Academic literature on the topic 'ET-MALDI'
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Journal articles on the topic "ET-MALDI":
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Philippe RIEGEL, Yann DUMONT, Jacques CROIZÉ, and Olivier DAUWALDER. "SYSTÈMES AUTOMATIQUES D’IDENTIFICATION BACTÉRIENNE." ACTUALITES PERMANENTES EN MICROBIOLOGIE CLINIQUE 18, no. 04 (December 1, 2019): 10. http://dx.doi.org/10.54695/apmc.18.04.1522.
Abstract:
Située au cœur des processus analytiques de bactériologieconventionnelle, l’identification bactérienne peut être réalisée àl’aide de méthodes phénotypiques, protéiques, immunologiqueset/ou moléculaires. Cependant, c’est à la fin des années 2000 quel’identification bactérienne en microbiologie clinique a connu une« révolution » avec l’introduction de la spectrométrie de massede type « Matrix Assisted Laser Desorption Ionization /Time ofFlight » [SM MALDI TOF] (Seng et al. 2009). Cette dernièrepermet l’obtention d’un résultat en quelques minutes, avec uninoculum très faible et avec des performances élevées (van Veen etal. 2010, Dubois et al. 2012, Martiny et al. 2012, Fang et al. 2012,Marko et al. 2012, and Vila et al. 2012). Néanmoins, l’achat et lamaintenance du spectromètre de masse et de la base de donnéesrestent couteux (Neville et al. 2011) et nécessitent un volume annueld’identifications supérieur à 12000/15000 identifications, seuil àpartir duquel le cout de l’identification bactérienne et fongiquedevient inférieur à ceux des galeries d’identification automatiséepar technique biochimique. D’autre part, la SM MALDI TOF nepermet pas de séparer des espèces phylogénétiquement prochesdont l’identification repose sur quelques caractères phénotypiques.Parmi ces espèces peut différentiables par la SM MALDI TOF onpeut citer entre autres Escherichia coli et Shigella sp, Klebsiellaspp, Raoultella spp, et certains streptocoques (se reporter auchapitre dédié sur la SM MALDI TOF). En deçà, l’identificationbactérienne automatisée par galerie biochimique conserve l’intérêtde pouvoir être réalisée sur les mêmes instruments que l’antibiogramme automatisé avec un niveau acceptable de performanceset un résultat en quelques heures. Ainsi, ce chapitre portera surl’étude de ces systèmes automatisés d’identification et exclue defacto, les identifications par spectrométrie de masse, par techniquesimmunologiques et par biologie moléculaire
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Padilla Jaramillo, Carlos A., Luis M. Díaz Sánchez, Marianny Y. Combariza Montañez, Cristian Blanco Tirado, and Aldo F. Combariza Montañez. "Photon Harvesting Molecules: Ionization Potential from Quantum Chemical Calculations of Phytoplanktonic Pigments for MALDI-MS Analysis." Orinoquia 25, no. 1 (June 16, 2021): 13–23. http://dx.doi.org/10.22579/20112629.676.
Abstract:
The Ionization Potential (IP) of chemical species is of paramount importance for the Matrix Assisted Laser Desorption/Ionization (MALDI) analyticaltechnique. Specifically, IPs are used in MALDI MS Electron Transfer (ET) as a parameter to select the matrix for a given family of chemical species. We useda quantum chemical methodology to computationally determine IPs for a set of photosensible phytoplanktonic pigments. These calculations could be used as a guide for MALDI matrix selection. IPs were determined using Koopman’s Theorem, via Geometry Optimization and Single Point Energy within the Restricted Closed-Shell Hartree-Fock (RHF) technique. Structures of a twenty-four set of pigments were geometrically optimized, and their IPsdetermined. Calculated IP’s are in close agreement to reported experimental IPs within an average 3.7% absolute error. Structural features of the chemical species studied have a closed relationship with their chemical properties and IP’s. Our results suggest that ET-MALDI matrices such as DCTB (IP = 8.5 eV) and CNPV-OCH3 (IP = 8.3 eV) could be more suitable to analyze these types of chemical species.
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Lequeux, Guillaume. "Bactériologie de mammites : quelle place pour le laboratoire d’analyses ?" Le Nouveau Praticien Vétérinaire élevages & santé 14 (November 2022): 80–89. http://dx.doi.org/10.1051/npvelsa/2023013.
Abstract:
Au laboratoire, les outils de diagnostic étiologique d’une infection mammaire chez les bovins reposent encore principalement sur la culture et l’identification bactérienne, d’autant plus avec l’apport important de la technologie Maldi-TOF pour l’identification bactérienne ces dernières années. L’identification par Maldi-TOF permet une détermination rapide, facile et fiable des espèces bactériennes isolées et ouvre également des perspectives en termes de caractérisation bactérienne. L’approche par PCR, disponible depuis une dizaine d’années, permet notamment d’améliorer la sensibilité de la détection, mais constitue une méthode plus sensible aux contaminations et d’interprétation parfois plus délicate que la culture bactérienne. Les outils de séquençage, plus facilement accessibles dorénavant, ouvrent également des perspectives intéressantes. La détermination de la sensibilité aux antibiotiques des pathogènes mammaires, bien que limitée dans ses indications, reste un outil indispensable au praticien dans sa prise de décision de thérapeutique antibiotique. La mise en œuvre de certaines de ces méthodes est envisageable en clinique vétérinaire, mais d’autres (Maldi-TOF, séquençage) resteront probablement réservées quasi-exclusivement au domaine du laboratoire d’analyses. Les approches PCR seront probablement amenées à pouvoir se déployer en ESV dans un avenir proche compte-tenu des nouvelles technologies à présent disponibles.
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Kernalléguen, A., F. Saint-Marcoux, S. El Bakhi, F. Vorspan, R. Zenobi, G. Léonetti, D. Lafitte, and A. L. Pélissier-Alicot. "Caractérisation de la cocaïne et de ses métabolites par imagerie MALDI-MS 2 et comparaison avec une technique MAMS-MALDI-MS 2 et LC-MS 2." Toxicologie Analytique et Clinique 30, no. 2 (June 2018): S37—S38. http://dx.doi.org/10.1016/j.toxac.2018.04.042.
