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Dissertations / Theses on the topic 'Arntz'
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Jaklin, Sandra [Verfasser], and Wolf E. [Akademischer Betreuer] Arntz. "Recruitment dynamics of North Sea macrozoobenthos in intertidal soft bottoms: larval availability, settlement and dispersal / Sandra Jaklin. Gutachter: Wolf E. Arntz. Betreuer: Wolf E. Arntz." Bremen : Staats- und Universitätsbibliothek Bremen, 2003. http://d-nb.info/1072563657/34.
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2
Witt, Jan [Verfasser], Wolf [Akademischer Betreuer] Arntz, and Karsten [Akademischer Betreuer] Reise. "Analysing brackish benthic communities of the Weser estuary: spatial distribution, variability and sensitivity of estuarine invertebrates / Jan Witt. Gutachter: Wolf Arntz ; Karsten Reise. Betreuer: Wolf Arntz." Bremen : Staats- und Universitätsbibliothek Bremen, 2004. http://d-nb.info/1072301792/34.
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3
Arntz, Ulrike-Dorothea [Verfasser]. "Ergebnisse der Exzision des Os pisiforme bei Pisotriquetralerkrankungen / Ulrike-Dorothea Arntz." Berlin : Medizinische Fakultät Charité - Universitätsmedizin Berlin, 2013. http://d-nb.info/1064099491/34.
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Quéric, Nadia-Valérie [Verfasser], Wolf E. Akademischer Betreuer] Arntz, and Antje [Akademischer Betreuer] [Boetius. "Bacterial community patterns along small- and large-scale environmental radients in Arctic deep-sea sediments / Nadia-Valérie Quéric. Gutachter: Wolf E. Arntz ; Antje Boetius. Betreuer: Wolf E. Arntz." Bremen : Staats- und Universitätsbibliothek Bremen, 2008. http://d-nb.info/1072302683/34.
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5
Arntz, Joachim [Verfasser]. "Der Begriff der Friedensbedrohung in Satzung und Praxis der Vereinten Nationen. / Joachim Arntz." Berlin : Duncker & Humblot, 2014. http://d-nb.info/1237961297/34.
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6
Otero, Moreno Concepción [Verfasser], and Reiner [Akademischer Betreuer] Arntz. "Kultur- und Sprachvergleich in der Translationsdidaktik - Schwerpunkt Spanisch / Concepcion Otero Moreno. Betreuer: Reiner Arntz." Hildesheim : Universitätsbibliothek Hildesheim, 2011. http://d-nb.info/1023791854/34.
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Erdsiek, Daniel [Verfasser], and Melanie [Akademischer Betreuer] Arntz. "Essays on Overqualification, Work Organisation, and Technology: Empirical Evidence for Germany / Daniel Erdsiek ; Betreuer: Melanie Arntz." Heidelberg : Universitätsbibliothek Heidelberg, 2017. http://d-nb.info/1180738519/34.
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Stecher, Jens-Erik [Verfasser], Wolf [Akademischer Betreuer] Arntz, Michael [Akademischer Betreuer] Türkay, and Thomas [Akademischer Betreuer] Brey. "Die Lebensgemeinschaften des Seegats der Otzumer Balje in Abhängigkeit von morphodynamischen Prozessen / Jens-Erik Stecher. Gutachter: Michael Türkay ; Thomas Brey. Betreuer: Wolf Arntz." Bremen : Staats- und Universitätsbibliothek Bremen, 2012. http://d-nb.info/107204644X/34.
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Bailey, Fiona Jane, and mikewood@deakin edu au. "The origins of inflated responsibility in obsessive compulsive disorder." Deakin University. School of Psychology, 2002. http://tux.lib.deakin.edu.au./adt-VDU/public/adt-VDU20050902.121410.
Full textAbstract:
The pivotal role of inflated responsibility beliefs in the maintenance and treatment of obsessive-compulsive disorder (OCD) has been clearly demonstrated (Rachman, 1993; Salkovskis, 1998; Shafran, 1997; van Oppen & Arntz, 1994). Yet little is known about the origins of these beliefs, their contribution to a sense of inflated responsibility or the symptoms of OCD, or the contribution of personality to inflated responsibility and to OCD, The aims of this thesis were to investigate a model of the inter-relationships among the personality dimensions of neuroticism and psychoticism, inflated responsibility and OCD, and the origins of inflated responsibility to inflated responsibility and to OCD. In order to achieve these aims, a scale was developed to assess the origins of inflated responsibility based upon the five pathways proposed by Salkovskis, Shafran, Rachman, and Freeston (1999) and the additional domains of guilt, vigilance and thought-action fusion (Shafran, Thordarson, & Rachman, 1996; Shafran, Watkins & Charman, 1996; Tallis, 1994). Eighty-four participants with OCD (age M = 43.36) and 74 control participants (age M =37.14) volunteered to participate in the two studies of this thesis. The aim of Study 1 was to develop and validate a measure of the Origins of Inflated Responsibility (OIR). The results of the first study yielded a 25-ttem scale, the Origins of Inflated Responsibility Questionnaire (OIRQ) with five independent factors: responsibility, strictness, protection from responsibility, critical incidents, and peer blame which demonstrated both internal reliability and temporal stability over a 2-week period. In Study 2, participants also completed the Responsibility Attitudes Scale (Salkovskis, Wroe, Gledhill, Morrison, Forrester, Richards, ct al. (2000) (a measure of inflated responsibility), the Padua Inventory (Sanavio, 1988) (to measure of the symptoms of OCD)y and the Eysenck Personality Inventory-Revised (Eysenck & Eysenck, 1991). Multivariatc Analysis of Variance revealed that the OCD group scored higher on all variables than the control group except for strictness where the groups were not different, and psychoticism where the OCD group scored lower. A series of Multiple Regression analyses revealed that both group and the OIR contributed to inflated responsibility (R2 = .56). When all variables, OIR, inflated responsibility and neuroticism were entered as predictors of OCD, 60% of the variance in OCD was explained however, 49% of the variance was shared by the independent variables suggesting the presence of some underlying construct. Structural Equation Modelling, where all the constructs in the model were examined simultaneously, revealed that neuroticism contributed to the OIR, inflated responsibility and OCD. The OIR were also significant predictors of inflated responsibility and indirectly through inflated responsibility predictive of OCD. The OIR also directly predicted OCD and when the total effects are considered, their contribution was greater than the total effect for inflated responsibility alone. The results of these studies provide good support for the origins of inflated responsibility proposed by Salkovskis et al. (1999), as measured by the OIRQ developed for use in the current thesis. The results also support the contribution of inflated responsibility and neuroticism, as well as the OIR, to OCD, The large amount of variance shared by the OIR, inflated responsibility and neuroticism suggest that there might be some underlying construct, perhaps of a biopsychosocial nature, that requires further investigation for its role in the onset and maintenance of OCD. The clinical relevance
of these findings is discussed in terms of early prevention strategies and interventions.
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Dougherty, Edward J. "Analysis of the role of bHLH/PAS proteins in aryl hydrocarbon receptor signaling." [Tampa, Fla] : University of South Florida, 2008. http://purl.fcla.edu/usf/dc/et/SFE0002441.
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Li, Yi. "Study of Arnt-interacting proteins on Arnt-dependent signaling pathways." Scholarly Commons, 2006. https://scholarlycommons.pacific.edu/uop_etds/2786.
Full textAbstract:
In an effort to better understand the Ah receptor nuclear translocator (Arnt)-dependent signaling mechanisms, we employed a phage display system to identify Arnt-interacting peptides. Human liver cDNA library was utilized to screen for Arnt-interacting peptides using an Arnt construct fused to thioredoxin (TH-ArntCΔ418). Two clones, namely Ainp1 and Ainp2 (Arnt-interacting peptide), were identified and subsequently characterized. Ainp2 interacted with TH-ArntCΔ418 in the GST pull-down, TALON co-precipitation, and mammalian two-hybrid assays. Northern blot results revealed that Ainp2 is predominantly expressed in human liver. The putative full-length Ainp2 cDNA sequence was subsequently cloned using RACE PCR. Endogenous expression of Ainp2 was found in Jurkat cells and human fetal/adult liver medleys. Results from the transient transfection studies using a DRE- or ERE-driven reporter plasmid and the real-time QPCR experiments examining the endogenous CYP1A1 or GREB-1 expression demonstrated that Ainp2 enhances the 3MC-induced AhR signaling pathway in HepG2 cells, while suppresses the E2-induced ER signaling pathway in MCF-7 cells. These results suggested that Ainp2 plays a role in the Arnt-dependent signaling pathways. The suppressive effect of Ainp2 in the ER signaling pathway was not observed in Arnt-knockdown cells. Additionally, co-precipitation data showed that Ainp2 did not interact with ER α and ER β, suggesting that Ainp2 suppresses the ER signaling via an Arnt-mediated mechanism. The phage display technique also revealed another potential Arnt-interacting peptide Ainp1, which contains an open reading frame of 58 amino acids. The GST pull-down and mammalian two-hybrid assays showed that Ainp1 interacts with TH-ArntCΔ418. Northern blot results demonstrated that Ainp1 is ubiquitously present in all the tested tissues, including brain, placenta, skeletal muscle, heart, kidney, pancreas, liver, lung, spleen, and colon.
