Journal articles on the topic 'Cellules bactériennes'
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Bondarenko, Т. "ROLE DES BACTERIES SYMBIOTIQUES DANS LE SUCCES INVASIF ET LA DANGEROSITE AGRONOMIQUE DE LEURS HOTES." Вісник Полтавської державної аграрної академії, no. 3 (September 25, 2014): 185–88. http://dx.doi.org/10.31210/visnyk2014.03.39.
Abstract:
Les associations symbiotiques sont très répandues dans la nature et jouent un rôle important dans l'évolution animale. Elles ont joué un rôle majeur dans l’émergence des formes de vie et dans la diversification des organismes. Les symbioses se retrouvent dans toutes les branches du vivant impliquant des virus, des bactéries ou des cellules eucaryotes (Moran et al. 2006). Les symbioses sont aujourd’hui connues chez de nombreux organismes. Elles sont très bien décrites chez les arthropodes, principalement les symbioses bactériennes, notamment chez les insectes, puisque 15% des espèces d'insectes vivraient en association avec des symbiotes bactériens intracellulaires.
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Servais, P., A. Anzil, and D. Frebutte. "Estimation de la biomasse bactérienne dans les effluents urbains par mesure de l'activité exoprotéolytique potentielle." Revue des sciences de l'eau 14, no. 1 (April 12, 2005): 55–62. http://dx.doi.org/10.7202/705408ar.
Abstract:
Des études récentes ont montré que, lors du rejet d'eaux usées dans une rivière, la quantité de biomasse bactérienne hétérotrophe amenée par les effluents influence considérablement la cinétique de biodégradation de la matière organique dans la rivière et donc les caractéristiques du déficit d'oxygène généralement observé dans le milieu naturel en aval du rejet. La mesure de la biomasse bactérienne contenue dans un rejet domestique est donc nécessaire afin de bien comprendre la cinétique de biodégradation. Cette biomasse peut être estimée en microscopie à épifluorescence après coloration des cellules bactériennes par un fluorochrome. Cette technique appliquée aux eaux usées est néanmoins difficile et fastidieuse. Dans cette étude, une méthode alternative à l'estimation de la biomasse bactérienne dans les eaux usées a été testée ; elle consiste à mesurer l'activité exoprotéolytique potentielle (AEP) des bactéries. Nous avons montré qu'il existait, dans les eaux usées, une corrélation significative entre l'AEP et la biomasse bactérienne estimée en microscopie à épifluorescence ce qui permet d'utiliser l'AEP pour estimer facilement et rapidement la biomasse bactérienne dans ce type d'échantillon. Comme exemple d'application, des mesures d'AEP nous ont permis d'étudier l'impact de divers types de traitement dans plusieurs stations d'épuration sur la biomasse bactérienne hétérotrophe des effluents urbains. Sur base de ces mesures, les charges spécifiques en biomasse bactérienne (charge par habitant et par jour) des eaux brutes et traitées ont pu être calculées.
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Després, Merlin, and Simon Gaudin. "Le monoxyde d’azote: Une arme du système immunitaire pour brouiller les communications entre bactéries." médecine/sciences 36, no. 11 (November 2020): 1074–77. http://dx.doi.org/10.1051/medsci/2020214.
Abstract:
Le dossier thématique suivant a été rédigé par les étudiantes et étudiants de Master 1 de Biologie de l’École Normale Supérieure de Lyon à l’issue de l’UE Microbiologie Moléculaire et Structurale (2019-2020). Le Master de Biologie de l’ENS de Lyon, cohabilité par l’université Claude Bernard Lyon 1, accueille chaque année environ 50 étudiants en M1 et en M2 et propose une formation de haut niveau à la recherche en biosciences. Chaque étudiant y construit son parcours à la carte, en choisissant ses options parmi un large panel de modules, favorisant ainsi une approche pluridisciplinaire des sciences du vivant, et ce en relation étroite avec les laboratoires de recherche du tissu local, national et international. En participant à diverses activités scientifiques connexes aux UE de leur formation, les étudiants préparent également l’obtention du Diplôme de l’ENS de Lyon, qui valide leur scolarité à l’ENS. La rédaction du présent dossier, qui vise à transmettre de façon claire les messages issus d’une sélection d’articles scientifiques publiés récemment dans le domaine de la microbiologie, constitue l’une de ces activités connexes proposées aux étudiants. Les bactéries peuvent vivre en communautés dont la structure est régulée par de nombreuses interactions abiotiques et biotiques. Les interactions biotiques reposent sur des communications inter-bactériennes qui participent à la mise en place de relations de collaboration, de compétition ou de prédation. Ces communautés bactériennes peuvent en outre être en interaction avec des hôtes animaux, dans le cas des bactéries du microbiote ou des bactéries pathogènes par exemple, ou avec des virus parasites, les bactériophages. Le présent dossier illustre quelques aspects nouveaux de cette communication bactérienne, et de la façon dont les interactions bactéries/hôte ou bactéries/phages peuvent impacter cette communication. Deux nouvelles s’attardent sur des découvertes récentes autour du quorum sensing, une modalité de communication bactérienne permettant l’expression coordonnée des gènes à l’échelle de la population, en fonction de la densité de la population. La nouvelle intitulée « Le monoxyde d’azote : une arme du système immunitaire pour brouiller les communications entre bactéries » illustre comment le quorum sensing chez Staphylococcus aureus, une bactérie opportuniste, peut être affecté par un médiateur du système immunitaire de la souris. La nouvelle intitulée « Un bactériophage exploite le système de communication de son hôte bactérien pour entrer en cycle lytique » montre une stratégie étonnante par laquelle le phage VP882 décrypte des signaux issus du quorum sensing de la bactérie qu’il infecte pour réguler son propre cycle de réplication. Au-delà du quorum sensing, deux nouvelles décrivent de nouvelles modalités de communication inter-bactérienne. La nouvelle intitulée « Les nanotubes bactériens, acteurs de la compétition entre Bacillus subtilis et Bacillus megaterium » met en lumière le rôle des nanotubes, des structures de communication intercellulaire insoupçonnées jusque récemment chez les bactéries. La nouvelle intitulée « La bactérie Vibrio cholerae lyse les bactéries environnantes et assimile leur ADN qu’elle intègre dans son propre génome » illustre comment un système de sécrétion, qui permet l’injection d’effecteurs bactériens dans des cellules cibles, peut être exploité pour faciliter les transferts horizontaux de gènes chez les bactéries. Enfin, pour élargir la réflexion au monde des virus eucaryotes, deux nouvelles montrent comment l’infection virale peut interférer avec la communication entre cellules eucaryotes, sur l’exemple de la communication s’effectuant par l’intermédiaire de vésicules extracellulaires. La nouvelle intitulée « La sécrétion de vésicules extracellulaires par les plaquettes activées à l’origine de la létalité de la dengue ? » discute des mécanismes par lesquels le virus de la dengue déclenche la sécrétion de vésicules extracellulaires par les plaquettes, et des conséquences que cela peut avoir sur l’inflammation et le déclenchement de chocs hémorragiques. La nouvelle intitulée « Le coccolithovirus et Emiliania huxleyi : le détournement viral des vésicules extracellulaires » montre enfin comment ce virus d’algue unicellulaire exploite la communication intercellulaire de son hôte pour augmenter son pouvoir de diffusion au sein de la population, et des conséquences écologiques et géochimiques que cela peut entraîner à grande échelle.
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Rachiq, S., M. Raoui, N. Chadli, M. Amblard, M. M. Alaoui, J. F. Carrias, T. Sime-Ngando, and D. Sargos. "Potentialités phagotrophes des phytoflagellés dans la retenue de barrage Allal El Fassi (Maroc)." Revue des sciences de l'eau 15, no. 1 (April 12, 2005): 87–99. http://dx.doi.org/10.7202/705438ar.
Abstract:
L'abondance des communautés bactériennes et phytoplanctoniques et l'activité bactérivore des phytoflagellés ont été mesurées à différentes profondeurs de mars à décembre 1998, dans une retenue de barrage (Allal El Fassi, Maroc). L'abondance des communautés bactériennes, essentiellement constituées de cellules libres de forme sphérique, a fluctué de 1,0 à 9,8·106 cellules·mL-1. À toutes les profondeurs, les plus fortes valeurs ont été mesurées au printemps, avec la mise en place de la stratification thermique et le développement de la diatomée centrique Cyclotella oceallata. Le nombre de bactéries baisse de manière notable en été et augmente légèrement au cours de l'automne, alors que deux Chrysophycées (Dinobryon sertularia et D. cylindricum) dominaient la communauté algale, accompagnées de deux Dinophycées (Peridinium cinctum et Ceratium hirundinella) et d'une Cryptophycée (Cryptomonas ovata). À l'aide d'expériences de broutage utilisant un traceur bactérien, nous avons pu mesurer une activité bactérivore chez les cinq espèces d'algues citées. L'impact de la prédation de l'ensemble de cette communauté de phytoflagellés mixotrophes a varié de 1,2 à 357·104·bactéries·L-1 ·h-1, 81 % de cet impact étant lié à l'activité des deux Chrysophycées, contre seulement 12 % pour les deux Dinophycées et 7 % pour la Cryptophycée. L'ensemble des résultats acquis au cours de cette étude laissent donc supposer que le rôle des phytoflagellés mixotrophes est essentiel dans le fonctionnement du réseau trophique microbien du réservoir Allal El Fassi, notamment dans la régulation des peuplements bactériens se développant en automne.
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Paquin, J. L., J. C. Block, K. Haudidier, P. Hartemann, F. Colin, J. Miazga, and Y. Levi. "Effet du chlore sur la colonisation bactérienne d'un réseau expérimental de distribution d'eau." Revue des sciences de l'eau 5, no. 3 (April 12, 2005): 399–414. http://dx.doi.org/10.7202/705138ar.
Abstract:
La contamination bactérienne de la phase eau d'un réseau de distribution résulte d'une multiplication des bactéries sur les parois des canalisations d'eau (biofilms) suivie de leur arrachage et de leur transport dans le flux circulant. Ce travail met en évidence l'effet du chlore, d'une part, sur la formation des biofilms et, d'autre part, sur des biofilms déjà constitués. Des éprouvettes de matériaux neufs introduites dans des eaux présentant des concentrations en chlore total variant de 2,4 à 0,02 mg/l et véhiculant entre 0,5 x 106 et 5 x 105 cellules bactériennes/mi (dont 1 à 10 % de bactéries cultivables) sont rapidement colonisées (106 à 108 cellules/cm2). L'effet du chlore est sensible sur les cellules totales pour des concentrations de l'ordre de 1 à 2,4 mg/l. Sur les bactéries cultivables, un ralentissement de la croissance du biofilm est observé dès 0,3 mg/1 de chlore total. Par contre, des résiduels de 0,02 ou 0,05 mg/l sont sans effet sur la cinétique de formation des biofilms. Des résiduels moyens de chlore total compris entre 2,3 et 3,4 mg/l appliqués en continu pendant 14 jours sur un biofilm constitué d'environ 8,7 x 106 cellules par cm2 (1,7 % de bactéries cultivables), entraînent l'élimination d'environ 90 % des bactéries fixées (abattement d'1 logarithme) durant les premiers jours d'exposition. L'altération du biofilm exposé à un résiduel de chlore total de l'ordre de 1,3 mg/l est identique, mais toutefois plus étalée dans le temps. Ces essais réalisés sur des éprouvettes de PVC, PE et mortier de ciment n'ont pas permis la mise en évidence de comportements différents de ces 3 supports..
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HAURET, A., C. MECHOUK, F. KHAJEHNOURI, A. CHANDRAMOHAN ELANGKO, J. SENOUILLET, S. KÜNZI, and L. GRASSO. "Intérêt de la cytométrie en flux en ligne pour le suivi de l’efficacité de la désinfection sur diverses filières de potabilisation – Cas de Lausanne." Techniques Sciences Méthodes, no. 1/2 (February 22, 2021): 27–39. http://dx.doi.org/10.36904/tsm/202101027.
