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Academic literature on the topic 'DAP seq'

Author: Grafiati
Published: 11 March 2023

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Journal articles on the topic "DAP seq"

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Lai, Xuelei, Arnaud Stigliani, Jérémy Lucas, Véronique Hugouvieux, François Parcy, and Chloe Zubieta. "Genome-wide binding of SEPALLATA3 and AGAMOUS complexes determined by sequential DNA-affinity purification sequencing." Nucleic Acids Research 48, no. 17 (September 5, 2020): 9637–48. http://dx.doi.org/10.1093/nar/gkaa729.

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Abstract:
Abstract The MADS transcription factors (TF), SEPALLATA3 (SEP3) and AGAMOUS (AG) are required for floral organ identity and floral meristem determinacy. While dimerization is obligatory for DNA binding, SEP3 and SEP3–AG also form tetrameric complexes. How homo and hetero-dimerization and tetramerization of MADS TFs affect genome-wide DNA-binding and gene regulation is not known. Using sequential DNA affinity purification sequencing (seq-DAP-seq), we determined genome-wide binding of SEP3 homomeric and SEP3–AG heteromeric complexes, including SEP3Δtet-AG, a complex with a SEP3 splice variant, SEP3Δtet, which is largely dimeric and SEP3–AG tetramer. SEP3 and SEP3–AG share numerous bound regions, however each complex bound unique sites, demonstrating that protein identity plays a role in DNA-binding. SEP3–AG and SEP3Δtet-AG share a similar genome-wide binding pattern; however the tetrameric form could access new sites and demonstrated a global increase in DNA-binding affinity. Tetramerization exhibited significant cooperative binding with preferential distances between two sites, allowing efficient binding to regions that are poorly recognized by dimeric SEP3Δtet-AG. By intersecting seq-DAP-seq with ChIP-seq and expression data, we identified unique target genes bound either in SEP3–AG seq-DAP-seq or in SEP3/AG ChIP-seq. Seq-DAP-seq is a versatile genome-wide technique and complements in vivo methods to identify putative direct regulatory targets.
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2

Wang, Wei, Yi Dai, Mingchun Wang, Wenpeng Yang, and Degang Zhao. "Transcriptome Dynamics of Double Recessive Mutant, o2o2o16o16, Reveals the Transcriptional Mechanisms in the Increase of Its Lysine and Tryptophan Content in Maize." Genes 10, no. 4 (April 23, 2019): 316. http://dx.doi.org/10.3390/genes10040316.

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Abstract:
In maize, pyramiding of o2 and o16 alleles can greatly improve the nutritional quality of grains. To dissect its molecular mechanism, we created a double recessive mutant line, o2o2o16o16, by introgression of the o2 and o16 alleles into the wild-type maize inbred line, by molecular marker-assisted backcross selection. The kernels (18 day after pollination (DAP), 28 DAP, and 38 DAP) of the o2o2o16o16 mutant and its parent lines were subject to RNA sequencing (RNA-Seq). The RNA-Seq analysis revealed that 59 differentially expressed genes (DEGs) were involved in lysine metabolism and 43 DEGs were involved in tryptophan metabolism. Among them, the genes encoding AK, ASADH, and Dap-F in the lysine synthesis pathway were upregulated at different stages of endosperm development, promoting the synthesis of lysine. Meanwhile, the genes encoding LKR/SDH and L-PO in the lysine degradation pathway were downregulated, inhibiting the degradation of lysine. Moreover, the genes encoding TAA and YUC in the tryptophan metabolic pathway were downregulated, restraining the degradation of tryptophan. Thus, pyramiding o2 and o16 alleles could increase the lysine and tryptophan content in maize. These above results would help to uncover the molecular mechanisms involved in the increase in lysine and the tryptophan content, through the introgression of o2 and o16 alleles into the wild-type maize.
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3

Pan, Xiaoying, Wei Yan, Zhenyi Chang, Yingchao Xu, Ming Luo, Chunjue Xu, Zhufeng Chen, Jianxin Wu, and Xiaoyan Tang. "OsMYB80 Regulates Anther Development and Pollen Fertility by Targeting Multiple Biological Pathways." Plant and Cell Physiology 61, no. 5 (March 6, 2020): 988–1004. http://dx.doi.org/10.1093/pcp/pcaa025.

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Abstract:
Abstract Pollen development is critical to the reproductive success of flowering plants, but how it is regulated is not well understood. Here, we isolated two allelic male-sterile mutants of OsMYB80 and investigated how OsMYB80 regulates male fertility in rice. OsMYB80 was barely expressed in tissues other than anthers, where it initiated the expression during meiosis, reached the peak at the tetrad-releasing stage and then quickly declined afterward. The osmyb80 mutants exhibited premature tapetum cell death, lack of Ubisch bodies, no exine and microspore degeneration. To understand how OsMYB80 regulates anther development, RNA-seq analysis was conducted to identify genes differentially regulated by OsMYB80 in rice anthers. In addition, DNA affinity purification sequencing (DAP-seq) analysis was performed to identify DNA fragments interacting with OsMYB80 in vitro. Overlap of the genes identified by RNA-seq and DAP-seq revealed 188 genes that were differentially regulated by OsMYB80 and also carried an OsMYB80-interacting DNA element in the promoter. Ten of these promoter elements were randomly selected for gel shift assay and yeast one-hybrid assay, and all showed OsMYB80 binding. The 10 promoters also showed OsMYB80-dependent induction when co-expressed in rice protoplast. Functional annotation of the 188 genes suggested that OsMYB80 regulates male fertility by directly targeting multiple biological processes. The identification of these genes significantly enriched the gene networks governing anther development and provided much new information for the understanding of pollen development and male fertility.
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4

Bartlett, Anna, Ronan C. O'Malley, Shao-shan Carol Huang, Mary Galli, Joseph R. Nery, Andrea Gallavotti, and Joseph R. Ecker. "Mapping genome-wide transcription-factor binding sites using DAP-seq." Nature Protocols 12, no. 8 (July 20, 2017): 1659–72. http://dx.doi.org/10.1038/nprot.2017.055.

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5

Salemi, Rossella, Alessandra Zega, Elvira Aguglia, Flavia Lo Verde, Giuseppe Pigola, Stefania Stefani, and Viviana Cafiso. "Balancing the Virulence and Antimicrobial Resistance in VISA DAP-R CA-MRSA Superbug." Antibiotics 11, no. 9 (August 27, 2022): 1159. http://dx.doi.org/10.3390/antibiotics11091159.

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Abstract:
Background: Methicillin-resistant Staphylococcus aureus (MRSA) with intermediate resistance to Vancomycin (VISA) is reported worldwide. These strains frequently emerge among hospital-associated (HA)-MRSA and rarely within community-acquired (CA)-MRSA. Here, the genomic and transcriptomic adaptations distinguishing VISA daptomycin resistant (DAP-R) CA-MRSA, which emerged in a hospitalized patient under glycopeptide treatment, were explored. Methods: Whole-genome sequencing, RNA-Seq and bioinformatics were carried out. Results: Our CA-MRSA clustered in the USA400 lineage showing additional antimicrobial resistance (AMR) versus DAP and glycopeptides. Resistomics revealed adaptations related to glycopeptide, daptomycin and rifampin resistance (mprF nsSNPS and overexpression of glycopeptide and daptomycin-resistance related genes). Similar changes were detected in virulence traits (agrA HI-nsSNPs and toxin gene underexpression), in which a decrease was observed despite the abundance of virulence-related genes. Our results predicted a balance in adaptations, decreasing the virulence and biological costs to support the co-occurrence of extensive AMR in a hypervirulent genomic background. Conclusion: Our data show that VISA DAP-R CA-MRSA shifts the potential hypervirulent behavior of CA-MRSA towards the acquisition and maintenance of extensive AMR, by a decrease in virulence and biological costs mediated by a “compensatory modulatory mutation” silencing the Agr quorum-sensing cascade.
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6

Zhu, Cheng-Chao, Chu-Xin Wang, Chen-Ya Lu, Jin-Dong Wang, Yu Zhou, Min Xiong, Chang-Quan Zhang, Qiao-Quan Liu, and Qian-Feng Li. "Genome-Wide Identification and Expression Analysis of OsbZIP09 Target Genes in Rice Reveal Its Mechanism of Controlling Seed Germination." International Journal of Molecular Sciences 22, no. 4 (February 7, 2021): 1661. http://dx.doi.org/10.3390/ijms22041661.

