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Journal articles on the topic 'Détection de l'ADN'

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Author: Grafiati

Published: 25 May 2024

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1

BASTIESIGEAE, F., E. MORNET, and G. LUCOTTE. "Stratégies de détection des polymorphismes de l'ADN dans les populations humaines." Revue Francaise de Transfusion et Immuno-hématologie 28, no. 1 (February 1985): 27–44. http://dx.doi.org/10.1016/s0338-4535(85)80088-x.

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2

Figueroa, Julio Vicente, J. A. Alvarez, J. A. Ramos, C. A. Vega, and G. M. Buening. "Utilisation d’un test multiple basé sur la réaction de polymérase en chaîne pour des enquêtes épidémiologiques sur les hémoparasites des bovins au Mexique." Revue d’élevage et de médecine vétérinaire des pays tropicaux 46, no. 1-2 (January 1, 1993): 71–75. http://dx.doi.org/10.19182/remvt.9401.

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Abstract:

Une étude a été effectuée sur la possibilité d'appliquer la technique de la réaction de polymérase en chaîne (PCR) pour la détection simultanée des hémoparasites bovins Babesia bigemina, B. bovis et Anaplasma marginale. Des échantillons de sang de bovins ont été récoltés dans des ranches d'une zone endémique identifiée au préalable dans la péninsule de Yucatan au Mexique, et ont été préparés pour analyse par PCR. Ils ont été soumis à l'amplification de l'ADN dans un tube à réaction contenant des amorces d'oligonucléotides spécifiques pour l'ADN de chaque espèce d'hémoparasite. Les produits de la PCR ont été détectés par hybridation en Dot-Blot de l'acide nucléique utilisant des sondes d'ADN non-radioactives, spécifiques, marquées à la digoxigénine par PCR. 420 échantillons analysés par le test multiple PCR-sonde ADN ont montré des taux de prévalence de 66,7 %, 60,1 et 59,6 % pour B. bigemina, B. bovis et A. marginale, respectivement. L'analyse multiple par PCR a montré que des animaux ayant des infections simples, doubles ou triples pouvaient être détectés par les sondes d'ADN spécifiques. La procédure est proposée comme un outil de valeur pour l'analyse épidémiologique dans les régions où ces espèces d'hémoparasites infectent les bovins simultanément.

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3

Ayari, R., Y. Gorgi, H. Aouadi, S. Ayed-Jendoubi, and K. Ayed. "La PCR dans la détection de l'ADN du virus de l'hépatite B : choix des amorces." Immuno-analyse & Biologie Spécialisée 21, no. 5 (October 2006): 308–13. http://dx.doi.org/10.1016/j.immbio.2006.06.004.

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4

David, F., J. C. Ruiz, and G. Lucotte. "Notre expérience de la détection de l'ADN du virus de l'hépatite B par hybridation moléculaire." Immuno-analyse & Biologie Spécialisée 4, no. 5 (November 1989): 43–47. http://dx.doi.org/10.1016/s0923-2532(89)80040-7.

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5

Maugard, C., S. Tuffery, L. Beaufrère, C. Bareil, and M. Claustres. "Le test de troncation des protéines (PTT) : un outil pour la détection de mutations dans l'ADN." médecine/sciences 14, no. 4 (1998): 467. http://dx.doi.org/10.4267/10608/1065.

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6

Coulibaly, TA, and Et Al. "Validation of a new quantitative PCR (qPCR) approach: a screening tool for hepatitis B in pregnant women at high risk of transmitting hepatitis B virus to newborns in Mali." Revue Malienne d'Infectiologie et de Microbiologie 19, no. 1 (March 13, 2024): 50–55. http://dx.doi.org/10.53597/remim.v19i1.2795.

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Abstract:

Introduction : Au niveau mondial, l'infection par le virus de l'hépatite B (VHB) chez les personnes à risque est un problème majeur de santé publique. La transmission mère-enfant (TME) est importante en Afrique puisque sur 70% des cas d'hépatite B soit 4,5 millions d'enfants infectés ont moins de cinq ans, probablement en raison d'une transmission verticale pendant la grossesse, l'accouchement ou l'allaitement. La prise en charge de l’infection par VHB est une préoccupation majeure, notamment la disponibilité de la charge virale à coût abordable dans un pays a ressources limitées comme le Mali. Cette étude visait à développer et à valider une méthode de détection et de quantification de l'ADN du VHB par la qPCR chez les femmes enceintes, une population à risque de transmettre le virus aux nouveaux nés. Méthodologie : Nous avons recruté 74 femmes enceintes avec un AgHBs positif au Centre de santé de référence de la commune III (CSRéf CIII) de Bamako, Mali dans cette étude. Leur charge virale a été préalablement déterminée par une technique de référence dans un laboratoire local. Nous avons conçu des sondes et des amorces spécifiques pour le gène PreC du VHB, en vue de sa détection et sa quantification par qPCR. Nous avons adapté cette nouvelle PCR en temps réel sur différentes machines pour la quantification de l’ADN du VHB.Résultats : Neuf sur neuf (9/9) échantillons avec une charge virale (CV) entre 10000-100000 Unités Internationales/millilitre (UI/mL) et 4/4 avec une CV > 100 000UI/mL été détectés et quantifiés. Parmi les cinquante-cinq (55) échantillons avec un CV de 12-10000 UI/mL, 38/55 échantillons avec une CV > à 1000UI/mL ont été détectés et 17/55 échantillons entre 12-1000 n'ont pas été détectés. 6/6 échantillons négatifs n'ont pas été détectés par notre nouvelle qPCR. Conclusion : Ce nouveau protocole qPCR a démontré une détection et une identification efficaces des cas d'échantillons à CV élevées à plus de 1000 UI/mL chez les femmes enceintes. Il pourrait être étendu à d'autres populations à haut risque telles que les personnes immunodéprimées.

