Dissertations / Theses on the topic 'Cetartiodactyl'

La microstructure de l'émail est étudiée depuis longtemps, mais ses modalités de formation sont encore floues. J'ai employé une approche multi-disciplinaire alliant paléontologie et biologie cellulaire dans une perspective évolution-développement afin de parvenir à une vision intégrée et en profondeur de la microstructure, de sa morphologie et de ses modes de formation. J'ai ainsi pu décrire en 2D l'évolution de la microstructure chez un grand groupe de mammifères fossiles et actuels, les cétartiodactyles, qui ont révélé que tous les caractères de l'émail ne se valent pas, et font état de différentes contraintes développementales les rendant plus ou moins labiles aux changements évolutifs. J'ai également travaillé au niveau cellulaire et en 3D avec des modèles actuels, en particulier des rongeurs, sur les rapports entre les prismes d'émail et leurs cellules sécrétrices, les améloblastes, révélant que l'agencement de ces derniers contribue en grande part à la morphologie de la microstructure. Enfin, j'ai réalisé une démarche de synthèse, en proposant un modèle de la microstructure de l'émail chez les mammifères sur la base de mes données 2D+3D. Il en est ressorti d'une part un nouveau logiciel de reconstruction virtuelle de la microstructure, Simulémail, et il a été mis en évidence différents moyens de générer la décussation chez les mammifères, ainsi que les probables mécanismes développementaux sous-jacents
I approached enamel microstructure's morphology and modes of formation with a dual angle, combining paleontological and cellular biology observations, in 2D and 3D. Studying microstructure of extinct and extant Cetartiodactyla in a phylogenetic context, I discovered that some enamel characters are more likely to evolve and change than others, which is linked to different developmental constrains. I also explored microstructure through the relationship between enamel prisms and ameloblasts, the enamel-secreting cells, showing that the arrangement of the cells is directly associated with the prisms'. Then, combining these data, I constructed a model of mammalian enamel microstructure based on 2D and 3D observations and suggested underlying cellular mechanisms, and created a new software dedicated to enamel reconstruction, Simulémail, based on this model. It helped to show that microstructure is not always created the same way for different mammals, and allowed to explore enamel characters efficiently

Delphinidae é a família de cetáceos mais diversa dentre os cetáceos atuais e o agrupamento dos gêneros em subfamílias foi inicialmente baseado na semelhança de caracteres morfológicos. Na primeira análise cladística para o clado Delphinidae, baseada em dados de citocromo b, quatro subfamílias foram propostas. Nesta primeira análise, sugeriu-se que os gêneros Delphinus, Tursiops, Stenella, Lagenodelphis e Sousa deveriam ser incluídos no clado Delphininae. Estudos subsequentes baseados em dados moleculares e morfológicos diferem nas relações propostas entre as espécies e na inclusão do gênero Sousa no clado Delphininae. Devido à incongruência entre as relações filogenéticas baseadas tanto na morfologia quanto em dados de DNA mitocondrial e nuclear, foi proposta a inclusão de todas as espécies pertencentes à subfamília para o gênero Delphinus, sob a justificativa de que a atual taxonomia não reflete a real história evolutiva do grupo. É consenso que a radiação de Delphininae foi um evento rápido e recente iniciado no Plioceno, no qual a divergência das espécies ocorreu ao longo do Pleistoceno. Para compreender os processos envolvidos na evolução de Delphininae, à luz da biogeografia histórica, foi utilizado o método da “Spatial Analysis of Vicariance”, cuja principal meta é identificar taxóns-irmãos com distribuições disjuntas. “Spatial Analysis of Vicariance” (SAV) foi conduzida no “Vicariance Inference Program” (VIP) a partir de duas hipóteses filogenéticas, uma construída a partir de dados moleculares e outra de dados morfológicos. A partir de revisão exaustiva da literatura, 2.637 registros de ocorrência de todos os taxa terminais pertencentes à Delphininae e grupos externos foram compilados. A busca por distribuições disjuntas entre grupos filogeneticamente relacionados foi conduzida através de 1.000 iterações. A grade de células utilizada foi 2°x2° com preenchimento máximo ajustado para 1. O custo atribuído para a remoção total da distribuição do terminal foi 1 e o custo de uma remoção parcial foi ajustado para 0,75. Não foi utilizado percentual de sobreposição. Em ambas análises de vicariância realizadas tanto com dados moleculares quanto morfológicos, foram recuperados eventos vicariantes e diferentes cenários biogeográficos foram hipotetizados. A separação entre Delphininae e Steninae parece estar relacionada ao soerguimento do Istmo do Panamá que ocorreu há 7 – 3,5 Ma e teve grande importância na fragmentação da biota marinha entre os oceanos Pacífico e o Atlântico. As disjunções encontradas em táxons terminais estão principalmente relacionadas à Corrente de Benguela e, também a Barreira do Pacífico Oriental. A corrente de Benguela é um importante sistema de ressurgência dos oceanos, sendo um dos mais produtivos ecossistemas do mundo, cuja oscilação da temperatura, a partir de 3 Ma atrás, promoveu a fragmentação da fauna marinha tropical durante períodos frios, mas permitiu o intercâmbio de faunas entre o Atlântico e o Índico durante períodos mais quentes. Os demais eventos vicariantes encontrados parecem estar relacionados à fragmentação do ambiente costeiro no Atlântico e Indo-Pacífico durante os períodos glaciais e interglaciais do Pleistoceno.

Submitted by Andreza Leão (andrezaflh@gmail.com) on 2018-08-31T17:32:01Z No. of bitstreams: 1 Tese_AcousticEcologyDolphins.pdf: 3257688 bytes, checksum: 4841865b7154c6248dc60c31219f8055 (MD5)
Approved for entry into archive by Celia Santana (celiasantana@ufpa.br) on 2018-12-12T18:02:31Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Tese_AcousticEcologyDolphins.pdf: 3257688 bytes, checksum: 4841865b7154c6248dc60c31219f8055 (MD5)
Made available in DSpace on 2018-12-12T18:02:31Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Tese_AcousticEcologyDolphins.pdf: 3257688 bytes, checksum: 4841865b7154c6248dc60c31219f8055 (MD5) Previous issue date: 2018-03-09
CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior
Sistemas sensoriais são vitais para que os animais obtenham informações sobre seus arredores. A informação pode ser adquirida por vias visuais, químicas, elétricas, táteis e acústicas. Estes sinais são usados em diferentes contextos ecológicos incluindo forrageamento, competição, defesa, interações sociais (e.g. corte), e também podem indicar uma condição, e estado emocional ou reprodutivo, ou a identidade do emissor do sinal. Para os mamíferos aquáticos o som é o meio de comunicação mais importante. A luz atenua rapidamente com a profundidade em ambientes aquáticos, limitando a comunicação visual. Todavia, a atenuação do som na água é baixa e ele viaja cerca de cinco vezes mais rápido na água do que no ar, o que o torna um meio de comunicação extremamente eficiente em baixo da água. Logo, o som é um aspecto fundamental da biologia dos cetáceos, já que estes animais dependem do som para comunicação, navegação e localização de presas. O gênero Sotalia compreende duas espécies que vivem em hábitats contratantes. O botocinza (Sotalia guianensis) que habita águas costeiras da Nicarágua ao sul do Brasil, e o tucuxi (Sotalia fluviatilis) restrito aos principais tributários da Bacia Amazônica. Enquanto que golfinhos do gênero Inia – popularmente conhecidos como botos-vermelhos – são encontrados exclusivamente nas Bacias dos rios Amazonas, Orinoco e Tocantins. Com ambos os seus estados de conservação como dados deficientes há grande demanda de informações quanto a sua biologia. Como fator-chave da biologia dos cetáceos a acústica pode nos prover uma riqueza de informações e ser usada como ferramenta para adquirir dados quanto ao uso de hábitat, números populacionais e comportamento. Entretanto, para fazê-lo, primeiro é necessário conhecer o repertório vocal das espécies em detalhe de forma que possamos diferenciá-las usando métodos acústicos. Portanto apresentamos aqui a primeira análise englobando toda a distribuição de golfinhos do gênero Sotalia e padrões geográficos e de diversidade de seus assobios. Além disso, apresentamos a primeira descrição do repertório vocal e de Inia araguaiensis focando na diversidade de repertório e em sua estrutura. O repertório de assobios de ambas as espécies de Sotalia é altamente estruturado, com populações da espécie fluvial apresentando um repertório menos diverso do que as populações da espécie costeira. Esta estruturação se dá provavelmente devido a áreas de vida pequenas e ao baixo fluxo gênico entre populações. As diferenças na riqueza entre o repertório destas espécies parecem estar relacionadas a uma combinação de fatores socio-ecológicos e evolutivos. Também apresentamos a primeira descrição do comportamento acústico do boto-o Araguaia (Inia araguaiaensis) e mostramos que eles possuem um repertório rico composto por assobios e principalmente chamados pulsados. Assobios foram produzidos raramente, um tipo específico de chamado, chamados curtos com dois componentes, foram o tipo de sinal mais comum durante nosso estudo. Estes chamados são similares em estrutura a aqueles produzidos por orcas (Orcinus orca) e baleias-piloto (Globicephala sp.). Devido ao contexto no qual estes sinais foram produzidos, nós hipotetizamos que eles podem funcionar para a comunicação ente mãe e filhote. Sotalia e Inia podem ser distintos acusticamente baseados em seus sons sociais, já que o primeiro tem um repertório baseado em assobios e o último em chamados pulsados. A baixa emissão de assobios por Inia faz com que a chance de identificação errônea seja baixa. Logo, sons 14 de ambos os gêneros podem ser usados para distingui-los durante monitoramentos acústicos passivos e podem servir como ferramentas para determinar a presença destas espécies em estudos de distribuição, uso de hábitat e abundância.
Sensory systems are vital for animals to obtain information about their surroundings. Information can be gathered via visual, chemical, electrical, tactile and acoustic cues. These cues are used in several ecological contexts including foraging, competition, defense, social interactions (e.g. courtship behavior), and to indicate a condition, emotional or reproductive state or identity of the signal emitter. For aquatic mammals, sound is the most important mechanism of communication. Light attenuates rapidly with depth in aquatic environments limiting visual communication. In contrast, sound has low attenuation in water and it travels about five times faster in water than in air, making a very efficient way to communicate underwater. Therefore, sound is a fundamental aspect of cetacean biology, as these animals rely on acoustic signals for communication, navigation and location of prey. The genus Sotalia consist of two species that inhabit contrasting habitats. The Guiana dolphin (Sotalia guianensis) inhabits the coastal waters from Nicaragua to Southern Brazil, and the tucuxi (Sotalia fluviatilis) is confined to the main tributaries of the Amazon Basin. Meanwhile, river dolphins of the genus Inia - commonly known as botos - are found exclusively in the Amazon, Orinoco, and Tocantins River Basins. With their conservation status of both genera as data deficient there is great demand for information on their biology. As a key factor on cetacean biology acoustics can provide us with a richness of information and used as a tool to acquire data on habitat use, population numbers and behavior. However, in order to do so, first one needs to know the species vocal repertoire in detail and be able to differentiate those using acoustic methods. Thus, here we present the first distributionwide analysis of the vocal repertoire of Sotalia dolphins and diversity and geographical patterns of their whistles. In addition, we present the first description of the vocal repertoire of Inia araguaiaensis focusing on repertoire diversity and structure. The whistle repertoire of both Sotalia species is highly structured, with populations of the riverine species showing a less diverse whistle repertoire than the populations of the coastal species. The highly structured repertoire is likely due to the small home ranges and low gene flow among populations. Differences in the richness of the acoustic repertoire between both species, may be due to a combination of socioecological and evolutionary factors. We also provide the first description of the Araguaian boto (Inia araguaiensis) acoustic behavior and showed that they have a rich acoustic repertoire consisting of whistles and primarily pulsed calls. While whistles were produced rarely, a specific type of call, the short two-component calls were the most common signal emitted during the study. These calls were similar in acoustic structure to those produced by orcas (Orcinus orca) and pilot whales (Globicephala sp.). Because of the context at which these signals were produced, we hypothesize that they possibly play a role in mother-calf communication. Sotalia and Inia can be acoustically distinguished based on their social sounds, as the former has a repertoire based on whistles and the latter based on pulsative calls. With the low emission rate of whistles by Inia, so chances of misidentification are low. Thus, sounds of both genera can be used to distinguish them from one another during passive acoustic monitoring and serve as proxies for species presence in studies of distribution, habitat use, and abundance.

