Academic literature on the topic 'Découverte de motifs ADN'
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Journal articles on the topic "Découverte de motifs ADN"
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Gesbert, Cédric, Cécile Torregrosa, and Marie-France Mamzer. "De l’incidentalome à la découverte secondaire." médecine/sciences 36, no. 11 (November 2020): 1054–58. http://dx.doi.org/10.1051/medsci/2020188.
Full textAbstract:
Le terme incidentalome, créé en 1982, s’est, depuis, diffusé dans la littérature médicale. Il ne semble cependant pas exister de définition précise pour décrire ce qu’est un incidentalome. Dans les usages initiaux, l’incidentalome désignait une masse détectée à l’occasion d’un examen d’imagerie prescrit à visée diagnostique sans qu’un lien ne soit déterminé avec le motif de réalisation de l’examen. La qualification d’« incidentalome » de cette masse n’apportait aucune précision sur sa nature, celle-ci pouvant être située dans de nombreuses zones anatomiques, être sécrétante ou non, être bénigne ou maligne… Aujourd’hui, le terme d’incidentalome porte une dimension beaucoup plus large, semblant recouvrir la notion de découverte fortuite, qu’elle soit radiologique, biologique ou génétique. Cet usage évolutif du terme démontre son caractère heuristique. Il est le signe d’une modification de la médecine moderne qui hésite entre une clinique des patients et une clinique des données. Les découvertes fortuites sont un phénomène connu et anticipé par les radiologues. Ces découvertes ne sont donc plus fortuites, ni même inattendues, mais bien secondaires à l’usage de la technologie en santé.
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HAYES, H. "ADN et chromosomes." INRAE Productions Animales 13, HS (December 22, 2000): 13–20. http://dx.doi.org/10.20870/productions-animales.2000.13.hs.3806.
Full textAbstract:
Chaque chromosome contient une seule molécule d’ADN. L’ADN déroulé d’un noyau de cellule humaine mesurerait environ 1,8 m : chaque molécule d’ADN est enroulée et compactée en plusieurs étapes, grâce à l’association de différentes protéines, et loge dans le noyau de 6 µm de diamètre. Le degré de condensation de l’ADN est variable selon les régions chromosomiques et les régions les moins condensées sont les plus riches en gènes. L’ADN est composé d’une variété de séquences codantes ou non et répétées ou non dont l’organisation dans le chromosome est caractéristique de la métaphase. Certaines séquences peuvent être corrélées en partie avec les motifs de bandes spécifiques de chaque paire chromosomique produits par les techniques de marquage chromosomique.
3
Hennequin, Daniel. "Le Palais de la découverte : un avenir incertain." Reflets de la physique, no. 67 (November 2020): 31–37. http://dx.doi.org/10.1051/refdp/202067031.
Full textAbstract:
Le Palais de la découverte est à un tournant de son histoire. Le Grand Palais, qui l’héberge, doit être rénové et est fermé depuis le 1er novembre 2020. La direction d’Universcience veut en profiter pour renouveler également son offre. Elle a conçu un projet, intitulé dans cet article « Palais 2024 », qui fait l’objet de nombreuses polémiques [1]. De quoi s’agit-il exactement ? Le Palais y perdra-t-il ce qui fait son ADN, ce qu’on appelle parfois « l’esprit Jean Perrin » ? Et d’ailleurs, cette vision de son fondateur, vieille de plus de 80 ans, a-t-elle encore un sens aujourd’hui ?
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Pan, Junhua, Vikram N. Vakharia, and Yizhi Jane Tao. "The structure of a birnavirus polymerase reveals a distinct active site topology." Proceedings of the National Academy of Sciences 104, no. 18 (April 24, 2007): 7385–90. http://dx.doi.org/10.1073/pnas.0611599104.
Full textAbstract:
Single-subunit polymerases are universally encoded in both cellular organisms and viruses. Their three-dimensional structures have the shape of a right-hand with the active site located in the palm region, which has a topology similar to that of the RNA recognition motif (RRM) found in many RNA-binding proteins. Considering that polymerases have well conserved structures, it was surprising that the RNA-dependent RNA polymerases from birnaviruses, a group of dsRNA viruses, have their catalytic motifs arranged in a permuted order in sequence. Here we report the 2.5 Å structure of a birnavirus VP1 in which the polymerase palm subdomain adopts a new active site topology that has not been previously observed in other polymerases. In addition, the polymerase motif C of VP1 has the sequence of -ADN-, a highly unusual feature for RNA-dependent polymerases. Through site-directed mutagenesis, we have shown that changing the VP1 motif C from -ADN- to -GDD- results in a mutant with an increased RNA synthesis activity. Our results indicate that the active site topology of VP1 may represent a newly developed branch in polymerase evolution, and that birnaviruses may have acquired the -ADN- mutation to control their growth rate.
