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1
Luke, P. A. "The EcoRI and EcoRV restriction endonucleases." Thesis, University of Bristol, 1985. http://ethos.bl.uk/OrderDetails.do?uin=uk.bl.ethos.372027.
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2
Vennekohl, Petra. "Bedeutung der Dimerisierung für Spezifität und Katalyse der Restriktionsendonuklease EcoRI." [S.l. : s.n.], 1999. http://deposit.ddb.de/cgi-bin/dokserv?idn=959597549.
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3
Peters, Imke. "Veränderung der Sequenzspezifität der Restriktionsendonuklease EcoRI." [S.l. : s.n.], 2004. http://deposit.ddb.de/cgi-bin/dokserv?idn=971220905.
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4
Küster, Wolfgang. "Bedeutung hydrophober Kontakte für die sequenzspezifische DNA-Erkennung der Restriktionsendonuklease EcoRI." [S.l. : s.n.], 1998. http://deposit.ddb.de/cgi-bin/dokserv?idn=955012392.
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5
Rosati, Olaf. "Untersuchung und Design von DNA-Kontakten der Restriktionsendonuklease EcoRI inner- und ausserhalb der Erkennungssequenz." [S.l. : s.n.], 1999. http://deposit.ddb.de/cgi-bin/dokserv?idn=958768870.
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6
Chan, Yee-man, and 陳綺雯. "Transcriptional regulation in the EcoRI-F immunity region of the Bacillus subtilis phage [phi] 105." Thesis, The University of Hong Kong (Pokfulam, Hong Kong), 2003. http://hub.hku.hk/bib/B29474528.
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7
Hatcher, Mary Elana. "A solid-state deuterium NMR investigation of the local dynamics of nucleotides in the EcoRI restriction endonuclease binding site /." Thesis, Connect to this title online; UW restricted, 1996. http://hdl.handle.net/1773/8640.
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8
Bougueleret, Lydie. "Contribution à l'étude des systèmes de restriction modification EcoR I et EcoR V." Paris 7, 1985. http://www.theses.fr/1985PA077010.
Full textAbstract:
Les gènes codant pour le système de restriction modification EcoR I ont été clonés séparément dans les plasmides vecteurs pBR322 et pACYC184. L'étude de mutants spontanés de l'endonucléase EcoR I mec en évidence le caractère létal eu gène de l'endonucléase. De plus ce gène apparaît être un site préférentiel d'intégration pour l'élément d'insertion IS1. Un plasmide codant pour le système de restriction modification EcoR V a été isolé et caractérisé. Ce plasmide, pLB1, a une taille de 6,2 Kb et porte comme seuls marqueurs identifiables le système EcoR V. Les deux gènes codant pour l'endonucléase et la méthylase ont été localisés sur un fragment 3 Kb sous-cloné dans pBR322. Les positions relatives de ces deux gènes ont été déterminées par construction d'une série de délétions chevauchantes. La séquence nucléotidique du segment de 2,2 Kb contenant toute l'information génétique nécessaire à l'expression du système a été déterminée. Les deux gènes sont transcrits en direction opposée à partir d'une région intergénique de 310 pdb. L'identification des régions codantes a été confirmée par la séquence des protéines. La structure secondaire potentielle de l’ARN messager permet de proposer un modèle de modulation de la traduction du gène de l'endonucléase. D'autre part nous avons construit des clones surproduisant l'endonucléase et la méthylase en plaçant cep deux gènes sous le contrôle du promoteur PL de lambda.
9
Grabowski, Gabriele. "Untersuchungen zum Mechanismus der Katalyse und zu In-vivo-Selektionssystemen für die Anreicherung von Mutanten der Restriktionsendonuklease EcoRI mit veränderter DNA-Bindungs- oder Spaltspezifität." [S.l. : s.n.], 1998. http://deposit.ddb.de/cgi-bin/dokserv?idn=954823028.
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10
Schubert, Susanne, Sandra Heller, Birgit Löffler, Ingo Schäfer, Martina Seibel, Gaetano Villani, and Peter Seibel. "Generation of rho zero cells." Universitätsbibliothek Leipzig, 2015. http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bsz:15-qucosa-167888.
Full textAbstract:
Human mitochondrial DNA (mtDNA) is located in discrete DNA-protein
complexes, so called nucleoids. These structures can be easily visualized in living cells by utilizing the fluorescent stain PicoGreen®. In contrary, cells devoid of endogenous mitochondrial genomes (ρ0 cells) display no mitochondrial staining in the cytoplasm. A modified restriction enzyme can be targeted to mitochondria to cleave the mtDNA molecules in more than two fragments, thereby activating endogenous nucleases.
By applying this novel enzymatic approach to generate mtDNA-depleted cells the destruction of mitochondrial nucleoids in cultured cells could be detected in a time course. It is clear from these experiments that mtDNA-depleted cells can be seen as early as 48 h post-transfection using the depletion system. To prove that mtDNA is degraded during
this process, mtDNA of transfected cells was quantified by real-time PCR. A significant decline could be observed 24 h post-transfection. Combination of both results showed that mtDNA of transfected cells is completely degraded and, therefore, ρ0 cells were generated within 48 h. Thus, the application of a mitochondrially-targeted restriction endonuclease proves to be a first and fast, but essential step towards a therapy for mtDNA disorders.
11
Jones, Helen. "Studies on EcoRV methylase." Thesis, University of Southampton, 1992. http://ethos.bl.uk/OrderDetails.do?uin=uk.bl.ethos.295684.
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12
Desbiolles, Pierre. "Nanocristaux semi-conducteurs et interaction ADN/EcoRV." Habilitation à diriger des recherches, Université Pierre et Marie Curie - Paris VI, 2006. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00118875.
Full textAbstract:
Ce mémoire rassemble les résultats des travaux de recherche que j'ai menés au cours des dix dernières années au laboratoire Kastler Brossel au sein de l'équipe ``Optique et Biologie''. Nos travaux s'articulent autour de la détection optique de molécules individuelles, notamment pour la biologie. Nous utilisons dans ce but des sondes fluorescentes aux propriétés optiques remarquables : les nanocristaux semi-conducteurs. Je me suis concentré sur la visualisation par microscopie de fluorescence des interactions ADN-protéines à l'échelle de la molécule unique. Notre approche consiste à étendre et à accrocher des molécules d'ADN à une surface en s'inspirant des techniques de peignage moléculaire. Notre but est de visualiser directement le mouvement le long de la molécule d'ADN d'une protéine marquée à l'aide de nanocristaux ou de colorants organiques. La proximité entre la surface et l'ADN nous permet de visualiser ce mouvement par microscopie en onde évanescente. Nous nous sommes concentrés sur l'enzyme de restriction EcoRV, et en particulier sur la ``diffusion facilitée'' de cette enzyme sur l'ADN étiré du bactériophage T7. Nous sommes parvenus à observer la diffusion d'EcoRV, marquée avec des nanocristaux, le long de l'ADN étiré. Nous avons montré que le glissement des protéines le long de la chaîne d'ADN est le mécanisme le plus probable qui sous-tend la diffusion facilitée d'EcoRV. Nous avons observé des sauts de l'enzyme le long de l'ADN sur des distances importantes. L'analyse de la distribution de ces sauts nous a permis de proposer une vision synthétique de la diffusion facilitée.
13
Stanford, Neil Philip. "DNA cleavage by the EcoRV restriction endonuclease." Thesis, University of Bristol, 1999. http://ethos.bl.uk/OrderDetails.do?uin=uk.bl.ethos.299311.
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14
Szczepek, Michal. "Regulation der Enzymaktivität der Restriktionsendonuklease EcoRII durch Autoinhibition." Doctoral thesis, Humboldt-Universität zu Berlin, Mathematisch-Naturwissenschaftliche Fakultät I, 2011. http://dx.doi.org/10.18452/16275.
