Dissertations / Theses on the topic 'Antiviraux – Conception'

Ce present memoire illustre notre contribution au developpement d'un rationnel dans la conception de pronucleotides a visee anti-vih. Le premier chapitre resume, a partir d'etudes bibliographiques, les modes d'action et limitations des quatre analogues nucleosidiques actuellement commercialises en chimiotherapie du sida. Le second chapitre est consacre a la conception et la realisation d'un outil d'analyse par chromatographie liquide haute performance permettant l'analyse directe d'echantillons biologiques. Dans un troisieme chapitre une etude comparative entre les resultats cinetiques et mecanistiques relatifs aux etudes de decomposition et les activites antivirales in vitro de series de pronucleotides, a permis de faire evoluer la conception de nouvelles molecules susceptibles de liberer intracellulairement le nucleosides monophosphates. Des pronucleotides de l'azt comportant deux groupements enzymolabiles ont ainsi ete synthetises. Ces molecules ont presente une activite anti-vih sur des souches cellulaires devenues resistantes a l'azt

L'aspartyl protease du vih a un role fondamental dans la maturation des virus et donc dans la formation de nouveaux virus infectieux. La recherche d'inhibiteurs de cette enzyme est d'un grand interet pour une lutte antivirale. Dans cette optique, ce travail est consacre a la conception et la synthese de mimes peptidiques analogues de substrats de la protease du vih. Il a ete elabore des pseudopeptides analogues de substrats de la protease dans lesquels le site d'hydrolyse a ete modifie par differents motifs. Il a ete introduit, en premier lieu, des heterocycles de types oxazolines, thiazolines et thiazoles. Cette etude s'est conclue par une mise au point d'une methode de synthese d'oxazoline et de thiazoline utilisant la reaction de mitsunobu. L'introduction du fragment amino hydroxy acide derive de la proline dans des pseudopeptides a ete aussi effectuee. L'elaboration d'un tel motif a abouti a une etude stereochimique de la reduction d'acides tetramiques. L'activite antivirale des composes synthetises est exposee dans ce travail

Malgré des progrès importants réalisés ces dernières années, la lutte contre les infections virales et les cancers demeure un problème de santé mondiale. Ce bref bilan met en évidence la nécessité de développer de nouvelles molécules pour contourner les limites des traitements disponibles actuellement. Il est donc nécessaire de développer de nouvelles méthodes de synthèse pour accéder à ces composés afin d’évaluer leur activité biologique, et de nouveaux outils d’analyse pour étudier les interactions mises en jeu. Cette thèse, articulée autour de trois grands thèmes, s’inscrit dans ce contexte. Nous avons tout d’abord mis au point une méthode de synthèse de 1,2,3-triazolyl-nucléosides substitués en positions 4 et 5, par une réaction tandem clic/addition électrophile. Des tests biologiques ont montré la forte activité anticancéreuse de ces composés contre la LMC. Nous avons ensuite développé une stratégie de modification post-synthétique d’oligonucléotides par réaction clic. Elle permet de modifier de manière site-spécifique des oligonucléotides portant un groupement azide. Cette méthode présente plusieurs avantages et peut être utilisée pour de nombreuses applications, principalement pour le marquage spécifique des acides nucléiques. Enfin, nous avons conçu une nouvelle famille de ligands de l’ARN TAR du VIH-1 capables de se lier sélectivement à certaines structures secondaires de type tige-boucle ou tige-renflement, via l’action coopérative de plusieurs motifs de reconnaissance dont une nucléobase qui se lie spécifiquement à une paire de base UA. Parallèlement, une nouvelle méthode de criblage de triplet de bases par spectrométrie de masse est actuellement à l’étude<br>Despite significant progress made in recent years, the fight against viral infections and cancer remains a global health problem. This brief summary underlines the need for new compounds in order to overcome the limits of the drugs currently available. Therefore, there is a significant need to develop new methodologies for the synthesis of new bioactive molecules, and new analytical tools for the study of the involved drug/biological target interactions. To this end, the main objective of this thesis is to address these issues following the investigation of three major themes. We first developed a strategy for the synthesis of 1,2,3-triazolyl-nucleosides substituted at positions 4 and 5, using a tandem click/electrophilic addition reaction. Biological tests showed strong anticancer activity against CML for these compounds. We then developed a strategy for post-synthetic modification of oligonucleotides by click chemistry. This reaction allows post-synthetic transformation of oligonucleotides bearing an azide group in a site-specific manner. Therefore, this strategy has a great potential in various applications such as specific labelling of nucleic acids. Finally, we designed a new family of HIV-1 TAR RNA ligands that selectively bind to secondary structures such as stem-loop or stem-bulge, through a cooperative action of several recognition patterns. Among them, we used a modified nucleobase that can specifically recognize an AU base pair. Meanwhile, a new method of screening for this type of base triplets by mass spectrometry is being investigated

