Academic literature on the topic 'Bactéries associées'

Les données sur les affections pulmonaires du dromadaire en Mauritanie sont rares. L’objectif de cette étude a été de déterminer la prévalence des lésions pulmonaires et les bactéries associées dans des poumons de dromadaires à l’abattoir de Nouakchott (Mauritanie). A cette fin, 729 poumons de dromadaires ont été examinés, soit 31,5 p. 100 (729/2315) des animaux abattus durant la période de l’étude. Parmi ces 729 poumons, 421 ont présenté des lésions, soit une prévalence de 57,7 p. 100. Les types lésionnels dominants ont été l’atélectasie focale (68,6 p. 100), la pleurésie isolée (64,4 p. 100) et l’emphysème partiel (59,1 p. 100). La prévalence des pneumonies a été de 24 p. 100 et celle des kystes hydatiques de 5,2 p. 100. Ces lésions ont été classées en lésions mineures et en lésions majeures. Ainsi 17,3 p. 100 (73/421) des lésions observées étaient des lésions majeures. La fréquence élevée (64,4 p. 100) et l’aspect macroscopique de la pleurésie ont été des faits particuliers. Enfin, une fréquence relativement élevée d’ecoffrage a été notée (26,5 p. 100). L’examen histopathologique a confirmé les aspects macroscopiques. En outre, cet examen a révélé des parasites et des bactéries dans les lésions pulmonaires. Seize genres bactériens et plusieurs espèces bactériennes ont été isolés. En dehors des germes banals (Bacillus, Proteus), les agents bactériens les plus fréquemment isolés dans les trois types de prélèvements ont été les streptocoques, les staphylocoques et Escherichia. Plusieurs associations d’espèces bactériennes ont été notées au sein d’un même échantillon. Les genres bactériens associés aux lésions pulmonaires majeures ont été les streptocoques, les staphylocoques, les klebsielles et les corynébactéries.

Objectif : Dans un contexte de ressources limitées, la connaissance du profil des germes contaminant les blocs opératoires et leur résistance aux antibiotiques constitue un maillon de la prévention des infections associées aux soins. Ainsi, l'objectif de notre étude était de déterminer la sensibilité aux antibiotiques des bactéries isolées de l'environnement du bloc opératoire de l'Hôpital National de Zinder. Matériels et Méthodes : Nous avions mené une étude prospective, transversale et descriptive de Janvier à Mars 2020. Les prélèvements avaient été réalisés par écouvillonnage le matin avant le début des activités et avaient concerné les mains et blouses des chirurgiens, le matériel de chirurgie et les équipements du bloc opératoire. Nous avions effectué l'isolement, l'identification et l'antibiogramme des souches bactériennes au niveau du laboratoire de biologie par des techniques conventionnelles classiques. Résultats : Au total, 74 prélèvements avaient été effectués. La culture était positive dans 58,10% des cas (43/74). Les bactéries isolées étaient constituées de 25 souches de Bacillus spp (58,13%), 10 souches de bactéries Gram négatif non fermentaires avec Acinetobacter bamanii (14,0%), Pseudomonas aeruginosa (7,0%) et Stenotrophomonas maltophilia (2,3%) et 8 souches d'entérobactéries représentées par Serratia marcescens (4,7%), Enterobacter cloacae (4,7%), Enterobacter aerogenes (4,7%), Escherichia coli (2,3%) et Klebsiella pneumoniae (2,3%).Concernant la sensibilité des souches aux antibiotiques, une seule souche d'Enterobacter aerogenes était résistante à l'Imipenème et 3 des 9 entérobactéries isolées étaient productrices de bétalactamase à spectre élargi. Conclusion : Au vu de résultats de cette étude, il convient de mettre en place des procédures adaptées en vue d'une meilleure surveillance microbiologique des blocs opératoires. Cela contribuera sans doute à la prévention des infections associées aux soins.

La drépanocytose ou anémie SS est l’hémoglobinopathie la plus rependue au monde et constitue un problème majeur de santé publique en régions d’endémie. La présente étude a pour but de mener une enquête dans un centre spécialisé afin d’évaluer le coût des soins, d’identifier les maladies infectieuses associées à la drépanocytose et les médicaments utilisés pour les combattre et ensuite prédire les propriétés pharmacocinétiques et toxicologiques de ces médicaments et des phyto-marqueurs contenu dans Lippia multiflora, une plante utilisée dans la prise en charge alternative de cette hémoglobinopathie. Il ressort de cette étude que le sexe féminin est plus nombreux que le sexe masculin (54,5% vs 45,5%); la tranche d’âge de 6-15 ans est prédominante (81%) ; les grandes complications notées sont la septicémie (62%) ; les antibiotiques à large spectre d’action sont prescrits à 87,5% tandis que les antipaludéens sont prescrits à 47,0% ; le coût des soins des drépanocytaires est estimé à un montant supérieur à 100 USD (˃200.000 CDF) chez 52,5% des malades pour chaque crise ; la prise en charge de la drépanocytose par la médicine traditionnelle associée à la médecine moderne notamment l’association d’extrait des plantes avec les antibiotiques représente un risque d’interaction médicamenteuse pour les patients. Il est donc souhaitable que des études plus approfondies soient menées sur l’activité antibactérienne de Lippia multiflora afin de vérifier si cette plante n’est pas douée d’activité intrinsèque vis-à-vis des bactéries associées à la drépanocytose.

