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Dissertations / Theses on the topic 'Drosophila'

Author: Grafiati
Published: 4 June 2021
Last updated: 30 July 2024

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Le, Thomas Adrien. "Piwi function and piRNA cluster regulation : Drosophila melanogaster." Electronic Thesis or Diss., Paris 6, 2014. https://accesdistant.sorbonne-universite.fr/login?url=https://theses-intra.sorbonne-universite.fr/2014PA066688.pdf.

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Abstract:
Les piRNAs sont une population de petit ARNs très diverse, que l'on retrouve dqns la lignée germinales des animaux pour réprimer les éléments génétiques mobiles : agissant de pair avec les protéines Piwi, ils guident le clivage des transposons actif. Chez la Drosophile, 3 protéines Piwi sont présentes, dont deux d'entre elles, AUB et AGO3, sont cytoplasmique et la dernière, PIWI, est nucléaire cependant son mécanisme d'action reste inconnu. La source principale de piRNAs sont des régions du génome bien particulière, appelé cluster de piRNAs. Cependant, il n'est pas encore connu a ce jour qu'est ce qui différentie ces région du reste du génome. Durant mon doctorant mon travail s'est focalisé sur ces deux questions centrales :Quel est le rôle de PIWI dans le noyau? Nous avons montré que PIWI était responsable de répression transcriptionnelle des transposons par l'intermédiaire de la déposition de marques chromatiniennes répressive, H3K9me3, grâce à la spécificité des piRNAs.Comment sont définit les régions générant des piRNA et comment sont régules leur expression ?Nous avons trouvé que les piRNAs qui sont transmis par la mère aux progénitures sont responsables de l'identification des régions génomiques donnant naissances à de nouveau piRNAs, grâce à la déposition de H3K9me3 dans le noyau et par l'initiation du cycle ping-pong dans le cytoplasme.Nous avons aussi mis en évidence les régions promoteurs des clusters de piRNAs, et trouve qu'elles sont nécessaires pour la production de piRNAs
PiRNAs are a diverse population of small RNA found in the animal germline to silence mobile genetic elements: loaded into Piwi proteins, they guide homology-dependent cleavage of active transposon mRNAs. In Drosophila, three Piwi proteins are expressed, from which two, AUB and AGO3, are known to destroy transposon transcripts in the cytoplasm. The third one, Piwi itself, is nuclear and the molecular mechanism of its function remains unknown. The main sources of piRNAs are discrete genomic loci called piRNA clusters, however it is not known what differentiate them from non-piRNA producing loci. During my PhD, I focused my work on two central questions:1) What is the role of Piwi in the nucleus? We showed that Piwi is responsible for transcriptional silencing by mediating installment of repressive marks, especially H3K9me3, over active transposons copies in a piRNA dependent manner.2) How are piRNA clusters defined, and what regulates their expression? Analyzing what features differentiate a piRNA producing loci from any non-producing loci in the genome, we were able to single out some specific characteristics: . We showed that maternally inherited piRNAs are responsible to define germline clusters at the next generation through two mechanisms: in the nucleus, by deposition of H3K9me3 onto complementary genomic sequence, and, in the cytoplasm, by initiating the ping-pong cycle using cluster transcripts as substrates, leading to their processing into mature piRNAs.. We found that cluster promoters are essential to mediate full cluster transcription, which is allowed thanks to a very specific chromatin signature necessary to ensure piRNA production
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Le, Thomas Adrien. "Piwi function and piRNA cluster regulation : Drosophila melanogaster." Thesis, Paris 6, 2014. http://www.theses.fr/2014PA066688/document.

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Abstract:
Les piRNAs sont une population de petit ARNs très diverse, que l'on retrouve dqns la lignée germinales des animaux pour réprimer les éléments génétiques mobiles : agissant de pair avec les protéines Piwi, ils guident le clivage des transposons actif. Chez la Drosophile, 3 protéines Piwi sont présentes, dont deux d'entre elles, AUB et AGO3, sont cytoplasmique et la dernière, PIWI, est nucléaire cependant son mécanisme d'action reste inconnu. La source principale de piRNAs sont des régions du génome bien particulière, appelé cluster de piRNAs. Cependant, il n'est pas encore connu a ce jour qu'est ce qui différentie ces région du reste du génome. Durant mon doctorant mon travail s'est focalisé sur ces deux questions centrales :Quel est le rôle de PIWI dans le noyau? Nous avons montré que PIWI était responsable de répression transcriptionnelle des transposons par l'intermédiaire de la déposition de marques chromatiniennes répressive, H3K9me3, grâce à la spécificité des piRNAs.Comment sont définit les régions générant des piRNA et comment sont régules leur expression ?Nous avons trouvé que les piRNAs qui sont transmis par la mère aux progénitures sont responsables de l'identification des régions génomiques donnant naissances à de nouveau piRNAs, grâce à la déposition de H3K9me3 dans le noyau et par l'initiation du cycle ping-pong dans le cytoplasme.Nous avons aussi mis en évidence les régions promoteurs des clusters de piRNAs, et trouve qu'elles sont nécessaires pour la production de piRNAs
PiRNAs are a diverse population of small RNA found in the animal germline to silence mobile genetic elements: loaded into Piwi proteins, they guide homology-dependent cleavage of active transposon mRNAs. In Drosophila, three Piwi proteins are expressed, from which two, AUB and AGO3, are known to destroy transposon transcripts in the cytoplasm. The third one, Piwi itself, is nuclear and the molecular mechanism of its function remains unknown. The main sources of piRNAs are discrete genomic loci called piRNA clusters, however it is not known what differentiate them from non-piRNA producing loci. During my PhD, I focused my work on two central questions:1) What is the role of Piwi in the nucleus? We showed that Piwi is responsible for transcriptional silencing by mediating installment of repressive marks, especially H3K9me3, over active transposons copies in a piRNA dependent manner.2) How are piRNA clusters defined, and what regulates their expression? Analyzing what features differentiate a piRNA producing loci from any non-producing loci in the genome, we were able to single out some specific characteristics: . We showed that maternally inherited piRNAs are responsible to define germline clusters at the next generation through two mechanisms: in the nucleus, by deposition of H3K9me3 onto complementary genomic sequence, and, in the cytoplasm, by initiating the ping-pong cycle using cluster transcripts as substrates, leading to their processing into mature piRNAs.. We found that cluster promoters are essential to mediate full cluster transcription, which is allowed thanks to a very specific chromatin signature necessary to ensure piRNA production
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Entrevan, Marianne. "Caractérisation de la diversité des sites de fixation des protéines du groupe Polycomb chez la Drosophile." Thesis, Montpellier, 2017. http://www.theses.fr/2017MONTT029/document.

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Abstract:
Les protéines du groupe Polycomb (PcG) ont initialement été identifiées chez la drosophile comme répresseurs transcriptionnels des gènes homéotiques. Aujourd’hui, nous savons que ces protéines jouent un rôle bien plus large puisqu’elles régulent des gènes dont les produits sont impliqués dans de nombreux processus biologiques (régulation des gènes HOX, maintien de la plasticité des cellules souches, la différenciation cellulaire, l’inactivation du chromosome X, la régulation des gènes soumis à empreintes). Leur dérégulation est source de nombreux cancers chez l’homme. Hautement conservées, elles forment deux principaux complexes : PRC 1 et 2 (Polycomb repressive complex 1 and 2), dont l’activité est respectivement reflétée par la mono-ubiquitinylation de la lysine 118 l’histone H2A (H2AK118Ub) et la tri-méthylation de la lysine 27 de l’histone H3 (H3K27me3). Chez la Drosophile, les sites de fixation de ces complexes sont appelés PRE (Polycomb Responsive Elements) où ils sont recrutés via des facteurs de transcription (FT).La complexité du recrutement des complexes du PcG, chez la Drosophile comme chez les mammifères, est visible à différents niveaux : au niveau de la séquence même de leurs sites de fixations, au niveau des facteurs de transcription qui les recrutent, au niveau de l’interface entre les deux complexes PRC1 et PRC2 et enfin au niveau global, part le présence de ces complexes au niveau de sites transcriptionnellement actifs. L’ensemble de ces résultats démontre clairement la nature hétérogène des PRE. Ces derniers diffèrent non seulement par leur séquence, mais également par les FT qui les recrutent et enfin par la manière dont les complexes PcG sont recrutés (PRC2 recrute PRC1 ou le contraire). Mon projet de thèse s’est donc dessiné autour d’une hypothèse : il existe différentes classes de PRE chez la Drosophile. Mon travail a donc consisté à définir ces différentes classes et à les caractériser pour en déduire des rôles spécifiques à l’échelle génomique. En effet, l’implication des complexes du PcG dans l’apparition de cancer chez l’Homme requière que l’on comprenne comment ces protéines sont recrutées à la chromatine.Mes travaux de thèse ont permis d’identifier six classes différentes de sites de fixation aux protéines du PcG. Nous avons retrouvé une classe correspondant aux sites de fixations canoniques fixés par les protéines du PcG et présents au sein de larges domaines répressifs marqués par H3K27me3. Une seconde classe correspond à des éléments de régulation marqués par un état de pause transcriptionnelle. De façon surprenante, nous avons démontré qu’une grande partie des sites de fixation des complexes du PcG était localisée au niveau de régions transcriptionnellement actives. Ces classes de PRE diffèrent en particulier en éléments génomiques qui les composent. Deux classes correspondent à des enhancers développementaux. Une classe correspond à des promoteurs actifs pouvant réguler des gènes de ménage. Enfin, une dernière classe correspond à des bordures de TAD. Les sites actifs et réprimés fixés par le PcG fixent également des combinaisons différentes de FT. Des analyses in vivo associées à un transcriptome réalisé à partir de cellules mutantes pour une protéine du PcG révèlent que les complexes du PcG jouent également un rôle de répresseur transcriptionnel au niveau des sites actifs. L’ensemble de ces résultats suggère une hétérogénéité inattendue des sites de fixation des complexes du PcG et permettra de mieux comprendre les caractéristiques liées à ces protéines dont la dérégulation mène à l’apparition de cancers chez l’Homme marqués par leur agressivité
Polycomb group (PcG) complexes were initially discovered in Drosophila as transcriptionnal repressors of homeotic genes. To date, we know that they are involves in a large pleithora of biological processes including the maintenance of stem cells plasticity, differentiation, X chromosome inactivation and imprinting. PcG complexes are highly conserved from Drosophila to Humans and can be divided into two main complexes: PRC1 and PRC2 (Polycomb repressive complex 1 and 2). Both complexes have a histone modifying activity: PRC1 catalyses the mono-ubiquitination of the lysine 118 on histone H2A (H2AK118Ub) and PRC2 catalyses the tri-methylation of the lysine 27 on histone H3 (H3K27me3).In Drosophila, these complexes are recruited to cis regulatory elements named Polycomb Responsive Elements (PREs) that drive the epigenetic inheritance of silent chromatin states throughout development. Importantly, PcG complexes do not contain DNA-binding activity but are recruited to PREs via their interaction with Transcription Factors (TF) recognizing DNA motifs clustered at PREs. However the mechanism how PREs target PcG complexes is still not well understood due to the complexity of PcG recruitment, which is reflected at different levels: The DNA signature between PREs can differ significantly and several TF are implicated in PcG recruitment, but none of them is sufficient to recruit PcG complexes to PREs. Moreover PcG complexes can cooperate in different ways to stabilize each other’s binding. Finally, another layer of complexity is found at a more global level since PcG complexes do not only bind repressed sites, but they are also found at active regions.Therefore, our working hypothesis is that different classes of PREs exist in Drosophila. My PhD work was thus to define these different classes of PREs on a genome-wide scale and to functionally characterize them in order to get a complete molecular description of PRE function. Understanding how PcG complexes are recruited is of high importance, since deregulation of both, PcG complexes and their recruiting factors can led to cancer and diseases. My work led to the identification of six different classes of PREs that are characterized by different chromatin and genomic features. Interestingly the majority of PREs are associated with active genes that can be divided into housekeeping regulatory regions and developmental enhancers. In addition another class comprises bona fide chromatin domain boundaries. On the other hand PREs associated with repressed chromatin states shows features of previously described PREs and associate with repressed genes and PcG-associated histone marks. Finally another class comprises PREs that are likely in a poised chromatin state. We further demonstrated that PREs located at repressed and active regions differ in their combination of TF. In vivo analyses along with a transcriptomic analysis performed in cell lines mutated for a member of PcG complexes revealed that PcG complexes play a repressive role at both, active and repressed PREs.Taken together, our result suggest an unexpected heterogeneity of PREs and contributes to the better understanding of their characteristics and function
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Barthez, Marine. "Functional characterisation of Drosophila M1BP." Thesis, Aix-Marseille, 2019. http://www.theses.fr/2019AIXM0298.

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Abstract:
Le facteur de transcription Motif 1 Binding Protein (M1BP) est une protéine à doigt de zinc décrite pour contrôler la pause de l’ARN polymérase II aux sites d’initiation de la transcription de milliers de gènes chez la Drosophile. J’ai démontré une interaction directe entre M1BP et les protéines Hox AbdA et Ubx chez la Drosophile, interaction essentielle au mécanisme de levée de la pause transcriptionnelle. L’expression de M1BP est maintenue au cours du développement, mais une perte de son expression induit de façon précoce l’autophagie, ceci sans affecter l’expression des protéines Hox. Des approches transcriptomiques ont par ailleurs révélé que M1BP régule 25% des voies métaboliques de la cellule. En accord avec ces observations, nous avons remarqué que la perte de fonction de M1BP induit de nombreux phénotypes et anomalies mitochondriales, notamment dans la chaine respiratoire avec la mise en place d’une respiration anaérobie. L’ensemble de ces résultats mettent en évidence que M1BP est un régulateur transcriptionnel jouant un rôle clé dans le métabolisme mitochondrial et cellulaire. La recherche d’un homologue de la protéine de Drosophile M1BP chez les vertébrés a conduit à l’identification de ZKSCAN3, capable de corriger l’induction précoce de l’autophagie résultant de la perte de M1BP, et de rétablir l’expression de la majorité des gènes dérégulés dans ce contexte. Dans l’ensemble, ces données montrent que les protéines M1BP et ZKSCAN3 sont des homologues fonctionnels dans la régulation de l’autophagie
The transcription factor Motif 1 Binding protein (M1BP) is a zinc finger protein known to be involved in the pausing of RNA Polymerase II (Pol II) at the transcription start site of thousands of Drosophila genes. I was able to demonstrate direct protein interaction between M1BP and the Drosophila Hox proteins AbdA and Ubx, providing evidence that Hox-M1BP collaborate to regulate gene expression. While M1BP expression is maintained during all larval stages, loss of M1BP expression in the feeding stage induces premature autophagy. In characterising the diverse functions of M1BP, I determined that M1BP transcriptionally regulates 25% of all cellular metabolic pathways. Indeed, many severe mitochondrial defects and phenotypes are observed upon M1BP knock down in the Drosophila fat body and indirect flight muscle. One of the major consequences of M1BP knock down is that the respiratory chain is strongly impacted forcing the cell to switch to anaerobic respiration for the production of ATP. Together, these data provide evidence that M1BP is an essential transcriptional regulator of mitochondrial and cellular metabolic processes. In searching for a vertebrate homolog of Drosophila M1BP, I identified ZKSCAN3 as a vertebrate functional homolog of M1BP in autophagy repression in Drosophila fat body or in human cell lines. Additionally, transcriptomic studies demonstrate that ZKSCAN3 expression in the Drosophila fat body reverses the deregulation of the majority of genes observed upon M1BP knock down. Together with the identification that ZKSCAN3 binds to 90% of M1BP genomic targets, these data provide evidence that M1BP and ZKSCAN3 are functionally homologous proteins
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Ducuing, Antoine. "Signalling and morphogenesis during Drosophila dorsal closure." Thesis, Lyon, 2016. http://www.theses.fr/2016LYSEN002/document.

