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Dissertations / Theses on the topic 'Déterminants génétiques'
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Acouetey-Ardoin, Dovi Stéphanie. "Déterminants génétiques, nutritionnels et métaboliques de l'asthme professionnel." Thesis, Université de Lorraine, 2012. http://www.theses.fr/2012LORR0213/document.
Full textAbstract:
L'asthme professionnel (AP) est la maladie respiratoire d'origine professionnelle la plus fréquente dans les pays industrialisés. Il s'agit d'une pathologie complexe dite « multifactorielle » mettant en jeu un grand nombre de facteurs de risques génétiques, constitutionnels, comportementaux et environnementaux. Sur le plan génétique, l'asthme professionnel représente un bon modèle pour l'étude de l'asthme chez l'adulte et les mécanismes d'interactions gène-gène-environnement masquant ou modulant l'effet de la génétique restent encore à élucider. Aucune étude épidémiologique sur l'asthme professionnel n'a examiné le rôle des facteurs génétiques à un stade très précoce de l'exposition aux allergènes et aux irritants aéroportés. Nous avons donc cherché dans un premier temps à évaluer le rôle de certains polymorphismes génétiques en rapport avec l'inflammation et l'allergie, à savoir les IL4RA, IL13, TNFa, IL1A et IL5, sur le déclin de la fonction pulmonaire, l'apparition d'une obstruction ou d'une hyperréactivité bronchiques et l'évolution du monoxyde d'azote exhalé (FeNO) chez 441 apprentis boulangers/pâtissiers et coiffeurs (étude MIBAP). Dans cette première partie nous observons des interactions entre IL13 R130Q/IL4RA S478P et IL13 R130Q//IL4RA Q551R et la diminution du volume expiratoire forcé ou de la capacité vitale forcée. Le génotype GG du TNFA-G308A a été trouvé associé à l'hyperréactivité bronchique dans l'ensemble de la population et chez les sujets non atopiques ; nous avons aussi observé que certaines interactions gène-gène étaient associées à une modification du FeNO au cours des deux années d'apprentissage. Dans un deuxième temps, des déterminants nutritionnels de l'asthme ont été explorés dans une population de jeunes travailleurs engagés dans ces métiers à risque depuis 3 à 10 ans (étude ABCD). Les apports en vitamines, principalement les vitamines A, C, E D, et en acides gras polyinsaturés omégas 3 et 6 ont été étudiés par questionnaire de fréquence, le diagnostic d'asthme professionnel étant réalisé au moyen d'une batterie d'outils (examen clinique, spirométrie et test de réversibilité d'une obstruction bronchique, mesure du FeNO et examen des taux sériques d'IgE spécifiques). Les résultats portant sur 31 cas d'asthme professionnel et 196 témoins montrent une différence en fonction de la filière : chez les boulangers-pâtissiers, aucun facteur nutritionnel n'est objectivé, contrairement au groupe des coiffeuses chez qui les asthmatiques présentent des apports plus élevés des vitamines A et D. Un déficit en B12 semble être un facteur de risque de survenue d'asthme professionnel et ce indépendamment de la filière. En revanche, aucune corrélation n'est trouvée avec les taux sériques de l'homocystéine et la vitamine B9. A travers ces études au sein de ces jeunes populations à risque, il ressort que l'expression de certains facteurs de risque de l'asthme professionnel sont modulables en fonction du type d'exposition. Des comportements alimentaires à l'environnement de travail, l'émergence d'une maladie telle que l'asthme professionnel fait appel à des facteurs multiples dont la plupart peuvent être contrôlés et limités par des mesures de prévention efficacesOccupational asthma (OA) is the occupational respiratory disease most common in industrialized countries. It is a multifactorial disease involving a large number of risk factors genetic, constitutional, behavioral and environmental. At the genetic level, occupational asthma is a good model for the study of adult asthma and the mechanisms of interaction gene-gene-environment masking or modulating effect of genetic remain to be elucidated. None epidemiological studies on occupational asthma have examined the role of genetic factors in a very early exposure to allergens and airborne irritants. We initially assess the role of genetic polymorphisms related to inflammation and allergy, namely IL4RA, IL13, TNF, IL1A and IL5, on the decline of lung function, bronchial hyperresponsiveness and increasing of exhaled nitric oxide (FeNO) in 441 apprentice bakers / pastry-makers and hairdressers (MIBAP study). In this first part we observed interactions between IL13 and IL13 R130Q R130Q/IL4RA S478P / / IL4RA Q551R and decreased forced expiratory volume or forced vital capacity. The GG genotype of TNFA-G308A was found associated with bronchial hyperreactivity in the general population and in non-atopic subjects, we also observed that some gene-gene interactions were associated with a change in the FeNO after two years of training. In a second time, nutritionals determinants of asthma were investigated in a population of young workers employed in these occupations at risk from 3 to 10 years (ABCD study). Intake of vitamins, especially vitamins A, C, E,D, and polyunsaturated fatty acids omega 3 and 6 were studied by frequency questionnaire, the diagnosis of occupational asthma is achieved through a battery of tools (review clinical spirometry and reversibility of bronchial obstruction, FeNO measurement and examination of serum specific IgE). The results on 31 cases of occupational asthma and 196 controls showed a difference in terms of the sector: among bakers, no nutritional factor is objectified, unlike the hairdresser's asthmatics that have higher intakes vitamins A and D. B12 deficiency appears to be a risk factor for onset of occupational asthma regardless of the sector. In contrast, no correlation was found with serum levels of homocysteine and vitamin B9. Through studies in these young people at risk, it appears that the expression of certain risk factors of occupational asthma is flexible, depending on the type of exposure. The emergence of a disease such as occupational asthma involves multiple factors, most of which can be controlled and limited by effective preventive measures
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Chèvre, Jean-Claude. "Etude des déterminants génétiques du diabète de type MODY." Paris 6, 2000. http://www.theses.fr/2000PA066594.
Full text
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Carpentier, Philippe. "Les déterminants cognitifs, génétiques et environnementaux du rendement scolaire." Doctoral thesis, Université Laval, 2021. http://hdl.handle.net/20.500.11794/69445.
Full textAbstract:
Le rendement scolaire est un élément essentiel pour le succès socioéconomique, le bien-être personnel et la santé physique des individus. Par conséquent, il est nécessaire de bien comprendre les facteurs associés et les déterminants du rendement scolaire. Alors qu’il est clair que les habiletés cognitives fluides (habiletés cognitives visuo-spatiales, flexibilité cognitive, mémoire à court terme) et cristallisées (connaissances précoces des lettres et des nombres) sont de bons prédicteurs du rendement scolaire, les processus qui sous-tendent leurs associations avec le rendement scolaire sont encore ambigus. Dans le cadre de la présente thèse de doctorat, deux échantillons populationnels ont été utilisés pour documenter le rôle médiateur des habiletés cristallisées préscolaires sur la relation entre les habiletés fluides préscolaires et le rendement scolaire au primaire. Les modèles d’équations structurelles ont montré que les habiletés cristallisées préscolaires sont un médiateur de la relation entre les habiletés fluides et le rendement scolaire au début du primaire. En d’autres mots, l’association entre les habiletés fluides et le rendement scolaire est expliquée par les habiletés cristallisées. Les résultats montrent également que les habiletés cristallisées prédisent le rendement scolaire au-delà des habiletés fluides, mais seulement au début du primaire. De plus, des modélisations génétiques effectuées sur le rendement scolaire au primaire montrent que celui-ci est majoritairement expliqué par des facteurs génétiques et que le rôle de ces facteurs génétiques augmente au début du primaire, au détriment des facteurs environnementaux. Les résultats révèlent aussi des facteurs génétiques et environnementaux qui sont communs aux habiletés cognitives préscolaires et au rendement scolaire durant tout le primaire. De plus, des facteurs génétiques indépendants des habiletés fluides sont communs aux habiletés cristallisées et au rendement scolaire. Ensemble, ces résultats mettent en évidence le rôle central des habiletés cristallisées pour le rendement scolaire futur et renforcent l’importance d’intervenir durant la période préscolaire pour éviter le développement de difficultés académiques futures.
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Saba, Yasaman. "Déterminants génétiques des marqueurs IRM du vieillissement vasculaire cérébral." Electronic Thesis or Diss., Bordeaux, 2024. http://www.theses.fr/2024BORD0466.
Full textAbstract:
Au cours des dernières années l’espérance de vie accrue a conduit à une augmentation majeure du nombre de nouveaux patients atteints de maladies neurologiques communes, notamment AVC et démence. Des preuves croissantes suggèrent que des déterminants précoces tout au long de la vie, y compris des facteurs génétiques, jouent un rôle crucial dans l'apparition de ces maladies. La maladie des petits vaisseaux cérébraux (MPVC) est une cause majeure d'AVC, de déclin cognitif et de démence. La MPVC est le plus souvent « occulte », détectable en imagerie cérébrale en l'absence de manifestations cliniques. Les marqueurs en IRM cérébrale de la MPVC, qui peuvent être mesurés de manière non invasive dans de grandes cohortes, peuvent fournir des informations cruciales sur les mécanismes physiopathologiques sous-tendant AVC et démences. Les hypersignaux de la substance blanche (HSB), les lacunes, les microhémorragies cérébrales et les espaces périvasculaires sont les marqueurs de MPVC les plus souvent étudiés en IRM, tandis que l'imagerie par tenseur de diffusion (DTI) offre de nouvelles opportunités pour explorer la susceptibilité à la MPVC tout au long de la vie. Déchiffrer ces facteurs de risque génétiques de la MPVC, y compris à des stades précoces de la vie, est un outil puissant pour comprendre les mécanismes moléculaires menant à cette maladie. Dans cette thèse, nous avons exploré les déterminants génétiques des marqueurs d'IRM de la MPVC dans la population générale tout au long de la vie, en réalisant de grandes métaanalyses collaboratives d'études d'association génétiques pangénomiques (GWAS), incluant jusqu'à 58,403 participants de la population générale. Tout d'abord, nous avons réalisé une GWAS des HSB stratifiée sur la présence ou absence d'hypertension artérielle. Nos résultats apportent un nouvel éclairage sur les effets modificateurs de l'hypertension artérielle sur la susceptibilité génétique aux HSB. Deuxièmement, nous avons examiné les déterminants génétiques d'un nouveau marqueur en DTI, la « peak width of skeletonized mean diffusivity » (PSMD), en réalisant une première GWAS de PSMD, tout au long de la vie. Nous avons identifié 25 nouveaux loci associés à un PSMD plus élevé, avec une bonne corrélation de la taille d’effets entre des populations européennes et asiatiques. De plus, dans une étude d'association sur l'exome entier à partir de données de séquençage panexomique, des variants rares et la combinaison de variants rares avec perte de fonction ou de variants « singleton » dans 4 gènes différents étaient associés au PSMD. Un volume d’HSB déterminé génétiquement était associé significativement à un PSMD plus élevé non seulement à tous les âges de la vie adulte mais également chez l’enfant. Par ailleurs, les variants communs associés à un PSMD élevé étaient enrichis en gènes exprimés dans les cellules endothéliales cérébrales foetales, suggérant des effets développementaux. En conclusion, ce travail fournit de nouvelles informations sur la génomique des formes complexes de MPVC, tout au long de la vie, dans différents groupes ethniques, et en tenant compte de la présence d'hypertension artérielle, le facteur de risque le plus courant de MPVC. Ces résultats sont informatifs pour le développement de stratégies préventives et thérapeutiques pour la MPVC et ses complications, un enjeu majeur de santé publiqueOver the last century, life expectancy has increased dramatically, contributing to a sharp increase in the number of patients with common neurological disease, especially stroke and dementia. Mounting evidence suggests that early life factors, including genetic factors, play a crucial role in the occurrence of such diseases. Cerebral small vessel disease (cSVD) is a major cause of stroke, cognitive decline and dementia. cSVD is most often covert, detectable on brain images in the absence of clinical manifestations. Brain magnetic resonance imaging (MRI) markers of cSVD, which can be measured non-invasively in large population, can provide crucial insights into the cause of late-life neurological diseases. White matter hyperintensities (WMH), lacunes, cerebral microbleeds, and perivascular spaces are the most commonly studied MRI-markers of cSVD, while diffusion tensor imaging (DTI) offers new opportunity to explore susceptibility to cSVD across the lifespan. Deciphering these genetic risk factors of cSVD, including in early life, is a powerful tool to decipher molecular mechanisms leading to this disease. In this thesis, we explored the genetic determinants of MRI-markers of cSVD in the general population across the lifespan, by conducting large collaborative meta-analyses of genome-wide association studies (GWAS) in up to 58,403 participants from the general population. First, we conducted a GWAS of WMH stratified on hypertension status. Our results shed new light into modifying effects of high blood pressure on genetic susceptibility to WMH. Second, we examined the genetic underpinnings of an emerging DTI marker, peak width of skeletonized mean diffusivity (PSMD), by conducting the first GWAS of PSMD, across the lifespan. We identified up to 25 novel genetic risk loci for PSMD, with good effect size correlation across European and East-Asian ancestries. Additionally, in a whole-exome association study (derived from whole exome sequencing), rare variants and burden of rare loss-of-function or singleton variants in 4 different genes were associated with PSMD. Genetically determined larger volume of WMH was associated with higher PSMD from early childhood to older age. Moreover, common PSMD risk loci were enriched in genes expressed in fetal brain endothelial cells. In conclusion, this work provides new insights into complex genomics of cSVD across the lifespan, across ancestries, and in interaction with hypertension, the most common risk factor of cSVD. These results are informative for the development of efficient preventive and therapeutic strategies for cSVD and its complications, a major public health challenge
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Tarabeux, Julien. "Etude des déterminants génétiques des psychoses à début précoce : Génétique de la schizophrénie et hypothèse glutamatergique." Thèse, Paris 5, 2011. http://hdl.handle.net/1866/12796.
Full textAbstract:
Les troubles schizophréniques (SCZ) ont une forte héritabilité, de l’ordre de 80%, mais, une très faible part du risque génétique a été identifiée. La plupart des études ont considéré l’implication de polymorphismes fréquents, chacun ayant un effet relativement faible individuellement, alors que les études de variants du nombre de copies (CNVs) ainsi que les études d’anomalies chromosomiques ont pointé l’implication possible de variants rares et de novo à une forte pénétrance.
Dans une première partie, nous présentons une synthèse sur les facteurs génétiques dans la SCZ, puis une revue des arguments en faveur de l’implication d’anomalies du système glutamatergique dans la SCZ, domaine sur lequel s’est centré notre travail.
Notre travail s’inscrit dans un projet plus vaste, Synapse to Disease (S2D) ayant pour objectif de séquencer 1000 gènes synaptiques dans des cohortes de patients atteints de schizophrénie ou de troubles du spectre autistique. Nous avons exploré en particulier le système glutamatergique et les récepteurs NMDA. Dans un premier article, nous montrons une association d’une mutation troncante de novo de la kinésine 17, impliquée dans le transport de la sous-unité GRIN2B des récepteurs NMDA. Dans un second article, nous explorons les mutations rares et de novo dans les sous-unités des récepteurs NMDA et montrons l’association de mutation de novo dans GRIN2A et GRIN2B avec des cas de SCZ et d’autisme. Nos résultats renforcent l’idée qu’une part des cas de schizophrénie pourrait être due à l’implication de mutations rare à effet majeur, hypothèse alternative mais non exclusive à l’hypothèse d’interactions entre variants génétiques fréquents à effet mineur.Schizophrenic disorders (SCZ) have high heritability (around 80%), but only a small part has been characterized. Most studies have focussed on common polymorphisms, each having small individual effect, whereas copy number variant and chromosomal abnormalities studies have pointed to the possible involvement of rare and de novo mutations with high penetrance. In the first part of this manuscript, we will present a synthesis on genetic factors of SCZ and then a review of the arguments supporting an involvement of glutamatergic system abnormalities in SCZ, which is the focus of our research. Our work is part of a global project, Synapse to Disease (S2D), that aimed to sequence 1000 synaptic genes in cohort of patients affected with schizophrenia or autism spectrum disorders. We focussed in particular on the glutamatergic system and NMDA receptors. In a first publication we show an association between SCZ and a de novo truncating mutation of kinesin 17, wich has been implicated in the transport of the GRIN2B subunit of NMDA receptors. In a second publication we explore rare and de novo mutations in NMDA receptor subunits. We show an association between de novo mutations in GRIN2A and GRIN2B with cases of SCZ and autism. Our results strengthen the idea that a portion of schizophrenia cases could be related to rare mutations having a high penetrance, an alternative but not contradictory explanation to the hypothesis for an interaction between common variants having a small effect.
