Academic literature on the topic 'Diagnostic vétérinaire'

L'étude de l'épidémiologie des maladies animales en Afrique ne doit être envisagée que si les laboratoires vétérinaires de diagnostic et les structure s de développment de l'élevage sur le terrain sont pleinement opérationnels. Chacune des activités habituelles des laboratoires peut représenter une voie d'approche utilisable pour cette étude. Le diagnostic courant, les interventions dans les foyers, les enquêtes rétrospectives et prospectives apportent leur part de résultats, avec leurs avantages et leurs limites, et sont devenus indissociables pour une meilleure connaissance épidémiologiqu e des maladies animales. Compte tenu des difficultés rencontrées en Afrique, il est conseillé de choisir des voies d'approche mixtes qui, tout en cumulant les aspects positifs de chacune d'entre elles, permettent de mieux rentabilise r les tournées effectuées sur le terrain. En attendant que de nouvelles techniques rendent le diagnostic décentralisé possible, le laboratoire vétérinaire doit jouer en Afrique en rôle déterminant.

Un sondage sérologique sur la fasciolose a été réalisé en Guinée sur des sérums issus de la sérothèque du Laboratoire de diagnostic vétérinaire de la Direction nationale des services vétérinaires. Au total, 480 sérums provenant de bovins N’Dama ont été sélectionnés par randomisation et analysés par la technique de dosage immuno-enzymatique (Elisa). Les résultats obtenus ont mis en évidence la présence d’anticorps de douves chez 44,1 p. 100 des bovins, avec un taux de 35,5 p. 100 dans la région Ouest de la Guinée et de 55,5 p. 100 dans la région Est. Les bovins de tous les âges ont été séropositifs avec des taux variant de 27,8 à 44,5 p. 100.

Les antibiotiques, sous forme de médicaments vétérinaires, doivent être utilisés dans le cadre du traitement de maladie animale d’étiologie bactérienne. Leur usage à bon escient est de la responsabilité du vétérinaire qui doit se donner les moyens d’un choix raisonné basé sur ses connaissances épidémiologiques, sur son sens du diagnostic et sur les examens complémentaires notamment bactériologique. Utiliser les antibiotiques conduit à créer une pression de sélection pour des bactéries résistantes pathogènes ou commensales. Des dispositifs de surveillance épidémiologique de la résistance aux antibiotiques et de l’usage des antibiotiques ont été mis en place en France pour évaluer la nature et l’ampleur des usages et les taux de résistance aux principaux antibiotiques. Ces données sont complétées par l’étude des gènes et des mécanismes de résistance, de la pharmacologie des antibiotiques et de la pharmaco- épidémiologie des phénomènes de résistance c’est-à-dire l’étude de la relation entre l’usage des antibiotiques et les mesures préventives associés aux phénomènes d’émergence et de diffusion des gènes de résistance et des bactéries de résistance.

L’insuffisance hépatique est un syndrome clinique reflétant une altération majeure des fonctions hépatiques. Différentes causes sont rapportées en médecine vétérinaire dont certaines congénitales. La classification des insuffisances hépatiques d’origine congénitale repose sur la localisation anatomique de la malformation au niveau du système porte ou de la plaque ductale. Sont ainsi rapportés les shunts porto-systémiques intra- ou extra-hépatiques, cause la plus fréquemment décrite en médecine vétérinaire, mais également le groupe des hypoplasies congénitales de la veine porte, les malformations artérioveineuses, et les malformations des plaques ductales. Les éléments de suspicion clinique d’une insuffisance hépatique d’origine congénitale reposent sur la conjoncture des données épidémiologique, de l’anamnèse et des signes cliniques. Le bilan hémato-biochimique ainsi que l’analyse d’urine permettent d’identifier des signes indirects d’insuffisance hépatique, pouvant être confirmés, dans un second temps, par le dosage des acides biliaires et/ou de l’ammoniémie. Les examens d’imagerie jouent un rôle clé dans l’identification de l’affection causale de l’insuffisance hépatique d’origine congénitale, bien que l’examen histopathologique du foie reste incontournable, en particulier en l’absence de shunt porto-systémique congénital. L’identification précoce de ces affections est essentielle, afin de proposer une prise en charge médico-chirurgicale adaptée et fournir un pronostic précis.