Le coronavirus associé au syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS-CoV) émergea à la fin de l'année 2002 et fut responsable d'une épidémie de pneumopathie atypique chez l'homme. Nous décrivons dans ce mémoire trois approches vaccinales contre le SRAS permettant l'induction d'anticorps neutralisants contre la glycoprotéine S, qui représentent les principaux effecteurs de la réponse immune protectrice. Nous avons montré que l'expression du gène S en cellules de mammifères nécessitait des vecteurs optimisés munis d'un intron et d'éléments de régulation post-transcriptionnelle comme WPRE ou CTE. Dans le modèle souris, seule l'association d'un intron et de WPRE permet d'augmenter l'immunogénicité d'un vaccin ADN contre le SRAS de telle sorte qu'il soit efficace à une dose faible d'ADN (2 μ g). Nous avons établi des lignées cellulaires sécrétant l'ectodomaine soluble de la protéine S (Ssol). L'immunogénicité du polypeptide Ssol purifié a été étudiée dans les modèles souris et hamster. Deux injections de Ssol adjuvé par de l'Alum permettent l'induction d'une réponse immune Th2 comprenant des titres élevés d'anticorps neutralisants, et protègent les animaux contre une infection d'épreuve par le SRAS-CoV. Nous avons également montré que l'utilisation d'adjuvants développés par GlaxoSmithkline Biologicals permettait une amélioration importante des réponses induites par la protéine Ssol et l'induction d'une réponse Thl. Parallèlement, nous avons montré chez le hamster qu'une seule injection de vecteurs lentiviraux permettant l'expression de la protéine S membranaire permet l'induction d'une réponse humorale neutralisante comparable à celle induite par deux injections de la protéine Ssol<br>Severe acute respiratory syndrome associated coronavirus (SARS-CoV) emerged in late 2002 and caused an epidemic of atypic pneumonia in humans. Here, we describe three vaccine candidates designed to induce neutralizing antibodies against the viral S glycoprotein, which are the main effectors of the protective immune response. We demonstrated that efficient expression of S gene in mammalian cell lines required the use of optimized vectors containing an intron and post-transcriptional regulatory elements such as WPRE and CTE. Upon immunization of mice with low doses of naked DNA, only intron and WPRE-containing vectors were able to provide protection against challenge with SARS-CoV. We also established stable cell lines constitutively secreting a soluble form of the S protein (Ssol). The immunogenicity of purified Ssol was studied in mouse and hamster models. Two injections of the Ssol polypeptide adjuvanted with Alum induced a strong and long-lasting Th2 immune response comprising high levels of SARS-CoV-neutralizing antibodies. Upon intranasal challenge with SARS-CoV, virus replication was strongly reduced in the lungs of immunized animals and hamsters were protected from the occurrence of lesions in the respiratory tract. Moreover, the use of two new adjuvants developed by GlaxoSmithKline Biologicals further increased the anti-S humoral response and the Thl component of the immune response. Concurrently, we developed HIV-based lentiviral vectors expressing the full-length S protein as an alternate SARS vaccine candidate. In the hamster model, a single injection of these vectors induced a neutralizing antibody response similar to that induced by two injections of Ssol

