Journal articles on the topic 'Détection de voies'

Les pneumonies acquises à l’hôpital (PAH) sont fréquentes. À l’ère des techniques diagnostiques de biologie moléculaire (multiplex polymerase chain reaction), les rares données disponibles estiment que les virus respiratoires sont impliqués dans 22 à 32 % des épisodes. Les patients immunodéprimés constituent probablement la population la plus à risque. La présentation clinique et radiologique ne diffère pas entre pneumonies bactériennes, virales et mixtes (virus–bactérie). L’excrétion prolongée de virus respiratoires dans les voies aériennes a été rapportée chez les patients immunodéprimés. Elle pourrait promouvoir la co-infection bactérienne, associée à des durées d’hospitalisation prolongées. L’acquisition intrahospitalière a été démontrée chez tous les virus respiratoires. Elle encourage la mise en œuvre et le respect des mesures d’hygiène et de confinement, dans l’objectif de protéger soignants, visiteurs et patients. De nombreux points restent largement méconnus, relatifs aux interactions entre virus respiratoires et pathogènes non viraux, aux périodes d’incubation, ou encore aux durées d’excrétion virale. L’amélioration des techniques diagnostiques et l’accumulation de données épidémiologiques et cliniques devraient permettre de mieux appréhender le rôle des virus respiratoires dans les PAH. Cette meilleure connaissance aidera à rationaliser l’utilisation des tests de détection et facilitera l’interprétation de leurs résultats. Elle guidera aussi le clinicien dans l’utilisation future des nombreuses molécules antivirales actuellement en développement clinique chez l’homme.

Le diagnostic des Encéphalopathies Spongiformes Transmissibles (EST) des ruminants est aujourd’hui basé sur la mise en évidence de l’isoforme pathologique, résistante à la protéinase K, de la protéine PrP, la PrPres. La PrPres peut être mise en évidence in situ, à l’aide de techniques immunohistochimiques ou, bien après extraction et traitement à la protéinase K, par des techniques immunochimiques (western blot, Enzyme Linked ImmunoSorbent Assay). Si le diagnostic de routine des encéphalopathies spongiformes animales a fait de gros progrès ces dernières années, il demeure un diagnostic post-mortem qui n’est applicable qu’aux tissus nerveux d’animaux suffisamment âgés pour permettre la formation de dépôts de PrPres dans le système nerveux central. La biopsie d’amygdales offre une possibilité de diagnostic ante-mortem chez les seuls animaux dont le tissu lymphoïde présente une accumulation de PrPres, les ovins génétiquement sensibles et la chèvre. Deux voies de développement des tests sont poursuivies actuellement : d’une part la mise au point d’un diagnostic sanguin précoce basé sur la détection de PrPres ou d’un autre marqueur spécifique de l’incubation d’une EST, et d’autre part des tests permettant de distinguer entre elles les souches de prion, notamment la souche Encéphalopathie Spongiforme Bovine (ESB). Ces évolutions constitueraient un progrès considérable pour notre compréhension des modes de transmission des EST et pour l’efficacité de la prophylaxie sanitaire.

Abstract Le sepsis est une réponse inflammatoire systémique à une infection présumée ou démontrée. Puisque c’est une cause importante de morbidité et de mortalité, plusieurs sociétés professionnelles ont lancé des initiatives ces dernières années, lesquelles ont débouché sur la rédaction de directives pour déceler le sepsis et le traiter rapidement. Les principaux aspects des directives les plus récentes sont résumés dans le présent point de pratique. Ils incluent la détection de changements à l’état clinique et aux signes vitaux qui doivent évoquer la possibilité de sepsis, tels que la fièvre, la tachycardie et des modifications de la perfusion périphérique, de même que la stabilisation initiale des voies respiratoires, de la respiration et de la circulation. Ils englobent également l’administration opportune d’une thérapie antimicrobienne, l’utilisation de bolus liquidiens et de médicaments vasoactifs et des considérations particulières chez les patients atteints de troubles médicaux sous-jacents, comme l’emploi de corticoïdes pour traiter une possible insuffisance surrénalienne découlant d’une suppression de l’axe hypothalamo-surrénalien. Deux modifications sont apportées aux directives précédentes, soit une réévaluation clinique après chaque bolus liquidien en raison de la crainte d’une surcharge hydrique et le remplacement de la dopamine comme agent vasoactif initial chez les patients pédiatriques hypotendus par de l’adrénaline ou de la noradrénaline en fonction du contexte clinique. Le présent point de pratique porte principalement sur la prise en charge du sepsis chez les nourrissons plus âgés, les enfants et les adolescents.

Les troubles anxieux des sujets âgés de plus de 65 ans ont une prévalence estimée entre 3,2 % et 14,2 % et représentent une source de souffrance importante, de baisse d’autonomie et impliquent un surcoût pour la société. Les troubles anxieux des sujets âgés sont fréquents mais souvent sous-diagnostiqués du fait d’une expression différente par rapport aux jeunes (nécessitant l’utilisation des mesures validées chez les sujets âgés) et de la comorbidité somatique et psychiatrique fréquentes. La plupart de ces troubles anxieux ont débuté avant l’âge de 41 ans (90 %) moins de 1 % débutent après l’âge de 65 ans. Parmi les troubles anxieux des sujets âgés les phobies spécifiques (incluant l’agoraphobie) et le trouble anxieux généralisé (TAG) seraient les plus fréquents suivis de PTSD. La prévalence de l’agoraphobie est élevée et son expression suggère un sous-type de l’âge avancé. Plusieurs barrières sont source de sous-diagnostique et donc de sous traitement pour les troubles anxieux des personnes âgées : la dépression comorbide (fréquente et source de résistance au traitement), les troubles cognitifs, les troubles somatiques (présents chez plus de 80 % des sujets > 65 ans) ainsi que la difficulté à différentier les symptômes de l’anxiété des personnes âgés des changements psychologiques et physiques survenant avec le processus du vieillissement (ex. pattern du sommeil). Les troubles anxieux des personnes âgées sont source d’une plus grande difficulté dans la vie quotidienne, d’une faible adhésion aux traitements et sont à risque élevé de dépression comorbide et de suicide, de chutes, d’impotence physique et fonctionnelle et de solitude. Par ces différentes voies, les troubles anxieux sont source d’augmentation de la dépendance des personnes âgées. Ces données impliquent l’importance d’une détection appropriée de ces troubles fréquents chez les personnes âgées et la mise en place des traitements adaptés ainsi que des mesures de prévention efficaces.

