Academic literature on the topic 'Évolution des archées'

Le service Henri-Colin est la première unité pour malades difficiles (UMD) à avoir été créée et à avoir fêté son centenaire, en mars 2010. Ses archives, compilant plus d’un siècle de dossiers médicaux, en plus de receler des récits cliniques d’une richesse considérable, sont également un reflet de l’histoire de la psychiatrie, de ses évolutions et des représentations sociétales de la maladie mentale. C’est pour cette raison qu’il nous a paru intéressant de nous interroger sur l’évolution du concept de malade difficile au cours des XXe et XXIe siècles. Dans un premier temps, nous avons réalisé une étude statistique rétrospective descriptive et comparative de l’ensemble des patients, hommes et femmes, admis au service Henri-Colin au cours des années 1935, 1970 et 2010. Cent vingt-neuf dossiers ont été analysés selon la même grille de recueil de données, s’intéressant notamment aux caractéristiques cliniques principales de ces populations, à leurs motifs d’admission et à leurs établissements d’origine. Nous avons mis en évidence des différences significatives témoignant d’une évolution au gré des décennies. Dans un second temps, nous avons formulé des hypothèses afin de rendre compte de l’intrication complexe de différents facteurs professionnels, organisationnels, législatifs et sociétaux dans cette évolution. Cette étude nous mène à décrire le changement de paradigme du malade dit difficile : le « patient-type » des UMD est passé du sujet antisocial au lourd passé judiciaire et carcéral au schizophrène paranoïde, chimiorésistant, présentant des troubles du comportement violents sur son service de secteur ; en d’autres termes, d’un patient dangereux pour la société à un patient dangereux et/ou difficile pour l’institution sectorielle.

Résumé Depuis 2013, une équipe de chercheurs recueille des témoignages de magistrats parvenus au terme de leur carrière. Peu à peu s'est constitué un patrimoine mémoriel qui exprime la mémoire vivante d'une profession à partir des paroles recueillies. Cette écoute des voix appelée « archives orales » constitue une expérience proche de l'immersion dans un milieu professionnel. Elle aboutit à une compréhension intime des normes, des valeurs et des représentations en vigueur dans ce milieu. La force de cette histoire orale est de donner à voir la relative autonomie des acteurs, qui sont certes intégrés dans des organisations mais qui les transforment en profondeur. On saisit ce que les textes et les archives ne montrent pas : les relations entre les générations, les formes de solidarités, les expériences concrètes et les transformations silencieuses, le travail des métiers et ses expérimentations… Cette approche permet de « prendre au sérieux les représentations et les légitimations théoriques et pratiques que les individus construisent et donnent à voir de leur action ». Il n'est pas excessif de dire que dans cette période, en l'espace de deux générations, le monde de la justice a plus changé qu'en deux siècles, compte tenu de la place qu'elle a prise dans une société de plus en plus judiciarisée.

L’implantation et le développement des bibliothèques dans le Tiers-Monde connaissent plusieurs problèmes. La formation du personnel professionnel sur place n’est pas réellement possible étant donné le manque d’écoles de bibliothéconomie, ce qui favorise l’émigration de ces spécialistes. Le petit nombre de bibliothèques nationales et leur évolution embryonnaire rend difficile la création de bibliographies nationales qui sont de première nécessité avant que ne disparaisse une partie du patrimoine intellectuel. La nécessité d’organiser de véritables archives ne s’est pas encore fait suffisamment ressentir. En participant à un système international d’information, le Tiers-Monde pourrait ainsi maximiser ses ressources encore insuffisantes.

L’auteur résume les réalisations du Service des Archives de l’Université de Montréal depuis sa création en 1966 jusqu’à nos jours en faisant ressortir le rôle marquant des personnes qui se sont succédées à la direction dans le développement de l’archivistique au Québec, de l’appui apporté à cette évolution par les secrétaires généraux au fil des ans et surtout la qualité du travail accompli par tous les membres du personnel qui y ont oeuvré.

Plus de 125 ans après que la Cour de cassation complète l’œuvre de réhabilitation d’Alfred Dreyfus, en prononçant l’arrêt du 12 juillet 1906, le dossier judiciaire de l’affaire du capitaine accusé de haute trahison pose encore des nouvelles questions. Celles qui sont étudiées dans cet article ont trait à la formation et au devenir de cet ensemble archivistique, conservé, exception faite du « dossier secret », aux Archives nationales, au sein de la sous-série BB/19 du ministère de la Justice. L’anticonformisme qui caractérise la mise en archives de ces documents, dès leur premier versement, a opacifié les instruments de recherche associés qui sont de peu d’utilité pour les historiens, difficilement capables de démêler les logiques et procédés de classements qui ont été appliqués aux différents sous-ensembles de ce « fonds ». Du reste, le dossier judiciaire rassemble des pièces relatives à plusieurs affaires, pénales ou civiles, impliquant plusieurs juridictions, notamment militaires. En analysant les rouages du mécanisme de formation de cette documentation historique, il sera question des conditions matérielles hors norme qui ont jalonné l’histoire de ce corpus, depuis l’arrêt de la Cour de cassation jusqu’à aujourd’hui. À la lumière des projets de reconditionnement et de restauration de ces documents mis en œuvre durant les deux dernières décennies, plusieurs recommandations en continuité de celles formulées par Vincent Duclert à la fin des années 1990 permettront aux futurs acteurs de la recherche d’appréhender la singularité de ces documents d’archives, avant d’entreprendre toute démarche historique.

Cet article fait le point sur vingt ans de réflexion et d’évolution des pratiques de diffusion des instruments de recherche dans les archives, pour mettre en évidence les différents aspects de la question et la façon dont ils ont pu, à un moment ou à un autre, alternativement émerger, se développer ou au contraire être mis en retrait, en fonction du contexte global, technologique et professionnel. Ces évolutions ont abouti à l’état de l’art actuel, tel qu’il a pu être analysé dans les travaux récents entrepris par la Section des archivistes départementaux de l’AAF.