Full textAbstract:
DNA-Restriktions und -Modifikationssysteme sind in Prokaryoten weit verbreitet und stellen einen wirksamen Schutz gegen das Eindringen mobiler genetischer Elemente dar. Sie kodieren für eine Restriktionsendonuklease (REase) und eine DNA-Methyltransferase (MTase) gleicher Nukleotidsequenz Spezifität. Die MTase methyliert die zelluläre DNA und schützt sie durch diesen epigenetischen Marker vor der Wirkung der REase. Die REase verhindert die Aufnahme fremder, unmethylierter DNA durch sequenzspezifische Spaltung. EcoRII ist eine REase, die für die effiziente DNA-Spaltung mindestens zwei Kopien ihrer Erkennungssequenz benötigt. Untersuchungen der EcoRII-Struktur und -Funktion offenbarten, dass das Protein aus zwei stabilen Domänen aufgebaut ist, wobei die N-terminale Domäne wie ein Repressor die C-terminale Domäne sterisch blockiert und deren katalytische Aktivität verhindert. Dieser als Autoinhibition bezeichnete und von eukaryotischen Proteinen gut bekannter Regulationsmechanismus wurde erstmals für eine REase vorgeschlagen. In dieser Arbeit konnten wir die Regulation der EcoRII-Enzymaktivität durch Autoinhibition auf molekularer Ebene beweisen. Wir identifizierten ß-Strang 1 (B1: 18YFVYIKR24) und a-Helix 2 (H2: 26SANDT30) als essenzielle inhibitorische Elemente der N-terminalen Domäne des EcoRII-Moleküls. Die Deletion von B1 oder H2 führte zu einer vollständigen Aufhebung der Autoinhibition. Darüber hinaus ist es uns gelungen, die 3D-Röntgenkristallstruktur von EcoRII mit 1,9 Å zu lösen und mit Hilfe von Computermodellen neue Interaktionen des Enzyms mit der DNA „minor groove“ zu beschreiben sowie eine Mg2+-Bindungstasche zu charakterisieren. Die Untersuchung der EcoRII-MTase durch limitierte Proteolyse zeigte, dass das Enzym in Abhängigkeit von der DNA-Sequenz und von seinen Kofaktoren, DNA auf unterschiedliche Weise binden kann. Kristallisierungsversuche der EcoRII-MTase in Anwesenheit der hemi-methylierten DNA-Erkennungssequenz ergaben erste diffraktierende Kristalle, deren Qualität optimiert werden muss und zur Strukturlösung führen soll.Restriction and modification systems are wide spread among prokaryotes and pre-sent an efficient protection against invasion of mobile genetic elements. In general, they code for a restriction endonuclease (REase) and a DNA-methyltransferase (MTase) of the same DNA specificity. The MTase methylates the cellular DNA and by this epigenetic marker protects it against the action of the REase. The REase pre-vents the entry of foreign unmethylated DNA by site-specific cleavage. EcoRII is an REase which needs at least two copies of the recognition sequence for efficient cleavage. Investigations of the EcoRII structure and function revealed that the pro-tein is composed of two stable domains: the N-terminal domain acts as a repressor by sterically blocking the C-terminal domain and thereby inhibiting its catalytic activity. This regulatory mechanism is known as autoinhibition and has been often described for eukaryotic proteins, but for the first time was proposed for a REase. In this work, we verified the regulation of the EcoRII enzyme activity by autoinhibition at the molecular level. We identified ß-strand 1 (B1: 18YFVYIKR24) and a-helix 2 (H2: 26SANDT30) as essential inhibitory elements of the N-terminal domain. Deletion of B1 or H2 caused a complete abolishment of the autoinhibition. Fur-thermore, we were able to solve the 3D-X-ray crystal structure of EcoRII at 1.9 Å. Based on computer modelling we discovered new interactions between EcoRII and the DNA minor groove and defined the position of the Mg2+ binding pocket. Investigations of the EcoRII MTase by limited proteolysis showed that the enzyme binds DNA depending on DNA sequence and cofactors in different manners. Crystallography experiments with EcoRII MTase in the presence of hemimethylated recognition site DNA showed for the first time diffracting crystals which need further optimisation to create high quality crystals which allow structure solution.
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Bonnet, Isabelle. "Mécanismes de diffusion facilitée de l'enzyme de restriction EcoRV." Phd thesis, Université Pierre et Marie Curie - Paris VI, 2007. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00197580.
Full textAbstract:
Certaines protéines qui interagissent avec l'ADN sont capables de trouver rapidement une séquence spécifique de quelques paires de bases. Pour expliquer ce phénomène connu des biologistes depuis longtemps, plusieurs mécanismes de localisation appelés diffusion facilitée ont été proposés. Tous supposent une association initiale à de l'ADN non spécifique, suivie d'une translocation le long de l'ADN jusqu'au site de reconnaissance. Le mécanisme qui sous-tend cette translocation est toujours discuté. Il pourrait impliquer une diffusion linéaire (sliding) et/ou une série de sauts (jumping). Pour élucider ce mécanisme, nous avons utilisé la microscopie de fluorescence par onde évanescente pour visualiser l'interaction non spécifique de l'enzyme de restriction EcoRV. Dans nos expériences in vitro, l'ADN est étiré au dessus d'une surface et les enzymes sont couplées à des fluorophores. Nous avons ainsi visualisé les processus de sliding et de jumping et mesuré le coefficient de diffusion 1D des enzymes (D1 ~ 0,01 µm2.s-1) ainsi que le nombre de saut par interaction (~ 20). Un modèle simple a permis à partir des résultats expérimentaux de caractériser la diffusion facilitée d'EcoRV.
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Chen, Angela Her-Ser. "The interactions between EcoKI methyltransferase and specific DNA duplexes." Thesis, University of Edinburgh, 1995. http://hdl.handle.net/1842/14454.
Full textAbstract:
The S polypeptide of the EcoKI Type I methyltransferase (mtase) has the function of recognising DNA. Specific contacts between EcoKi (mtase) and the DNA containing its recognition sequence (-AAC-(N)6-GTGC-) have been investigated using various substituted oligonucleotides, namely 4-thiothymidine, 5-bromodeoxyuridine, 5-iododeoxyuridine and deoxyuridine. After ultraviolet irradiation, the DNA-S polypeptide crosslinked bands were observed on the specific target recognition DNA, but not on the non-specific DNA by SDS-PAGE gel electrophoresis. The crosslinking of DNA and mtase occurs only between the bottom-strand of the DNA and the S polypeptide as illustrated by labelling the different strands of DNA with γ32P. The crosslinking efficiency between DNA-mtase increased only in one of the nine single sites of BrdU substitution in which the BrdU was substituted at the residue complementary to the first adenine in the -AAC- sequence. This demonstrates a close contact between this sequence and the S subunit at the major groove. Peptide sequencing of various trypsin digested samples of the crosslinked protein-DNA complex further illustrates that the Tyr-27 of the NH2-terminal domain of the S polypeptide is crosslinked with DNA. This is consistent with the role of the N terminal domain of the S subunit in recognizing the -AAC- sequence. By amino acid sequence comparison, Tyr-27 and other small sequence segments can be found at corresponding positions in other two type I enzymes, which have a similar trinucleotide recognition site. In addition the comparison reveals that motif LP-GWEW is partly retained not only in the amino recognition domain but also in the carboxyl recognition domain of the S subunit of type I enzymes.
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Mücke, Merlind. "Besonderheiten der DNA-Erkennung und Spaltung durch die Restriktionsendonuklease EcoRII." Doctoral thesis, Humboldt-Universität zu Berlin, Mathematisch-Naturwissenschaftliche Fakultät I, 2002. http://dx.doi.org/10.18452/14824.
