Academic literature on the topic 'Bactéries hautement résistantes émergentes'

Les années 2000 ont vu émerger des souches particulières de bactéries multi-résistantes (BMR) dans le cadre hospitalier, en France et dans le reste du monde. Ces BMR qui pour certaines sont en passe d'échapper à l'arsenal d'antibiotiques disponibles font craindre un retour à l'ère pré-antibiotique. L'objectif de cette thèse était de caractériser ces phénomènes émergents à l'échelle d'un hôpital universitaire régional ou de l'inter-région Est. Nous avons montré que le profil de résistance aux antibiotiques constitue un outil utile et pertinent pour la détection de souches de staphylococcus aureus résistant à la méticilline (SARM) productrices de toxines PVL (leucocidine de Panton-Valentin) ou TSST-1 (toxine-1 du syndrome de choc toxique). De plus, des approches écologiques temporelles nous ont permis de démontrer l'efficacité de mesures d'hygiène (précautions complémentaires, utilisation de produits hydro-alcooliques. . . ) dans le contrôle de la diffusion d'Acinetobacter baumannii et de SARM au sein du CHU de Besançon. Une approche multiniveau nous a permis d'apporter un éclairage nouveau sur la part relative des caractéristiques individuelles des patients, identifiée comme prépondérante par rapport au contexte (écologie) dans l'hétérogénéité de la prévalence des infections à pseudomonas aeruginosa dans les hôpitaux de l'est de la France. En outre, l'épidémiologie moléculaire de P. Aeruginosa multi-résistant au CHU de Besançon révélait que les souches multi-résistantes de cette bactérie semblent émerger parmi des souches moins résistantes qui elles sont endémiques et diffusent largement par transmission croisée. Par ailleurs, la même approche montrait que l'émergence d'escheria coli producteur de bêta-lactamase à spectre étendu (BLSE) au niveau de l'inter-région Est impliquait un clone majeur, le clone intercontinental O25 : H4-ST2131 qui représentait environ 30 % des souches de cette BMR, appartenait au groupe phylogénétique B2 et présentait une BLSE de type CTX-M-15 principalement. Finalement, l'étude de ces phénomènes émergents parmi les BMR montre que le contrôle de la multi-résistance bactérienne représente un défi d'aujourd'hui et de demain
During the 2000s, multidrug-resistant (MDR) strains of bacteria have emerged in the hospital setting worldwide. These MDR strains for which therapeutic options are extremely limited represent an increasing public health concern. The purpose of this thesis was to characterize these emerging phenomenons in eastern hospitals of France. We showed that phenotypic rules based on antimicrobial resistance patterns are usefull and pertinent for detecting methicillin-resistant Staphylococcus aureus (MRSA) harbouring Panton-Valentine leukocidin (PVL) or toxic shock syndrome toxin 1 (TSST-1) genes. Temporal ecological studies demonstrated the effectiveness of infection control measures (barrier precautions, use of alcohol-based hand rub. . . ) to prevent spread of Acinetobacter baumannii and MRSA in University Hospital of Besançon. Using a multilevel approach, we shed new light on relative share of individual factors (patient), identified as predominant compared with ecological factors (hospital) in the heterogeneity of the prevalence of patients infected with Pseudomonas aeruginosa in eastern hospitals of France. In addition, molecular epidemiology of MDR P. Aeruginosa in University Hospital of Besançon revealed that these MDR strains seem to emerge under antibiotic selective pressure among less resistant strains, which spread widely by cross-transmission. Moreover, a similar approach showed that emergence of extended-spectrum beta-lactamase (ESBL)-producing Escherichia coli in eastern of France involved the intercontinental clone O25:H4-ST131. This major clone represented about 30 % if strains, belonged to phylogenetic group B2 and produced an ESBL of CTX-M-15 type, mainly. Finally, study of these emerging phenomenons highlighted the fact that control of MDR bacteria constitutes a challenge today and tomorow