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Abstract:
Seed dormancy and germination are key events in plant development and are critical for crop production, and defects in seed germination or the inappropriate release of seed dormancy cause substantial losses in crop yields. Rice is the staple food for more than half of the world’s population, and preharvest sprouting (PHS) is one of the most severe problems in rice production, due to a low level of seed dormancy, especially under warm and damp conditions. Therefore, PHS leads to yield loss and a decrease in rice quality and vitality. We reveal that mutation of OsbZIP09 inhibited rice PHS. Analysis of the expression of OsbZIP09 and its encoded protein sequence and structure indicated that OsbZIP09 is a typical bZIP transcription factor that contains conserved bZIP domains, and its expression is induced by ABA. Moreover, RNA sequencing (RNA-seq) and DNA affinity purification sequencing (DAP-seq) analyses were performed and 52 key direct targets of OsbZIP09 were identified, including OsLOX2 and Late Embryogenesis Abundant (LEA) family genes, which are involved in controlling seed germination. Most of these key targets showed consistent changes in expression in response to abscisic acid (ABA) treatment and OsbZIP09 mutation. The data characterize a number of key target genes that are directly regulated by OsbZIP09 and contribute to revealing the molecular mechanism that underlies how OsbZIP09 controls rice seed germination.
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Cao, Yingying, Haixia Zeng, Lixia Ku, Zhenzhen Ren, Yun Han, Huihui Su, Dandan Dou, et al. "ZmIBH1-1 regulates plant architecture in maize." Journal of Experimental Botany 71, no. 10 (January 28, 2020): 2943–55. http://dx.doi.org/10.1093/jxb/eraa052.

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Abstract:
Abstract Leaf angle (LA) is a critical agronomic trait in maize, with more upright leaves allowing higher planting density, leading to more efficient light capture and higher yields. A few genes responsible for variation in LA have been identified by map-based cloning. In this study, we cloned maize ZmIBH1-1, which encodes a bHLH transcription factor with both a basic binding region and a helix-loop-helix domain, and the results of qRT-PCR showed that it is a negative regulator of LA. Histological analysis indicated that changes in LA were mainly caused by differential cell wall lignification and cell elongation in the ligular region. To determine the regulatory framework of ZmIBH1-1, we conducted RNA-seq and DNA affinity purification (DAP)-seq analyses. The combined results revealed 59 ZmIBH1-1-modulated target genes with annotations, and they were mainly related to the cell wall, cell development, and hormones. Based on the data, we propose a regulatory model for the control of plant architecture by ZmIBH1-1 in maize.
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Dong, Zhicheng, Jianhui Wang, Pibiao Shi, Han Zhao, Lihua Ning, and Chushan Wu. "Mapping genome-wide binding sites of endosperm specific expression transcription factor O2 using DAP-Seq." Chinese Science Bulletin 64, no. 24 (August 1, 2019): 2537–48. http://dx.doi.org/10.1360/n972019-00334.

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Wang, Wei, Xiang-Dong Bai, Kun Chen, Chen-Rui Gu, Qi-Bin Yu, Jing Jiang, and Gui-Feng Liu. "Role of PsnWRKY70 in Regulatory Network Response to Infection with Alternaria alternata (Fr.) Keissl in Populus." International Journal of Molecular Sciences 23, no. 14 (July 7, 2022): 7537. http://dx.doi.org/10.3390/ijms23147537.

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Abstract:
WRKY is an important complex family of transcription factors involved in plant immune responses. Among them, WRKY70 plays an important role in the process of the plant defense response to the invasion of pathogens. However, the defense mechanism of PsnWRKY70 is not clear in Populus nigra. In this study, we showed that PsnWRKY70-overexpression lines (OE) had fewer leaf blight symptoms than PsnWRKY70-repressing lines (RE). PsnWRKY70 activated MAP kinase cascade genes (PsnM2K4, PsnMPK3, PsnM3K18), calcium channel proteins-related genes (PsnCNG3, PsnCNGC1, PsnCNG4), and calcium-dependent protein kinases genes (PsnCDPKL, PsnCDPKW, PsnCDPKS, PsnCDPKQ). Furthermore, 129 genes of PsnWRKY70 putative genome-wide direct targets (DTGs) were identified by using transcriptome (RNA-seq) and DNA affinity purification sequencing (DAP-seq). PsnWRKY70 directly binds to the promoters of homologous genes and LRR domain proteins to promote the expression of WRKY6, WRKY18, WRKY22, and WRKY22–1, LRR domain proteins LRR8, LRR-RLK, ADR1-like 2, NB-ARC, etc. Our study suggests that PsnWRKY70 enhances the resistance of A. alternata in poplar by activating genes in both pathogen-associated molecular pattern-triggered immunity (PTI) and effector-triggered immunity (ETI).
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Ngo, Vu, Mengchi Wang, and Wei Wang. "Finding de novo methylated DNA motifs." Bioinformatics 35, no. 18 (February 6, 2019): 3287–93. http://dx.doi.org/10.1093/bioinformatics/btz079.

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Abstract:
Abstract Motivation Increasing evidence has shown that nucleotide modifications such as methylation and hydroxymethylation on cytosine would greatly impact the binding of transcription factors (TFs). However, there is a lack of motif finding algorithms with the function to search for motifs with modified bases. In this study, we expand on our previous motif finding pipeline Epigram to provide systematic de novo motif discovery and performance evaluation on methylated DNA motifs. Results mEpigram outperforms both MEME and DREME on finding modified motifs in simulated data that mimics various motif enrichment scenarios. Furthermore we were able to identify methylated motifs in Arabidopsis DNA affinity purification sequencing (DAP-seq) data that were previously demonstrated to contain such motifs. When applied to TF ChIP-seq and DNA methylome data in H1 and GM12878, our method successfully identified novel methylated motifs that can be recognized by the TFs or their co-factors. We also observed spacing constraint between the canonical motif of the TF and the newly discovered methylated motifs, which suggests operative recognition of these cis-elements by collaborative proteins. Availability and implementation The mEpigram program is available at http://wanglab.ucsd.edu/star/mEpigram. Supplementary information Supplementary data are available at Bioinformatics online.
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Dissertations / Theses on the topic "DAP seq"

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Stracquadanio, Stefano. "Two strategies to deepen knowledge the antibiotic resistance related traits in Italian MDR Staphylococci: comparative transcriptomic of two DAP-R/DAP-S MRSA isogenic couples and CRISPR system characterization of pathogenic S. epidermidis." Doctoral thesis, Università di Catania, 2019. http://hdl.handle.net/10761/4132.

