Academic literature on the topic 'Aspergillus – Pathogénicité'

L’anacardier (Anacardium occidentale L.), importante culture de rente, est confrontée à la menace de nombreux pathogènes qui entravent sa productivité au Cameroun. Dès lors, cette étude se propose de déterminer le potentiel d’une lutte biologique à base d’extraits végétaux sur les champignons pathogènes identifiés sur des fruits prélevés dans le bassin de la Benoué. Pour atteindre ces objectifs, l’identification des agents pathogènes des fruits, des tests de pathogénicité et l’évaluation de l’effet antifongique in vitro et in vivo des extraits de piments et de neem ont été effectués. Les résultats ont montré que ces fruits abritent une diversité d’espèces fongiques dont les principales sont Colletotrichum gloeosporioides, Oïdium anacardii, Fusarium solani, Aspergillus niger et Phytophthora sp. Les tests de pathogénicité ont produit les symptômes des maladies observées sur le terrain. L’huile de neem et les extrait de piment ont inhibé totalement la croissance de C. gloeosporioides, O. anacardii et A. niger aux doses respectives de 7,5% v/v et 75 mg/ml. Cependant, l'huile de neem s'est avérée plus efficace. Ces résultats représentent des sources d'information précieuses pour l’implémentation d'une stratégie de lutte intégrée contre les agents pathogènes de l’anacardier à l’origine de la baisse de sa productivité, affectant ainsi son potentiel économique.
 English Title: Antifungal effect of two plant extracts on pathogens identified on fruits of Cashew tree (Anacardium occidentale L.) in North Cameroon
 The Cashew tree (Anacardium occidentale L.), an important cash crop, is challenged by the proliferation of pathogens that affect its productivity in Cameroon. Therefore, this study aims to determine the potential of a biological control based on plant extracts on pathogenic fungi identified on fruits collected in the Benoué basin. To achieve these objectives, identification of fruit pathogens, pathogenicity tests and evaluation of the in vitro and in vivo antifungal effect of chilli and neem extracts were carried out. The results showed that these fruits harbour a diversity of fungal species, of which the main ones are Colletotrichum gloeosporioides, Oïdium anacardii, Fusarium solani, Aspergillus niger and Phytophthora sp. The pathogenicity tests have generated the symptoms of the diseases observed in the field. Neem oil and chilli extracts completely inhibited the growth of C. gloeosporioides, O. anacardii and A. niger at doses of 7.5% v/v and 75 mg/ml respectively. However, neem oil proved to be more effective. These results represent valuable sources of information for the implementation of an integrated pest management strategy against cashew pathogens that impede the productivity of the tree, thereby affecting its economic potential.

Bien que les micromycètes soient des champignons cosmopolites, très répandus dans l'environnement, seules quelques centaines d'espèces, parmi les 100 000 décrites à ce jour, sont régulièrement retrouvées comme agents responsables de mycoses humaines et animales. Ces espèces peuvent notamment être associées à des mycoses profondes, engageant le pronostic vital, qui se développent généralement chez des patients immunodéprimés. Leur incidence croissante au cours des 2 dernières décennies les a propulsées au premier plan des infections nosocomiales. Elle s'est accompagnée d'une diversification des espèces fongiques pathogènes, dont l'émergence résulte d'une adaptation à l'hôte par des mécanismes complexes. Les macrophages alvéolaires et les polynucléaires neutrophiles, par leur capacité à détruire ces microorganismes par production de dérivés oxygénés toxiques, notamment de radicaux superoxyde, jouent un rôle crucial dans ces mécanismes. Les défenses antioxydantes fongiques sont donc un enjeu majeur des processus d'adaptation. Le micromycète dispose de nombreux systèmes antioxydants non enzymatiques, mais le moyen le plus efficace d'éliminer ces dérivés reste la catalyse par les enzymes antioxydantes : superoxyde dismutase (SOD), catalase, enzymes des systèmes glutathion et thiorédoxine. L'objectif de notre travail était de comprendre par 2 approches complémentaires, phylogénétique et physiopathologique, le rôle des systèmes antioxydants fongiques, et plus particulièrement celui des SODs. Les micromycètes possédant classiquement 2 SODs, une MnSOD mitochondriale et une Cu/ZnSOD cytosolique, nous avons centré la première partie de notre étude sur la MnSOD, en (i) étudiant l'évolution des MnSODs chez les