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Abstract:
La fermeture dorsale est un événement majeur de l’embryogénèse de la drosophile durant lequel les cellules les plus dorsales de l’épiderme se différencient et agissent de concert pour refermer une ouverture dorsale temporairement recouverte par l’amnioséreuse. Ce processus présente de nombreuses similarités avec la cicatrisation cellulaire. J’ai montré que les voies JNK et DPP forment une boucle cohérente appelée « feed-forward loop » (boucle d’anticipation) qui contrôle la différentiation des cellules de la marge active. La branche DPP de cette boucle filtre les signaux non désirés de la voix JNK quand les embryons sont soumis à un stress thermique. Je me suis ensuite concentré sur le câble d'actine, une structure supra-cellulaire produite par les cellules de la marge active lors de la fermeture dorsale. J’ai montré que le câble d’actine est une structure discontinue qui n’est pas nécessaire pour la fermeture dorsale ou pour la cicatrisation cellulaire. Le câble d’actine homogénéise les forces et stabilise la géométrie cellulaire pour que la fermeture se fasse de manière parfaite et sans cicatrice. Sans le câble, les cellules ont une forme irrégulière, associé à des défauts de patterning et des défauts de polarité planaire qui ressemblent aux défauts que l’on trouve lors de la formation d’une cicatrice. Nous proposons donc que le câble empêche la formation de cicatrice en « congelant » les propriétés mécaniques des cellules afin de les protéger des forces qui agissent au niveau tissulaire lors de la fermeture dorsale.En conclusion, mon travail apporte un regard neuf sur la signalisation et la morphogenèse lors de la fermeture dorsale de l’embryon de Drosophile
Drosophila dorsal closure is a key embryonic process during which the dorsal-most epidermal cells called leading edge cells differentiate and act in a coordinated manner to close a transient dorsal hole covered by the amnioserosa in a process reminiscent of wound healing. I showed that JNK and DPP are wired in a network motif called ‘feed-forward loop’ (FFL) that controls leading edge cell specification and differentiation. The DPP branch of the FFL filters unwanted JNK activity that occurs during thermal stress. Next, I focused on the actin cable, a supra-cellular structure produced by the leading edge cells during dorsal closure or wound healing from fly to humans. My data suggest that the actin cable does not provide a major contractile force. Rather, the actin cable balances forces and stabilizes cell geometry so that closure resolves in a perfectly structured and scar-free tissue. The absence of the cable leads to cell shape irregularities as well as patterning and planar cell polarity defects that are reminiscent of scarring. We propose that the cable prevents scaring by acting as a mechanical freeze field that protects fine cellular structures from the major closure forces that operate at tissue level. Altogether, my work brings new insights on the signalling and morphogenesis during dorsal closure
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Lepot, Frédérique. "Recherches sur l'apprentissage associatif chez la drosophile (drosophila melanogaster)." Toulouse 3, 1986. http://www.theses.fr/1986TOU30033.

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Abstract:
Etude de l'inhibition conditionnee de la reponse tarsale (extension du proboscis, induite par stimulation sucree des chemorecepteurs tarsaux) chez la drosophile. Conditions optimales pour l'acquisition et l'extinction de ce comportement (importance de certains indices visuels). Existence d'un apprentissage associatif revele par l'acquisition d'une discrimination visuelle successive, avec renforcement regulier de l'un des indices visuels ou en apprentissage "probabiliste". La mutation dunce **(2), qui deteriore l'acquisition d'une discrimination olfactive n'affecte pas la maitrise d'une discrimination visuelle
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Lepot, Frédérique. "Recherches sur l'apprentissage associatif chez la Drosophile, Drosophila melanogaster." Grenoble 2 : ANRT, 1986. http://catalogue.bnf.fr/ark:/12148/cb37599134t.

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Ruby, Vincent. "Étude des évènements mitochondriaux impliqués dans le contrôle de l'apoptose par rbf1, l'homologue de drosophile du gène suppresseur de tumeur rb." Thesis, Université Paris-Saclay (ComUE), 2018. http://www.theses.fr/2018SACLV039/document.

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Abstract:
Le gène rb est le premier suppresseur de tumeur découvert chez l’homme. Il prévient l’apparition de tumeurs notamment en régulant négativement le cycle cellulaire. Le rôle de pRb dans le contrôle de l’apoptose est plus complexe et les mécanismes moléculaires contrôlés par ce facteur de transcription ne sont pas complétement élucidés. Il existe un homologue de rb chez la drosophile : rbf1. J’ai contribué à caractériser les évènements mitochondriaux induits au cours de l’activation de l’apoptose par Rbf1 dans le disque imaginal d'aile, un tissu en prolifération de la larve de drosophile. Dans cette voie d’apoptose, la protéine Debcl, seule membre pro-apoptotique de la famille Bcl-2 chez la drosophile, est activée et induit le recrutement et l’oligomérisation de Drp1, protéine effectrice principale de la fission mitochondriale. C’est ainsi qu’est déclenchée la fragmentation mitochondriale et l’accumulation d’espèces activées de l’oxygène (EAOs) mitochondriales. Ces deux évènements participent à la transmission du signal apoptotique. J’ai par ailleurs pu mettre en évidence l’implication de facteurs participant au maintien du contrôle qualité mitochondriale. Celui-ci s’assure de l’intégrité des mitochondries et, le cas échéant, déclenche la digestion des éléments défaillants par mitophagie. Enfin, j’ai contribué à l’étude des liens entre la traduction et l’apoptose induite par Rbf1. Dans cette étude, nous montrons que la poly-A binding protein (PABP) peut supprimer le phénotype d’encoche induit par Rbf1 chez l’adulte alors que la mort cellulaire induite au cours du stade larvaire n’est pas inhibée mais augmentée. Ces résultats nous ont poussé à étudier les mécanismes de compensation induits par l’appareil traductionnel, ce qui nous a permis de montrer qu'une modulation de la traduction pourrait permettre de compenser la perte de tissu consécutive à l'apoptose induite par Rbf1 sans impliquer une inhibition de l'apoptose
The gene rb is the first tumor suppressor discovered in humans. Its prevents the appearance of tumors by regulating negatively the cell cycle. The role of pRb in apoptosis is more complex and the molecular mechanisms triggered by this transcription factor are not completely elucidated. There is a rb homologue in drosophila: rbf1. I participated in the characterization of mitochondrial events induced during activation of apoptosis by Rbf1 in a proliferating tissue of this model organism, the wing disc. In this apoptosis pathway, the Debcl protein, the only drosophila pro-apoptotic member of the Bcl-2 family, is activated and induces recruitment and oligomerization of Drp1, the main effector of mitochondrial fission. This triggers the mitochondrial fragmentation and the accumulation of mitochondrial reactive oxygen species (ROS). Both events participate to the transmission of the apoptotic signal. I have also been able to highlight the implication of factors involved in maintaining mitochondrial quality control which ensures the integrity of the mitochondria and, if necessary, triggers the degradation of damaged elements by mitophagy. Finally, I have contributed to the study of the links between translation and apoptosis induced by Rbf1. In this study, we show that the Poly-A Binding Protein (PABP) can suppress the Rbf1-induced notch phenotype in adults while cell death induced during larval stage was not inhibited but increased. These results prompted us to study the compensation mechanisms induced by the translational apparatus, which allowed us to show that a mRNA translation-related mechanism could counteract the loss of tissue resulting from Rbf1-induced apoptosis independently of apoptosis inhibition
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Garrido, Damien. "Etude de l’homéostasie lipidique chez Drosophila melanogaster." Thesis, Université Paris-Saclay (ComUE), 2015. http://www.theses.fr/2015SACLS030.

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Abstract:
Le métabolisme des acides gras (AG) est crucial dans le maintien de l’homéostasie. Son implication dans des processus tels que la signalisation, le stockage énergétique, l’isolation thermique, la régulation du comportement ne révèle qu’une fraction de la complexité et de la variabilité des rôles dans lesquels il peut être associé. En outre, ce métabolisme est dérégulé dans de nombreuses pathologies, diabète, obésité, cancers,... C’est pourquoi les enzymes de ce métabolisme constituent des cibles attractives pour développer de nouveaux traitements. Cependant les conséquences de ces dérégulations sur l’organisme sain sont encore mal connues, surtout à l’échelle de chaque organe.L’objectif de ma thèse était d’évaluer comment le métabolisme des AGs participe à la régulation de l’homéostasie au sein d’un organisme entier. Pour cela, j’ai utilisé les possibilités génétiques du modèle drosophile dont le métabolisme est comparable à celui des mammifères. J’ai ainsi montré que la synthèse d’AGs contribue à neutraliser les effets toxiques du sucre alimentaire. Ce processus se fait en coopération avec la voie de la détoxification du méthylglyoxal qui permet de prévenir la formation de composés issus de la glycation non enzymatique. J’ai aussi contribué à montrer que les précurseurs des hydrocarbures et phéromones ont une origine flexible, qui dépend du maintien de l’homéostasie et qui peut perturber les interactions entre individus. Je suis actuellement en train d’étudier la sensibilité à l’inhibition de la synthèse d’AG de différents modèles de croissance dérégulée. Enfin, dans un travail préliminaire, j’ai montré que le métabolisme des AGs est essentiel dans le tube digestif, possiblement en perturbant l’homéostasie hydrique de la larve.L’ensemble de ces résultats aidera à mieux cerner l’importance du métabolisme des AGs dans le maintien de l’homéostasie d’un organisme sain et dans des processus dérégulés
Fatty acid (FA) metabolism is crucial in maintaining homeostasis, but also in a numerous of processes including signaling, energy storage, protection to temperature loss, regulation of behavior... In addition, FA metabolism is deregulated in several pathologies including diabetes, obesity, and cancers... Therefore, the enzymes that catalyze the reactions of the FA metabolic pathways constitute attractive targets to develop novel therapies. However the consequences of these deregulations in healthy organism are still poorly known, in particular at the level of each organ.The aim of my PhD was to estimate how FA metabolism participates in the regulation of homeostasis within a whole body organism. To address these issues, I used the genetic possibilities of the Drosophila model, whose metabolism is similar to that of mammals.I showed that FA synthesis contributes to neutralize the toxic effects of dietary sugar. This process operates in cooperation with the methylglyoxal detoxification pathway, which prevents the formation of compounds resulting from the non-enzymatic glycation. I also contributed to a project showing that the precursors of hydrocarbons and pheromones have a flexible origin, which depends on lipid homeostasis and may affect sexual recognition between individuals. Currently, I’m studying the consequences of FA synthesis inhibition in various deregulated growth models. Finally, in a preliminary work, I showed that the FA metabolism is essential in the digestive tract, possibly by disrupting water homeostasis in larvae. Taken together, these results will help to characterize the importance of FA metabolism in healthy organism as well as in deregulated processes
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Lamiré, Laurie-Anne. "Identification and characterization of the mechanical role of germline growth in Drosophila melanogaster epithelial morphogenesis." Thesis, Lyon, 2019. http://www.theses.fr/2019LYSEN002.

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Abstract:
La morphogenèse épithéliale est essentielle à la formation des organes. J'utilise le follicule ovarien de Drosophila comme modèle d'étude de l’aplatissement des cellules. Un follicule est composé de cellules germinales en croissance entourées d'une monocouche de cellules épithéliales cuboïdes. À un stade de développement spécifique, une part de ces cellules s'aplatit en suivant une vague régulée. Cet aplatissement est en partie contrôlé par un gradient de pression provenant d’un groupe de cellules germinales (les cellules nourricières). Toutes les cellules germinales sont connectées via des ponts cytoplasmiques. Cette thèse étudie les mécanismes conduisant à la génération du gradient de pression, et à la modulation moléculaire induite par cette force mécanique pour permettre l'aplatissement. J'ai montré que le nombre et le diamètre des ponts cytoplasmiques influaient sur la pression. En utilisant des reconstructions tridimensionnelles de follicules, j’ai étudié le rôle de la croissance différentielle des cellules nourricières en mesurant le changement de volume des cellules germinales lors de l'aplatissement des cellules. Enfin, j’ai cherché le mécanisme moléculaire conduisant à l’aplatissement des cellules et influencé par un stimulus mécanique à partir de la pression germinale, en proposant un rôle de la voie Hippo dans ce processus. En conclusion, nous proposons que la croissance des cellules germinales influe de manière mécanique et génétique sur les cellules épithéliales pour permettre l’élongation, et donc l'acquisition de la forme finale du follicule
Epithelial morphogenesis is essential for organ formation. I use the Drosophila ovarian follicle as a model for studying cell flattening. A follicle is composed of growing germ cells surrounded by a monolayer of cuboidal epithelial cells. At a specific stage of development, some of these cells flatten out following a regulated wave. This flattening is partly controlled by a pressure gradient from part of the germ cells (the nurse cells). All germ cells are connected via cytoplasmic bridges. This thesis studies the mechanisms leading to the generation of the gradient of pressure, and to the molecular modulation induced by this mechanical force to allow flattening. I have shown that the number and diameter of cytoplasmic bridges affect the pressure. Using three-dimensional reconstructions of follicles, I studied the role of differential growth of nurse cells by measuring the change in germ cell volume during epithelial cell flattening. Finally, I looked for the molecular mechanism leading to the flattening and influenced by a mechanical stimulus from the germinal pressure, supporting a role of the Hippo pathway in this process. In conclusion, we propose that germ cell growth mechanically and genetically influences epithelial cells to allow elongation, and thus the acquisition of the final form of the follicle
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Miller, Marion. "Caractérisation du rôle et du mode d'action de MLF au cours de l'hématopoïèse chez la drosophile." Thesis, Toulouse 3, 2015. http://www.theses.fr/2015TOU30282/document.

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Abstract:
L'hématopoïèse est le processus développemental qui permet la formation des cellules qui composent le sang. Au niveau moléculaire, de nombreux facteurs de transcription permettent une régulation fine de ce processus et la dérégulation de leur activité, en affectant la différenciation ou la prolifération des cellules sanguines, peut conduire à l'apparition d'hémopathies telles que les leucémies. De manière intéressante, de nombreux gènes contrôlant l'hématopoïèse sont conservés entre la Drosophile et l'homme. Ces dernières années, cet insecte a donc émergé en tant que modèle pour l'étude du développement normal et pathologique des cellules hématopoïétiques. En tirant profit de cette conservation, mon travail de thèse a visé à caractériser, chez la Drosophile, le rôle et le mode d'action des protéines de la famille " Myeloid Leukemia Factor " (MLF). En effet, bien que le membre fondateur de cette famille soit impliqué dans le développement de Leucémies Aigües Myéloïdes chez l'homme, ces protéines restent très peu caractérisés. Les travaux réalisés dans l'équipe montrent que MLF contrôle l'homéostasie du système sanguin de la Drosophile, et qu'un aspect conservé de la fonction des protéines MLF est de réguler l'activité de facteurs de transcription de type RUNX dont Lozenge (LZ). Dans ce contexte, j'ai cherché à déterminer plus précisément la fonction de MLF dans l'hématopoïèse et à comprendre comment MLF régule les facteurs RUNX. In vivo, j'ai montré que MLF contrôle non seulement le nombre de cellules sanguines RUNX+/LZ+ mais aussi leur différenciation en "cellules à cristaux". L'établissement par RNAseq du transcriptome de ces cellules en contexte sauvage ou mutant pour mlf m'a permis d'identifier de nouveaux marqueurs de ce lignage et de montrer que mlf régule l'expression de nombre d'entre eux. De plus j'ai mis en évidence que ces deux aspects de la fonction de mlf passent par la régulation de LZ. Ainsi, bien que lz soit nécessaire au développement des cellules à cristaux, une diminution de son expression s'accompagne d'une augmentation du nombre de ces cellules qui présentent alors des caractéristiques " hyper-différenciées " et une sur-activation de la voie de signalisation Notch. Ces données mettent en exergue l'importance de la régulation du niveau du facteur RUNX LZ par MLF au cours de l'hématopoïèse. D'autre part, en utilisant une lignée de cellules sanguines de Drosophile en culture (cellules Kc167), j'ai pu montrer que MLF régule post-traductionnellement le niveau de LZ et que MLF et LZ interagissent physiquement. Pour ouvrir de nouvelles pistes quant aux mécanismes moléculaires d'action de MLF, j'ai également cherché ses partenaires par spectrométrie de masse. J'ai ainsi identifié la protéine chaperonne DNAJ1/HSP40 et j'ai pu mettre en évidence que ce partenaire de MLF est aussi impliqué dans la régulation de l'activité et du niveau d'expression de LZ en culture cellulaire. J'ai ensuite généré un mutant de ce gène chez la Drosophile par CRISPR et j'ai pu montrer qu'il contrôle lui aussi le développement des cellules sanguines LZ+, probablement en interaction avec MLF. Mes résultats suggèrent donc que MLF pourrait faire partie d'un complexe chaperon impliqué dans le contrôle de l'activité de LZ et dans l'hématopoïèse
Haematopoiesis is the developmental process responsible for the formation of all blood cell types. At the molecular level, many transcription factors allow tight regulation of this process and deregulation of their activity, by affecting blood cell proliferation or differentiation, can lead to the appearance of various diseases including leukaemia. Interestingly, many genes implicated in haematopoiesis are conserved between Drosophila and human. Consequently, this insect has emerged as a potent model to study normal and pathological blood cell development. Taking advantage of this conservation, my thesis aimed at characterizing the role and mode of action of the "Myeloid Leukemia Factor" (MLF) family in Drosophila. Indeed, although the founding member of this family is involved in the development of Acute Myeloid Leukaemia in humans, this family remains poorly characterised. Previous work showed that MLF controls Drosophila blood cell homeostasis and that one conserved aspect of MLF function is to regulate the activity of RUNX transcription factor activity, including that of the Drosophila hematopoietic factor LOZENGE (LZ). Further to these results, I sought to determine more precisely MLF function in haematopoiesis and its molecular mechanism of action on RUNX factors. In vivo, I showed that mlf controls not only the number of LZ + blood cells but also their differentiation into "crystal cells. Notably, the establishment of wild type or mlf-/- LZ+ cells transcriptome by RNAseq allowed me to identify new markers for this lineage and revealed that mlf regulates the expression of a large number of them. Interestingly, I found that mlf controls both LZ+ cell number and their differentiation by regulating LZ level. Indeed, although lz is required for crystal cell development, a decrease in lz level is associated with increased LZ+ cell number and these cells exhibit "hyper-differentiated" phenotypes as well as Notch signalling pathway over-activation. These data underline the crucial role of RUNX level regulation by MLF for normal blood cell development. In parallel, using a Drosophila blood cell line (Kc167 cells), I showed that MLF physically interacts with LZ and post-translationally regulates its level. To open new leads concerning the molecular mode of action of MLF, I undertook a proteomic approach to identify its partners. Thereby, I found that the chaperon protein DNAJ1/HSP40 binds to MLF and I demonstrated that DNAJ1 is also implicated in the regulation of LZ level and activity in Kc cells. Using a CRISPR approach, I then generated a null dnaj1 allele in Drosophila and its phenotypic characterisation allowed me to show that DNAJ1 also controls the development of LZ+ blood cells, probably in interaction with MLF. All together, my results suggest that MLF could be part of a " chaperon " complex involved in controlling RUNX activity and haematopoiesis
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Matias, Neuza. "Regulation of Abscission in Female Drosophila Germ Cells." Thesis, Paris 11, 2015. http://www.theses.fr/2015PA112211/document.

