Academic literature on the topic 'Caractérisation des cellules immunitaires'

Longtemps cloisonnés dans des domaines de recherche distincts, métabolisme énergétique et immunité ont un lien étroit, récemment mis en exergue par le concept d’immunométabolisme. Dans un contexte infectieux, des reprogrammations métaboliques peuvent en effet survenir dans les cellules immunitaires et aboutir à l’accumulation de divers métabolites, dont certains, appelés métabokines, possèdent des propriétés inattendues d’immunorégulation et de défense antimicrobienne. Ils jouent un rôle crucial dans l’immunité anti-infectieuse, en régulant la réponse des cellules immunitaires de l’hôte, mais aussi en ciblant directement ou indirectement les microorganismes pathogènes.

Le projet Milieu Intérieur vise à élucider les facteurs environnementaux et héréditaires qui façonnent un système immunitaire sain, et à définir ses frontières lors de l’homéostasie et à la suite d’une stimulation immunitaire. Le projet repose sur un phénotypage immunitaire de 1 000 donneurs sains. En corrélant les mesures obtenues par analyse en cytométrie en flux de la composition des cellules immunitaires du sang périphérique en homéostasie avec les métadonnées associées, nous avons défini des valeurs de référence de phénotypes en fonction du sexe et de l’âge et constaté un impact significatif du tabagisme et de l’infection latente par le cytomégalovirus sur les phénotypes mesurés. Nous avons également identifié onze nouveaux polymorphismes (SNP, single-nucleotide polymorphism), associés à des phénotypes spécifiques de certaines cellules immunitaires. Des conduites expérimentales robustes et standardisées ont été établies pour quantifier les signatures protéiques et transcriptionnelles de la réponse immunitaire résultant de la stimulation des cellules du sang périphérique et pour explorer les déterminants génétiques et non-génétiques de la variabilité de cette réponse. Les approches analytiques établies par Milieu Intérieur et l’ensemble des données recueillies pourront ainsi servir de référence pour des études comparatives avec différentes maladies.

Les anticorps monoclonaux (AcM) ciblant les tumeurs sont aujourd’hui largement utilisés pour le traitement de patients atteints de cancer et leur nombre est en constante augmentation. Au cours de ces dix dernières années, de nombreuses études ont montré que l’action anti-tumorale de ces anticorps dépasse largement celle de simples thérapies passives comme cela avait été décrit initialement, avec non seulement le recrutement de cellules immunitaires innées pour favoriser l’activation des étapes précoces de la réponse immunitaire mais aussi avec la génération d’une réponse mémoire anti-tumorale protectrice sur le long-terme. La compréhension de ces mécanismes a récemment conduit au développement clinique d’une nouvelle génération d’AcM anti-tumoraux, modifiés afin d’augmenter leurs capacités à interagir avec les cellules immunitaires. Enfin, les premières études précliniques et cliniques ont démontré l’intérêt de développer des combinaisons thérapeutiques associant ces AcM anti-tumoraux à des immuno-, chimio- ou radiothérapies, afin de renforcer leur potentiel immunomodulateur et d’assurer une protection anti-tumorale efficace et durable.

Avec les besoins croissants en énergie renouvelable, les activités industrielles dans le domaine du photovoltaïque gagnent une place considérable dans le secteur de l’énergie. Afin d’être en adéquation avec ce marché de l’emploi en plein développement, il devient important de former des ingénieurs compétents dans ce domaine. Un TP a été développé au CIME Nanotech pour simuler, élaborer et caractériser des cellules photovoltaïques de première génération. Le travail de simulation (sur SILVACO®) porte sur les procédés de fabrication de la cellule, ainsi que sur sa réponse I-V sous éclairement. La fabrication (effectuée dans la salle blanche du CIME Nanotech) comprend essentiellement les étapes suivantes : (1) texturation de la surface d’un substrat de silicium (2) réalisation d’une jonction pn, (3) dépôt d’une couche anti-reflet et (4) métallisation. Au-delà de la confrontation aux procédés de fabrication en salle blanche, les étudiants appréhendent l’importance d’étapes technologiques comme, par exemple, la texturation ou la couche anti-reflet ainsi que le rôle de la géométrie, telle que le motif de métallisation. Ces cellules sont ensuite testées électriquement par la mesure des caractéristiques I-V sous obscurité et sous simulateur solaire. Les rendements et autres paramètres caractéristiques (facteur de forme, résistance série…) de chaque cellule sont ensuite calculés et comparés.