Les nucléosides et leurs analogues constituent la principale famille d’antiviraux et anticancéreux. Ils sont un outil extrêmement puissant dans la lutte efficace contre les infections virales liées à de nombreux virus tels que le HIV, le HBV, le HCV, le CMV, le VZV ainsi que le HSV; ils sont depuis plus d'un demi-siècle au centre des thérapies antivirales avec une quarantaine de composés approuvés par la FDA. Les infections virales représentent toujours un large problème de santé publique en raison de l'émergence de nouveaux virus, l'apparition de résistances aux antiviraux actuels et des phénomènes de mutations virales. Ainsi, la conception et la synthèse de nouveaux antiviraux restent toujours d'actualité. Dans la première partie ce manuscrit, dans le but de développer des nouveaux antiviraux plus actifs et sûrs, nous avons conçu et synthétisé deux nouvelles familles d’acyclonucléosides phosphonates oléfiniques sous forme prodrogues en modifiant la nucléobase, la chaîne acyclique et le groupement biolabiles. Pour ce faire, nous avons utilisé la réaction de métathèse croisée comme étape clé. Dans la deuxième partie, le champ d’application du couplage croisé de Migita-Kosugi-Stille a été exploré en utilisant des iminoalditols stannylés et une petite librairie de chlorure d'aroyles diversement substitués. De manière intéressante, le processus de formation de la liaison C‒C est stéréorétentif. Des nouveaux analogues de la N‒acétylglucosamine C‒glycosylée ont ensuite été préparés par une séquence réactionnelle de réduction, déprotection, mésylation et cyclisation<br>Nucleosides and their analogues constitute the main family of antivirals and anticancer drugs. They provide an extremely powerful tool in effectively combating viral infections associated with many viruses such as HIV, HBV, HCV, CMV, VZV and HSV; they have been at the center of antiviral therapy for more than half a century with around 40 compounds approved by the FDA. Viral infections still represent a large public health problem due to the emergence of new viruses, the appearance of resistance to current antivirals and phenomena of viral mutations. This is why the design and synthesis of new antivirals are still relevant today. In the first part of this manuscript, in order to develop new, more active and safe antivirals, we firstly designed and synthesized two new families of olefinic acyclonucleosides phosphonates under prodrug form by modifying the nucleobase, the acyclic chain and the biolabile group. To do this, we used the cross-metathesis reaction as the key step. In the second part, the "scope" of Migita-Kosugi-Stille cross couplings was explored using stannylated iminoalditols and a small library of variously substituted aroyl chloride. More interestingly, the process of formation of the C‒C bond is stereoretentive. New analogs of C‒glycosylated N‒acetylglucosamine were then prepared by a reaction sequence of reduction, deprotection, mesylation and cyclization

Les connaissances actuelles indiquent la nécessité d’induire une réponse immunitaire à large spectre et notamment des anticorps multifonctionnels pour protéger de l’infection par le VIH. Les approches vaccinales traditionnelles n’étant pas capables d’induire d’anticorps neutralisants à large spectre (bNAbs) suffisamment puissants contre le VIH-1, des stratégies alternatives sont étudiées afin d’induire ces bnAbs. Les avancées majeures concernent le développement de (i) glycoprotéines d’enveloppe optimisées comme immunogène, (ii) vecteurs transportant et présentant l’immunogène de manière efficace et (iii) la forme galénique permettant d’augmenter la durabilité de la réponse protectrice. Dans ce contexte, l’objectif de ce doctorat est d’évaluer les réponses immunitaires induites par des nanoparticules biodégradables fonctionnalisées avec des glycoprotéines d’enveloppe du VIH et d’optimiser la libération prolongée in vivo de l’immunogène. Dans un premier temps, nous avons comparé plusieurs glycoprotéines et sélectionné une glycoprotéine d’isolat primaire optimisée (SOSIP BG505) pour ses capacités à s’adsorber de manière stable à la surface des nanoparticules biodégradables, tout en exposant les épitopes de neutralisation, et capable d’induire in vivo une réponse immunitaire systémique. Nous avons ensuite conçu un hydrogel thermosensible à base de poloxamers capable d’incorporer ces nanoparticules tout en gardant leur stabilité colloïdale et analysé leur biodistribution par imagerie corps entier chez la souris. L’injection par voie sous cutanée de cet hydrogel permet d’induire une réponse immunitaire humorale forte, stable et des IgGs de forte affinité. Cette nouvelle formulation, innovante et simple à mettre en place, apparait comme une nouvelle stratégie de vaccination applicable à de nombreuses pathologies virales nécessitant l’induction d’anticorps neutralisant de forte affinité et à large spectre<br>Current knowledge indicates the need to induce a broad-spectrum immune response including multifunctional antibodies to protect against HIV infection. As traditional vaccine approaches are not capable of inducing potent broad-spectrum neutralizing antibodies (bNAbs) against HIV-1, alternative strategies are being investigated to induce these bnAbs. Major advances include the development of (i) optimized envelope glycoproteins as immunogens, (ii) efficiently carrying and immunogenic carriers, and (iii) the dosage form that would increase the durability of the protective response. In this context, the objective of this PhD is to evaluate the immune responses induced by biodegradable nanoparticles functionalized with HIV envelope glycoproteins and to optimize the in vivo sustained release of the immunogen.First, we compared several glycoproteins and selected an optimized primary isolate glycoprotein (SOSIP BG505) for its ability to be adsorbed to the surface of biodegradable nanoparticles, while exposing neutralization epitopes, and capable of inducing a systemic immune response in vivo. We then designed a thermosensitive, poloxamers-based hydrogel, capable of incorporating these nanoparticles while maintaining their colloidal stability and we have analyzed their biodistribution by whole-body imaging in mice. The subcutaneous injection of this hydrogel makes it possible to induce a strong, stable humoral immune response with high affinity IgGs. This new formulation, innovative and easy to implement, appears as a new vaccination strategy applicable to many viral diseases requiring the induction of high affinity neutralizing antibodies and broad spectrum