Abstract:
Le service de l’eau de la ville de Lausanne a mené des essais de cytométrie en flux afin d’apprécier l’élimination de la bactériologie sur les différentes méthodes de traitement mises en oeuvre sur les sites de production et comparer les résultats obtenus avec un appareil de mesure en ligne et en continu avec ceux obtenus en laboratoire après échantillonnage ponctuel. La filtration sur sable ne permet pas une élimination physique des cellules. L’élimination des cellules vivantes n’est observée qu’après désinfection finale au chlore en amont du refoulement dans le réseau de distribution. Un facteur 100 d’élimination des cellules intactes est garanti par cette étape de désinfection. Les essais ont mis en évidence l’efficacité de l’ultrafiltration, considérée comme méthode de désinfection. Cette technique de filtration va permettre de retenir les cellules bactériennes telle une barrière physique. Des facteurs d’élimination de 1 000 et 10 000 ont été observés respectivement sur le nombre de cellules totales et intactes. Les tests effectués ont démontré que les résultats issus de l’appareil de mesure de la cytométrie en flux en ligne de type BactoSense étaient en adéquation et cohérents avec ceux obtenus en laboratoire après échantillonnage ponctuel. Les valeurs sont similaires, notamment dans le cas où le nombre de cellules quantifiées est supérieur à quelques milliers de cellules.
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Marie-José BUTEL and Anne-Judith WALIGORA-DUPRIET. "ÉTABLISSEMENT DU MICROBIOTE INTESTINAL." ACTUALITES PERMANENTES EN MICROBIOLOGIE CLINIQUE 18, no. 01 (March 1, 2019): 14. http://dx.doi.org/10.54695/apmc.18.01.1508.
Abstract:
L’intestin constitue un écosystème extrêmement complexe etune communauté microbienne dynamique où coexistent bactéries,archées, virus et eucaryotes (Weinstock 2012). Ce microbiote esten contact permanent avec les nutriments et les cellules de l’hôte,responsable d’interactions fortes. Les relations micro-organismeshôte ont cependant longtemps été regardées essentiellement sousl’angle de la pathogénicité, mais aujourd’hui le microbiote commensal est reconnu pour ses interactions bénéfiques l’organismehumain en faisant un véritable partenaire de l’hôte. Ce partenariatdébute à la naissance, la colonisation bactérienne commençantdès la rupture des membranes fœtales. Les bactéries, dont lenombre tout d’abord considéré comme 10 fois supérieur auxcellules eucaryotes, ont été récemment réévaluées à 3,8 1013, soitdans un rapport similaire à celui des eucaryotes de l’organismehumain (Sender et al. 2016). La majorité du microbiote résidedans l’intestin, essentiellement le côlon, où il est caractérisé parson haut niveau et sa large diversité. Le nombre d’espèces bactériennes a été évalué par les techniques de culture classique à 400 à500 espèces par individu. Par des techniques indépendantes de laculture ce nombre est évalué à plus de 1000 espèces par individu(Tap et al. 2009), soit environ 25 fois le génome humain (Qinet al. 2010). Le microbiote intestinal peut ainsi être considérécomme un véritable organe, ouvert, métaboliquement adaptableet rapidement renouvelable.
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Got, P., B. Baleux, and M. Troussellier. "Dénombrements directs des bactéries des milieux aquatiques par microscopie en épifluorescence : comparaison entre un système d'analyse d'images automatisé (Mudicam®) et l'observation visuelle." Revue des sciences de l'eau 6, no. 3 (April 12, 2005): 269–84. http://dx.doi.org/10.7202/705176ar.
Abstract:
La technique de comptage par microscopie en épitluorescence est la méthode la plus performante pour dénombrer la totalité des bactéries présentes dans les milieux aquatiques. Cependant cette technique est longue, fastidieuse et subjective. Afin d'automatiser et de rendre objectif le dénombrement, le microscope à épifluorescence est couplé à un analyseur d'images. Si les systèmes d'analyse d'images sont utilisés pour les mesures de taille des bactéries aquatiques, très peu d'études font état de comparaison entre les dénombrements par analyse d'image et ceux réalisés de façon traditionnelle. Cet article présente les résultats des dénombrements de souches bactériennes de référence et de bactéries des milieux aquatiques, par la technique de microscopie en épifluorescence des cellules bactériennes marquées au DAPI, réalisés simultanément par observation microscopique visuelle (visuel) et par analyse d'images automatisée (automatique). Le système d'analyse d'images est composé d'une caméra vidéo (Lhesa LH40036) de sensibilité de 510-4 lux, d'une carte de numérisation (512 x 512 pixels, 8 bits, cyclope v 2.32, Digital vision) d'un micro-ordinateur 80-386 et d'un logiciel de dénombrement (Mudicam®. EAU). Le système est couplé à un microscope en épilluorescence Olympus BH2.Les dénombrements ont été réalisés d'une part sur des suspensions de souches bactériennes de référence (n = 30) à différents états physiologiques et sur des échantillons d'eaux (n = 50) d'origines diverses (fleuve, eaux saumâtre, marine et résiduaire). La comparaison des deux méthodes est réalisée par un modèle de régression linéaire et une analyse de variance. Les tests statistiques associés permettent de conclure à une bonne concordance entre les deux méthodes. A partir de l'ensemble des dénombrements réalisés, 18 d'entre eux pris au hasard ont été dénombrés de façon manuelle par deux opérateurs et par le système d'analyse d'image. Il apparaît que les différences de comptage les plus élevées correspondent aux dénombrements effectués par chacun des deux opérateurs. Ceci met en évidence que non seulement le système d'analyse d'image permet une quantification rapide des abondances bactériennes, mais en outre il supprime la subjectivité de l'opérateur tout en réalisant des dénombrements aussi précis.
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QUILLARDET, P., and M. HOFNUNG. "Le SOS chromotest : des cellules bactériennes pour détecter et caractériser produits et radiations génotoxiques." Radioprotection 29, no. 4 (October 1994): 539–56. http://dx.doi.org/10.1051/radiopro/1994005.
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Gasman, Stéphane, Sylvette Chasserot-Golaz, Nicolas Vitale, and Marie-France Bader. "Toxines bactériennes : outils pour l’étude des protéines G impliquées dans les mécanismes de l’exocytose dans les cellules neuroendocrines." Journal de la Société de Biologie 193, no. 6 (1999): 451–56. http://dx.doi.org/10.1051/jbio/1999193060451.
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Akinjogunla, O. J., A. N. Umo, M. F. Alozie, G. O. Oshosanya, and G. I. Saturday. "Antibacterial activity and time kill kinetics of Amlodipine, Thioridazine and Promethazine against pathogenic clinical bacterial isolates." African Journal of Clinical and Experimental Microbiology 22, no. 3 (July 2, 2021): 397–406. http://dx.doi.org/10.4314/ajcem.v22i3.11.
Abstract:
Background: The emergence of multi-drug resistant bacterial strains worldwide has necessitated the scientific search for novel, potent, and affordable antimicrobial agents including medicinal plants and non-antibiotic drugs for therapy of infectious diseases. The objective of this study is to assess in vitro antibacterial activities and time kill kinetics of some non-antibiotic drugs against pathogenic clinical bacterial isolates.Methodology: In vitro antibacterial activities including minimum inhibitory concentration (MIC), minimum bactericidal concentration (MBC) and time kill kinetics of Amlodipine (AML), Thioridazine (THI) and Promethazine (PRO) against Staphylococcus aureus, coagulase negative staphylococci (CoNS), Streptococcus spp, Escherichia coli, Enterobacter spp, Klebsiella pneumoniae and Pseudomonas aeruginosa clinical isolates were determined using disc diffusion, broth microdilution and plate count techniques.Results: The mean growth inhibition zones by the disc diffusion assay of AML, THI and PRO against the isolates were ≤15.1±1.0 mm with MIC and MBC values ranging from 12.5 to 50μg/ml and 25 to 100μg/ml respectively. The time-kill assay revealed bactericidal effect of AML, THI and PRO on Gram positive bacteria evidenced by mean log reductions in viable bacterial cell counts ranging from 0.13 Log10 to 2.41 Log10 CFU/ml for S. aureus, 0.88 Log10 to 2.08 Log10 CFU/ml for Streptococcus spp, and 0.26 Log10 to 2.34 Log10 CFU/ml for CoNS after ≤30hrs post inoculation at 1xMIC. The range of log reduction in viable cell counts of Gram-negative bacteria exposed to AML, THI and PRO were E. coli (0.11 to 3.23 Log10 CFU/ml), P. aeruginosa (0.52 to 2.56 Log10 CFU/ml), K. pneumoniae (0.85 to 3.0 Log10 CFU/ml) and Enterobacter spp (0.38 to 2.08 Log10 CFU/ml) after ≤30 hrs post inoculation at 1x MIC.Conclusion: These findings demonstrate in vitro antibacterial efficacies and time kill kinetics of AML, THI and PRO against pathogenic clinical bacterial isolates, which indicate that these non-antibiotic drugs may be useful therapeutic alternatives in the bid to reduce the burden of infectious diseases associated with antibiotic resistant pathogens.
Keywords: Amlodipine, Thioridazine, Promethazine, Time-Kill, Kinetics, MIC, MBC, bacteria
French title: Activité antibactérienne et cinétique de destruction du temps de l'amlodipine, de la thioridazine et de la prométhazine contre les isolats bactériens cliniques pathogènes
Contexte: L'émergence de souches bactériennes multirésistantes dans le monde a rendu nécessaire la recherche scientifique d'agents antimicrobiens nouveaux, puissants et abordables, notamment des plantes médicinales et des médicaments non antibiotiques pour le traitement des maladies infectieuses. L'objectif de cette étude est d'évaluer les activités antibactériennes in vitro et la cinétique de destruction temporelle de certains médicaments non antibiotiques contre les isolats bactériens cliniques pathogènes.
Méthodologie: activités antibactériennes in vitro, y compris la concentration minimale inhibitrice (CMI), la concentration bactéricide minimale (MBC) et la cinétique de destruction du temps de l'amlodipine (AML), de la thioridazine (THI) et de la prométhazine (PRO) contre Staphylococcus aureus, les staphylocoques à coagulase négative (CoNS), Streptococcus spp, Escherichia coli, Enterobacter spp, Klebsiella pneumoniae et Pseudomonas aeruginosa ont été déterminés en utilisant des techniques de diffusion sur disque, de microdilution en bouillon et de numération sur plaque.
Résultats: Les zones moyennes d'inhibition de la croissance par le test de diffusion de disque d'AML, THI et PRO contre les isolats étaient ≤15,1±1,0mm avec des valeurs MIC et MBC allant de 12,5 à 50μg/ml et de 25 à 100μg/ml respectivement. Le dosage temporel a révélé un effet bactéricide de la LMA, du THI et du PRO sur les bactéries Gram positives, mis en évidence par des réductions logarithmiques moyennes du nombre de cellules bactériennes viables allant de 0,13 Log10 à 2,41 Log10 CFU/ml pour S. aureus, 0,88 Log10 à 2,08 Log10 CFU/ml pour Streptococcus spp et 0,26 Log10 à 2,34 Log10 CFU/ml pour CoNS après ≤ 30 heures après l'inoculation à 1 x MIC. La plage de réduction logarithmique du nombre de cellules viables de bactéries à Gram négatif exposées à la LMA, au THI et au PRO était E. coli (0,11 à 3,23 Log10 CFU/ml), P. aeruginosa (0,52 à 2,56 Log10 CFU/ml), K. pneumoniae (0,85 à 3,0 Log10 CFU/ml) et Enterobacter spp (0,38 à 2,08 Log10 CFU/ml) après ≤ 30 heures après l'inoculation à 1 x MIC.
Conclusion: Ces résultats démontrent une efficacité antibactérienne in vitro et une cinétique de destruction du temps des LMA, THI et PRO contre les isolats bactériens cliniques pathogènes, ce qui indique que ces médicaments non antibiotiques peuvent être des alternatives thérapeutiques utiles dans le but de réduire le fardeau des maladies infectieuses associées aux antibiotiques pathogènes résistants.