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Curtit, Elsa. "Rôle des déterminants génétiques constitutionnels dans le cancer du sein." Thesis, Bourgogne Franche-Comté, 2017. http://www.theses.fr/2017UBFCE017.
Full textAbstract:
Comme pour toute pathologie, la survenue d’un cancer du sein est conditionnée par l’association de facteurs génétiques héréditaires et de facteurs environnementaux acquis. Les facteurs génétiques connus comprennent à la fois des mutations pathogènes rares induisant un risque élevé de développer un cancer du sein et des variants génétiques fréquents (single nucleotides polymorphisms - SNP) responsables d’une faible augmentation du risque. L’ensemble des résultats de ce manuscrit plaide en faveur d’un impact majeur des facteurs génétiques constitutionnels à la fois en ce qui concerne le risque de développer un cancer du sein mais aussi en tant que déterminants du type de cancer du sein, voire du pronostic. La survenue d’un cancer du sein exprimant les récepteurs aux estrogènes et HER2-négatif est associée à 4 SNP introniques du gène FGFR2. Le pronostic des cancers du sein n’est pas associé aux variants impliquant un risque de développer un cancer. Quatre SNP indépendants sont associés à une évolution péjorative des cancers du sein triple-négatifs.La séquence d’événements qui mène du génome du patient à celui de la tumeur reste complexe, mal connue et probablement spécifique à chaque cancer comme l’illustrent les deux cas liés à des mutations germinales BRCA1/2 étudiés en deuxième partie de manuscrit. Le dernier travail permet de faire un lien vers la pratique clinique et rapporte une prévalence des mutations germinales BRCA1/2 d’environ 3% dans une cohorte prospective de patientes présentant un cancer du sein métastatique, non sélectionnées en fonction de leur âge, type de cancer ou antécédents familiauxAs in any disease, the development of breast cancer depends on genetic hereditary factors and environmental acquired factors. Genetic factors of breast cancer involve rare pathogenic mutations with high risk of developing a breast cancer and frequent genetic variants (single nucleotides polymorphisms - SNP) responsible for a low increase in the risk of cancer. The works presented in this manuscript show that germline genetic factors strongly determine the risk of developing a breast cancer, but also the subtype of breast cancer and may impact the prognosis. Estrogen-positive, HER2-negative breast cancer development is associated with 4 intronic SNP in FGFR2 gene. Breast cancer prognosis is not associated with variants conferring a risk of developing a breast cancer. Four independent SNP are associated with bad outcomes in triple-negative breast cancers.The way that leads from patient genome to tumor genome is complex, mainly unknown and probably different for each case, as illustrated in the two case reports involving BRCA1/2 germline mutations described in the second part of the manuscript. Last work is a clinical research trial and shows a prevalence of BRCA1/2 mutations of around 3%, in a prospective cohort with metastatic breast cancer patients unselected on their age, cancer type or family history
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Marangon, Karine. "Marqueurs biologiques de l'oxydation des lipoprotéines : déterminants environnementaux et génétiques." Nancy 1, 1997. http://www.theses.fr/1997NAN12156.
Full textAbstract:
L'oxydation des lipoprotéines pourrait être une étape importante dans l'athérogénèse. Selon la littérature, certains indicateurs plasmatiques de stress oxydatif présenteraient une valeur prédictive dans cette pathologie. Nous avons mis au point les méthodes de mesure et établi les valeurs fréquentes de plusieurs de ces indicateurs, et nous avons examiné dans une population supposée saine du Centre de Médecine Préventive, les facteurs de variation potentiels de ceux-ci parmi les principaux facteurs de risque reconnus (tabac, alcool, cholestérol. . . ) ainsi que l'effet de polymorphismes influençant le métabolisme lipidique, tels que celui de l'apolipoprotéine E ou de la lipoprotéine lipase ; de plus, nous avons conduit une étude de ressemblance familiale de ces indicateurs. Nous avons en outre établi des tests d'étude de la susceptibilité des LDL et des VLDL à une oxydation induite in vitro par le cuivre, ainsi qu'une méthode de mesure des autoanticorps anti-LDL oxydées. L'âge et le sexe n'influencent significativement que la concentration en autoanticorps anti-LDL oxydées : les femmes présentent des concentrations supérieures à celles des hommes du même âge, et les enfants des concentrations plus élevées que les parents. [. . . ]
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Mohammedi, Kamel. "Déterminants génétiques de la néphropathie diabétique : rôle du stress oxydant." Paris 7, 2012. http://www.theses.fr/2012PA077047.
Full textAbstract:
La néphropathie diabétique est la première cause d'insuffisance rénale terminale. Le stress oxydant joue un rôle central dans la pathogénie de la néphropathie. Les enzymes antioxydantes protègent contre le stress oxydant. Objectif : Étude de l'impact des variations alléliques de SOD1, SOD2, CATet GPX1 dans le développement de la néphropathie chez des sujets diabétiques de type 1. Méthodes : 30 polymorphismes ont été génotypes chez 1285 sujets diabétiques de type 1 issus de la cohorte SURGENE (n=340; durée de suivi=10 ans), et des 2 études transversales GENESIS (n-501) et GENEDIAB (n=444). Des modèles de régression logistique et d'analyse de survie ont été utilisés pour estimer les odds ratio et les hazards ratio de la prévalence et de l'incidence de la néphropathie. Toutes les analyses statistiques ont été ajustées ou stratifiées sur les stades de rétinopathie diabétique. Résultats : Nous avons observé des associations de variants de SOD1 (rs 17800135 et rs 1041740), SOD2 (rs2758329, rs8031 et rs4880), C47(rs7947841) et GPX1 (rs3448) avec la prévalence et l'incidence de la néphropathie, et avec le débit de filtration glomérulaire dans la cohorte SURGENE. Ces variants sont également associés à la néphropathie dans les études GENEDIAB et GENESIS: Oxidative stress is involved in the pathogeny of diabetic nephropathy. The antioxidant enzymes play a major role in the detoxification of reactive oxygen species and have a protective effect against diabetic nephropathy. We investigated associations of allelic variations in SOD1, SOD2, CAT and GPXI genes with diabetic nephropathy in patients with type 1 diabetes. Methods: Thirty SNPs in the SOD1, SOD2, CAT and GPXI regions were analyzed in 1285 Caucasian type 1 diabetic patients from the SURGENE prospective study (n=340; 10-year follow-up), GENESIS France-Belgium (n=501) and GENEDIAB (n=444) cross-sectional studies. Cox proportional hazards and logistic regression analyses were used to estimate hazard ratios or odds ratios for the incidence and the prevalence of diabetic nephropathy. Ail analyses were adjusted or stratified by retinopathy stages. Results: In the SURGENE cohort, we observed associations of variants of SOD1 (rs 1041740 and rs!7880135), SOD2 (rs4880, rs2758329 and rs8031), CAT (rs7947841) and GPXI (rs3448) with the prevalence and the incidence of diabetic nephropathy and with the estimated glomerular filtration rate. These variants were also associated with nephropathy in the participants of the GENESIS and GENEDIAB cohorts. Conclusion: SOD1, SOD2, CAT and GPXI genes were associated with the development and the progression of diabetic nephropathy in type 1 diabetic subjects. These results are consistent with a major role for the antioxidant enzymes in the renoprotection against oxidative stress in subjects with type 1 diabetes. Further studies are needed to identify the functional variants that modulate these genetic effects on diabetic nephropathy
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Delplanque, Jérôme. "Étude des déterminants génétiques de l'obésité dans la population française." Lille 1, 2002. https://pepite-depot.univ-lille.fr/RESTREINT/Th_Num/2002/50376-2002-85.pdf.
Full textAbstract:
L'obésité est une maladie multifactorielle complexe. Déterminée par des facteurs génétiques et environnementaux, l'obésité est définie par un excès de masse grasse et affecte près de 20% de la population occidentale. Deux approches ont été entreprises afin d'identifier et d'étudier les gènes de susceptibilité de cette maladie. L'approche "gène candidat" a été appliquée pour trois candidats positionnels appartenant à la région de liaison génétique du chromosome 2p21-23 identifiée dans le laboratoire. Il s'agit des gènes POMC, UCN et GKRP. Les gènes POMC et UCN qui interviennent dans la voie des mélanocortines sont également de bons candidats physiologique au développement de l'obésité. Cette approche a également été utilisée pour l'étude du gène codant pour la protéine Islet Brain 1 dans le diabète de type 2. Même si des mutations identifiées dans ces gènes ont révélé une incidence familiale, aucun d'entre eux ne semble être un déterminant majeur dans le développement de l'obésité ou du diabète de type 2 dans nos populations. En parallèle, nous avons réalisé la première exploration systématique du génome de 134 familles d'enfants obèses. L'analyse non-paramétrique a révélé une liaison suggestive dans 5 régions chromosomiques, 2q32. 3-q35, 6q21-q22. 33, 13q13. 2-q14. 13, 15q13. 2-q14 et 16q22. 1-q23. 3. La plus forte évidence de liaison est observée pour le chromosome 6 avec le percentile 97 et l'indice de sensibilité à l'insuline, pour le chromosome 15 avec l'âge de rebond d'adiposité et pour le chromosome 16 avec l'âge d'apparition de l'obésité. L'analyse plus fine de ces régions a permis de confirmer nos résultats. Nous avons donc sélectionné et entrepris la recherche de mutation de plusieurs gènes potentiellement candidats au développement de l'obésité dont FOXO3A, FOXC2, CTCF et les gènes codant pour les trois sous-unités du récepteur GABA de type A.
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Dubois, Séverine. "Etude des déterminants génétiques de l'obésité humaine dans la population française." Paris 7, 2002. http://www.theses.fr/2002PA077246.
Full text
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Chapuis, Julien. "Identification de déterminants génétiques impliqués dans la composante vasculaire de la MA, par analyses transcriptomiques, génétiques et moléculaires." Phd thesis, Université du Droit et de la Santé - Lille II, 2008. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00326304.
Full textAbstract:
Identification de déterminants génétiques impliqués dans la composante vasculaire de la MA, par analyses transcriptomiques, génétiques et moléculairesLa maladie d'Alzheimer (MA) est une maladie dégénérative du cerveau qui provoque la démence, avec une perte graduelle de mémoire, du jugement, et des fonctions cognitives. Cette maladie apparaît généralement chez les personnes âgées de plus de 65 ans, mais certaines formes moins fréquentes peuvent apparaître plus précocement. Les bases génétiques et moléculaires de la MA sont encore mal connues. L'hérédité des formes à début précoce est liée à des mutations dans trois gènes différents: le gène du précurseur de la protéine amyloïde (APP) sur le chromosome 21, le gène de la préséniline 1 (PS1) sur le chromosome 14 et le gène de la préséniline 2 (PS2) sur le chromosome 1. Cependant, ces mutations expliquent moins de 1% des cas de MA. Dans la grande majorité des cas, la génétique apparaît beaucoup plus complexe car résultant de l'interaction entre des facteurs environnementaux et divers gènes de susceptibilité. Malgré le consensus sur l'importance de la composante génétique de la MA, seul l'allèle ε4 du gène de l'apolipoprotéine E (APOE) a été retrouvé comme un facteur constant de vulnérabilité. Toutefois, plus de 200 gènes ont déjà été proposés comme déterminants génétiques de la MA, mais aucun consensus n'a pu être obtenu pour l'un d'entre eux en raison du manque de robustesse des associations observées au sein de populations indépendantes. Tout d'abord, nous avons cherché à reproduire l'association entre la MA et des polymorphismes localisés dans 3 gènes candidats (VEGF, PON1 et GAB2). Deuxièmement, afin la sélection de nouveaux gènes candidats, nous avons combiné les informations issues de carte génétique avec le profil d'expression de gènes. Cette stratégie résulte de deux grandes observations: (i) l'expression de nombreux gènes est modifiée au cours de l'étiologie de la MA, (ii) les polymorphismes dans les promoteurs de l'APOE, PS1, PS2 et APP gènes ont été associés à l'apparition de la MA. Par conséquent, nous avons supposé que les gènes situés dans les régions chromosomiques définies par des études de liaisons génétiques et présentant une expression différentielle entre des patients et des témoins, pourraient constituer des gènes candidats implique dans la MA. Nous avons effectué l'analyse transcriptomique de 2741 gènes situés dans les régions chromosomiques d'intérêt définies dans le cadre de la MA. Les niveaux de l'expression génique ont été évalués à partir d'ARN totaux provenant de tissus cérébraux post-mortem de malades et de témoins. Cent six gènes ont été retrouvés différentiellement exprimés. Ensuite, nous avons évalué, au sein de ces gènes, l'impact de polymorphismes sur le risque de développer la MA. Le polymorphisme le plus intéressant, situé sur le gène IL33, a été associé à la MA dans 3 populations cas-témoins indépendantes. En outre, nous avons pu montrer une implication de ce gène dans un processus physiopathologie touchant le réseau vasculaire cérébral au cours de la MA. De façon intéressante, IL33 est préférentiellement exprimé dans les cellules vasculaires. En effet, un nombre croissant de données suggèrent un rôle central des facteurs de risque cardiovasculaire, de la modification des parois artérielles, amenant à une hypoperfusion chronique du cerveau et au développement de la physiopathologie de la maladie. Ces données sont basées sur des études épidémiologiques, physiopathologiques, de neuro-imagerie, de neuropathologiques et d'études pharmacologiques. Toutes ces observations indiquent qu' une altération du réseau vasculaire pourrait être un facteur important dans le processus conduisant à la neurodégénérescence chronique dans la MA.
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Legry, Vanessa. "Recherche de déterminants génétiques des phénotypes associés au syndrome métabolique en population." Phd thesis, Université du Droit et de la Santé - Lille II, 2009. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00426888.
