Academic literature on the topic 'Épidémie de la maladie à virus Ebola'

La République démocratique du Congo (RDC) connaît depuis août 2018, dans les provinces du Nord-Kivu et l’Ituri, la plus dévastatrice et la plus prolongée des épidémies de maladie à virus Ebola (MVE) de son histoire avec plus de 3 320 cas et 2209 décès en date du 7 décembre 2019. La stratégie de prise en charge de la MVE s’inscrit dans un scénario de crise humanitaire complexe grevé par un conflit armé et qui doit tenir compte de considérations ethniques et culturelles, des mesures de précautions drastiques imposées aux soignants ainsi que de limitations diagnostiques et thérapeutiques particulières. Le management médical repose en premier sur la prise en charge intensive et précoce des patients dans les centres de traitement Ebola (CTE). Elle est renforcée par le déploiement de l’évaluation de thérapeutiques spécifiques de l’infection par virus Ebola. Son objectif principal reste la performance du niveau de soins de support et renvoie à un remplissage liquidien massif avec un suivi drastique et évalué visant la compensation des pertes hydro-électrolytiques qui constitue l’invariant de la MVE. Ces mesures permettent souvent d’éviter l’évolution péjorative et le recours à une escalade du niveau de soins, comme l’épuration extra-rénale, la ventilation invasive ou le recours à des drogues inotropes, de réalisation non aisée dans le contexte du terrain épidémique. Nous rapportons le cas d’un patient hospitalisé présentant une forme sévère de la MVE et hospitalisé dans le CTE de Béni (Nord-Kivu),RDC au cours de cette épidémie, afin d’illustrer le projet de soin du patient atteint de fièvre hémorragique virale sévère à l’horizon 2020.

La première épidémie de maladie à virus Ebola en Guinée, entre 2013 et 2016, a été révélatrice des défaillances organisationnelles des institutions guinéennes dans la gestion de la crise et de la dépendance aux partenaires techniques et financiers internationaux. On a maintes fois accusé les déficits en matière de résilience pour expliquer les difficultés de gestion de la crise. Cet article a pour objectif de s’interroger sur la manière de renforcer la résilience pour améliorer la réponse aux crises sanitaires dans les États fragiles. La collecte de données de cette étude qualitative a été réalisée dans la période post-Ebola en 2017, grâce à des entretiens semi-dirigés, à une observation d’événements liés à la gestion des crises ou au relèvement post-crise, et à une analyse documentaire approfondie. Présentant les bonnes pratiques pour renforcer la gestion des crises sanitaires dans les États fragiles et un modèle tridimensionnel d’analyse de la gestion résiliente des crises sanitaires dans les États fragiles, cette étude permet de noter que la gestion des épidémies repose sur un état initial et un contexte spécifique, mais également sur les dimensions intra-organisationnelle et inter-organisationnelle puisque plusieurs organisations doivent collaborer. La dernière dimension du modèle d’analyse permet d’apprécier la résilience sanitaire selon les 5 caractéristiques de Kruk et al. (2015), soit la conscience, la diversité, l’autorégulation, l’intégration et l’adaptabilité.

Les surfaces forestières se sont accrues dans les régions tempérées et ont diminué significativement dans les régions tropicales consécutivement à la déforestation Ces processus modifient les liens entre forêts et santé humaine La probabilité de contracter certaines maladies est liée à la fréquence ou la quantité des fréquentations des forêts par l’Homme, mais également à deux autres catégories de phénomènes, les dégradations des écosystèmes forestiers et les changements dans la composition des communautés d’espèces, et ce tant dans les forêts tempérées (maladie de Lyme par exemple) que tropicales (virus Ebola ou l’ulcère de Buruli par exemple). Mieux comprendre les liens entre forêts et maladies infectieuses passe par des recherches multidisciplinaires, intégrant les comportements humains, l’épidémiologie des épidémies et l’écologie des pathogènes, des hôtes et des vecteurs.