micromycètes d'intérêt médical par une analyse phylogénétique, et (ii) comparant la MnSOD, marqueur physiopathologiquement relevant, à un marqueur classique non codant (gènes ITS1 et ITS2 des ARN ribosomaux) pour l'analyse phylogénétique du complexe Trichophyton mentagrophytes. Cette première approche nous a permis de mettre en évidence non seulement l'intérêt taxonomique de ce marqueur discriminant, mais également son intérêt phylogénétique. En effet, pour la première fois, nous avons décrit la présence d'une MnSOD cytosolique (MnSODc), en plus de la MnSOD mitochondriale (MnSODm) classique, chez de nombreux champignons d'intérêt médical. La topologie de l'arbre nous a permis de proposer un scénario évolutif complexe, où apparaîtraient de multiples duplications, dont, notamment, une duplication ancestrale du gène de la MnSODm. Ces duplications multiples au cours de l'évolution pouvant être liées à l'émergence de la pathogénicité, nous avons, dans une deuxième approche, étudié la le rôle de la MnSODc dans la physiopathologie des mycoses profondes en centrant la suite de notre travail sur A. Fumigatus, le pathogène le plus fréquent et responsable de tableaux cliniques graves. Tout d'abord, l'analyse in vitro d'une souche sauvage et des 3 mutants déficients Cu/ZnSOD, MnSODm, et MnSODc, en conditions de culture standard et après un choc oxydant par la ménadione, a mis en évidence le rôle essentiel de la MnSODm à la fois pour la croissance du champignon et dans la défense contre le choc oxydant. La complémentarité des rôles des 2 autres isoenzymes (MnSODc et Cu/ZnSOD) suggérait que la redondance des SODs au niveau cytosolique pourrait permettre de répondre aux besoins de la cellule en fonction des différents stades métaboliques. Par ailleurs, afin de préciser le rôle des SODs et d'aborder en détail les mécanismes antiradicalaires mis en place au cours du choc oxydant, nous avons analysé par méthode microarrays l'effet d'un choc oxydant par la ménadione sur le transcriptome d'A. Fumigatus. Nous avons identifié 69 gènes modulés, impliqués dans 5 processus biologiques principaux : le transport de molécules, la régulation de l'expression génique, les mécanismes d'oxydo-réduction, la synthèse des lipides et la biogénèse de la paroi cellulaire. Une activation de la voie métabolique de l'acétyl-CoA, cohérente avec le rôle métabolique central du cycle de l'acide citrique (ou cycle de Krebs), a également été observée. De façon surprenante, l'expression des SODs n'était pas significativement modulée. Cependant, le rôle d'autres systèmes antioxydants non enzymatiques (isoprénoïdes) et enzymatiques (système thiorédoxine) a pu être mis en évidence, et pourrait donner de nouvelles clés pour mieux comprendre la physiopathologie des mycoses profondes

Le concept d’espèces cryptiques a révolutionné la taxonomie du genre Aspergillus ces dernières années. Plusieurs dizaines d’espèces peuvent désormais être retrouvées dans des prélèvements d’origine humaine, avec une incidence croissante. Cependant, leur identification précise restant difficile, les connaissances concernant leur pouvoir pathogène et leur sensibilité aux antifongiques demeures incomplètes pour le moment. Le développement récent de l’application en ligne MSI, dédiée à l’identification des microorganismes à partir de leur spectre de masse, a permis de démocratiser l’identification de ces « nouvelles » espèces. La collaboration avec le réseau d’utilisateurs de l’application nous a permis de constituer et d’étudier une importante collection d’isolats cryptiques (390 isolats issus de 69 espèces et 13 sections différentes), combinant une identification moléculaire précise, l’étude des profils de sensibilité aux antifongiques par une méthode de référence et l’implication clinique des isolats. Au cours de ce travail, nous avons mis en évidence des profils de résistance naturelle aux antifongiques, propres à certaines espèces. D’un autre côté, nous avons montré toute la diversité des espèces impliquées en pathologie humaine, dont certaines pour la première fois, ainsi que le tropisme pathogène particulier de quelques espèces. Ce travail nous a donc permis d’améliorer et d’apporter de nouvelles connaissances sur les espèces cryptiques d’Aspergillus et souligne toute l’importance de leur identification précise en pratique clinique. La version 2 de l’application MSI améliorée au cours de cette étude, représente donc un outil simple et puissant pour cela<br>In recent years, the cryptic species concept has revolutionized the Aspergillus genus taxonomy. Henceforth, dozens of