Full textAbstract:
Le concept de syndrome métabolique correspond à une association non fortuite chez un individu d'une obésité abdominale, d'une hyperglycémie, d'une hypertriglycéridémie, d'une hypoalphalipoproteinémie (faible taux de HDL-cholestérol) et d'une hypertension artérielle. La détection de sujets présentant ce syndrome permet d'identifier des individus à haut risque cardiovasculaire. Le syndrome métabolique est un désordre complexe et multifactoriel dont l'origine est due à l'interaction entre facteurs génétiques et environnementaux. Dans le but d'identifier de nouveaux facteurs de susceptibilité génétique aux phénotypes du syndrome métabolique, nous nous sommes intéressés à la variabilité génétique commune des gènes codant les récepteurs nucléaires LXRs (liver X receptor) ainsi qu'à la famille de protéines plasmatiques ANGPTLs (angiopoietin-like proteins) dans des études de population d'adultes (MONICA) et d'adolescents (HELENA) (n=1200 chacune). Nous avons mis en évidence une association entre le polymorphisme rs11039155 du gène codant LXRalpha et une diminution de 30% du risque de syndrome métabolique dans les échantillons MONICA Lille et Toulouse. De plus, ce polymorphisme est associé à une augmentation de la concentration plasmatique en HDL-cholestérol (Legry et al 2008). Nous n'avons pas détecté d'impact significatif de ce polymorphisme sur l'expression du gène codant LXRa ou de son gène cible ATP-binding cassette transporter A1 (ABCA1) dans des cultures primaires de macrophages humains. Cependant, l'impact de ce polymorphisme sur la concentration plasmatique en HDL-cholestérol a été confirmé dans l'étude HELENA. Concernant le gène codant LXRbeta, le polymorphisme rs17373080 est associé à une augmentation de 26% du risque d'obésité dans les études MONICA Lille et Toulouse et de 59% du risque de surpoids dans HELENA. Des études fonctionnelles de transfection cellulaire suggèrent que ce polymorphisme pourrait moduler l'expression de LXRbeta in vitro. Nous avons également étudié la variabilité génétique commune de ANGPTL3, 4 et 6, protéines impliquées dans la régulation du métabolisme énergétique. Le polymorphisme rs11207997 de ANGPTL3 est associé à une diminution des taux de HDL-cholestérol et d'ApoA1 dans les études MONICA Lille et HELENA. Par ailleurs, le polymorphisme rs4076317 de ANGPTL4 est associé à une augmentation de l'adiposité dans les études MONICA Lille et HELENA (Legry et al, soumis). De plus, nous avons analysé la variabilité génétique de ANGPTL6. Après avoir évalué la fréquence de 17 polymorphismes génétiques dans une centaine d'individus pris au hasard, nous avons montré que 4 polymorphismes (rs6511435, rs8112063, rs11671983 et rs15723) couvrent plus de 95% de la variabilité génétique connue de ANGPTL6. Le polymorphisme rs8112063 est associé à une diminution de la glycémie dans les études MONICA Lille, Toulouse et Strasbourg combinées. De plus, le polymorphisme rs6511435 est associé à une légère augmentation (20%) du risque de syndrome métabolique dans ces populations (Legry et al 2009, sous presse). Enfin, nous avons confirmé l'impact du polymorphisme rs9939609 du gène FTO (fat-mass and obesity-associated) sur le risque d'obésité (+29%) et de diabète de type 2 (+45%) dans les études MONICA Lille, Toulouse et Strasbourg (Legry et al, sous presse). En conclusion, ces résultats suggèrent un impact non négligeable de la variabilité génétique des gènes codant les LXRs et les ANGPTLs dans la détermination du profil gluco-lipidique et de la masse grasse ainsi que le risque de syndrome métabolique chez l'Homme
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Madore, Anne-Marie. "La recherche de déterminants génétiques dans l'asthme : contribution de deux méthodes génomiques." Thesis, Université Laval, 2009. http://www.theses.ulaval.ca/2009/26885/26885.pdf.
Full text
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Galvez, Lopez Didiana. "Etude des déterminants structuraux et génétiques de la texture de la pomme." Nantes, 2011. http://www.theses.fr/2011NANT2036.
Full textAbstract:
La texture est un critère majeur déterminant la qualité de la pomme. Elle dépend de facteurs cellulaires (parois cellulaires et pression de turgescence) et histologiques à différentes échelles lesquelles sont sous contrôle génétique. L’objectif de cette thèse était d’identifier des marqueurs génétiques associés à la texture du fruit. Une descendance de 150 individus a été phénotypée sur deux années à trois stades de conservation pour des caractères sensoriels et mécaniques, et pour des variables histologiques et biochimiques de la paroi cellulaire. Des corrélations entre des mesures instrumentales et sensorielles et des paramètres histologiques ont été établies alors qu’aucune n’a été trouvée avec les variables biochimiques. Les valeurs d’héritabilité varient de 0. 16 à 0. 94 pour l’ensemble des variables. La recherche de QTL s’est focalisée sur les 31 caractères les plus héritables. Au total, 127 QTL ont été localisés dans 36 régions réparties sur les 17 groupes de liaison du pommier : 25 codent pour les variables instrumentales et sensorielles, sept pour des paramètres histologiques, 27 pour des structures biochimiques pariétales. 19 régions montrent une co-localisation entre des caractères sensoriels et/ou instrumentals avec les mesures histologiques et/ou biochimiques, révélant pour la première fois des liens entre le contrôle génétique de caractères de texture de la pomme avec ceux de déterminants structuraux de la paroi. Ces résultats originaux offrent une base pour la recherche de gènes les contrôlant. Ils ouvrent également de nouvelles perspectives pour l’amélioration de la qualité de la pomme par sélection assistée par marqueurs moléculairesTexture is a major criterion of apple quality. It depends of cellular (cell wall and turgor pressure) and histological factors at different scales, which are under genetic control. The objective of this thesis was to identify new genetic markers related to fruit texture traits. A progeny of 150 individuals was phenotyped over two years at three different storage dates for sensory and mechanical traits, for histological parameters and cell wall biochemistry. Significant correlations were found between texture and histological traits, but no correlations were established with cell wall structures. The heritability values for all the traits varied from 0. 16 to 0. 94. The QTL mapping was focused on the 31 most heritable variables. A total of 127 QTL were located on 36 regions within the 17 apple linkage groups : 25 map for instrumental and sensory parameters, seven for histological and 27 for biochemical cell wall structures. 19 regions showed co-localization between sensory and/or instrumental characters with histological and/or biochemistry, revealing for the first time links between the genetic control of apple texture traits with those of structural cell wall determinants. Three regions co- localized with candidate genes related to fruit development and ripening identified in previous studies. These original results open new perspectives for improving the quality of apple by molecular marker-assisted breeding. They also provide a basis for deciphering new genes controlling structural determinants of texture
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Chapuis, Julien. "Identification de déterminants génétiques impliqués dans la composante vasculaire de la Maladie d'Alzheimer, par analyses transcriptomiques, génétiques et moléculaires." Lille 2, 2008. http://www.theses.fr/2008LIL2S013.
Full textAbstract:
La maladie d'Alzheimer (MA) est une maladie dégénérative du cerveau qui provoque la démence, avec une perte graduelle de mémoire, du jugement, et des fonctions cognitives. Cette maladie apparaît généralement chez les personnes âgées de plus de 65 ans, mais certaines formes moins fréquentes peuvent apparaître plus précocement. Les bases génétiques et moléculaires de la MA sont encore mal connues. L'hérédité des formes à début précoce est liée à des mutations dans trois gènes différents: le gène du précurseur de la protéine amyloïde (APP) sur le chromosome 21, le gène de la préséniline 1 (PS1) sur le chromosome 14 et le gène de la préséniline 2 (PS2) sur le chromosome 1. Cependant, ces mutations expliquent moins de 1% des cas de MA. Dans la grande majorité des cas, la génétique apparaît beaucoup plus complexe car résultant de l'interaction entre des facteurs environnementaux et divers gènes de susceptibilité. Malgré le consensus sur l'importance de la composante génétique de la MA, seul l'allèle ε4 du gène de l'apolipoprotéine E (APOE) a été retrouvé comme un facteur constant de vulnérabilité. Toutefois, plus de 200 gènes ont déjà été proposés comme déterminants génétiques de la MA, mais aucun consensus n'a pu être obtenu pour l'un d'entre eux en raison du manque de robustesse des associations observées au sein de populations indépendantes. Tout d'abord, nous avons cherché à reproduire l'association entre la MA et des polymorphismes localisés dans 3 gènes candidats (VEGF, PON1 et GAB2). Deuxièmement, afin la sélection de nouveaux gènes candidats, nous avons combiné les informations issues de carte génétique avec le profil d'expression de gènes. Cette stratégie résulte de deux grandes observations: (i) l'expression de nombreux gènes est modifiée au cours de l'étiologie de la MA, (ii) les polymorphismes dans les promoteurs de l'APOE, PS1, PS2 et APP gènes ont été associés à l'apparition de la MA. Par conséquent, nous avons supposé que les gènes situés dans les régions chromosomiques définies par des études de liaisons génétiques et présentant une expression différentielle entre des patients et des témoins, pourraient constituer des gènes candidats implique dans la MA. Nous avons effectué l'analyse transcriptomique de 2741 gènes situés dans les régions chromosomiques d'intérêt définies dans le cadre de la MA. Les niveaux de l'expression génique ont été évalués à partir d'ARN totaux provenant de tissus cérébraux post-mortem de malades et de témoins. Cent six gènes ont été retrouvés différentiellement exprimés. Ensuite, nous avons évalué, au sein de ces gènes, l'impact de polymorphismes sur le risque de développer la MA. Le polymorphisme le plus intéressant, situé sur le gène IL33, a été associé à la MA dans 3 populations cas-témoins indépendantes. En outre, nous avons pu montrer une implication de ce gène dans un processus physiopathologie touchant le réseau vasculaire cérébral au cours de la MA. De façon intéressante, IL33 est préférentiellement exprimé dans les cellules vasculaires. En effet, un nombre croissant de données suggèrent un rôle central des facteurs de risque cardiovasculaire, de la modification des parois artérielles, amenant à une hypoperfusion chronique du cerveau et au développement de la physiopathologie de la maladie. Ces données sont basées sur des études épidémiologiques, physiopathologiques, de neuro-imagerie, de neuropathologiques et d'études pharmacologiques. Toutes ces observations indiquent qu' une altération du réseau vasculaire pourrait être un facteur important dans le processus conduisant à la neurodégénérescence chronique dans la MAbz
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Saulnier, Pierre-Jean. "Étude des déterminants génétiques et environnementaux des complications du diabète de type 2." Thesis, Poitiers, 2012. http://www.theses.fr/2012POIT1403/document.
Full textAbstract:
Le diabète de type 2 (DT2) représente un enjeu de santé publique au regard de ses complications, qui sont des maladies complexes, où interagissent des déterminants génétiques et environnementaux.L'objectif de ce travail était d'étudier ces déterminants dans trois populations indépendantes de patients DT2 en couplant études transversales (DIAB2NEPHROGENE) et longitudinales (SURDIAGENE et DIABHYCAR) totalisant 7767 sujets. Via une approche gène-candidat, nous avons focalisé nos recherches sur le système des peptides natriurétiques, le gène NPR3 (codant le récepteur de clairance aux peptides natriurétiques) et les apports sodés puis la voie métabolique des hormones sexuelles, le gène CYP19A1 (codant l’aromatase) et les concentrations de stéroïdes sexuels. Nous avons montré que l'allèle G du rs2270915 du NPR3 est un allèle de risque de pression artérielle (PA) plus élevée et de moindre sensibilité pressive à la réduction sodée qui ne confère pas d'augmentation significative de risque d'évènements cardiovasculaires (ECV) contrairement au rs6889608. Enfin, la survie sans ECV est significativement modulée par les apports en sel avec un risque de morbi-mortalité réduit chez les sujets diabétiques consommant le plus de sel malgré un niveau de PA plus élevé.Nous avons confirmé que le sexe masculin est un facteur de risque pour la néphropathie diabétique (ND) mais également pour la survenue d'ECV. Nous avons montré, chez les hommes, que des concentrations plus élevés d'oestradiol s'associent à une prévalence plus importante de ND mais ne se traduisent pas par une augmentation des événements rénaux oucardiovasculaires. CYP19A1 n'est associé ni avec les niveaux d'oestradiol, ni avec la prévalence ou la sévérité de la ND. Deux SNP s'associent toutefois significativement avec la survenue d'insuffisance rénale chronique terminale.Au total, nous avons identifié dans 2 voies métaboliques distinctes des déterminants génétiques de complications du DT2 ainsi qu'une interaction gène-environnementType 2 diabetes (T2D) is a public health issue because of vascular and renal complications, which are complex diseases with interaction between genetic and environmental determinants.The objective of this work was to study these determinants in three independent populations of T2D patients by coupling cross-sectional (DIAB2NEPHROGENE) and longitudinal studies (SURDIAGENE and DIABHYCAR). Through a candidate-gene approach, we first focused on the natriuretic peptides system, NPR3 gene and sodium intake and then on the metabolic pathway of sex hormones, CYP19A1 gene (coding for aromatase) and sex steroid levels.Our first results showed that NPR3 rs2270915 G Allele was associated with high blood pressure (BP) and a reduced salt-sensitivity of BP. However, this SNP was not associated with any significant risk of cardio-vascular events (CVE) or death, at variance with rs6889608. Ultimately, CVE-free survival was impacted by salt intake with a reduced risk of morbi-mortality in those patients having the greatest intake, though a higher BP.In our second study, we confirmed that male gender was a risk factor for diabetic nephropathy (DN), but also for the occurrence of CVE. In men, we showed higher levels of estradiol (E2) associated with a higher prevalence of ND but without any significant increase in renal or CVE during follow-up. CYP19A1 variants were not associated with either E2 levels or the prevalence of ND. However, 2 SNPs tested, were significantly associated with the occurrence of end stage renal failure. Altogether, we have identified 2 different metabolic ways contributing to the genetic determinants of complications associated with T2D including a gene-environment interaction
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Dionne, Isabelle. "Déterminants environnementaux et génétiques de la dépense et de l'équilibre énergétiques chez l'humain." Thesis, National Library of Canada = Bibliothèque nationale du Canada, 1999. http://www.collectionscanada.ca/obj/s4/f2/dsk1/tape9/PQDD_0004/NQ43062.pdf.
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Choquette, Anne. "Étude des déterminants génétiques des comportements et des apports alimentaires associés à l'obésité." Thesis, Université Laval, 2012. http://www.theses.ulaval.ca/2012/28708/28708.pdf.
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Hanon, Olivier. "Recherche des déterminants génétiques de phénotypes artériels chez l'homme : application au vieillissement vasculaire." Paris 6, 2002. http://www.theses.fr/2002PA066175.
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Dupont, Sophie. "Etude des déterminants génétiques du diabète de type 2 dans la population française." Lille 1, 2000. https://pepite-depot.univ-lille.fr/RESTREINT/Th_Num/2000/50376-2000-308.pdf.
Full textAbstract:
Le diabete de type 2 (dmt2), affecte pres de 5% de la population occidentale. Les mecanismes physiopathologiques responsables de l'hyperglycemie associent un trouble de l'insulino-secretion et une insulino-resistance, sans que l'on sache exactement quelle est l'anomalie primitive. Le dmt2 est une maladie multifactorielle ou de multiples facteurs genetiques et facteurs d'environnement sont etroitement associes. Afin de mieux comprendre l'etiologie du dmt2, nous avons entrepris de localiser puis d'identifier les genes impliques dans son developpement par clonage positionnel, dans une grande collection de familles francaises diabetiques. L'expansion du triplet gaa au sein du gene frda, responsable de l'ataxie de friedreich (maladie associee au developpement de certaines formes d'hyperglycemie) a ete recherchee chez des patients diabetiques. Nous avons egalement etudie les genes codant des facteurs de developpement pancreatique, pax4, neurod1, acvr2b, ainsi que le gene mc3r, codant le recepteur a la melanocortine 3, implique dans le metabolisme des carbohydrates. L'etude de ces differents genes candidats a montre qu'ils n'etaient pas des determinants majeurs du dmt2 dans la population francaise. En parallele, nous avons entrepris l'etude systematique du genome ( genome screen ) de 143 familles diabetiques. Il nous a ainsi ete possible d'identifier des regions du genome liees au dmt2, particulierement sur les chromosomes 3q27-ter, 1q21-q24, 2p21-p16, 20p et 20q. Une etude plus fine de ces regions nous a permis de confirmer la liaison entre ces loci et le dmt2. Dans chaque region chromosomique d'interet, il faut maintenant caracteriser les genes responsables de la maladie. L'identification de ces genes permettra de mieux apprehender les mecanismes physiopathologiques de ce desordre metabolique, de realiser un depistage precoce des sujets porteurs de la susceptibilite genetique et de developper de nouvelles therapeutiques plus etiologiques.
