Academic literature on the topic 'Compartiments abiotiques'

Les biofilms sont des populations ubiquitaires de micro-organismes englobés dans une matrice extracellulaire, susceptibles de se développer sur des surfaces biotiques ou abiotiques, notamment les dispositifs médicaux invasifs, avec le risque à terme de conduire à la survenue d’infections sur matériel. En soins critiques, les cathéters intravasculaires et les sondes d’intubation sont les plus fréquemment associés au développement du biofilm. Pourtant, le rôle de ce dernier dans la survenue d’évènement cliniques infectieux, demeurent incertains. Il n’existe ainsi à ce jour aucune méthode standardisée pour la mise en évidence du biofilm. En particulier, le diagnostic d’infection liée aux dispositifs médicaux invasifs en soins critiques repose aujourd’hui sur un faisceau d’arguments cliniques et microbiologiques qui varient grandement d’une équipe à l’autre. Certaines approches innovantes, comme le recours ponctuel à l’anatomopathologie ou encore à de nouvelles modalités d’imagerie optique, pourraient améliorer la reconnaissance, le diagnostic et le traitement de ces infections. Il s’agirait notamment de mieux orienter le choix de la stratégie thérapeutique parmi le retrait du dispositif impliqué, lorsque cela est possible, ou la place du traitement anti-infectieux le plus adapté à la documentation microbiologique et au risque de germe multirésistant.

Résumé Ce document présente une réévaluation approfondie de la présence des hydrocarbures aromatiques polycycliques (HAP) dans la rivière et le fjord du Saguenay, un système aquatique fortement affecté par les activités anthropiques et notamment par les effluents provenant des alumineries entre les années 1950 et 1980. La matière particulaire en suspension (MPS), les sédiments de surface ainsi que certains organismes benthiques, échantillonnés en 2002 et 2003, ont été analysés pour leur contenu en HAP. Les résultats montrent qu’il n’y a pas de différence significative dans la distribution des HAP extraits de la MPS échantillonnée dans les parties supérieure et inférieure de la rivière Saguenay. Cependant, une variation saisonnière des HAP particulaires totaux apparaît avec des concentrations variant de 12 µg•g‑1 en hiver à 3,2 µg•g‑1 en été. Nous avons estimé que la contribution en HAP particulaires de la rivière Saguenay vers le fjord était d’environ 606 kg par année. Un examen détaillé des profils chromatographiques des HAP nous montre une prédominance des hydrocarbures légers (2 et 3 cycles) dans la MPS de la rivière par opposition aux HAP plus lourds (4 et 5 cycles) surtout présents dans les sédiments de surface du fjord. Le niveau de contamination observé dans les sédiments de surface du fjord du Saguenay en 2002 a été comparé à celui rapporté pour des sédiments échantillonnés en 1982. Toutes les carottes de sédiments montrent des concentrations maximales des HAP dans une couche située entre 15 et 28 cm de profondeur indiquant un enfouissement lent mais constant des sédiments fortement contaminés apportés au fjord dans les années 1960 et 1970. Les HAP totaux mesurés dans nos échantillons de 2002 sont de 8 à 30 fois inférieurs aux concentrations mesurées en 1982. Les HAP mesurés dans les tissus biologiques de quelques espèces benthiques et épi‑benthiques du fjord montrent une prédominance des HAP légers (2 à 3 cycles) avec les plus hautes valeurs présentes chez le vers Nereis sp. et la crevette Pandalus borealis de la baie des Ha! Ha! Avec la réduction importante des sources industrielles des hydrocarbures aromatiques, les hydrocarbures pétrogéniques représentent aujourd’hui une importante contribution à la contamination globale du système Saguenay.