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Mehl, Dominique. "La famille élective." Dialogue 242, no. 4 (January 15, 2024): 25–41. http://dx.doi.org/10.3917/dia.242.0025.
Full textAbstract:
La loi de bioéthique adoptée en 2021 inaugure un nouveau droit : le droit d’accéder à leurs origines génétiques pour les personnes nées grâce à un donneur anonyme. Toutefois, certaines d’entre elles ont déjà fait des recherches en recourant aux tests adn , interdits en France mais facilement accessibles sur Internet. Ils racontent ici que la connaissance de l’identité du donneur s’étend à la découverte de demi-frères et sœurs. Ils témoignent que ce halo de personnes partageant la même expérience du don noue, le plus souvent, une relation, amicale ou quasi familiale. Fait éclore une famille élargie qu’aucune norme n’impose. Ajoute une nouvelle touche, la famille choisie, à la palette composite de la famille contemporaine.
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Béchet, Nicolas, Peggy Cellier, Thierry Charnois, and Bruno Crémilleux. "Fouille de motifs séquentiels pour la découverte de relations entre gènes et maladies rares." Revue d'intelligence artificielle 28, no. 2-3 (June 30, 2014): 245–70. http://dx.doi.org/10.3166/ria.28.245-270.
Full text
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Claverie, Jean-Michel, Chantal Abergel, and Matthieu Legendre. "Des virus géants créateurs de leurs propres gènes ?" médecine/sciences 34, no. 12 (December 2018): 1087–91. http://dx.doi.org/10.1051/medsci/2018300.
Full textAbstract:
Depuis 2003 et la découverte de Mimivirus, la saga des virus géants se poursuit avec l’isolement de nouveaux virus d’amibes qui se répartissent maintenant en sept familles bien distinctes, aux origines toujours aussi mystérieuses que controversées. À la faveur de l’identification de 3 nouveaux membres de la famille des Pandoraviridae, dont les particules de tailles micrométriques et les génomes de plus de 2 mégabases empiètent sur le monde cellulaire, nous avons procédé à une ré-analyse pointilleuses de leur contenu en gènes, aidé par les apports combinés de la transcriptomique, de la protéomique et de la bioinformatique. Nous en avons conclu que le seul scénario capable de rendre compte de la répartition et de l’énorme proportion de gènes orphelins qui caractérisent les Pandoravirus est qu’ils aient été créés de novo au sein des régions intergéniques. Ce processus, peut-être partagé par d’autres grands virus à ADN, vient remettre en question le paradigme central de l’évolution moléculaire selon lequel tous les gènes/protéines ont une histoire.
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Rioult, François. "Découverte de motifs fréquents dans les bases de données. Un cadre formel pour les méthodes." Ingénierie des systèmes d'information 9, no. 3-4 (August 24, 2004): 211–40. http://dx.doi.org/10.3166/isi.9.3-4.211-240.
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BOICHARD, D., C. GROHS, P. MICHOT, C. DANCHIN-BURGE, A. CAPITAN, L. GENESTOUT, S. BARBIER, and S. FRITZ. "Prise en compte des anomalies génétiques en sélection : le cas des bovins." INRA Productions Animales 29, no. 5 (January 9, 2020): 351–58. http://dx.doi.org/10.20870/productions-animales.2016.29.5.3003.