Background: Healthcare associated infections (HAIs) have been recognized as a critical challenge affecting the quality of healthcare services provided. A significant proportion of these infections result from cross-contamination of microorganisms which are often acquired and spread by direct contact with patients or contaminated adjacent environmental surfaces through the hands of healthcare workers (HCWs). The objectives of this study are to profile bacterial pathogens commonly found on the hands of health care workers while routinely attending to patients in thehealthcare facility and to determine their antibiotic susceptibility pattern.Methodology: The fingers of the dominant hand of 300 HCWs at the Barau Dikko Teaching Hospital (BDTH), Kaduna, Nigeria, were imprinted on 5% Sheep blood, MacConkey, and Mannitol salt agar plates and incubated at 37°C for 24 hours. Bacteria isolates were identified by Gram staining and conventional biochemical tests. The susceptibility of isolated bacteria to selected antibiotics was determined by the modified Kirby–Bauer disk diffusion method and interpreted using the 2012 guidelines of the Clinical and Laboratory Standards Institute.Results: Bacteria were isolated from the hands of all 300 HCWs, with coagulase negative staphylococci (CONS) being the most frequent (67.0%, 201/300). Other bacteria identified were Staphylococcus aureus (23.7%, MRSA of 3%), Streptococcus pyogenes (2.7%), and Enterobacteriaceae (6%). The isolates were highly sensitive to ofloxacin 96.7% (290/300), augmentin 87.7% (263/300) and ceftriaxone 87.3% (262/300).Conclusion: This study demonstrates a high rate of contamination of hands of HCWs with potentially pathogenic bacteria, some of which were multidrug resistant. Concerted efforts should be made to implement programs dedicated to improve hand hygiene practices in the tertiary health care facility. Keywords: Hand hygiene, bacterial, pathogen, healthcare workers, healthcare associated infection French title: Profil d'agents pathogènes bactériens contaminant les mains des travailleurs de la santé lors des soins quotidiens de routine auxpatients d'un hôpital tertiaire dans le nord du Nigéria Contexte: Les infections associées aux soins de santé (IHA) ont été reconnues comme un défi critique affectant la qualité des services de santé fournis. Une proportion importante de ces infections résulte de la contamination croisée de micro-organismes qui sont souvent acquis et propagés par contact direct avec des patients ou des surfaces environnementales adjacentes contaminées par les mains des travailleurs de la santé (TS). Les objectifs de cette étude sont de dresser le profil des agents pathogènes bactériens que l'on trouve couramment dans les mains des travailleurs de la santé tout en s'occupant régulièrement des patients dans l'établissement de santé et de déterminer leur profil de sensibilité aux antibiotiques.Méthodologie: Les doigts de la main dominante de 300 travailleurs de la santé au Barau Dikko Teaching Hospital (BDTH), Kaduna, Nigéria, ont été imprimés sur des plaques de gélose au sang de mouton à 5%, MacConkey et Mannitol et incubés à 37°C pendant 24 heures. Les isolats de bactéries ont été identifiés par coloration de Gram et tests biochimiques conventionnels. La sensibilité des bactéries isolées aux antibiotiques sélectionnés a été déterminée par la méthode de diffusion sur disque modifiée de Kirby-Bauer et interprétée en utilisant les lignes directrices de 2012 du Clinical and Laboratory Standards Institute.Résultats: les bactéries ont été isolées des mains des 300 TS, les staphylocoques à coagulase négative (CONS) étant les plus fréquents (67,0%, 201/300). Les autres bactéries identifiées étaient Staphylococcus aureus (23,7%, SARM de 3%), Streptococcus pyogenes (2,7%) et Enterobacteriaceae (6%). Les isolats étaient très sensibles à l'ofloxacine 96,7% (290/300), à l'augmentationin 87,7% (263/300) et à la ceftriaxone 87,3% (262/300).Conclusion: Cette étude démontre un taux élevé de contamination des mains des travailleurs de la santé par des bactéries potentiellement pathogènes, dont certaines étaient multirésistantes. Des efforts concertés devraient être faits pour mettre en œuvre des programmes visant à améliorer les pratiques d'hygiène des mains dans les établissements de soins de santé tertiaires. Mots-clés: hygiène des mains, bactérienne, pathogène, personnel de santé, infection associée aux soins de santé

Le foie possède de nombreuses fonctions biologiques importantes pour l’organisme. Il peut être atteint par diverses maladies, telles que les hépatites virales ou médicamenteuses, la fibrose et la cirrhose. Lors de ces affections, les hépatocytes endommagés sont progressivement remplacés par du tissu cicatriciel. Par ailleurs, une altération du microbiote oral peut être à l’origine d’une altération des réponses immunitaires et ainsi contribuer au développement d’une inflammation qui touchera également le foie. En effet, les personnes souffrant d’hémochromatose ou de stéatose hépatique non alcoolique présentent des anomalies importantes du microbiote oral. De même, des concentrations élevées de certaines bactéries colonisant la cavité buccale, telles que Porphyromonas gingivalis, sont associées à des facteurs de risque accrus de stéatose hépatique non alcoolique.

Les polysaccharides à base de mannose sont très largement répandus dans le monde vivant. D’un organisme à un autre, la longueur du squelette de mannose, le type de liaison entre les sucres, la composition et la longueur des ramifications sont extrêmement variables et confèrent à ces polymères des propriétés fonctionnelles et biologiques différentes. Au-delà de leur rôle structural ou encore de capteur de molécules d’eau dans les plantes, ils participent en particulier à la glycosylation des protéines et sont clairement impliqués dans les phénomènes d’interaction ligand-récepteur. Certains polymères de mannose viraux ou bactériens hautement conservés sont ainsi, chez les animaux supérieurs, reconnus très rapidement par l’hôte qui se défend en initiant une réponse non spécifique, dite « réaction immunitaire innée ». Plutôt reliées par les liaisons α chez les virus, les bactéries et les levures, les unités de mannose sont reliées par des liaisons β chez les végétaux supérieurs. Les β-mannanes sont présents dans tous les produits d’origine végétale, et à des teneurs particulièrement élevées dans certaines familles (palme, guar, coprah) et certains tourteaux utilisés en alimentation animale. Leurs propriétés anti-nutritionnelles observées chez les porcs et les volailles s’expliqueraient principalement par l’apparition d’inflammation intestinale induisant des baisses de performances, des baisses d’efficacité alimentaire et une augmentation des dépenses énergétiques associées à la mise en œuvre du système immunitaire.

