Academic literature on the topic 'G-073'
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Journal articles on the topic "G-073"
Erwin, Terry L. "ARBOREAL BEETLES OF TROPICAL FORESTS: THE XYSTOSOMI GROUP, SUBTRIBE XYSTOSOMINA (COLEOPTERA: CARABIDAE: BEMBIDIINI). PART I. CHARACTER ANALYSIS, TAXONOMY, AND DISTRIBUTION." Canadian Entomologist 126, no. 3 (June 1994): 549–666. http://dx.doi.org/10.4039/ent126549-3.
Full textCrisanto-Juárez, Andrés U., Araceli M. Vera-Guzmán, José L. Chávez-Servia, and José C. Carrillo-Rodríguez. "CALIDAD DE FRUTOS DE TOMATES SILVESTRES (Lycopersicon esculentum var. cerasiforme Dunal) DE OAXACA, MÉXICO." Revista Fitotecnia Mexicana 33, Especial_4 (December 30, 2010): 7. http://dx.doi.org/10.35196/rfm.2010.especial_4.7.
Full textElimam, M. E., and E. R. Ørskov. "Factors affecting the fractional outflow of protein supplements from the rumen 3. Effects of frequency of feeding, intake of water induced by the addition of sodium chloride, and the particle size of protein supplements." Animal Science 40, no. 2 (April 1985): 309–13. http://dx.doi.org/10.1017/s0003356100025423.
Full textPakul, V. N. "Variability and relationships of agronomic traits of spring soft wheat in the conditions of the northern forest-steppe of Western Siberia." Agricultural Science Euro-North-East 23, no. 1 (February 25, 2022): 44–53. http://dx.doi.org/10.30766/2072-9081.2022.23.1.44-53.
Full textZhou, Yunping, Changwei Tian, and Chongqi Jia. "Association of fish and n-3 fatty acid intake with the risk of type 2 diabetes: a meta-analysis of prospective studies." British Journal of Nutrition 108, no. 3 (July 4, 2012): 408–17. http://dx.doi.org/10.1017/s0007114512002036.
Full textZhao, Zhengqing, Yanpeng Li, and Zhongxin Zhao. "M-G-073 XYLARIA NIGRIPESWULING MITIGATES SPATIAL MEMORY IMPAIRMENT INDUCED BY RAPID EYE MOVEMENT SLEEP DEPRIVATION IN THE RAT." Sleep Medicine 12 (September 2011): S41—S42. http://dx.doi.org/10.1016/s1389-9457(11)70151-4.
Full textAsselot, R., V. Bouet, N. Delcroix, P. Pro-Sistiaga, R. Saulnier, L. Chazalviel, and F. Dauphin. "P.1.g.073 Pharmacological MRI: a tool to understand the paradoxical effects of serotonergic type 6 receptors modulation?" European Neuropsychopharmacology 25 (September 2015): S276. http://dx.doi.org/10.1016/s0924-977x(15)30323-0.
Full textZhao, Hanqing, Shaoli Li, Ling Cao, Yi Yuan, Guanhua Xue, Yanling Feng, Chao Yan, Liqiong Wang, Zhaoyang Fan, and Hongmei Sun. "Surveillance of Mycoplasma pneumoniae infection among children in Beijing from 2007 to 2012." Chinese Medical Journal 127, no. 7 (April 5, 2014): 1244–48. http://dx.doi.org/10.3760/cma.j.issn.0366-6999.20131654.
Full textWeeks, J. M., and P. S. Rainbow. "The Uptake and Accumulation of Zinc and Copper From Solution by two Species of Talitrid Amphipods (Crustacea)." Journal of the Marine Biological Association of the United Kingdom 71, no. 4 (November 1991): 811–26. http://dx.doi.org/10.1017/s0025315400053479.
Full textKampf, Anthony R., Jason B. Smith, John M. Hughes, Chi Ma, and Christopher Emproto. "New Minerals from the Redmond Mine, North Carolina, USA: I. Redmondite, Hydroredmondite, and Sulfatoredmondite, Three Minerals Containing the Novel [Pb8O2Zn(OH)6]8+ Structural Unit." Canadian Journal of Mineralogy and Petrology 61, no. 1 (January 1, 2023): 189–202. http://dx.doi.org/10.3749/2200059.
Full textDissertations / Theses on the topic "G-073"
Perrone, Rosalba. "G-QUADRUPLEXES IN THE HIV-1 GENOME AS ANTIVIRAL TARGETS." Doctoral thesis, Università degli studi di Padova, 2014. http://hdl.handle.net/11577/3423796.
