Academic literature on the topic 'Covid-19 – Épidémiologie'

Notre pays — et la planète — traverse une crise épidémique majeure. Comme toute crise, elle peut être révélatrice des forces et faiblesses de la société, et de ses composantes : celles de son système de santé, de son système de recherche, du fonctionnement de la démocratie sanitaire… Cet article aborde la question des inégalités sociales au temps du Covid-19 : la crise sanitaire, la réaction politique et celle du système de santé les ont-elles amplifiées, atténuées ou les ont-elles laissées telles qu’elles étaient auparavant ? Ce numéro spécial de la revue Questions de Santé Publique apporte un éclairage sur cette question à partir de résultats originaux provenant de l’enquête « Épidémiologie et conditions de vie » (EpiCoV), permettant de documenter dans les meilleurs délais la situation exceptionnelle que nous traversons.

Notre pays — et la planète — traverse une crise épidémique majeure. Comme toute crise, elle peut être révélatrice des forces et faiblesses de la société, et de ses composantes : celles de son système de santé, de son système de recherche, du fonctionnement de la démocratie sanitaire… Cet article aborde la question des inégalités sociales au temps du Covid-19 : la crise sanitaire, la réaction politique et celle du système de santé les ont-elles amplifiées, atténuées ou les ont-elles laissées telles qu’elles étaient auparavant ? Ce numéro spécial de la revue Questions de Santé Publique apporte un éclairage sur cette question à partir de résultats originaux provenant de l’enquête « Épidémiologie et conditions de vie » (EpiCoV), permettant de documenter dans les meilleurs délais la situation exceptionnelle que nous traversons.

L'émergence de nouveaux pathogènes pose des défis importants aux autorités de santé publique. Dans le contexte de la pandémie de COVID-19, le SARS-COV-2 et les Variants of concern ont suivi un schéma similaire. : un nouveau virus apparait dans un pays, se propage à l'échelle mondiale et déclenche une augmentation rapide du nombre de cas dans le monde entier. Pour faire face à cette situation, il est essentiel de surveiller l'épidémie, de déchiffrer les données de surveillance incomplètes et incohérentes et de concevoir rapidement des interventions. Les modèles mathématiques peuvent aider à interpréter des données de surveillance hétérogènes et éclairer la conception des interventions. Dans cette thèse, nous avons abordé ces deux aspects. Tout d'abord, nous avons développé un cadre mathématique pour comprendre comment la surveillance et les facteurs impliqués dans de l'épidémie concourent à façonner les observations. Nous avons reconstruit rétrospectivement la propagation internationale de la variane Alpha à l'automne 2020 à partir de données de séquençage et de voyages aériens. Dans un second travail, nous nous sommes concentrés sur l'intervention. Nous avons proposé un modèle basé sur des agents pour quantifier l'impact épidémiologique d'une stratégie de vaccination réactive ciblant les lieux de travail et les écoles où des cas sont détectés. Nous avons testé l'efficacité de cette stratégie pour atténuer une augmentation générale du nombre de cas et pour limiter la propagation d'un nouveau variant
Emerging pathogens pose significant challenges to public health authorities. In the context of the COVID-19 pandemic, the SARS-COV-2 and the variants of concern followed a similar pattern. A new virus emerged in one country, spread globally, and then triggered a rapid surge in cases worldwide. To deal with this situation, it is critical to monitor the epidemic, decipher incomplete and incoherent data, and rapidly design interventions. Mathematical models can help interpret heterogeneous surveillance data and inform the design of interventions. In this thesis, we addressed both aspects. First, we developed a mathematical framework to understand how surveillance and epidemic drivers concur in shaping observations. We retrospectively reconstructed the international spread of the Alpha variant in the Fall of 2020 from sequencing and air travel data. In a second work, we focused on intervention. We proposed an agent-based model to quantify the epidemiological impact of a reactive vaccination strategy targeting workplaces and schools where cases are detected. We tested the effectiveness of this strategy to mitigate a general rise in cases and to limit the spread of a new variant

En 2020, la pandémie de COVID-19 a provoqué une perturbation mondiale, entraînant rapidement la mise en place de mesures sanitaires qui ont changé la vie quotidienne des personnes. Cette thèse étudie les effets de cette pandémie sur la santé mentale et les habitudes tabagiques. L'objectif est de comprendre comment les troubles de santé mentale préexistants ont rendu les individus plus vulnérables, et comment les comportements tabagiques ont évolué durant cette pandémie, afin de mettre en lumière de potentielles inégalités sociales de santé. La première recherche a porté sur sept évaluations de l’anxiété et de la dépression entre mars et mai 2020. Elle a révélé un risque plus élevé de présenter de tels troubles au cours de la pandémie pour les personnes qui en présentaient déjà avant, chez les femmes, et les personnes souffrant de solitude durant la phase précoce de la pandémie. La deuxième partie de la thèse s’est intéressée à la prévalence du tabagisme, selon le niveau d'éducation. L'analyse, qui couvre la période 2009-2020, révèle qu’un faible niveau de diplôme est associé à une prévalence du tabagisme plus élevée comparativement à un niveau d'éducation supérieur, les personnes présentant un niveau supérieur étant plus susceptibles de réduire leur consommation de tabac, creusant ainsi le fossé des inégalités sociales. Le troisième volet a porté sur la mobilité sociale intergénérationnelle (progression ou régression du statut socio-économique des enfants par rapport à leurs parents) et son impact sur les habitudes tabagiques. Les résultats ont mis en évidence un gradient social dans le comportement tabagique, la mobilité ascendante sur l’échelle sociale protégeant contre le tabagisme à long terme. Cette thèse souligne l’importance de s'attaquer aux problèmes de santé mentale et au tabagisme dès le début des crises afin de réduire les inégalités en matière de santé