Au-delà de la déshydratation, de l’hyperthermie et d’effets sur les systèmes cardiaque, respiratoire, endocrinien, immunitaire et nerveux, les fortes chaleurs sont associées à une augmentation de la mortalité, des accidents au travail, des suicides, ainsi que des violences domestiques et agressions. Les îlots de chaleur urbains amplifient les effets sanitaires des vagues de chaleur. Les événements climatiques extrêmes entraînent notamment décès et traumatismes. Plus indirectement, le change- ment climatique induit une modification de la distribution géographique de maladies à vecteurs et de bactéries aquatiques. Les températures élevées et les événements extrêmes sont associés à une diminution des rendements agricoles, qui peut induire malnutrition et troubles de la croissance. Le changement climatique pourrait renforcer la prolifération d’algues toxiques, et il a des implications en termes d’allergies. Il impactera aussi la concentration atmosphérique de polluants, augmentera la fréquence des feux de forêts et des tempêtes de sable et de poussière, associés à des problèmes respiratoires. L’augmentation du niveau de la mer pourrait contribuer à des migrations climatiques de masse, induisant des problèmes de maladies infectieuses et de conflits. L’acidification des océans pourrait déstabiliser les économies reposant sur la pêche. Les mesures de lutte contre et d’adaptation au changement climatique concernent les secteurs de l’agriculture, de l’urbanisme, des transports, de l’énergie et de l’industrie, qui façonnent des déterminants majeurs de la santé (alimentation, activité physique, pollution atmosphérique et bruit, contaminants chimiques). La lutte contre le changement climatique constitue ainsi une fantastique opportunité pour améliorer la santé.

L'activité phosphatasique a été mesurée sur le matériel particulaire obtenu par filtration d'eau de mer sur des membranes de 90 µm, 5 µm et 0,25 µm de vide de maille, de décembre 1999 à mars 2000. Le substrat utilisé est du paranitrophénylphosphate (pNPP) dissous dans l'eau de mer. Dans ces conditions, deux types d'activités, à faible et à forte affinités, ont été caractérisés pour chaque classe de taille. La contribution de la classe de taille comprise entre 0,25 et 5 µm à l'ensemble de l'activité a été la plus faible des trois fractions, alors que celle de la classe de taille supérieure à 90 µm a souvent été la plus forte. Des activités associées à la présence de bactéries ont été mises en évidence sur les fractions zooplanctonique et phytoplanctonique. Toutefois, celles-ci n'ont pu rendre compte de la totalité des activités mesurées, en particulier pour le zooplancton.

Laccaria bicolor S238N est un champignon ectomycorhizien utilisé commercialement en France dans le cadre de la mycorhization contrôlée. Lors de la production de l'inoculum en fermenteur, des contaminations bactériennes apparaissent régulièrement. La technique d'hybridation in situ associée à la microscopie confocale a permis de détecter plusieurs types de bactéries intracellulaires dans les cultures pures du champignon. La majorité des endobactéries était affiliée aux Firmicutes. Certaines ont été identifiées comme des Paenibacilli appartenant à la même espèce que des bactéries isolées à partir d'une culture en fermenteur de L. Bicolor S238N. En revanche, dans des échantillons de mycélium non axéniques comme les mycorhizes, les endobactéries détectées étaient majoritairement des a-protéobactéries. Comme les observations suggèrent que certaines endobactéries colonisent des cellules fongiques vivantes, il pourrait s'agir d'un cas d'endosymbiose bactérienne
Laccaria bicolor S238N is an ectomycorrhizal fungus used commercially in France for controlled mycorrhization. During the production of the inoculum in fermentor, bacterial contaminations occur recurrently. Fluorescent in situ hybridization associated with confocal microscopy has allowed to detect several types of intracellular bacteria in the pure cultures of the fungus. Most of these endobacteria belong to the Firmicutes. Some have been identified as Paenibacilli, and belong to the same species as bacteria isolated from a L. Bicolor S238N culture in fermentor. In contrast, in non axenic mycelium samples such as mycorrhizas, endobacteria affiliated to the a-proteobacteria were detected. Since some observations suggest that the endobacteria sometimes colonize live fungal cells, it could be a case of bacterial endosymbiosis