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Behmoaras, Jacques. "Déterminants génétiques de la composition de la matrice extracellulaire artérielle chez le rat." Paris 5, 2005. http://www.theses.fr/2005PA05N01S.
Full textAbstract:
La compréhension des mécanismes impliqués dans la pathogenèse artérielle s'inscrit, entre autres, dans le cadre de l'étude de la matrice extracellulaire artérielle. L' objectif de notre travail est la mise en évidence des gènes qui déterminent la quantité des constituants de la matrice extracellulaire dans la paroi artérielle de rat. Cette thèse se focalise sur l'un d'entre eux : l'élastine. Notre démarche scientifique a été la suivante : 1-Les quantités d'élastine et de collagènes ainsi que les facteurs de croissance régulant la synthèse de ces deux macromolécules ont été mesurées dans les artères de 7 souches de consanguines de rat en vue de mettre en évidence des phénotypes artériels contrastés. 2-L'analyse génétique d'une population F2 issue des croisements entre souche LOU et Brown Norway (BN) a permis la localisation chromosomique de trois loci contrôlant la quantité d'élastine artérielleThe analysis of the components of the extracellular matrix is the first step in understanding mechanism involved in vascular pathology. Our main purpose was the study of genes regulating the extracellular matrix content in the arterial wall of the rat. We studied elastin content in the rat aorta by : 1- Analyzing elastin and collagen contents as well as growth factors regulating their amount in the arteries of seven imbred rat strains in order to establish contrasting arterial phenotypes 2-Whole genome analysis of a F2 population derived by LOU and Brown Norway (BN) crossbreds allowed us the identification of three loci controlling the elastin content in the rat aorta 3-Expression analysis of lysyl oxidase isoforms LOX, LOXL and their substrates in the aorta of three strains displaying different susceptibility to the vascular pathology
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Peyrin-Biroulet, Laurent. "Déterminants génétiques et nutritionnels de l’homocystéine au cours des maladies inflammatoires chroniques intestinales." Thesis, Nancy 1, 2008. http://www.theses.fr/2008NAN10120/document.
Full textAbstract:
Nous avons étudié l'association des déterminants génétiques et nutritionnels du métabolisme de l’homocystéine aux maladies inflammatoires chroniques de l’intestin, et analysé l’implication possible d’une hyperhomocystéinemie dans la pathogénie de la maladie de Crohn via un stress oxydatif accru mesuré par l’activité de la superoxyde dismutase (SOD). La vitamine B12 (p=0,0187) et le génotype MTHFR 677 TT (p=0,0048) étaient les deux seuls facteurs prédictifs indépendants d’une hyperhomocystéinémie >15 µmol/L chez des sujets avec une maladie de Crohn. Les patients avec un antécédent de résection iléale ou de colectomie, ou avec une iléite avaient des taux de vitamine B12 significativement plus bas. L’association entre vitamine B12 et homocystéine restait significative uniquement chez les patients présentant les taux les plus élevés de SOD (p<0,0001). Le génotype MTRR AA était le seul facteur prédictif de risque de maladie de Crohn (odds ratio 3.7, 95% CI 1.218– 11.649, P = 0.0213). Le niveau de SOD était plus élevé (p = 0.0143) et corrélé à l’activité de la maladie de Crohn (score CDAI) (p= 0.0276) chez les sujets porteurs du génotype MTRR AA. Dans la cohorte chinoise, la fréquence de l’allèle 2756G de la méthionine synthase était plus élevée chez les sujets avec une rectocolite hémorragique que chez les contrôles (0,09 (IC à 95 % :0,07-0,12) versus 0,15 (IC à 95% :0,11-0,19), P=0,0137) et était un facteur facteur prédictif de risque de rectocolite hémorragique (Odds ratio = 1,8, IC à 95% :1,09-2,99, P=0,0222). Le génotype MTHFR 677TT était 2,7 plus fréquent chez les patients avec une atteinte pancolique (27,3%, IC à 95% :16,4-42,0 et 10,5%, IC à 95 % :6,3-17,1, P= 0.0123)We investigated the association of genetic and nutritional determinants of homocysteine metabolism with inflammatory bowel diseases and the possible implication of hyperhomocysteinemia in the pathogenesis of Crohn’s disease via an increased oxidative stress measured by superoxide dismutase activity. In multivariate analysis, vitamin B12 and MTHFR 677 TT carriers were the two significant independent factors of plasma homocysteine >15 µmol/L in CD patients (P = 0.0187 and 0.0048, respectively). Patients with a personal history of ileal resection, ileitis, or colectomy had significantly lower vitamin B12 levels.The significant association between homocysteine and vitamin B12 levels remained significant only in patients with the highest superoxide dismutase values (P < 0.0001). The MTRR AA genotype was a significant independent predictor of CD risk (odds ratio 3.7, 95% CI 1.218– 11.649, P = 0.0213). The level of superoxide dismutase was significantly higher (P = 0.0143) and was correlated with Crohn’s Disease Activity Index (CDAI) scores (P for trend = 0.0276) in patients carrying MTRR AA genotype. In The Chinese cohort, methionine synthase 2756G allele frequency was higher in ulcerative colitis than in controls (0.09 (95% C.I. 0.07 – 0.12) vs 0.15 (95% C.I. 0.11– 0.19), P=0.0137) and predicted ulcerative colitis risk in multivariate logistic regression, with an Odds ratio at 1.8 (95 C.I. 1.09-2.99), P=0.0222. Methylenetetrahydrofolate reductase 677TT genotype was 2.7-fold more prevalent in individuals with pancolitis, with respective percentages of 27.3 (95% C.I.16.4-42.0) and 10.5 (95% C.I. 6.3-17.1) (P= 0.0123)
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Beji, Sana. "Identification de nouveaux déterminants génétiques de la tolérance au gel chez Pisum sativum." Thesis, Lille, 2019. http://www.theses.fr/2019LIL1R006.
Full textAbstract:
Chez le pois (Pisum sativum L.) la tolérance au gel est contrôlée par un nombre relativement restreint de loci quantitatifs (QTL, Quantitative Trait loci) mis en évidence par analyse de liaison dans des populations biparentales de cartographie. Le développement récent de SNP en grand nombre et d'outils de génotypage à haut débit offre la possibilité d’approfondir les études du déterminisme génétique responsables de la variation phénotypique du caractère d’intérêt. Au cours de cette thèse, nous avons étudié le déterminisme génétique de la tolérance au gel chez le pois par deux approches de génétique quantitative à savoir la cartographie de QTL par analyse de liaison, et la génétique d'association ou GWAS (Genome Wide Association Study). Une re-détection de QTL de tolérance au gel a été réalisée sur un sous-ensemble de 76 lignées recombinantes (RILs, Recombinant Inbred Lines) issues de la population Champagne x Térèse (Pop2,164 RILs) avec 6486 marqueurs. L’analyse a permis de préciser l'intervalle de confiance des QTL détectés précédemment et d’identifier des marqueurs utilisables pour la cartographie fine. Une cartographie fine de l’un des principaux QTL préalablement identifié (WFD6.1), a été réalisée en utilisant un matériel quasi-isogénique (NILs, Near Isogenic Lines) à ce QTL, dont la création par rétrocroisements assistés par marqueurs avait été préalablement initiée. Les NILs étudiées ont montré un faible taux de recombinaison au niveau du locus ciblé, ce qui a réduit la résolution de la cartographie fine. En parallèle, une analyse de génétique d’association, à partir d’une collection de 365 accessions de pois génotypés avec 11366 marqueurs SNP, a permis d’identifier 62 marqueurs en association significative avec la tolérance au gel. Ces résultats ont confirmé 3 QTL déjà détectés par analyse de liaison, dans de multiples environnements, sur les groupes de liaison (LG, Linkage Groups) III, V et VI. Ils ont également permis d'identifier un nouveau locus sur le LG II et deux loci sur les LGs I et VII, qui n'avaient auparavant été détectés que dans un seul environnement. De plus, nous avons identifié des haplotypes favorables à la tolérance au gel ainsi que les accessions représentatives de ces haplotypes. L’annotation des marqueurs candidats a permis d’identifier 50 gènes sous-jacents aux loci détectés par GWAS et ceux qui sont en déséquilibre de liaison fort (DL (r2) > 0.8) avec les marqueurs significatifs en GWAS. Parmi ces gènes, un CBF (C-repeat Binding Factor), situé sur le groupe de liaison VI au niveau du QTL WFD6.1 a été identifié. En nous basant sur la synténie avec Medicago truncatula, nous avons émis l’hypothèse qu’il existerait un cluster de gènes CBF à cet endroit. Par conséquent, nous avons construit deux banques BAC (Bacterial Artificial Chromosome) à partir de l'ADN de Champagne et Térèse qui présentent des niveaux contrastés de tolérance au gel. Ces banques ont été criblées par des marqueurs dessinés sur les séquences des gènes CBF repérées dans le génome de référence Caméor. Les clones BAC porteurs des marqueurs cibles ont été ensuite séquencées par la technologie de séquençage PacBio®. La caractérisation des séquences obtenues fait partie des perspectives de ce travailIn pea (Pisum sativum L.), frost tolerance is controlled by a relatively small number of Quantitative Trait Loci (QTLs) identified by linkage analyses studies within biparental mapping populations. The recent discovery of high numbers of SNP and the development of high throughput genotyping tools offers the opportunity to further study the genetic determinism responsible for the phenotypic variation of the targeted trait. During this thesis, we investigated the genetic determinism of frost tolerance in pea by two quantitative genetic approaches namely linkage analysis QTL mapping and Genome Wide Association Study (GWAS). A re-detection of frost tolerance QTLs was performed on a subset of 76 recombinant inbred lines extracted from the Champagne x Térèse population (Pop2, 164 RILs) and genotyped with 6486 markers. The analyses allowed to refine the confidence intervals of previously detected QTLs and to identify markers to be used in a fine mapping approach. Fine mapping of one of the formerly identified QTLs (WFD6.1) has been carried out using NILs (Near Isogenic Lines) for the targeted QTL, which creation by marker-assisted backcrossing has previously been initiated. Studied NILs showed a low rate of recombination at the targeted locus, which reduced the resolution of fine mapping. Parallely, a genome wide association mapping, performed within a collection of 365 pea accessions genotyped with 11366 SNP markers, revealed 62 markers in significant association with frost tolerance. Results confirmed 3 QTLs already detected by linkage analyses studies on linkage groups (LGs) III, V and VI, in multiple environmental conditions. They also allowed to identify a new locus on LG II and two loci on LGs I and VII, which have formerly been detected in only one environment. In addition, GWAS allowed to identify favourable haplotypes for frost tolerance and representative accessions carrying these haplotypes. Annotation of candidate markers identified 50 genes underlying the GWAS-detected loci and markers in high linkage disequilibrium (LD (r2) > 0.8) with associated markers. Among these genes, a particular interest for a CBF gene (C-repeat binding factor), located on the linking group VI at a position corresponding to the WFD6.1 QTL, was mentioned. On the basis of the syntenic relationship with Medicago truncatula, we hypothesized the presence of a cluster of CBF genes at this position. Therefore, we constructed two BAC (Bacterial Artificial Chromosome) libraries from the DNA of Champagne and Térèse, characterized by contrasted levels of frost tolerance. These libraries were screened by markers designed from the sequences of the CBF genes identified from the reference genome of Caméor. BAC clones carrying targeted markers were then sequenced by the PacBio® sequencing technology. Further characterization of the obtained sequences obtained is part of the perspectives of this work
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Beji, Sana. "Identification de nouveaux déterminants génétiques de la tolérance au gel chez Pisum sativum." Electronic Thesis or Diss., Université de Lille (2018-2021), 2019. http://www.theses.fr/2019LILUR006.
Full textAbstract:
Chez le pois (Pisum sativum L.) la tolérance au gel est contrôlée par un nombre relativement restreint de loci quantitatifs (QTL, Quantitative Trait loci) mis en évidence par analyse de liaison dans des populations biparentales de cartographie. Le développement récent de SNP en grand nombre et d'outils de génotypage à haut débit offre la possibilité d’approfondir les études du déterminisme génétique responsables de la variation phénotypique du caractère d’intérêt. Au cours de cette thèse, nous avons étudié le déterminisme génétique de la tolérance au gel chez le pois par deux approches de génétique quantitative à savoir la cartographie de QTL par analyse de liaison, et la génétique d'association ou GWAS (Genome Wide Association Study). Une re-détection de QTL de tolérance au gel a été réalisée sur un sous-ensemble de 76 lignées recombinantes (RILs, Recombinant Inbred Lines) issues de la population Champagne x Térèse (Pop2,164 RILs) avec 6486 marqueurs. L’analyse a permis de préciser l'intervalle de confiance des QTL détectés précédemment et d’identifier des marqueurs utilisables pour la cartographie fine. Une cartographie fine de l’un des principaux QTL préalablement identifié (WFD6.1), a été réalisée en utilisant un matériel quasi-isogénique (NILs, Near Isogenic Lines) à ce QTL, dont la création par rétrocroisements assistés par marqueurs avait été préalablement initiée. Les NILs étudiées ont montré un faible taux de recombinaison au niveau du locus ciblé, ce qui a réduit la résolution de la cartographie fine. En parallèle, une analyse de génétique d’association, à partir d’une collection de 365 accessions de pois génotypés avec 11366 marqueurs SNP, a permis d’identifier 62 marqueurs en association significative avec la tolérance au gel. Ces résultats ont confirmé 3 QTL déjà détectés par analyse de liaison, dans de multiples environnements, sur les groupes de liaison (LG, Linkage Groups) III, V et VI. Ils ont également permis d'identifier un nouveau locus sur le LG II et deux loci sur les LGs I et VII, qui n'avaient auparavant été détectés que dans un seul environnement. De plus, nous avons identifié des haplotypes favorables à la tolérance au gel ainsi que les accessions représentatives de ces haplotypes. L’annotation des marqueurs candidats a permis d’identifier 50 gènes sous-jacents aux loci détectés par GWAS et ceux qui sont en déséquilibre de liaison fort (DL (r2) > 0.8) avec les marqueurs significatifs en GWAS. Parmi ces gènes, un CBF (C-repeat Binding Factor), situé sur le groupe de liaison VI au niveau du QTL WFD6.1 a été identifié. En nous basant sur la synténie avec Medicago truncatula, nous avons émis l’hypothèse qu’il existerait un cluster de gènes CBF à cet endroit. Par conséquent, nous avons construit deux banques BAC (Bacterial Artificial Chromosome) à partir de l'ADN de Champagne et Térèse qui présentent des niveaux contrastés de tolérance au gel. Ces banques ont été criblées par des marqueurs dessinés sur les séquences des gènes CBF repérées dans le génome de référence Caméor. Les clones BAC porteurs des marqueurs cibles ont été ensuite séquencées par la technologie de séquençage PacBio®. La caractérisation des séquences obtenues fait partie des perspectives de ce travailIn pea (Pisum sativum L.), frost tolerance is controlled by a relatively small number of Quantitative Trait Loci (QTLs) identified by linkage analyses studies within biparental mapping populations. The recent discovery of high numbers of SNP and the development of high throughput genotyping tools offers the opportunity to further study the genetic determinism responsible for the phenotypic variation of the targeted trait. During this thesis, we investigated the genetic determinism of frost tolerance in pea by two quantitative genetic approaches namely linkage analysis QTL mapping and Genome Wide Association Study (GWAS). A re-detection of frost tolerance QTLs was performed on a subset of 76 recombinant inbred lines extracted from the Champagne x Térèse population (Pop2, 164 RILs) and genotyped with 6486 markers. The analyses allowed to refine the confidence intervals of previously detected QTLs and to identify markers to be used in a fine mapping approach. Fine mapping of one of the formerly identified QTLs (WFD6.1) has been carried out using NILs (Near Isogenic Lines) for the targeted QTL, which creation by marker-assisted backcrossing has previously been initiated. Studied NILs showed a low rate of recombination at the targeted locus, which reduced the resolution of fine mapping. Parallely, a genome wide association mapping, performed within a collection of 365 pea accessions genotyped with 11366 SNP markers, revealed 62 markers in significant association with frost tolerance. Results confirmed 3 QTLs already detected by linkage analyses studies on linkage groups (LGs) III, V and VI, in multiple environmental conditions. They also allowed to identify a new locus on LG II and two loci on LGs I and VII, which have formerly been detected in only one environment. In addition, GWAS allowed to identify favourable haplotypes for frost tolerance and representative accessions carrying these haplotypes. Annotation of candidate markers identified 50 genes underlying the GWAS-detected loci and markers in high linkage disequilibrium (LD (r2) > 0.8) with associated markers. Among these genes, a particular interest for a CBF gene (C-repeat binding factor), located on the linking group VI at a position corresponding to the WFD6.1 QTL, was mentioned. On the basis of the syntenic relationship with Medicago truncatula, we hypothesized the presence of a cluster of CBF genes at this position. Therefore, we constructed two BAC (Bacterial Artificial Chromosome) libraries from the DNA of Champagne and Térèse, characterized by contrasted levels of frost tolerance. These libraries were screened by markers designed from the sequences of the CBF genes identified from the reference genome of Caméor. BAC clones carrying targeted markers were then sequenced by the PacBio® sequencing technology. Further characterization of the obtained sequences obtained is part of the perspectives of this work
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Mathieu, Flavie. "Recherche des déterminants génétiques de la réponse spécifique aux allergènes, phénotype associé à l'asthme, dans l'étude multicentrique EGEA." Paris 11, 2002. http://www.theses.fr/2002PA11T030.