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7

Hau, F., F. Comeau, JP Maurel, Y. Piquet, and G. Vezon. "O9-6 Détection de l'ADN du Parvovirus B19 par PCR avant production de plasma viro-atténué par solvant-détergent." Transfusion Clinique et Biologique 5 (April 1998): 115s. http://dx.doi.org/10.1016/s1246-7820(98)80150-x.

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8

Godet, E., B. Vasseur, and M. Sabut. "Essais de génotoxicité in vitro et in vivo applicables à l'environnement hydrique." Revue des sciences de l'eau 6, no. 3 (April 12, 2005): 285–314. http://dx.doi.org/10.7202/705177ar.

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Abstract:

Cet article est une revue des essais in vitro et in vivo utilisés pour évaluer le caractère génotoxique des micropolluants des milieux environnementaux relatifs aux eaux continentales et marines, rejets liquides d'origine domestique, industrielle ou agricole, sédiments de rivières et boues de stations de traitement d'épuration. Les essais in vitro réalisés sur cellules eucaryotes ou procaryotes sont fondés sur la détection des mutations géniques et chromosomiques, ou la mesure des adduits à l'ADN. Ils constituent des systèmes d'épreuve miniaturisés qui requièrent des volumes d'échantillons faibles; ils se prêtent ainsi au dépistage à grande échelle de la génotoxicité et à l'étude des concentrats et des extraits préparés à partir des milieux contaminés. Ils sont cependant moins bien adaptés à la prédiction de l'impact des micropolluants sur l'environnement. La recherche de conditions d'essai plus proches de la réalité environnementale a conduit au développement des essais in vivo réalisés sur organismes supérieurs, mollusques, poissons ou amphibiens, qui évaluent un potentiel génotoxique à partir d'études cytogénétiques ou d'études du caryotype des organismes exposés. Les critères de génotoxicité étudiés in vitro peuvent être utilisés dans le cadre d'études écoépidémiologiques, sur le terrain, afin d'évaluer l'impact réel des micropolluants présents dans les milieux environnementaux sujets à des contaminations d'origines diverses.

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9

Fest, T., C. Mougin, B. Kantelip, G. Helder, JF Viel, B. de Wazières, A. Coaquette, M. Lab, and JL Dupond. "Détection de l'ADN du cytomégalovirus dans la paroi des artères temporales : atteinte préférentielle au cours de la maladie de Horton." La Revue de Médecine Interne 15 (January 1994): 63s. http://dx.doi.org/10.1016/s0248-8663(05)82589-5.

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Lakhssassi, N., S. Cousty, S. Villeger, A. Diouf, A. Ricard, and M. Sixou. "Dégradation de l'ADN bactérien par de l'azote atomique produit par plasma. Apport de la détection par PCR en temps réel." Pathologie Biologie 54, no. 8-9 (October 2006): 482–87. http://dx.doi.org/10.1016/j.patbio.2006.07.024.

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Peletiri, I. C., E. I. Ikeh, G. M. Ayanbimpe, and E. Nna. "Molecular detection and characterization of bacteria from CSF samples of patients with suspected cerebrospinal meningitis in parts of northern Nigeria using metagenomic DNA extracts." African Journal of Clinical and Experimental Microbiology 22, no. 3 (July 2, 2021): 365–76. http://dx.doi.org/10.4314/ajcem.v22i3.8.

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Abstract:

Background: The most commonly used approaches for detection and characterization of bacterial pathogens of meningitis in developing countries include culture, Gram stain, and latex agglutination. The positivity rate of culture is relatively low due to suboptimal storage and transportation conditions, culture practice, and/or antibiotic treatment administered before specimens are collected. Specimens that yield no growth in culture can still be analyzed using molecular methods, and metagenomic DNA (mDNA) extracted directly from clinical samples (CSF) can be used. We aimed to detect and characterize three major bacterial causes of cerebrospinal meningitis (CSM); Neisseria meningitidis, Haemophilus influenzae, and Streptococcus pneumoniae using mDNA extracted directly from CSF samples. Methodology: Metagenomic DNA templates were prepared directly from CSF specimens collected from 210 patients with suspected CSM. A multiplex Real Time PCR (mRT-PCR) using the ABI StepOne Plus Machine and Taqman Probe chemistry was used in the molecular detection, while serogroup/serotype-specific singleplex RT-PCR was used to characterize all positives samples. Results: Eighty-eight (41.9%) of the 210 samples were positive with the mRT-PCR assay for one or a combination of two of the three bacteria. Of these, 59 (67.1%) were N. meningitidis, 2 (2.3%) were H. influenzae, 3 (3.4%) were S. pneumoniae, 15 (17 %) had co-infections of N. meningitidis with H. influenzae, and 9 (10.2%) had co-infections of H. influenzae and S. pneumoniae. The serogroups of N. meningitidis encountered were A (13.5%), B (23%), C (8.1%), W135 (8.1%), X (5.4%), Y (32.4%), and non-groupable (9.5%). The serotypes of H. influenzae were Hia (3.8%), Hib (57.7%), Hic (3.85%), Hie (11.5%) and Hif (23.1%). The serotypes of S. pneumoniae were Wxy1 (8.3%), Wxy4 (33.3%), Wxy5 (50.0%), and Wxy9 (8.3%). Conclusion: Multiplex RT-PCR is a fast and accurate method for detecting and characterizing serogroups/serotypes of major bacteria implicated in CSM. Isolating DNA directly from CSF improves turnaround time, which will speed up patient care and management. Keywords: Cerebrospinal meningitis, metagenomic DNA, multiplex Real Time PCR, Northern Nigeria French title: Détection moléculaire et caractérisation de bactéries à partir d'échantillons de LCR de patients suspectés de méningite cérébrospinale dans certaines parties du nord du Nigéria à l'aide d'extraits d'ADN métagénomique Contexte: Les approches les plus couramment utilisées pour la détection et la caractérisation des agents pathogènes bactériens de la méningite dans les pays en développement comprennent la culture, la coloration de Gram et l'agglutination au latex. Le taux de positivité de la culture est relativement faible en raison des conditions de stockage et de transport sous-optimales, des pratiques de culture et/ou du traitement antibiotique administré avant le prélèvement des échantillons. Les échantillons qui ne donnent pas de croissance en culture peuvent toujours être analysés à l'aide de méthodes moléculaires, et l'ADN métagénomique (ADNm) extrait directement d'échantillons cliniques (LCR) peut être utilisé. Nous visions à détecter et à caractériser trois causes bactériennes majeures de la méningite cérébrospinale (CSM); Neisseria meningitidis, Haemophilus influenzae et Streptococcus pneumoniae à l'aide d'ADNm extrait directement d'échantillons de LCR. Méthodologie: Des matrices d'ADN métagénomique ont été préparées directement à partir d'échantillons de LCR prélevés sur 210 patients suspects de CSM. Une PCR multiplex en temps réel (mRT-PCR) utilisant la chimie de la machine ABI StepOne Plus et de la sonde Taqman a été utilisée pour la détection moléculaire, tandis que la RT-PCR monoplex spécifique au sérogroupe/sérotype a été utilisée pour caractériser tous les échantillons positifs. Résultats: Quatre-vingt-huit (41,9%) des 210 échantillons étaient positifs avec le test mRT-PCR pour une ou une combinaison de deux des trois bactéries. Parmi ceux-ci, 59 (67,1%) étaient N. meningitidis, 2 (2,3%) étaient H. influenzae, 3 (3,4%) étaient S. pneumoniae, 15 (17%) avaient des co-infections de N. meningitidis avec H. influenzae et 9 (10,2%) avaient des co-infections à H. influenzae et S. pneumoniae. Les sérogroupes de N. meningitidis rencontrés étaient A (13,5%), B (23%), C (8,1%), W135 (8,1%), X (5,4%), Y (32,4%) et non groupables (9,5%). Les sérotypes de H. influenzae étaient Hia (3,8%), Hib (57,7%), Hic (3,85%), Hie (11,5%) et Hif (23,1%). Les sérotypes de S. pneumoniae étaient Wxy1 (8,3%), Wxy4 (33,3%), Wxy5 (50,0%) et Wxy9 (8,3%). Conclusion: La RT-PCR multiplex est une méthode rapide et précise de détection et de caractérisation des sérogroupes/sérotypes des principales bactéries impliquées dans le CSM. Isoler l'ADN directement du LCR améliore le temps de traitement, ce qui accélérera les soins et la gestion des patients. Mots clés: méningite cérébro-spinale, ADN métagénomique, PCR multiplex en temps réel, nord du Nigéria

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Artignan, X., J. Cadet, JL Ravanat, MJ Richard, A. Favier, M. Bolla, and C. Vrousos. "P23 Détection des dommages radio-induits de l'ADN d'une lignée cellulaire monocytaire humaine: étude comparative entre la technique Comète et l'analyse chromatographique." Cancer/Radiothérapie 1, no. 5 (November 1997): 505. http://dx.doi.org/10.1016/s1278-3218(97)89611-4.

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Desquesnes, Marc, and Laurent Tresse. "Evaluation de la sensibilité de la PCR pour la détection de l'ADN de Trypanosoma vivax selon divers modes de préparation des échantillons sanguins." Revue d’élevage et de médecine vétérinaire des pays tropicaux 49, no. 4 (April 1, 1996): 322–27. http://dx.doi.org/10.19182/remvt.9504.

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Abstract:

Vingt deux échantillons sanguins contenant des nombres déterminés de trypanosomes/ml, allant de 1 à 1 767, ont été constitués à partir de sang de mouton infecté par T. vivax, dilué dans du sang d'animal non infecté. La sensibilité de la réaction de PCR a été évaluée sur plusieurs types de préparation du sang : sang total hépariné, plasma, interface globules blancs/plasma de tubes à hématocrite (buffy coat), sang lysé, culot de centrifugation de plasma, et ADN purifié à l'aide d'un kit commercial à base de résine échangeuse d'ions. Le sang total inhibe presque toujours la PCR. La réaction sur plasma et sang lysé possède une faible sensibilité, de l'ordre de 450 parasites/ml. La PCR sur buffy coat a une meilleure sensibilité, les produits de la réaction sont parfois peu visibles. Le culot de centrifugation de plasma est une préparation originale, rapide et économique, dont les produits de PCR sont bien visibles, et qui a présenté une bonne sensibilité : 100 % des échantillons étaient positifs au-delà de 9 parasites/ml. La purification de l'ADN est une technique un peu plus longue et coûteuse, puisqu'elle procède de plusieurs manipulations et de l'utilisation d'un kit commercial, mais elle apparaît comme la plus sensible des techniques éprouvées : 100 % des échantillons étaient positifs au-delà de 2 parasites/ml.

