé dans la pathogenèse du parasite. Alors que les fonctions de la mitochondrie sont largement définies dans d'autres organismes, elles sont peu connues chez T. Gondii et seraient régulées lors de la différenciation. Nous avons choisi d'aborder la fonctionnalité de la mitochondrie chez les tachyzoïtes et chez les bradyzoïtes par l'étude du gène mitochondrial codant pour le cytochrome b et du gène nucléaire codant pour le chaperon mitochondrial Hsp60. Les ADNc codant pour ces deux protéines ont été clonés et séquences. Pour la première fois, un ARNm de 1234 pb codé par l'ADNmt de T. Gondii a été amplifié. Il code pour une protéine de 368 AA, homologue aux cytochromes b. Pour l'Hsp60, deux ARNm de 2430 et 2442 pb ont été isolés. Ils ne divergent que sur leur extrémité 5’, sont codés par le même gène nucléaire et résultent d'un épissage alternatif. Un seul de ces messagers présente un cadre ouvert de lecture codant pour une Hsp60 de 575 AAElle est localisée dans la mitochondrie de T. Gondii et possède une préséquence N-terminale capable d'importer, in vivo, la protéine exogène CAT dans l'organite parasitaire. L'expression de ces gènes a été analysée dans les deux stades parasitaires. L'amplification de l'ARNm codant pour le cytochrome b chez les tachyzoïtes et chez les bradyzoïtes a ainsi démontré la transcription de l'ADNmt dans ces deux formes du toxoplasme. Quant à l'Hsp60, par RT-PCR semi-quantitative, une quantité plus abondante des deux types de messagers a été amplifiée chez les bradyzoïtes. En revanche, nous avons démontré que la protéine Hsp60 est exclusivement exprimée dans les formes virulentes tachyzoïtes en dépit de l'abondance des messagers chez les bradyzoïtes. De plus, nous avons confirmé que ce chaperon, absent des bradyzoïtes réapparaît lorsque ces derniers se différencient en tachyzoïtes. L'ensemble de ces résultats suggère une corrélation entre la différenciation de T. Gondii et la régulation des fonctions mitochondriales qui pourrait impliquer une altération dans le métabolisme des carbohydrates et/ou la production d'énergie
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Ngwamidiba, Maxime. "Etude moléculaire des gènes SCA1 et SCA2 codant des protéines autotransporteurs chez les membres du genre " rickettsia"." Aix-Marseille 2, 2006. http://www.theses.fr/2006AIX20660.
Full textAbstract:
Des analyses d'ADN sur les restes des soldats de la Grande Armée de Napoléon (1812) ont révélé la présence entre autre de Rickettsia prowazekii. Pourtant la rickettsiologie ne commençera qu'avec les travaux de Ricketts et von Prowazek en 1910, et ne cessera de s'alimenter d'espèces et de pathologies nouvelles. En tant que premières bactéries intracellulaires strictes décrites, la taxonomie des rickettsies rassemblait initialement sur la base de ce critère, un grand nombre de genres bactériens ultérieurement reclassés avec l'avènement du séquençage et la découverte d'horloges moléculaires telle que la sous-unité 16S de ARN ribosomique ou le cytochrome C. Pour l'identification des espèces de Rickettsia, de nombreux critères phénotypiques dont la morphologie, les tests de fixation du complément, de neutralisation de toxines, de sérotypage et les profils protéiques ont longtemps été utilisés. Mais c'est la comparaison des séquences de gènes, dont ompA, ompB et sca4, qui ont permis d'identifier très précisément les espèces du genre Rickettsia et de proposer une classification phylogénique fiable. Cependant, la position phylogénique d'espèces telles que Rickettsia helvetica, Rickettsia canadensis et Rickettsia bellii n'a pu être déterminée avec certitude. Aussi, l'analyse basée sur la concaténation de plusieurs gènes, associée aux caractères phénotypiques peut constituer une meilleure alternativeThe history of rickettsioses is probably as ancient as human civilisation. The first documented cases of rickettsioses dates back to 1812. In early part of the last century (1910) Ricketts and von Prowazek laid the foundation of modern rickettsiology. Their pioneering works eventually led to the recognition of new species and Rickettsiales infections. As soon as Rickettsia are the first strictly intracellular bacteria described, its taxonomy gathered on the basis of this criterion, and a great number of kinds of bacteria which will be identified only with the advent of the sequencing and the discovery of molecular clocks such as ribosomal 16S RNA and cytochrome C. Many phenotypic criterion such as morphology, tests of complement, neutralization of toxins, mousse serotyping and SDS-page proved reliable. However, gene comparison (ompA, ompB and sca4) will make it possible to very precisely determine the species containing of the genus Rickettsia and to suggest a classification supported by high bootstrap values as well as antibiotics tests. Nevertheless, the phylogenetic position of species such Rickettsia helvetica, Rickettsia canadensis and Rickettsia bellii could not be given with precision, and the polyphasic analysis of the classification of the Rickettsia species based on genes concatenation associated with phenotypic characters available might be alternatives for Rickettsia phylogeny
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Laurent, Fabrice. "Clonage, séquençage et expression de gènes codant pour les protéines communes à plusieurs espèces de coccidies aviaires." Aix-Marseille 2, 1993. http://www.theses.fr/1993AIX22072.
Full textAbstract:
La coccidiose est une maladie parasitaire qui a des répercussions économiques importantes en élevage avicole. La nécessité de protéger le poulet contre les sept espèces de coccidies du genre eimeria qui peuvent l'infecter, nous a conduit a rechercher des antigènes communs aux différentes espèces, a les exprimer grâce au génie génétique afin de pouvoir procéder a des essais d'immunisation. Nous avons construit une banque d'expression a partir d'oocystes sporules d'e. Acervulina et crible celle-ci avec des sérums ou des anticorps monoclonaux (acms) diriges contre e. Acervulina et e. Tenella. Des clones codant pour des protéines ayant des homologues chez les eucaryotes ont ete identifies (une aspartyl proteinase de 50 kda, une protéine de choc thermique de 70 kda et une leucine aminopeptidase). D'autres clones, dont les protéines correspondantes semblent spécifiques du parasite, ont aussi ete isoles (une protéine de 19kda, une protéine de 16 kda et une protéine riche en serine de 28 kda). Nous avons montre que l'incorporation d'une protéine de surface des sporozoites d'e. Falciformis dans des iscoms et leur administration a des souris par voie orale induisait une protection contre une infection d'épreuve ultérieure. Ce résultat encourageant suggère que l'on puisse utiliser les iscoms comme véhicules lors des essais de protection que nous allons entreprendre avec les antigènes recombinants que nous avons identifiés
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Despres, Barbara. "Caractérisation d'une famille de gènes codant pour des protéines présentant un domaine SAC1-Like chez Arabidopsis thaliana." Perpignan, 2000. http://www.theses.fr/2000PERP0378.
Full textAbstract:
La recherche de protéines homologues a SAC1p de levure a été entreprise chez la plante modèle Arabidopsis thaliana. Chez Saccharomyces cerevisiae, des mutations du gène SAC1 (Suppressor of ACtine)suppriment l'effet létal d'une mutation thermosensible act1-1 d'actine ainsi que certaines mutations de sécrétion, notamment la mutation sec14.
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Fichant, Gwennaële. "Etude statistique des séquences d'acides nucléiques : reconnaissance et évolution des introns des gènes nucléaires codant pour des protéines." Lyon 1, 1988. http://www.theses.fr/1988LYO10054.
Full textAbstract:
Description statistique des introns des genes nucleaires codant pour des proteines. Etude des jonctions d'epissage et de certaines caracteristiques statistiques des introns en relation avec celles decrites sur les autres parties du genome. Aux positions proteiques correspondant aux codons voisins de jonctions d'epissage, certains amino acides sont majoritaires. Mise en evidence d'une structure interne propre a ces jonctions a l'aide d'une methode d'apprentissage issue du domaine de l'intelligence artificielle. Proposition d'une methode de prediction de la localisation des zones codantes au sein d'un fragment genomique. A l'aide de statistiques non parametriques differents niveaux de variations du taux de (c+g) le long de sequences nucleiques ont ete mis en evidence. Les sequences introniques sont fortement structueres. Elles pourraient participer a la regulation de l'expression des genes
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Bello, Bruno. "Application du transfert de gène inter-espèces à l'étude de la régulation des gènes de Bombyx codant pour les protéines de la soie." Lyon 1, 1992. http://www.theses.fr/1992LYO10244.