La maîtrise de la reproduction contribue à optimiser la productivité de l’exploitation. La réglementation de la production biologique n’impose pas de conduite de reproduction spécifique, mais limite les pratiques autorisées parmi l’ensemble des stratégies disponibles pour les éleveurs. Les conséquences de ces limitations sont plus ou moins pénalisantes selon l’espèce animale considérée. Ainsi, l’interdiction des traitements hormonaux représente le principal obstacle pour la maîtrise de la reproduction en agriculture biologique (AB) chez les petits ruminants et les porcins. La maîtrise de la saisonnalité de la reproduction est un objectif pour la plupart des éleveurs ovins et caprins. Dans ces deux espèces, la reproduction est possible tout au long de l’anoestrus saisonnier grâce à des traitements lumineux sans recours à la mélatonine, mais des difficultés de mise en œuvre font qu’ils sont aujourd’hui peu utilisés en AB. En élevage conventionnel ovin et caprin, l’insémination artificielle (IA) est réalisée à un moment fixe après synchronisation hormonale des ovulations et sans détection d’oestrus. En AB, l’IA est autorisée sur chaleurs naturelles : cela implique la pratique systématique de la détection des chaleurs sur plusieurs jours pour identifier les femelles à inséminer. Pour cette raison, l’IA est très peu pratiquée en AB chez ces deux espèces. La synchronisation des ovulations par effet mâle est une alternative prometteuse pour simplifier les protocoles d’IA, facilitant l’accès des éleveurs AB aux schémas de sélection et donc la généralisation de cette pratique. La conduite de reproduction la plus courante en élevage de porc conventionnel est dite en 7 bandes. La durée du cycle d’une bande est de 21 semaines dont 4 semaines d’allaitement. En AB, le règlement européen impose l’augmentation du temps d’allaitement des porcelets à 40 j minimum. En pratique, le sevrage a lieu à 42 j avec une conduite en 8 bandes, le cycle de reproduction s’étend donc à 23 semaines. En AB comme en conventionnel, le sevrage est la principale méthode utilisée pour la synchronisation de l’oestrus des truies dans leur bande. L’efficacité de la conduite en bandes est toutefois pénalisée en AB par l’interdiction des traitements hormonaux, utilisés fréquemment en conventionnel pour intégrer les cochettes dans les bandes, pour recycler des femelles décalées ou pour prévenir des oestrus de lactation. Cependant, l’interdiction de l’utilisation d’hormones ne pénalise pas la pratique de l’IA car elle est réalisée sur oestrus naturels synchronisés par le sevrage chez la majorité des producteurs en AB et en élevage conventionnel. Chez les bovins, l’insémination est pratiquée de manière générale sur chaleurs naturelles. Lors de la mise à la reproduction, la mise en place de la semence est réalisée par insémination artificielle (majoritaire en élevage laitier) ou par monte naturelle (majoritaire en élevage allaitant). L’interdiction des traitements hormonaux d’induction et de synchronisation des chaleurs n’est donc pas pénalisante en AB par rapport à l’élevage conventionnel. La mise à la reproduction est possible toute l’année, avec des contraintes qui diffèrent selon les objectifs de production. Les voies de recherche pour le développement de méthodes naturelles de maîtrise de la reproduction utilisables en AB sont très diverses, multidisciplinaires et souvent communes aux différentes espèces de mammifères d’élevage. L’INRA contribue fortement à l’amélioration des méthodes existantes et à leur adaptation aux contraintes d’élevage. Il s’implique également dans la conception et la validation de nouvelles approches de maîtrise de la reproduction sans hormones. Ce développement ne pourra connaître un véritable essor que dans le cadre d’une relation étroite entre la recherche finalisée et les professionnels.

Background: AmpC or class C or group 1 beta lactamases are class C cephalosporinases that hydrolyse a wide variety of beta-lactam antibiotics including alpha methoxy beta-lactams (cefoxitin), narrow and broad spectrum cephalosporins. This study was conducted to characterize plasmid-mediated AmpC producing enteric Gram- negative bacteria from patients with lower respiratory tract infections in Obafemi Awolowo University Teaching Hospital Complex (OAUTHC) Ile Ife, Osun State, NigeriaMethodology: A total of 149 patients with clinical features of lower respiratory tract infections (LRTI) were selected by simple random sampling for the study. All Gram-negative isolates recovered from standard microbiological cultures of respiratory specimens of these patients were tested against cefoxitin, third generation cephalosporins (3GCs), and other antibiotics using the disc diffusion AST method, and also screened for production of AmpC beta-lactamases phenotypically by the CLSI method. Plasmid DNA extraction was carried out on twenty-nine cefoxitin-resistant selected isolates using the Kado and Lin method, while genotypic detection of plasmid-mediated AmpC gene was carried out by the polymerase chain reaction (PCR) assay.Results: The results showed that 204 (43.3%) of 471 isolates recovered from the 149 selected patients were resistant to 3GC in the AST assay, among which 121 (59.3%) were resistant to cefoxitin, and 189 of the 471 isolates (40.1%) were AmpC producers. The AmpC producers concurrently showed multiple resistance pattern to other antibiotics tested in this study. Ninety six percent of the 29 selected isolates for plasmid analysis contained plasmids, 45% of which amplified positive on PCR for CMY, 38% for FOX, and 31% for ACC types of AmpC genes.Conclusion: This study showed a high degree of antibiotic resistance among enteric Gram-negative bacteria recovered from patients with LRTIs, as well as high degree of plasmid-encoded AmpC genes responsible for this high antibiotic resistance among the isolates. Proper antibiotic policy and regulation are required to limit the spread of plasmid mediated AmpC β-lactamase producing organisms because they can lead to therapeutic failure in infected patients in the nearest future. French title: Caractérisation phénotypique et génotypique des bêta-lactamases AmpC à médiation plasmidique dans les bactéries entériques Gram-négatives de patients atteints d'infections des voies respiratoires inférieures dans un hôpital tertiaire, sud-ouest du Nigéria Contexte: Les bêta-lactamases AmpC ou de classe C ou de groupe 1 sont des céphalosporinases de classe C qui hydrolysent une grande variété d'antibiotiques bêta-lactamines, y compris les alpha-méthoxy bêta-lactamines (céfoxitine), les céphalosporines à spectre étroit et large. Cette étude a été menée pour caractériser les bactéries à Gram négatif entériques produisant de l'AmpC à médiation plasmidique chez des patients atteints d'infections des voies respiratoires inférieures du complexe hospitalier universitaire d'Obafemi Awolowo (OAUTHC) Ile Ife, État d'Osun, NigériaMéthodologie: Un total de 149 patients présentant des caractéristiques cliniques d'infections des voies respiratoires inférieures (LRTI) ont été sélectionnés par échantillonnage aléatoire simple pour l'étude. Tous les isolats à Gram négatif récupérés à partir de cultures microbiologique standard d'échantillons respiratoires de ces patients ont été testés contre la céfoxitine, les céphalosporines de troisième génération (3GC) et d'autres antibiotiques en utilisant la méthode AST de diffusion sur disque, et également criblés pour la production de bêtalactamases AmpC phénotypiquement par le Méthode CLSI. L'extraction de l'ADN plasmidique a été réalisée sur 29 isolats sélectionnés résistants à la céfoxitine en utilisant la méthode Kado et Lin, tandis que la détection génotypique du gène AmpC à médiation plasmidique a été réalisée par le test de réaction en chaîne par polymérase (PCR).Résultats: Les résultats ont montré que 204 (43,3%) des 471 isolats récupérés des 149 patients sélectionnés étaient résistants à la 3GC dans le test AST, parmi lesquels 121 (59,3%) étaient résistants à la céfoxitine et 189 des 471 isolats (40,1%) étaient des producteurs d'AmpC. Les producteurs d'AmpC ont montré simultanément plusieurs profils de résistance à d'autres antibiotiques testés dans cette étude. Quatre-vingt-seize pour cent des 29 isolats sélectionnés pour l'analyse des plasmides contenaient des plasmides, dont 45% amplifiés positifs par PCR pour CMY, 38% pour FOX et 31% pour les types ACC des gènes AmpC.Conclusion: Cette étude a montré un degré élevé de résistance aux antibiotiques parmi les bactéries entériques Gram-négatives récupérées chez des patients atteints de LRTI, ainsi qu'un degré élevé de gènes AmpC codés par plasmide responsable de cette résistance élevée aux antibiotiques parmi les isolats. Une politique et une réglementation appropriées en matière d'antibiotiques sont nécessaires pour limiter la propagation des organismes producteurs β-lactamase d'AmpC à médiation plasmidique car ils peuvent conduire à un échec thérapeutique chez les patients infectés dans un avenir proche.

L’hyperglycémie provoquée par voie orale (HGPO) est indiquée et effectuée chez les patients pour lesquels on suspecte des anomalies du métabolisme du glucose. Les critères de diagnostic du diabète sont assez codifiés. Cependant l’état prédiabétique est associé à une perturbation moins prononcée de la glycémie à jeun et/ou de celle après 2 heures. Pour réaliser une HGPO, il faut mesurer la glycémie avant l’administration de 75 g glucose et deux heures après. Des prélèvements à 30, 60 et 90 minutes sont souvent réalisés en plus des deux prélèvements des temps obligatoires. Depuis quelques années, la mesure de la glycémie 60 minutes après l’administration de 75 g de glucose, est devenue une pratique de plus en plus courante. Cette pratique semble être plus fiable en post HGPO chez des sujets dont le profil glycémique normal et qui ont une glycémie à 60 minutes supérieure ou égale à la valeur de 1,55 g/L.