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Blum, L., J. Gozlan, B. Pelosse, O. Picard, J. Lebas, J. Cabane, and JC Imbert. "Intérêt de la détection en PCR de l'ADN du cytomégalovirus (CMV) dans l'humeur aqueuse au cours des formes atypiques d'infection oculaire à CMV." La Revue de Médecine Interne 15 (January 1994): 151s. http://dx.doi.org/10.1016/s0248-8663(05)82749-3.

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Mariotti, M., J. J. Lefrère, B. Noël, F. Ferrer-le-Cœur, D. Vittecoq, R. Girot, A. M. Courouce, C. Salmon, and P. Rouger. "Amplification de l'ADN par la méthode de « Polymerase Chain Reaction(PCR) appliquée à la détection de séquences VIH-1 chez des sujets séropositifs et des sujets séronégatifs à risque." Revue Française de Transfusion et d'Hémobiologie 32, no. 4 (September 1989): 253–63. http://dx.doi.org/10.1016/s1140-4639(89)80001-2.

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Mbimenyuy, C. M., J. F. Cho, A. E. Mugyia, G. M. Ikomey, D. M. Tebit, and D. A. Nota. "Comparative HPV genotype distribution among women with normal and abnormal cervical cytology in Yaoundé, Cameroon." African Journal of Clinical and Experimental Microbiology 24, no. 2 (April 18, 2023): 158–67. http://dx.doi.org/10.4314/ajcem.v24i2.5.

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Abstract:

Background: The epidemiology of human papillomavirus (HPV) infection and the pattern of HPV genotype distribution are parameters needed to assess the risk of cervical cancer. Oncogenic HPV types are well-known pathogen for lower genital tract neoplasias, representing the primary cause of cancer death in Africa and the second in Cameroon. This study was conducted to identify the various genotypes particularly the high-risk HPV types in normal and abnormal cervical cytology from women in Yaoundé, Cameroon. Methodology: This was a hospital-based, analytical cross-sectional study carried out on 226 symptomatic women wherein cervico-vaginal samples were obtained during gynaecological examination for Pap smears, HPV-DNA and genotype detection with linear array HPV strip, conducted from November 2019 to January 2021. Results: From the 226 women whose cervical samples were collected for Pap smears, 71 (31.4%) had abnormal cytology results while 155 (68.6%) had normal results. The overall HPV prevalence in the study population was 34.1% (77/226). The HPV prevalence in women with abnormal Pap smears was 100% (71/71) and are distributed in following descending order; LSIL (21.1%, 15/71), HSIL (21.1%, 15/71), ASC-US (19.7%, 14/71), ICC (19.7%, 14/71) andothers (18.4%, 13/71). HPV-DNA was positive in 6 (3.9%) of the 155 women with normal cytology results, 4 (2.6%) of whom were high-risk HPV. There is statistically significant difference in the HPV prevalence between women with abnormal and normal Pap smear results (OR=3289, 95% CI=182.62-59235, p<0.0001). The frequently identified oncogenic HPV types were type 16 (31.2%, 24/77), type 45 (14.3%, 11/77) and type 18 (10.4%, 8/77). Conclusion: It is evident from our study that symptomatic women with normal Pap smear can have HR-HPV infection and should therefore be screened for HPV and followed up with periodic Pap smears to detect any abnormal change in cervical cytology results, to prevent cervical cancer development. Women should be encouraged to take up cervical screening, through Pap smears, because it is a non-invasive and cost-effective method for early detection of preinvasive lesions. French title: Répartition comparative des génotypes du VPH chez les femmes ayant une cytologie cervicale normale et anormale à Yaoundé, Cameroun Contexte: L'épidémiologie de l'infection par le virus du papillome humain (VPH) et le schéma de distribution des génotypes du VPH sont des paramètres nécessaires pour évaluer le risque de cancer du col de l'utérus. Les types de VPH oncogènes sont des agents pathogènes bien connus des néoplasies des voies génitales inférieures, représentant la première cause de décès par cancer en Afrique et la deuxième au Cameroun. Cette étude a été menée pour identifier les différents génotypes, en particulier les types de VPH à haut risque dans la cytologie cervicale normale et anormale chez les femmes de Yaoundé, au Cameroun. Méthodologie: Il s'agissait d'une étude transversale analytique en milieu hospitalier menée sur 226 femmes symptomatiques dans laquelle des échantillons cervico-vaginaux ont été obtenus lors d'un examen gynécologique pour les frottis Pap, l'ADN du VPH et la détection du génotype avec une bandelette VPH à réseau linéaire, menée à partir de novembre 2019 à janvier 2021. Résultats: Sur les 226 femmes dont les échantillons cervicaux ont été prélevés pour les frottis Pap, 71 (31,4%) avaient des résultats cytologiques anormaux tandis que 155 (68,6%) avaient des résultats normaux. La prévalence globale du VPH dans la population étudiée était de 34,1% (77/226). La prévalence du VPH chez les femmes ayant des frottis de Pap anormaux était de 100 % (71/71) et est répartie dans l'ordre décroissant suivant ; LSIL (21,1 %, 15/71), HSIL (21,1%, 15/71), ASC-US (19,7%, 14/71), ICC (19,7%, 14/71) et autres (18,4%, 13/71). L'ADN du VPH était positif chez 6 (3,9%) des 155 femmes ayant des résultats cytologiques normaux, dont 4 (2,6%) étaient des VPH à haut risque. Il existe une différence statistiquement significative dans la prévalence du VPH entre les femmes ayant des résultats de frottis anormaux et normaux (OR=3289, IC à 95%=182,62-59235, p<0,0001). Les types de VPH oncogènes fréquemment identifiés étaient le type 16 (31,2%, 24/77), le type 45 (14,3%, 11/77) et le type 18 (10,4%, 8/77). Conclusion: Il ressort de notre étude que les femmes symptomatiques avec un frottis de Pap normal peuvent avoir une infection HR-HPV et doivent donc être dépistées pour le VPH et suivies de frottis de Pap périodiques pour détecter tout changement anormal dans les résultats de la cytologie cervicale, afin de prévenir le développement du cancer du col de l'utérus. Les femmes devraient être encouragées à entreprendre un dépistage cervical, par le biais de frottis vaginaux, car il s'agit d'une méthode non invasive et rentable pour la détection précoce des lésions pré-invasives.