Full textAbstract:
Pendant plusieurs dizaines d’années après la mise en place des programmes de sélection génétique, la découverte de nouvelles anomalies est restée sporadique. Cela a incité jusqu’à présent les gestionnaires de ces programmes à appliquer une politique d’éradication drastique des reproducteurs porteurs, combinée à la procréation de futurs reproducteurs non porteurs. Mais la situation est en train de changer avec l’avènement de la sélection génomique et des technologies associées, qui permettent de détecter les anomalies plus rapidement et donc en plus grand nombre. Il est donc indispensable de faire évoluer la façon de les prendre en compte dans les programmes de sélection. Un état de la situation dans la population doit d’abord être établi en estimant la fréquence allélique de l’anomalie et en caractérisant le statut des reproducteurs les plus importants avec les tests moléculaires disponibles, en particulier avec les puces à « Single Nucleotide Polymorphism » (SNP). Dans certains cas, une prédiction indirecte, à partir d’haplotypes ou d’imputation, permet de connaître le statut à la mutation des reproducteurs plus anciens avec une forte probabilité sans nécessité de ré-analyser leur ADN. Une fois ce bilan établi, les mesures à prendre dépendent du poids économique des anomalies qui est fonction de deux paramètres, le coût par individu atteint et la fréquence allélique dans la population. La méthode optimale permettant une éradication progressive des anomalies repose sur l’utilisation d’un objectif de sélection combinant les anomalies aux autres caractères. Une phase délicate à gérer, principalement au travers des accouplements, est celle de l’utilisation de reproducteurs porteurs durant la période de transition entre la découverte de l’anomalie et l’éradication complète. Enfin, il est rappelé qu’une mesure simple permettant de limiter l’émergence de nouvelles anomalies est d’utiliser un nombre élevé de reproducteurs tout en restreignant leur taille de descendance.
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Lungu, Vasilica. "Défunt et mobilier associées: la symbolique d`un lit funéraire à Orgamé." CaieteARA. Arhitectură. Restaurare. Arheologie, no. 11 (2020): 13–28. http://dx.doi.org/10.47950/caieteara.2020.11.01.
Full textAbstract:
La découverte de quelques pièces ornementales en ivoire dans une tombe à crémation du premier quart du IIIe s. av. J.-C. se signale par la présence d’un décor de lit funéraire. Il s’agit d’un cas de rituel unique au sein de la nécropole d’Orgamè, celui de l’incinération du défunt à même le lit de prothesis. Cette étude analyse l’origine et la typologique du lit, sa chronologie et les rapprochements entre les éléments du décor préservés à Orgamè et les décors similaires, identifiés sur d’autres sites situés entre la mer Noire et la Méditerranée occidentale. Elle relève les nombreux exemples d’emploi de la même technique et de motifs similaires. Elle met en évidence les coïncidences chronologiques entre les lits funéraires découverts en mer Noire et la famille athénienne de Démos thène impliquée dans la production de lits, ainsi que les relations directes de cette famille avec certaines cités nord-pontiques. Enfin, elle étudie la signification sociale du lit décoré, qui a pour but de faire ranger le jeune défunt au sein de l’élite orgamènienne, à l’exemple des cas livrés par d’autres cités, de sorte que cette découverte constitue un marqueur important pour l’histoire économique du site et de ses réseaux commerciaux.
Dissertations / Theses on the topic "Découverte de motifs ADN"
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Larsabal, Etienne. "Découverte des motifs souples de classe A : une nouvelle classe de sites d' interaction ADN-protéines chez les procaryotes et eucaryotes inférieurs." Paris 6, 2005. http://www.theses.fr/2005PA066216.
Full text
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Floc'hlay, Swann. "Computational analysis and modelling of regulatory networks controlling embryonic development." Electronic Thesis or Diss., Université Paris sciences et lettres, 2020. http://www.theses.fr/2020UPSLE036.