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Abstract:
Antibiotic resistance is worldwide an increasing problem for the public health. Scientists are working to better know the features of Multi-Drug Resistant (MDR) bacteria to develop new strategies to overcome the antibiotic resistance. Among the most common bacteria capable to infect humans and become resistant to antibiotics, the members of the genus Staphylococcus are the etiological agents of some infectious diseases that can be lethal if the pharmacological treatment fails. S. aureus can cause a wide spectrum of diseases, ranging from mild skin forms to systemic forms, whilst S. epidermidis has been frequently implicated in endocarditis and infections of surgical implants and it seems to be the source for antibiotic resistance related gene acquisition by S. aureus. A comparative transcriptomic analysis by RNA-seq and bioinformatic of two Methicillin-Resistant S. aureus isogenic pairs, the characterization of the CRISPR-Cas system and phage infection sensitivity tests of ten Italian pathogenic clinical MDR S. epidermidis strains were performed to deepen knowledge the antibiotic resistance related traits in Italian MDR Staphylococci. Results of transcriptomic analysis showed the contribution of Staphylococcal mRNAs and small-RNAs in daptomycin resistance, with multiple pathways associated, including the cell-wall biosynthesis and organization, metabolism, nucleic acid metabolism, stress response and transport, confirming the role of transcriptome in developing antibiotic resistance. CRISPR-Cas system presence seems to not be a common trait in MDR S. epidermidis (33%) although they showed a high resistance to phage infection, results that should be considered in the perspective of developing a phage therapy. Finally, recent discoveries suggest the possibility to use CRISPR, in the future, to target not only the genes, but also RNAs (messenger and small), linking transcriptome analysis and CRISPR system studies as parts of a possible strategy to cure the antibiotic resistance.
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Pastaneira, Paula Alexandra. "Ser educador cooperante: contributos do processo de supervisão para o seu desenvolvimento profissional." Master's thesis, Universidade de Évora, 2013. http://hdl.handle.net/10174/10764.

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Abstract:
Este estudo tem como objetivo geral a compreensão e a reflexão sobre o modo como a supervisão pedagógica em formação inicial, influencia o percurso de desenvolvimento profissional dos educadores cooperantes, em torno da sua prática pedagógica. A intenção de dar “voz” às educadoras cooperantes, relativamente ao processo de supervisão pedagógica, emerge da reflexão que temos vindo a desenvolver no desempenho das funções de educadora cooperante da Universidade de Évora. A partir desta problemática, a metodologia utilizada foi a de inquérito por entrevista, realizada a dez cooperantes da Universidade de Évora, no ano letivo 2011/2012, em que exerciam funções de educadoras cooperantes no Mestrado em educação pré-escolar O estudo evidência a importância que os educadores cooperantes atribuem ao papel que exercem de supervisores, assim como à sua formação contínua. Evidencia ainda as abordagens reflexivas e colaborativas de todo o processo que potenciam o desenvolvimento profissional e as mudanças das práticas pedagógicas. Os resultados evidenciam também a satisfação e o apoio que sentem por parte dos docentes da Universidade, ainda que não considerem que exista uma colaboração, em termos organizacionais, entre esta parceria; ### ABSTRACT: TO BE A COOPERATING EDUCATOR: CONTRIBUTIONS TO THE PROFESSIONAL DEVELOPMENT The main aim of this study is the understanding and reflection, on the way how pedagogical supervision in the initial training, affects cooperating educators professional development course ,around their pedagogical practice. The purpose of giving "voice" to cooperating educators, in what concerns the process of pedagogical supervision, emerges from the reflection that we have been developing in the performance of cooperating educator functions at the University of Évora. Based on this issue, the methodology used was the survey interview, conducted to ten cooperating educators at the University of Évora, in 2011/2012 academic year, in which they had cooperating educators functions, by teaching Master in preschool education students. The study highlights the importance that the cooperating educators give to their role of supervisors, as well as to its continuous training. It shows us how they value the reflective and collaborative approaches in all the process that intensifies the professional development and the assumption of change in their teaching practices. The results also show the satisfaction and support they had from the teachers, though, they do not consider the existence of cooperation, at the organizational level between this partnerships.
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Abo, Khayal Layal. "Transkriptomická charakterizace pomocí analýzy RNA-Seq dat." Doctoral thesis, Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií, 2018. http://www.nusl.cz/ntk/nusl-369382.

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Abstract:
Vysoce výkonné sekvenční technologie produkují obrovské množství dat, která mohou odhalit nové geny, identifikovat splice varianty a kvantifikovat genovou expresi v celém genomu. Objem a složitost dat z RNA-seq experimentů vyžadují škálovatelné metody matematické analýzy založené na robustníchstatistických modelech. Je náročné navrhnout integrované pracovní postupy, které zahrnují různé postupy analýzy. Konkrétně jsou to srovnávací testy transkriptů, které jsou komplikovány několika zdroji variability měření a představují řadu statistických problémů. V tomto výzkumu byla sestavena integrovaná transkripční profilová pipeline k produkci nových reprodukovatelných kódů pro získání biologicky interpretovovatelných výsledků. Počínaje anotací údajů RNA-seq a hodnocení kvality je navržen soubor kódů, který slouží pro vizualizaci hodnocení kvality, potřebné pro zajištění RNA-Seq experimentu s analýzou dat. Dále je provedena komplexní diferenciální analýza genových expresí, která poskytuje popisné metody pro testované RNA-Seq data. Pro implementaci analýzy alternativního sestřihu a diferenciálních exonů jsme zlepšili výkon DEXSeq definováním otevřeného čtecího rámce exonového regionu, který se používá alternativně. Dále je popsána nová metodologie pro analýzu diferenciálně exprimované dlouhé nekódující RNA nalezením funkční korelace této RNA se sousedícími diferenciálně exprimovanými geny kódujícími proteiny. Takto je získán jasnější pohled na regulační mechanismus a poskytnuta hypotéza o úloze dlouhé nekódující RNA v regulaci genové exprese.
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Bento, Tiago Flor. "Um estudo das propriedades do tráfego em redes sem fio e seu impacto na avaliação de desempenho." reponame:Repositório Institucional da UnB, 2011. http://repositorio.unb.br/handle/10482/9051.

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Abstract:
Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Faculdade de Tecnologia, Departamento de Engenharia Elétrica, 2011.
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Este trabalho apresenta a análise das propriedades do tráfego em redes sem fio IEEE 802.11 e examina a eficiência do protocolo da camada de enlace, tendo em vista o desempenho de diversas aplicações. Inicialmente, é apresentado um estudo taxonômico do tráfego de rede sem fio nas camadas de enlace, rede e transporte. O estudo identifica a composiç˜ao do tráfego nas diferentes camadas, o classifica e o modela como um processo autossimilar. Com esse resultado, é feita uma análise crítica do desempenho de aplicações reproduzidas em simulações com o objetivo de verificar duas hipóteses: 1) Determinar a influência do fenômeno de autossimilaridade no desempenho de aplicações. 2) Avaliar o ganho de desempenho o tráfego que pode ser caracterizado como desnecessário. Os resultados comprovam que a propriedade autossimilar do tráfego provoca um efeito negativo no desempenho da rede, e se torna ainda mais grave em situações de uso mais intenso. Também é mostrado que, para melhorar o desempenho de aplicações de tempo real em uma rede sem fio, um ponto inicial de partida é a diminuição dos componentes de tráfego que n˜ao s˜ao estritamente necessários. _________________________________________________________________________________ ABSTRACT
This work presents the analysis of properties of traffic on IEEE 802.11 wireless networks and examines the effectiveness of the link layer protocol for the performance of various applications. Initially, a taxonomic study of wireless network traffic in the network link layer, and transport. The study identifies the composition of traffic on different layers, classifies and models as a self-similar process. With this result, is made a critical analysis of the performance of applications reproduced in simulations to verify two hypotheses: 1) to determine the influence of the phenomenon of self-similarity in the performance of applications. 2) Evaluate the performance gain removing the traffic that can be characterized as unnecessary. The results show that the self-similar traffic causes a negative effect on network performance, and becomes even more acute in situations of intense use. It is also shown that, to improve the performance of real-time applications in a wireless network, an initial point of departure is the reduction of traffic that are not strictly necessary.
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August, Hartmut. "Pessoas adultas sem cônjugue : características das Igrejas Menonitas de Curitiba que favorecem seu acolhimento e integração : Hartmut August ; orientador, Agenor Brighenti." reponame:Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da PUC_PR, 2012. http://www.biblioteca.pucpr.br/tede/tde_busca/arquivo.php?codArquivo=2132.