Comparative neuroanatomy studies have helped us see the major structures and similarities between mammals, and allowed for the confirmations of hypotheses via direct observation. Variety in brain specialization can be seen in Cetartiodactyla, between the terrestrial artiodactyls and aquatic cetaceans. Compared to the primate brain, adapted to grasp using articulated fingers with opposable thumbs, the pure quadrupedal locomotion of ungulates and the absence of articulated movements in the limbs of cetaceans most certainly shows variations in the related brain areas. From this principle, the study of the brain of the swine, bovine, sheep or any other cetartiodactyl can help understand the basic organization coding the brain of mammals. Some species have been used more than others among cetartiodactyls. The sheep Ovis aries has been the subject of a fair amount of cytoarchitectural studies and functional investigations of the cortex, but also the hypothalamus. Other more exotic terrestrial species like the giraffe Giraffa camelopardalis, have much more rarely had their brain thoroughly studied and published. For this reason we studied the cortical folding of the giraffe brain, its brain weight and encephalization quotient (EQ), and we reviewed the literature concerning its encephalon as far as 1839. This showed that, although a relatively very small absolute number of specimen have been collected over the years, the giraffe brain was quite typical of ungulates, with a deep gyrification, and an absolute weight of 720 g. The brain of the swine Sus scrofa received comparatively little attention, regarding even basic data. To provide weighed data on the brain of the pig, we weighted the brain of 48 animals to reach a robust value for the average brain weight of the domestic swine a different age categories. The average adult brain weight was 135 g, which was compared to the literature, as well as published EQs. The relatively low EQ (0.38) could be related to the domestication and heavy breeding that meat production necessitated to improve body weight. One of the findings of the cyctochemical exploration of the mammalian brain is the existence of sexually dimorphic structures. Groups of cells were found to be much larger in volume or cell number in the brain of males or females. Although their precise function is still unknown, most of them are directly involved in reproduction behaviors. Hormones have a crucial role in shaping the developing brain, and in particular androgens. The effects of male and female steroids on the development of the brain and its sexual differentiation can be put in perspective in the study of intersex freemartin bovines. During twin pregnancy of a bovine with a male and a female fetus, male sexual hormones circulating during intrauterine development in the female fetus can masculinize its genital apparatus and alter its phenotype, resulting in an intersex animal. We investigated the hypothalamus cytoarchitecture of freemartin heifers and compared them to male and female hypothalami. We found sex differences between male and female suprachiasmatic (SCN) and vasopressin-oxytocin containing (VON) nuclei. Moreover, the freemartin hypothalamus showed differences more complex than a simple masculinized female brain. While the VON was in size and cell count between male and female values, the SCN of freemartins was larger than both males and females. Using modern multivariate statistical methods, we also investigated the cytoarchitecture of male, female and freemartin cerebellar cortex. We found differences among cellular layers in size, regularity and density of the cells, across sex categories, showing that a multivariate multi-aspect approach can yield valuable results at the cellular level for large cohorts, and that a multi-disciplinary team can produce finer studies.
La neuroanatomia comparata consente di caratterizzare le strutture nervose mettendo in luce le somiglianze e le differenze tra i mammiferi. Un aspetto interessante di questo studio comparato riguarda il cervello dei Cetartiodattili sia terrestri (artiodattili) sia marini (cetacei) in cui la locomozione quadrupedale degli ungulati e l'assenza di movimenti articolati nell’arto dei cetacei mostrano variazioni morfologiche rispetto ai primati nelle aree cerebrali correlate i quali presentano un arto specializzato con dita articolate e pollici opponibili capaci di afferrare oggetti molto piccoli con precisione. Da questo punto di vista uno studio neuroanatomico dell’encefalo di artiodattili come il suino, il bovino e la pecora può aiutarci a comprendere l'organizzazione della citoarchitettura nei diversi mammiferi. La pecora Ovis aries come modello animale è stata oggetto di una discreta quantità di studi anatomici e indagini funzionali sul ruolo della corteccia cerebrale e dell'ipotalamo. Altre specie di artiodattili terrestri come la giraffa Giraffa camelopardalis, sono state meno studiate e sono rare le pubblicazioni che ne hanno studiato il cervello. Per questo motivo, uno degli obiettivi di questa tesi è stato quello di caratterizzare le circonvoluzioni corticali dell’encefalo della giraffa, valutare il suo peso ed il suo quoziente di encefalizzazione (EQ). I risultati hanno permesso di affermare che il cervello della giraffa presenta caratteristiche comuni a quelle degli altri ungulati con una notevole girificazione e un peso medio di 720 g. Un altro obiettivo è stato quello di analizzare l’encefalo del suino Sus scrofa. Per ottenere risultati significativi, abbiamo pesato il cervello di 48 animali appartenenti a diverse categorie di età. Il peso medio del cervello adulto è risultato di 135 g. L'EQ relativamente basso (0,38) ottenuto da questo mammifero potrebbe essere spiegato con le esigenze di produzione spinta che l'allevamento intensivo comporta, incrementando la selezione di animali sempre più pesanti. Uno degli aspetti molto studiati in questi ultimi anni da un punto di vista neuroanatomia riguarda la caratterizzazione delle aree sessualmente dimorfiche nell’encefalo dei mammiferi. Il bovino Bos taurus rappresenta un modello interessante per lo studio dei dimorfismi cereberali perché questo mammifero possiede un cervello grande, altamente convoluto, una gravidanza di 9 mesi. Inoltre in questa specie si manifesta la sindrome del freemartinismo. Tale sindrome si presenta perchè durante la gravidanza gemellare di un feto maschile e uno femminile, gli ormoni maschili del maschio a causa della anastomosi plaecentare circolano nel feto femminile mascolinizzando. Così il feto femmina è un individuo intersesso interessante perché il suo cervello femminile si è sviluppato naturalmente in un ambiente ormonale maschile. L’obiettivo che ci siamo posti è stato quello di studiare la citoarchitettura dell'ipotalamo di giovenche freemartin e confrontare i dati ottenuti con quelli analizzati nell’ipotalamo di bovini maschi e femmine. Questo studio ci ha permesso di caratterizzare i dimorfismi sessuali tra maschili e femminili presenti nel nucleo suprachiasmatico (SCN) e nel nucleo contenete vasopressina-ossitocina (VON). L’ipotalamo dei freemartin mostrava per quanti riguarda il nucleo VON valori intermedi in termini di dimensioni e numero di cellule tra i valori maschili e femminili. Il SCN dei freemartins è risultato più grande rispetto a quello dei bovini maschi e femmine. Un ulteriore obiettivo è stato quello di studiare la morfologia della citoarchitettura della corteccia cerebellare tra bovini maschi, femmine e freemartin. Applicando un metodo statistico multivariato e multi-aspetto, abbiamo caratterizzato le differenze di genere tra gli strati del cervelletto in termini di dimensioni, regolarità e densità delle cellule.

La sous-famille des Suinae est largement répandue en Afrique au Plio-Pléistocène et a été abondamment utilisée pour corréler biochronologiquement les sites à hominidés en se basant sur l'évolution morphologique rapide des troisièmes molaires dans différentes lignées. À partir d'un échantillon important de suinés africains actuels, les schémas de variation morphologique crânio-mandibulaire et dentaire sont quantifiés par morphométrie géométrique. Ce référentiel actuel sert à estimer la variabilité morphologique dans le registre fossile. La révision de la paléobiodiversité du genre Kolpochoerus (le suiné plio-pléistocène le plus abondant) dans les bassins du Turkana et de l'Awash s'appuie sur l'étude anatomique et morphométrique de matériels publié et inédit découverts dans la basse vallée de l'Omo (formation de Shungura) et dans la vallée moyenne de l'Awash en Éthiopie. Une nouvelle espèce fossile est décrite, les trajectoires évolutives au sein de chaque espèce sont quantifiées, et les interprétations biostratigraphiques sont révisées. Les liens de parenté au sein du genre Kolpochoerus sont décrits grâce à l'analyse cladistique. L'étude de la paléoécologie des suinés africains est basée sur l'anatomie comparée et la biogéochimie des isotopes stables (carbone et oxygène). Les suinés fossiles présentent une gamme de taille importante, ainsi que des régimes alimentaires et des habitats variés. Les nouvelles connaissances acquises sur leur biodiversité, leur phylogénie, et leur écologie permettent de proposer une histoire paléobiogéographique des Suinae en Afrique
The subfamily Suinae is widespread in Plio-Pleistocene deposits in Africa, and was heavily used as a biochronological tool to correlate hominid-bearing sites based on the rapid morphological evolution of third molars in different lineages. A large sample of extant African suines enables to quantify patterns of variation in cranio-mandibular and dental morphology using geometric morphometrics. This modern referential is used to estimate the morphological variability in the fossil record. Revision of the paleobiodiversity of the genus Kolpochoerus (the most abundant Plio-Pleistocene suine) in Turkana and Awash basins is based on anatomical and morphometric studies of published and unpublished material discovered in the Lower Omo Valley (Shungura Formation) and in the Middle Awash Valley in Ethiopia. A new fossil species is described, evolutionary trajectories within each species are quantified, and biostratigraphic interpretations are revised. Phylogenetic relationships within the genus Kolpochoerus are described by the cladistic analysis. Paleoecological study of African suines is based on comparative anatomy and stable isotopic biogeochemistry (carbon and oxygen). Fossil suines display a wide range of body size, as well as various diets and habitats. The new results produced regarding their biodiversity, phylogeny, and ecology, enable to reconstruct a paleobiogeographic history of Suinae in Africa

Os golfinhos do gênero Tursiops distribuem-se em zonas tropicais e temperadas de todos os oceanos. No Oceano Atlântico Sul Ocidental (ASO) distribuem-se do estado do Pará, Brasil até a Província de Chubut, Argentina. Historicamente, o status taxonômico do gênero é bastante confuso e de difícil resolução. Muitas espécies para o gênero Tursiops já foram descritas, porém, atualmente existem três espécies reconhecidas: Tursiops aduncus, Tursiops australis e Tursiops truncatus. Estudos recentes sugerem a existência da espécie Tursiops gephyreus Lahille 1908 para o Atlântico Sul. Neste estudo, apresentamos a caracterização morfológica dos complexos tímpano-periótico de espécimes do gênero Tursiops ocorrentes no Sul do Brasil, Uruguai e Argentina.