Full textAbstract:
La formation d’un embryon est dictée par la séquence ADN propre à cet organisme. La variabilité génétique donne naissance à une grande diversité morphologique, tout en maintenant une organisation générale robuste. Les mutations présentes dans les régions cis-régulatrices impactent la transcription via des mécanismes épigénomiques. La variabilité d’expression génique qui en découle peut être compensée par des mécanismes trans de rétrocontrôle au sein du réseau de régulation. L’organisation précise de ces interactions cis et trans restent encore difficile à déchiffrer. Afin de mieux saisir l’effet des mutations sur la transcription, j’ai analysé des données génétiques, épigénomiques et transcriptomiques en collaboration avec le laboratoire Furlong (EMBL, Heidelberg). L’utilisation de données allèle-spécifiques de lignées F1 de Drosophile a permis d’inférer les interactions directes en cis entre les niveaux de régulation, suggérant une différence d’action des marques épigénétiques H3K27ac et H3K4me3 sur l’expression des gènes. Pour mieux comprendre l’impact en trans de la structure des réseaux de régulation sur l’expression génique, j’ai ensuite construit un modèle logique de la spécification de l’axe dorso-ventral chez l’embryon d’oursin, en collaboration avec le laboratoire Lepage (iBV, Nice). Les analyses multicellulaires et stochastiques ont permis de détecter les composants clés du réseau, notamment la dynamique de répression mutuelle entre Nodal et BMP. En conclusion, l’analyse de données allèle-spécifique et la modélisation logique m’ont permis de d’étudier les mécanismes de la régulation transcriptionnelle sous deux perspectives complémentairesThe development of an embryo derives from the DNA sequence of this organism. Genetic variability gives rise to great morphological diversity, while maintaining a robust general organisation. Mutations present within cis-regulatory regions impact transcription via epigenomic mechanisms. The resulting variability in gene expression can be buffered by tran feedback mechanisms within the regulatory network. The precise organisation of these cis and trans interactions remains difficult to decipher. In order to better grasp the effect of mutations on transcription, I analysed genetic, epigenomic and transcriptomic data in collaboration with the Furlong laboratory (EMBL, Heidelberg). The use of allele-specific data from Drosophila F1 lines enabled to infer direct cis-interactions between the regulatory layers, suggesting a difference in the action of the epigenomic markers H3K27ac and H3K4me3 on gene expression. To better understand the trans impact of the structure of regulatory networks on gene expression, I have built a logical model of the dorsal-ventral axis specification in sea urchin embryo, in collaboration with the Lepage laboratory (iBV, Nice). Multicellular and stochastic analyses permitted to detect key components of the network, including the cross-repression dynamic between Nodal and BMP. To conclude, allele-specific data analysis and logical modelling allowed me to study the mechanisms of transcription regulation from two complementary perspectives
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Litim-Mecheri, Isma. "Spécificité des protéines Hox : Rôle des motifs connus et découverte de nouveaux motifs." Thesis, Aix-Marseille 2, 2011. http://www.theses.fr/2011AIX22096.
Full textAbstract:
Les gènes Hox sont responsables de l’identité des segments le long de l’axe antéro-postérieur. Ils sont évolutivement conservés et codent des facteurs de transcription. In vitro, toutes les protéines Hox se lient à des séquences nucléotidiques très similaires via un domaine de liaison à l’ADN très conservé, l’homéodomaine (HD). Cette faible spécificité de liaison à l’ADN in vitro contraste avec leur spécificité d’action in vivo. Une manière d’expliquer ce paradoxe est que les protéines Hox agissent en interaction avec des protéines cofacteurs, dont le mieux caractérisé est Extradenticle (Exd) chez la drosophile, Pbx chez les mammifères (collectivement appelés PBC). L’interaction Hox-PBC s’appui sur un motif conservé chez la presque totalité des protéines Hox, situé en amont de l’HD, le motif Hexapeptide (HX). Des travaux récents au sein de notre équipe ont montré l’existence d’un nouveau mode d’interaction Hox-PBC, non-générique, médié par un motif spécifique à certains groupes de paralogies seulement, et situé en en C-terminal de l’HD. Ceci souligne que les interactions Hox-PBC, qui spécifient la fonction des protéines Hox, reposent sur de modes multiples d’interaction.Mes travaux de thèse ont porté sur le mode d’action des protéines Hox, en étudiant la fonction de trois motifs ayant un rôle démontré ou potentiel dans le recrutement du cofacteur Exd par la protéine Hox de drosophile AbdominalA (AbdA). L’approche empruntée visait à analyser de manière globale la manière dont chacun de ces motifs pris isolément, ou en interaction, définit la fonction d’AbdA. Les conclusions de ce travail soulignent l’absence de pléiotropie fonctionnelle et un haut degré d’interactivité entre ces motifs. Le second volet de ma thèse a été d’initier la découverte de nouveaux motifs fonctionnels au sein des protéines Hox. J’ai abordé cette question en sélectionnant des modules phylogénétiquement conservés. Afin d’évaluer leur fonction, ces motifs ont été mutés et l’impact de leur mutation a été analysé in vitro et in vivo. Les résultats obtenus ont permis l’identification