Full textAbstract:
Dans les cellules posterieures de la glande sericigene de bombyx, la transcription des genes codant pour les proteines de la soie p25 et fibroine est constamment ajustee sur le plan quantitatif, tout en etant soumise au meme cycle de repression et derepression, lie aux phases de mues et d'intermues. L'etude des mecanismes de regulation des deux genes a ete aborde in vivo par transgenese chez la drosophile. Les sequences 5 flanquantes des genes de p25 et de la fibroine ont ete couplees sous des formes diverses au gene lacz d'e. Coli puis introduites, via l'element p, dans le genome de cet organisme. Nous montrons que les genes-fusion p25-lacz et fibroine-lacz sont exprimes dans un meme territoire de la glande salivaire. Cette regionalisation de l'expression dans l'organe homologue de la glande sericigene suggere que les elements cis- et trans-regulateurs ont ete conserves entre le ver a soie et la drosophile, et conforte l'hypothese de mecanismes communs de regulations pour les deux genes. Les sequences -441 a +73 du gene de p25 gouvernent strictement l'expression regionale du gene rapporteur lacz, au cours du developpement larvaire et prepupal. La deletion des sequences en amont de la position -165 abolit l'expression du transgene revelant ainsi un element cis-regulateur essentiel dans le domaine -441/-165. L'expression regionale du gene fusion fibroine-lacz est, par contre, restreinte au developpement prepupal et concerne un nombre variable de cellules. De plus, ce gene fusion est exprime dans divers tissus et est soumis a un important effet de position suggerant que des elements essentiels pour l'etablissement de la structure chromatinienne du gene de la fibroine n'auraient pas ete introduites dans le montage genique teste
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Klein, Cécile. "Production de quatre isoformes de protéines de transfert de lipides du blé dans "Pichia pastoris". Expression des gènes codant ces protéines dans le blé." Montpellier 2, 1998. http://www.theses.fr/1998MON20065.
Full textAbstract:
Les proteines de transfert de lipides (ltp) sont des proteines des faible masse moleculaire qui sont capables de realiser in vitro un transfert de lipides entre deux membranes. Dans le ble, les genes de ltp forment une famille mutigenique et il existe au moins cinq genes de ltp exprimes dans le grain de ble. Dans un premier temps, nous avons utilise le systeme d'expression levurien pichia pastoris pour produire quatre isoformes de ltp de ble dur (triticum durum) et de ble tendre (triticum aestivum). Ce systeme permet de secreter trois ltp recombinantes solubles dans le milieu de culture en quantite variable (1,1 g/l, 700 mg/l et 80 mg/l). Quand l'acide amine n-terminal de la proteine deduite de l'adnc est un residu alanine et non un residu isoleucine, la maturation de la ltp recombinante correspondante est optimale. Nos resultats ont montre qu'il y a une grande diversite de production selon le clone considere et les conditions de cultures utilisees. Dans un deuxieme temps, nous avons suivi l'expression des genes de ltp de ble au cours de la maturation et de la germination du grain de ble dur, et l'effet de stress abiotiques sur l'expression de ces memes genes dans des plantules de ble dur. Au cours de la maturation, ce sont les transcrits des genes ltp4. 90 et ltp8. 3 qui sont les plus abondants. Apres application des stress abiotiques, une variation de la quantite de transcrits des genes ltp6. 48 et ltpd2 est observee dans les pousses. Chaque gene de ltp de ble etudie semble avoir une expression spatiale et temporelle specifique.
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Drevet, Joël. "Expression concertée des gènes codant pour les protéines de la soie chez Bombyx mori : des facteurs protéiques identiques reconnaissent les régions 5'-flanquantes des gènes de P25 et de la fibroïne." Lyon 1, 1989. http://www.theses.fr/1989LYO10194.
Full text
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Carnus, Elodie. "Conception d'un système protéique pour le ciblage de vecteurs non viraux au niveau des gènes codant les ARN ribosomiques." Thesis, Tours, 2009. http://www.theses.fr/2009TOUR4024.
Full textAbstract:
Le principal défi des techniques de transfert de gènes est de garantir l’expression du gène d’intérêt tout en assurant l’innocuité des cellules génétiquement modifiées. La plupart des systèmes d’intégration, dérivés des transposons, assurent une intégration aléatoire au sein du génome de la cellule. L’enjeu de ce travail est de développer des outils permettant de cibler l’intégration du transgène au niveau d’un locus choisi dans le but d’améliorer la biosécurité. L’étude s’est portée sur l’utilisation des protéines à ZFD (Zinc Finger Domain) pour leur aptitude à être conçues à façon, in silico, en utilisant les nombreuses ressources disponibles sur Internet. Pour comparer, les propriétés de deux domaines de liaison, NterR2P, provenant de deux rétrotransposons R2 de type non-LTR, ont été étudiées pour leur capacité naturelle à reconnaître spécifiquement une région de 100 pb située dans l’ADN ribosomique 28S. Les résultats obtenus ont montré que les domaines NterR2P reconnaissent spécifiquement leur ADN cible avec une forte affinité de liaison. Deux protéines de fusion, utilisant le domaine NterR2P, ont ensuite été synthétisées dans le but d’intégrer le transgène au niveau de l’ADNr en utilisant le transposon Sleeping Beauty. L’idée originale de ce travail est de réaliser l’intégration du transgène via le ciblage indirect du transposon, ou de la transposase sans que celle-ci ne soit modifiée. L’impact de ces systèmes de ciblage sur les cellules nécessite de réexaminer une telle stratégieThe main challenge of gene transfer technologies is to maintain and to sustain transgene expression and to confer innocuity on the genetically-modified cells. Most integration systems, derived from transposons, integrate randomly within the genome of cells. The issue of this work is to develop tools to target transgene integrations in a selected locus in order to improve biosecurity. This study consists in using ZFD (Zinc Finger Domain) proteins for their capability to be in silico synthesize, in using many bioinformatic sites. For compare, the properties of two DNA binding domains (DBD), NterR2P, originating from the endonucleases encoded by R2 non-LTR retrotransposons, are able to bind specifically within a 100-bp region of the 28S rRNA genes. The results show that NterR2P DBDs specifically recognize their DNA target with high affinity. Two fusion proteins, using NterR2P DBD, are synthesized in order to integrate the transgene within rDNA, using Sleeping Beauty transposon. The original idea of this work is to realize transgene integration via indirect targeting of transposon, or transposase without its modification. The use of such a targeting system will have to be extensively studied to determine its impacts on cells before it can be considered as safe for use
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Kerviel, Vincent. "Clonage et caractérisation de deux gènes codant des enzymes lipolytiques de la microalgue Isochrysis galbana." Thesis, Le Mans, 2014. http://www.theses.fr/2014LEMA1017/document.
Full textAbstract:
Les enzymes lipolytiques sont des ester hydrolases impliquées dans le métabolisme lipidique. Leurs caractéristiques se sont révélées être des atouts dans de nombreuses applications industrielles. Chez les microalgues, l’isolement et la caractérisation de ces enzymes d’un point de vue structural et fonctionnel restent des domaines de recherche peu explorés à ce jour.Certaines espèces bénéficient pourtant de contenus en lipides intéressants, source de matière première pour les industries de l’agroalimentaire ou de l’énergie. Par exemple, l’acide docosahexaénoique (DHA), un acide gras polyinsaturé de la série des omégas 3, est reconnu pour ses propriétés en santé humaine. Parmi de nombreuses espèces, Isochrysis galbana, une microalgue unicellulaire appartenant à la classe des Prymnesiophycées est considérée comme une source possible de DHA. La présence d’acides gras libres a été montrée par l’analyse des lipides, suggérant la présence d’enzymes lipolytiques potentiellement intéressantes pour leur sélectivité et leur spécificité de substrat.L’analyse d’une banque de marqueurs de séquences exprimées a permis l’identification de séquences susceptibles de coder des enzymes lipolytiques. Les ARN messagers ont été extraits et les ADN complémentaires ont été clonés.Ce travail de thèse présente l’analyse et le clonage de deux gènes codant une ester hydrolase putative et une thioestérase putative, issues de la microalgue Isochrysis galbana.Les deux séquences codent des protéines de poids moléculaires de 35,41 kDa et de 42,31 kDa. Elles montrent 30 à 40 % d’identité et de similarité avec des hydrolases notamment des carboxylestérasesde différents organismes. Les séquences protéiques ont permis l’identification du pentapeptide consensus Gly-X-Ser-X-Gly caractéristique des enzymes lipolytiques et les acides aminés Ser/Asp/His de la triade catalytique.Les deux séquences codantes ont été clonées et exprimées dans la levure Saccharomyces cerevisiae et la bactérie Escherichia coli. Le clonage dans E. coli a permis d’identifier à la taille attendue une protéine par Western blot. En présence de cette protéine, la composition en acides gras des lipides de la bactérie a été modifiée. L’analyse CPG a notamment montré une augmentation des proportions en acides gras C16 :1 et C18 :1 par rapport au témoin. Ce résultat permet de caractériser l’activité thioestérase pour IgTeCeLipolytic enzymes present in all known species play a key role in lipid metabolism and are involved in several industrial processes. They catalyse lipid hydrolysis and synthesis. Actually and particularly in microalgae, isolation and characterization of this type of enzyme remains an unexplored research area.The potential of the lipidic content of microalgae in food industry or energy field requires specific lipolytic enzymes. Docosahexaenoic acid (DHA), an 3 poly insaturated fatty acid (3 PUFA) is well known for its beneficial effects on human health. Among many species, Isochrysis galbana, a unicellular marine microalga belonging to the Prymnesiophyceae class, is considered as a potential alternative source of DHA.Lipid analysis of I. galbana shows free fatty acids and suggests the presence of lipolytic enzymes with potential interesting selectivities and substrate specificities. Analysis of incomplete expressed sequence tag (EST) listed in the EST bank of Isochrysis galbana, identified incomplete genes that encode lipolytic enzymes. Messenger RNAs were extracted, characterized and cloned.This work describes the analysis and cloning of two genes encoding a putative ester hydrolase and a putative thioesterase in marine microalgae Isochrysis galbana. Sequences encode two proteins with predicted molecular weights of approximately 35,41 kDa and 42,31 kDa. Slight similarity and identity (from 30 to 40 %) were observed between the gene sequence and various fold hydrolase found in diverse phyla (including carboxylesterase).Sequences also included the consensus Gly-X-Ser-X-Gly and the catalytic triad Ser/Asp/His. To characterize the predicted enzymatic functions, an experimental procedure was introduced: coding sequences were cloned into expression vectors and expressed in Saccharomyces cerevisiae and in Escherichia coli.Western blot identification of recombinant enzyme shows a convenient protein production in bacteria. Furthermore, the expression of the protein in E. coli shifted the fatty acid composition predominantly towards C16:1 and C18:1 fatty acids. The enzyme called IgTeCe showed a thioesterase activity
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Provencher, Julie. "Identification et caractérisation de gènes codant pour des facteurs de virulence et des protéines antigéniques chez la bactérie Actinobacillus pleuropneumoniae." Thèse, Université du Québec à Trois-Rivières, 2003. http://depot-e.uqtr.ca/7347/1/000129888.pdf.