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Abstract:
En fin de cytocinèse, le fin pont cytoplasmique qui relie les deux cellules filles est clivé au niveau d’une structure dense en microtubules, le midbody, et permet ainsi la séparation physique de leurs deux cytoplasmes. Les mécanismes cellulaires et moléculaires de ce processus, appelé abscission, sont très étudiés dans des modèles de cellules en culture. Cependant, ils restent encore mal connus dans le contexte d’un organisme en développement. L’ovogenèse de drosophile est un modèle de choix pour l’étude de la régulation développementale de l’abscission. En effet, des cellules à abscission complète (cellules souches germinales) et incomplète (cystes germinaux) sont situées côte à côte au sein de la même unité développementale, le germarium. Les cellules souches se divisent asymétriquement, pour donner une autre cellule souche et un cystoblaste individualisé. Celui-ci entre en alors en différenciation, un programme au cours duquel il réalise quatre cycles cellulaires synchrones au cours desquels la cytocinèse est incomplète. Un cyste germinal de seize cellules interconnectées est ainsi formé. La durée de l’abscission est régulée précisément et dépend du contexte développemental. Notre laboratoire a récemment montré que les kinases Aurora B et Cdk1/ Cyclin B sont des régulateurs de la durée d’abscission dans les cellules germinales de drosophile et en cellules en culture de vertébrés. Mon travail a consisté à explorer la fonction de la protéine Shrub, un membre du complexe ESCRT-III, au cours de l’abscission dans la lignée germinale femelle de drosophile. Nous avons montré que Shrb est localisé au midbody des cellules souches en fin de cytocinèse, et promeut l’abscission. En effet, nous avons montré qu’une réduction du niveau de Shrub dans la lignée germinale provoque un fort délai de l’abscission des cellules souches, supérieur à la durée de leur cycle cellulaire. La cellule souche et son cystoblaste restent donc connecté jusqu’à la mitose suivante, formant ainsi des structures de plusieurs cellules connectées, appelées stem-cyst . L’abscission tardive au sein du stem cyst libère un progéniteur binucléé qui entre en différenciation. En conséquence, des chambres ovariennes à 32 cellules, au lieu de 16, sont formées. De plus, la fonction de Shrub dans l’abscission semble être contrecarrée par Aurora B, puisqu’une réduction des niveaux d’Aurora B dans des hétérozygotes Shrub réduit le nombre de stem-cysts et de chambres à 32 cellules observés. Enfin, nous avons identifié un nouveau facteur impliqué lors de l’abscission, la protéine Lethal giant discs (lgd), dont la perte de fonction induit, comme celle de Shrub, la formation de stem-cysts. En accord avec son rôle dans l’abscission, nous avons montré que Lgd est localisé au midbody. Lgd est requis pour la fonction de Shrub dans la voie endosomale, mais son implication lors de la cytocinèse était inconnue. Nous avons montré qu’un niveau réduit de Lgd augmente le nombre de stem-cysts des hétérozygotes Shrub, indiquant que Lgd et Shrub fonctionnent ensemble pour l’abscission des cellules souches. De façon surprenante, un nombre réduit de chambres à 32 cellules est observé dans ces ovaires, suggérant une fonction antagoniste de Lgd sur Shrub dans les cystes germinaux. Dans ces cystes, une abscission tardive se produit, qui divise en deux cystes de 16 cellules les cystes de 32 cellules, et expliquant ainsi le paradoxe observé (plus de stem-cysts, mais moins de chambres à 32 cellules)
At the end of cytokinesis, a thin cytoplasmic intercellular bridge is cleaved to allow physical separation of the two daughter cells. This process is called abscission, and its cellular and molecular events have been extensively explored in yeast and isolated mammalian cells. However, how abscission is regulated in different cell types or in a developing organism remains poorly understood.Drosophila oogenesis is a great model to study how abscission is regulated developmentally, as within the same developmental unit, the germarium, we find cells undergoing abscission next to others where this process is blocked. Indeed, the germline stem cell (GSC) divides asymmetrically to give rise to another GSC and to an individualized cystoblast. This cell then enters a well-studied process of differentiation, where through four rounds of mitosis with incomplete cytokinesis, gives rives to a cyst of 16 interconnected cells. The duration of abscission, seems to be tightly regulated and dependent on the developmental context. Our lab has recently discovered that AurB and CycB/Cdk1 function as abscission timers in Drosophila GSC and isolated mammalian cells. Thus, my work consisted in exploring how this process is regulated in the Drosophila female germline.We showed that the ESCRT-III protein Shrb localizes to the midbody of the dividing GSC, functioning to promote abscission. Indeed, we found that reduced levels of Shrb resulted in the blockage, or strong delay, of abscission in the GSC and formation of a structure similar to a cyst. In these so called stem-cysts, the GSC keeps dividing while interconnected to its daughter cells. As a consequence, we saw the appearance of egg chambers formed of 32 cells, instead of 16. Furthermore, Shrb function in abscission seems to be counteracted by AurB, as reducing AurB levels in Shrb heterozygous resulted in decreased stem-cysts and 32-cell cysts. Finally, Lethal giant discs (lgd), required for Shrb function in the endosomal pathway, was also seen localizing at the midbody and regulating abscission in GSCs. Removing one copy of Lgd from Shrb heterozygous increased the number of stem-cysts, but surprisingly the number of 32-cell cysts was reduced. This paradoxical result was explained with the observation of late abscission events in mitotic cysts, which divided the 32-cell cysts in the middle, leading to the formation of two cysts of 16 cells
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Alegot, Hervé. "Etude des mécanismes d'élongation du follicule ovarien de Drosophila melanogaster." Thesis, Clermont-Ferrand 1, 2016. http://www.theses.fr/2016CLF1MM06/document.

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Abstract:
L’élongation épithéliale joue un rôle prépondérant au cours du développement. Ce processus morphogénétique peut être décrit schématiquement par trois paramètres : le signal permettant d’orienter l’élongation, la force capable de générer le mouvement et le comportement cellulaire associé. Le follicule ovarien de drosophile, initialement rond s’allonge au cours de son développement résultant en un œuf 2.5 fois plus long que large. J’ai mis en évidence que les follicules traversent au moins trois phases d’élongation successives et je me suis focalisé sur la phase précoce dont les paramètres étaient inconnus. J’ai déterminé que le signal venait d’un groupe de cellules situées aux pôles par la sécrétion du ligand de la voie Jak-Stat puis de l’activation consécutive de cette voie selon un gradient depuis les pôles. La force est apportée par un gradient de pulsations apicales des cellules dépendantes de la voie Jak-Stat générant des forces de traction aux extrémités des follicules. L’élongation est stabilisée par des intercalations cellulaires orientées selon l’axe d’élongation et par un gradient de constriction apicale des cellules. Ces données permettent de proposer un mécanisme où un gradient d’activité d’un facteur de transcription induit une élongation épithéliale indépendamment d’une polarité planaire
Tissue elongation plays a key role during development. Schematically, this morphogenetic process can be described by three main parameters: the cue orienting the elongation, the movement generating force and the associated cellular behavior. The Drosophila ovarian follicle, initially spherical, elongates as it develops, ending as a 2.5 time longer than wide mature egg. I found that follicles elongate through at least three consecutive phases and I aimed to determine the parameters of the early phase. The signal comes from a cluster of cells located at each pole of the follicle secreting the Jak-Stat pathway ligand and the subsequent activation of the pathway as a gradient from the poles. A pulling force is generated by the Jak-Stat dependent apical pulsations of the cells following the same gradient. The elongation is stabilized by oriented cell intercalations along the elongation axis and a gradient of apical constriction. Our data allow proposing a mechanism where a gradient of transcription factor activity can lead to epithelial elongation without any planar polarity requirement
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Macchi, Marc. "Contribution à l' étude de la morphogénèse des mitochondries chez la drosophile." Electronic Thesis or Diss., Aix-Marseille, 2012. http://www.theses.fr/2012AIXM4051.

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Abstract:
Les mitochondries sont des organelles de quelques micromètres qui proviendraient de l'incorporation d'une alpha-protéobactérie dans le cytoplasme des cellules eucaryotes par endosymbiose. Dans les cellules eucaryotes, la mitochondrie joue un rôle central dans la production d'ATP, mais aussi dans la mort cellulaire programmée par apoptose ainsi que dans la biosynthèse de nombreuses molécules. Les mitochondries sont très polymorphes, leurs taille, forme et organisation varient considérablement selon le type cellulaire ou l'état physiologique ou pathologique de la cellule. Depuis une vingtaine d'année, l'étude des mécanismes qui contrôlent la morphogenèse, la dynamique de fission et de fusion mitochondriale et leurs rôles physiologiques est devenue un domaine majeur dans la recherche sur la mitochondrie. De plus, avec les progrès de la vidéo-microscopie, il est devenu possible de filmer des mitochondries dans le cytoplasme de cellules vivantes. Durant ma thèse, j'ai participé à la caractérisation de la fonction du gène Pantagruelian Mitochondria I (PMI), un nouveau déterminant de la morphologie des mitochondries que nous avons découvert chez la drosophile. PMI est une protéine de la membrane interne qui, en intervenant dans l'organisation de cette membrane, est indispensable à la formation de mitochondries de forme tubulaire. J'ai également contribué au développement d'outils et de méthodologies permettant la visualisation et l'étude de la dynamique mitochondriale dans des embryons de drosophiles vivants
Mitochondria are organelles which are a few micrometers long and are originated from the incorporation of an alpha-proteobacteria in the cytoplasm of eukaryotic cells through endosymbiosis. In eukaryotic cells, mitochondria play a central role in ATP production as well as in programmed cell death and in the biosynthesis of many molecules. Mitochondria are highly polymorphic in size and form. Their organization also varies considerably according to the cell type or physiological or pathological state of the cell. In the last two decades, the study of the mechanisms controlling morphogenesis, dynamic of mitochondrial fission and fusion and their physiological roles has become a major research field of mitochondria. In addition, the progress in video-microscopy enable to record mitochondrial dynamics in the cytoplasm of living cells. I participated in the research on the characterization of gene function called Pantagruelian Mitochondria I (PMI), a novel determinant of the mitochondrial morphology that we discovered in Drosophila. PMI, a protein of the inner membrane, is involved in its membrane organization and essential to form tubular mitochondria. I also contributed to the development of experimental tools and protocols to visualize and study the mitochondrial dynamics in living Drosophila embryos. Interestingly, a stereotyped process of mitochondrial remodeling during Drosophila embryogenesis has been found and it raised a question about its role in developmental processes through my work
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Laddada, Lilia. "Etude du développement des tendons et de leur interaction avec les précurseurs de muscles lors de la myogenèse appendiculaire chez la Drosophile." Thesis, Université Clermont Auvergne‎ (2017-2020), 2018. http://www.theses.fr/2018CLFAC011/document.

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Abstract:
La mise en place du système musculo-(exo)squelettique de la drosophile est un modèle d’organisation particulièrement propice à l’étude des interactions tissulaires au cours du développement.Notre étude vise à, d’une part, comprendre la myogenèse appendiculaire à travers l’étude des interactions précoces entre les précurseurs de tendon et les myoblastes, et d’autre part, étudier les mécanismes de différenciation des précurseurs de tendons associés au disque de patte. Dans ce contexte nous avons adapté la méthode GRASP (GFP Reconstitution Across Synaptic Partners) ainsi que l’imagerie en temps réel à notre modèle pour démontrer l’existence des interactions cellulaires entre les précurseurs de tendons et les myoblastes, nous avons aussi mis au point une approche cellule-spécifique afin de trier les précurseurs de tendons et les myoblastes associés au disque de patte, ce qui nous a permis d’obtenir dans un premier temps les données transcriptomiques des précurseurs de tendons. J’ai également étudié l’impact de l’altération des précurseurs de tendon sur le comportement des myoblastes associés et inversement. Nos résultats montrent que l’altération du développement des tendons entraîne une désorganisation spatiale des myoblastes environnants. Dans la seconde partie de mon projet, je me suis intéressée à l’implication de la voie Notch et des gènes de la famille odd-skipped dans la différenciation et la morphogenèse des précurseurs de tendon. J’ai ainsi démontré que Notch est nécessaire et localement suffisant pour induire l’expression de stripe et que les gènes odd-skipped et stripe coopèrent en aval cette voie pour permettre l’invagination et l’élongation sous forme de tube des longs tendons internes de la patte
The formation of the musculo-(exo)skeletal system in drosophila is a remarkable example of tissue patterning making it a suitable model for studying multiple tissue interactions during development.The aim of our study is to better understand appendicular myogenesis through the identification of early interactions between tendon and muscle precursors, and by investigating the mechanisms governing the specification of tendon cell precursors of the leg disc. In order to characterize the interaction between these two tissues, we adapted the GRASP method (GFP Reconstitution Across Synaptic Partners) and set up live imaging experiments to reveal cellular interactions between tendon precursors and myoblasts. We have also conducted a genome wide cell-specific analysis using Fluorescence-activated cell sorting (FACS) on imaginal discs which allowed us to perform a tendon cell specific transcriptional analysis.To test whether reciprocal muscle-tendon interactions are necessary for correct muscle-tendon development, I performed experiments to specifically interfere with the development of tendon or muscle precursors. By altering tendon precursors formation during the early steps of leg development, we affect the spatial localization of the associated myoblasts. These findings provide the first evidence of the developmental impact of early interactions between muscle and tendon precursors in the leg disc.In the second part of my project, I investigated the role of Notch pathway and odd-skipped genes in the differentiation and morphogenesis of tendon precursors. Thus, I have demonstrated that Notch signalling pathway is necessary and locally sufficient for the initiation of stripe expression, and that both odd-skipped genes and stripe are required downstream of Notch to promote morphological changes associated with formation of long tubular tendons
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Louradour, Isabelle. "Réponse au parasitisme par des guêpes chez la drosophile : rôle de la voie de signalisation Toll/NFkB." Thesis, Toulouse 3, 2015. http://www.theses.fr/2015TOU30256/document.