Mots-clés: Amlodipine, Thioridazine, Prométhazine, Time-Kill, Cinétique, MIC, MBC, bactéries
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Chassouros, Alexandre, Alexandre Essakhi, Anis Khiat, Shirihane Kouadri, Aïda Tadjine, Nadia Tadjine, Pol Ubeda, and Victorine Zhang. "L’actualité immunologique sous l’oeil critique des étudiants de Master 2." médecine/sciences 34, no. 3 (March 2018): 219–22. http://dx.doi.org/10.1051/medsci/20183403009.
Abstract:
Pour la quatrième année consécutive, les étudiants du Master 2 « Immunothérapies et bio-ingénierie » de l’Université Pierre et Marie Curie (Sorbonne Université) ont pris la plume pour partager avec les lecteurs de m/s quelques-uns des faits marquants de la littérature de fin 2017 dans le domaine de l’immunologie. Cette année, ils nous rappellent combien l’immunothérapie est porteuse d’espoir en cancérologie en relatant deux approches très novatrices : l’une, indirecte, utilise des nanovésicules bactériennes, l’autre réalise une vaccination antitumorale fondée sur des néoantigènes tumoraux spécifiquement identifiés chez les patients. Deux autres brèves rapportent les résultats d’études dont l’impact clinique est évident : l’une identifie un anticorps thérapeutique efficace et sûr contre le virus Zika, l’autre décrypte le lien entre immunosuppression exercée par les Treg et autophagie dans les cellules dendritiques, et offre une explication à l’activité thérapeutique d’un activateur de la voie CTLA4/B7. Toutes ces découvertes ont une application directe en clinique humaine, ce qui souligne, une fois encore, combien la recherche est essentielle au progrès médical ! Bonne lecture ! Sophie Sibéril (Maître de conférence Sorbonne Université, responsable du module « analyse scientifique » du M2 immunothérapies et bio-ingénierie)
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MERLOT, E. "Conséquences du stress sur la fonction immunitaire chez les animaux d’élevage." INRAE Productions Animales 17, no. 4 (October 5, 2004): 255–64. http://dx.doi.org/10.20870/productions-animales.2004.17.4.3601.
Abstract:
Cet article présente comment des situations de stress aigu (un transport, un regroupement) ou chronique (conditions de logement contraignantes) affectent la fonction immunitaire chez les animaux d’élevage. La réponse de stress est caractérisée par l’activation de l’axe corticotrope, dont les hormones inhibent l’activité des leucocytes, et la libération de nombreuses autres hormones et neuromédiateurs immunoactifs et immunosuppresseurs (hormone de croissance, prolactine, enképhalines…). Ainsi, l’augmentation transitoire du ratio neutrophiles / lymphocytes dans le sang et l’inhibition de la capacité des lymphocytes sanguins à proliférer sont des indicateurs d’une réponse de stress. D’autres tests sont plus informatifs car ils mesurent les effets du stress sur des fonctions immunitaires précises. Des fonctions relevant de l’immunité innée, première ligne de défense de l’organisme, sont sensibles au stress. Ainsi, la cytotoxicité des cellules tueuses naturelles sanguines est inhibée et des données chez les rongeurs montrent que la réponse inflammatoire peut être fortement déréglée. Certains facteurs de stress favorisent la production de cytokines inflammatoires et augmentent la sensibilité de l’organisme aux chocs septiques, tandis que d’autres inhibent la migration des polynucléaires vers un site d’infection, limitant ainsi la réponse inflammatoire et retardant le phénomène de cicatrisation. Les lymphocytes, vecteurs de l’immunité acquise, constituent la seconde ligne de défense. Le stress peut inhiber le développement de la réponse lymphocytaire à un antigène, par exemple une réponse vaccinale. Il inhibe les réponses de type cellulaire mais affecte peu, voire même parfois stimule, la production d’anticorps. L’altération des réponses innées et acquises diminue la résistance des animaux aux infections virales ou bactériennes.
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Piguet, P. "L’axe intestin–cerveau : les pistes actuelles." Douleur et Analgésie 34, no. 2 (June 2021): 70–85. http://dx.doi.org/10.3166/dea-2021-0167.
Abstract:
L’intestin est un système complexe qui joue un rôle fondamental dans l’absorption et la distribution des nutriments nécessaires aux différents organes d’un organisme, comme par exemple le glucose pour le cerveau. Finement régulé par le système nerveux, le système digestif abrite également un acteur qui joue un rôle crucial : la flore intestinale — ancien terme désignant le « microbiote » — qui pèse autant que le cerveau lui-même. Comme le tractus gastrointestinal est également exposé à des risques d’invasion par des agents pathogènes, un quatrième intervenant joue un rôle clé : le système immunitaire. Ce dernier exerce une surveillance étroite du tractus gastro-intestinal et joue un rôle important dans les interactions entre l’intestin et le cerveau, pour le meilleur ou pour le pire…Qu’il s’agisse de l’intestin ou du cerveau, ces deux organes sont relativement isolés du reste du corps par des barrières dont le bon fonctionnement est vital, prémunissant l’organisme et sa commande centrale cérébrale de mécanismes infectieux qui pourraient lui être fatals. Et pourtant… Des voies les relient, qui participent au dialogue entre — mais aussi à la vulnérabilité de — ces différents protagonistes de différentes façons. Le paysage physiologique humain est donc un amalgame complexe de cellules humaines mais également de cellules bactériennes qui collaborent étroitement au contrôle de la santé humaine. Non seulement le microbiote est capable de digérer certains nutriments qui ne peuvent pas être dégradés par le tractus gastro-intestinal lui-même, mais un nombre croissant d’études scientifiques suggèrent un lien entre la fonction gastrointestinale et la fonction cérébrale — et par là même une association avec certaines maladies neurologiques et psychiatriques. Ainsi, on soupçonne que l’axe intestin–cerveau est impliqué dans un certain nombre de maladies psychiatriques ou neuro-immunes chez l’enfant et l’adulte. De plus, il a été suggéré que les troubles intestinaux constituent un « facteur de risque » pour le développement de troubles neurologiques. Enfin, et non des moindres, le stress régule la composition et l’activité de la flore intestinale, une propriété qui pourrait même affecter la santé psychiatrique à travers les générations. Le concept d’« axe intestin–cerveau » propose qu’il existe un dialogue constant entre l’intestin et le cerveau. Le microbiote peut aujourd’hui être considéré comme l’acteur majeur d’un écosystème au sein duquel la nature des échanges pourrait conditionner l’équilibre neurologique et psychiatrique de l’être humain.
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Thomas GUILLARD and Antoine GRILLON. "FLORE PULMONAIRE." ACTUALITES PERMANENTES EN MICROBIOLOGIE CLINIQUE 18, no. 02 (June 1, 2019): 4. http://dx.doi.org/10.54695/apmc.18.02.1515.
Abstract:
Les poumons ont historiquement été décrits comme un organestérile chez les sujets en bonne santé. La présence de bactériesmise en évidence à partir des prélèvements respiratoires (expectoration, lavage broncho-alvéolaire etc.) a été rapprochée desituations cliniques d’affections respiratoires. Ce sont tout d’abordles caractéristiques anatomiques et histologiques qui ont conduità penser que les voies aériennes respiratoires supérieures étaientexemptes de toute communauté bactérienne ou microbiote. En effet,d’un point de vue anatomique, les voies respiratoires inférieuressont séparées des voies aériennes supérieures (naso-pharynx etoro-pharynx) et du tube digestif, tous les deux septiques, parl’épiglotte. D’un point de vue histologique, la clairance mucociliaire, assurée par les cellules ciliées de l’épithélium bronchiqueet bronchiolaire, permet la mobilisation du mucus, entraînant lesparticules et bactéries qui y sont piégées (Charlson et al., 2012 ;2011; Jeffery, 1983; Morris et al., 2013). Enfin, la méconnaissancedu microbiote des voies aériennes inférieures encore nomméemicrobiote pulmonaire ou flore pulmonaire, résulte en grandepartie de l’approche par culture bactérienne, limitée par la sensibilité de la culture et l’exigence de certaines espèces bactériennesdifficilement cultivables. Ces dernières années de nombreusesétudes ayant recours à de nouvelles approches, essentiellementmoléculaires, ont permis de caractériser la diversité bactériennedes voies respiratoires inférieures. Ceci ouvre la voie à une meilleure connaissance des interactions entre les bactéries et l’hôte,qu’elles soient commensales ou pathogènes.
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De Nardi, Frédéric, and Maxime Pontié. "Composition minérale des biofilms épiphytiques développés sur l’espèce Phalaris arundinacea et des substrats artificiels de bambous." Revue des sciences de l’eau 25, no. 3 (November 28, 2012): 185–201. http://dx.doi.org/10.7202/1013102ar.
Abstract:
Les éléments minéraux contenus dans les eaux jouent un rôle important dans la croissance et la structure des biofilms élaborés en eaux douces. De plus, les concentrations en minéraux contenus dans les biofilms dépendent de leurs concentrations dans les eaux et sont susceptibles d'évoluer. Ces éléments minéraux peuvent être assimilés par les algues et les microorganismes présents dans les biofilms. C’est pourquoi l'étude a porté sur la répartition et le temps d'incorporation des principaux minéraux retrouvés au sein d'un biofilm épiphytique élaboré en eau douce anthropisée. Deux types de supports à biofilms ont été sélectionnés, dont Phalaris arundinaceae (baldingères) qui est très répandue au sein de notre zone d’étude, et des substrats artificiels de bambous plantés afin de connaître l’âge du biofilm. Les principaux paramètres physico-chimiques des eaux ont été suivis au cours du temps (de mars à juillet 2007) au sein de trois stations situées sur le bassin versant du Ribou (Cholet, France) notées TR, ZB et AV. Les résultats de l’étude ont révélé que les éléments chimiques majoritairement retrouvés sont le Si, le Fe, le Mn, l'Al, et dans une moindre mesure, le K, le Na, le Mg, le S, le P, et le Ca dont les proportions sont variables selon les biofilms et le temps de colonisation. La présence de Si est toujours majoritaire dans les biofilms étudiés (40 - 80 %) grâce à la présence de diatomées. Certains éléments comme le Fe, le P, le Ca, le K sont présents sur l'ensemble de la surface colonisée puisque toutes les cellules bactériennes ou algales contiennent ces éléments. Enfin, des relations entre les paramètres physico-chimiques et biologiques dans les eaux et les biofilms ont été mises en évidence par Analyses en Composantes Principales (ACP), notamment les concentrations en Fe dans les eaux et les proportions atomiques dans les biofilms en période estivale. Cette étude a apporté de nouvelles données de terrain sur la dynamique de fonctionnement entre les eaux et les biofilms.
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Volk, C., C. Renner, and J. C. Joret. "La mesure du CODB : un index du potentiel de reviviscence bactérienne des eaux." Revue des sciences de l'eau 5 (April 12, 2005): 189–205. http://dx.doi.org/10.7202/705160ar.