Full textAbstract:
Le but de cette thèse est de rechercher les déterminants génétiques de la réponse spécifique aux allergènes (RSA) dans l'étude française par analyse de ségrégation et par analyse de liaison génétique. L'analyse de ségrégation de 335 familles recensées par un proposant asthmatique a montré une hétérogénéité des familles selon la place du proposant dans la famille (parent ou enfant) sur le plan phénotypique (asthme plus précoce et plus atopique dans les familles où le proposant est un enfant) et génétique (agrégations familiales différentes). Dans les familles recensées par un proposant enfant, les dépendances familiales sont très significatives et peuvent êtres différentes selon le sexe du parent (mère-enfant pour l'atopie et le test cutané à la blatte et père-enfant pour le test cutané à la phléole). L'effet d'un gène majeur n'est pas détectable. L'analyse a été réalisée en corrigeant pour le recensement par un proposant asthmatique par deux méthodes, donnant des résultats similaires. La recherche des gènes de la RSA a été poursuivie par un criblage systématique du génome. Ce criblage a suggéré 5 régions de liaison génétique : 4q13-q21, 10p13, 11p15, 16q22 et 17q. Pour deux de ces régions, une contribution préférentielle des méioses de l'un des parents a été mise en évidence : paternelle en 4q13-q21 (liée au MultiRAST) et maternelle en 10p13 (liée à l'atopie). Sur le plan méthodologique, les propriétés statistiques de trois tests de liaison génétique basés sur des paires de germains atteints ont été étudiés par simulation. L'utilisation de la pondération 2/s pour corriger la non indépendance des paires d'une fratrie de taille s conduit à des tests conservateurs, surtout quand les parents ne sont pas génotypés, alors que l'absence de pondération affecte peu le taux de signification des tests. La comparaison de deux méthodes d'analyse de liaison génétique pour un trait quantitatif, l'une modèle-dépendante, l'autre modèle-indépendantes, a également été effectuée.
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Marchand, Geneviève. "Étude des déterminants génétiques de l'antibiose de Pseudozyma flocculosa, un agent de lutte biologique." Thesis, Université Laval, 2008. http://www.theses.ulaval.ca/2008/25435/25435.pdf.
Full text
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Dufour, Delphine. "Recherche de déterminants génétiques permettant l'adaptation d'une souche Escherichia coli à la mamelle bovine." Thesis, Vandoeuvre-les-Nancy, INPL, 2008. http://www.theses.fr/2008INPL050N/document.
Full textAbstract:
L’objectif de ce travail a été de caractériser la souche MPEC Escherichia coli P4. Une étude phylogénétique a montré qu’elle appartenait au groupe phylogénétique A de l’espèce E. coli et que son génome “core” se rapprochait de celui de la souche commensale non pathogène E. coli K12 MG1655 appartenant également au groupe A. Une recherche au sein de son génome de gènes codant différents facteurs de virulence connus chez les autres pathotypes de l’espèce E. coli a permis de détecter uniquement la présence du gène traT, codant un facteur de résistance au sérum. Un criblage de quinze loci d’ARNt connus pour accueillir fréquemment des îlots génomiques, effectué au sein de son génome, a révélé, pour sept d’entre eux la présence de telles structures. Le séquençage partiel ou complet des régions aval à ces sept loci a montré la présence systématique de séquences nucléotidiques différentes de celles présentes chez E. coli K12 MG1655. Si l’analyse du contenu de ces îlots n’a pas encore permis d’expliquer directement la virulence d’E. coli P4, leur mise en évidence est une première de ce type au sein du pathotype MPEC et laisse envisager la découverte d’autres régions génomiques spécifiques à ce pathotype, pouvant expliquer son tropisme et sa nature. Par ailleurs, afin d’évaluer le rôle d’E. coli P4 dans la caséinolyse élevée du lait observée lors d’une mammite bovine, une sécrétion apparemment constitutive de quatre protéases extracellulaires a été mise en évidence par zymographie caséines. L’activité caséinolytique de ces enzymes ne semble toutefois pas significative, laissant envisager plutôt un rôle dans la virulence de la soucheThe objective of this work was to characterize the MPEC Escherichia coli P4 strain. A phylogenetic study showed that it belongs to the phylogenetic group A of the E. coli species and that its core genome is similar to the one of the commensal non-pathogenic E. coli K12 MG1655 strain which also belongs to the group A. A search in its genome of different genes encoding virulence factors known among other pathotypes of the E. coli species was done and only the traT gene, encoding a serum resistance factor, was detected. A screening of fifteen tRNA loci known for frequently hosting genomic islands, made in its genome, revealed for seven of them the presence of such structures. The partial or complete sequencing of the regions downstream from these seven loci showed the systematic presence of nucleotide sequences different from those present in E. coli K12 MG1655. If the content analysis of these islands does not yet explain the virulence of E. coli P4, their highlighting is the first of this kind in the pathotype MPEC and suggests the discovery of other genomic regions specific to this pathotype, which may explain its tropism and its nature. In addition, to assessing the role of E. coli P4 in milk caseinolysis observed during bovine mastitis, a constitutive secretion of four extracellular proteases was highlighted by casein zymography. However, the caseinolytic activity of these enzymes does not seem significant. This fact may suggest a role in virulence of the strain
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Khiar-Berrahmoune, Hind. "Les déterminants environnementaux et génétiques de phénotypes intermédiaires de l'inflammation dans la cohorte STANISLAS." Nancy 1, 2006. http://www.theses.fr/2006NAN12505.
Full textAbstract:
L'inflammation est une voie métabolique clé de la formation, de la progression et de la rupture des plaques athéromateuses. De plus, plusieurs molécules inflammatoires émergent comme marqueurs potentiels de diagnostic ou de pronostic des pathologies cardio-vasculaires. Cependant, leurs variations physiopathologiques étant importantes, elles doivent être mieux définies pour affiner les limites de décision des données pathologiques. Nous avons donc entrepris durant cette thèse l'étude de la variabilité des phénotypes intermédiaires de l'inflammation due à la génétique et aux facteurs constitutionnels et environnementaux (individuels et familiaux), ainsi que par rapport à des facteurs dits classiques du risque cardio-vasculaire. Ces études ont été menées sur différents sous-échantillons de la cohorte STANISLAS, une cohorte familiale d'individus supposés sains. Ainsi, nous avons mis en évidence les facteurs constitutionnels et environnementaux impliqués dans la variabilité inter-individuelle des concentrations plasmatiques en IL-8 et MCP-1 (2 chimiokines) ainsi que EGF et VEGF (2 facteurs de croissance) chez 304 enfants et 540 adultes. De plus, les valeurs de référence pour ces 4 molécules ont été déterminées. Nous avons trouvé que la concentration en hs-CRP, était corrélée avec le nombre de leucocytes et de plaquettes ainsi qu'avec les concentrations en orosomucoïde, haptoglobine, IL-6 et ICAM-1 mais pas avec celles de l'IL-8, l'IL-18, MCP-1, EGF, VEGF, IGF-1, IGFBP-3, TNF-a, TNF-RII et des sélectines E, L et P ; formant ainsi 2 groupes qui pourraient apporter des informations complémentaires concernant le risque cardio-vasculaire. Nous avons montré que l'évolution de la concentration des protéines de phase aiguë sur 5 ans était significativement associée à celle de l'IMC (D IMC £0 Kg/m2, 0< D IMC <1,6 Kg/m2 et D IMC ³1,6 Kg/m2) chez tous les individus de la famille. Les études en génétique ont permis de montrer que (i) les polymorphismes LTA 252A>G et TNF --308G>A sont associés à une augmentation de la concentration plasmatique en MCP-1, et que (ii) le nombre d'allèles e4 du gène APOE était négativement associé à la concentration sérique de la hs-CRP. Par ailleurs, nous avons montré que dans cette même population il existe une ressemblance familiale de la concentration de l'IL-8, MCP-1, EGF, VEGF et la hs-CRP. Les études de décomposition de la variance montrent que (i) les héritabilités générales de l'IL-8 et EGF sont de 16% et 26,9%, respectivement, et seraient totalement expliquées par l'environnement familial, (ii) la génétique expliquerait 60,6% de la variance de la concentration de VEGF et la totalité de son héritabilité générale, et que (iii) les héritabilités générales de la hs-CRP aux 2 points de recrutement sont de 13% et de 11%, respectivement et seraient totalement expliquées par l'environnement familial. Tous ces résultats confirment la complexité de la régulation du processus inflammatoire, mais peuvent déjà servir à mieux interpréter les résultats biologiques des patients et de comprendre la régulation de la concentration de ces molécules inflammatoires à l'état sain.
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Khiar-Berrahmoune, Hind. "Les déterminants environnementaux et génétiques de phénotypes intermédiaires de l'inflammation dans la cohorte STANISLAS." Nancy 1, 2006. http://www.theses.fr/2006NAN10229.
Full textAbstract:
L'inflammation est une voie métabolique clé de la formation, de la progression et de la rupture des plaques athéromateuses. De plus, plusieurs molécules inflammatoires émergent comme marqueurs potentiels de diagnostic ou de pronostic des pathologies cardio-vasculaires. Cependant, leurs variations physiopathologiques étant importantes, elles doivent être mieux définies pour affiner les limites de décision des données pathologiques. Nous avons donc entrepris durant cette thèse l'étude de la variabilité des phénotypes intermédiaires de l'inflammation due à la génétique et aux facteurs constitutionnels et environnementaux (individuels et familiaux), ainsi que par rapport à des facteurs dits classiques du risque cardio-vasculaire. Ces études ont été menées sur différents sous-échantillons de la cohorte STANISLAS, une cohorte familiale d'individus supposés sains. Ainsi, nous avons mis en évidence les facteurs constitutionnels et environnementaux impliqués dans la variabilité inter-individuelle des concentrations plasmatiques en IL-8 et MCP-1 (2 chimiokines) ainsi que EGF et VEGF (2 facteurs de croissance) chez 304 enfants et 540 adultes. De plus, les valeurs de référence pour ces 4 molécules ont été déterminées. Nous avons trouvé que la concentration en hs-CRP, était corrélée avec le nombre de leucocytes et de plaquettes ainsi qu'avec les concentrations en orosomucoïde, haptoglobine, IL-6 et ICAM-1 mais pas avec celles de l'IL-8, l'IL-18, MCP-1, EGF, VEGF, IGF-1, IGFBP-3, TNF-a, TNF-RII et des sélectines E, L et P ; formant ainsi 2 groupes qui pourraient apporter des informations complémentaires concernant le risque cardio-vasculaire. Nous avons montré que l'évolution de la concentration des protéines de phase aiguë sur 5 ans était significativement associée à celle de l'IMC (D IMC £0 Kg/m2, 0< D IMC <1,6 Kg/m2 et D IMC ³1,6 Kg/m2) chez tous les individus de la famille. Les études en génétique ont permis de montrer que (i) les polymorphismes LTA 252A>G et TNF --308G>A sont associés à une augmentation de la concentration plasmatique en MCP-1, et que (ii) le nombre d'allèles e4 du gène APOE était négativement associé à la concentration sérique de la hs-CRP. Par ailleurs, nous avons montré que dans cette même population il existe une ressemblance familiale de la concentration de l'IL-8, MCP-1, EGF, VEGF et la hs-CRP. Les études de décomposition de la variance montrent que (i) les héritabilités générales de l'IL-8 et EGF sont de 16% et 26,9%, respectivement, et seraient totalement expliquées par l'environnement familial, (ii) la génétique expliquerait 60,6% de la variance de la concentration de VEGF et la totalité de son héritabilité générale, et que (iii) les héritabilités générales de la hs-CRP aux 2 points de recrutement sont de 13% et de 11%, respectivement et seraient totalement expliquées par l'environnement familial. Tous ces résultats confirment la complexité de la régulation du processus inflammatoire, mais peuvent déjà servir à mieux interpréter les résultats biologiques des patients et de comprendre la régulation de la concentration de ces molécules inflammatoires à l'état sain.
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Sicard, Ophélie. "Déterminants génétiques impliqués dans les interactions Arabidopsis thaliana/Potyvirus : identification de déterminants de plante et de virus impliqués dans le développement de symptômes." Bordeaux 2, 2007. http://www.theses.fr/2007BOR21454.