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Meinnel, Thierry. "Interaction de la methionyl-arnt synthetase avec ses arnt specifiques." Palaiseau, École polytechnique, 1990. http://www.theses.fr/1990EPXX0005.
Full textAbstract:
Les determinants d'interaction des arnt#m#e#t ont ete identifies grace a une strategie basee sur l'obtention d'arnt chimeriques de sequence desiree. Cette etude a demontre que la sequence de l'anticodon specifiait a elle seule la complexation de l'arnt a la mts, cette reconnaissance etant preponderante dans le processus de discrimination. Il est egalement montre que la structure generale de l'arnt contribue a orienter l'extremite acceptrice dans le site actif, demontrant ainsi l'effet - certes mineur - de l'etape catalytique dans la discrimination. La connaissance d'un point de contact possible de l'arnt#m#e#t avec la mts nous a permis, par mutagenese dirigee, de tester l'importance des residus de la region suspectee dans l'interaction de l'anticodon avec la mts. Parmi les residus testes, le residu w461 a ainsi ete montre indispensable a la reconnaissance de l'anticodon. En parallele, la mise en place d'un crible genetique a autorise l'isolement de bacteries exprimant des mts mutantes devenues capables d'aminoacyler un arnt#m#e#t portant une mutation rendant son anticodon anticomplementaire au codon de terminaison ambre. L'etude complete des enzymes mutantes ainsi que la determination de la sequence nucleotidique de leur gene ont permis de prouver que des mutations dans la region voisine du w461 (region 460) conditionnent l'aminoacylation par la mts de l'arnt mute. Ceci demontre que la region 460 (une quinzaine de residus) est le site d'interaction de l'enzyme avec l'anticodon. Des mutations dans une seconde region (region 211) peuvent alors, en accelerant l'etape catalytique, ameliorer les performances de ces enzymes suppresseurs
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Balg, Christian. "Synthèse d'inhibiteurs des aminoacyl-ARNt synthétases et des aminoacyl-ARNt amidotransférases." Thesis, Université Laval, 2011. http://www.theses.ulaval.ca/2011/28241/28241.pdf.
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FECHTER, PIERRE. "Contribution a l'etude de la reaction de tyrosylation des arnt et des pseudo-arnt." Université Louis Pasteur (Strasbourg) (1971-2008), 2001. http://www.theses.fr/2001STR13027.
Full textAbstract:
La reaction d'aminoacylation des arn de transfert par les aminoacyl-arnt synthetases est une etape cruciale pour le maintien de la fidelite de la traduction de l'information genetique. Le travail presente dans ce memoire concerne la recherche des determinants d'identite de l'arnt t y r de levure et d'un variant structural naturel des arnt, le pseudo-arnt du virus de la mosaique du brome (vmb), ainsi que l'etude de l'evolution de cette identite entre les eucaryotes et les archaebacteries. La determination de l'identite tyrosine a necessite la mise au point d'une methode de transcription in vitro sequence-independante des genes des arnt par la t7 arn polymerase qui est basee sur l'utilisation d'un arn autocatalytique, ou ribozyme. L'etude fonctionnelle de variants de l'arnt t y r ainsi produits a permis de montrer que l'identite tyrosine chez la levure est geree par 6 nucleotides : la premiere paire de bases de la branche acceptrice, la base discriminatrice et le triplet de l'anticodon. Leur transplantation dans 4 arnt differents confirme l'integrite de ce jeu de nucleotides d'identite et de montrer que son expression ne depend pas du contexte structural de l'arnt dans lequel il est insere. La realisation d'empreintes entre la tyrrs et l'arnt t y r par des sondes enzymatiques nous a permis de confirmer le mode d'interaction singulier entre ces deux molecules. L'identification des determinants tyrosine dans un organisme archaebacterien, methanococcus jannaschii a montre que l'identite tyrosine est conservee entre la levure et m. Jannaschii, bien que son mode d'expression soit legerement different. Enfin, nous avons caracterise les proprietes de tyrosylation du pseudo-arnt du vmb qui sont dues a la presence, dans le pseudo-arnt,
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Fender, Aurélie. "Etude comparative de couples ARNt / aminoacyl-ARNt synthétases chez la levure et la mitochondrie humaine." Phd thesis, Université Louis Pasteur - Strasbourg I, 2005. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00139137.
Full textAbstract:
Le travail de cette thèse s'inscrit dans le cadre de l'étude des règles qui régissent la spécificité d'aminoacylation des ARN de transfert (ARNt) par les aminoacyl-ARNt synthétases (aaRS). La précision de cette réaction est cruciale puisqu'elle détermine la fidélité de la traduction de l'information génétique et la synthèse de protéines fonctionnelles. J'ai tiré profit des stratégies de biologie moléculaire, basées sur la transcription in vitro des ARNt, la production d'enzymes clonées, et la mutagénèse, afin d'explorer les relations structure/fonction des systèmes d'aminoacylation de levure et de la mitochondrie humaine.Les aspects fonctionnels et structuraux ont été davantage explorés par des essais de cristallisation et des approches in vivo.
Jusqu'à présent, il était admis que les règles de reconnaissance et d'aminoacylation d'ARNt isoaccepteurs pour un système donné devaient être identiques. L'analyse d'une famille d'ARNt isoaccepteurs de l'arginine de levure et de sa relation particulière avec l'ARNtAsp nous ont permis d'établir que : (i) les isoaccepteurs sont arginylés avec des efficacités différentes (un facteur 20 les sépare) et sont protégés de la misaminoacylation par des antidéterminants idiosyncrasiques, (ii) l'isoaccepteur ARNt4
Arg possède des propriétés d'aspartylation, vestiges de son histoire évolutive, puisque seulement deux mutations sont
suffisantes pour convertir sa spécificité – c'est un exemple de génération de la diversité moléculaire par duplication de gènes. Les systèmes d'aminoacylation mt de mammifères restent peu étudiés, et ce malgré la « bizarrerie » structurale et l'implication dans des
pathologies sévères de leurs ARNt, codés par le génome mt. Nos efforts ont permis l'assignement des 10 gènes nucléaires manquants codant pour les aaRS mt humaines. Ceux-ci
sont portés par un jeu de gènes différents de celui codant pour les sysnthétases cytoplasmiques. L'analyse détaillée du système d'aspartylation, choisi comme système modèle a révélé (i) une identité de l'ARNt mt moins stringente que celle des ARNt classiques, (ii) une adaptation subtile et ciblée de l'aaRS mt, codée par le génome nucléaire et de type bactérien. Ceci illustre un processus de co-évolution entre les génomes mt et nucléaire
humain. De plus, j'ai déterminé les signaux qui protègent l'ARNtAsp mt d'être un substrat des aaRS non mt. De manière surprenante, ce n'est pas la dégénérescence structurale globale de
l'ARNt qui empêche le plus cette aminoacylation croisée mais une simple paire de bases du bras D.
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EILER, SYLVIA. "Etude structurale du complexe aspartyl-arnt synthetase d'e. Coli - arnt#a#s#p d'e. Coli." Université Louis Pasteur (Strasbourg) (1971-2008), 1998. http://www.theses.fr/1998STR13189.
Full textAbstract:
Ce travail s'insere dans le cadre general de l'etude des aminoacyl-arnt synthetases et plus particulierement des aspartyl-arnt synthetases, poursuivie au laboratoire depuis de nombreuses annees. Plus precisement, ce travail a porte sur l'etude du complexe entre l'aspartyl-arnt synthetase d'e. Coli et l'arnt#a#s#p d'e. Coli. Des cristaux de complexe binaire en presence ou non de petits substrats ont ete obtenus et leurs structures 3d resolues : celle du complexe binaire aspartyl-arnt synthetase - arnt#a#s#p a 3. 2 a de resolution, celle du complexe binaire en presence d'amppcp a 3. 5 a, en presence d'atp a 2. 3 a et enfin en presence d'aspartyl adenylate a 2. 4 a. L'etude structurale d'un tel systeme implique differentes etapes: _ la purification des macromolecules, _ la cristallisation et l'enregistrement des donnees de diffraction a l'aide du rayonnement synchrotron, _ la resolution et l'affinement de la structure, _ l'analyse et la comparaison de la structure du complexe homologue d'e. Coli avec les structures d'aspartyl-arnt synthetases deja resolue au laboratoire. Ce travail a permis d'apporter des donnees nouvelles portant sur : _ la description de la reconnaissance entre l'arnt et la synthetase dans le cas de l'aspartyl-arnt synthetase d'e. Coli en incluant le role des molecules d'eau, _ la mise en evidence des caracteristiques propres aux aspartyl-arnt synthetases d'eubacteries, d'archebacteries et d'eucaryotes, _ la description de la deuxieme etape de la reaction d'aminoacylation dans le cas de l'aspartyl-arnt synthetase d'e. Coli, _ la validation, dans les differents mondes, des deux etapes du mecanisme d'aspartylation, mecanisme deja propose sur les bases du complexe de levure, et une proposition d'extension du mecanisme d'aminoacylation aux synthetases de classe ii. Ce travail a egalement permis de mettre en evidence pour la premiere fois la fixation d'atp ou d'amp par le domaine d'insertion de l'aspartyl-arnt synthetase d'e. Coli. , domaine qui presente des analogies de repliement avec le domaine catalytique des synthetases de classe ii.
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MOULINIER, LUC. "Etude structurale d'un complexe heterologue : aspartyl-arnt synthetase d'e. coli-arnt#a#s#p de levure." Université Louis Pasteur (Strasbourg) (1971-2008), 1997. http://www.theses.fr/1997STR13256.