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Abstract:
Dissertação (mestrado) - Pontifícia Universidade Católica do Paraná, Curitiba, 2012
Bibliografia: f. 129-132
Este trabalho se propõe a identificar características das Igrejas Menonitas de Curitiba que favorecem o acolhimento e integração de pessoas adultas sem cônjuge. À medida que seus amigos se casam, a pessoa adulta sem cônjuge vai ficando sozinha. Da mesma f
Este estudio tiene como objetivo identificar las características de las Iglesias Menonitas de Curitiba que promueven la acogida e integración de los dultos sin cónyuge. Como sus amigos se casan, el adulto soltero se está solo. Del mismo modo, la persona q
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Pess?a, Bruno Jefferson de Sousa. "Problema das sequ?ncias justas ponderadas." PROGRAMA DE P?S-GRADUA??O EM ENGENHARIA EL?TRICA E DE COMPUTA??O, 2017. https://repositorio.ufrn.br/jspui/handle/123456789/24794.

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Abstract:
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Approved for entry into archive by Arlan Eloi Leite Silva (eloihistoriador@yahoo.com.br) on 2018-02-22T22:38:00Z (GMT) No. of bitstreams: 1 BrunoJeffersonDeSousaPessoa_TESE.pdf: 1029802 bytes, checksum: fb7e1bbf01b30106e4b0a64511f955d1 (MD5)
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Problemas de escalonamento aos quais s?o impostas restri??es relativas ?s dist?ncias temporais entre sucessivas execu??es de uma mesma tarefa possuem um grande n?mero de aplica??es, que variam desde o escalonamento de tarefas em sistemas de tempo real ? produ??o de autom?veis em uma linha de montagem. O presente trabalho apresenta um novo problema de otimiza??o, denominado de Problema das Sequ?ncias Justas Ponderadas (PSJP), que faz parte dessa classe de problemas. Al?m do estudo da complexidade computacional do PSJP, ? apresentada uma formula??o matem?tica baseada em programa??o linear inteira mista e uma s?rie de cortes que aprimoram sua resolu??o via m?todos exatos. Para resolv?-lo, foram elaborados um m?todo iterativo que reduz o n?mero de vari?veis da formula??o proposta e uma solu??o heur?stica desenvolvida a partir da combina??o de meta-heur?sticas cl?ssicas da literatura. Experimentos computacionais mostram que, para um dado limite de tempo, as abordagens propostas aumentam significativamente o n?mero de inst?ncias resolvidas, preservando-se a qualidade das solu??es.
Scheduling problems on which constraints are imposed with regard to the temporal distances between successive executions of the same task have numerous applications, ranging from task scheduling in real-time systems to automobile production on a mixedmodel assembly line. This paper introduces a new NP-hard optimization problem belonging to this class of problems, namely the Weighted Fair Sequences Problem (WFSP). In addition to the study of the computational complexity of the WFSP, we present a mathematical formulation based on mixed-integer linear programming as well as a serie of cuts that improve the problem resolution via exact methods. To solve the WFSP, we propose an iterative method that greatly reduces the number of variables in the WFSP formulation and a heuristic solution developed from the combination of classical metaheuristics from the literature. Computational experiments show that, for a given time limit, the proposed approaches significantly increase the number of instances solved, preserving the quality of the solutions.
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Penna, Cláudia Maria de Mattos. "Ser saudável no quotidiano das favelas." reponame:Repositório Institucional da UFSC, 1996. https://repositorio.ufsc.br/handle/123456789/112051.

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Bastos, Carolina Mancini Vall. "Análise da expressão gênica diferencial das glândulas de veneno de Bothrops jararaca (Serpentes: Viperidae)." Universidade de São Paulo, 2012. http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/41/41131/tde-13072012-161408/.