Full textSequenze di acidi nucleici ricchi di guanine possiedono la capacità di ripiegarsi in conformazioni secondarie non canoniche dette G-quadruplex. La presenza di sequenze G-quadruplex è stata evidenziata in numerose regioni del genoma umano, ad esempio le estremità telomeriche, i promotori di oncogeni e diverse sequenze codificanti. In particolare, la formazione di strutture G-quadruplex a livello delle regioni promotoriali del genoma umano risulta correlata al silenziamento dell’espressione genica. E’ interessante notare come la presenza di sequenze G-quadruplex nei promotori sia stata descritta anche per genomi di altri organismi eucarioti, tra cui lieviti, e procarioti. Queste evidenze supportano fortemente una funzione regolatoria ubiquitaria svolta dalle strutture G-quadruplex a livello promotoriale, dove agiscono per lo più come silenziatori. Inoltre, anche la presenza di strutture G-quadruplex in sequenze codificanti del genoma umano può regolare l’espressione genica, perturbando il processo di trascrizione. Il presente lavoro di tesi ha avuto come scopo principale lo studio della presenza e della formazione di strutture G-quadruplex a livello del genoma provirale di HIV-1 al fine di valutare possibili effetti antivirali mediati dalla stabilizzazione di queste strutture secondarie. A livello della regione LTR di HIV-1, dove è situato il promotore virale, abbiamo dimostrato la presenza di strutture G-quadruplex analoghe a quelle già descritte a livello di promotori eucariotici. I risultati ottenuti evidenziano per la prima volta una regolazione dell’espressione genica virale da parte di queste strutture. La stabilizzazione delle strutture G-quadruplex virali, mediata da un ligando specifico, è risultata sufficiente a reprimere l’attività promotoriale del virus. Lo stesso composto è risultato inoltre efficace nell’inibire la produzione di HIV-1 in cellule infettate. Anche a livello di sequenze codificanti proteine virali, in particolare la proteina accessoria Nef, abbiamo individuato un cluster di sequenze che possono formare strutture G-quadruplex. L’induzione e la stabilizzazione di queste strutture secondarie mediate da un ligando specifico hanno determinato una significativa riduzione dell’espressione della proteina, supportando ulteriormente la possibilità di una regolazione dell’espressione genica mediata dai G-quadruplex. Inoltre, il medesimo composto è risultato efficace nell’inibire la replicazione virale in cellule infettate con un meccanismo d’azione Nef-dipendente. Infine, è stato effettuato uno screening di ligandi G-quadruplex per valutarne il possibile effetto anti-HIV-1. Diversi composti sono risultati promettenti inibitori virali e sono stati oggetto di caratterizzazioni più approfondite per quanto riguarda il meccanismo d’azione antivirale. I risultati presentati in questa tesi pongono le basi per un’azione anti-HIV-1 mediata da strutture G-quadruplex indotte o stabilizzate da piccole molecole erappresentano un importante punto di partenza per lo sviluppo di composti antivirali con un meccanismo d’azione innovativo.
Soldà, Paola. "Ligands-mediated modulation of G-quadruplex structures within the HIV-1 genome during lytic and latent state of infection." Doctoral thesis, Università degli studi di Padova, 2019. http://hdl.handle.net/11577/3422337.