Abstract:
La mesure de la matière organique biodégradable dans l'eau est déterminée à partir de tests biologiques qui reposent sur deux concepts. Le premier est basé sur le suivi de la croissance de souches pures ou d'une population bactérienne mixte dans un échantillon d'eau. Le maximum de croissance obtenu est converti en Carbone Organique facilement Assimilable (COA) et exprimé en µg de C eq. acétate/l en tenant compte du rendement de croissance de ces bactéries dans des solutions d'acétate de sodium. Le second repose sur le suivi de la décroissance du Carbone Organique Dissous (COD) dans un échantillon d'eau ensemencé par une flore bactérienne indigène des eaux (flore en suspension ou flore fixée sur des particules de sable). La matière organique biadégradée est exprimée sous forme de Carbone Organique Dissous Biodégradable (CODB). Des essais ont été réalisés sur différents types d'eau (eaux de rivière de la Seine, de l'Oise et de la Marne, eaux en cours de traitement de.potabilisation, eaux distribuées et eaux distillées) afin de mettre en évidence la relation existant entre la mesure du CODB en présence de bactéries fixées sur du sable et le maximum de croissance bactérienne enregistré dans les mêmes échantillons stérilisés puis réensemencés par des souches pures (Pseudomonas fluorescens P17, Pseudomonas fluorescens P17 + Spirillum NOX) ou par un inoculum mixte de bactéries indigènes de l'eau. Les résultats de cette étude mettent en évidence : - une relation entre le CODB et le maximum de croissance (Pseudomonas fluorescens P17) médiocre (r = 0,716 ; n = 28) pour des échantillons d'eau ensemencés par Pseudomonas fluorescens P17 seul (dénombrement en gélose); - une relation entre le CODB et le maximum de croissance (Pseudomonas fluorescens P17) améliorée (r = 0,850, n = 31) pour des échantillons ensemencés simultanément avec un mélange de Pseudomonas fluorescens P17 et Spirillum NOX (dénombrement en gélose); - une relation entre le CODB et le maximum de croissance (Spirillum NOX) très faible (r = 0,264 n = 31; corrélation non significative) pour des échantillons ensemencés simultanément avec un mélange de P17 + NOX (dénombrement en gélose);- le coefficient de corrélation entre le CODB et le COA (Pseudomonas fluorescens P17 + Spirillum NOX) est de 0.769 (n = 31) avec une équivalence de 140 µg de COA (eq. acétate) par mg de CODE lorsque P17 est utilisé isolément et 90 µg de COA (eq. acétate) par mg de CODB lorsque P17 et NOX sont utilisés simultanément; - la relation entre le CODB et le maximum de croissance (flore naturelle mixte) est par contre très satisfaisante (r = 0,943; e = 30) lorsque les dénombrements bactériens sont effectués par microscopie en épifluorescence (coloration à l'acridine orange). Le rendement de croissance est alors de 1,7.109 cellules pour 1 mg de CODB mesuré en présence de sable biologique. En conclusion, la mesure du CODB au moyen de bactéries fixées, originellement décrite pour évaluer l'efficacité des filières de traitement de potabilisation vis-à-vis de l'élimination de la Matière Organique Biodégradable permet aussi de prédire le potentiel de recroissance bactérienne (bactéries indigènes) de différents types d'eau.
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Mateo, J., F. Petipas, and D. Payen. "Dermohypodermites bactériennes nécrosantes et fasciites nécrosantes. Cellulites ORL." Annales Françaises d'Anesthésie et de Réanimation 25, no. 9 (September 2006): 975–77. http://dx.doi.org/10.1016/j.annfar.2006.03.019.
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Bamba, Moussa, Christel Neut, Simon Bordage, Soro Dramane, Jules Kouadio N’guessan, Sanogo Yacouba, Jennifer Samaillie, Alexis Zamble Bi Tah, Honora Tra Bi Fezan, and Sevser Sahpaz. "Screening phytochimique des extraits méthanoliques des feuilles de Combretum collinum et des racines de Anogeisus leiocarpus et effet antibactérien in vitro sur des souches de Staphylococcus aureus multirésistantes." International Journal of Biological and Chemical Sciences 14, no. 6 (October 7, 2020): 2362–72. http://dx.doi.org/10.4314/ijbcs.v14i6.34.
Abstract:
Anogeissus leiocarpus (DC.) Guill. & Perr. (Combretaceae) et Combretum collinum Fresen. (Combretaceae) sont deux plantes de la flore ivoirienne couramment utilisées pour traiter plusieurs pathologies telles que les affections cutanées, le paludisme et la fatigue générale. Ce travail s’inscrit dans le cadre de la valorisation de cette flore. Il vise donc à évaluer l’activité antibactérienne des extraits méthanoliques bruts des feuilles de Combretum collinum et des écorces de racines de Anogeissus leiocarpus sur la croissance "in vitro" des souches de Staphylococcus aureus résistantes à la méticilline. La méthode de diffusion en milieu gélosé (solide) a été utilisée pour évaluer la sensibilité des souches bactériennes aux extraits et à déterminer les concentrations minimales inhibitrices (CMI), Quant au screening phytochimique, il a été réalisé par une chromatographie sur couche mince (CCM). La concentration minimale inhibitrice est comprise entre 0,62 mg/ml et 1,25 mg/ml pour Anogeissus leiocarpus et est de 0,325 mg/ml pour Combretum collinum. Le screening phytochimique a révélé la présence de flavonoïdes et de tanins dans l’extrait méthanolique de Anogeissus leiocarpus alors que dans l’extrait méthanolique de Combretum collinum, ce sont des acides phénoliques qui ont été mis en évidence. Il ressort donc que ces deux plantes sont dotées d’un important pouvoir antibactérien et contiennent plusieurs composés chimiques. Elles pourraient donc constituer des voies de prospection pour la recherche de nouvelles molécules antibactériennes en réalisant une étude bio-guidée des extraits bruts et en évaluant leur cytotoxicité sur des cellules hépatiques saines.Mots clés: Antibactérienne, plantes médicinales, flore ivoirienne, extraits methanoliques
English Title: Phytochemical screening of methanolic extracts from leaves of Combretum collinum and roots of Anogeisus leiocarpus and in vitro antibacterial effect on multiresistant strains of Staphylococcus aureus
Both Anogeissus leiocarpus (DC.) Guill. & Perr. (Combretaceae) and Combretum collinum Fresen. (Combretaceae) are Ivorian national flora plants commonly used in treating skin disorders, malaria, and general fatigue. The current study consists of the valorization of this flora, and aims therefore at revealing antibacterial activity of the methanol crude extracts obtained from stem bark and leaves of the respective plants, against Methicillin-resistant Staphylococcus aureus strains. Agar gel diffusion method was used to assess bacteria susceptibility, and broth dilution method allowed determination of minimum inhibition concentrations (MICs). These parameters varied from 0.62 mg/ml to 1.25 mg/ml for Anogeissus leiocarpus, while they reached 0.325 mg/ml for Combretum collinum. In addition, phytochemical screening brought about flavonoids and tanins for the plant, and phenolic acids for the other one. In conclusion, these named plants contain several chemical compounds with antibacterial properties, and could be of great interest in the search of new molecular compounds provided with antibacterial activity through bio-guided experiments. Furthermore, they could best hold value by testing those methanol extracts over hepatic sane cells for cytotoxicity assessment.
Keywords: antibacterial, medicinal plants, Ivorian national flora, methanolic extracts.
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Forel, J. M., S. Valera, and M. Castanier. "Infections communautaires graves — Cellulites, dermohypodermites aiguës bactériennes et fasciites nécrosantes." Réanimation 20, S2 (December 21, 2010): 576–82. http://dx.doi.org/10.1007/s13546-010-0032-2.
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Rachiq, A., C. Amblard, and G. Bourdier. "Hétérotrophie algale : effets de la gentamycine et de la cycloheximide sur les activités hétérotrophes et photosynthétiques des bacteries et des algues." Revue des sciences de l'eau 4, no. 3 (April 12, 2005): 343–61. http://dx.doi.org/10.7202/705104ar.
Abstract:
Afin de tenter de déterminer les parts respectives des activités bactérienne et algale, nous avons testé d'une part, l'action d'une substance antibactérienne (la gentamycine), et d'autre part, l'action d'un inhibiteur métabolique des cellules eucaryotes (la cycloheximide) sur des cultures d'algues et de bactéries et sur des échantillons provenant du milieu naturel et soumis à des filtrations différentielles. Les effets de ces inhibiteurs ont été testés au niveau des activités hétérotrophe et photosynthétique globales, mais également au niveau de l'incorporation des marqueurs radioactifs lors de la synthèse des macromolécules et des composés de faible poids moléculaire. Les résultats obtenus laissent apparaître que l'inhibition de l'activité bactérienne par la gentamyclne est significative mais non complète (pourcentage d'inhibition moyen = 67 %). De plus, l'efficacité de la gentamycine augmente avec la durée d'incubation. Par ailleurs, les effets secondaires de la gentamycine sur les activités hétérotrophe et photosynthétique d'une culture de Melosira italica subsp. subarctica sont acceptables seulement pour des incubations de courte durée (< 4 heures). En revanche, l'emploi de la cycloheximide s'est révélé sans aucun effet significatif sur les activités photosynthétique et hérérotrophe de la culture de Melosira, même après 24 h d'incubation. A partir des échantillons prélevés en milieu naturel, l'emploi de la gentamycine a permis de réduire l'interférence bactérienne dans les mesures d'activité hétérotrophe algale. Enfin, nous avons pu constater que la gentamycine modifie l'allocation des marqueurs radioactifs dans les macromolécules.
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Arrieumerlou, Cécile. "Une nanoseringue bactérienne pour injecter des protéines dans les cellules eucaryotes." médecine/sciences 32, no. 10 (October 2016): 797–99. http://dx.doi.org/10.1051/medsci/20163210002.
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Côté, R., and C. Otis. "Étude de la biodégradation de l'acide déhydroabiétique par Bacillus psychrophilus." Revue des sciences de l'eau 2, no. 3 (April 12, 2005): 313–24. http://dx.doi.org/10.7202/705033ar.
Abstract:
La rivière du Saguenay (Québec, Canada) traverse une région fortement industrialisée (v.g. alumineries, papeteries) et reçoit d'importantes quantités d'eaux usées. Les teneurs en matière organique dissoute et en fibre de cellulose en suspension provenant de 4 papeteries locales sont relativement élevées dans les eaux de la Rivière et elles sont évaluéesà 29 000 tonnes par année. En plus des eaux usées industrielles, le Saguenay reçoit de grandes quantités d'eaux d'égouts domestiques, ce qui maintient une flore bactérienne relativement abondante et diversifiée dans ses eaux de surface. Parmi la matière organique provenant des papeteries, les acides résiniques abiétique et déhydroabiétique sont très toxiques pour les organismes aquatiques. Cependant, nous avons montré qu'en utilisant une population endogène de Bacillus psychrophilus, il était possible de biodégrader l'acide déhydroabiétique (ADA), un acide résinique non chloré. Nous avons constaté qu'après 72 heures de culture, la population bactérienne oxyde plus de 92 % de l'ADA et après 96 heures, la biodégradation est compléte. La cinétique de la biodégradation de l'ADA par B. psychrophilus a été étudiée en mesurant les fluctuations des teneurs en ATP et par chromatographie en phase gazeuse. Nous pensons que cette souche bactérienne peut jouer un rôle important dans la dépollution des eaux usées des papeteries du Saguenay.
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Rebillard, J. P., and M. Torre. "Numération bactérienne en épifluorescence par la méthode couplée DAPI-INT : application à un cas concret." Revue des sciences de l'eau 6, no. 2 (April 12, 2005): 153–74. http://dx.doi.org/10.7202/705171ar.
Abstract:
Un protocole simple de coloration par la méthode couplée DAPI-INT en microscopie à épifluorescence, associé à une lecture des préparations par caméra et vidéo-Imprimante, permet la mesure de paramètres biologiques impliqués directement dans les processus de dégradation de la matière organique en rivière : numérations de microflore totale, nombre de cellules physiologiquement actives (réduisant l'INT), nombre de cellules avec réserves de PHB, dimensions cellulaires et répartition en classes de taille aboutissant à l'évaluation de la biomasse carbonée. Tous les comptages et mesures sont réalisés à partir de clichés d'imprimante thermique, ce qui assure une reproductibilité et une comparaison entre échantillons plus objective qu'à partir de seules observations directes. Cette méthode permet de différer soit les comptages (échantillons fixés au formol après incubation à l'INT), soit surtout les mesures de dimensions cellulaires (archivage des clichés pour une exploitation ultérieure).Son application au cas de la rivière Charente montre une évolution particulière de la biomasse bactérienne en aval des rejets de l'agglomération d'Angoulême. La mise en évidence de cellules de grande taille (biovolume moyen de 0,3 µm3) et d'une population plus active pourrait traduire une modification physiologique de micro-organismes autochtones réagissant à des conditions de milieu particulières (rejets d'effluents carencés en azote).