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Ding, Feng, Yuna Qian, Zaian Deng, Jitai Zhang, Yongchao Zhou, Lan Yang, Fangyan Wang, Juping Wang, Zhihua Zhou, and Jianliang Shen. "Retraction: Size-selected silver nanoparticles for MALDI-TOF mass spectrometry of amyloid-beta peptides." Nanoscale 13, no. 16 (2021): 7862. http://dx.doi.org/10.1039/d1nr90081a.
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Pomastowski, Paweł, Justyna Walczak, Marta Gawin, Szymon Bocian, Wojciech Piekoszewski, and Bogusław Buszewski. "Correction: HPLC separation of casein components on a diol-bonded silica column with MALDI TOF/TOF MS identification." Analytical Methods 7, no. 16 (2015): 6916. http://dx.doi.org/10.1039/c5ay90054a.
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Dahraoui, Souhail, Soukaina El Abbassi, Sara Kaissi, Hafida Naoui, Laila Boumhil, Maryem Iken, Azeddine Ibrahimy, and Badre Eddine Lmimouni. "Spectrométrie de masse MALDI-TOF et biomarqueurs de l’infection aspergillaire." Journal de Mycologie Médicale 27, no. 3 (September 2017): e43. http://dx.doi.org/10.1016/j.mycmed.2017.04.099.
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Denis, J., M. Machouart, F. Morio, M. Sabou, C. Kaufmann-Lacroix, N. Contet-Audonneau, E. Candolfi, and V. Letscher-Bru. "Développement et validation du diagnostic d’espèce de Malassezia par MALDI-TOF." Journal de Mycologie Médicale 26, no. 2 (June 2016): e9. http://dx.doi.org/10.1016/j.mycmed.2016.04.023.
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Degand, N., and R. Ruimy. "Intérêts et les limites actuelles du MALDI-TOF en microbiologie clinique." Journal des Anti-infectieux 14, no. 4 (November 2012): 159–67. http://dx.doi.org/10.1016/j.antinf.2012.07.005.
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Eveillard, Marion, Even Rustad, Mikhail Roshal, Yanming Zhang, Amanda Ciardiello, Neha Korde, Malin Hultcrantz, et al. "Using MALDI-TOF mass spectrometry for tracking of minimal residual disease in peripheral blood from patients with multiple myeloma." Journal of Clinical Oncology 37, no. 15_suppl (May 20, 2019): e19525-e19525. http://dx.doi.org/10.1200/jco.2019.37.15_suppl.e19525.
Abstract:
e19525 Background: Minimal residual disease (MRD) negativity after completed therapy is associated with longer progression-free survival (PFS) in patients with multiple myeloma (MM). Current standard of care for MRD testing use flow cytometry and/or next generation sequencing (NGS)-based assays applied on bone marrow (BM) aspirate samples. To develop a strategy for MRD tracking in peripheral blood (PB), we were motivated to evaluate MALDI-TOF head-to-head with established bone marrow-based MRD assays. Methods: We used MALDI-TOF mass spectrometry to detect M-proteins in PB. Our cohort included patients who had serum samples available at 2 timepoints including during active disease and within 60 days of MRD results as determined by flow cytometry of BM aspirates. The cohort enrolled 71 patients (26 females, 45 males) with a median age of 61 years (37-78 years). Twenty-seven patients had high-risk cytogenetics at baseline. Patients were classified at diagnosis as ISS1 (n = 38), ISS2 (n = 18) or ISS3 (n = 6). The flow cytometry based MRD assay was performed using MSKCCs 10-color, single-tube method. MALDI-TOF analysis was performed as described by Mills et al. Samples taken during active disease were used to identify the mass/charge ratio of the M-protein at baseline and in follow-up samples. MALDI-TOF results were compared to flow cytometry bone marrow-based MRD results. Results: The median time between diagnosis and the MRD timepoint was 13.4 months (3.4-91 months). MALDI-TOF in PB and flow cytometry BM-based MRD results were concordant for 44/71 (62%) patients (8+/+, 36 -/- respectively) while 27 were discordant (10 +/-, 17-/+). Fifty-four of 71 patients were in complete response (CR) (45/54 in sCR) at the time of MRD. MALDI-TOF was still positive in 13 of these 54 CR patients. In this cohort, the median PFS since MRD assessment was not reached in the 2 subgroups of double negative patients (n = 31) or in patients with a positive result in at least one technique (n = 23) with a median follow-up of 11.2 months (0-34.6 months). Conclusions: In 44/71 (62%) samples, MALDI-TOF of PB results and flow cytometry BM-based MRD results were concordant. MALDI-TOF of PB may be useful for detecting measurable residual disease and for the monitoring of MM patients during maintenance therapy with the future goal to rule out early recurrent disease.
Dissertations / Theses on the topic "ET-MALDI":
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Stauber, Jonathan. "Imagerie MALDI : nouveaux développements et applications cliniques." Lille 1, 2007. https://pepite-depot.univ-lille.fr/LIBRE/Th_Num/2007/50376-2007-379.pdf.