The Ebola virus is transmitted to people from wild animals and spreads in the human population through human-to-human transmission via direct contact with blood, secretions, organs or other bodily fluids of infected people, and with surfaces and materials contaminated with these fluids. In December 2019, a novel coronavirus disease (COVID-19) caused by severe acute respiratory syndrome-coronavirus-2 (SARS-COV-2) emerged in Wuhan, China, attracting the notice of regional authorities and rapidly drawing global attention. In less than 4 months, COVID-19 spread through almost all countries and regions. The COVID-19 pandemic is wreaking havoc on the world economy, in addition to creating the current global public health crisis. According to the World Health Organization (WHO), 28,616 cases of Ebola were detected, and 11,310 people died during the outbreak in Guinea, Liberia and Sierra Leone. As of 17th December 2020, COVID-19 has killed 1,658,062 people, and positive cases have topped 74 million globally. Africa has suffered several outbreaks of Ebola Virus Disease (EVD); learning from the past is a good way to prepare for the future. We hope to highlight some of the lessons learnt from Africa’s response to previous epidemics that can help in the fight against the ravaging coronavirus pandemic. Keywords: Ebola, COVID-19, WHO, transmission, global French Title: Appliquer les leçons tirées d'Ebola pour une réponse efficace au COVID-19 en Afrique Le virus Ebola est transmis aux humains par des animaux sauvages et se propage dans la population humaine par transmission interhumaine par contact direct avec du sang, des sécrétions, des organes ou d'autres fluides corporels de personnes infectées, et avec des surfaces et des matériaux contaminés par ces fluides. En décembre 2019, une nouvelle maladie à coronavirus (COVID-19) causée par le syndrome respiratoire aigu sévère-coronavirus-2 (SRAS-COV-2) est apparue à Wuhan, en Chine, attirant l'attention des autoritésrégionales et attirant rapidement l'attention mondiale. En moins de 4 mois, le COVID-19 s'est propagé dans presque tous les pays et régions. La pandémie de COVID-19 fait des ravages sur l'économie mondiale, en plus de créer la crise mondiale actuelle de santé publique. Selon l'Organisation mondiale de la santé (OMS), 28616 cas d'Ebola ont été détectés et 11310 personnes sont décédées au cours de l'épidémie en Guinée, au Libéria et en Sierra Leone. Au 17 décembre 2020, le COVID-19 avait tué 1658062 personnes et les cas positifs dépassaient 74 million dans le monde. L'Afrique a souffert de plusieurs flambées de maladie à virus Ebola (MVE); apprendre du passé est un bon moyen de préparer l'avenir. Nous espérons mettre en évidence certaines des leçons tirées de la réponse de l’Afrique aux épidémies précédentes qui peuvent aider à lutter contre la pandémie ravageuse de coronavirus. Mots clés: Ebola, COVID-19, OMS, transmission, mondial

La Fièvre Hémorragique Virale (FHV) Ebola est une maladie infectieuse émergente qui sévit par flambées épidémiques. Depuis sa première manifestation en 1976, plusieurs études menées ont donné lieu à diverses spéculations sur la nature du réservoir de ce virus qui n’a été lié que tout récemment aux trois espèces de chauve-souris frugivores Hypsignathus monstrosus, Epomops franqueti et Myonycteris torquata. Toutefois, bien que le réservoir semble désormais connu, la chaîne de transmission de l’infection ainsi que les conditions naturelles d’émergence des épidémies restent non élucidées. Par ailleurs, présentement, on ne dispose pas encore d’un vaccin contre le virus Ebola bien que des avancées considérables aient été accomplies dernièrement dans les recherches à ce sujet. Entre 1994 et 2005, 8 épidémies de FHV Ebola ont sévi au Gabon et au Congo. Trois observations principales nous permettent de considérer la FHV Ebola comme étant un phénomène lié aux variations des conditions environnementales : le virus se manifeste particulièrement dans la même région "Nord-est Gabon / Cuvette-Ouest Congo" ; on constate une périodicité saisonnière d'apparition des épidémies dans cette région (généralement durant la période de transition "saison sèche / saison de pluies") ; les espèces de gorilles et chimpanzés chez lesquelles on a observé de fortes mortalités de populations avant et pendant les épidémies humaines s’avèrent particulièrement affectées. Même dans le cas où on disposerait très prochainement d’un traitement efficace ou un vaccin, la prédiction, la prévention et le contrôle rapide des épidémies demeurent une priorité majeure en santé publique. C'est dans cette optique qu'une étude sur les interactions possibles entre "conditions environnementales" et "apparition des épidémies" a été envisagée. Pour cela, il a été préconisé une approche géographique au moyen d'outils de télédétection spatiale et de Systèmes d'Information Géographique (SIG). Le travail réalisé a consisté à étudier la dynamique spatiale et temporelle de différents paramètres du milieu (relief, hydrographie, végétation, etc. ). L’étude visait, d'une part, à caractériser le milieu naturel de la région des épidémies, d'autre part, à identifier des indicateurs environnementaux pouvant être liés aux processus de déclanchement des épidémies. Les résultats obtenus montrent que la région d'épidémies se caractérise par un terrain globalement plat situé en altitude, par des pluies abondantes et par un réseau hydrographique dense et ramifié. L'ensemble rend le milieu particulièrement humide donnant lieu à une végétation dense avec une flore spécifique. L'écosystème est donc inféodé à des conditions d'humidité élevée. Dans ce contexte, le paramètre "humidité du milieu" s'avère alors jouer un rôle central dans le fonctionnement de l'écosystème. Il commande de manière cruciale les interactions entre l'homme, la forêt et les animaux. Or ces interactions sont nécessairement à la base des échanges intra et interspécifique impliqués dans la circulation du virus. Nous pensons donc que ce paramètre est lié aux processus écologiques étant à l’origine du déclenchement des épidémies de fièvre Ebola au Gabon et au Congo. Enfin, cette étude ouvre des perspectives sur l’utilisation des images satellitaires dans la détermination d’un seuil de risque d’apparition des épidémies. Un suivi de l'évolution temporelle de l'humidité du milieu pourrait être envisagé sur la base des pistes suggérées par l’étude des variations de la rétrodiffusion radar et de l'indice NDVI. Le but serait d’arriver à déterminer et caractériser un ou des indices révélateurs de l’état des conditions d’humidité dans le milieu. Toute valeur dépassant un seuil déterminé pourra constituer une alerte pour les autorités sanitaires des pays concernés
The Ebola hemorrhagic viral fever is an emerging infectious disease that occurs in the form of rapid outbreaks. Since its first event in 1976, several studies have given rises to various speculations about the nature of its natural reservoir of the virus, which has recently been linked to three species of fruit bats: Hypsignathus monstrosus, Epomops franqueti and Myonycteris torquata. However, although the reservoir seems now to be known, the infection transmission chain and the natural conditions of the epidemics emergence remain none elucidated. In addition, until now, we do not have a vaccine against the Ebola virus although considerable progresses have been accomplished in this way by researchers. Between 1994 and 2005, eight Ebola epidemics occurred in Gabon and Congo. Three main observations permitted us to consider that the Ebola fever is a phenomenon linked to environmental conditions : the virus caused epidemics in the same region “Northeastern of Gabon - West basin of Congo”; the epidemics showed a certain seasonality pattern, since it often occurred during the dry to rainy season transition period ; human epidemics occurred simultaneously or after great mortalities affected populations of gorillas and chimpanzees. Even though an effective treatment or a vaccine would be available in a very close future, prediction, prevention and rapid control of epidemics would remain a major priority in public health. With this in mind, a study was considered about the possible interactions between “the environmental conditions” and “the epidemics emergence”, using a geographical approach with remote sensing and GIS tools. This work has consisted on studying the spatial and temporal dynamics of environmental parameters, as for example, topography, hydrology, vegetation, and so on, in the epidemics area. This study has two main objectives: to characterize the natural environment of the epidemics area and to identify environmental indicators that may be linked to the ecological processes leading to the epidemics. It was shown that the epidemics region has generally a flat topography and it is located in high and pluvial lands, presenting a dense hydrographic network. This results on a very wet environment marked by dense vegetation with specific flora. The ecosystem is therefore subservient to high humidity conditions. In this context, the "environment humidity" is then playing a central role in the ecosystem functioning. This role consists on modulating crucial interactions between humans, forest and animals, which constitute the essential basis of the exchanges involved in the natural virus life cycle. We therefore conclude that "environment humidity" is a propriety closely linked to ecological processes that are at the origin of Ebola fever outbreaks in Gabon and Congo. Finally, the results of this study offer positive perspectives on the use of satellite imagery in determining a threshold of risk of epidemics. The temporal evolution of moisture in environment can be followed, firstly, through changes in the vegetation index NDVI and, secondly, through changes in the radar backscattering. Any value exceeding the critical threshold defined would constitute a warning signal from which the health authorities of the concerned countries could implement awareness and prevention actions