La greffe d’îlots pancréatiques permet de remplacer les cellules β de manière minimalement invasive, et d’améliorer significativement la qualité de vie des patients présentant un diabète de type 1. Cependant, ces mini-organes endocriniens, lorsqu’ils sont transplantés après une procédure d’extraction enzymatique du pancréas, se retrouvent déconnectés de leur vascularisation et de leur support fonctionnel. Les îlots doivent de plus faire face aux attaques des systèmes immunitaires inné et adaptatif, ainsi qu’à la récidive de l’auto-immunité. L’utilisation et la création d’organoïdes produisant et sécrétant de l’insuline permettent non seulement de contrôler et d’homogénéiser leur taille, mais également leur composition, avec la possibilité d’ajouter des cellules essentielles à leur survie, telles que des cellules endothéliales ou des cellules possédant des propriétés anti-inflammatoires et immuno-modulatrices. Dans cette revue, nous décrivons les obstacles rencontrés dans la greffe d’îlots et détaillons les bénéfices de l’utilisation d’organoïdes pour les surmonter.

Les mastocytes sont des cellules immunitaires dont la maturation, au sein du tissu hôte, est dictée par le microenvironnement tissulaire. L’avancée des recherches sur les mastocytes ces dernières années a montré que leurs fonctions vont bien au-delà des problématiques allergiques auxquelles ils ont été rapidement associés après leur découverte. La mise en évidence de leur participation aux réponses immunitaires innées ainsi qu’à la cicatrisation tissulaire a permis de comprendre leur implication dans certaines maladies. Néanmoins, il reste encore beaucoup à apprendre quant au rôle des mastocytes dans les dommages tissulaires radio-induits et, en particulier, il nous faut comprendre pourquoi certains résultats restent contradictoires. Pourtant, des outils thérapeutiques ciblant les mastocytes sont disponibles et pourraient offrir des perspectives thérapeutiques intéressantes dans la gestion des séquelles des radiothérapies.

Les protéines constituant la famille des TRP (pour Transient Receptor Potential) sont des canaux cationiques non spécifiques perméables au calcium. Ils sont exprimés dans de nombreux tissus et jouent un rôle essentiel dans la régulation de multiples fonctions physiologiques, en particulier dans les cellules non excitables. Le canal TRPV2 appartient à la sous-famille des TRP vanilloïdes. Peu d'informations sont disponibles sur ses propriétés fonctionnelles et ses modes d'activation, notamment en raison du manque d'outils pharmacologiques spécifiques du canal. Le premier objectif de ce travail a donc été de caractériser le profil pharmacologique de la protéine recombinante. Le développement d'un modèle de criblage pharmacologique a permis de déterminer un ensemble de molécules capables d'inhiber l'activation du canal TRPV2 induite par le 2- aminoethoxydiphenyl borate (2APB). Les orthologues de souris, de rat et humains présentent cependant des différences de sensibilité au 2APB, en effet le canal humain est totalement insensible. L'étude structure-fonction basée sur la construction de chimères entre les canaux murins et humains a permis d'identifier les déterminants moléculaires responsables de la sensibilité au 2-APB du canal de souris. Ce criblage a aussi abouti à l'identification des premiers composés endogènes connus capables d'activer le canal, les lysophospholipides. En parallèle, nous avons mis au point des outils moléculaires spécifiques afin d'étudier la fonction de la protéine endogène exprimée dans les cellules immunitaires. Par la stratégie d'interférence ARN, nous avons révélé l'implication du canal TRPV2 humain dans la fonction de chimiotactisme des leucocytes.