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Abstract:
Dans tous les organismes animaux la réponse immunitaire est divisée en deux composantes : la réponse humorale, qui consiste en la production d'un grand nombre de molécules toxiques pour le pathogène, et la réponse cellulaire, qui met en jeu des cellules immunitaires produites lors de l'hématopoïèse. Chez les mammifères adultes, l'hématopoïèse se déroule dans la moelle osseuse, où un microenvironnement particulier appelé " niche hématopoïétique " contrôle l'auto-renouvèlement, la prolifération et la différenciation des Cellules Souches Hématopoïétiques (CSH) à l'origine de l'ensemble des cellules sanguines/immunitaires. Suite à une infection par un pathogène, l'homéostasie du système hématopoïétique est modifiée, afin de permettre la mise en place d'une réponse immunitaire cellulaire adaptée. Le rôle de la niche hématopoïétique dans le contrôle de l'hématopoïèse suite à une infection reste à ce jour mal connu. La drosophile est utilisée comme système modèle pour étudier in vivo l'hématopoïèse et la réponse immunitaire. L'hématopoïèse a lieu chez la drosophile au stade larvaire dans un organe spécialisé appelé Glande Lymphatique (GL). Au sein de cet organe, un petit groupe de cellules, le Centre de Signalisation Postérieur (PSC), contrôle l'équilibre entre progéniteurs hématopoïétiques et cellules immunitaires différenciées, et a donc un rôle équivalent à celui de la niche hématopoïétique des mammifères. Suite à un stress immun, tel que le parasitisme par des guêpes, une différenciation massive de cellules immunitaires spécifiques, les lamellocytes, a lieu dans la GL; puis la dispersion de la GL permet la libération des lamellocytes dans la circulation lymphatique. Lors du parasitisme, la guêpe pond un œuf dans le corps de la larve de drosophile. En absence de réponse immunitaire cellulaire, l'œuf de guêpe se développe au dépend de son hôte, entraînant sa mort. En formant une capsule autour de l'œuf de guêpe, les lamellocytes neutralisent son développement et permettent la survie de l'hôte. Au cours de ma thèse, je me suis intéressée à la réponse immunitaire cellulaire de la larve de drosophile au parasitisme par des guêpes. Je me suis plus particulièrement intéressée au rôle de la " niche hématopoïétique " dans cette réponse. Pour cela, j'ai initié une approche transcriptomique ayant pour but d'identifier les gènes spécifiquement exprimés dans le PSC en réponse au parasitisme. En parallèle, j'ai caractérisé le rôle de la voie de signalisation Toll/NF?B dans la GL lors de la réponse au parasitisme. La voie Toll/NF?B joue un rôle essentiel dans la réponse immunitaire humorale et son rôle dans la réponse immunitaire cellulaire reste à définir. Mes travaux indiquent que la voie Toll/NF?B est activée dans le PSC suite au parasitisme. Son activation est médiée par le facteur de transcription NF?B "Dorsal-related Immunity Factor" (Dif), qui est requis dans le PSC pour permettre la différenciation rapide et massive de lamellocytes et la dispersion des cellules de la GL. De plus, j'ai établi un réseau génique, impliquant les deux voies de signalisation Toll/NF?B et EGFR ainsi que les espèces réactives de l'oxygène (ROS) dans le contrôle de la réponse au parasitisme. Une augmentation du niveau de ROS dans le PSC et l'activation de la voie EGFR dans les cellules immunitaires ont été décrits comme nécessaires à l'encapsulation des œufs de guêpe après parasitisme. Mes données établissent qu'ils sont en plus requis respectivement dans les cellules du PSC et dans les progéniteurs hématopoïétiques pour permettre la dispersion de la GL après parasitisme. Basé sur la forte conservation des voies de signalisation et processus moléculaires contrôlant l'hématopoïèse entre les mammifères et la drosophile, mes résultats posent la question de la conservation du réseau génique établi chez la drosophile et du rôle de la voie NF?B dans la niche hématopoïétique des mammifères lors d'une réponse à une infection
In all organisms, the immune response is divided into two parts: the humoral response, which consists of producing a large number of molecules to combat the pathogen, and the cellular response, which relies on immune cells produced during hematopoiesis. In adult mammals, hematopoiesis occurs in the bone marrow, where a particular microenvironment called the "hematopoietic niche" controls self-renewal, proliferation and differentiation of Hematopoietic Stem Cells (HSCs), which give rise to all blood cell types. Following a pathogenic infection, the hematopoietic system's homeostasis is modified in order to obtain an adapted cellular immune response. The role that the hematopoietic niche plays during an immune response remains unclear. Drosophila is used as a model system to study in vivo hematopoiesis and the immune response. In drosophila, hematopoiesis occurs at the larval stage in a specialized organ called the Lymph Gland (LG). Within this organ, a small group of cells termed the Posterior Signalling Center (PSC), controls the balance between hematopoietic progenitors and differentiated immune/blood cells, a role similar to the mammalian hematopoietic niche. Following an immune challenge, especially in response to wasp parasitism, a massive differentiation of specific immune cells called lamellocytes occurs in the LG. The LG subsequently disperses to release lamellocytes into the hemolymph. During parasitism, the wasp lays an egg in the drosophila larva. In the absence of a cellular immune response, the wasp egg will develop and kill its host. By forming a capsule around the wasp egg, lamellocytes impede the pathogen's development and permit the host's survival. During my PhD, I studied the drosophila larva cellular immune response to wasp parasitism. I focused my research on the role of the "hematopoietic niche". I therefore initiated a transcriptomic study, in order to identify genes expressed by the PSC in response to parasitism. In parallel, I characterized the role of the Toll/NF?B signalling pathway in the LG during parasitism. The Toll/NF?B pathway plays a key role in the humoral response both in drosophila and mammals; however its role in the cellular immune response remains unknown. My results indicate that the Toll/NF?B pathway is activated in the PSC following parasitism. Its activation is mediated by the NF?B transcription factor " Dorsal-related Immunity Factor " (Dif), which is required in the PSC for rapid lamellocyte production and LG dispersion. Furthermore, I established the existence of a genetic network comprising the Toll/NFkB and EGFR signalling pathways and Reactive Oxygen Species (ROS), in order to control the immune response to parasitism. An increase in ROS levels in the PSC and EGFR pathway activation in the immune cells, have been described as required for wasp egg encapsulation. My data suggest that the ROS and the EGFR pathway are also required for LG dispersion following wasp parasitism, in PSC cells and in hematopoietic progenitors, respectively. Based on the high conservation of signalling pathways and molecular processes controlling hematopoiesis, my results raise the question of whether such a network is conserved in the mammalian hematopoietic niche in response to pathogenic infections
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Lavagnini-Pizzo, Taís Carmona. "História evolutiva de Drosophila serido (\"cluster\" Drosophila buzzatii)." Universidade de São Paulo, 2015. http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/59/59139/tde-30032015-201941/.

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Abstract:
O cluster Drosophila buzzatii é formado por sete espécies endêmicas da América do Sul e que apresentam relação ecológica obrigatória com cactos. Dentre estas espécies, Drosophila serido possui ampla distribuição geográfica, na Caatinga e ao longo da costa Atlântica, e é considerada uma espécie politípica sendo dividida em dois grupos: populações do nordeste e do litoral. Com o objetivo de compreender os processos que moldaram a distribuição atual das populações de D. serido foram realizadas análises com sequências dos genes nucleares period e kl-5, ligados aos cromossomos sexuais X e Y, respectivamente, genes nucleares autossômicos GstD1 e E5, e gene mitocondrial COI. Dentre os resultados obtidos, a homogeneidade genética entre as populações do Nordeste e a divisão norte-sul entre as populações da costa Atlântica foram observadas em todos os marcadores. Três padrões quanto à estruturação populacional na costa Atlântica foram observados para os diferentes marcadores. A hipótese de que a Chapada Diamantina seja o centro de dispersão para a espécie foi confirmada pelo presente trabalho, no entanto, o TMRCA estimado para populações de Santa Catarina sugerem que estas sejam populações ancestrais de D. serido, sendo que o Nordeste teria sido colonizado a partir delas. Eventos de expansão de área e fragmentação alopátrica foram sugeridos como inferências filogeográficas para explicar o isolamento atual de populações de D. serido em Goiás e Minas Gerais. De acordo com as estimativas do TMRCA, é possível que os eventos causais dos processos históricos inferidos estejam relacionados à influencia das flutuações climáticas do Quaternário na distribuição geográfica da vegetação/cactos, afetando indiretamente as populações de moscas cactofílicas. É possível que eventos de seleção, associado aos fatores ecológicos quanto ao uso de cactos, também possam ter contribuído para o processo de diversificação populacional, uma vez que foi encontrada evidência de seleção positiva para os genes autossômicos.
Drosophila buzzatii cluster comprises seven species endemic of South America and that present a mandatory ecological association with cacti. Among these species, Drosophila serido has a wide geographical range, in Caatinga and along Atlantic coast, and is considered as a polytypic species, divided in two groups: northeast and coast populations. The purpose of this study was understand the process that shaped the current distribution of D. serido populations through genetic analysis using sequences of nuclear genes period and kl-5, X- and Y-linked, respectively, autosomal genes GstD1 e E5, and mitochondrial gene COI. The genetic homogeneity among Northeast populations and the north-south division among coast Atlantic populations were observed for all markers. Three patterns related to population structure in coast Atlantic were seen for the different markers. Hypothesis that Diamantina Plateau was the dispersion center for the species were confirmed at this study, although, TMRCA estimated for Santa Catarina populations suggested that these ones were ancestral, and that Northeast would be colonized from them. Expansion range and allopatric fragmentation were historical events suggested as phylogeographic inferences to explain the current isolation of D. serido populations in Goiás and Minas Gerais. According to TMRCA estimations, it is possible that causal events of historical process inferred were related to the influence of climatic fluctuations during Quaternary in the geographic distribution range of vegetation/cacti, indirectly affecting the populations of cactofilic flies. Furthermore, selection events, associated with ecological factors due to cacti use, as well as contributed to diversification process in populations, once it was found evidence of positive selection at autosomal genes.
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Massie, Katie. "Sexual Isolation Between Drosophila mojavensis and Drosophila arizonae." Thesis, The University of Arizona, 2006. http://hdl.handle.net/10150/193326.

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Abstract:
Sexual, or behavioral, isolation is a form of reproductive isolation that impedes gene flow between divergent taxa. In this study, sexual isolation was measured in a sister-species pair of North American cactophilic fruitflies. The results show that interspecific behavioral isolation is dependent upon the strain of origin of D. mojavensis, but is independent of the strain of origin of D. arizonae. Interspecific sexual isolation is greatest in crosses involving D. mojavensis from sympatry, which is consistent with reinforcement, and seems to be attributable to increased reluctance by D. mojavensis females and D. arizonae males to mate with heterospecifics. Contrary to previous studies, I found strong evidence for reproductive isolation between two strains of D. arizonae. The majority of the observed behavioral isolation seems to be the result of intraspecific, interpopulation encounters between females from Southeastern Mexico and males derived from the Northern population.
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Srivastava, Diwas. "Modulation of hippo pathway by alternative splicing." Thesis, Montpellier, 2019. http://www.theses.fr/2019MONTT015/document.

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Abstract:
La voie Hippo est une voie conservée impliquée dans la croissance des tissus et la suppression de tumeurs. Des études ont démontré son implication dans le développement des cancers chez l'homme. Cette cascade contrôle l'activité du co-activateur transcriptionnel Yorkie (Yki) chez la drosophile et de la protéine YAP (Yes Associated Protein) chez les mammifères. En raison de l'épissage alternatif de leur transcrits, les protéines Yki et YAP existent sous deux isoformes contenant un domaine WW (Yki1/YAP1) ou deux (Yki2/YAP2). Puisque les domaines WW sont essentiels pour l’interaction avec des partenaires spécifiques, l’inclusion alternative de ce domaine dans la protéine Yki/YAP peut remodeler leur réseau d’interaction et donc leur activité. La régulation et les conséquences fonctionnelles de l’épissage alternatif de yki / YAP in vivo sont inconnues.Dans le cadre de ce doctorat, nous avons constaté que la déplétion du facteur d’épissage B52 chez la drosophile réduit l’inclusion de l’exon alternatif dans l’ARNm de yki et favorise l’expression de l’isoforme Yki1 aux dépens de l’isoforme Yki2. La déplétion en B52 dans l'aile réduit la croissance et l'activité de Yki. Nous montrons que l'isoforme Yki1 est une version atténuée de la protéine Yki qui peut entrer en concurrence avec l'isoforme Yki2 dans le noyau. Pour déterminer le rôle de l’épissage alternatif de yki in vivo et l'importance de l'isoforme courte Yki1, nous avons abrogé cet épissage en utilisant la technologie CRISPR/Cas9 et avons créé des mouches capables d'exprimer uniquement l'isoforme Yki2. Ces mouches yki2only sont viables mais présentent un phénotype aléatoire d’ailes asymétriques. Cette augmentation de l'«asymétrie fluctuante», qui traduit une déviation par rapport au développement normal, suggère que l’épissage alternatif de yki est crucial pour la stabilité développementale. Ces résultats mettent en évidence un nouveau niveau de modulation de la voie Hippo via l’épissage alternatif de yki.L'inclusion alternative du deuxième domaine WW est une caractéristique conservée entre Yki et YAP. Cela conforte l'idée que les isoformes Yki1 et YAP1 ont une fonction importante in vivo et que l'épissage alternatif de yki/YAP est un mécanisme conservé de contrôle de la voie Hippo. Cette étude ouvre de nouvelles perspectives pour la modulation de la voie Hippo dans les cellules cancéreuses en modifiant l’épissage alternatif de YAP
The Hippo pathway is a conserved pathway involved in tissue growth and tumor suppression. Studies have demonstrated its significance in the development of human cancers. This cascade controls the activity of the transcription co-activator Yorkie (Yki) in flies and Yes-associated protein (YAP) in mammals. Due to Alternative Splicing (AS), both Yki and YAP proteins exist as two isoforms containing one (Yki1/YAP1) or two (Yki2/YAP2) WW domains. Since WW domains are essential for interaction with specific partners, the alternative inclusion of this domain in Yki/YAP protein may remodel their interaction network and therefore their activity. The regulation and functional consequences of AS of yki/YAP in vivo are unknown.In this Ph.D. project, we identified that depletion of splicing factor B52 in Drosophila lowers inclusion of the alternative exon in yki mRNAs and favors the expression of Yki1 isoform at the expense of the Yki2 isoform. B52 depletion in the wing reduces growth and Yki activity. We demonstrate that Yki1 isoform is an attenuated version of Yki protein that can compete with Yki2 isoform in the nucleus. To ascertain the role of yki AS in vivo and the importance of short isoform Yki1, we abrogated this splicing by using CRISPR/Cas9 technology and created flies that can express Yki2 isoform only. yki2only flies are viable but display a random phenotype of asymmetric wing size. This rise in “fluctuating asymmetry” that is the consequence of subtle deviation from normal development, suggests that AS of yki is crucial for the development robustness. Taking together, these results highlight a new layer of modulation of Hippo pathway via AS of yki.Alternative inclusion of the second WW domain is a conserved feature between Yki and YAP. This further supports the idea that Yki1 and YAP1 isoforms have an important function in vivo and that AS of yki/YAP is a conserved mechanism of control of the Hippo pathway. This study opens up new perspectives for modulation of the Hippo pathway in cancer cells by altering YAP AS
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Zhang, Li. "DRMT4 (Drosophila arginine methyltransferase 4) : functions in Drosophila oogenesis." Thesis, McGill University, 2004. http://digitool.Library.McGill.CA:80/R/?func=dbin-jump-full&object_id=80905.

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Abstract:
DRMT4 (Drosophila Arginine MethylTransferase 4) is an arginine methyltransferase in Drosophila (Boulanger et al. 2004). It shows the highest identities with mammalian PRMT4/CARM1 (Protein Arginine MethylTransferase 4) (59% identity, 75% similarity). HPLC analysis demonstrated that DRMT4 belongs to the type I class of methyltransferases (Boulanger et al. 2004), meaning that DRMT4 catalyzes asymmetrical dimethylarginine formation. A polyclonal antibody against DRMT4 was generated and used to study DRMT4 expression using western blots and immunostainings. In order to study DRMT4 function in Drosophila using genetic methods, we created three kinds of DRMT4 transgenes: a genomic DRMT4 under its own control, a genomic DRMT4-GFP fusion gene and a cDNA DRMT4 under UAS control. We investigated DRMT4 localization in wild type flies using the DRMT4-GFP transgenic line and immunostaining.
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Lautier, Nicole. "Relation entre le virus c de drosophile et son hôte drosophila melanogaster." Paris 6, 1993. http://www.theses.fr/1993PA066402.

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Dans l'étude des relations entre le virus c de drosophile et son hôte deux modes d'infestation sont analyses. Le premier correspond a un mode d'infestation par voie orale et le second par injection de virus c dans l'hémolymphe. Lors d'une contamination par voie orale pendant la vie larvaire, mode de contamination naturelle, les animaux qui survivent, porteurs du virus, sont toutefois apparemment sains. L'étude ultrastructurale ne permet pas de mettre en évidence la présence de virus et des modifications importantes des cellules. Un marquage spécifique des capsides virales nous a conduit aux mêmes constatations. Par contre chez les animaux qui présentent, après infestation, des signes pathologiques le virus a pu être mis en évidence dans différents tissus. Dans le cas d'une infection inapparente, le virus stimule certaines fonctions de la drosophile bien qu'il semble être sous une forme incomplète. Les protéines de la souche dans laquelle a été découvert le virus c montrent une réaction avec l'anticorps dirige contre le virus. Cette réaction n'existe pas chez l'autre souche de drosophile étudiée. Il pourrait s'agir d'une réaction croisée. Cependant l'hypothèse d'un virus c défectif doit être également envisagée
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Elrefaey, Marwa. "The identification of novel regulators of autophagy in the L3 Drosophila melanogaster fat body." Thesis, Aix-Marseille, 2020. http://www.theses.fr/2020AIXM0178.

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Abstract:
L'autophagie est un processus cellulaire évolutivement conservé au cours duquel une partie du cytoplasme et des organites sont acheminées vers les lysosomes pour y être dégradées et recyclées. L'autophagie a suscité un intérêt considérable au cours de la dernière décennie, en raison de son rôle pléiotropique et de son implication dans un large éventail de pathologies humaines. L'autophagie doit être finement régulée. Si le contrôle de l'autophagie dans le cytoplasme par des modifications post-traductionnelles a été largement étudié, son contrôle transcriptionnel reste largement non caractérisé. Le but de mon projet de doctorat était de caractériser davantage la fonction de ces protéines et d'identifier d'autres régulateurs transcriptionnels dans ce tissu. Mon travail a permis d’identifier les changements transcriptomiques associés à l’induction de l'autophagie lors du développement ou bien lors d’une absence de nutriment. En me concentrant sur les changements ayant un impact sur les gènes codant des facteurs de transcription, j'ai découvert que Slbo était un nouveau régulateur transcriptionnel de l'autophagie. Slbo agit comme un inducteur de l’autophagie et est exprimé selon un mode d'expression temporellement complémentaire à celui des protéines Hox, précédemment identifiées comme des répresseurs de l’autophagie. J’ai ainsi pu identifier de nouvelles cibles des protéines Hox qui permettent d’une part de mieux comprendre comment l'autophagie est contrôler par ces protéines et d’autre part de mettre en évidence que la fonction des Hox dans le corps adipeux ne se limite pas au contrôle de l'autophagie
Autophagy is an evolutionary conserved cellular process, in which parts of the cytoplasm and organelles are delivered to lysosomes for degradation and recycling. Autophagy has gained immense attention in the past decade, due to its pleiotropic role and implication in a large panel of human pathologies. Thus, autophagy needs to be finely regulated. While cytoplasmic control of autophagy through posttranslational modifications has been extensively studied, nuclear transcriptional regulation of autophagy remains largely uncharacterized. The aim of my PhD project was to further characterize the function of Hox proteins and identify additional transcriptional regulators of autophagy in the fat body. My work identified the transcriptomic changes associated with developmental and starvation induced autophagy. Focusing on changes impacting transcription factor encoding genes, I uncovered Slbo as novel transcriptional regulator of autophagy. Slbo was found to act as an autophagy inducer, and to be expressed in a temporally complementary expression pattern to Hox proteins, which were previously established as autophagy repressors. The obtained results collectively allow the conclusion that a tandem of transcriptional activator/repressor times developmental autophagy. Additionally, I investigated the processes that differ in developmentally-programmed and starvation-induced autophagy and further investigated Hox function in the larval fat body. Novel Hox targets were identified, providing further insights into Hox control of autophagy, in addition to highlighting that Hox functions in the fat body are not limited to autophagy control
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Potier, Delphine. "Approches in silico et in vivo pour l'étude de la régulation transcriptionnelle : application à la cardiogenèse chez D. melanogaster." Thesis, Aix-Marseille 2, 2011. http://www.theses.fr/2011AIX22055.