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Vernier-Magnin, Sandrine. "Caractérisation et étude de la régulation du gène estrogéno-dépendant gec1 codant une protéine apparentée à GABARAP." Besançon, 2002. http://www.theses.fr/2002BESA2040.
Full textAbstract:
Ce manuscrit de thèse est organisé en deux parties. Une première partie théorique porte sur l'étude du processus d'amplification paramétrique de signaux faibles dans les fibres optiques, conventionnelles ou non linéaires, afin de concevoir des amplificateurs optiques à ultra-larges bandes spectrales et à profil de gain plat, deux critères essentiels permettant d'accroître les débits des transmissions multiplexées en longueur d'onde. Un second volet s'intéresse à une nouvelle génération de fibre en silice, la fibre microstructurée. Les propriétés optiques peu communes de ces fibres ont été étudiées en développant un outil de modélisation original, basé sur la méthode de Galerkin vectorielle. La génération de supercontinuums spectraux dans ces fibres a été également démontrée à la fois en régimes nanoseconde et femtoseconde et analysée à partir de concepts théoriques analytiques et numériques. Enfin, les propriétés de maintien de polarisation de la fibre microstructurée ont été étudiéesThis PhD thesis manuscript is organized into two parts. The first, theoretical, part deals with fibre optical parametric amplification in conventional and highly nonlinear fibres. New amplifier schemes aimed at increasing the transmission rates of wavelength-division-multiplexed systems are proposed and characterized. Flat gain spectra over very large bandwidths are obtained using two pumps in a single fibre, or a single pump in a multi-section, dispersion-tailored fibre arrangement. The second part studies air-silica microstructured fibres. An efficient modelling tool based on the vectorial Galerkin method is developed in order to study their novel guiding and dispersion properties. Supercontinuum generation in these fibres is also demonstrated, both in the nanosecond and femtosecond pulse pumping regimes, and explained through analytical and numerical calculations. Finally, polarisation mode dispersion and vectorial modulational instability in the microstructured fibre are studied
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Bourdais, Gildas. "Etude fonctionnelle des deux gènes PIMT codant la protéine L-isoaspartyl methyltransferase chez arabidopsis thaliana." Paris, AgroParisTech, 2008. http://www.theses.fr/2008AGPT0052.
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Bourbon, Pierre-Marie. "Modèles de souris invalidées pour l'étude des gènes NM23-M1 et NM23-M2 codant pour les nucléosides diphosphate kinases A et B." Bordeaux 2, 2002. http://www.theses.fr/2002BOR20980.
Full textAbstract:
Dans la famille de gènes nm23 (non-metastatic clone 23) code chez les Mammifères pour les Nucléoside Diphosphate Kinases (NDPK) enzymes catalysant un transfert de phosphate entre un nucléoside triphosphate donneur et un nucléoside diphosphate accepteur. L'enzyme est active sous forme d'hexamères, et la formation d'hétérohexamères est possible sans que cela n'affecte cette activité. Le gène 23-M1 code chez la Souris pour l'isoforme A de NDPK, et a été initialement cloné en tant que gène suppresseur de métastases dans des lignées de carcinomes mammaires. A ce jour le rôle protecteur de la NDPK A au cours des processus métastasiants n'a toujours pas été élucidé, malgré la découverte de nombreux partenaires protéiques interagissant avec cet enzyme. Le laboratoire a développé une lignée de souris invalidées (KO) pour le gène 23-M1, ce travail a pour but l'analyse phénotypique de cette mutation nulle. La caractéristique la plus évidente de cette lignée est une mortalité postnatale élevée lorsque la mutation est à l'état homozygote chez la mère, ceci semblant dépendre du fond génétique des individus. D'autres traits sont associés à la mutation, comme une fertilité réduite ou un déficit pondéral. Une étude ciblée de la glande mammaire des souris nm23-M1 ne révèle pas d'anomalie morphologique évidente, excepté un léger retard de l'élongation ductale, mais semble suggérer un défaut fonctionnel non encore élucidé. L'ensemble des traits phénotypiques exprimés par les souris nm23-M1 ressemble aux conséquences de modifications de l'expression des composants du système hormone de croissance IGF-IGFBP. Nous avons également entrepris l'exploration fonctionnelle du gène nm23-M2 chez la Souris. Différentes approches ont été combinées (Northern blot, transgénèse classique, protection à la ribonucléase, CAT-assay) pour caractériser la régulation de l'expression de ce gène. Enfin, la production de souris invalidées pour le gène nm23-M2 par recombinaison homologue a été entreprise.
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Cacheux, Marine. "Effets fonctionnels de mutations de gènes codant des protéines du complexe de relâchement du calcium impliqués dans les pathologies du muscle strié." Thesis, Grenoble, 2012. http://www.theses.fr/2012GRENV075.
Full textAbstract:
La contraction des muscles striés est sous la dépendance du Complexe de Relâchement du Calcium (CRC). Ce complexe protéique est constitué principalement de deux canaux calciques, le récepteur des dihydropyridines, un canal sensible au voltage localisé dans la membrane des tubules-T et le récepteur de la ryanodine (RyR) situé dans la membrane du RS. Le CRC comprend également de nombreuses protéines régulatrices comme la triadine, la calséquestrine, la junctine et FKBP. Des mutations dans les gènes codant les protéines du CRC conduisent à des pathologies rares et souvent sévères. Cette thèse porte sur l'étude des mécanismes physiopathologiques induits par quelques unes de ces mutations pour décrypter les mécanismes pathologiques mis en œuvre mais également pour comprendre le fonctionnement global du CRC dans les muscles squelettique et cardiaque. La première partie de cette étude concerne RYR1, le gène codant l'isoforme squelettique du RyR qui est une cible importante de mutations chez des patients atteints de myopathies congénitales à cores. L'effet fonctionnel de ces mutations, réparties sur toute la séquence de RYR1, est peu connu. Ces mutations pourraient modifier la fonction canal de RyR1 mais également son adressage à la triade ou sa régulation par d'autres protéines du CRC. Parmi ces hypothèses, la modification de la localisation de RyR1 et sa régulation par une protéine régulatrice (la cavéoline-3) ont été révélées par l'étude de deux mutations de RyR1. La deuxième partie de cette étude concerne la tachycardie ventriculaire polymorphe catécholaminergique (TVPC), une pathologie liée à des défauts du CRC cardiaque, pour laquelle des recherches de mutations sont effectuées sur l'isoforme cardiaque du RyR, RYR2, puis dans les autres protéines du complexe. Nous avons identifié au laboratoire les premières mutations dans le gène de la triadine chez un de ces patients. L'impact d'une de ces mutations sur le fonctionnement du complexe a été étudié et nous avons pu caractériser le mécanisme physiopathologique mis en œuvre et conduisant à la TVPC chez ces patientsThe calcium release complex (CRC) plays a central role in both skeletal and cardiac muscle contraction. The composition of the complex is quite similar in both tissues, and differs only by tissue specific isoforms. The core of the complex is composed of the dihydropyridines receptor, a voltage sensor channel of the T-tubule and the ryanodine receptor, the sarcoplasmic reticulum calcium channel. A number of proteins are associated to this calcium channel like calsequestrin, triadin, junction and FKBP. Mutations in the skeletal CRC are responsible for rare and often severe diseases. This thesis work focuses on the study of physiopathological mechanisms induced by some of these mutations to decipher pathological mecanisms but also to understand the overall CRC functioning in skeletal and cardiac muscles. The first part of this study concerns RYR1, the skeletal RyR isoform coding gene. This gene is mostly the target of mutations resulting in core myopathies. The functional effect of these mutations spred on the entire RYR1 sequence is little known. These mutations could directly alter the calcium channel function but also its targeting to the triad or its regulation by other CRC proteins. Among these hypotheses, the modification of RyR1 localisation and regulation by a protein, Caveolin-3, have been highlighted with the study of two RyR1 mutations. The second part of this study concerns the catecholaminergic polymorphic ventricular tachycardia (CPVT), a rare fatal arrhythmia caused in part by mutations in RYR2 and CASQ2, both belonging to the cardiac CRC,. Recently, we have identified the first mutations in the human triadin gene, TRDN, in a CPVT patient. The goal of this project was to study the molecular and physiological consequences of one of these TRDN mutations allowing the analysis of the pathological mechanisms of this disease, but also a better understanding of the normal function of the cardiac CRC
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Garcion, Christophe. "Etude de l'embryogenèse chez Arabidopsis thaliana : caractérisation fonctionnelle et moléculaire de EMB506 et AKR, deux gènes nucléaires codant pour des protéines plastidiales." Perpignan, 2004. http://www.theses.fr/2004PERP0530.