d’au moins un domaine protéique qui contribue de manière prédominante à la fonction de la protéine DfdHox genes are responsible for the identity of segments along the antero-posterior axis. They are evolutionarily conserved and encode transcription factors. In vitro, all Hox proteins bind to a similar nucleotide sequence via a highly conserved DNA binding domain, the homeodomain (HD). This low specificity of DNA binding in vitro contrasts with their specificity in vivo. One way to explain this paradaox is that Hox protein function with protein cofactors, best represented by Extradenticle (Exd) in Drosophila, Pbx in mammals (collectivaly refered as PBC). Hox-PBC interaction relies on a motif located upstream of the HD, conserved in most Hox proteins, the Hexapeptide (HX). Recent work in our group identified a novel mode of Hox-PBC interaction, non-generic, specific to a subset only of Hox paralog groups, and relying on a motif located C-terminal to the HD. This highlight plasticity in Hox-PBC interaction.My PhD work aimed at investigating the mode of action of Hox protein, by studying the function of three protein motifs, with known or putative role in Exd recruitment by the Drosophila Hox protein AbdominalA (AbdA). The approach taken aimed at analyzing, using a large functional window, how these motifs, taken in isolation or collectively, define AbdA protein activity. Conclusions highlight the absence of pleitropy and a high degree of functional interaction for these protein motifs. The second part of my PhD work has been to initiate the search for novel functionally important protein motifs within Hox proteins. This was approached by selecting phylogenetically conserved motifs, and addressing their function in vitro and in vivo following motif mutations. At least one functional domain was isolated, that contributes predominantly to Dfd protein function
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Vigneron, Vincent. "Programmation par contraintes et découverte de motifs sur données séquentielles." Thesis, Angers, 2017. http://www.theses.fr/2017ANGE0028/document.
Full textAbstract:
Des travaux récents ont montré l’intérêt de la programmation par contraintes pour la fouille de données. Dans cette thèse, nous nous intéressons à la recherche de motifs sur séquences, et en particulier à la caractérisation, à l’aide de motifs, de classes de séquences pré-établies. Nous proposons à cet effet un langage de modélisation à base de contraintes qui suppose une représentation matricielle du jeu de séquences. Un motif s’y définit comme un ensemble de caractères (ou de patrons) et pour chacun une localisation dans différentes séquences. Diverses contraintes peuvent alors s’appliquer : validité des localisations, couverture d’une classe de séquences, ordre sur les localisations des caractères commun aux séquences, etc. Nous formulons deux problèmes de caractérisation NP-complets : la caractérisation par motif totalement ordonné (e.g. sous-séquence exclusive à une classe) ou partiellement ordonné. Nous en donnons deux modélisations CSP qui intègrent des contraintes globales pour la preuve d’exclusivité. Nous introduisons ensuite un algorithme mémétique pour l’extraction de motifs partiellement ordonnés qui s’appuie sur la résolution CSP lors des phases d’initialisation et d’intensification. Cette approche hybride se révèle plus performante que l’approche CSP pure sur des séquences biologiques. La mise en forme matricielle de jeux de séquences basée sur une localisation des caractères peut être de taille rédhibitoire. Nous proposons donc de localiser des patrons plutôt que des caractères. Nous présentons deux méthodes ad-hoc, l’une basée sur un parcours de treillis et l’autre sur la programmation dynamiqueRecent works have shown the relevance of constraint programming to tackle data mining tasks. This thesis follows this approach and addresses motif discovery in sequential data. We focus in particular, in the case of classified sequences, on the search for motifs that best fit each individual class. We propose a language of constraints over matrix domains to model such problems. The language assumes a preprocessing of the data set (e.g., by pre-computing the locations of each character in each sequence) and views a motif as the choice of a sub-matrix (i.e., characters, sequences, and locations). We introduce different matrix constraints (compatibility of locations with the database, class covering, location-based character ordering common to sequences, etc.) and address two NP-complete problems: the search for class-specific totally ordered motifs (e.g., exclusive subsequences) or partially ordered motifs. We provide two CSP models that rely on global constraints to prove exclusivity. We then present a memetic algorithm that uses this CSP model during initialisation and intensification. This hybrid approach proves competitive compared to the pure CSP approach as shown by experiments carried out on protein sequences. Lastly, we investigate data set preprocessing based on patterns rather than characters, in order to reduce the size of the resulting matrix domain. To this end, we present and compare two alternative methods, one based on lattice search, the other on dynamic programming
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Khiari, Medhi. "Découverte de motifs n-aires utilisant la programmation par contraintes." Phd thesis, Université de Caen, 2012. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-01023102.