Full textAbstract:
La fidelite de la traduction de l'information genetique necessite l'attachement correct d'un acide amine sur son arnt specifique. Cette reaction est catalysee en deux etapes par les aminoacyl-arnt synthetases. Nos travaux s'inscrivent dans le cadre de l'etude de la reconnaissance moleculaire en prenant comme modele le systeme aspartyl-arnt synthetase (asprs)-arnt#a#s#p. La structure du complexe heterologue asprs d'e. Coli-arnt#a#s#p de levure, non fonctionnel in vivo, a ete determinee a 2. 6 a de resolution. Cette structure montre que la reconnaissance moleculaire des substrats passe par l'intermediaire de mouvements de boucles. Ainsi la flipping loop (residus 169-172 chez e. Coli) n'admet que deux conformations : ouverte, autorisant l'entree de l'adenine terminale dans le site actif, ou fermee, permettant la fixation de l'acide amine ou protegeant l'aminoacyladenylate. Son ouverture depend de la reconnaissance par la boucle du motif ii de la base discriminatrice g73 de l'arnt, dont le positionnement est dicte par la sequence des deux premieres paires de base du bras accepteur. Nous avons ainsi mis en evidence une chaine d'interactions transformant des signaux de reconnaissance fins en une action binaire, ouverture et fermeture de la flipping loop. L'analyse de l'alignement et la phylogenie des sequences d'asprs a mis en evidence la double identite des enzymes d'archaebacteries, la region n terminale d'identite procaryotique, la region c terminale eucaryotique. L'existence d'une transition entre ces deux identites exclut l'hypothese d'un transfert horizontal de genes. L'etude du domaine additionnel specifiant les enzymes procaryotiques a mis en evidence des zones tres conservees en sequence, correspondant dans la structure tridimensionnelle a une zone exposee en surface et tres accessible independemment de l'etat de complexation de l'enzyme. Ceci nous permet de conclure que le domaine additionnel possede une fonction idiosynchrasique, qui reste encore a determiner.
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Jühling, Tina. "ARNt "manchots" : structure, fonctionnalité et évolution." Thesis, Strasbourg, 2016. http://www.theses.fr/2016STRAJ119/document.
Full textAbstract:
Les ARNt sont des molécules adaptatrices reliant l'information génétique de l’ARN messagers à la séquence d'acides aminés primaire des protéines. Les ARNt ont une structure typique, appelée "feuille de trèfle". Certains ARNt mitochondriaux montrent une forte dérivation de cette structure. Un cas extrême peut être observé dans les mitochondries du nématode R. culicivorax. Cette étude vise la caractérisation fonctionnelle de ces ARNt «bizarres» et de définir leurs propriétés structurales et leur fonctionnalité avec des protéines partenaires telles que les CCAses et les aminoacyl-ARNt synthetases. Ce travail révèle que les ARNt sans bras forment une structure secondaire en forme d'épingle à cheveux et que leurs structures 3D présentent une grande flexibilité intrinsèque. Les tests initiaux n’ont pas démontré l'activité d'aminoacylation. Cependant, les ARNt sans bras représentent des molécules fonctionnelles pour le CCAse, indiquant des adaptations de l’enzyme aux ARNt sans brasTRNAs are adapter molecules linking the genetic information of messenger RNAs with the primary amino acid sequence of proteins. tRNAs have a typical cloverleaf-like secondary structure. Some mitochondrial tRNAs show a high derivation from this canonical tRNA structure. An extreme case of structural truncations can be observed in mitochondria of the nematode R. culicivorax. This study aims the functional characterization of such “bizarre” tRNAs in defining their structural properties and their functionality with interacting partner proteins such as CCA-adding enzymes and aminoacyl-tRNA synthetases. This work reveals that armless tRNAs form a hairpin-shaped secondary structure. 3D structures exhibit a high intrinsic flexibility. Initial tests could not demonstrate aminoacylation activity. However, armless tRNAs represent functional molecules for CCA-incorporation, indicating adaptations of CCA-adding enzymes to armless tRNAs
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Bimai, Louise. "Etude biochimique et structurale de deux enzymes de thiolation des ARNt dépendantes d’un centre [4Fe-4S] : la s2U54-ARNt thiolase TtuA et la s2U34-ARNt thiolase NcsA." Electronic Thesis or Diss., Paris Sciences et Lettres (ComUE), 2018. https://theses.hal.science/tel-03270824.
Full textAbstract:
Les ARN de transfert (ARNt) sont des composants essentiels de la machinerie de traduction génétique. Pour être fonctionnels, ces ARNt subissent des modifications chimiques post-transcriptionnelles. Ces modifications permettent d’améliorer la reconnaissance entre l’ARNt et ses partenaires durant la traduction et assurent ainsi la fidélité et l’efficacité de la traduction. Le soufre est présent dans plusieurs nucléosides au sein de ces ARNt, comme dérivé de la thiouridine (s4U8, s2U34, m5s2U54), de la 2-thioadénosine (ms2i6A37, ms2t6A37) et la 2-thiocytidine (s2C32).Mon projet a consisté en l’étude structurale et fonctionnelle de la famille d’enzymes TtcA/TtuA, une superfamille dépendante d’un centre [FeS] impliquée dans la thiolation des ARNt.La thiolation de la méthyl-uridine universellement conservée à la position 54, catalysée par l’enzyme TtuA, stabilise les ARNt de bactéries thermophiles et d’archées hyperthermophiles et est nécessaire pour la croissance à haute température de ces organismes. La thiolation de l’uridine en position 34 dans la boucle de l’anticodon, qui est nécessaire pour une croissance normale et la résistance aux stress chez la levure, est effectuée par deux systèmes complètement différents : la protéine MmnA qui a été bien étudiéE et est présente chez les bactéries et les mitochondries des organismes eucaryotes et les protéines NcsA/NcsA/Ctu1 dans tous les autres organismes, dont le cytoplasme des eucaryotes.Des études spectroscopiques, cristallographique et des tests d’activité de TtuA et NcsA ont montré que : (i) le centre [4Fe-4S] est coordonné par seulement trois cystéines qui sont entièrement conservées, permettant au quatrième fer de fixer du sulfure exogène, qui agit probablement comme agent sulfurant ; (ii) le site de fixation de l’ATP est adjacent au centre [4Fe-4S]. Un nouveau mécanisme de sulfuration des ARNt a été proposé, dans lequel l’atome de fer non liant du centre [4Fe-4S] catalytique fonctionne comme transporteur de soufre, ouvrant ainsi de nouvelles perspectives sur la fonction des centres [Fe-S] en biologieTransfer RNAs are essential components of cellular translation machinery. To achieve their function they possess several post-transcriptional chemical modifications. These modifications improve recognition between tRNA and its partners during translation and thus ensure translation fidelity and efficiency. Sulfur is present in several of these modified nucleosides: as thiouridine and its derivatives (s4U8, s2U34, m5s2U54), 2-thioadenosine derivatives (ms2i6A37, ms2t6A37) and 2-thiocytidine (s2C32).My project consisted in the structural and functional study of enzymes of the TtcA/TtuA family a [4Fe-4S]-dependent superfamily, involved in the thiolation of transfer RNAs (tRNAs).My aim was to show that enzymes that catalyze the simple non-redox substitution of the C2-uridine carbonyl oxygen by sulfur at position 54 (TtuA) and 34 (Ncs6/Ctu1/NcsA) in tRNAs use an iron-sulfur cluster cofactor and elucidate the biochemical and structural mechanisms of the TtuA and NcsA reactions.The thiolation of the universally conserved methyl-uridine at position 54, catalyzed by TtuA, stabilizes tRNAs from thermophilic bacteria and hyperthermophilic archaea and is required for growth at high temperature of these organisms. On the other hand, the thiolation of uridine 34 in the anticodon loop of tRNAs, which is required for normal growth and stress resistance in yeast, is carried out by two completely different systems: the well-studied MnmA protein (present in bacteria and in the eukaryotic mitochondrion) and the Nsc6/NcsA/Ctu1 proteins in all other organisms, including the eukaryotic cytoplasm.Spectroscopic and crystallographic analysis, together with activity tests enzymatic of TtuA and NcsA showed that: (i) the [4Fe-4S] cluster is ligated by three cysteines only that are fully conserved, allowing the fourth unique iron to bind an exogenous sulfide, which likely acts as the sulfurating agent; (ii) the ATP-binding site is adjacent to the cluster. A new mechanism for tRNA sulfuration was proposed, in which the unique iron of the catalytic [4Fe-4S] cluster functions as a sulfur carrier, opening new perspectives regarding functions of iron-sulfur cluster in biology
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Kobbi, Lydia. "Rôle de la lysyl-ARNt synthétase mitochondriale humaine dans la réplication du VIH-1." Phd thesis, Université Paris Sud - Paris XI, 2011. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00684390.