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Féray, D. "Détection, génotypage, quantification et séquençage de l'ARN du VHC par PCR." Revue Française des Laboratoires 1995, no. 275 (April 1995): 211–13. http://dx.doi.org/10.1016/s0338-9898(95)80092-1.

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Thonda, O. A., A. O. Oluduro, O. O. Adewole, and P. O. Obiajunwa. "Phenotypic and genotypic characterization of plasmid-mediated AmpC beta-lactamases in enteric Gram-negative bacteria from patients with lower respiratory tract infections in a tertiary hospital, southwest Nigeria." African Journal of Clinical and Experimental Microbiology 22, no. 4 (September 27, 2021): 465–72. http://dx.doi.org/10.4314/ajcem.v22i4.6.

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Abstract:

Background: AmpC or class C or group 1 beta lactamases are class C cephalosporinases that hydrolyse a wide variety of beta-lactam antibiotics including alpha methoxy beta-lactams (cefoxitin), narrow and broad spectrum cephalosporins. This study was conducted to characterize plasmid-mediated AmpC producing enteric Gram- negative bacteria from patients with lower respiratory tract infections in Obafemi Awolowo University Teaching Hospital Complex (OAUTHC) Ile Ife, Osun State, NigeriaMethodology: A total of 149 patients with clinical features of lower respiratory tract infections (LRTI) were selected by simple random sampling for the study. All Gram-negative isolates recovered from standard microbiological cultures of respiratory specimens of these patients were tested against cefoxitin, third generation cephalosporins (3GCs), and other antibiotics using the disc diffusion AST method, and also screened for production of AmpC beta-lactamases phenotypically by the CLSI method. Plasmid DNA extraction was carried out on twenty-nine cefoxitin-resistant selected isolates using the Kado and Lin method, while genotypic detection of plasmid-mediated AmpC gene was carried out by the polymerase chain reaction (PCR) assay.Results: The results showed that 204 (43.3%) of 471 isolates recovered from the 149 selected patients were resistant to 3GC in the AST assay, among which 121 (59.3%) were resistant to cefoxitin, and 189 of the 471 isolates (40.1%) were AmpC producers. The AmpC producers concurrently showed multiple resistance pattern to other antibiotics tested in this study. Ninety six percent of the 29 selected isolates for plasmid analysis contained plasmids, 45% of which amplified positive on PCR for CMY, 38% for FOX, and 31% for ACC types of AmpC genes.Conclusion: This study showed a high degree of antibiotic resistance among enteric Gram-negative bacteria recovered from patients with LRTIs, as well as high degree of plasmid-encoded AmpC genes responsible for this high antibiotic resistance among the isolates. Proper antibiotic policy and regulation are required to limit the spread of plasmid mediated AmpC β-lactamase producing organisms because they can lead to therapeutic failure in infected patients in the nearest future. French title: Caractérisation phénotypique et génotypique des bêta-lactamases AmpC à médiation plasmidique dans les bactéries entériques Gram-négatives de patients atteints d'infections des voies respiratoires inférieures dans un hôpital tertiaire, sud-ouest du Nigéria Contexte: Les bêta-lactamases AmpC ou de classe C ou de groupe 1 sont des céphalosporinases de classe C qui hydrolysent une grande variété d'antibiotiques bêta-lactamines, y compris les alpha-méthoxy bêta-lactamines (céfoxitine), les céphalosporines à spectre étroit et large. Cette étude a été menée pour caractériser les bactéries à Gram négatif entériques produisant de l'AmpC à médiation plasmidique chez des patients atteints d'infections des voies respiratoires inférieures du complexe hospitalier universitaire d'Obafemi Awolowo (OAUTHC) Ile Ife, État d'Osun, NigériaMéthodologie: Un total de 149 patients présentant des caractéristiques cliniques d'infections des voies respiratoires inférieures (LRTI) ont été sélectionnés par échantillonnage aléatoire simple pour l'étude. Tous les isolats à Gram négatif récupérés à partir de cultures microbiologique standard d'échantillons respiratoires de ces patients ont été testés contre la céfoxitine, les céphalosporines de troisième génération (3GC) et d'autres antibiotiques en utilisant la méthode AST de diffusion sur disque, et également criblés pour la production de bêtalactamases AmpC phénotypiquement par le Méthode CLSI. L'extraction de l'ADN plasmidique a été réalisée sur 29 isolats sélectionnés résistants à la céfoxitine en utilisant la méthode Kado et Lin, tandis que la détection génotypique du gène AmpC à médiation plasmidique a été réalisée par le test de réaction en chaîne par polymérase (PCR).Résultats: Les résultats ont montré que 204 (43,3%) des 471 isolats récupérés des 149 patients sélectionnés étaient résistants à la 3GC dans le test AST, parmi lesquels 121 (59,3%) étaient résistants à la céfoxitine et 189 des 471 isolats (40,1%) étaient des producteurs d'AmpC. Les producteurs d'AmpC ont montré simultanément plusieurs profils de résistance à d'autres antibiotiques testés dans cette étude. Quatre-vingt-seize pour cent des 29 isolats sélectionnés pour l'analyse des plasmides contenaient des plasmides, dont 45% amplifiés positifs par PCR pour CMY, 38% pour FOX et 31% pour les types ACC des gènes AmpC.Conclusion: Cette étude a montré un degré élevé de résistance aux antibiotiques parmi les bactéries entériques Gram-négatives récupérées chez des patients atteints de LRTI, ainsi qu'un degré élevé de gènes AmpC codés par plasmide responsable de cette résistance élevée aux antibiotiques parmi les isolats. Une politique et une réglementation appropriées en matière d'antibiotiques sont nécessaires pour limiter la propagation des organismes producteurs β-lactamase d'AmpC à médiation plasmidique car ils peuvent conduire à un échec thérapeutique chez les patients infectés dans un avenir proche.