Abstract:
Les avancées de la biologie moléculaire se sont également réalisées avec l’évolution des techniques d’imagerie dans les domaines de la génomique. La transcriptomique et plus récemment de la protéomique grâce ù l'essor d'un outil essentiel, la spectrométrie de masse. Cette technique a trouvé sa place pour générer des profils protéiques caractéristiques de l'état physiologique de la cellule, de fluides complexes tels que le sang ou les urines. Elle apparaît aujourd'hui comme un outil indissociable de la recherche en biologie et en médecine. Les nouveaux développements tendent à conduire la spectrométrie de masse vers l’imagerie moléculaire pour l'identification de pathologies, pour la distribution de médicament au sein d’un animal. Ou pour une utilisation en diagnostique et en pronostique. Cette technologie récente, demande qu'à être développée, améliorée, standardisée. C’est dans ce cadre que ma thèse intitulée « Imagerie MALDI nouveaux développements et applications cliniques » a été orientée. Les différents résultats ont permis de développer I’imagerie spécifique moléculaire MALDI, I’imagerie moléculaire MALDI de tissus fixés et paraffinés avec des applications à la fois dans le cadre de la maladie de Parkinson et le cancer de l’ovaire. L’évolution en filagramme de cette technologie d'imagerie moléculaire semble devoir se réaliser de paire avec les techniques d’imagerie non invasive pour devenir une nouvelle technologie en cliniqueThe recent innovations in molecular biology were realized with the evolution of the imaging techniques in the field of Genomics, Transcriptomics, and recently in Proteomics with an essential tool, the mass spectrometry. This imaging technique create characteristic protein profiles of the cellular states, and appears today as an undissociable tool for research in biology and medicine. The last developments look to emerge the mass spectrometry to a molecular imaging to identify pathologies, to observe the drugs distributions in tissues, or the diseases diagnosis or prognosis. This unique and recent technology should be developed, improved, and standardized. It's in this point of view the my PhD training named MALDI imaging new developments and clinical applications was defined. The different results obtained during my PhD were permits to create a concept of Specific Imaging Mass Spectrometry, to develop Molecular MALDI imaging of frozen and FFPE tissues with many applications in the research of specific biomarkers in Parkinson disease and ovarian cancer. The evolution of this unique molecular imaging technique should be in the next years a complementary method of others in vivo imaging technique
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El, Hamzaoui Basma. "Identification des arthropodes et pathogènes associés par MALDI-TOF MS et étude des relations entre arthropodes et bactéries." Thesis, Aix-Marseille, 2018. http://www.theses.fr/2018AIXM0696.
Abstract:
Ce travail est composé de 3 parties. La première est une étude épidémiologique avec la détection moléculaire des spécimens appartenant à six espèces d’Argasidés collectées en Algérie et identifiées morphologiquement et par biologie moléculaire. Nous avons pu détecter Borrelia hispanica dans des Ornithodoros occidentalis et Borrelia cf turicatae dans des Carios Carpensis. Dans des Argas persicus nous avons pu identifier un nouveau génotype de Bartonella spp ainsi qu’un génotype appartenant à une nouvelle espèce dans la famille des Anaplasmataceae. Dans la 2e partie, nous avons évalué la capacité vectorielle des punaises de lit à transmettre Borrelia recurrentis, l’agent de la fièvre récurrente. Pour ce fait, nous avons utilisé un modèle expérimental d’infection artificielle de Cimex lectularius par B. recurrentis pour ensuite détecter la présence de la bactérie dans les fèces. Nous avons utilisé quatre approches : la détection par qPCR, la culture à partir des fèces, la FDA (Fluorescein Diacetate) et l’inoculation des fèces aux souris. Nous avons également utilisé l’Immunofluorescence pour localiser la bactérie dans le corps de la punaise. Nous avons constaté que les punaises de lit acquièrent la bactérie et excrètent des microorganismes vivants dans les fèces. Elles peuvent être considérées comme vecteur potentiel de Borrelia recurrentis. La troisième partie s’intéresse à l’évaluation de la capacité du MALDI-TOF MS à identifier les puces, les punaises et les pathogènes associésThis work focuses on three main parts, a first part presents an epidemiological study of bacteria associated with soft ticks in Algeria, or we identified morphologically and confirmed by molecular biology six species of Argasidae. In addition, looking further we could detect Borrelia hispanica in Ornithodoros occidentalis and Borrelia cf turicatae in Carios Carpensis. On the other hand, in Argas persicus a new genotype of Bartonella spp has been identified as well as a new species of Anaplasmatacea bacteria.A second part evaluates the vectorial capacity of bed bugs to transmit Borrelia recurrentis, the agent of the relapsing fever. For this reason an experimental model of artificial infection of Cimex lectularius by Borrelia recurrentis has been developed, to study the presence of bacteria in feces. In this model, four approaches were used: qPCR, fece’s culture, FDA (Fluorescein Diacetate) and fece’s inoculation to mice. Immunofluorescence was also used to detect the location of the bacteria in the body of the bed bug. We confirmed that bed bugs acquire the bacteria and excrete live microorganisms in the feces. They can be considered as potential vector of Borrelia recurrentis.The third part is an assessment of the capacity of MALDI-TOF MS to identified fleas, bed bugs and associated pathogens. This innovative tool, which has revolutionized medical entomology and has shown its efficiency to identify several species of arthropods, has also been able to distinguish between infected and uninfected fleas and bugs, and even distinguish between fleas and bugs infected by the same species of bacteria
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Jaber, Ali. "Matrices MALDI bithiophéniques spécifiques aux alcaloïdes : étude des mécanismes fondamentaux et applications." Thesis, Angers, 2017. http://www.theses.fr/2017ANGE0042/document.
Abstract:
Mon travail de thèse a consisté à poursuivre le développement et l’application des matrices bithiophéniques spécifique aux alcaloïdes. Après l’optimisation d’un protocole efficace d’analyse, adapté à l’objectif de l’étude, la mise au point d’une méthode de dosage des alcaloïdes par MALDI dans des extraits végétaux et sans prétraitement préalable a été étudiée. Cette méthode a pu être validée en étudiant des alcaloïdes existant dans différents extraits des plantes toxiques. Ensuite, la synthèse et l’évaluation de nouveaux composés bithiophéniques ont été présentés de manière à évaluer les facteurs favorisant l’interaction avec les alcaloïdes. Ultérieurement, cinq nouvelles matrices intéressantes furent l’objet d’une étude plus détaillée. Sur la base des résultats obtenus, le dérivé fluoré F T3 s’avère le plus efficace. ll présente une meilleure sélectivité que la matrice courante CHCA vis-à-vis des alcaloïdes et plus performant pour analyser les alcaloïdes dans différents mélanges complexes tels que des extraits bruts de plantes, des insectes, et des solutions bio-actives commerciales (médicament et répulsif). À la fin, ces sont regroupés les résultats de l’étude des paramètres thermodynamiques de la matrice MT3P, ce qui permettra de proposer des hypothèses expliquant la sélectivité de la matrice bithiophéniques fonctionnalisée pour les alcaloïdesMy thesis work consisted of pursuing the development and application of bithiophenic maldi matrices specific for alkaloids. After optimization of an efficient analysis protocol adapted to the objective of the study, a method for the determination of alkaloids in vegetable extracts by MALDI was developed. This method was validated by studying many alkaloids existing in extracts of different toxic plants. Subsequently, synthesis and evaluation of novel bithiophenic compounds were presented in order to evaluate the factors favoring the interaction with alkaloids. Then, five matrices among the molecules tested and having produced interesting results are chosen and were the subject of a more detailed study. On the basis of the results obtained, the fluorinated derivative PFPT3P proves to be the most effective molecules. It has a better selectivity with respect to alkaloids than the current matrix HCCA and performs better to analyze these metabolites in different complex mixtures such as crude extracts of plants,insects and commercial bioactive solutions (drug and repellent). At the end, the results of the study of the thermodynamic parameters of MT3P matrix are grouped. This will make possible to propose hypotheses explaining the selectivity of the functionalized bithiophene matrices for alkaloids
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Fournier, I. "Développements en Imagerie par Spectrométrie de Masse MALDI et Applications aux Problématiques Biologiques." Habilitation à diriger des recherches, Université des Sciences et Technologie de Lille - Lille I, 2005. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00167305.