Les infections associées au soins (IAS) sont un problème majeur de santé publique, notamment du fait qu’elles participent à la menace mondiale que représente l’antibiorésistance qui devrait en 2050 causer 10 millions de décès par an et se placer comme la première cause de mortalité dans le monde. La forte consommation d’antibiotiques, la promiscuité et la vulnérabilité des patients font de l’hôpital un lieu privilégié pour la transmission de bactéries notamment résistantes aux antibiotiques, et pour les phénomènes épidémiques. Les surfaces de l’environnement hospitalier jouent un rôle important dans ces phénomènes, en servant de réservoir et de relais aux agents responsables d’IAS. Mieux connaitre la diffusion des bactéries responsables d’IAS sur les surfaces de soins apparait alors comme un axe majeur de recherche. Dans ce travail, afin d’observer la circulation et la persistance, sur les surfaces hospitalières, des bacilles à gram négatifs (BGN) responsables d’IAS, et d’identifier les raisons de la diffusion et du succès épidémique de certaines espèces bactériennes et sous-populations bactériennes responsables d’IAS, des prélèvements intensifs de surfaces, au total 5329, ont été réalisés. Deux sources de contamination des surfaces de l’environnement hospitalier ont été considérées : l’origine hydrique avec P. aeruginosa comme chef de file, et l’origine humaine avec les bactéries productrices de carbapénèmases (BPC).Ce travail nous a permis de collectionner 567 souches environnementales issues d’un échantillonnage de terrain. Pour chaque souche, des données clinico-éco-épidémiologiques ont été recueillies. Cette collection de souches isolées en conditions réelles est le socle de cette thèse et constitue toute son originalité. Elle nous a permis de tracer, au plus près des conditions réelles, les routes de transmission des bactéries responsables d’IAS sur les surfaces de soins. Ainsi nous avons pu identifier des réservoirs environnementaux de BGN et analyser la circulation entre l’eau du point d’eau, les surfaces de soins et les patients pour les bactéries d’origine hydrique, et entre les surfaces de soins et les patients pour les bactéries d’origine humaine. Lors de l’analyse de ces circulations sur les surfaces de soins, les différents niveaux de complexité de la diversité des populations et sous-populations bactériennes ont pu être intégrés. Considérer cette complexité dans sa globalité semble être la clef pour mieux comprendre le rôle de l’environnement de soins dans la transmission de bactéries responsables d’IAS et les phénomènes épidémiques. De plus ce travail, a démontré que l’environnement proche des patients était le reflet des bactéries colonisant/infectant les patients tout en apportant des informations supplémentaires sur sa diversité. Ainsi le patient au sein de son environnement de soins devrait être considéré comme une seule unité de transmission afin de mieux anticiper la diffusion des bactéries dans l’environnement de soins et les phénomènes épidémiques
Healthcare-associated infections (HAI) are a major concern of Public Health because of their involvement in the global threat of antibiotic resistance, predicted to become the first cause of mortality in 2050 with about 10 million deaths a year. The high antibiotic consumption associated with both patients’ promiscuity and vulnerability make hospital an ideal place for cross-transmission of bacteria, especially drug-resistant bacteria, and for outbreak occurrence. Surfaces within hospital environment play an important role in these phenomena, serving as reservoir or relay for bacteria responsible of HAI. Better understand the diffusion of bacteria responsible of HAI onto hospital surfaces appears as a major axe of research.In order to observe the circulation and persistence of gram-negative bacteria (GNB) involved in HAI onto hospital surfaces, and to identify the reasons of diffusion and outbreak successes of certain bacterial species and sub-species, we performed intensive samplings of hospital environment, with a total of 5329 surfaces sampled. Two sources of contamination were considered: the hydric origin with Pseudomonas aeruginosa in leading position, and the human origin with carbapenemase-producing bacteria (CPB).During this work, we collected 567 strains by sampling the hospital environment. For every strain, both clinical, ecological and epidemiological data were gathered. The strains collection isolated in real conditions of hospital activities is the foundation of this thesis and constitutes its originality. It permitted to retrace, as close as possible to real-life conditions, the routes of transmission of bacteria responsible of HAI on hospital surfaces. This allowed us to identify environmental reservoirs of GNB and analyze the circulation of hydric bacteria between water and water point-of-use, surfaces and patients, as well as the circulation of human bacteria between patients and hospital surfaces. These analyses integrated the different levels of complexity of bacteria through the diversity of bacterial population and sub-populations. Considering this complexity as a whole seems to be the key to better understand the involvement of hospital environment in the transmission of bacteria responsible of HAI. Furthermore, we demonstrated that the close environment of patients reflected the bacteria colonizing/infecting patients, while providing further information on its diversity. Thus, the patient within its healthcare environment must be considered as a unique entity of transmission in order to better anticipating the diffusion of bacteria in hospital environment and the occurrence of outbreaks

L’objectif de notre travail était d’étudier les facteurs d'acquisition des entérocoques résistants aux glycopeptides (ERG) en situation épidémique, de décrire leur histoire naturelle et de modéliser leur transmission entre 3 services spécialisés. L’analyse multivariée bayésienne de notre première étude a montré que des antécédents d'hospitalisation et la prise d'antibiotiques et d'antiacides pendant l'hospitalisation favorisaient l'acquisition. La description de la cohorte de patients suivis depuis 2007a fait apparaître que la moitié des patients étaient pauci-excréteurs après 3 mois. Enfin l’analyse de la littérature a révélé que le modèle le plus pertinent pour simuler la diffusion hospitalière des ERG était celui basé sur les agents (agent-based model). Les simulations ont confirmé l’importance de l’hygiène des mains pour la prise en charge des patients, au regard d’autres mesures barrières. Avec une compliance à 80%, il n’y avait pas de cas secondaires dans 50% des simulations
The objective of our work was to study the factors associated with acquisition of glycopeptide-resistant enterococci (GRE) during a single-strain outbreak, to describe their natural history and to model their transmission between 3 specialized wards. The Bayesian multivariable analysis of our first study showed that a history of hospitalization and the use of antibiotics and antacids during hospitalization were associated with an increased risk of GRE acquisition. The description of GRE-carriers followed since 2007 then showed that half of the patients had negative screenings after 3months. Finally, the literature review revealed that the most relevant model for simulating GRE hospital diffusion was an agent-based model. The simulations confirmed the importance of hand hygiene for patient care in comparison to other barrier measures. With 80% compliance, there were no secondary cases in 50% of the simulations