Full textAbstract:
Le gène EMB506 code pour une protéine chloroplastique essentielle au développement de l'embryon chez Arabidopsis thaliana. Par complémentation de la mutation emb506 au cours de l'embryogenèse uniquement, un phénotype post-embryonnaire de chlorose des inflorescences a pu être observé. La protéine EMB506 contient un domaine ankyrine, ce qui suggère l'existence de partenaires spécifiques. Chez Arabidopsis seule la protéine AKRP, codée par le gène AKR, présente un domaine semblable. Afin d'identifier les partenaires reconnus par EMB506, une banque d'ADNc de siliques immatures a été criblée par la technique du double-hybride chez la levure. Un seul interactant a été isolé : AKRP. L'utilisation de délétions a montré que les deux partenaires s'associent via leurs domaines ankyrine respectifs. Dans l'optique de pouvoir comparer les rôles d'EMB506 et d'AKRP, et d'évaluer la possibilité que les deux protéines interagissent in vivo, plusieurs approches ont été suivies. Un mutant akr a été isolé. Il présente un phénotype d'arrêt au stade globulaire de l'embryogenèse, comme le mutant emb506. La complémentation du mutant akr pendant l'embryogenèse uniquement, grâce à la construction ABI3::AKR, a permis d'obtenir des plantes homozygotes akr/akr présentant des variégations, indiquant un effet d'AKRP sur le développement du plaste. Une fusion traductionnelle avec la GFP a démontré qu'AKRP était adressé au plaste, comme EMB506. La caractérisation de lignées EMB506::GUS et AKR::GUS, ainsi que du patron d'expression de AKRP par western-blot a également été entreprise. Au total, ces données suggèrent que EMB506 et AKRP sont impliqués dans les mêmes fonctions pendant et après l'embryogenèseThe EMB506 gene codes for a plastidial protein required for embryo development in Arabidopsis thaliana. Complementing the emb506 mutation only during embryogenesis resulted in a post-embryonic chlorotic phenotype of inflorescences. The EMB506 protein contains an ankyrin repeat domain which suggests the existence of specific interacting proteins. In Arabidopsis only AKRP coded by the AKR gene, displays a similar domain. In order to identify partners recognized by EMB506, a cDNA library from immature siliques was screened using the two-hybrid system in yeast. Only one interacting protein was discovered : AKRP. Using domain deletions it was shown that these two proteins bind each other via their respective ankyrin repeat domain. With the aim of comparing EMB506 and AKRP roles, and to assess the possibility that these two proteins may interact in vivo, several approaches were used. An akr mutant was isolated which exhibits a globular stage developmental arrest, like the emb506 mutant. Complementing this mutant during embryogenesis only, by the ABI3::AKR construct, yielded homozygous akr/akr plants displaying variegations, which suggests an effect of AKRP on plastid development. A translational fusion with GFP demonstrated that AKRP is targeted to the plastid, again like EMB506. Characterization of some EMB506::GUS and AKR::GUS lines, as well as the study of the AKRP protein expression profile, was undertaken. In conclusion, these data suggest that EMB506 and AKRP are involved in the same functions during and after embryogenesis, and underline the importance of the plastid in embryo development
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Roy, Vincent. "Caractérisation de gènes codant pour des protéines de surface de la bactérie actinobacillus pleuropneumoniae à l'aide d'un procédé d'invasion de cellules HeLa." Thèse, Université du Québec à Trois-Rivières, 2006. http://depot-e.uqtr.ca/1226/1/000137584.pdf.
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Billard, Lise-Marie. "Expression des gènes codant les protéines liant l'ADN méthylé (MBD) dans les cancers du sein : implication des MBD dans la répression transcriptionnelle de gènes suppresseurs de tumeurs BRCA1 et CDX1." Lyon 1, 2003. http://www.theses.fr/2003LYO1T083.
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Boutrot, Freddy. "Caractérisation de gènes codant des protéines de transfert de lipides non spécifiques (nsLTP) de blé tendre : Régulation de l'expression d'un gène rapporteur, chez le riz, sous contrôle de différents promoteurs nsLtp." Montpellier 2, 2004. http://www.theses.fr/2004MON20172.
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Leclercq, Julie. "La transduction des signaux au cours de la maturation du fruit de tomate : isolement et caractérisation de deux gènes codant pour des protéines kinases." Toulouse, INPT, 2002. http://www.theses.fr/2002INPT004A.
Full textAbstract:
La maturation est un processus complexe faisant intervenir de nombreux changements tant au niveau biochimique que physiologique et moléculaire. La phosphorylation, assurée par des protéines kinases, est une modification qui permet d'activer ou de désactiver des protéines cibles. Ces dernières peuvent être soit des membres d'une chaîne de transduction, soit des facteurs de transcription, soit des ensymes impliquées dans le métabolisme primaire et secondaire dans la régulation des flux ioniques, dans la croissance et la division cellulaire. Au laboratoire, ont été isolés des gènes de tomate, codant pour des protéines kinases et régulés pendant la maturation du fruit. Le premier gène, LeCTR1, isolé par DDRT-PCR (Differential Display Reverse Transcription-PCR), code pour une MAPKKK (Mitogen Activated Protein Kinase Kinase Kinase) et est très homologue au gène CTR1 d'Arabidopsis, décrit comme un régulateur négatif de la voie de transduction du signal d'éthylène. (. . . ) Le deuxième gène isolé, LeCRK1-related kinase, et est régulé pendant la maturation de la tomate et par un traitement à l'éthylène. Au niveau biochimique, LeCRK1 est affine pour la calmoduline de manière calcium dépendante. Cependant, son activité kinase est indépendante du calcium et de la calmoduline. L'expression transitoire dans des protoplastes d'une construction LeCRK1 en fusion avec la GFP, montre que LeCRK1 se fixe sur la membrane plasmique et que ce ciblage est assuré par une myristoylation et dans la moindre mesure par une palmitoylation. (. . . )
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Billaut-Mulot, Odile. "Clonage et caractérisation moléculaire des gènes codant pour le complexe d'élongation EF-1 de la synthèse protéique de Trypanosoma cruzi : approche fonctionnelle par la technique de transfection." Lille 1, 1996. https://pepite-depot.univ-lille.fr/LIBRE/Th_Num/1996/50376-1996-198.pdf.
Full textAbstract:
Nous avons cloné et séquencé des adnc et certains gènes codant pour l'ensemble des sous-unités du facteur d'élongation ef-1. Après le séquençage de l'adnc codant pour tcef-1, nous avons rapporté pour la première fois que cette sous-unité possède des homologies de séquence avec les gsts. Il est donc vraisemblable que cette protéine puisse jouer un rôle dans d'autres processus biologiques. Afin de répondre à cette question, nous avons conduit des expériences de transfection avec une construction plasmidique permettant la surexpression de tcef-1. Cette surexpression induit l'apparition de mutants dont le phénotype se caractérise par une résistance accrue à la clomipramine. Ces résultats suggèrent que tcef-1, par son domaine de type gst, pourrait participer au phénomène de détoxication des xénobiotiques. Dans un deuxième temps, nous avons cloné et séquence le gène codant pour tcef-1, exprime la protéine dans le système bactérien et produit des anticorps et nous avons étudié sa localisation chez la forme épimastigote au cours de la croissance in vitro. Nous avons rapporté que la mort des formes parasitaires en phase stationnaire présente l'ensemble des caractéristiques morphologiques et biochimiques de l'apoptose observée chez les organismes multicellulaires. Le résultat surprenant est que la distribution de la sous-unité est cytoplasmique en phase logarithmique et préférentiellement nucléaire chez les formes en sénescence ou en apoptose présentes dans la phase stationnaire. Afin de confirmer la localisation nucléaire, nous avons traité les parasites avec la généticine que l'on savait induire 100% d'apoptose dans les formes épimastigotes. Dans ces conditions, 100% des formes parasitaires traitées par la drogue montrent une localisation nucléaire de tcef-1. Ainsi, outre la fonction d'élongation de la synthèse protéique ef-1 pourrait jouer un rôle dans la transcription en relation avec le processus de vieillissement ou de mort par apoptose
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Vacher, Sébastien. "La signalisation glucose chez le champignon phytopathogène Sclerotinia sclerotiorum : caractérisation du gène snfS codant pour une protéine kinase." Lyon 1, 2002. http://www.theses.fr/2002LYO10149.