species could be found in human samples, with an increasing incidence. However, as their identification remains a challenge, few is known regarding their pathogenicity or their antifungal susceptibility. The recent development of the MSI web application dedicated to the microorganism’s identification from their mass spectra, has improved these “new” species identification in numerous centers. The collaboration with this network of users allowed us to collect and study a large collection of cryptic isolates (390 isolates from 69 species and 13 sections), combining an accurate DNA sequence-based identification, the antifungal susceptibility testing by reference method and the clinical involvement. We brought evidence for species-dependent antifungal resistance patterns. We also highlighted the extent of species diversity involved in human disease, including some species never described, and the species-dependent pathogenicity patterns for some species. Thus, this work improved the knowledge on Aspergillus cryptic species and underline the importance of their accurate identification in clinical practice. The new version 2 of the MSI application, upgraded during this study, stand for an easy and powerful tool for this

Le goéland leucophée endémique dans la région méditerranéenne française. Son mycobiote intestinal n'a jamais été étudié. Ce travail visait à décrire le rôle de ces oiseaux comme réservoir et disséminateur de champignons pathogènes pour l’homme. Nous avons collecté 177 guano de goélands dans cinq sites sur le littoral méditerranéen français; La Grande-Motte, Palavas-les-Flots, Pierre-Blanche, Frioul and Riou archipels. Nous avons identifié dix-sept espèces de levure; les plus fréquentes étant Candida krusei, Galactomyces geotrichum, C. glabrata et C. albicans. On notait d’une part une augmentation de la fréquence des espèces anthropiques de levures C. glabrata et C. albicans avec l’anthropisation des biotopes des colonies de goélands dont d’isolats résistants aux antifongiques. Nous avons analysé les communautés de champignons filamenteux aérocontaminants isolés à partir des mêmes échantillons. Nous avons identifié 16 genres de champignons filamenteux. la faible diversité et abondance de champignons filamenteux dans les zones urbaines par rapport aux suburbains ou à un environnement peu affecté par l'anthropisation et l’association claire entre certaines espèces fongiques et des environnements particuliers. nous avons analysé la génétique des populations de la levure C. glabrata. Nous avons typé par MLVA, 111 isolats de goélands et 79 isolats collectés chez des patients des hôpitaux de Nîmes, Montpellier et Marseille. Nous avons observé une diversité génétique similaire entre les populations de C. glabrata isolées chez le goéland ou chez l’homme. Les isolats de C. glabrata résistants au fluconazole se distribuaient uniformément dans les deux populations<br>The yellow-legged gull is endemic in the French Mediterranean area. Their gut mycobiota has never been studied. This work aimed to describe their role in the spreading of potentially human pathogenic fungi with antifungal resistance. Therefore, we sampled 177 yellow-legged gull’s faecal samples in five sites along the Mediterranean littoral South of France; La Grande-Motte, Palavas-les-Flots, Pierre-Blanche, Frioul and Riou archipelagos. We identified seventeen yeast species; the most frequent were Candida krusei, Galactomyces geotrichum, C. glabrata, C. albicans and Saccharomyces cerevisiae. The frequency of the anthropic yeast species C. glabrata and C. albicans increased with the synanthropy of the gull’s colonies and antifungal resistance was found in each of the five most frequent yeast species. We further analyzed the airborne filamentous fungi species isolated from the same sample cultures. We identified 35 filamentous fungi species in 16 genera including 35 species. Both fungal diversity and abundance were low in urban area when compared to suburban ecocline or environments that were little affected by anthropogenic impact and particular fungal species were clearly associated with distinct environments. Finally, we analyzed the population genetic of the human pathogenic yeast C. glabrata, which were isolated from gulls (111 isolates) and from patients (79 isolates) in Nimes, Montpellier and Marseille hospitals, via MLVA analysis. We found that the C. glabrata populations isolated from gulls or humans shared a similar genetic diversity. Antifungal-resistant C. glabrata isolates were evenly distributed in both gull and human populations