L’augmentation de l’incidence et l’absence de ressources thérapeutiques pour les formes non opérables de patients atteints d’un cancer HPV+ est un enjeu important. La forte immunosurveillance au sein des tumeurs associées aux HPV ainsi que la présence d’antigènes viraux associée à l’oncogenèse de ces cancers devraient privilégier le développement de stratégies d’immunothérapies comme la vaccination anti tumorale ainsi que le transfert adoptif de TILs. Ces avancées technologiques incitent à mieux comprendre les réponses immunitaires dans ces pathologies et à développer des stratégies combinant les immunothérapies pour le traitement de l’ensemble des cancers liés aux HPV. Nous avons dans un premier temps recherché les antigènes de tumeurs associés au pronostique de patients atteints d’un cancer du canal anal. Les patients ont été traités par une combinaison de chimiothérapies dont son bénéfice thérapeutique a été démontré par notre équipe. Le monitoring des réponses T spécifiques dans le sang périphérique de ces patients a permis de montrer que la Télomérase est un antigène de tumeur associé au SCCA ; et que la présence de LT Th1 spécifiques de la Télomérase est un facteur prédictif de la survie sans progression à 12 mois. Nos données ont également mis en évidence l’influence des M-MDSC sur les réponses immunitaires T spécifiques de nos antigènes ainsi que sur la survie des patients atteints d’un SCCA. Aucun effet des Treg n’a été observé sur les réponses immunitaires et la survie dans cette maladie. Les M-MDSC sont un facteur pronostique de la réponse au traitement des patients atteints d’un SCCA traités par chimiothérapies. Le second travail de cette thèse a permis de valider la faisabilité d’isoler des TILs à partir de prélèvements biopsiques issus de patients atteints d’un cancer HPV+. Les réponses immunitaires T spécifiques des oncoprotéines d’HPV16 sont corrélées dans 50 et 60% des cas entre le sang périphérique et la tumeur. Le dernier objectif de ce travail de thèse a permis de démontrer l’immunogénicité de la protéine SALL4, un facteur de transcription associé à la pluripotence et à l’auto-renouvèlement des cellules souches embryonnaires. Nous avons généré une technologie d’analyse des réponses CD4 Th1 anti-SALL4 permettant le suivi des réponses immunes chez les patients atteints d’un adénocarcinome digestif. Nos travaux ont également permis de montrer une faible fréquence de LT spécifiques de SALL4 dans le sang périphérique de patients atteints d’un SCCA. Ces résultats suggèrent que la présence de réponses spécifiques de SALL4 dans le sang périphérique de patients atteints d’un SCCA pourrait être l’objet d’une immunosurveillance menant à une diminution de la fréquence des LT CD4 SALL4+. Il serait intéressant d’analyser la présence de LT spécifiques de cet antigène dans des formes précoces de cancers HPV+
The increased incidence and the lack of therapeutic resources for non-operable forms of HPV+ cancer patients constitutes a major challenge. High immunosurveillance in HPV-associated tumors and the presence of viral antigens associated with oncogenesis of these cancers should focus on the development of immunotherapy strategies such as anti-tumor vaccination and adoptive transfer of TILs. These technological advances encourage a better understanding of immune responses in these pathologies and aim to develop strategies combining immunotherapies for the treatment of all HPV-related cancers. We first looked for tumor antigens associated with the prognosis of patients with anal canal cancer. The patients were treated with a combination of chemotherapy whose therapeutic benefit was demonstrated by our team. Monitoring specific T-immune responses in the peripheral blood of these patients has shown that telomerase is a tumor antigen associated with SCCA; and moreover that the presence of Telomerase-specific LT Th1 is a predictor of progression-free survival at 12 months. Our data also highlighted the influence of M-MDSC on the T-specific immune responses of our antigens as well as on the survival of patients with SCCA. As a result, M-MDSCs are a prognostic factor in the response to treatment of patients with metastatic SCCA treated with chemotherapy. The second work of this thesis validated the feasibility of isolating TILs from biopsy samples from patients with HPV-associated cancer. The specific T immune responses of HPV16 oncoproteins are correlated in 50 and 60% of cases between peripheral blood and tumor. The final objective of this thesis work demonstrated the immunogenicity of the SALL4 protein, a transcription factor associated with pluripotency and self-renewal of embryonic stem cells. We have generated anti-SALL4 CD4 Th1 response analysis technology to monitor immune responses in patients with digestive adenocarcinoma. Our work has also shown a low frequency of SALL4-specific T responses in the peripheral blood of patients with SCCA. These results suggest that the presence of specific SALL4 responses in the peripheral blood of SCCA patients could be subject to immunomonitoring resulting in a decrease in the frequency of CD4 LT SALL4+. It would be interesting to analyze the presence of specific LT of this antigen in the early forms of HPV-related cancers