Abstract:
L'imagerie par spectrométrie de masse MALDI est une technologie actuellement en plein essor. Elle permet d'obtenir rapidement en une seule étape d'acquisition la répartition moléculaire de différents composés (en particulier protéines) présents dans un tissu ; en s'affranchissant des étapes longues et coûteuses en échantillons que sont les extractions et séparations habituellement nécessaires par des techniques plus classiques. Cependant, afin d'augmenter encore la potentialité de cette technologie, des développements restent encore à effectuer. Les recherches menées ont donc plus particulièrement portées sur ces développements.
En particulier, la recherche et l'étude de nouvelles matrices plus adaptées à l'analyse directe de tissu en MALDI sont particulièrement importantes. Dans ce contexte, certaines matrices ioniques se sont révélées particulièrement adaptées aux tissus en permettant d'obtenir une plus grande intensité du signal, un plus grand nombre de composés détectés, de bonnes performances en mode négatif, une grande homogénéité de cristallisation, une grande stabilité sous vide et une faible ablation de matériel consécutivement à l'irradiation laser. Dans un autre aspect, le traitement préalable des tissus permet également une amélioration de la qualité spectrale et des performances d'études structurales en mode MS/MS. Se sont révélés particulièrement intéressants les traitements des tissus aux solvants organiques et les digestions enzymatiques et en particulier pour les tissus conservés en blocs de paraffine après fixation.
D'autre part l'étude de la répartition des ARNm au sein des tissus est un développement crucial afin d'obtenir des images de colocalisation transcriptome/protéome. Est proposé dans ce travail un nouveau concept permettant de réaliser ces images, basé sur une analyse indirecte des ARNm, au travers de l'utilisation d'un groupement photoclivable relié à un peptide marqueur de séquence connue qui sera détecté.
Enfin, l'ensemble de ces développements trouve de nombreuses applications dans le domaine de la biologie et notamment dans le cadre de pathologies tel que le cancer de l'ovaire.
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Yssouf, Amina. "Identification des arthropodes vecteurs et des micro-organismes associés par MALDI-TOF-MS." Thesis, Aix-Marseille, 2014. http://www.theses.fr/2014AIXM5031/document.
Abstract:
Les arthropodes vecteurs sont hématophages et peuvent assurer la transmission biologique active d'un agent pathogène responsable de maladies humaines ou animales. La lutte anti-vectorielle et la surveillance épidémiologique des vecteurs sont essentielles dans la stratégie de lutte contre les maladies vectorielles. Disposer d'outils d'identification précis, fiable et rapides des vecteurs et des pathogènes associés est indispensable. Ainsi dans ce projet nous avons évalué l'utilisation du MALDI-TOF MS pour identifier les arthropodes vecteurs ainsi que la détection des pathogènes associés. La première partie de notre travail consistait à utiliser MALDI TOF pour identifier les tiques, moustiques et les puces. Nous avons déterminé quelle partie du spécimen permettait d'obtenir une reproductibilité des spectres et une identification correcte par des tests à l'aveugle après création d'une base de données de référence. La deuxième partie consistait à utiliser le MALDI-TOF MS pour détecter des Rcikettsies associés aux tiques dont Rickettsia conorii et R. slovaca, deux pathogènes humains transmis respectivement par Rhipicephalus sanguineus et Dermacentor marginatus. Des variations spectrales étaient obtenues entre les spécimens infectés et non infectés, avec des masses spécifiques liés à l'infection des tiques par les rickettsies. La technique d'identification était validée par des tests à l'aveugle. Les résultats obtenus permettent de conclure que le MALDI TOF pourra être utilisé dans l'avenir pour identifier les tiques prélevées chez des patients, les arthropodes vecteurs lors des enquêtes entomologiques et préciser la prévalence d'infection de ces arthropodesArthropods are vectors bloodsucking and can ensure the active biological transmission of a pathogen responsible of human or veterinary diseases. The vector control and vectors epidemiological surveillance are essential in the strategy against the vectors-borne diseases. Accurate, reliable and rapid identification of vectors and associated pathogens are essential. Thus, in this project we evaluated the use of MALDI-TOF MS for the arthropods vectors identification as well as for the detection of associated pathogens. This proteomics technology emerged since few years ago and is currently used in routine for bacteria identification in many microbiology laboratories. In the first part of our work, we used the MALDI TOF to identify the tick, mosquito and flea species. For each arthropod, we determined which part allowed obtaining reproducible spectra by MALDI TOF and correct identification by blind test, after reference database creation. The second part consisted to use the MALDI-TOF MS to detect the associated Rickettsia in ticks including Rickettsia conorii and R. slovaca, two human pathogens transmitted by Rhipicephalus sanguineus and respectively Dermacentors marginatus. The spectral variations were obtained between infected and non infected specimens with specific masses related to the tick infection by Rickettsia. The identification technique of not or infected ticks was validated by blind tests. The obtained results allowed concluding that the MALDI-TOF MS could be used in the future to identify the ticks removed from patient, the arthropods vectors and during entomological survey and determine the prevalence of infection of these arthropods
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Kernalléguen, Angéline. "Caractérisation et localisation des xénobiotiques dans les cheveux par spectrométrie de masse Maldi." Thesis, Aix-Marseille, 2018. http://www.theses.fr/2018AIXM0754.