La connaissance de l’incidence et de la prévalence des infections est essentielle dans les études épidémiologiques des trypanosomoses chez le bétail. Ces études reposent sur des techniques de diagnostic directes et indirectes. Les examens parasitologiques ont une très faible sensibilité. La détection par PCR a une meilleure sensibilité, mais ne permet pas la détection de la plupart des infections chroniques. La détection des anticorps dirigés contre les trypanosomes par Elisa-indirect est l’outil le plus adapté pour évaluer l’importance des trypanosomoses dans les populations bovines. Toutefois, la détection des anticorps chez les bovins ne signifiant pas que les animaux sont activement infectés, la connaissance de la persistance des anticorps après traitement curatif ou élimination naturelle des parasites est essentielle pour l’interprétation des résultats. La persistance des anticorps anti-Trypanosoma vivax a été évaluée par Elisa-indirect chez 32 bovins métis (zébu x Baoulé) naturellement infectés par Trypanosoma vivax, après traitement à l’acéturate de diminazène (7 mg/kg par voie intramusculaire). Avec une séroprévalence initiale de 100 p. 100, la chute des anticorps a été sensible trois mois plus tard, pour atteindre une séroprévalence de 3 p. 100 cinq mois après le traitement. Les cas positifs persistants étaient dus à la persistance de l’infection ou la réinfection de deux animaux pendant le suivi (animaux éliminés de la cohorte) et un cas non expliqué. La séroprévalence a décru plus rapidement chez les jeunes. Il est suggéré que la séroprévalence en Elisa-indirect Trypanosoma vivax quatre à cinq mois après un traitement curatif indique la prévalence des infections actives.

Salmonella est le principal agent zoonotique pathogène en Europe après Campylobacter (2). Les produits à base de viande de porcs sont souvent incriminés. Cependant, ce pathogène est difficilement détectable en élevage puisque le portage est asymp­tomatique. Malgré une localisation tropicale, la filière porcine de la Réunion est également concernée par ce problème (1).L’objectif de cette étude a été d’identifier les différentes voies de contamination tout au long de la filière porcine. Pour cela, un lot de porcs (sélection de trois truies par lot et cinq porcelets par truie) dans trois élevages positifs en salmonelles ont été suivis depuis la mise bas jusqu’au produit fini. Au stade de l’élevage, l’excrétion de salmonelles a été mise en évidence par des prélèvements indi­viduels de fèces quelques jours après la mise bas, puis pendant la nurserie, le postsevrage et l’engraissement. Des échantillons d’ali­ment et d’eau ainsi que des prélèvements d’environnement par chiffonnage (salles et couloir avant transfert, abords de l’élevage, autres productions animales sur le site) ont également été collectés à chaque visite.Au stade de l’abattoir et de l’atelier de découpe, des chiffonnettes ont été prélevées à différentes étapes avant le passage du lot (camion de transport et box d’attente après nettoyage et désin­fection, matériel sur la chaîne d’abattage et de découpe avant le début de l’abattage du jour) ainsi que sur les animaux identifiés (dos des porcs à l’entrée à l’abattoir et carcasses après la deuxième flagelleuse, avant et après le froid-choc). Les caecums ainsi que des produits de découpes (côte et rouelle de porc) provenant du lot d’étude ont également été échantillonnés.La méthode de détection de Salmonella a été adaptée à partir de la norme ISO 6579 Annexe D (4). La quantification de Salmonella par la méthode mini-MSRV (3) a également été réalisée sur les prélèvements de fèces collectées pendant la croissance à l’élevage. Tous les isolats ont été sérotypés et génotypés par électrophorèse sur gel en champ pulsé (PFGE) en utilisant l’enzyme XbaI (5).Sur les 879 échantillons collectés, 27 p. 100 (79/293), 28,2 p. 100 (82/291) et 22,7 p. 100 (67/295) étaient positifs respectivement pour les élevages A, B et C. Les 908 isolats appartenaient à 55 pulsotypes et 14 sérotypes ; S. 4,[5],12:i:-, S. Rissen, S. Typhimurium et S. Livingstone ont été prédomi­nants (tableau I). Les tableaux II et III montrent la distribution des pulsotypes de l’élevage B. Au stade de la maternité, tous les porcelets étaient négatifs et seulement une truie a excrété Salmonella à une seule occasion. L’infection des porcs a été observée après le sevrage (élevages A et B) mais aussi pendant l’engraissement (élevage C). L’infection à Salmonella a duré entre 34 et 40 jours en moyenne, avec des taux d’excrétion très variables pendant la croissance des animaux. L’excrétion a été plus élevée dans les caecums que dans les fèces. En élevage, les pulsotypes excrétés par les porcs ont été identiques à ceux isolés des box après le nettoyage et la désinfection, et du couloir avant le transfert des animaux.

<p style="text-align: justify;">Le sélénium du vin est déterminé par spectrofluorimétrie. La destruction de la matière organique s'effectue par voie humide (acides nitrique et perchlorique). Le sélénium forme avec la 2-3 diaminonaphtalène un complexe fluorescent extrait dans le cyclohexane. La teneur de quelques vins français varie entre 0,2 et 0,8µg de sélénium par litre. Le seuil de détection est de 0,07µg/l.</p>

La synthase de GMP-AMP cyclique (cGAS) est un senseur ubiquitaire d’ADN cytosolique, bien décrite pour reconnaître les acides nucléiques provenant des pathogènes. En présence d’ADN, elle induit la formation d’un messager cellulaire, le GMP-AMP cyclique (cGAMP), qui se lie à STING, une protéine adaptatrice. L’engagement de STING induit la production de cytokines et d’interférons de type I, jouant un rôle majeur dans l’élimination du pathogène. Récemment, un rôle nouveau du complexe cGAS-STING a émergé dans la réponse anti-tumorale. Cette revue synthétise les connaissances actuelles montrant la capacité de cette voie à détecter l’ADN des cellules malignes, ainsi que son rôle dans le contrôle de la tumorigenèse.

La biopsie liquide est apparue comme une voie prometteuse pour le dépistage du cancer. En effet, plusieurs biomarqueurs comme les ADN circulants, les cellules tumorales circulantes, les micro-ARN circulants etc. se sont révélés prometteurs pour le théragnostic ou le suivi du patient. La détection précoce peut aider à réduire la mortalité associée au cancer et augmenter la survie globale des patients. La plupart des types de cancer manquent de biomarqueurs spécifiques et le développement de techniques de dépistage efficaces appliquées en clinique a été limité malgré des efforts intenses dans ce domaine. La nature non invasive de la biopsie liquide lui donne un avantage vis-à-vis d’autres méthodes, notamment pour le développement de tests de dépistage du cancer. Les différentes études fondées sur l’analyse de la biopsie liquide dans le but de développer des tests de dépistage et de détection précoce du cancer sont présentées dans cette revue. Bien qu’actuellement aucun test développé à partir de la biopsie liquide s’avère à la fois assez spécifique et sensible pour être utilisé comme test universel de dépistage, le potentiel de cette nouvelle approche apparaît de plus en plus crédible, eu égard aux récents développements de méthodes sophistiquées, notamment multiparamétriques.