Submitted by Camila Brandão Seabra null (cah_brandao@hotmail.com) on 2018-03-17T20:03:34Z No. of bitstreams: 1 Dissertação Camila_ versão FINAL.pdf: 2400383 bytes, checksum: 5a0565b074f6f5c5b438fa06ae1b821e (MD5)
Rejected by Disleide Silvia Valerio Gounella null (disleide@clp.unesp.br), reason: Boa tarde. Favor fazer as seguintes alterações e inclusões: - alterar o título do arquivo, o mesmo deve ter o nome do trabalho; - Incluir palavras chaves em inglês; - Incluir resumo em inglês. Qualquer dúvida, entre em contato. abs. Disleide Silvia Valerio Gounella Bibliotecária CLP - São Vicente Fone: (13)3569-7154 Mailto: disleide@clp.unesp.br skype: disleidesilviavaleriogounella on 2018-03-19T20:13:46Z (GMT)
Submitted by Camila Brandão Seabra null (cah_brandao@hotmail.com) on 2018-03-20T15:13:01Z No. of bitstreams: 1 Helmintos gastrointestinais de toninha, Pontoporia blainvillei..pdf: 2400383 bytes, checksum: 5a0565b074f6f5c5b438fa06ae1b821e (MD5)
Rejected by Disleide Silvia Valerio Gounella null (disleide@clp.unesp.br), reason: boa tarde. O arquivo com o nome do título do trabalho não está aparecendo corretamente. Em alguns lugares aprece como"dissertação de mestrado". Favor alterar. abs. Disleide on 2018-03-20T19:19:11Z (GMT)
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Rejected by Disleide Silvia Valerio Gounella null (disleide@clp.unesp.br), reason: Bom dia. Por favor, coloque as palavras chaves em português e depois em inglês, mesmo que os termos se repitam; Não estou conseguindo abrir o arquivo com o texto da dissertação, favor, retira-lo e inseri-lo novamente. Tirar o nome "dissertação:" do nome do arquivo. Deixar somente o título do trabalho. abs. Disleide Silvia Valerio Gounella Bibliotecária CLP - São Vicente Fone: (13)3569-7154 Mailto: disleide@clp.unesp.br skype: disleidesilviavaleriogounella on 2018-03-26T14:54:25Z (GMT)
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As infecções parasitárias são muito comuns em mamíferos marinhos e o estudo da helmintofauna em cetáceos tem sido utilizado como uma ferramenta para determinar aspectos biológicos e ecológicos dos hospedeiros, entre eles a definição de nichos, rotas de dispersão, hábitos alimentares e diferenciação de estoques populacionais. A toninha, Pontoporia blainvillei, pequeno cetáceo endêmico do Atlântico Sul Ocidental tem como principal causa de mortalidade em toda sua área de distribuição a captura acidental. O trato gastrointestinal de 87 toninhas, coletados de carcaças provenientes de captura acidental ou encalhe, no período de 2005 a 2017, no litoral de São Paulo foram analisados para identificar as espécies componentes da fauna parasitária gastrointestinal e avaliar variações nos níveis de infecção conforme o sexo, fase de desenvolvimento, sazonalidade e área de distribuição dos hospedeiros. Foram coletados 4.171 espécimes de helmintos, classificadas em cinco espécies: Anisakis sp. (Nematoda: Anisakidae); Andracantha sp., Bolbosoma turbinella, Corynosoma cetaceum (Acanthocephala: Polymorphidae), e Synthesium pontoporiae (Trematoda: Brachycladiidae). Os helmintos C. cetaceum, exclusivo do estômago e S. pontoporiae, encontrado tanto no estômago quanto no intestino apresentaram os maiores índices parasitológicos, enquanto as outras três espécies foram consideradas raras devido aos baixos índices parasitários. Houve diferença significativa na carga parasitária apenas para as fases de desenvolvimento, na qual indivíduos adultos e juvenis apresentaram maiores índices parasitológicos do que indivíduos filhotes. Os índices parasitológicos não variaram significativamente entre os sexos, sazonalidade ou área de distribuição dos hospedeiros. A comunidade parasitária componente do trato gastrointestinal de P. blainvillei no litoral de São Paulo difere parcialmente daquela descrita anteriormente, compreendendo duas espécies: Corynosoma cetaceum (Acanthocephala: Polymorphidae) e Synthesium pontoporiae (Digenea: Brachycladiidae). As espécies Anisakis sp., Bolbosoma turbinella e Andracantha sp. consistem em infecção acidental por ingestão de presa infectada e, portanto, não fazem parte da fauna parasitária do hospedeiro nesta área de estudo. Foram observadas variações de comprimento e forma em 18% (n= 377) dos helmintos Synthesium pontoporiae coletados, tratando-se de espécimes sexualmente maduros com tamanho inferior e superior ao descrito para a espécie. São necessários estudos moleculares para complementar a investigação sobre as causas da diferenciação de Synthesium pontoporiae em três morfotipos distintos no litoral de São Paulo, Brasil.
Parasitic infections are very common in marine mammals and the study of helminthfauna in cetaceans has been used as a tool to determine biological and ecological aspects of the hosts, as the definition of niches, dispersal routes, feeding habits and differentiation of population stocks. The franciscana dolphin, Pontoporia blainvillei, is a small cetacean endemic to the Western South Atlantic, beeing the bycath events the main cause of mortality throughout its distribution area. The gastrointestinal tract of 87 franciscanas, collected from carcasses from bycatch or stranding, from 2005 to 2017, in the coast of São Paulo were analyzed to identify the component species of parasitic gastrointestinal fauna and to evaluate variations in levels of infection according to sex, stage of development, seasonality and range of the hosts. A total of 4,171 specimens of helminths were collected and classified into five species: Anisakis sp. (Nematoda: Anisakidae); Andracantha sp., Bolbosoma turbinella, Corynosoma cetaceum (Acanthocephala: Polymorphidae), and Synthesium pontoporiae (Trematoda: Brachycladiidae). The helminths C. cetaceum, exclusive to the stomach and S. pontoporiae, found in both, stomach and intestine, presented the highest parasitological indexes, while the other three species were considered rare due to the low parasitic indexes. There was a significant difference in parasite load only for the developmental stages, in which adult and juvenile individuals had higher parasitological indexes than calves. Parasitological indices did not vary significantly between the sexes, seasonality or range of the hosts. The parasite community component of the gastrointestinal tract of P. blainvillei on the São Paulo coast differs partially from that described previously, comprising two species: Corynosoma cetaceum (Acanthocephala: Polymorphidae) and Synthesium pontoporiae (Digenea: Brachycladiidae). The species Anisakis sp., Bolbosoma turbinella and Andracantha sp. consists of accidental infection by ingestion of infected prey and, therefore, are not part of the host parasitic fauna in this area of study. Length and shape variations were observed in 18% (n= 377) of the collected Synthesium pontoporiae parasites, being sexually mature specimens with inferior and superior sizes to those described for the species. Molecular studies are needed to complement the research on the causes of the differentiation of Synthesium pontoporiae in three distinct morphotypes in the coast of São Paulo.

Submitted by Gizele Lima (gizele.lima@inpa.gov.br) on 2016-08-24T14:52:05Z No. of bitstreams: 2 9 Dissertação Lucas Lara.pdf: 3578142 bytes, checksum: 6760f20c378431913428d900249ae51e (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5)
Made available in DSpace on 2016-08-24T14:52:05Z (GMT). No. of bitstreams: 2 9 Dissertação Lucas Lara.pdf: 3578142 bytes, checksum: 6760f20c378431913428d900249ae51e (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Previous issue date: 2016-05-06
Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES
Despite the large number of bone changes for cetaceans, there are few records about Inia spp. genre. When evaluating skull bone changes several osteological changes were observed in 63.8% of the total sample analyzed. Among the morphological changes we observed the presence of the third condyle; deviation of the rostrum; prognatism and bragnatism. Traumatic changes were also observed. Pathological changes, although less frequent, were also observed, cases of osteomyelitis; osteolysis; bone degeneration in the mandibular condyle; osteoarthritis; osteoarthroses and hyperostosis were observed. When examining teeth, there was a variation of 22 to 35 teeth per branch. The heterodontia was observed, having 2 types of teeth: cone type and molariform type. Were found fractured teeth and teeth with dental wear. Dentres dental pathological changes were found dental calculus (DC), similar caries lesions (SCL) and dental corrosion. Among the development changes were found ossification of the alveoli, pearl enamel, double root, pairs of adjacent teeth and supernumerary teeth. In assessing the relationship between the deviation of the rostrum and medium tooth wear, by the geometric morphometric three-dimensional, where after the analysis performed, there was no statistically significant relationship between the two factors, demonstrating that the diversion of the rostrum and the average wear of the teeth Inia spp. gender show a weak relationship in this study.
Apesar do grande número de relatos de alterações ósseas para cetáceos, há poucos registros acerca do gênero Inia spp. Ao avaliar as alterações ósseas sincranianas foram observadas diversas alterações osteológicas em 63,8% do total analisado. Dentre as alterações morfológicas observadas estavam a presença do terceiro côndilo; desvio do rostro; prognatismo e bragnatismo. Alterações traumáticas também foram observadas. Alterações patológicas, embora menos frequentes, também foram observadas, sendo encontrados casos de osteomielite; osteólise; degenerações ósseas no côndilo mandibular; osteoartrite; osteoartrose e hiperostose. Ao analisar os dentes, houve uma variação de de 22 a 35 dentes por ramo. A heterodontia foi observada, possuindo dentes do tipo cone e do tipo molariforme, sendo encontrado dentes fraturados, com desgastes dentários. Dentres as alterações patológicas dentárias, foram encontradas cálculo dentário (CD), lesões semelhantes à cárie (LSC) e corrosões dentárias. Dentre as alterações de desenvolvimento das arcadas, foram encontradas ossificação do alvéolo e nos dentes pérola de esmalte, raiz dupla, pares de dentes adjacentes e dentes supranumerários. Na avaliação da relação entre o desvio de rostro e desgaste dentário médio utilizou-se a morfometria geométrica tridimensional, onde após as análises realizadas, não foi observada relação estatisticamente significante entre os dois fatores, demonstrando que o desvio de rostro e o desgaste médio dos dentes nos exemplares do gênero Inia spp. analisados neste estudo apresentam uma fraca relação.