Les myosites sont des maladies auto-immunes, caractérisées par des atteintes musculaires et extra musculaires. Le diagnostic des myosites peut être difficile et nécessite de l’expertise, afin d’éviter l’administration de thérapie inapproprié. Les mécanismes impliqués au cours des myosites sont peu connus. Notre but était de décrire le profil immunitaire des patients, afin d’identifier des biomarqueurs. Nous avons utilisé un panel de 36 marqueurs pour caractériser les PBMC issus de patients actifs (MIs, SAS anti-Jo1, myopathies anti-SRP et anti-HMGCR) et de sujets sains par cytométrie de masse combiné au « barcoding ». Tout d’abord, nous avons mis au point une procédure technique pour la détection simultanée de cibles extracellulaires et intracellulaires. En utilisant différents outils bio-informatiques, nous avons isolé une fréquence de lymphocytes CD8+T-bet+ > 51.5% comme étant un biomarqueur spécifique de la MIs en comparaison aux autres myosites, avec une sensibilité de 94,74% et une spécificité de 88,46%. De plus, nous avons identifié un profil immunitaire CD8+T-bet+ CD57- activé, potentiellement capable de prolifération et de maintien de mécanismes auto-immuns chez les patients atteints de MIs. Chez les patients anti-Jo1, nous avons observé une dérégulation de l’homéostasie des lymphocytes B, caractérisée par une diminution des lymphocytes B mémoires circulants. La présence de ces derniers dans le muscle des patients suggère qu’ils se nichent dans le muscle afin d’éviter l’action des immunosuppresseurs. Ces travaux ont permis l’identification de biomarqueurs et de phénotypes cellulaires potentiellement impliqués au cours de la MIs et du SAS anti-Jo1
Myositis is an autoimmune disease characterized by muscular and extra-muscular disorders. In the early stages of the disease, the diagnosis of myositis can be misleading and requires expertise, in order to avoid the administration of inappropriate treatment. The mechanisms involved in these diseases are poorly understood. Our aim was to describe the immune profile specific to each patient group, in order to identify biomarkers that may be useful for diagnosis and management of patients. We used a panel of 36 markers by mass cytometry to characterize PBMCs derived from active patients (sIBM, anti-Jo1 ASyS, anti-SRP and anti-HMGCR myopathies) and healthy subjects. First, we developed and optimized a technical procedure for the simultaneous detection of extracellular and intracellular targets by mass cytometry. Using different bioinformatics tools, we isolated a frequency of CD8 +T-bet + cells > 51.5% as a specific biomarker for sIBM compared to other myositis, with a sensitivity of 94.74% and a specificity of 88. , 46%. In addition, we identified an activated CD8 + T-bet + CD57- immune profile, potentially capable of proliferation and the maintenance of autoimmune mechanisms in patients with sIBM. In anti-Jo1 patients, we observed a dysregulation of B cell homeostasis, characterized by a decrease in circulating memory B cells. The presence of the latter in the muscle of patients suggests that they nest in the muscle to avoid immunosuppressants. This work allowed the identification of a biomarker that could enhance the diagnosis of MIs compared to other myositis and the identification of cells potentially involved during sIBM and anti-Jo1 ASyS