Full textI G-quadruplex (G4s) sono strutture secondarie non canoniche degli acidi nucleici che sono state identificate in regioni regolatorie del genoma umano, così come in quelle di molti virus. Il gruppo di ricerca della Professoressa Richter ha precedentemente identificato strutture G4 altamente conservate nella regione U3 del genoma di HIV-1 e anche in una regione promotoriale del genoma provirale. In questa tesi tratteremo di come i G4 presenti nell’RNA e nel DNA di HIV-1 possano essere modulati da vari ligandi (sia proteine che composti chimici), ottenendo così la modulazione di importanti processi virologici. La scoperta di meccanismi finora sconosciuti nella regolazione dell’infezione da HIV-1 potrebbe portare all’identificazione di nuovi target per la progettazione di specifici inibitori da poter proporre come antivirali. Inizialmente ci siamo concentrati sull’identificazione di nuove proteine in grado di legare gli RNA G4 e sulla loro conseguente modulazione. Abbiamo dimostrato che la proteina virale nucleocapside (NCp7) è in grado di legare e svolgere il G4 nella regione U3 di HIV-1. E’ importante sottolineare che la risoluzione della struttura G4 mediata da NCp7 è stata osservata favorire il processo di trascrizione inversa. Al contrario, il ligando BRACO-19 (B19), stabilizzando il ripiegamento dell’RNA a G4, ha ostacolato la progressione della trascrittasi inversa, anche contrastando l’attività destabilizzante di NCp7. Da un lato, i nostri dati hanno sottolineato la forza della proteina NCp7 come chaperone che risolve le strutture G4 altamente stabili dell’RNA di HIV-1 al fine di consentire la trascrizione inversa virale. Dall’altro lato, abbiamo portato una nuova conseguenza dell’attività del ligando G4, legata all’inibizione dell’attività della trascrittasi inversa e di NCp7. Queste informazioni hanno messo in evidenza la possibilità di sviluppare ligandi selettivi per il G4 dell’RNA U3 di HIV-1 al fine di proporre terapie anti-HIV-1 più efficaci con un meccanismo d’azione innovativo. Siamo poi passati ad indagare il ruolo regolatorio che le strutture G4 nel DNA LTR di HIV-1 possono avere sulla latenza. Abbiamo dimostrato per la prima volta il folding autentico dei G4 virali nell’LTR in un contesto di cromatina latente, in cui il promotore si trova in uno stato inattivo. Inoltre, la stabilizzazione dei G4 dell’LTR mediata da due ligandi G4 ha inibito la trascrizione virale, contrastando così la riattivazione virale dalla latenza. Abbiamo quindi presentato la possibilità di bersagliare selettivamente i G4 virali nell’LTR di HIV-1 per controllare la latenza virale e sviluppare farmaci antiretrovirali innovativi per gestire l’infezione da HIV-1. In questo contesto, colpire selettivamente i G4 dell’LTR costituisce la base per l’avanzamento di nuovi composti antivirali con un meccanismo d’azione senza precedenti. Tuttavia, la maggior parte dei ligandi G4 presenta pesi molecolari elevati e sostituenti protonati che possono causare problemi di scarsa biodisponibilità quando sottoposti a studi in vivo. Di conseguenza, ci siamo focalizzati sullo studio dell’attività antivirale di una nuova serie di composti derivati dalla Quindolina che presentano caratteristiche chimico-fisiche più promettenti. I nostri risultati hanno dimostrato l’importanza di sviluppare piccole molecole per colpire selettivamente i G4 virali al fine di gestire le infezioni virali.
BORTOLOTTI, Daria. "HLA-G MOLECULES IN INFECTION AND AUTOIMMUNE DISEASES." Doctoral thesis, Università degli studi di Ferrara, 2015. http://hdl.handle.net/11392/2389029.
Full textTassinari, Martina. "G-quadruplexes in the HIV-1 LTR promoter: targeting and binding proteins." Doctoral thesis, Università degli studi di Padova, 2018. http://hdl.handle.net/11577/3424965.
Full textI G-quadruplex sono strutture secondarie non canoniche che gli acidi nucleici possono formare in regioni ricche di guanine e regolano importanti processi biologici. Il nostro gruppo di ricerca ha identificato tre G-quadruplex mutualmente esclusivi e rilevanti dal punto di vista funzionale, localizzati nella regione LTR del promotore del virus dell’immunodeficienza umana di tipo 1 (HIV-1): la loro formazione inibisce la trascrizione virale, effetto che è incrementato dalla proteina cellulare nucleolina e da ligandi specifici. Poiché la maggior parte di composti leganti G-quadruplex conosciuti non sono in grado di riconoscere in modo sufficientemente selettivo G-quadruplex diversi, noi abbiamo indagato la possibilità di riconoscere in modo selettivo i G-quadruplex nella regione LTR di HIV-1, concetto alla base dello sviluppo di nuovi composti anti-HIV-1 caratterizzati da un innovativo meccanismo d’azione. Attraverso lo screening di una libreria commerciale