Full textAbstract:
Die homodimere Typ IIE Restriktionsendonuklease EcoRII erfordert im Gegensatz zu den orthodoxen Typ II Restriktionsendonukleasen die simultane Wechselwirkung mit zwei Kopien ihrer DNA-Erkennungssequenz 5'CCWGG, um die spezifische endonukleolytisch Spaltung der DNA zu katalysieren. In der vorliegenden Arbeit wurde mittels Transmissionselektronenmikroskopie bewiesen, daß EcoRII die Bildung von DNA-Schlaufen an einem linearen DNA-Substrat mit zwei DNA-Erkennungsorten induziert - ähnlich wie andere DNA prozessierende Enzyme und Transkriptionsfaktoren. Kinetische Untersuchungen der DNA-Spaltreaktion von EcoRII mit superhelikaler Plasmid-DNA, die entweder einen oder zwei DNA-Erkennungsorte für EcoRII enthielt, zeigten, daß EcoRII pro Spaltereignis nur an einem der beiden involvierten doppelsträngigen DNA-Erkennungsorte spaltet. Die Studie, in der EcoRII photochemisch mit den Basen der DNA-Erkennungssequenz vernetzt wurde, ergab ein asymmetrisches Vernetzungsmuster, das durch die partielle Asymmetrie an der A/T-Position der ansonsten palindromischen Erkennungssequenz hervorgerufen wird. Wir konnten zeigen, daß die Aminosäure Tyr41 von EcoRII das 5'C des 5'CCAGG-Stranges der Erkennungssequenz kontaktiert. Durch Aufklärung der Domänenorganisation von EcoRII konnten wir das Modell der EcoRII-DNA-Interaktion verbessern. Wir zeigten, daß für die simultane Interaktion des Enzyms EcoRII mit zwei Kopien der Erkennungssequenz zwei verschiedene Domänen verantwortlich sind. Die C-terminale Domäne ist eine neue Restriktionsendonuklease, die effizienter als das vollständige EcoRII an einzelnen Erkennungsorten spaltet. Die N-terminale Domäne bindet spezifisch an die DNA und reduziert die Aktivität des vollständigen Enzyms, indem sie die Spaltung von einem zweiten Erkennungsort abhängig macht. Daher nehmen wir an, daß EcoRII in der Evolution in Form der N-terminalen Domäne eine zusätzliche DNA-Bindungsfunktion akquiriert hat, um eine neue Proteinfunktion zu entwickeln, die die Spaltung von DNA und die Interaktion mit zwei DNA-Erkennungsorten einschließt. Solche Interaktionen sind z.B. Voraussetzung für die DNA-Rekombination oder Transposition. Daher könnte die gegenwärtige EcoRII Restriktionsendonuklease eine evolutionärer Übergang von ortsspezifischen Endonukleasen zu einem neuen Protein sein, das spezifisch mit zwei DNA-Orten interagiert.The homodimeric type IIE restriction endonuclease EcoRII requires the cooperative interaction with two copies of the recognition sequence 5'CCWGG for DNA cleavage. This is in contrast to the orthodox type II restriction endonucleases which interact with single recognition sequences. We have proven by transmission electron microscopy that EcoRII simultaneously binds two recognition sites on a linear DNA-substrate by looping out the intervening DNA. This DNA-loop formation is similar to that of other DNA processing enzymes and transcription factors. Kinetic investigations of the DNA cleavage of supercoiled DNA-plasmids containing either one or two recognition sites for EcoRII showed that EcoRII cleaves only at one of the two involved double-stranded DNA recognition sites. Photocross-linking of EcoRII to the bases of the recognition sequence revealed an asymmetric cross-linking pattern. This asymmetry is due to the partial asymmetry of the recognition sequence at the central A/T position. Furthermore, we found that amino acid Tyr41 of EcoRII specifically contacts the 5'C of the 5'CCAGG strand of the recognition sequence. We found by limited proteolysis that a two-domain structure enables EcoRII to interact cooperatively with two recognition sites. The C-terminal domain is a new restriction endonuclease that, in contrast to the complete EcoRII, specifically cleaves at single 5'CCWGG recognition sites. Moreover, this new restriction endonuclease cleaves much more efficiently than EcoRII. The N-terminal domain specifically binds the DNA-substrate and reduces the activity of EcoRII by making the enzyme dependent on a second recognition site. Therefore, we assume that a precursor EcoRII enzyme acquired another DNA binding domain to develop a new protein function that includes DNA cleavage and specific interaction with two DNA sites. The current EcoRII protein could be an evolutionary intermediate between a site-specific endonuclease and a protein that functions specifically with two DNA sites such as DNA recombinases and transposases.
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Mücke, Merlind. "Besonderheiten der DNA-Erkennung und Spaltung durch die Restriktionsendonuklease EcoRII." [S.l.] : [s.n.], 2002. http://deposit.ddb.de/cgi-bin/dokserv?idn=966426525.
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Erskine, Symon George. "The kinetics of DNA cleavage by the EcoRV restriction endonuclease." Thesis, University of Bristol, 1996. http://ethos.bl.uk/OrderDetails.do?uin=uk.bl.ethos.388107.
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Reuter, Monika. "Die Restriktionsendonuklease EcoRII: Primitives antivirales Abwehrsystem der Bakterien oder mehr?" Doctoral thesis, Humboldt-Universität zu Berlin, Medizinische Fakultät - Universitätsklinikum Charité, 2002. http://dx.doi.org/10.18452/13829.
Full textAbstract:
Bakterielle Restriktions- und Modifikationssysteme (R/M-Systeme) greifen DNA endonukleolytisch an, die nicht die spezifische Markierung der eigenen Wirtszelle trägt. Zu einem R/M-System gehören eine Restriktionsendonuklease und eine DNA- Methyltransferase gleicher DNA-Spezifität. Die biologische Funktion der Restriktionsendonuklease besteht in der Abwehr von fremder, in die Zelle eindringender DNA, z. B? von Virus-Infektionen. Die korrespondierende DNA-Methyltransferase schützt die zelluläre DNA durch sequenz-spezifische DNA-Methylierung vor der endonukleolytischen Wirkung der Restriktionsendonuklease. Die dimeren TypII- Restriktionsendonukleasen erkennen kurze spezifische, unmethylierte Basensequenzen, die sie in Anwesenheit von Mg2+ Ionen an einer definierten Position endonukleolytisch spalten. Die Restriktionsendonuklease EcoRII braucht die koordinierte Wechselwirkung mit zwei Kopien der Sequenz 5 CCWGG, um katalytisch aktiv sein zu können, wobei eine der beiden Sequenzen als allosterischer Effektor wirkt und nicht gespalten werden muß. Die zwei Kopien der 5 CCWGG Sequenz können sowohl auf demselben als auch auf verschiedenen Molekülen lokalisiert sein. Die Interaktion von EcoRII mit verschiedenen DNA-Molekülen ist durch deren Länge und Konzentration, die Interaktion innerhalb eines DNA-Moleküls durch den Abstand zwischen beiden Sequenzen limitiert. Die durch Proteolyse nachgewiesene Zwei-Domänen-Struktur von EcoRII scheint diese besondere Form der Protein-DNA-Wechselwirkung zu ermöglichen. Die C-terminale Domäne von EcoRII stellt eine neue Restriktionsendonuklease (EcoRII-C) dar. Im Gegensatz zum Wildtyp-Enzym spaltet EcoRII-C an singulären 5 CCWGG Sequenzen. Die trunkierte Endonuklease spaltet DNA spezifisch und unabhängig von einem zweiten EcoRII-Erkennungsort. Die Reaktion verläuft deutlich schneller als die des kompletten EcoRII-Proteins. Die N-terminale Domäne bindet spezifisch DNA, attenuiert die endonukleolytische Aktivität von EcoRII und macht das Enzym abhängig von einer zweiten Kopie der Sequenz 5 CCWGG. EcoRII Wildtyp könnte demzufolge ein evolutionäres Intermediat zwischen einer sequenz-spezifischen Endonuklease und einem Protein sein, das spezifisch mit zwei Orten auf der DNA interagiert, wie z. B. Rekombinasen oder Transposasen. Durch die Kombination beider Funktionen könnte EcoRII selbst die Verbreitung der EcoRII-codierenden DNA-Sequenz in neue Populationen, ähnlich einem transponiblen Element, realisieren.Bacterial restriction and modification systems (R/M-systems) endonucleolytically attack DNA that is not host cell-specifically modified. R/M-systems comprise a restriction endonuclease and a DNA methyltransferase exhibiting the same DNA sequence specificity. The biological function of the restriction endonuclease is the protection of the cell against invading foreign DNA, e. g. virus infection. The corresponding DNA methyltransferase renders cellular DNA resistent against the endonucleolytic action of the restriction endonuclease by sequence-specific DNA methylation. Dimeric type II- restriction endonucleases recognize short, specific, and unmethylated base sequences that they cut at a defined position in the presence of Mg2+ ions. Restriction endonuclease EcoRII requires the co- ordinated interaction with two copies of the sequence 5 CCWGG for catalytic activity. One of these sequences serves as an allosteric activator site and has not to be cleaved. The two copies of the sequence 5 CCWGG can be located as well on the same as on different DNA molecule(s). EcoRII interaction with two sites on different DNA molecules is limited by their length and concentration, EcoRII interaction within one DNA molecule is limited by the distance between the two sites. The two- domain structure of EcoRII figured out by limited proteolysis studies probably allows this particular form of protein-DNA interaction. The C-terminal domain of EcoRII represents a new restriction endonuclease (EcoRII-C). In contrast to EcoRII wild type, EcoRII-C cleaves DNA at single 5 CCWGG sites. The truncated endonuclease cleaves DNA specifically and independent of a second site. The enzymatic reaction passes well more rapid than that of the complete enzyme. The N-terminal domain binds DNA specifically, attenuates the endonucleolytic activity of EcoRII and makes it dependent on a second copy of the sequence 5 CCWGG. Therefore, the current EcoRII could be an evolutionary intermediate between a site-specific endonuclease and a protein that functions specifically with two DNA sites on the DNA such as recombinases and transposases. The combination of both functions may enable EcoRII to accomplish its own propagation similarly to transposable elements.