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Abstract:
Au cours de ma thèse, je me suis intéressée au développement du système cardio-vasculaire chez la drosophile afin de mieux comprendre la logique de régulation de ce processus. Au cours de l'embryogenèse, la cardiogenèse est réalisée grâce à un réseau de régulation génique (GRN) qui conduit à la formation d'un simple tube cardiaque linéaire. Ensuite, lors de la métamorphose, le tube cardiaque larvaire est remodelé pour former l'organe adulte.J'ai d'abord participé à l'évaluation et à l'amélioration d'une nouvelle méthode, cisTargetX, qui permet prédire des modules cis-régulateurs (CRM) présentant des caractéristiques communes à un groupe de gènes co-exprimés.En utilisant cette méthode, j'ai analysé le transcriptome du remodelage du cœur afin de prédire des motifs pouvant être liés par des TF impliqués dans le contrôle temporel de l'expression des gènes, ainsi que les CRM associés. Grâce aux validations in-vivo des CRM prédits, j'ai démontré qu'ils étaient capables de reproduire le patron d'expression temporel attendu. J'ai également démontré que la mutation du motif en question au sein de deux des CRM testés permet de supprimer son patron d'expression sauvage. Ce motif est reconnu par des facteurs de transcription (TF) de la famille des récepteurs nucléaires (NR). Dhr3, un NR fortement exprimé au début de l'induction des gènes analysés, est montré comme étant essentiel au patron d'expression temporel. Nos résultats suggèrent une architecture du GRN, dans lequel les régulations temporelle et spatiale sont distinctes.Par la suite, j'ai participé à la caractérisation du GRN impliqué dans la cardiogenèse. En combinant un transcriptome issu de la différenciation des cellules cardiaques avec des expériences ChIP-on-Chip sur le TF MEF2, j'ai prédit que certains TF appartenant aux familles bZIP et REL sont susceptibles de participer au GRN responsable de la différenciation cardiaque. La validation in-vivo de ces prédictions est en cours
During my thesis, I focused on the development of the cardiovascular system in Drosophila in order to investigate the regulatory logic of this process. During embryogenesis, cardiogenesis is mediated by a gene regulatory network which includes conserved signaling pathways and transcription factors, and leads to the formation of a linear cardiac tube. Then, during metamorphosis, the larval cardiac tube is remodeled to form the adult organ.I first participated in the evaluation and the improvement of a new method, cisTargetX, that uses a comprehensive library of motifs, combined with phylogenetic conservation, to identify potential cis-regulatory modules (CRM) presenting common features in a cluster of co-expressed genes.Using this method among other tools, I analysed cardiac remodeling during metamorphosis to predict motifs for transcription factors (TF) involved in the temporal control of gene expression, and also their associated CRM. I performed in-vivo validations of predicted CRM, and demonstrated that they reproduce the expected temporal expression pattern. In addition, I demonstrated that motifs mutation within selected CRM abrogate this expression pattern. This motif is predicted to be recognized by a TF that belong to the nuclear receptor (NR) family. Dhr3, a NR highly expressed at the onset of the induction of the analysed gene set, is demonstrated to be essential for CRM temporal pattern. Our results suggest a modular architecture of the regulatory machinery, in which the temporal and spatial regulations are distinct.Next, I participated in the characterization of the Gene Regulatory Network (GRN) involved in cardiac differentiation during embryogenesis. Combining transcriptome profiling of differentiating cardiac cells with Mef2 Chip-on-Chip experiments allowed me to predict that TF belonging to bZIP and REL family are likely to participate in the GRN driving cardiac differentiation. In-vivo validation of these predictions is in progress
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Aradhya, Rajaguru. "Characterization of quiescent state and reactivation of adult muscle precursor cells in Drosophila melanogaster." Thesis, Clermont-Ferrand 1, 2013. http://www.theses.fr/2013CLF1MM16.

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Use of stem cells in regenerative medicine has attracted great interest in the past decade. Muscle stem cells such as satellite cells were shown to regenerate skeletal muscle tissue after injury and to contribute to muscle growth. These properties have raised an enormous interest in using satellite cells for the therapy of skeletal muscle wasting disorders where the intrinsic stem cell population is unable to repair muscle tissue. However, better understanding of the mechanisms controlling satellite cell lineage progression and self-renewal is crucial to exploit the power of these cells in combating myopathic conditions. In the studies described here, the mechanisms regulating the in vivo behavior and maintenance of quiescence of Drosophila Adult Muscle Precursors (AMPs) that share several properties with the vertebrate satellite cells are analyzed. We show that undifferentiated embryonic AMPs display homing behavior and that their survival depends on the somatic muscles. We observe that AMPs establish direct contact with muscle fibers by sending thin filopodia and that this AMP-muscle interaction is crucial for AMPs spatial positioning. Larval muscles also play an important role in promoting the AMP cell proliferation. They achieve this by secreting Drosophila Insulin like peptide 6 (dIlp6) that activate the AMPs from their quiescent state and induce proliferation during the end of the second larval instar. We also demonstrate that Notch acts downstream of Insulin pathway and positively regulates proliferation of AMPs via dMyc. In the second part of the thesis manuscript we report that the affected formation ofadult muscles impacts on persisting abdominal larval templates. In this section role of the Notch signaling pathway in specification of the Adult founder cells is also demonstrated. Finally, we report generation of new tools for the cell type specific genome wide approaches that can be applied to identify global gene expression profiles in quiescent versus activated AMPs. Together these studies identified several new features of AMPs and enhance our understanding on the processes regulating stem cells homing, quiescence and reactivation
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Dib, Azza. "Pri a novel target of ecdysone for the temporal control of drosophila development." Thesis, Toulouse 3, 2016. http://www.theses.fr/2016TOU30144/document.

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Les avancées de la génomique montrent que les êtres vivants produisent de nombreux long ARNs noncodant, dont les fonctions restent globalement mal connues. Des données récentes indiquent que ces long ARNs apparemment noncodants peuvent cependant traduire des peptides à partir de petits cadres ouverts de lecture (smORFs). Si différentes approches établissent l'existence de ces smORF peptides, un enjeu important est d'élucider leur mode d'action et de déterminer s'ils peuvent participer à la régulation du développement. Notre équipe étudie le développement de l'épiderme chez la drosophile. Des travaux antérieurs ont bien établi le rôle clé d'un facteur de transcription, OvoL/Shavenbaby (Svb), qui gouverne la différenciation des cellules à trichomes de l'épiderme. Des études récentes de l'équipe ont permis d'identifier le répertoire des gènes cibles de Svb, qui codent différents effecteurs cellulaires collectivement responsables de la formation des trichomes. De manière inattendue, la différentiation des trichomes nécessite aussi la fonction d'un ARN atypique: polished rice / tarsal less / mille pattes (pri). Initialement découvert comme un long ARN noncodant, pri agit en réalité par la production de quatre smORF peptides (11-32aa). Une collaboration internationale a permis de démontrer que les peptides Pri induisent une maturation post-traductionnelle de la protéine Svb, la transformant d'un répresseur à un activateur de transcription. Ainsi, alors que l'expression de Svb définit le registre spatial des cellules à trichome, les peptides Pri sont requis pour mettre en route le programme transcriptionnel de leur différenciation. Si les travaux de l'équipe viennent d'identifier les mécanismes moléculaires de l'activation de Svb par les peptides Pri, la logique développementale de cette régulation complexe restait à explorer. Pour aborder cette question, mes travaux de thèse ce sont concentrés sur la recherche des mécanismes transcriptionnels contrôlant l'expression du gène pri. En effet, cette problématique apparaissait particulièrement importante car c'est finalement l'expression de pri qui va déclencher la formation des trichomes dans les cellules Svb positives. Dans une première étape, j'ai utilisé une série de chromosomes bactériens artificiels introduits chez la drosophile pour délimiter l'étendue du locus génétique indispensable à la fonction de pri. Bien que pri code un ARN sans intron d'environ 1,5 kilobases (kb), mes test génétiques ont montré que l'unité fonctionnelle du gène pri s'étend sur plus de 50kb ! J'ai construit une batterie de lignées transgéniques rapportrices, qui ont permis d'identifier un ensemble de régions cis-régulatrices distinctes, dirigeant l'expression de pri dans différents tissus et stades de développement
Recent advances in genomics have revealed that most species produce a broad variety of long non-coding RNAs, whose functions remain generally not well understood. A growing body of evidence yet indicates that apparently non-coding RNAs can often encode peptides from small Open-Reading Frames (smORFs). While additional data clearly support their translation in cells, an important issue is to elucidate the putative mode of action of smORF peptides and whether these peptides could contribute to the regulation of differentiation or development. Our team is studying the development of epidermal derivatives in flies. Previous work has identified a key transcription factor, OvoL/Shavenbaby (Svb) that governs the differentiation of epidermal trichomes, which are cuticle extensions contributing to different aspects of the insect life. Svb is both required and sufficient to determine trichome formation, and thus Svb expression defines which subsets of cells form trichomes. Recent studies showed that Svb directly activates the expression of a large number of genes encoding cellular effectors, collectively responsible for trichome differentiation. Unexpectedly, trichome formation also requires an atypical RNA, called polished rice/ tarsal less/ mille pattes (pri), which was initially considered as non-coding but that acts through the production of four smORF peptides (11-32aa). The absence of pri leads to embryos lacking any trichomes, as seen following the inactivation of Svb, thus suggesting a functional interaction between Pri & Svb. Indeed, a collaborative work has demonstrated that Pri peptides induce a post-translational maturation of the Svb protein, switching its activity from a transcriptional repressor to an activator. Therefore, whereas Svb expression defines the spatial pattern of epidermal cells forming trichomes, Pri peptides are required to turn ON the genetic program of trichome differentiation. While recent work in the team now unravels the molecular mechanisms by which Pri peptides achieve Svb maturation, the developmental rationale of such a complex process remained to be explored. To address this question, the aim of my PhD has been to investigate the transcriptional control of pri expression. This issue appeared important since this is ultimately the onset of pri expression that defines when the transcriptional program of trichome is executed, in Svb positive cells. In a first step, I used a series of bacterial artificial chromosomes to functionally delineate the extent of the pri genetic locus. Although pri is an intron-less RNA of approx. 1.5kb, rescuing assays showed that pri function relies on distant genomic regions, spanning more than 50 kb. Using a battery of in vivo reporter constructs, I then characterized pri genomic regions and found that they include a large array of cis-regulatory regions driving pri expression in different tissues, and at several stages of embryonic and post-embryonic development. In collaboration with other members of the team, our studies further demonstrate that pri expression is regulated by the ecdysone steroid hormone, a signaling pathway well known for providing a temporal control of developmental transitions. We collected a set of complementary pieces of evidence showing that the Ecdysone Receptor activates the expression of pri, directly binding to different enhancers that drive various spatiotemporal patterns of pri expression. All together, these data establish that a main role of pri is to mediate the systemic signal of steroid hormone to precisely time the execution of epidermal differentiation, at the successive stages of Drosophila development. This allows us to explain the developmental importance of Pri peptides in the temporal control of epidermis differentiation, and additional results suggest a broader implication of Pri in implementing ecdysone signaling for the timing of different programs of development
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Falzone, Charlie. "Molecular analysis of the cGMP-dependent kinase signaling pathway which mediates foraging behaviour in Drosophila melanogaster." Thesis, National Library of Canada = Bibliothèque nationale du Canada, 1998. http://www.collectionscanada.ca/obj/s4/f2/dsk2/ftp01/MQ27347.pdf.

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Ragheb, Ramy. "Etude de l'intéraction entre inflammation et infection chez la drosophile." Thesis, Aix-Marseille, 2016. http://www.theses.fr/2016AIXM4104.

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Abstract:
In mammals, both sterile wounding and infection induce inflammation and activate the innate immune system, and combining both challenges can lead to severe health defects, revealing that the balance between the intensity and resolution of the inflammatory response is central for the organism's fitness. The underlying mechanisms remain however elusive. Using Drosophila as a model, we show that a sterile wounding induces a reduced resistance to a bacterial challenge and is accompanied by an increased host mortality upon infection. We further investigate the underlying molecular mechanisms of flies susceptibility to bacterial infection by comparing the transcriptome landscape of SH flies (Simple Hit: infection only), DH flies (Double Hit: trauma + infection) and control flies (sterile trauma alone) during the early steps. We observed that genes with increased expression in DH flies compared to SH ones are significantly enriched for stress related annotations, including members of the JNK pathway and demonstrate that the JNK pathway plays a central role in the DH phenotype. In addition, the CrebA/Creb3-like transcription factor and its targets are up regulated in SH flies and we show that CrebA is required for mounting the innate immune response. We also investigated the potential role of the TNF receptor grnd in SH and DH flies. Our results reveal its function in innate immune response since flies with reduced grnd function display reduced viability upon infection. Drosophila thus appears as a relevant model to investigate the complex interactions between inflammation and infection and allows to unravel key pathways involved in the acquisition of a hyper-inflammatory state
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Macchi, Marc. "Contribution à l' étude de la morphogénèse des mitochondries chez la drosophile." Thesis, Aix-Marseille, 2012. http://www.theses.fr/2012AIXM4051/document.

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Abstract:
Les mitochondries sont des organelles de quelques micromètres qui proviendraient de l'incorporation d'une alpha-protéobactérie dans le cytoplasme des cellules eucaryotes par endosymbiose. Dans les cellules eucaryotes, la mitochondrie joue un rôle central dans la production d'ATP, mais aussi dans la mort cellulaire programmée par apoptose ainsi que dans la biosynthèse de nombreuses molécules. Les mitochondries sont très polymorphes, leurs taille, forme et organisation varient considérablement selon le type cellulaire ou l'état physiologique ou pathologique de la cellule. Depuis une vingtaine d'année, l'étude des mécanismes qui contrôlent la morphogenèse, la dynamique de fission et de fusion mitochondriale et leurs rôles physiologiques est devenue un domaine majeur dans la recherche sur la mitochondrie. De plus, avec les progrès de la vidéo-microscopie, il est devenu possible de filmer des mitochondries dans le cytoplasme de cellules vivantes. Durant ma thèse, j'ai participé à la caractérisation de la fonction du gène Pantagruelian Mitochondria I (PMI), un nouveau déterminant de la morphologie des mitochondries que nous avons découvert chez la drosophile. PMI est une protéine de la membrane interne qui, en intervenant dans l'organisation de cette membrane, est indispensable à la formation de mitochondries de forme tubulaire. J'ai également contribué au développement d'outils et de méthodologies permettant la visualisation et l'étude de la dynamique mitochondriale dans des embryons de drosophiles vivants
Mitochondria are organelles which are a few micrometers long and are originated from the incorporation of an alpha-proteobacteria in the cytoplasm of eukaryotic cells through endosymbiosis. In eukaryotic cells, mitochondria play a central role in ATP production as well as in programmed cell death and in the biosynthesis of many molecules. Mitochondria are highly polymorphic in size and form. Their organization also varies considerably according to the cell type or physiological or pathological state of the cell. In the last two decades, the study of the mechanisms controlling morphogenesis, dynamic of mitochondrial fission and fusion and their physiological roles has become a major research field of mitochondria. In addition, the progress in video-microscopy enable to record mitochondrial dynamics in the cytoplasm of living cells. I participated in the research on the characterization of gene function called Pantagruelian Mitochondria I (PMI), a novel determinant of the mitochondrial morphology that we discovered in Drosophila. PMI, a protein of the inner membrane, is involved in its membrane organization and essential to form tubular mitochondria. I also contributed to the development of experimental tools and protocols to visualize and study the mitochondrial dynamics in living Drosophila embryos. Interestingly, a stereotyped process of mitochondrial remodeling during Drosophila embryogenesis has been found and it raised a question about its role in developmental processes through my work
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Romero, Soriano Valèria. "Transposable element misregulation in Drosophila buzzatii–Drosophila koepferae interspecific hybrids." Doctoral thesis, Universitat Autònoma de Barcelona, 2016. http://hdl.handle.net/10803/393906.