Si les techniques coproscopiques utilisées en clinique vétérinaire en France sont nombreuses, il existe néanmoins peu de travaux accessibles établissant scientifiquement quelle méthodologie, réalisable en clientèle rurale, est la plus fiable. Cette synthèse bibliographique vise donc à faire connaître la technique de flottation au sel en dispositif Mini-FLOTAC, qui est actuellement la plus précise, la plus exacte et la plus sensible concernant les strongles gastro-intestinaux, et de proposer la flottation au sulfate de zinc en cellule de McMaster comme une bonne alternative à l’actuel gold standard pour les trématodes (iodomercurate de potassium), non disponible pour le praticien. Ces deux coproscopies quantitatives permettront la réalisation de Tests de Réduction d’Excrétion Fécale, outils décisionnels que les prescripteurs pourront proposer dans un contexte de sélection de résistance. Ce travail a également pour but de saisir les limites de cet examen, les enjeux liés au prélèvement et sa conservation, et propose de mieux comprendre comment interpréter un résultat de coproscopie.

Les agents pathogènes présents dans les milieux aquatiques peuvent exercer leurs méfaits dans tous les types d’élevage et sur toutes sortes d’espèces vertébrées ou invertébrées. Leur diagnostic a longtemps été handicapé par le manque de connaissances taxonomiques relatives aux organismes d’intérêt médical ou vétérinaire, mais les progrès accomplis en ce domaine avec le développement des approches génétiques et moléculaires permettent de disposer désormais d’un arsenal de techniques adaptées à toutes les situations. Leur emploi est dicté par le contexte clinique, sanitaire, voire réglementaire dans lequel s’inscrit la demande et par la priorité accordée à l’identification ou à la détection des organismes pathogènes. La revue critique des techniques accessibles aux laboratoires permettra d’aborder les questions posées par l’évolution de la pathologie aquacole et d’envisager quelques réponses qu’il serait possible d’apporter.