Os golfinhos do gênero Tursiops distribuem-se em zonas tropicais e temperadas de todos os oceanos. No Oceano Atlântico Sul Ocidental (ASO) distribuem-se do estado do Pará (0,604⁰S; 47,540⁰W), Brasil até a Província de Chubut (43,330⁰S; 65,050⁰W), Argentina. Historicamente, o status taxonômico do gênero é bastante confuso e de difícil resolução. No passado, novas espécies eram comumente definidas com base em pequenas variações morfológicas ou até mesmo estruturas incompletas, sem considerar possíveis variações individuais e ontogenéticas. Assim, mais de 20 espécies nominais foram descritas até o inicio do século XX para Tursiops. Embora estudos recentes sugiram o reconhecimento de mais uma espécie no Sul/Sudeste da Austrália, T. australis, a comunidade científica vem tratado com resistência esta questão e atualmente somente duas são correntemente aceitas (T. truncatus e T. aduncus). Para o ASO foram propostas duas subespécies: T. truncatus truncatus e T. truncatus gephyreus, as quais foram posteriormente sugeridas como espécies plenas: T. cf. truncatus e T. gephyreus. Neste estudo, apresentamos a redescrição morfológica dos espécimes ocorrentes no Sul do Brasil, Uruguai e Argentina, sugerimos a revalidação de Tursiops gephyreus Lahille 1908, outrora sinonimizada a T. truncatus para esta região e confirmamos a ocorrência de duas espécies de Tursiops no ASO.

Estimativas robustas de parâmetros populacionais de cetáceos são necessárias para a criação de estratégias de manejo e de conservação eficazes. Dentre os métodos comumente utilizados para estimar parâmetros demográficos, o método de captura e recaptura tem se destacado devido às suas vantagens e precisão. O objetivo deste estudo foi estimar parâmetros populacionais do boto-cinza, Sotalia guianensis, no estuário de Cananéia (25° 03\' S; 47° 55\' W), mediante o uso de modelos de captura-recaptura. O delineamento robusto de Pollock foi utilizado para estimar abundância, sobrevivência, emigração temporária e probabilidades de captura. Levantamentos de fotoidentificação sistemáticos foram conduzidos em três temporadas entre janeiro de 2015 e fevereiro de 2016. O modelo que melhor representou os dados mostrou uma população com sobrevivência constante, emigração temporária aleatória e probabilidades de captura com heterogeneidade variando no tempo e entre as estações. Foram estimados 430 (95% CI: 410-451) indivíduos no verão/2015; 384 (95% CI: 366-403) indivíduos no inverno/2015; e 414 (95% CI: 392-438) indivíduos no verão de 2016. A taxa de emigração temporária (γ\'\'=γ\') foi de 0,05 (± 0,03) e a estimativa de sobrevivência aparente foi de 0,86 (± 0,06). As probabilidades de captura variaram entre as temporadas e os períodos secundários, com valores médios de 0,24 (± 0,02) no verão de 2015; 0,34 (± 0,03) no inverno de 2015; e 0,24 (± 0,03) no verão de 2016. Esses resultados sugerem que as variáveis ambientais entre as estações do ano têm pouco efeito sobre o tamanho da população local, a qual se encontra em equilíbrio e utiliza uma área ainda protegida de ameaças à sua perpetuação.
Reliable estimates of cetacean population parameters are necessary for effective management and conservation strategies. Capture-recapture methods have been commonly used to estimate demographic parameters because of their advantages and accuracy under a set of assumptions. The aim of this study was to estimate population parameters of Guiana dolphins, Sotalia guianensis, in the Cananeia estuary (25°03\' S; 47°55\' W) using capture-recapture models. The Pollock\'s robust design was used to estimate abundance, survival, temporary emigration and capture probabilities. Systematic boat-based photo-identification surveys were conducted in three seasons between Jan/2015 and Feb/2016. The best fitting model showed a population with constant survival, random temporary emigration and heterogeneous time-varying capture probabilities. Population sizes were of 430 (95% CI: 410-451) individuals in summer of 2015, 384 (95% CI: 366-403) individuals in winter of 2015 and 414 (95% CI: 392-438) individuals in summer of 2016. Temporary emigration rate (γ\'\'=γ\') was 0.05 (± 0.03) and apparent survival estimate was 0.86 (± 0.06). Capture probabilities varied greatly among seasons and secondary periods with mean values of 0.24 (± SE 0.02) in summer of 2015, 0.34 (± SE 0.03) in winter of 2015 and 0.24 (± SE 0.03) in summer of 2016. These results suggest that environmental variables between seasons have little effect on the size of the local population, which is stable and uses an area that is still protected from threats.

Se considera que la tribu Lamini incluye 5 géneros de camélidos sudamericanos: Palaeolama, Hemiauchenia, Eulamaops, Lama y Vicugna. Los dos últimos géneros son vivientes y de los extintos no se conocía un esqueleto completo. En el presente estudio se describe y determina el primer camélido fósil más completo registrado en el Perú, proveniente de la Formación Ocucaje del Pleistoceno Superior, mediante un análisis morfológico y morfométrico comparativo con camélidos actuales y datos basados en la literatura. Debido a la ausencia de claves taxonómicas precisas para los camélidos, se revisó los caracteres frecuentemente usados en las determinaciones de camélidos fósiles y actuales y trabajados en una matriz mediante un análisis filogenético con el programa TNT versión 1.1. Además se buscó diferenciar el fósil nuevo de los conocidos mediante análisis morfométricos de medidas craneales y postcraneales con un análisis de componentes principales (ACP). Luego de la revisión de 59 caracteres, se obtuvo que sólo la forma, imbricación y raíz de los incisivos permiten diferenciar Vicugna del resto de camélidos. También que los caracteres como presencia del pm3, columnas accesorias y protoparaestílido ("llama buttress"), frecuentemente considerados para diferenciar Palaeolama y Hemiauchenia no son caracteres diagnósticos. El fósil aquí descrito fue determinado como Lama sp., por presentar los incisivos imbricados, forma espatulada y raíz cerrada, pero también porque Palaeolama y Hemiauchenia no presentaron caracteres diagnósticos que lo separen de Lama, optándose por el nombre genérico más antiguo, es decir Lama. Igualmente, se asignó la muestra a Lama sp. porque no existen caracteres que permitan diferenciar entre L. guanicoe, L. castelnaudi y L. glama. Se encontró que los caracteres métricos usados frecuentemente no permiten diferenciar entre las especies. Por tanto, se sugiere que una nueva revisión filogenética de los camélidos fósiles y actuales es urgente.
Tesis

Submitted by William Justo Figueiro (williamjf) on 2015-07-06T23:37:20Z No. of bitstreams: 1 10a.pdf: 1719495 bytes, checksum: 2ed1add8423e889edf7e44b9eb1498f1 (MD5)
Made available in DSpace on 2015-07-06T23:37:20Z (GMT). No. of bitstreams: 1 10a.pdf: 1719495 bytes, checksum: 2ed1add8423e889edf7e44b9eb1498f1 (MD5) Previous issue date: 2014-07
Nenhuma
A baleia-franca-austral (Eubalaena australis) foi alvo de grande exploração comercial entre os séculos XVII a XX no Hemisfério Sul. Estimativas recentes sugerem que a população mundial da espécie é de 12.000 indivíduos, o que representaria 17 a 21% do seu tamanho original. Apesar de aparente recuperação, o declínio drástico no tamanho da população, resultante dos 400 anos de atividade da caça, pode ter gerado altos níveis de endogamia, baixa capacidade reprodutiva e perda de variabilidade genética da espécie, podendo ter seu potencial adaptativo comprometido, aumentando assim a probabilidade de extinção. Frente ao exposto é de extrema importância a avaliação comparativa da variabilidade genética entre as populações atuais de E. australis e amostras representativas do período de caça, em especial no Brasil. Sendo assim, os objetivos deste estudo foram: I. Otimizar e comparar métodos de extração e amplificação de DNA antigo (aDNA) de ossos de baleia-franca-austral, em diferentes estados de degradação; II. Caracterizar geneticamente segmentos da região D-Loop do DNA mitocondrial (mtDNA) a partir de ossos de espécimes de E. australis coletados na Península Valdés na Argentina e em Santa Catarina no Brasil; e III. Comparar as sequências nucleotídicas da região recuperada nas amostras de aDNA com as descritas para as populações atuais. Este estudo comparou cinco métodos diferentes para obter material genético de amostras degradadas. O método de extração que mostrou ser mais eficiente foi o que continha o reagente Dextran Blue. Com a amplificação de 20 fragmentos curtos, obtidos pelo Nested-PCR, com clonagem e posterior sequenciamento, foi possível recuperar pequenos fragmentos, que variaram de 7 a 59 pb, da região D-Loop do mtDNA de 11 amostras de ossos de E. australis das 88 tentativas realizadas. Ao analisar o material recuperado com dados atuais da espécie, o programa Network 4.6 revelou uma rede contendo 19 haplótipos, sendo quatro haplótipos restritos as populações antigas e até então não descritos na literatura. Os resultados são preliminares e seus significados devem ser avaliados com muita cautela. Contudo, deve-se ressaltar que os quatro novos haplótipos encontrados podem sustentar a hipótese de uma maior diversidade haplotípica em E. australis quando a mesma era caçada comercialmente.
The Southern Right Whale (Eubalaena australis) was object of great commercial exploitation between the XVII and XX centuries in the Southern Hemisphere. Recent surveys suggest that the world’s population is of 12,000 specimens, which would represent 17% to 21% of its original size. Despite the supposed recovery, the drastic populational decline, resultant from 400 years of hunting activities, could have generated high levels of endogamy, low reproduction capacity and loss of genetic variability of the species, compromising their potential of adjustment, thus increasing their probability of extinction. Due to the exposed, it is of extreme importance the comparative evaluation of the genetic variability between the current E. australis population and representative samples from the hunting period, especially from Brazilian coast. Therefore, the purpose of this study was: I. To optimize and compare extraction and amplification methods of aDNA from Southern Right Whale’s bones in different stages of deterioration; II. To genetically characterize segments of the mtDNA’s D-Loop region from E. australis bones collected at Península Valdés in Argentina and Santa Catarina in Brazil, and III. To compare nucleotide sequences of the recovered region from aDNA samples with those described for the current populations. This study compared five different extraction methods in order to obtain genetic material from deteriorated samples. The extraction method containing Dextran Blue reagent showed the higher efficiency. With the amplification of 20 short fragments and overlapping of aDNA through Nested-PCR technique, and further cloning of the latter fragment, it was possible to sequence small fragments, varying from 7 to 59 pb, from the mtDNA’s D-loop region from 11 bones samples of E. australis, out of the 88 attempts performed. Analyzing the recovered material together with the updated data of the species, the Network 4.6 program revealed a network containing 19 haplotypes, 4 of them generated only with ancient population samples, which are new for the species. The results are still preliminary and their meanings should be evaluated with caution. However, it should be noted that the four new haplotypes found could support the hypothesis of a higher haplotype diversity in E. australis when it was hunted.