Les activités menées à l'ICMN dans le domaine de la métrologie environnementale portent sur l'élaboration de capteurs électrochimiques basés sur des matériaux carbonés, pour la détection de micropolluants électroactifs en milieux aqueux. La stratégie adoptée dans nos travaux consiste en la mise en œuvre par sérigraphie de l'électrode de travail (SPE Screen Printed Electrode) en utilisant une encre de carbone conductrice. Cette méthode d'élaboration permet d'avoir une bonne reproductibilité des SPE et pourrait facilement être transposable à l'échelle industrielle. Dans ce cadre, nous avons tout d'abord cherché à optimiser les paramètres expérimentaux de la méthode de sérigraphie (treillis, mode de cuisson des encres) avec une encre de carbone commerciale afin d'obtenir des électrodes présentant une bonne électroactivité et une bonne reproductibilité. Les SPE sont contrôlées et validées par voie électrochimique, en utilisant une sonde redox négative. Les électrodes ainsi optimisées seront ensuite utilisées pour la détection de deux composés médicamenteux, le Sulfaméthoxazole et la Carbamazépine, ainsi que celle d'un cation métallique, le plomb Pb(II). On étudiera alors l'impact de l'immersion des électrodes en milieux aqueux sur l'évolution des propriétés électrochimiques des électrodes au cours du temps.

L'article présente une voie de recherche nouvelle en géographie régionale, ouverte par une équipe rassemblée autour de Roger Brunet et du GIP (groupement d'intérêt public) Reclus. La détection des chorèmes (les structures élémentaires de l'espace social) et des chorotypes (les combinaisons les plus fréquemment rencontrées de ces chorèmes), permet de réintroduire dans la géographie régionale le souci des régularités, des règles et des lois qui en était trop souvent absent, et de rendre compte, en s'y référant, des singularités locales. À partir d'une étude de l'espace brésilien une méthode de travail est analysée, qui est à la fois un axe de recherche et un support de communication.

Les travaux de recherche sur l’entrepreneuriat se sont multipliés ces dernières années. Néanmoins, l’analyse de la genèse du projet de l’entrepreneur est relativement peu développée. Cette étude vise à tracer les lignes d’un programme de recherche focalisé sur les stades d’avant-projet et de démarrage de l’activité de l’entreprise. Après une première partie faisant le point sur la littérature théorique et empirique qui existe sur la phase de reconnaissance d’opportunité par l’entrepreneur, nous procédons à une mise en perspective à l’aide de la théorie des réseaux sociaux. Cette théorie, issue notamment des travaux de Burt et de Granovetter, permet de souligner le rôle des réseaux sociaux dans la détection et dans l’évaluation des opportunités entrepreneuriales et ouvre la voie à des études empiriques approfondies sur le comportement de l’entrepreneur.

Grâce aux progrès récents de la biologie moléculaire, en particulier la découverte des séquences microsatellites et la technique d’amplification des séquences d’ADN par PCR, de nombreux marqueurs génétiques sont maintenant disponibles et organisés en cartes génétiques dans la plupart des espèces d’élevage. Cet article présente d’abord les principales propriétés des marqueurs génétiques, en particulier le polymorphisme et la liaison, qui permettent d’identifier et de suivre des segments chromosomiques entre générations. Il décrit ensuite les principales applications possibles des marqueurs dans la gestion des populations et l’analyse de leur variabilité génétique, et il met l’accent sur l’application la plus développée à l’heure actuelle, la détection des principales régions chromosomiques (ou QTL) impliquées dans le déterminisme des caractères d’intérêt économique, préliminaire indispensable à leur utilisation par sélection assistée par marqueurs ou introgression. Enfin, cet article présente succinctement les méthodes, en particulier celles basées sur la cartographie comparée, pour passer des marqueurs aux gènes responsables de la variabilité génétique des caractères d’intérêt, ouvrant ainsi la voie à une meilleure compréhension des mécanismes impliqués et à une utilisation plus facile et plus généralisable des résultats.

Le facteur limitant de l’identification des anomalies génétiques dans les populations animales d’élevage est la phase de détection des émergences et de caractérisation clinique. En effet, ces évènements sont rares et mal répertoriés dans les bases nationales d’information génétique. Après différentes expériences passées montrant que des anomalies n’avaient pas été détectées, un Observatoire National des Anomalies Bovines a été mis en place en 2002, rassemblant l’INRA, les acteurs de la sélection animale et les acteurs du monde vétérinaire. L’objectif de cet observatoire est avant tout de collecter les déclarations de cas sur une base normalisée, ainsi que les échantillons biologiques associés, mais aussi d’assurer une veille et une information scientifique et une coordination des actions (www.onab.fr). Les déclarations sont loin d’être exhaustives avec quelques centaines de dossiers par an. Mais par la bonne couverture géographique, raciale et partenariale de l’ONAB, elles sont sans doute suffisantes pour détecter la plupart des nouvelles émergences. Cet article présente un bilan des activités, en mettant l’accent sur les différentes anomalies rencontrées ainsi que les succès en termes d’identification des mutations causales correspondantes, ouvrant la voie à leur gestion en sélection.

Le phénotype correspond aux valeurs mesurables prises par des caractères choisis pour leur intérêt socio-économique ou cognitif. Lesbesoins de phénotypage dépendent de l'évolution des méthodes de sélection et des systèmes d'élevage ainsi que des développements technologiquespermettant une approche standardisée, à haut débit et automatisable. En matière de sélection animale, la mise en place de lasélection génomique introduit le concept de population de référence sur laquelle des phénotypes difficilement mesurables en routine peuventêtre obtenus pour établir les relations entre marqueurs génétiques et performance. L'association marqueurs-phénotype ouvre égalementla voie au diagnostic individuel en appui à la gestion du troupeau. La robotisation et l'identification électronique individuellesupposent des investissements importants mais offrent des perspectives très nouvelles pour le phénotypage de caractères comme l'efficacitéalimentaire ou le comportement. De façon complémentaire, les technologies de génomique fonctionnelle et l'analyse de l'empreinte spectraledes protéines permettent d'accéder aux mécanismes sous-jacents et d'affiner la définition du phénotype à l'échelle moléculaire. Leconcept de biomarqueur capable de prédire le phénotype est en plein essor en médecine humaine et pourra aussi s'appliquer aux animauxd'élevage. Plus le phénotypage sera proche du mécanisme d'action, plus la détection des gènes contrôlant la variation du phénotype seraprécise. En particulier, la recherche de régions du génome (eQTL) contrôlant l'expression d'un gène permet d'explorer les mécanismesresponsables de la variabilité de caractères complexes. On attend donc de grands progrès dans l'identification des gènes qui sous-tendentles QTL grâce aux progrès conjoints du phénotypage et du séquençage du génome.