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Salu, O. B., B. P. Mutiu, M. J. Etok, M. R. Orenolu, R. A. Anyanwu, M. A. Abdullah, B. A. Saka, et al. "Molecular detection of hepatitis E virus among swine and poultry birds in Lagos, Nigeria." African Journal of Clinical and Experimental Microbiology 25, no. 2 (April 3, 2024): 201–9. http://dx.doi.org/10.4314/ajcem.v25i2.11.

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Abstract:

Background: Hepatitis E virus (HEV), the only hepatitis virus that replicates in humans and a wide range of animal hosts, is a significant public health enteric virus with a growing trend of infection globally. The public and environmental implications associated with HEV as a zoonotic transmitted virus remain to be fully elucidated. Thus, with the limited information on HEV in other species other than humans in Nigeria, this study aimed to detect by molecular methods HEV among some livestock in Lagos, Nigeria.Methodology: A cross-sectional study of 172 (42.0%) poultry birds aged between 5 and 18 months, and 238 (58.0%) swine aged between 2 and 18 months purposively selected from Ojo, Ikorodu and Agege Local Government Areas (LGAs) of Lagos State, Nigeria between November 2017 and July 2019 was conducted. A total of 410 non-repetitive stool samples collected were analysed by molecular technique for the detection of HEV RNA. Descriptive statistics were computed for all relevant data. The association between gender and age with HEV RNA positivity was tested using Chi-square. All significant associations were recorded at p≤0.05.Results: On the overall, 15 (3.7%) of the 410 stool samples were positive for HEV RNA with 5 (2.9%) and 10 (4.2%) of the 172 and 238 poultry birds and swine respectively. More female livestock (6.0%) had detectable HEV RNA than their male counterparts (1.0%) and the infection clustered majorly among age groups 1-6 months, and 7-12 months with a detection rate of 9.3%, 3.2% and 5.6%, 3.2% for both the swine and poultry birds respectively. Approximately 11.1% of the swine and 5.0% of the poultry birds’ samples from Ikorodu LGA were positive for HEV RNA. Only 3.0% of the swine samples from Ojo LGA had detected HEV RNA. No sample from Agege LGA had detectable HEV RNA.Conclusion: The detection of HEV in both the swine and poultry birds in Lagos, Nigeria further confirms the endemicity of HEV and a cause for public health concern regarding the epidemiology of HEV in Nigeria. There is an urgent need for active and continuous surveillance to further detect and subtype the circulating HEV among livestock to prevent the advent of virulent strains that may be transmitted to handlers and the community at large. Contexte: Le virus de l'hépatite E (VHE), le seul virus de l'hépatite qui se réplique chez l'homme et chez un large éventail d'hôtes animaux, est un virus entérique important pour la santé publique avec une tendance croissante d'infection à l'échelle mondiale. Les implications publiques et environnementales associées au VHE en tant que virus transmis par des zoonoses restent à élucider pleinement. Ainsi, compte tenu des informations limitées sur le VHE chez d'autres espèces autres que les humains au Nigeria, cette étude visait à détecter par des méthodes moléculaires le VHE chez certains animaux d'élevage à Lagos, au Nigeria. Méthodologie: Une étude transversale portant sur 172 (42,0%) volailles âgées de 5 à 18 mois et 238 (58,0%) porcs âgés de 2 à 18 mois, sélectionnés à dessein dans les zones de gouvernement local (LGA) d'Ojo, Ikorodu et Agege de L’État de Lagos, au Nigéria, a été mené entre novembre 2017 et juillet 2019. Au total, 410 échantillons de selles non répétitifs collectés ont été analysés par technique moléculaire pour la détection de l'ARN du VHE. Des statistiques descriptives ont été calculées pour toutes les données pertinentes. L’association entre le sexe et l’âge avec la positivité de l’ARN du VHE a été testée à l’aide du chi carré. Toutes les associations significatives ont été enregistrées à p≤0,05. Résultats: Au total, 15 (3,7%) des 410 échantillons de selles étaient positifs pour l'ARN du VHE, dont 5 (2,9%) et 10 (4,2%) des 172 et 238 volailles et porcs respectivement. Un plus grand nombre de femelles (6,0%) présentaient un ARN du VHE détectable que leurs homologues mâles (1,0 %) et l'infection se concentrait principalement dans les tranches d'âge de 1 à 6 mois et de 7 à 12 mois avec un taux de détection de 9,3%, 3,2% et 5,6%, 3,2% respectivement pour les porcs et les volailles. Environ 11,1% des échantillons de porcs et 5,0% des échantillons de volailles de la LGA d’Ikorodu étaient positifs pour l’ARN du VHE. Seulement 3,0% des échantillons porcins d’Ojo LGA avaient détecté l’ARN du VHE. Aucun échantillon d’Agege LGA ne contenait d’ARN du VHE détectable. Conclusion: La détection du VHE chez les porcs et les volailles à Lagos, au Nigeria, confirme en outre l'endémicité du VHE et une source de préoccupation pour la santé publique concernant l'épidémiologie du VHE au Nigeria. Il existe un besoin urgent d'une surveillance active et continue pour détecter et sous-typer le VHE en circulation parmi le bétail afin de prévenir l'avènement de souches virulentes susceptibles d'être transmises aux manipulateurs et à la communauté dans son ensemble.