Depuis que les archives du gouvernement ottoman central à Istanbul furent ouvertes au public, il y a environ quarante ans, un nombre incalculable de recherches sur l'Empire ottoman a été effectué et publié à travers le monde. Il s'agit de travaux historiques inédits et aussi divers que seule l'exploitation de ce genre de source primaire permet de réaliser. Les archives permettent entre autres d'appréhender le mode de fonctionnement de l'administration impériale dans son ensemble, puisqu 'elles existent aussi bien à Istanbul que dans toutes les provinces impériales et couvrent non seulement les régions arabes de la Méditerranée orientale et de l' Afrique du Nord, mais également de vastes territoires en Europe de I 'Est. Cet article s' intéresse au mode de fonctionnement des tribunaux religieux durant le XIXe siècle, spécifiquement à celui de la ville de Beyrouth où est conservée une série de vieux registres datés de 1843 à 1929 (Adada 2009). Son objectif est de montrer la réalité concrète de cette institution, son mode d'organisation et son évolution durant la période des Tanzimats.

Les réarrangements permettent une évolution rapide du génome par l’acquisition de séquences codantes exogènes, la perte de fonctions non-essentielles ou la création de nouvelles organisations génomiques. Différents mécanismes de réarrangements impliquant des éléments génétiques mobiles (EGM) ont été identifiés chez les archées, les bactéries et les eucaryotes. En revanche, on ignore l’origine des nombreuses inversions génomiques détectées pour les espèces du genre archéen Thermococcus. Mes travaux de thèse visent à améliorer la compréhension de l’évolution génomique chez les Thermococcales à travers l’étude de deux familles d’EGM : les familles de plasmides pTN3 et pT26-2. Plus précisément, je me suis intéressée aux recombinases à tyrosine (ou intégrases) que ces plasmides encodent et qui permettent leur intégration dans le chromosome de l’hôte. J’ai montré que l’intégrase plasmidique Intᵖᵀᴺ³ est responsable d’inversions dans le chromosome de son hôte Thermococcus nautili grâce à une activité catalytique inédite de recombinaison homologue. J’ai par la suite caractérisé deux autres intégrases de Thermococcales reliés phylogénétiquement à Intᵖᵀᴺ³ dont seulement une présente une activité de recombinaison homologue. La comparaison de leurs séquences primaires et la résolution de la structure de Intᵖᵀᴺ³ vont maintenant éclairer les déterminants génétiques responsables de la spécificité de site et de l’activité de recombinaison homologue. Les trois intégrases appartiennent à une classe de recombinases spécifique des archées qui catalyse une intégration suicidaire. Lors de l’intégration, le gène de l’intégrase est fragmenté et probablement désactivé. L’EGM intégré se retrouve piégé dans le chromosome. Les avantages évolutifs d’une telle activité suicidaire restent pour l’instant mystérieux. J’ai identifié 62 intégrases hyperthermophiles suicidaires et reconstruit leur histoire évolutive. Ces intégrases sont très prévalentes et recrutées par différents EGM. De plus, j’ai montré que l’une de ces intégrases présente in vitro une activité de recombinaison site-spécifique à des températures proches de l’ébullition de l’eau, représentant un avantage dans les environnements hyperthermophiles
Genomes rapidly evolve through rearrangements that can generate new genome organizations or lead to the acquisition of foreign coding sequences or the loss of non-essential functions. Several mechanisms of rearrangement were uncovered for Archaea, Bacteria and Eukaryotes that involve mobile genetic elements (MGE). Species from the archaeal genera Thermococcus present numerous genomic inversions but none of the previously known inversion drivers. To better understand the genomic evolution of Thermococcales, I investigated two of their MGE families: the pTN3 and pT26-2 plasmid families. Specifically, I focused on the tyrosine recombinases (or integrase) that these plasmids encode and that catalyze their site-specific integration in the host chromosome. I demonstrated that the plasmidic integrase Intᵖᵀᴺ³ is responsible for chromosomal inversions in the host Thermococcus nautili through an unprecedented homologous recombination catalytic activity. I also characterized two other related Thermococcus integrases and only one catalyzes homologous recombination. The structure resolution of Intᵖᵀᴺ³ and primary sequence comparisons will now provide clues about the genetic determinants of site specificity and of the homologous recombination activity. The three integrases all belong to an archaeal-specific class of integrases that catalyzes a suicidal integration. The integrase gene is partitioned and presumably inactivated upon integration. The integrated MGE is then trapped into the chromosome. The evolutionary benefits of this suicide activity are puzzling. I identified 62 related suicidal hyperthermophilic integrases and reconstructed their evolutionary history. They are highly prevalent and recruited by diverse MGE. I also showed that one of these integrases can catalyze in vitro site-specific recombination at near boiling water temperature, representing an advantage in hyperthermophilic environments