In 2020, the COVID-19 pandemic caused global disruption, prompting rapid sanitary measures that altered daily life. This thesis delves into the pandemic’s effects on mental health and smoking patterns. The objective is to understand how pre-existing mental health conditions rendered individuals vulnerable during the pandemic, and how smoking behaviours shifted. By studying these conditions, the aim is to illuminate health inequalities during crises. The research included up to seven assessments of anxiety and/or depression symptoms between March and May 2020. It found an increased risk of experiencing such issues for individuals with pre-existing symptoms, as well as for females and those experiencing loneliness during the initial pandemic phase. The thesis’s second focus was on smoking prevalence, especially among different levels of education. The analysis spanned from 2009 to 2020, revealing that lower education was associated with higher smoking prevalence; and that those with higher education were more likely to reduce tobacco use compared to their less educated counterparts, thereby widening the social inequality gap in smoking prevalence. The third aspect investigated intergenerational social mobility (the advancement or decline of children’s socio-economic status compared to that of their parents) and its impact on mid-life smoking patterns. Results highlighted the social gradient in smoking behaviour and revealed that upward mobility provided protection against long-term smoking. This thesis highlights the importance of addressing mental health and smoking at the outset of crises, whether they are related to health, climate, or the economy, in order to reduce social inequalities in health

Objectifs : Le projet CoVAPid visait à étudier l'impact de l'infection par SARS-CoV-2 sur l'épidémiologie des infections respiratoires bactériennes et fongiques chez les patients de réanimation sous ventilation mécanique (VM). Trois entités ont été analysées : les infections pulmonaires bactériennes précoces, les infections respiratoires bactériennes acquises sous VM (IAVM) - pneumonies (PAVM) et trachéobronchites (TAVM) - et les aspergilloses pulmonaires invasives (API). Les objectifs principaux étaient de comparer la prévalence d'infection pulmonaire bactérienne précoce entre les patients admis pour COVID-19 et pour grippe, de comparer l'incidence d'IAVM chez les patients admis pour COVID-19, grippe ou un autre motif qu'une pneumonie virale, de comparer la prévalence d'infection pulmonaire bactérienne précoce et l'incidence d'IAVM entre les patients de la 1ère et 2nde vagues pandémiques de COVID-19, de déterminer l'impact de la PAVM sur la mortalité des patients atteints de COVID-19, de déterminer l'impact de la corticothérapie sur l'incidence des PAVM chez les patients atteints de COVID-19, et de comparer l'incidence d'API chez les patients admis pour COVID-19 ou grippe.Méthodes : Cohorte multicentrique européenne observationnelle rétrospective impliquant 36 services de réanimation, incluant consécutivement des patients adultes sous VM pendant plus de 48h, répartis en quatre groupes selon leur motif d'admission: COVID-19 (1ère et 2nde vagues), grippe, et autres.Résultats : Au total, 2172 patients ont été inclus. La prévalence d'infection pulmonaire bactérienne dans les 48 heures suivant l'intubation était significativement inférieure chez les patients COVID-19 (9,7%) par rapport à ceux admis pour grippe (33,6% ; odds ratio (OR) ajusté 0,23 ; intervalle de confiance à 95% 0,16-0,33). L'incidence des IAVM était significativement plus élevée chez les patients COVID-19 (50,5%) comparée à ceux admis pour grippe (30,3% ; sub hazard ratio (sHR) ajusté 1,6 (1,26-2,04)) et sans infection virale (25,3% ; sHR ajusté 1,7 (1,20-2,39)), avec une incidence de PAVM significativement plus élevée dans le groupe COVID-19 par rapport aux deux autres groupes. La prévalence d'infection précoce a significativement augmenté entre la 1ère et la 2nde vague (9,7 vs 14,9%, OR ajusté 1,52 (1,04-2,22)), tout comme l'incidence des PAVM (36 vs 44,8% ; sHR ajusté 1,37 (1,12-1,66). La PAVM était associée à une augmentation significative de la mortalité à J28 chez les patients COVID-19 (HR ajusté 1,65 (1,11-2,46)), ce qui n'était pas observé chez les patients admis pour grippe et sans infection virale. Cependant, aucune différence significative dans l'hétérogénéité de l'association entre PAVM et mortalité n'était constatée entre les trois groupes de l'étude. La relation entre la corticothérapie et l'incidence de PAVM n'était pas statistiquement significative (p=0,082 pour l'effet global), avec un risque de PAVM variant au cours du temps à partir de l'initiation du traitement. Enfin, l'incidence d'API putative (définie par l'algorithme AspICU) était significativement plus faible dans le groupe COVID-19 par rapport au groupe grippe (2,5% vs 6% ; HR cause-spécifique ajusté 3,29 (1,53-7,02). Conclusion : Le projet CoVAPid a mis en évidence une prévalence moindre d'infections pulmonaires bactériennes précoces chez les patients COVID-19 par rapport à ceux atteints de grippe, avec une augmentation significative entre la 1ère et la 2nde vague pandémique. L'incidence de PAVM était plus élevée chez les patients COVID-19, comparativement aux patients admis pour grippe ou sans infection virale à l'admission, et augmentait significativement entre la 1ère et la 2nde vague. Chez les patients COVID-19, la corticothérapie n'avait pas d'effet notable sur l'incidence des PAVM, et la survenue d'une PAVM était associée à une augmentation significative de la mortalité à J28. L'incidence d'API était plus faible au cours de la COVID-19, en comparaison à la grippe