L’intérêt croissant de la société pour les terres rares, rassemblant 17 éléments métalliques aux propriétés uniques, exploitées dans les secteurs industriels, agricoles et médicaux, entraîne une augmentation des rejets dans l'environnement conduisant à des enrichissements dans les milieux aquatiques, notamment dans les estuaires, soumis à de fortes pressions anthropiques. L’objectif de cette thèse était d’étudier la répartition environnementale des terres rares dans les écosystèmes estuariens à travers l’étude de deux estuaires français fortement anthropisés aux degrés de contamination différents : l’estuaire de la Loire et l’estuaire de la Seine. L’étude des compartiments abiotiques a permis de démontrer que les terres rares sont principalement accumulées dans les phases solides des systèmes aquatiques naturels. Néanmoins, la phase dissoute correspond au compartiment le plus impacté par les apports anthropiques, avec des enrichissements en gadolinium rapportés dans les deux estuaires. L’étude du biote, qui s’est portée sur un grand nombre d’espèces issues de 5 phyla (algues, annélides, mollusques, crustacés et vertébrés) représentant les principaux niveaux d’un réseau trophique estuarien, a dévoilé une dilution trophique des terres rares au sein des deux estuaires. En effet, la bioaccumulation des terres rares est plus élevée dans les algues. Cependant, les enrichissements (notamment en gadolinium) sont plus importants chez les vertébrés. Les résultats ont démontré des concentrations totales en terres rares plus importantes dans l’estuaire de la Loire par rapport à celui de la Seine, probablement en raison d’un fond géogénique plus élevé. Par contre, la contamination anthropique en gadolinium plus importante rapportée dans l’estuaire de la Seine pourrait s’expliquer par la plus forte densité de population, impliquant un nombre plus important d’actes médicaux nécessitant des produits de contraste. Ainsi, l’estimation des transferts des compartiments abiotiques vers le biote et des transferts trophiques au sein du biote a permis de caractériser le devenir global des terres rares dans ces écosystèmes estuariens
The growing interest of society in rare earth elements, regrouping 17 metallic elements with unique properties and used in the industrial, agricultural and medical sectors, is leading to an increase of their release into the environment, resulting in enrichments in the aquatic media, particularly in estuaries, that are subject to strong anthropogenic pressures. The objective of this work was to study the environmental distribution of rare earth elements in estuarine ecosystems through the study of two highly anthropized French estuaries showing different levels of contamination: the Loire estuary and the Seine estuary. The study of abiotic compartments demonstrated rare earth elements are mainly accumulated in the solid phases of natural aquatic systems. However, the dissolved phase corresponds to the most impacted compartment by anthropogenic inputs with gadolinium enrichments reported in the two estuaries. The study of the biota, focusing on a large number of species from 5 phyla (algae, annelids, mollusks, crustaceans and vertebrates) representing the main levels of an estuarine food web, revealed a trophic dilution of rare earth elements within the two estuaries. Indeed, the bioaccumulation of rare earth elements is higher in algae. However, the enrichments (including gadolinium) are greater in vertebrates. These results demonstrated higher total rare earth element concentrations in the Loire estuary compared to the Seine estuary, probably due to a higher geogenic background. On the other hand, the higher anthropogenic gadolinium contamination reported in the Seine estuary could be explained by the higher population density, implying a higher number of medical procedures requiring contrast agents. Thus, the estimation of transfers from abiotic compartments to the biota and trophic transfers within the biota allowed to characterize the overall fate of rare earth elements in these estuarine ecosystems