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Crut, Aurélien. "Diffusion de l'enzyme de restriction EcoRV sur des molécules d'ADN etirées." Phd thesis, Université Pierre et Marie Curie - Paris VI, 2005. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00011594.
Full textAbstract:
De nombreuses protéines doivent localiser de courtes séquences-cibles sur de longues molécules d'ADN. Le temps nécessaire à cette localisation est souvent beaucoup plus court que celui qui résulterait d'une diffusion 3D des protéines. Plusieurs mécanismes ont été suggérés pour rendre compte de l'efficacité remarquable du processus de localisation (diffusion 1D le long de l'ADN, sauts...). Cependant, malgré les nombreuses études menées par des biochimistes depuis plus de vingt ans, en particulier sur les enzymes de restriction EcoRI et EcoRV, à ce jour aucune expérience n'a pu trancher définitivement entre les différents mécanismes proposés.Au cours de cette thèse, nous sommes parvenus à observer en microscopie de fluorescence l'interaction entre une enzyme de restriction EcoRV individuelle et une molécule d'ADN. Pour cela, nous avons développé une technique permettant d'étirer les molécules d'ADN au-dessus d'une surface, et nous avons couplé les enzymes EcoRV à des nanocristaux semi-conducteurs, sondes très fluorescentes non sujettes au photoblanchiment. Les enzymes ainsi marquées, toujours actives, sont détectables avec une résolution spatiale de l'ordre de 10 nm et une résolution temporelle de 20 ms.
Nous avons observé de nombreux événements d'association/dissociation d'enzymes sur les molécules d'ADN étirées. L'analyse de ces événements nous a permis de mesurer la constante de dissociation des enzymes couplées, de mettre en évidence une diffusion facilitée d'EcoRV le long de l'ADN et d'estimer les caractéristiques de cette diffusion.
22
Willcock, Damion F. "A mutational analysis of motifs in EcoKI common to adenine methyltransferases." Thesis, University of Edinburgh, 1994. http://hdl.handle.net/1842/11580.
Full textAbstract:
Type 1 restriction/modification systems are complex multifunctional enzymes comprising three polypeptides, Hsd R, M and S. All three polypeptides are required to form a restriction enzyme but M and S alone are sufficient to form an N6 adenine methyltransferase. The Hsd M polypeptide of the type I system Eco K contains motifs characteristic of N6 adenine methyltransferases (Asn/Asp Pro Pro Phe/Tyr) and of methyltransferases in general (Phe X Gly X Gly). These motifs may identify amino acid sequences critical to methyltransferase function. This work describes an in vivo and in vitro analysis of site directed mutations within these two motifs and is the first report of such changes within a type I system. Biochemical analysis identifies the Asn/Asp Pro Pro Phe/Tyr region as critical to catalysis and in close proximity to the S-adenosylmethionine binding site. Mutations which remain within the overall consensus do not necessarily retain activity and hence indicate a degree of stringency associated with this motif. A mutation within the Phe X Gly X Gly motif abolishes SAM binding but retains DNA binding activity. In addition this mutant is temperature sensitive.
23
Keatch, Steven Alexander. "Biophysical chemistry of EcoKI in physiological solutions : emulating the cell interior." Thesis, University of Edinburgh, 2005. http://hdl.handle.net/1842/12335.
Full textAbstract:
Production of polyamines and nucleoid-associated proteins is tightly regulated and restructures the nucleoid-associated proteins is tightly regulated and restructure the nucleoid under environmental conditions that induce DNA damage into an even more highly condensed conformation. These ‘stressful’ conditions can cause the specific methylation sequence of DNA to be lost, which leaves the DNA open to self-attack by restriction enzymes. One such enzyme is EcoKI, a type I restriction enzyme that protects the bacterial cell by destroying foreign invading DNA. Upon loss of specific methylation, EcoKI could potentially destroy the host DNA and kill the bacteria. This damaging restriction is alleviated due to partial proteolysis of EcoKI by C1pXP, although a reduced ability to destroy incoming foreign DNA is maintained. However, this method of alleviation does not exist for all type I enzymes, implying that additional restriction alleviation is required to protect bacteria. In this thesis, it has been found that the condensed structure of DNA produced by the polyamine spermidine and the nucleoid-associated protein StpA, as well as the non-specific DNA-binding of the ligand YOYO, dramatically inhibit EcoKI ATP hydrolysis an restriction activities. These results show that condensation may be a method used by bacteria to protect the nucleoid from self-attack by EcoKI under DNA-damaging conditions, and therefore forms a second mechanism of restriction alleviation. Such a condensed DNA structure may inhibit access of the enzyme to its binding site as well as inhibiting the physical ability to translocate DNA. This is in contrast to invading foreign ‘naked’ DNA in the cytoplasm, which adopts a more open conformation, and therefore forms an ideal substrate for EcoKI translocation and restriction.
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Crut, Aurélien. "Diffusion de l'enzyme de restriction EcoRV sur des molécules d'ADN étirées." Paris 6, 2005. https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00011594.
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Schroeder, Steven Gerard. "Structure-function studies of lima bean trypsin inhibitor and EcoRII methyltransferase /." free to MU campus, to others for purchase, 2000. http://wwwlib.umi.com/cr/mo/fullcit?p9974684.
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26
Taha, Hilal. "ENABLING THE EXCHANGE OF METAMODELS DEFINED IN ECORE FROM JETBRAINS MPS TO EMF." Thesis, Mälardalens högskola, Akademin för innovation, design och teknik, 2021. http://urn.kb.se/resolve?urn=urn:nbn:se:mdh:diva-55495.
Full textAbstract:
Model-Driven Engineering has been developing since the first release of the Unified Modeling Language, passing several milestones and advancing ever since. Model-Driven Engineering is being used in various fields like medical, cyber-physical systems, web applications, etc. It is an engineering paradigm that allows developers to model systems at the level of abstraction of their choice. There are many available tools in the market offering different modelling capabilities to their users. Making use of more than one tool would give the users a wider range of options and higher flexibility in modelling their applications. The current market of open-source modelling tools has two main actors, being JetBrains MPS, mostly focused on textual modelling languages, and Eclipse Modelling Framework, mostly focused on graphical modelling languages. The goal of this thesis is to design and implement a bridge between these two modelling environments. More specifically, we engineer the modelling language Ecore, at the heart of the Eclipse Modeling Framework, in JetBrains MPS in order to enable the exchange of metamodels based on Ecore from MPS to Eclipse Modeling Framework.
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Liu, Hsiao-Hui. "EcoRV endonuclease studied by site-directed mutagenesis and oligodeoxynucleotides containing modified bases." Thesis, University of Newcastle Upon Tyne, 1999. http://ethos.bl.uk/OrderDetails.do?uin=uk.bl.ethos.287807.
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Szczelkun, Mark Dominik. "The DNA-binding properties of the EcoRV restriction endonuclease and modification methlytransferase." Thesis, University of Southampton, 1994. http://ethos.bl.uk/OrderDetails.do?uin=uk.bl.ethos.295893.
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Winter, Markus. "Investigation of de novo methylation activity in mutants of the EcoKI methyltransferase." Thesis, University of Edinburgh, 1998. http://hdl.handle.net/1842/11594.