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior
O gênero Steno pertence à Ordem Cetartiodactyla, Família Delphinidae, e compreende apenas uma espécie: o golfinho-de-dentes-rugosos, Steno bredanensis. O golfinho-de-dentes-rugosos é encontrado nos Oceanos Atlântico, Pacífico e Índico, em águas profundas tropicais, subtropicais e temperadas quentes. Entretanto, em algumas localidades como as regiões Sudeste e Sul do Brasil, esta espécie é conhecida por apresentar hábitos costeiros, o que a torna suscetível a ameaças antropogênicas como a degradação do hábitat, as capturas acidentais e diversos tipos de poluição. Conhecer a magnitude destes impactos e o grau de diferenciação genética das populações usando marcadores moleculares são aspectos importantes para a conservação da espécie. Os marcadores moleculares são segmentos específicos de DNA que podem ou não fazer parte de um gene e que apresentam grau de polimorfismo adequado para responder questões sobre as relações genéticas de indivíduos, populações ou diferentes espécies. O DNA mitocondrial é um dos marcadores moleculares mais utilizados em estudos sobre estrutura populacional, sistemática e filogenia de cetáceos. Estudos genéticos têm mostrado que várias espécies de delfinídeos apresentam estrutura populacional genética, entre e dentro das bacias oceânicas. No presente estudo foi investigada a diferenciação genética do golfinho-de-dentes-rugosos usando sequências da região controle mitocondrial de várias localidades em todo o mundo (Oceano Pacífico Centro-Sul: N=59; Pacífico Tropical Leste: N= 4; Pacífico Noroeste: N=1; Oceano Índico: N=1; Atlântico - Caribe: N=3; Atlântico Sudoeste: N=44; N total = 112). Análises preliminares indicaram grande diferenciação genética entre os Oceanos Atlântico e Pacífico/Índico (distância p = 0,031), que foram posteriormente investigadas utilizando sequências do citocromo b e mitogenomas completos. As análises filogenéticas de Neighbor-Joining e Bayesianas não foram conclusivas sobre a existência de especiação críptica em Steno. No entanto, a grande diferenciação entre as bacias oceânicas merece uma análise mais aprofundada, utilizando outros marcadores genéticos (por ex., sequências nucleares) bem como dados morfológicos. Não obstante, as análises AMOVA e FST par-a-par revelaram forte diferenciação populacional, não só entre os oceanos Atlântico e Pacífico, mas também no Atlântico, onde foram detectadas três populações: Caribe, região Sudeste e região Sul do Brasil. As populações detectadas no Atlântico Sudoeste devem ser aceitas como Unidades de Manejo (Management Units, MU) e dados demográficos básicos precisam ser levantados para essas MU, a fim de possibilitar uma melhor avaliação dos impactos antrópicos sobre elas. Este estudo fornece a primeira perspectiva sobre a diferenciação genética mundial de S. bredanensis.
The genus Steno belongs to the Order Cetartiodactyla, Family Delphinidae, and comprises only one species: the rough-toothed dolphin, Steno bredanensis. The rough-toothed dolphin has a wide distribution range, being found in the Atlantic, Pacific and Indian oceans in tropical, subtropical and warm temperate deep waters. However, in some places like the Southeast and South regions of Brazil, this species is known to inhabit coastal areas, making it susceptible to anthropogenic threats such as habitat degradation, by-catch and various types of pollution. Estimating the magnitude of these impacts and determining the degree of genetic differentiation between populations through molecular markers are important aspects for species conservation. Molecular markers are specific DNA segments that may or may not be part of a gene and which have appropriate degree of polymorphism to answer questions about the genetic relationship of individuals, populations or different species. Mitochondrial DNA is one of the most widely used molecular markers in studies on the population genetics, systematics and phylogeny of cetaceans. Studies have shown that several delphinid species are genetically structured, both between and within ocean basins. We investigated genetic differentiation in the rough-toothed dolphin using mitochondrial control region sequences from several localities worldwide (N = 112). Preliminary analyses indicated large genetic differentiation between the Atlantic and Pacific/Indian Oceans, which were further investigated using complete cytochrome b sequences and mitogenomes. Phylogenetic analyses were inconclusive about the existence of cryptic speciation in Steno. Notwithstanding, AMOVA and FST analyses revealed strong population differentiation not only between the Atlantic and Pacific, but also within the Atlantic, where three populations were detected: Caribbean, Southeastern Brazil and Southern Brazil. We propose that those populations be considered Management Units for the species. Our results provide the first perspective about the worldwide genetic differentiation of S. bredanensis.

Made available in DSpace on 2016-08-29T14:10:51Z (GMT). No. of bitstreams: 1 tese_7664_Dissertação_Vitor_Final.pdf: 1174818 bytes, checksum: 0300366baa68e7c1e330b934456b6ee3 (MD5) Previous issue date: 2014-03-10
No presente estudo, foi avaliada a dieta e ecologia alimentar do boto-cinza (Sotalia guianensis) na região do Banco dos Abrolhos por meio da análise dos conteúdos estomacais de 42 indivíduos encalhados entre 2003 e 2012. As presas foram identificadas ao menor nível taxonômico por meio de estruturas rígidas (otólitos saggita e bicos de cefalópodes) e quantificadas em número, tamanho e biomassa. Os peixes ósseos foram as principais presas consumidas, seguidos por cefalópodes e crustáceos. Foram identificados 37 táxons sendo 33 peixes ósseos, dois cefalópodes e dois crustáceos. As principais presas identificadas foram I. parvipinnis, S. rastrifer, Bagre sp., Macrodon sp., T. lepturus, e Mugil sp. Foi observado um padrão ontogenético na dieta, de modo que, os juvenis consumiram presas menores e apresentaram uma dieta menos diversa que os adultos. A composição da dieta também apresentou um padrão sazonal. O peixe-espada (T. lepturus), as lulas (Loliginidae) e a pescada-foguete (I. parvipinnis) foram mais abundantes no verão; o bagre (Bagre sp.) e a tainha (Mugil sp.) predominaram no inverno/outono; já o cangoá (Stellifer sp.) e a pescadinha (Macrodon sp.) foram mais abundantes na primavera. Este estudo encontrou evidências que o boto-cinza possui uma estratégia alimentar generalista e oportunista na região estudada, já que, apresentou um amplo espectro alimentar, baixa dominância para a maioria das presas e uma alta variação da dieta entre os indivíduos. A classificação ecológica das presas revelou que os principais táxons consumidos são de origem demersal, ocorrem em fundos inconsolidados e utilizam o ambiente estuarino. Também houve grande contribuição de presas que emitem sons reforçando a hipótese que este golfinho também detecta suas presas por audição e/ou eletrorecepção passiva. Este estudo descreve pela primeira vez a dieta do boto-cinza na região do Banco dos Abrolhos além de abordar aspectos relevantes sobre a ecologia trófica da espécie tais como: ontogenia, sazonalidade, estratégia alimentar e variação individual.
In the present study the diet and feeding ecology of Guiana dolphin (Sotalia guianensis) from Abrolhos Bank region was investigated by analyzing the stomach contents of 42 stranding individuals, from 2003 to 2012. The food itens were identified at the minor taxonomic level by the prey hard structures (sagittal otoliths and cephalopod beaks) and also quantified by count, size and biomass. The bony fish were the mainly food resource of Guiana dolphin, followed by cephalopods and crustaceans. The overall diet was comprised by 37 prey taxa, being 33 bony fishes, two cephalopods and two crustaceans. The mainly consumed prey taxa were I. parvipinnis, S. rastrifer, Bagre sp., Macrodon sp., T. lepturus, e Mugil sp. The ontogenetic development of Guiana dolphin seems to affect their feeding patterns, so that, prey items consumed by juvenile dolphins were smaller and their diet less diverse compared to adult ones. The diet composition even showed a seasonal pattern as follow: cutlass fish (T. lepturus), squids and the shortfin-corvina (I. parvipinnis) were most abundant in the summer; catfish (Bagre sp.) and mullet (Mugil sp.) were most common in the winter/autumn and the star drum (Stellifer sp.) and king weak fish (Macrodon sp.) were predominant during spring. This study provides evidences of Guiana dolphin being a generalist and opportunistic forager in the studied region as it showed a wide feeding spectrum, low dominance for most preys and great diet variation between the individuals. Regarding the ecological classification, the mainly prey taxa of Guiana dolphin came from benthic demersal habitats, occur over soft bottom and present some estuarine dependency. Also was observed a great contribution of soniferous fishes to diet reinforcing the hypothesis that this small cetacean use audition or even passive electroreception to detect their prey. This study provides the first description of Guiana’s dolphin diet on Abrolhos Bank region and also gives important insights on feeding ecology of this specie as like: ontogeny, seasonality, feeding strategy and individual variation.