Full textAbstract:
La fouille de données et la Programmation Par Contraintes (PPC) sont deux domaines de l'informatique qui ont eu, jusqu'à très récemment, des destins séparés. Cette thèse est l'une des toutes premières à s'intéresser aux liens entre la fouille de données et la PPC, et notamment aux apports de cette dernière à l'extraction de motifs sous contraintes. Différentes méthodes génériques pour la découverte de motifs locaux ont été proposées. Mais, ces méthodes ne prennent pas en considération le fait que l'intérêt d'un motif dépend souvent d'autres motifs. Un tel motif est appelé motif n-aire. Très peu de travaux concernant l'extraction de motifs n-aires ont été menés et les méthodes développées sont toutes ad hoc. Cette thèse propose un cadre unifié pour modéliser et résoudre les contraintes n-aires en fouille de données. Tout d'abord, l'extraction de motifs n-aires est modélisée sous forme de problème de satisfaction de contraintes (CSP). Puis, un langage de requêtes à base de contraintes de haut niveau est proposé. Ce langage permet d'exprimer une large panoplie de contraintes n-aires. Plusieurs méthodes de résolution sont développées et comparées. Les apports principaux de ce cadre sont sa déclarativité et sa généricité. Il s'agit du premier cadre générique et flexible permettant la modélisation et la résolution de contraintes n-aires en fouille de données.
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Khiari, Mehdi. "Découverte de motifs n-aires utilisant la programmation par contraintes." Caen, 2012. http://www.theses.fr/2012CAEN2015.
Full textAbstract:
La fouille de données et la Programmation Par Contraintes (PPC) sont deux domaines de l'informatique qui ont eu, jusqu’à très récemment, des destins séparés. Cette thèse est l'une des toutes premières à s'intéresser aux liens entre la fouille de données et la PPC, et notamment aux apports de cette dernière à l'extraction de motifs sous contraintes. Différentes méthodes génériques pour la découverte de motifs locaux ont été proposées. Mais, ces méthodes ne prennent pas en onsidération le fait que l'intérêt d'un motif dépend souvent d'autres motifs. Un tel motif est appelé motif n-aire. Très peu de travaux concernant l'extraction de motifs n-aires ont été menés et les méthodes développées sont toutes ad hoc. Cette thèse propose un cadre unifié pour modéliser et résoudre les contraintes n-aires en fouille de données. Tout d'abord, l'extraction de motifs n-aires est modélisée sous forme de problème de satisfaction de contraintes (CSP). Puis, un langage de requêtes à base de contraintes de haut niveau est proposé. Ce langage permet d'exprimer une large panoplie de contraintes n-aires. Plusieurs méthodes de résolution sont développées et comparées. Les apports principaux de ce cadre sont sa déclarativité et sa généricité. Il s'agit du premier cadre générique et flexible permettant la modélisation et la résolution de contraintes n-aires en fouille de donnéesUntil recently, data mining and Constraint Programming have been developed separately one from the other. This thesis is one of the first to address the relationships between these two areas of computer science, in particular using constraint programming techniques for constraint-based mining. The data mining community has proposed generic approaches to discover local patterns under constraints, and this issue is rather well-mastered. However, these approaches do not take into consideration that the interest of a pattern often depends on the other patterns. Such a pattern is called n-ary pattern or pattern set. Few works on mining n-ary patterns were conducted and the proposed approaches are ad hoc. This thesis proposes an unified framework for modeling and solving n-ary constraints in data mining. First, the n-ary pattern extraction problem is modeled as a Constraint Satisfaction Problem (CSP). Then, a high-level declarative language for mining n-ary patterns is proposed. This language allows to express a wide range of n-ary constraints. Several solving methods are developed and compared. The main advantages of this framework are its declarative and generic sides. To the best of our knowledge, it is the first generic and flexible framework for modeling and mining n-ary patterns
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Muscariello, Armando. "Découverte de motifs variables dans les grandes volumes de données audio." Phd thesis, Université Rennes 1, 2011. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00642956.