Le virus respiratoire syncitial (rs), appartenant a la famille des paramyxoviridae, est un agent etiologique qui infecte couramment le nourrisson et l'enfant. Les recherches actuelles confirment que les proteines immunologiquement importantes sont les glycoproteines de l'enveloppe virale : la proteine de fusion f et la proteine d'attachement g sur laquelle est trouvee des differences antigeniques majeures entre le sous groupe a et le sous groupe b du virus rs. Trudel et coll. Ont definis des epitopes protecteurs des proteines f et g a l'aide de peptides de synthese : f#2#2#1#-#2#3#4, f#2#7#5#-#2#8#8, f#3#8#5#-#3#9#6 et g#1#7#4#-#1#8#7. Les genes codant des epitopes f et g ont ete assembles, polymerises et combines par deux methodes : l'une est basee sur une enzyme de restriction bspm1 permettant la polymerisation de l'epitope en tete a queue, l'autre est basee sur les billes magnetiques couplees a la streptavidine. Dans escherichia coli, deux vecteurs d'expression sont bases sur le domaine de fixation de l'igg (zz) de la proteine a du staphylocoque et sur le domaine de fixation de l'albumine (bb) de la proteine g du streptocoque. Les produits issus de genes zz-epitope sont secretes dans le milieu de culture de e. Coli, purifies en une seule etape par affinite sur igg sepharose et sur albumine sepharose respectivement. Le sproteines de fusion ont ete admistrees chez les souris ; seules zz-f#2#7#5#-#2#8#8 et zz-g(#1#7#4#-#1#8#7)3 ont confere une legere protection lors du challenge avec le virus rs. L'epitope g(#1#7#4#-#1#8#7)3 a ete fusionne a un recepteur d'albumine (bb) et clone dans un vecteur navette e. Coli-staphylococci. Les analyses par immunofluorescence et par immunogold ont montre que la proteine de fusion bbg(#1#7#4#-#1#8#7)3 est bien exposee a la surface membranaire des cellules recombinantes de staphylococcus xylosus, a l'aide des anticorps lapin specifique, de type humorale, a ete induite apres l'immunisation par voie orale des souris avec les s. Xylosus recombinants, suggere que ce type de bacterie gram positive pourrait etre un vecteur potentiel pour la vaccination par voie orale.

Le Gallid herpesvirus 2 (GaHV-2), responsable de lymphomes T du poulet, est contrôlé par le vaccin CVI988/Rispens. Mes travaux de thèse ont montré que le vaccin était composé, au contraire des souches virulentes, d’une population dynamique de variants viraux majoritairement délétés de la région promotrice et d’une partie variable de l’extrémité 5’ du gène LAT codant des microARN et associé à la latence virale. Dans une approche vaccinale, un virus recombinant correspondant à l’un des variants majoritaires du vaccin CVI988/Rispens a été généré à partir d’une souche GaHV-2 hypervirulente, clonée en bacmide. Nous avons montré que ce recombinant, présentant une perte de pathogénicité presque totale, était capable de protéger significativement les poulets lors d’une épreuve avec des souches GaHV-2 hypervirulentes. Ces travaux posent les bases du développement de nouveaux vaccins à partir de souches hypervirulentes émergentes<br>Gallid herpesvirus 2 (GaHV-2), responsible for T-cell lymphomas chicken, is controlled by the vaccine CVI988/Rispens. My work has shown that the vaccine contains, unlike virulent strain, a viral variants population mostly deleted from the promoter region and a variable portion of the 5' end of the gene LAT encoding microRNA and associated with viral latency. In a vaccine approach, a recombinant virus corresponding to a majority variant of the CVI988/Rispens vaccine was generated from a hypervirulent strain GaHV-2, cloned as bacmid. We showed that recombinant, with an almost total loss of pathogenicity, was able to significantly protect chickens against challenge with virulent strains GaHV-2. This work lays the basis for the development of new vaccines from emerging virulent strains