Background: HIV co-infection with hepatitis B (HBV) and/or hepatitis C virus (HCV) is common, largely due to shared routes of transmission, but paucity of data exists for long term treatment outcomes of HIV infected patients, and those co-infected with HBV and HCV despite the high burden in Nigeria. The aim of study was to describe the longterm treatment outcomes in HIV infected Nigerians and to assess the effect of HBV and HCV co-infections on longterm response to antiretroviral therapy (ART).Methodology: This was a retrospective study of HIV infected adults (> 18 years old) consecutively initiating ART between July 2004 and December 2007, who were followed up for 7 years (2011 and 2014). HBV and HCV infections were diagnosed by detection of serum hepatitis B surface antigen (HBsAg) and HCV antibody (HCVAb) respectively. HIV viral load and CD4 count were monitored 3-monthly after initiating ART, and treatment outcomes based on these were compared between patients with HIV mono-infection, HIV/HBV, HIV/HCV and HIV/HBV/HCV co-infections. Clinical and laboratory data of the patients were abstracted from the medical databases, FileMaker Pro, v 10, entered into Microsoft Excel, and analyzed using SPSS version 20.0.Results: A total of 2,800 adults were evaluated (median age of 35.5 years; 64.2% female), of whom 197 (7.0%) were co-infected with HBV, 53 (1.9%) with HCV, and 15 (0.5%) with HBV and HCV. During the 7-year period, 369 (13.2%) patients were lost to follow up. Immune reconstitution, measured by CD4 recovery, was lower in both HBV and HCV co-infections compared to HIV mono-infection, but this was not statistically significant (p>0.05). Median baseline HIV viral load was 4.63 log copies/ml for all groups, which decreased to undetectable level at a median time of 6 months and remained so for the study duration.Conclusion: This study revealed a higher virologic failure among HIV/HCV co-infected group compared to other groups. No immunological difference in ART treatment outcomes between HIV mono-infected and those co-infected with HBV and HCV after 7-year follow-up. Gradual rise in CD4 was found to be an immunological evidence of the body’s recovery from HIV, buttressed by the drop in viral load over the 7-year period. Keywords: ART, HIV, HBV, HCV co-infection, long term outcomes English title: Résultats à long terme du traitement antirétroviral hautement actif chez les Nigérians infectés par le VIH et ceux co-infectés par les virus des hépatites B et C Contexte: La co-infection par le VIH avec l'hépatite B (VHB) et/ou le virus de l'hépatite C (VHC) est courante, engrande partie en raison des voies de transmission partagées, mais il existe peu de données sur les résultats dutraitement à long terme des patients infectés par le VIH, et ceux co -infectés par le VHB et le VHC malgré le fardeau élevé au Nigéria. Le but de l'étude était de décrire les résultats du traitement à long terme chez les Nigérians infectés par le VIH et d'évaluer l'effet des co-infections par le VHB et le VHC sur la réponse à long terme au traitement antirétroviral (TAR).Méthodologie: Il s'agissait d'une étude rétrospective sur des adultes infectés par le VIH (>18 ans) ayant commencé un traitement antirétroviral consécutivement entre juillet 2004 et décembre 2007, suivis pendant 7 ans (2011 et 2014). Les infections par le VHB et le VHC ont été diagnostiquées par détection de l'antigène de surface sérique de l'hépatite B (AgHBs) et des anticorps anti-VHC (HCVAb) respectivement. La charge virale du VIH et la numération des CD4 ont été surveillées tous les trois mois après le début du TAR, et les résultats du traitement basés sur ceuxci ont été comparés entre les patients atteints de mono-infection VIH, VIH/VHB, VIH/VHC et VIH/VHB/VHC. Les données cliniques et de laboratoire des patients ont été extraites des bases de données médicales, FileMaker Pro, v 10, saisies dans Microsoft Excel et analysées à l'aide de SPSS version 20.0.Résultats: Un total de 2800 adultes ont été évalués (âge médian de 35,5 ans; 64,2% de femmes), dont 197 (7,0%) étaient co-infectés par le VHB, 53 (1,9%) par le VHC et 15 (0,5%) par le VHB et VHC. Au cours de la période de 7 ans, 369 (13,2%) patients ont été perdus de vue. La reconstitution immunitaire, mesurée par la récupération des CD4, était plus faible dans les co-infections par le VHB et le VHC que dans la mono-infection par le VIH, mais cela n'était pas statistiquement significatif (p>0,05). La charge virale VIH de base médiane était de 4,63 log copies / ml pour tous les groupes, ce qui a diminué à un niveau indétectable à une période médiane de 6 mois et le reste pendant toute la durée de l'étude.Conclusion: Cette étude a révélé un échec virologique plus élevé parmi le groupe co-infecté par le VIH / VHC par rapport aux autres groupes. Aucune différence immunologique dans les résultats du traitement TAR entre le VIH mono-infecté et ceux co-infectés par le VHB et le VHC après un suivi de 7 ans. L’augmentation progressive des CD4 s’est avérée être une preuve immunologique de la guérison du corps du VIH, étayée par la baisse de la charge virale au cours de la période de 7 ans. Mots clés: TAR, VIH, VHB, co-infection par le VHC, résultats à long terme

L’agrile du frêne (Agrilus planipennis) est un insecte ravageur exotique qui s’attaque et tue toutes les espèces de frênes. Depuis sa détection à Carignan en Montérégie en 2008, la région fait l’objet de surveillance, car le potentiel destructeur de l’insecte est immense. Un des plus grands risques de dispersion de l’agrile du frêne réside dans le déplacement de produits infestés, en particulier du bois de chauffage. Dans le cadre de cette étude, nous nous sommes penchés sur les déplacements du bois de chauffage en Montérégie en interrogeant les commerçants de bois ainsi que les usagers et les propriétaires de camping. Le but de l’étude a été de documenter ces déplacements de bois de chauffage afin d’évaluer s’il existe réellement un risque et, dans l’affirmative, d’identifier des pistes de solution. L’enquête a révélé qu’il y avait un manque de connaissance de l’agrile du frêne et des risques qu’il pose tant chez les propriétaires de camping que chez les campeurs. Elle a aussi montré qu’environ 20 à 30 % des campeurs apportaient leur propre bois de chauffage, une voie potentielle de dispersion de l’insecte. Nous avons éprouvé beaucoup de difficultés à entrer en contact avec les commerçants, de sorte que nous devons revoir notre stratégie de collecte d’information pour cette catégorie d’utilisateurs. En conclusion, la mise sur pied d’une campagne d’information et de formation intensive s’avère essentielle afin de mobiliser tous les intervenants du milieu. De la même manière, la création d’un système de traçabilité du bois permettrait d’assurer qu’aucun bois infesté ne soit déplacé sur le territoire de la Montérégie.

Les médicaments à usage humain ou vétérinaire se retrouvent, par différents moyens, dans les milieux aquatiques et notamment dans les filières de potabilisation des eaux. Les médicaments sont en partie métabolisés après ingestion (le pourcentage dépend du principe actif et est compris entre 1 et 99 %). Des médicaments se retrouvent alors dans les eaux destinées à la consommation humaine avec des concentrations allant du ng/L à la centaine de ng/L. Différents types de métabolites existent, et parmi eux les dérivés conjugués. Ils peuvent représenter 90 % des métabolites d’un principe actif. Le travail présenté ici décrit le développement d’une méthode analytique par « Solid Phase Extraction » (SPE) en ligne – chromatographie liquide haute performance – spectrométrie de masse en tandem (LC-MS/MS) pour la détermination et la quantification de principes actifs et leurs dérivés conjugués dans les eaux de surface et en cours de potabilisation. Ces dérivés conjugués sont susceptibles de subir une déconjugaison lors des traitements de potabilisation conduisant au relargage du principe actif. C’est pourquoi il est nécessaire de s’intéresser à ces molécules et en particulier les conjugués glucuronides. Comme tous les standards ne se sont pas disponibles dans le commerce, une nouvelle voie de synthèse en milieu aqueux a été explorée. Des analyses sont effectuées en entrée et sortie de filière de potabilisation d’eau afin de déterminer les concentrations présentes en principes actifs et leurs dérivés conjugués. Les limites de détection et de quantification obtenues sont de l’ordre du ng/L ou la dizaine de ng/L.

L’incidence du sepsis de l’enfant augmente en réanimation pédiatrique. La définition du sepsis et du choc septique de l’enfant est amenée à évoluer à l’instar de celle du choc septique de l’adulte pour détecter les patients nécessitant une prise en charge urgente et spécialisée. La prise en charge d’un patient septique repose sur une oxygénothérapie, une expansion volémique au sérum salé isotonique, une antibiothérapie et un transfert dans un service de réanimation ou de surveillance continue pédiatrique. Le taux et la cinétique d’élimination du lactate plasmatique est un bon critère diagnostic et pronostic qui permet de guider la prise en charge. La présence de plusieurs défaillances d’organes ou une défaillance circulatoire aiguë signe le diagnostic de sepsis encore dit sévère, et leur persistance et/ou la non-correction de l’hypotension artérielle malgré un remplissage vasculaire d’au moins 40 ml/kg définit le choc septique chez l’enfant. Dans ce cas, la correction rapide de l’hypotension artérielle persistante repose sur la noradrénaline initiée sur une voie intraveineuse périphérique dans l’attente d’un accès veineux central. L’échographie cardiaque est un examen clé de l’évaluation hémodynamique du patient, pour guider la poursuite de l’expansion volémique ou détecter une cardiomyopathie septique. Des thérapeutiques additionnelles ont été proposées pour prendre en charge certains patients avec des défaillances d’organes particulières. L’immunomonitorage et la modulation sont un ensemble de techniques qui permettent la recherche et le traitement de certaines complications. La Surviving Sepsis Campaign a permis d’améliorer la prise en charge de ces patients par l’implémentation d’algorithmes de détection et de prise en charge du sepsis de l’enfant. Une révision pédiatrique de cette campagne est attendue prochainement.