Objectives: The CoVAPid project aimed to study the impact of SARS-CoV-2 infection on the epidemiology of bacterial and fungal respiratory infections in critically ill patients requiring mechanical ventilation (MV). Three entities were analyzed: early bacterial pulmonary infections, bacterial ventilator-associated lower respiratory tract infections (VA-LRTI) including ventilator-associated pneumonia (VAP) and ventilator-associated tracheobronchitis (VAT), and invasive pulmonary aspergillosis (IPA). The main objectives were to compare the prevalence of early bacterial pulmonary infection between patients admitted for COVID-19 and influenza, to compare the incidence of VA-LRTI among patients admitted for COVID-19, influenza, or other reasons than viral pneumonia, to compare the prevalence of early bacterial pulmonary infection and the incidence of VA-LRTI between patients from the 1st and 2nd pandemic waves of COVID-19, to determine the impact of VAP on mortality in patients with COVID-19, to assess the effect of corticosteroid therapy on the incidence of VAP in patients with COVID-19, and to compare the incidence of IPA between patients with COVID-19 and influenza. Methods: This was a retrospective observational multicenter European cohort involving 36 centers. Adult patients under MV for more than 48 hours were consecutively included and divided into four groups according to their ICU admission cause: COVID-19 (1st and 2nd wave, influenza, and others. Results: A total of 2172 patients were included. The prevalence of bacterial pulmonary infections within 48 hours following intubation was significantly lower in COVID-19 patients (9.7%) compared to those admitted for influenza (33.6%, adjusted odds ratio (OR) 0.23, 95% confidence interval 0.16-0.33). The incidence of VA-LRTI was significantly higher in COVID-19 patients (50.5%) compared to those admitted for influenza (30.3%, adjusted sub-hazard ratio (sHR) 1.6 (1.26-2.04)) and those without viral infection (25.3%, sHR 1.7 (1.20-2.39)), with a significantly higher incidence of VAP in the COVID-19 group compared to the other two groups. The prevalence of early infection significantly increased between the 1st and 2nd wave (9.7 vs 14.9%, adjusted OR 1.52 (1.04-2.22)), as did the incidence of VAP (36 vs 44.8%; adjusted sHR 1.37 (1.12-1.66)). VAP was associated with a significant increase in 28-day mortality in COVID-19 patients (adjusted HR of 1.65 (1.11-2.46)), which was not observed in patients admitted for influenza and without viral infection. However, no significant difference in the heterogeneity of the association between VAP and mortality was observed among the three study groups. The relationship between corticosteroid exposure and the incidence of VAP was not statistically significant (p=0.082 for the overall effect), despite a varying risk of VAP over time since the initiation of treatment. Finally, the incidence of putative IPA (defined by the AspICU algorithm) was significantly lower in the COVID-19 group compared to the influenza group (2.5% vs 6%, cause-specific adjusted HR 3.29 (1.53-7.02)). Conclusion: The CoVAPid project highlighted a lower prevalence of early bacterial pulmonary infections in COVID-19 patients compared to those with influenza, with a significant increase between the 1st and 2nd pandemic wave. The incidence of VAP was higher in COVID-19 patients, compared to patients admitted for influenza or without viral infection at admission, and significantly increased between the 1st and 2nd wave. In COVID-19 patients, corticosteroid therapy had no significant effect on the incidence of VAP, and the occurrence of VAP was associated with a significant increase in 28-day mortality. The incidence of IPA was lower among patients with COVID-19 than those with influenza

Lorsque le COVID-19 est apparu comme une pandémie mondiale en mars 2020, les établissements scolaires ont été parmi les premiers lieux à être fermés pour freiner la transmission du SRAS-CoV-2. Cependant, le choix de fermer les écoles pendant une période relativement longue a été très controversé et largement débattu, notamment en raison des effets néfastes sur le bien-être des élèves et le développement de l'apprentissage. C'est pourquoi les gouvernements du monde entier ont progressivement réintroduit les activités en personne dans les écoles, en mettant en œuvre diverses mesures de contrôle pour gérer les cas positifs. Les approches adoptées par les différents pays ont varié, certains adoptant des stratégies réactives en réponse aux cas confirmés, tandis que d'autres ont mis en œuvre des mesures plus proactives au fur et à mesure que la pandémie progressait. Les établissements scolaires sont restées des environnements vulnérables, en particulier en l'absence de vaccination des jeunes élèves et en raison de l'émergence des variants plus contagieux tels que Delta et Omicron. Dans cette thèse, j'ai estimé la transmissibilité du SRAS-CoV-2 dans les établissements scolaires pour différents variants et j'ai évalué une série de stratégies de test et de dépistage afin de fournir des options sûres pour maintenir les écoles ouvertes tout en minimisant les suspensions de l'enseignement. Pour atteindre cet objectif, j'ai développé un modèle basé sur des agents afin de simuler la propagation du SRAS-CoV-2 par le biais d'interactions en face à face entre les élèves et les enseignants d'une école primaire et secondaire en France dans différents contextes épidémiques. J'ai adapté le modèle aux données de prévalence des élèves recueillies lors de campagnes de dépistage pilotes et expérimentales menées lors de phases pandémiques spécifiques, depuis l'émergence de variant Alpha en 2021 jusqu'à le variant Omicron au début de 2022 en France. J'ai ainsi estimé le nombre de reproducteurs effectifs dans les deux établissements scolaires et la contribution de la transmission en milieu scolaire à la propagation chez les enfants. J'ai ensuite évalué l'efficacité de différents protocoles d'intervention pour limiter l'importation et la transmission ultérieure, réduire l'absentéisme scolaire et optimiser les ressources de dépistage par le biais d'une analyse coût-bénéfice. Les résultats de cette thèse mettent en lumière le rôle des contacts scolaires en tant que source potentielle de renouvellement de la transmission pendant la pandémie de COVID-19, en montrant que la transmission dans les établissements scolaires a représenté une contribution considérable. D'après nos résultats, un dépistage régulier avec une adhésion suffisante peut réduire le nombre de cas et d'absences même dans des conditions d'incidence élevée, comme cela a été le cas lors de la vague Omicron au début de 2022. L'efficacité supérieure du dépistage hebdomadaire par rapport aux stratégies réactives est également confirmée par notre analyse rétrospective d'une expérience en conditions réelles dans un certain nombre d'écoles primaires françaises pendant les vagues Delta et Omicron entre la fin de 2021 et le début de 2022. Bien que le COVID-19 ne représente plus une urgence mondiale, il continuera à circuler avec d'autres virus respiratoires saisonniers (grippe, virus respiratoire syncytial, etc.) chez les enfants pendant l'hiver. Le cadre de modélisation développé dans cette thèse est adapté à l'étude de la transmission des virus respiratoires dans des environnements densément peuplés tels que les écoles, à la quantification de leur portée et à l'évaluation de l'impact d'éventuelles mesures de mitigation