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Abstract:
A glândula de veneno da serpente Bothrops jararaca é uma glândula exócrina relacionada a glândula salivar dos mamíferos. Diferentemente de outras glândulas exócrinas, esta possui um lúmen central no qual o veneno produzido fica estocado. Os mecanismos envolvidos na regulação da síntese e secreção de toxinas pela glândula de veneno são pouco conhecidos. Sabe-se que a inervação noradrenérgica possui um papel essencial no ciclo de produção de veneno, pois serpentes Bothrops jararaca tratadas com reserpina, um potente bloqueador da atividade simpática, não acumulam veneno no lúmen. Porém a ativação direta dos adrenoceptores α e β, através da ação de agonistas, tem a capacidade de reverter a ação da reserpina. No presente trabalho utilizamos métodos combinados de análise de expressão gênica em larga escala a fim de identificar os processos celulares sob controle do sistema simpático durante o ciclo de produção de veneno da glândula de veneno de Bothrops jararaca. Foi construído um array de cDNA em membrana da náilon contendo 4608 clones provenientes da biblioteca de cDNA construída a partir das glândulas de veneno de um macho e uma fêmea, adultos, de Bothrops jararaca. Para a análise temporal da expressão gênica foram utilizados machos adultos de B. jararaca. As glândulas de veneno foram extraídas em diferentes dias do ciclo de produção de veneno (0, 1, 2, 4 e 15 dias). Através da análise do perfil de expressão gênica identificamos que os transcritos de toxinas e de não toxinas (celulares) possuem perfil semelhante de expressão ao longo do ciclo, sendo que no 2° dia do ciclo ocorre o pico de expressão desses transcritos. Para identificar os processos celulares sob controle da inervação noradrenérgica machos adultos de B. jararaca foram submetidos a tratamento farmacológico com reserpina (glândula 4dR) e com reserpina e agonistas dos adrenoceptores α e β (glândula 4dA). Na análise da expressão gênica utilizando macroarranjos, entre os clones com expressão aumentada na glândula 4dR, aproximadamente 51% eram de toxinas, indicando que a inibição da atividade simpática não interfere na transcrição das toxinas. A análise dos transcritos celulares confirmou que os processos de transcrição e tradução não são afetados pelo tratamento com reserpina. A análise da expressão por PCR quantitativo em tempo real, confirmou que as toxinas são expressas normalmente na glândula 4dR. Além disso, a análise da expressão de genes envolvidos nos processos de enovelamento protéico e secreção revelou que genes responsivos a estresse de retículo endoplasmático apresentam aumento na expressão na glândula 4dR. Também realizamos a análise transcriptômica por sequenciamento em larga escala (RNA-seq) da glândula 4d e da glândula 4dR. Entre os contigs identificados como toxinas não houve diferenças quantitativas nem qualitativas significativas entre as glândulas 4d e 4dR, confirmando que o processo de transcrição de toxinas ocorre independentemente da ativação dos adrenoceptores α e β. A análise de enriquecimento de termos do gene ontology revelou predominância de processos biológicos relacionados a resposta a estresse de retículo endoplasmático entre os transcritos mais expressos na glândula 4dR e de processos envolvendo a formação de vesículas de transporte entre os transcritos menos expressos na glândula 4dR. Na análise dos transcritos exclusivos da glândula 4d e exclusivos da glândula 4dR identificamos diversas isoformas de small GTPases da família Ras (Rab) que possuem papel fundamental na regulação da formação de vesículas. Assim, nesse trabalho mostramos que o processo de transcrição de toxinas ocorre independentemente da ativação dos adrenoceptores α e β e que a ativação dos adrenoceptores parece ser necessária para que ocorra a formação de vesículas secretoras. Já a inibição do processo pela ação da reserpina possivelmente provoca a ativação da resposta UPR (unfolded protein response), o que pode estar associado com o acúmulo de proteínas no lúmen do retículo endoplasmático.
The venom gland of the Brazilian venomous snake Bothrops jararaca (Crotalinae, Viperidae) is an exocrine tissue related to the salivary gland. The venom gland has a central lumen where the venom is stored. When the venom is released, the production of new venom is triggered by the activation of noradrenaline on both α1- and β-adrenoceptors. But the genes involved and the regulation of venom production cycle are poorly known. When the Bothrops jararaca is treated with reserpine, a depletor of catecholamine, the venom production is inhibited. At present work we used combined methods of high throughput analysis of gene expression to identify cellular process controlled by the sympathetic system during the cycle of venom production in the venom glands of Bothrops jararaca. Was constructed a cDNA array with 4608 clones from a cDNA library of the venom glands of one male and one female of B.jararaca. In order to get a time series analysis adult males of B.jararaca were used. The venom gland was extracted at different time points of the venom production cycle (0, 1, 2, 4 and 15 days). The resulting profile of the gene expression of toxins and non-toxins during the cycle was shown to be similar, and the higher level of gene expression was found at the 2nd day of the venom production cycle. A differential gene expression analysis was performed also with venom glands of B.jararaca treated with reserpine. Although previous results reported that venom glands under effect of reserpine are not able to produce venom, we found that 51% of upregulated clones of the venom gland treated with reserpine (4dR) are toxins. Moreover, most of the non-toxins clones were involved with transcription and translation processes, showing that these processes are not affected by the inhibition of the sympathetic system. The analysis of gene expression by quantitative real-time PCR confirmed that in the venom gland treated with reserpine (4dR) the toxins are normally produced, and the genes responsive for unfolded protein response (UPR) are upregulated. We also performed the next generation sequencing to produce a transcriptomic profile (RNA-seq) of normal venom gland (4d) and venom gland treated with reserpine (4dR). The comparison between the transcripts of toxins found at 4d and 4dR transcriptomes revealed no qualitative or quantitative differences, confirming that the toxins transcription are independent of the activation of α1- and β-adrenoceptors. The enrichment analysis of Gene Ontology terms revealed that the unfolded protein response are activated at 4dR venom gland and the membrane trafficking are possibly inhibited. We also identify many isoforms of Ras family small GTPases (Rab proteins) that has a key role ate regulation of membrane trafficking. At present work we showed that the transcriptional control of the toxins in the venom gland are independent of the activation by α1- and β-adrenoceptors, however, the adrenoceptors seems to be necessary to activate the secretory pathway. The inhibition of the activation of α1- and β-adrenoceptor by reserpine seems to be recruiting an unfolded protein response, probably due to the accumulation of proteins at the lumen of the endoplasmic reticulum.
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Lartigolle, Jocelyne. "Le peloïde de Dax et ses indications thérapeutiques." Bordeaux 2, 1995. http://www.theses.fr/1995BOR2M099.

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Vaz, Sandra Cristina de Pinto. "Existência sem convexidade em cálculo das variações." Master's thesis, Universidade do Porto. Reitoria, 2001. http://hdl.handle.net/10216/9604.

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Abstract:
Dissertação de Mestrado em Matemática Aplicada apresentada à Faculdade de Ciências da Universidade do Porto
Este trabalho consiste em demonstrar a existência de solução para o Problema de Cálculo das Variações (P):[ expressão matemática I(x) = integral a b [L(x(t), x.(t)) dt], x(a) = A, x(b) = B ]quando certas condições são verificadas. No primeiro capítulo aborda-se artigos já publicados, comparando-os com o presente trabalho. O segundo capítulo é dedicado à resolução de (P) e está separado em várias secções. O problema (P), definições e notações relevantes constituem a primeira secção. A segunda é dedicada à apresentação de teoremas já existentes, que serão aplicados na demonstração dos resultados principais. Na terceira são apresentados lemas e proposições que facilitam as demonstrações dos resultados principais. As Hipóteses que (P) tem de satisfazer, para garantir a existência de solução estão na quarta e os resultados principais são apresentados na quinta secção. Termina-se este trabalho com a referência a um problema para o qual o resultado principal garante existência de solução.
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Books on the topic "DAP seq"

1

Como ser feliz sem dar certo. Rio de Janeiro: Editora Record, 2001.

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Sens, Bastian. Das SEO-Cockpit. Wiesbaden: Springer Fachmedien Wiesbaden, 2020. http://dx.doi.org/10.1007/978-3-658-29494-6.

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Blackaby, Susan. Dan Gets Set. Mankato: Picture Window Books, 2007.

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Sica, Vittorio De. Lettere dal set. Milano: SugarCo, 1987.

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5

Blackaby, Susan. Dan gets set. Minneapolis, Minn: Picture Window Books, 2004.

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Yin yang zhi dao: Gu dai Zhongguo ren xun qiu ji qing di fang shi. Dai bei shi: Feng yun shi dai, 1994.

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Das See-Vokabularium: Roman. Göttingen: Wallstein, 2010.

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Ltd, Artful Doodlers, ed. See my valentine. New York: Simon Spotlight/Nickelodeon, 2006.

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Su, Sa, ed. Hai hun: Cong Zheng He de da hang hai shi dai dao Dongying jue qi. [Taibei]: Da qi chu ban she, 2012.

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Cirlot, Lourdes. El grupo "Dau al Set". Madrid: Cátedra, 1986.

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Book chapters on the topic "DAP seq"

1

Li, Miaomiao, and Shao-Shan Carol Huang. "DNA Affinity Purification Sequencing (DAP-Seq) for Mapping Genome-Wide Transcription Factor Binding Sites in Plants." In Springer Protocols Handbooks, 293–303. New York, NY: Springer US, 2021. http://dx.doi.org/10.1007/978-1-0716-1526-3_15.

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Sens, Bastian. "SEO-Spezialthemen." In Das SEO-Cockpit, 107–28. Wiesbaden: Springer Fachmedien Wiesbaden, 2020. http://dx.doi.org/10.1007/978-3-658-29494-6_3.

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Heschl, Adolf, and Herbert Loserl. "Intelligenter Sex." In Das intelligente Genom, 193–229. Berlin, Heidelberg: Springer Berlin Heidelberg, 1998. http://dx.doi.org/10.1007/978-3-642-58883-9_16.

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Sens, Bastian. "SEO-Strategie mit dem SEO-Cockpit entwickeln." In Das SEO-Cockpit, 7–106. Wiesbaden: Springer Fachmedien Wiesbaden, 2020. http://dx.doi.org/10.1007/978-3-658-29494-6_2.

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Sens, Bastian. "Das SEO-Vorgehen." In essentials, 5–35. Wiesbaden: Springer Fachmedien Wiesbaden, 2018. http://dx.doi.org/10.1007/978-3-658-21524-8_2.

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Sens, Bastian. "Die SEO-Wirtschaftlichkeitsberechnung." In Das SEO-Cockpit, 129–37. Wiesbaden: Springer Fachmedien Wiesbaden, 2020. http://dx.doi.org/10.1007/978-3-658-29494-6_4.