Full textAbstract:
Le virus de l'immunodéficience humaine de type 1 (VIH-1), est un rétrovirus dont le génome est composé de deux molécules d'ARN simple brin. La transcriptase inverse codée par le VIH-1 utilise l'ARNt3Lys de la cellule hôte pour amorcer la réplication de son génome ARN en ADN proviral. L'ARNt3Lys est encapsidé dans les virions lors de l'assemblage; la lysyl-ARNt synthétase (LysRS) cellulaire est impliquée dans ce mécanisme et sert de co-transporteur à l'ARNt3Lys.Chez l'homme, il existe deux formes de LysRS, une forme cytoplasmique (cLysRS) et une forme mitochondriale (pmLysRS) qui donnera la forme mature (mLysRS) après translocation dans la mitochondrie. Les deux LysRS sont issues d'un même gène par épissage alternatif. Il a été démontré que seule la forme mitochondriale est présente dans les particules virales.Nous avons établi un modèle des interactions protéine-protéine impliquées dans la formation du complexe d'encapsidation de l'ARNt3Lys. En recherchant les interactions des précurseurs Gag et GagPol avec les LysRS et leurs domaines, nous avons démontré que seul le domaine Pol du précurseur GagPol a la capacité de s'associer à la LysRS. Ce sont les sous-domaines transframe TF et intégrase IN du domaine Pol qui permettent l'association entre LysRS et GagPol. Cette association se fait via le domaine catalytique de l'enzyme. La sélectivité de l'encapsidation de la forme mitochondriale de LysRS aux dépens de sa forme cytoplasmique pourrait résider dans la stricte compartimentation cellulaire de ces deux formes enzymatiques. Nous avons voulu établir à quel stade l'encapsidation de la LysRS mitochondriale a lieu, soit avant sa translocation mitochondriale sous forme de précurseur pmLysRS, soit après sous forme mLysRS maturée. Nous avons déterminé le site de maturation du précurseur pmLysRS puis caractérisé les deux formes mitochondriales de la LysRS, en déterminant leurs paramètres cinétiques et leur affinité pour l'ARNt3Lys. Alors que la forme pmLysRS ne forme pas de complexe stable avec l'ARNt, la forme maturée mLysRS est la plus apte à interagir avec l'ARNt3Lys. Ce serait donc la mLysRS qui serait impliquée dans le transport de l'ARNt3Lys dans les particules virales lors du bourgeonnement.Comme l'interaction GagPol:LysRS n'est pas spécifique in vitro de la forme mLysRS qui est la seule espèce de LysRS encapsidée, nous avons recherché si d'autres protéines virales pouvaient intervenir dans la formation du complexe d'encapsidation et conférer la spécificité pour la seule mLysRS. Nous avons montré que les protéines auxiliaires Rev et Vpr ont la capacité à s'associer à la LysRS sans distinction d'origine, mais ne peuvent interagir dans le contexte du complexe d'encapsidation GagPol:mLysRS:ARNt3Lys. Les différentes formes de LysRS pourraient ainsi réguler l'activité de Vpr et Rev à d'autres étapes du cycle viral.
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Desgagnés, Julie. "Synthèse d'inhibiteurs de la glutamyl-ARNt synthétase." Thesis, National Library of Canada = Bibliothèque nationale du Canada, 1997. http://www.collectionscanada.ca/obj/s4/f2/dsk2/ftp04/mq25555.pdf.
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Francin-Allami, Mathilde. "L'extension polypeptidique N-terminale de la lysyl-ARNt synthétase de mammifère : un domaine fonctionnel de fixation générale des ARNt." Châtenay-Malabry, Ecole centrale de Paris, 2002. http://www.theses.fr/2002ECAP0866.
Full textAbstract:
Une étape importante pour la fidélité de la traduction du message génétique en protéine est l'aminoacylation des ARNt par les aminoacyl-ARNt synthétases. Ce travail de thèse a permis de mettre en évidence que l'extension N-terminale spécifique de la lysyl-ARNt synthétase (LysRS) de hamster est un domaine de fixation générale des ARNt. Cette extension agit en synergie avec le corps catalytique de l'enzyme pour fournir à la LysRS une forte capacité à lier les ARNt. La présence de cette extension N-terminale améliore l'efficacité catalytique de l'enzyme. Elle fixe préférentiellement le bras accepteur de l'ARNt Lys, et faciliterait le positionnement de son extrémité 3' dans le site actif de l'enzyme. La substitution systématique des résidus lysine et arginine de l'extension N-terminale de la LysRS de hamster a conduit à l'identification de quatre résidus particulièrement impliqués dans la fonction de ce domaine de fixation des ARNt. Ces résidus sont intégrés dans le motif conservé KxxxK(K/R)xxK. La LysRS native de hamster est capable d'aminoacyler sans discrimination n'importe quelle minihélice acceptrice d'ARNt. Le système lysine eucaryote a perdu une partie de sa spécificité comparé au système lysine des procaryotes. Toutefois, l'anticodon de l'ARNt Lys semble être un élément d'identité suffisamment puissant pour éviter toute mésaminoacylation in vivo. Chez les eucaryotes, les concentrations en ARNt non aminoacylés sont suboptimales comparés aux constantes catalytiques des aminoacyl-ARNt synthétases. En plus de la sélection des ARNt, la capture des ARNt s'avère être aussi une priorité pour la LysRS de mammifère, mais également pour d'autres aminoacyl-ARNt synthétases eucaryotes, ce qui pourrait expliquer l'acquisition par ces enzymes eucaryotes d'un domaine supplémentaire de fixation générale des ARNt.
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Champagne, Nathalie. "Étude de l'expression du gène gltX codant pour la glutamyl-ARNt synthétase et d'un opéron d'ARNt codant pour trois ARNt[exposant Val] et un ARNt[exposant Lys] (valU) chez Escherichia coli." Thesis, National Library of Canada = Bibliothèque nationale du Canada, 1997. http://www.collectionscanada.ca/obj/s4/f2/dsk3/ftp04/nq25392.pdf.
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Ryckelynck, Michael. "Aspects fonctionnels et structuraux de la régulation de l'expression d'une aminoacyl-ARNt synthétase eucaryote : l'aspartyl-ARNt synthétase de Saccharomyces cerevisiae." Phd thesis, Université Louis Pasteur - Strasbourg I, 2006. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00139129.
Full textAbstract:
Accurate translation of genetic information necessitates the tuned expression of a large group of genes. Amongst them, controlled expression of the enzymes catalyzing the aminoacylation of tRNAs, the aminoacyl-tRNA synthetases (aaRS), is essential to insure translational fidelity. Here, it is shown that expression of AspRS is regulated in Saccharomyces cerevisiae by a feedback mechanism, that necessitates the binding of AspRS to its messenger RNA. The correlation between AspRS expression and mRNAAspRS and tRNAAsp concentrations, as well as the presence of AspRS in the nucleus, suggest an original regulation mechanism. It is proposed that the surplus of AspRS, not sequestered by tRNAAsp, is imported in the nucleus where it binds to mRNAAspRS and thus inhibits its accumulation. We have established the folding of the 300-nucleotides long 5' end of mRNAApRS and identified the structural signals involved in the regulation process. We propose that the mRNAAspRS fragment folds in two independent and symmetrically structured domains spaced by two single-stranded connectors. Domain I displays a tRNAAsp anticodon-like stem-loop structure that is restricted in domain II to a short double-stranded helix. The overall mRNA structure, based on enzymatic and chemical probing, support a model where each monomer of yeast AspRS binds one individual domain and recognizes the mRNA structure like it recognizes its cognate tRNAAsp.
Finally, the consequences of an increased concentration of AspRS in the cell have been tested. In vitro, high AspRS concentrations lead to mis-aspartylation of tRNAAsn and tRNAGlu. In vivo, the design of a reporter gene conferring an antibiotic resistance, dependent on mischarged tRNAs, did not allow to detect any cross aminoacylation. However, the proteomic analysis of yeasts overexpressing AspRS pointed out the conditions of AspRS accumulation in the cell by detecting the presence of an additional control mechanism at the post-translational level.
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Ryckelynck, Michaël. "Aspects fonctionnels et structuraux de la régulation de l'expression d'une aminoacyl-ARNt synthétase eucaryote : l'aspartyl-ARNt synthétase de Saccharomyces cerevisiae." Strasbourg 1, 2005. https://publication-theses.unistra.fr/public/theses_doctorat/2005/RYCKELYNCK_Michael_2005.pdf.