Les flavivirus ayant un impact en médecine vétérinaire sont largement distribués dans le monde (à l’exemple de la fièvre West Nile (WNF) présente sur les cinq continents ou de l’Encéphalite japonaise (EJ) en Asie du Sud-Est) et sont responsables de maladies à dominante neurologique chez l’homme et/ou le cheval.La virémie étant généralement brève lors de ces infections virales, les méthodes de diagnostic utilisées sont essentiellement sérologiques. Or le chevauchement fréquent des aires de répartition des flavivirus complique le diagnostic sérologique. En effet, des réactions sérologiques croisées entre flavivirus sont observées lors de l’utilisation de méthodes de diagnostic usuelles telles que l’ELISA et l’immunofluorescence (IF). Les résultats sérologiques doivent donc être confirmés par la méthode fastidieuse de séroneutralisation (SNT) virale avec les différents flavivirus existants dans la région. De plus, le risque d’émergence sur un territoire donné de nouveaux flavivirus comme le virus Zika au Brésil ou en Amérique du Nord ne peut être exclu.Nous avons donc développé dans la première partie de ce travail une nouvelle stratégie de diagnostic sérologique multiplexe à l’aide de la méthode d’immuno-essai (MIA) sur billes. Sachant que la glycoprotéine d’enveloppe soluble (sE) des flavivirus est divisée en 3 domaines (D) structuraux, DI, DII et DIII et que les épitopes du DIII sont spécifiques de chaque flavivirus, des protéines EDIII recombinantes de différents flavivirus d’intérêt ont été synthétisées en système d’expression Drosophila S2 et leur antigénicité a été testée sur sérums équins et ovins. Nous avons obtenu des résultats très encourageants en démontrant que l’utilisation des EDIII associée avec la capacité de multiplexage de la méthode MIA apparaît comme une réponse adaptée au défi du diagnostic sérologique des infections à flavivirus.Nous avons en outre utilisé la même méthode de multiplexage mais avec des antigènes NS1 du WNV pour mettre en place un test DIVA (Differentiating Infected from Vaccinated Animals) permettant de différencier les chevaux infectés par le WNV des chevaux vaccinés avec un vaccin recombinant WNV.Un autre écueil en médecine vétérinaire est le traitement des affections à flavivirus. En effet l’arsenal thérapeutique est limité et le traitement est avant tout symptomatique. Nous avons dans la seconde partie de ce travail testé in vitro une molécule antivirale à large spectre, le sr1057 sur nos virus d’intérêt (WNV et JEV). Cette molécule qui provient d’une stratégie de criblage développée par l’Institut Pasteur a probablement pour cible la cellule de l’hôte car elle est capable d’inhiber des virus très différents, à génome à ARN de polarité positive ou négative et ADN.Les résultats que nous avons obtenus avec ce composé sont en demi-teinte pour les flavivirus testés avec une efficacité démontrée pour le JEV mais plus modeste pour le WNV. Ils n’excluent cependant pas une possible utilisation de cet antiviral en médecine vétérinaire équine car une activité inhibitrice in vitro sur les virus de l’Herpes équin de type I et de l’artérite virale a été confirmée par d’autres collaborateurs
Flaviviruses with a major impact in veterinary medicine are widely distributed (e.g. West Nile fever (WNF) has spread across the five continents and Japanese Encephalitis (JE) is reported in South-East Asia) and are mainly responsible for neurological diseases in humans and/or horses.After flavivirus infection, viremia in mammal hosts is generally short and consequently indirect methods are mostly used to diagnose flavivirus infections. However, frequent spatial overlapping in their circulation areas renders the interpretation of serological assays difficult. Indeed, cross-reactions between flaviviruses are observed in rapid serological tests such as in ELISA and immunofluorescence assays (IFA). Serological assay results should thus be confirmed by the tedious comparative virus neutralization test (VNT) using a panel of viruses known to circulate in the area. Moreover, the risk of emergence of new flaviviruses such as reported recently with the Zika virus in Brazil or in North America should be considered when studying flavivirus epidemiology.In the first section, a new strategy aiming at improving the serological diagnosis of flavivirus infections was developed using the multiplexing capacity of microsphere immunoassays (MIA). The flavivirus soluble envelope (sE) glycoprotein ectodomain is composed of three domains (D), e.g. DI, DII and DIII, with EDIII containing virus-specific epitopes. Recombinant EDIIIs of different flaviviruses were synthesized in the Drosophila S2 expression system. The microspheres coupled with rEDIIIs were assayed with equine and ovine sera from natural and experimental flavivirus infections or non-immune samples. Very encouraging results have been obtained and this innovative multiplex immunoassay based on flavivirus rEDIIIs appears to be a powerful alternative to ELISAs and VNTs for veterinary diagnosis of flavivirus-related diseases.MIA with WNV nonstructural 1 protein were also implemented to differentiate Infected from Vaccinated Animals (DIVA). Such a DIVA approach was only successful when horses had been immunized with a recombinant canarypox vaccine, while horses receiving inactivated WNV vaccine developed immune responses close to the ones induced after natural infection.Another pitfall in veterinary medicine is the lack of therapeutics for viral diseases and specifically for flaviviruses. The therapeutic arsenal is indeed rather limited and animals are generally administered supportive treatments only. In the second part, the results of the in vitro testing of a broad spectrum antiviral named sr1057 on WNV and JEV replication are presented. This chemical, identified from a unique screening strategy developed by Pasteur Institute, is probably targeting the host cell and was found to inhibit the replication of varied RNA and DNA viruses belonging to different virus families. The sr1057 compound was not as efficient at inhibiting the replication of flaviviruses as for other RNA+ viruses, with a modest antiviral effect demonstrated for WNV and a higher efficacy on JEV. This antiviral presents however potentials for applications in equine veterinary medicine because it efficiently inhibited equine herpes virus-1 and equine arteritis virus in vitro, as clearly shown by other collaborators

Une etude epidemiologique effectuee dans le sud-ouest a revele une prevalence elevee de l'infestation par oestrus ovis. L'evolution larvaire qui est fonction de la temperature exterieure et du niveau de precipitations, comprend une courte phase estivale de developpement actif et une phase prolongee d'inhibition hivernale. Des essais d'infestations experimentales ont confirme l'influence des facteurs climatiques sur la dipause. Dans une etude de simulation de l'strose par des transplantations larvaires repetees, des resultats ante mortem et post mortem significativement differents ont ete observes entre les animaux infestes et les temoins. La faiblesse du taux de recolte larvaire est du principalement a la grande mortalite des larves resultant de la reaction de l'hote. Un test de depistage par elisa a ete mis au point, les reactions optimales, hautement reproductibles et specifiques ont ete obtenues avec l'ag 20% de 2eme stade a 2 microgrammes de proteines par millilitre, avec des dilutions de serum et de peroxydase de 1/200 et 1/1000. F. Hepatica et h. Contortus n'ont presente aucune reaction croisee avec oestrus ovis. Des le septieme jour apres l'infestation unique, une augmentation du taux d'anticorps circulants a ete notee. Lors de l'infestation repetee, une chute initiale a ete suivie cinq semaines apres, par une augmentation spectaculaire. Des differences significatives de taux ont ete observees entre des groupes de moutons d'ages varies soumis a des infestations naturelles. Une cinetique bimodale de la population d'eosinophiles est la caracteristique de l'infestation unique. Une sensibilisation par des antigenes larvaires a declenche une reaction fugace, mais identique qu'avec des larves vivantes. L'effet mediateur des eosinophiles, par degranulation au contact de la larve semble etre le mecanisme principal de la reaction de l'hote. La reaction d'hypersensibilite immediate associee a cette infestation serait modulee par les produits des granules des eosinophiles