di piccole molecole farmaco-simili, abbiamo identificato una nuova classe di composti con una netta selettività per i G-quadruplex virali rispetto a quelli cellulari e una promettente attività antivirale G-quadruplex mediata. Inoltre, abbiamo proposto un approccio completamente innovativo per il riconoscimento selettivo dei G-quadruplex, il quale è stato testato con successo sui G-quadruplex della regione LTR di HIV-1. A tale scopo, abbiamo utilizzato un coniugato formato da una naphthalene diimide (NDI) e da un PNA, con l’obiettivo di combinare la stabilizzazione di un composto legante G-quadruplex con il riconoscimento specifico della sequenza nucleotidica prossimale al G-quadruplex di interesse. L’utilizzo del coniugato ha permesso di stabilizzare in modo specifico il G-quadruplex LTR-IV attraverso la porzione NDI, allo stesso tempo prevenendo la formazione del G-quadruplex più stabile (dLTR-III), grazie alla presenza di un PNA disegnato per legare la regione fiancheggiante LTR-IV in posizione 5’. Il coniugato è stato inoltre implementato con una sequenza di localizzazione nucleare (NLS) per permettere l’entrata nelle cellule, senza interferire con la sua attività specifica. Questa strategia innovativa è fondamentale per riuscire a discriminare in modo specifico LTR-III e LTR-IV, il cui equilibrio sembra essere un elemento regolatore del promotore virale. Potrà inoltre essere utilizzato per modulare la formazione e la destabilizzazione di specifici singoli G-quadruplex all’interno della sequenza di lunghezza completa ricca in guanine della regione LTR, con lo scopo di investigare meglio il loro singolo ruolo e funzione. Complessivamente, questi risultati evidenziano la possibilità di riconoscere in modo selettivo i G-quadruplex attraverso l’utilizzo sia di piccole molecole sia di coniugati NDI-PNA e aprono la strada per lo sviluppo di nuovi composti antivirali che possono affiancare l’attuale terapia clinica per l’AIDS. Infine, abbiamo ricercato nuove proteine che riconoscano in modo specifico i G-quadruplex nella regione LTR di HIV-1 e modulino la loro stabilizzazione/destabilizzazione. Abbiamo identificato e caratterizzato, hnRNP A2/B1, la prima proteina cellulare in grado di destabilizzare i G-quadruplex nella regione LTR di HIV-1. Abbiamo quindi mostrato nuove evidenze nel meccanismo regolatorio della trascrizione di HIV-1, proponendo inoltre un nuovo possibile bersaglio per lo sviluppo di inibitori specifici.
Butovskaya, Elena. "G-quadruplexes in the HIV-1 genome: structure and targeting." Doctoral thesis, Università degli studi di Padova, 2017. http://hdl.handle.net/11577/3422271.
Full textAcidi nucleici ricchi in guanine possono formare strutture secondarie alternative chiamate G-quadruplex. I G-quadruplex sono stati caratterizzati in diversi tipi di genomi, tra cui genomi virali e umano. Nel genoma umano le strutture G-quadruplex sono prinicipalmente localizzate in importanti regioni funzionali, dove possono assumere ruoli regolatori dei processi come trascrizione, replicazione a traduzione. In particolare, la regolazione della trascrizione dei promotori degli oncogeni mediata dalle strutture G-quadruplex è stata ampiamente descritta, evidenziando che i G-quadruplex promotoriali agiscono principalmente da silenziatori del processo trascrizionale. I precedenti studi, condotti dal nostro gruppo di ricerca hanno dimostrato che una serie di strutture G-quadruplex al livello del Long Terminal repeat (LTR) del genoma provirale di HIV-1 è coinvolta nella regolazione della trascrizione virale. La stabilizzazione di queste strutture con i ligandi specifici si traduce in repressione dell’attività promotoriale e in inibizione della produzione del virus in cellule infettate, suggerendo che i G-quadruplex nella regione LTR di HIV-1 possono essere dei promettenti target antivirali. Lo scopo principale di questa tesi è stato quello di individuare composti con attività antivirale che mostrano un legame preferenziale verso le strutture G-quadruplex virali. Abbiamo testato una nuova serie di composti leganti G-quadruplex sviluppata a partire dal NDI-core e abbiamo identificato dei componenti strutturali responsabili della maggiore affinità verso le strutture G-quadruplex virali che possono guidare verso ulteriore miglioramento della selettività. L’obiettivo di utilizzare un approccio razionale per lo sviluppo dei composti selettivi ha richiesto di individuare le coordinate strutturali del target. Abbiamo identificato che il componente G-quadruplex prevalente nella regione LTR considerata è foldato in una topologia molto particolare, descritta come struttura ibrida quadruplex/duplex e presenta interessanti implicazioni per il riconoscimento selettivo da parte delle piccole molecole.