Introduction. La localisation cardiaque de la maladie hydatique est rare (< 3%) même dans les pays endémiques. C’est une affection caractérisée par une longue tolérance fonctionnelle et un grand polymorphisme clinique et paraclinique. L’hydatidose cardiaque est grave à cause du risque de rupture imposant une chirurgie semi urgente. Le diagnostic repose sur la sérologie hydatique et l’échocardiographie. Le but de ce travail est de montrer une localisation cardiaque rare au niveau du septum interventriculaire de cette affection. Observation. Nous rapportons l’observation d’un homme âgé de 48 ans asthmatique présentant un kyste hydatique cardiaque de découverte fortuite lors d’une TDM thoracique demandée pour un bilan de pneumopathie. En préopératoire : dyspnée stade II de la NYHA. Radiographie pulmonaire : ICT : 0,60. ECG : RRS. Echocardiographie : Masse kystique intra septale grossièrement arrondie homogène mesurant 30,4 sur23, 5, VG : 50 /34 mm, VD : 26mm, FE : 60 %. Sérologie hydatique positive. TDM thoracique : nodules pseudo-kystiques des 2 pyramides basales avec nodule kystique en projection du VD. L’exploration peropératoire par voie transtricuspide montre un bombement du SIV sous la valve tricuspide septale. Le geste a consisté en une ponction du kyste a ramené liquide eau de roche puis la septotomie a permis de retirer la membrane et les vésicules filles et enfin stérilisation par du SSH a 30 % et le capitonnage de la cavité résiduelle. Les suites post opératoires étaient simples. Conclusion : Les progrès de l’imagerie font de l’échographie l’examen de choix dans la détection du kyste hydatique du coeur. L’indication opératoire est formelle dans tous les cas de kyste du coeur car l’évolution spontanée est mortelle à plus ou moins brève échéance. En fait, le véritable traitement de la maladie parasitaire et sa prophylaxie, la lutte contre l’échinococcose, repose sur des mesures de prévention qui visent à interrompre le cycle biologique à l’intérieur des hôtes et entre l’hôte définitif et l’hôte intermédiaire, sur une éducation sanitaire et sur une législation.

Avant-Propos : Anomalies génétiques Les anomalies génétiques sont observées depuis toujours par les éleveurs et ont été décrites depuis longtemps par les chercheurs. Toutefois, elles ont toujours eu une situation à part dans la sélection des espèces d’élevage. Si la sélection s’est structurée, organisée, raffinée, elle n’a le plus souvent concerné que des caractères économiquement importants mais dits « quantitatifs », c’est-à-dire des caractères au déterminisme génétique complexe soumis à la fois à des effets du milieu et un nombre important de gènes. Parfois, des gènes à effet majeur ont également été pris en compte (gène culard, gène « sans cornes », coloration, absence de plumes…). Mais les anomalies ont toujours été considérées comme un problème inévitable, éventuellement à cacher. Elles ont été peu prises en compte en sélection, elles ne font pas l’objet de déclarations dans le cadre du contrôle de performances usuel et, au contraire, jusqu’à récemment, faisaient plutôt l’objet d’éliminations, volontairement ou non, sans déclaration. Considérées comme rares, elles ont été intégrées dans les incompressibles pertes d’élevage. La situation se complique en général lorsqu’un reproducteur largement diffusé s’avère porteur d’une anomalie. L’anomalie change alors de statut : d’inconvénient inéluctable mais peu important, elle apparaît comme un problème majeur pour les éleveurs, source de contentieux, porteur d’une mauvaise image. Son éradication rapide devient prioritaire, et l’élimination des reproducteurs porteurs est généralement préconisée. Au cours des années 1990 et 2000, quelques cas dans l’espèce bovine, finalement peu nombreux, ont marqué les esprits par l’impact qu’ils ont eu dans les populations concernées quand les meilleurs taureaux du moment se sont révélés porteurs. De plus, aucun réseau « du déclarant au généticien » n’étant mis en place, il a fallu du temps entre la déclaration des premiers cas et la disponibilité d’un test moléculaire permettant une éradication réellement efficace. Les anomalies génétiques sont inéluctables. Elles résultent de mutations de l’ADN qui sont un phénomène normal source de la diversité génétique. Souvent neutres, parfois fonctionnelles, les mutations peuvent dans des cas rares être responsables d’anomalies. Les populations d’élevage étant des populations génétiquement petites (malgré des effectifs physiques parfois très élevés), elles présentent des conditions favorables pour la diffusion et l’expression de ces anomalies, du fait de la dérive génétique et de la consanguinité. Contrairement à ce qui est parfois supposé, la sélection ne crée pas les anomalies, mais elle peut favoriser leur diffusion (l’augmentation de leur fréquence allélique et l’apparition de cas), de façon analogue aux antibiotiques qui ne créent pas de résistance, mais sélectionnent les populations bactériennes résistantes. On pense également à tort que les populations génétiquement petites présentent plus d’anomalies. Il est plus exact de dire qu’à effectif d’animaux identique, les populations génétiquement petites présentent un nombre d’anomalies différentes plus faible, mais un nombre de cas par anomalie plus élevé. Alors que la sélection est un modèle de rationalité, les anomalies sont longtemps restées hors de ce cadre. Une des raisons était sans doute le manque d’outils pour les éliminer. Une mise en place progressive depuis quinze ans et une accélération certaine des techniques de dépistage depuis le début des années 2010 a permis de définir un nouveau cadre pour intégrer les anomalies dans le processus de sélection. Tout d’abord, il est essentiel de disposer d’un système d’observation des anomalies. Les cas étant souvent rares et dispersés, il est essentiel que ce système soit largement implanté sur le terrain et que les informations soient centralisées, de façon à détecter les émergences le plus tôt possible, à partir de cas considérés éventuellement à tort comme sporadiques. Différents observatoires dédiés, souvent distincts du contrôle de performances classique, ont été mis en place à travers le monde et dans différentes espèces d’élevage ou de compagnie. Nous présentons dans ce dossier l’Observatoire National des Anomalies Bovines – ONAB ; https://www.onab.fr/ – (Grohs et al 2016) et la situation chez le porc (Riquet et al 2016). Ces dispositifs ont réellement montré toute leur efficacité lorsque les outils moléculaires les plus récents, de génotypage et séquençage, ont été disponibles, permettant de caractériser rapidement une anomalie à partir de quelques cas (Duchesne et al 2016). Ces outils génomiques peuvent même être utilisés pour orienter la recherche des anomalies avant leur observation (Fritz et al 2016). Enfin, il convient d’insister sur le fait que l’analyse de cas mais aussi de leurs ancêtres n’est possible que si d’excellentes collections d’échantillons sont stockées, comme c’est le cas pour l’ONAB ou pour le Centre de Ressources Biologiques pour les animaux domestiques (CRB-Anim ; https://www.crb-anim.fr/). La situation est bien sûr très variable selon les espèces. L’impact d’une anomalie, et donc la prise de conscience des sélectionneurs, est plus élevé dans les espèces conduites en race pure et quand l’individu a une forte valeur. L’espèce bovine est caractérisée par un double réseau de phénotypage associé au conseil en élevage et au travers des vétérinaires, par une conduite en race pure quasi-exclusive, par une sélection puissante, devenue génomique. Elle connaît une évolution récente favorisant la détection des anomalies. La situation est également très avancée chez le chien, une espèce bénéficiant d’une bonne supervision vétérinaire et organisée en de nombreuses races pures d’effectifs génétiques très petits et souvent sujettes à des anomalies spécifiques. Aujourd’hui, la situation a beaucoup évolué, de sorte qu’un nombre croissant d’anomalies est mis en évidence, dans toutes les races, quel que soit le mode de reproduction prédominant (monte naturelle ou insémination artificielle). En revanche, leur prise en compte reste encore partielle, et rarement à la hauteur (c’est-à-dire parfois trop, parfois trop peu) de leur importance réelle. Nous proposons dans Boichard et al (2016) différentes approches pour inclure les anomalies de façon objective dans la sélection. Pour le chercheur, les anomalies sont des objets d’étude hors du commun. L’anomalie, en provoquant une perturbation sévère en dehors de la gamme physiologique normale, permet parfois de comprendre un mécanisme habituellement peu variable et donc peu étudiable autrement. On comprend ainsi mieux le rôle des gènes au travers de leurs effets lorsqu’ils sont mutés. Les mécanismes mis en jeu touchent souvent des voies fondamentales du vivant et, à ce titre, sont souvent transposables entre espèces. Les connaissances sont bien sûr bien plus avancées chez l’Homme ou les espèces modèles comme la souris et nous bénéficions de ces informations pour caractériser rapidement les mutations découvertes dans les espèces d’élevage. Mais parfois, une anomalie observée dans une espèce d’élevage peut aussi contribuer à résoudre des questions chez l’Homme, par exemple pour des maladies très rares alors que la structure des populations d’élevage avec de grandes familles permet l’étude de cas familiaux. Il arrive alors que l’espèce d’élevage, de même que le chien, prenne le rôle d’espèce modèle de pathologies humaines.