Abstract:
L’analyse des cheveux est à présent reconnue comme un outil pertinent dans le domaine de la toxicologie car elle permet de fournir un historique des habitudes de consommation d’un individu, qu’il s’agisse d’une consommation ponctuelle ou répétée.L’analyse d’un seul cheveu par désorption/ionisation laser assistée par matrice (MALDI) offre de nombreux avantages par rapport aux techniques conventionnelles : la quantité de cheveux est réduite, la préparation des échantillons est simplifiée et les images sont acquises avec une résolution spatiale très élevée (~100 µm). L’imagerie MALDI (MALDI-MSn) nous a permis de caractériser et de cartographier l’évolution des quantités de xénobiotiques le long du cheveu avec une très haute résolution spatiale sans une préparation trop longue ou trop complexe des échantillons au préalable.La spectrométrie de masse MALDI couplée à des plaques micro-réseaux (Microarrays for Mass Spetrometry, MAMS) nous a permis de développer une méthode pour effectuer une semi-quantification de la cocaïne, de la benzoylecgonine, de l’ecgonine méthyl ester et du cocaéthylène à partir d’une quantité de 1 mg de cheveux et 2 heures d’extraction ; les résultats sont bien corrélés avec une méthode de quantification validée. Cette méthode est pertinente lorsque des résultats urgents sont requis. Au total, le développement de ces deux applications nous a permis de démontrer la pertinence de la spectrométrie de masse MALDI dans l’analyse toxicologique du cheveu. Les perspectives consistent à améliorer ces protocoles afin de les transposer en routine et de développer des méthodes de screening large par spectrométrie de masse MALDIHair analysis is now recognized as a relevant tool in the field of toxicology. It provides a precise history of an individual’s exposure to drugs, whether it is a punctual or repeated consumption.Matrix-Assisted Laser Desorption/Ionization (MALDI) has many advantages over conventional techniques: the amount of hair needed is reduced, the sample preparation is simplified and the images are acquired with high spatial resolution (~ 100 μm).MALDI (MALDI-MSn) imaging allowed us to characterize and map the evolution of drugs amounts along the hair with very spatial resolution avoiding long and complex pre-sample preparation.MALDI coupled to Microaarays for Mass Spectrometry (MAMS) allowed us to develop a method for semi-quantitation of cocaine, benzoylecgonine, ecgonine methyl ester and cocaethylene using 1 mg of hair and 2 hours of extraction; the results are well correlated with a validated quantification method. This method is relevant when urgent results are required.In total, the development of these two applications demonstrates the relevance of MALDI mass spectrometry in the toxicological analysis of hair. The prospects are to improve these protocols in order to transpose them routinely and to develop large screening methods by MALDI mass spectrometry
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Le, Gac Séverine. "Développement de systèmes microfluidiques pour l'analyse protéomique par ESI-SM et MALDI-SM." Lille 1, 2004. https://pepite-depot.univ-lille.fr/LIBRE/Th_Num/2004/50376-2004-185.pdf.
Abstract:
Cette dernière décennie, les microsystèmes fluidiques analytiques ont connu un développement exponentiel, au point de représenter une part importante des publications dans Analytical Chemistry, revue de référence de la discipline. Ce phénomène s'accentue avec l'apparition des premiers dispositifs commerciaux. Les microsystèmes se caractérisent par: (i) des dimensions de l'ordre de la dizaine de microns, (ii) une fabrication reposant sur des techniques de microélectronique et (iii) l'intégration d'une série d'opérations. Ce dernier point leur confère de nombreux avantages tels que; (i) une sensibilité accrue pour l'analyse d'échantillons de taille réduite comme des extraits cellulaires, (ii) la suppression des étapes manuelles qui sont source de contamination, (iii) la standardisation des techniques conduisant à une reproductibilité accrue et au passage au haut débit. Ce travail porte sur le développement de systèmes microfluidiques, dont le rôle est de préparer des échantillons biologiques avant leur électronébulisation et leur analyse en ligne par spectrométrie de masse (ESI-SM). Le dispositif comporte au minimum, un module de traitement des échantillons et une interface intégrée avec le spectromètre de masse. Les modules de préparation des échantillons sont basés sur une phase stationnaire monolithique de nature macromoléculaire. Ces phases monobloc, à porosité double, sont adaptées au contexte microfluidique; elles se préparent in situ dans les microcanaux et leur fonctionnalité et leurs propriétés physico-chimiques (porosité, perméabilité) sont modulables en fonction des applicationsAu cours de ce travail, différents types de phases monolithiques ont été mis au point et étudiés, tout d'abord dans un support capillaire, puis dans des microcanaux, pour des applications séparatives principalement mais aussi de digestion de protéines. Les premières présentent une fonctionnalité hydrophobe de phase inverse et les deuxièmes, plus poreuses, servent de support pour l'ancrage covalent de l'enzyme de digestion, la trypsine. Les résultats obtenus pour les différentes phases sont à la hauteur de ceux observés sur les supports conventionnels et la possibilité de réaliser des colonnes très longues conduit à des résultats excellents. L'interface avec la spectrométrie de masse est intégrée sur le microsystème afin d'en optimiser le couplage. Ce module s'inspire, par sa géométrie et son fonctionnement, d'une plume de calligraphie. Le liquide, en sortie de microsystème, s'écoule dans la fente capillaire de la plume et est éjecté sous forme de nébulisat dans le spectromètre de masse. Trois générations de plumes, en résine photolithographiable, la SU-8 ou en silicium polycristallin, ont été développées et testés. Leurs performances sont excellentes et surpassent même, pour les prototypes les plus aboutis, celles de sources standard. L'intégration de ces différents modules a été abordée avec la fabrication et le début des tests de microsystèmes intégrés, en résine SU-8, comportant des microcanaux où, sont préparées les phases monolithiques et une interface de sortie de type plume
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GILLET, SYLVIE. "Application de la maldi-ms a l'enzymologie moleculaire et a la chimie des proteines." Paris 6, 1996. http://www.theses.fr/1996PA066571.