Full textAbstract:
L'aminoacylation spécifique des ARN de transfert (ARNt) par l'acide aminé homologue est catalysée par les aminoacyl-ARNt synthétases (aaRS). L'aspartyl-ARNt synthétase (AspRS) de Saccharomyces cerevisiae reconnaît spécifiquement, non seulement l'ARNtAsp, mais également son propre ARN messager (ARNmAspRS). Le complexe formé entre l'AspRS et son ARNmAspRS est l'étape initiale du mécanisme de rétro-régulation de l'expression de l'AspRS. Celle-ci est caractérisée par trois originalités, (i) L'AspRS est présente dans le noyau, (ii) c'est une régulation transcriptionnelle médiée par l'interaction de l'AspRS avec son propre ARNm et (iii) elle implique une coordination de l'expression de l'AspRS avec la concentration cellulaire en ARNt. L'interaction AspRS/ARNmAspRS a été caractérisée au niveau structural par cartographie en solution. Les régions d'ARNm reconnues par l'AspRS ont été identifiées au moyen d'expériences d'empreinte et de mutagenèse dirigée. La structure secondaire est originale à plusieurs égards : (i) elle s'organise en deux domaines indépendants ; (ii) chacun est reconnu par un monomère de l'enzyme ; (iii) un des domaines mime la branche anticodon de l'ARNtAsp avec un triplet anticodon GUC. Les conséquences physiologiques induites par une augmentation de la concentration en AspRS ont été également abordées. In vitro, l'aspartylation de l'ensemble des ARNt de levure en présence de concentrations croissantes en enzyme a montré que l'AspRS aspartyle de façon incorrecte l'ARNtGlu et l'ARNtAsn. In vivo, la construction d'un gène rapporteur conférant à la levure une résistance à la généticine n'a pas permis de détecter cette aspartylation incorrecte, en revanche, le suivi du protéome de la levure lorsque l'AspRS est surexprimée a établi les conditions d'accumulation de l'AspRS dans la cellule suggérant l'existence d'un verrou supplémentaire pour contenir l'aspartylation et assurer la survie de la celluleAccurate translation of genetic information necessitates the tuned expression of a large group of genes. Amongst them, controlled expression of the enzymes catalyzing the aminoacylation of tRNAs, the aminoacyl-tRNA synthetases (aaRS), is essential to insure translational fidelity. Here, it is shown that expression of AspRS is regulated in Saccharomyces cerevisiae by a feedback mechanism, that necessitates the binding of AspRS to its messenger RNA. The correlation between AspRS expression and mRNAAspRS and tRNAAsp concentrations, as well as the presence of AspRS in the nucleus, suggest an original regulation mechanism. It is proposed that the surplus of AspRS, not sequestered by tRNAAsp, is imported in the nucleus where it binds to mRNAAspRS and thus inhibits its accumulation. We have established the folding of the 300-nucleotides long 5' end of mRNAApRS and identified the structural signals involved in the regulation process. We propose that the mRNAAspRS fragment folds in two independent and symmetrically structured domains spaced by two single-stranded connectors. Domain I displays a tRNAAsp anticodon-like stem-loop structure that is restricted in domain II to a short double-stranded helix. The overall mRNA structure, based on enzymatic and chemical probing, support a model where each monomer of yeast AspRS binds one individual domain and recognizes the mRNA structure like it recognizes its cognate tRNAAsp. Finally, the consequences of an increased concentration of AspRS in the cell have been tested. In vitro, high AspRS concentrations lead to mis-aspartylation of tRNAAsn and tRNAGlu. In vivo, the design of a reporter gene conferring an antibiotic resistance, dependent on mischarged tRNAs, did not allow to detect any cross aminoacylation. However, the proteomic analysis of yeasts overexpressing AspRS pointed out the conditions of AspRS accumulation in the cell by detecting the presence of an additional control mechanism at the post-translational level
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Crépin, Thibaut. "Etudes structurales et fonctionnelles de méthionyl-ARNt synthétases." Palaiseau, Ecole polytechnique, 2002. http://www.theses.fr/2002EPXX0032.
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Cela, Madinaveitia Marta. "Import des ARNt dans Plasmodium : sélection à l'entrée ?" Thesis, Strasbourg, 2018. http://www.theses.fr/2018STRAJ067/document.
Full textAbstract:
Mon étude a porté sur la spécificité de l'interaction entre deux protéines du parasite du paludisme (Plasmodium), tRip (tRNA import protein) et la tyrosyl-ARNt synthétase apicoplastique (api-TyrRS), avec l'ARN de transfert (ARNt). Plasmodium est un parasite intracellulaire qui conserve une organelle vestigiale, l’apicoplaste, qui possède son propre système de traduction. J’ai adapté la séquence de l’ARN messager pour produire l’api-TyrRS in vitro, et j’ai étudié la spécificité de la reconnaissance de l’ARNtTyr apicoplastique, qui évite les interactions erronées plutôt que de favoriser les correctes. La protéine tRip est située à la surface du parasite et est responsable de l’import des ARNt de l’hôte. Mes résultats suggèrent que cet import à lieu pendant la phase sanguine duparasite. Elle ne reconnait pas tous les ARNt de la même façon. Les modifications posttranscriptionnelles modulent l’affinité de tRip, et potentiellement, le taux d’import de cet ARNt. Finalement, j’ai identifié par SELEX une séquence nucléotidique qui se lie spécifiquement à tRip, un début pour la conception d'une molécule qui ciblerait spécifiquement le parasite du paludismeMy study focused on the specificity of the interaction between two proteins of the malaria parasite (Plasmodium), tRip (tRNA import protein) and the apicoplastic tyrosyl-tRNA synthetase (api-TyrRS), with the transfer RNA (tRNA). Plasmodium is an intracellular parasite with a vestigial organelle, the apicoplast, which has its own translation system. The messenger RNA sequence was adapted to produce api-TyrRS in vitro, and I studied the specificity of apicoplastic tRNATyr recognition, which avoids erroneous interactions rather than favoring the correct ones. The tRip protein is located on the surface of the parasite, and is responsible for importing tRNAs from the host. My results suggest that this import takes place during the blood phase of the parasite. In addition, not all tRNAs are recognized uniformly. The post-transcriptional modifications of the tRNAs define the affinity of tRip, and potentialy, the import rate of this tRNA. Finally, I identified a short nucleotide sequence that binds specifically to tRip. It is a good starting point for designing a molecule that specifically targets the malaria parasite
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Derbali, Habib. "La caractérisation de l'amidotransférase ARNt-dépendante (AdT) de Pseudomonas aeruginosa PAO1." Master's thesis, Université Laval, 2008. http://hdl.handle.net/20.500.11794/19806.
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Aretz, Ina [Verfasser]. "Proteome and metabolome changes associated with mitochondrial diseases / Ina Aretz." Berlin : Freie Universität Berlin, 2016. http://d-nb.info/1108307728/34.
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de, los Reyes Vanessa. "I Love Ricky: How Desi Arnaz Challenged American Popular Culture." Oxford, Ohio : Miami University, 2008. http://rave.ohiolink.edu/etdc/view?acc%5Fnum=miami1209136075.
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Villet, Régis. "ARN de transfert assurant la spécificité des transférases de la famille Fem dans la synthèse des précurseurs du peptidoglycane des bactéries à Gram positif." Paris 6, 2007. http://www.theses.fr/2007PA066272.
Full textAbstract:
L’enzyme Fem de Weissella viridescens catalyse le transfert d’un résidu L-alanyl de l’Ala-ARNtAla au précurseur cytoplasmique UDP-MurNAc-pentapeptide. Nous avons montré que les résidus K36 et R211 de la protéine ainsi que les deux phosphates et les deux D-Ala de l’UDP-MurNAc-pentapeptide forment un réseau de liaisons hydrogènes essentiel à l’activité de l’enzyme. Nous avons étudié la spécificité de FemXWv pour l’aminoacyl-ARNt et montré que la L-Ala est exclusivement transférée au précurseur du peptidoglycane in vivo. FemXWv est spécifique de l’Ala-ARNtAla in vitro, bien que Ser-ARNtSer et Gly-ARNtGly soient utilisables. Cette spécificité dépend principalement de la séquence nucléotidique du substrat. La mutagénèse du bras accepteur de l’ARNtAla, identifié comme le substrat minimum de FemXWv, a révélé que les bases C71 et C72 étaient essentielles à la reconnaissance séquence dépendante du subtrat. Le mésappariement G3•U70 de l’ARNtAla, principal déterminant d’identité de l’alanyl-ARNt synthétase, n’est pas essentiel pour FemXWv. Enfin, un groupement oxadiazole introduit à l’extrémité du bras accepteur inhibe FemXWv avec une IC50 de 1,4 µM
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BRULE, HERVE. "Arnt mitochondriaux humains et pathologies. Contribution a la comprehension des mecanismes moleculaires responsables de dysfonctionnement des arnt par une approche in vitro." Université Louis Pasteur (Strasbourg) (1971-2008), 1998. http://www.theses.fr/1998STR13048.
Full textAbstract:
Les 22 arnt mitochondriaux (arnt mt) sont indispensables a la synthese des 13 proteines codees dans l'adn mt. Ils sont peu connus, et un objectif de cette these a ete d'etudier leurs caracteristiques structurales et fonctionnelles (volet 1). Certaines mutations dans les genes d'arnt mt entrainent des myopathies et encephalopathies. La comprehension des mecanismes moleculaires impliques constitue le second objectif de cette these (volet 2). A partir de mitochondries de placenta humain, nous avons isole des arnt mt naturels et des aminoacyl-arnt synthetases (aars) mt. Par ailleurs, des arnt mt correspondant a 7 couples (sauvage/mutants) ont ete prepares par transcription in vitro, afin de les comparer sur les plans structural et fonctionnel. Nos resultats indiquent un role particulier des bases modifiees dans la structure et la fonction des arnt mt humains. Resultats. Volet 1 : l'aminoacylation in vitro des transcrits sauvages par les aars mt n'a fonctionne que pour le transcrit de l'arnt#i#l#e (cinq autres transcrits, specifiques des systemes gly, lys, leu, ser et thr ne sont pas aminoacylables). Ceci indique un role probable des bases modifies. L'analyse structurale des transcrits de l'arnt#l#y#s montre qu'ils adoptent une structure 2-d anormale, en forme d'epingle a cheveux, au lieu d'une feuille de trefle. Cette structure est impossible dans l'arnt naturel en raison de la presence d'une base modifiee, un m#1a9. Les transcrits de l'arnt#l#e#u#(#u#u#r#) ont ete micro injectes dans l'ovocyte de xenope et 8 bases modifiees differentes sont apparues. Le transcrit sauvage de l'arnt#p#r#o mt est un bon substrat pour la trna-g37-methyl transferase d'e. Coli. . Volet 2 : impact des mutations : la mutation a3243g dans le gene de l'arnt#l#e#u#(#u#u#r#) ne perturbe pas le profil de maturation post-transcriptionnelle, les mutations a4269g et a4317g affectent faiblement l'aminoacylation de l'arnt#i#l#e et la mutation c15990t dans le gene de l'arnt#p#r#o inhibe tres fortement la methylation du nucleotide g37.