Dossier "PhénoFinlait : Phénotypage et génotypage pour la compréhension et la maîtrise de la composition fine du lait Avant-propos Le lait est un produit animal complexe à l’origine de multiples valorisations en alimentation humaine : laits de consommation incluant les laits infantiles, fromages, beurres, crèmes, yaourts, desserts et boissons lactées, ingrédient dans une grande diversité de pâtisseries et de plats cuisinés, etc. Il s’agit donc d’un pilier de l’alimentation humaine y compris à l’âge adulte et ce depuis des milliers d’années. Toutefois, les demandes des consommateurs et de la société ont évolué rapidement ces dernières années et les exigences en matière de qualité des produits se sont complexifiées (Le Bihan-Duval et al 2014). Tout d’abord du point de vue du consommateur, en particulier occidental, l’alimentation doit désormais répondre à une diversité d’attentes. A la demande en « quantité » d’après-guerre, se sont en particulier ajoutées des exigences sanitaires, des exigences organoleptiques, de traçabilité du produit, des exigences nutritionnelles, et après une période « nutrition - santé » (Cniel 2011), une exigence croissante de « naturalité ». De plus, du point de vue du citoyen, la qualité intègre l’environnement, le bien-être animal, les conditions de production. Une partie des consommateurs a d’ailleurs évolué vers une stratégie d’achat « responsable » (Cniel 2011). Simultanément, le lait, bien que bénéficiant d’une image traditionnellement et majoritairement favorable à plusieurs titres, est confronté ces dernières années à des remises en causes parfois virulentes (allergies, intolérances, rejet des matières grasses saturées et trans…) qui s’installent probablement durablement dans les rapports des consommateurs avec le lait (Cniel 2011). Malgré ce contexte exigeant et changeant, jusqu’à aujourd’hui, au-delà des quantités totales en matières grasses et protéiques, peu de dispositifs sont disponibles et mis en œuvre pour suivre, qualifier, voire piloter la composition fine du lait « en sortie de ferme ». Le lait a suivi, avec le développement du secteur laitier, un processus de standardisation conformément au principe du « lait apte à toute transformation », devenant une matière première à laquelle l’application de procédés de fabrication variés donne de la valeur. Ce constat est à moduler pour les filières AOP fromagères. La composition fine du lait, en particulier la variabilité des profils en acides gras et en protéines, n’est pas ou peu valorisée, ni au niveau de la production, ni au niveau de la transformation. Dans le contexte actuel, traiter le lait de manière indifférenciée peut être contre-productif, en particulier si l’on reconsidère la richesse intrinsèque de la matière première « lait » et le fait que la composition du produit final reflète largement la composition du lait d’origine (Lucas et al 2006). Le lait « en sortie de ferme » se situe à la charnière entre l’amont et l’aval des filières laitières et, à ce titre, est idéalement placé pour être une source importante de compétitivité et d’adaptabilité des filières laitières dans leur globalité. Le sujet de la composition fine du lait a bien entendu fait l’objet de travaux bien avant que le programme PhénoFinlait ne soit imaginé et mis en œuvre. Ainsi, les liens entre alimentation et profil en acides gras (Chilliard et al 2007, Couvreur et al 2007, Hurtaud et al 2007) ou encore les variants génétiques des lactoprotéines majeures (Grosclaude et al 1987, Grosclaude 1988) ont été étudiés généralement à partir de dispositifs expérimentaux. Ces connaissances ont servi de point de départ et d’assurance sur la faisabilité et l’intérêt d’engager un programme à grande échelle. L’ambition de PhénoFinlait était alors de transposer ces connaissances et hypothèses en élevages privés avec une grande diversité de systèmes d’alimentation et de coupler cela à une analyse conjointe du déterminisme génétique afin d’apporter aux éleveurs et à leurs filières des outils et des réponses globales. De nombreuses nouvelles références étaient bien évidemment à établir, mais l’un des enjeux majeurs portait et porte toujours sur les possibilités de transfert aux filières. Les développements à la fois de la spectrométrie dans l’infra-rouge et de la sélection génomique ont ouvert de nouvelles portes en matière d’accès à la composition fine du lait à coûts réduits et d’analyses de ses déterminants génétiques.Les travaux pionniers de la Faculté Universitaire des Sciences Agronomiques de Gembloux (Soyeurt et al 2006) ont ainsi ouvert la voie à l’estimation de nombreux composants fins du lait à partir d’une exploitation plus fine des données d’absorbance de la lumière dans le Moyen Infra-Rouge (MIR) principalement. Le principe est simple : la spectrométrie MIR, utilisée pour estimer les taux de matière grasse et protéique en routine dans les laboratoires d’analyse du lait, peut aussi être utilisée pour quantifier individuellement certains composants fins. Des modèles de prédiction sont développés à partir d’un jeu d’échantillons caractérisés à la fois à l’aide d’une méthode d’ancrage et par un spectre MIR. Ces modèles sont ensuite appliqués aux données spectrales telles que celles produites dans le cadre des analyses laitières habituelles de paiement du lait à la qualité et de contrôle laitier. Plusieurs dizaines d’acides gras et protéines peuvent ainsi être estimés avec une précision satisfaisante et à un coût additionnel modeste par rapport aux analyses déjà réalisées en routine. Parallèlement, les avancées dans le domaine de la génomique permettent d’analyser et d’exploiter plus rapidement et plus finement le déterminisme génétique des caractères. Là encore, le principe est relativement simple : deséquations d’estimation du potentiel génétique des animaux pour les différents caractères sont établies à partir d’une population de référence (animaux génotypés et caractérisés d’un point de vue phénotypique). Cette population peut être de taille beaucoup plus restreinte que celle nécessaire pour mettre en œuvre une évaluation génétique « classique ». Par ailleurs, les équations produites permettent de déterminer le potentiel génétique d’un animal sans pour autant qu’il dispose lui-même (ou ses descendants) de phénotype mesuré (Robert-Granié et al 2011). L’un des enjeux en sélection est alors de concevoir et de mettre en œuvre des programmes de caractérisation phénotypique de populations de référence, ce que l’on a appelé des programmes de « phénotypage » à plus ou moins grande échelle. Le programme PhénoFinlait est l’un des premiers grands programmes de phénotypage à haut débit (Hocquette et al 2011) avec ses caractéristiques : phénotypage fin sur la composition du lait, dans des systèmes d’élevage caractérisés, en particulier, par l’alimentation, préalable à un génotypage à haut débit des animaux suivis. Face à ces enjeux pour la filière laitière et ces nouvelles potentialités techniques et scientifiques, les filières laitières bovine, caprine et ovine, les acteurs de l’élevage (conseil en élevage et laboratoires d’analyse du lait) et de la génétique (entreprises de sélection et de mise en place d’insémination), les instituts de recherche et de développement (Inra, Institut de l’Elevage, Actalia) et APIS-GENE ont décidé de se constituer en consortium afin d’unifier leurs efforts et de partager leurs compétences et réseaux. Le consortium, avec le soutien financier d’APIS-GENE, de l’ANR, du Cniel, du Ministère de l’Agriculture (fond dédié CASDAR et Action Innovante), de France AgriMer, de France Génétique Elevage, du fond IBiSA et de l’Union Européenne, a