Full textAbstract:
Le champignon phytopathogène Sclerotinia sclerotiorum peut attaquer et macérer un grand nombre d'espèces de plantes grâce à la sécrétion d'une collection d'enzymes lytiques. L'expression de la majorité des enzymes dégradatives de la paroi des plantes est régulée au niveau transcriptionnel et soumis à la répression glucose contrôlée par CRE, un homologue de Mig1p. Chez la levure, la fonction de Mig1p est modulée par phosphorylation due à la protéine kinase Snf1p en réponse aux modifications de conditions environnementales. Cette kinase intervient aussi dans de nombreux phénomènes généraux comme la méiose ou le vieillissement cellulaire. Nous avons cloné le gène snfS de S. Sclerotiorum dans le but de remonter la cascade de signalisation qui indique au champignon la présence de glucose dans le milieu. Le gène snfS code pour une protéine de 765 acides aminés au Pi théorique de 7,4 qui possède toutes les structures caractéristiques d'une sérine thréonine protéine kinase. L'étude en RT-PCR a montré que snfS est exprimé durant la pathogenèse et durant la phase saprophyte à un niveau constant caractéristique d'une expression constitutive. Le cDNA de snfS peut complémenter partiellement le mutant snf1 de la levure car les cellules complémentées ne peuvent utiliser toutes les sources de carbone assimilées par les cellules sauvages. La régulation de l'activité de Snf1p chez la levure est liée à des interactions entre deux différents domaines de la protéine et des sous-unités du complexe enzymatique. En double hybride, des interactions entre deux protéines SNFS ont été détectées et elles interviennent au niveau du domaine régulateur mais pas entre les deux domaines de la protéine. Enfin, la protéine fusion SNFS::GFP apparaît localisée dans tout le cytoplasme et la localisation est partiellement sous le contrôle de la source de carbone présente dans le milieu. Tous ces résultats indiquent que la régulation des homologues SNFS chez la levure et le champignon filamenteux est différente.
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Presse, Françoise. "Étude de la structure et de l'expression au cours du développement de Dictyostelium discoideum de deux gènes codant pour des protéines apparentées à des thiol-protéases." Paris 11, 1985. http://www.theses.fr/1985PA112235.
Full textAbstract:
L’objectif de cette thèse est la caractérisation et l’étude de séquences géniques régulées différentiellement au cours du développement de Dictyostelium discoideum. Par sélection d’une banque d’ADN génomique de D. Discoideum avec une sonde d’ADNc correspondant à un gêne régulé au cours du développement, nous avons isolé une séquence d’ADN génomique. L’analyse structurale des gènes et l’établissement des séquences nucléotidiques ont montré une organisation différente et une faible identité nucléotidique globale (25%) entre ces deux gènes. Cependant d’importants homologies ont été trouvées au niveau des séquences protéiques correspondantes, particulièrement dans une région correspondant au site actif de diverses thiol-protéases (cathepsine H et B. , papaïne, actinidine). Ces résultats suggèrent donc que les gènes correspondant à ces deux séquences clonées codent vraisemblablement pour des enzymes protéolytiques distinctes appartement à la classe des thiol-protéases. L’étude de la régulation de ‘l’expression de ces deux gènes a révélé que les ARNms spécifiques apparaissaient dans le cytoplasme au stade de l’agrégation et qu’ils s’accumulaient à des étapes différentes du développement. Par ailleurs, les travaux de distribution subcellulaire et de transcription in vitro ont montré que l’expression de ces deux gènes était principalement régulée au niveau de la transcription. Cependant, dans le cas du gène correspondant au clone génomique, certains mécanismes post-transcriptionnels pourraient également intervenir de façon additive. Les perspectives de travail proposées devraient permettre de mieux comprendre la régulation de la synthèse de ces protases et leur rôle dans le processus de différenciation cellulaire de Dictyostelium discoideum.
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Mevelec, Marie Noëlle. "Caractérisation du gène codant pour GRA4, protéine de granules dnses de Toxoplasma gondii et expression sous forme de protéines recombinantes procaryotes : antigénicité-immunogénicité." Tours, 1995. http://www.theses.fr/1995TOUR3805.
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Laplace, Catherine. "Clonage des gènes codant pour deux isoformes du transporteur de nucléotides adényliques chez la souris : étude de l'expression au cours de la différenciation cardiaque." Bordeaux 2, 1996. http://www.theses.fr/1996BOR28458.
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Bascles, Lionel. "Myelinogénèse du système nerveux périphérique de la souris normale et de la souris Trembler : étude comparative de l'expression des gènes codant pour les protéines de la myéline." Bordeaux 2, 1993. http://www.theses.fr/1993BOR28261.
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Lahaye, Katia. "Caractérisation du gène XNAP codant pour une protéine à motifs Ankyrin impliquée dans la voie de signalisation Notch." Doctoral thesis, Universite Libre de Bruxelles, 2005. http://hdl.handle.net/2013/ULB-DIPOT:oai:dipot.ulb.ac.be:2013/211023.
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Mercier, Corinne. "Toxoplasma gondii : caractérisation moléculaire d'un antigène de granules denses (GRA2). Mise en évidence des promoteurs de transcription des gènes codant pour les protéines granulaires GRA1, GRA2, GRA5 et GRA6." Lille 1, 1994. http://www.theses.fr/1994LIL10043.
Full textAbstract:
Au cours de ce travail, nous avons entrepris la caracterisation moleculaire de la proteine p28 ou gra2 de toxoplasma gondii. L'antigene gra2 est commun aux stades tachyzoite (stade invasif durant lequel le parasite se divise dans une vacuole parasitophore) et bradyzoite (caracterise par l'enkystement des toxoplasmes). Cette molecule stockee dans les granules denses, est secretee apres l'invasion et est detectee en association avec le reseau de tubules membranaires intravacuolaires. Le clonage et le sequencage de clones d'adnc et d'un clone d'adn genomique ont montre que le gene (1,3 kb) codant pour la proteine nommee gra2 est constitue de deux exons separes par un intron de 241 pb. La sequence en acides amines deduite de l'adnc a ete confirmee en partie par 5 sequences peptidiques issues de la proteine native purifiee par hplc. Les 23 acides amines n-terminaux de gra2 possedent les caracteristiques d'une sequence signal. Le domaine central de la chaine polypeptidique pourrait etre arrange sous forme de 2 alpha helices amphipathiques qui pourraient etre les structures responsables de l'association de gra2 aux membranes du reseau intravacuolaire. L'utilisation de peptides recombinants ainsi que de peptides synthetiques dans un systeme d'elisa direct ont permis de montrer que la proteine gra2 contient au moins 3 epitopes b reconnus par les serums humains d'infection chronique et aigue. Un des epitopes, constitue des 15 acides amines c-terminaux, est aussi reconnu par l'anticorps monoclonal de souris tg17-179. Le meme systeme d'expression, applique a la proteine de granules denses gra1, a permis de souligner l'interet diagnostique de ce dernier composant. Afin de mettre en evidence les promoteurs de transcription des genes de granules denses, les regions 5 des genes gra1 (379pb), gra2 (276pb), gra5 (3205pb) et gra6 (265pb) ont ete clonees devant le gene bacterien codant pour la chloramphenicol acetyl transferase bacterienne. Ces regions permettent l'expression d'une activite cat apres transfection transitoire du toxoplasme. L'analyse de mutants de deletion a permis de localiser les regions promotrices des genes gra dans le proche environnement du site de demarrage de la transcription (-107 a -47 pour gra1, -73 a -37 pour gra2, -51 a -13 pour gra5, -85 a -27 pour gra6). L'analyse de la sequence de ces regions promotrices a mis eu evidence la presence d'un motif caat (-76 a -71) en amont du gene gra1 et de 2 motifs repetes et riches en purines (a/tgagacg) en amont des 4 genes. La transfection de constructions hybrides dans lesquelles les regions 5 non traduites des genes gra1 et gra6 ont ete permutees, montre que ces regions participent aussi au controle de l'expression des proteines gra.
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Bardou, Florian. "Les AtNSRs, protéines régulatrices de l’épissage alternatif et du silencing post transcriptionnel." Thesis, Paris 11, 2013. http://www.theses.fr/2013PA112054/document.
