Academic literature on the topic 'Conservation des ressources marines – Pacifique (océan ; sud)'

Mener des actions efficaces de conservation et gestion durable des ressources est capital. La Planification Systématique de la Conservation (PSC) identifie les zones répondant de manière optimale au compromis entre objectifs de conservation et coûts induits, afin d’apporter aux gestionnaires un support de décision transparent. Pourtant, l’état de l’art mené indique une tendance de la PSC marine en Océanie à être trop générique face aux besoins locaux, révélant plusieurs thématiques orphelines, pourtant cruciales localement. Cette thèse vise à combler cette lacune en examinant 4 questions de recherche, appliquées à trois lagons de Polynésie française. 1. Comment intégrer la ciguatéra en PSC ? 2. La PSC peut-elle guider la gestion perlicole ? 3. La PSC peut-elle contribuer utilement à la gestion traditionnelle ? 4. Comment concevoir avec la PSC des stratégies de diversification d’activités ? Connectée aux problématiques des gestionnaires, aux critères locaux et basée sur des données spatiales issues d’enquêtes aux pêcheurs, cette thèse formalise une nouvelle méthode pour intégrer la ciguatéra à la PSC et produit des résultats originaux à coûts optimisés. Deux points forts se dégagent : optimiser la gestion traditionnelle des pêches et identifier des zones de réintroduction d’huîtres perlières. Ceci confirme l’intérêt pratique et le choix initial d’une approche « think globally, act locally ». Dans un contexte où les engagements pour la conservation et la gestion durable se multiplient, la PSC s’avère être un précieux outil pour réduire l’écart entre recherche et action en proposant, en lien avec les gestionnaires, des réponses locales adaptées
Effective conservation and sustainable resource management are critical. Systematic Conservation Planning (SCP) identifies the areas that best meet the trade-offs between conservation objectives and costs, providing managers with a transparent decision support. However, our state of the art indicates a tendency for marine SCP in Oceania to be too generic regarding local needs, revealing several orphaned themes, yet crucial locally. This thesis aims to fill this gap by examining four research questions, applied to three lagoons in French Polynesia. 1. How can ciguatera be integrated into SCP? 2. Can SCP guide pearl farming management? 3. Can SCP make a useful contribution to traditional management? 4. How can strategies for diversifying activities be designed with SCP? Connected to the problems of managers, to local criteria and based on spatial data from surveys of fishers, this thesis formalizes a new method for integrating ciguatera into the SCP and produces original results with optimized costs. Two strong aspects emerge: optimizing traditional fisheries management and identifying areas for reintroducing pearl oysters. This confirms the practical interest and the initial choice of a “think globally, act locally” approach. In a context where commitments for conservation and sustainable management are multiplying, the SCP proves to be a precious tool to reduce the gap between research and action by translating, in conjunction with the managers, international ambitions into adapted local responses

Les Corallinales, algues rouges calcifiées, sont avec les coraux hermatypiques, des organismes fondateurs de l’écosystème corallien. Leur abondance et leur large répartition écologique et géographique en font un groupe d’intérêt particulier dans l’étude des milieux actuels et dans la reconstitution des paléo-environnements. Toutefois, leur étude est limitée par une α-taxonomie difficile et des techniques d’histologie lourdes. L’objectif de cette thèse a donc été de développer des outils moléculaires, d’une part pour réaliser des phylogénies moléculaires multi-marqueurs permettant de réévaluer les caractères morphologiques dans un contexte évolutif reposant sur des hypothèses testables, et d’autre part pour délimiter des ‘espèces’ par la désignation d’unités évolutives distinctes grâce à l’analyse de la diversité génétique d’un marqueur moléculaire, comme habituellement proposé dans les études de type code barre. Ces études ont bénéficié d’un large échantillonnage de Corallinales du Pacifique Sud (Vanuatu, îles Fidji, Polynésie Française (Mooréa) et Nouvelle–Calédonie). Dans une première partie, les résultats ont permis de redéfinir les frontières des Corallinales au sein des Corallinophycidae (Corallinales et Rhodogorgonales) à l’aide de séquences nucléaires (SSU, LSU, EF2). L’ordre des Sporolithales a été créé pour la famille des Sporolithaceae, constituant une troisième lignée au sein des