When COVID-19 emerged as a global pandemic in March 2020, schools were among the first settings to be closed to curb the transmission of SARS-CoV-2. However, the choice of closing school for a relatively long time was quite controversial and largely debated, especially for the harmful effects on students’ well-being and learning development. Therefore, governments worldwide gradually reintroduced in-person activities in schools, implementing various control measures to manage positive cases. The approaches taken by different countries varied, with some adopting reactive strategies in response to confirmed cases, while others implemented more proactive measures as the pandemic progressed. Schools remained vulnerable environments, especially in the absence of vaccination for younger students and the emergence of more contagious variants such as Delta and Omicron. In this thesis, I estimated the transmissibility of SARS-CoV-2 within schools for different variants and evaluated a range of testing and screening strategies to provide safe options for keeping schools open while minimizing educational disruption. To achieve this aim, I developed an agent-based model to simulate SARS-CoV-2 spread through face-to-face interactions among students and teachers in a primary and secondary school in France under different epidemic contexts. I fitted the model to the student prevalence data gathered from pilot and experimental screening campaigns conducted in specific pandemic phases, from the emergence of the Alpha variant in 2021 to the Omicron variant in early 2022 in France. I thus estimated the effective reproductive number in both schools and the contribution of school-based transmission to the overall spread in children. I then assessed the effectiveness of different intervention protocols in limiting importation and onward transmission, reducing school absence, and optimizing testing resources through a cost-benefit analysis. The results contained in this dissertation shed light on the role of school contacts as a potential source of renewed transmission during the COVID-19 pandemic, showing that transmission in schools represented a considerable contribution. According to our results, regular screening with large enough adherence can reduce cases and absences even under high-incidence conditions, as experienced during the Omicron wave of early 2022. The higher effectiveness achieved by weekly screening compared to reactive strategies is also confirmed by our retrospective analysis of a real-world experiment in a selected number of French primary schools during the Delta and Omicron waves between the end of 2021 and the beginning of 2022. Although COVID-19 no longer represents a global emergency, it will continue to circulate with other seasonal respiratory viruses (i.e., influenza, Respiratory Syncytial Virus, etc.) in children during the winter. The modelling framework developed in this thesis is well-suited for studying the transmission of respiratory viruses in densely populated settings, such as schools, quantifying the extent, and evaluating the impact of potential mitigation measures in the future

L'usage à domicile de Produits de Nettoyage et de Désinfection (PND) contenant des irritants et ceux utilisés sous forme de spray est un facteur de risque établi d'asthme. En conséquence, les consommateurs pourraient rechercher des alternatives potentiellement moins nocives et utiliser des lingettes, des produits écologiques ou des produits faits maison. Cependant, aucune étude épidémiologique n'a examiné les effets sur l'asthme associés à l’usage à domicile de ces PND. L'objectif général de cette thèse était d'évaluer les associations entre l'usage à domicile de différents PND et l’asthme par des approches transversales et longitudinales. Nos analyses ont porté sur les données de trois cohortes françaises : CONSTANCES, NutriNet-Santé et EGEA, dans lesquelles l'usage à domicile de PND et l'asthme ont été évalués par questionnaires standardisés. Ces travaux de thèse ont confirmé l’augmentation de l’usage de PND pendant la pandémie de COVID-19. Nous avons observé qu'un usage hebdomadaire de lingettes et de produits écologiques était associé à l'asthme actuel et à l'asthme non contrôlé (analyses transversales). Cependant, un usage hebdomadaire de produits faits maison n’était pas associé à l’asthme. Un usage hebdomadaire persistant et augmenté d'irritants/sprays ainsi que de produits écologiques était associé à une augmentation du risque de détérioration ou d’incidence de l’asthme (analyses longitudinales). Les résultats de cette thèse suggèrent pour la première fois que l’usage à domicile de lingettes et de produits écologiques est à risque pour l’asthme, alors que l’usage de produits faits maison ne semble pas être délétère pour l’asthme. Pour la prévention primaire et secondaire de l’asthme, d’autres études sont nécessaires afin d’identifier spécifiquement les composés à l’origine de ces effets néfastes sur la santé respiratoire, en particulier ceux contenus dans les produits écologiques