L'explosion des données de séquençage a permis de résoudre la plupart des relations phylogénétiques chez les archées. Néanmoins, de nombreuses questions restent à résoudre à l'échelle du domaine des archées et à l'échelle des trois domaines du vivant. Parmi elles, les relations phylogénétiques au sein du cluster II, notamment la position des archées halophiles extrêmes qui ont été placées à différentes positions dans l'arbre en fonction des marqueurs et des modèles de reconstruction utilisés, ainsi que la position de la racine des archées et la position des eucaryotes à la lumière des lignées d'archées nouvellement séquencées. Au cours de ma thèse, j'ai contribué à (i) affiner la phylogénie du domaine des Archaea en se concentrant sur les relations phylogénétiques au sein du cluster II, en particulier les positions des lignées halophiles extrêmes par rapport aux méthanogènes à travers des analyses dédiées à cette partie spécifique de l'arbre, et (ii) établir une phylogénie globale des archées afin de comprendre leur histoire évolutive ancienne et leur lien avec les eucaryotes à travers une analyse phylogénomique en deux étapes à l'échelle des trois domaines du vivant. D'abord, en utilisant des approches de génomique comparée sur 155 génomes complets appartenant aux Halobacteria, Nanohaloarchaea, méthanogènes de classe II, Archaeoglobales et Diaforarchaea, j'ai identifié 258 protéines portant un signal phylogénétique fiable pour étudier les relations de parente au sein du cluster II. En combinant différentes approches limitant l'impact du signal non phylogénétique sur l'inférence phylogénétique (comme la méthode Slow-Fast et le recodage des acides aminés), j'ai montré que les Nanohaloarchaea branchent avec les Methanocellales et les Halobacteria branchent avec les Methanomicrobiales. Ce jeu de données a ensuite été utilisé pour étudier la position d'une troisième lignée halophile extrême, les Methanonatronarchaeia, qui se positionnent entre les Archaeoglobales et les Diaforarchaea. Ces résultats suggèrent que l'adaptation à la salinité extrême serait apparue au moins trois fois de manière indépendante chez les archées et que les similitudes phénotypiques observées chez les Nanohaloarchaea, Halobacteria et Methanonatronarchaeia résulteraient d'une convergence évolutive, éventuellement accompagnée de transferts de gènes horizontaux. Enfin, ces résultats suggèrent que le groupement basal des Nanohaloarchaea avec d'autres lignées des DPANN serait la conséquence d'un artefact de reconstruction. Pour la deuxième partie de ma thèse, j'ai appliqué une stratégie consistant à analyser séparément les trois domaines du vivant considérés deux à deux, en mettant à jour 72 familles protéiques précédemment identifiées par Raymann et ses collègues (2015) pour inclure toutes les nouvelles lignées d'archées séquencées depuis la publication de cette étude comme les Asgard, les DPANN, les Stygia, les Acherontia, etc. Au total, mon échantillonnage taxonomique comprend 435 archées, 18 eucaryotes et 67 bactéries. Les résultats des analyses par la méthode Slow-Fast soutiennent une racine des Archaea située entre le superphylum basal des DPANN et le reste des archées séparées en deux groupes monophylétiques : les cluster I et cluster II, comme décrits par Raymann et ses collègues (2015), et montrent que la monophylie des Euryarchaeota est liée aux positions évoluant vite. Mes résultats placent les eucaryotes en tant que groupe frère du superphylum des TACK et montrent que leur regroupement avec les Asgard est lié aux positions évoluant vite. Ces résultats ont des implications majeures sur les inférences de la nature du dernier ancêtre commun des archées et sur l'histoire évolutive de ce domaine qui a conduit à l'apparition de la première cellule eucaryote
The burst of sequencing data has helped disentangling most of the phylogenetic relationships in Archaea. Nevertheless, many questions remain to be addressed both at the level of the archaeal domain and at the level of the three domains of life. Among them, the phylogenetic relationships inside the cluster II, in particular the position of extreme halophilic archaeal lineages relatively to the methanogens which have been placed at different positions in the tree based on the different markers and reconstruction models used, as well as the position of the root of the Archaea and the position of the eukaryotes in the light of the newly sequenced archaeal lineages. During my thesis, I have contributed to (i) refine the phylogeny of the archaeal domain by focusing on the phylogenetic relationships among the cluster II Archaea, in particular the positions of the extreme halophilic lineages through dedicated analyses focusing on this specific part of the archaeal tree, and (ii) establish a global phylogeny of the Archaea to understand their early evolutionary history and their link with the eukaryotes through a large-scale two-step phylogenomic analysis at the level of the three domains of life. First, using comparative genomics approaches on 155 complete genomes belonging to the Halobacteria, Nanohaloarchaea, methanogens class II, Archaeoglobales, and Diaforarchaea, I have identified 258 proteins carrying a reliable phylogenetic signal to investigate the position of the extreme halophilic lineages in Archaea. By combining different approaches limiting the impact of non-phylogenetic signal on phylogenetic inference (like the Slow Fast method and the recoding of amino acids), I showed that the Nanohaloarchaea branch with Methanocellales, and Halobacteria branch with Methanomicrobiales. This dataset has been subsequently used to investigate the position of a third extreme halophilic lineage, the Methanonatronarchaeia, which I showed to branch in between the Archaeoglobales and Diaforarchaea. These results suggest that adaption to high salinity emerged at least three times independently in Archaea, and that the phenotypic similarities observed in Nanohaloarchaea, Halobacteria, and Methanonatronarchaeia likely result from convergent evolution, possibly accompanied by horizontal gene transfers. Finally, these results suggest that the basal grouping of Nanohaloarchaea with other DPANN lineages is likely the consequence of a tree reconstruction artefact. For the second part of my thesis, I have applied a strategy consisting in separately analyzing the three domains of life two by two, by updating 72 protein families previously identified by Raymann and colleagues (2015) to include all novel archaeal lineages that were sequenced since the publication of this study like the Asgard, the DPANN, the Stygia, the Acherontia, etc. In total, my taxonomic sampling includes 435 archaea, 18 eukaryotes, and 67 bacteria. The results of the Slow-Fast method supported a root of the Archaea lying between a basal DPANN superphylum and the rest of the Archaea separated into two monophyletic groups: the cluster I and cluster II as described by Raymann and colleagues (2015), and showed that the monophyly of the Euryarchaeota is supported only by the fast-evolving sites. My results also placed the eukaryotes as the sister group to the TACK superphylum and showed that their sister grouping with the Asgard is linked to the fast-evolving sites. These results have major implications on the inferences of the nature of the last common archaeal ancestor and the subsequent evolutionary history of this domain that led to the rise of the first eukaryotic cell