Il est maintenant évident que la dégradation des environnements peut favoriser la transmission des maladies infectieuses notamment en rapprochant les humains, des vecteurs ou des animaux. Concernant les Maladies Tropicales Négligées (MTN), l’OMS tente de mobiliser les institutions et la communauté scientifique en identifiant pour chacune des MTN, les lacunes existantes dans les besoins de diagnostic clinique, les critères requis pour leur développement ainsi que les stratégies à adopter pour lutter contre la maladie. Parmi elles, la schistosomiase, seconde maladie parasitaire humaine, souffre d’un manque flagrant d’outils de diagnostic alliant sensibilité et déployabilité afin de détecter les cas de faible intensité parasitaire dans les zones endémiques ; mais également pour permettre la réalisation de diagnostic animal et environnemental visant à adopter une approche intégrative dans la lutte contre la maladie. Les objectifs de cette thèse s’inscrivent dans la stratégie One Health en proposant le développement et l’application d’outils de diagnostics de terrain chez l’Homme, chez l’animal et dans l’environnement. Les efforts continus en matière de recherche, de développement de prévention, de traitement et de sensibilisation sont essentiels pour parvenir à un monde où la schistosomiase et plus généralement les MTN ne seront plus une menace pour la santé humaine
It is now evident that environmental degradation can facilitate the transmission of infectious diseases, particularly by bringing humans into closer proximity with vectors or animals. In the case of Neglected Tropical Diseases (NTDs), the World Health Organization (WHO) is endeavoring to mobilize institutions and the scientific community by identifying, for each NTD, existing gaps in clinical diagnostic needs, the criteria required for their development, and the strategies to be adopted to combat the disease. Among them, schistosomiasis, the second most prevalent human parasitic disease, suffers from a distinct lack of diagnostic tools that combine sensitivity and deployability to detect cases with low parasitic intensity in endemic areas. Additionally, such tools are needed to facilitate animal and environmental diagnosis, enabling an integrated approach to disease control. The objectives of this thesis align with the One Health strategy, proposing the development and application of field-friendly diagnostic tools for humans, animals, and the environment. Ongoing efforts in research, development, prevention, treatment, and awareness are essential to achieve a world where Schistosomiasis and other neglected tropical diseases cease to threaten human health

Mycoplasma hyopneumoniae est l'agent étiologique primaire de la pneumonie enzootique du porc. Cette maladie respiratoire chronique est largement répandue à travers le monde et se révèle préoccupante dans les pays à production porcine intensive. Dans la lutte contre l'infection le diagnostic joue un rôle déterminant. Au laboratoire il s'effectue soit par la mise en évidence de m. Hyopneumoniae au niveau pulmonaire, soit par la détection des anticorps sériques produits en réponse à l'infection. L'existence de polypeptides possédant des épitopes communs a m. Hyopneumoniae, m. Flocculare et m. Hyorhinis, isolés de l'appareil respiratoire du porc remet en cause la spécificite des tests actuels. Notre objectif a été la mise au point de tests de diagnostic plus performants. Pour détecter les anticorps induits après l'infection, nous avons mis au point un elisa par compétition. Ce dernier est fondé sur la détection des anticorps dirigés contre une protéine membranaire de m. Hyopneumoniae. Cette protéine n'est pas détectée par les anticorps sériques de porcs par m. Flocculare ou par m. Hyorhinis. Par ce test, les anticorps dirigés contre m. Hyopneumoniae sont détectés entre 2 et 3 semaines après l'infection expérimentale et sont encore présents 22 semaines plus tard. Ce test permettra d'effectuer le suivi sérologique des élevages porcins du terrain. En vue de détecter m. Hyopneumoniae, nous avons produit une sonde moléculaire. Celle-ci a conduit à l'élaboration d'un test de diagnostic par hybridation adn-adn spécifique et sensible. Ce test permet de mettre en évidence m. Hyopneumoniae dans les liquides de lavages trachéo-bronchiques de porcs infectés artificiellement. Les résultats obtenus permettent dès lors d'envisager l'utilisation de cette sonde pour détecter le mycoplasme dans des prélèvements effectués sur des porcs du terrain. Une sonde adn pour détecter spécifiquement m. Flocculare a aussi été produite.

