Academic literature on the topic 'Différenciation/souche'

Le muscle strié squelettique adulte est composé de milliers de fibres (myofibres) capables de se contracter, permettant ainsi les mouvements volontaires. Après une lésion musculaire, les cellules souches musculaires localisées autour des myofibres s’activent, prolifèrent et se différencient pour former de nouvelles myofibres. Ces différentes étapes forment un processus appelé myogenèse. Cette dernière est rendue possible grâce à l’expression séquentielle de facteurs de transcription régulés par des facteurs épigénétiques qui agissent sur la chromatine afin de moduler l’expression génique et ainsi, le devenir de la cellule souche. Les histones méthyltransférases déposent des marques dites méthyl sur certaines histones afin d’induire la répression génique de régions spécifiques. Nous décrivons ici le rôle de SETDB1 au cours de la myogenèse adulte, et plus spécifiquement pendant la différenciation des cellules souches musculaires.

<p style="text-align: justify;">La différenciation des levures de fermentation des levures de contamination du vin par l'analyse de leurs profils en acides gras libres totaux a été évaluée. L'étude porte sur 39 souches de levures représentant 24 espèces. Les cultures se déroulent à la température de 28°C, en aérobiose et en milieu liquide.</p><p style="text-align: justify;">Par cette méthode, il est possible de différencier <em>S. cerevisioe</em> des autres genres de levures, mais il semble toutefois difficile de déterminer de façon exacte la souche responsable de la contamination.</p><p style="text-align: justify;">Enfin, ces résultats montrent qu'il est important d'étudier le métabolisme des acides gras, molécules indispensables à la survie des cellules afin de comprendre certaines réponses physiologiques des différentes espèces de levures.</p>

Le tilapia du Nil est une espèce aquacole majeure dont la gamétogénèse est fortement modulée par la température. Ainsi, de nombreux travaux ont été consacrés à l’étude de l’influence des traitements thermiques sur la spermatogénèse chez cette espèce. Le présent article a pour objectif de faire un état des connaissances de l’influence de la température sur la spermatogénèse chez le tilapia du Nil. Les connaissances disponibles sur l’organisation testiculaire, l’évolution des cellules germinales et le rôle des cellules somatiques chez le tilapia de Nil ont d’abord été présentées. Les travaux relatifs aux effets de la température sur la spermatogénèse chez cette espèce ont ensuite été synthétisés à quatre niveaux à savoir l’influence des basses températures (≤ 20°C), les hautes températures (35°C) chez les mâles matures, les hautes températures de masculinisation (36°C) et les hautes températures stérilisantes (37°C). Les différents travaux concordent avec le fait que les basses températures compromettent l’évolution de la spermatogénèse chez le tilapia du Nil tandis que les hautes températures accélèrent la spermatogénèse chez les mâles matures. Il ressort également que l’influence des traitements thermiques d’inversions sexuelles ou de stérilisations sur les cellules germinales, serait corrélée avec la variabilité inter ou intra souche de la thermosensibilité de la différenciation sexuelle. English title: Influence of temperature on Nile tilapia spermatogenesis, Oreochromis niloticus (Linnaeus, 1758): a synthesis Temperature highly modulates gametogenesis of a Nile tilapia which is the major aquaculture species. Many studies have therefore been devoted to studying the influence of thermal treatments on spermatogenesis in this species. This article reviews what is known about the influence of temperature on spermatogenesis in Nile tilapia. Available knowledge on the testicular organization, germ cells evolution and the role of somatic cells in Nile tilapia was first presented. Studies on the effect of temperature on spermatogenesis in this species was then synthesized at four levels, namely the influence of low temperatures (≤ 20°C), high temperatures (35°C) in mature males, masculinization high temperatures (36°C) and high sterilizing temperatures (37°C). The various studies were consistent with the fact that low temperatures compromise the evolution of spermatogenesis in Nile tilapia, while high temperatures accelerate spermatogenesis in mature males. It is also evident that influence of heat treatments for sexual inversion or sterilization would be correlated with inter or intra-strain variability of thermosensivity in sexual differentiation.