Il y a une confrontation permanente entre les malware et les antivirus conduisant les deux partie à évoluer continuellement. D’un côté, les antivirus mettent en place des solutions de plus en avancées et proposent des techniques de détection complexes venant s’ajouter à la classique détection par signature. Lorsqu’un nouveau malware est détecté, les antivirus conduisent des recherches plus approfondies afin de produire une signature et garder leur base de données à jour rapidement. Cette complexification conduit les antivirus à laisser des traces de leur présence sur les machines qu’ils protègent. D’un autre côté, des auteurs de malware souhaitant créer des malware durables à bas coûts peuvent quant à eux utiliser de simples méthodes permettant d’éviter une détection et une analyse approfondie par ces antivirus. Il est possible pour un malware de rechercher la présence de traces ou d’artéfacts laissés par les antivirus pour ensuite décider d’exécuter ou non leur charge malveillante. Nous désignons de tels programmes comme étant des malware évasifs. Cette thèse se concentre sur l’étude de malware évasifs ciblant le système d’exploitation Windows. Une première contribution vise à évaluer l’efficacité de techniques d’évasion contre un panel d’antivirus. Nous proposons par la suite une contre-mesure visant à stopper l’exécution de malware utilisant ce genre de techniques d’évasion en simulant les modifications faites par un antivirus dans le système d’exploitation. Ces leurres sont créés via l’instrumentation de l’API Windows à l’aide de Microsoft Detours. Nous évaluons cette contre-mesure sur quelques exemples de malwares évasifs récupérés dans la nature. Une seconde contribution a pour objectif de répondre à l’absence de dataset de malware évasifs. Pour cela, nous étiquetons un dataset de malware Windows existant de deux manières. Premièrement, à l’aide d’une détection automatique utilisant la contre-mesure issue de notre première contribution et deuxièmement, à l’aide d’un étiquetage collaboratif accessible publiquement<br>There is a permanent confrontation between malware and antiviruses, leading both parties to evolve continuously. On the one hand, the antiviruses put in place solutions that are more and more advanced and propose complex detection techniques in addition to the classic signature detection. Once a new malware is detected, the antiviruses conduct deeper analysis to extract a signature and keep their database quickly updated. This complexification leads the antiviruses to leave traces of their presence on the machine they protect. On the other hand, malware authors willing to create long- lasting malware at a low cost can use simple techniques to avoid being deeply analyzed by these antiviruses. It is then possible for malware to search for the presence of traces or artifacts left by the antiviruses and then decide to execute or not their malicious payload. We define such software as being evasive malware. This thesis focuses on the study of evasive malware targeting the Windows operating system. A first contribution aims at evaluating the efficiency of evasion techniques against a panel of antiviruses. We then propose a countermeasure designed to stop the execution of the malware using this kind of technique by simulating the presence of the modifications made by the antiviruses within the operating system. These decoys are created by instrumenting the Windows API using Microsoft Detours. Finally, we evaluate this countermeasure on a few samples of malware collected in the wild. A second contribution aims at answering to the lack of a dataset of evasive malware. To do so, we label an existing dataset of Windows malware using two ways. First, with the help of an automatic detection that exploits the countermeasure we created, and second, thanks to collaborative labeling available on a public platform

La protection contre les codes malveillants représente un enjeu majeur. Il suffit de considérer les exemples récents des vers Conficker et Stuxnet pour constater que tout système d'information peut aujourd'hui être la cible de ce type d'attaques. C'est pourquoi, nous abordons dans cette thèse la menace représentée par les codes malveillants et plus particulièrement le cas du métamorphisme. Ce dernier constitue en effet l'aboutissement des techniques d'évolution de codes (" obfuscation ") permettant à un programme d'éviter sa détection. Pour aborder le métamorphisme nous adoptons une double problématique : dans une première partie, nous nous attachons à l'élaboration d'un moteur de métamorphisme afin d'en estimer le potentiel offensif. Pour cela, nous proposons une technique d'obscurcissement de code dont la transformation inverse est démontrée NP-complète dans le cadre de l'analyse statique. Ensuite, nous appliquons ce moteur sur une souche malveillante préalablement détectée afin d'évaluer les capacités des outils de détection actuels. Après cette première partie, nous cherchons ensuite à détecter, outre les variantes engendrées par notre moteur de métamorphisme, celles issues de codes malveillants connus. Pour cela, nous proposons une approche de détection dynamique s'appuyant sur la similarité comportementale entre programmes. Nous employons alors la complexité de Kolmogorov afin de définir une nouvelle mesure de similarité obtenue par compression sans perte. Finalement, un prototype de détection de code malveillant est proposé et évalué.