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7

Krauß, Veiko. "Sex – theoretisch gesehen." In Das älteste Glücksspiel, 1–21. Berlin, Heidelberg: Springer Berlin Heidelberg, 2021. http://dx.doi.org/10.1007/978-3-662-62585-9_1.

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Sens, Bastian. "Suchergebnisse, Bewertungskriterien und Online-Marketing-Strategie." In Das SEO-Cockpit, 1–6. Wiesbaden: Springer Fachmedien Wiesbaden, 2020. http://dx.doi.org/10.1007/978-3-658-29494-6_1.

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Sens, Bastian. "SEO-Tools im Überblick." In Das SEO-Cockpit, 139–41. Wiesbaden: Springer Fachmedien Wiesbaden, 2020. http://dx.doi.org/10.1007/978-3-658-29494-6_5.

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Sens, Bastian. "Ausblick: Die Zukunft von SEO." In Das SEO-Cockpit, 143. Wiesbaden: Springer Fachmedien Wiesbaden, 2020. http://dx.doi.org/10.1007/978-3-658-29494-6_6.

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Conference papers on the topic "DAP seq"

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Sen, Sidharth, Mary Galli, Andrea Gallavotti, and Trupti Joshi. "Development of an informatics analytics workflow for DAP-seq data exploration and validation for auxin response factors in maize." In 2017 IEEE International Conference on Bioinformatics and Biomedicine (BIBM). IEEE, 2017. http://dx.doi.org/10.1109/bibm.2017.8218034.

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Xavier, Rúben F., Antonio Oliveira-Jr, and Leandro A. Freitas. "Uma discussão da integração entre MEC e 6G." In Workshop de Redes 6G. Sociedade Brasileira de Computação, 2022. http://dx.doi.org/10.5753/w6g.2022.223500.

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Abstract:
As redes móveis tem se tornado cada vez mais presentes na vida do ser humano no mundo todo. A chegada das redes móveis de quinta geração, mais conhecida como 5G, trouxeram grande avanço tecnológico. Contudo, a rápida expansão tecnológica no mundo força a evolução das redes móveis na mesma velocidade. A sexta geração das redes móveis (6G) surgem com o desafio de dar suporte ao desenvolvimento humano em escala global. Para isto, uma das tecnologias que são essenciais é o Multi-Access Edge Computing (MEC). Para o seu uso, o MEC deve ser integrado à rede 6G, logo, devem ser propostos modelos de integração. Neste trabalho discutiremos a integração entre 5G e MEC proposta através do desenvolvimento de um serviço de integração, com vistas para a integração entre 6G e MEC.
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3

MAGALHAES, RANIERE, DANIELA DE OLIVEIRA MORAES, DIEGO COSTA SOMBRA, MARCIO ANTONIO AMANTE MELO, and JOAO CARLOS FELIX SOUZA. "O ASSISTENCIALISMO DAS IGREJAS EVANGÉLICAS E SUA EFICIÊNCIA." In Brazilian Congress. brazco, 2020. http://dx.doi.org/10.51162/brc.dev2020-00061.

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Abstract:
O assistencialismo, que envolve acoes realizadas com o proposito de atender a demandas sociais emergenciais, tem transformado um direito do cidadao em mero favor ou obra de caridade. As igrejas, em seu papel de pessoa juridica de direito privado, decidem quando e como prestar auxilio aos menos favorecidos. O trabalho busca investigar e identificar os fatores que influenciam essa tomada de decisao, aplicando-se a metodologia de Modelagem de Equacoes Estruturais com Minimos Quadrados Parciais (PLS-SEM), que demonstra as relacoes causais entre as variaveis do modelo. Na segunda parte deste artigo, apresenta-se o grau de eficiencia das acoes realizadas pelas igrejas evangelicas, obtido por meio da aplicacao da metodologia de Analise Envoltoria de Dados (DEA). Conclui-se que Caracteristica Ministerial e Motivacao Pessoal sao os fatores que mais influenciam na decisao de realizar acoes evangelistico-assistenciais, devendo ser os itens prioritarios na atuacao dos lideres e membros das igrejas que desejem analisar ou ponderar suas decisoes. Das 68 igrejas pesquisadas apenas 17,6% alcancaram a eficiencia, conforme demonstra a metodologia utilizada.,
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Aziz, Muhammad Fahry, and Bambang Setia Budi. "Penghawaan dan Pengaruh Psikologi pada Aula Barat dan Aula Timur ITB." In Seminar Ikatan Peneliti Lingkungan Binaan Indonesia. Ikatan Peneliti Lingkungan Binaan Indonesia, 2017. http://dx.doi.org/10.32315/sem.1.a455.

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5

Huzairin, Muhammad Deddy. "Tihang, Watun dan Penampik pada Arsitektur Tradisional Banjar." In Seminar Struktur dalam Arsitektur. Ikatan Peneliti Lingkungan Binaan Indonesia, 2020. http://dx.doi.org/10.32315/sem.4.118.

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6

Widyarta, Mohammad Nanda. "Arsitektur Nusantara dan Kemurnian Budaya." In Seminar Peng-Konteks-an Arsitektur Nusantara. Ikatan Peneliti Lingkungan Binaan Indonesia, 2018. http://dx.doi.org/10.32315/sem.2.b028.

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7

Ishak, Muhammad Taufik, and Yusaumi Ramadhanti Fitri Taufik. "Adaptasi dan Pengalihan Fungsi Ruang Tempat Tinggal di Kampung Empagae dan Pabbelle, Kabupaten Wajo." In Seminar Nasional Archimariture. Ikatan Peneliti Lingkungan Binaan Indonesia, 2018. http://dx.doi.org/10.32315/sem.3.c001.

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8

Salamah, Hafshah, and Feni Kurniati. "Perspektif Struktur dan Konstruksi pada Proses Renovasi Rumah Gadang." In Seminar Struktur dalam Arsitektur. Ikatan Peneliti Lingkungan Binaan Indonesia, 2020. http://dx.doi.org/10.32315/sem.4.056.

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Meutia, Erna, Muhammad Heru Arie Edytia, Zulhadi Sahputra, and Cut Dewi. "Moving House: Negosiasi Antara Sistem Konstruksi dan Nilai Budaya." In Seminar Struktur dalam Arsitektur. Ikatan Peneliti Lingkungan Binaan Indonesia, 2020. http://dx.doi.org/10.32315/sem.4.096.

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Meldika, Jeremy. "Desain Fasad Depan dan Ornamen pada Societeit Voor Officieren dan Stasiun KAI di Kota Cimahi." In Seminar Ikatan Peneliti Lingkungan Binaan Indonesia. Ikatan Peneliti Lingkungan Binaan Indonesia, 2017. http://dx.doi.org/10.32315/sem.1.a289.

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Reports on the topic "DAP seq"

1

Azpurua, Hector, and Gustavo Pessin. Inspeção da Tubulação de Rejeitos das Usinas de Salobo Set/2019. ITV, 2019. http://dx.doi.org/10.29223/prod.tec.itv.mi.2019.50.magno.

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2

Macintyre, Alison, and Clare Strachan. Saneamento, Higiene e Limpeza Ambiental para o Desenvolvimento Infantil. The Sanitation Learning Hub, Institute of Development Studies, November 2021. http://dx.doi.org/10.19088/slh.2022.009.