Abstract:
La spectrometrie de masse est une methode rapide, fiable et precise, qui permet, entre autres, l'etude des modifications chimiques des proteines, en mesurant l'increment de masse apporte a une proteine ou a un peptide par la modification, en comparaison a la proteine ou au peptide temoins non-modifies. Ce travail decrit l'application de la spectrometrie de masse a desorption-ionisation laser assistee par matrice (maldi-ms) a l'identification des residus d'acides amines marques par des analogues reactifs de l'atp et de l'arnt, au site de liaison de ces substrats sur certaines enzymes de l'appareil traductionnel de la biosynthese des proteines. Dans le premier chapitre, le site de liaison de l'atp sur les lysyl- et histidyl-arnt synthetases, a ete etudie en utilisant des derives pyridoxyles de l'atp (plp, pldp, adp-pl et atp-pl) qui reagissent par leur fonction aldehyde avec la fonction amine primaire de la chaine laterale de residus lysines en formant une base de schiff. Un autre derive reactif de l'atp, le fluorosulfonylbenzoyl-adenosine (fsba), specifique des chaines laterales nucleophiles des acides amines polaires, a permis dans le cas de l'histidyl-arnt synthetase (hisrs), de rechercher des acides amines autres que les lysines au centre actif de cette synthetase de classe ii. Dans le deuxieme chapitre, le site de liaison du bras accepteur de l'arnt#f#m#e#t sur la methionyl-arnt#f#m#e#t transformylase, a ete etudie par le marquage covalent de cette enzyme par l'arnt#f#m#e#t-dialdehyde, un analogue de l'arnt#f#m#e#t rendu reactif par l'oxydation du groupement cis-diol du ribose de l'adenosine 3'-terminale. Dans le troisieme chapitre, nous nous sommes interesses a une modification post-traductionnelle auto-catalysee qui consiste en la fixation covalente de la methionine sur la methionyl-arnt synthetase, a partir d'un donneur methionyl-adenylate synthetise par l'enzyme elle-meme. Dans les structures cristallographiques disponibles des enzymes etudiees, la localisation de certains des residus marques au centre actif est compatible avec leur participation a la catalyse et/ou a la liaison du substrat. Par exemple, la lysine-118 de l'hisrs, majoritairement marquee par tous les analogues reactifs de l'atp etudies, est situee dans le motif 2, l'un des 3 motifs catalytiques caracteristiques des aminoacyl-arnt synthetases de la classe ii, a l'interieur de la crevasse du centre actif de cette enzyme
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Matheron, Lucrèce. "Peptides vecteurs et protéomique intracellulaire : détection de phosphorylations par spectrométrie de masse MALDI-TOF." Paris 6, 2011. http://www.theses.fr/2011PA066526.
Abstract:
Les peptides vecteurs (CPP) peuvent traverser les membranes cellulaires et y vectoriser des molécules. Ce projet a pour but le développement d’un test pour évaluer la capacité d’un CPP à atteindre le cytoplasme. Le CPP est couplé à une cargaison substrat d’une enzyme uniquement cytoplasmique, la Protéine Kinase C (PKC). Après lyse cellulaire la détection d’une phosphorylation de cette cargaison par MALDI-TOF révèle une localisation cytoplasmique. La détection des phosphopeptides par spectrométrie de masse n’est pas triviale. Nous avons évalué deux stratégies pour la faciliter. 1) purification sélective des peptides phosphorylés, en utilisant des matériaux chromatographiques dédiés. Cette stratégie s’est révélée inappropriée pour ces phosphopeptides fortement basiques, malgré diverses optimisations de séquences. 2) dérivation chimique où le phosphate est éliminé et remplacé par un groupement favorable à l’ionisation en MALDI-TOF. Cette stratégie s’est également révélée peu efficace, malgré une forte amélioration des limites de détection, à cause de nombreuses réactions secondaires. En particulier, le peptide non phosphorylé est également réactif et peut générer les mêmes produits que le phosphopeptide, ce qui empêche de les distinguer. Par ailleurs, de nombreuses conditions expérimentales ont été testées in cellulo. La phosphorylation de la cargaison a pu être mise en évidence, mais dans des conditions très précises, et n’est pour l’instant pas observée dans les cellules vivantes (non lysées). Ce travail sera poursuivi, notamment par l’utilisation d’un anticorps commercial dirigé contre la séquence phosphorylée de ce substrat de PKC.
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Petkovski, Elizabet. "Polymorphismes ponctuels de séquence et identification génétique : Etude par spectrométrie de masse MALDI-TOF." Université Louis Pasteur (Strasbourg) (1971-2008), 2006. https://publication-theses.unistra.fr/public/theses_doctorat/2006/PETKOVSKI_Elizabet_2006.pdf.