Avec l'augmentation de l'espérance de vie, les pathologies ostéo-articulaires comme l'arthrose ou la polyarthrite rhumatoïde, caractérisées par la dégradation du cartilage articulaire, deviennent de réels problèmes de santé publique. Les traitements actuels sont essentiellement symptomatiques et aboutissent en ultime recours à la pose de prothèses. En absence de réparation spontanée du tissu et de traitement efficace, des approches d'ingénierie tissulaire du cartilage sont envisagées. Les techniques actuelles reposent sur la transplantation de chondrocytes autologues mais dans la majorité des cas, cette approche n'apporte pas de résultats supérieurs aux techniques chirurgicales utilisées actuellement. Grâce à leurs propriétés de différenciation, les cellules souches mésenchymateuses (CSM) représentent une nouvelle source de cellules ayant des potentiels thérapeutiques intéressants. Cependant, la complexité du processus de différenciation des CSMs vers des chondrocytes articulaires matures rend difficile l'obtention de cartilage fonctionnel après implantation. Il est donc important de mieux comprendre le processus de différenciation de ces cellules afin de mieux contrôler leur devenir in vivo. C'est pourquoi, le laboratoire s'intéresse au rôle des micro-ARNs (miARNs) dans la régulation du processus de différenciation des CSMs. L'objectif de mon projet de thèse a consisté à identifier des miARNs modulés dans la différenciation chondrocytaire des CSM humaines primaires et à étudier leur rôle et leur régulation au cours de la chondrogenèse. Nous avons identifié deux miARNs : miR-29a dont l'expression diminue progressivement au cours de la différenciation et miR-574-3p dont l'expression augmente rapidement puis est maintenue jusqu'à la fin de la différenciation. Ces deux miARNs sont régulés par le facteur de transcription SOX9 mais de manière opposée : SOX9 inhibe miR-29a et induit miR-574-3p. Nous montrons que SOX9 interagit avec YY1 pour réguler miR-29a mais pas miR-574-3p, ce qui pourrait expliquer les effets opposés de SOX9 sur l'expression des deux miARNs. Nous montrons également que ces miARNs sont des inhibiteurs de la différenciation chondrocytaire et avons identifié FOXO3A et RXRα comme cibles respectives de miR-29a et miR-574-3p. L'inhibition de FOXO3A ou RXRα avant l'induction de la différenciation, en utilisant des siARNs spécifiques ou en sur-exprimant les miARNs correspondants, bloque la différenciation des CSM. Ces résultats confirment sur des CSMs adultes, que ces protéines jouent un rôle important dans la chondrogenèse et que miR-29a et miR-574-3p participent aux processus de régulation de la différenciation chondrocytaire. En conclusion, nous avons identifié deux nouveaux miARNs contrôlés par SOX9 et régulant négativement la chondrogenèse grâce à la modulation de deux gènes cibles, dont l'expression est nécessaire avant d'induire la différenciation chondrocytaire
Roles of miR-29a and miR-574-3p during the chondrogenic differentiation of mesenchymal stem cells. With the constant increase of the lifespan, osteoarticular pathologies such as osteoarthritis or rheumatoid arthritis, characterized by articular cartilage degradation, are important public health problems. In absence of spontaneous regeneration, cartilage engineering approaches are being considered. Current techniques rely on autologous chondrocyte transplantation but in the majority of cases, this approach gives similar results as current surgeries. Due to their capacity of differentiation toward chondrocytes, mesenchymal stem cells (MSC) represent a new source of cells with therapeutic potential. However, production of a functional cartilage in vivo after implantation of expanded MSC is hampered by the difficulty to reproduce the complexity of the differentiation process to get mature chondrocytes from MSC. The objective of my Ph.D thesis aimed to identify micro-RNAs (miRNAs) modulated during chondrogenic differentiation of primary human MSCs and to study their role as well as their regulation in this process. We identified two miRNAs: miR-29a whose expression decreases progressively during the differentiation and miR-574-3p whose expression rapidly increases and stays constant until the end of the differentiation. Both miRNAs are regulated by the transcription factor Sox9 but in an opposite manner: Sox9 inhibits miR-29a and induces miR-574-3p. We show that YY1 directly interact with Sox9 to regulate miR-29a but not miR-574-3p; this interaction likely explaining the opposite effects of Sox9 on miR-29a and miR-574-3p expression. Moreover we showed that miR-29a and miR-574-3p are both inhibitors of chondrogenesis and we identified FOXO3A and RXRα as their respective targets. In conclusion, we identified two new miRNAs which are regulated by Sox9 and inhibitors of chondrogenesis. They act through the modulation of two target genes, whose role during chondrogenic differentiation of adult MSC was previously not characterized