The household use of Disinfectant and Cleaning Products (DCPs) containing irritants, and those used in a spray form is an established asthma risk factor. In consequence, consumers might seek for potentially less harmful alternatives, and turn to wipes, green products or homemade products. However, no epidemiological study investigated the effects on asthma associated with the household use of these DCPs. The main objective of this thesis was to evaluate cross-sectional and longitudinal associations between the household use of various DCPs and asthma. Our analyses were based on data from three French cohorts: CONSTANCES, NutriNet-Santé, and EGEA, in which household use of DCPs and asthma were assessed using standardized questionnaires. This thesis work confirmed the increased use of DCPs during the COVID-19 pandemic. We observed that a weekly use of wipes and green products was associated with current asthma and uncontrolled asthma (cross-sectional analyses). However, a weekly use of homemade products was not associated with current asthma. A persistent and an increased weekly use of both irritants/sprays and green products was associated with a higher risk of deterioration or incidence of asthma (longitudinal analyses). The results of this thesis suggest for the first time that the household use of wipes and green products is at risk for asthma, whereas the use of homemade products did not seem to have an impact on asthma. For asthma primary and secondary prevention, further studies are needed to specifically identify the compounds causing these adverse effects on respiratory health, particularly those contained in green products

Cette thèse émerge dans le contexte de la pandémie de la COVID-19, mettant en lumière les défis rencontrés en raison de la nouveauté et de la complexité du virus, et révélant des lacunes majeures dans nos connaissances. Elle s’est concentrée sur la communauté universitaire en Corse et les professionnels de la santé exerçant en soins primaires en France métropolitaine, considérés comme potentiellement à risque. L’hypothèse est que ces différentes populations, en raison de leur environnement ou de leur profession, présentent un risque important d’exposition au virus SARS-CoV-2 par rapport à la population générale. Ainsi, cette thèse visait à documenter la propagation du virus et les réponses immunitaires de ces populations.Les principaux objectifs de cette thèse étaient, d’une part, de recueillir des données spécifiques à la région Corse, en se concentrant sur l’estimation de la séroprévalence des anticorps IgG anti-SARS-CoV-2 et l’analyse de la persistance des réponses immunitaires chez les étudiants et le personnel de l’Université de Corse, tout en identifiant les facteurs associés à la détection de ces anticorps. D’autre part, elle visait à évaluer la séroprévalence des anticorps IgG anti-SARS-CoV-2 et la prévalence de l’infection parmi les professionnels de la santé exerçant en soins primaires en France métropolitaine, ainsi qu’à déterminer les facteurs associés à la détection d’anticorps neutralisants et à l’antécédent d’infection. Pour atteindre ces objectifs, quatre études principales ont été menées portant sur (i) la séroprévalence et les facteurs d’exposition au SARS-CoV-2 au cours de la deuxième vague parmi la population universitaire corse, (ii) un suivi sérologique sur huit mois des anticorps IgG anti-SARS-CoV-2 parmi la population universitaire, (iii) la séroprévalence et les facteurs associés aux anticorps neutralisants parmi les professionnels de la santé exerçant en soins primaires en France métropolitaine après la troisième vague et (iv) la prévalence de l’infection par le SARS-CoV-2 et les facteurs associés à l’antécédent d’infection parmi ces professionnels de la santé.Pour la population universitaire corse, les études menées ont révélé une séroprévalence de 11,7%, significativement supérieure à celle de la population générale corse. Plus de 30% des participants testés positifs au test ELISA-S étaient asymptomatiques, soulignant le risque de transmission silencieuse. Les facteurs de risque identifiés ont inclus le lieu de résidence, l’utilisation des transports en commun ou le covoiturage et le contact avec des cas confirmés de la COVID-19. Nos résultats ont également mis en évidence l’importance de la vaccination pour renforcer l’immunité individuelle et collective, notamment en observant une perte des anticorps au fil du temps chez certains participants non vacciné. Pour les professionnels de la santé exerçant en soins primaires en France métropolitaine, les études menées ont démontré des séroprévalences élevées d’anticorps IgG anti-S (94,7%) et d’anticorps neutralisants (81,3%), principalement attribuable à la vaccination. Bien qu’ils n’étaient pas plus à risque d’infection que la population générale, environ un quart d’entre eux étaient infectés au moment de l’étude, comme en témoigne la séroprévalence de 28,3% des anticorps IgG anti-N, soulignant leur vulnérabilité. Des variations importantes ont été observées en fonction du schéma de vaccination et de l’antécédent d’infection, démontrant l’importance de la vaccination pour stimuler la réponse immunitaire et réduire le risque d’infection. Les facteurs associés à l’infection incluaient la région géographique du lieu de travail, une catégorie professionnelle et les contacts non protégés avec des cas confirmés de la COVID-19
This thesis emerged in the context of the COVID-19 pandemic, shedding light on the challenges faced due to the novelty and complexity of the virus, and revealing major gaps in our knowledge. It focused on the academic community in Corsica and primary healthcare professionals in mainland France, considered potentially at risk. The underlying hypothesis is that these populations, due to their social interactions or high-risk professional environments, are likely to be more exposed to the virus compared to the general population. Thus, this thesis aimed to document the virus spread and immune responses within these populations.The main objectives of this thesis were, on one hand, to gather specific data for the Corsican region, focusing on estimating the seroprevalence of anti-SARS-CoV-2 IgG antibodies and analyzing the persistence of immune responses among students and staff at the University of Corsica, while identifying factors associated with the detection of these antibodies. On the other hand, it aimed to assess the seroprevalence of anti-SARS-CoV-2 IgG antibodies and infection prevalence among primary healthcare professionals in mainland France, as well as to determine factors associated with the detection of neutralizing antibodies and prior infection. To achieve these objectives, four main studies were conducted focusing on (i) seroprevalence and exposure factors to SARS-CoV-2 