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Labroussaa, Fabien, Vincent Baby, Sébastien Rodrigue, and Carole Lartigue. "La transplantation de génomes." médecine/sciences 35, no. 10 (October 2019): 761–70. http://dx.doi.org/10.1051/medsci/2019154.
Abstract:
Le développement de la génomique synthétique (GS) a permis l’élaboration d’outils et de méthodes innovantes permettant la synthèse, l’assemblage et la modification génétique précise de chromosomes bactériens complets. La raison principale de ce succès, ayant abouti à la création de la première cellule synthétique quasi-minimale JCVI-syn3.0, est l’utilisation de la levure Saccharomyces cerevisiae comme hôte temporaire d’accueil et de modification de ces génomes. Cependant, une autre technique a joué un rôle considérable dans le succès retentissant de ces travaux : la transplantation de génomes bactériens (TG). Cette technique, encore mal comprise, permet d’installer des génomes complets naturels ou synthétiques dans un contexte cellulaire favorable à leur expression et donner la vie. Une meilleure compréhension du processus de TG permettrait d’élargir l’ensemble des techniques de GS, appliquées actuellement quasi exclusivement à l’étude des mycoplasmes, à de nombreuses autres bactéries d’intérêt, y compris des bactéries génétiquement non-modifiables à ce jour.
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Dominique AUBEL and Martin FUSSENEGGER. "FACTEURS DE VIRULENCE BACTÉRIENS ET MÉCANISMES DE PATHOGÉNICITÉ ASSOCIÉS." ACTUALITES PERMANENTES EN MICROBIOLOGIE CLINIQUE 18, no. 03 (September 1, 2019): 38. http://dx.doi.org/10.54695/apmc.18.03.1519.
Abstract:
Au cours de son évolution, l’homme a acquis des mécanismestrès complexes et diversifiés pour se protéger contre l’agressionde parasites tels que les bactéries. La peau est le premier obstacleauquel la bactérie doit faire face. Cette structure de nature légèrement acide, sèche, colonisée par une microflore de bactériesnon pathogènes, et constituée dans sa partie la plus externe decellules mortes constamment éliminées, n’est pas favorable audéveloppement des bactéries pathogènes. Toutefois certainesbactéries peuvent franchir cette barrière en raison d’altérationsdiverses telles que des coupures et des brûlures. La bactérie doitalors faire face au tissu lymphoïde sous-cutané constitué d’unensemble de cellules spécialisées dont le rôle est d’éliminer lesbactéries e
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Baby, Vincent, Fabien Labroussaa, Carole Lartigue, and Sébastien Rodrigue. "Chromosomes synthétiques." médecine/sciences 35, no. 10 (October 2019): 753–60. http://dx.doi.org/10.1051/medsci/2019153.
Abstract:
Depuis les dix dernières années, les techniques de synthèse et d’assemblage d’ADN se sont grandement améliorées. La construction de molécules d’ADN synthétiques devient maintenant beaucoup plus simple et abordable de sorte qu’il est possible de reconstruire des chromosomes synthétiques complets. Nous assistons donc aux débuts de la génomique synthétique, qui vise la construction de génomes conçus sur mesure pour l’étude et l’utilisation de systèmes biologiques. De la synthèse des premiers génomes viraux jusqu’à la reconstruction des seize chromosomes de la levure, en passant par la première cellule bactérienne contrôlée par un génome entièrement synthétique, nous discutons des découvertes majeures, des aspects réglementaires et éthiques ainsi que du potentiel de cette nouvelle discipline pour le futur.
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Diallo, S., A. Guindo, G. Elien, B. Coulibaly, H. Diallo, OM Coulibaly, and F. Sylla. "CELLULITE ORBITAIRE CHEZ L'ENFANT : A PROPOS DE DEUX CAS." Revue Malienne d'Infectiologie et de Microbiologie 15, no. 1 (May 14, 2020): 61–63. http://dx.doi.org/10.53597/remim.v15i1.1567.
Abstract:
Les cellulites orbitaires sont définies par une infection aigue du contenu orbitaire qui touche plus fréquemment l'enfant. Nous rapportons deux cas cliniques de cellulite orbitaire chez deux enfants âgés respectivement de 8 et 11 ans qui avaient présenté une cellulite orbitaire secondaire à une conjonctivite bactérienne non traitée. Dans les deux cas : La tomodensitométrie orbitaire avait mise en évidence une cellulite orbitaire diffuse et l'analyse bactériologique du prélèvement avaient mise en évidence le staphylococcus aureus. Le traitement comportait une antibiothérapie par voie locale et orale. L'évolution était favorable au bout de 7 jours de traitement avec résorption complète de la cellulite. La cellulite orbitaire est une affection peu fréquente. Son évolution est toujours grave en l'absence d'un traitement.
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Bert, M. "La gencive péri-implantaire. Anatomie, pathologie, vieillissement." Revue d'Orthopédie Dento-Faciale 52, no. 2 (April 2018): 171–82. http://dx.doi.org/10.1051/odf/2018002.
Abstract:
Source initiale de controverses, la gencive péri-implantaire est une structure biologique maintenant relativement bien connue. La gencive péri-implantaire saine montre une grande ressemblance avec l’attache épithélio-conjonctive dentaire. Au niveau de l’épithélium, le sillon gingivo-implantaire ne comporte que quelques couches cellulaires, sans digitations, cellules positives à l’acide per-iodique de Schiff, traduisant la présence de muco-polysaccharides. Au niveau du tissu conjonctif, on trouve des fibres circulaires et des fibres perpendiculaires à la surface du titane. La gencive péri-implantaire pathologique montre, surtout en présence de plaque bactérienne, des infiltrats inflammatoires importants entre l’épithélium et le tissu conjonctif ainsi que des signes d’oedème de ces tissus. L’étude de l’évolution de cette structure dans le temps montre, lorsque l’hygiène est acceptable, un maintien de la qualité des tissus et un renforcement de la gencive kératinisée ou sa création lorsqu’elle n’était pas présente initialement.
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Mathieu, L., J. L. Paquin, J. G. Block, C. Randon,, J. Maillard, and D. Reasoner. "Paramètres gouvernant la prolifération bactérienne dans les réseaux de distribution." Revue des sciences de l'eau 5 (April 12, 2005): 91–112. http://dx.doi.org/10.7202/705155ar.
Abstract:
L'étude a permis de suivre l'évolution des caractéristiques physico-chimiques et microbiologiques des eaux dans un réseau de distribution expérimental de taille industrielle, afin de comparer d'une part l'effet du chlore et de la monochloramine sur la biomasse présente dans le système à l'équilibre et d'autre part d'établir des relations quantitatives entre prolifération bactérienne, oxydant et matière organique biodégradable. Dès les premières heures de transit dans le réseau, une consommation des oxydants est constatée, avec toutefois une plus grande stabilité de la monochloramine (vitesse de consommation de 0,05 mgCl2 l-1h-1 et 0,02 mgCl2 l-1h-1 respectivement pour le chlore et la monochloramine). Même en présence d'un désinfectant résiduel, il est possible de noter une accumulation de bactéries-à ta surface des tuyaux de distribution (105 à 106 cellules. cm-2, dont environ 1 % est cultivable sur gélose) qui augmente avec la diminution de concentration du désinfectant résiduel. Les relations logarithmiques entre densité cellulaire (phase eau ou biofilm) et oxydant résiduel montrent d'une part que pour inactiver totalement les bactéries en suspension dans l'eau il convient de maintenir une chloration en continu avec un résiduel constant supérieur ou égal à 0,5 mgCl2 l-1 et, d'autre part que les chloramines sont au moins 2,5 fois moins efficaces que le chlore, même vis-à-vis des bactéries fixées. La présence de matière organique biodégradable dans les eaux explique la prolifération des bactéries dans le système de distribution. Ainsi une concentration additionnelle de 100 µg.l-1 de carbone organique dissous biodégradable (CODB) dans l'eau entrant dans le réseau de distribution occasionne en 24 heures et à 20°C une augmentation du nombre de bactéries fixées (+7,5.105 cellules.cm-2) ou en suspension (+ 4.104 cellules.ml-1) dans le réseau de distribution, à l'équilibre, déjà largement colonisé par des micro-organismes. Ainsi le contrôle de la fraction biodégradable de la matière organique apparaît toujours comme un objectif primordial.
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Coomans, August, Myriam Claeys, and Tom T. M. Vandekerckhove. "Transovarial transmission of symbionts in Xiphinema brevicollum (Nematoda: Longidoridae)." Nematology 2, no. 4 (2000): 443–49. http://dx.doi.org/10.1163/156854100509303.
Abstract:
AbstractTransovarial transmission of bacterial symbionts in Xiphinema brevicollum was examined by means of electron microscopical- and fluorescence microscopical observations of intra-uterine and freshly laid non-embryonated eggs, as well as of embryonated eggs. The symbionts are mainly aggregated near one of the egg poles and this is observed in non-embryonated as well as in embryonated eggs. The bacteria are present in intestinal cells of first stage juveniles that are still enclosed by the egg-shell. In subsequent juvenile developmental stages their number increases and the intestinal cells are filled with the symbionts. Bacteria were not present in the genital primordium. It is hypothesised that the aggregated symbionts at one of the egg poles become enclosed in the E founder cell during embryogenesis and subsequently are distributed to the endodermal daughter cells. The bacteria become enclosed in the ovarial wall through an unknown mechanism only during the later stages of gonad development. Transmission transovarienne des symbiontes de Xiphinema brevicollum (Nematoda: Longidoridae) - La transmission transovarienne des symbiontes bactériens de Xiphinema brevicollum a été étudiée par observations en microscopie électronique et à fluorescence d'œufs non embryonnés, encore contenus dans l'utérus ou fraichement pondus, et d'œufs embryonnés. Les symbiontes sont en majorité agrégés à l'un des pôles de l'œuf, que celui-ci soit embryonné ou non. Les bactéries sont présentes dans les cellules intestinales du premier stade juvénile encore contenu à l'intérieur de la coque de l'œuf. Chez les stades juvéniles ultérieurs leur nombre croît et les cellules intestinales sont remplies de symbiontes. Ces bactéries sont absentes du primordium génital. L'hypothèse est avancée que les symbiontes agrégés à l'un des pôles de l'œuf se retrouvent, au cours de l'embryogenèse, dans la cellule fondatrice E et sont par la suite répartis dans les cellules endodermiques filles. Les bactéries ne se retrouvent dans la paroi ovarienne que lors des derniers stades du développement de la gonade par un mécanisme encore inconnu.
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Ireton, Keith, and Pascale Cossart. "Mécanismes d'entrée de Listeria monocytogenes dans les cellules de mammifères: facteurs bactériens, ligands cellulaires, signalisation." Annales de l'Institut Pasteur / Actualités 8, no. 2 (July 1997): 131–38. http://dx.doi.org/10.1016/s0924-4204(97)84732-4.
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Ehidiamhen, F. E., U. M. Agwu, G. O. Eze, S. E. Ogbata, C. G. Chukwu, C. N. Akujobi, and M. A. Nnoli. "HIV status of individuals who underwent pre-employment medical screening at a federal tertiary health institution in southeast Nigeria." African Journal of Clinical and Experimental Microbiology 25, no. 2 (April 3, 2024): 241–47. http://dx.doi.org/10.4314/ajcem.v25i2.16.
Abstract:
Background: The human immunodeficiency virus (HIV) targets the host immune system, particularly the CD4 T cells. The host resistance to opportunistic and non-opportunistic infections such as tuberculosis, fungal infections, severe bacterial infections, and several malignancies is weakened as a result of destruction of these CD4 cells by HIV. The purpose of this study was to determine the prevalence of HIV among individuals who participated in pre-employment medical screening at David Umahi Federal University Teaching Hospital Uburu, Ebonyi State, Nigeria, with the aim of connecting those who are HIV-positive to voluntary counseling and treatment programs.