Artusi, Sara. "G-quadruplexes in the HSV-1 and HHV-6 genomes as antiviral targets." Doctoral thesis, Università degli studi di Padova, 2015. http://hdl.handle.net/11577/3423957.
Full textAcidi nucleici ricchi di guanine possono formare una particolare struttura secondaria nota come G-quadruplex, il quale è implicato nella regolazione di importanti processi biologici a livello del genoma umano, di procarioti e virus. Dato che il genoma dell’herpes simplex virus-1 (HSV-1) è notevolmente ricco in guanine, il nostro studio è stato mirato all’individuazione di sequenze virali in grado di foldare in G-quadruplex e, in secondo luogo, alla possibilità di colpire selettivamente questa conformazione non-canonica con specifiche molecole chimiche, al fine di sviluppare una terapia antivirale innovativa. Il nostro studio dimostra la presenza di sei gruppi composti da sequenze altamente ripetute capaci di formare strutture G-quadruplex particolarmente stabili. Queste sequenze sono state individuate a livello delle regioni terminali del genoma di HSV-1 e all’interno di due regioni codificanti (geni ICP0 e UL36). Un cluster di sequenze G-quadruplex, inoltre, è situato nella regione promotoriale deputata all’espressione della proteina multifunzionale γ134.5. Il trattamento di cellule infettate con BRACO-19 e TMPyP4 ha mostrato una significativa inibizione di HSV-1 e una riduzione dell’espressione di alcuni trascritti virali. BRACO-19 si è dimostrato efficace nell’inibire l’elongazione di regioni G-quadruplex del genoma di HSV-1, da parte dell’enzima Taq; è stato in grado di diminuire il DNA virale intracellulare, opportunamente estratto da cellule infettate e trattate; inoltre, mentre nessun effetto è stato osservato sull’entry di HSV-1, l’ultimo step del ciclo virale inibito da BRACO-19 corrisponde alla replicazione del DNA virale. Un diverso meccanismo d’azione è stato, invece, osservato in seguito al trattamento con TMPyP4. Nonostante questa porfirina sia riuscita ad inibire l’attività della Taq, non è riuscita, al contrario, ad influenzare i livelli di DNA virali intracellulari. TMPyP4 sembra essere efficace nell’inibire la maturazione/uscita di HSV-1, attraverso un’induzione dell’autofagia. In una seconda parte dello studio, abbiamo esteso questa promettente strategia antivirale all’herpes virus umano 6 (HHV-6), il quale presenta una caratteristica molto peculiare. Ad entrambe le estremità del suo genoma (DR) contiene, infatti, numerose ripetizioni della sequenza telomerica umana (TTAGGG)n. Questa caratteristica è ritenuta responsabile dell’integrazione di HHV-6 in alcuni cromosomi umani (1-2% della popolazione). Ad oggi, la struttura G-quadruplex della sequenza telomerica è stata studiata in dettaglio e completamente caratterizzata. Abbiamo, quindi, testato BRACO-19 e TMPyP4 su cellule infettate sia con HHV-6A che HHV-6B, ottenendo anche in questo caso dei risultati molto incoraggianti. Infine, in una terza parte del lavoro, è stato possibile visualizzare per la prima volta G-quadruplex virali a livello del DNA in cellule infettate, grazie all’impiego di anticorpi ad alta affinità per questa struttura. La specificità di segnale è data dal fatto che l’incremento di fluorescenza è avvenuto nel corso della replicazione virale in cui il DNA è presente come singolo filamento. Questo lavoro, oltre a mostrare l’esistenza di estese regioni G-quadruplex in siti chiave del genoma di HSV-1 e HHV-6, mette in luce le potenzialità del G-quadruplex come target innovativo in terapie antivirali nuove e mirate, basate sull’impiego di leganti specifici per questa particolare conformazione secondaria del DNA.
Moscatelli, Silvia. "Polymorphism of biological helices: elongation- and counterion-mediated effects." Doctoral thesis, Università Politecnica delle Marche, 2016. http://hdl.handle.net/11566/243094.