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Bey, Gilbert. "Etude structurale de deux aminoacyl-ARNt synthétases de classe 1 : L'arginyl-ANRt synthétase d'escherichia coli et la leucyl-ARNt synthétase d'aquifex aeolicus." Université Louis Pasteur (Strasbourg) (1971-2008), 2003. http://www.theses.fr/2003STR13207.
Full textAbstract:
Les aminoacyl-ARNt synthétases sont des enzymes importantes de la traduction. Elles catalysent la fixation d'un acide aminé sur l'extrémité 2' ou 3'OH de leurs ARNts respectifs selon leur classe. La réaction d'aminoacylation se déroule en général en deux étapes et nécessite un acide aminé, l'ARNt et de l'ATP comme source d'énergie. De plus, ces enzymes sont présentes dans tous les organismes car elles sont indispensables dans le règne du vivant. Leur profil d'évolution souvent complexe, est donc un marqueur de l'évolution des organismes. Dans ce travail, nous présentons deux études structurales de deux AARSs de classe I : l'ArgRS de E. Coli et la LeuRS d'A. Aeolicus. L'ArgRS est une protéine monomérique qui est capable de reconnaître et d'aminoacyler 4 isoaccepteurs de l'arginine. A la différence de l'enzyme de levure, cette enzyme nécessite de reconnaître l'adénosine en position 20 de l'ARNt. Après une vue globale sur l'évolution particulière des ArgRSs dans 140 organismes, nous présentons les premiers cristaux d'enzyme libre et complexée à l'ARNt isoaccepteur majeur de l'arginine dans E. Coli. La LeuRS d'A. Aeolicus est une LeuRS originale. Dans tous les organismes, cette AARS est monomérique. Dans cette bactérie thermophile, la LeuRS est scindée en deux sous-unités a et ß, rendant l'hétérodimère équivalent à un monomère classique de cette enzyme. De plus, nous avons pu montré que cette LeuRS présente un comportement en solution particulier. En effet, cette enzyme existe en solution sous deux formes oligomériques actives, aß et a2ß2. Nous avons aussi pu obtenir des cristaux diffractant à haute résolution pour la forme libre. Le travail se poursuit au niveau de la résolution du problème des phasesAminoacyl-tRNA synthetases are a family of enzymes essential for translation. AARSs catalyse the attachment of aminoacids to their cognate tRNAs. For the aminoacylation reaction, they use aminoacids, tRNA and ATP. Furthermore, AARSs are ubiquitous in all kingdoms and are a good witness of the complexity of evolution. In this work, we report two structural studies of two class I AARSs: ArgRS from E. Coli and LeuRS from A. Aeolicus. ArgRS is an AARS which can discriminate 4 cognate isoacceptor tRNAs in E. Coli. Unless ArgRS form yeast, this enzyme need to bind properly the strong identity element A20 of tRNA. After a global view of evolution of ArgRSs in 140 organisms, we present here first crystals for free form and enzyme bound to the major tRNA of E. Coli. LeuRS from A. Aeolicus is a particular LeuRS. In all others organism, this enzyme is a monomer. In this thermopile bacteria, LeuRS is split in two parts, a and ß, and the heterodimer aß is functionally similar to a canonical monomer. Also, we have shown two oligomeric active forms for this enzyme aß et (aß)2. Now, we have obtain well diffracting crystals of the free form and we hope to get phases in a soon future
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Yavrom, Sheena. "Evidence that ARNT plays a role in the regulation of the immunoglobulin heavy chain enhancer and identification of a putative ARNT ligand." Scholarly Commons, 1998. https://scholarlycommons.pacific.edu/uop_etds/516.
Full textAbstract:
Basic helix-loop-helix (bHLH) proteins are involved in the regulation of a multitude of developmental processes including cellular differentiation, cellular proliferation and xenobiotic metabolism. Among the members of the bHLH protein family are the products of the Pan gene Pan-1, Pan-2 and ITF -1. Pan proteins have been demonstrated to be required for proper B cell development, suggesting a unique role for Pan proteins during B cell formation. In our study we tested the function of ARNT (Ah receptor nuclear translocator) at the IgH (immunoglobulin heavy chain) enhancer. We were able to determine that ARNT appears to partially down-regulate activation at the IgH enhancer by Pan-1 in transient transfection assays by cotransfection of the multimerized murine form of the IgH enhancer elements 1-1E2, !-LE3 , and 1-1ES upstream of a luciferase reporter gene, a rodent Pan-1 (human homolog E47) expression vector, and an ARNT expression vector. Furthermore, during our investigation we discovered a putative ARNT -binding ligand that increases DNA-binding activity of the ARNT homodimer. This ligand was partially characterized by UV crosslinking studies and a variety of biochemical studies using electrophoretic mobility-shift assays. Preliminary data suggests that it is hydrophilic, heat-stable, small, and non-protein.
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Touzé, Elodie. "Cristallogenèse et études structurales appliquées aux aminoacyl-ARNt synthétases." Phd thesis, Université Louis Pasteur - Strasbourg I, 2007. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00206952.
Full textAbstract:
La GlnRS de Deinococcus radiodurans se distingue des autres GlnRS par la présence d'un appendice additionnel en C-terminal (C-ter). Celui-ci adopterait le même repliement que la famille de protéines YqeY de fonction inconnue et une région de la sous-unité GatB de l'AdT. Son architecture atypique, trouvée dans 4 organismes, corresponds à la fusion de protéine de la voie directe et indirecte d'aminoacylation des ARNt. La structure cristallographique de la GlnRS-Dr n'a pas permis de résoudre la région C-ter, la maille étant suffisamment large pour l'accommoder. Des analyses en RMN du C-ter isolé ont confirmé la présence d'une région majoritairement structurée. D'autres structures ont été résolues en présence de petits substrats (glutamine, analogues d'adénylate) ainsi que la forme tronquée en C-ter. Dans 2 cas, une conformation verrouillée unique du site actif a été mise en évidence. Des analyses structurales et fonctionnelles et les propriétés de l'empilement cristallin sont exposées.
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Bernier, Stéphane. "Synthèse d'inhibiteurs des glutaminyl, glutamyl et aspartyl-ARNt synthétases." Thesis, Université Laval, 2007. http://www.theses.ulaval.ca/2007/24334/24334.pdf.
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Touzé, Elodie Giegé Richard. "Cristallogenèse et études structurales appliquées aux aminoacyl-ARNt synthétases." Strasbourg : Université Louis Pasteur, 2008. http://eprints-scd-ulp.u-strasbg.fr:8080/911/01/TOUZE_Elodie_2007.pdf.
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PARK, YOUNG CHUL. "Stabilite d'une proteine dimerique complexe : la tyrosyl-arnt synthetase." Paris 7, 1998. http://www.theses.fr/1998PA077266.
Full textAbstract:
La tyrosyl-arnt synthetase (tyrrs) de bacillus stearothermophilus comprend un domaine n-terminal (residus 1-319), qui est dimerique, forme le tyrosyl-adenylate et possede le repliement caracteristique de rossmann. Le domaine c-terminal (320-419) fixe l'anticodon de l'arnt. J'ai etudie et modelise le depliement du domaine n-terminal par l'uree a 25\c a l'equilibre dans des experiences de spectrofluorimetrie, dichroisme circulaire et chromatographie d'exclusion de taille. Les resultats ont montre l'existence d'un equilibre entre l'etat natif dimerique du domaine n-terminal, un etat monomerique intermediaire et l'etat deplie. L'intermediaire etait replie et n'etait pas en globule fondu. La variation d'energie libre deltag(h 2o) et son coefficient m de dependance vis-a-vis de la concentration en uree ont ete determines avec precision pour la dissociation du dimere natif et pour le depliement de l'intermediaire monomerique. J'ai identifie un groupement dense de 8 residus dans la tyrrs du thermophile b. Stearothermophilus dont 4 residus ne sont pas conserves dans la tyrrs du mesophile escherichia coli. J'ai construit les mutations correspondantes, t51p, i52l, m55l et l105v, et certaines mutations multiples dans la tyrrs de b. Stearothermophilus, pour etudier le role et le mode devolution de ce groupement dense. Les mutations n'affectaient pas l'activite de la tyrrs ou l'augmentaient. I52l destabilisait l'association entre les deux sous-unites du dimere de tyrrs bien que le residus ile52 soit a plus de 20 angstroms de leur interface. Au contraire, l105v destabilisait principalement l'intermediaire monomerique de depliement. Les effets des 2 mutations etaient antagonistes avec une forte compensation de la mutation l105v par i52l pour la stabilite de l'intermediaire monomerique. Le gain d'activite du a t51p se faisait au depend d'une destabilisation. Ce travail ouvre la voie a l'etude quantitative de la stabilite et du repliement des proteines dimeriques complexes.