Cette thèse peut être lue comme une enquête sur des enquêtes. Elle s’intéresse aux différentes investigations conduites sur l’origine du virus Ebola entreprises par des communautés enquêtrices : scientifiques, cliniciens locaux, autorités sanitaires, administratives ou religieuses, patients affectés. Au cours d’une enquête ethnographique de neuf mois, je me suis également intéressé à cette question des origines en tentant de la formuler pour qu’elle soit porteuse de sens pour les sciences sociales. Cette thèse est structurée en trois parties. La première explore les potentialités critiques ouvertes par des récits populaires de l’émergence d’Ebola et dialogue avec l’anthropologie politique de la santé globale. La deuxième partie investigue la production de science et d’ignorance sur Ebola dans une perspective de STS. La troisième partie s’intéresse à l’histoire environnementale de territoires de l’émergence pour écrire de nouveaux récits épidémiques attentifs aux riches matériaux historiques, écologiques, et politiques trop souvent écrasés par la raison épidémiologique ou virologique. Cette thèse examine les différentes manières dont certains signes sont intégrés au dossier des preuves scientifiques quand d’autres restent dans l’ombre et ne viennent pas à être considérés comme pertinents pour renseigner sur l’écologie du virus Ebola. Elle donne ainsi à voir les conséquences pratiques du privilège épistémique dont jouissent certaines méthodes, notamment de description moléculaire, par rapport à d’autres, fondées sur des enquêtes de terrain et attentives aux multiples relations entre les vivants
This dissertation can be read as an investigation of investigations. It focuses on the various investigations into the origin of the Ebola virus undertaken by investigating communities: scientists, local clinicians, health, administrative or religious authorities, affected patients. In the course of a nine-month ethnographic study, I have also examined the question of the virus origins, attempting to frame it as relevant for the social sciences. The dissertation is structured in three parts. The first explores the critical potential of popular accounts of the emergence of Ebola, and dialogues with the political anthropology of global health. The second part investigates the production of science and ignorance about Ebola from an STS perspective. The third part looks at the environmental history of territories of emergence and proposes to write new epidemic narratives to present the rich historical, ecological and political materials too often obfuscated by epidemiological or virological reasoning. This thesis examines the different ways in which certain signs are considered as scientific evidence, while others remain in the shadows and are not considered relevant to inform on the ecology of the Ebola virus. It shows the practical consequences of the epistemic privilege enjoyed by certain methods, notably molecular description, over others based on field surveys and aware of the multiple relationships between living beings