Les monocytes sont des leucocytes circulants dont la caractérisation est longtemps restée difficile. La dissection de l’ensemble de ces cellules en sous-populations fonctionnelles chez l’homme reste à ce jour insuffisante. Les monocytes sont cependant des précurseurs circulants de plusieurs populations de cellules dendritiques et de macrophages tissulaires, et occupent donc à ce titre une place prépondérante dans la mise en place des réponses immunitaires normales et pathologiques.À l'heure actuelle, trois sous-populations sont décrites chez l’homme : les monocytes classiques CD14+CD16neg, les non-classiques CD14dimCD16+ et les intermédiaires CD14+CD16+. Fonctionnellement, ces sous-populations sont diverses et hétérogènes et dotées de propriétés pro- et anti-inflammatoires apparemment redondantes. En pathologie, une augmentation du ratio entre CD16+ et CD16neg monocytes a été décrite en situation inflammatoire, suggérant un rôle des premières dans le développement et/ou l’amplification de l’inflammation. Parmi les monocytes non-classiques, des cellules capables de détecter des altérations de l’endothélium et ayant donc des propriétés spécifiques de surveillance du lit vasculaire ont été identifiées et caractérisées. Dans le but d’obtenir une meilleure définition des populations monocytaires et de les subdiviser en sous-populations où l’identification des fonctions de ces cellules serait plus accessible, je me suis attachée, dans ce travail de thèse, à analyser les différentes populations de monocytes humains circulants de manière aussi exhaustive que possible et avec les outils d’analyse biologiques et informatiques actuels. Les résultats, obtenus par l’analyse en cytométrie de flux de PBMC de 28 donneurs sains après marquage des cellules par vingt anticorps dirigés contre les molécules de surface, ont révélé l’existence d’une population de monocytes de plus grande taille. Ces « large » monocytes se subdivisent également en populations CD16neg et CD16+ (monocytes la14+16neg et la14+16+). Les monocytes restant ou « small » se composent de sm14+16neg largement majoritaires, de sm14+16+, et de sm14dim16+ auxquels se rajoutent des monocytes sm14lo16neg dont nous confirmons l’existence. L’expression des divers marqueurs sélectionnés a été faite par des méthodes d’analyse classiques, manuelles, ainsi que par l’utilisation d’algorithmes d’analyse non-supervisée. Les résultats ont montré les particularités d’expression propres à chaque population mais ont aussi indiqué que l’hétérogénéité phénotypique à l’intérieur de ces six populations de monocytes reste importante. Cependant, des profils d’expression qui sont partagés par plusieurs donneurs sains ont été identifiés. L’expression des molécules d’adhésion telles que CD49d, CD62L, CD162, ainsi que CD43 a été particulièrement utile pour cette identification. Quatre groupes phénotypiques majeurs ont ainsi été définis chez les 28 donneurs sains analysés
Monocytes are circulating leukocytes which characterization has long been difficult. Dissection of these cells into functional subpopulations in humans is still insufficient. Monocytes are however circulating precursors of several populations of dendritic cells and tissue macrophages, and play a prominent role in the development of immune response in steady state and pathology. At present, three monocyte subpopulations are described in humans: classical CD14+CD16neg, non-classical CD14dimCD16+ and intermediates CD14++CD16. Functionally, these subpopulations are diverse and heterogeneous and with apparently redundant pro - and anti-inflammatory properties. In pathology, an increase in the ratio of CD16 + to CD16neg monocytes has been described in inflammatory situation, suggesting a role of the former in the development and amplification of inflammation. Among the non-classical monocytes, cells that can detect changes in the endothelium and having then specific properties of vascular bed monitoring have been identified and characterized. In order to get a better definition of monocyte populations and break them down into subpopulations in which the identification of the cell functions would be more accessible, I endeavoured in this thesis work to analyse different populations of circulating human monocytes as comprehensively as possible and with state of the art analytical and computer tools. The results of flow cytometry analysis of PBMC from 28 healthy donors after cell staining with twenty antibodies directed against surface molecules revealed the existence of a population of monocytes of larger size

Les myosites sont des maladies auto-immunes, caractérisées par des atteintes musculaires et extra musculaires. Le diagnostic des myosites peut être difficile et nécessite de l’expertise, afin d’éviter l’administration de thérapie inapproprié. Les mécanismes impliqués au cours des myosites sont peu connus. Notre but était de décrire le profil immunitaire des patients, afin d’identifier des biomarqueurs. Nous avons utilisé un panel de 36 marqueurs pour caractériser les PBMC issus de patients actifs (MIs, SAS anti-Jo1, myopathies anti-SRP et anti-HMGCR) et de sujets sains par cytométrie de masse combiné au « barcoding ». Tout d’abord, nous avons mis au point une procédure technique pour la détection simultanée de cibles extracellulaires et intracellulaires. En utilisant différents outils bio-informatiques, nous avons isolé une fréquence de lymphocytes CD8+T-bet+ > 51.5% comme étant un biomarqueur spécifique de la MIs en comparaison aux autres myosites, avec une sensibilité de 94,74% et une spécificité de 88,46%. De plus, nous avons identifié un profil immunitaire CD8+T-bet+ CD57- activé, potentiellement capable de prolifération et de maintien de mécanismes auto-immuns chez les patients atteints de MIs. Chez les patients anti-Jo1, nous avons observé une dérégulation de l’homéostasie des lymphocytes B, caractérisée par une diminution des lymphocytes B mémoires circulants. La présence de ces derniers dans le muscle des patients suggère qu’ils se nichent dans le muscle afin d’éviter l’action des immunosuppresseurs. Ces travaux ont permis l’identification de biomarqueurs et de phénotypes cellulaires potentiellement impliqués au cours de la MIs et du SAS anti-Jo1
Myositis is an autoimmune disease characterized by muscular and extra-muscular disorders. In the early stages of the disease, the diagnosis of myositis can be misleading and requires expertise, in order to avoid the administration of inappropriate treatment. The mechanisms involved in these diseases are poorly understood. Our aim was to describe the immune profile specific to each patient group, in order to identify biomarkers that may be useful for diagnosis and management of patients. We used a panel of 36 markers by mass cytometry to characterize PBMCs derived from active patients (sIBM, anti-Jo1 ASyS, anti-SRP and anti-HMGCR myopathies) and healthy subjects. First, we developed and optimized a technical procedure for the simultaneous detection of extracellular and intracellular targets by mass cytometry. Using different bioinformatics tools, we isolated a frequency of CD8 +T-bet + cells > 51.5% as a specific biomarker for sIBM compared to other myositis, with a sensitivity of 94.74% and a specificity of 88. , 46%. In addition, we identified an activated CD8 + T-bet + CD57- immune profile, potentially capable of proliferation and the maintenance of autoimmune mechanisms in patients with sIBM. In anti-Jo1 patients, we observed a dysregulation of B cell homeostasis, characterized by a decrease in circulating memory B cells. The presence of the latter in the muscle of patients suggests that they nest in the muscle to avoid immunosuppressants. This work allowed the identification of a biomarker that could enhance the diagnosis of MIs compared to other myositis and the identification of cells potentially involved during sIBM and anti-Jo1 ASyS