during the second wave among the Corsican university population, (ii) an eight-month serological follow-up of anti-SARS-CoV-2 IgG antibodies among the university population, (iii) seroprevalence and factors associated with neutralizing antibodies among primary healthcare professionals in mainland France after the third wave, and (iv) SARS-CoV-2 infection prevalence and factors associated with prior infection among these healthcare professionals.For the Corsican university population, the studies revealed a seroprevalence of 11.7%, significantly higher than that of the general Corsican population. Over 30% of participants who tested positive for the ELISA-S test were asymptomatic, highlighting the risk of silent transmission. Identified risk factors included place of residence, use of public transportation or carpooling, and contact with confirmed cases of COVID-19. Our results also underscored the importance of vaccination to bolster individual and collective immunity, notably observing antibody waning over time among some unvaccinated participants. For primary healthcare professionals in mainland France, the studies showed high seroprevalence of anti-S IgG antibodies (94.7%) and neutralizing antibodies (81.3%), mainly attributable to vaccination. Although they were not at higher risk of infection than the general population, about a quarter of them were infected at the time of the study, as evidenced by the 28.3% seroprevalence of anti-N IgG antibodies, highlighting their vulnerability. Significant variations were observed based on vaccination status and prior infection, demonstrating the importance of vaccination in boosting immune response and reducing infection risk. Factors associated with infection included geographical region of workplace, professional category, and unprotected contact with confirmed COVID-19 cases

Les infections respiratoires hautes et basses constituent un motif fréquent de recours aux soins. Parmi les suspicions d’infections respiratoires basses aux urgences, les virus respiratoires sont retrouvés dans 30 à 50% des cas. Leur diagnostic précis et rapide est nécessaire au bon usage des anti-infectieux, au recours à l’hospitalisation, à la gestion du flux de patients et à l’instauration des mesures de précaution nécessaires. Nous avons évalué l’impact de l’implémentation d’une PCR multiplex permettant un diagnostic syndromique rapide et délocalisé dans un service d’accueil des urgences des virus responsables d’infections respiratoires. Dans un premier temps, nous avons réalisé une revue narrative des tests microbiologiques disponibles puis nous avons: 1) Étudié l’impact du délai de réponse du laboratoire de virologie centralisé (médiane 18h) sur les stratégies de placement en chambre seule des patients présentant une infection par des virus influenza, 2) Mené une étude de faisabilité de l’implémentation d’une technique de PCR syndromique rapide délocalisée aux urgences, 3) Évalué prospectivement l’impact de la réponse virologique rapide sur la prise en charge des patients suspects d’infections respiratoires basses à l’aide d’une essai clinique contrôlé, 4) Etudié, au début de la pandémie de SARS-CoV-2, les caractéristiques cliniques et biologiques qui permettaient de distinguer les patients infectés par le SARS-CoV-2 ou un autre virus respiratoire comme les virus influenza, le VRS ou le rhinovirus. Nous avons ainsi montré : - que le long délai de rendu du laboratoire centralisé ne permettait pas une prise en compte efficace du résultat de PCR pour le placement des patients grippés en chambre seule, que le diagnostic viral délocalisé aux urgences est possible et permet plus d’hospitalisation en chambre seule pour les patients influenza positif au cours de l’étude randomisée (74% vs 50%), mais pas trouvé de bénéfice du diagnostic délocalisé sur la durée de l’antibiothérapie ou de l’hospitalisation. - que la fièvre, l’âge, le sexe masculin et l’absence d’expectoration étaient plus fréquemment associés au diagnostic d’un SARS-CoV-2 que d’un autre virus respiratoire et que la co-infection d’un SARS- CoV-2 avec un autre virus respiratoire n’était pas associée à un pronostic plus sévère.Il parait aujourd’hui nécessaire d’intégrer la mPCR dans une stratégie plus large, incluant scanner et marqueurs d’inflammation, pour une prise en charge optimale aux urgences et impacter la consommation d’antibiotiques et les durées de séjours
Upper and lower respiratory infections are a frequent reason for seeking treatment. Among the suspicions of lower respiratory infections in emergency rooms, respiratory viruses are found in 30 to 50% of cases. Their precise and rapid diagnosis is necessary for the proper use of anti-infectives, for hospitalization, for the management of the flow of patients, and the establishment of the necessary precautionary measures. We evaluated the impact of the implementation of a multiplex PCR allowing a rapid and delocalized syndromic diagnosis in an emergency department of the viruses responsible for respiratory infections. First, we carried out a narrative review of the available microbiological tests, then we:- Studied the impact of the response time of the centralized virology laboratory (median 18h) on room-only placement strategies for patients with influenza virus infection,- Conducted a feasibility study on the implementation of a rapid syndromic PCR technique relocated to the emergency room, -Prospectively evaluated the impact of the rapid virological response on the management of patients with suspected lower respiratory infections using a controlled clinical trial, - Studied, at the start of the SARS-CoV-2 pandemic, the clinical and biological characteristics which made it possible to distinguish patients infected with SARS-CoV-2 or another respiratory virus such as influenza viruses, RSV, or rhinovirus.We have thus shown:- that the long turnaround time from the centralized laboratory did not allow effective consideration of the PCR result for the single room assignment of influenza-positive patients - that delocalized viral diagnosis in the emergency room is possible and allows more room-only hospitalization for influenza-positive patients during the randomized study (74% vs 50%), but no benefit was found from delocalized diagnosis throughout antibiotic therapy or hospitalization. - that fever, age, male sex, and absence of sputum were more frequently associated with the diagnosis of SARS-CoV-2 than with any other respiratory virus, and co-infection with SARS- CoV-2 with another respiratory virus was not associated with a more severe prognosis. It now seems necessary to integrate mPCR into a broader strategy, including CT scan and inflammation markers, for optimal management in emergencies and impact the consumption of antibiotics and the length of stays