Cette étude se place dans le contexte des maladies infectieuses émergentes maintenant reconnues comme une menace majeure de la biodiversité. Engendrant un taux de mortalité atteignant 95 %, les épidémies à virus Ebola ayant affecté les populations de gorilles de plaine de l'Ouest (Gorilla gorilla gorilla) conduisirent à la classification de ce taxon comme " En danger critique d'extinction ". Cette étude s'intéresse aux capacités de récupération de ses populations. Grâce à des données uniques d'observation en phase pré- et post-épidémique, nous avons évalué l'impact de l'épidémie sur la structure et la dynamique sociale d'une population et estimé son potentiel de récupération au cours des six ans qui ont suivi. Nos résultats de démographie et de dynamique, couplés à des approches statistique et de modélisation démographique détaillée au niveau des classes d'âge et de sexe, et intégrant l'immigration, nous ont permis de mettre en évidence 1) un impact délétère sur le potentiel reproducteur, du fait de l'organisation sociale du gorille ; 2) les atouts de la flexibilité et de l'organisation sociale dans la récupération de la structure de la population ; 3) le rôle de l'immigration pour la récupération à long-terme des effectifs. La mise en évidence de caractéristiques structurelles typiques d'une population affectée par Ebola nous a permis de montrer qu'une population voisine étudiée était indemne. Ceci met en évidence l'impact hétérogène des épidémies au niveau régional, induisant probablement un certain degré de fragmentation des populations. Ce nouvel élément permet de discuter les hypothèses d'émergence et de propagation du virus, et pose la question de l'impact de la fragmentation de la population sur sa dynamique globale et sur la récupération des populations locales affectées. Nos résultats suggèrent une faible résilience des populations de gorilles de plaine face à Ebola et la menace de ce virus pour la persistance des populations. Cependant, une meilleure connaissance du potentiel de flux d'individus au niveau régional et le développement de modèles démographiques prenant en compte cette dimension permettrait de mieux préciser cette résilience.

Engendrant un taux de mortalité atteignant 95%, les épidémies à virus Ebola ayant affecté les populations de gorilles de plaine de l’Ouest conduisirent à la classification de ce taxon comme « En danger critique d’extinction ». Cette étude s’intéresse aux capacités de récupération de ses populations. Grâce à des données uniques d’observation en phase pré- et post-épidémique, nous avons évalué l’impact de l’épidémie sur la structure et la dynamique sociale d’une population et estimé son potentiel de récupération au cours des six ans qui ont suivi. Nos résultats de démographie et de dynamique, couplés à des approches statistique et de modélisation démographique détaillée au niveau des classes d’âge et de sexe, et intégrant l’immigration, nous ont permis montrer 1) un impact délétère sur le potentiel reproducteur; 2) les atouts de la flexibilité et de l’organisation sociale dans la récupération de la structure de la population; 3) le rôle de l’immigration pour la récupération à long-terme des effectifs. La mise en évidence de caractéristiques structurelles typiques d’une population affectée par Ebola nous a permis de montrer qu’une population voisine était indemne. Ceci montre l’impact hétérogène des épidémies au niveau régional, pouvant induire une fragmentation des populations. Ce nouvel élément permet de discuter les hypothèses d’émergence et de propagation du virus, et pose la question de l’impact de la fragmentation de la population sur sa dynamique globale et sur la récupération des populations locales affectées. Nos résultats suggèrent une faible résilience des populations de gorilles de plaine face à Ebola et la menace de ce virus pour la persistance des populations
The impact of Ebola epidemics which induced up to 95% mortality in Western lowland gorilla populations (Gorilla gorilla gorilla) led to the classification of this taxon as "critically endangered". This study focuses on the recovery potential of gorilla populations after Ebola. On the basis of an unique set of data in pre- and post-epidemic periods, we evaluated the impact of the epidemic on the social structure and dynamics of a population. We then estimated its potential of recovery during the six years following the outbreak. Our results on demography and dynamics, coupled with statistical approaches and a modeling work at a demographic age and sex level, including immigration, showed1) a deleterious impact on the breeding potential, 2) the advantages of the social flexibility and the social organization of gorillas in the recovery of the demographic structure of their population, 3) the role of immigration in the long-term recovery of population size. Our determination of the demographic features characterizing a population affected by Ebola allowed us to specify that a studied neighboring population was unaffected. These findings highlighted that Ebola impact had been heterogeneous at a regional level, which probably induced some population fragmentation. This new insight lets discuss the hypotheses on the emergence and spread of the virus and questions the impact of the fragmentation on population dynamics and recovery of affected local populations. Our results suggest a low resilience of populations of lowland gorillas against Ebola virus and the threat to population persistence