Full textAbstract:
A group of mutants of the EcoKI R/M-system displaying de novo methylation activity have been isolated (Kelleher et al., 1991). The mutated genes were transferred into an overexpressing plasmid vector. Two of the over-expressed proteins were purified to near homogeneity from clones transformed with the plasmids. Cofactor binding activities of wild-type and the two mutant enzymes were compared by 1,8-anilino-napthalene sulphonic acid fluorescence displacement experiments. A DNA methylation assay based upon the transfer of a tritiated methyl group from the cofactor AdoMet to the substrate DNA was established and used to examine the dependency of the reaction on cofactor, substrate, and enzyme concentration. In addition the stability of the trimeric enzyme at different protein concentrations was followed by HPLC gel filtration. Sequence alignments, secondary structure predictions, and tertiary structural modelling were used to show the similarity of the Type I system EcoKI with methyltransferases from other classes (especially Type II methyltransferases), thereby establishing a structural and suggesting an evolutionary link between the different methyltransferase classes. The information obtained by these comparisons enabled the subsequent modelling of a more refined model of the EcoKI structure. A model is proposed to explain the different activities observed in wild-type and mutant enzymes based on the biochemical and structural data obtained during these investigations.
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Newman, Patrick. "Investigation of the sequence specific DNA/protein interactions of the EcoRV restriction enzyme." Thesis, University of Southampton, 1989. http://ethos.bl.uk/OrderDetails.do?uin=uk.bl.ethos.236458.
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Webb, Julie Lynette. "The role of DEAD box motifs in the restriction of DNA by EcoKI." Thesis, University of Edinburgh, 1998. http://hdl.handle.net/1842/13215.
Full textAbstract:
EcoKI cuts or modifies DNA according to the methylation states of specific adenine residues in its target recognition site. If these residues are unmethylated the DNA is cut, often thousands of base pairs away from the recognition site. Communication between EcoKI bound to the recognition site and the cleavage site occurs by DNA translocation, which is driven by ATP hydrolysis. The amino acid sequence of the subunit required for restriction contains seven motifs that are conserved in the DEAD box family of proteins. This family is a sub-group of the superfamily of DNA and RNA helicases. Previous studies on DEAD box proteins have found these motifs are involved in the ATPase and helicase activities of these proteins. To assess the importance of the DEAD box motifs in the restriction of DNA by EcoKI, amino acid residues in each of the seven motifs were changed and the effects of these substitutions on restriction were investigated. Eight proteins, each containing a different amino acid substitution, were purified and the DNA binding abilities, nuclease activities and ATPase activities of the proteins were studied. All changes had an effect on restriction except those changes in motif IV. Motif IV was defined prior to the discovery of a frame-shift in the hsdR DNA sequence and these results suggest it has been incorrectly identified. An A619G substitution in motif III slightly impaired restriction, but other substitutions at this position (A619D and A619V) abolished restriction. All other changes prevented any DNA restriction. The nuclease assays with the purified proteins confirmed the in vivo results. None of the available evidence indicates that the amino acid substitutions prevent interaction with ATP. The protein with a D577H substitution in motif II showed a reduced DNA binding ability, none of the other changes investigated affected DNA binding.
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Sangani, Sahil S. "Lanthanides to Probe Metal-induced Structural and Dynamic Changes in EcoRV-DNA Complex." Research Showcase @ CMU, 2016. http://repository.cmu.edu/dissertations/685.
Full textAbstract:
Protein-DNA interactions regulate key biological processes such as gene expression, genetic recombination, DNA synthesis and repair. DNA binding proteins that are enzymes often depend on metal ions (typically Mg2+) for catalysis. Metal ions neutralize the active site electrostatic repulsion generated by a constellation of negatively charged active site residues. They therefore enhance site-specific protein-DNA binding by making the interaction more energetically favorable. Although, specific protein-DNA-metal complexes have been studied extensively by various biophysical and biochemical methods, little is known about the dynamics of these complexes. Many crystal structures of protein-DNA-metal complexes are available but they are very similar to the metal-free structures and show little or no change due to metal-ion binding. Therefore, to understand the altered energetics of protein-DNA recognition complexes due to metal-ion binding, it is essential to study them in solution. In our study, we have used EcoRV-DNA complex, with Lu3+ as the metal ion, to detect metal-induced structural and/or dynamic changes in solution using paramagnetic relaxation enhancement (PRE). Lu3+ inhibits Mg2+ dependent DNA hydrolysis in EcoRV, stimulates EcoRV-DNA affinity, binds in the same site and with the same stoichiometry as Mg2+ and is therefore an excellent substitute for Mg2+. In addition, to verify that Lu3+ binding is confined to the active sites, we have solved crystal structures of the EcoRV-DNALu3+ complex with uncleaved and cleaved DNA. Also, for a comprehensive residue-specific analysis, we have acquired both backbone NH and methyl side-chain (ILV) assignments for EcoRV-DNA complex with and without Lu3+. In order to detect metal-induced changes in the EcoRV-DNA complex, backbone and methyl side-chain PRE rates were measured with spin-labels at S2C, K197C and S234C of EcoRV. The measured PRE rates suggest that the crystal structures of EcoRV-DNA complexes better represent the complex with metal-ion in solution whereas the nometal complex in solution shows differences in structure and/or dynamics when compared to the crystal structure. The C-terminal region of EcoRV is observed to be more flexible in solution in the nometal complex and its conformational flexibility is reduced due to metal-ion binding.
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Wagih, Omar. "Elucidating the mechanistic impact of single nucleotide variants in model organisms." Thesis, University of Cambridge, 2018. https://www.repository.cam.ac.uk/handle/1810/271713.
Full textAbstract:
Understanding how genetic variation propagate to differences in phenotypes in individuals is an ongoing challenge in genetics. Genome-wide association studies have allowed for the identification of many trait-associated genomic loci. However, they are limited in their inability to explain the altered cellular mechanism. Genetic variation can drive disease by altering a range of mechanisms, including signalling networks, TF binding, and protein folding. Understanding the impact of variants on such processes has key implications in therapeutics, drug development, and more. This thesis aims to utilise computational predictors to shed light on how cellular mechanisms are altered in the context of genetic variation and better understand how they drive both molecular and organism-level phenotypes. Many binding events in the cell are mediated by short stretches of sequence motifs. The ability to discover these underlying rules of binding could greatly aid our understanding of variant impact. Kinase–substrate phosphorylation is one of the most prominent post-translational modifications (PTMs) which is mediated by such motifs. We first describe a computational method which utilises interaction and phosphorylation data to predict sequence preferences of kinases. Our method was applied to 57% of human kinases capturing known well-characterised and novel kinase specificities. We experimentally validate four understudied kinases to show that predicted models closely resemble true specificities. We further demonstrate that this method can be applied to different organisms and can be used for other phospho-recognition domains. The described approach allows for an extended repertoire of sequence specificities to be generated, particularly in organisms for which little data is available. TF-DNA binding is another mechanism driven by sequence motifs, which is key for the tight regulation of gene expression and can be greatly altered by genetic variation. We have comprehensively benchmarked current methods used to predict non-coding variant effects on TF-DNA binding by employing over 20,000 compiled allele-specific ChIP-seq variants across 94 TFs. We show that machine learning-based approaches significantly outperform more rudimentary methods such as the position weight matrix. We further note that models for many TFs with distinct binding specificities were unable to accurately assess the impact of variants. For these TFs, we explore alternative mechanisms underlying TF-binding, such as methylation, co-operative binding, and DNA shape that drive poor performance. Our results demonstrate the complexity of predicting non-coding variant effects and the importance of incorporating alternative mechanisms into models. Finally, we describe a comprehensive effort to compile and benchmark state-of-the-art sequence and structure-based predictors of mutational consequences and predict the effect of coding and non-coding variants in the reference genomes of human, yeast, and E. coli. Predicted mechanisms include the impact on protein stability, interaction interfaces, and PTMs. These variant effects are provided through mutfunc, a fast and intuitive web tool by which users can interactively explore pre-computed mechanistic variant impact predictions. We validate computed predictions by analysing known pathogenic disease variants and provide mechanistic hypotheses for causal variants of unknown function. We further use our predictions to devise gene-level functionality scores in human and yeast individuals, which we then used to perform gene-phenotype associations and uncover novel gene-phenotype associations.