Il est largement accepté qu'il existe une relation évolutive entre Archées et Eucaryotes, mais la nature exacte de cette relation reste vivement débattue. Au cours de cette thèse, je me suis servie de la grande quantité de données génomiques disponibles pour étudier ce problème à travers deux approches phylogénomiques complémentaires : (i) l'analyse d'un système cellulaire archéen particulier possédant une relation évolutive avec les eucaryotes, et (ii) une analyse phylogénomique à large échelle étendue aux trois domaines du vivant. Dans la première étude, j'ai conduit une analyse détaillée d'un système cellulaire possédant un lien entre Archées et Eucaryotes, la réplication de l'ADN. J'ai réalisé une analyse phylogénomique exhaustive des composants de la réplication de l'ADN chez tous les génomes complets d'archées. Cela m'a permis de les classer précisément en terme d'orthologie, de paralogie, de transferts horizontaux de gènes, et de copies issues d'éléments mobiles. Mes résultats fournissent un panorama complet de la diversité de la réplication de l'ADN parmi les différentes lignées, and m'ont permis d'inférer l'existence d'une machinerie de réplication de l'ADN de type moderne chez le dernier ancêtre commun archéen. J'ai ainsi été capable de clarifier l'histoire évolutive qui a forgée cette machinerie cellulaire clef au cours de la diversification des archées. Mon étude m'a permis de mettre en avant un nouveau jeu de marqueurs porteurs d'information sur les relations évolutives, non encore résolues, des différentes archées. De plus, j'ai analysé, pour la première fois, le signal phylogénétique porté pour les composants de la réplication de l'ADN. Ce signal est fortement en accord avec celui porté par deux autres machineries informationnelles clefs, la traduction et la transcription, renforçant ainsi l'existence d'un arbre archéen robuste. Enfin, la plupart des composants inférés comme étant présents chez l'ancêtre archéen sont partagés avec les eucaryotes, permettant de discuter des relations évolutives entre Archées et Eucaryotes
It is widely accepted that there exist an evolutionary relationship between Archaea and Eukaryotes, but the exact nature of this relationship is hotly debated. In this thesis I have taken advantage of the large available genomic data to investigate the issue through two complementary phylogenomic approaches: (i) the analysis of a specific archaeal cellular system with an evolutionary link to eukaryotes, and (ii) a large-scale phylogenomic analysis at the level of the three domains of life. In the first study, I carried out a detailed analysis of a cellular system with an evolutionary link between Archaea and Eukaryotes, DNA replication. I performed an exhaustive phylogenomic analysis of the components of DNA replication in all complete archaeal genomes. This allowed me to accurately assign them in terms of orthology, paralogy, horizontal gene transfers, and copies originating from mobile elements. My results provide a full picture of the diversity of DNA replication among different lineages, and allowed me to infer the presence of a modern-type DNA replication machinery in the last archaeal common ancestor. I was able to clarify the evolutionary history that shaped this key cellular machinery during archaeal diversification. My study allowed me to highlight a new set of markers that provide information on yet unclear evolutionary relationships within archaea. In addition, I analyzed, for the first time, the phylogenetic signal carried by DNA replication components. This is highly consistent with that harbored by two other key informational machineries, translation and transcription, strengthening the existence of a robust organismal tree for the Archaea. Finally, most of the components inferred to have been present in the archaeal ancestor are shared with eukaryotes, allowing discussion on the evolutionary relationships between Archaea and Eukaryotes

Il est largement accepté qu'il existe une relation évolutive entre Archées et Eucaryotes, mais la nature exacte de cette relation reste vivement débattue. Au cours de cette thèse, je me suis servie de la grande quantité de données génomiques disponibles pour étudier ce problème à travers deux approches phylogénomiques complémentaires : (i) l'analyse d'un système cellulaire archéen particulier possédant une relation évolutive avec les eucaryotes, et (ii) une analyse phylogénomique à large échelle étendue aux trois domaines du vivant. Dans la première étude, j'ai conduit une analyse détaillée d'un système cellulaire possédant un lien entre Archées et Eucaryotes, la réplication de l'ADN. J'ai réalisé une analyse phylogénomique exhaustive des composants de la réplication de l'ADN chez tous les génomes complets d'archées. Cela m'a permis de les classer précisément en terme d'orthologie, de paralogie, de transferts horizontaux de gènes, et de copies issues d'éléments mobiles. Mes résultats fournissent un panorama complet de la diversité de la réplication de l'ADN parmi les différentes lignées, and m'ont permis d'inférer l'existence d'une machinerie de réplication de l'ADN de type moderne chez le dernier ancêtre commun archéen. J'ai ainsi été capable de clarifier l'histoire évolutive qui a forgée cette machinerie cellulaire clef au cours de la diversification des archées. Mon étude m'a permis de mettre en avant un nouveau jeu de marqueurs porteurs d'information sur les relations évolutives, non encore résolues, des différentes archées. De plus, j'ai analysé, pour la première fois, le signal phylogénétique porté pour les composants de la réplication de l'ADN. Ce signal est fortement en accord avec celui porté par deux autres machineries informationnelles clefs, la traduction et la transcription, renforçant ainsi l'existence d'un arbre archéen robuste. Enfin, la plupart des composants inférés comme étant présents chez l'ancêtre archéen sont partagés avec les eucaryotes, permettant de discuter des relations évolutives entre Archées et Eucaryotes
It is widely accepted that there exist an evolutionary relationship between Archaea and Eukaryotes, but the exact nature of this relationship is hotly debated. In this thesis I have taken advantage of the large available genomic data to investigate the issue through two complementary phylogenomic approaches: (i) the analysis of a specific archaeal cellular system with an evolutionary link to eukaryotes, and (ii) a large-scale phylogenomic analysis at the level of the three domains of life. In the first study, I carried out a detailed analysis of a cellular system with an evolutionary link between Archaea and Eukaryotes, DNA replication. I performed an exhaustive phylogenomic analysis of the components of DNA replication in all complete archaeal genomes. This allowed me to accurately assign them in terms of orthology, paralogy, horizontal gene transfers, and copies originating from mobile elements. My results provide a full picture of the diversity of DNA replication among different lineages, and allowed me to infer the presence of a modern-type DNA replication machinery in the last archaeal common ancestor. I was able to clarify the evolutionary history that shaped this key cellular machinery during archaeal diversification. My study allowed me to highlight a new set of markers that provide information on yet unclear evolutionary relationships within archaea. In addition, I analyzed, for the first time, the phylogenetic signal carried by DNA replication components. This is highly consistent with that harbored by two other key informational machineries, translation and transcription, strengthening the existence of a robust organismal tree for the Archaea. Finally, most of the components inferred to have been present in the archaeal ancestor are shared with eukaryotes, allowing discussion on the evolutionary relationships between Archaea and Eukaryotes