Orientador: Carolina Pacheco Bertozzi
Abstract: The Franciscana dolphin (Pontoporia blanvillei) is a small odontocete impacted by anthropic activities (bycatch, habitat degradation). The hormonal measurement in biological matrices (feces, urine, blubber, milk, saliva, blow) has been increasingly used in aquatic mammals for certain reproductive parameters. The present study validated the method of extraction and measurement of testosterone and progesterone in blubber kept in two different temperatures (-20°C and -196°C), besides correlating the hormone concentration with gender, sexual maturity, age, stage of development, body length and occurrence of pregnancy. The carcasses were collected from stranded and bycatch dolphins of the coast of São Paulo. Blubber samples were collected and frozen at -20°C (n=101) and -196°C (liquid nitrogen) (n=28). The extraction was performed with a method described in literature and the hormonal analyses were done by enzyme immunoassay for the two hormones. An analysis was performed on two units of hormone concentration (ng/g and ng/mg). The inter-assay coefficient of variation was 6.89% for progesterone and 1.67% for testosterone, the intra-assay coefficient of variation was 7.82% for progesterone and 3.29% for testosterone. The progesterone assay presented parallelism F1.5= 0.87, p= 0.45 and testosterone presented F1.5= 3.79, p= 0.11. The mean extraction efficiency was 66% for progesterone and 70% for testosterone. The method of extraction and hormonal analysis was feasible for Pontoporia ... (Complete abstract click electronic access below)
Resumo: A toninha (Pontoporia blanvillei) é um pequeno odontoceto impactado pelas atividades antrópicas (capturas acidentais, degradação de habitat). A dosagem hormonal em diferentes matrizes (fezes, urina, tecido adiposo, leite, saliva, borrifo) tem sido cada vez mais utilizada em mamíferos aquáticos para determinar parâmetros reprodutivos. O objetivo deste estudo foi validar o método de extração e mensuração de testosterona e progesterona em camada de gordura subcutânea de carcaças de toninha armazenadas em duas temperaturas (-20°C e -196ºC), além de correlacionar as dosagens com parâmetros de sexo, maturidade gonadal, idade, estágio de desenvolvimento, comprimento total e ocorrência de prenhez. As amostras foram colhidas de carcaças provenientes de encalhe e captura acidental do litoral de São Paulo. Foram colhidos fragmentos de gordura, armazenados em freezer a -20°C (n=101) e em nitrogênio líquido (-196ºC) (n=28). A extração hormonal foi realizada com modificações a partir do método descrito em literatura e a dosagem foi feita por enzimaimunoensaio para os dois hormônios. Os resultados das análises estatísticas foram expressos em duas unidades de concentração de hormônio (ng/g e ng/mg). O coeficiente de variação inter-ensaio foi de 6,89% para progesterona e 1,67% para testosterona, o coeficiente de variação intra-ensaio foi de 7,82% para progesterona e 3,29% para testosterona. Os resultados do paralelismo para o ensaio de progesterona foi F1,5 =0,87 e p=0,45 e para testosterona ... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo)
Mestre

Contaminantes orgânicos persistentes são defensivos agrícolas utilizados há muitos anos na agricultura, como pesticidas, para eliminar pragas nas lavouras, e na área da saúde, como controle de insetos transmissores de doenças. Além destes contaminantes existem os PCBs, que foram usados na indústria química. Organoclorados como são conhecidos, persistem na cadeia alimentar por serem lipofílicos, assim, fixam com facilidade no tecido adiposo, principalmente em mamíferos marinhos que possuem o blubber facilitando a permanência do contaminante no animal. A Pontoporia blainvillei, é um dos menores cetáceos que habita as águas do Atlântico Sul da América do Sul. Espécie endêmica e de hábitos costeiros recebe fortes impactos antrópicos através da captura acidental e de possíveis descargas de contaminantes vindos de dejetos industriais, urbanos e rurais. Neste intuito, analisaram-se organoclorados quantitativamente em gorduras de 28 exemplares de toninhas, encontradas encalhadas ou capturadas acidentalmente por atividades pesqueiras, ao longo da Costa do Litoral norte do Rio Grande do Sul. A técnica usada foi a de Cromatografia a Gás com Detector de elétrons. Nos resultados esperados, apresentaram compostos organoclorados em quase todas as amostras, com exceção de GEMARS 0828 que apresentou apenas o PCB 28 e o GEMARS 1234 que apresentou o pp-DDT. Os valores mínimos e máximos (unidade em ppb) dos respectivos compostos foram os seguintes: ΣPCB 1183.44 > ΣDDT 417.23> Beta HCH 285.26 > Heptacloro 222.2 > dieldrin 218.01 > gama HCH 168.06 > mirex 87.29 > HCB 31.28. Na análise temporal apresentou um leve aumento dos contaminantes, mostrando que provavelmente ainda está havendo o uso, mesmo que em pequenas doses, dos compostos PCBs, dieldrin, Lindano e Heptacloro. A toninha, por ser espécie suscetível a atividades antrópicas, por causa de sua distribuição costeira e restrita, está listada no Apêndice II do CITES e em outros Planos de Ação para Cetáceos: é listada como “Vulnerável” na IUCN (Red List of Threatened Species) (IUCN, 2011); A Pontoporia blainvillei, também consta no Plano de Ação Nacional para a Conservação do Pequeno Cetáceo-Toninha (Pontoporia blainvillei) como “Em Perigo” (ICMBIO, 2010). Além de constar na Lista Nacional das Espécies da Fauna Brasileira Ameaçadas de Extinção, na categoria de, “Em Perigo”, nos Estados de Espírito Santo, Paraná e Santa Catarina, e como “Vulnerável” nos Estados de São Paulo, Rio de Janeiro e Rio Grande do Sul (ICMBIO, 2012). Entretanto, a população da toninha do litoral norte do Rio Grande do Sul possui algumas peculiaridades como a dieta e a variação da temperatura da água, e possivelmente, atuem no aumento da taxa metabólica, consequentemente, esta população consiga eliminar com mais eficiência organoclorados que possuem maior lipofilicidade. Portanto, esta espécie necessita de cuidados especiais, sendo indispensáveis estudos referentes a impactos negativos que atuem direta ou indiretamente na população.

Tese (doutorado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro Tecnológico, Programa de Pós-Graduação em Engenharia Ambiental, Florianópolis, 2012.
Made available in DSpace on 2013-12-05T22:14:32Z (GMT). No. of bitstreams: 1 320096.pdf: 1478307 bytes, checksum: 55d438c1199b085f1cc3b18f2c75d649 (MD5) Previous issue date: 2012
O entendimento das relações entre espécies e variáveis ambientais requer o conhecimento dos fatores que influenciam nos padrões de distribuição das populações. A costa sul brasileira é um importante local de concentração reprodutiva para a baleia franca austral Eubalaena australis (Desmoulins, 1822) (Cetartiodactyla, Balaenidae) que, atualmente, apresenta crescimento populacional e variabilidade do número de indivíduos que migram, anualmente, para este local. Foram investigadas as hipóteses de que os fatores ambientais e oceanográficos ENSO (El Niño Southern Oscilation), TSM (Temperatura Superficial do Mar), declividade da plataforma e quantidade de baías presentes na linha de costa, influenciam na variabilidade interanual do número de indivíduos e, também, determinam agrupamentos em áreas específicas. Para as análises, foram utilizados dados de número e localização de baleias francas, avistadas através de helicóptero, entre 27.4 e 30.4°S. Inicialmente, foi analisado o padrão de distribuição espacial da população, através de mapas de estimativa de densidade. Foram testadas correlações entre a variabilidade interanual do número de baleias francas e o ENSO. Modelos Aditivos Generalizados (MAGs) foram utilizados para testar relações não-lineares entre baleias francas e as variáveis TSM, índice de embaiamento da costa, declividade da plataforma e latitude. A análise do padrão de distribuição espacial indicou grande concentração de indivíduos nos arredores de Imbituba e Cabo de Santa Marta (28.2 e 28.4°S). Entre as correlações testadas com baleias francas e o ENSO, foi significativa a 0.05, apenas para o índice Nino4, no período de alimentação, com seis anos de atraso temporal. Os MAGs indicaram maior número de baleias francas nos arredores de 28.6°S, TSM entre 15 e 18°C, locais com maior número de baías e maior declividade da plataforma, indicando a importância destes fatores na escolha de habitats pelas baleias francas na costa sul brasileira.

Abstract : Knowledge of the relationships between species and environmental variables requires understanding the factors influencing the distribution patterns of populations. The Southern Brazilian coast is an important reproductive and calving site for Southern right whale Eubalaena australis (Desmoulins, 1822) (Cetartiodactyla, Balaenidae), which currently shows population growth, and variability in the number of individuals migrating, annually, to this area. This study investigated the hypothesis that the environmental and oceanographic factors ENSO (El Niño Southern Oscillation), SST (Sea Surface Temperature), shelf slope and amount of bays, influence southern right whales concentrating in specific areas, as well as the interannual variability in the number of individuals. Right whales data consisted of number and localization of individuals, sighted through helicopter expeditions between 27.4° and 30.4°S. Firstly, the population spatial distribution was analyzed through density estimative maps. Relationships between interannual variability in the number of right whales and ENSO were tested using nonparametric methods. Generalized Additive Models (GAMs) were applied for testing nonlinear relationships between right whales and the covariates SST, shoreline embayment index, shelf slope and latitude. Spatial distribution analysis showed higher concentration of right whales between Imbituba and Santa Marta Cape, which is a region characterized by cooler waters, many bays and higher shelf slope. Among the correlations tested between ENSO and right whales, it was significant at 0.05 only for the Nino4 index, on the feeding season, within a six years lag. GAMs results showed higher number of right whales around 28.5°S, SST between 15 and 18°C, higher number of bays and higher shelf slope, highlighting the importance of these environmental factors for habitat selection in right whales on the Southern Brazilian coast.

Publicación a texto completo no autorizada por el autor
Determina la presencia de anticuerpos contra Toxoplasma gondii en algunos animales silvestres en cautiverio de los ordenes Carnivora, Primates, Perissodactyla, Cetartiodactyla y Rodentia, así como identificar los factores de riesgo que intervienen en su presentación; estableciendo el rol que cumplen felinos domésticos (Felis silvestris f. catus) y roedores del género Rattus sp. libres en el centro en cautiverio en la transmisión del parásito. El trabajo se desarrolló en el zoológico del Patronato del Parque de las Leyendas, distrito de San Miguel, Lima Metropolitana. Se muestrearon 332 animales silvestres pertenecientes al orden Carnivora (75), Primates (71), Perissodactyla (32), Cetartiodactyla (134) y Rodentia (20); así como de 41 felinos domésticos libres que deambulan en el centro y 124 roedores del genero Rattus capturados mediante el uso de trampas de captura viva tipo Tomahawk. Muestras sanguíneas fueron colectadas de animales silvestres a través de la punción de la vena braquial, yugular, o femoral, usando vacutainers; en el caso de los felinos domésticos libres se obtuvo por medio de la punción de la vena cefálica y en roedores del género Rattus se obtuvo sangre mediante punción intracardiaca previa anestesia inhalatoria con cloroformo y posteriormente fueron sacrificados mediante sobredosis de entobarbital. La sangre obtenida fue colectada en crioviales y transportada al Laboratorio Parasitología de la Facultad de Medicina Veterinaria de la Universidad Nacional Mayor de San Marcos (FMV-UNMSM) para su almacenamiento y posterior análisis serológico. Paralelamente, se colectaron muestras de cerebro, corazón, hígado y diafragma de los roedores (Rattus), las mismas que fueron fijadas en formalina tamponada al 10% y procesadas para la obtención de cortes histológicos teñidos con Hematoxilina-Eosina (HE) y sometidos a análisis inmunohistoquímico a fin de identificar estructuras con inmunopositividad a T. gondii. Para el diagnóstico serológico se utilizó la técnica de Hemaglutinación Indirecta, preparando diluciones de 1:64 a 1:2048, considerando en felinos, roedores y animales silvestres, como positivo títulos mayores o iguales 1/64. Se determinó anticuerpos (IgG, IgM) mediante el uso del 2-Mercaptoetanol para determinar una infección aguda o crónica. Para la evaluación de los factores de riesgo fueron consideradas las variables Orden (Carnivora, Primates, Perissodactyla y Rodentia), sexo (hembra y macho), tiempo en la institución (<5 años, 6 a 10 años, > 10 años) y exhibición de recinto (abierto y cerrado). Asimismo se obtuvo información concerniente en Rattus sp. (parámetros morfométricos, edad estimada y sexo) y Felis silvestris f. catus (edad, sexo). Con la información obtenida se creó una base de datos donde fueron adicionados los resultados serológicos con el objeto de interrelacionarlos y validarlos estadística y epidemiológicamente. El análisis de los factores de riesgo fue evaluado mediante análisis de regresión logística múltiple ajustado a Stepwise. Se consideró como asociación significativa el nivel de p<0.05. Se detectó una alta frecuencia (77.1 ± 4.4%) de anticuerpos contra T. gondii en animales silvestres en cautiverio, con reactividad serológica principal de IgG 73.4% (casos crónicos) y fuerte respuesta serológica (1/2048) en el 53.9% de los animales. Los factores de riesgo asociados a la transmisión de T. gondii en animales silvestres en cautiverio fueron las variables Orden Carnivora, Primates, Cetartiodactyla y Rodentia (OR: 2.6; 3.6; 4.9; 8.7); animales con >10 años de tiempo en la institución (OR: 4.18) y exhibición de recinto abierto (3.99) (p<0.05). Roedores (Rattus sp.) y gatos libres que deambulan en el centro en cautiverio exhibieron una baja (11.3 ± 6) y moderada (58.5 ± 15.2) frecuencia de anticuerpos anti-T. gondii respectivamente. Fueron detectados quistes tisulares en musculatura cardiaca y esquelética (diafragma) en roedores (Rattus sp.) 4% (5/124); sin embargo, no se pudo demostrar la presencia de T. gondii, mediante inmunohistoquímica.
Tesis