Depuis plus d’une dizaine d’années, des efforts ont été menés dans le domaine de la tomographie par rayons X pour le petit animal essentiellement pour l’amélioration de la résolution spatiale et la baisse de la dose absorbée. Le CPPM a développé un micro-TDM, le PIXSCAN, basé sur un détecteur à pixels hybrides, XPAD2. Dans ce contexte, mon travail de thèse consiste à étudier le démonstrateur PIXSCAN/XPAD2 et donc l’apport des pixels hybrides à l’imagerie du petit animal. Une simulation analytique rapide, FastSimu, a été développée. Une extrapolation des performances du démonstrateur PIXSCAN ainsi que la validation des résultats obtenus avec les données réelles ont été menées à l’aide du simulateur analytique FastSimu. Le démonstrateur PIXSCAN/XPAD2 a permis d’obtenir des images reconstruites d’une assez bonne qualité pour une dose absorbée relativement faible. Sa résolution spatiale est dégradée par un nombre élevé des pixels défectueux présents sur son détecteur XPAD2. Par ailleurs, une nouvelle version du démonstrateur PIXSCAN/XPAD3 est en cours de conception. Cette dernière, caractérisée par des pixels deux fois et demi plus petits et une quasi absence des pixels défectueux apportera une amélioration considérable de la résolution spatiale
Since more than a dozen years, efforts were led in the field of X-ray tomography for small animal principally for the improvement of spatial resolution and the diminution of the absorbed dose. The CPPM developed a micro-CT, PIXSCAN, based on an hybrid pixels detector, XPAD2. In this context, my thesis work consists in studying the demonstrator PIXSCAN/XPAD2 and the contribution of the hybrid pixels in the imaging of the small animal. A rapid analytical simulation, FastSimu, was developed. An extrapolation of the performances of the demonstrator PIXSCAN as well as the validation of the results obtained with the real data were led by means of the analytical simulator FastSimu. The demonstrator PIXSCAN/XPAD2 allowed to obtain reconstructed images with a rather good quality for a relatively weak absorbed dose. Its spatial resolution is degraded by the presence of a high number of defective pixels on its detector XPAD2. Besides, a new version of the demonstrator PIXSCAN/XPAD3 is under fabrication. This last, characterized by pixels two and a half times smaller and the almost absence of the defective pixels will bring a considerable improvement of the spatial resolution