Full textThis work is focused on the analysis of the self-assembly mechanism of biological helices, in particular DNA fragments with dfferent length and Guanosine 5- monophosphate struc- tures (G-quadruplex) in presence of some ions, in this case Silver and Lithium. Short DNA are very attractive for their possible applications in drug delivery and for the DNA origami used as possible template for nanomachine and 3D smart materials. Instead G- quadruplex is the supramolecular organization of G-quartets, planar rings constituted by four GMP linked by Hoogsteen hydrogen bonds. The GMP tetrads stack one on the top of another and the stacking is stabilized by the presence of monovalent cation (Na+, K+, etc). G-quadruplexes are interesting because G-rich sequences can be found in telom- eres (the single-stranded DNA regions at the end of chromosomes). The formation of G-quadruplexes involves a generally reduction of the effiency of primer extension by telomerase; this enzyme extends the telomeric sequences in chromosome and it is expressed in high level in cancer cells allowing them to replicate indefinitely and bringing to an immortalization condition that leads to the carcinogenesis process. Therefore the interest in G-Quadruplexes is linked with the several hypotheses on possible anti-cancer activities. On the other side G-quadruplex can be used for nanoelectronics. They were in fact proposed as building blocks of molecular nanowires because the higher structural rigidity and stability under various conditions, increasing the probability of charge mi- gration through the G-wires. In this thesis, it is presented an analysis on the DNA and G-quadruplex structures by Small Angle X-Ray and Neutron Scattering (SAXS and SANS), X-Ray and Neutron Dffraction (XRD and ND) and Polarized Optical Microscopy experiments. In particular for the G-quadruplex it is highlight the formation of a smectic LC phase, dfferent from the usually found hexagonal and cholesteric phase.
Lago, Sara. "Investigation of the Role of Dna G-Quadruplex Structures in Human Transcription, Cancer and Viral Infections." Doctoral thesis, Università degli studi di Padova, 2018. http://hdl.handle.net/11577/3425882.
Full textIl manuscritto contiene una descrizione e discussione dei risultati ottenuti in ambito del progetto di ricerca di dottorato riguardante lo studio delle strutture G-quadruplex delDNA in un tumore umani raro (il liposarcoma) e nel genoma di due virus a diffusione mondiale, quali: HIV-1 e HSV-1.
Zorzan, Eleonora. "Comparative molecular targets for anticancer chemotherapy: new insights and perspectives." Doctoral thesis, Università degli studi di Padova, 2016. http://hdl.handle.net/11577/3424507.
Full textNegli ultimi trent’anni, l’evoluzione delle tecnologie in campo medico-scientifico ha permesso la più profonda conoscenza dei meccanismi molecolari alla base dello sviluppo, della crescita e della diffusione del tumore. Tutto ciò ha permesso di sviluppare le cosiddette terapie mirate, identificando nuovi bersagli terapeutici. Il recettore tirosin-chinasico c-KIT è un fattore critico per la regolazione della crescita, differenziazione, migrazione e proliferazione delle cellule germinali, di quelle del sistema ematopoietico e dei melanociti. c-KIT è anche coinvolto nell’attivazione di numerosi meccanismi intracellulari implicati nella progressione tumorale e, allo stesso tempo, è uno dei proto-oncogeni più studiati ed il bersaglio di farmaci appartenenti alla famiglia degli inibitori tirosin-chinasici (TKIs). Attualmente, i TKIs sono approvati come trattamento alternativo alla chemioterapia tradizionale in tumori c-KIT dipendenti in uomo e cane tuttavia, fenomeni di resistenza a questi farmaci si verificano frequentemente. Negli ultimi anni, la scoperta di strutture secondarie del DNA chiamate G-quadruplex (G4) ha evidenziato un nuovo ruolo degli acidi nucleici nella biologia tumorale. Tali conformazioni si formano in specifiche sequenze del DNA ricche in residui di guanina, localizzate principalmente nei telomeri e nelle regioni promotoriali di alcuni oncogeni come c-KIT. Nella prima parte di questa tesi di dottorato, tre composti scelti sulla base della loro capacità di legare e stabilizzare le conformazioni G4 sono stati testati in linee cellulari stabilizzate di uomo e cane al fine di determinare la loro efficacia come potenziali agenti terapeutici. In questo senso, alcuni risultati interessanti in termini di blocco della proliferazione nonché della trascrizione e traduzione di c-KIT si sono ottenuti con un derivato della famiglia degli antrachinoni chiamato AQ1. In un altro studio proposto, il profilo mutazionale di c-KIT è stato analizzato in una coorte di campioni di mastocitoma del cane composti da tumore primitivo e relativa metastasi linfonodale. Nel cane infatti, la percentuale tra il 10 ed il 30% dei mastocitomi presenta almeno una mutazione di c-KIT nel tumore primitivo, tuttavia, poche conoscenze si hanno relativamente al profilo mutazionale nelle metastasi. Dai risultati ottenuti, tutti i cani analizzati hanno dimostrato avere una perfetta concordanza tra tumore primitivo e metastasi in termini di status mutazionale di c-KIT con rilevanti implicazioni cliniche per la scelta della miglior terapia da attuare da parte degli oncologi veterinari. Infine, nel corso del secondo anno di dottorato, è nata una collaborazione con il Dr. Patrice Dubreuil del Centre de Recherche en Cancérologie de Marseille, a Marsiglia. Nei suoi recenti articoli sulla mastocitosi dell’uomo, egli ha scoperto un set di geni che presentano mutazioni in talune percentuali di casi e cooperano con c-KIT nello sviluppo delle forme più gravi ed aggressive della malattia. Nell’ultima pubblicazione illustrata in questa dissertazione, è stato eseguito lo screening del profilo mutazionale di questi nuovi geni in campioni di mastocitoma di cane al fine di trovare analogie molecolari che possano giustificare l’uso del cane come animale modello nell’oncologia comparata.