Le plum pox potyvirus (ppv) est l'agent responsable de la sharka, la maladie virale actuellement la plus grave pour les arbres fruitiers a noyau. A cause de la faible concentration et de la repartition irreguliere du virus dans les arbres infectes, des techniques de detection du virus extremement sensibles sont necessaires. Un test de detection du ppv par hybridation moleculaire utilisant des sondes arnc marquees au #3#2p correspondant a des genes codant pour des proteines virales non structurales de ppv-d ont permis une augmentation de la polyvalence du test par rapport a une sonde correspondant au gene de la proteine de capside. Ces sondes ont detecte avec une sensibilite maximale un grand nombre d'isolats de ppv a l'exception d'un isolat egyptien: ppv-e1 amar. L'arn genomique de ppv-e1 amar a ete clone et sa moitie 3 a ete sequencee. Des niveaux de divergence de 20% ont ete observes au niveau des acides nucleiques, 10% au niveau des acides amines, par rapport aux sequences correpondantes de 3 autres souches de ppv, homologues a 98% entre elles. Ppv-e1 amar se presente donc comme une souche atypique de ppv. Un protocole de detection du ppv par pcr, dans un seul tube s'est avere polyvalent et a demontre une plus grande sensibilite par rapport a l'hybridation moleculaire utilisant des sondes arnc radiomarquees. Un protocole modifie de pcr par l'introduction d'une etape prealable d'immunocapture du virus (ic/pcr), a permis d'augmenter la sensibilite de 100 fois, 250 fois et 2000 fois par rapport a la pcr, l'hybridation moleculaire et le test elisa respectivement

L'etude comparative d'une population sauvage de ceratitis capitata wiedemann issue de pupes prelevees en algerie, avec une souche d'elevage, fait apparaitre de nombreuses disparites. Les insectes sauvages, dont la maturite sexuelle est fortement retardee, presentent un taux d'accouplements et une fecondite tres faible, ainsi qu'un rythme d'activite de caractere different. Un processus d'adaptation de ces insectes en conditions d'elevage au laboratoire a ete mis en evidence et suivi sur plusieurs generations. Son evolution est assez rapide lorsqu'il s'agit de developpement larvaire ou de criteres de comportement, tels que l'activite sexuelle et le rythme d'activite et s'effectue au contraire de facon plus lente, en fonction de parametres d'ordre physiologique, comme le poids des pupes, la duree de la maturite sexuelle ou la ponte. Un milieu artificiel d'elevage larvaire de constitution simple et peu couteux, elabore a partir de pate de datte, a ete mis au point et a permis de produire des insectes de qualite similaire, a ceux obtenus sur milieu de reference a base de paillettes de carottes. La sterilisation aux rayonnements ionisants, etudies uniquement sous l'aspect du fractionnement de la dose et celui de la variation du debit de celle-ci, ont montre que la vigueur sexuelle et la fertilite residuelle des males irradies, etaient independants de ces deux facteurs