Le plastique est un matériel peu cher, léger et résistant, ce qui l’a rendu rapidement indispensable dans tous types de secteurs tel que celui de l’emballage alimentaire, du médicale ou encore de l’automobile et du bâtiment. Néanmoins, ces extraordinaires propriétés ont aussi contribué à son actuelle omniprésence dans l’environnement marin, de manière parfois insidieuse. En effet, une fraction souvent invisible à l’œil nu, nommée microplastique (MP) est aujourd’hui étudiée avec intérêt. Les MP sont principalement définis par une taille inférieure à 5 mm, bien que la limite inférieure soit encore discutée au sein de la communauté. Dans le même temps, d’autres types de particules manufacturées par l’homme sont de plus en plus fréquemment décrites, tel que des fragments caoutchouteux noirs ou des fibres. Ces particules anthropiques (AP), MP inclus, ont été détectées dans l’ensemble des compartiments aquatiques (e.g. eau de surface et colonne d’eau) et le compartiment sédimentaire (e.g. plages, sédiments subtidaux et intertidaux) et dans un grand nombre d’espèces dans toutes les régions océaniques. Cependant, leur présence n’est pas anodine car les MP peuvent modifier certains cycles géochimiques, mais aussi biologiques. Par exemple, du fait de leur petite taille, ils peuvent interagir avec une très large gamme d’espèces aquatiques allant du zooplancton aux cétacés. Hors, dans le Bassin d’Arcachon, une pression anthropique importante découle de l’attractivité et de la richesse de cette lagune (e.g. pêche, conchyliculture et tourisme). Par ailleurs, ce système lagunaire est complexe de par sa morphologie (e.g. chenaux et zones intertidales) et son fonctionnement hydrodynamique est marqué principalement par les marées. Ainsi, ce projet de recherche doctoral a permis d’établir un état des lieux de la contamination par les MP et autres particules anthropiques au sein du Bassin d’Arcachon (notamment des fibres). Plus particulièrement, nous avons 1) quantifié et caractérisé les AP et MP présents dans différents compartiments de cette lagune (eau de surface, colonne d’eau, sédiment intertidaux, laisse de mer, organismes aquatiques), 2) déterminé leur distribution spatiale (depuis la zone océanique jusqu’aux limites continentales du bassin) et exploré la dynamique de leur transport entre les compartiments, 3) caractérisé l’évolution temporelle de la contamination au sein de ces compartiments
As a cheap, light and resistant material, plastic rapidly became unavoidable in many sectors such as packaging, medical, automobile or building ones. However, theses extraordinary properties contribute to its ubiquity in marine environments, and sometime in an insidious way. Indeed, there is a fraction invisible to the naked eyes, named microplastic (MP), that draw researchers’ attention. They are commonly described by an upper limit size of 5 mm, yet the lower size limit is still under discussion. Meantime, other types of manufactured particles are more and more described, such as black rubbery fragments and fibers. These anthropogenic particles (AP) were already detected in marine compartments of all regions, from sea surface to bottom sediments by the way of beach, water column and living organisms. Nevertheless, MP contamination could be associated to impairment of geochemical cycles and biologic ones. Actually, because they are small-sized, MP can be ingested by a wide range of marine organisms (from zooplankton to cetacean). Additionally, the Arcachon Bay area supports important and diverse anthropogenic activities such as fishing, shellfish farming and mass tourism. Additionally, the lagoon have a complex morphology (e.g. intertidal areas and passes) and its hydrodynamic is mainly driven by tide. Thus, this project describes AP and MP contaminations in the Arcachon Bay, such as the one caused by fibers. Specifically, we were able to 1) quantify and characterize AP and MP contamination in nine compartments of this lagoon (sea surface, water column, wastewater effluent, intertidal sediment, high tide line, marine species), 2) describe their spatial distribution (from the oceanic zone to the inner-bay part) and explore transport dynamic between compartments, 3) characterize temporal evolution of the contamination within the studied compartments

Dans les cours d'eau forestiers, la décomposition des litières végétales constitue un processus écologique fondamental. Ce processus sous l'effet des contraintes abiotiques de la zone hyporhéique (ZH) de ces cours d'eau, ainsi que la quantification de la dynamique des invertébrés et des champignons décomposeurs associés ont été étudiés, le tout inséré dans une vision intégrative à l'échelle de l'écosystème. Les résultats suggèrent de réexaminer le fonctionnement écologique de ces cours d'eau, uniquement basé sur la compréhension des relations trophiques et aux flux de carbone liés à la décomposition des litières situé à la surface du sédiment, en y intégrant la dimension verticale conceptualisée par les "hyporhéologistes". Ces résultats conduisent à repenser la dynamique et le rôle des hyphomycètes aquatiques à une échelle plus large que celle de la colonne d'eau uniquement, et mettent en évidence l'importance de la ZH qui à cet égard restait jusqu'à présent en grande partie négligée.