En élevage bovin, la détection précoce des femelles non gravides grâce au diagnostic de gestation permet une réinsémination rapide des animaux. Idéalement, ce diagnostic devrait être réalisé avant la fin du cycle sexuel, pendant la période péri-implantatoire, ce qui n’est pas possible actuellement. Pendant cette étape de la gestation précoce, le conceptus produit un facteur de reconnaissance maternelle de la gestation, l’interféron tau (IFNt), qui occupe un rôle important dans le dialogue entre le conceptus et l’organisme maternel. Plusieurs études ont montré que l’expression de gènes régulés par l’IFNt était augmentée dans l’endomètre et dans les leucocytes sanguins des ruminants, pendant la période péri-implantatoire.Les récentes avancées technologiques permettant l’analyse fonctionnelle du génome ont ouvert de nouvelles perspectives pour l’utilisation de ces marqueurs biologiques à des fins diagnostiques. L'objectif de ce travail a donc été l'identification de marqueurs diagnostiques fiables et précoces de la gestation, dans les cellules immunitaires circulantes des ruminants, ainsi que la caractérisation de la réponse locale (endomètre) et systémique (leucocytes sanguins) de l'organisme maternel à la gestation.Pour identifier de nouveaux candidats, nous avons réalisé un transcriptome des leucocytes d’animaux gravides et non gravides, que nous avons combiné à une analyse transcriptomique de l’endomètre caronculaire et des nœuds lymphatiques drainant spécifiquement l'utérus. Pour des raisons pratiques, ces prélèvements ont été réalisés chez l’ovin. A partir de ces résultats, nous avons sélectionné, parmi les gènes différentiellement exprimés (DEG), des candidats pour mettre au point un test de diagnostic précoce de gestation chez la brebis dans un premier temps, puis chez la vache dans un second temps. L’expression de ces gènes a été évaluée par RT-qPCR et des tests de diagnostic de gestation basés sur les niveaux d‘expression de ces gènes ont été conduits sur 2 lots expérimentaux de brebis et de vaches puis, sur un lot de brebis provenant d’élevages commerciaux. Cinq candidats ont été identifiés et évalués : CXCL10, STAT1, MX1, MX2, ISG15. Les tests, performants dans les lots expérimentaux, n’ont pas permis de discriminer efficacement la gestation dans le lot d’animaux d’élevage commerciaux. Chez ces animaux, une grande variabilité de l’expression des gènes candidats a été observée et suggère un défaut de spécificité de ces gènes dans le cadre du diagnostic de gestation en élevage.Pour comprendre ce défaut de spécificité, une analyse conjointe des transcriptomes des leucocytes sanguins, des nœuds lymphatiques et de l’endomètre caronculaire a montré un différentiel d’expression pour respectivement 118, 17 et 2823 gènes dans les 3 tissus explorés. Peu de DEG ont été trouvés dans les nœuds lymphatiques. Mais, si 78 % des DEG dans les leucocytes sanguins l’étaient aussi dans l’endomètre, les DEG communs à l’endomètre et aux leucocytes ne représentent que 3 % des DEG de l’endomètre. Les analyses de data mining ont mis en évidence dans les leucocytes et dans l’endomètre une réponse forte associée à la gestation, une réponse de type interféron liée à l’IFNt. Cependant, cette signature transcriptomique commune aux deux tissus n’est pas spécifique de la gestation et peut être associée à la présence d’agents infectieux.Ce travail a ainsi permis de mettre en évidence une certaine concordance entre la réaction locale et la réponse périphérique de l’organisme maternel à la gestation. Mais il a également montré que la signature transcriptomique de type interféron observée n’est pas spécifique de la gestation. Ce défaut de spécificité est à l’origine du manque de fiabilité du test de diagnostic de gestation basés sur les niveaux d’expression des gènes régulés par l’interféron que nous avons tenté de mettre au point. D’autres études sont nécessaires pour identifier des marqueurs alternatifs de la gestation, indépendants de l’IFNt
In cattle farming, reproductive performance is closely linked to farm profitability. The early identification of non-pregnant females, using pregnancy diagnosis tests, would allow rapid re-insemination of the animals, thus shortening the interbreeding interval. Ideally, pregnancy detection would be performed prior to the return to oestrous, namely at the time of implantation, which is not possible using current state-of-the-art pregnancy diagnosis techniques. At this early stage of pregnancy, the conceptus produces a ruminant-specific antiluteolytic signal, the interferon tau, which is responsible for the maternal pregnancy recognition. This interferon is critical in the communication between conceptus and maternal organism. The expression of numerous genes has been reported to be regulated by the interferons, in the endometrium and in blood leucocytes of ruminants, at the time of implantation.Recent technical advances for functional analysis of the genome have provided new opportunities for the use of these biological markers in pregnancy diagnosis. The main purpose of this work was to identify non-invasive, reliable and early pregnancy diagnostic markers in immune circulating cells, along with the characterisation of the local and systemic responses of the maternal organism to pregnancy.In order to identify new candidate genes, we performed a transcriptome analysis of pregnant and non-pregnant peripheral blood mononuclear cells, which we combined to a transcriptome analysis of the caroncular endometrium and the lymph nodes that specifically drain the uterus. For practical and cost-effectiveness reasons, these samples were collected in sheep. Based on the results of the transcriptome analysis, we selected, among the differentially expressed genes (DEG), a set of candidate genes in order to develop an early pregnancy diagnosis test initially in ewes and in cows in a second step. Expression of these genes was assessed using real time qPCR. Based on the expression levels of these candidate genes, pregnancy diagnosis tests were performed on different sets of animals: an experimental set of ewes, an experimental set of cows and finally, on a set of ewes from commercial herds. Five candidate genes were identified and evaluated: CXCL10, STAT1, MX1, MX2 and ISG15. Diagnosis tests displayed reliable results in the experimental sets of animals but failed to discriminate pregnancy in the set of farm animals. In this group, we observed high variations in interferon stimulated genes (ISG) expression levels highlighting the low specificity of ISG based pregnancy diagnosis tests performed in farm on heterogeneous batch of animals.To understand this lack of specificity, a simultaneous transcriptome analysis of blood leucocytes, lymph nodes and caroncular endometrium revealed respectively 118, 17 and 2823 DEG. Very few DEG were noticed in the lymph nodes. But if 78% of the DEG in blood leucocytes were found in the endometrium as well, only 3% of the DEG in the endometrium were shared with blood cells. Data mining analysis of the lists of DEG showed a strong pregnancy associated response in both blood leucocytes and the endometrium, an interferon response type, related to the implication of the interferon tau. However, this transcriptomic signature, identified in both biological tissues, is not pregnancy specific as it is frequently associated with pathogen agents.Finally, this work has enabled to highlight the slight correlation between the local (endometrium) and the peripheral (blood leucocytes) response during early pregnancy. But this work has also pointed out that the transcriptomic signature related to pregnancy, an interferon response type, is not pregnancy-specific. This lack of specificity is due to the unreliability of ISG based pregnancy diagnosis tests. Further investigations are needed to identify alternative pregnancy markers, independent of the interferon tau