Full textAbstract:
Le criblage d'une collection d'accessions d'A. Thaliana, représentative de la diversité génétique de l'espèce avec des isolats variés du virus de la mosaique de la laitue (LMV) et du virus de la Sharka (PPV), deux potyvirus, a permis d'établir une base de données de phénotypes allant de résistances totales à des infections généralisées symptomatiques. L'analyse du déterminisme génétique du phénotype d'infection généralisée symptomatique identifié dans un grand nombre d'accessions vis-à-vis du PPV, réalisée à l'aide de populations de lignées recombinantes fixées, a permis d'identifier plusieurs QTL vis-à-vis des caractères "symptômes" et "accumulation virale". Cependant nous avons montré qu'il n'y avait qu'une faible corrélation entre ces deux caractères. L'un de ces QTL PS11 a été confirmé par l'utilisation de lignées quasi-isogéniques et sa cartographie fine a été initiée en vue de son clonage positionnel. Pour le QTL PS13, nous avons identifié dans l'intervalle génétique qui le contient le gène codant pour le facteur d'initiation de la traduction elF4G, connu pour être impliqué dans les interactions plante/potyvirus. L'hypothèse de l'absence ou de la non-fonctionnalité de ce facteur et de son influence sur la sévérité des symptômes est discutée. De plus, plusieurs déterminants viraux impliqués dans l'apparition des symptômes ont pu être identifiés Ce travail ouvre des perspectives pour d'une part des études d'association phénotype/génotype qui pourront être effectuées sur les accessions symptomatiques identifiées dans ce travail, et d'autre part des analyses fonctionnelles réalisées sur les déterminants de plante et viraux identifiésThe screening of an Arabidopsis thaliana core collection representing 96 % of the species genetic variability was performed with different isolates of the Lettuce mosaic virus (LMV) and of the Plum pox virus (PPV). It lead to the identification/observation of a large diversity of phenotypes, from total resistance to symptomatic susceptibility. The genetic determinants for symptoms were studied in two related recombinant inbred line (RIL) populations, Cvi/Ler and Col/Ler. Several QTLs (quantitative trait locus) linked to viral accumulation and symptomatic susceptibility were identified whereas a weak correlation traits was detected. The PS11 QTL as identified in both populations and confirmed in isogenic lines ; its fine-mapping was under course. A candidate gene approach focalised on the PS13 QTL region where the gene coding for the translation initiation factor eLF4G is mapping. The hypothesis that the abscence or the non-fonctionnality of this factor known for its implication in plant/potyvirus interactions is determinant for symptom was tested. Besides, different viral determinants implied in symptom development have been identified. This work offers new opportunities for association studies and for functionnal analysis of plant/virus interactions
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Légaré, Cecilia. "Déterminants génétiques et épigénétiques de la variabilité phénotypique de la dystrophie myotonique de type 1." Mémoire, Université de Sherbrooke, 2017. http://hdl.handle.net/11143/11602.
Full textAbstract:
La dystrophie myotonique de type 1 (DM1) est une maladie à transmission autosomale dominante causée par une répétition trinucléotidique CTG située dans la région 3’ non-traduite du gène dystrophia myotonica protein kinase (DMPK). La prévalence mondiale de la DM1 est de 8,26 personnes atteintes par 100 000 habitants : celle-ci est presque 20 fois plus importante au Saguenay-Lac-St-Jean en raison d’un effet fondateur. La présentation clinique de la DM1 peut comprendre divers symptômes dont de la faiblesse musculaire, de la myotonie, des cataractes, de l’insuffisance respiratoire, de l’arythmie cardiaque, de l’hypersomnolence et des troubles cognitifs et endocriniens. Par ailleurs, une grande variation dans la présence et la sévérité de ces symptômes est observée chez les patients et celle-ci n’est qu’en partie expliquée par la longueur des répétitions CTG. Plusieurs mécanismes pourraient expliquer la variabilité inexpliquée dont les défauts d’épissage, la mauvaise régulation des facteurs de transcription, la traduction non-ATG associée aux répétitions et les modifications épigénétiques, en particulier la méthylation de l’ADN. L’objectif de ce projet était donc d’évaluer l’impact de la méthylation de l’ADN au locus DMPK sur la variabilité phénotypique des patients atteints de DM1. Nous rapportons que la méthylation de l’ADN mesurée en amont et en aval de la répétition CTG est respectivement corrélée négativement et positivement avec la longueur de la répétition CTG. La présence d’une interruption de la répétition est associée à un niveau plus élevé de méthylation de l’ADN. À l’aide de modèles de régression linéaire multiple, nous démontrons que la méthylation de l’ADN contribue significativement et indépendamment de la longueur des répétitions CTG, à expliquer la variabilité́ de la force des dorsifléchisseurs de la cheville, de la force de préhension, de la force des pinces, de la capacité́ vitale forcée, du débit expiratoire de pointe, de la pression expiratoire et inspiratoire maximale. La méthylation de l’ADN explique une fraction de la variabilité phénotypique en DM1 et en association avec la longueur de la répétition CTG pourrait aider à améliorer la prédiction de la progression de la maladie chez ces patients.Abstract : Myotonic dystrophy type 1 (DM1) is an autosomal dominant disorder caused by a CTG repeat extension in the 3’ untranslated region of the dystrophia myotonica protein kinase (DMPK) gene. Worldwide, the prevalence of DM1 is 8.26 affected persons per 100 000 persons, but it goes up to 158 affected persons per 100 000 in the Saguenay-Lac-St-Jean region of the province of Quebec (Canada) due to a founder effect. Clinical presentation includes muscular weakness, myotonia, cataracts, respiratory insufficiency, cardiac arrhythmia, hypersomnolence and endocrine and cognitive problems. There is a large variability in the presence and severity of these symptoms that is only partially explained by the CTG repeat length. Many mechanisms such as splicing defects, impaired regulation of transcription factors, repeat-associated non-ATG translation and epigenetic modifications, including DNA methylation, may explain this variability. The objective of this study was to assess the impacts of DNA methylation measured at the DMPK gene locus on phenotypic variability in DM1. We report that DNA methylation upstream of the repeat was negatively correlated with CTG repeat length whereas downstream DNA methylation was positively correlated. The presence of a variant repeat within the CTG repeat was associated with a higher level of DNA methylation. Linear multiple regression models support that DNA methylation contributes significantly and independently of the CTG repeat length to the variability of the ankle dorsiflexor, grip and pinch strengths, as well as forced vital capacity, peak expiratory flow and maximal inspiratory and expiratory pressures. DNA methylation could thus explain part of the phenotypic variability in DM1 and, together with CTG repeat length, could help improve the prediction of the progression of the disease.
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Giroux, Mélissa. "Identification des déterminants génétiques impliqués dans la différenciation phénotypique entre Saccharomyces cerevisiae et Saccharomyces paradoxus." Thesis, Université Laval, 2013. http://www.theses.ulaval.ca/2013/29628/29628.pdf.
Full textAbstract:
L’objectif principal de cette étude était d’identifier les déterminants génétiques causant une différenciation phénotypique entre les levures Saccharomyces cerevisiae et Saccharomyces paradoxus. Ces espèces peuvent s’hybrider malgré des différences écologiques importantes, dont la capacité de croître à haute température. S. cerevisiae et l’hybride sont capables de croître à 37 °C tandis que S. paradoxus ne peut pas. L’approche qui a été utilisée est un test de complémentation. D’abord, les chromosomes de S. cerevisiae ont été enlevés un à un du génome de l’hybride, puis les gènes afin d’augmenter la résolution de l’approche. Ainsi, les chromosomes et les gènes de S. paradoxus qui ne peuvent pas complémenter ceux de S. cerevisiae, empêchant l’hybride de croître à 37 °C, ont pu être identifiés. Les résultats indiquent que la différence entre les taux de croissance de S. cerevisiae et S. paradoxus est causée par de multiples locus ayant des effets mineurs sur le phénotype.
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Pierre, Jean-Baptiste. "Recherche de déterminants génétiques de la date de floraison chez la Légumineuse modèle, Medicago truncatula." Phd thesis, Agrocampus - Ecole nationale supérieure d'agronomie de rennes, 2008. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00653807.
Full textAbstract:
La morphogenèse aérienne inclut des caractères de croissance, de développement et de phénologie, et conditionne fortement la valeur d'usage des Légumineuses. Parmi ces caractères, la floraison est un événement majeur du cycle de vie car elle est déterminante pour le succès reproductif. Elle correspond à la transition généralement non réversible d'un méristème végétatif produisant des feuilles et tiges, en un méristème floral. La régulation de ce phénomène morphogénétique est le fait d'un réseau complexe de signalisations. Les légumineuses cultivées ont souvent des génomes complexes. C'est le cas de la luzerne (Medicago sativa), espèce fourragère pérenne, tétraploïde et allogame ainsi que du pois (P. sativum) qui présente un génome de grande taille. Des études précises peuvent être menées sur la légumineuse modèle Medicago truncatula, espèce diploïde, annuelle, à cycle court et autogame. De nombreuses ressources génétiques et génomiques sont disponibles chez cette espèce qui possède un fort degré de synténie avec la luzerne et le pois. De plus des gènes intervenant dans le déterminisme de la date de floraison ont été décrits chez A. thaliana et chez le pois. L'objectif de la thèse est d'identifier des zones du génome et des gènes en utilisant les connaissances et outils développés chez M. truncatula, A. thaliana et P. sativum dans le déterminisme génétique de la date de floraison chez M. truncatula. Après une analyse de l'effet de la photopériode sur la date de floraison d'une gamme de lignées, une approche " gènes candidats positionnels " a été mise en oeuvre. La méthodologie employée consiste à montrer la variabilité génétique de la date de floraison en réponse à la photopériode, rechercher des QTL (Quantitative Trait Locus) de date de floraison dans trois populations connectées de lignées recombinantes, réaliser une méta-analyse QTL afin de détecter les régions conservées dans le contrôle du caractère entre populations, cartographier finement un QTL majeur et repérer les gènes candidats présents dans son intervalle de confiance. L'expression de ces gènes a été comparée pour deux lignées afin d'associer au caractère les gènes différentiellement exprimés. En chambre de culture, la date de floraison de huit lignées a été mesurée sous deux traitements : 12 heures et 18 heures d'éclairement. Les données montrent qu'il existe de la variabilité génétique pour la date de floraison entre ces huit lignées, que la floraison est plus précoce en jours longs qu'en jours courts et qu'il existe une interaction lignée x photopériode. Un QTL majeur de date de floraison a pu être repéré sur le groupe de liaison 7 dans les trois populations de lignées recombinantes expliquant de 10 à 60 % de la variabilité observée. En méta-analyse sur les trois populations, un QTL consensus a été mis en évidence ayant un intervalle de confiance de seulement 0.9 cM. La cartographie fine de ce QTL a été réalisée sur la descendance (1663 plantes) d'une plante F6 hétérozygote au QTL détecté dans la population LR4. L'intervalle du QTL ainsi détecté couvre 2.4 cM. Six gènes homologues de gènes de floraison décrits chez A. thaliana ont été identifiés dans l'intervalle de ce QTL établi par cartographie fine. Leur séquençage pleine longueur a révélé du polymorphisme entre les deux parents : pour MtCO, homologue de CONSTANS et pour MtFTLc, homologue de FT. Par contre, aucun polymorphisme n'a été détecté pour deux autres homologues de FT (MtFTLa et MtFTLb) ni pour PKS. Une analyse de l'expression différentielle par RT-PCR semi quantitative des six gènes candidats a été réalisée chez deux lignées parentales contrastées pour leur date de floraison. Seul le gène MtCO est différentiellement exprimé entre ces deux lignées ; ce gène est donc actuellement le principal candidat pour expliquer la variation du caractère révélée à ce QTL sur le chromosome7, dans ces populations.
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Descamps, Elodie. "Greigite et magnétite : les déterminants environnementaux et génétiques contrôlant la biominéralisation chez les bactéries magnétotactiques." Thesis, Aix-Marseille, 2018. http://www.theses.fr/2018AIXM0057/document.
Full textAbstract:
Les bactéries magnétotactiques représentent un groupe d’une grande diversité écologique et phylogénétique. Elles sont capables de biominéraliser des nanocristaux de magnétite [un oxyde de fer (Fe(II)Fe(III)2O4)] ou de greigite [un sulfure de fer (Fe(II)Fe(III)2S4)] dans leurs magnétosomes, organites alignés en chaînes permettant la navigation le long des lignes de champ magnétique terrestre. Jusqu'à récemment, seules des souches produisant de la magnétite étaient disponibles en culture pure, conduisant à des études sur les mécanismes de biominéralisation de cet oxyde de fer. En 2011, une nouvelle bactérie capable de former de la magnétite et de la greigite, Desulfamplus magnetovallimortis souche BW-1, a été cultivée avec succès en laboratoire. Dans cette thèse, nous proposons d'utiliser une approche intégrée et multidisciplinaire pour comprendre les mécanismes de biominéralisation de la greigite en utilisant comme modèle d’étude la souche BW-1. Nous avons donc cherché à déterminer les conditions environnementales et biologiques favorisant la formation de la magnétite et de la greigite. Ces travaux ont également conduit à la caractérisation physiologique et phylogénétique de BW-1. Puis, l’utilisation d’approches globales et ciblées de transcriptomique ont permis d'évaluer le taux d'expression des gènes impliqués dans la formation des magnétosomes (magnétite vs. greigite) dans diverses conditions de croissance. Une approche de protéomique a permis d’apporter des informations supplémentaires à cette étude. Ces résultats ont permis de progresser dans la compréhension fondamentale de la biominéralisation in vivo, en particulier pour des bactéries formant de la greigiteMagnetotactic bacteria represent a phylogenetically and ecologically diverse group of prokaryotes able to biomineralize magnetic nanocrystals composed of magnetite [an iron oxide (Fe(II)Fe(III)2O4)] or greigite [an iron sulfide (Fe(II)Fe(III)2S4)] in their magnetosomes, a prokaryotic organelle whose cytoplasmic alignement in chain allows the cell to navigate along the Earth’s magnetic field lines. Until recently, only magnetite-producing strains were available in pure culture. Thus, only the magnetite biomineralization has been studied. In 2011, a new bacterium able to form both magnetite and greigite, Desulfamplus magnetovallimortis strain BW-1, was isolated from Death Valley, California and cultivated in pure culture. In this work, we propose to use an integrated and multidisciplinary approach to understand the mechanisms involved in greigite biomineralization in BW-1 strain. First, we determined the environmental and biological conditions in which magnetite and greigite are formed. This first part of my thesis also contributed to the physiologic and phylogenetic characterization of this bacterium. Secondly, we used global and targeted transcriptomic approaches to evaluate the transcription levels of genes putatively involved in magnetosomes formation (magnetite vs. greigite) under various growth conditions. A proteomic approach provided additional informations to this study.Results obtained during my thesis contribute to the understanding of in vivo biomineralization, particularly for greigite production in magnetotactic bacteria
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Ponthieux, Anne. "Déterminants génétiques et environnementaux de molécules d'adhésion impliquées dans l'athérosclérose : les sélectines et ICAM-1." Nancy 1, 2003. http://www.theses.fr/2003NAN12516.
Full textAbstract:
Les sélectines (E-sélectine, P-sélectine et L-sélectine) et ICAM-I sont des molécules d'adhésion dont la principale fonction est de promouvoir l'adhésion des leucocytes circulants aux cellules endothéliales activées lors du processus inflammatoire. Les sélectines et ICAM-I sont ainsi impliquées dans la physiopathologie de nombreuses maladies à composante inflammatoire dont les pathologies cardio-vasculaires et les maladies inflammatoires et auto-immunes. Les concentrations sanguines de ces molécules, qui reflètent leur expression cellulaire, sont augmentées dans ces conditions pathologiques et certains polymorphismesgénétiques des sélectines et de ICAM-l sont également associés à ces maladies. Dans ce travail, nous nous sommes intéressés à identifier les déterminants de la variabilité interindividuelle des concentrations sanguines des trois sélectines et de ICAM-I. Au sein d'une large population saine, nous avons dans un premier temps défini les intervalles de références des taux sériques des quatre molécules selon l'âge et le sexe. Nous avons ensuite montré que les principaux facteurs de variation biologiques et environnementaux des sélectines et de ICAM-I sont l'âge, le sexe, la consommation de tabac, des marqueurs de l'inflammation, des facteurs de risque cardio-vasculaire, des paramètres glycémiques et des transaminases. Dans un troisième temps, nous avons étudié l'influence des polymorphismes génétiques des molécules d'adhésion sur leur taux circulant. Nous avons ainsi montré que les polymorphismes 599Val/Leu et 715Thr/Pro de la P-sélectine influencent fortement la concentration en P-sélectine et que la mutation 241Gly/Arg de ICAM-I influence faiblement le taux de ICAM-I. Enfin, une étude des ressemblances familiales de concentrations en molécules d'adhésion montre qu'il existe des ressemblances familiales des concentrations en E-sélectine, P-sélectine et ICAM-l alors que nous n'avons pas pu mettre en évidence de ressemblance familiale de la concentration en L-sélectine. Nos résultats de corrélations familiales suggèrent un rôle important de la génétique et de l'environnement commun partagé dans la régulation des concentration en molécules d'adhésion. L'ensemble de ces résultats permet de mieux comprendre la régulation physiologique des sélectines et de ICAM-I et de définir les facteurs à prendre en compte lors d'études sur l'implication de ces molécules d'adhésion dans le diagnostic ou le pronostic de pathologies cardio-vasculaires et inflammatoires.