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Baba, S. S. "Détection de l'ARN et de l'antigène du virus de la rage dans des tissus de chiens infectés naturellement au Nigeria : hybridation in situ et études immunohistochimiques." Revue d’élevage et de médecine vétérinaire des pays tropicaux 52, no. 2 (February 1, 1999): 85–91. http://dx.doi.org/10.19182/remvt.9691.

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Abstract:

Des tissus post mortem (du cortex cérébral, de l’hippocampe, du cervelet, des ganglions trigéminaux et des glandes salivaires), fixés dans du formaldéhyde et inclus dans de la paraffine, de 25 chiens ont été obtenus dans un laboratoire de diagnostic vétérinaire du Nigeria et soumis à des tests de recherche de l’ARN et de l’antigène du virus de la rage. L’ARN génomique et l’ARN messager (ARNm) du virus de la rage codant pour la glycoprotéine ont été détectés dans les tissus par la technique d’hybridation in situ (HIS) en utilisant des sondes d’ARN à simple brin marquées au 3H. L’antigène du virus de la rage a été mis en évidence par immuno-marquage avec de la peroxydase et le complexe avidine-biotine. L’ARNm viral a été détecté dans les tissus en utilisant des sondes d’ARN marquées à la digoxigénine. Le diagnostic histopathologique par coloration à l’hématoxyline-éosine a révélé des corps de Negri dans les tissus de 8 (32 p. 100) chiens ; 5 (20 p. 100) autres chiens ont présenté des modifications inflammatoires dues à des encéphalites virales sans corps de Negri. L’antigène a été détecté chez 11 (44 p. 100) des chiens examinés, soit dans les tissus des 8 chiens chez lesquels des corps de Negri ont été observés, de 2 des 5 chiens ayant présenté des modifications inflammatoires et d’un chien sur les 12 dont l’histopathologie était négative. L’ARN génomique et l’ARNm ont été détectés dans les tissus de tous les chiens où se trouvait l’antigène, et la distribution des signaux colorant pour les deux méthodes dans les neurones et dans les acini des glandes salivaires a été similaire. L’ARNm était plus abondant que l’ARN génomique et les signaux radioactifs étaient distribués de manière diffuse dans les périkaryons et les processus dendritiques des neurones, et dans les acini et les canaux salivaires. L’ARNm a également été trouvé en abondance dans les neurones et dans les acini avec des sondes marquées à la digoxigénine ; la méthode était plus simple. Par ordre décroissant de quantités, les marqueurs de l’antigène et de l’ARNm étaient les plus nombreux, venaient ensuite ceux de l’ARN génomique et enfin ceux des corps de Negri et d’histopathologie. La méthode de coloration par immunoperoxydase et la technique HIS utilisant des sondes marquées à la digoxigénine peuvent permettre d’effectuer des recherches sur la rage et d’en établir le diagnostic, en particulier dans les pays en développement où cette maladie continue de poser un problème de santé publique de grande importance.

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Pham, Bach-Nga, Chafik Seladji, Michelle Martinot-Peignoux, and Annie Bezeaud. "Évaluation de la trousse versant™ HCV RNA qualitative assay, basée sur la technologie TMA (transcription mediated amplification) pour la détection de l'arn du virus de l'hépatite C." Revue Française des Laboratoires 2002, no. 347 (November 2002): 59–62. http://dx.doi.org/10.1016/s0338-9898(02)80356-0.

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Mbah, M., V. O. Nwabunike, S. S. Akpan, E. E. Tangban, and E. E. Bassey. "Serological and molecular detection of hepatitis C virus among students in a tertiary educational institution in Calabar, Nigeria." African Journal of Clinical and Experimental Microbiology 25, no. 2 (April 3, 2024): 145–52. http://dx.doi.org/10.4314/ajcem.v25i2.5.