Callegaro, Sara. "G-quadruplexes in the herpes simplex virus type 1 and measles virus genomes: new antiviral targets." Doctoral thesis, Università degli studi di Padova, 2017. http://hdl.handle.net/11577/3427277.
Full textI G-quadruplex sono strutture secondarie a quattro filamenti che possono essere formate all’interno di acidi nucleici ricchi nella composizione di guanine; i G-quadruplex sono implicati in importanti funzioni biologiche: questi agiscono come regolatori epigenetici a livello genomico in cellule umane, procariotiche e anche in virus. I G-quadruplex agiscono come silenziatori a livello di regioni promotoriali in geni umani e, inoltre, sono stati riportati in letteratura per il loro diretto coinvolgimento nella regolazione dell’espressione genica. Poiché il virus dell’Herpes Simplex di Tipo 1 (HSV-1) possiede un genoma caratterizzato da un’elevata percentuale di basi guanine (il 68%), e le strutture G-quadruplex identificate sono massivamente presenti durante la replicazione del virus stesso, abbiamo deciso di investigare la possibilità di agire direttamente su tali G-quadruplex attraverso l’utilizzo di un Naftalene Diimmide con core esteso (c-exNDI) per ottenere un’attività antivirale caratterizzata da un innovativo meccanismo d’azione. Mediante caratterizzazione biofisica e biomolecolare abbiamo dimostrato che tale composto (c-exNDI) è in grado di stabilizzare sequenze G-quadruplex in modo concentrazione-dipendente e, ulteriormente è in grado di inibire il processamento della Taq polimerasi, in fase di elongazione del DNA, in corrispondenza delle strutture G-quadruplex. Abbiamo inoltre dimostrato che il composto testato (c-exNDI) è in grado di riconoscere preferenzialmente i G-quadruplex virali rispetto ai G-quadruplex formati a livello delle regioni telomeriche che, all’interno di una cellula eucariotica, rappresentano i G-quadruplex maggiormente presenti. Il trattamento di cellule infettate con HSV-1 con il composto in analisi, utilizzato a basse concentrazioni, ha causato una significativa inibizione della produzione virale con parallela scarsa citotossicità sulle cellule. Infine, abbiamo dimostrato che il meccanismo d’azione di tale composto risiede nell’inibizione G-quadruplex-mediata della replicazione del DNA virale, con conseguente alterazione a valle della trascrizione genica. Tali dati suggeriscono che la potente attività antivirale e la scarsa citotossità di tale composto dipendono principalmente da una combinazione di maggiore affinità del composto per i G-quadruplex virali e dalla loro massiccia presenza durante il processo di infezione. Poiché la maggior parte dei composti leganti G-quadruplex è caratterizzata da un’ estesa superficie aromatica planare che li rende scarsamente farmaco-simili, ci siamo focalizzati sullo studio di una libreria di composti, precedentemente creata per agire sui G-quadruplex presenti nei promotori di oncogeni in cellule tumorali, al fine di valutare la capacità di tali composti di legare e stabilizzare i G-quadruplex presenti in HSV-1 e di esprimere un’attività antivirale diretta contro il medesimo virus. In questa parte di progetto abbiamo dimostrato che tutti i composti della libreria sono in grado di legare e stabilizzare i G-quadruplex virali secondo un meccanismo concentrazione-dipendente e, nuovamente, sono in grado di alterare la processività della polimerasi attraverso un ingombro sterico correlato alla formazione della struttura G-quadruplex. Il trattamento di cellule infettate da HSV-1 con ciascuno dei composti della libreria a basse concentrazioni, ha mostrato una cospicua diminuzione della produzione virale. Poiché due dei quattro composti sono risultati scarsamente citotossici, per questi sono stati ottenuti promettenti indici di selettività (SI). Il meccanismo di azione di tali composti, come già visto in precedenza, è stato ascritto all’inibizione G-quadruplex-mediata della polimerasi in fase di replicazione del DNA virale. Poiché