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Abstract:
Els elements transposables (ETs) són unitats genètiques mòbils presents en pràcticament tots els organismes eucariotes seqüenciats. La seva capacitat de moure’s, juntament amb el seu caràcter repetitiu, els converteix en importants mutàgens amb l’habilitat de crear noves variants genètiques susceptibles a la selecció. Donat que el seu potencial mutagènic pot posar en perill la fitness de l’hoste, els organismes eucariotes han desenvolupat diferents estratègies de regulació per controlar la mobilització d’ETs. Cal destacar la importància d’aquestes estratègies en línia germinal, on les mutacions poden ser transmeses d’una generació a l’altra. En ovaris de Drosophila, el principal mecanisme de regulació d’ETs és la via dels piRNAs, que contribueix al seu silenciament transcripcional i post-transcripcional. La forta regulació a la que els ETs estan sotmesos es pot veure relaxada sota diferents condicions d’estrès, com és el cas de la hibridació interespecífica. Diversos estudis han descrit noves insercions d’ETs en híbrids interespecífics, tant d’animals com de plantes. En el cas que ens ocupa, els híbrids de Drosophila buzzatii i Drosophila koepferae, investigacions prèvies del nostre grup van detectar la mobilització d’almenys 28 ETs. No obstant, els mecanismes responsables d’aquesta activació són encara desconeguts, tot i que els estudis més recents del camp semblen apuntar a una desregulació a nivell d’expressió. També es desconeixen els efectes que la proliferació d’ETs pot tenir sobre el genoma dels híbrids. En aquest treball, comencem avaluant l’impacte de la hibridació sobre la mida del genoma dels híbrids de Drosophila buzzatii i Drosophila koepferae al llarg de quatre generacions d’encreuaments híbrids (un primer d’interespecífic seguit de quatre retroencreuaments). Demostrem l’existència d’una expansió genòmica sexe-específica, que afecta només les femelles del primer retroencreuament. Aquests resultats representen la primera evidència d’un augment de la mida del genoma en híbrids interespecífics d’espècies animals. La nostra hipòtesi és que una desregulació a nivell transcripcional té lloc a les femelles de la F1, donant lloc a noves insercions que es detecten a la següent generació. Per tal de testar aquesta hipòtesi, hem realitzat dos estudis d’expressió d’ETs, emprant dues aproximacions diferents. Primer, duem a terme una anàlisi en profunditat de l’expressió del retrotransposó Helena (un dels ETs que transposen en els nostres híbrids) en ambdós sexes i diferents teixits. Demostrem que l’expressió d’Helena en teixit somàtic no és alterada degut a la hibridació, mentre que en gònades s’observen efectes sexe-específics. En testicles de la F1, observem una repressió d’Helena, concordant amb l’absència de canvi en la mida del genoma dels mascles. En ovaris, sembla que Helena es desregula en mosques joves, però els nivells d’expressió baixen en mosques de major edat. Posteriorment, descrivim una anàlisi a nivell transcriptòmic, on s’avalua si els resultats d’Helena són extrapolables a l’expressió global dels ETs. Per esbrinar quins mecanismes estan involucrats en la desregulació d’ETs, analitzem també les poblacions de piRNAs d’espècies parentals i híbrids. Els nostres resultats demostren que els testicles de la F1 tendeixen a presentar nivells d’expressió més baixos que D. buzzatii, probablement degut a un augment dels nivells de piRNAs. En ovaris, l’efecte més comú és la sobreexpressió d’ETs, que podria ser explicada per incompatibilitats en la via dels piRNA entre les dues espècies parentals. De fet, les proteïnes d’aquesta via es troben entre les més divergents entre les dues espècies. D’altra banda, alguns casos de desregulació poden ser explicats per diferències entre els nivells de piRNAs entre els citoplasmes de D. buzzatii i D. koepferae, com en el cas de la disgènesi híbrida. Finalment, cal destacar que són necessàries altres explicacions per explicar el patró global de desregulació, com ara un funcionament anormal d’altres vies de regulació d’ETs o de la modificació d’histones.
Transposable elements (TEs) are mobile genetic units present in almost all the eukaryotic sequenced genomes. Their mobilizing capacity, together with their repetitive nature, makes them powerful endogenous mutators able to create novel genetic variants, which will be then subject to selection. However, their mutagenic potential can also endanger their host’s fitness, which has led to the development of several regulatory strategies against TE mobilization in eukaryotic organisms. These are especially important in the germline, where mutations can be transmitted to the offspring. In Drosophila ovaries, TEs are mainly regulated by a small RNA-mediated silencing mechanism, the piRNA (Piwi-interacting RNA) pathway, which affects transcriptional and post-transcriptional TE silencing. This strong regulation can be relaxed under several stress conditions, including interspecific hybridization, a genomic stressor that promotes TE mobilization. Several cases of transposition events have been described in hybrids of different species, including both animals and plants. In the case that concerns us, D. buzzatii–D. koepferae hybrids, a previous survey in our group detected mobilization of at least 28 TEs. However, the molecular mechanisms underlying this TE release remain elusive, although recent studies on hybrid TE expression seem to point to a transcriptional deregulation. Furthermore, little is known about the effects this phenomenon can have in the genome of the hybrid progeny. In this work, we first assess the impact that hybridization-induced TE proliferation has on the genome size of D.buzzatii–D. koepferae hybrids, throughout four generations of hybridization (an interspecific cross followed by three backcrosses). We demonstrate the existence of a sex-specific genome expansion, that affects only females at the first backcross. These results provide the first evidence of genome size increase in interspecific hybrids of animal species. We hypothesize that a TE deregulation at a transcriptional level occurs in F1 females, leading to new TE insertions that result in a genome size increase in the following generation. In order to test this hypothesis, we address two TE expression studies in the same hybrids, using two different approaches. First, we perform an in-depth analysis of the expression of one of the mobilized transposons, Helena, in both sexes and different tissues. We show that Helena expression in somatic tissues is not altered after hybridization, whereas in gonads sex-biased effects are observed. Indeed, Helena is repressed in F1 testes, in concordance with the unaltered genome size in males. In ovaries, an early Helena overexpression seems to occur in young flies, being then controlled in older ones. We subsequently performed a global analysis using a transcriptomic approach, in order to evaluate if the results for Helena could be extended to other TEs. To disentangle the molecular mechanisms involved in TE deregulatiom, we analysed the piRNA populations of parental species and hybrids. We show that F1 testes indeed tend to present a TE expression lower than D. buzzatii, which is coupled with a global increase of piRNA amounts. In ovaries, TE overexpression is the more common effect, and seems to be mainly due to differences in piRNA production strategies between parental species. Actually, the piRNA pathway proteins are divergent between parental species and could be at the origin of the hybrid instability. Moreover, differences in piRNA amounts between D. buzzatii and D. koepferae cytoplasms could also account for some cases of deregulation, as occurs in hybrid dysgenesis syndrome. Finally, other explanations are needed to account for the whole pattern of deregulation, such as the failure of histone modification’s deposition or of other TE silencing pathways.
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Belliart-Guerin, Ghislain. "Etude du rappel des Mémoires à Long Terme chez Drosophila melanogaster." Thesis, Paris 6, 2015. http://www.theses.fr/2015PA066199/document.

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Abstract:
Le cerveau de la drosophile est le siège de processus neuronaux complexes, et la drosophile se révèle être un organisme de choix pour leur étude grâce en particulier aux puissants outils de génétique moléculaire. Une drosophile peut former une mémoire olfactive associative aversive ou appétitive, selon qu’une odeur est associée à une punition ou à une récompense. En aversif, si le conditionnement est répété au moins cinq fois avec intervalles de repos, la mémoire se consolide en impliquant une synthèse protéique de novo et peut alors durer plus d’une semaine : on parle de mémoire à Long Terme (MLT). Dans le cadre du paradigme appétitif, il existe également une MLT dépendant de la synthèse protéique de novo, mais sa formation est engagée dès le premier cycle d’apprentissage. Les Corps Pédonculés sont le centre cérébral où est encodée la mémoire olfactive et comprennent 4000 neurones, les Cellules de Kenyon (KC). Ils sont contactés par environ 150 neurones de projection cholinergiques leur apportant l’information olfactive, mais également par environ 130 neurones dopaminergiques afférents et seulement 34 neurones efférents. Beaucoup des neurones impliqués dans la formation et le stockage des mémoires olfactives ont été identifiés au cours des 15 dernières années. Le premier objectif de mes travaux de thèse a été d’identifier précisément quels neurones encodent la MLT au sein des Corps Pédonculés et quels neurones convoient l’information mnésique hors des Corps Pédonculés. Pour ce faire, nous avons mis à profit des outils thermogénétiques permettant de bloquer la transmission synaptique de neurones choisis, et ce à un moment donné des processus mnésiques. Après avoir induit la formation de MLT aversive ou appétitive, il nous est possible d’inhiber les KC ou les neurones efférents aux Corps Pédonculés lors de la remobilisation, 24 heures après le conditionnement, des informations enregistrées. Ensuite, pour comprendre la physiologie des neurones identifiés, c’est à dire comment leur activité leur permet d’assurer leur fonction dans la mémoire, nous révélons leur activité grâce à une sonde calcique fluorescente exprimée génétiquement et nous enregistrons cette activité in vivo par microscopie confocale. Pour mimer les conditions de rappel de la MLT, nous représentons l'odeur ayant servi au conditionnement à des drosophiles ayant formé une MLT
Drosophila brain is subject to complex neuronal processes, and their study is very convenient in drosophila due to powerful genetic tools. Drosophila can form aversive or appetitive olfactory associative memory, if an odor is associated to a punishment or a reward. When an aversive conditioning is repeated more than five times with rest intervals, the memory is strengthened, implying de novo protein synthesis and lasting over one week, in what we call Long Term Memory (LTM). With appetitive paradigm, a protein synthesis dependent LTM can also be formed, but from only one conditioning cycle.Mushroom Bodies (MB) are the brain memory center where olfactory memory is encoded, and they comprise 4000 neurons, the Kenyon Cells (KC). They are targeted by around 150 cholinergic projection neurons, bringing olfactory information, but also by 130 afferent dopaminergic neurons and only 34 efferent neurons. Over the past 15 years, one have identified many neurons involved in olfactory memory formation and storage. The first goal of my PhD work was to precisely identify which neurons encode LTM within MB and which neurons carry mnesic information out of MB. To this purpose, we used thermogenetic tools to block synaptic transmission, in precise neuronal populations and at precise time windows. After the induction of aversive or appetitive LTM formation, we can inhibit KC or MB output neurons during the retrieval of recorded informations, 24H later. Then, aiming at understanding the physiology of the unravelled neurons, i.e. how their activity support their role in memory, we record their calcic activity with a genetically encoded fluorescent probe, in vivo, with a confocal microscopy device. To mimick LTM retrieval conditions, we present the conditioned odor to LTM trained flies
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Silva, de Castro Sandra. "Contrôle génétique de l'établissement et de la plasticité de la pigmentation abdominale chez Drosophila melanogaster." Electronic Thesis or Diss., Sorbonne université, 2018. http://www.theses.fr/2018SORUS320.

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Abstract:
La plasticité phénotypique est la capacité d’un génotype donné à produire différents phénotypes en réponse à différents environnements tels que la température, la nutrition ou encore la présence de prédateurs. Ce phénomène permet aux individus de s’adapter à des environnements fluctuants. Il peut également faciliter l’évolution en élargissant la gamme de phénotypes produits par un génotype. Comme modèle de plasticité phénotypique, nous étudions la pigmentation abdominale chez les femelles Drosophila melanogaster. En effet, ce caractère est sensible à la température : les femelles drosophiles sont plus pigmentées lorsqu’elles se développent à basse température, particulièrement dans les segments abdominaux postérieurs. Les études précédentes du laboratoire ont montré que le gène tan (t), codant une enzyme de pigmentation, est beaucoup plus fortement exprimé à 18°C qu'à 29°C. Par ailleurs, ce gène joue un rôle essentiel dans la plasticité phénotypique de la pigmentation abdominale des femelles Drosophila melanogaster. Au cours de ma thèse, je me suis intéressée à la caractérisation du réseau de gènes impliqué dans la régulation de l’expression de t dans l’épiderme abdominal des femelles Drosophila melanogaster. J'ai également cherché à identifier, dans ce réseau, les acteurs pouvant médier l'effet de la température sur l'expression de t. A l'aide d'une approche gène candidat, j'ai montré que les facteurs de transcription Bric-à-Brac (Bab) et Abdominal-B (Abd-B) intervenaient dans la plasticité phénotypique de la pigmentation abdominale en régulant notamment t. De plus, j'ai réalisé un crible génétique ciblant 573 gènes codant des facteurs de transcription et des régulateurs de la chromatine afin d'identifier de nouveaux régulateurs de t. A l'issue de ce crible, j'ai obtenu une liste de 27 gènes impliqués dans cette régulation. J'ai ensuite commencé la caractérisation fonctionnelle de deux de ces candidats : forkhead box subgroup O (foxo) codant un facteur de transcription impliqué dans la voie de réponse à l'insuline et little imaginal discs (lid) codant une histone déméthylase
Phenotypic plasticity is the ability of a given genotype to produce different phenotypes in response to different environmental factors such as temperature, nutrition or presence of predators. This phenomenon allows the adaptation of individuals to their fluctuating environments. It can also facilitate evolution, as it broadens the range of phenotypes produced by a given genotype. As a model of phenotypic plasticity, we study the abdominal pigmentation in Drosophila melanogaster females. Indeed, this trait is temperature-sensitive: drosophila females are darker when they develop at lower temperatures particularly in the posterior segments. In the laboratory, it has been previously shown, that tan (t), a gene encoding a pigmentation enzyme, is more expressed at 18°C than at 29°C. Moreover, this gene plays an essential role in the phenotypic plasticity of abdominal pigmentation in Drosophila melanogaster females. During my thesis, I aimed to characterize the gene regulatory network involved in t regulation in the abdominal epidermis of Drosophila melanogaster females. I also tried to identify, in this network, the actors mediating the effect of temperature on t expression. Using a candidate gene approach, I showed that the transcription factors Bric-à-brac (Bab) and Abdominal-B (Abd-B) are involved in the phenotypic plasticity of abdominal pigmentation by regulating t. Furthermore, I performed a genetic screen targeting 573 genes encoding transcription factors and chromatin regulators to identify new regulators of t. At the end of this screen, I obtained a list of 27 genes involved in this regulation. I then started the functional characterization of two of these candidates: forkhead box subgroup O (foxo) encoding a transcription factor involved in the insulin response pathway and little imaginal discs (lid) encoding a histone demethylase
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Kern, Andrew David. "Drosophila population genomics /." For electronic version search Digital dissertations database. Restricted to UC campuses. Access is free to UC campus dissertations, 2005. http://uclibs.org/PID/11984.

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Indelicato, Claire-Emmanuelle. "Caractérisation des mécanismes impliqués dans la promotion de croissance de la Drosophile par Lactobacillus plantarum." Thesis, Lyon, 2017. http://www.theses.fr/2017LYSEN094/document.

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Abstract:
Le microbiote intestinal affecte la plupart des processus physiologiques de l’hôte, et plus particulièrement la digestion et le métabolisme. Cependant, les mécanismes moléculaires en jeu restent encore peu connus. Pour répondre à cette question, nous utilisons un modèle gnotobiotique simple : la larve de Drosophile monoassociée à un de ces symbiont naturel : Lactobacillus plantarum. Notre groupe a montré que L. plantarum promeut la croissance larvaire d’individus soumis à une carence en protéines. En effet, les larves monoassociées à L. plantarum se développent bien plus rapidement que des individus axéniques. Ainsi, L. plantarum tempère l’effet délétère de la carence nutritionnelle. Cette amélioration de la croissance repose en partie sur la hausse du niveau d’expression des protéases digestives de l’hôte ainsi que sur la modulation de la voie de signalisation TOR (Target Of Rapamycin) de la Drosophile par les bactéries symbiotiques. Notre travail s’est focalisé sur la recherche d’autres mécanismes génétiques impliqués dans l’interaction entre la Drosophile et L. plantarum au cours de la croissance larvaire. Nos résultats montrent que les variations génomiques naturelles de la Drosophile affectent l’intensité du bénéfice de croissance conféré par L. plantarum. En outre, les bases de notre étude ont permis de mettre en évidence que le microbiote intestinal a la capacité d'agir comme "tampon génétique" en compensant les défauts de croissance causés par le fond génétique des mouches. De plus, L. plantarum permet de diminuer la variation phénotypique de plusieurs caractères de la mouche tels que la croissance, la taille de certains organes et la durée du cycle larvaire. Nous avons également identifié le gène dawdle, codant un ligand de la voie TGF-β, comme acteur de l’interaction Drosophile-L. plantarum. De plus nous avons montré que Dawdle régule les protéases digestives de la Drosophile dans un contexte nutritionnel de carence en protéine, et cette régulation peut-être activatrice ou bien inhibitrice selon l’environnement microbien
Intestinal microbiota can modulate virtually all aspects of their host physiology, and particularly, digestion and metabolism. However, the molecular mechanisms at play remain largely unknown. To tackle this question, we use a simple gnotobiotic model: Drosophila larvae monoassociated with one of its major natural symbiont, Lactobacillus plantarum. Previous work from our group showed that L. plantarum promotes the juvenile growth of larvae facing a protein scarcity, thereby dampening the deleterious effect of the nutrient deficiency on larval growth. This growth enhancement partially relies on the upregulation of intestinal proteases, as well as on the modulation of the host TOR (Target Of Rapamycin) pathway by the symbionts. My thesis work aimed at unraveling other host genetic mechanisms involved in the interaction between Drosophila and L. plantarum during growth. Our work showed that host natural genomic variations affect the fly physiologic response to L. plantarum. Furthermore, the bases of our work enabled to unveil a novel role of intestinal bacteria, revealing their ability to act as a genetic buffer to compensate the growth impairments due to the fly genetic background. In addition, L. plantarum decreases the phenotypic variations in various host fitness traits (growth, organ size, timing to pupariation) and it also confers robustness to organ patterning. Finally, we showed that the TGF-β ligand, Dawdle plays an important regulatory role on digestive enzymes in a protein-deficient nutritional context, and that this regulation can be inhibitory or activating depending on the microbial environment
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Yung, Yuk Kwong. "Histone H3 Serine 28 is essential for efficient Polycomb-mediated gene repression in Drosophila." Thesis, Montpellier, 2015. http://www.theses.fr/2015MONTT001/document.