Methodology: This was a retrospective analysis of the medical records of 537 eligible participants who underwent pre-employment medical screening exercise, and whose blood samples were tested for presence of HIV antibodies at the University Teaching Hospital, using the Determine HIV-1/2 (T1) and Unigold HIV-1/2 (T2), and the tie breaker Statpak HIV-1/2 (T3) tests. The serological results were interpreted according to the national HIV testing algorithm, with test result declared negative for HIV antibodies if T1 was negative or if only T1 was positive but T2 and T3 were both negative.
Results: Of the total record of 756 pre-employment participants for the medical screening exercise, only 537 met the inclusion criteria for the study. The mean age of the 537 participants was 34.2±6.9 and age range of 18-67 years; 325 (61.0%) were females while 212 (39.0%) were males. The seroprevalence of HIV among the study participants was 2.4% (13/537), with 1.4% (3/212) in the males and 3.1% (10/325) in the females (x2=0.879, OR=0.45; 95% CI=0.12-1.60, p=0.3485). Only participants in the age range 26–35 and 36–45 years were HIV seropositive, with prevalence of 2.9% (9/310) and 2.4% (4/169) respectively but the HIV seroprevalence was not significantly associated with age and gender of the participants (p>0.05).
Conclusion: The study findings provide useful information for the hospital administration of the HIV situation of its planned workforce, which will help with decisions on HIV positive participants to enrol in antiretroviral therapy program.
Contexte: Le virus de l'immunodéficience humaine (VIH) cible le système immunitaire de l'hôte, en particulier les lymphocytes T CD4. La résistance de l'hôte aux infections opportunistes et non opportunistes telles que la tuberculose, les infections fongiques, les infections bactériennes graves et plusieurs tumeurs malignes est affaiblie en raison de la destruction de ces cellules CD4 par le VIH. Le but de cette étude était de déterminer la prévalence du VIH chez les personnes ayant participé à un dépistage médical préalable à l'emploi à l'hôpital universitaire fédéral David Umahi d'Uburu, dans l'État d'Ebonyi, au Nigeria, dans le but de connecter les personnes séropositives à des conseils volontaires et des programmes de traitement.
Méthodologie: Il s'agissait d'une analyse rétrospective des dossiers médicaux de 537 participants éligibles qui ont subi un exercice de dépistage médical préalable à l'emploi et dont les échantillons de sang ont été testés pour la présence d'anticorps anti-VIH à l'hôpital universitaire, à l'aide du système de détermination du VIH-1/2 (T1) et Unigold HIV-1/2 (T2), ainsi que les tests de départage Statpak HIV-1/2 (T3). Les résultats sérologiques ont été interprétés selon l'algorithme national de dépistage du VIH, le résultat du test étant déclaré négatif pour les anticorps anti-VIH si T1 était négatif ou si seul T1 était positif mais que T2 et T3 étaient tous deux négatifs.
Résultats: Sur le total de 756 participants préalables à l'emploi pour l'exercice de sélection médicale, seuls 537 répondaient aux critères d'inclusion de l'étude. L'âge moyen des 537 participants était de 34,2±6,9 ans et la tranche d'âge était de 18 à 67 ans; 325 (61,0%) étaient des femmes tandis que 212 (39,0%) étaient des hommes. La séroprévalence du VIH parmi les participants à l'étude était de 2,4% (13/537), dont 1,4% (3/212) chez les hommes et 3,1% (10/325) chez les femmes (x2=0,879; OR=0,45; 95% IC=0,12-1,60; p=0,3485). Seuls les participants âgés de 26 à 35 ans et de 36 à 45 ans étaient séropositifs au VIH, avec une prévalence de 2,9% (9/310) et 2,4% (4/169) respectivement, mais la séroprévalence du VIH n'était pas significativement associée à l'âge et au sexe des personnes les participants (p>0,05).
Conclusion: Les résultats de l'étude fournissent des informations utiles à l'administration hospitalière sur la situation VIH de sa main-d'oeuvre prévue, ce qui aidera à prendre des décisions concernant les participants séropositifs à s'inscrire à un programme de thérapie antirétrovirale.
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BERNALIER, Annick, G. FONTY, and Ph GOUET. "Dégradation et fermentation de la cellulose par Neocallimastix sp. seul ou associé à quelques espèces bactériennes du rumen." Reproduction Nutrition Développement 28, Suppl. 1 (1988): 75–76. http://dx.doi.org/10.1051/rnd:19881112.
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ROGER, Valérie, G. FONTY, Sylvie KOMISARCZUK, and Ph GOUET. "Effet de quelques facteurs physico-chimiques sur l'adhésion à la cellulose de deux espèces bactériennes cellulolytiques du rumen." Reproduction Nutrition Développement 28, Suppl. 1 (1988): 77–78. http://dx.doi.org/10.1051/rnd:19881113.
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Blache, Denis, Laurence Gesquière, Nadine Loreau, and Phillipe Durand. "Oxidant stress: the role of nutrients in cell-lipoprotein interactions." Proceedings of the Nutrition Society 58, no. 3 (August 1999): 559–63. http://dx.doi.org/10.1017/s0029665199000737.
Abstract:
Oxidant stress is increasingly becoming an important hypothesis to explain the genesis of several pathologies, including cancer, atherosclerosis and also ageing. Beside a few rare genetic defects, dietary factors are thought to play a key role in the regulation of the production of reactive oxygenated species. An imbalance between nutrients, and in particular those involved in antioxidant status, could explain the onset of an enhanced production of free radicals. We will briefly review information concerning oxidation of lipids and lipoproteins which lead to atherothrombosis. We also present new findings supporting a role for blood platelets in generating oxidant species. New data are also described concerning the role of oxygenated derivatives of cholesterol, oxysterols, in cellular cholesterol efflux and NO production. Also, new developments relating to the influence of direct effects of free radicals on cellular cholesterol homeostasis are presented. Finally, the in vitro effects of butyrate, a natural short-chain fatty acid produced by bacterial fermentation, in the protection against free radical-mediated cytotoxicity are discussed. These data provide information on the mechanisms of dietary antioxidants in preventing oxidant stress.Résumé Au côté des rares cas d’origine génétique, les facteurs nutritionnels (déséquilibres alimentaires, déficience en nutriments antioxydants) jouent des rôles cruciaux dans la modulation de la production d’espèces actives de l’oxygène, conduisant à l’établissement d’un stress oxydant, situation métabolique de plus en plus reconnue comme susceptible d’être à l’origine de nombreuses pathologies comme les cancers, l’athérosclérose et également le vieillissement. Après avoir brièvement rappelé les données concernant l’oxydation des lipides et des lipoprotéines susceptibles de conduire au développement de l’athéro-thrombogenèse, nous présentons des données récentes et originales indiquant que les plaquettes sont en fait capables à l’instar d’autres cellules, de produire des formes actives de l’oxygène susceptibles de modifier les LDL. Des résultats originaux sont également exposés concernant l’effets des oxystérols, produits d’oxydation du cholestérol générés au cours de l’oxydation des LDL ou présents dans l’alimentation, sur deux paramètres importants comme l’efflux du cholestérol cellulaire et la production de monoxyde d’azote. De plus, des données nouvelles relatives à l’effets du stress oxydant et son inhibition par des antioxydants d’origine nutritionnelle sont exposées sur l’homéostasie du cholestérol cellulaire. Enfin, dans ce contexte, les effets potentiellement antiathérogènes d’un acide gras à courte chaîne produit par la fermentation bactérienne, le butyrate, sont décrits sur la protection de cellules en culture vis-à-vis d’un stress oxydant in vitro. Ces éléments contribuent à apporter de nouvelles informations renforçant la notion de fonctionnalité des nutriments dans la protection du stress oxydant en relation avec la pathogenèse.
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Taillandier, Daniel. "Contrôle des voies métaboliques par les enzymes E3 ligases : une opportunité de ciblage thérapeutique." Biologie Aujourd’hui 215, no. 1-2 (2021): 45–57. http://dx.doi.org/10.1051/jbio/2021006.
Abstract:
Depuis sa découverte, le Système Ubiquitine Protéasome (UPS) est reconnu pour son rôle majeur dans le contrôle de la plupart des voies métaboliques de la cellule. Outre son rôle primordial dans la dégradation des protéines, il intervient aussi dans l’adressage, la signalisation ou la réparation de l’ADN, ce qui en fait un acteur incontournable de l’homéostasie cellulaire. Bien que d’autres systèmes de contrôles existent dans la cellule, l’UPS est souvent considéré comme le chef d’orchestre. Au vu de son importance, toute dérégulation de l’UPS entraîne des désordres plus ou moins sévères pour la cellule et donc l’organisme. De fait, l’UPS est impliqué dans de nombreuses pathologies (cancer, maladie d’Alzheimer, de Huntington, etc.). L’UPS est composé de plus de 1000 protéines différentes dont les combinaisons permettent le ciblage fin de virtuellement toutes les protéines de l’organisme. L’UPS fait appel à une cascade enzymatique (E1, 2 isoformes ; E2 > 35 isoformes ; E3 > 800 isoformes) qui permet le transfert de l’ubiquitine, une petite protéine de 8,5 kDa, sur la protéine à cibler soit pour sa dégradation, soit pour modifier son activité. Ce signal d’ubiquitinylation est réversible et de nombreuses déubiquitinylases (DUB, ∼ 80 isoformes) jouent aussi un rôle important. Les enzymes E3 sont les plus nombreuses et leur fonction est de reconnaître la protéine cible, ce qui en fait des acteurs importants dans la spécificité d’action de l’UPS. La nature même des E3 et la complexité de leurs interactions avec différents partenaires offrent un champ d’investigation très large et donc des potentialités importantes pour le développement d’approches thérapeutiques. Sans être exhaustive, cette revue illustre les différentes stratégies ayant déjà été mises en œuvre pour lutter contre différentes pathologies (à l’exclusion des infections bactériennes ou virales).
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Zakhia, Frédéric, and Philippe de Lajudie. "La taxonomie bactérienne moderne : revue des techniques — application à la caractérisation des bactéries nodulant les légumineuses (BNL)." Canadian Journal of Microbiology 52, no. 3 (March 1, 2006): 169–81. http://dx.doi.org/10.1139/w05-092.
Abstract:
Taxonomy is the science that studies the relationships between organisms. It comprises classification, nomenclature, and identification. Modern bacterial taxonomy is polyphasic. This means that it is based on several molecular techniques, each one retrieving the information at different cellular levels (proteins, fatty acids, DNA...). The obtained results are combined and analysed to reach a "consensus taxonomy" of a microorganism. Until 1970, a small number of classification techniques were available for microbiologists (mainly phenotypic characterization was performed: a legume species nodulation ability for a Rhizobium, for example). With the development of techniques based on polymerase chain reaction for characterization, the bacterial taxonomy has undergone great changes. In particular, the classification of the legume nodulating bacteria has been repeatedly modified over the last 20 years. We present here a review of the currently used molecular techniques in bacterial characterization, with examples of application of these techniques for the study of the legume nodulating bacteria.Key words: polyphasic taxonomy, molecular characterization, bacteria, prokaryotes, legume nodulating bacteria, Rhizobium.
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ELOIT, M. "Vaccins traditionnels et vaccins recombinants." INRAE Productions Animales 11, no. 1 (February 1, 1998): 5–13. http://dx.doi.org/10.20870/productions-animales.1998.11.1.3912.