Indoleamine 2,3-dioxygénase (IDO) est l'enzyme qui catabolise la conversion du tryptophan dans kynurenine, qui est en suite catabolisée par la voie de la kynurenine. L'objectif principal de cette thèse était de contribuer à la caractérisation de IDO. Ainsi, nous avons montré que IDO et HO-1 sont mutuellement inhibées dans le cancer du sein et les cellules dendritiques (DC). De plus, l'effet de IDO sur la biologie du cancer peut changer dépend radicalement de l'expression ou pas de HO-1. Au niveau des DC, nous avons montré que IDO promeut la maturation de DC sur la stimulation de TLR et ainsi augmente les cellules CD4+CD25 + Treg. L'interaction IDO/HO-1 pourrait être un déterminant majeur de la synapse Treg/Dc. IDO peut être réglé aussi par N0 dans les DC et ceci peut déterminer l'effet de CTLA4Ig. Finalement, ici nous avons montré que le blocage de CD40 mène à la survie de greffe dépendent de IDO et que les Treg peuvent induire cette enzyme dans les cellules endothéliales du greffon
Indoleamine 2,3-dioxygenase (IDO) is the rate-limiting enzyme in the catabolic conversion of tryptophan into kynurenine, which is further catabolized by the kynurenine pathway. The main objective of this thesis was to contribute to the characterization ofIDO. Thus, we showed that IDO and HO-1 are mutually inhibited in breast cancer and DCs. Furthermore, the effect of IDO on cancer biology can drastically change depending on the expression or not of HO-1. At the DC level, we showed that IDO promotes DC maturation upon TLR stimulation and thus expands CD4+CD25+ Treg cells. IDO/HO-1 interaction could be a major determinant of Treg/DC synapse. IDO can also be regulated by N0 in DCs and this can determine the effect of CTLA4Ig. Finally, here we showed that CD40 blockade leads to graft survival depending on IDO and that Treg cells can induce this enzymes in allogeneic endothelial cells