Full textAbstract:
Découverte de motifs variables dans les grandes volumes de données audio. Les données audio, comme les documents oraux ou télévisés ou les données radio, sont composées par de nombreux sequences variables qui se répètent. La découverte de l'emplacement de ces répétitions, ci-après dénommé motifs, aide à déduire les propriétés structurelles de données acoustiques, ce qui facilite l'accès à la partie pertinente des données, et qui permets de résumér des grands documents par un ensemble de quelques éléments particuliers. Cette thèse détails nos efforts dans la conception et la mise en oeuvre d'une architecture non supervisée de découverte de motifs, et montres son applicabilité dans une tâche de decouverte des mots et des segments peu variables comme des chansons. En ce qui concerne la méthodologie, la découverte est réalisée d'une manière totalement non supervisée, ce qui signifie que aucune connaissance acoustiques ou linguistiques sur les données est fournie. Notre solution est basée sur l'intégration d'une technique de traitement de données séquentielle qui exploits la répétitivité local du motifs réel, et une variante segmentale de l'alignement temporel dynamique. En s'appuyant sur cette architecture, une technique pour la comparaison de sequences basée sur leurs matrices d autosimilarité de est introduite, pour améliorer la robustesse à la variabilité du signal de parole. En outre, l'applicabilité du système est démontrée sur une tâche de découverte de chansons sur plusieurs jours de flux audio. Pour adapter le système à cette tâche, des techniques pour accélérer le temps de calcul sont mises en oeuvre, basées sur le sous-échantillonnage des séquences.
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Jnoub, Sonia. "La découverte de "soi" dans l'oeuvre romanesque de Michel Butor." Dijon, 2006. http://www.theses.fr/2006DIJOL003.
Full textAbstract:
Le but de cette étude est de suivre la modification du personnage et sa quête inéluctable de son existence. Dans cette perspective, notre thèse sur " la découverte de soi dans les romans butoriens " est composée de trois parties : La première " le voyage initiatique ", montre le rôle du voyage dans l'initiation du héros et sa quête de la vérité. La seconde " la dynamique de la personne butorienne et son inclination vers l'autre monde " traite la descente aux Enfers du personnage à travers le rêve et l'oubli, ainsi que le rôle de l'écriture dans sa prise de conscience. La dernière partie " progression narrative et progression thématique dans l'œuvre butorienne " montre comment le personnage butorien se découvre dans l'espace et dans le temps, et sa réaction face à la mort. L'auteur pose les questions existentielles sur l'existence. Les citations de nombreux auteurs anciens et contemporains permettent d'éclairer notre étude et apporter une réponse à ce thème de la découverte de soiThe aim of this study is to keep track of the modification of the personage and the ineluctable's quest of its existence. On this perspective, our thesis regarding " the discovery of self in the butor's novels " consiste of three parts : The first part " the initiative's voyage ", presente the role of the voyage in the initiation of the hero and its quest of the truth. The second part " the dynamics of the butor's person and its penchant towards the other world " treats the descent of the personage to the Hades across the dream and the oblivion, and the role of the writing in taking conscience. The last part " narrative progression and thematic progression in Butor's work ", shows how the butor's personage discover it self in the space and in the time, and its reaction to the death. The author pose essential questions concerning the existence. The quotations of numerous old and contemporary writers permit to illuminate our study and to carry a response to the discovery of the self
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Jacquemin, Ingrid. "Découverte de motifs relationnels en bioinformatique : application à la prédiction de ponts disulfures." Phd thesis, Université Rennes 1, 2005. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00185499.
Full textAbstract:
Déterminer la structure 3D des protéines expérimentalement est une tâche très lourde et coûteuse, qui peut s'avérer parfois impossible à réaliser. L'arrivée massive de données provenant des programmes de séquençage à grande échelle impose de passer d'une approche biochimique à une approche bioinformatique, et nécessite en particulier de développer des méthodes de prédiction sur des séquences.Cette thèse propose l'exploration de deux nouvelles pistes pour progresser dans la résolution de prédiction de ponts disulfures dans les protéines. Cette liaison covalente stabilise et contraint fortement la conformation spatiale de la protéine et la connaissance des positions où elle intervient peut réduire considérablement la complexité du problème de la prédiction de la structure 3D. Pour cela, nous utilisons dans un premier temps, l'inférence grammaticale et plus particulièrement les langages de contrôle introduit par Y. Takada, puis dans un deuxième temps, la programmation logique inductive.
Diverses expériences visent à confronter un cadre théorique d'apprentissage et des algorithmes généraux d'inférence grammaticale régulière à une application pratique de prédiction d'appariements spécifiques au sein d'une séquence protéique. D'autres expérimentations montrent que la programmation logique inductive donne de bons résultats sur la prédiction de l'état oxydé des cystéines en inférant des règles interprétables par les biologistes. Nous proposons un algorithme d'induction heuristique dont l'idée est d'effectuer plusieurs phases d'apprentissage en tenant compte des résultats obtenus aux phases précédentes permettant ainsi de diminuer considérablement la combinatoire dans les espaces d'hypothèses logiques en construisant des règles de plus en plus discriminantes.