La fièvre hémorragique à virus Ebola est une maladie qui constitue une menace pour les populations d'Afrique Centrale, notamment en milieu rural forestier. Au Gabon et en République du Congo, où 7 épidémies ont sévit entre 1994 et 2005, elle y est devenue un problème de santé publique. Cette zoonose émerge chez l'homme lors d'un contact direct avec un animal contaminé, une carcasse ou un vecteur du virus. L'émergence est directement liée aux pratiques ancestrales des lieux (chasse, cueillette, etc. ). La contamination inter humaine a lieu lors d'un contact direct avec les fluides corporels d'un malade. Elle s'effectue en premier lieu au sein des familles des victimes, lors des soins prodigués aux malades et ceux donnés aux morts lors des cérémonies funéraires. Nous tentons dans les premiers temps de cette étude de comprendre, en nous appuyant sur le concept de pathocénose, en quels termes l'émergence virale éclaire sur les liens existants entre les hommes et les virus. Lors de telles épidémies la médecine d'urgence « s'associe » au système de santé national dont l'emprunte territoriale est localement faible. Plusieurs types d'offres de soins antérieurs (traditionnels) ou postérieurs (clinique religieuses) se surimpose au modèle de santé biomédical représenté par les cases de santé et centres médicaux. Les médicaments manquent, les personnels de santé ne se rendent pas toujours sur les lieux de leur affectation. Au quotidien, les recours aux soins des populations apparaît pluriel. Lors d'une épidémie d'Ebola, en raison de son taux de mortalité (jusqu'à 80%) et de sa contagiosité élevés, la logique des malades sembles plus liée à une errance thérapeutique, conditionnée par la recherche des soins et de la causalité du malheur. La multiplicité des acteurs présents lors de la crise exacerbe l'anomie créée par la maladie et met en exergue un rapport de force, de violence, qui n'est parfois que l'expression de la contestation des plus démunis
The Ebola hemorrhagic viral fever is a disease which constitutes a threat for the populations of Central Africa, in particular in rural forester areas. In the Gabon and Republic of Congo (7 epidemics between 1994 and 2005) it became a problem of public health? This zoonos appears at the man's during a direct contact with a contaminated animal, a carcass or a vector of the Ebola virus. The emergence is directly connected, in these enclosed villages, to the ancestral practices of places (hunting, picking, etc. ). The contamination takes place during a direct contact with the physical fluids of a patient. It's made first of all within the families of the victims, during the care lavished on the patients and during those given to the deaths during ceremonies funeral. Firstly, with pathocenosis' concept help, we try in this study to understand in which terms the viral emergence lights us on existing links between people and virus. The amplified rôle of hospital's care confirms the inmportance of the risk in this structure and th panic perception of the world opinion. The North carries a particular interest there. There is no epidemic of Ebola which is accompanied with the procession of international institution. This procession « joins » to the national health system of which takes it territorial is low locally. Several types of care's offers exist with the biomedical model of health represented by « house of health » and health centers. During an epidemic of Ebola, because of his high mortality rate (ut to 80%) and of its contagiousness, the logic of the patient seems more connected to a therapeutic wandering, conditioned by the search for the care and for the causality of the misfortune. In the absence of vaccine, the treatment against Eobla remains symptomatic. The multiplicity of the present actors during the crisis aggravates the anomie created by the disease and highlights a balance of powers, violence, wich is sometimes only the expression of the contesting of the most deprived

Les virus Ebola (EBOV) et Marburg (MARV) sont responsables d'une fièvre hémorragique aiguë et d'épidémies mortelles. Afin d'identifier les espèces réservoirs du virus Ebola, nous avons capturé 679 chauves-souris entre 2001 et 2003 au Gabon et au Congo. Des IgG anti-EBOV et des fragments du gène L d'EBOV ont respectivement été détectés chez 16 et 13 individus appartenant aux chauves-souris Hypsiganthus monstrosus, Epomops franqueti et Myonycteris torquata. Une enquête sérologique sur les IgG anti-EBOV portant sur 1390 spécimens de ces espèces a montré une prévalence de 5%, ce taux chutant à 1% après la dernière épidémie survenue en 2005. Des IgG anti-MARV et des séquences de trois gènes de ce virus ont été détectés respectivement chez 29 et 4 spécimens de Rousettus aegyptiacus dans le sud-est du Gabon. Ces résultats indiquent que ces chauves-souris frugivores seraient réservoirs d'EBOV et de MARV et peuvent s'avérer cruciaux dans la conception de stratégies de prévention des épidémies.