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Chaib, Jamila. "Caractérisation des déterminants génétiques et moléculaires de composantes de la texture du fruit de tomate." Montpellier, ENSA, 2007. http://www.theses.fr/2007ENSA0005.
Full textAbstract:
La texture est un critère essentiel dans la perception de la qualité organoleptique du fruit de tomate. Cependant, il s’agit d’un caractère complexe dont les différentes composantes (fermeté, farinosité, jutosité) sont essentiellement évaluées par analyses sensorielles. L’objectif de la thèse est d’identifier des mécanismes contrôlant les variations de texture du fruit de tomate, tant au niveau génétique que moléculaire, afin de fournir, à long terme, des outils intéressants pour assister la sélection de ces caractères dans le cadre de l’innovation variétale. Au niveau génétique, la caractérisation des QTL de texture est abordée en cherchant à savoir comment les régions porteuses de QTL interagissent entre elles et comment le fonds génétique peut influencer l’expression de ces QTL. A l'exception de la fermeté, les effets des QTL de qualité ont été retrouvés au niveau des lignées quasi-isogéniques correspondantes dans le fonds génétique utilisé à l’origine pour la détection de QTL. Néanmoins, de fortes interactions entre QTL et fonds génétiques ont été mises en évidence ainsi qu’un effet fort de l’environnement sur l’expression de ces QTL. Parallèlement, la cartographie fine de deux régions où sont localisés des QTL associés à la texture, a été initiée. Les effets des QTL contrôlant la fermeté du fruit ont été détectés au niveau de certaines familles de recombinants et la localisation de ces QTL a été précisée. Au niveau moléculaire, la recherche de gènes candidats dont la fonction et/ou le niveau d’expression sont associés aux variations de texture a été réalisée par des analyses du protéome et du transcriptome. Plusieurs gènes candidats ont été identifiés et la cartographie de certains d’entre eux a révélé une co-localisation avec les QTL ciblés.
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Fontaine, Anne-Sophie. "Recherche de déterminants génétiques et moléculaires impliqués dans la digestibilité des parois du mai͏̈s fourrage." Poitiers, 2002. http://www.theses.fr/2002POIT2293.
Full textAbstract:
La qualité du mai͏̈s fourrage dépend en grande partie de sa digestibilité par les ruminants. Or la lignine, composant de la paroi végétale, est considérée comme le principal facteur limitant la digestibilité des fibres, sources énergétiques du mai͏̈s. Pour comprendre les relations entre la composition des parois et la digestibilité, cette étude a contribué à rechercher des déterminants génétiques et moléculaires de la digestibilité des parois végétales du mai͏̈s. Une étude de la variabilité génétique de la lignine, des acides phénoliques et des dérivés de pyrolyse de la paroi a été réalisée chez des lignées de mai͏̈s. Des QTLs de digestibilité, de lignification et d'acides phénoliques ont été localisés. L'étude du polymorphisme du gène candidat codant pour la cafféate O-méthyltransférase (COMT), enzyme de la lignification, a permis d'aborder le déterminisme moléculaire de la digestibilité. Le fort degré de polymorphisme observé encourage la recherche d'allèle favorable à la digestibilitéForage maize quality, as food value, is mainly dependent on it ruminant digestibility. Hence lignin, a cell wall component, limit fibers (cellulose and hemicellulose) digestibility which were energetic source of this food. In order to understand cell wall composition and digestibility relationships, this study contributed to research genetic and molecular determinants of maize cell wall digestibility. Genetic variation of lignin content, phenolic acids (p-coumaric and ferulic) content and pyrolysis cell wall derived was studied toward several maize inbred. QTLs of digestibility, lignification and phenolic acids traits was localized in crossing population F288 x F271 genetic map. Allelic polymorphism study of candidate gene which code for the cafeate O-methyltransferase (COMT), an enzyme imply in lignin biosynthesis, was allowed to approach cell wall digestibility molecular determinism. The high polymorphism degree observed encouraging alleles research for improving maize digestibility
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Pawelec, Anna. "Caractérisation des déterminants génétiques et moléculaires de la résistance à Alternaria dauci chez la carotte." Angers, 2005. http://www.theses.fr/2005ANGE0009.
Full textAbstract:
La brûlure, due à Alternaria dauci, est la maladie foliaire la plus préjudiciable sur carotte, qu'il s'agisse de production de racines ou de semences. Développer des variétés présentant un niveau de résistance fort et durable est l'un des objectifs principaux des sélectionneurs de l'espèce. Le présent travail a permis d'y contribuer en caractérisant les facteurs de résistance impliqués. Deux familles d'individus en ségrégation pour ce caractère ont fait l'objet, d'une part, d'un phénotypage sur descendances F3 en tunnel (contamination artificielle) et au champ (infestation naturelle) et, d'autre part, d'un génotypage grâce à des marqueurs AFLP, ISSR, APF-RGA. Les deux cartes génétiques obtenues (1367. 6 cM et 1570. 2 cM) ont un espacement moyen des marqueurs de 7. 5 cM. Le logiciel QTLCartographer, a permis de détecter un total de 16 QTL significatifs dont deux expliquent 17 et 24 % de la variation phénotypique totale. Parmi ceux-ci, 10 ont été détectés pour la 1ère date de notation. La phase de l'installation de la maladie pourrait donc être la plus discriminante pour la sélection phénotypique. Au contraire, les QTL détectés pour les 2ème et 3ème dates de notation, généralement avec un R2 plus faible que pour ceux de la 1ère date, pourraient être impliqués dans la limitation de l'invasion de l'hôte par le pathogène ou dans le phénomène de régénération du feuillage. Par ailleurs, une nouvelle procédure d'évaluation de la résistance basée sur un test plante entière est proposée. Enfin, les résultats ont mis en évidence la complémentarité de plusieurs approches moléculaires pour augmenter la saturation de cartes génétiques chez la carotteAlternaria leaf blight is the most important foliar disease on carrot, cultivated for root production as well as seed production. High and sustainable resistance is one of the most important objectives of breeding programs. The present work is a contribution to the characterisation of resistance factors. Two segregating populations were submitted to evaluation following artificial or natural inoculation on one hand, and to genotyping with AFLP, ISSR, APF-RGA markers, on the other hand. Two genetic linkage maps were generated (1367. 6 cM et 1570. 2 cM) with an average spacing of 7. 5 cM between markers. A total of 16 significant QTL were detected using QTLCartographer software. Ten were detected for the first evaluation date, among which two explained 17 and 24% of the total phenotypical variation. Therefore, the host/pathogen recognition could be the most discriminating phase for phenotypical breeding. The QTL detected for the second and third evaluation dates, with a lower R², could be related to invasion control or to foliage regeneration. Moreover, a new procedure for resistance evaluation based on a whole plant test was proposed. Finally, results showed a complementarity between several molecular methods for linkage map saturation within carrot
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Corlouer, Erwan. "Identification des déterminants génétiques et moléculaires contrôlant la stabilité du rendement chez le colza d’hiver." Thesis, Rennes, Agrocampus Ouest, 2020. http://www.theses.fr/2020NSARC149.
Full textAbstract:
Un des enjeux actuels de l’amélioration des plantes est d’assurer une production optimisée et stable dans des systèmes de culture économes en intrants et soumis à des environnements de plus en plus fluctuants. Le phénotype observé résulte de l’expression des effets du génotype et de l’environnement mais aussi de l’interaction génotype × environnement (G×E). Proposer des variétés stables/adaptées à une large gamme de milieux ou adaptées à des environnements spécifiques nécessite de comprendre finement et d’exploiter les interactions G×E. Dans ce contexte, ce travail de thèse a cherché à répondre aux questions suivantes : quels sont les principaux facteurs abiotiques limitant le rendement chez le colza ? Comment valoriser ces facteurs pour établir une typologie des environnements qui permette de les caractériser et de les regrouper de manière à décomposer l’interaction G×E ?Cet envirotypage permet-il de caractériser les déterminants génétiques contrôlant le G×E ? Une stratégie basée sur la caractérisation et l’analyse d’un réseau de 47 essais répartis sur les principales zones de culture du colza en France et conduits dans des conditions contrastées de fertilisation azotée a été déployée pour identifier les facteurs limitant le rendement et regrouper les essais en envirotypes. Puis, une analyse génétique par association a été menée sur 173 génotypes de colza d’hiver expérimentés dans ce réseau afin d’identifier les QTL qui contrôlent le rendement et l’interaction G×E. Des QTL stables et spécifiques ont été identifiés en fonction des envirotypes. L’intérêt de cette approcheOne of the current challenges in plant breeding is to ensure optimized and stable production in low-input cropping systems under fluctuating environments. The observed phenotype results from the expression of the effects of the genotype and the environment in addition to genotype × environment interaction (G×E). Breeding for varieties that are stable/adapted to a wide range of environments or, on the opposite, specifically adapted to targeted environments requires understanding and exploiting the G×E interaction. In this context, this thesis work aimed at answering the following questions: what are the main abiotic factors limiting seed yield in winter oilseed rape. How can these factors be used to define environmental typologies that make it possible to characterize and cluster environments to decompose the G×E interaction? Finally, is this envirotyping relevant to charaterize the genetic determinants controlling the G×E?A strategy based on the characterization and analysis of a network of 47 trials spread over the main rapeseed growing areas in France and conducted under contrasting nitrogen nutrition regimes, was used to identify the factors limiting seed yield in rapeseed and to cluster the trials into envirotypes. Subsequently, a genome wide association study was conducted on 173 winter oilseed rape genotypes tested within this network in order to identify the QTL that control seed yield and the G×E interaction. Stable and specific QTL were identified according to envirotypes. The interest of this approach and the results obtained are discussed, particularly with the
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Lambert, Jean-Charles. "Recherche de déterminants génétiques susceptibles de moduler l'impact de l'apolipoprotéine E dans la maladie d'Alzheimer." Lille 1, 1999. https://pepite-depot.univ-lille.fr/LIBRE/Th_Num/1999/50376-1999-435.pdf.
Full textAbstract:
A ce jour, le seul facteur de susceptibilité génétique reconnu pour la maladie d'Alzheimer est le gène de l'Apolipoprotéine E (APOE). Ainsi, le fait de posséder au moins une copie de l'allèle Epsilon 4 de ce gène augmente de l'ordre de 3 à 5 fois le risque de développer la maladie d'Alzheimer. Plusieurs mécanismes biologiques ont été proposés pour expliquer cette association. Cependant ces différentes hypothèses ne permettent pas d'expliquer la pénétrance incomplète de l'allèle Epsiolon 4, suggérant que d'autres facteurs génétiques ou environnementaux modulent le risque associé à cet allèle. Le but de cette thèse a donc été de rechercher de nouveaux facteurs génétiques interagissant avec l'APOE. Deux approches différentes ont été développées : (i) nous avons postulé qu'une expression différentielle de l'allèle Epsilon 4 pourrait expliquer une susceptibilité individuelle différente. (ii) nous avons testé l'implication de deux gènes situes sur le chromosome 12 : le gène du LRP (Low receptor-related protein), qui code le principal récepteur de l'APOE dans le tissu cérébral et le gène de l'Alpha 2-macroglobuline (Alpha 2M), l'un des principaux ligands du LRP. Nous avons montré que l'expression du gène de l'APOE est probablement un important déterminant du risque de développer la maladie d'Alzheimer. L'expression de ce gène serait en partie modifiée par un polymorphisme du promoteur de l'APOE, Th1/E47cs, l'allèle T de ce polymorphisme augmentant le risque de développer la maladie, indépendamment de l'allèle Epsilon 4. De plus, notre travail suggère que le gène du LRP contribue de façon mineure au risque de développer l'affection, tandis l'Alpha 2m n'aurait aucune implication dans les formes sporadiques. En conclusion, la combinaison des propriétés biochimiques des différentes isoformes de l'APOE et une variabilité de l'expression de ce gène pourrait permettre de mieux définir une susceptibilité individuelle au développement de la maladie Alzheimer.
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Guéant-Rodriguez, Rosa-Maria. "Déterminants génétiques et nutritionnels de l'homocystéine : études de populations et association avec les maladies cardiovasculaires." Nancy 1, 2005. http://www.theses.fr/2005NAN11312.
Full textAbstract:
Nous avons comparé l'association des allèles 677T et 1298C de MTHFR avec le statut en folates, dans des secteurs géographiques ayant des fréquences contrastées. Le Mexique et la Sicile avaient les niveaux en folates les plus élevés et l'Afrique le plus bas. Le Mexique avait la fréquence de l'allèle 677T la plus élevée et la plus basse influence du génotype 677TT sur l'homocystéine (Hcy), l'opposé étant observé en Afrique. Nos données étaient conformes à l'hypothèse d'une interaction gène-nutriment entre C677T et folates. L'Hcy est un facteur de risque pour la maladie coronaire (MC) et l'insuffisance cardiaque aiguë. Nous avons évalué son association avec la dysfonction systolique ventriculaire gauche chez 560 patients admis pour angiographie coronaire. L'Hcy était plus élevée chez les 138 patients avec fraction d'éjection ventriculaire gauche (FEVG) < 40% (P<0. 0001). Elle était corrélée avec la FEVG et le NT-pro-BNP en régression univariée et multiple (P<0. 0001 et P=0. 0073, respectivement). Son association avec la FEVG était indépendante de la MC. L'association de C677T avec la MC semble être limitée tandis que celle avec MTR A2756G, MTRR A66G et TCN C776G reste mal connue. Nous les avons étudiées chez 530 patients coronariens et 248 contrôles appariés. L'Hcy était plus élevée chez les coronariens que chez les témoins (P<0. 0001) et chez des porteurs de MTRR AA et MTHFR 677 TT (P=0. 0102 et P=0. 0065, respectivement). La fréquence de l'allèle A était plus élevée chez les patients que chez les témoins (P=0. 0081). En analyse multivariée, Hcy > médiane et MTRR AA étaient deux facteurs prédictifs indépendants de la MC. Contrairement aux études du Nord de l'Europe, MTRR AA est un facteur de risque indépendant de l'Hcy et de la MC dans une population française non supplémentée.
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Coulon, Audrey. "Identification et caractérisation de déterminants génétiques de la perte synaptique associée à la maladie d'Alzheimer." Electronic Thesis or Diss., Université de Lille (2022-....), 2023. https://pepite-depot.univ-lille.fr/ToutIDP/EDBSL/2023/2023ULILS058.pdf.