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Abstract:
Este Fronteiras ... baseia-se no conceito de WASH Transformativo ao explorar e delinear o que pode ser exigido aos intervenientes na implementação de WASH nos esforços para apoiar os resultados do desenvolvimento infantil. Este número de Fronteiras... explora as múltiplas formas como o saneamento inadequado, a higiene e a limpeza ambiental podem afectar o desenvolvimento físico e cognitivo das crianças. Explora áreas para além da higiene das mãos, ao considerar a higiene alimentar e a limpeza ambiental mais alargada e vai além das fezes humanas, ao ter em conta as fezes animais. É então discutido o que isto implica na prática, por forma a delinear o aperfeiçoamento das práticas actuais do sector de WASH, visando a obtenção de melhores resultados no desenvolvimento infantil e, em particular, de melhores oportunidades de as crianças sobreviverem e se desenvolverem.
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Bell, J. S. Structure, II, Labrador sea, Seismic interpretation central Hopedale Basin Sw - Ne Dip sections, Nw - Se Strike section and south Hopedale Basin Sw - Ne Dip section. Natural Resources Canada/ESS/Scientific and Technical Publishing Services, 1989. http://dx.doi.org/10.4095/127183.

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Estevens, Ana, Fabian Pavel, Agustín Cocola-Gant, and António Lopez-Gay. Reabilitação e turismo na cidade de Lisboa. Policy Brief. Centro de Estudos Geográficos, Universidade de Lisboa, September 2022. http://dx.doi.org/10.33787/ceg20220003.

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Abstract:
- Ao longo das últimas duas décadas o Estado Português e a Câmara Municipal de Lisboa têm fomentado políticas públicas de reabilitação destinadas a incentivar a atração de capitais transnacionais,encorajando o seu investimento no imobiliário e no turismo. - Em Lisboa, o setor do turismo tornou-se um dos principais eixos estratégicos da retoma económica pós crise financeira de 2008, merecendo especial destaque as freguesias centrais da cidade. - Neste período, os registos de Alojamento Local (AL) e os hotéis têm vindo a aumentar. Segundo o Turismo de Portugal, os AL passaram de 46 em 2009 para 19.300 em 2021. Este aumento é especialmente relevante nas freguesias centrais da cidade (Arroios, Misericórdia, Santa Maria Maior, Santo António e São Vicente) onde se localiza 71% do AL. A mesma fonte identifica que desde 2009 abriram mais 137 hotéis, sendo que 106 destes se localizam nas freguesias centrais. - Paralelamente, entre 2011 e 2021, perderam-se 1,2% dos alojamentos familiares. Este valor aumenta nas freguesias centrais para 18%, onde se nota, também, uma perda populacional (-19%). Destacam-se as freguesias da Misericórdia e de Santa Maria Maior que perderam, respetivamente, 17,9% e 27,8% dos seus alojamentos familiares, e 26,1% e 22% dos seus habitantes. No total das 5 freguesias centrais nota-se também uma perda de população (-19%) (INE). - Verificámos a substituição da habitação por estabelecimentos turísticos relacionada com processos de reabilitação. Apurámos que 34% dos edifícios existentes nas freguesias centrais tiveram, na última década, alvará para reabilitação, sendo que 82,3% dessas reabilitações deram lugar a AL e a hotéis (CML). - Em Lisboa, a habitação disponível quer para venda, quer para arrendamento sofreu um aumento exponencial do seu valor/m2. Entre 2010 e 2009, o valor da venda aumentou 70,9% e o do arrendamento 54,7%. Nos mesmos anos, nas freguesias do centro da cidade o valor da venda/m2 aumentou 99,4% e o do arrendamento 50,4% (Confidencial Imobiliário). Contudo, os salários médios, entre 2009 e 2019, aumentaram 15,85% (INE). - Em última instância, uma parte consistente da reabilitação de que foi alvo o edificado da cidade, não foi destinada a melhorar as condições habitacionais dos residentes. Criaram-se desigualdades sócio-espaciais evidentes, que se destacam nas freguesias centrais, em que a habitação perdeu a sua função social, dando lugar a edifícios para uso turístico.
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Martínez Fritscher, André, Maria Cristina Mac Dowell, Soraya Naffah Ferreira, and Ricardo Gazel. A modernização fiscal dos estados brasileiros e seu impacto arrecadatório e econômico: o caso do Profisco. Inter-American Development Bank, May 2022. http://dx.doi.org/10.18235/0004247.

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Abstract:
Este artigo analisa o impacto do Projeto de Modernização da Gestão Fiscal dos Estados (Profisco I), financiado pelo Banco Interamericano de Desenvolvimento, na arrecadação estadual, número de empresas locais e remuneração de seus trabalhadores. Desde 2009, o Profisco I foi implantado em 2 3 das 27 unidades federativas, permitindo digitalizar documentos fiscais e melhorar os sistemas de processamento de dados fiscais e as capacidades de análise dessas informações pelas administrações tributárias. Usando uma metodologia de diferenças em diferenças, considerando que a adesão foi faseada e nem todos os estados o implantaram, estima-se que o programa contribuiu para que os estados incrementassem em 11,7% e 1 ,7%, respectivamente, sua arrecadação total e o número de unidades locais de empresas formais. Os potenciais mecanismos que levaram a esses resultados estão relacionados a uma mudança no cumprimento tributário devido à simplificação das declarações e ao aumento da capacidade real e percebida da autoridade tributária na detecção de irregularidades. Isso levou a: (i) uma diminuição do custo de fazer negócios, permitindo realocação de recursos para atividades mais substantivas e que possam acarretar maior produtividade laboral e salários; e (ii) maior compliance tributária e empresarial de toda a cadeia produtiva, pela crença de que práticas indevidas serão detectadas mais facilmente. Adicionalmente, são identificadas complementariedades entre o Profisco e a Nota Fiscal Eletrônica. Por fim, estima-se que o gap tributário reduziu 6 pontos percentuais entre 2012 e 2019, como evidência complementar de que as capacidades dos fiscos estaduais foram incrementadas no período, permitindo aumentar a eficiência arrecadatória.
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Vargas, Jacson Gil, Hideraldo Santos, Lucas Kulakauskas, Arcanjo Lenzi, and Olavo M. Silva. Análise experimental das fontes de ruído em uma lavadora de roupas com auxílio da análise de ordem. Revista Acústica e Vibrações, December 2021. http://dx.doi.org/10.55753/aev.v36e53.8.

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Abstract:
Máquinas de lavar roupas são eletrodomésticos que vibram e emitem ruido durante o seu funcionamento. O tambor da máquina é acionado por meio de um motor elétrico e os maiores níveis de ruído são observados no processo de centrifugação. Este trabalho foi desenvolvido com o objetivo de identificar os principais caminhos de propagação de energia vibroacústica em uma máquina de lavar do tipo front-load de uso doméstico por meio de procedimentos experimentais. Diante de problemas de ruído reportados para certas faixas de rotação do processo de centrifugação, a análise do comportamento vibroacústico da máquina é desenvolvida com o auxílio da análise de ordem, permitindo conclusões diretas sobre as condições de funcionamento que resultam no aumento dos níveis de ruído. Nesse sentido, a contribuição das fontes de ruído de uma máquina de lavar típica para diversas velocidades rotacionais do motor elétrico é analisada experimentalmente. Com base na análise dos resultados obtidos, os autores confirmam a hipótese preliminar de que o motor elétrico é a principal fonte de ruído da lavadora. Este trabalho também indica que reduções significativas nos níveis globais de ruído radiado poderiam ser alcançadas com a melhoria do isolamento acústico do gabinete da máquina.
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Martins, Vitoria, José Bitencourt, Gisele Nunes, Renato Oliveira, Santelmo Vasconcelos, Paulo Costa, and Guilherme Oliveira. Manual para monitoramento da flora por meio de DNA ambiental - eDNA. ITV DS, 2021. http://dx.doi.org/10.29223/prod.tec.itv.ds.n023.2020.martins.