Les bases fondamentales de la biologie suggèrent que tous les organismes actuels partagent un dernier ancêtre commun, le cenancêtre. Dès que la comparaison moléculaire des organismes des trois domaines du vivant (archées, bactéries et eucaryotes) est devenue possible, d'importants débats ont émergé sur l'habitat du cenancêtre, son rapprochement des origines de la vie, sa nature unique ou communautaire et ses relations avec les trois domaines du vivant. Cependant, jusqu'à il y a peu les informations disponibles sur les organismes modernes n'étaient pas suffisantes pour décrire précisément sa biologie. Notamment, la découverte chez les archées de membranes dont les composants principaux, les phospholipides, sont synthétisés par des mécanismes très différents de ceux des bactéries et les eucaryotes a conduit à proposer que chaque mécanisme de synthèse des phospholipides soit apparu indépendamment dans les lignées modernes. Dans ces hypothèses le cenancêtre aurait été dépourvu de phospholipides et, donc, de membranes. Cela met en cause la nature cellulaire du cenancêtre, qui semblait pourtant soutenue par d'autres indices indirects. Ces contradictions posent la question de l'existence de traces dans les organismes modernes d'une synthèse des phospholipides chez le cenancêtre. Dans cette thèse j'ai profité de l'explosion récente des données génomiques pour répondre à cette question. Il avait déjà montré que des membres de deux superfamilles protéiques universelles pouvaient avoir synthétisé de façon non spécifique chez le cenancêtre les énantiomères de glycérol phosphate servant d'ossature aux phospholipides. Les phospholipides archéens sont composés d'isoprénoïdes et les bactériens et eucaryotes d'acides gras. J'ai donc étudié l'évolution des voies de synthèse de ces molécules ainsi que celle de l'assemblage de tous les composants dans des phospholipides. Mes résultats montrent que la voie de synthèse des isoprénoïdes des eucaryotes et une voie hypothétique de synthèse des acides gras chez les archées avaient probablement des ancêtres moins spécifiques chez le cenancêtre. Une partie au moins de la machinerie d'assemblage des phospholipides semble aussi avoir été présente chez le cenancêtre.Ceci suggère que le cenancêtre avait probablement des mécanismes peu spécifiques de synthèse des phospholipides et que les différences entre les membranes actuelles sont dues à la spécialisation de la machinerie ancestrale dans chaque lignée. Mes observations soulignent aussi l'importance d'étudier le cenancêtre à partir des informations issues des organismes actuels pour éviter toute confusion avec les origines de la vie.

La saline de Sfax est un milieu hypersalin localisé dans la zone centrale de la côte est de Tunisie. Dans ce travail, nous avons isolé, identifié, et caractérisé des souches halophiles produisant des peptides antimicrobiens (halocines), afin de mieux comprendre leur rôle dans les interactions microbiennes au sein des milieux hypersalins. Deux étangs salins (TS18, 390 g.L-1 NaCl et M1, 200 g.L-1 NaCl) ont été choisis pour l’échantillonnage. Trente-cinq souches de procaryotes halophiles ont été isolées et caractérisées, dont 11 ont présenté une activité antimicrobienne. Parmi ces souches, 3 produisent des substances antimicrobiennes de nature protéique. A l’aide de PCR et RT-PCR nous avons montré que les souches Halobacterium salinarum ETD5 et ETD8 exprimaient le gène de l’halocine S8, un peptide de 3,6 kDa préalablement purifié d’une souche S8a non identifiée. Le peptide a été purifié à partir de cultures de la souche Hbt. salinarum ETD5. Après purification bioguidée, les fractions actives révèlent deux bandes de 8 et 14 kDa présentant une activité antimicrobienne. L’analyse par séquençage Nterminal et spectrométrie de masse a permis d’identifier ces deux halocines. La bande de 8 kDa correspond à une halocine S8 de 81 acides aminés qui subirait une maturation post-traductionnelle protéolytique différente de celle initialement décrite dans la littérature. Le clonage et le séquençage du gène codant le précurseur de l’halocine S8 démontrent que la séquence est identique chez les deux souches ETD5 et S8a. La bande de 14 kDa correspond à une nouvelle halocine, l’halocine S14. L’halocine S14 correspond à une forme tronquée en partie N-terminale de la Mn-superoxyde dismutase (SOD) d’Hbt. salinarum. Il pourrait s’agir d’évolution divergente d’un gène codant deux protéines distinctes, ou d’une maturation différente de la SOD. Ce travail permettra de mieux connaître les molécules intervenant dans les interactions microbiennes dans les milieux hypersalins, des milieux extrêmes susceptibles de révéler des structures et des modes d’action originaux
The solar saltern of Sfax is a hypersaline located in the central area of the eastern coast of Tunisia. In this study, we isolated, identified, and characterized halophilic strains producing antimicrobial peptides (halocins), aiming to understand their role in microbial interactions in hypersaline environments. Two ponds (TS18, 390 g.L-1 NaCl and M1, 200 g.L-1 NaCl) were selected for sampling. Thirty-five halophilic strains have been isolated and characterized, among which 11 displayed antimicrobial activity. Three of them produced antimicrobial substances of proteinaceous nature. Using PCR and RT-PCR, we have demonstrated that Halobacterium salinarum ETD5 and ETD8 express the gene encoding halocin S8, a 3.6 kDa peptide previously isolated from a strain S8 unidentified. The peptide was purified from cultures of strain Hbt. salinarum ETD5. Following bioguided purification, the active fractions revealed two protein bands of 8 and 14 kDa exhibiting antimicrobial activity. N-terminal sequencing and mass spectrometry analyses allowed identification of these two halocins. The 8 kDa band corresponds to halocin S8, undergoing a different proteolytic post-translational processing from that originallydescribed. Cloning and sequencing of the gene encoding the precursor of halocin S8 showed that the sequence is identical for both strains ETD5 and S8a. The 14 kDa band is a new halocin termed halocin S14. Halocin S14 corresponds to an N-terminally truncated portion of the archaeal Mnsuperoxide dismutase (SOD). This could result from divergent evolution of a gene encoding two distinct proteins, or a different post-translational processing of SOD. Our study helps to better understand which molecules are involved in microbial interactions within hypersaline environments and and how they contribute to the competitions in such extreme environments, which are susceptible to give rise to original structures and modes of action