Les cellules dendritiques plasmacytoïdes (pDCs) font le lien entre l'immunité innée et l'immunité adaptative en produisant de l'interféron de type 1 en grandes quantités ainsi qu'en induisant l'activation et la prolifération des cellules T naïves de manière antigène-spécifique. Les pDCs expriment à haut niveau les récepteurs TLR7 et TLR9 et détectent ainsi les acides nucléiques d'origine virale. Les TLRs 7 et 9, localisés dans le réticulum endoplasmique (RE) à l'état basal, sont relocalisés vers les endosomes tardifs, lors de l'activation, pour initier la signalisation. Ce processus est dépendant de la protéine chaperon UNC93B1. Au cours de ma thèse, j'ai caractérisé une nouvelle molécule de la famille des protéines membranaires associées aux lysomes (LAMP), nommée BAD-LAMP. Cette protéine est, au sein du système immunitaire humain, exprimée spécifiquement dans les pDCs. Contrairement aux autres membres de la famille, BAD-LAMP n'est pas détectée dans les lysosomes mais est retenue dans le RE. J'ai également démontré que BAD-LAMP est régulée négativement lors de l'activation des pDCs induite par un ligand de TLR9. L'utilisation d'un système de cellules HeLa tranfectées et de différents mutants de BAD-LAMP avec des défauts de localisation m'ont permis d'établir que BAD-LAMP et UNC93B1 sont capables d'influencer mutuellement les adressage, par un mécanisme restant à identifier. BAD-LAMP pourrait aussi remplir un rôle de chaperon du complexe UNC93B1-TLR9 et moduler la réponse TLR9. L'étude d'un tel mécanisme de contrôle permettrait de mieux comprendre la régulation fine de la réponse immunitaire
Plasmacytoid dendritic cells (pDCs) link innate and adaptative immunity by producing large amounts of type-1 interferon and inducing naive T cell activation and proliferation in an antigen-specific manner. pDCs express high levels of TLR7 and TLR9 and thereby sense viral nucleic acids. TLRs 7 and 9, which rest in the endoplamic reticulum (ER) at steady-state, are re-localized to the late endosomal compartment upon activation for signaling. this process is dependent of the interaction between TLRs and the chaperone UNC93B1. During my thesis, I characterized a new molecule of the lysosome-associated membrane protein (LAMP) family, named BAD-LAMP. In the human immune system, this protein is exclusively expressed in pDCs. BAD-LAMP is not detected in lysosomes, as opposed to the other LAMP family members, but is retained in the ER compartment. I also demonstrated that BAD-LAMP is down-regulated after pDCs activation by a TLR9 ligand. Using trnasfered HeLa cells and several mutant forms of BAD-LAMP with localization defects, I etablished that BAD-LAMP and UNC93B1 can influence reciprocally their intercellular trafficking by a yet uncharacterize mechanism. BAD-LAMP could therefore act as a chaperone of UNC93B1-TLR9 complex and moduate the TLR9 response. The study of such a regulatory mechanism could help to understand better the fine tuning of the immune response

Les lymphocytes B régulateurs (Bregs) sont d’importants acteurs de l’immunité intervenant dans plusieurs pathologies. Cependant, les Bregs regroupent plusieurs populations cellulaires sans consensus concernant leur phénotype, ce qui complique leur étude et leur potentielle utilisation en thérapie cellulaire ou en tant que biomarqueur. Nous avons identifié une population Breg capable de bloquer une réponse T effectrice par des mécanismes dépendant du granzyme B (GZMB) et du contact cellulaire. Mon travail de thèse, centré sur l’étude de ces Bregs GZMB+, avait comme objectifs 1) de générer des Bregs GZMB+ possédant une expression répressible du GZMB, induite par génie génétique, à partir de cellules souches pluripotentes, et 2) de mieux caractériser ces Bregs GZMB+ ainsi que les sous-types de Bregs décrits par une méta analyse transcriptomique. Malgré une faible proportion de lymphocytes B différenciés à partir de cellules souches, nous avons amélioré la génération de progéniteurs hématopoïétiques CD34+CD43+ mais qui s’avèrent insuffisants pour la production de lymphocytes B. Nous avons montré que le phénotype CD31intCD45int pourrait enrichir les progéniteurs capables de se différencier en lymphocyte B et validé les outils CRISPR/Cas9 nécessaires aux étapes de modifications géniques pour induire l’expression du GZMB. Notre méta-analyse a permis d’identifier deux signatures transcriptomiques de 165 et 93 gènes spécifiques respectivement des Bregs humains et murins et soutient l’hypothèse d’une plasticité des lymphocytes B et d’une différenciation des Bregs en réponse à leur environnement. Ces travaux constituent une première étape vers la compréhension et l’utilisation de ces Bregs GZMB+
Regulatory B cells (Bregs) are key players in the immune response and are involved in various pathological situations. However, Bregs is a heterogeneous family with no consensual phenotype that has been proposed thus far rending there study and their use in cellbased therapy or as biomarker very difficult. We identified a Breg subset able to block a T cell effector response in a Granzyme B (GZMB) production and in a cell contact dependent manner. The objectives of my thesis work, focused on GZMB+ Bregs study, were 1) to generate GZMB+ Bregs with a repressible GZMB expression, induced by genetic engineering, from pluripotent stem cells and 2) to better characterize these GZMB+ Bregs and their different described subsets by performing a transcriptomic meta-analysis. While we obtained a low yield of B cells from stem cells, we improved the generation of CD34+CD43+ hematopoietic progenitors, which appeared insufficient for B cell production. We found that the CD31intCD45int phenotype might enrich the progenitors suitable for B cell differentiation and we validated CRISPR/Cas9 tools needed for the first step of genetic modification leading to GZMB expression. Our meta-analysis identified two distinct and unique transcriptional signatures of 165 and 93 genes, respectively associated with human and mouse Bregs and support the hypothesis of B cells plasticity into Bregs wich acquire their regulatory function under certain environmental conditions. This thesis work constitute a first step in the understanding and for the use of these GZMB+ Bregs

La caractérisation des mécanismes immunitaires associés à l’infection par le virus Ebola constitue un préalable indispensable à la conception de traitements et de vaccins. Dans un contexte de multiplication des épidémies, le recours à des traitements ou à des vaccins efficaces devient une priorité sanitaire dans la lutte contre les épidémies.