Abstract:
L'investigation des polymorphismes du génome humain permet d'identifier les individus avec certitude et d'établir des relations de parenté. L'étude des polymorphismes ponctuels de séquence (SNP) présente un réel intérêt dans les domaines de la médecine légale et de l'anthropologie moléculaire. En effet, les SNP autosomaux réunissent les avantages des méthodes appliquées aujourd'hui et permettent d'atteindre un haut pouvoir discriminant à partir d'échantillons dégradés par l'analyse de fragments d'ADN courts. Nous avons sélectionné 50 SNP autosomaux et une différence de séquence entre les copies du gène de l'amélogénine porté par les gonosomes. La définition de cet ensemble de marqueurs est un travail original tant d'un point de vue quantitatif, menant à un pouvoir de discrimination élevé, que d'un point de vue qualitatif, ne considérant que des marqueurs non codants en accord avec la législation française en vigueur. Les marqueurs ont été étudiés par détection des produits d'extension allèles spécifique d'amorce par spectrométrie de masse MALDI-TOF. L'étude d'un échantillon de la population française a permis de fournir des informations sur la distribution allélique de ces marqueurs, de valider l'ensemble des SNP sélectionnés comme outil pour la filiation et l'identification génétique et de développer une méthode d'analyse directe, sensible et rapide permettant l'analyse simultanée d'un grand nombre de molécules de manière reproductible. L'analyse des marqueurs bialléliques validés représente un outil complémentaire à celle des microsatellites dans le cadre d'échantillons fortement dégradés tels qu'ils sont fréquemment rencontrés sur les scènes de crimes ou lors de catastrophes de masse. La définition d'un protocole de routine permettra d'introduire cette technique basée sur les marqueurs SNP au niveau des laboratoires d'identification génétiqueHuman genome polymorphism investigation allows accurate individual identification and genetic relationship establishment. The study of single nucleotide polymorphisms (SNPs) requires short DNA fragments and therefore has a particular advantage over classical markers in the analysis of degraded samples. This and the capacity of yielding high discriminatory powers confer a great value to autosomal SNP markers in the fields of forensics or molecular anthropology. In the present study 50 autosomal SNPs and a sex determining sequence difference between the amelogenin gene gonosomal copies were selected. The characterization of this set of markers represents an innovative work as it allows generating strong discriminatory information and is restricted to non-coding DNA regions, in harmony with the in force French legislation. Our approach to SNP typing is a multiplex PCR based amplification followed by simultaneous detection of primer extension products by MALDI-TOF mass spectrometry. The study of these markers in a French representative population allowed their allelic distribution investigation, their validation as tools for genetic identification and filiation and the development of a direct, sensitive, rapid and multiplexed analysis method yielding reproducible results. The analysis of the selected binary markers represents a complementary means of great help in cases where microsatellite investigation fails due to extensive DNA degradation rather then lack of DNA template. Their specific advantage relies in the identification of discrete samples, such as highly degraded tissues commonly encountered on crime scenes or in mass-disasters. The establishment of a routine protocol will lead to the implementation of the method based on SNP typing in genetic identification laboratories
Book chapters on the topic "ET-MALDI":
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Nordhoff*, E., F. Kirpekar*, S. Hahner†, F. Hillenkamp†, and P. Roepstorff*. "Maldi MS as a new method for the analysis of nucleic acids (DNA and RNA) with molecular masses up to 150 kDa." In Applications of Modern Mass Spectrometry in Plant Science Research, 86–101. Oxford University PressOxford, 1996. http://dx.doi.org/10.1093/oso/9780198549659.003.0007.
Abstract:
abstract The introduction of electrospray ionization (ESI) (Meng et al. 1988) and matrix-assisted laser desorption/ionization (MALDI) (Karas and Hillenkamp 1988) as new and very efficient soft ionization techniques for mass spectrometric analysis of labile molecules has revolutionized the traditional strategies and methods for the characterization of biomolecules. Mass spectrometric protein analysis with ESI and MALDI MS have now been refined to a state where it is unsurpassed by any other protein-chemical technique in speed, sensitivity, specificity, and in the ability to handle complex mixtures.
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Roepstorff*, Peter, Michel Jaquinod*, K. laus Neilsent, and Jens S. Anderson*. "Matrix-assisted laser desorption and electrospray ionization mass spectrometry in protein studies: competitive or complementary?" In Applications of Modern Mass Spectrometry in Plant Science Research, 44–57. Oxford University PressOxford, 1996. http://dx.doi.org/10.1093/oso/9780198549659.003.0004.
Abstract:
Abstract A major breakthrough in the potential for applying mass spectrometry (MS) in protein studies was achieved in the early 1980s by demonstration of the possibility of recording mass spectra of small proteins, e.g. insulin, independently by two different mass spectrometric ionization techniques, i.e. plasma desorption (PD) and fast atom bombardment (FAB) by Hakansson et al. 1982 and Dell and Morris 1982, respectively. These methods were quickly applied to numerous protein studies. In spite of their demonstrated capabilities, the techniques did not gain the expected rapid acceptance in protein research laboratories. Too low sensitivity, limited mass range, limited mass accuracy, difficulties in sample handling, and instrumental complexity were claimed to be the major reasons. Most of these impediments were overcome by the introduction of two new ionization methods in the late 1980s. As described below the combined use of electrospray ionization (ESI) (Fenn et al. 1989) and matrix-assisted laser desorption/ionization (MALDI) (Karas and Hillenkamp 1988) now gives a nearly indefinite mass range, femtomole sensitivity, high tolerance towards salts and additives, and a mass accuracy of 0.01% or better. In addition, the instrument manufacturers have realized that simpler user friendly instrumentation is needed, and the time-of-flight mass spectrometers especially have reached a state where the practical operation of the instrument does not require any expertise. A number of additional features further render these two ionization techniques attractive for protein chemistry and biochemistry; these include for ESI: easy on-line coupling with HPLC and CZE, good perspectives for quantitation and the opportunity to obtain information about higher order protein structures and non-covalent interactions; and for MALDI: excellent mixture handling capabilities, still higher sensitivity, and compatibility with protein separation by PAGE. The principles and features of all four techniques have recently been reviewed (Roepstorff and Richter 1992).
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Djidja, M. C., M. R. Clench, P. M. Loadman, C. W. Sutton, P. Scriven, E. Claude, M. F. Snel, et al. "Proteomic investigation of tissues of medical interest by MALDI MSI." In Acta medicinae legalis et socialis, 335–41. Imprensa da Universidade de Coimbra, 2010. http://dx.doi.org/10.14195/978-989-26-0173-1_57.
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Burrell, M., S. Francese, D. D. Cameron, C. Steels, M. Bennett, D. Wells, T. Holman, J. Leake, and M. Clench. "MALDI-MSI: a new tool for metab olite analysis in forensic science." In Acta medicinae legalis et socialis, 311–17. Imprensa da Universidade de Coimbra, 2010. http://dx.doi.org/10.14195/978-989-26-0173-1_53.
Conference papers on the topic "ET-MALDI":
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Muñoz Arrieta, Rodrigo, and Daniel Esquivel Alvarado. "Perfil de proantocianidinas en Psidium Friedrichsthalianum y su potencial como superalimento." In I Congreso Internacional de Ciencias Exactas y Naturales. Universidad Nacional, 2019. http://dx.doi.org/10.15359/cicen.1.81.