L’enveloppe bactérienne est l’une des structures cellulaires les plus anciennes et les plus fondamentales. Toutefois, de nombreux aspects concernant sa diversité et son histoire évolutive sont encore inconnus. Dans cette thèse, j’ai profité du nombre croissant de génomes disponibles dans les bases de données publiques, afin de mener une analyse de phylogénomique et de génomique comparative à une large échelle évolutive. Les deux objectifs de ce travail doctoral étaient (i) d’identifier de nouvelles lignées didermes au sein des Firmicutes pour éclairer la transition monoderme/diderme, et (ii) d’élucider l’histoire évolutive de l’enveloppe cellulaire chez les bactéries et d’en déduire la nature chez le LBCA.En résumé, les résultats que j'ai obtenus au cours de cette thèse fournissent une avancée significative dans notre compréhension de la diversité et de l'évolution de l'enveloppe cellulaire, et sur l'une des transitions majeures de l'histoire des bactéries, celle entre les monodermes et les didermes
The bacterial envelope is one of the oldest and most fundamental cellular structures. Yet, many aspects of its diversity and evolutionary history are unknown. In this thesis I have taken advantage of the large available genomic data to investigate the issue through a large-scale phylogenomic and comparative genomic analyses at the level of Bacteria. The two goals of this doctoral work were (i) to identify putative new diderm lineages in the Firmicutes to illuminate the monoderm/diderm transition, and (ii) to elucidate the evolutionary history of the cell envelope in Bacteria and infer its nature in the LBCA. To sum up, the results I obtained during this thesis provide a timely and significant advancement to our understanding of the diversity and evolution of the cell envelope, and on one of the major transitions in the history of Bacteria, that between monoderms and diderms

La reconstruction et la résurrection moléculaire de protéines ancestrales est au coeur de cette thèse. Alors que les données moléculaires fossiles sont quasi inexistantes, il est possible d'estimer quelles étaient les séquences ancestrales les plus probables le long d'un arbre phylogénétique décrivant les relations de parentés entre séquences actuelles. Avoir accès à ces séquences ancestrales permet alors de tester de nombreuses hypothèses biologiques, de la fonction des protéines ancestrales à l'adaptation des organismes à leur environnement. Cependant, ces inférences probabilistes de séquences ancestrales sont dépendantes de modèles de substitution fournissant les probabilités de changements entre acides aminés. Ces dernières années ont vu le développement de nouveaux modèles de substitutions d'acides aminés, permettant de mieux prendre en compte les phénomènes biologiques agissant sur l'évolution des séquences protéiques. Classiquement, les modèles supposent que le processus évolutif est à la fois le même pour tous les sites d'un alignement protéique et qu'il est resté constant au cours du temps lors de l'évolution des lignées. On parle alors de modèle homogène en temps et en sites. Les modèles récents, dits hétérogènes, ont alors permis de lever ces contraintes en permettant aux sites et/ou aux lignées d'évoluer selon différents processus. Durant cette thèse, de nouveaux modèles hétérogènes en temps et sites ont été développés en Maximum de Vraisemblance. Il a notamment été montré qu'ils permettent d'améliorer considérablement l'ajustement aux données et donc de mieux prendre en compte les phénomènes régissant l'évolution des séquences protéiques afin d'estimer de meilleurs séquences ancestrales. A l'aide de ces modèles et de reconstruction ou résurrection de protéines ancestrales en laboratoire, il a été montré que l'adaptation à la température est un déterminant majeur de la variation des taux évolutifs entre lignées d'Archées. De même, en appliquant ces modèles hétérogènes le long de l'arbre universel du vivant, il a été possible de mieux comprendre la nature du signal évolutif informant de manière non-parcimonieuse un ancêtre universel vivant à plus basse température que ses deux descendants, à savoir les ancêtres bactériens et archéens. Enfin, il a été montré que l'utilisation de tels modèles pouvait permettre d'améliorer la fonctionnalité des protéines ancestrales ressuscitées en laboratoire, ouvrant la voie à une meilleure compréhension des mécanismes évolutifs agissant sur les séquences biologiques
The molecular reconstruction and resurrection of ancestral proteins is the major issue tackled in this thesis manuscript. While fossil molecular data are almost nonexistent, phylogenetic methods allow to estimate what were the most likely ancestral protein sequences along a phylogenetic tree describing the relationships between extant sequences. With these ancestral sequences, several biological hypotheses can be tested, from the evolution of protein function to the inference of ancient environments in which the ancestors were adatapted. These probabilistic estimations of ancestral sequences depend on substitution models giving the different probabilities of substitution between all pairs of amino acids. Classicaly, substitution models assume in a simplistic way that the evolutionary process remains homogeneous (constant) among sites of the multiple sequence alignment or between lineages. During the last decade, several methodological improvements were realised, with the description of substitution models allowing to account for the heterogeneity of the process among sites and in time. During my thesis, I developed new heterogeneous substitution models in Maximum Likelihood that were proved to better fit the data than any other homogeneous or heterogeneous models. I also demonstrated their better performance regarding the accuracy of ancestral sequence reconstruction. With the use of these models to reconstruct or resurrect ancestral proteins, my coworkers and I showed the adapation to temperature is a major determinant of evolutionary rates in Archaea. Furthermore, we also deciphed the nature of the phylogenetic signal informing substitution models to infer a non-parsimonious scenario for the adaptation to temperature during early Life on Earth, with a non-hyperthermophilic last universal common ancestor living at lower temperatures than its two descendants. Finally, we showed that the use of heterogeneous models allow to improve the functionality of resurrected proteins, opening the way to a better understanding of evolutionary mechanisms acting on biological sequences