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Abstract:

Background: Hepatitis C virus (HCV) infection is a global health problem and continues to be a major disease burden in the world, associated with serious health challenges including liver cirrhosis, cancer, lymphomas and death. This study was carried out to determine the prevalence of HCV infection among students of the University of Calabar. Methodology: In a cross-sectional study, 200 students were tested for the presence of anti-HCV antibodies using a rapid immunochromatographic (ICT) assay (CTK Biotech, Inc. USA). Seropositive samples were confirmed using reverse transcriptase-polymerase chain reaction (RT-PCR) assay for detection of HCV RNA. Structured questionnaires were used to collect subjects’ socio-demographic data and risk factors of infection. Data were analyzed using SPSS version 16.0, with the level of significance set at p<0.05. Results: Of the 200 students screened, the seroprevalence of HCV was 15.0% (n=30) and 9.5% (n=19) was positive for HCV RNA by RT-PCR assay. The prevalence of anti-HCV antibody was significantly higher in females (18.8%, 12/64) than males (13.2%, 18/136) (x2=3.84, p=0.036). Alcohol consumption (OR=4.67, 95% CI=2.04-10.67, p=0.002), skin piercing (OR=32.99, 95% CI=5.95-72.37, p<0.0001), multiple sexual partners (OR=4.03, 95% CI=1.7-9.6, p=0.0018), and history of blood transfusion (OR=8.00, 95% CI=2.97-21.58, p<0.001) were risk factors significantly associated with HCV infection in the study participants. Conclusion: The findings of 15.0% and 9.5% prevalence of HCV infection by anti-HCV antibody and HCV RNA, respectively in this study, showed that there is relatively high prevalence of HCV infection among the students’ population in University of Calabar, Nigeria. Hence, routine medical screening of students for HCV infection using rapid ICT and RT-PCR techniques is hereby recommended. Contexte: L'infection par le virus de l'hépatite C (VHC) est un problème de santé mondial et continue de représenter un fardeau de morbidité majeur dans le monde, associé à de graves problèmes de santé, notamment la cirrhose du foie, le cancer, les lymphomes et la mort. Cette étude a été réalisée pour déterminer la prévalence de l'infection par le VHC parmi les étudiants de l'Université de Calabar. Méthodologie: Dans une étude transversale, 200 étudiants ont été testés pour la présence d'anticorps anti-VHC à l'aide d'un test immunochromatographique rapide (ICT) (CTK Biotech, Inc., USA). Les échantillons séropositifs ont été confirmés à l’aide d’un test de réaction en chaîne par transcriptase inverse-polymérase (RT-PCR) pour la détection de l’ARN du VHC. Des questionnaires structurés ont été utilisés pour collecter les données sociodémographiques des sujets et les facteurs de risque d’infection. Les données ont été analysées à l'aide de SPSS version 16.0, avec le niveau de signification fixé à p<0,05. Résultats: Parmi les 200 étudiants dépistés, la séroprévalence du VHC était de 15,0% (n=30) et 9,5% (n=19) étaient positifs à l'ARN du VHC par test RT-PCR. La prévalence des anticorps anti-VHC était significativement plus élevée chez les femmes (18,8%, 12/64) que chez les hommes (13,2%, 18/136) (x2=3,84, p=0,036). Consommation d'alcool (OR=4,67, IC 95%=2,04-10,67, p=0,002), perçage cutané (OR=32,99, IC 95%=5,95-72,37, p<0,0001), partenaires sexuels multiples (OR=4,03, IC 95%=1,7-9,6, p=0,0018) et les antécédents de transfusion sanguine (OR=8,00, IC à 95 %=2,97-21,58, p<0,001) étaient des facteurs de risque significativement associés à l'infection par le VHC chez les participants à l'étude. Conclusion: Les résultats de 15,0 % et 9,5 % de prévalence de l'infection par le VHC par les anticorps anti-VHC et l'ARN du VHC, respectivement dans cette étude, ont montré qu'il existe une prévalence relativement élevée de l'infection par le VHC parmi la population étudiante de l'Université de Calabar, au Nigéria. Par conséquent, un dépistage médical de routine des étudiants pour l’infection par le VHC à l’aide de techniques rapides de TIC et de RT-PCR est recommandé.

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Coste, J., C. Defer, B. Mercier, C. Ferec, P. Loiseau, E. Portelette, M. Mariotti, et al. "O13-1 Dépistage de génomes viraux sur dons de sang: étude multicentrique en temps réel sur des échantillons en pools, en prenant comme modèle la détection de l'ARN du virus de l'hépatite C." Transfusion Clinique et Biologique 5 (April 1998): 149s. http://dx.doi.org/10.1016/s1246-7820(98)80223-1.

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Pfohl-Leszkowicz, A., G. Guillemaut, J. F. Masfaraud, B. Rether, and J. M. Haguenoer. "Détection des adduits à l'ADN comme biomarqueurs d'exposition aux substances génotoxiques de l'environnement." Pollution atmosphérique, N°147 (1995). http://dx.doi.org/10.4267/pollution-atmospherique.4019.

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"P122 Détection D'un Chimérisme Post-Greffe Lors D'un Groupage Sanguin En Test Colonne-Filtration, Non Identifié Par La Technique Conventionnelle D'étude De L'adn Leucocytaire." Transfusion Clinique et Biologique 12 (June 2005): S102. http://dx.doi.org/10.1016/s1246-7820(05)80682-2.

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"Evaluation HAS : Détection qualitative de l'ARN du VHC dans le plasma séminal et sur la fraction intermédiaire ou finale des spermatozoïdes." Médecine et Maladies Infectieuses 37, no. 6 (June 2007): 312–14. http://dx.doi.org/10.1016/j.medmal.2007.03.010.

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