Corallinophycidae, caractérisée par des tétraspores cruciées. Les relations phylogénétiques au sein des Corallinales ont ensuite été réévaluées à l’aide de quatre marqueurs moléculaires (SSU, LSU, CO1, psbA). La monophylie des deux familles actuellement reconnues au sein des Corallinales, les Corallinaceae et les Hapalidiaceae, a été confirmée, de même que la monophylie de trois des quatre sous-familles reconnues au sein Corallinaceae (les Corallinoideae, les Lithophylloideae et les Metagoniolithoideae). La quatrième sous-famille de Corallinaceae en revanche, les Mastophoroideae, est apparue formée de quatre lignées distinctes. Pour établir la monophylie des Mastophoroideae, celle-ci a été restreinte aux genres Mastophora, Metamastophora, et, peut-être Lithoporella. Le genre Hydrolithon est aussi apparu non monophylétique, constitué d’une lignée contenant l’espèce type du genre, H. Reinboldii et d’une autre lignée comprenant H. Onkodes qui était auparavant l’espèce type du genre Porolithon. Le genre Porolithon a été rétabli, et il comprend des corallines au thalle monomère ayant des trichocytes disposées en rangées horizontales. De plus, les analyses phylogénétiques réalisées dans cette étude révèlent de la diversité cryptique chez plusieurs taxons, en particulier les genres Mesophyllum et Neogoniolithon. Dans la deuxième partie, un grand nombre de Corallinales a été analysé (le nombre de Corallinales récoltées au cours de cette thèse s’élève à plus de 830 spécimens) dans l’optique d’essayer de trouver une méthode fiable pour en évaluer la diversité réelle. Ces aspects sont essentiels pour la gestion et la conservation des écosystèmes. Deux marqueurs (la partie du gène CO1 traditionnellement recommandée comme code barre ADN et le gène psbA) ont été amplifiés et séquencés puis des méthodes de délimitation d’unités évolutives génétiques ont été utilisées afin d’estimer le nombre d’espèces de l’ensemble de notre échantillonnage. Deux méthodes publiées ont été utilisées, ainsi que deux méthodes supplémentaires, développées dans le cadre de cette thèse. En outre, des jeux de données simulées, ainsi que d’autres jeux de données d’algues rouges disponibles sur GenBank ont été étudiés. Le nombre de d’unités évolutives désignées varie en fonction de la méthode utilisée, en fonction du marqueur moléculaire étudié, et en fonction de la localité échantillonnée. Dans les rares cas où le même nombre d’unités évolutives est trouvé aussi bien avec le marqueur CO1 qu’avec le marqueur psbA, seuls 27,5% de ces unités présentent une composition identique. Ces résultats révèlent des propriétés de coalescence différentes entre le génome plastidial et le génome mitochondrial chez les Corallinales et posent le problème du choix arbitraire du marqueur lors d’une étude exploratoire de délimitation d’unités évolutives. De plus, une incongruence forte a été détectée entre les arbres de CO1 et de psbA, suggérant ainsi un événement d’hybridation ou de recombinaison. Des analyses supplémentaires ont montré que sur les histogrammes de fréquence de diversité génétique il semble possible de délimiter des unités évolutives distinctes à une échelle locale, mais qu’il ne s’agit que d’un artefact d’échantillonnage. Enfin, nos données mettent en évidence la capacité de dispersion sur de longues distances des Corallinales dans le Pacifique Sud (à plus de 6 300 kilomètres de distance, entre les îles Fidji et les Philippines). Ce manuscrit de thèse s’achève par une réflexion générale sur la démarche des taxinomistes lors de leur exploration de la biodiversité en fonction des concepts espèces qu’ils emploient. De nouvelles perspectives de travail sont proposées pour les futures études sur les Corallinales, incluant notamment des efforts particuliers de recherche sur les processus évolutifs à l’origine de la diversité de cette lignée
Corallinales algae are characterized by the calcification of their cell wall, which contributes to the edification of coral reef. Due to their abundance and their wide distribution, they are good candidates to study present environments and to reconstitute coral paleo- environment. Nevertheless, the study of this order is hampered by a convoluted alpha-taxonomy history and complex histological preparation. The objective of this dissertation was therefore to develop molecular analyses to i) infer from multimarkers the phylogenetic relationships among the Corallinales and test the significance of morpho anatomical characters in an evolutive framework, and ii) delineate ‘species’ based on the delimitation of genetic clusters, as usually done in barcode of Life initiative. Toward these aims, a comprehensive taxa sampling was done in the south Pacific: Vanuatu, Fidji, French Polynesia (Moorea) and New Caledonia (second largest coral reef in the world and hot spot of biodiversity). Phylogenetic results presented in the first part of this dissertation supported a new delineation of the Corallinales within the Corallinophycidae (Corallinales and Rhodogorgonales) based on nuclear genes (SSU, LSU, EF2). The new order Sporolithales was proposed for the Sporolithaceae, which constituted a third lineage in the Corallinophycidae characterized by cruciately arranged tetraspores. Phylogenetic relationships among the Corallinales (as previously emended in excluding the Sporolithaceae) have been inferred from four molecular markers (SSU, LSU, CO1, psbA). Phylogenetic analyses recovered the monophyly of the Corallinales and the two families currently recognized within the order, the Corallinaceae and the Hapalidiaceae as well as three out of the four subfamilies of the Corallinaceae (Corallinoideae, Lithophylloideae, and Metagoniolithoideae). The Mastophoroideae, the fourth subfamily of the Corallinaceae, was resolved as four distinct lineages. We therefore proposed to restrict the Mastophoroideae to the genera Mastophora, Metamastophora, and possibly Lithoporella, in the aim of rendering this subfamily monophyletic. Our phylogenies resolved the genus Hydrolithon in two unrelated lineages, one containing the generitype H. Reinboldii and the second containing H. Onkodes, which was previously the generitype of the genus Porolithon. We therefore proposed to resurrect the genus Porolithon for the second lineage encompassing species with monomerous thallus and trichocyte arrangement in horizontal rows. Moreover, our phylogenetic analyses revealed the presence of cryptic diversity in several taxa, in particular in the genera Mesophyllum and Neogoniolithon, suggesting the need of further study to better circumscribe species frontiers in this diverse order. In the second part of this dissertation, a large taxa sampling of Corallinales (over than 830 specimens were collected for this study) was analyzed in the attempt of finding accurate methods to evaluate actual diversity within the order as this aspect is crucial for managing and conserving ecosystems. Two markers (psbA and the 5’end of the CO1- the standard DNA barcode) were amplified and sequenced prior to test methods of delimitation of ‘genetic species’ in the aim of estimating the number of species in the taxa sample analysed. Two published methods were tested and two were developed during the course of this PhD thesis. Moreover, simulated datasets and rhodophytean data available on GenBank were studied. The number of ‘genetic species’ inferred is method-dependent, marker-dependent, and locality-dependent. In the seldom cases where the two markers leaded to the same estimate of ‘genetic species’, only 27. 5% of this genetic species were identical. These results revealed distinct coalescent properties between plastid and mitochondrial genomes and rise the issue of arbitrary marker choice for exploratory studies of species delineation. Moreover results highlighted a strong incongruence between the genes CO1 and psbA suggesting hybridization and/or recombination events. Supplementary analyses have shown that when samples are restricted to a local scale it seems possible to delineate ‘genetic species’ however such clear delineation is only due to a sampling artefact. Lately, our data have highlighted the long scale dispersion capacity of the Corallinales in South Pacific (more that 6300km between Fiji and Philippines). This dissertation ends by a discussion on the various approaches developed by taxonomists to explore biodiversity depending on the species concepts they follow. Perspectives on future Corallinales studies should focus on the understanding of the evolutionary processes at the origin of the diversity of this order

La conservation et la gestion sur le long terme de la biodiversité nécessitent une connaissance de la répartition des taxons, mais également une estimation précise de leur diversité spécifique ainsi que des processus de spéciation ayant permis leur formation. Cependant, la mesure de la richesse phylétique peut être biaisée par l'utilisation de caractères taxinomiques ne permettant pas de délimiter les espèces de manière appropriée. Ce travail de thèse propose d'explorer la diversité phylétique à plusieurs niveaux taxinomiques (générique, spécifique et intra-spécifique) des Aglaopheniidae, une famille d'hydrozoaires, notamment présente dans le Sud-Ouest de l'océan Indien. Dans un premier temps, en utilisant des phylogénies basées sur plusieurs marqueurs (mitochondriaux et nucléaires), ce travail démontre que la diversité