Full textAbstract:
La maladie d'Alzheimer (MA) représente la principale cause de démence, et la perte des synapses est perçue comme l'un des éléments centraux dans la physiopathologie de cette maladie. Bien que le premier facteur de risque soit l'âge, la MA présente également une importante composante génétique, et les études d'association pangénomique (GWAS) ont permis de mettre en évidence 76 loci regroupant plusieurs centaines de gènes associés au risque de développer la maladie. Des analyses fonctionnelles post-GWAS sont désormais nécessaires pour préciser la fonction de ces gènes et identifier les mécanismes moléculaires expliquant leurs rôles dans la pathologie.Dans ce contexte, mes travaux ont consisté à mettre en place différentes approches in vitro permettant l'identification et la caractérisation des gènes et des variants impliqués dans la perte synaptique associée à la MA.En développant une nouvelle approche de criblage à haut-contenu, j'ai tout d'abord évalué l'effet de la sous-expression de chacun des facteurs de risque génétiques de la MA sur les synapses de neurones hippocampiques primaires. J'ai ainsi identifié plusieurs gènes impliqués dans la perte synaptique. De manière surprenante, l'un des gènes dont la sous-expression affectait le plus fortement la densité de synapses était le gène PLCG2, dont la fonction neuronale était jusqu'ici inconnue. Dans un second temps, j'ai donc cherché à caractériser de manière plus précise l'impact de l'inhibition de PLCG2 en mesurant l'activité électrique neuronale et les phénotypes classiquement associés à la MA, dans un modèle de neurones humains dérivés de cellules souches pluripotentes induites. Enfin, je me suis intéressée à un autre facteur de risque génétique impliqué dans la fonction synaptique, le gène FERMT2. Afin d'étudier le rôle fonctionnel du variant rs7143400 localisé dans la région 3' non traduite de ce gène, j'ai généré une lignée cellulaire porteuse du variant d'intérêt par CRISPR/Cas9, et évalué son impact sur la régulation de l'expression du gène, et sur le métabolisme du précurseur des peptides amyloïdes.Dans l'ensemble, ces travaux permettent de mieux comprendre comment certains déterminants génétiques influencent le développement de la MA, aidant ainsi à l'identification des mécanismes moléculaires précocement impliqués dans la survenue de cette pathologieAlzheimer's disease (AD) is the prime cause of dementia, and synaptic loss is central to its pathophysiology. Although the most important risk factor is age, AD also has a significant genetic component, and genome-wide association studies (GWAS) have identified 76 loci encompassing hundreds of genes associated with the risk of developing the disease. Post-GWAS functional analyses are now needed to clarify the function of these genes and to identify underlying molecular mechanisms.In this context, I have developed different in vitro approaches to identify and characterize genes and variants involved in the AD-associated synaptic loss.First, I have developed a high content screening to assess the impact of each GWAS-identified AD genetic risk factor on synapse number in rat primary hippocampal neurons. I have identified several genes whose under-expression led to a significant modulation of synaptic density. Surprisingly, one of the best hits was PLCG2, whose neuronal function was unknown so far. Second, I have characterized the impact of PLCG2 gene silencing on neuronal electrical activity and AD-associated phenotypes in a model of induced pluripotent stem cells-derived neurons. Last, my work has focused on another AD genetic risk factor involved in synaptic function, the FERMT2 gene. In order to assess the functional role of the rs7143400 variant, located within FERMT2 gene 3'UTR, I have generated a cell line carrying this variant through CRISPR-Cas9 editing. This model has been used to evaluate the impact of the FERMT2 rs7143400 variant on gene expression and amyloid peptide precursor metabolism.Overall, this work helped to better understand how the PLCG2 and FERMT2 genetic risk factors influence the development of AD, giving further insights into the mechanisms involved the disease onset
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Laurençon, Marianne. "Déterminants génétiques et prédictions de la germination et de la vigueur précoce chez le colza." Electronic Thesis or Diss., Institut Agro, 2025. http://www.theses.fr/2025AGRORA03.
Full textAbstract:
L'implantation de la culture de colza est une phase critique qui conditionne le rendement final, et ce en raison des nombreux stress biotiques et abiotiques en début de cycle. Utiliser le levier variétal pour sélectionner des plantes vigoureuses durant les phases précoces du cycle est une solution pour réussir l’implantation de la culture et garantir le potentiel de rendement. Dans ce contexte, ce travail de thèse a cherché à répondre aux questions suivantes : quel est le déterminisme génétique de la germination et de la vigueur précoce ? Ces traits étant potentiellement polygéniques, est-il possible de les prédire ? Pour cela, un panel de diversité de 233 génotypes de colza (Brassica napus L.) a été phénotypé pour un ensemble de traits physiologiques et de développement afin de décomposer la germination et la vigueur précoce. Les analyses génétiques par association ont mis en évidence la nature polygénique de ces traits par l’identification de 17 et 21 QTL respectivement. Le potentiel de prédiction des traits a été évalué par des approches de prédictions génomiques (à partir de données moléculaires) ou phénomiques (à partir de données spectrales). Les deux approches se sont révélées adaptées pour la prédiction de ces traits. Néanmoins, la variabilité de performance entre les modèles pour les deux approches suggère l’utilisation de modèles spécifiques en fonction des traits et de la population considérée. L’architecture génétique et les prédictions des traits de germination et de vigueur précoce sont discutées, ainsi que de la valorisation des ressources génétiques dans des schémas de sélectionOilseed rape establishment is a critical phase for yield establishment, due to the numerous biotic and abiotic stresses at the beginning of the cycle. Using genetic improvement of varieties to obtain vigorous plants during the early development stages would enable the crop to successful establish and thus guarantee yield potential. In this context, this thesis aimed to answer the following questions: what is the genetic determinism of seed germination and early vigor? As these traits are potentially polygenic, is it possible to predict them? To this end, a panel of 233 rapeseed genotypes (Brassica napus L.) was phenotyped for a set of physiological and developmental traits in order to decompose seed germination and early vigor. Genome-wide association analyses highlighted the polygenic nature of these traits by identified 17 and 21 QTL respectively. In addition, the predictive potential of these traits was assessed using genomic prediction approaches (based on molecular data) and phenomic prediction approaches (based on spectral data). Both approaches were found to be suitable for predicting these traits. However, the variability in performance between models of the two approaches suggests the use of specific models regarding traits and the population considered. Genetic architecture and prediction of establishment traits are discussed, as well as the use of genetic resources in pre-breeding
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Ruchat, Stéphanie-May. "Étude des déterminants génétiques et des interactions gène-gène et gène-environnement associés à l'homéostasie glucidique." Thesis, Université Laval, 2009. http://www.theses.ulaval.ca/2009/26878/26878.pdf.
Full text
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Couvigny, Benoît. "Déterminants génétiques et protéiques impliqués dans les processus d'adhésion de la bactérie commensale humaine Streptococcus salivarius." Thesis, Paris 11, 2014. http://www.theses.fr/2014PA114844.
Full textAbstract:
Afin de caractériser les mécanismes moléculaires sous-jacents au processus d’adhésion des bactéries commensales, nous avons utilisé Streptococcus salivarius comme modèle. Streptococcus salivarius est une bactérie pionière dans la colonisation des surfaces orales chez le nouveau né, et devient par la suite un composant majoritaire du microbiote oral de l'adulte avec un rôle écologique majeur. Nous avons développé une méthode pour identifier, par des tests de criblage phénotypique, les gènes impliqués dans l’adhésion de S. salivarius aux surfaces bactériennes ou de l’hôte. Notre approche a permis d’identifier un ensemble de gènes codant pour des protéines de surfaces, des glycosyltransférases, des transporteurs qui sont impliqués dans les phénomènes d’auto-agréation et / ou de co-agrégation avec d’autres espèces et / ou l’adhésion aux protéines de l’hôte.En particulier, nous avons montré que le système SecA2Y2, qui comprend des gènes codant pour des protéines dédiées à la glycosylation et l'export de protéines de surface riche en sérine (SRRPs), participe aux processus d’agrégation, de formation de biofilms, à l'adhésion in vitro aux protéines de l’hôte et in vivo à la colonisation du tractus digestif de souris. Alors que toutes les bactéries contenant un système similaire possèdent un substrat unique au système, une SRRP, le locus génétique secA2Y2 comprend trois SRRPs qui présentent des rôles complémentaires dans les phénotypes précédement cités. SrpB est spécifiquement impliquée dans la liaison aux cellules epitheliales, tandis que SrpC participe à l’adhésion aux protéines de la matrice extracellulaire et le mucus. De manière atypique, nous avons démontré que le processus de maturation des SRRPs est supporté par glycosyltransférases extra-cluster. Cette étude est le premier rapport indiquant la présence dans une bactérie de trois SRRPs, qui présentent des rôles complémentaires dans l'interaction bactéries-hôte. Bien que le système SecA2Y2 soit principalement associé à la virulence des bactéries pathogènes, il semble être clairement impliqué dans les caractères de commensalité de S. salivarius, tels que la colonisation de ses niches écologiques orales et intestinales. Ce travail offre de nouvelles perspectives sur les mécanismes de colonisation des bactéries commensalesTo characterize molecular mechanisms underlying adhesion of commensal bacteria, we used Streptococcus salivarius (SSAL) as a model. SSAL is among the most important pioneer colonizers of neonatal oral mucosal surfaces, and later becomes a predominant component of the human adult oral microbiota with pre-eminent ecological role. We developed a method to identified, through phenotypic screening assays, genes involved in SSAL adhesion to host or bacterial surfaces. In particular, we showed that the SecA2Y2 system, which comprises genes devoted to glycosylation and export of surface Serine Rich Repeat Proteins (SRRPs), participates to bacterial aggregation, biofilm formation, in vitro adhesion and colonization of mice. While all bacteria containing a similar system possess only one SRRP, the SSAL secA2Y2 locus comprises three SRRPs with complementary role in line with the previous phenotypes. Interestingly, SrpB is specifically involved in the binding to epithelial cells, while SrpC to the extracellular matrix and mucus proteins. We showed that these interactions require glycosylation of both bacterial SRPs and host surfaces. Surprisingly, we demonstrated that this essential process is shared by glycosyltransferases located in other genomic regions. This work is the first report showing the presence in a bacterium of three SRPs, which display complementary roles in bacterial-host interaction. While the SecA2Y2 system is mostly associated to virulence in pathogenic bacteria, it appears to be involved in the expression of commensal traits in SSAL, such as its colonization and its resilience to oral and intestinal niches. This work may offer new insights into the mechanisms of niche establishment (host, microbial communities) of commensal bacteria
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Brunaud, Laurent. "Déterminants nutritionnels et génétiques de l'homocystéine et méthylation de l'ADN : modèles expérimentaux et implications en pathologie." Nancy 1, 2003. https://hal.univ-lorraine.fr/tel-01746923.
Full text
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Tscherning, Charlotte. "Déterminants biologiques et génétiques du VIH-1 et rôle du placenta dans la transmission materno-foetale." Lyon 1, 1998. http://www.theses.fr/1998LYO1T187.
Full text
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Massart, Annick. "Contribution à l'étude des déterminants génétiques opérant chez les patients transplantés rénaux tolérants à leur allogreffe." Doctoral thesis, Universite Libre de Bruxelles, 2020. http://hdl.handle.net/2013/ULB-DIPOT:oai:dipot.ulb.ac.be:2013/309698.
Full textAbstract:
Chaque année en Europe, quelques 70.000 nouveaux patients requièrent un traitement permanent dans le cadre d'une insuffisance rénale terminale. Dans le même temps, on réalise environ 20.000 greffes, laissant quantité de patients en dialyse. Le taux de survie en dialyse est médiocre (2/3 à 3/4 moindre que chez les sujets non dialysés des mêmes âges) ce qui rend le problème de la disponibilité des greffons parfaitement criant. La pénurie de greffons est directement liée à leur survie limitée: 10 ans en valeur médiane et en l'absence de censure pour la mort des patients, ou bien 15 ans si l'on se limite à regarder les pertes de greffes liées à des causes intrinsèques. Plus de 60% des greffons sont perdus des suites de lésions de rejet chronique. Dans ce contexte, nous avons choisi de nous intéresser à de très rares patients, découverts fortuitement, qui en dépit de l'arrêt de leurs immunosuppresseurs pour diverses raisons, maintiennent pendant une durée prolongée d'au moins 1 an, une bonne fonction de leur greffon. Ces patients, tout en étant bien portants, semblent être devenus sélectivement incapables de monter une réaction inflammatoire, à tout le moins destructrice, à l'encontre de leur greffon. On dit qu'ils sont "opérationnellement tolérants". En pratique, ils disposent d'un rein allogénique qu'ils ne rejettent pas mais sans avoir à subir les conséquences néfastes et redoutables des immunosuppresseurs (infections, cancers, diabète, hypertension artérielle, ). Comprendre et maîtriser la tolérance opérationnelle ouvrirait la voie à des transplantations plus durables et plus sûres. Plusieurs études transcriptomiques, mécanistiques et épigénétiques laissent penser que la tolérance opérationnelle repose sur l'expansion de populations cellulaires régulatrices au sein des répertoires alloréactifs, aux dépends des cellules effectrices. Ces équilibresfins seraient maintenus grâce à une série de modifications épigénétiques (microARN, méthylations) assurant une stabilité relative au phénotype. Malgré notre meilleure compréhension des mécanismes responsables de l'homéostasie de la tolérance, ses mécanismes causaux restent à ce jour inconnus.Nous avons émis l'hypothèse que la tolérance requerrait une prédisposition génétique pour pouvoir s'installer, concrètement: que les patients tolérants se distinguent du reste de la population par un excès de variants à haute pénétrance localisés dans les exons de gènes jouant un rôle critique dans le développement de la dite tolérance.Pour valider cette thèse, nous avons, dans un premier temps:- contribué à montrer, au travers de la première étude pangénomique d'association ("GWAS") validée sur le rejet aigu d'allogreffe rénale que le génome des receveurs influençait les réponses alloimmunes, hors du système HLA.- réuni la plus grande cohorte de patients tolérants sur le territoire européen à ce jour composée de 22 patients de la biocollection l'université de Nantes et de 18 patients identifiés prospectivement dans le cadre d'une étude dédiée; TOMOGRAM,- montré que la tolérance était associée à une survie prolongée des greffons,- montré qu'il s'agissait d'une découverte rare, identifiée par les cliniciens chez seulement 0.03% de leurs patients greffés et sans condition prédisposante patente.Dans un second temps, nous avons- séquencé les exomes de 40 patients tolérants et les avons comparés à ceux de 209 contrôles in-house,- filtré nos données selon notre hypothèse de travail et circonscrit un ensemble de variants exoniques moyennement à hautement pathogènes (au total 84.643, répartis dans 16.343 gènes),- comparé les distributions de variants (par gène; par variant) chez les cas et chez les contrôles, à l'aide du test aSKAT-O; un test basé sur une analyse de la variance et ajusté pour les petits échantillons.Nos résultats immédiats ont été soumis à 3 contrôles: une correction pour les hypothèses multiples (FDR 0.05); des interventions pour repérer d'éventuelles stratifications (notamment d'après une analyse en composantes principales ou PCA) et enfin; l'examen soigneux des variants retenus dans les fichiers post-alignement (BAM).Au terme de ce processus, nous n'avons pas pu identifier de variant ou de gène ségréguant avec la tolérance. Nous concluons que la prédisposition à la tolérance repose peu vraisemblablement sur une hérédité monogénique simple et homogène ("mendélienne"). D'autres données, en ce compris nos propres travaux sur les déterminants génétiques du rejet aigu de greffe, nous encouragent à rechercher des causes génétiques plus complexes. De nouvelles études d'association tirant parti du séquençage génome-entier et exploitant des cohortes plus larges sont requises.Doctorat en Sciences médicales (Médecine)
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Haroche, Julien. "Déterminants et supports génétiques de la résistance aux composants A des streptogramines et aux antibiotiques apparentés." Paris 7, 2002. http://www.theses.fr/2002PA077095.
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Tremblay, Karine. "Comparaison de différentes approches méthodologiques dans l'identification de déterminants génétiques de susceptibilité ou de protection pour l'asthme." Thesis, Université Laval, 2009. http://www.theses.ulaval.ca/2009/26257/26257.pdf.
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