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Abstract:
Dans le noyau de nos cellules l’ADN est enroulé autour de petites protéines que l’on appelle les histones et forme ainsi ce que l’on nomme la chromatine. L’activation des gènes permet la production de protéines qui sont nécessaires au bon fonctionnement des différentes cellules de notre organisme. Notre corps est composé de différentes cellules dont l’identité est définie par un patron de gènes actifs et inactifs bien spécifique. Au cours de la mitose (division des cellules) il est crucial que les cellules conservent leur identité, faute de quoi des structures non adaptées peuvent apparaître et dans certains cas conduire à l’apparition de cancers. Les protéines du groupe Polycomb (PcG) constituent un important système de mémoire cellulaire qui permet de maintenir un gène inactif au cours du développement d’un organisme. Ces protéines sont ciblées sur des gènes spécifiques où elles modifient la nature chimique des histones, rendant la chromatine compacte, difficile d’accès et donc empêchant l’activation de ces gènes. Lors de la mitose, la chromatine va se compacter drastiquement pour faciliter la ségrégation des chromosomes. Les mécanismes par lesquels les protéines du PcG s’adaptent à cette restructuration massive du génome ne sont pas connus. Mon projet est d’étudier le comportement des protéines du PcG au niveau de la chromatine à travers la mitose et ainsi de comprendre comment est préservée l’identité des cellules. Historiquement, les protéines du PcG ont été découvertes chez la drosophile et leurs mutations entrainent des anomalies au niveau du plan corporel. Ces protéines existent également chez l’homme et jouent un rôle essentiel dans le contrôle du développement. Ainsi mes travaux effectués chez la drosophile pourront être repris pour l’étude de ces protéines chez l’homme. Par l’utilisation de techniques de microscopie à fluorescence, il est possible de détecter la fixation des protéines du PcG au niveau de la chromatine au cours de la mitose. Il a été observé que durant la mitose l’une des protéines du PcG est dissociée de la chromatine alors que deux autres protéines de ce groupe sont quant à elles maintenues. L’ancrage des protéines du PcG à la chromatine se fait par le dépôt d’une modification chimique spécifique sur une histone, la triméthylation de la lysine 27 de l’histone 3 (H3K27me3). Pendant la mitose le résidu adjacent, la serine 28, va être phosphorylé (H3S28ph), et cette seconde modification perturbe la fixation des protéines du PcG. Pour mieux comprendre comment ces deux modifications (H3K27me3 et H3S28ph) définissent la fixation des protéines du PcG le long du chromosome lors de la mitose, j’analyserai la distribution de ces protéines le long du génome dans des cellules en mitose. D’autre part, j’étudierai les défauts développementaux provoques par l’absence de ces deux modifications chimiques à partir de drosophiles mutantes. La dérégulation des protéines du PcG entraine des défauts développementaux et est à l’origine de nombreux cancers chez l’homme. Des avancées dans le domaine pharmacologique ont permis d’élaborer des inhibiteurs de certaines des protéines du PcG qui pourraient constituer de nouvelles thérapies anti-cancer. Il est donc important de comprendre parfaitement les mécanismes d’actions de ces protéines, tout particulièrement au cours de processus biologiques cruciaux tel que la mitose
Polycomb group (PcG) proteins maintain repression on key developmental genes to preserve cell fates. It is unknown on how PcG-mediated repressive chromatin is inherited across cell cycles. This project aims to study the chromatin-binding profile of PcG proteins and their cognate histone mark (H3K27me3) in mitosis. We observed that Polycomb (Pc) were dissociated from chromosomes during mitosis and reassociation begins from late anaphase onwards. In contrary, Ph, PSC and high level of H3K27me3 were detected on mitotic chromosomes. Importantly, drug-inhibition of Aurora B and hence depletion of H3S28ph retained Pc on mitotic chromosomes. To further understand how mitotic H3S28ph affects PcG proteins binding profile, a FACS-sorting protocol was optimized to isolate mitotic cells for ChIP-seq analyses. In parallel, Drosophila model of histone mutants (H3K27R and H3S28A) were established to assess the importance of these modifications on PcG-mediated epigenetics inheritance across mitoses
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Travaillard, Solène. "Evolution of sweet taste perception in Drosophila suzukii egg-laying behavior." Thesis, Aix-Marseille, 2020. http://theses.univ-amu.fr.lama.univ-amu.fr/200319_TRAVAILLARD_595zznphj441ia478s759qzxd_TH.pdf.

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Abstract:
Les animaux utilisent les signaux de leur environnement pour guider leurs comportements. De nombreux comportements cruciaux, tel que le choix du site de ponte chez les insectes, sont le résultats d’adaptation à divers signaux. Un même signal sensoriel peut être perçu et interprété différemment par deux espèces, mais les mechanismes responsables de l’evolution du comportement sont encore mal-connus. Dans la nature, la majorité des Drosophiles préfèrent pondre dans les fruits en décomposition. A l’inverse, D. suzukii préfère pondre dans les fruits mûrs. Ce comportement spécifique a fait de D. suzukii un ravageur de culture important. Le changement de préférence de ponte de D. suzukii du fruit pourri vers le fruit mûr est une opportunité pour étudier les mechanismes de l’evolution du comportement. Mon projet de thèse vise à identifier les signaux gustatifs et les composants du système sensoriel périphérique (récepteurs, neurones) impliqués dans le comportement de ponte de D. suzukii. Dans les fruits mûrs, les sucres sont présents en abondance, et pourraient être un signal chimique important pour guider la préférence de ponte de D. suzukii.Pour répondre à cette hypothèse, j’ai utilisé une approche comparative entre D. suzukii et D. melanogaster incluant (1) des test comportementaux de ponte variés et (2) l’établissement du profile transcriptomique des organes gustatifs.Ensemble, mes résultats suggèrent que la préférence de ponte de D. suzukii pour les fruits mûrs pourrait être guidée par sa forte préférence pour le fructose et le glucose. Des changements importants dans le pool des GRs pourraient être à l’origine de cette plus forte réponse aux sucres des fruits
Animal’s behavior is the direct result of its perception of the outside world. Numerous crucial behaviors, like the egg-laying site choice in insects, are the product of adaptations to specific sensory cues. Two species can detect and respond differently to the same sensory cue, but not much is known about the mechanisms underlying the evolution of behavior.The majority of Drosophila prefers to lay eggs on rotten fruits in nature. On the contrary, D. suzukii prefers to lay eggs on ripe fruits. Because of this specific behavior, D. suzukii became a major crop pest during the last decade. D. suzukii’s host shift from rotten to ripe fruits is a unique opportunity to study the mechanims of behavior evolution. My thesis project seeks to identify the gustatory cues and components of sensory system (receptors, neurons) involved in the egg-laying preference of D. suzukii for ripe fruits.In the ripe fruits, sugars (fructose, glucose, sucrose) are present in abundance, and could be an important chemical cue that guide D. suzukii egg-laying choice.To test this hypothesis, I used a comparative approach between D. suzukii and D. melanogaster which includes (1) various egg-laying behavior assays, and (2) the transcriptomic profiling of taste organs by mRNA sequencing.Together, my results suggest that D. suzukii oviposition preference for ripe fruits could be the result of its strong preference for fructose and glucose. Important changes in the GRs’ pool could be at the origin of this response to fruit sugars, by enhancing the detection of fructose and glucose notably
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Pearson, Bret James. "Regulation of temporal identity in Drosophila neuroblast lineages /." view abstract or download file of text, 2005. http://wwwlib.umi.com/cr/uoregon/fullcit?p3164084.

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Abstract:
Thesis (Ph. D.)--University of Oregon, 2005.
Typescript. Includes vita and abstract. Includes bibliographical references (leaves 152-164). Also available for download via the World Wide Web; free to University of Oregon users.
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Sabl, Joy F. "Effects of repetitiveness, pairing and linkage on position-effect variegation in Drosophila /." Thesis, Connect to this title online; UW restricted, 1996. http://hdl.handle.net/1773/5204.

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WAGER, JORJ ANNE. "BACTERIA ASSOCIATED WITH THE CACTOPHILIC SPECIES DROSOPHILA ARIZONAE AND DROSOPHILA ALDRICHI." Thesis, The University of Arizona, 2008. http://hdl.handle.net/10150/192247.

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González, Morales Nicanor. "L'intestin adulte comme modèle d'étude de l'asymétrie droite-gauche chez la Drosophile : couplage entre la myosine ID et la polarité planaire dans l'asymétrie droite-gauche chez la Drosophile." Electronic Thesis or Diss., Nice, 2014. http://www.theses.fr/2014NICE4071.

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Abstract:
L’asymétrie Droite-Gauche (DG) est responsable de l’empaquetage et l’enroulement stéréotypé des organes internes au cours du développement. Chez la Drosophile, l’intestin postérieur adulte (AHG) se développe asymétriquement selon l’axe DG en formant une boucle dextrale. Comme pour tous les organes asymétriques DG de la Drosophile, la mise en place de l’axe DG nécessite l’expression de la myosine non conventionnelle de type I : MyoID. Cette myosine se lie à la DE-Cadherine au niveau des jonctions adhérentes (AJ) pour mettre en place l’axe DG, mais le mécanisme moléculaire qui transforme la chiralité de MyoID en une morphogenèse asymétrique DG est totalement inconnu. Le AHG est un long tube situé au milieu de l’abdomen, qui présente une boucle dextrale dans sa partie proximale. Il se développe à partir d’un groupe de progéniteurs formés de deux populations de cellules : H1 et H2. Dans cette étude, nous avons mis en évidence que MyoID contrôle la formation de la boucle dextrale du AHG grâce à son interaction avec la cadhérine atypique Dachsous dans les cellules H1. De plus, nous avons pu mettre en évidence que la signalisation Dachsous-Fat est activée à travers les cellules H2 entrainant leur polarisation du coté droit, et ainsi formant l’enroulement du AHG. Les cellules H1 sont transitoires, elles disparaissent lors des premières heures de la métamorphose. Cependant, l’information dextrale générée dans les cellules H1 perdure dans les cellules H2 grâce à l’action coordonnée des composants de la polarité planaire. Nous montrons que la polarité planaire contrôle l’établissement de l’asymétrie DG en aval de MyoID, en transmettant l’information DG dans le AHG
Stereotyped left right (LR) asymmetry ensures proper looping of internal organs. In Drosophila, the adult hindgut (AHG) has a clear stereotypical dextral loop and, like all LR asymmetric organs, require MyoID for correct orientation. MyoID is an unconventional myosin type I that binds to DE-Cadherin, this association is required for proper LR establishment; however the mechanism that translates MyoID chirality into proper morphogenesis remains unknown. The AHG is a long tube coiled dextrally and located in the middle of the abdominal region. It develops from a cluster of progenitors containing two different populations of cells, H1 and H2. Here, we show that MyoID controls the AHG dextral loop by binding to the atypical cadherin Dachsous in H1 cells. Further, Ds-Fat signaling propagates towards the H2 cells which in turn become polarized towards the right and consequently loop. H1 is a transient population of cells that wear off in the first hours of metamorphosis; nevertheless the dextral information generated in H1 is maintained in H2 cells due to the cooperative action of PCP components. We demonstrate that the molecular basis of the LR establishment downstream of MyoID action lies in the PCP system, which has a double role transmitting and maintaining a dextral signal in the AHG. Thus, we provide for the first time a link in L/R morphogenesis between Drosophila and vertebrates in which PCP mutants result in L/R defects. Furthermore, in our attempts to better understand the evolution of L/R morphogenesis we found the recently co-Appearance of a myoID cis-Regulatory element and the AHG dextral loop, during Drosophila evolution, suggesting that changes in myoID express
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Silva, de Castro Sandra. "Contrôle génétique de l'établissement et de la plasticité de la pigmentation abdominale chez Drosophila melanogaster." Thesis, Sorbonne université, 2018. http://www.theses.fr/2018SORUS320/document.

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Abstract:
La plasticité phénotypique est la capacité d’un génotype donné à produire différents phénotypes en réponse à différents environnements tels que la température, la nutrition ou encore la présence de prédateurs. Ce phénomène permet aux individus de s’adapter à des environnements fluctuants. Il peut également faciliter l’évolution en élargissant la gamme de phénotypes produits par un génotype. Comme modèle de plasticité phénotypique, nous étudions la pigmentation abdominale chez les femelles Drosophila melanogaster. En effet, ce caractère est sensible à la température : les femelles drosophiles sont plus pigmentées lorsqu’elles se développent à basse température, particulièrement dans les segments abdominaux postérieurs. Les études précédentes du laboratoire ont montré que le gène tan (t), codant une enzyme de pigmentation, est beaucoup plus fortement exprimé à 18°C qu'à 29°C. Par ailleurs, ce gène joue un rôle essentiel dans la plasticité phénotypique de la pigmentation abdominale des femelles Drosophila melanogaster. Au cours de ma thèse, je me suis intéressée à la caractérisation du réseau de gènes impliqué dans la régulation de l’expression de t dans l’épiderme abdominal des femelles Drosophila melanogaster. J'ai également cherché à identifier, dans ce réseau, les acteurs pouvant médier l'effet de la température sur l'expression de t. A l'aide d'une approche gène candidat, j'ai montré que les facteurs de transcription Bric-à-Brac (Bab) et Abdominal-B (Abd-B) intervenaient dans la plasticité phénotypique de la pigmentation abdominale en régulant notamment t. De plus, j'ai réalisé un crible génétique ciblant 573 gènes codant des facteurs de transcription et des régulateurs de la chromatine afin d'identifier de nouveaux régulateurs de t. A l'issue de ce crible, j'ai obtenu une liste de 27 gènes impliqués dans cette régulation. J'ai ensuite commencé la caractérisation fonctionnelle de deux de ces candidats : forkhead box subgroup O (foxo) codant un facteur de transcription impliqué dans la voie de réponse à l'insuline et little imaginal discs (lid) codant une histone déméthylase
Phenotypic plasticity is the ability of a given genotype to produce different phenotypes in response to different environmental factors such as temperature, nutrition or presence of predators. This phenomenon allows the adaptation of individuals to their fluctuating environments. It can also facilitate evolution, as it broadens the range of phenotypes produced by a given genotype. As a model of phenotypic plasticity, we study the abdominal pigmentation in Drosophila melanogaster females. Indeed, this trait is temperature-sensitive: drosophila females are darker when they develop at lower temperatures particularly in the posterior segments. In the laboratory, it has been previously shown, that tan (t), a gene encoding a pigmentation enzyme, is more expressed at 18°C than at 29°C. Moreover, this gene plays an essential role in the phenotypic plasticity of abdominal pigmentation in Drosophila melanogaster females. During my thesis, I aimed to characterize the gene regulatory network involved in t regulation in the abdominal epidermis of Drosophila melanogaster females. I also tried to identify, in this network, the actors mediating the effect of temperature on t expression. Using a candidate gene approach, I showed that the transcription factors Bric-à-brac (Bab) and Abdominal-B (Abd-B) are involved in the phenotypic plasticity of abdominal pigmentation by regulating t. Furthermore, I performed a genetic screen targeting 573 genes encoding transcription factors and chromatin regulators to identify new regulators of t. At the end of this screen, I obtained a list of 27 genes involved in this regulation. I then started the functional characterization of two of these candidates: forkhead box subgroup O (foxo) encoding a transcription factor involved in the insulin response pathway and little imaginal discs (lid) encoding a histone demethylase
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Kumar, Arun. "Cellular and molecular mechanism controlling collective glial cell migration in drosophila." Thesis, Strasbourg, 2013. http://www.theses.fr/2013STRAJ071/document.