Les cellules souches adultes s'auto-renouvellent et se différencient en un ou plusieurs types cellulaires, assurant ainsi l'homéostasie d’un tissu. Comprendre leur régulation est crucial pour mieux appréhender les mécanismes de prolifération incontrôlée et de défauts de différenciation observés lors de la tumorigenèse et du déclin fonctionnel des tissus pendant le vieillissement. Ma thèse avait pour but de mieux comprendre les états chromatiniens associés à l'activité des cellules souches adultes in vivo, dans un tissu homéostatique en utilisant l'intestin adulte de la drosophile comme modèle. Nous avons montré le rôle de facteurs de remodelage de la chromatine conservés dans le contrôle de la prolifération des cellules souches intestinales (CSI) (Gervais et al, 2019), soulignant leur importance dans la régulation du lignage intestinal. Ma thèse a prolongé ces travaux en étudiant les changements d'état de la chromatine associés à la différenciation des cellules souches à l'échelle du génome entier.J’ai généré pour chaque type cellulaire des cartes de sites de fixation au génome de 5 protéines de chromatine (ARN Pol II, Brahma, Polycomb, Heterochromatin Protein 1 et Histone linker H1) en utilisant la technique de Targeted DamID. En effectuant un modèle de Markov caché pour définir les états chromatiniens, nous avons découvert que 7 états majeurs de la chromatine existent dans le lignage intestinal. Il s'agit de 2 états actifs ("Yellow" et "Red"), 3 états répressifs ("BlueR" enrichi en Polycomb, "Green" enrichi en HP1, "Black" enrichi en H1) et 2 états intermédiaires ("Yellow Weak" et "Blue Mixed"). L’étude de ces états au niveau des gènes a révélé que de nombreux gènes, dont les régulateurs clés de l'activité des CSI, subissent des transitions d'état chromatinien distinctes pour chaque lignage lors de la différenciation en entérocytes (EC) ou en cellules entéro-endocrines (EE), les deux types de cellules intestinales différenciées. Ces résultats indiquent que les différences d'organisation de la chromatine entre ECs et EEs pourraient être particulièrement importantes pour la détermination du destin cellulaire.Nous avons aussi constaté que les gènes de différenciation suivent des changements chromatiniens spécifiques pendant la différenciation. Premièrement, les principaux régulateurs transcriptionnels de la spécification du lignage, incluant prospero et nubbin, passent de l'état "BlueR" vers des états chromatiniens actifs lors de la différenciation. Ces données suggèrent une fonction régulatrice de la chromatine marquée par Polycomb pour le contrôle de la hiérarchie transcriptionnelle au sein du lignage intestinal. D’autre part, les gènes liés à la physiologie et à l'activité métabolique des cellules différenciées suivent une transition de l'état "Black" dans les CSI vers des états chromatiniens actifs dans les ECs et EEs lors de leur activation, ce qui suggère un mode de régulation des gènes liés à la physiologie qui n'était pas encore caractérisé.Nous avons ensuite étudié les effets de la perturbation génétique de HP1 et H1 sur l'accessibilité de la chromatine, la transcription et l'homéostasie du tissu intestinal. Bien que HP1 soit nécessaire pour maintenir l'hétérochromatine, nos résultats suggèrent que cette protéine régule aussi l'expression de gènes ayant des fonctions métaboliques cellulaires indépendamment de l'accessibilité de la chromatine. De plus, HP1 est nécessaire pour maintenir la prolifération des CSI. Enfin, nous avons observé que dans les CSI, H1 régule le programme transcriptionnel spécifique des EEs, suggérant que H1 pourrait jouer un rôle dans l’amorçage du destin cellulaire «EE» dans les CSI.Globalement, notre caractérisation approfondie des changements d'état de la chromatine au cours de la différenciation fournit une ressource utile pour mieux comprendre les programmes de régulation qui contrôlent le destin et l'identité cellulaire ainsi que les fonctions physiologiques dans ce tissu homéostatique
Adult stem cells self-renew and differentiate into one or several cell types, thus ensuring tissue homeostasis. Understanding their regulation is crucial to have a better comprehension of uncontrolled proliferation and altered differentiation mechanisms occurring during tumorigenesis and age-dependent functional decline of tissues. My thesis aimed to better understand what chromatin states are associated with adult stem cell activity in vivo in a homeostatic tissue using the Drosophila adult intestine as a model. We have previously provided evidence of roles of conserved chromatin remodeling factors in controlling intestinal stem cell (ISC) proliferation (Gervais et al, 2019), highlighting their importance in the regulation of the intestinal lineage. During my PhD, I expanded on these studies to investigate chromatin state changes associated with stem cell differentiation at the genome-wide scale.By generating cell-type specific whole-genome binding maps of 5 chromatin proteins (RNA Pol II, Brahma, Polycomb, Heterochromatin Protein 1 and Histone linker H1) using Targeted DamID and performing subsequent Hidden Markov modelling to define chromatin states, we found that 7 major chromatin states exist in the intestinal lineage. These are 2 actives states (“Yellow” and “Red”), 3 repressive states (Polycomb-enriched “BlueR”, HP1-enriched “Green”, Histone H1-enriched “Black”) and 2 intermediate states (“Yellow Weak” and “Blue Mixed”). Examining these states at genes revealed that many genes, including key regulators of ISC activity, undergo lineage-specific chromatin state transitions upon differentiation to enterocytes (ECs) or enteroendocrine cells (EEs), the two differentiated intestinal cell types. These results indicate that differences of chromatin organization between the EC and EE lineages might be critical for cell fate decisions.We also found that differentiation genes follow specific chromatin state changes during differentiation. First, the key transcriptional regulators of lineage specification including prospero and nubbin undergo a transition from the BlueR state (Polycomb-enriched) to active states upon differentiation. These data suggest a potential regulatory function of Polycomb-marked chromatin for control of the transcriptional hierarchy within the ISC lineage. In contrast, we found that physiology and metabolic activity-related genes follow a transition from the Histone H1-enriched Black state in ISCs to active states in ECs and EEs upon their activation, suggesting a previously uncharacterized mode of regulation of physiology-related genes. Following this, we investigated the effect of genetic perturbation of HP1 and H1 on chromatin accessibility, transcription and tissue homeostasis. While HP1 is required to maintain heterochromatin, our results suggest that it also regulates the expression of genes with cellular metabolic functions independently of chromatin accessibility. Furthermore, HP1 is necessary to maintain ISC proliferation. Finally, we found a role for Histone H1 in regulating the EE transcriptional program in ISCs, suggesting that it could prime the ISCs towards the EE fate.Overall, our extensive characterization of chromatin state changes during differentiation provides a valuable resource to better understand the regulatory programs that control cell fate and identity, as well as physiological functions in this homeostatic tissue