phylétique de cette famille est, au minimum, sous-estimée de moitié : tous les genres de la famille sont polyphyléthiques ou présentent un statut monophylétique restant à confirmer. Dans un deuxième temps, l'utilisation de méthodes de délimitation d'espèces basées sur des données moléculaires met en évidence la diversité cryptique très élevée des morpho-espèces étudiées, révélant l'intérêt potentiel des protocoles de taxinomie intégrative chez les organismes morphologiquement simples. Enfin, l'étude de génétique des populations d'une espèce incubatrice d'Aglaopheniidae révèle l'importance de la structuration des populations et de l'isolement par la distance chez cette espèce à plusieurs échelles géographiques (de quelques kilomètres à plusieurs milliers), impliquant une potentielle diversité cryptique extrêmement importante chez cette famille. L'ensemble des connaissances acquises lors de ce travail de thèse fournit un nouveau regard sur la diversité de la famille des Aglaopheniidae, soulignant le potentiel impact du cycle de reproduction sur la diversité phylétique et les processus de spéciation des hydrozoaires incubateurs. Cette thèse met en évidence l'importance de l'utilisation de plusieurs procédures complémentaires de délimitation d'espèces pour étudier la diversité des organismes morphologiquement simples
Designing biodiversity conservation plans requires knowledge on the biogeographic distribution of taxa but also accurate estimates of species richness and diversification processes. However, measuring the phyletic richness can be biased by the use of inappropriate taxonomical characters, leading to erroneous species delimitation and diversity estimates. This work explores the phyletic richness at several taxonomic levels (generic, specific and intraspecific) of the hydrozoan family Aglaopheniidae (Agassisz, 1862), with a particular focus on the South-Western Indian Ocean. Firstly, using several newly constructed phylogenies based on mitochondrial and nuclear markers, this study reveals that the phyletic diversity of this family is at underestimated by at least 50%: all studied genera are polyphyletic or with doubtful monophyletic status. Then, using several species delimitation methods based on molecular markers, it sheds light on the richness of cryptic diversity of this family, enlightening the potential of using an integrative taxonomic approach on these morphologically simple organisms. Finally, the population genetics of an Aglaopheniidae brooding species shows a high populations structuring with pervasive pattern of isolation by distance at several geographic scales (several to thousands of kilometres), implying a potentially high cryptic diversity existing in this family. The results of this work provide new insights on Aglaopheniidae diversity, underlining the potential influence of reproductive mode on the phyletic diversity and diversification processes of brooding hydrozoan brooders. This thesis further highlights the relevance of using several complementary species delimitation procedures to study the diversity of morphologically simple organisms

Le déplacement animal joue un rôle déterminant dans la structuration spatiale et la dynamique des populations biologiques, en particulier des espèces fortement mobiles. L’espace et l’environnement font ainsi partie intégrante du cycle de vie des tortues marines. Ce travail de thèse propose de caractériser l’écologie spatiale des tortues marines, du stade juvénile au stade adulte, dans le Sud-ouest de l’océan Indien, principalement par l’usage de deux méthodes : la télémétrie satellitaire et la modélisation individu-centrée. Il montre en premier lieu que la phénologie de la reproduction de la tortue verte à travers la région est principalement liée à la température de surface de la mer au voisinage des sites de reproduction. Sont ensuite étudiés les patrons de dérive des nouveau-nés générés par les courants océaniques qui impacteraient inégalement leurs traits d’histoire de vie selon l’emplacement du site de naissance. Concernant le stade immature, les résultats suggèrent un cycle de développement trans-équatorial pour la tortue caouanne dans l’océan Indien. Pour le stade adulte, cette étude caractérise les couloirs et la connectivité migratoires de la tortue verte dans la région. Enfin, l’intégration de ces résultats permet de comprendre la structuration des patrons migratoires régionaux et leur influence sur la dynamique des populations. L’ensemble des connaissances acquises fournit un support concret d’aide à la décision pour la mise en place de plans de gestion et de conservation des tortues marines dans le Sud-ouest de l’océan Indien. Cela souligne l’importance d’une approche à grande échelle pour la protection d’un patrimoine biologique partagé par plusieurs nations