L’accumulation des métaux toxiques dans l’environnement représente une forte menace environnementale et sanitaire. Les éponges marines, invertébrés sessiles qui filtrent activement l’eau de mer environnante, peuvent concentrer des composés toxiques comme les métaux lourds (Pérez et al., 2005) et être utilisés comme bioindicateurs de pollution métallique (Patel et al., 1985). Elles hébergent une biomasse bactérienne importante (Websterand Taylor, 2012), dont le rôle dans la séquestration de polluants environnementaux reste encore mal connu.Notre étude s’est portée sur les bactéries tolérantes aux métaux lourds (Cu2+, Pb2+, Ni2+ etZn2+) associées à l’éponge méditerranéenne Spongia officinalis (classe : Demospongia, ordre :Dictyoceratida, famille : Spongiidae) connue pour son accumulation de métaux toxiques(Pérez et al., 2005). Nous avons d’abord développé une étude de la communauté bactérienne associée à l’éponge S. officinalis récoltée dans un environnement pollué en métaux par la combinaison d’approches moléculaire (DGGE, CARD-FISH) et culturale. Afin de comprendre les mécanismes d’accumulation et/ou de résistance vis‐à‐vis des métaux d’une souche de Pseudovibrio sp. isolée de S. officinalis pour sa tolérance au cuivre nous avons développé des approches combinées de protéogénomique (électrophorèse bidimensionnelle,séquençage du génome) et de microscopie (microscopie électronique à balayage couplée à une analyse élémentaire EDX). Enfin, la diversité chimique associée à l’éponge S. officinalis,sa variabilité spatiale et temporelle ont ensuite été caractérisées par couplage d’analyse chromatographique et de spectrométrie de masse (LC-MS, LC-MS/MS)
The accumulation of toxic metals in the environment is a strong environmental and health threat. Marine sponges are sessile invertebrates that actively filter the surrounding seawater.They can concentrate toxic compounds such as heavy metals (Perez et al. 2005) and are used as bioindicators of metal pollution (Patel et al. 1985). They host an important bacterial biomass (Webster and Taylor 2011), whose role in the sequestration of environmental pollutants is still unclear.Our study focused on bacteria tolerant to heavy metals (Cu2+, Pb2+, Ni2+, Zn2+) associated with the Mediterranean sponge Spongia officinalis (class: Demospongia, order Dictyoceratida,family: Spongiidae) known for its accumulation of toxic metals (Perez et al. 2005). We first developed a study of bacterial community associated with the sponge S. officinalis harvested in a metal polluted environment by the combination of cultural and molecular approaches(DGGE, CARD-FISH). The mechanisms of accumulation and/or resistance to copper of a sponge isolated strain, Pseudovibrio sp. was investigated by combined approaches of proteogenomics (two-dimensional electrophoresis, sequencing of the genome) and microscopy (scanning electron microscopy coupled with elemental analysis EDX). A final approach was developed to characterize the chemical diversity associated with this sponge and spatial and temporal variability by coupling chromatographic analysis and mass spectrometry (LC-MS, LC-MS/MS)

Au cœur des préoccupations régionales, les problèmes de turbidité rencontrés au niveau des systèmes de distribution en eau potable suscitent un grand intérêt, autant sur le plan économique que sur le plan sanitaire, et ont donné lieu à de nombreux travaux. Un des objectifs de cette étude, a été d'évaluer la validité de la turbidité, et des bactéries fécales, comme indicateurs de la qualité sanitaire de l'eau. L'origine du déclenchement des épisodes turbides et la nature des matériaux restitués ont également été étudiées. Dans ce but, les relations entre la nature et les quantités des matières en suspension (MES) et les concentrations en bactéries planctoniques et adhérentes aux particules en suspension ont été analysées sur le système karstique de Norville, constitué d'un point d'introduction, d'une source de surverse et d'un forage exploitant les eaux de la craie sous les alluvions. Cette approche originale, couplant des données hydrologiques et bactériologiques, a permis (i) de montrer que les conditions de transfert et/ou stockage partiel des communautés bactériennes dans le système karstique sont dépendantes de l'historique des chroniques hydrologiques et (ii) d'appréhender l'influence de l'exploitation du forage sur la dégradation de la qualité de la ressource. La mise en évidence de la présence récurrente dans le système karstique d'une espèce bactérienne (Pseudomonas oryzihabitans), spécifiquement associées aux MES, et de sa résistance exceptionnelle au chlore sous la forme adhérente, a en outre conduit à poser le problème des risques sanitaires liés aux biofilms
In the heart of the regional concerns, the problems of water turbidity occurring in the drinking water supply systems cause a great interest at an economic and sanitary point of view, and consequently give place to many studies. One of the objectives of this study was to evaluate the sanitary significance of the water turbidity and bioindicator concentration. The origin of the turbid events and the nature of the discharged materials were also investigated. In this aim, relations between the turbidity and the concentration of planktonic and sessile bacteria were analysed on the karstified site of Norville that comprises a sinkhole, a spring and a well-bore working chalk waters under alluvium. This original approach, that associated hydrogeological and microbiological measurements, allowed (i) to show that transfer and/or storage of bacterial populations within the karstified system are dependent of the previous hydrological events and (ii) to evaluate the influence of the well-bore exploitation on the deterioration of the water quality. Moreover, the recurring presence in the karstified system of a bacterial species (Pseudomonas oryzihabitans) that was always associated with suspended particles, and its high resistance to chlorine in the sessile status, questioned on the biofilm sanitary risk

Le fucane, constitué de L-fucose sulfaté, est extrait d'algues brunes. Depuis 1987, ce polysaccharide bioactif est étudié par le Laboratoire de Recherches sur les Macromolécules (CNRS, Université Paris 13) et le Centre IFREMER de Nantes dans le cadre de l'unité de Recherche marine n°2. A l'heure actuelle, ses propriètés n'ont jamais étè exploitées à des fins thérapeutiques en raison du manque de connaissance de sa structure fine et des mécanismes moléculaires gouvernant ses activités. L'objectif de ce travail était de développer une approche enzymatique pour la caractérisation de sa structure. Le Centre d'étude et de Valorisation des Algues, désireux de développer un pôle de production d'oligosaccharides, a mis ses moyens techniques à la disposition de ce projet de recherche d'enzymes bactérienne de dégradation du fucane. Nos travaux ont permis de disposer de deux bactéries associées à l'algue Ascophyllum nodosum, nommées B et C, capables de dégrader le fucane. Après optimisation de leurs conditions de culture et de stockage, ces bactéries ont été caractérisées comme appartenant à la famille des Flavobacteriaceae. Elles représentent deux nouvelles espèces bactériennes. Ces bactéries sont capables de produire une activité sulfatase et des fucanases extracellulaires. L'activité fucanase de la bactérie B aurait un mécanisme exolytique et l'activité fucanase de la couche C serait endolyptique. Le niveau d'activité des enzymes extracellulaires étant relativement faible, nous avons recherché des enzymes intracellulaires et périplasmiques chez la souche C. Les résultats obtenus nous ont laissé penser que l'activiité fucanase de cette bactérie serait intracellulaire et pourrait même avoir une localisation périplasmique. La caractérisation des enzymes mises en évidence doit être poursuivie. En effet, ces enzymes purifiées devraient s'avérer utile dans la compréhension des propriètés biologiques du fucane et permettre une modification selective du polysaccharide
Fucan constituted of sulfated L-fucose is extracted from brown seaweeds. Since 1987, this bioactive polysaccharide is studied by the Unity of Marine research n°2 constituted of the Research Laboratory on Macromolecules (CNRS, Paris 13) and IFREMER (Nantes). Currently its properties have never been used for therapeutic purposes. This is partly due to the lack of knowledge about its fine structure and moleculary mecanisms responsible for its activities. The aim of this work was to develoop enzymes for the characterisation of the structure of fucan. The Seaweed Manufacturing Technology Center, inclined to diversify its production of oligosaccharides, made its technical means available for this research about bacterial enzymes able to degrade fucan. Our research enable us to find two bacteria called B and C and associated to the brown seaweed Ascophyllum nodosum, able to degrade fucan. We optimized their culture conditions and their storage. Then we found that these bacteria belonging to the Flavobacteriaceae correspond to two new bacterial species. These bacteria produce an extracellular sulfatase activity and extracellular enzymes responsible for fucan degradation. The fucanase activity of the bacteria B could have an exolytic mecanism and the fucanase activity of the bacteria C could be endolytic. The grade of activity of the extracellular enzymes was low. So we look for intracellular and periplasmic enzymes associated to the bacteria C. The results let us thinks that the fucanase activity of this bacteria could be intracellular and could have a periplasmic localisation. The characterisation of these enzymes should be continued. The purified enzymes should indeed be useful for the understanding of biological properties of the fucan. They could also enable a selective depolymerisation of this polysaccharide