Abstract:
Différents types de vaccins sont actuellement disponibles ou en cours de développement. Ils peuvent être divisés en deux catégories : vaccins vivants et vaccins inertes. Les vaccins vivants traditionnels incluent des souches atténuées par des moyens conventionnels, comme la croissance dans des conditions de culture inhabituelles (bactéries), ou dans des cellules ou des animaux vis-à-vis desquels les souches ne sont pas initialement adaptées (virus). Les nouvelles générations de vaccins vivants utilisant les techniques de recombinaison génétique (vaccins recombinants) peuvent être fabriquées par mutagénèse dirigée de gènes de virulence, ou par clonage de gènes de protéines immunogènes dans des vecteurs viraux ou bactériens qui possèdent les propriétés souhaitées d’innocuité et d’efficacité. Les vaccins inactivés conventionnels sont fabriqués par traitement des microorganismes par des agents physiques ou chimiques. Dans la mesure où les fractions immunogènes des microorganismes sont de mieux en mieux connues, elles peuvent être utilisées pour fabriquer des vaccins ne comprenant que ces fractions immunogènes majeures (vaccin subunitaires) par purification, ou par expressionin vitro de protéines (un autre type de vaccin recombinant) ou enfin synthèse chimique de peptides. Récemment, il a été démontré, chez différentes espèces, que l’inoculation directe dans le muscle d’un gène codant pour une protéine immunogène (immunisation génétique) permettait d’induire une réponse immune cellulaire et humorale. Cette méthode correspond à un dernier type de vaccin recombinant. L’immunité systémique et muqueuse obtenue après injection de vaccin vivant est comparée à celle obtenue après injection de vaccin inerte.
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MULSANT, P. "Glossaire général." INRAE Productions Animales 24, no. 4 (September 8, 2011): 405–8. http://dx.doi.org/10.20870/productions-animales.2011.24.4.3273.
Abstract:
Allèle : une des formes alternatives d'un locus. Dans une cellule diploïde, il y a deux allèles pour chaque locus (un allèle transmis par chaque parent), qui peuvent être identiques. Dans une population, on peut avoir plusieurs allèles pour un locus.Annotation structurale : repérage des coordonnées des diverses structures dans le génome, telles que les gènes.Annotation fonctionnelle : renseignements sur les fonctions des séquences, le plus souvent pour les gènes.BAC : Bacterial Artificial Chromosome. Vecteur de clonage permettant l’obtention de clones bactériens contenant un grand fragment d’ADN génomique (taille > 100 kb*). Les BAC assemblés en contigs* sont à la base des cartes physiques du génome.Carte cytogénétique : carte des chromosomes. Réalisée par localisation visuelle (FISH*) au microscope de fragments d’ADN sur les chromosomes au stade métaphase de la mitose.Carte d’hybrides irradiés : réalisée en testant par PCR la présence ou l’absence de fragments d’ADN dans une collection de clones d’hybrides irradiés (RH*). Deux fragments d’ADN sont proches sur le génome s’ils sont trouvés fréquemment dans les mêmes clones.Carte génétique : obtenue par l’étude de la ségrégation dans des familles ou des populations, de marqueurs polymorphes, soit moléculaires, soit phénotypiques, deux séquences étant d’autant plus proches qu’elles sont souvent transmises ensemble lors de la méiose.Clonage positionnel : stratégie visant à identifier un gène responsable de l’expression d’un phénotype en utilisant des informations de position sur le génome.Contig : ensemble de clones (le plus souvent des BAC*) ou de lectures de séquence ordonnés grâce à des informations sur leur parties chevauchantes.Cosmide : vecteur de clonage permettant l’obtention de clones bactériens contenant des fragments d’ADN génomique de taille avoisinant les 50 kb*.CNV : Copy Number Variation ; polymorphisme du génome correspondant à la variation du nombre de copies d’une séquence, pouvant dans certains cas contenir un ou plusieurs gènes.Déséquilibre gamétique : pour deux loci quelconques, c'est le fait que la fréquence des haplotypes* estimée pour tous les gamètes est différente de celle attendue à partir du produit des fréquences alléliques de chaque locus. Synonyme : déséquilibre de liaison. Contraire de : équilibre gamétique.Dominance : qualificatif de l’effet d'un allèle, dont une copie suffit à l'expression du phénotype* approprié. L’allèle A est dominant sur l’allèle a si l’hétérozygote* Aa a le même phénotype* que l’homozygote AA.EST : Expressed Sequence Tag : séquences étiquettes (partielles) de transcrit, obtenues par séquençage aléatoire d’ARN.Evaluation génomique : évaluation de la valeur génétique d’individus d’après leurs génotypes pour un ensemble de loci distribués sur le génome, d’après des équations établies à partir des performances d’individus de référencephénotypés et génotypés.Expression génique : études visant à estimer le niveau de production (expression) des gènes en fonction d’états physiologiques ou de tissus différents.Exon : fraction de la partie codante d’un gène eucaryote. Les gènes des organismes eucaryotes sont le plus souvent fractionnés en plusieurs séquences d’ADN dans le génome, les exons, séparés entre eux par d’autres séquences (introns*).FISH : Fluorescent In Situ Hybridisation. Hybridation de sondes d’ADN marquées à l’aide d’un fluorochrome, sur des chromosomes au stade métaphase de la mitose. Permet la réalisation de la carte cytogénétique.Fingerprinting : technique permettant d’estimer très grossièrement la similarité entre des séquences d’ADN sans les séquencer, par la comparaison des longueurs de bandes produites par des enzymes de restriction coupant l’ADN à des sites précis.Fosmide : vecteur de clonage permettant l’obtention de clones bactériens contenant des fragment d’ADN génomique de taille déterminée et égale à 40 kb*.FPC : FingerPrint Contig* ; contig* de clones (généralement des BAC*) ordonnés par la technique du fingerprinting, afin d’obtenir une carte physique du génome.Génotype 1 : constitution génétique d'un individu. 2. Combinaison allélique* à un locus particulier, ex: Aa ou aa.Haplotype : combinaison allélique spécifique pour des loci appartenant à un fragment de chromosome défini.Héritabilité au sens strict : proportion de la variance phénotypique due à la variabilité des valeurs génétiques = proportion de la variance phénotypique due à la variance génétique additive.Hétérozygote : individu ayant des allèles non identiques pour un locus* particulier ou pour plusieurs loci. Cette condition définit l’ «hétérozygotie». Contraire de: homozygote.Homologues : séquences similaires en raison d’une origine évolutive commune.Hybride irradié : cellule hybride obtenue par fusion entre cellules hôte d’une espèce et donneuse d’une autre espèce, contenant une fraction aléatoire du génome de l’espèce donneuse, après cassures par irradiation, reconstitution aléatoire de chromosomes ou insertion dans des chromosomes de la cellule hôte et rétention partielle. Deux séquences proches sur le génome sont en probabilité dans les mêmes clones RH*, tandis que deux séquences distantes ont une probabilité faible d’être conservées ensemble.IBD : pour identity by descent. Identité entre deux chromosomes (ou parties de chromosomes), liée à leur descendance d’un même chromosome ancestral.Indel : Insertion – deletion ; polymorphisme de présence ou absence d’un ou plusieurs nucléotides.Intron : séquence non-codante dans les gènes, séparant les exons, qui codent pour une protéine.Kb : kilobase ; séquence de mille paires de bases (pb*).Locus (pl. : loci) : Site sur un chromosome. Par extension, emplacement d’un gène ou d’un marqueur génétique sur un chromosome.Marqueur génétique : séquence d'ADN dont le polymorphisme est employé pour identifier un emplacement particulier (locus) sur un chromosome particulier.Mate-pair : séquences appariées (1 à 10 kb* de distance), produites en circularisant les fragments d’ADN, puis par séquençage à travers le point de jointure.Mb : mégabase ; séquence d’un million de paires de bases (pb*) de longueur.Orthologues : séquences homologues* entre deux espèces.Paired-end : séquences appariées produites par la lecture des deux extrémités de courts fragments d’ADN (moins de 500 pb*) dans le cas des nouvelles technologies de séquençage.Paralogues : séquences homologues* résultat de la duplication d’une séquence ancestrale dans le génome. Il s’agit de deux (ou plus) séquences similaires par homologie dans un même génome.Pb : paire de base ; unité de séquence d’ADN, représentée par une base et sa complémentaire-inverse sur l’autre brin.Phénotype : caractère observable d'un individu résultant des effets conjugués du génotype et du milieu.Phylogénomique : utilise les méthodes de la génomique et de la phylogénie. Par la comparaison de génomes entiers, permet de mettre en évidence des pertes et gains de gènes dans les génomes, ainsi que leur variabilité moléculaire, afin (entre autres buts) d’aider à prédire leur fonctions.Plasmide : vecteur de clonage permettant l’obtention de clones bactériens contenant des fragment d’ADN génomique de taille allant de 500 pb* à 10 kb* environ.Polymorphisme d'ADN : existence de deux ou de plusieurs allèles* alternatifs à un locus.Puce à ADN ou puce pangénomique : Système permettant pour un individu le génotypage simultané de très nombreux marqueurs génétiques (de quelques milliers à quelques centaines de milliers).QTL : abréviation de locus à effets quantitatifs (de l’anglais Quantitative Trait Locus).Récessivité : qualificatif de l’effet d'un allèle, où l'homozygotie* est nécessaire pour l'expression du phénotype* approprié. opposé de : dominance*.RH : Radiation Hybrid (hybride irradié*)Sanger (méthode de) : méthode de séquençage publiée en 1977 (Sanger et al 1977) et encore utilisée de nos jours avec les séquenceurs à électrophorèse capillaire.Scaffold : ensemble de contigs* de séquence reliés entre eux par des informations apportées par des lectures appariées (mate-pairs* ou paired-ends*).Sélection assistée par marqueurs (abréviation : SAM) : utilisation d’un jeu restreint de marqueurs de l'ADN pour améliorer la réponse à la sélection dans une population : les marqueurs sont choisis comme étroitement liés à un ou plusieurs loci cibles, qui sont souvent des loci à effets quantitatifs ou QTL*.SNP : polymorphisme d'un seul nucléotide à une position particulière de la séquence d’ADN (abréviation de l’anglais Single Nucleotide Polymorphism).Supercontig : nom alternatif pour les scaffolds*.WGS : Whole Genome Shotgun ; production de lectures de séquence d’un génome entier de manière aléatoire.
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Meziani, Z., H. Hassaine, and F. Belhachemi. "Infections of implantable cardiac devices by biofilm forming bacteria in western Algeria hospitals." African Journal of Clinical and Experimental Microbiology 21, no. 4 (August 25, 2020): 290–303. http://dx.doi.org/10.4314/ajcem.v21i4.5.
Abstract:
Background: The significant increase in the use of implantable cardiac devices (ICDs) has been accompanied by biofilm formation and increase rate of infection on the devices. The purpose of our study is to describe the clinical and microbiological findings of infection of ICDs in the cardiology units of western Algeria hospitals.
Methodology: All patients with clinical diagnosis of ICD infections or infective endocarditis upon removal of their ICDs from December 2012 to August 2014 in cardiology units of 4 Algerian hospitals were included in the study. Each element of the ICD pocket and lead was separately sonicated in sterile saline, inoculated onto Chapman and MacConkey agar plates and incubated aerobically at 37oC for colony count after 24 hours. Biochemical identification of the bacteria isolates was made by API 20E, API 20 NE and API Staph, and confirmed by Siemens Healthcare Diagnostics WalkAway® 96 Plus System. Antibiotic susceptibility testing on each isolate was performed by the disk diffusion method on Mueller Hinton agar. Biofilm formation was detected by Congo Red Agar (CRA) and Tissue Culture Plate (TCP) methods, and hydrophobicity of the bacterial cell was determined by the MATH protocol.
Results: Over a period of twenty-one months, 17 ICDs were removed from patients with post-operative infections; 6 (35.3%) had early infection of ICD and 11 (64.7%) had late ICD infection. Fifty-four bacterial strains were isolated and identified, with coagulase-negative staphylococci being the predominant bacteria with 46.3% (25/54). There was no significant association between hydrophobicity and antimicrobial resistance in the 54 isolates but there is positive correlation between biofilm production and antimicrobial resistance, with the strongest biofilm producers resistant to more than one antibiotic. Four independent predictors of infection of resynchronization devices were reported; reoperation, multi-morbidity, long procedure, and ICD implantation.