Le séquençage du génome humain, il y a maintenant 12 ans, a mis en lumière la complexité des mécanismes des processus nucléaires tels que la transcription, la réplication ou l'organisation de la chromatine. Depuis, afin de mieux comprendre ces processus, un ensemble sans cesse croissant de données sur le noyau cellulaire a été produit et mis en ligne par un nombre important de laboratoires de par le monde. Ces données sont à la fois d'une richesse extraordinaire et d'une complexité embarrassante. Dans cette thèse, nous mettons à profit l'ensemble de ces données afin de mieux comprendre les déterminants nucléaires du programme spatio-temporel de réplication. Pour cela nous utilisons pas moins d'une centaine de profils épigénétiques ChiP-seq le long des chromosomes humains et dans diverses lignées cellulaires pour caractériser la structure primaire de la chromatine. Nous démontrons, à l'aide d'outils issus des statistiques multivariées, que l'immense complexité potentielle de ces jeux de données peut être réduite à quatre états chromatiniens principaux et ce dans toutes les lignées cellulaires somatiques étudiées. Cette classification simple, robuste et néanmoins complète est un excellent point d'appui pour l'étude de la réplication. Les quatre états principaux de chromatine sont répliqués à des moments distinct de la phase S (leur " timing " de réplication est différent) et ont un contenu en gènes drastiquement différents. Leur répartition spatiale le long du génome est structurée et est particulièrement visible dans les domaines où le " timing " de réplication dessine un U comme signature de l'existence d'un gradient de polarité des fourches de réplication. Ces U-domaines de la taille du Mpb recouvrent 50% du génome humain et les quatre états chromatiniens principaux se succèdent du bord au centre de ces U-domaines. Les mêmes techniques statistiques appliquées au cas d'une lignée embryonnaire révèlent aussi l'existence de quatre états principaux de chromatine mais de nature différente. La classification en quatre états s'avèrent alors très utile pour comparer l'épigénétique d'une lignée somatique à celle d'une lignée embryonnaire. Aussi, les spécificités du programme de réplication embryonnaire sont mises en rapport avec les spécificités de l'organisation de la chromatine dans cette lignée cellulaire. En particulier, notre étude révèle le rôle majeur de l'histone variant H2AZ dans la pluripotence.

L'étude de la plasticité cellulaire est un puissant outil pour comprendre le choix du destin cellulaire pendant la différenciation et dans les processus cancéreux lors de la transformation d'une cellule normale en une cellule maligne. Chez la drosophile, le facteur de transcription Gcm contrôle la détermination du destin glial. Dans des mutants gcm, les cellules qui se développent normalement en glie entrent dans la voie de différenciation neuronale alors que l'expression ectopique de gcm dans des progéniteurs neuronaux induit de la glie. Ces données font de Gcm un outil important pour comprendre les bases de la plasticité cellulaire. Mon projet de thèse vise à comprendre les mécanismes contrôlant la plasticité des cellules souches neurales. Nous avons ainsi montré que la capacité des CSNs à se convertir en glie après expression forcée de Glide/Gcm décline avec l'âge et que lors de l'entrée en phase quiescente ou apoptotique, ils ne peuvent plus être convertis. Nous avons aussi découvert que le processus de conversion du destin ne se manifeste pas uniquement par l'expression de marqueurs gliaux mais aussi par des changements spécifiques au niveau de la chromatine. D'une manière intéressante, nous avons aussi montré que la stabilité de la protéine Glide/Gcm est contrôlée par deux voies opposées, où Repo et l'histone acetyltransférase CBP jouent un rôle majeur.