Full textAbstract:
Chez les eucaryotes, plusieurs protéines liant l'ARN ou RBPs agissent sur l'ARNm à différents niveaux, de l'épissage à la traduction. Récemment, un grand nombre d’ARN non-codant des protéines (npcRNAs) ont été identifiés chez les eucaryotes et ont été montré comme interagissant avec une variété de ribonucléoprotéines (RNP) pour contrôler l'expression des gènes au niveau post-transcriptionnel. Nous avons identifié une Nuclear-Speckle RBP (ou NSR) qui interagit avec le npcRNA, ENOD40, un lncARN qui s'accumule au cours de la formation des racines latérales et des nodules chez les légumineuses. Durant cette thèse nous avons analysé le rôle des NSR d’Arabidopsis thaliana ainsi que leur lien avec les npcARN.Deux gènes AtNSRs homologues existent chez Arabidopsis nommés NSRa et NSRb, ces gènes codent des protéines localisées dans des speckles nucléaires avec certaines protéines apparentées à l’épissage. Fait intéressant, les fusions AtNSR-GFP sont relocalisées dans des granules cytoplasmiques dans certaines cellules des racines différenciées ainsi que lors d’une co-expression éctopique de ENOD40. Le gène AtNSRb est régulé par l'auxine alors AtNSRa est constitutif. Les simples mutants Atnsr ne montrent pas de phénotype, mais la croissance des racines des doubles mutants est partiellement insensible à l'auxine, ce qui suggère une fonction redondante de ces protéines dans les racines. La localisation observée pour ces protéines nous a mené à explorer un rôle des NSRs dans l’épissage, nous avons donc analysé le profil d'épissage de 288 gènes en réponse à l'auxine chez Arabidopsis et comparé ces profils entre le WT et les mutants nsra/nsrb. Tout d’abord nous avons remarqué que l’épissage général ne variait pas, en revanche, l’analyse de 288 gènes alternativement épissés montre que le profil d'épissage de 77 gènes semble être modifié durant la réponse à l'auxine et 51 gènes nécessitent les protéines AtNSR pour ce changement. Afin de vérifier l’interaction des NSRs avec les cibles d’AS et avec les npcARN nous avons co-immunoprécipité les NSRs et nous avons identifié au moins 5 cible d’AS et 2 npcARN. L’expression de l’ARN ENOD40 ainsi que du partenaire npcARN module L’AS chez Arabidopsis. Dans un deuxième chapitre, nous avons exploré le rôle des NSRs dans le PTGS déclenché par un transgène contenant un intron ce qui nous a permis de lier l’épissage alternatif et le silencing. Nous proposons donc que les NSRs pourraient lier l’épissage alternatif et l’action des ARN non codants, notamment lors de la croissance de la racineIn eukaryotes, several RNA binding proteins (RBPs) act on mRNA at various levels from splicing to translation. Recently a large number of non-protein coding RNAs (npcRNAs) have been identified in eukaryotes and shown to integrate into a variety of ribonucleoproteins (RNP) to control posttranscriptional gene expression. Our laboratory has identified a plant Nuclear-Speckle RBP (or NSR) that interacts with an npcRNA, ENOD40 that accumulates during lateral root and nodule formation in legumes. NSR is relocalised into a cytoplasmic RNP in the ENOD40-expressing cells. During this PhD, we have analysed the role of NSRs in Arabidopsis thaliana and its link with npcRNAs. Two AtNSR homologs from Arabidopsis thaliana, named AtNSRa and AtNSRb, code for proteins also localised in nuclear speckles together with certain splicing-related proteins. Interestingly, AtNSR-GFP fusions are relocalised into cytoplasmic granules in certain differentiated root cells and by ectopic expression of the ENOD40 RNA. The AtNSRb gene is regulated by auxin whereas AtNSRa is constitutive. Root growth and lateral root formation of double nsra/nsrb mutants is partially insensitive to auxin. The localisation of these proteins prompted us to explore roles in splicing. No defects in general splicing were observed however analysis of 288 alternatively spliced genes in WT and nsra/nsrb roots in response to auxin revealed 77 changes in splicing profiles in response to auxin from which 51 required AtNSRs. In order to validate the interaction of NSRs with alternatively spliced mRNAs and npcRNAs, we have co-immunoprecipitated NSRs and identified at least 5 interacting alternatively spliced mRNAs and 2 npcRNAs. Expression of the ENOD40 RNA or one interacting ncRNA modulate alternatively splicing in Arabidopsis. In a second chapter, we explored the role of NSRs in the modulation of PTGS triggered by intron-containing transgenes allowing us to link alternatively splicing and silencing. We propose that NSRs may link alternative splicing and the action of non-coding RNA, notably during root growth and development
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Eichmann, Anne. "Mise en évidence, clonage et étude de gènes codant pour des protéines-kinases impliquées dans le développement de la crête neurale, du mésoderme et du système vasculaire chez l'embryon d'oiseau." Paris 13, 1994. http://www.theses.fr/1994PA132039.
Full textAbstract:
Par la technique de pcr, vingt-trois molécules du type de protéines-kinases ont été clonées a partir d'ARN isole de l'embryon précoce de caille et de poulet. Parmi ces molécules, quatre récepteurs à activité tyrosine kinase ont été étudiés. Le récepteur au pdgfa constitue un marqueur précoce pour les cellules de la crête neurale mesectodermique. Un nouveau récepteur au fgf, dénommé frek a été cloné et semble selon son expression dans l'embryon, jouer un rôle dans le développement des dérivés mésodermiques, y compris le muscle squelettique et le cartilage. Deux récepteurs à vegf ont été clones, ils sont exprimés spécifiquement dans les cellules endothéliales de l'embryon jeune. Au cours de la maturation du système vasculaire, ces récepteurs disparaissent.
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Poyet, Jean-Luc. "Etude des protéines antivirales de la plante Phytolacca americana (PAPs) : caractérisation et expression chez E. coli des gènes codant pour la PAP I, la PAP II et la PAP-S : Etude du mécanisme réactionnel de la PAP II : mise en évidence d'un complexe protéique dans lequel l'activité de la PAP est inhibée." Besançon, 1996. http://www.theses.fr/1996BESA2025.
Full textAbstract:
La plante pokeweed (phytolacca americana) produit en grande quantite plusieurs toxines appelees paps (pokeweed antiviral proteins), trouvees dans les feuilles (pap i et pap ii) ou dans les graines (pap-s). Les paps, qui appartiennent a la famille des ribosome-inactivating proteins (rips), possedent a la fois une activite antivirale a large spectre et un effet inhibiteur tres prononce sur la traduction grace a leur activite arn n-glycosidase. Nous avons clone puis exprimes chez e. Coli les genes codant pour les differentes paps. Les paps recombinantes purifiees (de l'ordre de 10 mg de proteines recombinantes par litre de culture bacterienne) possedent les memes fonctions biologiques que les toxines purifiees de la plante. Nous avons montre que, contrairement aux autres paps, un gene de la pap ii comporte un intron ; ceci permet de suggerer que la pap ii represente la forme ancestrale des paps. Une etude preliminaire du mecanisme reactionnel des rips a ete realisee en utilisant deux approches complementaires. Nous avons procede a une modelisation moleculaire de la structure tridimensionnelle de la pap ii. Parallelement, des experiences de mutagenese dirigee ont ete realisees sur le gene de la pap ii. L'analyse des resultats obtenus permet de proposer un mecanisme reactionnel de l'activite n-glycosidase des rips. Nous avons mis en evidence une forme complexee de la pap i dans un extrait de feuilles de pokeweed. Cette forme complexee, appelee papi, possede un pi inferieure a celui de la toxine libre, ce qui permet leur separation par electrophorese en conditions non denaturantes. L'activite de la pap i impliquee dans ce complexe proteique est fortement ou totalement inhibee mais cette activite est restauree apres denaturation thermique du complexe. Des experiences preliminaires de caracterisation de la papi nous ont permis de suggerer que la papi pourrait correspondre soit a un homodimere de la toxine soit a un complexe pap i-proteine de 21 kda. La finalite de ce complexe pourrait etre la protection des ribosomes la plante vis-a-vis des toxines qu'elle synthetise
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Menaa, Farid. "Identification de gènes humains impliqués dans la réponse cellulaire aux radiations ionisantes : études moléculaire et cellulaire du gène codant l'hélicase p68 dans les cellules de mammifères." Paris 7, 2003. http://www.theses.fr/2003PA077173.
Full text
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Daigle, François. "Étude de la fonction du gène tdd8 (SCO2368) codant pour une des protéines ayant un domaine TerD chez Streptomyces coelicolor." Thèse, Université de Sherbrooke, 2014. http://savoirs.usherbrooke.ca/handle/11143/5290.
Full textAbstract:
Le rôle des protéines avec un motif TerD est depuis toujours insaisissable. La séquence en acides aminés qui correspond au motif TerD est répandue dans les génomes de plusieurs espèces bactériennes. Les recherches effectuées dans le cadre de ce doctorat avaient pour objectif d’identifier le rôle du gène tdd8 (SCO2368) qui code pour une protéine avec un motif TerD chez Streptomyces coelicolor. Sur la base d’une étude comparative du transcriptome de souches présentant une expression différentielle de tdd8, il a été possible de déterminer l’implication de tdd8 dans plusieurs systèmes de régulation. Les résultats obtenus ont permis d'établir que le niveau d’expression de tdd8 peut jouer un rôle dans le mécanisme de la différenciation morphologique et de la sporulation, dans le métabolisme de l’azote et dans l’équilibre redox. La protéine Tdd8 semble avoir un rôle dans divers processus cellulaires de par son implication dans l’homéostasie du calcium intracellulaire qui a été démontrée dans cette étude. Parmi les gènes qui semblent affectés par le taux d’expression de tdd8, ces recherches ont identifié un regroupement de gènes impliqués dans la réponse au stress redox. La plupart de ces gènes sont positionnés sur deux loci et leur expression implique un système de régulation analogue au régulon DosR retrouvé chez Mycobactérium tuberculosis. La croissance de la souche M145 de S. coelicolor en conditions de stress (hypoxie et présence d’oxyde nitrique) a permis de confirmer l’induction de ces gènes et des recherches bioinformatiques ont permis d’identifier un motif de liaison DosR dans les séquences qui précèdes la région codante de plusieurs gènes situés dans les deux loci identifiés. Les recherches ont également permis une meilleure caractérisation du métabolisme de l’azote et notamment une implication de tdd8 dans la régulation de ce métabolisme. Ces travaux s’inscrivent dans un processus de recherche fondamentale qui permet de mieux comprendre le rôle des protéines avec un motif TerD.