Les épizooties du passé, malgré leur impact économique, sanitaire et social sur les sociétés agro-pastorales anciennes, sont particulièrement mal documentées en archéologie, et leurs millions de victimes semblent n’avoir laissé aucune trace matérielle. Cette thèse s’attache donc à démontrer qu’il est non seulement possible de mettre en évidence des dépôts animaux consécutifs à des crises de mortalité, mais aussi d’identifier les causes spécifiques des décès. Elle adopte une démarche interdisciplinaire, mêlant méthodes et données de l’archéologie, de l’histoire et de la médecine vétérinaire. Deux outils méthodologiques y sont développés. Le premier est une grille d’analyse permettant l’identification des crises de mortalité animales parmi tous les dépôts de faune rencontrés en archéologie. Le second est une démarche de diagnostic différentiel de la nature des crises, reposant sur la confrontation entre les caractéristiques épidémiologiques des dépôts animaux et celles des principales causes de mortalité identifiées aux époques étudiées. Des examens complémentaires ciblés permettent alors la validation des hypothèses diagnostiques obtenues. Une cinquantaine de dépôts animaux témoignant vraisemblablement de crises de mortalité passées sont ainsi identifiés dans la bibliographie, corpus faisant l’objet d’une analyse multicritère diachronique et spécifique. Six assemblages ovins datés de l’Antiquité à la période Moderne font ensuite l’objet d’une étude archéologique et ostéologique approfondie. L’application du protocole d’analyse permet la formulation d’hypothèses diagnostiques dans cinq cas sur six, et dans un cas sa confirmation par la mise en évidence du pathogène incriminé
Acute episodes of animal mortality had severe impacts on past societies, with lasting economical, sanitary and social consequences. They remain however largely undocumented, in particular in archaeology, where the millions of animal victims described in historical texts appear to have left no material evidence. This dissertation thus strives to explore this discrepancy and to demonstrate that not only is it possible to identify archaeological deposits of mass animal mortality, but that it is also possible to diagnose the specific cause of the deaths. Theses aims are addressed by an interdisciplinary approach, drawing on methods and data from the fields of archaeology, history and veterinary science, and leading to the development of two methodological tools. The first tool allows the identification of animal mass mortality deposits through a flow chart based on objective archaeological criteria. The second presents as a protocol allowing the differential diagnosis and those of the main causes for animal mortalities in that time and place. Selected diagnostic hypotheses are then tested by targeted analyses. This allows us to identify fifty-one archaeological animal deposits probably resulting from mass mortality events in the bibliographical record, and to carry out a multi-criteria analysis of the resulting corpus in a diachronic and a species-specific perspective. Six ovine assemblages dating from the Roman period to the Modern period are then selected for an in-depth archaeological and osteological study. Likely diagnostic hypotheses are identified through our protocol in five cases out of six, one of which is confirmed by the paleoparasitological identification of the suspected pathogen