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Abstract:
Le bon fonctionnement des réseaux neuronaux dépend des interactions entre les neurones et les cellules gliales. Alors que de nombreux efforts ont été faits pour comprendre les interactions entre les neurones, moins est connu sur la nature des interactions entre les cellules gliales ; ceci est due à la complexité du système nerveux des vertébrés, qui comprend plus de cellules gliales que de neurones. Cependant, le système nerveux de la drosophile à un rapport neurones-cellules gliales faible, ce qui fait de cet animal simple un modèle idéal pour évaluer ce concept. J’ai utilisé des approches génétiques à résolution cellulaire pour disséquer les mécanismes cellulaires et moléculaires de la migration collective des cellules gliales in vivo. En résumé, mes données révèlent les bases du mécanisme contrôlant la migration cellulaire collective : 1) les cellules du front de migration interagissent entre elles en amont et en aval et 2) N-cad est nécessaire pour une migration optimal de la glie
The functionality of the complex neural network depends on the interactions between neurons and glia. While many efforts have been made to understand the neuron-neuron interactions, less is known about those amongst glial cells. Due to the complexity of the vertebrate nervous system, which comprises manifold more glia than neurons, it is hard to tackle the role of glia-glia interactions. The nervous system of Drosophila, however, has a lower glia-neuron ratio, which makes this simple animal an ideal model. I use genetic approaches at cellular resolution to dissect the cellular and molecular mechanisms of glial collective migration in vivo. In Sum, I have shown some basic mechanism controlling collective cell migration: 1) cells at the front of the collective interact with each other through anterograde and retrograde bidirectional interaction. 2) N-cad appears necessary for timely movement of glial community
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Layden, Michael J. "Motor neuron development in the Drosophila embryonic central nervous system /." view abstract or download file of text, 2006. http://proquest.umi.com/pqdweb?did=1188873381&sid=1&Fmt=2&clientId=11238&RQT=309&VName=PQD.

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Abstract:
Thesis (Ph. D.)--University of Oregon, 2006.
Typescript. Includes vita and abstract. Includes bibliographical references (leaves 101-115). Also available for download via the World Wide Web; free to University of Oregon users.
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Tixier, Vanessa. "Identification et analyse fonctionnelle de nouveaux gènes impliqués dans la myogénèse chez la drosophile : et mise en évidence d'une transition métabolique nécessaire à la différenciation musculaire." Thesis, Clermont-Ferrand 1, 2011. http://www.theses.fr/2011CLF1MM19/document.

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Abstract:
Il existe de nombreuses similitudes au niveau des mécanismes génétiques et moléculaires qui contrôlent les différentes étapes de la myogenèse entre la drosophile et les vertébrés. Afin de mettre en évidence de nouveaux gènes impliqués dans ce processus, nous avons sélectionné des gènes conservés au cours de l’évolution afin de tester leur rôle dans la myogenèse. Des gènes candidats conservés entre le poisson zèbre et la drosophile et exprimés dans des compartiments musculaires ont été sélectionnés in silico à partir des bases de données du poisson-zèbre (Zfin) et de la drosophile (BDGP). Ainsi, 120 gènes ont été mis en évidence, dont plus de la moitié jouerait un rôle dans le métabolisme, et sur les 23 testés par ARNi, 20 donnent des phénotypes musculaires suite à la diminution de leur expression. Les défauts musculaires observés ont permis de replacer le rôle putatif de ces 20 gènes dans le processus myogénique, montrant l’efficacité de cette approche. L’analyse fonctionnelle du gène Pglym78 impliqué dans la glycolyse a ensuite été réalisée. Ce gène est exprimé spécifiquement dans les muscles somatiques et son atténuation donne des défauts de différenciation musculaire caractérisés par un blocage de la fusion des myoblastes et la formation de muscles plus fins. L’ensemble des autres gènes de la glycolyse s’exprime de la même façon et leur inhibition donne aussi des problèmes de différenciation. Ainsi, il existerait au moment de la différenciation musculaire un switch métabolique se traduisant par une augmentation de la glycolyse, similaire à celui mis en évidence dans les cellules cancéreuses, pouvant contribuer à former l’ATP ainsi que les molécules nécessaires pour la synthèse des protéines, le tout permettant la croissance musculaire. Enfin, l’inhibition de la voie insuline, connue pour stimuler la glycolyse mais également la croissance musculaire, diminue l’activité glycolytique et donne des phénotypes similaires à ceux observés lorsque l’on bloque la glycolyse. Nos résultats mettent en évidence l’existence d’un switch métabolique vers la glycolyse, médié au moins en partie par la voie insuline afin de permettre l’augmentation de la synthèse de biomasse dans le muscle, nécessaire à la poursuite de sa différenciation. Ce travail révèle ainsi l’existence d’un lien entre le métabolisme et le développement musculaires
A large number of genes involved in myogenesis has been described, but several gaps in comprehension of mechanisms giving rise to functional muscles are still remaining. To fill in these gaps, we selected conserved uncharacterized genes expressed in muscular compartments in drosophila and zebrafish and tested their functions by RNAi knockdown. We found that most of the candidate genes have a role in different steps of embryonic myogenesis in drosophila and interestingly more than a half of them are involved in metabolism. One of these candidates, Pglym78, encodes a glycolytic enzyme and gives rise to late muscle differentiation defects after knockdown in drosophila. Glycolysis is a major metabolic process providing energy and components for biomass synthesis to rapidly growing/proliferating cells such as cancer cells but its role in embryonic development remains unknown. Here we show that starting from midembryogenesis, drosophila Pglym78 and almost all the glycolytic genes display muscle specific expression and that, consistent with this, an important increase in glycolytic activity appears since embryonic stage 14, suggesting that glycolysis can play a role in late steps of myogenesis. This possibility is supported by the fact that attenuation of Pglym78 and other glycolytic genes results in affected muscle differentiation. As shown in Pglm78 knockdown embryos these phenotypes are due to myoblasts fusion arrest and formation of significantly smaller muscle fibres.In order to understand how glycolysis controls myogenesis, we analysed the insulin pathway known to control glycolytic activity and to positively regulate muscle growth by stimulating protein synthesis. Interestingly, inhibition of insulin pathway in differentiating embryonic drosophila muscles leads to the reduced activity of PyK and to phenotypes that are reminiscent of those of glycolytic genes such as fusion arrest and formation of smaller fibres. Thus, our data reveal that metabolic switch to glycolysis positively regulated by insulin pathway is required to support increased biomass synthesis in syncytial muscle cells, revealing direct link between metabolism and development
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Thum, Andreas Stephan. "Sugar reward learning in Drosophila neuronal circuits in Drosophila associative olfactory learning /." Doctoral thesis, [S.l.] : [s.n.], 2006. http://deposit.ddb.de/cgi-bin/dokserv?idn=980586771.

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Capy, Pierre. "Variabilite genetique des populations naturelles de drosophila melanogaster et de drosophila simulans." Paris 11, 1987. http://www.theses.fr/1987PA112376.

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Capy, Pierre. "Variabilité génétique des populations naturelles de Drosophila melanogaster et de Drosophila simulans." Grenoble 2 : ANRT, 1987. http://catalogue.bnf.fr/ark:/12148/cb37603608h.

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Jackson, Catherine. "Gfat1/zeppelin is an essential heterochromatic gene involved in cuticle formation in D. melanogaster /." Burnaby B.C. : Simon Fraser University, 2007. http://ir.lib.sfu.ca/handle/1892/9354.

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Abstract:
Thesis (M.Sc.) - Simon Fraser University, 2007.
Theses (Dept. of Molecular Biology and Biochemistry) / Simon Fraser University. Senior supervisor: Dr. Barry M. Honda -- Dept. of Molecular Biology and Biochemistry. Also issued in digital format and available on the World Wide Web.
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González, Morales Nicanor. "L'intestin adulte comme modèle d'étude de l'asymétrie droite-gauche chez la Drosophile : couplage entre la myosine ID et la polarité planaire dans l'asymétrie droite-gauche chez la Drosophile." Thesis, Nice, 2014. http://www.theses.fr/2014NICE4071/document.

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Abstract:
L’asymétrie Droite-Gauche (DG) est responsable de l’empaquetage et l’enroulement stéréotypé des organes internes au cours du développement. Chez la Drosophile, l’intestin postérieur adulte (AHG) se développe asymétriquement selon l’axe DG en formant une boucle dextrale. Comme pour tous les organes asymétriques DG de la Drosophile, la mise en place de l’axe DG nécessite l’expression de la myosine non conventionnelle de type I : MyoID. Cette myosine se lie à la DE-Cadherine au niveau des jonctions adhérentes (AJ) pour mettre en place l’axe DG, mais le mécanisme moléculaire qui transforme la chiralité de MyoID en une morphogenèse asymétrique DG est totalement inconnu. Le AHG est un long tube situé au milieu de l’abdomen, qui présente une boucle dextrale dans sa partie proximale. Il se développe à partir d’un groupe de progéniteurs formés de deux populations de cellules : H1 et H2. Dans cette étude, nous avons mis en évidence que MyoID contrôle la formation de la boucle dextrale du AHG grâce à son interaction avec la cadhérine atypique Dachsous dans les cellules H1. De plus, nous avons pu mettre en évidence que la signalisation Dachsous-Fat est activée à travers les cellules H2 entrainant leur polarisation du coté droit, et ainsi formant l’enroulement du AHG. Les cellules H1 sont transitoires, elles disparaissent lors des premières heures de la métamorphose. Cependant, l’information dextrale générée dans les cellules H1 perdure dans les cellules H2 grâce à l’action coordonnée des composants de la polarité planaire. Nous montrons que la polarité planaire contrôle l’établissement de l’asymétrie DG en aval de MyoID, en transmettant l’information DG dans le AHG
Stereotyped left right (LR) asymmetry ensures proper looping of internal organs. In Drosophila, the adult hindgut (AHG) has a clear stereotypical dextral loop and, like all LR asymmetric organs, require MyoID for correct orientation. MyoID is an unconventional myosin type I that binds to DE-Cadherin, this association is required for proper LR establishment; however the mechanism that translates MyoID chirality into proper morphogenesis remains unknown. The AHG is a long tube coiled dextrally and located in the middle of the abdominal region. It develops from a cluster of progenitors containing two different populations of cells, H1 and H2. Here, we show that MyoID controls the AHG dextral loop by binding to the atypical cadherin Dachsous in H1 cells. Further, Ds-Fat signaling propagates towards the H2 cells which in turn become polarized towards the right and consequently loop. H1 is a transient population of cells that wear off in the first hours of metamorphosis; nevertheless the dextral information generated in H1 is maintained in H2 cells due to the cooperative action of PCP components. We demonstrate that the molecular basis of the LR establishment downstream of MyoID action lies in the PCP system, which has a double role transmitting and maintaining a dextral signal in the AHG. Thus, we provide for the first time a link in L/R morphogenesis between Drosophila and vertebrates in which PCP mutants result in L/R defects. Furthermore, in our attempts to better understand the evolution of L/R morphogenesis we found the recently co-Appearance of a myoID cis-Regulatory element and the AHG dextral loop, during Drosophila evolution, suggesting that changes in myoID express
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Langevin-Doussaint, Johanna. "Etude des mécanismes de polarisation des cellules épithéliales et des divisions asymétriques chez la drosophile : rôle de Lethal giant larvae et de l'exocyste." Paris 7, 2006. http://www.theses.fr/2006PA077117.

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Abstract:
L'acquisition d'une polarité cellulaire est essentielle à la définition de domaines basolatéraux et apicaux fonctionnellement distincts au sein des cellules épithéliales, ainsi qu'à la localisation polarisée des déterminants cellulaires au cours des divisions asymétriques. Le but de mon travail de thèse était l'identification de nouveaux intervenants et de régulateurs des complexes déjà impliqués dans les processus de maintien de la polarité apico-basale des cellules épithéliales et, dans l'établissement de la polarité planaire lors de la division asymétrique de la cellule pi, précurseur des organes sensoriels externes, sur le thorax dorsal de la drosophile. Mon étude de la division asymétrique de la cellule pi a permis de mettre en évidence l'importance de la protéine Lethal giant larvae (Lgl). Lgl régule le destin cellulaire en contrôlant la localisation corticale de Pon, la localisation asymétrique des déterminants cellulaires Numb et Neuralized et la localisation à la membrane plasmique de Sanpodo. De plus, mes résultats montrent que la fonction de Lgl est inhibée par phosphorylation par DaPKC. Le complexe E-Cadhérine-Caténines joue un rôle crucial dans l'adhésion cellulaire, la polarisation et la morphogenèse. J'ai étudié l'implication de l'exocyste dans le mécanisme de localisation de la DE-Cadhérine dans les cellules épithéliales du thorax dorsal de la drosophile. La perte de fonction des composants de l'exocyste, sec5, sec6 ou sec15, entraîne une accumulation de DE-Cadhérine dans des compartiments de recyclage marqués par Rab11 et inhibe l'adressage de la DE-Cadhérine à la membrane. Ces résultats permettent de proposer un modèle dans lequel l'exocyste régule le trafic de la DE-Cadhérine depuis les endosomes de recyclage jusqu'à la membrane cellulaire. Cette étude constitue la première description de la fonction de l'exocyste dans la polarisation des cellules épithéliales chez la drosophile
Cell polarity is essential to define the apical and the basolateral domains of epithelial cells and is necessary to polarise the localisation of cell fate determinants during asymmetric divisions. The aim of my thesis was to identify new partners and regulators of protein complexes which had been implicated in apico-basal polarity and in the establishment of planar polarity during the asymmetric division of the pi cell, the external sensorial organs precusrsors, on the dorsal thorax of Drosophila melanogaster. My study of the pi cell asymmetric division highlights the importance of the protein Lethal giant larvae (Lgl). Lgl regulates cellular fate by controlling the cortical localisation of Pon, the asymmetric localisation of the cell fate determinants Numb and Neuralized and the membrane localisation of Sanpodo. Moreover, my results show that Lgl function is inhibited by DaPKC phosphorylation. The E-Cadherin-Catenins complex is essential in cell adhesion, polarisation and morphogenesis. I studied the implication of the exocyst complex in the mechanism of DE- Cadherin localisation in epithelial cells of the drosophila dorsal thorax. The loss of function of the exocyst components sec5, sec6 or sed5 led to an accumulation of DE-Cadherin in recycling compartiments regulated by Rab11 and inhibited DE-Cadherin transport to the plasma membrane. This result led me to propose a model in which the exocyst complex regulates DE-Cadherin trafficking from recycling endosomes to plasma membrane. This study is the first description of exocyst function in Drosophila epithelial cell polarity
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Storelli, Gilles. "Caractérisation de l’interaction mutualiste liant Drosophila melanogaster à son symbionte Lactobacillus plantarum." Thesis, Lyon, École normale supérieure, 2015. http://www.theses.fr/2015ENSL1041.

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Abstract:
Le microbiote a un impact majeur sur la physiologie de son hôte, cependant notre compréhension des mécanismes régulant la relation hôte/microbiote reste limitée. Nous utilisons un hôte modèle simple, la Drosophile, afin de répondre à ces questions. Durant mon doctorat, je me suis attaché à une étape particulière du cycle de vie de la Drosophile, sa phase larvaire. Celle-ci constitue sa phase de croissance et est influencée par le contexte nutritionnel. Le microbiote influence également cette étape: l’association avec la bactérie Lactobacillus plantarum tempère les effets de la carence alimentaire en soutenant un taux de croissance élevé et une maturation rapide, en modulant chez l’hôte l’activité de l’hormone Ecdysone et de l’insuline. En retour, L.plantarum bénéficie de l’association, les larvesassurant sa persistance dans la niche (la niche étant le substrat nutritif, les larves et les bactéries associées). Pour caractériser les mécanismes mis en jeu dans ce mutualisme nous avons décrit les réponses transcriptomiques et métaboliques de la larve et avons également étudié les perturbations métaboliques de la niche. Nos résultats mettent en avant l’optimisation de l’extraction des acides aminés du substrat comme facteur clef du mutualisme. L.plantarum active l’expression des protéases intestinales de l’hôte via la voie IMD/NF-κB, et bénéficierait en retour d’une quantité d’acides aminés plus importante assurant sa persistance. Ainsi, nos travaux contribuent à l’effort de compréhension desmécanismes régulant l’interaction hôte/microbiote et pourraient conduire à de nombreuses applications thérapeutiques, notamment dans le cadre de déséquilibres nutritionnels
Symbiotic bacterial populations (also called the “microbiota”) have a dramatic impact on their host’s physiology. However, our understanding of the mechanisms shaping host/microbes mutualism remains limited. We took advantage of Drosophila tractability to characterize the host’s and the microbial factors engaged in mutualism. During my PhD, I focused on the impact of the microbiota during the Drosophila larval phase, which constitutes its juvenile growth period. Drosophila larval phase is influenced by nutrition, but also by symbiotic microbes: specific association with the bacterium Lactobacillus plantarum buffers the deleterious effects of nutrient scarcity on the host’s juvenile growth, by sustaining greater growth rates and hastening maturation. L.plantarum mediate these effects by modulating the activity of the steroid hormone Ecdysone and the Insulin/Insulin-like Signaling pathway in its host. In return, L.plantarum benefits from Drosophila presence, as larvae ensure its long-term persistence in the niche (the niche being the nutritive substrate, the larvae and the bacteria dwelling on it). To characterize the mechanisms engaged in this mutualistic relationship, we described the host’s transcriptomic and metabolic responses to L.plantarum presence and characterized the metabolic perturbations occurring in the niche. Our results put forward the optimization of amino-acids extraction from the nutritive substrate as a cornerstone of mutualism. L.plantarum activates the expression of the host’s digestive proteases via IMD/NF-κB signaling and would benefit in return from an enhanced AA availability, which would help sustaining its long-term persistence. Altogether, our studies contribute to the understanding of the mechanisms regulating host/microbiota interaction and could lead to numerous therapeutic applications, notably aiming at counteracting the deleterious effects of nutritional imbalances
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