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Olieric, Natacha. "Etude structurale de la Leucyl-ARNt synthétase d'Aquifex aeolicus." Strasbourg 1, 2005. http://www.theses.fr/2005STR13220.
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Yu, Adam Christopher. "Neuroinflammatory conditions modulate ARNT2 and RME-8 expression within the CNS." Thesis, University of British Columbia, 2016. http://hdl.handle.net/2429/58643.
Full textAbstract:
Microglia are the primary immune cells found within the central nervous system (CNS), playing a vital role in neuronal function, trophic support and also modulating immune or inflammatory responses to pathogens or damage during disease. Microglia are essential to repair processes influencing axonal health and remyelination. However, the study of microglia is limited as significant yields of microglia through tissue culture are difficult to obtain. We show that the addition of granulocyte macrophage colony-stimulating factor (GM-CSF) during the culture of embryonic microglia yields significantly greater cell numbers. GM-CSF cultured microglia exhibit a non-differentiated phenotype similar to in vivo microglia and represent a useful model for disease and reparative processes in the CNS. Using our primary microglial model, we investigated two proteins, Aryl hydrocarbon receptor nuclear translocator 2 (ARNT2) and receptor-mediated endocytosis – 8 (RME-8). ARNT2, a transcription factor for several proteins but most notably for the neuronal growth factor, brain derived neurotrophic factor (BDNF), has been primarily studied in neurons. Our studies show regulation of ARNT2 in astrocytes and immune cells (microglia and splenocytes) under inflammatory conditions. In the experimental autoimmune encephalomyelitis (EAE) model, splenocytes exhibited lower ARNT2 expression than those from healthy controls. Lipopolysaccharide and interferon-γ increased otherwise low ARNT2 expression in microglia.
RME-8 is a protein that is important in endosomal trafficking. Mutations in RME-8 have been linked to Parkinson’s disease and essential tremor. However, RME-8 has yet to be characterized within the CNS. Motor neurons, astrocytes and ependymal cells expressed RME-8 in healthy control mice; RME-8 was increased and co-localized with CD68 positive cells in immune infiltrates in EAE mice. Our results show the uptake of dextran in RME-8 mutant knock-in microglia is decreased, indicating the importance of this protein in phagocytic processes. These results show that microglia can be effectively cultured from embryonic tissue with the addition of GM-CSF in comparison to previously established protocols and are similar to microglia in vivo. Furthermore, inflammatory mediators influence expression of ARNT2 and RME-8 and may highlight roles for each in neuroprotection or phagocytic function respectively, thereby influencing inflammatory neurodegenerative or reparative processes relevant to several diseases in the CNS.Medicine, Faculty of
Pathology and Laboratory Medicine, Department of
Graduate
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Prévost, Gilles. "Essais de clonage du gène de l'arginyl-ARNt synthétase de Saccharomyces cerevisiae détermination des domaines fonctionnels de l'aspartyl-ARNt synthétase de Saccharomyces cerevisiae /." Grenoble 2 : ANRT, 1988. http://catalogue.bnf.fr/ark:/12148/cb376177246.
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QUEVILLON-CHERUEL, SOPHIE. "Le complexe des aminoacyl-arnt synthetases : caracterisation moleculaire de la composante glutaminyl-arnt synthetase et des trois proteines associees p43, p38 et p18." Paris 11, 1995. http://www.theses.fr/1995PA112058.
Full textAbstract:
La caracterisation structurale et fonctionnelle de quatre des onze constituants du complexe des aminoacyl-arnt synthetases, la glutaminyl-arnt synthetase et les proteines associees p43, p38 et p18, a ete menee via le clonage de leurs adnc. La glutaminyl-arnt synthetase humaine est constituee de 775 residus qui se repartissent selon un domaine c-terminal constituant un enzyme minimal de type bacterien, et une extension n-terminale d'environ 200 residus constituant un domaine potentiel d'association au complexe. Les sequences des glutaminyl- et glutamyl-arnt synthetases etant tres conservees, ces deux lignees de synthetases sont certainement issues d'un ancetre commun. Une analyse phylogenetique moleculaire realisee sur 15 sequences de diverses origines a permis de proposer un scenario evolutif original: les glutaminyl-arnt synthetases seraient issues, par duplication de gene, d'une glutamyl-arnt synthetase eucaryote. L'acquisition, chez un nombre restreint de procaryotes, d'une glutaminyl-arnt synthetase serait le resultat d'un transfert horizontal de gene, eucaryote vers procaryote. La grande similitude des sequences des centres catalytiques de ces deux enzymes a permis d'initier la recherche des bases moleculaires de la reconnaissance et de la discrimination des substrats glutamine et glutamate par ces synthetases. Le probleme de l'identite et de la fonction des trois proteines p43, p38 et p18, invariablement associees a cet edifice multienzymatique, a ete aborde par le biais du clonage de leurs adnc. Ces proteines, constituees respectivement de 359, 320 et 174 residus, n'ont pas d'equivalent connu repertorie dans les banques de donnees. Les elements d'homologie qui ont ete deceles par la recherche de similitude de sequence concourent a definir ces polypeptides comme des interfaces proteiques. Les motifs d'interaction proteine-proteine mis en evidence pourraient etre impliques dans l'etablissement de reseaux d'interactions contribuant a l'organisation cellulaire de la biosynthese des proteines chez les eucaryotes superieurs
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Prévost, Gilles. "Essais de clonage du gene de l'arginyl-arnt synthetase de saccharomyces cerevisiae : determination des domaines fonctionnels de l'aspartyl-arnt synthetase de saccharomyces cerevisiae." Université Louis Pasteur (Strasbourg) (1971-2008), 1988. http://www.theses.fr/1988STR13015.
Full textAbstract:
Plusieurs techniques de clonage n'ont pas permis l'obtention du gene de l'arg-arnt synthetase de levure. Par contre, l'isolement du gene aspartyl-trna synthetase de levure a permis d'aborder l'etude des relations structure-fonction de cette enzyme. Delimitation de certaines zones sensibles de la molecule: a) l'insertion de deux ou quatre acides amines via des insertions d'oligonucleotides dans le gene montre que la premiere moitie n- terminale de l'enzyme est responsable de la premiere etape catalytique (activation de l'acide aspartique). B) deletions a partir de l'extremite c terminale, mise en evidence du role dans le positionnement fonctionnel de l'arnt**(asp). L'aspartyl-trna synthetase a ete surproduite dans la levure et dans escherichia coli ou l'enzyme conserve son activite. Les dix derniers residus de l'extremite c terminale sont impliques aussi bien dans le positionnement fonctionnel de l'arnt**(asp) que dans l'etape d'activation
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Guigou, Ludovic. "L'arginyl-ARNt synthétase de mammifère : rôle des interactions protéine-protéine et protéine-ARN sur son activité." Paris 11, 2005. http://www.theses.fr/2005PA112141.
Full textAbstract:
Les aminoacyl-ARNt synthétases (aaRSs) catalysent la liaison entre un ARNt et son acide aminé correspondant. Chez trois aaRSs, l'activation de l'acide aminé ne se produit qu'en présence de l'ARNt spécifique. L'étude de ce comportement chez l'ArgRS de hamster a montré que trois points de contact avec l'ARNt sont importants dans l'étape d'activation : les bases A76, C35 et A20. Ces trois bases doivent être porte��es par un ARNt possédant à la fois une certaine rigidité (forme en "L" intacte) et une certaine flexibilité (apportée ici par des paires G-U). Nous en concluons que le déclenchement de l'activation implique un ajustement induit réciproque entre l'ARNt et l'ArgRS. Les enzymes du complexe multi-aaRSs des eucaryotes supérieurs contiennent des domaines basiques additionnels dont certains interagissent avec les ARNts. Nous montrons que la présence de ces domaines permet d'augmenter l'affinité du complexe pour les ARNts spécifiques de ses neufs enzymes uniquement. Le corps catalytique des aaRSs du complexe impose donc sa spécificité aux domaines basiques, ces derniers augmentant l'affinité entre le corps catalytique et l'ARNt. La protéine p43, une protéine du complexe multi-aaRSs liant les ARNts et interagissant avec l'ArgRS, ne joue pas le rôle de cofacteur en trans de cette enzyme. Des cristaux d'un dérivé de la protéine p43 ont été obtenus et la structure résolue par remplacement moléculaire. Les résidus N-terminaux impliqués dans la fixation de l'ARNt sont invisibles dans la carte de densité électronique. Une mise au point des conditions de préparation du complexe multi-aaRS en vue d'une étude structurale par microscopie électronique et cristallographie a été réaliséeEach aminoacyl-tRNA synthetase catalyze the esterification of its cognate amino acid to the 3'-end of its cognate tRNA(s). Some aminoacyl-tRNA synthetases (aaRSs) catalyze the amino acid activation step only in the presence of a cognate tRNA. This behaviour has been studied in Arginyl-tRNA synthetase (ArgRS) from hamster. Our results show that three contact points with the tRNA molecule are important in the activation step : bases A76, A20 and C35. These three bases must be presented by a tRNA possessing both rigidity (intact " L " shape) and flexibility (provided by G-U base-pairs). We conclude that the triggering of the activation step in ArgRS implies an induced-fit mechanism. Enzymes from the multi-aaRSs complex found in higher eukaryotes display additional basic domains, some of them interacting with tRNAs. We show that these domains increase the affinity of the enzymes of the complex for their specific tRNAs only. Thus, the catalytic body of each enzyme determines its specificity, while the additionnal basic domains increase the affinity of the enzymes for their specific tRNA(s). The p43 protein, a component of the complex able to interact with tRNAs and ArgRS, does not affect the catalytic parameters of this enzyme. Crystals of a short form of the p43 protein have been obtained and the structure has been solved by molecular replacement, but the N-terminal residues, that are responsible for the interaction with tRNAs, are not visible. Conditions for the isolation of the multi-aaRSs complex have been refined in order to carry out a structural study using cryo-electron microscopy and crystallography
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COMMANS, STEPHANE. "Relations structure-fonction de la lysyl-arnt synthetase d'escherichia coli." Paris 11, 1997. http://www.theses.fr/1997PA112110.