Conclusion: Our study is the first in Algeria to describe microbiological characteristics of ICD infection. The bacteria in the biofilm were protected, more resistant and tolerated high concentrations of antibiotics and thus played a major role in the development of ICD infections. Despite the improvements in ICD design and implantation techniques, ICD infection remains a serious challenge.
Keywords: implantable cardiac devices, staphylococci, resistance, biofilm, hydrophobicity
French title: Infections des dispositifs cardiaques implantables par des bactéries formant un biofilm dans les hôpitaux de l'ouest Algérien
Contexte: L'augmentation significative de l'utilisation des dispositifs cardiaques implantables est un risque majeur d'augmentation du taux d'infection et donc du risque de formation d'un biofilm sur ce genre de dispositifs. L'objectif de notre étude est de décrire les résultats cliniques et microbiologiques de l'infection sur les dispositifs cardiaques implantables (DCI) dans les unités de cardiologie des hôpitaux de l'ouest Algérien.
Méthodologie: Tous les patients cliniquement diagnostiqués avec une infection sur DCI, ou une endocardite infectieuse et ayant subit un retrait de leur dispositif cardiaque sont inclus dans cette étude et cela sur une période entre décembre 2012 et aout 2014 dans 4 unités de cardiologie. Chaque élément du DCI (boitier et sonde) est trempé séparément dans une solution saline stérile, ensemencé sur deux milieux de culture, un milieu de Chapman et un milieu MacConkey et incubé en aérobiose à 37°C pour la numération des colonies après 24 heures. L'identification biochimique des isolats de bactéries est effectuée par le API 20E, API 20 NE et API Staph, et confirmée par le système WalkAway® 96 Plus de Siemens Healthcare Diagnostics. Les tests de sensibilité aux antibiotiques de chaque isolat sont effectués par la méthode de diffusion des disques sur gélose de Mueller Hinton. La formation d'un biofilm est détectée par les méthodes de la gélose rouge du Congo (CRA) et de la plaque de culture tissulaire (TCP), et l'hydrophobicité de la cellule bactérienne est déterminée par le protocole MATH.
Résultats: Sur une période de 21 mois, 17 DCI sont retirés de patients atteints d'infections postopératoires; 6 patients (35,3%) sont identifiés comme ayant une infection précoce sur leurs DCI et 11 patients (64,7%) ayant une infection tardive. Cinquante-quatre souches bactériennes sont isolées et identifiées, les staphylocoques à coagulase négative étant les bactéries prédominantes avec 46,3% (25/54). Il n'y a pas d'association significative entre l'hydrophobicité et la résistance aux antimicrobiens dans les 54 isolats, mais il existe une corrélation positive entre la production de biofilm et la résistance aux antimicrobiens, les plus puissants en biofilm sont résistant à plus d'un antibiotique. Quatre facteurs prédictifs indépendants d’infection des dispositifs cardiaques implantable sont retrouvés dans ce travail: ré-intervention, longue procédure, sujets multi-tarés, et implantation d’un DCI
Conclusion: Notre étude est la première en Algérie à décrire les caractéristiques microbiologiques de l'infection des DCI. Les bactéries présentes dans le biofilm sont protégées, plus résistantes et tolèrent de fortes concentrations d'antibiotiques et jouent ainsi un rôle majeur dans le développement des infections par DCI. Malgré des améliorations dans les techniques de conception et d'implantation de DCI, l'infection des dispositifs cardiaques implantables reste un problème grave et très couteux.
Mots-clés: dispositifs cardiaques implantables; staphylocoque; résistance; biofilm; hydrophobicité
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Samaliev, Harry, Fotini Andreoglou, Sami Elawad, Nigel Hague, and Simon Gowen. "The nematicidal effects of the bacteria Pseudomonas oryzihabitans and Xenorhabdus nematophilus on the root-knot nematode Meloidogyne javanica." Nematology 2, no. 5 (2000): 507–14. http://dx.doi.org/10.1163/156854100509420.
Abstract:
Abstract In two laboratory experiments and one pot experiment the influence of the bacterial symbionts Pseudomonas oryzihabitans from Steinernema abbasi and Xenorhabdus nematophilus from S. carpocapsae on the root-knot nematode Meloidogyne javanica was investigated. Exposure of egg masses of M. javanica to the bacteria and their metabolites resulted in reduced hatching of second stage juveniles (J2). J2 in contact with the bacteria and their metabolites exhibited disorientation and convulsive movements, but when they were washed and placed in fresh water, many regained normal movement. At dosages of 106 and 107 cells ml-1 mortality was 100% after 24 h exposure, Xenorhabdus being more toxic than Pseudomonas. In soil X. nematophilus was ineffective but P.oryzihabitans prevented invasion of J2 into tomato roots and there was evidence that the bacterium or its metabolites interfered with nematode development in galls. Overall, the results indicate that P.oryzihabitans may provide a possible control strategy for root-knot nematodes. Action nématicide des bactéries Pseudomonas oryzihabitans et Xenorhabdus nematophilus sur le nématode Meloidogyne javanica - Les présentes recherches, au travers de deux expériences au laboratoire et d'une troisième en pots, ont concerné l'influence sur le nématode Meloidogyne javanica des symbiontes bactériens Pseudomonas oryzihinabitans, provenant de Steinernema abbasi, et Xenorhabdus nematophilus, de S. carpocapsae. L'exposition de masses d'œufs de M. javanica aux bactéries et à leurs métabolites a provoqué une diminution de l'éclosion des juvéniles de deuxième stade (J2). Les J2 en contact avec les bactéries et leurs métabolites se sont montrés désorientés et sujets à des mouvements convulsifs mais, après qu'ils aient été lavés et placés dans une eau pure, bon nombre d'entre eux ont recouvré des mouvements normaux. Aux doses de 106 et 107 cellules/ml-1 la mortalité était de 100% après une exposition de 24 h, Xenorhabdus s'étant révélé plus toxique que Pseudomonas . Dans le sol, Xenorhabdus s'est montré inefficace tandis que Pseudomonas empêchait la pénétration des J2 dans les racines de tomate; de plus, il semblerait évident que les bactéries ou leurs métabolites aient une influence sur le développement des nématodes dans les galles. Dans l'ensemble, les résultats indiquent que P.oryzihinabitans peut fournir une éventuelle stratégie de contrôle envers les Meloidogyne.
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Kabuga, A. I., A. Nejati, and S. Shahmahmoodi. "Enterovirus and Parechovirus meningitis in children: a review of the epidemiology, diagnostic challenges, and significance of on-site CSF virology tests in tropical paediatric patients’ care." African Journal of Clinical and Experimental Microbiology 22, no. 1 (January 26, 2021): 12–20. http://dx.doi.org/10.4314/ajcem.v22i1.3.
Abstract:
Enteroviruses and Parechoviruses are increasingly recognized as the cause of aseptic meningitis, especially in the paediatric age group. However, because of indistinguishable clinical features with bacterial meningitis, many clinicians cannot make a clear distinction in disease presentation, and a large number of cases go undiagnosed. Although polymerase chain reaction is the current standard diagnostic approach, it takes many hours or days to get a result and these tests are not available at primary and secondary levels of care in many resource-poor countries. Furthermore, diagnosis is often difficult in children due to nonspecific cellular and biochemical cerebrospinal fluid findings. Some affected children may develop neurologic or/and systemic complications, resulting in prolonged hospital admission, increasing the risk of avoidable deaths, and healthcare expenditures. This review focuses on epidemiology, presentation, and diagnosis of Enterovirus and Parechovirus meningitis, highlighting the challenges in diagnosis and the potential roles of on-site CSF virology tests in improving the quality of paediatric patient’s care. The information provided should help early case detection, thereby ensuring avoidance of unnecessary antibiotics, minimal complications, a short period of hospital stays, and a reduction in healthcare-associated costs.
Keywords: Aseptic meningitis; Enterovirus; Parechovirus; Diagnostic challenge; On-site virology test; Children
FrenchTitle: Méningite à Entérovirus et Parechovirus chez les enfants: un examen de l’épidémiologie, des défis diagnostiques et de l’importance du tests virologique sur site du LCR dans les soins aux patients pédiatriques tropicaux
Les entérovirus et les parechovirus sont de plus en plus reconnus comme la cause de la méningite aseptique, en particulier dans le groupe d'âge pédiatrique. Cependant, en raison des caractéristiques cliniques indiscernables de la méningite bactérienne, de nombreux cliniciens ne peuvent pas faire une distinction claire dans la présentation de la maladie, et un grand nombre de cas ne sont pas diagnostiqués. Bien que la réaction en chaîne par polymérase soit l'approche diagnostique standard actuelle, il faut plusieurs heures ou jours pour obtenir un résultat et ces tests ne sont pas disponibles aux niveaux de soins primaires et secondaires dans de nombreux pays pauvres en ressources. En outre, le diagnostic est souvent difficile chez les enfants en raison de découvertes non spécifiques du liquide céphalo-rachidien cellulaire et biochimique. Certains enfants atteints peuvent développer des complications neurologiques ou systémiques, entraînant une hospitalisation prolongée, augmentant le risque de décès évitables et les dépenses de santé. Cette revue se concentre sur l'épidémiologie, la présentation et le diagnostic de la méningite à entérovirus et parechovirus, mettant en évidence les défis du diagnostic et les rôles potentiels des tests virologiques sur place dans le LCR dans l'amélioration de la qualité des soins aux patients pédiatriques. Les informations fournies devraient contribuer à la détection précoce des cas, garantissant ainsi d'éviter les antibiotiques inutiles, des complications minimales, une courte période d'hospitalisation et une réduction des coûts associés aux soins de santé.
Mots clés: méningite aseptique; Entérovirus; Parechovirus; Défi diagnostique; Test de virologie sur place; Enfants
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Bekadja, Mohamed. "Infection prevention practices among EBMT hematopoietic cell transplant centers." Journal de la faculté de médecine d Oran, 2017. http://dx.doi.org/10.51782/jfmo.v7i1.192.
Abstract:
Les infections bactériennes, fongiques ou virales sont des complications fréquentes au cours des procédures de greffes de cellules souches hématopoïétiques, aussi bien au cours des autogreffes qu’au cours des allogreffes en hématologie. Ces infections, en particulier les sepsis ou les infections fongiques, telles que les aspergilloses invasives,sont responsables d’un taux élevé de décès durant les phases d’aplasie post conditionnement, en particulier myéloablatif. Afin de diminuer la morbi-mortalité des infections, l’introduction du traitement préventif des infections a permis de réduire de façon significative le taux de mortalité lié à la procédure. Par ailleurs, le groupe coopératif européen des greffes EBMT a mis en place un organisme qui permet d’accréditer les activités des centres de greffe au vu des protoc
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Amrouche, Fethia, Abdelkader Namane, and Amina Hellal. "Cinétiques de biodégradation du phénol par des bactéries autochtones librement suspendus dans un réacteur batch." Journal of Renewable Energies 14, no. 3 (October 24, 2023). http://dx.doi.org/10.54966/jreen.v14i3.279.
Abstract:
Dans cet article, la biodégradation du phénol dans un réacteur batch par des bactéries autochtones, bacilles à Gram négatif et aérobies strictes, isolées à partir des eaux résiduaires usées de l’oued El Harrach, Alger, a été étudiée. L’effet de l’adaptation préalable des cellules au phénol, ainsi que l’influence de la concentration initiale sur la cinétique de biodégradation ont été déterminées. Les cellules adaptées préalablement au phénol avant la mise en culture, ont montré une meilleure disposition à le biodégrader, ainsi qu’un meilleur taux de croissance bactérien qui a atteint 0,10 h-1 pour une concentration initiale en phénol de 100 mg/l. L’inhibition des cellules par le phénol a été observée pour une concentration de 100 mg/l. Ce travail a montré que cette souche bactérienne autochtone en culture libre a une très grande aptitude à biodégrader le phénol dans un réacteur batch.