299 bacteries heterotrophes ont ete isolees sur des milieux additionnes de metaux. Ces bacteries, qui colonisent l'epiderme et le tube des alvinellidae preleves sur un site hydrothermal du 13#on (dorsale du pacifique oriental), ont ete identifiees comme membres des genres pseudomonas, alteromonas et vibrio. La determination de leur cmi a montre que 92,3% d'entre elles sont resistantes a au moins un des metaux testes et que 57% sont resistantes a plus d'un metal. La capacite de 40 d'entre elles a accumuler les metaux a ete demontree. Une fraction de ces bacteries (19,1%) contient un a cinq plasmides dont les tailles s'echelonnent de 4,6 a 156,9 kb. Les bacteries concernees presentent de fortes resistances pour les metaux testes, et en particulier pour l'arseniate. Elles sont de plus pour la plupart resistances a la penicilinne et au chloramphenicol. Le plasmide le plus frequemment rencontre (45,3 kb) determine la resistance a l'arsenite et a l'arseniate. Ces resistances sont inductibles par chacun de ces composes. La resistance a l'arsenic est egalement inductible chez les souches partiellement curees, ce qui suggere que les plasmides remanents ainsi qu'un ou des genes d'origine chromosomique seraient impliques dans ce mecanisme, l'ensemble des caracteristiques mises en evidence montre l'adaptation de ces micro-organismes a un environnement enrichi en matiere organique et contenant de fortes concentrations en metaux. Leur capacite a accumuler les metaux les rend susceptibles de contribuer au transfert de ces elements toxiques du milieu exterieur vers les cellules epidermiques des polychetes

Il est plus que nécessaire aujourd'hui d'apporter de nouvelles avancées dans le domaine des traitements anti-cancéreux. Il est également bien établi que dans la famille des produits bioactifs d'origine naturelle, les composés azotés sont largement représentés et ce dans la plupart des classes thérapeutiques. Aussi, ces travaux se sont concentrés sur l'obtention de composés azotés bioactifs d'origine naturelle en ciblant des produits cytotoxiques. Ce travail est divisé en trois parties. Tout d'abord, nous avons choisi d'étudier les souches bactériennes associées aux lichens. En effet, le réseau symbiotique complexe que représente le lichen est d'un grand intérêt pour l'identification de nouvelles souches bactériennes avec des potentiels de production de composés d'intérêt et notamment d'un point de vue biotechnologique. Dans un premier temps, un travail d'optimisation des conditions de culture d'une souche d'Actinobactérie, Nocardia sp, isolée à partir d'un lichen, Collema auriforme, a été réalisé dans le but de favoriser la production de composés cytotoxiques. Dans un second temps, l'étude bactériochimique de cette souche a permis l'isolement de 13 composés azotés, dont deux dicétopipérazines bromées qui sont nouvellement décrites ainsi que des dérivés puriques et pyrimidiques. Enfin, un travail de ciblage des composés actifs, par réseaux moléculaires et analyses multivariées de données de spectrométrie de masse, a mis en évidence des molécules potentiellement responsables de l'activité. La seconde partie de ce travail apporte des éléments de réponse sur la nature de la relation bactérie-lichen en observant les effets de certains composés lichéniques sur la croissance et le métabolisme bactériens ainsi qu'en étudiant le potentiel de biotransformation de trois bactéries associées aux lichens (une Firmicutes, une beta-protéobactérie et une Actinobactérie). Les souches sélectionnées ont toutes montré des capacités de biotransformation des composés lichéniques testés (notamment acide usnique et méthyl-beta-orcinolcarboxylate). Enfin, la troisième partie de ce travail décrit une nouvelle méthode d'obtention de composés azotés bioactifs d'origine naturelle par la voie synthétique. Ainsi, une nouvelle méthode de synthèse de la bgugaine, la coniine et la tylophorine a été étudiée et a permis d'obtenir la N-Boc-2-heptylpyrrolidine, démontrant la possibilité de synthétiser des alcaloïdes de type pyrrolidine et d'envisager la synthèse des cibles sélectionnées
New advances in anti-cancer therapeutic are today more than necessary. It is also well establish that amongst bioactive natural compounds, nitrogen compounds are widely represented and that, in all therapeutic classes. Thus, these works are focused on obtaining bioactive nitrogen compounds from natural sources targeting cytotoxic products. This work is divided in three parts. First of all, we chose to study bacterial strains associated with lichen. Indeed, lichens are a complex symbiotic network of great interest for the discovery of new bacterial strains. Especially for strains with a great biotechnological potential particularly in the production of compounds of interest. At first, culture conditions of an Actinobacteria, Nocardia sp, isolated from a lichen, Collema auriforme, were optimised in order to produce cytotoxic compounds. Secondly, the study of the secondary metabolites patterns of this strain allows the isolation of 13 nitrogen compounds, including 2 brominated diketopiperazines which are newly described, along with purine and pyrimidine derivatives. Finally, a targeting work of bioactive compounds was realised by establishing molecular networking and multivariate analysis of mass spectrometry data, highlighting molecules potentially responsible for activity. The second part of this work bring some answers about the nature of the relationship between bacteria and lichen, by observing effect of some lichen compounds on bacterial growth and metabolism as well as studying the biotransformation potential of three lichen-associated bacteria (a Firmicutes, an beta-proteobacteria and an Actinobacteria). All selected strains showed ability for the biotransformation of tested lichen compounds (usnic acid and methyl-beta-orcinolcarboxylate). Finally, the third part of this work describes a new method for obtaining bioactive nitrogen compounds by a synthetic way. Thus, a novel synthesis method of bgugaine, coniine and tylophorine was studied and led to N-Boc-2-heptylpyrrolidine, showing the possibility to synthesize pyrrolidine alkaloids and to consider the synthesis of selected targets