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Simon-Kayser, Barbara. "Identification d'un gène humain localisé en 17q12, codant pour un membre de la famille F-box (Fbxo47) : étude des caractéristiques de la protéine." Nantes, 2006. http://archive.bu.univ-nantes.fr/pollux/show.action?id=9ed39bb9-3443-422a-a221-ce1ddba667f4.
Full textAbstract:
Les altérations chromosomiques dans la région 17q surviennent dans de nombreux cancers, incluant les tumeurs papillaires rénales (pRCC), suggérant la présence d'un gène impliqué dans l'oncogenèse. Une analyse de perte d'hétérozygotie sur 15 cas de pRCC nous a permis de définir une zone minimale de délétion autour du marqueur D17S250 (17q12), dans laquelle nous avons isolé un nouveau gène, FBXO47. Ce transcrit apparaît fortement exprimé dans le testicule. La recherche de domaines protéiques caractéristiques a permis de montrer la présence: d'un domaine F-box, dont nous avons démontré la fonctionnalité; d'un motif Leucine-zipper ; d'une séquence d'adressage mitochondrial. Le motif F-box définit une famille de protéines dont la majorité des membres appartient à la voie de dégradation ubiquitine-protéasome dépendante. Afin de déterminer le rôle de Fbxo47 au sein de la cellule, nous avons cherché à identifier ses protéines partenaires. La technique de double-hybride nous a permis d'identifier Gfm1, facteur d'élongation principal de la traduction mitochondriale. Ce travail de thèse représente donc la première description de la présence du système F-box dans la matrice mitochondriale chez l'hommeGenetic alterations of chromosome arm 17q occur in numerous tumor types, including papillary renal cell carcinoma (pRCC). It suggests the presence of a tumor suppressor gene on the long arm of chromosome 17, which is critical for carcinogenesis. In this study, we analyzed 15 cases of pRCC for LOH. We identified a minimal deleted region in which the D17S250 marker (17q12). We isolated the cDNA of a novel gene named FBXO47. FBXO47 cDNA is preferentially expressed in normal tissue, particularly in the testis. The search of characteristic protein domains showed the presence of: a F-box domain, that we showed the functionality in vitro and in vivo; a Leucine-zipper; and a sequence of addressing mitochondrial. Most proteins of the family defined by the F-box motif belong to the ubiquitine-proteasome pathway. In order to determine the cellular function of Fbxo47, we sought to identify its protein partners. A screening in two- hybrid system enabled us to identify the protein Gfm1, the principal elongation factor of the mitochondrial translation. This thesis work represents indeed the first description of the presence of F-box system in mitochondrial matrix in human
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Chevillard, Martine. "Structure fine du gène de la protéine de la soie P25, chez Bombyx mori : analyse comparée de sa séquence nucléotidique avec celle des gènes codant pour la fibroïne et la séricine." Lyon 1, 1986. http://www.theses.fr/1986LYO19030.
Full text
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Nadjar, Yann. "Susd2 et Susd4 sont deux nouveaux gènes codant pour des protéines avec domaines CCP (Complement Control Protein) jouant un rôle dans plusieurs étapes du développement des circuits neuronaux au sein de cultures d'hippocampe de rat." Thesis, Paris 6, 2014. http://www.theses.fr/2014PA066664/document.
Full textAbstract:
Le développement cérébral est une succession d'étapes aboutissant à l'établissement d'un réseau neuronal. Il fait intervenir de nombreuses molécules comme des protéines d'adhésion permettant l'interaction des neurones avec leur environnement. L'implication de nombreux gènes codant des protéines d'adhésion dans la physiopathologie de maladies neuropsychiatriques comme l'autisme souligne l'intérêt à en identifier de nouveaux. Pendant ma thèse, j'ai pu caractériser deux nouveaux gènes, Susd2 et Susd4, codant des protéines contenant des domaines CCP (Complement Control Protein), classiquement connus pour leur présence dans les protéines participant à la régulation du système du Complément. Récemment, des protéines à domaines CCP ont été décrites chez la souris comme ayant une fonction dans le développement neuronal. L'existence de nombreuses protéines prédites à domaines CCP sans fonction connue m'ont conduit à tenter de caractériser Susd2 et Susd4 qui en font partie.Susd2 est exprimé dans les neurones au sein de cultures de cellules d'hippocampe de rat. Son expression atteint un pic à un stade post natal précoce, suggérant une fonction développementale. La protéine Susd2 recombinante a une localisation neuronale diffuse, mais est particulièrement enrichie dans les synapses excitatrices. La diminution de l'expression de Susd2 a pour conséquences un défaut de croissance axonale, une augmentation de la croissance dendritique, et une inhibition spécifique de la synaptogénèse excitatrice. Susd4 est également exprimé dans les neurones, avec un pic d'expression au stade embryonnaire, et semble jouer un rôle de régulation du développement dendritiqueDuring brain development, several steps precisely coordinated lead to establishment of a functional neuronal network. Many molecules participate to this process, including adhesion proteins mediating interactions between neurons and their environment. Involvement of numerous genes coding for adhesion proteins in neuropsychiatric diseases such as autism argue for usefulness of identifying new ones. During my PhD, I characterized two new genes, Sud2 and Susd4, coding for proteins containing CCP domains (Complement Control Protein), classically described in proteins involved in Complement regulation system. Recently, in mammals, CCP containing proteins were shown to be involved in neuronal development. Identification of several predicted CCP containing proteins without a known function prompted me to characterize Susd2 and Susd4 which are part of them.Susd2 is expressed in neurons from hippocampal cell cultures. Its peak of expression takes place in early post natal period, suggesting a developmental function. Susd2 recombinant protein has a diffuse neuronal localization, but is particularly enriched in excitatory synapses. Decreased expression of Susd2 leads to decreased axonal growth, increased dendritic growth, and specific inhibition of excitatory synaptogenesis. Susd4 is also expressed in neurons, with a peak of expression during embryonic development, and seems to act as a regulator of dendritic growth
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Khoja, Hyder Ali. "Caractérisation de deux gènes codant pour des petites protéi͏̈nes de type Rab liant le GTP, LeRab6 et LeER43, chez la tomate (Lycopersicon esculentum, Mill)." Toulouse, INPT, 2003. http://www.theses.fr/2003INPT006A.
Full textAbstract:
Considérant que la maturation des fruits, comme d'autres processus de développement implique un transport intracellulaire de protéines, plus spécialement le transfert vers la paroi d'enzymes capables de dégrader les polymères pariétaux, nous avons isolé deux gènes LeRab6 et LeER43 codant des protéines de petite taille de type Rab liant le GTP, respectivement à partir d'une banque de ADNc de tomate (Lycopersicon esculentum, Mill) et de DDRT-PCR (Differential Display Reverse Transcription-PCR). Les profils d'expression par Northern blot et RT-PCR montrent une faible abondance de mRNA de LeRab6 au cours du développement du fruit de tomates Micro-Tom par comparaison avec les autres organes de la plante. Des études de ciblage cellulaire ont été réalisées en utilisant des constructions GFP (Green Fluorescent Protein)-LeRab6 et -LeER43 exprimées transitoirement dans des protoplastes de tabac. Les images de microscopie confocale ont montré une localisation cytoplasmique des deux types de protéines en accord avec leur rôle putatif dans le trafic vésiculaire. Des plantes de tomates ont été transformées via Agrobacterium tumefaciens avec une construction antisens de ces gènes. Les plantes transgéniques sous-exprimant LeRab6 présentent une dominance apicale réduite, un port buissonnant, un nanisme, une croissance déterminée, une inflorescence compacte et une ramification anormale. Un tel phénotype suggère que la balance hormonale impliquée dans la croissance et le développement est fortement affectée. En effet, l'application in vitro de différents rapports auxine/cytokinine montrent que les plantes antisens LeRab6 présentent une sensibilité réduite aux auxines lors de la rhizogenèse. Quant aux plantes antisens LeER43, le seul phénotype notable concerne la fermeté plus élevée des fruits antisens par rapport aux fruits témoins. Nous proposons que l'inhibition de l'expression de LeER43 empêche le transfert dans la paroi d'enzymes de dégradation de la paroi.
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Ahmed, Emad Khairy Ibrahim. "Modifications du protéome de fibroblastes WI-38 humains au cours du vieillissement cellulaire." Paris 7, 2010. http://www.theses.fr/2010PA077058.