En dépit d’épidémies répétées, il n’existe pas à ce jour de thérapeutique ayant démontré son efficacité dans la maladie à virus Ebola. Sur la base d’expérimentations réalisées chez la souris et le macaque dans le cadre du consortium Reaction!, l’objectif de cette thèse visait à caractériser l’effet d’une molécule antivirale, le favipiravir, via l’implémentation de modèles mathématiques mécanistiques de l’infection et de la réponse immunitaire associée. L’approche utilisée pour construire ces modèles et en estimer les paramètres reposait sur les modèles non linéaires à effets mixtes. Un premier travail a permis d’explorer la relation concentration-effet sur la charge virale plasmatique chez la souris. Le second projet a conduit à caractériser la pharmacocinétique non linéaire dose et temps dépendante du favipiravir chez le macaque, en vue d’identifier les schémas posologiques pertinents pour la réalisation des études d’efficacité chez l’animal infecté. Au décours de leur réalisation, l’intégration des données virologiques et immunitaires générées au sein d’un modèle conjoint a permis de caractériser un effet modéré du favipiravir sur la réplication virale, mais suffisant pour limiter le développement d’une réaction inflammatoire délétère, et ainsi améliorer le taux de survie des animaux traités. Les simulations réalisées avec ce modèle ont pu souligner l’impact déterminant du délai d’initiation du traitement sur la survie. Ces résultats incitent à la poursuite de l’évaluation clinique du favipiravir, en favorisant des essais de prophylaxie ou post exposition. Enfin, un dernier travail a démontré l’absence de potentialisation du favipiravir par la ribavirine dans Ebola
In spite of recurrent outbreaks, no therapeutics with demonstrated clinical efficacy are available in Ebola virus disease. Based on experimentations performed by Reaction! Consortium in mice and macaques, this thesis aimed to characterize the effect of an antiviral drug, favipiravir, using mechanistic mathematical models of the infection and associated immune response. The approach to build models and estimate parameters relied on nonlinear mixed effect models. The first project of this thesis explored the concentration-effect relationship on the viremia in mice. Then, a second project allowed to characterize the pharmacokinetics of favipiravir in macaques, underlying dose and time non linearity, and to identify relevant dosing regimen for efficacy experiments in infected animals. Once these experiments completed, the integration of the virological and immunological data into a mechanistic joint model shed light on the effect of favipiravir. The moderate inhibition of the viral replication resulting from the favipiravir plasma concentrations was enough to limit the development of a deleterious inflammatory response, and thus improve the survival rate of treated macaques. Simulations performed with this model underlined the crucial impact of the treatment initiation delay on survival. These results encourage the pursuit of the clinical evaluation of favipiravir in prophylaxis or post exposure trials. Finally, a last project demonstrated the lack of benefit of ribavirin addition to favipiravir in Ebola virus disease

La République du Congo (RC) ou nos travaux ont eu lieu, est un pays d’Afrique Centrale, il partage ses frontières avec la République démocratique du Congo, la République centrafricaine, le Gabon, le Cameroun, et l’Angola (Cabinda). Dans ces pays la circulation des arboviroses est documentée. En RC, il y avait peu ou pas de documentation sur les arboviroses avant nos travaux. Nous avons réalisé des études de séroprévalence des arboviroses de différentes familles chez des donneurs de sang Congolais. Nous avons aussi étudié l’épidémie de chikungunya ayant sévit en RC en 2011. Nos travaux ont permis de mettre en évidence des taux de séroprévalence élevés pour les pathogènes principaux incriminés: 47,2% pour Dengue, 27,8% pour Yellow fever, 24,4% pour West Nile, 38,8% pour Chikungunya et 7,9% pour Rift Valley fever. Ces taux de séroprévalence élevés prouvent la circulation de ces virus au Congo, bien qu’aucune épidémie n’ait été encore déclarée pour certains. Nous avons également isolé et caractérisé génétiquement une souche nommée "Brazza_MRS1", appartenant au lignage East Central and Southern African, issue de l’épidémie due au virus chikungunya de 2011. La RC a connu plusieurs épidémies dues au virus Ebola. Nous avons tenté de mieux caractériser la circulation des filovirus chez les donneurs de sang asymptomatiques par une étude de séroprévalence. Les taux de séroprévalence IgG anti Ebola virus, observés étaient de 2,5% en général (1,6% à Brazzaville, 4% à Pointe-Noire et 4% en milieux ruraux). Les facteurs de risques identifiés étaient l’exposition aux chauves-souris (p<0.001) et aux oiseaux (p = 0.04). Le taux de séroprévalence IgG anti Marburg virus était de 0,5%
The Republic of Congo (RC) where our work took place is a Central African country, sharing borders with the Democratic Republic of Congo, Central African Republic, Gabon, Cameroon, and Angola (Cabinda). In these countries the circulation of arboviruses is documented. In RC, there was little or no documentation on arboviruses prior to our work. We conducted studies of arbovirus seroprevalence in Congolese blood donors for different virus families. We also studied the epidemic caused by the chikungunya virus that prevailed in RC in 2011.Our work have highlighted the high rate of seroprevalence for incriminated major pathogens: 47.2% for Dengue, 27.8% for Yellow Fever, 24.4% for West Nile, 38.8% for Chikungunya and 7.9% for Rift Valley fever. These high seroprevalence rates indicate that these viruses actively circulate in Congo, although no epidemic has yet been reported for some viruses. We have also isolated and genetically characterized a strain named "Brazza_MRS1", belonging to the East Central and Southern African lineage, after the chikungunya epidemic in 2011. The RC has experienced several outbreaks caused by the Ebola virus. We have performed a filovirus seroprevalence study to attempt to better characterize the circulation of filoviruses in asymptomatic Congolese blood donors. The observed rate of seroprevalence of anti Ebola IgG was 2.5% overall (1.6% in Brazzaville, 4% in Pointe-Noire and 4% in rural areas). Identified epidemiological risk factors were the exposure to bats (p <0.001) and birds (p = 0.04). The seroprevalence rate of Marburg virus IgG was low (0.5%)