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CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior
The river dolphins of the genus Inia belong to the family Iniidae. This family has three species distributed in different hydrographic regions: Inia boliviensis (Bolivian sub-basin); I. araguaiaensis (Tocantins/Araguaia basin); and I. geoffrensis (Amazon and Orinoco basins). The last one is represented for two subspecies whose the taxonomy is controversy: Inia geoffrensis geoffrensis (Amazon basin) and I. g. humboldtiana (Orinoco basin). These species have adaptations that enable them to explore flooded areas, common in several regions in Central Amazon and Orinoco Llanos. The Amazon and Orinoco basin are connected by the Casiquiare Channel, that connects the upper Orinoco River to the upper Negro River. This channel has been acting as well a corridor as a barrier to aquatic fauna shared by these two basins. The aims of this study were: I) to test if Inia geoffrensis humboldtiana represents an independent evolutionary unit; II) to understand the geographic patterns of the population structure of the Inia geoffrensis from the Negro River basin and the Branco River sub-basin. To reach aim I), we performed Bayesian and Maximum Parsimony analysis on sequencies of Inia individuals from the type localities: 108 individuals for control region, 122 for citochrome b and 129 for 10 loci microsatelitis. The results showed four lineages, corresponding to the Inia species and subspecies. A fifth lineage was observed for the individuals from the upper Orinoco basin. The two lineages of the Orinoco basin has different estimated time of divergence. The estimated divergence of the upper Orinoco lineage from its Inia Central Amazon sister lineage is 0.354 million years ago. This clade is sister to Inia from lower/middle Orinoco with an estimated time of divergence of 1.66 mya. Our evidences suggest that Inia from the lower/middle Orinoco basin is a different species, and we called it Inia humboldtiana stat nov. (Pilleri & Gihr, 1977). Furthermore, the data analysed are not yet enough to evaluate the taxonomic status of the upper Orinoco Inia lineage. To reach aim II), we perform Bayesian and Maximum Likelihood analysis on 131 individuals for the control region, 127 individuals for the citochrome b, and 143 individuals for 10 loci microsatelities. The individuals were sampled from the Orinoco basin, and from the Negro, Branco, Madeira and Solimões rivers. The results for the individuals from the Orinoco basin was the same as that obtained to reach the aim I. To the other individuals, different patterns of genetic differentiation were observed as marker used. For nuclear DNA was observed a low degree of population subdivision (FST = 0.04762, P<0.001) and an high gene flow index; and for mitochondrial DNA was observed an opposite situation (ФST = 0.75490, P<0.001). From these results subpopulations were determined whose the genetic diversity levels were relatively high. The genetic differentiations of the subpopulations seem to correspond to the rivers evolution. Furthermore, we observed female philopatry. The rapids of São Gabriel da Cachoeira (Negro River) and Bem Querer (Branco River) are not barrier for the dolphins, both female as male. Thus, the construction of dams designed for these areas, will fragment that subpopulations, both demographically as genetically.
Os golfinhos de água doce do gênero Inia pertencem a família Iniidae e possuem três espécies descritas para diferentes regiões hidrográficas: Inia boliviensis (sub-bacia Boliviana); I. araguaiaensis (bacia Tocantins/Araguaia); e I. geoffrensis (bacias Amazônica e do Orinoco). Esta última é representada por duas subespécies, cuja taxonomia é controversa: Inia geoffrensis geoffrensis (bacia Amazônia) e I. g. humboldtiana (bacia do Orinoco). As adaptações adquiridas pelas espécies deste gênero permitiram-lhes explorar ambientes de áreas alagáveis, comuns em várias regiões da Amazônia Central e nos Llanos da bacia do Orinoco. Essas duas bacias são conectadas atualmente pelo Canal Casiquiare, que liga o alto Rio Negro ao alto Rio Orinoco, e tem atuado tanto como corredor, quanto como barreira à fauna aquática compartilhada por ambas bacias. Este estudo teve como objetivos: I) testar se Inia geoffrensis humboldtiana representa uma unidade evolutiva independente das demais espécies e subespécie de Inia; II) entender os padrões geográficos da estrutura populacional de Inia geoffrensis na bacia do rio Negro e sub-bacia do rio Branco. Para atender ao objetivo I) foram realizadas análises Bayeisianas e de Máxima Parsimônia com sequências da região controle para 108 indivíduos, do citocromo b para 122 e de 10 loci microssatélites para 129, provenientes das regiões tipo das espécies de Inia. Os resultados mostraram quatro linhagens, correspondendo às espécies e subespécies de Inia. Uma quinta linhagem, correspondendo aos indivíduos do alto/médio Orinoco, foi observada somente para os dados do mtDNA. As duas linhagens da bacia do Orinoco apresentam distintos tempos de divergência. O clado com a linhagem do alto/médio Orinoco e sua espécie irmã, Inia da Amazônia Central, divergiu há 354 mil anos. A linhagem do médio/baixo Orinoco divergiu deste clado a 1.66 milhões de anos. Nossas evidências sugerem que Inia do médio/baixo Orinoco é uma espécie distinta das demais, e a designamos Inia humboldtiana stat nov. (Pilleri e Gihr, 1977). Igualmente, os dados obtidos ainda são insuficientes para avaliar o real status taxonômico da segunda linhagem de Inia da bacia do Orinoco (alto/médio Orinoco). Para atender ao objetivo II) foram realizadas análises Bayeisianas e de Máxima Verossimilhança com sequências da região controle para 131 indivíduos, do citocromo b para 127 e de 10 loci microssatélites para 143, provenientes dos rios Negro, Branco, Solimões, baixo Rio Madeira e da bacia do Orinoco. Para os indivíduos da bacia do Orinoco observamos um resultado semelhante ao cumprir o objetivo I. Para os indivíduos das demais localidades, diferentes padrões de diferenciação genética foram observados conforme marcador utilizado, sendo um baixo grau de subdivisão populacional (FST = 0.04762, P<0.001) e altos índices de fluxo gênico para o nuDNA; e o oposto (ФST = 0.75490, P<0.001) para o mtDNA. Foram determinadas subpopulações, cujos níveis de diversidade foram relativamente altos. Essas diferenciações genéticas em nível de subpopulação parecem corresponder a história evolutiva das áreas, apesar de ter sido constatada filopatria por fêmeas. Tanto para estas quanto para os machos, as corredeiras de São Gabriel da Cachoeira (Rio Negro) e do Bem Querer (Rio Branco) não podem ser consideradas como barreira física/geográfica. Sendo assim, a construção das hidrelétricas projetadas para essas áreas, proporcionarão, sem dúvida, fragmentação demografica e genética nas subpopulações de botos observadas.