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Senechal, Guy. "Les réflecteurs du chevauchement pennique ( profil Ecors Alp1) : une analyse critique des données vibrosismiques." Phd thesis, Grenoble 1, 1991. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00525577.
Full textAbstract:
Nous analysons en détail le traitement des données vibrosismiques du profil ECORS ALPI acquises et traitées en 1986 par C.G.G. Ce travail concerne tout particulièrement les deux bandes de réflecteurs à pendage est bien visibles sur la section sismique. Dans un premier temps, cette étude porte sur la déterminatîon et l'interprétation des corrections statiques et dynamiques. L'utilisation d'une migration partielle avant sommation nous a conduits à estimer le plus soigneusement possible le modèle de vitesse. Celui-ci, de même que celui déterminé par une autre méthode sous la zone altérée, ne font pas apparaître de zone à forte vitesse. Les réflecteurs du chevauchement pennique ne peuvent donc pas être associés à la présence de matériaux d'origine profonde. Nous présentons en fin de cette première partie une migration géométrique du pointé obtenu. Le manque de contraintes sur le modèle de vitesse et l'absence de réflexions près de la surface ne permettent pas de corréler sans ambiguïté les différentes bandes de réflecteurs avec les contacts majeurs visibles en surface. Dans un second temps, nous proposons différents traitements concernant le choix de la ligne moyenne (slalom line) et la position réelle des points de réflexion. Il ressort de cette étude que les événements pentés visibles sur les sections correspondent plus vraisemblablement à des diffractions sur des zones de chevauchement hétérogènes qu'à des rétlexions sur des plans inclinés. Nous présentons, pour conclure et à titre de comparaison, la migration du pointé de la section du profil ECORS PYRENEES, où apparaissent de nombreuses zones diffractantes dans la partie supérieure de la croûte ibérique et à l'aplomb de la faille nord pyrénéenne.
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Doronina, Victoria Alexandrovna. "The mechanism of regulation of the restriction activity of the EcoKI, a type I restriction enzyme." Thesis, University of Edinburgh, 2001. http://hdl.handle.net/1842/10881.
Full textAbstract:
The type I restriction enzyme EcoKI is an oligomeric enzyme consisting of subunits responsible for DNA target recognition (HsdS), DNA modification (HsdM) and the ATP-dependent translocation and cleavage of unmodified DNA (HsdR). It was shown in vivo and in vitro that some mutations in hsdM, which impair modification activity of EcoKI, result in a restriction-proficient modification-deficient enzyme. The survival of the mutant bacteria is dependent on the presence of functional ClpXP protease; HsdR is degraded by ClpXP in the restriction-proficient modification-deficient mutant. This degradation requires a restriction complex capable of ATP-dependent translocation and occurs before the completion of the restriction pathway. Degradation of the restriction subunit results in a phenomenon referred to as restriction alleviation (RA). If hsdR is present in high copy number, thereby increasing the level of modification-deficient EcoKI, ClpXP is unable to protect the bacterial chromosome from attack by EcoKI. A restriction-proficient modification-deficient mutant retains some residual restriction activity, which is efficient against DNA that enters the bacterium in the double-stranded form but not against DNA that enters in the single-stranded form. The level of HsdR is depleted in the cytoplasmic but not in the membrane fraction under the conditions that lead to restriction alleviation. However, compartmentalisation of EcoKI cannot explain why chromosomal DNA triggers ClpXP-dependent degradation of HsdR whereas foreign DNA does not. ClpXP protects unmodified chromosomal DNA but not foreign DNA from the resident restriction complex.
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Davies, Graham Peter. "Motifs in the HsdR subunit of EcoKI necessary for ATP-dependent DNA translocation and DNA cleavage." Thesis, University of Edinburgh, 2000. http://hdl.handle.net/1842/13586.
Full textAbstract:
The type I restriction enzyme EcoKI specifies DNA methyltransferase, ATPase, DNA translocase and endonuclease activities. One subunit (HsdR) of the oligomeric enzyme contributes to those activities essential for restriction. These activities are thought to involve ATP-dependent DNA translocation and DNA cleavage. Analyses of recently predicted amino acid sequences of known and putative type I restriction endonucleases indicates conservation of eight amino acid motifs in the HsdR subunit. Seven are characteristics of the DEAD-box family of proteins that comprise known, or putative, helicases whilst the eighth was identified as a putative endonuclease motif due to its similarity to the active sites of type II restriction endonucleases and other nucleases. Secondary structure predictions based on sequences alignments of HsdR sequences suggest the DEAD-box motifs reside in domains similar to the catalytic domains of DNA helicases of known structure. Mutations affecting each of the DEAD-box motifs, including a new candidate for motif IV, impair or abolish restriction activity in vivo and ATPase activity in vitro (Webb et al., 1996; Webb, 1998; Davies et al., 1998). Alteration of conserved residues in the putative endonuclease motif resulted in complete loss of restriction in vivo and endonuclease activity in vitro. Enzyme purified from two of these mutants, those with the alterations D298E and E312H, bound DNA with an EcoKI target and hydrolysed ATP at rates equivalent to wild-type on covalently-closed circular DNA with unmodified targets without introducing any nicks or breaks into the DNA. To investigate the role of conserved motifs in HsdR on DNA translocation more directly an assay based on the EcoKI-dependent entry of T7 DNA was used (Garcia and Molineux, 1999). Mutations within the seven DEAD-box motifs abolished translation activity in vivo whereas conservation mutations in the putative endonuclease motif had no significant effect on DNA translocation in vivo.
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Specht, Martin. "Tectonique du chevauchement le long du profil Ecors-Pyrénées : un modèle d'évolution de prisme d'accrétion continental." Brest, 1989. http://www.theses.fr/1989BRES2022.
Full textAbstract:
Les pyrenees alpines sont analysees en terme de tectonique de chevauchement et interpretees, le long du profil ecors comme un prisme d'accretion continental associe a la subduction de l'iberie vers le nord. Deux aspects essentiels de la structuration d'un tel prisme sont etudies: la sequence de propagation des chevauchements et le controle de cette sequence: on montre que dans les zones externes d'une chaine de collision, differents facteurs sont succeptibles de perturber la sequence de propagation des chevauchements qui, en l'absence de ces facteurs serait prograde; on etudie plus precisement le role de la sedimentation syn-tectonique et celui de la rotation de surfaces d'anisotropie au cur de la deformation. Les transferts de matiere au sein du prisme; ils sont analyses en terme de bilans et permettent d'envisager la construction de coupes equilibrees d'echelle crustale; partant d'une modelisation de la zone axiale en empilement antiformal, on propose une methode d'equilibrage originale reliant la valeur de la surface transferee, la raccourcissement et la valeur du pendage du decollement basal de la zone axiale; apres avoir integre les mesures de la deformation interne, on discute les implications de ce modele et les limites et la methode utilisee
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Andrier, Jean-François. "Etude de la croûte inférieure litée à partir des enregistrements sismiques de la campagne ECORS-Gascogne." Brest, 1989. http://www.theses.fr/1989BRES2031.
Full textAbstract:
L'objectif de cette these est d'analyser la reponse sismique de la croute inferieure litee observee sous la marge aquitaine (golfe de gascogne), et de modeliser les caractristiques dynamiques et spectrales du signal ainsi que l'aspect discontinu des reflexions profondes. Dans un premier temps, nous avons developpe une methode d'extraction des evenements coherents a partir des donnees avant sommation (tirs individuels). La methode proposee permet d'obtenir des resultats independants du rapport signal sur bruit (s/b) et peut etre appliquee aussi bien aux arrivees superficielles qu'aux reflections profondes. Cette methode a ensuite ete appliquee aux tirs individuels d'un grand profil de reflexion profonde obtenu lors de la campagne ecors-gascogne en 1984. Sept zones distinctes du profil ont ete ainsi etudiees. Les resultats de ces etudes montrent que: 1) des reverberations dans les couches sedimentaires masquent souvent les reflexions profondes; 2) il existe de fortes variations de la reflectivite profonde verticalement et horizontalement a l'echelle de quelques kilometres. Un maximum est generalement observe a la base de la croute; 3) cette reflectivite est associee a une augmentatin de l'energie et de la frequence moyenne des signaux. La modelisation des caracteristiques dynamiques et spectrales des evenements extraits, a l'aide de la methode de reflectivite, nous a conduit a proposer un modele de croute inferieure laminee presentant les caracteres suivants: 1) l'epaisseur de couches individuelles est comprise entre 40 et 80 metres; 2) les contractes de vitesse sont quatre fois plus eleves a la base de la croute inferieure qu'a son sommet. La modelisation du caractere discontinu des reflexions profondes, par une methode de differences finies, a montre que des intrusions haute vitesse permettent de generer des sections sismiques synthetiques dont l'aspect est conforme aux obse
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Bano, Maksim. "Extraction automatique des reflexions, modelisation des diffractions et migration des donnees de sismique reflexion profonde ecors." Strasbourg 1, 1989. https://publication-theses.unistra.fr/public/theses_doctorat/1989/BANO_Maksim_1989_ED413.pdf.