En 1977, Carl Woese sépare les procaryotes en deux grands groupes en proposant une nouvelle classification basée sur des critères phylogénétiques. Les Archaea deviennent ainsi un domaine à part entière aux cotés des Bacteria et des Eucarya. Depuis, la compréhension de ce nouveau groupe et de ses relations avec les deux autres domaines, essentielles pour comprendre l'évolution ancienne du vivant, est largement passée par l'étude de leur phylogénie. Presque 40 ans de recherche sur les archées ont permis de faire évoluer leur image : de bactéries vivant dans des milieux spécialisés, souvent extrêmes, on est passé à un domaine indépendant, très diversifié aussi bien génétiquement, métaboliquement ou encore écologiquement. Ces dernières années la barre symbolique de cent génomes complets d'archées séquencés a été franchie et, parallèlement, les projets génomiques et métagénomiques sur des groupes peu caractérisés ou de nouvelles lignées de haut rang taxonomique (e.g. Nanohaloarchaea, Thaumarchaeota, ARMAN, Aigarchaeota, groupe MGC, groupe II des Euryarchaeota, etc.) se sont multipliés. Tout ceci apporte un matériel sans précédent pour l'étude de l'histoire évolutive et de la diversité des Archaea. Les protéines ribosomiques ont été utilisées de façon courante pour inférer la position phylogénétique des nouvelles lignées d'Archaea. Néanmoins, les phylogénies résultantes ne sont pas complètement résolues, laissant des interrogations concernant d'importantes relations de parenté. La recherche de nouveaux marqueurs est donc cruciale et c'est dans ce contexte que mon projet de thèse s'inscrit. À partir de l'analyse des génomes de deux Thaumarchaeota et d'une Aigarchaeota, nous avons identifié 200 protéines conservées et bien représentées dans les différents phyla d'archées. Ces protéines sont impliquées dans de nombreux processus cellulaires, ce qui peut apporter un signal phylogénétique complémentaire à celui des marqueurs de type informationnel utilisés par le passé. En plus de confirmer la plupart des relations phylogénétiques inférées à partir de ces derniers (i.e., protéines ribosomiques et sous unités de l'ARN polymérase), l'analyse phylogénétique de ces nouveaux marqueurs apporte un signal permettant une meilleure résolution de la phylogénie des archées et la clarification de certaines relations jusqu'ici confuses. Un certain nombre de ces nouveaux marqueurs sont aussi présents chez les bactéries. Les relations entre les grands phyla d'archées restant encore non résolues, nous avons utilisé ces protéines pour essayer de placer la racine de l'arbre des Archaea en utilisant comme groupe extérieur les bactéries. Nous avons ainsi pu identifier 38 protéines, parmi les 200 sélectionnées précédemment, ayant un signal phylogénétique suffisamment fiable pour cette étude, auxquelles nous avons ajouté 32 protéines ribosomiques universelles. L'utilisation conjointe de ces données nous a permis de placer la racine entre les Euryarchaeota, d'une part, et un groupe rassemblant les Thaumarchaeota, les Aigarchaeota, les Korarchaeota et les Crenarchaeota, d'autre part. Ce nouvel éclairage sur l'évolution ancienne des archées nous a amené à proposer une révision de leur taxonomie avec, principalement, la création du nouveau phylum "Proteoarchaeota" contenant les quatre phyla actuels que nous proposons de rétrograder en classes : Thaumarchaea, Aigarchaea, Korarchaea et Crenarchaea.Finalement, l'analyse des protéines codées dans les trois génomes qui ont servi de point de départ de ma thèse nous a permis de générer une masse considérable de données qui ont révélé des traits particuliers ou encore des histoires évolutives inattendues. Un exemple est l'histoire du complexe formé par la chaperonne DnaK et de ses co-chaperonnes GrpE, DnaJ, et DnaJ-Fer chez les Thaumarchaeota, impliquant plusieurs transferts horizontaux entre les trois domaines du vivant.

Les processus d'innovation moléculaire nécessitent le bricolage moléculaire et la cooptation des gènes existants. Mais ce processus reste mal compris sur de longues échelles évolutives. J’ai analysé durant cette thèse l'histoire évolutive d'un vaste groupe de systèmes moléculaires membranaires associés aux bactéries et aux archées - la superfamille des filaments de type IV (TFF-SF) - qui se sont diversifiés dans les systèmes impliqués dans la motilité flagellaire ou par contraction, l'adhésion, la sécrétion de protéines, la transformation naturelle... J’ai développé des outils et méthodes qui m’ont permis d’identifier ces systèmes dans tous les phyla de deux des domaines du vivant, et leur phylogénie suggère qu'ils pourraient avoir été présents dans le dernier ancêtre commun universel. La TFF-SF c’est ensuite diversifiée par de multiples duplications de gènes, une fission du gène de la plateforme membranaire intégrale, et l'accrétion de nouveaux composants. La phylogénie et le contenu des systèmes ancestraux suggèrent que les pili bactériens initiaux étaient impliqués dans la motilité cellulaire et/ou la transformation de l'ADN. En revanche, les systèmes spécialisés de sécrétion de protéines sont apparus beaucoup plus tard. Tous ces processus de diversification fonctionnelle se sont accompagnés de réarrangements génétiques ayant des implications sur la régulation génétique et le transfert horizontal de gènes. Dans l'ensemble, l'histoire de l'évolution de la TFF-SF fournit à elle seule un catalogue impressionnant de la variété des mécanismes moléculaires impliqués dans l'origine des nouvelles fonctions par bricolage et cooptation des machines cellulaires
Process of molecular innovation require tinkering and the co-option of existing genes. But this process remains poorly understood on long evolutionary scales. During this thesis, I analyzed the evolutionary history of a large group of molecular membrane systems associated with bacteria and archaea - the superfamily of type IV filaments (TFF-SF) - that have diversified into systems involved in flagellar or contraction motility, adhesion, protein secretion, natural transformation.... I have developed tools and methods that have allowed me to identify these systems in all phyla of two of the kingdoms of life, and their phylogeny suggests that they may have been present in the last universal common ancestor. TFF-SF was then diversified by multiple gene duplications, fission of the gene from the integral membrane platform, and accretion of new components. Surprisingly, I found that Tad systems originated from the interkingdom transfer from Archaea to Bacteria of a system similar to the Epd pilus. The phylogeny and the content of ancestral systems suggest that the initial bacterial pili were involved in cellular motility and/or DNA transformation. On the other hand, specialized protein secretion systems appeared much later. All these processes of functional diversification have been accompanied by genetic rearrangements with implications for genetic regulation and horizontal gene transfer. Overall, the evolutionary history of TFF-SF reveals an impressive catalogue of the variety of molecular mechanisms involved in the origin of new functions through tinkering and co-optation of cellular machineries

La commercialisation de la collection « La Joie de nos enfants » offre une illustration de collaboration entre un petit éditeur et un groupe éditorial. En 1926, Georges Crès est l’un des premiers éditeurs à confier aux Messageries Hachette l’exclusivité de la mise en vente de ses ouvrages. Sur les quatre années de production de cette collection de jeunesse, la correspondance entre Georges Crès et Hachette révèle une évolution dans la relation et décline maints aspects de la confraternité.