Full textAbstract:
Nous avons étudié la nature des protéines oxydés et des protéines également modifié par le produit de peroxydation lipidique : 4-hydroxy-2-nonenal (HNE) et par glycoxydation (AGE) dans des fibroblastes sénescents humains WI-38. En utilisant l'électrophorèse bidimensionnelle, immunodétection des adduits sur les protéines modifiées couplée à la spectrométrie de masse, nous avons identifié les protéines ciblées par ces modifications et nous avons trouvé des protéines du cytosquelette, des protéines impliquées dans le métabolisme, le transport, la communication et la régulation cellulaire. La vimentine, protéine qui fait partie des filaments intermédiaires, a été ciblée pour les trois types de modifications. Une des raisons de l'accumulation de tels dommages dans les fibroblastes WI-38 sénescents est la détérioration du système de réparation méthionine sulfoxyde réductase (MSR) avec beaucoup plus de détérioration détectée dans les mitochondries que le cytosol. L'accumulation de protéines modifiées par AGE pourrait s'expliquer par la baisse significative détectée de l'activité spécifique de la Glyoxalase-I et également par l'inactivation de l'enzyme glucose-6-phosphate déshydrogénase, fournisseur du NADPH, dans les cellules sénescentes. D'autre part, une augmentation de l'activité protéolytique mitochondriale stimulée par l'ATP (associée aux protéases de la matrice mitochondriale Lon et ClpXP) est détectée dans les mitochondries sénescentes. Cette activité provient probablement de l'activation des deux protéases Lon et ClpXP et mais reste insuffisante pour faire face à l'augmentation du niveau de protéines endommagés dans les mitochondries des fibroblastes sénescentsWe investigated the occurrence of oxidized proteins (carbonylation) and also proteins modified by lipid peroxidation product (4-hydroxy-2-nonenal: HNE) and glycoxidation (AGEs) adducts in senescent human fibroblasts WI-38. By using two-dimensional electrophoresis, immunoblotting coupled with mass spectrometry, proteins selectively targeted by these modifications could be identified and found to include a variety of targets performing different cellular fonctions. The cytoskeletal protein vimentin, which is one of the intermediate filaments, was found to be target for the three types of modifications. One of the reasons of the accumulation of such damage inside the senescent WI-38 is the deterioration of the protein repair System methionine sulphoxide reductase (Msr) with much more deterioration detected inside the mitochondria than the cytosol. Accumulation of AGE-modified proteins could be explained by the large significant decrease detected in glyoxalase-I specific activity together with the inactivation of the NADPH provider enzyme glucose-6-phosphate dehydrogenase in senescent cells. On the other hand, an increase in the total ATP-stimulated proteolytic activity (associated with the major mitochondrial matrix proteases Lon and ClpXP) is detected in the whole mitochondrial preparation of senescent mitochondria compared to young ones. This activity is likely due to the activation of the two proteases Lon and ClpXP but is not sufficient to cope with the increased level of oxidized and damaged proteins in thé mitochondria of senescent fibroblasts
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Duban, Matthieu. "Clonage et caractérisation de deux gènes codant des récepteurs transmembranaires à activité kinase chez Cichorium intybus L. : expression au cours des phases précoces de l'embryogenèse somatique et du développement de la graine." Lille 1, 2004. https://ori-nuxeo.univ-lille1.fr/nuxeo/site/esupversions/fbe870e9-e5ad-4add-8e69-85beb3d4c600.
Full textAbstract:
L'embryogenèse somatique est le processus par lequel des. Cellules somatiques, après une phase de dédifférenciation, se redifférencient pour former un embryon, présentant des caractéristiques morphologiques semblables à celles d'un embryon zygotique. Certains génotypes de chicorée ont la capacité à produire des embryons somatiques d'origine unicellulaire et directe ce qui en fait un bon modèle pour l'étude des phases précoces de l'induction de l'embryogenèse somatique, lorsque les cellules différenciées se dédifférencient pour acquérir la compétence embryogène. SERK (Somatic Embryogenesis Receptor-like Kinase) est un gène qui a été mis en évidence initialement chez la carotte et dont l'expression marque la compétence embryogène des cellules dédifférenèiées. Ce gène a par ailleurs été également mis en évidence au cours des phases précoces de l'embryogenese zygotique. Il code un récepteur transmembranaire à activité sérine/thréonine kinase. Lors de ce travail, nous nous sommes proposés d'identifier chez la chicorée des gènes apparentés à SERK et d'étudier leur implication potentielle au cours des phases précoces de l'embryogenèse somatique ainsi que lors de l'embryogenèse zygotique. Deux gènes (CiSERK1 et CiSERK2) ont ainsi été mis en évidence. Les protéines déduites montrent une forte identité de séquence avec les séquences de SERK de carotte et d'ArabidopsisL'étude de l'expression des produits de ces gènes au cours de l'embryogenèse somatique de génotypes embryogène et non embryogène ainsi que lors de l'embryogenèse zygotique a été réalisée selon deux approches. Une analyse de la variation des niveaux. De transcrits a été réalisée par RT-PCR en temps réel. Parallèlement, l'accumulation de protéines a été suivie après obtention et purification d'anticorps polyclonaux dirigés contre le domaine kinase de CiSERK1. Les résultats indiquent que l'expression des gènes identifiés chez la chicorée n'est pas induite au cours des phases précoces de l'embryogenèse somatique. Le gène CiSERK2 ne présente pas de variation de son profil d'expression quel que soit le type d'embryogenèse. Le niveau de transcrits de CiSERK1 diminue au cours de la première demi-journée de culture en conditions embryogènes indépendamment du génotype. Au cours de l'embryogenèse zygotique, le niveau de transcrits de CiSERK1 augmente au stade cotylédonaire. L'approche immunologique a permis de détecter plusieurs protéines au cours de l'induction de l'embryogenèse somatique dont 2 (75 kDa et 62 kDa) sont accumulées de façon corrélée à des états cellulaires caractéristiques de l'induction de l'embryogenèse somatique. Au cours de l'embryogenèse zygotique, plusieurs protéines ont été détectées. Dont une de 62 kDa qui s'accumule au cours du développement de l'embryon.
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Laqueyrerie, Anne. "Clonage du gène codant pour les antigènes de 45/47 KDA de "Mycobacterium tuberculosis" et expression dans "M. Smegmatis" et "E. Coli"." Paris 5, 1994. http://www.theses.fr/1994PA05P009.
Full text
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Dangin, Mathieu. "Contrôle de la différenciation sexuelle de la levure Schizosaccharomyces pombe par un ARN non-codant et la protéine de liaison à l’ARN Mmi1." Thesis, Université Grenoble Alpes (ComUE), 2017. http://www.theses.fr/2017GREAV079/document.
Full textAbstract:
Au cours des cinq dernières années l’existence d’un contrôle de la transcription par les ARN non-codants longs (lncRNAs) a été décrite dans une large variété d’eucaryotes. Cependant, les mécanismes par lesquels les lncRNAs régulent la transcription restent en grande partie méconnus. Les premiers travaux effectués dans le cadre de cette thèse ont participé à la caractérisation du mécanisme mis en jeu par un lncRNA, nommé nam1, dans le contrôle de l’entrée en différenciation sexuelle chez la levure Schizosaccharomyces pombe. Il a ainsi été montré qu’au cours de sa synthèse le lncRNA nam1 est ciblé par la protéine de liaison à l’ARN Mmi1 et une machinerie de surveillance des ARN qui comprend l’exosome, un complexe de dégradation des ARN conservé au cours de l’évolution. La fixation de Mmi1 au lncRNA nam1 contrôle la terminaison de la transcription de nam1 et empêche ainsi la transcription de se poursuivre et d’interférer alors avec la transcription du gène situé en aval (codant pour une MAP kinase essentielle à l’entrée en différenciation). Les travaux suivant montrent l’implication dans ce mécanisme de la protéine Cti1, un des co-facteurs connus de l’exosome. Fait marquant, ces travaux rapportent aussi l’existence d’un mode de production inédit pour un lncRNA. En effet, ils révèlent que la transcription non-interrompue d’un gène codant conduirait à la production d’un ARN bi-cistronique. La maturation co-transcriptionnelle de cet ARN bi-cistronique produirait, d’un côté, un ARN messager et, de l’autre, le lncRNA nam1. Enfin, ils ont permit la caractérisation initiale d’un nouveau composant de la machinerie de surveillance des ARN recrutée sur nam1 par Mmi1. Ainsi, dans leur ensemble, ces travaux contribuent à une meilleure connaissance des mécanismes pouvant être mis en jeu par un lncRNA et agissant en cis pour réguler l’expression génique et, à travers elle, des processus cellulaires majeurs, tel que la différenciation cellulaire. De plus, ils décrivent un nouveau mécanisme de biogénèse d’un lncRNAOver the last five years, the control of transcription mediated by long non-coding RNAs (lncRNAs) has been reported to take place in a wide variety of eukaryotes. However, the mechanisms by which lncRNAs regulate transcription remain relatively poorly described. The first work conducted in the context of this PhD thesis has contributed to the characterization of the mechanism used by a lncRNA, named nam1, to control entry into sexual differentiation of the fission yeast Schizosaccharomyces pombe. It was shown that, while the lncRNA nam1 is being produced, it is targeted by the RNA binding protein Mmi1 and a RNA surveillance machinery that includes the exosome, a conserved complex throughout evolution. The binding of Mmi1 to nam1 lncRNA controls the termination of transcription of nam1, which prevents this non-coding transcription from interfering with the transcription of the downstream gene, coding for a MAP kinase essential to entry into differentiation. The following work shows the importance of the protein Cti1, one of the known co-factor of the exosome, in the nam1-dependent control of sexual differentiation. Remarkably, it also strongly suggests the existence of a new way of producing a lncRNA. Indeed, it reveals that read-through transcription of a protein-coding gene leads to the production of a bi-cistronic RNA, which is co-transcriptionally matured to produce on one side a messenger RNA and on the other side the lncRNA nam1. Finally, this work initiated the characterization of a new component of the RNA surveillance machinery targeting nam1. Collectively, this work brings several insights into the mechanisms used by cis-acting lncRNAs to regulate gene expression and, thereby, major cellular processes such as cell differentiation. Moreover, it also provides insights into the biogenesis of lncRNAs by reporting a new mode of production of lncRNAs