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Soulet, Arnaud. "Un cadre générique de découverte de motifs sous contraintes fondées sur des primitives." Phd thesis, Université de Caen, 2006. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00123185.
Full textAbstract:
La découverte de motifs est une tâche centrale pourl'extraction de connaissances dans les bases de données. Cette thèse
traite de l'extraction de motifs locaux sous contraintes. Nous
apportons un éclairage nouveau avec un cadre combinant des primitives
monotones pour définir des contraintes quelconques. La variété de ces
contraintes exprime avec précision l'archétype des motifs recherchés
par l'utilisateur au sein d'une base de données. Nous proposons alors
deux types d'approche d'extraction automatique et générique malgré les
difficultés algorithmiques inhérentes à cette tâche. Leurs efficacités
reposent principalement sur l'usage de conditions nécessaires pour
approximer les variations de la contrainte. D'une part, des méthodes
de relaxations permettent de ré-utiliser les nombreux algorithmes
usuels du domaines. D'autre part, nous réalisons des méthodes
d'extraction directes dédiées aux motifs ensemblistes pour les données
larges ou corrélées en exploitant des classes d'équivalences. Enfin,
l'utilisation de nos méthodes ont permi la découverte de phénomènes
locaux lors d'applications industrielles et médicales.
Books on the topic "Découverte de motifs ADN"
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Frank-Kamenetskii, M. D. Le fil de la vie: La découverte de l'ADN. Paris: Flammarion, 1996.
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Talenti, Simona. "Visions “humaines” ou “infernales”: les moyens de transport et la perception de la ville chez Le Corbusier." In LC2015 - Le Corbusier, 50 years later. Valencia: Universitat Politècnica València, 2015. http://dx.doi.org/10.4995/lc2015.2015.821.
Full textAbstract:
Résumé: Les représentations des villes depuis la mer ont eu, à partir du XVe siècle, un grand succès dans l’iconographie urbaine des voyageurs. Depuis 1911, Le Corbusier a pris l’habitude d’esquisser dans ses carnets de croquis les paysages urbains découverts au cours de son voyage en Orient. Villes, remparts ou monuments significatifs sont souvent représentés depuis la mer ou les fleuves, car l'arrivée en bateau autorise une perception progressive et globale du site. Suite à son séjour en Amérique du sud en 1929, l'architecte exprime ouvertement son appréciation pour la perspective obtenue depuis le bateau au milieu des baies, car ce point de vue lui permet de contextualiser immédiatement ses propositions d’aménagement urbain. De simple connaissance des villes, cette pratique iconographique devient, chez Le Corbusier, un instrument d’élaboration du projet. Mais la vue horizontale est bientôt accompagnée du procédé de survol des centres urbains pour appréhender la grandeur du paysage naturel et construit. À travers l’analyse des nombreuses images – dessins, croquis, photos – élaborées par Le Corbusier à partir des différents moyens de transport, ainsi que des commentaires accompagnant ces documents iconographiques et de quelques textes publiés, on essayera de mieux comprendre le rapport entre l’échelle de ces visions panoramiques et la nouvelle approche territoriale mise au point par Le Corbusier à partir des années Trente. Abstract: The representations of cities viewed from the sea have had, since the fifteenth century, a great success in urban iconography. From 1911, Le Corbusier began drawing urban landscapes in his sketchbooks, which he discovered during his trip to the Orient. Cities, fortifications or significant monuments are often depicted from the sea or rivers, because the arrival by boat allows a gradual and overall perception of the site. After his stay in South America in 1929, the architect openly expressed his appreciation for the panoramic view obtained from the boat in the middle of the bay. This point of view allows him to contextualize his urban development proposals immediately. This iconographic practice is no longer a simple function of knowledge, but it has become an instrument for realising the project. However, the horizontal view was soon accompanied by the process of flying over urban centres to understand the magnitude of the man-made and natural landscape. Through the analysis of the many images – drawings, sketches, photos – developed by Le Corbusier using different means of transport, of comments accompanying these iconographic documents and of some published texts, the paper aims to better understand the relationship between the scale of these panoramic visions and the new territorial approach developed by Le Corbusier from the Thirties onwards. Mots clés: moyens de transport; avion; bateau. Keywords: means of transport; airplane; boat DOI: http://dx.doi.org/10.4995/LC2015.2015.821