Full textAbstract:
L'interpretation des images de sismique profonde repose sur un pointe manuel qui consiste a souligner de maniere subjective les reflexions coherentes sur un nombre de traces voisines. Ce pointe se revele delicat car les reflexions profondes apparaissent sous forme de courts segments et elles sont frequemment contaminees par des bruits incoherents. Nous avons developpe une methode fiable basee sur la transformation (tau-p) locale permettant d'extraire de maniere objective toutes les reflexions coherentes sur un certain nombre de traces et de conserver l'apparence originale du signal sur la section. Les diffractions presentes sur les images de sismique profonde peuvent compliquer l'interpretation car elles sont difficiles a distinguer des reflexions pentees. Nous proposons une methode simple permettant d'evaluer l'importance des diffractions sur une section sismique. En appliquant un filtre de coherence aux donnees, nous isolons les reflexions sub-horizontales ainsi que la zone de fresnel des evenements hyperboliques. En supposant que cette section represente le modele de la croute, nous diffractons ce modele selon plusieurs vitesses rms. Parmi les sections synthetiques ainsi obtenues, nous determinons celle qui ressemble le plus aux donnees originales. Les techniques conventionnelles de migration ne donnent pas de resultats satisfaisants sur les donnees de sismique profonde. Nous avons elabore une methode basee sur la combinaison du filtre de coherence avec la migration par sommation le long des hyperboles de diffraction dans le plan (tau-p)
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Nicollin, Florence. "Traitement de profils sismiques "ECORS" par projection sur le premier vecteur propre de la matrice spectrale." Grenoble INPG, 1989. http://www.theses.fr/1989INPG0101.
Full textAbstract:
Le filtrage matriciel, obtenu par projection sur le premier vecteur propre de la matrice spectrale, constitue un outil performant pour l'etude de profils sismiques. C'est un traitement multidimensionnel assez simple a mettre en uvre et qui, par amelioration du rapport signal sur bruit, permet de mettre en evidence les arrivees d'energie caracterisant les structures geologiques. La methode necessite peu d'hypotheses a priori; elle est basee sur les relations frequentielles entre signaux dont la fonction de transfert est definie par le premier vecteur propre de la matrice. L'application a differents profils ecors et leur interpretation structurale permettent de cerner les performances et les limites de la methode: le traitement de profils de reflexion grand angle (campagne preliminaire ecors alpes 85) est peu efficace a cause du caractere tres bruite des donnees; par contre, le traitement de sections de type grands profils donne de bons resultats (profils de reflexion verticale et de reflexion grand angle ecors alpes 86, profil de refraction ecors nord de la france)
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Brunet, Marie-Françoise. "Subsidence et geodynamique du bassin d'aquitaine. Relations avec l'ouverture de l'atlantique." Paris 6, 1991. http://www.theses.fr/1991PA066052.
Full textAbstract:
Du trias au cretace inferieur, l'ecartement et les mouvements vers l'ese de la plaque iberie par rapport a l'europe ont cause une importante distension sur les marges du futur golfe de gascogne et dans le bassin d'aquitaine, avant un mouvement de convergence de l'iberie vers le nord (fin cretace-debut cenozoique). L'amincissement crustal resultant de l'extension a induit une forte subsidence se repartissant dans des sous-bassins bien individualises (parentis, mirande, adour). L'etude de la subsidence de ces bassins permet de reconstituer leur evolution au cours du temps, en precisant l'age et l'amplitude des phases d'amincissement qui l'on provoquee. La comparaison de ces resultats avec ceux acquis dans les bassins et marges avoisinants montre une evolution chronologique et geographique coherente de la fin du rifting. Une modelisation numerique de l'amincissement (testant quatre modeles differents), a ete realisee sur une coupe n-s passant par le bassin de parentis (coupe ecors gascogne), elle fournit au cours du temps, une repartition de l'amincissement et de l'extension le long de la coupe. L'extension calculee par les modeles conservant la quantite de croute au cours de l'amincissement, est en accord avec la quantite d'ecartement des plaques au cours de la rotation de l'iberie par rapport a l'europe. Pour expliquer le developpement des bassins de parentis et de l'adour au cours du cretace inferieur, apres leur individualisation au jurassiqsue superieur dans un contexte extensif ne-sw, un modele d'extension de direction nw-se est propose. Ce modele est aussi etendu a l'evolution du golfe de gascogne tout entier
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JANNANE, MOHAMED. "Traitement et interpretation de donnees de sismiques du projet ecors (nord de la france, pyrenees et djibouti)." Paris 7, 1989. http://www.theses.fr/1989PA077070.
Full textAbstract:
Differents travaux effectues ont permis de parcourir un eventail assez large des methodes sismiques: couvertures multiples et couvertures simples, reflexion et refraction, tirs le long de la ligne d'ecoute et tirs deportes, etc. Lors du retraitement des donnees de la region du pays de bray, nous nous sommes interesses aux problemes de leur qualite ainsi qu'aux problemes des corrections statiques. En ce qui concerne les donnees du rift d'asal, deuxieme exemple de la methode en couverture multiple, la complexite geologique du terrain, sa fracturation combinees aux problemes techniques ou au cout, ont interdit le traitement multitrace conventionnel. Un exemple d'exploitation en couverture simple est presente dans le troisieme chapitre. Ces donnees ont ete acquises dans un but de complementarite avec la couverture multiple traitee a la cgg, et avec l'espoir de fournir une interpretation qualitative a trois dimensions. Si la complementarite a ete atteinte avec plus ou moins de succes, l'analyse qualitative tridimensionnelle n'a pu avoir lieu. En effet, la geometrie du milieu et l'echantillonnage spatial ne l'ont pas permis. Cependant, il ressort de cette etude un point de desaccord entre les resultats des tirs lateraux et l'interpretation basee sur la section stockee
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Cabissole, Benoît de. "Apport des données gravimétriques à la connaissance de la chaîne des Pyrénées le long du profil ECORS." Montpellier 2, 1989. http://www.theses.fr/1989MON20130.
Full textAbstract:
Ce travail est base sur l'utilisation de la gravimetrie pour etudier la structuration profonde de la chaine des pyrenees. Il entre, d'une part, dans le cadre du programme ecors pyrenees ou il vise a apporter des contraintes sur la structure de la chaine le long du profil de sismique verticale ecoute longue ayant traverse la chaine de part en part depuis toulouse (france), au nord, jusqu'a balaguer (espagne) au sud. La gravimetrie est, ici, associee aux methodes de sismique reflexion grand angle et de sismique refraction en complement de la sismique verticale ecoute longue pour proposer un modele structural de la chaine sur une coupe d'echelle crustale. D'autre part, dans le cadre de la synthese pyrenees (brgm-igme), ce travail a pour but de relier l'anomalie de bouguer sur la chaine des pyrenees aux structures de la chaine. Pour les besoins de ces deux programmes, des leves de terrains ont ete effectues en zone montagneuse. Ils ont servi a completer les informations gravimetriques disponibles en petite quantite sur la chaine elle-meme. Enfin, une approche utilisant l'isostasie met en evidence les principales regions en desequilibre isostatique. Les resultats de la modelisation numerique du comportement mecanique de la lithosphere et la connaissance de la structuration crustale de la chaine permettent d'expliquer les desequilibres observes
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Cabissole, Benoît de. "Apport des données gravimétriques à la connaissance de la chaîne des Pyrénées le long du profil ECORS /." Montpellier : Centre géologique et géophysique, 1990. http://catalogue.bnf.fr/ark:/12148/cb350890226.