Le biofilm est à l’origine d’infections nosocomiales et d’intoxications alimentaires dans les secteurs alimentaire et hospitalier. Les bactéries structurées en biofilm peuvent se détacher et coloniser de nouvelles surfaces. Le risque microbiologique associé aux bactéries détachées de biofilm est peu étudié. Les travaux de thèse ont concerné, l’étude de l’effet des conditions de croissance sur les propriétés physicochimiques de surface de Staphylococcus aureus et Pseudomonas aeruginosa sous leurs formes détachées de biofilm et planctoniques, ainsi que leurs adhésion sur l'acier inoxydable (SS) et le polycarbonate (PC). Le pouvoir pathogène des deux populations bactériennes a été étudié. Les résultats ont montré que les conditions et le mode de croissance influencent les propriétés de surface et par conséquent l’adhésion de S. aureus et P. aeruginosa sur le SS et le PC. De plus, la température de croissance, le type de surface et l’âge physiologique des bactéries influencent significativement leur production des facteurs de virulence et leur cytotoxicité envers les cellules HeLa. Dans un deuxième temps, l'effet de température de croissance sur la résistance des cellules détachées de biofilm et planctoniques au chlorure de benzalkonium (BAC) a été évalué. Pour comprendre les mécanismes de résistance à l’échelle cellulaire, les lésions des membranes bactériennes associées au BAC ont été suivies par l’efflux des ions K+ intracellulaires. En outre, la fluidité membranaire de deux populations bactériennes a été caractérisée à travers l'étude de profils d'acides gras membranaires. Les résultats ont montré que la résistance au BAC dépend de la température et de l’état physiologique des bactéries
The biofilm formation in food and medical sectors represents a significant source of foodborne and nosocomial diseases. Bacteria structured in biofilm can detach and colonize new surfaces. The microbiological risk associated with biofilm-detached bacteria is poorly studied. On one hand, the thesis concerned the study of growth conditions effect on the bacterial surface physicochemical properties as well as the adhesion of Staphylococcus aureus and Pseudomonas aeruginosa biofilm-detached and planktonic cells to stainless steel (SS) and polycarbonate (PC). The pathogenicity of both bacterial populations has also been studied. The results showed that the conditions and the mode of growth influence the surface properties and consequently the adhesion of S. aureus and P. aeruginosa on the SS and the PC. In addition, growth temperature, surface type and physiological age of bacterial cells significantly influence their production of virulence factors and their cytotoxicity towards HeLa cells. On the other hand, the effect of growth temperature on the resistance of biofilm-detached and planktonic cells to benzalkonium chloride (BAC) was assessed. In order to understand the mechanisms of resistance at the cellular level, bacterial membrane damage associated with BAC was assessed by the efflux of intracellular K+ ions. In addition, the membrane fluidity of bacterial populations was characterized through the study of membrane fatty acid profiles. The results showed that resistance to BAC depends on the temperature and physiological state of the studied bacteria