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Abstract:
Os esforços para a construção de um banco de dados genético com códigos de barra de DNA das espécies da Flora de Carajás possibilitaram obter “impressões digitais” das espécies que ali ocorrem. A partir do banco de dados de referência criado pelo ITV, o ITVBiobase, outras tecnologias moleculares como a de DNA metabarcoding pode ser aplicada visando o monitoramento das espécies de forma rápida, automatizada e eficiente. A técnica de DNA metabarcoding possibilita identificar simultaneamente múltiplas espécies de plantas a partir dos rastros de DNA presente em uma amostra ambiental, descartando a necessidade de amostragem direta de espécimes. Nesse sentido, estudos para validação do uso da técnica de DNA metabarcoding para monitoramento da biodiversidade da flora em Carajás, foram realizados com o objetivo de criar um manual padronizado incluindo as etapas desde a coleta em campo até as análises laboratoriais e de bioinformática.
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Palhares Neto, Luiz, Leilane Gomes, José Marangon, Genilton Santos, and Cecílio Caldeira Júnior. Protocolo de micropropagação de Cattleya milleri, espécie endêmica do quadrilátero ferrífero criticamente ameaçada de extinção. ITV, May 2022. http://dx.doi.org/10.29223/prod.tec.itv.ds.2022.12.palharesneto.

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Abstract:
A espécie Cattleya milleri é uma orquídea endêmica dos Campos Rupestres Ferruginosos do Quadrilátero Ferrífero em Minas Gerais. Esta espécie é atualmente classificada como criticamente ameaçada de extinção sobretudo devido a restrição geográfica de sua ocorrência, degradação de seu habitat natural e reduzidas populações naturais. O estabelecimento de métodos de propagação e cultivo que possibilitem a rápida multiplicação desta espécie é etapa crucial para a conservação ex situ e também para o enriquecimento em áreas naturais e a manutenção da espécie em seu habitat. A micropropagação ou a propagação in vitro consiste na multiplicação em larga escala de plantas através do cultivo de células, tecidos, órgãos ou a planta inteira em meio nutritivo sob condições controladas de temperatura e luminosidade. As etapas da micropropagação são constantemente ajustadas de acordo com as necessidades das diferentes espécies. Diante disso, o objetivo do relatório foi descrever as etapas desenvolvidas para estabelecer o protocolo de micropropagação de C. milleri. O protocolo estabelecido foi dividido em quatro etapas: (1) coleta e assepsia do material vegetal, (2) estabelecimento e desenvolvimento in vitro, (3) aclimatização e rustificação e (4) reintrodução e monitoramento das mudas. Sementes de C. milleri foram retiradas de cápsulas maduras e transferidas para seringas. As seringas contendo as sementes foram preenchidas totalmente com a solução de hipoclorito de sódio (NaClO) a 0,3%. Após 12 minutos, em câmara de fluxo laminar, aproximadamente 1 mL da solução contendo as sementes foi adicionada em potes contendo 22 mL do meio de cultivo previamente esterilizado. O meio utilizado foi composto de sacarose (15g/L), fertilizante B&G® (3mL/L), carvão ativado (1,5g/L) e ágar nutriente (5g/L). A germinação foi observada em quase todas as sementes inoculadas, tendo início aos 25 dias. O processo de propagação in vitro de C. milleri teve duração de 18 meses, com dois episódios de repicagem durante esse período. As plantas responderam positivamente as condições in vitro, apresentando crescimento satisfatório da parte aérea e de raízes. Na etapa de aclimatização, as plantas enraizadas tiveram suas raízes lavadas e foram transplantadas para embalagens plásticas contendo musgo chileno e fragmentos de isopor. Após 450 dias de cultivo em estufa coberta com sombrite 80 (80% de interceptação) foi observada uma reduzida mortalidade de mudas. Posteriormente, plantas aclimatadas foram transplantadas para recipientes contendo substrato natural (contendo canga granular) e cultivadas em estufa com sombrite 80 e posteriormente em sombrite 50, onde permaneceram por 1.095 dias. Ao final da etapa de rustificação foram obtidas aproximadamente 3.000 mudas de C. milleri aptas para o plantio em ambiente natural. A reintrodução destas mudas ocorreu através do plantio das mudas na Serra da Calçada (MG). O monitoramento das plantas ocorre mensalmente com a quantificação das mudas sobreviventes. Após 2 anos de acompanhamento observou-se baixa taxa de mortalidade (-30%) e crescimento satisfatório das plantas. O processo de monitoramento continuará sendo realizado com o objetivo de avaliar os processos de floração e frutificação e recrutamento de novas plantas. Os resultados obtidos evidenciam que a técnica de propagação in vitro é uma alternativa viável para a produção em larga escala de mudas de qualidade da espécie C. milleri. Uma vez que esta é uma espécie criticamente ameaçada de extinção, a reintrodução de plantas em ambiente natural contribui para o enriquecimento das populações existentes e, consequentemente, a conservação da espécie em seu ambiente natural. Uma próxima etapa importante será avaliar a diversidade genética da espécie para determinação das matrizes prioritárias para propagação
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Silva, Roberto Tadeu da. Guia para elaboração de dissertações e teses. Instituto Biológico, 2023. http://dx.doi.org/10.31368/pgssaaa.2023r.rs002.

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Este Guia para Elaboração de Dissertações e Teses foi criado para orientar os alunos do Programa de Pós-graduação em Sanidade, Segurança Alimentar e Ambiental no Agronegócio do Instituto Biológico (IB) no desenvolvimento de seus trabalhos científicos. Baseado nas normas ABNT NBR de informação e documentação, o Guia apresenta explicações, exemplos e sugestões que se constituem aspectos importantes no processo de normalização das dissertações e teses. Nesta versão atualizada de 2023, o Guia incorpora a importante informação de que as dissertações e teses podem ser redigidas no idioma inglês, o que contribuirá para a internacionalização e a ampliação da visibilidade da produção científica institucional.
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Arias Ortiz, Elena, Ana Dutra, Ximena Dueñas, Gregory Elacqua, Diana Hincapie, and Sammara Soares. Vamos falar de política educacional na América Latina e no Caribe #7: Os avanços da educação no Brasil estão em risco?: Desafios e recomendações para reduzir o impacto da pandemia. Inter-American Development Bank, April 2021. http://dx.doi.org/10.18235/0003197.

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Apesar de ainda enfrentar grandes desafios, a educação pública no Brasil vinha apresentando uma trajetória favorável na última década: entre 2007 e 2018, a lacuna socioeconômica da taxa de abandono no ensino médio sofreu uma redução de 62%. No entanto, com a pandemia da COVID-19, escolas fecharam e a economia desandou. O Brasil está entre os países com o período mais longo de escolas fechadas e é o sistema educacional com o maior número de estudantes impactados pela ausencia das aulas presenciais. A transição para o ensino remoto obrigou governos locais e famílias a se adaptarem ao novo contexto, mas até maio de 2020, 40% dos municípios ainda no possuíam sequer um plano de ensino remoto. Além disso, dados de conectividade da Anatel mostram que o número de conexões móveis per capita é significativamente menor em municípios com IDH mais baixo. O presente relatório discute os resultados de pesquisas levantadas no Brasil ao longo de 2020 e evidencias empíricas na literatura nacional e internacional sobre os possíveis efeito da pandemia na educação do país. As evidências sugerem que tanto a ausencia de aulas presenciais como a redução na renda das famílias causaram danos sem precedentes nos indicadores de aprendizagem e nas taxas de abandono e amplifiquem as desigualdades socioeconômicas educacionais no país. Diante disso, discute-se algumas recomendações de políticas que podem ajudar a mitigar o impacto da pandemia nos resultados educacionais no Brasil.
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