Abstract:
El cas (Psidium friedrichsthalianum ) es un fruta perteneciente a la familia Myrtaceae, originario de América Central que principalmente se encuentra en Costa Rica y representa una pieza clave en la dieta de los costarricenses (Pino et al.,2002). Sin embargo, es una fruta desconocida a nivel mundial a la cual se le desconocen sus componentes fitoquímicos y sus propiedades (Flores et al., 2013). Dentro de estos componentes destacan las proantocianidinas (PACs).El consumo de frutas con alto contenido de PACs (tipo A), como el arándano, las manzanas entre otros, ha atraído una atención cada vez mayor debido a sus posibles beneficios nutricionales, considerándolas súper frutas. El presente estudio tuvo como objetivo realizar una caracterización de las PACS mediante técnicas de espectrometría de masas (ESI-MS) y (MALDI-ToF). Para ello, Las PACs se extrajeron de la fruta liofilizada con acetona (70% v / v) en un baño ultrasónico y centrifugación. Los sobrenadantes se concentraron por evaporación rotatoria hasta sequedad y se solubilizaron en etanol. Los extractos etanólicos se cargaron en una columna empaquetada con Sephadex LH-20 y se eluyeron con etanol, etanol: metanol (1:1) y acetona (80% v / v). Finalmente, las fracciones de acetona se concentraron y se liofilizaron para obtener extractos enriquecidos con PACs, las cuales se caracterizaron por las técnicas de espectrometría de masas anteriormente mencionadas (Feliciano et al., 2012). En la caracterización, los espectros del MALDI-TOF muestran la presencia de PACs con alto grado de polimerización (DP= 8). Los métodos de deconvolución determinaron las relaciones entre los enlaces interflavan de tipo A y B en las PACs, indicando una abundancia para el tipo A de (39%) (3). En cuanto a composición de los oligómeros, Los espectros de ESI-MS revelaron la presencia de iones [M+H]- consistentes con las masas de (epi) afzelequina (EA), (epi) catequina (EC), and (epi) gallocatequina (EG). Dentro de ellos, la EC es la más abundante con un 93%. Los Dímeros encontrados se encontraron en el rango de los (543 -609) Da, siendo los de EA-EC (2%), EC-EC (85%) y EG-EG (12%) los de mayor abundancia y con predominancia de enlaces tipo B de 75% para EC-EC. El trímero de mayor abundancia fue el EC-EC-EC (95%) con una presencia de enlaces tipo B de 65%. En conclusión debido a la alta concentración PACs tipo A (39%), el cas puede ser considerada una super fruta y competir en mercados internacionales como lo hacen otras súper frutas tales como arándano y la granadilla real.
Reports on the topic "ET-MALDI":
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Blumwald, Eduardo, and Avi Sadka. Citric acid metabolism and mobilization in citrus fruit. United States Department of Agriculture, October 2007. http://dx.doi.org/10.32747/2007.7587732.bard.
Abstract:
Accumulation of citric acid is a major determinant of maturity and fruit quality in citrus. Many citrus varieties accumulate citric acid in concentrations that exceed market desires, reducing grower income and consumer satisfaction. Citrate is accumulated in the vacuole of the juice sac cell, a process that requires both metabolic changes and transport across cellular membranes, in particular, the mitochondrial and the vacuolar (tonoplast) membranes. Although the accumulation of citrate in the vacuoles of juice cells has been clearly demonstrated, the mechanisms for vacuolar citrate homeostasis and the components controlling citrate metabolism and transport are still unknown. Previous results in the PIs’ laboratories have indicated that the expression of a large number of a large number of proteins is enhanced during fruit development, and that the regulation of sugar and acid content in fruits is correlated with the differential expression of a large number of proteins that could play significant roles in fruit acid accumulation and/or regulation of acid content. The objectives of this proposal are: i) the characterization of transporters that mediate the transport of citrate and determine their role in uptake/retrieval in juice sac cells; ii) the study of citric acid metabolism, in particular the effect of arsenical compounds affecting citric acid levels and mobilization; and iii) the development of a citrus fruit proteomics platform to identify and characterize key processes associated with fruit development in general and sugar and acid accumulation in particular. The understanding of the cellular processes that determine the citrate content in citrus fruits will contribute to the development of tools aimed at the enhancement of citrus fruit quality. Our efforts resulted in the identification, cloning and characterization of CsCit1 (Citrus sinensis citrate transporter 1) from Navel oranges (Citrus sinesins cv Washington). Higher levels of CsCit1 transcripts were detected at later stages of fruit development that coincided with the decrease in the juice cell citrate concentrations (Shimada et al., 2006). Our functional analysis revealed that CsCit1 mediates the vacuolar efflux of citrate and that the CsCit1 operates as an electroneutral 1CitrateH2-/2H+ symporter. Our results supported the notion that it is the low permeable citrateH2 - the anion that establishes the buffer capacity of the fruit and determines its overall acidity. On the other hand, it is the more permeable form, CitrateH2-, which is being exported into the cytosol during maturation and controls the citrate catabolism in the juice cells. Our Mass-Spectrometry-based proteomics efforts (using MALDI-TOF-TOF and LC2- MS-MS) identified a large number of fruit juice sac cell proteins and established comparisons of protein synthesis patterns during fruit development. So far, we have identified over 1,500 fruit specific proteins that play roles in sugar metabolism, citric acid cycle, signaling, transport, processing, etc., and organized these proteins into 84 known biosynthetic pathways (Katz et al. 2007). This data is now being integrated in a public database and will serve as a valuable tool for the scientific community in general and fruit scientists in particular. Using molecular, biochemical and physiological approaches we have identified factors affecting the activity of aconitase, which catalyze the first step of citrate catabolism (Shlizerman et al., 2007). Iron limitation specifically reduced the activity of the cytosolic, but not the mitochondrial, aconitase, increasing the acid level in the fruit. Citramalate (a natural compound in the juice) also inhibits the activity of aconitase, and it plays a major role in acid accumulation during the first half of fruit development. On the other hand, arsenite induced increased levels of aconitase, decreasing fruit acidity. We have initiated studies aimed at the identification of the citramalate biosynthetic pathway and the role(s) of isopropylmalate synthase in this pathway. These studies, especially those involved aconitase inhibition by citramalate, are aimed at the development of tools to control fruit acidity, particularly in those cases where acid level declines below the desired threshold. Our work has significant implications both scientifically and practically and is directly aimed at the improvement of fruit quality through the improvement of existing pre- and post-harvest fruit treatments.