La production inductrielle de ferments nécessite une étape de stabilisation qui affecte la qualité des cellules. Ce phénomène étroitement lié à l’espèce, voire à la souche bactérienne considérée, dépend également des conditions mises en œuvre lors de la conduite du procédé de production. Dans ce contexte, ce travail de thèse vise à améliorer les performances de Lactobacillus buchneri R1102 et Bifidobacteium longum R0175 à la lyophilisation et au stockage, et à identifier les réponses physiologiques associées.Dans une première partie, l’effet du temps de récolte sur les caractéristiques membranaires et les performances industrielles de Lb. Buchneri R1102 et B. lolngum R0175 a été anlysé. Une récolte en phase stationnaire conduit à une meilleure tolérance au cours de la congélation pour B. longum R0175 mais ne permet pas de maintenir une activité acidifiante élevée pour Lb. Buchneri R1102. Ces résultats sont reliés à une rigidificatioin de la membrane et à une augmentation de la proportion en acides gras saturés et cycliques en phase stationnaire de croissance.Dans une deuxième étape, les cellules de Lb. Buchneri R1102 ont été soumises à différentes conditions de stress osmotique. Un stress osmotique avec du KCl 0.1 M augmente la survie au cours de la lyophilisation mais ne modifie les caractéristiques membranaires des cellules. Un ajout de KCl 0.6 M en début de fermentation améliore la survie au cours du stockage à l’état lyophilisé. Ce phénomène est expliqué par une rigidification de la membrane lié à une augmentation de la concentration en acides gras cycliques et à une accumulation de bétaïne intracellulaire.Dans une troisème partie, l’effet de différentes atmosphères de culture sur l’état physiologique et les performances de Lb. Buchneri R1102 et B. longum R0175 a été étudié.Pour Lb. Buchneri R1102, l’apport d’air accélère significativement la croissance et la concentration bactérienne (air à 1.2 vvm) en fluidifiant les membranes cellulaires et en orientant le flux métabolique vers la production d’acétate. A l’inverse, l’apport d’azote ou d’un mélange de gaz N2H2 allonge les fermentations en diminuant le potentiel d’oxydoréduction. Enfin, l’apport des gaz air, N2 et N2H2 dégrade l’activité acidifiante de Lb. Buchneri R1102 mais augmente sa survie au cours du stockage, en lien avec des modifications de composition an acides gras et de synthèse protéique. Pour B. longum R0175, une concentration cellulaire plus élevée est obtenue lorsqu’un bullage N2 ou N2CO2 est effectué en début de culture. L’activité acidifiante des ferments est préservée au cours du procédé pour toutes les conditions testées, en lien avec une augmentation de la proportion d’acides gras insaturés et cycliques, mais sans variation de fluidité membranaire.Enfin, une meilleure survie cellulaire est obtenue lorsque les cellules sont cultivées avec du N2CO2 pendant toute la fermentation.Ce travail se conclut par la validation, à l’échelle pilote, des conditions conduisant à une amélioration de la stabilité biologique des ferments lyophilisés, tout en préservant les performances des fermentations
Industrial starter’s production requires a stabilization step that affects the quality of the cells. This phenomenon is closely linked to the used species and strains, and depends on the procedures applied during the production process. In this context, this thesis aims at improving the performances of Lactobacillus buchneri R1102 and Bifidobacterium longum R0175 during freeze-drying and storage, and to identify the corresponding physiological responses.In the first part of this work, the effect of the harvesting time on membrane characteristics and industrial performances of Lb. buchneri R1102 and B. longum R0175 has been analyzed. Harvesting the cells in stationary phase led to a better tolerance during freezing of B. longum R0175 but did not allow the maintenance of elevated acidification activity for Lb. buchneri R1102. These results have been related to a rigidification of the membrane and to an increase of the proportion of saturated and cyclic fatty acids in cellular membranes of cells recovered in stationary growth phase.In a second step, cells of Lb. buchneri R1102 have been submitted to different conditions of osmotic stress in order to improve their performances. An osmotic stress with 0.1 M KCl increased the cells survival during freeze-drying, without changing their membrane characteristics. In addition, adding 0.6 M KCl in the beginning of the fermentation improved the survival during storage on freeze-dried form. This phenomenon was explained by a rigidification of the membrane that was linked to an increase of cyclic fatty acids content and intracellular betaine concentration.The third part was devoted to the study of the effect of various gaseous atmospheres during the cultures, on the physiological state and the performances of Lb. buchneri R1102 and B. longum R0175. For Lb. buchneri R1102, aeration (air at 1.2 vvm) significantly accelerated the growth and the final cell concentration by increasing membrane fluidity and by directing metabolic flux towards acetate production. Conversely, adding nitrogen or the gas mixture N2H2 delayed the fermentations by decreasing redox potential. Lastly, injecting different gases (air, N2, N2H2) decreased acidification activity Lb. buchneri R1102 but increased its survival during storage, as a result of modifications of fatty acids composition and proteins synthesis. For B. longum R0175, a higher cell concentration was obtained when the culture medium was bubbled with N2 or N2CO2 at the beginning of the fermentation. In addition, acidification activity of these starters was well maintained for all tested conditions, which was linked to an increase of unsaturated and cyclic fatty acids proportion, but without any change in membrane fluidity. Lastly, a better cell survival was obtained for cells grown with N2CO2 all along the fermentation.Finally, this work is concluded finish with the validation, at pilot scale, of the conditions leading to an improvement of the biological stability of freeze-dried starters, while maintaining their performances during fermentation