Cette étude analyse la construction des théories de complots qui ont accompagné le sida, l’épidémie de la maladie à virus Ebola (MVE) et la Covid-19, qui constituent les trois épidémies postcoloniales qui ont mobilisé simultanément les Etats africains et impacté le vécu des populations. Certes, certains pays d’Afrique ont été touchés par des épidémies de choléra, de fièvre jaune, de méningite, de fièvre de Lassa, etc., mais ces épisodes épidémiques sporadiques n’ont pas inquiété simultanément l’ensemble du continent, à l’image des trois épidémies susmentionnées. C’est aussi le cas du SRAS, de la grippe aviaire et du H1N1 dont les peurs suscitées ne concernaient spécialement que l’Occident. A contrario, la dimension pandémique du sida qui a fait le siège de l’Afrique, les affres de l’épidémie d’Ebola, notamment la vingt troisième épidémie qui a émergé en Afrique de l’ouest de 2014 à 2016 touchant 28 616 en Guinée, au Libéria et en Sierra Leone, dont 11 310 décès, et l’irruption de la Covid-19 accompagnée d’un discours qui prophétisait une hécatombe en Afrique, ont, par leur ampleur, suscité de nombreuses théories de type complotiste. Ces épidémies ont marqué tout le continent dès leur irruption, non seulement par leurs voies de contamination, leur ampleur, l’absence de remède, les difficultés liées à la prévention, le discours qui les accompagne, mais aussi par leur impact social. C’est cette spécificité partagée qui les classe en tête de liste des épidémies qui charrient des théories de complot. En effet, le contexte de crise socio-politique et économique, de paupérisation générale, de crise du système de santé des Etats africains et de revendications culturelles, dans lequel ces épidémies ont émergé, auquel se greffe le poids d’un héritage colonial persistant, façonne leurs perceptions par les populations. C’est ce contexte qui constitue le ferment d’éclosion des théories de complot. Nonobstant les spécificités des théories de complot qui accompagnent chacune de ces épidémies, elles sont remarquablement connectées par des dénominateurs communs, une sorte de répertoire d’explications « complotistes » limité mais actualisé à l’émergence d’une épidémie, pour capter l’imaginaire et conditionner ses représentations. Comment des épidémies dont les périodes d’irruption, les lieux d’émergence et les principales voies de contamination diffèrent ont suscité des théories de complot analogues et connectées qui ont construit leurs représentations en Afrique sub-saharienne? A partir des documents d’archives des institutions étatiques de santé, des organismes internationaux et humanitaires en Côte d’Ivoire et en Guinée, d’une enquête de terrain dans ces deux pays et de l’observation directe, l’étude révèle que : la perception de ces épidémies comme des armes bactériologiques contre les Africains, le business de la santé et la marginalisation des Africains par le sabotage de leur recherche et la banalisation de leurs remèdes, constituent les théories transversales qui postulent que ces épidémies sont des complots.

Le transport aérien de patients hautement contagieux est un défi humain et technique, à la croisée de problématiques médicales, aéronautiques, réglementaires internationales et parfois éthiques. Les grands principes sont bien connus en matière de confinement et de biosécurité. Dans le cadre de la maladie à virus Ebola, le point de départ a été la déclaration de la directrice générale de l’Organisation mondiale de la santé le 8 août 2014 définissant l’épidémie en Afrique de l’Ouest comme une urgence de santé publique de portée internationale et enjoignant les pays occidentaux à être capables de rapatrier leurs ressortissants. Le travail initié reste à ce jour inachevé, le système de confinement industrialisé restant au stade de prototype et le projet de remplacement du caisson de transport pour l’entrée et la sortie n’ayant pas encore abouti. Il existe par ailleurs de nombreuses autres solutions techniques développées en Europe et aux États-Unis qui illustrent les deux grandes approches possibles avec des systèmes souples ou rigides. La permanence de la menace biologique illustrée par les récentes épidémies à Corona Virus nécessite de disposer de cette capacité.