Full textAbstract:
Les amioacyl-arnt synthetases (aars), en catalysant l'aminoacylation specifique des arnt, jouent un role essentiel dans la fidelite d'interpretation du message genetique. Elles constituent donc de bons systemes modeles pour determiner les bases moleculaires des interactions arn-proteines. Ce travail a ete principalement consacre a l'etude du domaine de la lysrs d'escherichia coli assurant la reconnaissance de l'anticodon de l'arnt#l#y#s. Prenant avantage de l'organisation modulaire des aars, nous avons exprime et purifie un domaine de 13 kd dont nous avons determine la structure 3d par rmn. Cette structure, un tonneau ferme par des helices, est homologue a la topologie dite de l'ob-fold. Apres avoir obtenu par rmn l'empreinte de l'anticodon de l'arnt#l#y#s sur ce domaine, nous avons entrepris une analyse par mutagenese dirigee du site de fixation de l'anticodon ainsi que de l'anticodon de l'arnt, nous permettant de deduire la contribution des chaines laterales des residus de la lysrs a la reconnaissance de l'anticodon sauvage et au rejet des autres sequences d'anticodon. Les acides amines conserves et bien definis du tonneau interagissent fortement avec la base centrale de l'anticodon alors que la reconnaissance des deux autres bases s'effectue grace a une boucle flexible. Ces conclusions sont discutees a la lueur des structures de l'asprs de levure et de la lysrs de thermus thermophilus complexees a leurs arnt respectifs. Parallelement, nous avons caracterise une lysrs mutante produite par une souche d'e. Coli bradytrophe pour la lysine. La substitution d'une threonine, situee dans une region conservee de l'interface entre les deux sous-unites des aars de classe ii, induit un comportement cooperatif positif vis-a-vis de la lysine. Ce type d'interaction entre l'interface du dimere et les residus du site actif est en accord avec l'idee selon laquelle la dimerisation des aars de classe ii est importante pour une structuration efficace de leur site actif.
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CURA, VINCENT. "Etude structurale de la threonyl-arnt synthetase de t. Thermophilus." Université Louis Pasteur (Strasbourg) (1971-2008), 1995. http://www.theses.fr/1995STR13142.
Full textAbstract:
L'objet de ce memoire de these est l'etude de la threonyl-arnt synthetase (thrrs) d'une bacterie thermophile, thermus thermophilus. Le role crucial des aminoacyl-arnt synthetases lors de la synthese proteique et la regulation de l'expression de la thrrs font de cette enzyme un sujet interessant pour l'etude des relations structure-fonction. La premiere partie du travail a consiste a cloner et a sequencer le gene de l'enzyme. La proteine presente une forte homologie de sequence avec les thrrs issues d'autres organismes. Les alignements que nous avons effectues confirment l'organisation modulaire de ces enzymes. En particulier, le domaine du site actif et celui de l'extremite c-terminale sont communs a plusieurs aminoacyl-arnt synthetases alors que l'extremite n-terminale constitue un module structural propre aux thrrs. La thrrs de thermus thermophilus a ete surexprimee dans e. Coli afin d'obtenir les quantites de proteine requises pour la cristallisation en vue de l'etude cristallographique. La deuxieme partie du travail a ete la purification de l'enzyme et l'obtention de cristaux utilisables pour la diffraction des rayons x. Des donnees de diffraction de la proteine native ont ete enregistrees a partir des cristaux que nous avons obtenus et les donnees cristallographiques preliminaires ont ete determinees
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Samsa, William E. "The Role of Brain and Muscle ARNTL 1 (BMAL1) in Bone Homeostasis." Cleveland State University / OhioLINK, 2015. http://rave.ohiolink.edu/etdc/view?acc_num=csu1449481876.
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Grenier, Luc. "Conception et caractérisation de nouveaux inhibiteurs antibiotiques de la glutamyl-ARNt synthétase à partir d'approches informatiques." Thesis, Université Laval, 2013. http://www.theses.ulaval.ca/2013/29832/29832.pdf.
Full textAbstract:
Les microorganismes ont développé une résistance accrue aux antibiotiques. Les aminoacyl-ARNt synthétases (aaRS) bactériennes sont essentielles pour la biosynthèse des protéines, car elles permettent de jumeler les acides aminés à leurs ARNt complémentaires. L’inhibition des aminoacyl-ARNt synthétases, telle que la glutamyl- ARNt synthétase (GluRS) dans cette étude, a été identifiée comme une stratégie valable dans la quête de nouveaux antibiotiques. Ainsi, afin de développer un antibiotique efficace et sans toxicité pour l’humain, l’écart évolutif entre les GluRS bactériennes et humaines orthologues a été évalué. Le design rationnel de nouveaux inhibiteurs pour une protéine spécifique se base sur plusieurs critères : les caractéristiques structurales du site actif, l’analogie avec des molécules reconnues pour interagir avec le site actif, le niveau de difficulté lors de la synthèse, conformité aux critères de similitudes aux drogues actives existantes, etc... La caractérisation du site actif permet d’identifier les acides aminés qui interagissent avec les inhibiteurs connus, ainsi que ceux qui pourraient potentiellement participer aux interactions avec un nouvel inhibiteur. Cette étape préliminaire permet déjà d’identifier les caractéristiques principales qui seront vitales pour le design de nouveaux inhibiteurs efficaces chez les enzymes bactériennes et inefficaces chez les enzymes orthologues humaines. Une nouvelle série d’inhibiteurs potentiels a donc été établie et testée in silico à l’aide de l’arrimage moléculaire. Cette approche computationnelle permet de prédire comment les molécules vont s’assembler, ainsi que d’identifier les facteurs qui déterminent la spécificité de l’interaction. Les avantages de cette approche sont multiples. Entre autres, une grande rapidité d’exécution et une faible ressource informatique permettent d’effectuer un criblage à haut débit de banques virtuelles de molécules. Les meilleurs candidats provenant du design rationel et aussi d’un criblage virtuel de plus de 48000 composés sont présentés.
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Aretz, Bodo [Verfasser], and Wolfgang [Akademischer Betreuer] Franz. "Empirical Essays on Wage Dynamics and Donation Options / Bodo Aretz. Betreuer: Wolfgang Franz." Mannheim : Universitätsbibliothek Mannheim, 2012. http://d-nb.info/1034490753/34.
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Rahim, Titissa. "Investigating the regulation of ARNT2, a neuroprotective protein, in models of multiple sclerosis." Thesis, University of British Columbia, 2016. http://hdl.handle.net/2429/58253.
Full textAbstract:
Background: The process of axonal degeneration and neuronal loss has been described as the major cause of irreversible clinical disability in multiple sclerosis (MS). An ideal neuroprotective strategy would be to focus on inhibition of axonal degeneration and on protection against neuronal cell death in addition to immunomodulation. The aryl-hydrocarbon receptor nuclear translocator 2 (ARNT2) is a protein with neuroprotective properties previously described in ischemic insults and oxidative damage. We hypothesize that alterations in ARNT2 expression are associated with changes in cell viability in in vitro and in vivo models of multiple sclerosis. Methods: Following exposure to various compounds mimicking MS disease processes, ARNT2 protein and mRNA levels were observed in primary cortical neuron-enriched cultures using western blotting, quantitative polymerase chain reaction (qPCR) and immunocytochemistry, alongside cytotoxicity measurements, using a lactate dehydrogenase (LDH) release assay/Live/Dead® Viability/Cytotoxicity assay. ARNT2 protein levels were also evaluated in primary cortical astrocytes using immunocytochemistry. Analyses in an animal model of MS, experimental autoimmune encephalomyelitis (EAE) were conducted, with tissue collected at various stages of the disease course, to examine ARNT2 expression patterns in vivo. Results: Examination of individual neurons reveals that most cells demonstrate low-medium ARNT2 expression under steady-state conditions. Exposing cells to both low and higher concentrations of hydrogen peroxide (H₂O₂) to mimic mild to more severe oxidative stress significantly increases ARNT2 protein levels early, as measured via western blotting and immunocytochemistry. At the mRNA level, oxidative stress fails to drive Arnt2. This increased detection of ARNT2 protein is observed in both neurons and reactive astrocytes specifically within the neuronal-enriched mixed populations. Non-reactive astrocytes also express ARNT2 at baseline conditions. Finally, ARNT2 is differentially expressed in healthy versus EAE tissue at peak disease. Conclusions: This work demonstrates for the first time that ARNT2 can follow altered expression patterns in vitro in neurons depending on the severity/duration of the stimulus involved in MS disease progression. This lays a foundation for understanding the link between ARNT2 expression and neuronal health in vitro.Medicine, Faculty of
Pathology and Laboratory Medicine, Department of
Graduate