Le wssv (white spot syndrome virus) est un agent viral hautement pathogene pour les crevettes penaeidae en elevage. Il est a l'origine de l'effondrement de la production de crevettes en asie et plus particulierement en chine. Nos recherches ont d'abord porte sur la construction de differentes banques genomiques issues de fragments d'adn viral. A partir de ces donnees nous avons tente d'assembler des fragments afin de reconstituer le genome viral, d'en dresser la carte physique et d'en determiner sa taille. Un certain nombre de fragments sequences on pu etre analyses, et utilises comme outils de diagnostic. Nos resultats montrent que le wssv possede un genome d'une taille tres importante pour un virus (environ 300 kbp), montrant un profil de restriction (eco ri, hind iii et bam hi) tres complexe de par le nombre de sites detectes. L'analyse de sequences nucleiques et proteiques partielles n'a que tres peu montre de similarite avec des genes connus de virus. En revanche, certaines de ces sequences semblent plutot se rapprocher (par alignement de sequences et analyse phylogenetique) de genes d'eucaryotes comme la tata-box binding protein ou la ribonucleotide reductase. Ces resultats montrent que ce virus, malgre une convergence morphologique de sa structure avec celle des baculoviridae, serait eloigne de par ses caracteres genetiques de cette famille et appartiendrait plutot a une nouvelle famille virale. Enfin, de par son spectre d'hotes extremement large parmi les crustaces aussi bien marins que d'eau douce, le wssv apparait comme un virus extremement dangereux pour l'elevage des crustaces en general. Aussi, il etait important de developper des methodes de diagnostic specifiques, sensibles et precoces pour controler sa transmission au niveau de l'ecosysteme particulier que constitue la ferme d'elevage.

Cette thèse présente mon travail de recherche sur la conception d'une chaîne de lecture dédiée à la TEP (Tomographie à Emission de Positons) fondée sur l'APD (Avalanche Photo Diode) pour les petits animaux. Le laboratoire IPHC (Institut Pluridisciplinaire Hubert Curien, UMR 7178) est en train de développer un système d'imagerie multimodale dénommé AMISSA (A Multimodality Imaging System for Small Animal) dédié au petit animal. L'AMISSA est composé par un micro imageur TDMX (micro TomoDensitoMétrie X), un micro imageur TEMP (Tomographie d'Emission Mono Photonique) et un micro imageur TEP. Le TDMX et le TEMP ont été réalisés. L'imagerie TEP permettra d'ajouter la modalité manquante au banc d'imagerie. Deux prototypes ont été développés afin de réaliser la chaîne de lecture complète dédiée à l'APD. Le premier prototype APD Chip est un circuit bas bruit de dix voies. Chaque voie est constituée d'un CSA (Charge Sensitive Amplifier), d'un CR-(RC)2 « shaper » et d'un « buffer » analogique. Le test montre que l'ENC (Equivalent Noise Charge) à l'entrée est égal à 275 ± 2 e- + 10 e-/pF pour un « shaping time » de 136 ns. Le deuxième prototype PETROC est un microcircuit mixte qui comprend un PDH (Peak Detect and Hold) d'huit voies et un TDC (Time-to-Digital Converter) de cinq voies. L'erreur sur le pic détecté est inférieure à 0. 7%. Une interpolation multi-niveaux est incluse dan la conception du TDC afin d'obtenir une plage de mesure de 10 µs et un pas de 20 ps. Dans ce texte, des analyses théoriques et des prototypes sont présentés, ainsi que la conception des circuits. Les résultats des tests du premier prototype sont également exposés
This thesis presents my research work on the conception of a readout chain dedicated to the APD (Avalanche Photo Diodes)-based PET (Positron Emission Tomography) imaging for small animal. The PET imaging allows the conjunction of its modality with the micro CT (X-ray Computerized Tomography) and micro SPECT (Single Photon Emission Computed Tomography) imaging which have been developed at IPHC (Institut Pluridisciplinaire Hubert Curien, UMR 7178). These three imaging compose a multi-modality imaging system for small animal (AMISSA). Two prototypes have been designed in order to finally realize the complete readout chain. The first one (called APD Chip) is a ten-channel low noise front-end circuit. Every channel consists of a Charge Sensible Amplifier (CSA), a CR-(RC)2 shaper, and an analogue buffer. The Equivalent Noise Charge (ENC) in input from test is equal to 275 ± 2 e- + 10 e- /pF for a shaping time of 136 ns. The second prototype PETROC is a mixed circuit. It comprises an eight-channel Peak Detect and Hold (PDH) circuit and a five-channel Time-to-Digital Converter (TDC). The simulation shows that the error is less than 0. 7% over the whole dynamic range. A multi-level interpolation was implemented in the TDC design to obtain a measurement range up to 10 µs and a bin size of 20 ps. In this thesis, the prototypes are presented for both their theoretical analyses and their circuit designs. The test results of the first prototype are also presented