Avec sa maison d’édition (et sa librairie), il est attesté que François Maspero a façonné un espace d’expression inédit pour les pensées d’extrême gauche des années 1960 et 1970, parfois contre les donneurs de leçons de son propre camp, mais aussi avec et contre un ensemble d’entreprises éditoriales plus large commercialement et politiquement. La collection « Combats » fondée par Claude Durand en 1968 au Seuil est dans le sillage du travail éditorial réalisé par Maspero. Dans le contexte et les conséquences des crises de Mai-Juin 1968, il s’agit ici d’analyser comment « Combats » est lancée et se développe au cœur d’un espace éditorial marqué par l’engagement politique. En prenant en compte à la fois la trajectoire de Claude Durand et les débats à l’œuvre au sein du Seuil autour des livres politiques, nous mettrons en évidence que la concurrence qui se révèle avec François Maspero permet d’aborder sous un angle nouveau les évolutions des mondes éditoriaux durant les années 1960 et 1970.

Faire l’histoire du droit de la santé à travers les archives, c’est mesurer conjointement comment les autorités publiques ont, à tous les niveaux, tenté de juguler les maladies, ont mis en place des mesures préventives et prophylactiques et quels sont les enjeux de la relation entre le pouvoir central et les administrations locales en tant de crise sanitaire. Cette contribution propose d'étudier le dernier siècle de l'Ancien Régime qui offre à ce titre une évolution profonde des mentalités, portée par la philosophie des Lumières qui émerge et replace la condition humaine au centre de sa réflexion, terreau propice à l'évolution de la santé. Chacun prend conscience de la dimension collective qu'elle revêt et, par conséquent, de la nécessité d'une prise en charge à ce même niveau. Ainsi, contre les fléaux sanitaires, les premières mesures d’une gestion prophylactique de l'épidémie sont mises en place. C'est également au siècle des Lumières que vont se développer plusieurs mesures de lutte contre le déclin de la qualité de vie dans cette ville parlementaire. Enfin, il s'agit de voir comment, par l'analyse des différentes actions des pouvoirs locaux et leur interaction avec le pouvoir royal au XVIIIe siècle, se manifeste la présence d'une organisation qui reste amorcée car non aboutie ni par ces derniers ni par le gouvernement central. La présente contribution s'efforce alors de répondre aux questions suivantes : quelle va être la traduction de la volonté de l’État, à travers les pouvoirs locaux, de gérer les crises épidémiques, de les canaliser, ainsi que de rationaliser son action ? Peut-on parler véritablement d'organisation de la santé publique au XVIIIe siècle ? A travers l'exemple français, il est établi qu'il existe, au dernier siècle de l'Ancien Régime, deux principaux temps de l'action des autorités publiques locales en matière de santé. La méthode d'analyse adoptée et proposée découle de ces deux grandes étapes qu'englobe la santé publique. Nous remarquons alors que la participation des acteurs locaux n'est pas homogène suivant que l'on se trouve dans une optique de prévention ou de lutte contre les épidémies. En matière de conservation de la santé, ces dernières vont, plutôt que de se défendre contre un mal déjà présent, tenter de le déceler avant qu'il ne se soit déclaré. Cela suppose alors une capacité à organiser et anticiper ce mal ainsi qu'une réactivité dans la prise de décision et l'exécution des mesures. On démontrera alors que la prévention fait intervenir systématiquement les parlements et les communautés de villes. Dans ce cas, l'explication se trouve dans le fait que la prévention mobilise la « police sanitaire », outil juridique de prédilection de ces derniers (Partie I). Au contraire, nos recherches démontrent que les intendants connaissent exclusivement de la mise en place et la gestion de la lutte contre les épidémies : l'explication tient au fait que cette lutte est menée au sein de la province, cadre privilégié de l'exercice de ses compétences, où ce dernier peut s'informer aisément des diverses situations locales et mettre en place les différents dispositifs de lutte au moyen de ses subdélégués (Partie II).

Les granites peralumineux sont reconnus à l'échelle mondiale comme le produit magmatique final des cratons archéens. Cependant, leur durée, les conditions thermiques de leur mise en place, leur séquence de cristallisation, ainsi que les liens avec l'évolution tectonométamorphique des roches encaissantes et les systèmes minéralisés en métaux précieux, de base, et rares sont peu connus. Le Batholite de Decelles (c. 2670-2620 Ma) exposé dans le sud-est du craton du Supérieur au Québec, Canada est l'un des plus volumineux de la région, offrant une opportunité unique dmp;gt;'améliorer notre compréhension des conditions thermiques et de la mobilité des magmas et des fluides dans la croûte moyenne et supérieure. Nous présentons des nouvelles datations Lu-Hf et des cartes dmp;gt;'éléments traces sur grenat de trois échantillons de granite du Batholite de Decelles. Les nouvelles dates de 2668 ± 4 Ma, 2663 ± 5 Ma, 2656 ± 7 Ma sont indifférenciables (considérant les incertitudes) des dates Lu-Hf sur grenat et U-Pb sur monazite des unités métasédimentaires encaissantes. La cartographie des éléments traces in situ par LA-ICP-MS révèle une zonation compositionnelle systématique. Les grenats présentent un cur avec une zonation oscillatoire concentrique en Li, P, Sc, Ti, Y, Zr, REE, Hf, Th et U; et une surcroissance marquée par des concentrations relativement élevées en MREE, HREE et V, et de faibles concentrations en Li, Ti, P, Sm, Zr, Hf et U par rapport aux curs. Les résultats indiquent une origine magmatique des grenats par opposition aux grenats métamorphiques de la source avec une histoire de cristallisation complexe. Le contenu en éléments traces du grenat semble être contrôlé par des variations cinétiques de croissance et de diffusion à l'interface grenat-matrice, ainsi que par la cristallisation de phases majeures et accessoires telles que la muscovite, la monazite, l'apatite et le zircon. Dans l'ensemble, le grenat du Batholite de Decelles date le début de la cristallisation magmatique et son contenu en éléments traces enregistre son histoire complète. Les archives géochronologiques régionales indiquent une évolution commune des niveaux de croûte moyenne et supérieure avec un refroidissement progressif entre c. 2640 et c. 2620 Ma, associé à la migration et au refroidissement de fluides minéralisateurs.