initié début 2008 un programme pour :- analyser la composition fine du lait en acides gras et en protéines par des méthodes de routine et des méthodes d’ancrage ultra-résolutives (protéines) ;- appliquer ces méthodes à grande échelle sur une diversité de systèmes et de races représentatives de la diversité de la ferme France afin d’identifier des facteurs influençant la composition fine du lait ;- optimiser la valorisation des ressources alimentaires et génétiques par le conseil en élevage ;- initier une sélection génomique. Au-delà de ces objectifs, le programme PhénoFinlait a été envisagé comme un investissement majeur et collectif pour les filières laitières françaises afin de leur permettre de conserver ou de développer des avantages compétitifs par la possibilité de mieux valoriser la composition fine et demain ultrafine (grâce à des méthodes plus fines encore que la spectrométrie MIR) du lait. Les bases de données et d’échantillons ont ainsi vocation à être exploitées et ré-exploitées pendant plusieurs années au fur et à mesure des demandes des filières et de l’avancée des connaissances et des technologies d’analyse du lait. D’autres pays se mobilisent également sur cette problématique : Pays-Bas, Nouvelle-Zélande, Danemark et Suède, Italie, Belgique, etc. Ce dossier de la revue Inra Productions Animales fait état des principales productions issues à ce jour du programme PhénoFinlait. Il n’a pas vocation à couvrir exhaustivement les résultats produits. En particulier, nous ne présenterons pas systématiquement l’ensemble des résultats pour l’ensemble des espèces, races et composants. Néanmoins, nous nous sommes attachés à présenter à travers trois articles de synthèse et un article conclusif les principales avancées permises par ce programme à partir d’exemples pris dans les différentes filières. Gelé et al, débutent ce dossier par une présentation du programme dans ses différents volets, depuis la détermination des élevages et animaux à suivre jusqu’à la collecte et la conservation d’échantillons (de lait et de sang), en passant par l’enregistrement en routine des spectres MIR, des conditions d’alimentation, le prélèvement d’échantillons de sang puis, plus tard, le génotypage sur des puces pangénomiques. Cet article développe plus particulièrement la méthodologie mise en place pour déterminer la composition du lait en acides gras etprotéines à partir de spectres MIR. Enfin, il dresse un bilan des données collectées, permettant d’actualiser les références sur la caractérisation des troupeaux, des femelles laitières, des régimes alimentaires, et du profil des laits produits dans les trois filières laitières françaises. Legarto et al, présentent ensuite les résultats relatifs à l’influence des facteurs physiologiques (stade de lactation...), alimentaires (à travers des typologies de systèmes d’alimentation), raciaux et saisonniers, sur les profilsen acides gras. Ces résultats mettent en évidence de nombreuses sources de variation de la composition du lait qui pourront être exploitées à différentes échelles : animal, troupeau et bassin de collecte. Enfin, Boichard et al, présentent une synthèse de l’analyse du déterminisme génétique des acides gras d’une part et des protéines d’autre part. Cette synthèse aborde les estimations de paramètres génétiques tels que l’héritabilité et les corrélations génétiques entre caractères de composition fine entre eux, et avec les caractères de production. Ces résultats permettent en particulier de définir les potentialités de sélection ainsi que les liaisons génétiques à considérer. Ces analyses ont aussi permis de mesurer l’importance du choix de l’unité d’expression des teneurs (en pourcentage de la matière grasse ou protéique, ou en pourcentage dans le lait). Dans une dernière partie, cet article présente les analyses de détection de QTL avec une analyse des co-localisations entre races, entre composants et avec des gènes majeurs connus. RéférencesBoichard D., Govignon-Gion A., Larroque H., Maroteau C., Palhière I., Tosser-Klopp G., Rupp R., Sanchez M.P., Brochard M., 2014. Déterminisme génétique de la composition en acides gras et protéines du lait des ruminants. In : PhénoFinlait : Phénotypage et génotypage pour la compréhension et la maîtrise de la composition fine du lait. Brochard M., Boichard D., Brunschwig P., Peyraud J.L. (Eds). Dossier, INRA Prod. Anim., 27, 283-298. Chilliard Y., Glasser F., Ferlay A., Bernard L., Rouel J., Doreau M., 2007. Diet, rumen biohydrogenation, cow and goat milk fat nutritional quality: a review. Eur. J. Lipid Sci. Technol., 109, 828-855. Cniel, 2011. Lait, produits laitiers et société : France 2025 – Prospective collective. Note de synthèse sur les évolutions probables, juillet 2011. Couvreur S., Hurtaud C., Marnet P.G., Faverdin P., Peyraud J.L., 2007. Composition of milk fat from cows selected for milk fat globule size and offered either fresh pasture or a corn silage-based diet. J. Dairy Sci., 90, 392-403. Gelé M., Minery S., Astruc J.M., Brunschwig P., Ferrand M., Lagriffoul G., Larroque H., Legarto J., Martin P., Miranda G., Palhière I., Trossat P., Brochard M., 2014. Phénotypage et génotypage à grande échelle de la composition fine des laits dans les filières bovine, ovine et caprine. In : PhénoFinlait : Phénotypage et génotypage pour la compréhension et la maîtrise de la composition fine du lait. Brochard M., Boichard D., Brunschwig P., Peyraud J.L. (Eds). Dossier, INRA Prod. Anim., 27, 255-268. Grosclaude F., Mahé M.F., Brignon G., Di Stasio L., Jeunet R., 1987. A Mendelian polymorphism underlying quantitative variations of goat αS1-casein. Génét. Sel. Evol., 19, 399-412. Grosclaude F., 1988. Le polymorphisme génétique des principales lactoprotéines bovines. Relations avec la quantité, la composition et les aptitudes fromagères du lait. INRA Prod. Anim., 1, 5-17. Hocquette J.F., Capel C., David V., Guemene D., Bidanel J., Barbezant M., Gastinel P.L., Le Bail P.Y., Monget P., Mormede P., Peyraud J.L., Ponsart C., Guillou F., 2011. Les objectifs et les applications d’un réseau organisé de phénotypage pour les animaux d’élevage. Renc. Rech. 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La biomasse est une source d’énergie potentielle permettant de limiter la dépendance aux carburants fossiles et donc réduire l’empreinte carbone des machines thermiques. La combustion de pellets est une voie de valorisation de la biomasse efficace, mais elle nécessite encore des connaissances fondamentales. La composition chimique de la biomasse en raison de sa diversité varie énormément d’une source à l’autre, pourtant cette composition joue un rôle crucial sur le processus de valorisation. L’utilisation d’un type de biomasse pour une application donnée passe donc par la caractérisation fine de la composition à travers différentes techniques. Cependant chacune des techniques induit diverses contraintes comme le coût en temps, le seuil de détection et l’utilisation de produits chimiques nocifs. Ces différents inconvénients peuvent être levés grâce à la technique de Laser Induced Breakdown Spectroscopy (LIBS). Cette technique permet d’identifier et quantifier les composants élémentaires de la biomasse et peut ainsi conduire à la comparaison de différents types de biomasses. De plus, l’utilisation de cette technique est applicable aux phases que traverse la biomasse au cours de sa combustion. Ceci, constitue un autre avantage de la LIBS et il est ainsi possible de mieux comprendre les voies de réaction chimiques des éléments d’intérêts comme le potassium et le sodium qui sont responsables de la génération des cendres au cours de la combustion.