Notre contribution se propose d’aborder la question du statut accordé au savoir de type sociologique dans la société française contemporaine à l’aune de la pandémie de la Covid-19. On voudrait en effet montrer que dans certaines réactions politiques à la pandémie s’est rejoué le rapport très étroit qui avait caractérisé l’émergence de l’État social français entre sociologie et épidémie, sous une forme qui témoigne cependant cette fois de la crise que traverse le savoir sociologique. Nous montrerons d’abord ce qui lie si étroitement épidémie et sciences sociales à travers un retour à la sociologie durkheimienne. Celle-ci est en effet fondée sur l’idée qu’il y a en tout Homme deux êtres, un être biologique et un être social, et qu’à mesure que la division du travail social s’accentue, l’être social, tout en restant aussi présent, en vient à être masqué derrière l’être biologique, sous la figure de l’individu. Si Durkheim assigne à la sociologie le rôle de lever le voile de cette illusion individualiste, il est des moments où cette démarche est rendue plus aisée en ce que la pertinence de l’épistémologie sociologique acquiert une sorte d’évidence. Parce que la maladie contagieuse concerne un virus tout aussi invisible que l’est devenu l’être social en modernité, qui ne s’exprime que par une contrainte sur le corps qui prend le nom de symptômes là où elle apparait sous la forme de régularités statistiques pour la sociologie, et qu’elle ne se déploie qu’à travers des interactions sociales, l’épidémie est sans doute, parmi tous les événements, celui qui entretient avec l’épistémologie de la sociologie les liens les plus étroits. En témoigne la spécificité de l’épidémiologie en médecine, fondée sur une approche statistique qui rompt avec le principe de l’absoluité du patient individuel pour n’aborder la maladie que dans son existence collective, à travers les risques différenciés qu’elle induit d’un point de vue populationnel. C’est ce lien que nous mettrons en lumière en étudiant comment la tuberculose a été utilisée par le courant solidariste pour donner à cette conception durkheimienne toute sa portée en la transformant en un véritable projet politique, celui de l’État social, au début du XXe siècle. On tentera ainsi de montrer qu’une fois prouvée cette proximité entre épidémie et sociologie, il devient possible d’établir à partir des réactions qu’a suscitées la Covid-19 un diagnostic sur la situation des sciences sociales en France. Or, parce que les sciences sociales sont indissociables d’un courant politique organisé autour de l’État social que l’on nomme socialisme, c’est aussi un diagnostic politique que l’on peut réaliser en suivant les mobilisations et les rejets du thème de la solidarité auxquels a donné lieu la survenue de cette épidémie. À cet égard, ce sont les adresses officielles du président de la République, qui ont ponctué les premiers mois de la crise, que nous mobiliserons, en montrant que si la première d’entre elles a consisté en un surprenant encensement de l’État social, cette référence a vite été remplacée par d’autres, aux antipodes de l’épistémologie sociologique. On s’intéressera donc au sens de cette mobilisation, puis de son rejet et des termes qui sont venus la remplacer, en les plaçant au cœur de notre diagnostic sur le statut des sciences sociales dans la France contemporaine. Ce faisant, la savoir de la société apparaitra comme celui pouvant être extrait de l’expérience pandémique d’une façon particulière, car c’est sa place dans l’organisation sociale qui peut directement être évaluée à cette aune, et, avec elle, les implications politiques que charrie son épistémologie.

L’émergence du virus Zika en Guyane a soulevé plusieurs interrogations illustrant l’intérêt de la recherche biomédicale en médecine des forces. Quels retentissements sur la santé individuelle et sur la capacité opérationnelle ? Comment prévenir les transmissions vectorielle et sexuelle ? Comment améliorer le diagnostic ? À l’occasion de l’investigation de la première épidémie de Zika en Guyane les médecins des forces ont pu répondre à certaines interrogations : taux d’asymptomatiques, validité du diagnostic moléculaire sur les urines, spécificité et précocité de la réponse immune, absence de détection dans le sperme à quatre mois. Puis, ils ont mis en œuvre une étude de la maladie à virus Zika au sein de la communauté des forces armées en Guyane consistant en un suivi d’un an (clinique, qualité de vie, biologique, virologique et sérologique) des patients volontaires, infectés par Zika. La collaboration entre praticiens des forces et ceux des établissements spécialisés (Centre d’épidémiologie et de santé publique des armées, Institut de recherche biomédical des armées, Hôpitaux d’instruction des armées) constitue une réelle plus-value dans la recherche de terrain

L’Unité de distribution des produits de santé déployée en Guinée-Conakry dans le cadre de l’opération « Tamarin » a assuré le soutien d’un dispositif sanitaire consacré à la prise en charge de personnels soignants atteints ou soupçonnés d’être atteints par la maladie à virus Ebola. Au cours du mandat 2B (du 9 mai au 12 juillet 2015), l’activité de cette unité ne s’est pas limitée à l’approvisionnement et au ravitaillement des unités soutenues mais s’est étendue à d’autres domaines comme la maintenance des équipements, la participation à des actions d’hygiène et de sécurité, la préparation du désengagement des moyens santé, la formalisation et la mise en œuvre de protocoles de décontamination, la constitution de dotations d’équipements de protection individuelle au profit des militaires français pré-positionnés en Afrique, et enfin la conduite d’un projet de cessions au profit de partenaires de santé locaux.