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Silva, Gomez Lucero Tahitiana. "Propiedades Psicométricas de la Escala de Conducta Disocial (ECODI-27) en adolescentes escolarizados de Lima y Pisco." Bachelor's thesis, Universidad Peruana de Ciencias Aplicadas (UPC), 2019. http://hdl.handle.net/10757/628254.
Full textAbstract:
La presente investigación tuvo como objetivo el analizar las propiedades psicométricas de la Escala de Conducta Disocial (ECODI27) en una muestra de 500 adolescentes de ambos sexos (varones: 48% y mujeres: 52%) entre las edades de 13 a 17 años que se encuentran cursando el nivel secundario en colegios particulares como estatales. Asimismo, la aplicación se realizó en la ciudad de Lima y Pisco (Ica). Para llevar a cabo la investigación se utilizó la Escala de Conducta Disocial (ECODI27) y el Inventario de Desajuste del Comportamiento Psicosocial (INDACPS). La aplicación se realizó de manera colectiva. Se realizó un análisis factorial (exploratorio y confirmatorio). El análisis factorial exploratorio del ECODI-27 determinó las seis dimensiones originales que explicaron el 42.74% de la varianza total. El análisis factorial confirmatorio obtuvo adecuados índices de ajuste. Las correlaciones entre las puntuaciones de la escala en estudio y el INDACPS, resultaron directas y significativas con la dimensión de Agresividad; además, se encontró relación significativa entre la dimensión de abandono escolar (ECODI-27) y las dimensiones de Desesperanza y Desajuste familiar (INDACPS). El coeficiente de confiabilidad de las 6 dimensiones fue de 0.61 a 0.75. Estos resultados permiten concluir que el ECODI-27 presenta evidencias de validez y confiabilidad para medir las conductas disociales en una población adolescente.The objective of this research was to analyze the psychometric properties of the Disocial Behavior Scale (ECODI27) in a sample of 500 adolescents of both sexes (boys: 48% and women: 52%) between the ages of 13 and 17 years old. They are studying at the secondary level in private and state schools. Also, the application was made in the city of Lima and Pisco (Ica). The Disocial Behavior Scale (ECODI27) and the Psychosocial Behavior Mismatch Inventory (INDACPS) were used to carry out the investigation. The application was done collectively. A factor analysis (exploratory and confirmatory) was performed. The exploratory factor analysis of ECODI-27 determined the six original dimensions that explained 42.74% of the total variance. The confirmatory factor analysis obtained adequate adjustment rates. The correlations between the scores of the scale under study and INDACPS were direct and significant with the Aggressiveness dimension; In addition, a significant relationship was found between the dimension of school dropout (ECODI-27) and the dimensions of Hopelessness and Family Mismatch (INDACPS). The reliability coefficient of the 6 dimensions was 0.61 to 0.75. These results allow us to conclude that ECODI-27 presents evidence of validity and reliability to measure disocial behaviors in a adolescent population.
Tesis
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Szczepek, Michal [Verfasser], Detlev H. [Akademischer Betreuer] Krüger, Christian [Akademischer Betreuer] Spahn, and Peter [Akademischer Betreuer] Friedhoff. "Regulation der Enzymaktivität der Restriktionsendonuklease EcoRII durch Autoinhibition / Michal Szczepek. Gutachter: Detlev H. Krüger ; Christian Spahn ; Peter Friedhoff." Berlin : Humboldt Universität zu Berlin, Mathematisch-Naturwissenschaftliche Fakultät I, 2011. http://d-nb.info/1015016685/34.
Full text
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Moon, Sara Ann. "Interactions between the restriction endonuclease EcoRV and its recognition sequence using oligonucleotides containing modified bases and phosphorothioate linkages." Thesis, University of Newcastle Upon Tyne, 1997. http://ethos.bl.uk/OrderDetails.do?uin=uk.bl.ethos.388730.
Full text
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Bitri, Adnand. "Determination des structures et des vitesses dans la croute par migrations des donnees de sismique reflexion profonde ecors." Université Louis Pasteur (Strasbourg) (1971-2008), 1992. http://www.theses.fr/1992STR13093.
Full textAbstract:
La migration est l'operation qui permet de reconstituer l'image des structures en profondeur a partir de l'information sismique recueillie en surface. Deux methodes de migration en profondeur apres sommation sont presentees et appliquees aux profils sismiques ecors pyrenees et fosse rhenan. La premiere methode de migration est basee sur la resolution de l'equation d'onde dans le domaine de fourier. Un terme de correction applique dans le domaine (x,w) est introduit pour tenir compte des variations laterales de vitesse. La deuxieme methode de migration est basee sur la superposition des fronts d'onde. Dans le cas d'un milieu complexe, les fronts d'onde sont calcules en resolvant l'equation de l'eikonale par differences finies. Le traitement conventionnel repose sur des hypotheses qui ne sont plus valables lorsque l'exploration est menee en milieu heterogene. On utilise dans ce cas la migration avant sommation. Trois methodes de migration avant sommation par point de tir sont presentees et appliquees au profil ecors pyrenees. La premiere methode consiste en la propagation du champ d'onde issu de la source, la retropropagation du champ recepteur et l'imagerie par correlation dans le temps des deux champs d'ondes extrapoles. Dans la deuxieme methode, la propagation du champ source et sa correlation avec le champ recepteur sont remplaces par un dephasage en temps, applique au champ recepteur retropropage. La troisieme methode est basee uniquement sur la resolution de l'equation de l'eikonale par differences finies. La migration necessite la connaissance a priori du modele de vitesse. La migration avant sommation est tres sensible a la precision de ce modele. Cela permet d'envisager une procedure iterative au cours de laquelle le modele de vitesse est precise jusqu'a l'obtention d'une image claire du sous-sol. La methode d'analyse de vitesse est basee sur le principe qu'apres la migration avec la vitesse correcte, les reflexions sont alignees horizontalement dans les collections des traces en recepteur commun. L'application de cette technique d'analyse de vitesse a conduit a preciser un modele de vitesses de la croute sous le bassin d'aquitaine
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Ravi, Sudharshan, and Quang Vu. "Graphical Editor for Diagnostic Method Development." Thesis, Linköpings universitet, Interaktiva och kognitiva system, 2014. http://urn.kb.se/resolve?urn=urn:nbn:se:liu:diva-107514.
Full textAbstract:
The adage A picture is worth a thousand words conveys the notion that acomplex concept can be understood with just a single picture. Thus visualisingdata allows users to absorb and use large amounts of data quickly.Although textual programming is widely used, it is not best suited for allsituations. Some of these situations require a graphical way to programdata. This thesis investigates the dierent modeling frameworks available withinthe Eclipse ecosystem that allow the reuse of existing XML schema modelsand the creation as well as editing of diagnostic methods. The chosenframeworks were used to build a graphical editor that allows users to create,edit and use diagnostic methods graphically.
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Rousset, Dominique. "Structure et isostasie du Fossé Rhénan (segment méridional) : champ de pesanteur et sismique réflexion en écoute longue ECORS DEKORP." Montpellier 2, 1992. http://www.theses.fr/1992MON20006.
Full textAbstract:
Ce travail présente une compilation et une interprétation des données gravimétriques sur le sud du fossé rhénan en relation avec les autres données géologiques et géophysiques, en particulier le profil ECORS DEKORP sud. Ce travail permet de préciser l'extension des formations Varisques, affleurantes dans les Vosges et la Forêt Noire, sous le recouvrement sédimentaire. Les principaux résultats concernent l'interprétation en densité le long du profil sismique Ecors-Dekorp, ainsi que la localisation dans le fossé, d'un décrochement senestre qui semble avoir joué un rôle majeur lors de l'extension tardi-Varisque et dans la localisation du rift rhénan. Les grandes longueurs d'onde de l'anomalie de Bouguer corrigée de l'effet des sédiments et des variations topographiques du MOHO sont clairement corrélées avec le haut topographique de l'ensemble Vosges-Forêt Noire-Jura Souabe. Ceci est interprété comme un soulèvement récent (10 M. A. ) sans relation directe avec l'extension oligocène dans le fossé rhénan. Ce phénomène est quantifié en approchant le comportement de la lithosphère par celui d'une plaque élastique de 30 km d'épaisseur.