Animal movement is crucial to the ecology of spatially structured population, particularly for highly mobile species. Marine turtles’ life cycle is indeed closely related to spatial and environmental factors. This work analyses the spatial ecology of marine turtles, from early juvenile to adult stages, in the Southwest Indian Ocean, primarily through the use of two methods: satellite tracking and individual-based modeling. Firstly, this analysis argues that green turtle’s reproductive phenology across the region is mainly related to the sea surface temperature in the vicinity of the nesting site. Then, it shows how drifting trajectories of hatchlings in oceanic currents unevenly influence their life history traits depending on the position of the natal site. By tracking late juvenile stage, this work also suggests a trans-equatorial developmental cycle for loggerhead turtle in the Indian Ocean. At adult stage, it describes migratory corridors and connectivity for green turtle across the region. Finally, an integrative approach considering all these results allows for an understanding of the regional migratory patterns and their influence on population dynamics. The results of this work provide a practical policy decision tool for management and conservation of marine turtles in the Southwest Indian Ocean and highlight the need for a large-scale approach in the protection of biological resources and heritage shared by multiple nations

Ce travail de thèse s'insère dans une démarche globale d'acquisition des connaissances sur la tortue verte (Chelonia mydas) dans l'océan Indien occidental et ce afin de disposer d'éléments scientifiques essentiels à la mise en place d'une gestion cohérente et efficace de cette espèce menacée. Dans un premier temps, appliquant différentes modèles statistiques, ce travail a visé à établir des données de référence sur l'abondance des tortues vertes femelles en reproduction et les tendances sur le long terme des principales populations. Dans un second temps, il a consisté à déterminer la structure génétique et les relations qui existent entre les différentes populations de cette espèce. Enfin, la conservation des tortues marines étant étroitement liée aux pressions extérieures, ce travail a tenté dans un troisième temps de caractériser les pressions anthropiques qu'elles subissent, et notamment celles liées à la pêche. L'ensemble de ces résultats a permis de réaliser des avancées majeures dans la connaissance de la biologie et de l'écologie de la tortue verte et de disposer d'une vision régionale fiable de l'état de conservation de cette espèce dans l'océan Indien occidental. Leur compilation a ainsi permis d'identifier des zones régionales prioritaires de protection mais aussi des sites de vigilance plus spécifiques comme celui d'Europa. Enfin cette synthèse met en lumière les priorités de recherche et les approches scientifiques à favoriser à l'avenir pour améliorer les connaissances et affiner les priorités de conservation non seulement des tortues marines, mais aussi de la mégafaune marine en général
This thesis is a comprehensive work aiming to improve scientific knowledge on the green turtle (Chelonia mydas) in order to provide key scientific evidences needed for the implementation of coherent and effective management measures to protect at the Western Indian Ocean scale this threatened species. In a first step, this work aimed to established baseline data on the abundance of green turtles nesting females and long term trends of some key nesting populations of the region by applying different modelling methods. In a second step, this work determined the regional genetic structure of this species and the relationships that exists between the different populations. Finally, the conservation of marine turtles being closely dependant to external pressures, this work tried to characterize theanthropogenic pressures they face, more specifically those related to fishing activities. All these results allowed unraveling some key gaps on the biology and ecology of the green turtle in the region and led to a global vision of the conservation status of this species in the Western Indian Ocean. The compilation of the results enabled the identification of regional priority areas for protection, but also some more specific threatened sites such as Europa. Finally, this synthesis shedslight on research priorities and scientific approaches to be promote in the future to unlock other keyscientific issues and refine conservation priorities, not only of marine turtles, but also of marine megafauna as a whole