Crambe crambe (Schmidt, 1862), espèce largement retrouvée en Méditerranée, est la source de nombreuxalcaloïdes guanidiniques (crambescines et crambescidines). Les voies de biosynthèse de ces métabolitessecondaires n’ont pas encore été démontrées. Il a cependant été proposé que les crambescidines seraientproduites à partir de polycétides, suggérant ainsi la possible implication de micro-organismes dans leurbiosynthèse. Cependant les quelques études portant sur la présence ou non de bactéries associées à cette épongesont contradictoires. Durant cette thèse, nous avons caractérisé la communauté bactérienne associée à C. crambepar l’utilisation de techniques à la fois moléculaires et microscopiques, mettant en évidence l’associationspécifique entre une bêtaprotéobactérie et cette éponge méditerranéenne. La présence d’un micro-organismespécifique au sein du mésohyle de l’éponge pose alors la question du rôle de ce dernier au sein de son hôte etplus particulièrement sa possible implication dans la synthèse des alcaloïdes guanidiniques. L’étude de ladiversité microbienne cultivable par la mise en place d’une procédure d’acclimatation et la conception de diversmilieux de cultures, a permis l’isolement de micro-organismes minoritairement associés à C. crambe, mais n’acependant pas conduit à l’isolement de la bêtaprotéobactérie spécifique. La comparaison des empreinteschimiques (CLHP/DAD/ELSD – CLHP/ESIMS) des extraits de l’éponge et des bactéries cultivées, a révélé queces micro-organismes minoritaires n’étaient pas à eux seuls producteurs de ces métabolites bioactifs. La bactériemajoritaire, principale candidate dans la synthèse des métabolites n’étant pas cultivable, nous avons développédeux études complémentaires afin d’apporter des éléments de réflexion quant à sa possible implication. Laculture ex situ de colonies C. crambe accompagnée d’un stress pH ainsi que l’étude de la distribution spatiale insitu des composés par imagerie par spectrométrie de masse se révèlent prometteuses bien qu’elles n’aient pas, àce jour permis d’identifier le possible rôle de la bêtaprotéobactérie dans la biosynthèse de ces métabolites
Crambe crambe (Schmidt, 1862), is a marine sponge widely distributed in the Mediterranean Sea and known toproduce bioactive guanidine alkaloids (crambescins and crambescidins). While the biosynthetic pathways ofthese metabolites remains unknown, bio-mimetic chemical synthesis of crambescidins suggested a possiblecontribution of microorganisms in their biosynthesis. Contrastingly, it had been reported via electron microscopythat bacteria were absent in the tissues of this sponge. Thus to shed light onto these contrasting results I studiedthe microbial community associated with C. crambe using alternative approaches. Using molecular andmicroscopic techniques, we demonstrated that a single bacterial species affiliated to the Betaproteobacteria ispresent in abundances commonly found in low microbial abundance sponges, and dominates the bacterialcommunity associated with C. crambe. This finding suggests a possible implication of bacteria the biosynthesisof C. crambe’s guanidine alkaloids. The use of acclimatization procedure and diverse cultivation approachesallowed the isolation of associated microorganisms which were rare or absent among the community describedvia tag pyrosequencing but not isolation of the dominant betaproteobacterium. CLHP/DAD/ELSD andCLHP/ESIMS fingerprints of extracts from C. crambe and from the isolated bacteria showed no evidence of theimplication of these cultured micro-organismes in the synthesis of C. crambe’s metabolites. Finally in order toevaluate the potential role of the uncultivated betaproteobacterial symbiont in the biosynthesis of guanidiniumalkaloids, preliminary experiments using two alternative approaches were attempted. In the first I subjectedsponges to a pH stress and evaluated changes in secondary metabolite profiles, while collecting samples formicrobial community analysis. In the second I tried different mass spectrometry imaging techniques to localizeguanidinium alkaloids in C. crambe tissues. While these experiments did not allow to resolve the question of apossible implication of the dominant betaproteobacterium in the biosynthesis of the pentacyclic guanidinealkaloids, I was able to gather interesting results that will guide future studies towards resolving this question

Ce chapitre s’inscrit dans la caractérisation du danger, une des quatre étapes de l’évaluation du risque. Il traite de la pathogénicité et de la virulence associés aux principaux agents microbiens susceptibles d’être présents dans les aliments. Les mécanismes pathogéniques tels que la colonisation du tube digestif, l'adhésion aux cellules épithéliales intestinales, l'invasion des tissus, la translocation sont décrits à l’aide de moult illustrations.

L’incidence des cancers des voies aéro-digestives (VADS), en France, est l’une des plus élevée du monde. La radiothérapie fait partie des thérapeutiques majeures de cette localisation. La radiothérapie conformationnelle tridimensionnelle (RT3D), est associée à des taux élevés d’effets secondaires aigus et chroniques. La qualité de vie fonctionnelle orale des patients est alors profondément diminuée, mastication, salivation, déglutition et phonation. Les avancées techniques avec la Radiothérapie Conformationnelle avec Modulation d’Intensité (RCMI) ont permis de délivrer une dose minimale efficace dans la tumeur et de minimiser les doses reçues dans les organes à risques améliorant la qualité de vie des patients. AM ce jour, il existe peu d’études cliniques sur l’impact dentaire des traitements des cancers des VADS. L’objectif de cette étude était d’évaluer le retentissement bucco-dentaire et la qualité de vie chez des patients présentant un cancer de la cavité buccale ou de l’oropharynx dont le traitement a été composé au moins d’une (RT3D) ou (RCMI). Une étude observationnelle, monocentrique, comparative et analytique a été menée au CHU Estaing entre janvier 2016 et juillet 2017. Ont été inclus dans l’étude les patients venant pour leur consultation de suivi dans le service de Chirurgie Maxillo-Faciale et Stomatologie, répondant aux critères suivant : cancer de la cavité buccale ou de l’oropharynx, ayant été traité au moins par RT3D ou IMRT, recul d’un an minimum après la fin de la radiothérapie. Les patients ont été divisés en 2 groupes : 21 en RT3D et 31 en IMRT. Les tests objectifs ont montré un bénéfice statistiquement significatif en analyse multivariée, dans le groupe RCMI, tant sur le plan de l’hyposialie de repos et stimulée, qu’au niveau de l’état dentaire, sur l’indice carieux, le nombre de colorations par des bactéries chromogènes, et le nombre de poches parodontales. Les critères d’analyses subjectifs sur le retentissement de la radiothérapie retrouvent aussi une différence statistiquement significative sur la xérostomie tardive, avec un grade <2 prédominant chez les patients du groupe RCMI. En terme de qualité de vie orale, l’analyse multivariée des questionnaires subjectifs, montre une diminution de la dysphagie, de la limitation d’ouverture buccale, des difficultés d’élocution, ainsi que de l’inappétence, et des problèmes de dents chez les patients RCMI. La RCMI est considérée aujourd’hui comme le traitement standard des cancers de la cavité buccale et de l’oropharynx de part ses résultats carcinologiques. Elle permet de mieux préserver les organes à risques, en particulier les glandes parotidiennes, avec une diminution de l’hyposialie et de la xérostomie tardive. Cette amélioration salivaire quantitative et qualitative se traduit par une diminution du retentissement dentaire direct et indirect, avec une baisse du nombre de caries radiques, de colorations dentaires chromogènes et de poches parodontales.