La pandémie de COVID-19 a mis en évidence l'importance des comportements de prévention pour réduire la propagation de la maladie et le fardeau sanitaire associé. Comprendre les déterminants psychologiques qui motivent l'engagement comportemental est donc essentiel dans un contexte épidémique. Au début de la pandémie, relativement peu de recherches portaient sur la dynamique de la réponse comportementale humaine face à cette menace épidémique en constante évolution. Cette recherche a cherché à combler cette lacune dans la littérature, d'abord en examinant les théories psychosociales des comportements de prévention existantes dans le contexte de la pandémie, et ensuite en élargissant cette base théorique pour tenir compte des effets de la situation épidémique, mettant ainsi les comportements de prévention en contexte et intégrant le contexte dans la théorie des comportements de prévention. La première partie de la recherche doctorale porte sur deux problématiques relatives aux comportements de santé qui préoccupaient les chercheurs et les autorités sanitaires : l'optimisme irréaliste et la compensation du risque. Les résultats de la première étude transversale répétée (N=12378), menée avant, au début et au pic de la première vague épidémique (février–avril 2020) en France, en Italie, au Royaume-Uni et en Suisse, ont indiqué que les participants de ces quatre pays devenaient de plus en plus optimistes de manière irréaliste avec le temps et que cette tendance était associée à un désengagement comportemental. Les résultats de la deuxième étude (N=14003) menée au cours des huit premiers mois du campagne vaccinale en France (février–septembre 2021) suggèrent l’existence d’une faible compensation du risque observable vers la fin de la campagne, en particulier s’agissant de l'évitement des rassemblements sociaux, parmi les participants présentant un schéma vaccinale complet. Puisque les résultats de ces premières études indiquaient que le contexte épidémique influençait la perception du risque et l'adhésion aux mesures de contrôle, nous avons cherché à caractériser dans la deuxième partie de la thèse l'effet du contexte épidémiologique sur les déterminants sociocognitifs des comportements de prévention, comblant ainsi une lacune dans la recherche dans ce domaine. Dix-sept enquêtes bimensuelles ont été menées sur neuf mois (mars–novembre 2020, N=34016).Une analyse de regression multiniveaux a révélé une association entre le contexte épidémiologique et les comportements de prévention, le temps modérant toutefois l'effet de l'incidence sur le comportement. Ensuite, une analyse plus approfondie des pistes causales a indiqué que l'effet du contexte épidémiologique sur le comportement n’était que partiellement médié par des variables sociocognitives. Étonnamment, à l'exception des normes sociales perçues, les variables de cognition sociale traditionnellement considérées comme déterminant de la réponse comportementale, ont peu contribué à la médiation de la relation entre le contexte épidémiologique et le comportement. Les implications pour la théorie, de futures recherches, ainsi que la pratique et la politique en matière de santé publique, sont discutées. Les résultats de cette recherche soulignent la nécessité de renforcer la théorie, tout en l'examinant, en la testant et en l'élargissant dans des contextes divers et variés. À travers l’élargissement de la théorie existante à une épidémie d'une maladie infectieuse émergente, la COVID-19, cette recherche explore les différents facteurs d'influence et les mécanismes causaux potentiellement impliqués dans le processus psychologique complexe et dynamique d'évaluation du risque et l'engagement comportemental qui en résulte. En plaçant la théorie dans son contexte et le contexte dans la théorie, cette recherche doctorale cherche à faire progresser la théorie, apportant ainsi une contribution significative au domaine de la recherche sur les comportements de prévention en matière de santé
The COVID-19 pandemic highlighted the importance of health protective behaviours in reducing disease spread and subsequent health burden. Understanding the psychological determinants motivating behavioural engagement is therefore critical in an epidemic and pandemic setting. At the time of the pandemic outbreak, relatively little research attention had focused on the dynamics of human behavioural response to an unfolding, constantly evolving epidemic threat. This doctoral research therefore sought to address this gap in the literature firstly by investigating existing theory in the COVID-19 context, and secondly by expanding upon existing theory to account for the epidemic setting, thereby putting health behaviour theory into context and context into health behaviour theory. To this end, the first part of the doctoral research investigated two health behaviour issues of concern to researchers and health authorities: unrealistic optimism and risk compensation. Findings from the first repeated cross-sectional study (N=12,378), conducted at pre-, early and peak first-wave epidemic stages (February–April 2020) in France, Italy, Switzerland and the United Kingdom, indicated that people across all four countries became increasingly unrealistically optimistic over time and that this was associated with behavioural disengagement. Results of the second study (N=14,003) during the initial eight months of the vaccine rollout in France (February–September 2021), suggested risk compensation occurred towards the end of the vaccine rollout, particularly towards avoidance of social gatherings among those with a completed vaccination schedule.As results from these initial studies suggested that the epidemic setting influenced risk appraisal and adherence to