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior
Os ungulados viventes (Cetartiodactyla e Perissodactyla), nas regiões estudadas, são representados por 11 gêneros e 24 espécies. O presente estudo propõe reconhecer os padrões de distribuição destas espécies, a partir da aplicação do método pan-biogeográfico de análise de traços. Este método auxilia no entendimento a priori dos padrões congruentes de distribuição e numa compreensão de padrões e processos de diferenciação geográfica no tempo e no espaço, reconstruindo a biogeografia de táxons. Em relação a aspectos conservacionistas, o método foi aplicado na identificação de áreas prioritárias para conservação. A aplicação do método consiste basicamente na marcação das localidades de ocorrência dos diferentes táxons em mapas, sendo estas localidades conectadas por intermédio de linhas seguindo um critério de mínima distância, resultando nos chamados traços individuais que foram plotados nos mapas de biomas da América Central e do Sul do programa ArcView GIS 3.2. A superposição destes traços individuais define um traço generalizado, sugerindo uma história comum, ou seja, a preexistência de uma biota ancestral subsequentemente fragmentada por eventos vicariantes. A interseção de dois ou mais traços generalizados corresponde a um nó biogeográfico, que representa áreas compostas e complexas, nas quais se agrupam distintas histórias biogeográficas. Para a análise pan-biogeográfica foi utilizado o software ArcView GIS 3.2 e a extensão Trazos 2004. A partir da superposição dos 24 traços individuais, foram reconhecidos cinco traços generalizados (TGs): TG1, Mesoamericano/Chocó, composto por Mazama pandora, M. temama e Tapirus bairdii; TG2, Andes do Norte (Mazama rufina, Pudu mephistophiles e Tapirus pinchaque); TG 3, Andes Centrais (Hippocamelus antisensis, Lama guanicoe, Mazama chunyi e Vicugna vicugna) ; TG4, Patagônia chilena (Hippocamelus bisulcus e Pudu puda).; TG5, Chaco/Centro oeste do Brasil (Blastocerus dichotomus, Catagonus wagneri e Ozotocerus bezoarticus); e um nó biogeográfico em Antioquia no noroeste da Colômbia. As espécies Mazama americana, M.bricenii, M.goazoubira, M.nana, Tapirus terrestris, Tayassu pecari e T. tajacu não participaram de nenhum dos traços generalizados. Os padrões de distribuição formados a partir dos traços generalizados indicam que os ungulados viventes sofreram uma fragmentação e diferenciação no Pleistoceno, relacionadas a eventos históricos ocorridos na região Neotropical, na Zona de Transição Sul-americana e na região Andina, explicados pelos movimentos ocorridos nas Zonas de Falhas Tectônicas da América Central e do Sul, por vulcanismo e pelas mudanças climáticas. A formação do platô Altiplano-Puna revelou ser uma barreira geográfica, tanto em tempos pretéritos como em tempos atuais, para a maioria da biota sul-americana, com exceção dos camelídeos, que habitam estas áreas da Argentina, do oeste da Bolívia e sudoeste do Peru. O nó biogeográfico confirmou a presença de componentes bióticos de diferentes origens, constituindo uma área com grande diversidade biológica e endêmica, sugerindo assim uma unidade de conservação no noroeste da América do Sul.
The living ungulates (Cetartiodactyla and Perissodactyla) are represented in the studied regions by 11 genera and 24 species. This study proposes to recognize the distribution patterns of these species, using the panbiogeographical method of track analysis. This method is a useful tool in a priori understanding of the congruent distribution patterns and in the knowledge of patterns and processes of geographical differentiation in time and space, reconstructing the biogeography of taxa. Regarding conservationist approaches, it was applied in order to identify priority conservation areas. The panbiogeographical method consists basically of plotting locality records of different taxa on maps and connecting them using lines following a criterion of minimum distance, resulting in the so-called individual tracks, which were plotted on maps of biomes of Central America and South America from the ArcView GIS 3.2. The individual tracks are superimposed and the coincidence of them corresponds to generalized tracks, indicating a common history, that is, the existence of an ancestral biota widespread in the past and later fragmented by vicariant events. The intersection of two or more generalized tracks corresponds to a biogeographic node, which represents composite and complex areas, implying that different ancestral biotas interrelated, possibly in different geologic times. The analysis was carried out with the aid of the software ArcView v3.2 and the Trazos2004 extension. From the overlapping of the 24 individual tracks, five generalized tracks (GTs) were recognized: GT1, Mesoamerican/Chocó, composed by Mazama pandora, M. temama and Tapirus bairdii; GT2, Northern Andes (Mazama rufina, Pudu mephistophiles and Tapirus pinchaque); GT 3, Central Andes (Hippocamelus antisensis, Lama guanicoe, Mazama chunyi and Vicugna vicugna); GT4, Chilean Patagonia (Hippocamelus bisulcus and Pudu puda); GT5, Chaco/Center-West Brazil (Blastocerus dichotomus, Catagonus wagneri and Ozotocerus bezoarticus); and a biogeographic node in Antioquia, northwestern Colombia. The species Mazama americana, M. bricenii, M. goazoubira, M. nana, Tapirus terrestris, Tayassu pecari and T. tajacu did not participate in the composition of any generalized track. The distribution patterns formed from the generalized tracks indicate that living ungulates were fragmented and differentiated in the Pleistocene, related to historical events in Neotropical region, South American Transition Zone and Andean region, explained by movements in Tectonic Fault Zones of Central America and South America, by volcanism and climate change. The formation of the Altiplano-Puna plateau seemed to be a geographic barrier in past and present times for most of the South American biota, except for camelids, which inhabit these areas in Argentina, western Bolivia and southeastern Peru. The biogeographic node confirmed the presence of biotic components of different origins, being an area with great biological diversity and endemicity, therefore suggesting a conservation unit in northwestern South America.

L'élucidation des liens réciproques unissant le génotype et le phénotype constitue un objectif central de la biologie moderne. De nombreux aspects de l'évolution à l'échelle moléculaire sont ainsi connus pour répondre aux caractéristiques démographiques ou d'histoire de vie des espèces. En particulier, la théorie quasi-neutre postule que les petites populations accumulent davantage de substitutions faiblement délétères dans leur génome, en raison d'une dérive génétique accrue. La composition en bases, à travers le mécanisme de la conversion génique biaisée, s'est également révélée obéir à l'influence de paramètres macroscopiques. Cependant, l'élaboration et la vérification empirique de ces théories se sont bien souvent fondées sur une gamme limitée de groupes d'organismes, incluant principalement les mammifères. Dans cette thèse, sur la base de l'étude comparative de plusieurs dizaines de transcriptomes, nous avons étendu à l'échelle des amniotes la compréhension des déterminants des patrons moléculaires observés. Grâce à l'analyse simultanée des principaux clades de reptiles, oiseaux et mammifères, nous avons pu confirmer et généraliser le rôle majeur de la taille efficace des populations sur la capacité des espèces à purger les changements d'amino-acide désavantageux, tout en exhibant un comportement inattendu du ratio dN/dS chez les oiseaux – soulevant au passage une énigme stimulante. La conversion génique biaisée est apparue comme le principal moteur de l'évolution du taux de GC des séquences codantes chez les vertébrés, y compris chez les reptiles et les poissons, dont la composition génomique homogène en avait masqué l'action. En parallèle, l'exploitation des relations entre traits d'histoire de vie et paramètres moléculaires nous a permis de réaliser de nouvelles avancées concernant l'objectif de reconstruction des masses ancestrales, pour lequel nous nous sommes focalisés sur l'ordre des cétartiodactyles, qui se caractérise aujourd'hui par une majorité de grosses espèces (comme le chameau, la girafe ou les cétacés). L'analyse combinée du marqueur mitochondrial, encore jamais testé, et des marqueurs nucléaires, incluant une vingtaine de transcriptomes nouvellement séquencés, a témoigné en faveur du résultat singulier d'un ancêtre cétartiodactyle de petite taille, comme suggéré par la paléontologie, démontrant ainsi le potentiel prometteur des données de séquence à dévoiler le passé des organismes
Understanding the reciprocal influence between genotype and phenotype has been a long-standing goal of modern biology. Many aspects of evolution at the molecular level are well known to respond to demographic or life history characteristics of species. In particular, the nearly-neutral theory postulates that small populations accumulate a heavier load of slightly deleterious substitutions in their genome as a result of increased genetic drift. Base composition has also been shown to reflect the influence of macroscopic parameters through the mechanism of GC-biased gene conversion. However, the development and empirical validation of these theories are mostly based on a restricted diversity of organisms, in which mammals stand as a major contributor. In this thesis, using a comparative approach and tens of transcriptomes, we aimed at extending to Amniota our understanding of the determinants of molecular evolutionary patterns. With the incorporation of all clades of reptiles, we confirmed the major role of the effective population size on species ability to purge deleterious amino-acid changes, while revealing a paradoxical response of the dN/dS ratio in birds, raising a stimulating enigma. The biased gene conversion also emerged as the main driver of coding sequence GC content in vertebrates, including reptiles and fishes, whose genomic homogeneity had kept its signal hidden for long. In parallel, the relations between life-history traits and molecular parameters have enabled us to investigate and make progress in the field of ancestral body mass reconstruction. We focused on the Cetartiodactyla order, a group which is mainly characterized by large extant species (such as camel, giraffe or whales). The combined analysis of the yet untested mitochondrial marker and nuclear genes, including 21 newly sequenced transcriptomes, testified in favor of the singular result of a small cetartiodactyl ancestor, in agreement with the palaeontological record, demonstrating the strong potential of DNA sequences to reveal the past of organisms

La neuroanatomia comparata consente di caratterizzare le strutture nervose mettendo in luce le somiglianze e le differenze tra i mammiferi. Un aspetto interessante di questo studio comparato riguarda il cervello dei Cetartiodattili sia terrestri (artiodattili) sia marini (cetacei) in cui la locomozione quadrupedale degli ungulati e l'assenza di movimenti articolati nell’arto dei cetacei mostrano variazioni morfologiche rispetto ai primati nelle aree cerebrali correlate i quali presentano un arto specializzato con dita articolate e pollici opponibili capaci di afferrare oggetti molto piccoli con precisione. Da questo punto di vista uno studio neuroanatomico dell’encefalo di artiodattili come il suino, il bovino e la pecora può aiutarci a comprendere l'organizzazione della citoarchitettura nei diversi mammiferi. La pecora Ovis aries come modello animale è stata oggetto di una discreta quantità di studi anatomici e indagini funzionali sul ruolo della corteccia cerebrale e dell'ipotalamo. Altre specie di artiodattili terrestri come la giraffa Giraffa camelopardalis, sono state meno studiate e sono rare le pubblicazioni che ne hanno studiato il cervello. Per questo motivo, uno degli obiettivi di questa tesi è stato quello di caratterizzare le circonvoluzioni corticali dell’encefalo della giraffa, valutare il suo peso ed il suo quoziente di encefalizzazione (EQ). I risultati hanno permesso di affermare che il cervello della giraffa presenta caratteristiche comuni a quelle degli altri ungulati con una notevole girificazione e un peso medio di 720 g. Un altro obiettivo è stato quello di analizzare l’encefalo del suino Sus scrofa. Per ottenere risultati significativi, abbiamo pesato il cervello di 48 animali appartenenti a diverse categorie di età. Il peso medio del cervello adulto è risultato di 135 g. L'EQ relativamente basso (0,38) ottenuto da questo mammifero potrebbe essere spiegato con le esigenze di produzione spinta che l'allevamento intensivo comporta, incrementando la selezione di animali sempre più pesanti. Uno degli aspetti molto studiati in questi ultimi anni da un punto di vista neuroanatomia riguarda la caratterizzazione delle aree sessualmente dimorfiche nell’encefalo dei mammiferi. Il bovino Bos taurus rappresenta un modello interessante per lo studio dei dimorfismi cereberali perché questo mammifero possiede un cervello grande, altamente convoluto, una gravidanza di 9 mesi. Inoltre in questa specie si manifesta la sindrome del freemartinismo. Tale sindrome si presenta perchè durante la gravidanza gemellare di un feto maschile e uno femminile, gli ormoni maschili del maschio a causa della anastomosi plaecentare circolano nel feto femminile mascolinizzando. Così il feto femmina è un individuo intersesso interessante perché il suo cervello femminile si è sviluppato naturalmente in un ambiente ormonale maschile. L’obiettivo che ci siamo posti è stato quello di studiare la citoarchitettura dell'ipotalamo di giovenche freemartin e confrontare i dati ottenuti con quelli analizzati nell’ipotalamo di bovini maschi e femmine. Questo studio ci ha permesso di caratterizzare i dimorfismi sessuali tra maschili e femminili presenti nel nucleo suprachiasmatico (SCN) e nel nucleo contenete vasopressina-ossitocina (VON). L’ipotalamo dei freemartin mostrava per quanti riguarda il nucleo VON valori intermedi in termini di dimensioni e numero di cellule tra i valori maschili e femminili. Il SCN dei freemartins è risultato più grande rispetto a quello dei bovini maschi e femmine. Un ulteriore obiettivo è stato quello di studiare la morfologia della citoarchitettura della corteccia cerebellare tra bovini maschi, femmine e freemartin. Applicando un metodo statistico multivariato e multi-aspetto, abbiamo caratterizzato le differenze di genere tra gli strati del cervelletto in termini di dimensioni, regolarità e densità delle cellule.