tutti i composti della libreria sono caratterizzati da (i) strutture chimiche promettenti (dimensione più contenuta rispetto a quella di composti leganti G-quadruplex precedentemente sviluppati come BRACO-19 (B-19) e le Naftalene Diimmidi) e (ii) mostrano una potente attività contro HSV-1 a basse concentrazioni e una scarsa citotossicità, possono essere considerati composti fortemente adatti per lo sviluppo di nuovi farmaci leganti G-quadruplex contro HSV-1, e contro ceppi di HSV-1 resistenti al trattamento con Acyclovir (ACV), con caratteristiche fortemente farmaco-simili. Nella terza parte del presente progetto di tesi, mediante un approccio di pull-down, abbiamo cercato di identificare proteine, sia cellulari che virali, in grado di interagire con strutture G-quadruplex presenti in cellule infettate. Risultati preliminari hanno portato all’identificazione di proteine sia cellulari che virali direttamente implicate in meccanismi di replicazione e trascrizione del genoma virale. Per quanto riguarda le proteine cellulari, abbiamo identificato le proteine nucleari ribonucleoproteina U (hnRNPU), nucleolina, nucleofosmina e le proteine istoniche 11 e 12; alcune di queste proteine (hnRNP, nucleolina e nucleofosmina) erano già state riportate in letterature per la loro capacità di legare i G-quadruplex durante la replicazione della cellula. L’identificazione delle proteine istoniche 11 e 12 suggerisce la possibilità che le strutture G-quadruplex siano direttamente coinvolte nel mantenimento del genoma virale nel processo di latenza che tale virus è in grado di stabilire a livello di cellule del sistema nervoso centrale nell’uomo. Tra le proteine virali abbiamo identificato il fattore di trascrizione ICP4, la proteina legante il DNA a singola catena ICP8, il fattore di processività della polimerasi PAP1 e la proteina capsidica VP5. L’identificazione delle proteine ICP4, ICP8 e PAP1, direttamente implicate in meccanismi di replicazione e trascrizione, conferma l’ipotesi di un diretto coinvolgimento delle strutture G-quadruplex nei meccanismi di replicazione e trascrizione del genoma virale. Inoltre, l’identificazione della proteina capsidica VP5 suggerisce la possibilità che le strutture G-quadruplex siano direttamente coinvolte nel processo di incapsidamento delle particelle virali neo-formate come guida per l’incapsidamento del genoma virale. Infine, attraverso lo studio del genoma RNA a singolo filamento a polarità negativa del virus del Morbillo (MV), abbiamo dimostrato la presenza di sette sequenze caratterizzate da un’elevata probabilità di formare strutture G-quadruplex. Sei delle sette sequenze identificate hanno mostrato effettiva capacità di formare strutture secondarie G-quadruplex, mentre per una è stata dimostrata la capacità di formare una struttura secondaria a forcina. Tutte le sequenze hanno mostrato una stabilizzazione a seguito del legame con il composto B-19 e il trattamento delle cellule infettate ha mostrato una pronunciata riduzione nella sintesi del genoma virale. In conclusione, dato che (i) le sequenze G-quadruplex sono fortemente conservate e distribuite in molteplici genomi virali (come ad esempio è stato dimostrato nel virus dell’Immunodeficienza Umano HIV-1, in HSV-1 e in MV) a causa della loro implicazione nella regolazione di diversi processi biologici, e (ii) diverse molecole leganti G-quadruplex (B-19, c-exNDI e piccole molecole di una libreria di composti) si sono dimostrate attive contro diversi virus attraverso un meccanismo di inizibione G-quadruplex-mediata della replicazione, possiamo confermare che le strutture G-quadruplex possono essere considerate come un ottimo bersaglio farmacologico per il trattamento di infezioni causate da diversi agenti eziologici e, inoltre, che piccole molecole in grado di legare e stabilizzare i G-quadruplex possono rappresentare innovativi farmaci con un nuovo meccanismo d’azione.
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