mitigation measures, and addressing a gap in the literature due to the paucity of research in this area, the second part of the doctoral study explored the effect of the epidemiological context on behaviour and the social cognitive pathways involved. Seventeen bi-monthly surveys were conducted over nine months (March–November 2020, N=34,016). Multilevel analysis revealed that there was an association between the epidemiological context and protective behaviour, with time serving to moderate the effect of incidence on behaviour. Further pathway analysis indicated that the effect of the epidemiological context on behaviour was only partially mediated by social cognitive variables. Surprisingly, with the exception of perceived social norms, which made the greatest mediational contribution, social cognitions commonly and repeatedly found to predict behavioural response contrastingly contributed little to mediating the epidemiological context–behaviour relationship. Implications for theory, future research, public health policy and practice are discussed. Above all, these research findings highlight the need to nurture theory by examining, testing and expanding upon it in different contexts. Through its extension of extant theory to an epidemic of an emerging infectious disease, COVID-19, the current investigation explored the underlying layers of influence and possible causal mechanisms involved in the complex and dynamic psychological process of risk appraisal and behavioural engagement. By putting theory into context and context into theory, this doctoral research sought to nourish and advance theory, thereby making a significant contribution to the field of health behaviour research

La pandémie est d’abord crise. la crise révélatrice de l’état d’un système de santé, de sa gestion passée et des choix, implicites et explicites qui ont été faits. Comme le Titanic, qui ne portait pas suffisamment de canots de sauvetage, parce qu’il avait été pensé comme insubmersible et que, pour vendre plus cher des cabines, il convenait de ne pas encombrer les ponts de canots susceptibles de gêner la ‘vue mer’, le système de santé français avait liquidé ses stocks stratégiques et restreint la recherche épidémiologique parce que les pandémies appartenaient au passé et qu’il valait mieux développer la médecine de soin, plus rentable car mieux susceptible d’être marchandisée, que la médecine de prévention. Et, comme dans le cas du Titanic, le manque de masques ou de places en réanimation prenant la place du manque de places dans les canots de sauvetage, la société est contrainte de faire des choix tragiques (Calabresi and Bobitt, 1978). Alors que nos sociétés sont brutalement confrontées à de nouvelles raretés, rompant avec la tendance aux surcapacités de production des économies de richesse, le covid-19 crée un point de rupture dans la dynamique d’individualisation, de marchandisation et de présentisme (Hartog, 2003) des sociétés contemporaines qui s’était accélérée depuis la fin des années 70, en opérant deux grands retours, au moins temporaires :  un retour du collectif, à l’heure où tout converge vers les pouvoirs étatiques, voire les organisations super- étatiques, les individus apparaissant happés dans une dynamique collective sur laquelle ils n’ont guère de prise  un retour du temps, le temps présent que scandent les phases de la pandémie et qu’elle impose à tous, y compris à ceux qui se voyaient jadis les maîtres des horloges, le temps du passé qui apparait comme l’un des déterminants des capacités de réaction à la pandémie et auquel on ne cesse de rapporter les erreurs de la gestion passée, sources des incapacités présentes Les thèmes du retour du collectif, du dépassement des solutions libérales, voire d’un tournant dans les processus d’individualisation et de marchandisation de nos sociétés sont très présents dans le débat public. Nous les approcherons dans une démarche de rationalisme critique soucieuse de dépasser les effets de mode pour montrer que l’analyse du retour du collectif ne peut être séparée de la prise en compte du rôle du passé dans l’état du présent. Nous souhaitons montrer l’intérêt d’une approche en termes patrimoniaux et explorer la possibilité de nouvelles logiques de développement social passant par des logiques de gestion patrimoniale. La proposition de communication s’inscrit par conséquent dans le thème 2 du colloque tout en se centrant sur la gestion patrimoniale de la santé. Elle s’organisera en trois moments : 1 Gestion privée et gestion collective de la santé : La tendance à l’individualisation de la gestion de la santé, corollaire de sa marchandisation, se heurte à la réalité de la contagion qui fait que la santé des uns dépend étroitement de la santé des autres. D’où le retour du collectif : la santé et le vaccin définis comme biens publics mondiaux ; le développement de nouvelles formes de communs ; la gestion étatique des choix tragiques 2 Gestion de court terme et gestion de long terme de la santé : La pandémie, au milieu d’effets plus larges, révèle le lien entre situation sanitaire et gestion passée des systèmes de santé. Santé et système de santé apparaissent comme des patrimoines, en partie individuels et privés, en partie collectifs. 3 Une logique patrimoniale ? : On montrera comment la notion de patrimoine peut être développée pour caractériser un type spécifique de logique de gestion à long terme, articulant les dimensions privées et publiques, individuelles et collectives, marchandes et non-marchandes, d’un système de santé.

The SARS-CoV-2 virus is the third human coronavirus detected in the 21st century. It was only a few weeks between the first cases of atypical severe respiratory disease in Wuhan, China (late 2019), and the identification of the virus, its genetic structure and the development of a PCR test (January 2020). What processes and mechanisms at the interface between nature and human activities are responsible for the emergence of the new coronavirus? How was it possible that the virus has spread among humans so quickly? Is the spread of the virus limited to the human population only? How do Anthropocene conditions favor pathogens such as SARSCoV-2? From a scientific point of view, the emergence of a new coronavirus is not surprising.