Ce chapitre s’inscrit dans la caractérisation du danger, une des quatre étapes de l’évaluation du risque. Il traite de la pathogénicité et de la virulence associés aux principaux agents microbiens susceptibles d’être présents dans les aliments. Les mécanismes pathogéniques tels que la colonisation du tube digestif, l'adhésion aux cellules épithéliales intestinales, l'invasion des tissus, la translocation sont décrits à l’aide de moult illustrations.

Les cobots sont apparus vers 2010 en industrie et les accidents sont très peu documentés. La gestion des risques en cobotique représente un réel défi. La littérature scientifique montre l’existence de divers modèles, méthodes et outils pour gérer les risques en cobotique, en mettant l’opérateur humain au cœur de l’intégration des applications collaboratives. Cependant, un autre humain clé de la mise en œuvre de ces applications est négligé la plupart du temps. Il s’agit de l’intégrateur, celui qui doit concevoir la cellule cobotique. À notre connaissance, deux études portant sur un même projet de conception d’un logiciel aidant à mettre en œuvre des cellules cobotiques sont les seules mettant l’intégrateur au cœur de leur invention. Cependant, cette prise en compte de l’intégrateur se base sur un retour d’expérience relatif à leurs intégrations passées. Le présent rapport se démarque en plaçant l’intégrateur au cœur de sa méthodologie et en exploitant l’analyse de l’entièreté du processus d’intégration au fur et à mesure qu’il se déroule. En effet, l’objectif de ce rapport est d’identifier, en laboratoire, les éléments essentiels au processus d’intégration sécuritaire de cellules cobotiques, en considérant les variabilités inhérentes à la tâche à cobotiser et à l’intégrateur. Pour y parvenir, l’étude passe par trois étapes principales : 1) la caractérisation des tâches cobotisées en industrie et des interactions humain-cobot à partir de matériels visuels issus d’études de cas et de visites en entreprise ; 2) l’intégration, en laboratoire, de quatre cellules cobotiques, à savoir deux tâches industrielles implantées chacune par deux intégrateurs (chaque intégrateur doit mettre en œuvre les cellules cobotiques relatives aux deux tâches industrielles) ; 3) l’analyse des éléments de prises de décisions des intégrateurs pour chacun des quatre processus d’intégration. La caractérisation à l’étape 1 du projet permet de proposer cinq classes d’applications collaboratives : 1) la collaboration directe en alternance ; 2) la collaboration directe d’assistance ; 3) la collaboration indirecte séquentielle ; 4) la collaboration indirecte parallèle ; 5) le partage d’espace occasionnel sans collaboration. La définition de ces classes est utile à tout intégrateur voulant démarrer son analyse des risques d’une installation cobotique. L’analyse des risques commence avec la détermination des limites de l’installation à mettre en œuvre, au sens de la norme en robotique ISO 10218 et, plus généralement, au sens de la norme ISO 12100 en sécurité des machines. À la lumière des résultats des trois étapes de l’étude, ce rapport propose un outil de détermination des limites d’une installation cobotique. Ces limites sont les variabilités inhérentes à la tâche à cobotiser, notées au fil de la réalisation des intégrations et des différentes étapes de la méthodologie. Nous avons constaté que, parmi tous les éléments de variabilité influençant les quatre processus d’intégration étudiés, les trois premiers éléments suivants liés à la tâche à cobotiser et les deux derniers éléments suivants associés à l’intégrateur étaient essentiels dans ces processus : 1) le choix du cobot ; 2) le type de pièce à manipuler et le type d’outil robotique ; 3) les contraintes de temps de cycle et de productivité ; 4) la formation de l’intégrateur en sécurité des machines en général et en sécurité en cobotique plus précisément ; 5) les informations, relatives à la sécurité ou la productivité, qu’il reçoit de son entourage, puisqu’elles le poussent à remettre en question ses choix initiaux et les corriger s’il y a lieu (il s’agit de rétroactions). Des pistes de réflexion relatives à ces éléments de variabilité sont énoncées à la fin du rapport.